P26640  SYVC_HUMAN

Gene name: VARS1   Description: Valine--tRNA ligase

Length: 1264    GTS: 1.469e-06   GTS percentile: 0.434     


gnomAD     SWISS-MODEL     InterPro     ProViz     PDB    


PathogenicSAV: 12      BenignSAV: 8      gnomAD_SAV: 590      SnvSAV


                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            MSTLYVSPHPDAFPSLRALIAARYGEAGEGPGWGGAHPRICLQPPPTSRTPFPPPRLPALEQGPGGLWVWGATAVAQLLWPAGLGGPGGSRAAVLVQQWV 100
BenignSAV:                                                       #                                                 
gnomAD_SAV:    ##    FL  A    RP     C A      RS  T   V     A RK T LL S  S #E     R *               S E   V  V   # 
Conservation:  1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
SS_PSIPRED:       EE        HHHHHHHHHHH                                   HH     EEEE HHHHHHHH          HHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:      EEEE      HHHHHHHHHHHH              EE                    EE    EEEE HHHHHHH           HHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:      EEEE      HHHHHHHHHHHH                                          EEEE HHHHHHHH           HHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:  DD                                      DDDD   DDDDD  DD                                            
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                     DDDDDDD DDDDDDD DDDDDDDD                                          

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            SYADTELIPAACGATLPALGLRSSAQDPQAVLGALGRALSPLEEWLRLHTYLAGEAPTLADLAAVTALLLPFRYVLDPPARRIWNNVTRWFVTCVRQPEF 200
BenignSAV:                                                                                     #                   
gnomAD_SAV:     *D #        TRP VQ P  L R AL  P S  G#        QR    SRK S     V IISW   V#   H SVHQ C    C   M  QHA  
Conservation:  1111111111111111111111111111111111111231153001010101111111111111211111212011210000111011111111111111
SS_PSIPRED:    HH     HHHHHHHHHHH         HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHH      HHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHH    HHHHHH   HHH
SS_SPIDER3:    H     HHHHHHHHHHHH         HHHHHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHH     HHHHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHH HHHHHHHH   HHH
SS_PSSPRED:    HH   HHHHHHHHHHHHHH        HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHHHHHHHHHH                      HHH
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            RAVLGEVVLYSGARPLSHQPGPEAPALPKTAAQLKKEAKKREKLEKFQQKQKIQQQQPPPGEKKPKPEKREKRDPGVITYDLPTPPGEKKDVSGPMPDSY 300
gnomAD_SAV:    # MPR  F  #   SF YKL  K AG  E    P  Q   QD         M         VR      #  #YL         SSWK  E RA   H  
Conservation:  1111111111111111111111111020120111422332245422132222110111111110101011121131131511240151442211112122
SS_PSIPRED:    HHHH                          HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                                             
SS_SPIDER3:    HHHH  EE                      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                         E                    
SS_PSSPRED:    HHHH   E                      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                                            
DO_DISOPRED3:          DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                         
DO_SPOTD:                 DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD        DDDD           
DO_IUPRED2A:                 DD DDDDDDDDDDDDDDDDDDD DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD  

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            SPRYVEAAWYPWWEQQGFFKPEYGRPNVSAANPRGVFMMCIPPPNVTGSLHLGHALTNAIQDSLTRWHRMRGETTLWNPGCDHAGIATQVVVEKKLWREQ 400
PathogenicSAV:                                                                                                    P
gnomAD_SAV:      W  G V  S   H         C  M  GD Q         RS   C  V   V S       Q  C L * I     F        G    N *H  
Conservation:  2412661133124211523265130012111111214232244443332432344343454522253256181145416624344443525476250112
SS_PSIPRED:     HHHHHHHHHHHHHH                     EEEE           HHHHHHHHHHHHHHHHHH     EEE         HHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:     HHHHHH HHHHHHH   E                 EEEEE        HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH     EEE     HHHHHHHHHHHHHHHHH 
SS_PSSPRED:     HHHHHHHHHHHHHHH                    EEEE          HHHHHHHHHHHHHHHHHH      EEE        HHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                                                                DD    
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                         DDDD       DDD  D           DDD                                               
MOTIF:                                                    PNVTGSLHLGH                                              

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            GLSRHQLGREAFLQEVWKWKEEKGDRIYHQLKKLGSSLDWDRACFTMDPKLSAAVTEAFVRLHEEGIIYRSTRLVNWSCTLNSAISDIEVDKKELTGRTL 500
PathogenicSAV:                                  V       Q                                                          
gnomAD_SAV:    RPTQ    HKV V  A    Q   GQ  Y          CG#TY    L  *ET ADS AQ  K  T  #R CI      P  T P V   M #   C P
Conservation:  1116253352144134417522363242176314735324242244440124056143642432133545312343424151333452432112404141
SS_PSIPRED:       HHHH HHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHH        HHH   HHH HHHHHHHHHHHH   EE               HH EEEEEEE    EE
SS_SPIDER3:       HHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH          E    HHHHHHHHHHHHHHHH   E     EEE        HEH EEEEEE   E E
SS_PSSPRED:       HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH              HHHHHHHHHHHHHHHHH EEE    EEE        HHHH           E
DO_DISOPRED3:                                                                                          D           
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       
MODRES_P:                                          S                                                               

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            LSVPGYKEKVEFGVLVSFAYKVQGSDSDEEVVVATTRIETMLGDVAVAVHPKDTRYQHLKGKNVIHPFLSRSLPIVFDEFVDMDFGTGAVKITPAHDQND 600
gnomAD_SAV:      MR  N  M IR  M  TC   S #GNK   M   Q  ST     L A      NE P    M  A P WR SV ##    #Y S D G   SS N Y 
Conservation:  5144521025267132242523240311123143444353436524524331416421316203123212204444150143112746356355446117
SS_PSIPRED:    E        EE EEEEEEEEE        EEEEEE         EEEEE    HHHHHH   EEE         EE              EE     HHH
SS_SPIDER3:    EE       EEEEEEEEEEEE E      EEEEEE  HHHH   EEEE     HHHH     EEE     EEE EE             EEE     HHH
SS_PSSPRED:    E            EEEEEEEE        EEEEEE         EEEEE    HHHHHH   EEE         EEE           EEEE       H
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                  DDD  
MODRES_P:                                S                                                                         

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            YEVGQRHGLEAISIMDSRGALINVPPPFLGLPRFEARKAVLVALKERGLFRGIEDNPMVVPLCNRSKDVVEPLLRPQWYVRCGEMAQAASAAVTRGDLRI 700
PathogenicSAV:                                                             T                              P        
BenignSAV:                              S                                                                          
gnomAD_SAV:    CD   # R      V FQ #  SGLS   S        V   V   QR  C   G A   T   QL   A    QL   IH RD    # T#  QR  C 
Conservation:  1133112131022442125031113214452276135103302513122322012213242351233333724432685422113511522342131212
SS_PSIPRED:    HHHHHHH     EEE                 HHHHHHHHHHHHHH                      EEEE    EEEE  HHHHHHHHHHHHH   EE
SS_SPIDER3:    HHHHHH     EEEE     E           HHHHHHHHHHHHHH    EEEE   EE  E      EE       HEEE HHHHHHHHHHHH    EE
SS_PSSPRED:    HH         EEE                  HHHHHHHHHHHHHHH                     E           HHHHHHHHHHHHHHH  EEE
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:   D D                                                                                                 
MODRES_A:                                                  K                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            LPEAHQRTWHAWMDNIREWCISRQLWWGHRIPAYFVTVSDPAVPPGEDPDGRYWVSGRNEAEAREKAAKEFGVSPDKISLQQDEDVLDTWFSSGLFPLSI 800
gnomAD_SAV:     R   EH *Y GT DVLD YV      SRC Q   IS  ESVMAL KV G Q C   HD #  G    EVLR FS N      KY          L   V
Conservation:  0410303140032242233353344327434554340111101100131111092241321233115210121221120303615455334355545432
SS_PSIPRED:       HHHHHHHHHHH     HHH          EEEEEE              EEEEE  HHHHHHHHHHHH   HHH EEEE               HH 
SS_SPIDER3:      HHHHHHHHHHH H  HHHHHHHH       EEEEEE              EEEEE  HHHHHHHHHHHH   HHH EEEE    H  H       HHH
SS_PSSPRED:      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH         EEEEE              EEEE   HHHHHHHHHHHH      EEEE                   
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                   DDDDDDDD         DD                                 

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            LGWPNQSEDLSVFYPGTLLETGHDILFFWVARMVMLGLKLTGRLPFREVYLHAIVRDAHGRKMSKSLGNVIDPLDVIYGISLQGLHNQLLNSNLDPSEVE 900
PathogenicSAV:                      S                                                              F               
gnomAD_SAV:     V   K    I   SR     SY     *      P    M T   #GIC    M#  YSQ    C C    LVEIT  M          SCY ERNKA 
Conservation:  4785123133116452234354264426655554323124332463226434335571163454453545465342305114316213311334321410
SS_PSIPRED:           HHHHHH          HHHHHHHHHHHHHHHHHH      EEEE HHH                 HHHHH    HHHHHHHHHH    HHHHH
SS_SPIDER3:           H HHHH   HHHHH H HHHHHHHHHHHHHHHHH      EEEE  E E     EE          HHHHH   HHHHHHHHH     HHHHH
SS_PSSPRED:           HHHHH     EE   HHHHHHHHHHHHHHHHHHH      EEEEEEEEE                HHHH     HHHHHHHHHH    HHHHH
DO_DISOPRED3:                                                            DDDDDDDDDDD                               
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                  DD   
BINDING:                                                                       K                                   
MOTIF:                                                                      KMSKS                                  

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            KAKEGQKADFPAGIPECGTDALRFGLCAYMSQGRDINLDVNRILGYRHFCNKLWNATKFALRGLGKGFVPSPTSQPGGHESLVDRWIRSRLTEAVRLSNQ 1000
PathogenicSAV:                                          Q    H                                                     
gnomAD_SAV:      E    T   V VT    N V# E    TCE CG    G W  D C    R   T     H              EDR  P  H VC C  Q     SE
Conservation:  1211221234715323144686633423211142242642113332415554344325422112110003000011011021142642324103401211
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHH          HHHHHHHHHHH         HHHHHE  HH HHHHHHHHHHHHH                  HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHH         HHHHHHHHHHHH         HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                  HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHH         HHHHHHHHHHH          HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                  HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                                      DDDDDDDDDD                      
DO_SPOTD:                                                                               D                          
DO_IUPRED2A:   DDD DD   D                                                                D    D                    

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            GFQAYDFPAVTTAQYSFWLYELCDVYLECLKPVLNGVDQVAAECARQTLYTCLDVGLRLLSPFMPFVTEELFQRLPRRMPQAPPSLCVTPYPEPSECSWK 1100
PathogenicSAV:                                                          Q     I                                    
BenignSAV:            L                               M              I                                             
gnomAD_SAV:    S    N L I         C#       R     #E  *M   RTH       EF  Q        MM   # G SG TLR SR   I RHLG       
Conservation:  2311123114324341654215853544134313001100010131134112331353534531334354444132200100124534224812013130
SS_PSIPRED:    HHHH  HHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHH           EEE      HH    
SS_SPIDER3:    HHH    HHHHHHHHHHHHHH  HHHHH HHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH H   HHHHHHHH            EEEE     HHH    
SS_PSSPRED:    HHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHH           EE             
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                        D              

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            DPEAEAALELALSITRAVRSLRADYNLTRIRPDCFLEVADEATGALASAVSGYVQALASAGVVAVLALGAPAPQGCAVALASDRCSIHLQLQGLVDPARE 1200
PathogenicSAV:                   C                                                                                 
gnomAD_SAV:     SK   T   V  T#QGM# PG G   NWFWL     AV  VMDTQVL# L CLPT  RTVA        HT H  T  V  EC          L   W 
Conservation:  2222311311212331225235112232313412230322101101210212240354112130210121121033311133212122602231432122
SS_PSIPRED:     HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH        EEEEE  HHHHHHHHH HHHHHHHH   EEEEE          EEEEE   EEEEEEE     HHHH
SS_SPIDER3:     HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH         EEEEE  HHHHHHHHH HHHHHHHH  EEEEEE          EEEEE   EEEEEEEE    HHHH
SS_PSSPRED:     HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH        EEEEE  HHHHHHHHHHHHHHHHHH   EEEEE          EEEEE   EEEEEEE     HHHH
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60    
AA:            LGKLQAKRVEAQRQAQRLRERRAASGYPVKVPLEVQEADEAKLQQTEAELRKVDEAIALFQKML 1264
gnomAD_SAV:     V     QF   #   HVQ #H  #D     L K *    VQ     T    A    TI     
Conservation:  1023113201411210120032111220122310211101032211213301211111021111
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH         HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH 
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH          HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH  
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH         HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH 
DO_DISOPRED3:                                           D  DD                  
DO_SPOTD:                                                                      
DO_IUPRED2A:                                                D