Q96PV0  SYGP1_HUMAN

Gene name: SYNGAP1   Description: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP

Length: 1343    GTS: 6.274e-07   GTS percentile: 0.079     


gnomAD     SWISS-MODEL     InterPro     ProViz     PDB    


PathogenicSAV: 24      BenignSAV: 46      gnomAD_SAV: 355      SnvSAV


                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            MSRSRASIHRGSIPAMSYAPFRDVRGPSMHRTQYVHSPYDRPGWNPRFCIISGNQLLMLDEDEIHPLLIRDRRSESSRNKLLRRTVSVPVEGRPHGEHEY 100
BenignSAV:     I                                             Q                                           G         
gnomAD_SAV:     N            T  C      QV    Q   IYYL  H                T         Q     R CN  R         M   S      
Conservation:  3333333333333333333333333333333333333331332333212202424225455434374622335222322334333363533333103323
SS_PSIPRED:                        HHH                         EEEE  EEEE                 HHHHHHHH                 
SS_SPIDER3:                     E                         E HH EEEE  EEEE        HHH       HHHHH   E EE            
SS_PSSPRED:                                                    EEEE  EEE                    HHHHH                  
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                            DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDD                                                       DDDDDDDDDDD            DDDDDDD
DO_IUPRED2A:   DDDDDDD  D        DDDDDD  DDDDDDDDDDD                              DDDD DDDD DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
MODRES_P:                                       Y    Y                                                             

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            HLGRSRRKSVPGGKQYSMEGAPAAPFRPSQGFLSRRLKSSIKRTKSQPKLDRTSSFRQILPRFRSADHDRARLMQSFKESHSHESLLSPSSAAEALELNL 200
PathogenicSAV:                                                              C       Q                        P     
gnomAD_SAV:     V HL  R   A    R D    VS QTL   M QQ               W    C         N   VW V   R                      
Conservation:  3336264542544652753246235243235342436334236333252343335332255433334234235332343654343533423433343323
SS_PSIPRED:                                      HHHHH                 HH          HHHHHHHHH           HHH   HH    
SS_SPIDER3:                                                            H           HHHHHHHHH      HHH       EEEEEE 
SS_PSSPRED:                                      HHH                              HHHHHH                HHHHHHHHH  
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD     D               
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                          
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD   DD      DDD   DDDDDDD DDDD      DD        DDDDDDD DDDD DD               
MODRES_P:                      S                                                                                   

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            DEDSIIKPVHSSILGQEFCFEVTTSSGTKCFACRSAAERDKWIENLQRAVKPNKDNSRRVDNVLKLWIIEARELPPKKRYYCELCLDDMLYARTTSKPRS 300
PathogenicSAV:                                                                                  R          P       
BenignSAV:     E                                  V                                                                
gnomAD_SAV:    E       A                 R      QCV           Q    I    H          T  QD  AQ #   A         C    SH 
Conservation:  2343354545566576579959562766777559444564456555464426556557976667997697565675676657996777599999959374
SS_PSIPRED:        EEEE          EEEEEE     EEE   HHHHHHHHHHHHHHH            EEEEEEEE          EEEEE   EEE         
SS_SPIDER3:        EEEE   HH   EEEEEEEE     EEE   HHHHHHHHHHHHHHH            EEEEEEEEE         EEEEEE  EEEEEEE     
SS_PSSPRED:        EEE           EEEEEE           HHHHHHHHHHHHHHH            EEEEEEE                               
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                  DD   DDD                                             

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            ASGDTVFWGEHFEFNNLPAVRALRLHLYRDSDKKRKKDKAGYVGLVTVPVATLAGRHFTEQWYPVTLPTGSGGSGGMGSGGGGGSGGGSGGKGKGGCPAV 400
PathogenicSAV:        R                  P                                  R                                      
BenignSAV:                                                        N   C                            W               
gnomAD_SAV:      E A               H             C      CI   #    N   H        L   R   VP  I L A W # V   V      L L
Conservation:  3337699999999967994663665767665799666664575967667655455967397967634433333333333344444537342446446745
SS_PSIPRED:             EEEEE       EEEEEEEE             EEEEEEEHHH         EEE                                  EE
SS_SPIDER3:           EEEEE E       EEEEEEEE       E E   EEEEEEEHHH      E EEEE                                  EE
SS_PSSPRED:             EEEE     HHHHHEEEEEE             EEEEEEEHHH         EEE                                    
DO_DISOPRED3:                                                                        DDDDDDDDDDDDDDDDDDDD          
DO_SPOTD:                                                                            DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD      
DO_IUPRED2A:                                                                           DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD     
MODRES_P:                                                                            S       S     S               

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            RLKARYQTMSILPMELYKEFAEYVTNHYRMLCAVLEPALNVKGKEEVASALVHILQSTGKAKDFLSDMAMSEVDRFMEREHLIFRENTLATKAIEEYMRL 500
PathogenicSAV:  R                                                                 K                                
BenignSAV:                                                                          L                              
gnomAD_SAV:    L   H                       W   V    #  A   D    V           #     T      Q#V WKY M #  M T   V   I  
Conservation:  9596979676999797999779669677447937997496795999795999999997975779979777597797357795779779999997997779
SS_PSIPRED:    EEEEEEEE EEE HHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHH  HHHHH   HHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    EEEEEEEEEEE  HHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHH     HHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHH      HEH    HHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    EEEEEEE  EE  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHHH HHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       
MODRES_P:                                                      S                S                                  

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            IGQKYLKDAIGEFIRALYESEENCEVDPIKCTASSLAEHQANLRMCCELALCKVVNSHCVFPRELKEVFASWRLRCAERGREDIADRLISASLFLRFLCP 600
PathogenicSAV:          SR                                P      P          L          #              H            
BenignSAV:                                         V    S                                C                         
gnomAD_SAV:      H          VH   K        L     PR T      Q      M    #   M       A      C T     NVT S   V    CC   
Conservation:  7756996747767667777979777779354546273669577777877667764774756776755576666375477999977657775777777679
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHH    EEE      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHH HHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    H HHHHHHHHHHHHHHHH      E       HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHH HHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHH             HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                         DDDDDDDDDDDDD                                                                
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            AIMSPSLFGLMQEYPDEQTSRTLTLIAKVIQNLANFSKFTSKEDFLGFMNEFLELEWGSMQQFLYEISNLDTLTNSSSFEGYIDLGRELSTLHALLWEVL 700
PathogenicSAV:                                          T                                                P         
BenignSAV:                         Q        V                                                                  R   
gnomAD_SAV:             V       K  Q        V  V S    S       Y         D I           M I                        M 
Conservation:  6779997766697793546577979977759679375775377646279997775773699699699995744666249999999999994996999795
SS_PSIPRED:    HH  HHHH         HHHHHHHHHHHHHHHHH       HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                HHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HH  HHH          HHHHHHHHHHHHHHHHH       HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                  HHHHHHHHHHHHHH 
SS_PSSPRED:    H                   HHHHHHHHHHHHHHH      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH                  HHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                                         DDDDD DDDD                   
DO_SPOTD:                                                                               DDDDDDDD                   
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            PQLSKEALLKLGPLPRLLNDISTALRNPNIQRQPSRQSERPRPQPVVLRGPSAEMQGYMMRDLNSSIDLQSFMARGLNSSMDMARLPSPTKEKPPPPPPG 800
PathogenicSAV:     N          Q                                                                                    
BenignSAV:                           I        K                Q                                        N          
gnomAD_SAV:    S  NQ T    D   #     GI     I    S C    S S   L W  L      V Q R    N    R QS S CV IGC S  N   L   L A
Conservation:  3679666546677697695566366969656554543256224461437225463832544558666733333333333333445596953426436462
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHH                          HHHHHHHHHHH      HHHH                           
SS_SPIDER3:        HHHH     HHHHHHHHHHHH                             HHHHHHHH      HHHHH                           
SS_PSSPRED:    HH  HHHHHH   HHHHHHHHHHHHH                             HHHHHHHH                                     
DO_DISOPRED3:                               DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:          DDDDDDDDD             DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                           DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD   DDDD                 DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
MOTIF:                                                                                             RLPSPTKEKPPPPPPG
MODRES_P:                                                         S             S             S                    

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            GGKDLFYVSRPPLARSSPAYCTSSSDITEPEQKMLSVNKSVSMLDLQGDGPGGRLNSSSVSNLAAVGDLLHSSQASLTAALGLRPAPAGRLSQGSGSSIT 900
PathogenicSAV:                                          Y                                                          
BenignSAV:                   H                                            I                                        
gnomAD_SAV:     S G  C  #    L         L     D      K             D   S N  L    LE      P    #   Q    G P     D CVM
Conservation:  3457453435564444244664654666676364334535766656655333333235956484535445443433433333364536462525555634
SS_PSIPRED:          EE                       HH       HHHHH                            HHHHHHHH                   
SS_SPIDER3:                                 HHH                           H        H    HHHHHHH                    
SS_PSSPRED:          E                                                                  HHHHHHH                    
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDD        DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD     DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
MOTIF:         GGKDLFYVSRPPLAR                                                                                     
MODRES_P:                            S S  T       S   S S                                 S               S  S  S  

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            AAGMRLSQMGVTTDGVPAQQLRIPLSFQNPLFHMAADGPGPPGGHGGGGGHGPPSSHHHHHHHHHHRGGEPPGDTFAPFHGYSKSEDLSSGVPKPPAASI 1000
BenignSAV:        VC                                      S    S    S                            N       R         
gnomAD_SAV:     T V   HL     S   L  Q     R            # ASLEA S  S  F  P  Y Y  RQ  Q    I           E   RIS       
Conservation:  5555633334353432344664497677674445525792233333332432333243342225555333233123453565669866442333623434
SS_PSIPRED:                     HHHH                                                                               
SS_SPIDER3:                     HHH          HHHH                                                                  
SS_PSSPRED:                                                                                                        
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD  D DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
MODRES_P:                                                                                          S               

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            LHSHSYSDEFGPSGTDFTRRQLSLQDNLQHMLSPPQITIGPQRPAPSGPGGGSGGGSGGGGGGQPPPLQRGKSQQLTVSAAQKPRPSSGNLLQSPEPSYG 1100
BenignSAV:                                             S   G        S   S      L                                   
gnomAD_SAV:    P G    N    P    ICQ     E    V    H  T  RKTG   S    A   SASCRS LLA           #T                  C 
Conservation:  2545534434354525535575534434435414774763715424134533333333333332332234755355563331626623345635336236
SS_PSIPRED:                    HHHHH  HH                                                                           
SS_SPIDER3:                    HHHHH  H                                                                            
SS_PSSPRED:                           HHHH                                                                         
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            PARPRQQSLSKEGSIGGSGGSGGGGGGGLKPSITKQHSQTPSTLNPTMPASERTVAWVSNMPHLSADIESAHIEREEYKLKEYSKSMDESRLDRVKEYEE 1200
PathogenicSAV:                                                                 L                                   
BenignSAV:                   T                                                                         D           
gnomAD_SAV:     TH W   V     T   R GS RR A     V   PY      S  V            V            DQ     R        #WR        
Conservation:  7331372421452213333333211123356212342624436543215234644445256556487673453566445956697667575677543543
SS_PSIPRED:          EEE                                        HHH HHHHHH    HHHHHHH    HHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:                                                     HHH HHHHHH               HHHHHHH   H   HHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:                                                          HHHH                HHHHHHHHHHH     H HHHHHHHH
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD     DDDDD DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD DDDDDDDDDDDDD DDDDDDDDDDDD
MODRES_P:                   S   S  S                                           S                                   

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            EIHSLKERLHMSNRKLEEYERRLLSQEEQTSKILMQYQARLEQSEKRLRQQQAEKDSQIKSIIGRLMLVEEELRRDHPAMAEPLPEPKKRLLDAQERQLP 1300
BenignSAV:               K S                                                             L       L                 
gnomAD_SAV:              # SQ                      CH    R                   T          H   H    L  D            P 
Conservation:  5622543452453355445534322543352546256525663653353244144423544643563355333634210333333412243323333333
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHH     HHHHHHHHHHHH  
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH  H H      HHHHHHHHHHH   
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHHHHH  
DO_DISOPRED3:  DD DDD D          D  DD DDD DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD  D DDD        DDD     DD DDDD           
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                 DDDDDDD       DD  D  DD 
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDDDD  DDDDDDDDDDDDD D DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD  DD           DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
MODRES_P:         S                                                                                                

                       10        20        30        40   
AA:            PLGPTNPRVTLAPPWNGLAPPAPPPPPRLQITENGEFRNTADH 1343
BenignSAV:     H   A    MP  L      Q          M           
gnomAD_SAV:    R   A  C M   S      S L    P   M D   *  T  
Conservation:  2230001133333333333333221103011011200033333
SS_PSIPRED:          HHH                                  
SS_SPIDER3:                                 EE            
SS_PSSPRED:                                               
DO_DISOPRED3:       DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD