O15269  SPTC1_HUMAN

Gene name: SPTLC1   Description: Serine palmitoyltransferase 1

Length: 473    GTS: 1.818e-06   GTS percentile: 0.586     


gnomAD     SWISS-MODEL     InterPro     ProViz     PDB    


PathogenicSAV: 8      BenignSAV: 6      gnomAD_SAV: 212      SnvSAV


                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            MATATEQWVLVEMVQALYEAPAYHLILEGILILWIIRLLFSKTYKLQERSDLTVKEKEELIEEWQPEPLVPPVPKDHPALNYNIVSGPPSHKTVVNGKEC 100
PathogenicSAV:                       F                                                                             
gnomAD_SAV:    VV T #   VM   *  *               R   HIL   **#*GQP F        M       VFL  AN    V   V   STN   M    *Y
Conservation:  3330001011001201123996999777767655757755676667364367624555459799586394233344453338458697639254585538
STMI:                         MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM                                                                
SS_PSIPRED:            HHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHHH     HHH     HHHHHHHHHHH                   EEE     EEEE  EEE
SS_SPIDER3:         HHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHHH             HHHHHHHHHH                   EEEE    EEEEE  EEE
SS_PSSPRED:          HHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHH             HHHHHHHHHHH                           EEEE   EE
DO_DISOPRED3:  DDDD                                                                                                
DO_SPOTD:      DDDD                                                                                                
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            INFASFNFLGLLDNPRVKAAALASLKKYGVGTCGPRGFYGTFDVHLDLEDRLAKFMKTEEAIIYSYGFATIASAIPAYSKRGDIVFVDRAACFAIQKGLQ 200
PathogenicSAV:                                 #          D                                                        
BenignSAV:                                                       #                                                 
gnomAD_SAV:    V  TTY  VR   K      G T   T  L            #D     GL S  VRA   #M  H  D     T  C   R    L    WV V    H
Conservation:  5664565778483525581263265345666364554644446777777447737946777777759679679779997999965668345955555555
SS_PSIPRED:    EE            HHHHHHHHHHHHHH             HHHHHHHHHHHHHH    EEEEE  HHHHHHHHHHHH     EEEEE    HHHHHHHH
SS_SPIDER3:    EEE           HHHHHHHHHHHHHH             HHHHHHHHHHHHHH    EEEEE  HHHHHHHHHHHH     EEEEE    HHHHHHHH
SS_PSSPRED:    EEE           HHHHHHHHHHHHHH              HHHHHHHHHHHHHH     EEHHHHHHHHHHHHHHH     EEEEE  HHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       
MODRES_P:                                                                     Y                                    

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            ASRSDIKLFKHNDMADLERLLKEQEIEDQKNPRKARVTRRFIVVEGLYMNTGTICPLPELVKLKYKYKARIFLEESLSFGVLGEHGRGVTEHYGINIDDI 300
gnomAD_SAV:    T HR V  L    VG  Q* I     K  N S# TP  Q#   A   CV # NM       M   E  T TL     A  I   R #    QC*  TG  
Conservation:  4656166293999326974994777167459677957667754597663755266999475346554445564455456665734956466759645597
SS_PSIPRED:    H   EEEEE    HHHHHHHHHHHHHH           EEEEEEE           HHHHHHHHHHH  EEEEE               HHH    HHH 
SS_SPIDER3:    H   EEEEEE   HHHHHHHHHHHHHHH         EEEEEEEE        E   HHHHHHHHH   EEEEE   EEEEE      HHHH    HHHE
SS_PSSPRED:    HH   EEEE    HHHHHHHHHHHHHH           EEEEEEEEEE         HHHHHHHHHH EEEEEE                          
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                 DDDDD                                                                    
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            DLISANMENALASIGGFCCGRSFVIDHQRLSGQGYCFSASLPPLLAAAAIEALNIMEENPGIFAVLKEKCGQIHKALQGISGLKVVGESLSPAFHLQLEE 400
PathogenicSAV:                               #                    V     Q                                          
BenignSAV:                                                          S                R               A             
gnomAD_SAV:      TGT# ADG  CL # *   P  T   *  S       L A#  V V   # S T DSSDV VA     R    P * # E  M E  F LD       
Conservation:  6556556767567577776666656667767666675533656546355675957666473360262044113612533337544473224885863331
SS_PSIPRED:     EEEEE          EEEE HHHHHHHHH            HHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHH     EEEE      EEEEEE  
SS_SPIDER3:    EEEEEE          EEE  HHHHHHHHH      EE    HHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHH     EEEE      EEEEEE  
SS_PSSPRED:    EEEEE   HHHHHH  EEE  HHHHHHHH      E      HHHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHH    EEEE      EEEEEE  
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70   
AA:            STGSREQDVRLLQEIVDQCMNRSIALTQARYLEKEEKCLPPPSIRVVVTVEQTEEELERAASTIKEVAQAVLL 473
BenignSAV:                                                                           I  
gnomAD_SAV:     A  CK  G Q E T H RT    VV  VH    *  RF     Q MIM G #      VVYAVE IV VI  
Conservation:  3142720512342145124322245542533434644145364343435313331441152213213310230
SS_PSIPRED:        HHHHHHHHHHHHHHHHH   EEEE              EEEEEEE    HHHHHHHHHHHHHHHHHH  
SS_SPIDER3:        HHHHHHHHHHHHHHHHH   EEEE              EEEEEEE    HHHHHHHHHHHHHHHHH   
SS_PSSPRED:        HHHHHHHHHHHHHHHHHH  EEEE               EEEEE     HHHHHHHHHHHHHHHHHHH 
DO_DISOPRED3:                                                                           
DO_SPOTD:                                                                               
DO_IUPRED2A: