Query 002118
Match_columns 964
No_of_seqs 133 out of 147
Neff 4.5
Searched_HMMs 13730
Date Mon Mar 25 13:06:15 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/002118.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/scop70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_scop/002118hhsearch_scop -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 d1seta1 a.2.7.1 (A:1-110) Sery 51.2 20 0.0015 30.7 7.7 34 857-890 28-61 (110)
2 d1s35a1 a.7.1.1 (A:1063-1168) 42.1 48 0.0035 26.9 8.4 32 903-934 73-104 (106)
3 d1ux5a_ a.207.1.1 (A:) Bni1 {B 40.6 1.4E+02 0.01 30.4 13.9 59 897-955 339-400 (411)
4 d2ap3a1 a.24.27.1 (A:12-196) H 31.2 1.4E+02 0.0099 24.8 12.9 136 344-479 50-185 (185)
5 d1fxka_ a.2.5.1 (A:) Prefoldin 30.3 1.4E+02 0.01 25.1 9.7 84 859-942 3-105 (107)
6 d1hcia4 a.7.1.1 (A:633-746) al 29.7 1.1E+02 0.008 25.2 8.9 66 588-660 44-109 (114)
7 d1u5pa1 a.7.1.1 (A:1662-1771) 28.3 88 0.0064 25.4 7.9 69 866-934 37-106 (110)
8 d1seta1 a.2.7.1 (A:1-110) Sery 28.2 1.5E+02 0.011 24.7 9.7 23 408-430 29-51 (110)
9 d1s35a2 a.7.1.1 (A:1169-1273) 27.4 1E+02 0.0075 24.8 8.1 64 871-934 33-104 (105)
10 d1fxkc_ a.2.5.1 (C:) Prefoldin 22.3 1.8E+02 0.013 24.9 9.1 86 873-958 3-126 (133)
11 d1ab4a_ e.11.1.1 (A:) DNA Gyra 22.2 2.1E+02 0.016 30.2 11.5 43 904-946 442-484 (493)
No 1
>d1seta1 a.2.7.1 (A:1-110) Seryl-tRNA synthetase (SerRS) {Thermus thermophilus, strain hb27 [TaxId: 274]}
Probab=51.23 E-value=20 Score=30.71 Aligned_cols=34 Identities=21% Similarity=0.304 Sum_probs=27.0
Q ss_pred HHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 002118 857 SILRQKEGELASYMSRLASMESIRDSLAEELVKM 890 (964)
Q Consensus 857 A~LRqrEGEla~LQ~ELarLe~qRdeL~eELV~L 890 (964)
..|-.++-+...++.++..|.+.|..++.+|-++
T Consensus 28 d~i~~ld~~rr~l~~~~e~l~~~rN~~sk~i~k~ 61 (110)
T d1seta1 28 EALLALDREVQELKKRLQEVQTERNQVAKRVPKA 61 (110)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 3456677788888899999999999988888654
No 2
>d1s35a1 a.7.1.1 (A:1063-1168) Spectrin beta chain {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=42.08 E-value=48 Score=26.85 Aligned_cols=32 Identities=16% Similarity=0.123 Sum_probs=27.7
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhHHHH
Q 002118 903 ILPGIQAELDALRRRHSAALELMGERDEELEE 934 (964)
Q Consensus 903 ~v~~Le~el~eLqqRY~TlLEMlGEKsEeVEE 934 (964)
..+.++..+..|+.||+.+.++..++...+++
T Consensus 73 ~~~~I~~~l~~L~~~w~~L~~~~~~R~~~Le~ 104 (106)
T d1s35a1 73 EYLLLGQRLEGLDTGWDALGRMWESRSHTLAQ 104 (106)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 35678889999999999999999999887764
No 3
>d1ux5a_ a.207.1.1 (A:) Bni1 {Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]}
Probab=40.63 E-value=1.4e+02 Score=30.44 Aligned_cols=59 Identities=10% Similarity=0.044 Sum_probs=45.8
Q ss_pred HHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccch---hHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 002118 897 LRAEAAILPGIQAELDALRRRHSAALELMGERD---EELEELRADIMDLKEMYREQVNLLVN 955 (964)
Q Consensus 897 lr~~~~~v~~Le~el~eLqqRY~TlLEMlGEKs---EeVEELraDL~DVKeMYR~QID~LLk 955 (964)
+.....++..++..+..+..+|..++++|||-. -.-++.=..+.+...+|+.-..+.++
T Consensus 339 l~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~yfGEd~~~~~~~~~fF~~~~~F~~~~~~a~~en~~ 400 (411)
T d1ux5a_ 339 LPEARKKGDLLEDEVKLTIMEFESLMHTYGEDSGDKFAKISFFKKFADFINEYKKAQAQNLA 400 (411)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 334445688899999999999999999999953 24577878888888888876655443
No 4
>d2ap3a1 a.24.27.1 (A:12-196) Hypothetical protein MW0975 (SA0943) {Staphylococcus aureus [TaxId: 1280]}
Probab=31.22 E-value=1.4e+02 Score=24.77 Aligned_cols=136 Identities=10% Similarity=0.122 Sum_probs=0.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 002118 344 LEKLKREMKMMETALQGAARQAQAKADEIAKMMNENEHLKAVIEDLKRKTNDAELETLREEYHQRVATLERKVYALTKER 423 (964)
Q Consensus 344 ~ekl~~~~~~~~~~l~~~~r~~~~k~~~~A~L~e~N~~L~~~~e~l~~~~~~~~~~~L~eEy~qRI~ALErKlQ~L~KEr 423 (964)
.+.+...+..+...+......+......+..+......+...+..+........+..+...+..+...++.....+....
T Consensus 50 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 129 (185)
T d2ap3a1 50 TAVRGKAVKDLIKNADDRLKEFEKEEDAIKKSEQDFKKAKSHVDNIDNDVKRKEVKQLDDVLKEKYKLHSDYAKAYKKAV 129 (185)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q ss_pred HHHHHHHhhhhHHHHHHhhHHHHHHHHHHHhHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 002118 424 DTLRREQNKKSDAAALLKEKDEIINQVMAEGEELSKKQAAQEAQIRKLRAQIRELE 479 (964)
Q Consensus 424 D~Lrke~ak~s~~~a~LkEKDEqIaqLmeEGEKLSKkELq~sniIKKLRakikE~E 479 (964)
.....-..........+.+-.+.|..|...-..|-...-.....++++.....+++
T Consensus 130 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ek~~le 185 (185)
T d2ap3a1 130 NSEKTLFKYLNQNDATQQGVNEKSKAIEQNYKKLKEVSDKYTKVLNKVQKEKQDVD 185 (185)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred hhhHHHHHHHHhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcC
No 5
>d1fxka_ a.2.5.1 (A:) Prefoldin beta subunit {Archaeon Methanobacterium thermoautotrophicum [TaxId: 145262]}
Probab=30.33 E-value=1.4e+02 Score=25.08 Aligned_cols=84 Identities=12% Similarity=0.230 Sum_probs=0.0
Q ss_pred HHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------------hhhhhHHHHHHHHHHHHH
Q 002118 859 LRQKEGELASYMSRLASMESIRDSLAEELVKMTAQCEKLRAEA-------------------AILPGIQAELDALRRRHS 919 (964)
Q Consensus 859 LRqrEGEla~LQ~ELarLe~qRdeL~eELV~Lt~e~Eelr~~~-------------------~~v~~Le~el~eLqqRY~ 919 (964)
|...-.....++.++..+..++..+..++-....-.+++..-. .-++.|...++-|+.+..
T Consensus 3 lqe~~~~~q~lq~el~~~~~q~~~le~q~~E~~~vl~eL~~l~~d~~vyk~vG~vLv~~~~~e~~~~l~~~~e~l~~~i~ 82 (107)
T d1fxka_ 3 VQHQLAQFQQLQQQAQAISVQKQTVEMQINETQKALEELSRAADDAEVYKSSGNILIRVAKDELTEELQEKLETLQLREK 82 (107)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCTTCCEEEEETTEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccHHHHHhcchhhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q ss_pred HHHHHhccchhHHHHHHHhHHHH
Q 002118 920 AALELMGERDEELEELRADIMDL 942 (964)
Q Consensus 920 TlLEMlGEKsEeVEELraDL~DV 942 (964)
++=.-+....++.++++..|..+
T Consensus 83 ~l~~q~~~l~~~l~~~~~~l~~~ 105 (107)
T d1fxka_ 83 TIERQEERVMKKLQEMQVNIQEA 105 (107)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
No 6
>d1hcia4 a.7.1.1 (A:633-746) alpha-actinin {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=29.69 E-value=1.1e+02 Score=25.23 Aligned_cols=66 Identities=11% Similarity=0.158 Sum_probs=51.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 002118 588 FREDMLRRDIEDLQRRYQASERRCEELVTQVPESTRPLLRQIEAIQETTARRAEAWAAVERSLNLRLQEAEAK 660 (964)
Q Consensus 588 ~rEeeLR~Eis~Le~RLEeaEsRaEELSssv~eATrPLLRQIEtLQaQ~asqsenWe~iE~sL~~RLaeaE~~ 660 (964)
.+-..|..+|...+.++.......+.|....+....-+-..++.|+ ..|+.+-..+..|...++.+
T Consensus 44 ~~h~~~e~el~~~~~~i~~l~~~g~~L~~~~~~~~~~i~~~~~~L~-------~~W~~L~~~~~~R~~~Le~~ 109 (114)
T d1hcia4 44 NQLKQYEHNIINYKNNIDKLEGDHQLIQEALVFDNKHTNYTMEHIR-------VGWELLLTTIARTINEVETQ 109 (114)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCCCTTCSCHHHHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCchHHHHHHHHHHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3445688999999999999999999999886655555555566664 56999998888888887765
No 7
>d1u5pa1 a.7.1.1 (A:1662-1771) Spectrin alpha chain {Chicken (Gallus gallus) [TaxId: 9031]}
Probab=28.32 E-value=88 Score=25.36 Aligned_cols=69 Identities=13% Similarity=0.238 Sum_probs=0.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhHHHH
Q 002118 866 LASYMSRLASMESIRDSLAEELVKMTAQCEKLRAEAA-ILPGIQAELDALRRRHSAALELMGERDEELEE 934 (964)
Q Consensus 866 la~LQ~ELarLe~qRdeL~eELV~Lt~e~Eelr~~~~-~v~~Le~el~eLqqRY~TlLEMlGEKsEeVEE 934 (964)
+..+..+...+...=+.-..-|..+....+.|-.... ..+.++..+..|+.||+.+.++.-++-..+++
T Consensus 37 ~~~~~~~h~~~~~ei~~~~~~i~~l~~~~~~L~~~~~~~~~~i~~~~~~l~~~w~~l~~~~~~R~~~L~e 106 (110)
T d1u5pa1 37 VNNLLKKHQLLEADISAHEDRLKDLNSQADSLMTSSAFDTSQVKDKRETINGRFQRIKSMAAARRAKLNE 106 (110)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCSSSCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHhcCCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
No 8
>d1seta1 a.2.7.1 (A:1-110) Seryl-tRNA synthetase (SerRS) {Thermus thermophilus, strain hb27 [TaxId: 274]}
Probab=28.24 E-value=1.5e+02 Score=24.74 Aligned_cols=23 Identities=26% Similarity=0.427 Sum_probs=11.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 002118 408 RVATLERKVYALTKERDTLRREQ 430 (964)
Q Consensus 408 RI~ALErKlQ~L~KErD~Lrke~ 430 (964)
.|-+|..+...+..+.+.|+.+.
T Consensus 29 ~i~~ld~~rr~l~~~~e~l~~~r 51 (110)
T d1seta1 29 ALLALDREVQELKKRLQEVQTER 51 (110)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34444445555555555555443
No 9
>d1s35a2 a.7.1.1 (A:1169-1273) Spectrin beta chain {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=27.45 E-value=1e+02 Score=24.81 Aligned_cols=64 Identities=9% Similarity=0.022 Sum_probs=0.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--------hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhHHHH
Q 002118 871 SRLASMESIRDSLAEELVKMTAQCEKLRAEAA--------ILPGIQAELDALRRRHSAALELMGERDEELEE 934 (964)
Q Consensus 871 ~ELarLe~qRdeL~eELV~Lt~e~Eelr~~~~--------~v~~Le~el~eLqqRY~TlLEMlGEKsEeVEE 934 (964)
..+..+...-..+..+|...-..+..+..... ....++..+..|++||+.++++..++-...++
T Consensus 33 ~~v~~l~k~h~~l~~~l~~~~~~v~~l~~~a~~L~~~~~~~~~~I~~~~~~l~~rw~~l~~~~~~r~~~L~d 104 (105)
T d1s35a2 33 EAAEAGIRKFEDFLGSMENNRDKVLSPVDSGNKLVAEGNLYSDKIKEKVQLIEDRHRKNNEKAQEASVLLRD 104 (105)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccC
No 10
>d1fxkc_ a.2.5.1 (C:) Prefoldin alpha subunit {Archaeon Methanobacterium thermoautotrophicum [TaxId: 145262]}
Probab=22.31 E-value=1.8e+02 Score=24.89 Aligned_cols=86 Identities=16% Similarity=0.178 Sum_probs=0.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHH---------------------------------
Q 002118 873 LASMESIRDSLAEELVKMTAQCEKLRAEAAILPGIQAELDALRRRHS--------------------------------- 919 (964)
Q Consensus 873 LarLe~qRdeL~eELV~Lt~e~Eelr~~~~~v~~Le~el~eLqqRY~--------------------------------- 919 (964)
|..|..+.+.+..+|-.|..+.+.+.....++..+...+..|..+=.
T Consensus 3 L~eL~~~~~~l~~~l~~l~~~i~~l~~~~~e~~~~~~~L~~l~~~~~~e~lvplg~~~~v~~~i~~~~~vlV~lG~g~~v 82 (133)
T d1fxkc_ 3 LAEIVAQLNIYQSQVELIQQQMEAVRATISELEILEKTLSDIQGKDGSETLVPVGAGSFIKAELKDTSEVIMSVGAGVAI 82 (133)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCTTCEEEEEEETTEEEEEECCSTTEEEEEEETTEEE
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCeEEEEcCCceEEEEEecCCCceEEEecCCeee
Q ss_pred -----HHHHHhccchhHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc
Q 002118 920 -----AALELMGERDEELEELRADIMDLKEMYREQVNLLVNKVI 958 (964)
Q Consensus 920 -----TlLEMlGEKsEeVEELraDL~DVKeMYR~QID~LLkQi~ 958 (964)
-+++.|..|.+.++.....+..-..-.+.+|..+..+++
T Consensus 83 E~~~~eA~~~l~~ri~~l~~~~~~l~~~~~~~~~~i~~l~~~~~ 126 (133)
T d1fxkc_ 83 KKNFEDAMESIKSQKNELESTLQKMGENLRAITDIMMKLSPQAE 126 (133)
T ss_dssp EEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred eecHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
No 11
>d1ab4a_ e.11.1.1 (A:) DNA Gyrase A {Escherichia coli [TaxId: 562]}
Probab=22.17 E-value=2.1e+02 Score=30.17 Aligned_cols=43 Identities=19% Similarity=0.346 Sum_probs=32.8
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhHHHHHHHhHHHHHHHH
Q 002118 904 LPGIQAELDALRRRHSAALELMGERDEELEELRADIMDLKEMY 946 (964)
Q Consensus 904 v~~Le~el~eLqqRY~TlLEMlGEKsEeVEELraDL~DVKeMY 946 (964)
+..|..++++|+.++..++.+|+-+....+-+..+|.+||+-|
T Consensus 442 ~~kL~~E~~~l~~ei~eL~~iL~s~~~l~~~i~~EL~~lk~kf 484 (493)
T d1ab4a_ 442 HEKLLDEYKELLDQIAELLRILGSADRLMEVIREELELVREQF 484 (493)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 4667777888888888888888777777777777777777766
Done!