Q9BX26  SYCP2_HUMAN

Gene name: SYCP2   Description: Synaptonemal complex protein 2

Length: 1530    GTS: 4.899e-07   GTS percentile: 0.042     


gnomAD     SWISS-MODEL     InterPro     ProViz     PDB    


      BenignSAV: 10      gnomAD_SAV: 703      SnvSAV


                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            MPIRPDLQQLEKCIDDALRKNDFKPLKTLLQIDICEDVKIKCSKQFFHKVDNLICRELNKEDIHNVSAILVSVGRCGKNISVLGQAGLLTMIKQGLIQKM 100
BenignSAV:                                    T                                                                    
gnomAD_SAV:      V A  R    YV#       Y      S*#           E   R M #  #      GVYS   V #  R   R VT S   E  M        Q 
Conservation:  0000003005511522331223210611453021011111324113404562342337122331153345235113211210002121215412544055
SS_PSIPRED:          HHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHH           HHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHH  HHHHH
SS_SPIDER3:          HHHHHHHHHHHH     HHHHHHHH H          HHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHH          HHHHHH  HHHHH
SS_PSSPRED:         HHHHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH       HHHHHHHHH HHHHH
DO_DISOPRED3:  BBBB                                                                                                
DO_SPOTD:      DDD                                                                                                 
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            VAWFEKSKDIIQSQGNSKDEAVLNMIEDLVDLLLVIHDVSDEGKKQVVESFVPRICSLVIDSRVNICIQQEIIKKMNAMLDKMPQDARKILSNQEMLILM 200
BenignSAV:      V                                                                                                  
gnomAD_SAV:     V       FVR H SA HD LV    H #      R      R PA#   LSHV       G         V  V VV N  L # Q T CK  V  # 
Conservation:  3076432112510000103104104353544235242213034202443154114413334112110433645344916521341213441132201044
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHH       HHHHHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHHH   EEEEHHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHH  HHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHH      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHH      HHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHH   HHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHH       HHHHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHH   EEEEEHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHH  HHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                                                       DD D  DD       
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            SSMGERILDAGDYDLQVGIVEALCRMTTEKQRQELAHQWFSMDFIAKAFKRIKDSEFETDCRIFLNLVNGMLGDKRRVFTFPCLSAFLDKYELQIPSDEK 300
gnomAD_SAV:         G SG    G  I   G   K   V       # C  V     T     E   V  G    H    T  E#    R                  V 
Conservation:  0145125223587326433265667642211811250177211043148127331487354918670673137313363635532534301443280652
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHH       EEEEEE  HHHH   EE       
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHH   HHHHHHHHHHH     HHHHHHHHHH    HHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHH      EEEEEE EHH     EEE      
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHH       EEEEEE  HHH             
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            LEEFWIDFNLGSQTLSFYIAGDNDDHQWEAVTVPEEKVQIYSIEVRESKKLLTIILKNTVKISKREGKELLLYFDASLEITNVTQKIFGATKHRESIRKQ 400
BenignSAV:                                                         K                                               
gnomAD_SAV:         V       SV YC   N Y R       LK E     T  K L    K  V I   FN  K    F    T #  AY  EN  A I L DCV  R
Conservation:  5525883773472454643102132046446161331500615131222335050521220221023014141731022511430244300201000000
SS_PSIPRED:       EEEEEE    EEEEEEE       EEEEE  HHH EEEEEEEE  EEEEEEEE   EEE   EE EEEEEE     HHHHHHHHH            
SS_SPIDER3:      EEEEEE     EEEEEE       EEEEE    HHEEEEEEEEE  EEEEEEEEE EEEE  E  EEEEEEEE    HHHHHHHHH            
SS_PSSPRED:       EEEEEE    EEEEEE         EE    HHHHHEEEEEE    EEEEEEEE EEE       EEEEEE    HHHHHHHHHH            
DO_DISOPRED3:                                                                                          DDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:                                                                     DDDD                     DDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            GISVAKTSLHILFDASGSQILVPESQISPVGEELVSLKEKSKSPKEFAKPSKYIKNSDKGNRNNSQLEKTTPSKRKMSEASMIVSGADRYTMRSPVLFSN 500
gnomAD_SAV:      AATRMLPY FC T   P   L  KT S R G I     L A EDL ES TC EK N ED   R      SGNTR   V IT     #     L V R 
Conservation:  1120022321200000000321200000000110000100000000000000000000000000101010220111011120121011101111222210
SS_PSIPRED:            EEEEE                  HHH  HHHH   HHH    HHH                           EEEE                
SS_SPIDER3:            EEEEE     E E            HH H H                                          EEE     EEE        
SS_PSSPRED:                                                                                    EEEE                
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                                   DDDD DDDDD   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD      DDDDDDD
MODRES_P:                                                              S       S     T                      S      

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            TSIPPRRRRIKPPLQMTSSAEKPSVSQTSENRVDNAASLKSRSSEGRHRRDNIDKHIKTAKCVENTENKNVEFPNQNFSELQDVIPDSQAAEKRDHTILP 600
BenignSAV:                           L                                                                             
gnomAD_SAV:      VTSQ  IN  S   M AG          D            P   R#KAHT  Q   D Y#          A  I     G V     #  IN #L S
Conservation:  0000001030432222122100000000000000000000000000000000000000000000001011010110100000110230000000000000
SS_PSIPRED:                                                          HHHHHHHHHH                            HH      
SS_SPIDER3:                                                                                    H                   
SS_PSSPRED:                                                               HHHH                           HHH       
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD D 
MODRES_P:                        S         S        S                                                              

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            GVLDNICGNKIHSKWACWTPVTNIELCNNQRASTSSGDTLNQDIVINKKLTKQKSSSSISDHNSEGTGKVKYKKEQTDHIKIDKAEVEVCKKHNQQQNHP 700
gnomAD_SAV:      SG M     D   V   H   T Q# KEK   LL GAM   T     I EE  AP    Y      RM  R    EYM TYET A   RQQS     R
Conservation:  0000000000000000000000000010001001011010030000000000000000000000012121211211200000000000000000000000
SS_PSIPRED:                                               HH  HHH                        HH       HHHHHHHHH        
SS_SPIDER3:                    E  E                         E                                     HHHHHHHH         
SS_PSSPRED:                                                                                                        
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                              DDDDDDDD DDDDDDDDDDDD  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD    DDDDDDDDDDDDDDDDDD
MODRES_P:                        T                                        S   S                                    

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            KYSGQKNTENAKQSDWPVESETTFKSVLLNKTIEESLIYRKKYILSKDVNTATCDKNPSASKNVQSHRKAEKELTSELNSWDSKQKKMREKSKGKEFTNV 800
BenignSAV:                                                       I                                                 
gnomAD_SAV:      L   SA      G  L   IAL L      V  L #H   C       IV WN         R  S TAN     F F G* P EV QN    KI   
Conservation:  0000000000011210100000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111100010
SS_PSIPRED:                           HHHHH    HHH HHHH                        HH   HH    HHH    HHHHHHHH     HHHHH
SS_SPIDER3:                             HE         H H  E                      HHHHH HHHH    H   H HHH          HHH
SS_PSSPRED:                                    HHHHHHHHH                                          HHH            HH
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDDDDDDDDD                               D  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD      

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            AESLISQINKRYKTKDDIKSTRKLKESLINSGFSNKPVVQLSKEKVQKKSYRKLKTTFVNVTSECPVNDVYNFNLNGADDPIIKLGIQEFQATAKEACAD 900
BenignSAV:                      V                                                                                  
gnomAD_SAV:    P T  NENS  N I N T  A    G   KI        EPR    E  N      AVFSL C  SA      YS     R VTF  P    A E  YVN
Conservation:  2111110311101111110001110100003102100011013000000000000000000000000040000000000000000000000000000000
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHH          HHHHHHHH         HH  HHHH         EEEEE                      HHH  EE HHHHHHHH  
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHH            HHH HHH              HHHH          EEEEE                     HH  HHHHHHHHHHHH  
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHH           HHHHHH              HHHH          EEEEE        EE                  HHHHHHHHH  
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                  DD                      D                                                            

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            RSIRLVGPRNHDELKSSVKTKDKKIITNHQKKNLFSDTETEYRCDDSKTDISWLREPKSKPQLIDYSRNKNVKNHKSGKSRSSLEKGQPSSKMTPSKNIT 1000
BenignSAV:                                                       T          R                                      
gnomAD_SAV:      V  A   #  KV    N   REV A R R  M          Y   ANN    AL    R   C  S    KRR R P   F     G  R  N YV 
Conservation:  0000000000000000000000000000001111213121201020102213121211111110132312210000000000000100111000000000
SS_PSIPRED:              HHH         HH                           HHH        HHH                                   
SS_SPIDER3:               HHH                                                                                      
SS_PSSPRED:                                                                                                        
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:   DDDDDDD DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD   DDDD           DD D   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
MODRES_P:                                         S T                                                              

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            KKMDKTIPEGRIRLPRKATKTKKNYKDLSNSESECEQEFSHSFKENIPVKEENIHSRMKTVKLPKKQQKVFCAETEKELSKQWKNSSLLKDAIRDNCLDL 1100
BenignSAV:            L                                                                                            
gnomAD_SAV:    E TV   L     V QN # A   # V  D   V  P   # L  I #  GVIFY I  MLN      EGS  KAK       N P   RN TQ      
Conservation:  0000000000001241321112211110111012010100000000000021100000000000110110111210111000000000001000000000
SS_PSIPRED:                                     HHHHH                          HHHH    HHHHHHH HHHHH HHHHHHHHH     
SS_SPIDER3:                                      HHHH                          HHHH      H HHH HHH        H        
SS_PSSPRED:                                                                    HHHHH            HHHH               
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD   D         DDDDDDDDDDDDDDDD                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            SPRSLSGSPSSIEVTRCIEKITEKDFTQDYDCITKSISPYPKTSSLESLNSNSGVGGTIKSPKNNEKNFLCASESCSPIPRPLFLPRHTPTKSNTIVNRK 1200
BenignSAV:                                                           A                                             
gnomAD_SAV:    CAI#S DRA  T  M YTD             VR CVLL L  LPFV  DR GAA SAV A  SD  IL  V     SVSQL   S R#SS  D # SGR
Conservation:  1111222032111011000000111011100000011000210011100100000000000000000000000000000000000000000000000000
SS_PSIPRED:               HHH                               HHHH              HHHHH                                
SS_SPIDER3:                        E                        H                                                      
SS_PSSPRED:                                                                                                        
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                                              DDDDDDDDDDDDDDDDD                     DDDD DDDDD  DDD   D
MODRES_P:                                         S S      S               S               S           T           

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            KISSLVLTQETQNSNSYSDVSSYSSEERFMEIESPHINENYIQSKREESHLASSLSKSSEGREKTWFDMPCDATHVSGPTQHLSRKRIYIEDNLSNSNEV 1300
gnomAD_SAV:    N RY  # E  R NSRC G   C    Q  #T   RTS K VR   K  RS     M R    NMSLA  SNV # A   LR  LR#MH D SV  FS  
Conservation:  0000000000000000000000101100000012000011010001210112010110000000000000000000000000000000000000000022
SS_PSIPRED:            HH                                   HHH                                                  HH
SS_SPIDER3:                             HHH H               HH                                                  HHH
SS_PSSPRED:                                                                                                        
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:     DDDD DD      DDDDDD   DD DDDD  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD            DDDD    DDD  DD   DDD    DDDDDDD
MODRES_P:         S                             S                  S                                         S S   

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            EMEEKGERRANLLPKKLCKIEDADHHIHKMSESVSSLSTNDFSIPWETWQNEFAGIEMTYETYERLNSEFKRRNNIRHKMLSYFTTQSWKTAQQHLRTMN 1400
gnomAD_SAV:       # R   P F#L       GGE  SPRIF NIP S   E AVL DA H   VR Q S D   S       KKSV    F#   M         V  V 
Conservation:  2000000000000000000011100000000020110000201111201101011011300422142123222110001123012211122122231131
SS_PSIPRED:    HHHHHHHH      HHH          HH                HHH        HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHH H                  EEE E             HHHHH      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:                  HHH                                       HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:  DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                     DDDD  D               
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                                                              
DO_IUPRED2A:   DDDDDDDDD D D               DDD                                                               DDD  D
MODRES_P:                                            T                                                             

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            HQSQDSRIKKLDKFQFIIIEELENFEKDSQSLKDLEKEFVDFWEKIFQKFSAYQKSEQQRLHLLKTSLAKSVFCNTDSEETVFTSEMCLMKEDMKVLQDR 1500
gnomAD_SAV:     H      EN   L L VM   A   E# #   N    SA   K LI              N   N ST       NG  AG   KI    KVT    EK
Conservation:  0231113112421430252234113533111610342432121232101311311120152102211111100000202101011210012112113330
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH        HH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH         EEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                         DDD    D  D                  DDD    DBBBBBBBB
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:   DDD                                                                                                 

                       10        20        30
AA:            LLKDMLEEELLNVRRELMSVFMSHERNANV 1530
gnomAD_SAV:     F  V K    SIH     A LFRV    L
Conservation:  000000000000000000000000000000
SS_PSIPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH      
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH        
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH        
DO_DISOPRED3:  B BBBBBBBB D DD DDDDDDD DDDDDD
DO_SPOTD:                              DDDDDD
DO_IUPRED2A: