Q14683  SMC1A_HUMAN

Gene name: SMC1A   Description: Structural maintenance of chromosomes protein 1A

Length: 1233    GTS: 1.474e-07   GTS percentile: 0.002     


gnomAD     SWISS-MODEL     InterPro     ProViz     PDB    


PathogenicSAV: 51      BenignSAV: 6      gnomAD_SAV: 100      SnvSAV


                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            MGFLKLIEIENFKSYKGRQIIGPFQRFTAIIGPNGSGKSNLMDAISFVLGEKTSNLRVKTLRDLIHGAPVGKPAANRAFVSMVYSEEGAEDRTFARVIVG 100
PathogenicSAV:                                     V   F V                                                    P    
BenignSAV:                                P                                                                        
gnomAD_SAV:                                      D                                        S             D     H    
Conservation:  5202213133454333512244442252532232325444423623544444222447323245435435325141261512250132215216151414
SS_PSIPRED:       EEEEEEE        EEE       EEE      HHHHHHHHHHHH   HHHH    HHHHHH          EEEEEEEEE    EEEEEEEEEE 
SS_SPIDER3:       E EEEEE       EEEE       EEE      HHHHHHHHHHHH    HH  HHHHHHHHH          EEEEEEEEE    EEEEEEEEEE 
SS_PSSPRED:       EEEEEEE         EE      EEEE      HHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHHHHH          EEEEEEEEE     EEEEEEEEE 
DO_DISOPRED3:  D                                                                                                   
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       
NP_BIND:                                      GPNGSGKS                                                             

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            GSSEYKINNKVVQLHEYSEELEKLGILIKARNFLVFQGAVESIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDKRKKEMVKAEEDTQFNYHRKKNIAAERKEAK 200
PathogenicSAV:    G                            V       K                                                      #    
BenignSAV:                            F                                                                            
gnomAD_SAV:         R    A            S    R H                     V           V      R                            
Conservation:  1243413421153320721363344422453353465535524545355665355615427144215812553152383566592755863453635342
SS_PSIPRED:      EEEEE  EEEEHHHHHHHHHH         EEEE HHHHHHH   HHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:      EEEEE  EEE HHHHHHHHHH       EEEEE   HHHHHH   HHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:      EEEEE  EEE HHHHHHHHHHH   HHHHEEEEEHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                               D                                         D  D  DDD DD 
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                       DDDDD D   DDD     DDDDDDDDDDDDDD

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            QEKEEADRYQRLKDEVVRAQVQLQLFKLYHNEVEIEKLNKELASKNKEIEKDKKRMDKVEDELKEKKKELGKMMREQQQIEKEIKEKDSELNQKRPQYIK 300
PathogenicSAV:        G                                                                                            
BenignSAV:                                                           H                                             
gnomAD_SAV:                     W           R        SE       Q   E  C            E      W                         
Conservation:  1531674476182234001224428338746511411310161023013200410200072135218522823272361347433114115431432675
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:  DD                                         DDDDDD DDDDDD DDD D  DD         DD DD          D    D D D
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDD D                             DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            AKENTSHKIKKLEAAKKSLQNAQKHYKKRKGDMDELEKEMLSVEKARQEFEERMEEESQSQGRDLTLEENQVKKYHRLKEEASKRAATLAQELEKFNRDQ 400
PathogenicSAV:                                                                                                  #  
gnomAD_SAV:                                          K    Q S R    W                S      Q        G              
Conservation:  4753547214634122123231340111342322422053035214430564323330102212338322842272285414343463216314542442
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH       HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:    DDD DDDDDDDDDDDDD DDDDDD DD  D                DDDDD  DDDDDDDDDDDDDDDD                             
DO_SPOTD:                                                               DDDDDD                                     
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
MODRES_P:                                                               S S                                        

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            KADQDRLDLEERKKVETEAKIKQKLREIEENQKRIEKLEEYITTSKQSLEEQKKLEGELTEEVEMAKRRIDEINKELNQVMEQLGDARIDRQESSRQQRK 500
PathogenicSAV:                       K   K                                                                RA  #    
gnomAD_SAV:                             Q        V        A                    I  #HV   S                          
Conservation:  4430353252256216242144310135541124346634621251145242112420711332031062145415720211444593451473455245
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:              D  DDDDDDDDDDDDD DDD DD     D  DD DDD DDDDDDDDD  D  DD                   DDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDDDDD     DDDDD DD          D         DDDDDDDDDDDDDDD   D                 DDDDDDDDDDDDDDDDD

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            AEIMESIKRLYPGSVYGRLIDLCQPTQKKYQIAVTKVLGKNMDAIIVDSEKTGRDCIQYIKEQRGEPETFLPLDYLEVKPTDEKLRELKGAKLVIDVIRY 600
PathogenicSAV:  K                                                                                  P               
gnomAD_SAV:                     C          R                                    D           L            P         
Conservation:  2723425344472245977258559668675666666643552886846345734860448246266649855867262644638644363452486632
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHH       HHHH     HHHHHHHHHHHH     EEEE  HHHHHHHHHHHHHH         HHH       HHH      EEEEEE   
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHH      EEEHHH     HHHHHHHHHHH      EEEE  HHHHHHHHHHHHH      EE  HHH       HHHH    EEEEEEEEE 
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHH        HHHH     HHHHHHHHHHHHHH   EEEE  HHHHHHHHHHHHHH                   HHHH     EEEEEEEEE
DO_DISOPRED3:   DD                                                                                                 
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                            DD                                         

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            EPPHIKKALQYACGNALVCDNVEDARRIAFGGHQRHKTVALDGTLFQKSGVISGGASDLKAKARRWDEKAVDKLKEKKERLTEELKEQMKAKRKEAELRQ 700
PathogenicSAV:            T                                          E                                     #       
BenignSAV:                                                                                    H                    
gnomAD_SAV:                   G          H     Y                                      E       H   D    I           
Conservation:  1222545754747554658564475514752421824574657648146948877543730562284544400541241142154425361267726944
SS_PSIPRED:      HHHHHHHHHHH  EEEE  HHHHHHHH      EEEEE   EEE                     HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:      HHHHHHHHHHH   EEE  HHHHHHHH       EEEEE  EEE    EEE              HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:      HHHHHHHHHHHH EEE   HHHHHHHHH    EEEEEE   EEEEE                   HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                       D   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                        D      DD   DDDDDDDDD DDDDDDDDD
MODRES_A:                                                     K                                                    

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            VQSQAHGLQMRLKYSQSDLEQTKTRHLALNLQEKSKLESELANFGPRINDIKRIIQSREREMKDLKEKMNQVEDEVFEEFCREIGVRNIREFEEEKVKRQ 800
PathogenicSAV:           #                                                              Y EL   F  T     #          
gnomAD_SAV:                          R            R           V                                 Q  D               
Conservation:  4145349225747752365504245162121152643364428322320341113003112421341234325506712782389525863671334525
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:  DDDDD D                      D DDDDDDDDDD DD  D                       DDDDBDDDDDDD                  
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:   DDD        DDDDD        DD   D         D                  DDDDDDDDDDD                           D   
MODRES_A:                  K                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            NEIAKKRLEFENQKTRLGIQLDFEKNQLKEDQDKVHMWEQTVKKDENEIEKLKKEEQRHMKIIDETMAQLQDLKNQHLAKKSEVNDKNHEMEEIRKKLGG 900
PathogenicSAV:       H        #                                                                              G     
BenignSAV:                       S                                                                                 
gnomAD_SAV:                                      LQ#   R #                V T            S   TR L                  
Conservation:  3625245444434133724558631233251111200431230322103103252711260053512122224430111232140113123530231311
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:    DDDDDDD  D D                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:     DDDD D            DD           DDDDDDDDD   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            ANKEMTHLQKEVTAIETKLEQKRSDRHNLLQACKMQDIKLPLSKGTMDDISQEEGSSQGEDSVSGSQRISSIYAREALIEIDYGDLCEDLKDAQAEEEIK 1000
gnomAD_SAV:                                  RS                 T     I  R  L       T  C          S        S       
Conservation:  1253112274522135424843441588497267534426052192655634251211151212111141144458314247740601233020142632
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                HH              HHHHHHHHHHHH        HHHHHH  HHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH             HHH                 HHHHHHHH      H    HHHH    HHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                                HHHHHHHHHH    H H HHHHHHH  HHHHH
DO_DISOPRED3:                                           DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD DDD    
DO_SPOTD:                             DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                            
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD         DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                          DD DDDD
MODRES_P:                                                              S    S   S   S                              

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            QEMNTLQQKLNEQQSVLQRIAAPNMKAMEKLESVRDKFQETSDEFEAARKRAKKAKQAFEQIKKERFDRFNACFESVATNIDEIYKALSRNSSAQAFLGP 1100
PathogenicSAV:                        Y                        Q                #                  C               
gnomAD_SAV:                               V                             T   M    #   SG          KT                
Conservation:  0230051212010302501315765671445114335543215464343215413223612443463238317554333255167726646169772525
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH           
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHH        HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH      EE  E
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH          
DO_DISOPRED3:                                                                                                   D  
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDD DDD DDDDDD        DDDD D  D  DDDDDDD DD                                            DD DD
MODRES_A:                                          K                                                               

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            ENPEEPYLDGINYNCVAPGKRFRPMDNLSGGEKTVAALALLFAIHSYKPAPFFVLDEIDAALDNTNIGKVANYIKEQSTCNFQAIVISLKEEFYTKAESL 1200
PathogenicSAV:              K       LW V                            D           T                   A   E  C       
gnomAD_SAV:     D                                                   I                      R  S              I     
Conservation:  3345565738434362366553334523544343354655457434237264354453424453334257323242230111522224342232343325
SS_PSIPRED:              EEEEEE        HHH  HHHHHHHHHHHHHHHHH     EEEHHHH HHH   HHHHHHHHHHHH     EEEEEE  HHHHHHHHHE
SS_SPIDER3:          HH  EEEEEE        HHH   HHHHHHHHHHHHHHHH     EEEEE HHH   H HHHHHHHHHHHH     EEEEEE  HHHHHH HEE
SS_PSSPRED:               EEEE               HHHHHHHHHHHHHHHH      EEE  HHHHH H HHHHHHHHHHHH     EEEEEE  HHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:   D DDD D            DDDDDDDDDDDDD                                                                   
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30   
AA:            IGVYPEQGDCVISKVLTFDLTKYPDANPNPNEQ 1233
BenignSAV:                                L     
gnomAD_SAV:       F                     G L  S  
Conservation:  354331012011312131222023111111010
SS_PSIPRED:    EEEE     EEEEEEEEEE              
SS_SPIDER3:    EEEEEE   EEEEEEEEEE              
SS_PSSPRED:    E         EEEEEEEEE              
DO_DISOPRED3:                        DDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:                              DDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                             DDDDDDD