P30531  SC6A1_HUMAN

Gene name: SLC6A1   Description: Sodium- and chloride-dependent GABA transporter 1

Length: 599    GTS: 8.801e-07   GTS percentile: 0.172     


gnomAD     SWISS-MODEL     InterPro     ProViz     PDB    


PathogenicSAV: 30      BenignSAV: 9      gnomAD_SAV: 146      SnvSAV


                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            MATNGSKVADGQISTEVSEAPVANDKPKTLVVKVQKKAADLPDRDTWKGRFDFLMSCVGYAIGLGNVWRFPYLCGKNGGGAFLIPYFLTLIFAGVPLFLL 100
PathogenicSAV:                                            #     L     F      S  D        R   #              E      
BenignSAV:                                     E                                                                   
gnomAD_SAV:     T  SI   NR T  K N# T   E S     E#     N  E    N C   F                     ND      F  L   V         
Conservation:  7331311222525235223120111111110211322112245851926656667776866589888656555657696856666886894889685765
STMI:                                                              MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM       MMMMMMMMMMMMMMMMMMMM
SS_PSIPRED:                                                    HHHHHHHHHHHHHH        HHHH         HHHHHHHHHH HHHHHH
SS_SPIDER3:                                HHHHHHH            HHHHHHHHHHHHHH  H HH H HHH           HHHHHHHH HHHHHHH
SS_PSSPRED:                                                     HHHHHHHHHHHHH    EEE             HHHHHHHHHHH HHHHHH
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                                                           
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                                                         
DO_IUPRED2A:                                                                                                       
METAL:                                                                   G AI   N                                  
MODRES_P:                       S                                                                                  

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            ECSLGQYTSIGGLGVWKLAPMFKGVGLAAAVLSFWLNIYYIVIISWAIYYLYNSFTTTLPWKQCDNPWNTDRCFSNYSMVNTTNMTSAVVEFWERNMHQM 200
PathogenicSAV:     SR                                                                  Y                           
BenignSAV:                                                                                   V               H     
gnomAD_SAV:                                 S           I             NMP      N S    H Y   NV D             C L   
Conservation:  6569667555666868682645588959755869898699779969867976597322698229381997419659683054284795828894487936
STMI:                                 MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM                                                        
SS_PSIPRED:    HHHH HHH     HHHHH HH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                                 HHHHHHHHHH   
SS_SPIDER3:    HHHHHH H   HHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                                 HHHHHHHHHHHH 
SS_PSSPRED:    HHHHHHHH     HHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                                 HHHHHHHHHHH  
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       
DISULFID:                                                                     C        C                           
CARBOHYD:                                                                                 N    N  N                

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            TDGLDKPGQIRWPLAITLAIAWILVYFCIWKGVGWTGKVVYFSATYPYIMLIILFFRGVTLPGAKEGILFYITPNFRKLSDSEVWLDAATQIFFSYGLGL 300
PathogenicSAV:                                                                      S      H          V        R   
BenignSAV:                                                                  S                                      
gnomAD_SAV:     E   N    C        ##                  A V   C          C  M                #  C   M        C       
Conservation:  6267536916635653565669489977999774997688899558994863797598759889168639958848178129566677777676677999
STMI:                     MMMMMMMMMMMMMMMMMMM        MMMMMMMMMMMMMMMMMM                                   MMMMMMMMM
SS_PSIPRED:               HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH       HHHH   HHHHHHHHHHHH      HHHHHHHH    HHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:               HHHHHHHHHHHHHHHHHHH        EEEEE    HHHHHHHHH        H EEHEHE   HHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:               HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH      EEEEEEEHHHHHHHHHHHHH      HHHHHHHEE          HHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       
METAL:                                                                                                       S     

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            GSLIALGSYNSFHNNVYRDSIIVCCINSCTSMFAGFVIFSIVGFMAHVTKRSIADVAASGPGLAFLAYPEAVTQLPISPLWAILFFSMLLMLGIDSQFCT 400
PathogenicSAV:       R               I          P       M              V    R   V                          S       
BenignSAV:                                      S                                                                  
gnomAD_SAV:             S#   D     VMI    L   I T  I   V    SR  N  TV                    M V                       
Conservation:  7686679566273977967567774778367599959777669785568464626784775665685765586556355377597767666996759766
STMI:          MMMMMMMMM           MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM                                MMMMMMMMMMMMMMMMMMMM      
SS_PSIPRED:    HHHHHHH         HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHH    EEE  HHHHH    HHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHH        HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHH    EEEEE HHHHH     HHHHHHHHHHHHH     HHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHH       HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHH   EEEEE HHHHHH    HHHHHHHHHHHHHH       H
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       
METAL:                                   N                                                                L  DS    

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            VEGFITALVDEYPRLLRNRRELFIAAVCIISYLIGLSNITQGGIYVFKLFDYYSASGMSLLFLVFFECVSISWFYGVNRFYDNIQEMVGSRPCIWWKLCW 500
PathogenicSAV:                                                        R  R                           T             
BenignSAV:                   I                                                                                     
gnomAD_SAV:        V   MN*   IFCKC      T  V    M       R     R                     CV    S SQ F S             N   
Conservation:  6666565636669128613565665249376535845655699798987989997996579797979656669599654951665696956661785299
STMI:                               MMMMMMMMMMMMMMMMMMM                MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM                    MMM
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHH HHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHH     HHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHH HHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHH    EEEEEEEE      HHHHHHHHHHHHHHHHH H HHHHHHHHHHHH     HHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHH     HHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            SFFTPIIVAGVFIFSAVQMTPLTMGNYVFPKWGQGVGWLMALSSMVLIPGYMAYMFLTLKGSLKQRIQVMVQPSEDIVRPENGPEQPQAGSSTSKEAYI 599
PathogenicSAV:           L                                      R                                                 
BenignSAV:                         Q                                                        I    R                
gnomAD_SAV:     Y   V  V          M              V          FF    #  V  N       H  I GR#N  TIHS      A V R  T G CV
Conservation:  126882765888399755846646538468189854983975698377969437262222822243220422511000001212010000333113312
STMI:          MMMMMMMMMMMMMMMMM                  MMMMMMMMMMMMMMMMMMM                                             
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHH             HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHHH                             
SS_SPIDER3:    H HHHHHHHHHHHHHH          E   HHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHH     HHHHHHHH                             
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHH                HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHHH                             
DO_DISOPRED3:                                                                                DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:                                                                                DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                                                                                D DDDDDDDDDDDDD       
MOTIF:                                                                                                         AYI
MODRES_P:                                                                                                S