Q92902  HPS1_HUMAN

Gene name: HPS1   Description: Hermansky-Pudlak syndrome 1 protein

Length: 700    GTS: 2.418e-06   GTS percentile: 0.785     


gnomAD     SWISS-MODEL     InterPro     ProViz     PDB    


PathogenicSAV: 6      BenignSAV: 18      gnomAD_SAV: 411      SnvSAV


                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            MKCVLVATEGAEVLFYWTDQEFEESLRLKFGQSENEEEELPALEDQLSTLLAPVIISSMTMLEKLSDTYTCFSTENGNFLYVLHLFGECLFIAINGDHTE 100
BenignSAV:        A    D                 Q                                                                        D
gnomAD_SAV:     R IFMVPDDT I S G N#   DG WPN R     K K R VGG    I  S     LM      GI N   M      C  #R  GY  VT S  RSK
Conservation:  5253333312534563436023011311222021021233532581678579945584265335316366583342313346633445585665596315
SS_PSIPRED:     EEEEEE     EEEEE  HHHHHHHHHHH            HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   EEEEEE    EEEEEEE   EEEEEE      
SS_SPIDER3:      EEEEEE    EEEEE  HHHHHHHHHHH              HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH     EEEEE    EEEEEEEE  EEEEEEE     
SS_PSSPRED:      EEEEE    EEEEEE  HHHHHHHHHHH           HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    EEEEE    EEEEEE    EEEEEEE     
DO_DISOPRED3:                                   DDDDDDDDD                                                          
DO_SPOTD:                                      DDDDDD                                                              
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            SEGDLRRKLYVLKYLFEVHFGLVTVDGHLIRKELRPPDLAQRVQLWEHFQSLLWTYSRLREQEQCFAVEALERLIHPQLCELCIEALERHVIQAVNTSPE 200
PathogenicSAV:                                                                        G                            
BenignSAV:                                                                W                         V              
gnomAD_SAV:    R*EH GQNP#     L      M   S  T*TK #    VEH               H WKR R  TM  P *V     R  Y DV  W ITPPI I  K
Conservation:  2544864343745252533474544642634556652433380148115447508522633268465785445534526654657386324642473322
SS_PSIPRED:     HHHHHHHHHHHHHHHHHHH  HH  HHHHH       HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    
SS_SPIDER3:     HHHHHHHHHHHHHHHHHHH      HHHHH       HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   H
SS_PSSPRED:     HHHHHHHHHHHHHHHHHHH      HHHHHH      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                 DD D  

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            RGGEEALHAFLLVHSKLLAFYSSHSASSLRPADLLALILLVQDLYPSESTAEDDIQPSPRRARSSQNIPVQQAWSPHSTGPTGGSSAETETDSFSLPEEY 300
PathogenicSAV:                                       P                                                             
BenignSAV:                               #                                Q                      #                 
gnomAD_SAV:    WR KG  R    MY N  T   NQ  #  LLV#  P  FV RNP L K    EN# A LW  Q N  V LRR GIL  AD #R NC  M  G LF   D 
Conservation:  5333662856343435375756653482514466637565675346200114212510223213411242111110031002213223231330312536
SS_PSIPRED:         HHHHHHEE HHHHHHH         HHHHHHHHHHHHHH                                                        
SS_SPIDER3:        HEEEEEEEEE EEEEEE         HHHHHHHHHHHHHH                          H                           EE
SS_PSSPRED:        HHHHHHHHHHHHHHHHH         HHHHHHHHHHHHHH                                                        
DO_DISOPRED3:                                                  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:                                                     DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                                                   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            FTPAPSPGDQSSGSTIWLEGGTPPMDALQIAEDTLQTLVPHCPVPSGPRRIFLDANVKESYCPLVPHTMYCLPLWQGINLVLLTRSPSAPLALVLSQLMD 400
PathogenicSAV:                                                                  T                                  
BenignSAV:                      V                                                                                  
gnomAD_SAV:    YIQ  F#DN*G DGNV V VD SSVE     K  V       #   V K    E TMMG  F#  T#ATC  H #P          S VL        T 
Conservation:  5693297211213211102211122422445762322412014233263868942215512544499547534888653686866252225612431576
SS_PSIPRED:                   EE         HHHHHHHHHHHH            EEEE             EEEEEE    EEEEEEEE   HHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    E                        HHHHHHHHHHHH            EEEEE             EEEEEEE   EEEEEEEE    HHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:                              HHHHHHHHHHHH           EEEE             EEEEEEE    EEEEEEEE     HHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD   DDDDDDDDDDDDDDDD                                                       
DO_SPOTD:        DDDDDDDDDDDDDD          DD D                                                                      
DO_IUPRED2A:   DDDDDDD   DDDDDDDDD       DDDDD D     DDD        D                                                  

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            GFSMLEKKLKEGPEPGASLRSQPLVGDLRQRMDKFVKNRGAQEIQSTWLEFKAKAFSKSEPGSSWELLQACGKLKRQLCAIYRLNFLTTAPSRGGPHLPQ 500
PathogenicSAV:                                                R                                                    
BenignSAV:                                                                         R          T          R         
gnomAD_SAV:    V PV      ARL  R#F ##RL #  QH KL#       #RD  N     # E#   R SRY     RVR    Q   TT W    I DS  A   VS 
Conservation:  3521575371732421222842423164725556646143124552482679464537352431035420321342556336531521211011121952
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHH            HHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH              H
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHH             HHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHH      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH              H
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHH            HHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH              
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                   D D                                                                                    
DO_IUPRED2A:        D   D  DDDDDDDDDDDD                                                                      D DDDD

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            HLQDQVQRLMREKLTDWKDFLLVKSRRNITMVSYLEDFPGLVHFIYVDRTTGQMVAPSLNCSQKTSSELGKGPLAAFVKTKVWSLIQLARRYLQKGYTTL 600
PathogenicSAV:                                            L                                                        
gnomAD_SAV:      *H*E SH Q   M       LE    V         #SS  LV   H S  #LV     NRN #LQFD VL  T   I ICF  *PVHKCR  V AM 
Conservation:  0452345123443614856666566386373545646998869854489429555985530121125988463651657294825522362485895555
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHH   HHHHHH         HHHHHH    EEEEEEE     EEE                HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   EEE
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHH  HHHHEEEEE      HHHHHH    EEEEEEE    EEE                 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   EEE
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH       HHHHHH    EEEEEEE     EE                  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH  EEE
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:   DDD                                                                                                 

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            LFQEGDFYCSYFLWFENDMGYKLQMIEVPVLSDDSVPIGMLGGDYYRKLLRYYSKNRPTEAVRCYELLALHLSVIPTDLLVQQAGQLARRLWEASRIPLL 700
PathogenicSAV:                                                                    P                                
BenignSAV:       R                          I                                                                      
gnomAD_SAV:    P R#A         LK   R  F     SI AN    VS   E CC NPP# CN  HL#K  M  K         LS     L SR  WHH  VFG T  
Conservation:  5267995355697866452626832253925445326485750456456454544242261346257444976646141355542264225332532332
SS_PSIPRED:    EEE    EEEEEEEEE     EEEE                 HHHHHHHHHHH        EEEEEEEHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHH      
SS_SPIDER3:    EEE    EEEEEEEEE     EEEE                  HHHHHHHHHH      HH  EEHEEHEEH    HHHHHHHHHHHHHHHHHHH     
SS_PSSPRED:    EEE   EEEEEEEEEE      EEEE                 HHHHHHHHHHH       HHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHHH     
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                        DD
DO_IUPRED2A:                                                                                                       
MOTIF:                                                                                                          PLL