Q15431  SYCP1_HUMAN

Gene name: SYCP1   Description: Synaptonemal complex protein 1

Length: 976    GTS: 4.105e-07   GTS percentile: 0.025     


gnomAD     SWISS-MODEL     InterPro     ProViz     PDB    


      BenignSAV: 4      gnomAD_SAV: 337      SnvSAV


                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            MEKQKPFALFVPPRSSSSQVSAVKPQTLGGDSTFFKSFNKCTEDDFEFPFAKTNLSKNGENIDSDPALQKVNFLPVLEQVGNSDCHYQEGLKDSDLENSE 100
BenignSAV:                                                                                  D        C             
gnomAD_SAV:         L       K N N  P        D#  Y    S      L  R V SKF    K     TVS         K F S    C K   Y       
Conservation:  6111323262353212123222323211000011122443313231125321122211231112411322243211111111111111625131212212
SS_PSIPRED:            EE                      HHHHHH                           HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:           EEE         E  E          HH H                            HHHHH    HHHHH H  HHHHHHH HHHHHHHHH
SS_PSSPRED:           EEE                                                       HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:  DDD             DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD     DDDDDDDDD     
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                      DDDDD                                D DDDD                         DDDDD        

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            GLSRVYSKLYKEAEKIKKWKVSTEAELRQKESKLQENRKIIEAQRKAIQELQFGNEKVSLKLEEGIQENKDLIKENNATRHLCNLLKETCARSAEKTKKY 200
BenignSAV:                                                                                   I                     
gnomAD_SAV:    R   A  R   A     I   IA T   RT RE   SG      Q T                     SE     Y  I           T  V  A   
Conservation:  1122444486494566508822343731446334344333553544675688537746547864252643552332345534644655452433553226
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                                        DD  D  DD                     
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDD  D   D   D                                                                         
DO_IUPRED2A:                                                                         D                         DDD 
MOTIF:         GLSRVYSKLYK     KKWK                                                                                

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            EYEREETRQVYMDLNNNIEKMITAFEELRVQAENSRLEMHFKLKEDYEKIQHLEQEYKKEINDKEKQVSLLLIQITEKENKMKDLTFLLEESRDKVNQLE 300
gnomAD_SAV:     DGQ    R  LH  S       D G            IL    G   N                   T      N       V*   V       YEF 
Conservation:  6196566333222433143353157527424452252621565541132221452122241115435322411321344113323111524321021162
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                               DDDDDDDDDDD                        D  D   D            
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                     DD

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            EKTKLQSENLKQSIEKQHHLTKELEDIKVSLQRSVSTQKALEEDLQIATKTICQLTEEKETQMEESNKARAAHSFVVTEFETTVCSLEELLRTEQQRLEK 400
gnomAD_SAV:          N    H V  EY               I T R  S      VAE VW  S  #     D  Q   VYL LL D   ALW   Q    K      
Conservation:  4122230514323211330513482134122221311121322163121222032322542244432224113411223241331164135125235233
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:  DDD            D         D   D  DD  DDDD                  D DDDDDD  D                               
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:   DDD   DDDDDDD  D                                       DDDDDDDDDDDDDD   D                           

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            NEDQLKILTMELQKKSSELEEMTKLTNNKEVELEELKKVLGEKETLLYENKQFEKIAEELKGTEQELIGLLQAREKEVHDLEIQLTAITTSEQYYSKEVK 500
gnomAD_SAV:      V   V   K                       K    W   AI   G   Y N   K Q A         DKKE  R   T   T II   C   QI 
Conservation:  1422411221472232135422121312230353152125121402214510332224232112234211311361341234135212124411312321
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                       D            DD           DDDDDD  D          D                                 
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                    DDDDDDDDDDD                                                     DD               DD

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            DLKTELENEKLKNTELTSHCNKLSLENKELTQETSDMTLELKNQQEDINNNKKQEERMLKQIENLQETETQLRNELEYVREELKQKRDEVKCKLDKSEEN 600
gnomAD_SAV:    G       K   D    LN   F R    F#R  N #  QFE  R H H       K      Y P   N   KQ G     V    #  Q     N  D
Conservation:  1621341342133136212232522562121432111213242233122113222212222322542230164245113222322313423123231341
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:             D  D   DD        DD  D       D                                                           
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:       DDDDDDDDDDD DDD  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD   DDDD DDDD          D          

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            CNNLRKQVENKNKYIEELQQENKALKKKGTAESKQLNVYEIKVNKLELELESAKQKFGEITDTYQKEIEDKKISEENLLEEVEKAKVIADEAVKLQKEID 700
gnomAD_SAV:     DY    I   # HT K      S   IDI  NNRPDICKM F   G G  GSQ    #T N   E TK #N    S    #     V  A  E    TH
Conservation:  2134444262514114423354315565232623422145125226327221121222511112233341411132261253333312415521164537
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:    DDDDDD    DD     DD DDDDDDDDD                                                                      
MOTIF:                                                                                       LEEV                  

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            KRCQHKIAEMVALMEKHKHQYDKIIEERDSELGLYKSKEQEQSSLRASLEIELSNLKAELLSVKKQLEIEREEKEKLKREAKENTATLKEKKDKKTQTFL 800
gnomAD_SAV:    M      V I G    Y       V       R         #    P D# PFSF TAVS ARQLR K IDG      V         K  GE    Y 
Conservation:  2566455455434456571565445355436520141542422301126413531141530144356312114452412311121011212112323200
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HH H HHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                          DDDDDDDDDDD                                              DDD
DO_SPOTD:                                 DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                                      DD                                  DDDDDDDDDDDDDDDDDDD DDDD     

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            LETPEIYWKLDSKAVPSQTVSRNFTSVDHGISKDKRDYLWTSAKNTLSTPLPKAYTVKTPTKPKLQQRENLNIPIEESKKKRKMAFEFDINSDSSETTDL 900
BenignSAV:         D                                                                                               
gnomAD_SAV:     K SK#CR #V   D   A# Q    I   VY H  EC        F AL S       S      R    KTL  Q        VA G S         
Conservation:  1423201110112112201010101210010111131112100121122412624234684001201032232113321772313324312565751164
SS_PSIPRED:    HH HHHHHHHHH     HHH   HHHHHHH  HHHHHH                        HHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHH       HHHHHH
SS_SPIDER3:          HH                                                                  HHHHHHHHHHHHH       HHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHH                             HHH                  HHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHH      HHHHHH
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                     DDDDDDDDD                      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                     D 
MOTIF:                                                                                        KKRK                 

                       10        20        30        40        50        60        70      
AA:            LSMVSEEETLKTLYRNNNPPASHLCVKTPKKAPSSLTTPGSTLKFGAIRKMREDRWAVIAKMDRKKKLKEAEKLFV 976
gnomAD_SAV:     NI         #  I HQ     Y   #Q S  F    V #R  A VK  Q NH      T K  # **V   I 
Conservation:  4334323211322222214224342201325221102433212623326333444852532144545252334482
SS_PSIPRED:    HHHH HHHHHHHHHH     HHH                     HHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHH  
SS_SPIDER3:    HH    HHHHHHH                               HHHHHHHHH  HHHHH   HHHHHHHHHH   
SS_PSSPRED:    HHH  HHHHHHHHHHH                            HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH  
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                        D   DD D D 
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD  D                 DDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:   DD       DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD