Query 005666
Match_columns 684
No_of_seqs 29 out of 31
Neff 2.8
Searched_HMMs 13730
Date Mon Mar 25 04:01:30 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/005666.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/scop70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_scop/005666hhsearch_scop -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 d2elba1 a.238.1.1 (A:6-273) DC 78.8 19 0.0014 31.9 13.8 206 360-580 16-237 (268)
2 d1qvra2 c.37.1.20 (A:149-535) 67.9 30 0.0022 33.7 13.2 82 354-435 283-385 (387)
3 d1zyma1 a.60.10.1 (A:22-144) E 63.9 9.9 0.00072 31.4 7.5 63 396-460 18-80 (123)
4 d1ivsa1 a.2.7.3 (A:797-862) Va 55.4 13 0.00095 27.9 6.2 27 358-384 2-28 (66)
5 d1lrza1 a.2.7.4 (A:245-309) Me 40.1 54 0.004 25.2 7.6 39 362-400 5-49 (65)
6 d3bi1a1 a.48.2.1 (A:594-750) G 38.3 12 0.00089 31.6 3.9 41 54-94 34-80 (157)
7 d1ivsa1 a.2.7.3 (A:797-862) Va 32.4 44 0.0032 24.8 5.8 49 226-279 2-50 (66)
8 d2efla1 a.238.1.4 (A:1-288) Fo 32.3 1.4E+02 0.01 25.3 23.8 40 456-495 211-250 (288)
9 d1wp1a_ f.5.1.1 (A:) Outer mem 30.4 95 0.0069 28.6 9.2 91 351-444 358-451 (456)
10 d1ek9a_ f.5.1.1 (A:) Integral 29.1 1.2E+02 0.0084 27.1 9.2 94 349-445 314-407 (428)
11 d2ap3a1 a.24.27.1 (A:12-196) H 26.9 78 0.0057 24.0 6.7 46 356-401 126-171 (185)
12 d1de4c1 a.48.2.1 (C:609-756) T 23.4 46 0.0033 28.6 5.0 66 25-94 3-75 (148)
13 d1uuja_ a.221.1.1 (A:) Lissenc 22.8 43 0.0031 26.7 4.3 58 182-248 8-75 (76)
14 d1fxkc_ a.2.5.1 (C:) Prefoldin 20.4 63 0.0046 26.1 5.1 21 228-248 1-21 (133)
No 1
>d2elba1 a.238.1.1 (A:6-273) DCC-interacting protein 13-alpha, APPL1 {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=78.80 E-value=19 Score=31.95 Aligned_cols=206 Identities=10% Similarity=0.150 Sum_probs=102.5
Q ss_pred HHHHHHHHhhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhhhchHHHHHHhhhhhcc---hhhHHHHH
Q 005666 360 AEISELVKQRDHLEAELKKVNLSLAAAQARLRNAQEEREQFDEANDQIVEHLKTKEDELLKSIAACRVE---SDVLSTWI 436 (684)
Q Consensus 360 aEI~~LekqrdeLEAeLKkVN~sL~aA~aRl~n~rEERdQFdEA~nqiv~hLK~KEdELskSIasc~vE---A~vv~tWI 436 (684)
+-|..+|.+-+.|+.-|+|+-....+..-.+.... .|.++.+..|..=... ....|.-+ ..++..-.
T Consensus 16 a~l~~~E~~~~~l~~~l~kl~k~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~f~~~L~~~~~~---~~~~~~dd~~~~~~l~~f~ 85 (268)
T d2elba1 16 SLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELS-------AATHLTSKLLKEYEKQ---RFPLGGDDEVMSSTLQQFS 85 (268)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------HHHHHHHHHHTTGGGS---CCC-----CHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------HHHHHHHHHHHHhhhh---cccccCCcHHHHHHHHHHH
Confidence 45778889999999999998877666665555443 3444444444321100 00011111 23344444
Q ss_pred HhhchhhhHHHhHHHHHHhhhhHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHhhhcccCCCccCCCCCCcccc
Q 005666 437 NFLEDSWVLQCSQMELKEKQVSEELVKHEDYFVNLAISLLSAYKKELGPSISRIGKFVENLKNLSEGSENASSGDDEHSK 516 (684)
Q Consensus 437 nFLEdTW~LQss~~e~kekq~~dELer~~d~Fv~La~~~Ls~~keeL~psI~rI~~~V~nLk~l~~~~e~~~~~d~e~Sk 516 (684)
.++...|.........-+..+.+-|+...+..++-++. .|+...-..............+...............+
T Consensus 86 ~~~~el~~~~~~l~~~~~~~~~~pL~~f~~~di~~~ke----~kk~fek~~~~yd~~l~k~~~~~k~k~~~~~~~Ea~~~ 161 (268)
T d2elba1 86 KVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFKERDLKEILT----LKEVFQIASNDHDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTED 161 (268)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHTTTHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCCCC-----HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCcchhhhhHHHH
Confidence 55555666666655555555555555544444443332 33333333333333344444433322111101111233
Q ss_pred ccCcccchHHHHHhHhHHHHH-----HHHhhhhh----HHH--HHhhhcC--CCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Q 005666 517 ELNPRKNLEEEYLDYEAKIIT-----TFSVVDNM----KEQ--FYAQRGA--NSRKDDPRVKELFDDIEKLRLEFES 580 (684)
Q Consensus 517 ~~npRk~LEeeYLe~E~Kii~-----~fSivD~m----k~~--fy~~q~~--~sRkdd~~vkeLf~~IeKlR~efEs 580 (684)
...-|+..+..=+++-.+|-. .+-+++.| ..+ || ++|. ....-+|-.++|-..+.++|.+|+.
T Consensus 162 l~~~r~~f~~~~~d~~~~l~~l~~~k~~~~l~~l~~~~~a~~~ff-~~~~~~l~~~l~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 237 (268)
T d2elba1 162 VYTSRKKQHQTMMHYFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFF-KMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRREMDS 237 (268)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 455678777777776544332 22333333 322 22 2333 2233467888888888888888864
No 2
>d1qvra2 c.37.1.20 (A:149-535) ClpB, AAA+ modules {Thermus thermophilus [TaxId: 274]}
Probab=67.86 E-value=30 Score=33.68 Aligned_cols=82 Identities=23% Similarity=0.340 Sum_probs=46.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHhHHHHHH---HHHHHHHHHHH------HHhhHHHH---HHHHHhhhchHHHHHH
Q 005666 354 KEKEIGAEISELVKQRDHLEAELKKVNLSLAAA---QARLRNAQEER------EQFDEAND---QIVEHLKTKEDELLKS 421 (684)
Q Consensus 354 ~EKEl~aEI~~LekqrdeLEAeLKkVN~sL~aA---~aRl~n~rEER------dQFdEA~n---qiv~hLK~KEdELskS 421 (684)
.-+++..||+.|+.+.+.|+++.+.....+..- +.+|.+++-+- ..|+.|+. ..+-.|+++.+.+.+.
T Consensus 283 rl~~le~el~~lee~~~~L~~~w~~ek~~l~~i~~Lk~~Le~lr~~le~A~r~gd~e~AaeL~y~~ip~le~el~~l~~~ 362 (387)
T d1qvra2 283 RLKAIEAEIAKLTEEIAKLRAEWEREREILRKLREAQHRLDEVRREIELAERQYDLNRAAELRYGELPKLEAEVEALSEK 362 (387)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTCHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHhhchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 346677778888888888887776666554433 33333333222 13444433 3355666666666554
Q ss_pred hh---------hhhcchhhHHHH
Q 005666 422 IA---------ACRVESDVLSTW 435 (684)
Q Consensus 422 Ia---------sc~vEA~vv~tW 435 (684)
.. +=...|.||+.|
T Consensus 363 ~~~~~lvr~~VteedIA~VVSrW 385 (387)
T d1qvra2 363 LRGARFVRLEVTEEDIAEIVSRW 385 (387)
T ss_dssp SSSCSSCCSEECHHHHHHHHHTT
T ss_pred hcCCCCCcCccCHHHHHHHHHhh
Confidence 32 224578888888
No 3
>d1zyma1 a.60.10.1 (A:22-144) Enzyme I of the PEP:sugar phosphotransferase system HPr-binding (sub)domain {Escherichia coli [TaxId: 562]}
Probab=63.86 E-value=9.9 Score=31.36 Aligned_cols=63 Identities=19% Similarity=0.231 Sum_probs=38.6
Q ss_pred HHHHhhHHHHHHHHHhhhchHHHHHHhhhhhcchhhHHHHHHhhchhhhHHHhHHHHHHhhhhHH
Q 005666 396 EREQFDEANDQIVEHLKTKEDELLKSIAACRVESDVLSTWINFLEDSWVLQCSQMELKEKQVSEE 460 (684)
Q Consensus 396 ERdQFdEA~nqiv~hLK~KEdELskSIasc~vEA~vv~tWInFLEdTW~LQss~~e~kekq~~dE 460 (684)
|-..|..|..+....|+.--+.+..... .-++.++.+-+-+|+|+...+.....+++...|.|
T Consensus 18 E~~rl~~A~~~~~~~L~~l~~~~~~~~~--~e~a~If~ah~~iL~D~~l~~~v~~~I~~~~~~Ae 80 (123)
T d1zyma1 18 EVERFLSGRAKASAQLETIKTKAGETFG--EEKEAIFEGHIMLLEDEELEQEIIALIKDKHMTAD 80 (123)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--HHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHCCCHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC--HHHHHHHHHHHHHHcCchHHHHHHHHHHccCcchH
Confidence 3444444444444444433333333222 34678889999999999888888888777665544
No 4
>d1ivsa1 a.2.7.3 (A:797-862) Valyl-tRNA synthetase (ValRS) C-terminal domain {Thermus thermophilus [TaxId: 274]}
Probab=55.43 E-value=13 Score=27.85 Aligned_cols=27 Identities=19% Similarity=0.042 Sum_probs=22.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHhHHHH
Q 005666 358 IGAEISELVKQRDHLEAELKKVNLSLA 384 (684)
Q Consensus 358 l~aEI~~LekqrdeLEAeLKkVN~sL~ 384 (684)
+.+|+.-|+|+.+.++.++.+++..|+
T Consensus 2 ~~~E~~RL~K~l~kl~~~i~~~~~kL~ 28 (66)
T d1ivsa1 2 VEEWRRRQEKRLKELLALAERSQRKLA 28 (66)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
Confidence 567888999999888888888877765
No 5
>d1lrza1 a.2.7.4 (A:245-309) Methicillin resistance protein FemA probable tRNA-binding arm {Staphylococcus aureus [TaxId: 1280]}
Probab=40.08 E-value=54 Score=25.18 Aligned_cols=39 Identities=28% Similarity=0.361 Sum_probs=25.8
Q ss_pred HHHHHHhhhHHHHHHHHHhHHHHH------HHHHHHHHHHHHHHh
Q 005666 362 ISELVKQRDHLEAELKKVNLSLAA------AQARLRNAQEEREQF 400 (684)
Q Consensus 362 I~~LekqrdeLEAeLKkVN~sL~a------A~aRl~n~rEERdQF 400 (684)
|..|+...+.|+++|.+|+..|.. ++-++++..-..+.|
T Consensus 5 l~~L~~~~~~L~~~i~k~~~~leknP~skK~~nk~~el~~Q~~s~ 49 (65)
T d1lrza1 5 IKELNEERDILNKDLNKALKDIEKRPENKKAHNKRDNLQQQLDAN 49 (65)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCcHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 567888888888888888877753 455555554444444
No 6
>d3bi1a1 a.48.2.1 (A:594-750) Glutamate carboxypeptidase II {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=38.27 E-value=12 Score=31.65 Aligned_cols=41 Identities=22% Similarity=0.225 Sum_probs=27.0
Q ss_pred cccccHHHHHHHHHHhhhhccchhH------HHHHHHHHHHHHHHHh
Q 005666 54 RSFKSVNQTIRRLEEAALSCRGPER------VMLLRRWLTVLKEVEK 94 (684)
Q Consensus 54 rnykS~k~TvkRLEeaavs~rG~ER------vqlLRRWl~~Lkeier 94 (684)
-++..+..++.+|+.+|..+.-... -..+|+|=..|..+||
T Consensus 34 ~~~~~L~~a~~~f~~aa~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~N~~L~~~Er 80 (157)
T d3bi1a1 34 VSFDSLFSAVKNFTEIASKFSERLQDFDKSNPIVLRMMNDQLMFLER 80 (157)
T ss_dssp CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3566777777777777766532110 1246788888888888
No 7
>d1ivsa1 a.2.7.3 (A:797-862) Valyl-tRNA synthetase (ValRS) C-terminal domain {Thermus thermophilus [TaxId: 274]}
Probab=32.39 E-value=44 Score=24.78 Aligned_cols=49 Identities=18% Similarity=0.119 Sum_probs=32.1
Q ss_pred ccchhhhhhHHHHHHHHHHhhhhhhccCCchhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHH
Q 005666 226 MNSDIERIDAEASDLKKRLEGMKALQNSSNEDLEQASEKTTKATIEALKEALAQ 279 (684)
Q Consensus 226 ~nadi~riD~Ea~~L~~kl~~~~~~~~~~~~~~~k~~~~~~~a~~ea~keal~q 279 (684)
+.+++.||+-+...+.+.|+... ......+|-.+++.. +++.-++.|++
T Consensus 2 ~~~E~~RL~K~l~kl~~~i~~~~-~kL~N~~F~~kAP~~----Vv~~~k~kl~~ 50 (66)
T d1ivsa1 2 VEEWRRRQEKRLKELLALAERSQ-RKLASPGFREKAPKE----VVEAEEARLKE 50 (66)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHTSTTHHHHSCTT----HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHCChHHHHhCCHH----HHHHHHHHHHH
Confidence 34677888888888888888777 344556677776643 45555555544
No 8
>d2efla1 a.238.1.4 (A:1-288) Formin-binding protein 1, FNBP1 {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=32.30 E-value=1.4e+02 Score=25.32 Aligned_cols=40 Identities=15% Similarity=0.181 Sum_probs=19.4
Q ss_pred hhhHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHH
Q 005666 456 QVSEELVKHEDYFVNLAISLLSAYKKELGPSISRIGKFVE 495 (684)
Q Consensus 456 q~~dELer~~d~Fv~La~~~Ls~~keeL~psI~rI~~~V~ 495 (684)
.+.+.|++.....+...+..|..|-.-..-.+..+....+
T Consensus 211 ~~~~~~q~~e~~r~~~~k~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 250 (288)
T d2efla1 211 NIFQKIQEMEERRIVRMGESMKTYAEVDRQVIPIIGKCLD 250 (288)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHH
Confidence 3445555555555555555555554444444444433333
No 9
>d1wp1a_ f.5.1.1 (A:) Outer membrane protein OprM {Pseudomonas aeruginosa [TaxId: 287]}
Probab=30.37 E-value=95 Score=28.62 Aligned_cols=91 Identities=12% Similarity=0.158 Sum_probs=66.5
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhhhchHHHHHHhhhhhcchh
Q 005666 351 SSEKEKEIGAEISELVKQRDHLEAELKKVNLSLAAAQARLRNAQEEREQFDEANDQIVEHLKTKEDELLKSIAACRVESD 430 (684)
Q Consensus 351 vs~~EKEl~aEI~~LekqrdeLEAeLKkVN~sL~aA~aRl~n~rEERdQFdEA~nqiv~hLK~KEdELskSIasc~vEA~ 430 (684)
.......+..+|..+-.+......+++-....+.+|...+ +-.+.+|+.+..-+++-|.++.+-+...+..-++..+
T Consensus 358 ~~~~~~~i~~~v~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~a~~~~---~~~~~~y~~G~~s~~dll~a~~~l~~a~~~~~~a~~~ 434 (456)
T d1wp1a_ 358 YEKAIQTAFQEVADGLAARGTFTEQLQAQRDLVKASDEYY---QLADKRYRTGVDNYLTLLDAQRSLFTAQQQLITDRLN 434 (456)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHTTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3345566667777777777777777766666666665544 4456689999999999999999988888888888888
Q ss_pred hHHHHHHh---hchhhh
Q 005666 431 VLSTWINF---LEDSWV 444 (684)
Q Consensus 431 vv~tWInF---LEdTW~ 444 (684)
....|++. |-|+|.
T Consensus 435 ~~~a~~~L~~alGg~~~ 451 (456)
T d1wp1a_ 435 QLTSEVNLYKALGGGWN 451 (456)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTCSCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHhCCCCC
Confidence 88888654 445664
No 10
>d1ek9a_ f.5.1.1 (A:) Integral outer membrane protein TolC, efflux pump component {Escherichia coli [TaxId: 562]}
Probab=29.08 E-value=1.2e+02 Score=27.08 Aligned_cols=94 Identities=10% Similarity=0.099 Sum_probs=64.0
Q ss_pred chhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhhhchHHHHHHhhhhhcc
Q 005666 349 NESSEKEKEIGAEISELVKQRDHLEAELKKVNLSLAAAQARLRNAQEEREQFDEANDQIVEHLKTKEDELLKSIAACRVE 428 (684)
Q Consensus 349 nEvs~~EKEl~aEI~~LekqrdeLEAeLKkVN~sL~aA~aRl~n~rEERdQFdEA~nqiv~hLK~KEdELskSIasc~vE 428 (684)
.+.....+++..++..+..+.+.+..+++-....+..|...+ +..+.+|+.+..-+++-|.++.+-+..-+.--++.
T Consensus 314 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~a~~~~---~~~~~~y~~G~~s~~dll~a~~~~~~a~~~~~~a~ 390 (428)
T d1ek9a_ 314 EQLESAHRSVVQTVRSSFNNINASISSINAYKQAVVSAQSSL---DAMEAGYSVGTRTIVDVLDATTTLYNAKQELANAR 390 (428)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHTTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHCCCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344566677777777777777777777776666666555443 44556788888888888888777777666666666
Q ss_pred hhhHHHHHHhhchhhhH
Q 005666 429 SDVLSTWINFLEDSWVL 445 (684)
Q Consensus 429 A~vv~tWInFLEdTW~L 445 (684)
.+....++++.--++.|
T Consensus 391 ~~~~~a~~~L~~~~G~L 407 (428)
T d1ek9a_ 391 YNYLINQLNIKSALGTL 407 (428)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhCCC
Confidence 66666666655544443
No 11
>d2ap3a1 a.24.27.1 (A:12-196) Hypothetical protein MW0975 (SA0943) {Staphylococcus aureus [TaxId: 1280]}
Probab=26.88 E-value=78 Score=24.00 Aligned_cols=46 Identities=17% Similarity=0.184 Sum_probs=20.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 005666 356 KEIGAEISELVKQRDHLEAELKKVNLSLAAAQARLRNAQEEREQFD 401 (684)
Q Consensus 356 KEl~aEI~~LekqrdeLEAeLKkVN~sL~aA~aRl~n~rEERdQFd 401 (684)
+.+..++..+......++..++.+...+......+..++..-+++.
T Consensus 126 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 171 (185)
T d2ap3a1 126 KKAVNSEKTLFKYLNQNDATQQGVNEKSKAIEQNYKKLKEVSDKYT 171 (185)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhhhHHHHHHHHhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3344444444444444444444444444444444444444444443
No 12
>d1de4c1 a.48.2.1 (C:609-756) Transferrin receptor ectodomain, C-terminal domain {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=23.39 E-value=46 Score=28.60 Aligned_cols=66 Identities=11% Similarity=0.101 Sum_probs=30.8
Q ss_pred hhhhhhhHHHhhchhhhhhhhhhhhcccccccccHHHHHHHHHHhhhhc-------cchhHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 005666 25 VKNYADNVVHQAGQAVAEGAKILQDRIGVRSFKSVNQTIRRLEEAALSC-------RGPERVMLLRRWLTVLKEVEK 94 (684)
Q Consensus 25 V~~YadsVv~hAGqAVaeGAKilqdRig~rnykS~k~TvkRLEeaavs~-------rG~ERvqlLRRWl~~Lkeier 94 (684)
+..|||.+..+...--.-+.. +.+ ..-++..+..++..+..+|-.+ ..... ..+|+|=..|..+||
T Consensus 3 ~~~Ya~~L~~~~~~l~~~~~~-l~~--~~isl~~L~~Ai~~f~~AA~~f~~~~~~~~~~~~-~~~R~~N~~l~~~Er 75 (148)
T d1de4c1 3 YERYNSQLLSFVRDLNQYRAD-IKE--MGLSLQWLYSARGDFFRATSRLTTDFGNAEKTDR-FVMKKLNDRVMRVEY 75 (148)
T ss_dssp GGGHHHHHHHHHHHHHTTHHH-HHH--TTCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCTTCT-THHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHh--cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCH-HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 345666666653332221122 221 1123344444444444444433 32222 245777777888877
No 13
>d1uuja_ a.221.1.1 (A:) Lissencephaly-1 protein (Lis-1, PAF-AH alpha) N-terminal domain {Mouse (Mus musculus) [TaxId: 10090]}
Probab=22.79 E-value=43 Score=26.66 Aligned_cols=58 Identities=24% Similarity=0.354 Sum_probs=36.7
Q ss_pred hhHHHHHHHhHHH--HHHHhhcchhhh--------ccChHHHHHHHHHhhhhccccchhhhhhHHHHHHHHHHhhhh
Q 005666 182 KEVHHAITSSIQD--LATAISKYQDEV--------LVKREELLQFAQTAITGLKMNSDIERIDAEASDLKKRLEGMK 248 (684)
Q Consensus 182 kevH~aivssiqd--LA~afs~y~DEV--------LvKReELLqfaQ~AIsGLK~nadi~riD~Ea~~L~~kl~~~~ 248 (684)
-|+|.||+.-++- +.+++..+..|. ..|.+-||+ |-=+.|.|+-.++.+|..++++.+
T Consensus 8 eeL~kaI~~Yl~~~~~~~~~~~l~~e~~l~~~~~~~~ky~glLE---------KKWtSViRLQkKImdLE~~~~~lq 75 (76)
T d1uuja_ 8 DELNRAIADYLRSNGYEEAYSVFKKEAELDMNEELDKKYAGLLE---------KKWTSVIRLQKKVMELESKLNEAK 75 (76)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHTTCCCCHHHHHHHTTHHH---------HHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHCCcHHHHHHHHHHHCCCCChhhhhhhcCcch---------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 3789999877652 333333333332 333333333 666789999999999999887653
No 14
>d1fxkc_ a.2.5.1 (C:) Prefoldin alpha subunit {Archaeon Methanobacterium thermoautotrophicum [TaxId: 145262]}
Probab=20.36 E-value=63 Score=26.08 Aligned_cols=21 Identities=14% Similarity=0.211 Sum_probs=13.0
Q ss_pred chhhhhhHHHHHHHHHHhhhh
Q 005666 228 SDIERIDAEASDLKKRLEGMK 248 (684)
Q Consensus 228 adi~riD~Ea~~L~~kl~~~~ 248 (684)
|++..|-+....|++.|+.+.
T Consensus 1 a~L~eL~~~~~~l~~~l~~l~ 21 (133)
T d1fxkc_ 1 AALAEIVAQLNIYQSQVELIQ 21 (133)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 455566666666666666655
Done!