P34896  GLYC_HUMAN

Gene name: SHMT1   Description: Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic

Length: 483    GTS: 2.331e-06   GTS percentile: 0.761     


gnomAD     SWISS-MODEL     InterPro     ProViz     PDB    


      BenignSAV: 6      gnomAD_SAV: 265      SnvSAV


                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            MTMPVNGAHKDADLWSSHDKMLAQPLKDSDVEVYNIIKKESNRQRVGLELIASENFASRAVLEALGSCLNNKYSEGYPGQRYYGGTEFIDELETLCQKRA 100
BenignSAV:     #                                                                                                   
gnomAD_SAV:    KAVR SE    T  * PRERVP     VR     D VR KNDQ        DL S T G      S W  DR  A  LD K F RSK T *     L * 
Conservation:  1111110010001020010011022410061432033126205600243433445341243355464242455444263255445243562481673297
SS_PSIPRED:                   HHHHHHHH  HHHH HHHHHHHHHHHHHHHH            HHHHHHH  HHH                HHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:               HHHHHHHHHHHH  HHH  HHHHHHHHHHHHHHH   EEEE      HHHHHH                     HHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:                   HHHHHHHH       HHHHHHHHHHHHHHHH    EEEHHHHHHHHHHHH                     HHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                                                                                
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDD                                                                                      
DO_IUPRED2A:   DDD                                                                                                 

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            LQAYKLDPQCWGVNVQPYSGSPANFAVYTALVEPHGRIMGLDLPDGGHLTHGFMTDKKKISATSIFFESMPYKVNPDTGYINYDQLEENARLFHPKLIIA 200
gnomAD_SAV:      T N  S W* F IR  T F##    CA QM  R HV#V Y LV D  A  L  EQ     #  I  F#   A   A H S     DSTHF  LTP  T
Conservation:  5347253211886875626763582444256517365466634446654468533214445136337342473521034234431421121132332234
SS_PSIPRED:    HHH    HHH  EE       HHHHHHHHHH     EEEEE                    EEE                  HHHHHHHHHHH   EEEE
SS_SPIDER3:    HHH    HHHH          HHHHHHHHH      EEEE            EE    E EEEEEEEEEEEEEE      E HHHHHHHHHHH   EEEE
SS_PSSPRED:    HHHH                 HHHHHHHHHH                            EEEEEEE                HHHHHHHHHHH   EEEE
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            GTSCYSRNLEYARLRKIADENGAYLMADMAHISGLVAAGVVPSPFEHCHVVTTTTHKTLRGCRAGMIFYRKGVKSVDPKTGKEILYNLESLINSAVFPGL 300
BenignSAV:                 W  R                                                                                    
gnomAD_SAV:    R    P*Y   SQ WRT  DKRV   V R   R   V  ML   #*Q  A     Q   *  Q  V  C E  TNM  TN     D  D#FTI V   VV
Conservation:  4143345224412341452323637436475437555432244652444446666563766354436534333222313352321634623342547633
SS_PSIPRED:              HHHHHHHHHH   EEEEE   HHHHHH            EEE           EEEEEEE                 HHHHHHHHH    
SS_SPIDER3:            H HHHHHHHHHH   EEEEHHHHHHHHHH            EE            EEEEEEEE  E E      EE   HHHHHHHH     
SS_PSSPRED:       HHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHH          EEE             EEEEEE             HHHHHHHHHHHH     
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            QGGPHNHAIAGVAVALKQAMTLEFKVYQHQVVANCRALSEALTELGYKIVTGGSDNHLILVDLRSKGTDGGRAEKVLEACSIACNKNTCPGDRSALRPSG 400
BenignSAV:                                            Q                                                            
gnomAD_SAV:     RRSR  #VGRI M  M  VAV      #K#M      FV  SQ   RTIID   K    G  H T  E E  D M     VV  R I*# N NTVQ R 
Conservation:  5886536265636226234023162152034316333541252114313463435265443452314336133532541235326643344223321547
SS_PSIPRED:         HHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   EE        EEEEE       HHHHHHHHHH  EE                 
SS_SPIDER3:       HHHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   EEEE     EEEEEE        HHHHHHHHH   E E E             
SS_PSSPRED:        HHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH  EEEE     EEEEEE       HHHHHHHHHHHHHHH                
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                 DDD  D

                       10        20        30        40        50        60        70        80   
AA:            LRLGTPALTSRGLLEKDFQKVAHFIHRGIELTLQIQSDTGVRATLKEFKERLAGDKYQAAVQALREEVESFASLFPLPGLPDF 483
BenignSAV:                                                                              F         
gnomAD_SAV:     Q  I  PM #    NG RR  Q  # E    P    #I   G  R  NG    HN*LVTM   Q G  R TFFVR       
Conservation:  45454873867350513511440442231042313410001111423512051121200021233026313310542341111
SS_PSIPRED:    EEE    HHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHH          
SS_SPIDER3:          H       HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHHHHHHHHH          
SS_PSSPRED:                  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHH         
DO_DISOPRED3:                                                                                     
DO_SPOTD:                                                                                         
DO_IUPRED2A: