Query 008070
Match_columns 579
No_of_seqs 753 out of 3687
Neff 9.5
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 17:25:06 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/008070.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/008070hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.7E-33 5.8E-38 297.1 30.4 357 208-572 64-434 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 3.5E-31 1.2E-35 278.3 34.7 334 208-567 63-428 (438)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 4.6E-30 1.6E-34 264.4 11.3 326 206-559 35-364 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 6.9E-28 2.4E-32 257.3 26.5 363 206-573 54-473 (491)
5 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.3E-26 8E-31 245.4 33.0 364 205-576 54-467 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 2.4E-25 8.3E-30 232.7 16.9 349 208-576 45-404 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 1.1E-22 3.6E-27 219.0 21.6 139 208-347 56-198 (524)
8 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 4E-11 1.4E-15 127.2 22.5 176 388-571 13-196 (491)
9 2xut_A Proton/peptide symporte 99.3 1E-10 3.6E-15 125.2 19.1 177 387-570 11-197 (524)
10 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.3 8E-11 2.7E-15 123.2 17.5 181 386-572 26-207 (451)
11 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.3 2.5E-10 8.5E-15 119.0 21.0 175 390-571 28-229 (438)
12 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.2 1.1E-10 3.9E-15 119.1 13.4 168 391-568 3-171 (375)
13 2cfq_A Lactose permease; trans 99.1 1.9E-10 6.6E-15 119.4 11.2 130 220-351 273-403 (417)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 98.8 9.7E-08 3.3E-12 100.9 16.1 139 217-355 323-470 (491)
15 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 56.3 1.8E+02 0.0062 29.8 20.5 52 290-341 20-73 (501)
16 2g9p_A Antimicrobial peptide l 24.7 29 0.00098 18.5 1.0 14 225-238 2-15 (26)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.7e-33 Score=297.09 Aligned_cols=357 Identities=14% Similarity=0.176 Sum_probs=274.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----hhccCHHHHHHHHHHHHhhhhchhhHHH
Q 008070 208 VVLLCFSAFLLCNMDRIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWSVATVLTPV----AARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMN 283 (579)
Q Consensus 208 v~~l~~~~~~~~~l~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~ll~~~----a~~~~~~~ll~~r~l~Gig~g~~~~~~~ 283 (579)
+.++.+...++..++.+++|+++||+|||++++++.++.+++.+++++ ++ +++.++++|+++|++.+...+...
T Consensus 64 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~ 141 (451)
T 1pw4_A 64 LGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATS--SIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCG 141 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHS--SSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccc--cHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHH
Confidence 466677778888888999999999999999999999999999999999 88 889999999999999999999999
Q ss_pred HHHhcccCcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccC-cchHHHHhhHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCChhhcHHH
Q 008070 284 NMLSKWIPVSERSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILIQKFG-WPSVFYSFGSLGSIWFALWLKKAYSSPKEDPELRAEE 362 (579)
Q Consensus 284 ~~i~~~~~~~~r~~~~g~~~~~~~lG~~lgp~i~~~l~~~~g-wr~~f~i~~~~~li~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 362 (579)
+++.|++|+++|++++++...+..+|.+++|++++++.+..| ||+.|++.+++.++..++.++..+++++.....+.++
T Consensus 142 ~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 221 (451)
T 1pw4_A 142 RTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEE 221 (451)
T ss_dssp HHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTT
T ss_pred HHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhh
Confidence 999999999999999999999999999999999999888898 9999999998888877777777776654322111000
Q ss_pred Hhh-----hhcCCcccccccchhHHHHhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCChhhhhHHhHHHHHHH
Q 008070 363 KRH-----ILGGSISKEAVSVIPWKLILSKAPVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTM 437 (579)
Q Consensus 363 ~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~ 437 (579)
... ......++........+.+++++.++.+.+..++..+..+.+..++|.|+++.+|+++.+.+++.+...++.
T Consensus 222 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 301 (451)
T 1pw4_A 222 YKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAG 301 (451)
T ss_dssp TCCC-------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hcccccccchhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000 000000011111122467788999999999999999999999999999999988999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhh--hccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc-chhHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhcccc
Q 008070 438 AVFANMGGWIADTL--VSKGLSITAVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHV-RTPAMAVLCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDI 514 (579)
Q Consensus 438 ~ig~~~~g~l~dr~--g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 514 (579)
+++.++.|++.||+ ++|+.+..+ ........+.+...... +.+......+..+.+.............+..
T Consensus 302 ~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 375 (451)
T 1pw4_A 302 IPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVF------FMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELA 375 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHH------HHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHH------HHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999999999999 887543211 11111122222222221 2233333333344333333333334455667
Q ss_pred CCCchhHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 008070 515 GPRYAGVLLGLSNTAGVL-AGVFGTAATGYILQRGSWDDVFKVAVVLYIIGTLVWNLFA 572 (579)
Q Consensus 515 ~~~~~g~~~g~~~~~~~l-g~~ig~~l~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~ 572 (579)
|++.+|+++|+.+.+..+ |..++|.+.|.+.+..||...|++.+++.+++.++.++..
T Consensus 376 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 376 PKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred chhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 788999999999999999 9999999999999999999999999988888877766653
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=3.5e-31 Score=278.31 Aligned_cols=334 Identities=10% Similarity=0.080 Sum_probs=252.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHH---HhhhccCHHHHHHHHHHHHhhhhchhhHHHH
Q 008070 208 VVLLCFSAFLLCNMDRIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWSVATVLT---PVAARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNN 284 (579)
Q Consensus 208 v~~l~~~~~~~~~l~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~ll~---~~a~~~~~~~ll~~r~l~Gig~g~~~~~~~~ 284 (579)
+.++.+...++..++.+++|+++||+|||++++++.++.+++.+++ ++++ +++.+++.|++.|++.+...+...+
T Consensus 63 ~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~ 140 (438)
T 3o7q_A 63 AGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIM--NYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANP 140 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccc--cHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHH
Confidence 3455555666666777999999999999999999999999999999 7888 8999999999999999999999999
Q ss_pred HHhcccCcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-cccC-------------------------cchHHHHhhHHHH
Q 008070 285 MLSKWIPVSERSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILI-QKFG-------------------------WPSVFYSFGSLGS 338 (579)
Q Consensus 285 ~i~~~~~~~~r~~~~g~~~~~~~lG~~lgp~i~~~l~-~~~g-------------------------wr~~f~i~~~~~l 338 (579)
++.|++|+++|++++++.+.+..+|.+++|++++++. +..+ ||+.|++.+++.+
T Consensus 141 ~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~ 220 (438)
T 3o7q_A 141 FVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVL 220 (438)
T ss_dssp HHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999999998 5554 9999988887776
Q ss_pred HHHHHHHhh-hcCCCCCChhhcHHHHhhhhcCCcccccccchhHHHHhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HH
Q 008070 339 IWFALWLKK-AYSSPKEDPELRAEEKRHILGGSISKEAVSVIPWKLILSKAPVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTY-YN 416 (579)
Q Consensus 339 i~~~l~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~-l~ 416 (579)
+..++.++. .|+.+++.++ .+++.....++++++++|.++...+..++.......+..++|.| ++
T Consensus 221 ~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~-------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 287 (438)
T 3o7q_A 221 LVALLIMLTKFPALQSDNHS-------------DAKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVE 287 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHCCCCCCTTTCCC-------------CSSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHcCCcccccccc-------------cccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Confidence 665554443 2222211100 00111223457788999999999999999988899999999999 88
Q ss_pred HhhCCChhhhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHH
Q 008070 417 QVLKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTLVSKGLSITAVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVRTPAMAVLCMACS 496 (579)
Q Consensus 417 ~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~ig~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 496 (579)
+.+|++..+++++.....++.+++.++.|++.||+++|+.+..+. .+......+. .........+.....+
T Consensus 288 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~g 358 (438)
T 3o7q_A 288 EIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYA-------LIAMALCLIS--AFAGGHVGLIALTLCS 358 (438)
T ss_dssp HSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH-------HHHHHHHHHH--HHCCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHH-------HHHHHHHHHH--HHcCCcHHHHHHHHHH
Confidence 878999999999999999999999999999999999996543221 1111111111 1122333333334444
Q ss_pred hhhhhhhhhhhhhhccccCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC-hHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 008070 497 QGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRYAGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQRGS-WDDVFKVAVVLYIIGTLV 567 (579)
Q Consensus 497 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~ig~~l~g~l~~~~g-~~~~~~~~~~~~~l~~~~ 567 (579)
.+.....+.......+..+++ ++++.++.. ...+++.++|.+.|.+.+..| +...|.+.+++.++..++
T Consensus 359 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
T 3o7q_A 359 AFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIFIF 428 (438)
T ss_dssp HHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 444333333333335555544 888888877 678999999999999999987 998888776665554443
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.96 E-value=4.6e-30 Score=264.35 Aligned_cols=326 Identities=13% Similarity=0.107 Sum_probs=253.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCHHHHHHHHHHHHhhhhchhhHHHHH
Q 008070 206 WVVVLLCFSAFLLCNMDRIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWSVATVLTPVAARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNNM 285 (579)
Q Consensus 206 ~~v~~l~~~~~~~~~l~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~ll~~~a~~~~~~~ll~~r~l~Gig~g~~~~~~~~~ 285 (579)
..+.++.+...+...++.+++|+++||+|||++++++.++.+++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+...++
T Consensus 35 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~ 112 (375)
T 2gfp_A 35 GAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTS--SLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTL 112 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHH
Confidence 3467788888888999999999999999999999999999999999999998 89999999999999999999999999
Q ss_pred HhcccCcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCcchHHHHhhHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCChhhcHHHHhh
Q 008070 286 LSKWIPVSERSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILIQKFGWPSVFYSFGSLGSIWFALWLKKAYSSPKEDPELRAEEKRH 365 (579)
Q Consensus 286 i~~~~~~~~r~~~~g~~~~~~~lG~~lgp~i~~~l~~~~gwr~~f~i~~~~~li~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 365 (579)
+.|++|+++|++++++...+..+|.+++|.+++++.+..+||+.|++.+++.++..++..+..||++++++++
T Consensus 113 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------- 185 (375)
T 2gfp_A 113 PRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR------- 185 (375)
T ss_dssp HHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC-------
T ss_pred HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc-------
Confidence 9999999999999999999999999999999999999889999999988887776665555555544322111
Q ss_pred hhcCCcccccccchhHHHHhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCChhhhhHHhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 008070 366 ILGGSISKEAVSVIPWKLILSKAPVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGG 445 (579)
Q Consensus 366 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~ig~~~~g 445 (579)
+....++++++++|.++...+..++.......+..+.|.|+++.+|+++.+.+++.....++.+++.++.+
T Consensus 186 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 256 (375)
T 2gfp_A 186 ---------TRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAG 256 (375)
T ss_dssp ---------CCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---------ccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 01123456688899999999999999999999999999999998899999999999999999999999999
Q ss_pred HHhhhhhccCcchHHHHHHHHHHHH-HHHHHH--HHHhhccchhHHH-HHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccccCCCchhH
Q 008070 446 WIADTLVSKGLSITAVRKIMQSIGF-LGPAFF--LTQLSHVRTPAMA-VLCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRYAGV 521 (579)
Q Consensus 446 ~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 521 (579)
++.||++++ . ...... ...+.. ..........+.. ......+.+. ....+.......+..|+++|+
T Consensus 257 ~l~~r~~~~-~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~ 326 (375)
T 2gfp_A 257 RPNKRFSTL-M--------WQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGA-GMLFPLATSGAMEPFPFLAGT 326 (375)
T ss_dssp TTTTHHHHH-H--------HHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHTSSTTHHHHHTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHH-H--------HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHH-HHhhHHHHHHHHHhCCcccch
Confidence 999999872 1 111111 111111 1111011122322 2233333333 333334344333333489999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCChHHHHHHHHH
Q 008070 522 LLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQRGSWDDVFKVAVV 559 (579)
Q Consensus 522 ~~g~~~~~~~lg~~ig~~l~g~l~~~~g~~~~~~~~~~ 559 (579)
+.|+.+....+|..++|.+.|.+.+..++...+.+.++
T Consensus 327 ~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~ 364 (375)
T 2gfp_A 327 AGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMTLM 364 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999988788777766443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.96 E-value=6.9e-28 Score=257.32 Aligned_cols=363 Identities=12% Similarity=0.111 Sum_probs=248.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhh-cCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCHHHHHHHHHHHHhhhhchhhHHHH
Q 008070 206 WVVVLLCFSAFLLCNMDRIVGGIWADK-FGGKPVLGFGVIWWSVATVLTPVAARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNN 284 (579)
Q Consensus 206 ~~v~~l~~~~~~~~~l~~~~~G~l~Dr-~Grr~~l~~~~~~~~~~~ll~~~a~~~~~~~ll~~r~l~Gig~g~~~~~~~~ 284 (579)
..+.++.+...++..++.+++|+++|| +|||++++++.++.+++.+++++++ +++.+++.|+++|++.+...+...+
T Consensus 54 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~ 131 (491)
T 4aps_A 54 ATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPF--GASALFGSIILIIIGTGFLKPNVST 131 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCC--STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHH
Confidence 445677777888888889999999999 8999999999999999999999998 8899999999999999999999999
Q ss_pred HHhcccCcCc--hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCcchHHHHhhHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCC-----hh
Q 008070 285 MLSKWIPVSE--RSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILIQKFGWPSVFYSFGSLGSIWFALWLKKAYSSPKED-----PE 357 (579)
Q Consensus 285 ~i~~~~~~~~--r~~~~g~~~~~~~lG~~lgp~i~~~l~~~~gwr~~f~i~~~~~li~~~l~~~~~~~~~~~~-----~~ 357 (579)
+++|++|+++ |+.++++++.+.++|.+++|++++++.+..|||+.|++.++..++..++.++..++..++. .+
T Consensus 132 ~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 211 (491)
T 4aps_A 132 LVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDP 211 (491)
T ss_dssp HHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCC
T ss_pred HHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCc
Confidence 9999999988 7788888999999999999999999999999999999987777666555554433221110 00
Q ss_pred hcHHHHhh-hh-------------------cCCcccc---------------------cccchhHHHHhhchHHHHHHHH
Q 008070 358 LRAEEKRH-IL-------------------GGSISKE---------------------AVSVIPWKLILSKAPVWALIIS 396 (579)
Q Consensus 358 ~~~~~~~~-~~-------------------~~~~~~~---------------------~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~l~ 396 (579)
...++... .. +.....+ +..........+....+.+.+.
T Consensus 212 ~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 291 (491)
T 4aps_A 212 LAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIA 291 (491)
T ss_dssp CSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHH
T ss_pred cccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 01111111 00 0000000 0000000111122234455555
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCChhhhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 008070 397 HFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTLVSKGLSITAVRKIMQSIGFLGPAFF 476 (579)
Q Consensus 397 ~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~ig~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (579)
.++....+.....++|.|..+..+.+....+++.....++.+++.++.+++.||+++|+...... +.....+...++.
T Consensus 292 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~ 369 (491)
T 4aps_A 292 AVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTK--FAVGLMFAGLSFL 369 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHH--HHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHH--HHHHHHHHHHHHH
Confidence 55566666667778899999878888778888899999999999999999999999986543110 1111111111111
Q ss_pred HHHhh--------ccchhHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccccCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Q 008070 477 LTQLS--------HVRTPAMAVLCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRYAGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQRG 548 (579)
Q Consensus 477 ~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~ig~~l~g~l~~~~ 548 (579)
+.... ..+..+......+.+.+.....+.......+..|++.||++.|+.+....+|.++++.+.+.+.+.
T Consensus 370 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~- 448 (491)
T 4aps_A 370 LMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK- 448 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS-
T ss_pred HHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-
Confidence 11110 112233333333334443333444444455667889999999999999999999999999988765
Q ss_pred ChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 008070 549 SWDDVFKVAVVLYIIGTLVWNLFAT 573 (579)
Q Consensus 549 g~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~ 573 (579)
++...|.+.+++.+++.++.++..+
T Consensus 449 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 473 (491)
T 4aps_A 449 SEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSK 473 (491)
T ss_dssp STTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC--
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6777888888777777666655543
No 5
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.96 E-value=2.3e-26 Score=245.39 Aligned_cols=364 Identities=16% Similarity=0.154 Sum_probs=240.7
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHh------------------hhccCHHHHHH
Q 008070 205 RWVVVLLCFSAFLLCNMDRIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWSVATVLTPV------------------AARIGLPFLLI 266 (579)
Q Consensus 205 ~~~v~~l~~~~~~~~~l~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~ll~~~------------------a~~~~~~~ll~ 266 (579)
.....++.+..+++..++.+++|+++||+|||++++++.+++.++.+++++ ++ +++.+++
T Consensus 54 ~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~--~~~~l~~ 131 (491)
T 4gc0_A 54 NSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAG--YVPEFVI 131 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGG--CHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhh--hHHHHHH
Confidence 456677888888999999999999999999999999999999999999984 66 8999999
Q ss_pred HHHHHHhhhhchhhHHHHHHhcccCcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc--------cCcchHHHHhhHHHH
Q 008070 267 MRAFMGIGEGVAMPAMNNMLSKWIPVSERSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILIQK--------FGWPSVFYSFGSLGS 338 (579)
Q Consensus 267 ~r~l~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~g~~~~~~~lG~~lgp~i~~~l~~~--------~gwr~~f~i~~~~~l 338 (579)
+|+++|++.|...+....+++|+.|+++|++..++.+.+..+|.++++.++..+... ..||+.+.+..+..+
T Consensus 132 ~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 211 (491)
T 4gc0_A 132 YRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPAL 211 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhh
Confidence 999999999999999999999999999999999999999999999999988877543 246766666555554
Q ss_pred HHHHHHHhhhcCCCCC-----ChhhcHHHHhhhhcC-----------CcccccccchhHHHHhhchHHHHH-HHHHHHHH
Q 008070 339 IWFALWLKKAYSSPKE-----DPELRAEEKRHILGG-----------SISKEAVSVIPWKLILSKAPVWAL-IISHFCHN 401 (579)
Q Consensus 339 i~~~l~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~-----------~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~-~l~~~~~~ 401 (579)
+. ++..+..||+|+. +.+...+..++.... ....+..........++.+..... ....+...
T Consensus 212 ~~-~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 290 (491)
T 4gc0_A 212 LF-LMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQF 290 (491)
T ss_dssp HH-HHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hh-hhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 44 3444556666531 111100000000000 000000001111222333333333 33333344
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhCCChhhhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 008070 402 WGTFILLTWMPTYYNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTLVSKGLSITAVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLS 481 (579)
Q Consensus 402 ~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~ig~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 481 (579)
.+.+.+..+.|.+... .+.+...........++..+++.++.+++.||+|||+....+. ....++++..+. ....
T Consensus 291 ~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~--~~~~~~~~~l~~--~~~~ 365 (491)
T 4gc0_A 291 VGINVVLYYAPEVFKT-LGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGA--LGMAIGMFSLGT--AFYT 365 (491)
T ss_dssp TCHHHHHHHHHHHHHH-SSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHH--HHHT
T ss_pred hhhhHHHhcchHHHHh-cCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccch--HHHHHHHHHHHH--HHhc
Confidence 4455566666666665 6878877777778888999999999999999999997655432 111222221111 1111
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhh-hhhccccCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc------CChHHHH
Q 008070 482 HVRTPAMAVLCMACSQGSDAFSQSGL-YSNHQDIGPRYAGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQR------GSWDDVF 554 (579)
Q Consensus 482 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~ig~~l~g~l~~~------~g~~~~~ 554 (579)
........+..+....+......+.. ....+..|.+.|+++.|+.+.++.+++++++.+.+.+.+. .++...|
T Consensus 366 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 445 (491)
T 4gc0_A 366 QAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSY 445 (491)
T ss_dssp TCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHH
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHH
Confidence 22222222222222222222222233 3344556779999999999999999999999888776543 3556678
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcc
Q 008070 555 KVAVVLYIIGTLVWNLFATGER 576 (579)
Q Consensus 555 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 576 (579)
++.+++++++.++.+++.++.|
T Consensus 446 ~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 446 WIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 8888888888877766655544
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.93 E-value=2.4e-25 Score=232.66 Aligned_cols=349 Identities=12% Similarity=0.050 Sum_probs=220.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcCCcHHHHHHHHHHHHHHH---HHHhhhccCH-HHHHHHHHHHHhhhhchhhHHH
Q 008070 208 VVLLCFSAFLLCNMDRIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWSVATV---LTPVAARIGL-PFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMN 283 (579)
Q Consensus 208 v~~l~~~~~~~~~l~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~l---l~~~a~~~~~-~~ll~~r~l~Gig~g~~~~~~~ 283 (579)
++++.+...+...++++++|+++||+|||++++++.++++++.. ...+.+ .. ..++..+++.|++.+...+...
T Consensus 45 ~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 122 (417)
T 2cfq_A 45 TGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGP--LLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGA 122 (417)
T ss_dssp SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHH--HHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhH
Confidence 36677777888889999999999999999999998887765322 112222 11 1133455565655555444444
Q ss_pred HHHhcccCc--CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCcchHHHHhhHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCChhhcHH
Q 008070 284 NMLSKWIPV--SERSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILIQKFGWPSVFYSFGSLGSIWFALWLKKAYSSPKEDPELRAE 361 (579)
Q Consensus 284 ~~i~~~~~~--~~r~~~~g~~~~~~~lG~~lgp~i~~~l~~~~gwr~~f~i~~~~~li~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 361 (579)
..+.++.++ ++++..++....+..+|..++|.+++++.+ .+|++.|++.++..++..++.++..|++++..++ .
T Consensus 123 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-- 198 (417)
T 2cfq_A 123 PAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATV-A-- 198 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCS-S--
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCccccccccc-c--
Confidence 444444432 456777888888889999999999999887 5899999987776554444433333332211100 0
Q ss_pred HHhhhhcCCcccccccchhHHHHhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCC---ChhhhhHHhHHHHHHHH
Q 008070 362 EKRHILGGSISKEAVSVIPWKLILSKAPVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLKF---NLTESGLFCVLPWLTMA 438 (579)
Q Consensus 362 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~---s~~~~g~~~~~~~~~~~ 438 (579)
++. ..++++.....+++++++|.++...+..++....+..+..++|.|+.+.++. +....+++..+..++.+
T Consensus 199 ~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 273 (417)
T 2cfq_A 199 NAV-----GANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNA 273 (417)
T ss_dssp SSS-----SSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccc-----ccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000 0001111223456788899988877766665556666667789888775542 23455777777778888
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhHHHHHH-HHHHhhhhhhhhhhhhhhccccCCC
Q 008070 439 VFANMGGWIADTLVSKGLSITAVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVRTPAMAVLC-MACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPR 517 (579)
Q Consensus 439 ig~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 517 (579)
++.++.+++.||+++|+.+..+ . ++.++.+.........+..++. .+.+.+.............+..|++
T Consensus 274 ~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~-------~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~ 344 (417)
T 2cfq_A 274 SIMFFAPLIINRIGGKNALLLA-------G--TIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVR 344 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHH-------H--HHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHH-------H--HHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHH
Confidence 9999999999999998654321 1 1111111111122222222222 2222222222222233344556778
Q ss_pred chhHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcc
Q 008070 518 YAGVLLGLS-NTAGVLAGVFGTAATGYILQRGSWDDVFKVAVVLYIIGTLVWNLFATGER 576 (579)
Q Consensus 518 ~~g~~~g~~-~~~~~lg~~ig~~l~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 576 (579)
.+|++.++. +....+|++++|.+.|++.+..|+...|.+.+++.+++.++.+...+++|
T Consensus 345 ~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 345 FSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 999999984 78888999999999999999888999999988888888776655544433
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.90 E-value=1.1e-22 Score=218.98 Aligned_cols=139 Identities=17% Similarity=0.210 Sum_probs=122.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhc-CCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCHHHHHHHHHHHHhhhhchhhHHHHHH
Q 008070 208 VVLLCFSAFLLCNMDRIVGGIWADKF-GGKPVLGFGVIWWSVATVLTPVAARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNNML 286 (579)
Q Consensus 208 v~~l~~~~~~~~~l~~~~~G~l~Dr~-Grr~~l~~~~~~~~~~~ll~~~a~~~~~~~ll~~r~l~Gig~g~~~~~~~~~i 286 (579)
+.++.....++..++.+++|+++||+ |||++++++.++.+++.+++++++. +++.+++.|++.|++.+...+...+++
T Consensus 56 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~ 134 (524)
T 2xut_A 56 AKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEH-SVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFM 134 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSS-CHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-cHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHH
Confidence 46667777788888999999999999 9999999999999999999888752 578899999999999999999999999
Q ss_pred hcccCcCchhHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCcchHHHHhhHHHHHHHHHHHhh
Q 008070 287 SKWIPVSERSRSLAF---VYSGMYLGSVTGLAVSPILIQKFGWPSVFYSFGSLGSIWFALWLKK 347 (579)
Q Consensus 287 ~~~~~~~~r~~~~g~---~~~~~~lG~~lgp~i~~~l~~~~gwr~~f~i~~~~~li~~~l~~~~ 347 (579)
.|++|+++|+++.+. ...+.++|.+++|.+++++.+..||++.|++.+++.++..++.++.
T Consensus 135 ~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (524)
T 2xut_A 135 GDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLG 198 (524)
T ss_dssp HHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999999999876666 9999999999999999999998999999999888776655554443
No 8
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.37 E-value=4e-11 Score=127.20 Aligned_cols=176 Identities=10% Similarity=0.073 Sum_probs=129.7
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----hCCChhhhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hhccCcchHHH
Q 008070 388 APVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQV-----LKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADT-LVSKGLSITAV 461 (579)
Q Consensus 388 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~ig~~~~g~l~dr-~g~~~~~~~~~ 461 (579)
+.++.+.+..++..+.++....+++.|+.+. +|++..+.+++.+...++..++.++.|+++|| +|||+.+..+.
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~ 92 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGG 92 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHH
Confidence 4567777788888888899999999999998 89999999999999999999999999999999 89997544321
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccccCCCc--hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 008070 462 RKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVRTPAMAVLCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRY--AGVLLGLSNTAGVLAGVFGTA 539 (579)
Q Consensus 462 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~g~~~g~~~~~~~lg~~ig~~ 539 (579)
.+...+..+... ..+...+.+..++.+.+.....+.......+..++++ |+.++++.+....+|..++|.
T Consensus 93 -------~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 164 (491)
T 4aps_A 93 -------VLIMLGHIVLAL-PFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPL 164 (491)
T ss_dssp -------HHHHHHHHHHHS-CCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -------HHHHHHHHHHHH-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 111111111111 2223333333344444444444444444555567777 788899899999999999999
Q ss_pred HHHHHHhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 008070 540 ATGYILQRGSWDDVFKVAVVLYIIGTLVWNLF 571 (579)
Q Consensus 540 l~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~ 571 (579)
+++.+.+..||+..|++.+++.+++.+++++.
T Consensus 165 ~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 165 IVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999999999999999888877777666554
No 9
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.27 E-value=1e-10 Score=125.16 Aligned_cols=177 Identities=11% Similarity=0.071 Sum_probs=126.5
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhC------CChhhhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh-hccCcchH
Q 008070 387 KAPVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLK------FNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTL-VSKGLSIT 459 (579)
Q Consensus 387 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g------~s~~~~g~~~~~~~~~~~ig~~~~g~l~dr~-g~~~~~~~ 459 (579)
++.++.+.+..++..++++....+++.|+.+.+| ++..+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |+|+.+..
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~ 90 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILW 90 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHH
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 4556677788888888888899999999998889 9999999999999999999999999999999 99975443
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccccCCCchhHHHHH---HHHHHHHHHHH
Q 008070 460 AVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVRTPAMAVLCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRYAGVLLGL---SNTAGVLAGVF 536 (579)
Q Consensus 460 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~---~~~~~~lg~~i 536 (579)
+. .+...+..+......+.+.+.+..++.+.+.....+.......+.+++++|+++.++ .+....+|..+
T Consensus 91 ~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 163 (524)
T 2xut_A 91 LS-------LIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFF 163 (524)
T ss_dssp HH-------HHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HH-------HHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 21 111111111111111233333333344444434444444445566777888766665 88999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 008070 537 GTAATGYILQRGSWDDVFKVAVVLYIIGTLVWNL 570 (579)
Q Consensus 537 g~~l~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~ 570 (579)
+|.+.|.+.+..||+..|.+.+++.+++.+++++
T Consensus 164 g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 164 ASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999988887776665544
No 10
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.27 E-value=8e-11 Score=123.20 Aligned_cols=181 Identities=12% Similarity=-0.022 Sum_probs=125.1
Q ss_pred hchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCChhhhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccCcchHHHHHHH
Q 008070 386 SKAPVWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTLVSKGLSITAVRKIM 465 (579)
Q Consensus 386 ~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~ig~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~ 465 (579)
+.+.++...+..++.......+..++|.+.++ + .+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|+|+.+..+. .+
T Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~--~~ 101 (451)
T 1pw4_A 26 RWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ-G-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGL--IL 101 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS-T-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH--HH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-h-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHH--HH
Confidence 34455666666666666666677788887777 6 89999999999999999999999999999999997654332 11
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccccCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 008070 466 QSIGFLGPAFFLTQLSHVRTPAMAVLCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRYAGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYIL 545 (579)
Q Consensus 466 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~ig~~l~g~l~ 545 (579)
..++.++..+.... ..+.+.+.+..++.+.+.....+.......+..++++|++++|+.+....+|..++|.+++++.
T Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 179 (451)
T 1pw4_A 102 AAAVMLFMGFVPWA--TSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGM 179 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCHHH--HSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhc--cccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11111111110000 1222233333334444443344444444556677799999999999999999999999999999
Q ss_pred hcCC-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 008070 546 QRGS-WDDVFKVAVVLYIIGTLVWNLFA 572 (579)
Q Consensus 546 ~~~g-~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~ 572 (579)
+..| |+..|++.+++.++..++.++..
T Consensus 180 ~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 207 (451)
T 1pw4_A 180 AWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMM 207 (451)
T ss_dssp HHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Confidence 8888 99999999888777666554443
No 11
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.26 E-value=2.5e-10 Score=119.02 Aligned_cols=175 Identities=10% Similarity=0.055 Sum_probs=120.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCChhhhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccCcchHHHHHHHHHHH
Q 008070 390 VWALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTLVSKGLSITAVRKIMQSIG 469 (579)
Q Consensus 390 ~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~ig~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 469 (579)
++.+.+..++..+........+|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+. .+..++
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~--~~~~~~ 104 (438)
T 3o7q_A 28 FALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQA-FTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGL--FLYALG 104 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-SCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH--HHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHH--HHHHHH
Confidence 4445555555666666666777776555 8999999999999999999999999999999999997654432 111111
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhccchhHHHH-HHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccccCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hc
Q 008070 470 FLGPAFFLTQLSHVRTPAMAV-LCMACSQGSDAFSQSGLYSNHQDIGPRYAGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYIL-QR 547 (579)
Q Consensus 470 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~ig~~l~g~l~-~~ 547 (579)
.++.. ........+..+ ..++.+.+.....+.......+..++++|++++|+.+....+|..++|.+++.+. +.
T Consensus 105 ~~~~~----~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 180 (438)
T 3o7q_A 105 AALFW----PAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSN 180 (438)
T ss_dssp HHHHH----HHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTS
T ss_pred HHHHH----hccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 11110 002223333333 3344444444444444444556678899999999999999999999999999998 65
Q ss_pred CC-------------------------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 008070 548 GS-------------------------WDDVFKVAVVLYIIGTLVWNLF 571 (579)
Q Consensus 548 ~g-------------------------~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~ 571 (579)
.+ |+..|++.+++.++..+++++.
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 229 (438)
T 3o7q_A 181 VPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLT 229 (438)
T ss_dssp SCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred cccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 54 8889888777766666555544
No 12
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.19 E-value=1.1e-10 Score=119.08 Aligned_cols=168 Identities=11% Similarity=0.007 Sum_probs=119.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCChhhhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccCcchHHHHHHHHHHHH
Q 008070 391 WALIISHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLKFNLTESGLFCVLPWLTMAVFANMGGWIADTLVSKGLSITAVRKIMQSIGF 470 (579)
Q Consensus 391 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~ig~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 470 (579)
+.+.+..++.......+...+|.+.++ +|.++.+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+. ....++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~--~~~~~~~ 79 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGM--SIFMLAT 79 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHH--HHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHH--HHHHHHH
Confidence 345556666666777777778877665 8999999999999999999999999999999999999876543 2222222
Q ss_pred HHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHHhhhhhhhhhh-hhhhccccCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC
Q 008070 471 LGPAFFLTQLSHVRTPAMAVLCMACSQGSDAFSQSG-LYSNHQDIGPRYAGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQRGS 549 (579)
Q Consensus 471 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~ig~~l~g~l~~~~g 549 (579)
+.... .++.+...+...+.+.......+. .....+..++++|++++++.+....+|..++|.+.+++.+..|
T Consensus 80 ~~~~~-------~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~ 152 (375)
T 2gfp_A 80 LVAVT-------TSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWN 152 (375)
T ss_dssp HHHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHH
T ss_pred HHHHH-------hccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhcc
Confidence 11111 123333333333333333333333 3334455677999999999999999999999999999998889
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 008070 550 WDDVFKVAVVLYIIGTLVW 568 (579)
Q Consensus 550 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~ 568 (579)
|+..|.+.+++.++..++.
T Consensus 153 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 171 (375)
T 2gfp_A 153 WRACYLFLLVLCAGVTFSM 171 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999998888777665533
No 13
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.11 E-value=1.9e-10 Score=119.43 Aligned_cols=130 Identities=9% Similarity=0.049 Sum_probs=109.5
Q ss_pred hhhhhhhhhhhhhcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCHHHHHHHHHHHHhhhhchhhHHHHHHhcccCcCchhHHH
Q 008070 220 NMDRIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWSVATVLTPVAARIGLPFLLIMRAFMGIGEGVAMPAMNNMLSKWIPVSERSRSL 299 (579)
Q Consensus 220 ~l~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~ll~~~a~~~~~~~ll~~r~l~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~ 299 (579)
.++.++.|+++||+|||+++.++.++.+++.++.++.+ +.+.+++..++.+++.+...+....++.|.+|++.|+.+.
T Consensus 273 ~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~ 350 (417)
T 2cfq_A 273 ASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFAT--SALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIY 350 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC--SHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH
Confidence 34458889999999999999999988888887777776 7777888888888887777777889999999999999999
Q ss_pred HH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCcchHHHHhhHHHHHHHHHHHhhhcCC
Q 008070 300 AF-VYSGMYLGSVTGLAVSPILIQKFGWPSVFYSFGSLGSIWFALWLKKAYSS 351 (579)
Q Consensus 300 g~-~~~~~~lG~~lgp~i~~~l~~~~gwr~~f~i~~~~~li~~~l~~~~~~~~ 351 (579)
++ ++....+|..++|.++|++.+..|+...|.+.+++.++..++.++..+++
T Consensus 351 g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 403 (417)
T 2cfq_A 351 LVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGP 403 (417)
T ss_dssp HHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCS
T ss_pred HHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCC
Confidence 98 48888899999999999999888999999988888777766666555543
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=98.76 E-value=9.7e-08 Score=100.92 Aligned_cols=139 Identities=17% Similarity=0.159 Sum_probs=101.2
Q ss_pred HHHhhhhhhhhhhhhhcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh--ccCHHHHHHHHHHHHhh-hhchhhHHHHHHhcccCcC
Q 008070 217 LLCNMDRIVGGIWADKFGGKPVLGFGVIWWSVATVLTPVAA--RIGLPFLLIMRAFMGIG-EGVAMPAMNNMLSKWIPVS 293 (579)
Q Consensus 217 ~~~~l~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~ll~~~a~--~~~~~~ll~~r~l~Gig-~g~~~~~~~~~i~~~~~~~ 293 (579)
+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+... ....+..++.-++...+ .....+....+.+|.+|.+
T Consensus 323 ~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~ 402 (491)
T 4gc0_A 323 VINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNA 402 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHh
Confidence 34445558899999999999999999988888777655432 11222222222222222 2224467778999999999
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc------ccCcchHHHHhhHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCC
Q 008070 294 ERSRSLAFVYSGMYLGSVTGLAVSPILIQ------KFGWPSVFYSFGSLGSIWFALWLKKAYSSPKED 355 (579)
Q Consensus 294 ~r~~~~g~~~~~~~lG~~lgp~i~~~l~~------~~gwr~~f~i~~~~~li~~~l~~~~~~~~~~~~ 355 (579)
.|+.++|+......+|.++++.+.+.+.+ ..++.+.|++.++++++..++.+++.||+..+.
T Consensus 403 ~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~t 470 (491)
T 4gc0_A 403 IRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKT 470 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCC
Confidence 99999999999999999999888766543 356788899999999888888888888776543
No 15
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=56.27 E-value=1.8e+02 Score=29.75 Aligned_cols=52 Identities=10% Similarity=0.029 Sum_probs=25.6
Q ss_pred cCcCch-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHhhcccCcchHHHHhhHHHHHHH
Q 008070 290 IPVSER-SRSLAFVYSGMYLGSVTGLA-VSPILIQKFGWPSVFYSFGSLGSIWF 341 (579)
Q Consensus 290 ~~~~~r-~~~~g~~~~~~~lG~~lgp~-i~~~l~~~~gwr~~f~i~~~~~li~~ 341 (579)
.|+++| .....+.....+....++.. +++.+..-.+|.+.++...+-.++..
T Consensus 20 vp~~~R~~~~~~~~~~W~g~~~~i~~~~~Ga~~~~GLs~~~a~lai~lG~li~~ 73 (501)
T 2jln_A 20 TRYAERSVGPFSLAAIWFAMAIQVAIFIAAGQMTSSFQVWQVIVAIAAGCTIAV 73 (501)
T ss_dssp CCGGGCCBCHHHHHHHHHHHHCSTHHHHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhhCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcCHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 455666 44555554444444434443 33333335667777755444444333
No 16
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=24.70 E-value=29 Score=18.53 Aligned_cols=14 Identities=36% Similarity=0.536 Sum_probs=11.3
Q ss_pred hhhhhhhhcCCcHH
Q 008070 225 VGGIWADKFGGKPV 238 (579)
Q Consensus 225 ~~G~l~Dr~Grr~~ 238 (579)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999864
Done!