Query 007159
Match_columns 615
No_of_seqs 745 out of 3525
Neff 9.2
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 18:40:56 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/007159.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/007159hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 3E-36 1E-40 323.5 35.9 396 203-608 24-434 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.2E-35 7.6E-40 315.7 39.4 375 204-603 23-428 (438)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.7E-32 5.9E-37 287.3 17.2 358 210-595 3-364 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 4.8E-30 1.6E-34 278.8 29.1 388 215-609 21-473 (491)
5 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 1.6E-27 5.5E-32 258.7 33.6 399 206-612 11-467 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 1.2E-27 4.3E-32 254.5 19.8 373 219-610 19-402 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 7.7E-25 2.6E-29 239.8 22.8 161 221-382 26-197 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 1.5E-13 5E-18 146.6 16.9 170 214-383 259-433 (451)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 7.9E-11 2.7E-15 127.1 22.6 175 424-607 13-196 (491)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.3 1.9E-11 6.5E-16 129.7 16.3 152 221-377 272-426 (438)
11 2cfq_A Lactose permease; trans 99.3 2.2E-11 7.4E-16 128.9 13.7 143 241-385 258-401 (417)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 99.2 1.6E-10 5.5E-15 125.8 18.7 174 424-606 12-197 (524)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.1 2.4E-10 8E-15 118.7 13.1 166 428-603 4-170 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.1 5.1E-09 1.7E-13 112.8 19.7 181 209-389 279-468 (491)
15 3mkt_A Multi antimicrobial ext 36.3 3.4E+02 0.012 27.1 29.8 37 310-346 137-173 (460)
16 2g9p_A Antimicrobial peptide l 22.6 33 0.0011 18.8 1.0 14 261-274 2-15 (26)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=3e-36 Score=323.52 Aligned_cols=396 Identities=16% Similarity=0.206 Sum_probs=306.7
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHHHHHhhcCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhcCCchHHHHHHHHH
Q 007159 203 PKRWVVVLLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSKEFNWNSTTVGLIQSSFFWGYLLTQIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWW 282 (615)
Q Consensus 203 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~g~s~~~~g~i~s~~~l~~~l~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~~~l~ 282 (615)
+.+|+.+..+++..+...++...+.+.+|.+.+++ .+..++|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++.
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~ 102 (451)
T 1pw4_A 24 RLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILA 102 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHH
Confidence 34567777888888888888899999999999999 99999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHh----hhccChHHHHHHHHHHHhhhcchhhHHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhc
Q 007159 283 SVATVLTPV----AARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNNMLSKWIPVSERSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILIQ 358 (615)
Q Consensus 283 ~i~~~l~~~----~~~~~~~~ll~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~~ig~~l~~~l~~ 358 (615)
+++.+++++ ++ +++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+..+|.++||.+++++.+
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 180 (451)
T 1pw4_A 103 AAVMLFMGFVPWATS--SIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMA 180 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHCHHHHS--SSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhhhhccc--cHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999998 77 778899999999999999999999999999999999999999999999999999999999888
Q ss_pred CCC-chHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCCccccHHHHhh----hhc-CCccccccccccHHHHhhhhhHHHHHHH
Q 007159 359 KFG-WPSVFYSFGSLGSIWFALWLKKAYSSPKEDPELRAEEKRH----ILG-GSISKEAVSVIPWKLILSKAPVWALIIS 432 (615)
Q Consensus 359 ~~g-w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~-~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~l~ 432 (615)
.+| ||+.|++.+++.++..++.+...++.+++....+.++.+. ... ....+...+...++.+++++.++.+.+.
T Consensus 181 ~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 260 (451)
T 1pw4_A 181 WFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIA 260 (451)
T ss_dssp HTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHH
T ss_pred HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHH
Confidence 888 9999999888877666655554444433211110000000 000 0000111111124667888999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--hhccccHHHHHHHHHHHHHHH-H
Q 007159 433 HFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTL--VSKGLSITAVRKIMQSIGFLG-P 509 (615)
Q Consensus 433 ~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~l~g~l~dr~--g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~ 509 (615)
.++.......+..++|.|+++.+|++..+.+++.++..++.+++.++.|++.||+ ++|+.... ...+.. .
T Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~ 333 (451)
T 1pw4_A 261 NVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGV-------FFMTLVTI 333 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHH-------HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHH-------HHHHHHHH
Confidence 9998888999999999999998899999999999999999999999999999999 77743221 111111 1
Q ss_pred HHHHHHhccccchH-HHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhccCcchhhHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhhheeccCChh
Q 007159 510 AFFLTQLSHVRTPA-MAVLCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRYAGVLLGLSNTAGVL-AGVFGTAATGYILQRGSWD 587 (615)
Q Consensus 510 ~~~l~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~gl~~~~~~l-g~~igp~l~G~l~~~~g~~ 587 (615)
.+.++........+ ..+..++.+.+.............+..+++.+|++.|+.+.+..+ |..++|.+.|++.+..||.
T Consensus 334 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~ 413 (451)
T 1pw4_A 334 ATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWD 413 (451)
T ss_dssp HHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSH
T ss_pred HHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcH
Confidence 22222222212333 333333344433333333344556667788999999999999999 9999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 007159 588 DVFKVAVVLYIIGTLVWNLFA 608 (615)
Q Consensus 588 ~~f~~~~~~~l~~~l~~~~~~ 608 (615)
..|++.+++.+++.++.++..
T Consensus 414 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 414 GGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999988888877766543
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.2e-35 Score=315.66 Aligned_cols=375 Identities=13% Similarity=0.148 Sum_probs=290.5
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHHHHHhhcCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhcCCchHHHHHHHHHH
Q 007159 204 KRWVVVLLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSKEFNWNSTTVGLIQSSFFWGYLLTQIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWS 283 (615)
Q Consensus 204 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~g~s~~~~g~i~s~~~l~~~l~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~~~l~~ 283 (615)
+++..+..+++.++..+++.....+..|.+.+++|++..++|++.+++.+++.++.+++|+++||+|||++++++.++.+
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 34556666677777788888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHH---HhhhccChHHHHHHHHHHHhhhcchhhHHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhh-cC
Q 007159 284 VATVLT---PVAARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNNMLSKWIPVSERSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILI-QK 359 (615)
Q Consensus 284 i~~~l~---~~~~~~~~~~ll~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~~ig~~l~~~l~-~~ 359 (615)
++.+++ .+++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.+++|+++|++++++.+.+..+|.++||.+++.+. +.
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 180 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWPAAEIM--NYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSN 180 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTT--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHhccccc--cHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 999988 6667 88999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998 65
Q ss_pred CC-------------------------chHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCCccccHHHHhhhhcCCcccccccc
Q 007159 360 FG-------------------------WPSVFYSFGSLGSIWFALWLKKAYSSPKEDPELRAEEKRHILGGSISKEAVSV 414 (615)
Q Consensus 360 ~g-------------------------w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 414 (615)
.+ ||+.|++.+++.++..++++....++.+++++.++ ++....
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~------------~~~~~~ 248 (438)
T 3o7q_A 181 VPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDA------------KQGSFS 248 (438)
T ss_dssp SCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCS------------STTSHH
T ss_pred cccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccccccc------------cccchh
Confidence 55 99999887777666555544432211111110000 011112
Q ss_pred ccHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHhCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccc
Q 007159 415 IPWKLILSKAPVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTY-YNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTLVSKGLS 493 (615)
Q Consensus 415 ~~~~~l~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~-~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~l~g~l~dr~g~~~~~ 493 (615)
.+++.++++|.++...+..++..........++|.| +++.+|++..+.+.+.++..++.++++++.|++.||+++|+..
T Consensus 249 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~ 328 (438)
T 3o7q_A 249 ASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVL 328 (438)
T ss_dssp HHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHH
T ss_pred hhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHH
Confidence 356778899999999998888888888899999999 8888899999999999999999999999999999999988643
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhccCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 494 ITAVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVRTPAMAVLCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRYAGVLLGLSNTAGVLAGVFG 573 (615)
Q Consensus 494 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~gl~~~~~~lg~~ig 573 (615)
... .++..+.+......+.....+...+.+.+.....+.......+..+++ ++.+.++.. ...+|..++
T Consensus 329 ~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~ 397 (438)
T 3o7q_A 329 AAY---------ALIAMALCLISAFAGGHVGLIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIV 397 (438)
T ss_dssp HHH---------HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHH
T ss_pred HHH---------HHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHH
Confidence 321 111111112222223333344444444444444443333345555544 888888877 678999999
Q ss_pred HHHhhheeccCC-hhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 574 TAATGYILQRGS-WDDVFKVAVVLYIIGTLV 603 (615)
Q Consensus 574 p~l~G~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~l~~~l~ 603 (615)
|.+.|++.|..| ++..|.+.+++.++..++
T Consensus 398 ~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
T 3o7q_A 398 TPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIFIF 428 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999977 999988776665554443
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.98 E-value=1.7e-32 Score=287.33 Aligned_cols=358 Identities=14% Similarity=0.136 Sum_probs=278.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHHHHHhhcCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 210 LLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSKEFNWNSTTVGLIQSSFFWGYLLTQIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWSVATVLT 289 (615)
Q Consensus 210 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~g~s~~~~g~i~s~~~l~~~l~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~~~l~~i~~~l~ 289 (615)
+++++..++..++...+.+.+|.+.+++|.+..+++++.+++.++..++.+++|+++||+|||+++..+.++.+++.++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34555667777888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HhhhccChHHHHHHHHHHHhhhcchhhHHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhcCCCchHHHHHH
Q 007159 290 PVAARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNNMLSKWIPVSERSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILIQKFGWPSVFYSF 369 (615)
Q Consensus 290 ~~~~~~~~~~ll~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~~ig~~l~~~l~~~~gw~~~f~~~ 369 (615)
++++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+..+|.+++|.+++++.+..|||+.|++.
T Consensus 83 ~~~~--~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 160 (375)
T 2gfp_A 83 VTTS--SLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFL 160 (375)
T ss_dssp HHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHH
Confidence 9888 78889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999988999999988
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCCccccHHHHhhhhcCCccccccccccHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 370 GSLGSIWFALWLKKAYSSPKEDPELRAEEKRHILGGSISKEAVSVIPWKLILSKAPVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPT 449 (615)
Q Consensus 370 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~ 449 (615)
+++.++..++.....+++++++++. .....++++++++|.++...+..++.......+..++|.
T Consensus 161 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 224 (375)
T 2gfp_A 161 LVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR----------------TRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGV 224 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC----------------CCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc----------------ccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8777665553433333332221110 001124566788899999988888888888899999999
Q ss_pred HHHHHhCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHH-HHHHHH--HHHhccccchHHH-
Q 007159 450 YYNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTLVSKGLSITAVRKIMQSIGF-LGPAFF--LTQLSHVRTPAMA- 525 (615)
Q Consensus 450 ~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~l~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~--l~~~~~~~~~~~~- 525 (615)
|+++.+|+++.+.+.+.....++.+++.++.+++.||++++ .. ..... ...+.. ..........+..
T Consensus 225 ~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 295 (375)
T 2gfp_A 225 LMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MW-------QSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLL 295 (375)
T ss_dssp SSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HH-------HHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HH-------HHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHH
Confidence 99998899999999999999999999999999999998762 11 11111 111111 0111001122322
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhccCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhheeccCChhHHHHHHHH
Q 007159 526 VLCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRYAGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQRGSWDDVFKVAVV 595 (615)
Q Consensus 526 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~gl~~~~~~lg~~igp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~ 595 (615)
+...+.+.+.....+.......+.. |+++|++.|+.+....+|..++|.+.|.+.+..++...+.+.+.
T Consensus 296 ~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~-p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~ 364 (375)
T 2gfp_A 296 VPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPF-PFLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMTLM 364 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhC-CcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHHHH
Confidence 3333333333333333333344444 48999999999999999999999999999888888777766443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.97 E-value=4.8e-30 Score=278.79 Aligned_cols=388 Identities=13% Similarity=0.101 Sum_probs=263.1
Q ss_pred HHHHHhhhhhHHHHhHHH-HHhh-----cCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhh-cCCchHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 215 AFLLCNMDRVNMSIAILP-MSKE-----FNWNSTTVGLIQSSFFWGYLLTQIVGGIWADK-FGGKPVLGFGVIWWSVATV 287 (615)
Q Consensus 215 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-i~~~-----~g~s~~~~g~i~s~~~l~~~l~~~~~G~l~Dr-~Grk~~l~~~~~l~~i~~~ 287 (615)
..+...+....+...++. +.++ +|++..++|++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+
T Consensus 21 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~ 100 (491)
T 4aps_A 21 TEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHI 100 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 333333444444344444 4444 99999999999999999999999999999999 8999999999999999999
Q ss_pred HHHhhhccChHHHHHHHHHHHhhhcchhhHHHHHhhhcccccc--hhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhcCCCchHH
Q 007159 288 LTPVAARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNNMLSKWIPVSE--RSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILIQKFGWPSV 365 (615)
Q Consensus 288 l~~~~~~~~~~~ll~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~lG~~ig~~l~~~l~~~~gw~~~ 365 (615)
++++++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++ |+.++++++.+..+|.++||.+++++.+..|||+.
T Consensus 101 ~~~~~~--~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~ 178 (491)
T 4aps_A 101 VLALPF--GASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVA 178 (491)
T ss_dssp HHHSCC--STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHH
T ss_pred HHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHH
Confidence 999887 78889999999999999999999999999999988 77888889999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCC-----CCccccHHHHhhhhc-------------------CCcc-cc----------
Q 007159 366 FYSFGSLGSIWFALWLKKAYSSPK-----EDPELRAEEKRHILG-------------------GSIS-KE---------- 410 (615)
Q Consensus 366 f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~-------------------~~~~-~~---------- 410 (615)
|++.++..++..++.+...++..+ ++.+...++.++..+ +... ..
T Consensus 179 f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 258 (491)
T 4aps_A 179 FSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAI 258 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHH
Confidence 998876665555444433222111 111111111111000 0000 00
Q ss_pred -----------ccccccHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 411 -----------AVSVIPWKLILSKAPVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANM 479 (615)
Q Consensus 411 -----------~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~l 479 (615)
...........+....+.+.+..++..........++|.|.++..+.+....+.+.....++..++.++
T Consensus 259 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 338 (491)
T 4aps_A 259 AIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPF 338 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHH
Confidence 000000001111122344444555555556666778899999888888777788888888999999999
Q ss_pred HHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc----------ccchHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhc
Q 007159 480 GGWIADTLVSKGLSITAVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSH----------VRTPAMAVLCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQD 549 (615)
Q Consensus 480 ~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 549 (615)
.+++.||+++|+..... .+..+.+..++.+..... .+..+..+..++.+.+.....+.......+.
T Consensus 339 ~~~l~~r~~~r~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 414 (491)
T 4aps_A 339 FAWLWTAWKKNQPSSPT----KFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKL 414 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTTTC---CHH----HHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhccCCCchH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHh
Confidence 99999999988653311 111222222222211111 1233333344444444444445555556667
Q ss_pred cCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhheeccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 007159 550 IGPRYAGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQRGSWDDVFKVAVVLYIIGTLVWNLFAT 609 (615)
Q Consensus 550 ~~~~~~g~~~gl~~~~~~lg~~igp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~l~~~~~~~ 609 (615)
.|++.||++.|+.+....+|..++|.+.|++.+. ++...|.+.+++++++.++.++..+
T Consensus 415 ~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 473 (491)
T 4aps_A 415 APKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK-SEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSK 473 (491)
T ss_dssp TTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS-STTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC--
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7789999999999999999999999999988764 6777888887777777666555433
No 5
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.96 E-value=1.6e-27 Score=258.71 Aligned_cols=399 Identities=15% Similarity=0.169 Sum_probs=258.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHHHHHhhcCC--------CchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhcCCchHHHH
Q 007159 206 WVVVLLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSKEFNW--------NSTTVGLIQSSFFWGYLLTQIVGGIWADKFGGKPVLGF 277 (615)
Q Consensus 206 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~g~--------s~~~~g~i~s~~~l~~~l~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~ 277 (615)
|.+.+...++.++.+++...++.++|.+.++++. +..+.|++.+++.+|.+++++++|+++||+|||+++++
T Consensus 11 ~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~ 90 (491)
T 4gc0_A 11 FSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKI 90 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHH
Confidence 4444455566778888888888889988877742 34567899999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHh------------------hhccChHHHHHHHHHHHhhhcchhhHHHHHhhhcccccchhhHHHHHH
Q 007159 278 GVIWWSVATVLTPV------------------AARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNNMLSKWIPVSERSRSLAFVY 339 (615)
Q Consensus 278 ~~~l~~i~~~l~~~------------------~~~~~~~~ll~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~ 339 (615)
+.+++.++.+++++ ++ +++.++++|+++|++.|...+....+++|+.|+++|++..++..
T Consensus 91 ~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~--~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~ 168 (491)
T 4gc0_A 91 AAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAG--YVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQ 168 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGG--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhh
Confidence 99999999999884 44 78999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhHhhhhcC--------CCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCC-----CccccHHHHhhhhcC-
Q 007159 340 SGMYLGSVTGLAVSPILIQK--------FGWPSVFYSFGSLGSIWFALWLKKAYSSPKE-----DPELRAEEKRHILGG- 405 (615)
Q Consensus 340 ~~~~lG~~ig~~l~~~l~~~--------~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~- 405 (615)
.+..+|.++++.++..+... .+||+.+.+..+..++..+ .....++.|.. +.+...+..++..+.
T Consensus 169 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~ 247 (491)
T 4gc0_A 169 FAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLM-LLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNT 247 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHH-HGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhh-hhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCc
Confidence 99999999999888776543 2355555544444333333 33333433211 000000000000000
Q ss_pred ----------CccccccccccHHHHhhhhhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCChhHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 406 ----------SISKEAVSVIPWKLILSKAPVWALIISHFCH-NWGTFILLTWMPTYYNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTMA 474 (615)
Q Consensus 406 ----------~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~l~~~~~-~~~~~~~~~~~p~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~i~~~ 474 (615)
....+..+........+.+.........++. ..+...+..+.|.+.+. .+.+.........+.++...
T Consensus 248 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 326 (491)
T 4gc0_A 248 LATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT-LGASTDIALLQTIIVGVINL 326 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH-SSCCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh-cCCCccchhhHHHHHHHHHH
Confidence 0000000011112222233333333333333 33344455555555544 68888888777788888899
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHhh-hhhhhhhhhhhhhhccCcc
Q 007159 475 VFANMGGWIADTLVSKGLSITAVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVRTPAMAVLCMACSQG-SDAFSQSGLYSNHQDIGPR 553 (615)
Q Consensus 475 ig~~l~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 553 (615)
++.++.+++.||+|||+....+. ....++++..+. ............+...+...+ ..+..+.......+..|.+
T Consensus 327 ~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~--~~~~~~~~~l~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~ 402 (491)
T 4gc0_A 327 TFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGA--LGMAIGMFSLGT--AFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNA 402 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHH--HHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhcCcchhccch--HHHHHHHHHHHH--HHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHh
Confidence 99999999999999997554332 111111111111 111122222222222222222 2222233333445567779
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhheecc------CChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc
Q 007159 554 YAGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQR------GSWDDVFKVAVVLYIIGTLVWNLFATGER 612 (615)
Q Consensus 554 ~~g~~~gl~~~~~~lg~~igp~l~G~l~~~------~g~~~~f~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~k 612 (615)
.|+++.|+.+.+..+++.+++.+.+.+.+. .++...|++.+++++++.++.+++.++.|
T Consensus 403 ~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 403 IRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 999999999999999999999888777643 35566788888888888777666554443
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.95 E-value=1.2e-27 Score=254.51 Aligned_cols=373 Identities=12% Similarity=0.029 Sum_probs=235.9
Q ss_pred HhhhhhHHHHhHHHH-HhhcCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHHH---HHHhhhc
Q 007159 219 CNMDRVNMSIAILPM-SKEFNWNSTTVGLIQSSFFWGYLLTQIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWSVATV---LTPVAAR 294 (615)
Q Consensus 219 ~~~~~~~~~~~~~~i-~~~~g~s~~~~g~i~s~~~l~~~l~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~~~l~~i~~~---l~~~~~~ 294 (615)
.........+.+|.+ .+++|++..++|++.+++.+++.++++++|+++||+|||++++++.++.+++.. ...+...
T Consensus 19 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 98 (417)
T 2cfq_A 19 YFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPL 98 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 333444445666664 556899999999999999999999999999999999999999988877654321 1122210
Q ss_pred cChHHHHHHHHHHHhhhcchhhHHHHHhhhcccc--cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhcCCCchHHHHHHHHH
Q 007159 295 IGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNNMLSKWIPV--SERSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILIQKFGWPSVFYSFGSL 372 (615)
Q Consensus 295 ~~~~~ll~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~lG~~ig~~l~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~ 372 (615)
. ...++..+++.|++.+...+.....+.++.++ ++++..++.......+|..++|.+++++.+ .+|++.|++.++.
T Consensus 99 ~-~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f~~~~~~ 176 (417)
T 2cfq_A 99 L-QYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVFWLGSGC 176 (417)
T ss_dssp H-HTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHHTTTTTT
T ss_pred H-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHHHHHHHH
Confidence 0 00123345555555554444444444444432 456777888888889999999999999887 5899999876665
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhcCCCCCCccccHHHHhhhhcCCccccccccccHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 373 GSIWFALWLKKAYSSPKEDPELRAEEKRHILGGSISKEAVSVIPWKLILSKAPVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYN 452 (615)
Q Consensus 373 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~ 452 (615)
.++..+..+...+++++..++. +.. ..+++.....+++.+++++.++.+.+..++....+..+..++|.|+.
T Consensus 177 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 248 (417)
T 2cfq_A 177 ALILAVLLFFAKTDAPSSATVA---NAV-----GANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFT 248 (417)
T ss_dssp TTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSS---SSS-----SSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHcCcccccccccc---ccc-----ccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4433333332222221111000 000 00011111234566788888887776655555555666677899987
Q ss_pred HHhCC---ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHH-
Q 007159 453 QVLKF---NLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTLVSKGLSITAVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVRTPAMAVLC- 528 (615)
Q Consensus 453 ~~~g~---s~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~l~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~- 528 (615)
+.++. +....++..++..++.+++.++.+++.||+++|+.+.. +.++.++.+.........+..+..
T Consensus 249 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 319 (417)
T 2cfq_A 249 SFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLL---------AGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILK 319 (417)
T ss_dssp HTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHT
T ss_pred HHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHH
Confidence 75542 23455777778888888999999999999998864321 111222222222222233322222
Q ss_pred HHHHhhhhhhhhhhhhhhhhccCcchhhHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHhhheeccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 529 MACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRYAGVLLGL-SNTAGVLAGVFGTAATGYILQRGSWDDVFKVAVVLYIIGTLVWNLF 607 (615)
Q Consensus 529 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~gl-~~~~~~lg~~igp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~l~~~~~ 607 (615)
.+.+.+.............+..|++.||++.++ ++....+|+.++|.+.|++.+..|+...|.+.+++++++.++.+..
T Consensus 320 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~ 399 (417)
T 2cfq_A 320 TLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFT 399 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Confidence 222222222222333345556677999999999 4888899999999999999998899999999998888887765554
Q ss_pred hcC
Q 007159 608 ATG 610 (615)
Q Consensus 608 ~~~ 610 (615)
.++
T Consensus 400 ~~~ 402 (417)
T 2cfq_A 400 LSG 402 (417)
T ss_dssp SCC
T ss_pred hcC
Confidence 443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.93 E-value=7.7e-25 Score=239.79 Aligned_cols=161 Identities=17% Similarity=0.237 Sum_probs=138.4
Q ss_pred hhhhHHHHhHHH-HHhhcC------CCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhc-CCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 007159 221 MDRVNMSIAILP-MSKEFN------WNSTTVGLIQSSFFWGYLLTQIVGGIWADKF-GGKPVLGFGVIWWSVATVLTPVA 292 (615)
Q Consensus 221 ~~~~~~~~~~~~-i~~~~g------~s~~~~g~i~s~~~l~~~l~~~~~G~l~Dr~-Grk~~l~~~~~l~~i~~~l~~~~ 292 (615)
+....+.+.++. +.+++| ++..++|++.+++.++..++.+++|+++||+ |||+++.++.++.+++.++++++
T Consensus 26 ~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 105 (524)
T 2xut_A 26 FSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIF 105 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 333334444444 567889 9999999999999999999999999999999 99999999999999999888877
Q ss_pred hccChHHHHHHHHHHHhhhcchhhHHHHHhhhcccccchhhHHHH---HHHHHHHHHHHHhhhHhhhhcCCCchHHHHHH
Q 007159 293 ARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNNMLSKWIPVSERSRSLAF---VYSGMYLGSVTGLAVSPILIQKFGWPSVFYSF 369 (615)
Q Consensus 293 ~~~~~~~ll~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~lG~~ig~~l~~~l~~~~gw~~~f~~~ 369 (615)
+ .+++.+++.|++.|++.+...+...+++.+++|+++|+++.+. ...+..+|.++||.+++++.+..||++.|++.
T Consensus 106 ~-~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~ 184 (524)
T 2xut_A 106 E-HSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIP 184 (524)
T ss_dssp S-SCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHH
T ss_pred c-ccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHH
Confidence 5 2577899999999999999999999999999999999876665 88999999999999999999989999999988
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHh
Q 007159 370 GSLGSIWFALWLK 382 (615)
Q Consensus 370 ~~~~~~~~~~~~~ 382 (615)
+++.++..++++.
T Consensus 185 ~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 185 GVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHH
Confidence 8776665554443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.52 E-value=1.5e-13 Score=146.59 Aligned_cols=170 Identities=15% Similarity=0.089 Sum_probs=141.6
Q ss_pred HHHHHHhhhhhHHHHhHHHHHhh-cCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhc--CCchHHHHHHHHHH-HHHHHH
Q 007159 214 SAFLLCNMDRVNMSIAILPMSKE-FNWNSTTVGLIQSSFFWGYLLTQIVGGIWADKF--GGKPVLGFGVIWWS-VATVLT 289 (615)
Q Consensus 214 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~-~g~s~~~~g~i~s~~~l~~~l~~~~~G~l~Dr~--Grk~~l~~~~~l~~-i~~~l~ 289 (615)
+..++.......+....|.+.++ +|++..+.+++.++..++.+++.++.|++.||+ |+|+.+.++.++.. ++.++.
T Consensus 259 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 338 (451)
T 1pw4_A 259 IANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVY 338 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33344445555566677777666 899999999999999999999999999999999 99999888877766 666666
Q ss_pred HhhhccChHHHHHHHHHHHhhhcchhhHHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHHHHH-HHHHHhhhHhhhhcCCCchHHHHH
Q 007159 290 PVAARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNNMLSKWIPVSERSRSLAFVYSGMYL-GSVTGLAVSPILIQKFGWPSVFYS 368 (615)
Q Consensus 290 ~~~~~~~~~~ll~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~l-G~~ig~~l~~~l~~~~gw~~~f~~ 368 (615)
.+.+..+.+.+++..++.|++.+...+....++.+.+|+++|++++|+.+....+ |..++|.+.+++.+..||++.|++
T Consensus 339 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~ 418 (451)
T 1pw4_A 339 WMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMV 418 (451)
T ss_dssp TSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHH
T ss_pred HHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHH
Confidence 6654336777788888999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999999998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhh
Q 007159 369 FGSLGSIWFALWLKK 383 (615)
Q Consensus 369 ~~~~~~~~~~~~~~~ 383 (615)
.+++.++..++.+..
T Consensus 419 ~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 419 MIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 887776665555443
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.33 E-value=7.9e-11 Score=127.10 Aligned_cols=175 Identities=10% Similarity=0.047 Sum_probs=131.9
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hhhccccHHHH
Q 007159 424 APVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQV-----LKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADT-LVSKGLSITAV 497 (615)
Q Consensus 424 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~l~g~l~dr-~g~~~~~~~~~ 497 (615)
+.++.+.+..++..+.++....+++.|+++. +|++..+.+++.+...++..++.++.|+++|| +|+|+.+..+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~- 91 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWG- 91 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHH-
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHH-
Confidence 3567777777888888889999999999998 99999999999999999999999999999999 8999654322
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc-cchHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhccCcch--hhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 498 RKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHV-RTPAMAVLCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRY--AGVLLGLSNTAGVLAGVFGT 574 (615)
Q Consensus 498 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~g~~~gl~~~~~~lg~~igp 574 (615)
.++..+........ +...+.+..++.+.+.....+.......+..++++ |+.+.++.+....+|..++|
T Consensus 92 --------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 163 (491)
T 4aps_A 92 --------GVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAP 163 (491)
T ss_dssp --------HHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --------HHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11222222222223 33344444444455544455555555666677777 78889989999999999999
Q ss_pred HHhhheeccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 575 AATGYILQRGSWDDVFKVAVVLYIIGTLVWNLF 607 (615)
Q Consensus 575 ~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~l~~~~~ 607 (615)
.++|++.+..||+..|++.+++.+++.+++.+.
T Consensus 164 ~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 164 LIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999999999999999999888877777666544
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.32 E-value=1.9e-11 Score=129.67 Aligned_cols=152 Identities=11% Similarity=0.057 Sum_probs=123.5
Q ss_pred hhhhHHHHhHHHH-Hhh-cCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccChH
Q 007159 221 MDRVNMSIAILPM-SKE-FNWNSTTVGLIQSSFFWGYLLTQIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWSVATVLTPVAARIGLP 298 (615)
Q Consensus 221 ~~~~~~~~~~~~i-~~~-~g~s~~~~g~i~s~~~l~~~l~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~~~l~~i~~~l~~~~~~~~~~ 298 (615)
.....+....|.+ .++ +|.+..+.+++.+++.++..++.++.|++.||+|||+++.++.++.+++.++..+.+ +.+
T Consensus 272 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~ 349 (438)
T 3o7q_A 272 GAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAG--GHV 349 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--HHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC--CcH
Confidence 3334444555655 555 599999999999999999999999999999999999999999999988888877766 333
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhcchhhHHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhcCCC-chHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 299 FLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNNMLSKWIPVSERSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILIQKFG-WPSVFYSFGSLGSIWF 377 (615)
Q Consensus 299 ~ll~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~~ig~~l~~~l~~~~g-w~~~f~~~~~~~~~~~ 377 (615)
. ++..++.|++.+...+...++..+.+|++ ++.+.++.. ...+|..++|.+.|++.+..| ++..|++.+++.++..
T Consensus 350 ~-~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 426 (438)
T 3o7q_A 350 G-LIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIF 426 (438)
T ss_dssp H-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHH
T ss_pred H-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3 44458889999999999999999999755 888888877 567999999999999999988 9999887655544433
No 11
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.27 E-value=2.2e-11 Score=128.92 Aligned_cols=143 Identities=9% Similarity=0.038 Sum_probs=118.6
Q ss_pred chhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccChHHHHHHHHHHHhhhcchhhHHHH
Q 007159 241 STTVGLIQSSFFWGYLLTQIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWSVATVLTPVAARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNN 320 (615)
Q Consensus 241 ~~~~g~i~s~~~l~~~l~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~~~l~~i~~~l~~~~~~~~~~~ll~~r~l~G~~~~~~~~~~~~ 320 (615)
...++++.++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.+ +.+.+++..++.+++.+...+....
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 335 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFAT--SALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFK 335 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC--SHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45668888888889999999999999999999999988888888777766665 6666777777888887777777889
Q ss_pred HhhhcccccchhhHHHH-HHHHHHHHHHHHhhhHhhhhcCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Q 007159 321 MLSKWIPVSERSRSLAF-VYSGMYLGSVTGLAVSPILIQKFGWPSVFYSFGSLGSIWFALWLKKAY 385 (615)
Q Consensus 321 ~i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~lG~~ig~~l~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 385 (615)
++.|.+|++.|+.+.++ ++....+|.+++|.++|++.+..|+...|++.+++.++..++.+...+
T Consensus 336 ~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~ 401 (417)
T 2cfq_A 336 YITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLS 401 (417)
T ss_dssp HHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSC
T ss_pred HHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Confidence 99999999999999998 478888999999999999998888888888877777666655444333
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.24 E-value=1.6e-10 Score=125.79 Aligned_cols=174 Identities=13% Similarity=0.072 Sum_probs=127.8
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhC------CChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hhccccHHH
Q 007159 424 APVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLK------FNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTL-VSKGLSITA 496 (615)
Q Consensus 424 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~g------~s~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~l~g~l~dr~-g~~~~~~~~ 496 (615)
+.++.+.+..++..++.+....++|.|+++.+| ++..+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |+|+.+..+
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~ 91 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWL 91 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHH
Confidence 456677777888888888899999999998899 9999999999999999999999999999999 998644322
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc-chH-HHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhccCcchhhHHHHH---HHHHHHHHHH
Q 007159 497 VRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVR-TPA-MAVLCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRYAGVLLGL---SNTAGVLAGV 571 (615)
Q Consensus 497 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~gl---~~~~~~lg~~ 571 (615)
.++..+......... ..+ +.+..++.+.+.....+.......+..++++|+++.+. .+....+|..
T Consensus 92 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 162 (524)
T 2xut_A 92 ---------SLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSF 162 (524)
T ss_dssp ---------HHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---------HHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 111111111111222 333 33444444444444445555556667788888766655 8899999999
Q ss_pred HHHHHhhheeccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 572 FGTAATGYILQRGSWDDVFKVAVVLYIIGTLVWNL 606 (615)
Q Consensus 572 igp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~l~~~~ 606 (615)
++|.++|++.+..||+..|++.+++.+++.+++.+
T Consensus 163 ~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 163 FASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999899999999988887776665544
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.14 E-value=2.4e-10 Score=118.73 Aligned_cols=166 Identities=11% Similarity=0.023 Sum_probs=119.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 428 ALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTLVSKGLSITAVRKIMQSIGFL 507 (615)
Q Consensus 428 ~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~l~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 507 (615)
.+.+..++...........+|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+|+|+.+..+. ....++..
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~--~~~~~~~~ 80 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGM--SIFMLATL 80 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHH--HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHH--HHHHHHHH
Confidence 34455566666666677777876554 8999999999999999999999999999999999998876443 11122221
Q ss_pred HHHHHHHHhccccchHHHH-HHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhccCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhheeccCCh
Q 007159 508 GPAFFLTQLSHVRTPAMAV-LCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRYAGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQRGSW 586 (615)
Q Consensus 508 ~~~~~l~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~gl~~~~~~lg~~igp~l~G~l~~~~g~ 586 (615)
... ..+..+.++ ..++.+.+.....+.......+..++++|+++.++.+....+|..++|.+++++.+..+|
T Consensus 81 ~~~-------~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~ 153 (375)
T 2gfp_A 81 VAV-------TTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNW 153 (375)
T ss_dssp HHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHH
T ss_pred HHH-------HhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccH
Confidence 111 112333333 333334443334444444455666779999999999999999999999999999998899
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 587 DDVFKVAVVLYIIGTLV 603 (615)
Q Consensus 587 ~~~f~~~~~~~l~~~l~ 603 (615)
+..|++.+++.++..++
T Consensus 154 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 170 (375)
T 2gfp_A 154 RACYLFLLVLCAGVTFS 170 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999888877766653
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.06 E-value=5.1e-09 Score=112.77 Aligned_cols=181 Identities=15% Similarity=0.075 Sum_probs=129.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHHHHHhhcCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 209 VLLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSKEFNWNSTTVGLIQSSFFWGYLLTQIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWSVATVL 288 (615)
Q Consensus 209 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~g~s~~~~g~i~s~~~l~~~l~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~~~l~~i~~~l 288 (615)
........+........+....+.+.+..+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+..+..++.+.
T Consensus 279 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~ 358 (491)
T 4gc0_A 279 VIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFS 358 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHH
Confidence 33334444444455555666777888888888888888888888899999999999999999999999998888877766
Q ss_pred HHhhh--ccChHHHHHHHHHHHhh-hcchhhHHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhc------C
Q 007159 289 TPVAA--RIGLPFLLIMRAFMGIG-EGVAMPAMNNMLSKWIPVSERSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILIQ------K 359 (615)
Q Consensus 289 ~~~~~--~~~~~~ll~~r~l~G~~-~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~~ig~~l~~~l~~------~ 359 (615)
.+... ....+..++..++...+ .....+....+.+|.+|.+.|++++|+......+|.++++.+.+.+.+ .
T Consensus 359 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~ 438 (491)
T 4gc0_A 359 LGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAH 438 (491)
T ss_dssp HHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Confidence 54332 11222222222222222 223346778899999999999999999999999999999888776543 3
Q ss_pred CCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCC
Q 007159 360 FGWPSVFYSFGSLGSIWFALWLKKAYSSPK 389 (615)
Q Consensus 360 ~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 389 (615)
.++.+.|++.++++++..++.++..|+.+.
T Consensus 439 ~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 439 FHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp HTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 456778888888888777777666665443
No 15
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=36.33 E-value=3.4e+02 Score=27.11 Aligned_cols=37 Identities=8% Similarity=-0.163 Sum_probs=19.2
Q ss_pred hhcchhhHHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHHHHHHH
Q 007159 310 GEGVAMPAMNNMLSKWIPVSERSRSLAFVYSGMYLGS 346 (615)
Q Consensus 310 ~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~ 346 (615)
..+.............+...++.+...+......+-.
T Consensus 137 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 173 (460)
T 3mkt_A 137 IFAVPAYLLFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLLLN 173 (460)
T ss_dssp GGHHHHHHHHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3334444445555666666666665555555444433
No 16
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=22.63 E-value=33 Score=18.78 Aligned_cols=14 Identities=36% Similarity=0.536 Sum_probs=11.1
Q ss_pred hhHHhhhhcCCchH
Q 007159 261 VGGIWADKFGGKPV 274 (615)
Q Consensus 261 ~~G~l~Dr~Grk~~ 274 (615)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 35889999999854
Done!