Q9GZV3  SC5A7_HUMAN

Gene name: SLC5A7   Description: High affinity choline transporter 1

Length: 580    GTS: 1.208e-06   GTS percentile: 0.314     


gnomAD     SWISS-MODEL     InterPro     ProViz     PDB    


PathogenicSAV: 7      BenignSAV: 5      gnomAD_SAV: 183      SnvSAV


                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            MAFHVEGLIAIIVFYLLILLVGIWAAWRTKNSGSAEERSEAIIVGGRDIGLLVGGFTMTATWVGGGYINGTAEAVYVPGYGLAWAQAPIGYSLSLILGGL 100
PathogenicSAV:                                                G                E                                   
BenignSAV:                    F                                                                        V           
gnomAD_SAV:       #  R T V#   FV        T K   G  TKG# KG     GNT              R E          I  H   *    V           
Conservation:  7244328445422953357248688746452120124048145764645333483694655688856655769169252196464489374444646863
STMI:                MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM                     MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM            MMMMMMMMMMMMMMMMMMM
SS_PSIPRED:        HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH          HHHHEEE     HHHHHHHH  HHH HHHH   HHHHH     HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:        HHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHH           EEEEEE     HHEEHHHHHH    HHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:        HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH           EEEE       HHHHHHHHHEE   EEEHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHH H
DO_DISOPRED3:  DD  DDDDD D                                                                                         
DO_SPOTD:      DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD                                                                 
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            FFAKPMRSKGYVTMLDPFQQIYGKRMGGLLFIPALMGEMFWAAAIFSALGATISVIIDVDMHISVIISALIATLYTLVGGLYSVAYTDVVQLFCIFVGLW 200
PathogenicSAV:     S     H                                                                                         
gnomAD_SAV:          H              #  HL  F  M V              F*  T LF NA I  A #V  F  I       V F    E IE V V     
Conservation:  5855468232857568867216822764556684434546855557456844446743322126644863555366629968897999435436424584
STMI:          MM                       MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM                  MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM      MMMMMMMMM
SS_PSIPRED:    HH HHHHH       HHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HH HHHHH       HHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    EE              HHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            ISVPFALSHPAVADIGFTAVHAKYQKPWLGTVDSSEVYSWLDSFLLLMLGGIPWQAYFQRVLSSSSATYAQVLSFLAAFGCLVMAIPAILIGAIGASTDW 300
BenignSAV:                                          C                                                              
gnomAD_SAV:        S   N  LG  EL   R    EA    I  C  CF      S                F   V    A      V    V      T         
Conservation:  2458675142652471275120255148391511020319374436335956689488996974782225335633553453245466645656657558
STMI:          MMMMMMMMMMMM                         MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM                MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM     
SS_PSIPRED:    HHHHHHH       HHHHHHHHH          HHHHHHHHHHHHHHHH       HHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH  
SS_SPIDER3:    HHHHHH     HHHHHHHHHHHH          HHHHHHHHHHHHHHH      HHHHHHHH    HHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHH   
SS_PSSPRED:    HHHHHHHH      HHHHHHHHH           HHHHHHHHHHHHHHH    HHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            NQTAYGLPDPKTTEEADMILPIVLQYLCPVYISFFGLGAVSAAVMSSADSSILSASSMFARNIYQLSFRQNASDKEIVWVMRITVFVFGASATAMALLTK 400
PathogenicSAV:                                                             Q                                       
gnomAD_SAV:     K    F   E   D              M      V     T L      V     V  Q  * P    S LE   IC  *V        TAVT#  M 
Conservation:  6391631129002245248995654688913773387665565466646644663754633869322453284716544467245333722642674252
STMI:                           MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM                                      MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM   
SS_PSIPRED:                HHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    
SS_SPIDER3:                 HHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHH      HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH    
SS_PSSPRED:                HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH   
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       
CARBOHYD:      N                                                                                                   

                       10        20        30        40        50        60        70        80        90     
AA:            TVYGLWYLSSDLVYIVIFPQLLCVLFVKGTNTYGAVAGYVSGLFLRITGGEPYLYLQPLIFYPGYYPDDNGIYNQKFPFKTLAMVTSFLTNICISYLAKY 500
PathogenicSAV:           N                                  G                                                      
BenignSAV:                 I                                                                                       
gnomAD_SAV:          C     I VI L K        R  IC  L    F      AA         WF    C* N  S C   C #  F  I       F     T 
Conservation:  5775676764667646588865559734145469544643273358635765361425251653310122114093787753473245326323743323
STMI:                MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM        MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM                         MMMMMMMMMMMMMMMMMMM
SS_PSIPRED:     HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH     HHHHHHHHHHHHHHHHH          EE                  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_SPIDER3:    HHHHHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHH     HHHHHHHHHHHHHHHHH         EEEE            E   HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SS_PSSPRED:    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH       HHHHHHHHHHHHHHH                         EE   HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DO_DISOPRED3:                                                                                                      
DO_SPOTD:                                                                                                          
DO_IUPRED2A:                                                                                                       

                       10        20        30        40        50        60        70        80
AA:            LFESGTLPPKLDVFDAVVARHSEENMDKTILVKNENIKLDELALVKPRQSMTLSSTFTNKEAFLDVDSSPEGSGTEDNLQ 580
BenignSAV:              T                                                                      
gnomAD_SAV:         I  HTF     I#G YND  T         ST  NK EF  SQK  NV   LI E G  Y# C  K F  #YS  
Conservation:  46333153143834221122011412221022201130122311422123132324413021322123564130012222
STMI:          MM                                                                              
SS_PSIPRED:    HHH         EEEH      HH             HHHH                  HHHH                 
SS_SPIDER3:    HHH        E EEEEE                    H                                      HH 
SS_PSSPRED:    HHHH        EEE EE                     HHHH                                     
DO_DISOPRED3:                        DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_SPOTD:                          DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
DO_IUPRED2A:                                                                      DDDD DDDDDDDD