Query 008417
Match_columns 566
No_of_seqs 711 out of 3577
Neff 10.7
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 03:04:09 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/008417.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/008417hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 4.5E-32 1.5E-36 275.5 34.8 351 135-519 28-413 (438)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.3E-33 4.3E-38 288.1 23.2 368 135-519 30-414 (451)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 7E-30 2.4E-34 263.4 24.0 379 166-559 53-476 (491)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.8E-28 6.1E-33 252.8 27.6 367 135-514 15-448 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.1E-29 3.7E-34 252.4 12.1 345 138-517 5-355 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 1.8E-27 6.2E-32 239.4 12.7 361 133-517 7-378 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 1E-25 3.5E-30 234.1 20.6 172 136-313 15-196 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.4 3.6E-12 1.2E-16 129.2 14.1 174 133-315 252-433 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.3 8.8E-11 3E-15 118.4 17.3 143 363-512 35-177 (438)
10 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.2 4.8E-11 1.7E-15 117.7 13.7 144 363-517 9-153 (375)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.2 3.8E-10 1.3E-14 115.6 17.8 125 384-518 49-176 (491)
12 2cfq_A Lactose permease; trans 99.2 1.2E-10 4.1E-15 116.5 13.7 158 154-320 242-405 (417)
13 2xut_A Proton/peptide symporte 99.1 1.6E-09 5.6E-14 111.9 15.7 155 354-517 12-177 (524)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 98.7 7.9E-08 2.7E-12 98.2 14.3 158 156-321 300-469 (491)
No 1
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=4.5e-32 Score=275.48 Aligned_cols=351 Identities=12% Similarity=0.092 Sum_probs=262.8
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHHHHHhhcCCCHHHHHHHHHHhhhhhhh-cchhhhcccccCcCCCCCchHhHHHHHHHH
Q 008417 135 NFAVAMVYFVQGVLGLARLAVNFYLKDDLHLDPAETAVISGFSSLPWLI-KPLYGFISDSLPLFGYRRRSYLVLSGLLGA 213 (566)
Q Consensus 135 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~~-~~~~G~lsDr~~~~G~grr~~~~~~~~~~~ 213 (566)
++.++..++..++.......+.+.+.+++|++..++|++.+++.+++.+ ++++|+++|| +|||+.++++.++.+
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr-----~g~r~~l~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 28 FALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKK-----LSYKAGIITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHH-----SCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHH-----hcchHHHHHHHHHHH
Confidence 4455566666676633444444556678999999999999999999887 7888999999 999999999999999
Q ss_pred HHHHHH---HhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhcccCcccccchhHHHHHHhHHHHHHHHHHHhHhh-
Q 008417 214 LSWSLM---ATIVESKYSAALSILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSVSGSLQSLCWGSSAFGGIVSSYFSGSMV- 289 (566)
Q Consensus 214 ~~~~~~---~~~~~~~~~l~~~r~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~- 289 (566)
++.+++ ++ +++++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++ ++++|+...++...+..+|.++++.+++.+.
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 178 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWPAAE-IMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLG---PESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLIL 178 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH-TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS---CSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccc-cccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHc---CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999988 76 899999999999999999999999999999999 6677888888899999999999999999998
Q ss_pred cccC-------------------------hHHHHHHHHHHHHHHHHhhee--eccccccCCCcCCCCCCCCCccccchHH
Q 008417 290 DAYG-------------------------VRFVFGVTALLPLITSGVAVL--VKEQQVLGPSRRQNLPLGDPSFFESSKQ 342 (566)
Q Consensus 290 ~~~g-------------------------wr~~f~i~~i~~~~~~~~~~~--~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 342 (566)
+..+ ||+.|++.+++.++..+..++ .||+++++++++ +.++
T Consensus 179 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~------------~~~~ 246 (438)
T 3o7q_A 179 SNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDA------------KQGS 246 (438)
T ss_dssp TSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCS------------STTS
T ss_pred cccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccccccc------------cccc
Confidence 5554 999998888776664333333 344332211111 1112
Q ss_pred HHHHHHHHhcccchhHHHHHHHHHhhcccchhhhHHHH-hhc-cCCChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCcch
Q 008417 343 NMFQLWEAVKQPNVFLPTLFVFLWQATPHSDSAMFYFT-TNE-LGFTPEFLGRVKFVTSVASLLGVGLYNGFLKNVPLRK 420 (566)
Q Consensus 343 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~g~~~ 420 (566)
..+..++.+++|.++...+..+++.........+.+.+ .++ +|+++.+.+.......++.+++.++.+++.||+++|+
T Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~ 326 (438)
T 3o7q_A 247 FSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHK 326 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHH
T ss_pred hhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH
Confidence 33455677889888888776666665544444554444 544 5999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHhHHHHhhhccccccccccchhhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhCCCCchHHHHHHHHHHHhhh
Q 008417 421 IFLANTIFGTALGMTQVFLVTGLNRKFGISDEWFAIGDSLILTVLSQASFMPVLVLAARLCPEGMEATLFATLMSISNGG 500 (566)
Q Consensus 421 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg 500 (566)
.+..+.++..+..+.+.+....+ ... ..++.++.....+....++..+..|++ ++.+.++.. ...++
T Consensus 327 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g 393 (438)
T 3o7q_A 327 VLAAYALIAMALCLISAFAGGHV----------GLI-ALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIG 393 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHH----------HHH-HHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcH----------HHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHH
Confidence 98888877766655443322211 111 112222233333333337778888866 888888777 77899
Q ss_pred hhhHhHHHHHHHHhcC-CCC
Q 008417 501 SVLGGLLGAGLTQLFG-VTK 519 (566)
Q Consensus 501 ~~i~~~~~g~l~~~~g-~~~ 519 (566)
+.++|.+.|.+.+..| +..
T Consensus 394 ~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~ 413 (438)
T 3o7q_A 394 GGIVTPVMGFVSDAAGNIPT 413 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSSGG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcchHH
Confidence 9999999999999988 654
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.3e-33 Score=288.07 Aligned_cols=368 Identities=13% Similarity=0.010 Sum_probs=267.6
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHHHHHhhcCCCHHHHHHHHHHhhhhhhh-cchhhhcccccCcCCCCCchHhHHHHHHHH
Q 008417 135 NFAVAMVYFVQGVLGLARLAVNFYLKDDLHLDPAETAVISGFSSLPWLI-KPLYGFISDSLPLFGYRRRSYLVLSGLLGA 213 (566)
Q Consensus 135 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~~-~~~~G~lsDr~~~~G~grr~~~~~~~~~~~ 213 (566)
++.+++..+..++.........+.+.+++ .+..++|++.+++.++..+ ++++|+++|| +|||++++++.++.+
T Consensus 30 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr-----~g~r~~l~~~~~~~~ 103 (451)
T 1pw4_A 30 FLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDR-----SNPRVFLPAGLILAA 103 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----SCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHh-----cCchHHHHHHHHHHH
Confidence 44455555665655333333444555678 9999999999999998888 7889999999 999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhh---cchHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhcccCcccccchhHHHHHHhHHHHHHHHHHHhHhhc
Q 008417 214 LSWSLMATI---VESKYSAALSILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSVSGSLQSLCWGSSAFGGIVSSYFSGSMVD 290 (566)
Q Consensus 214 ~~~~~~~~~---~~~~~~l~~~r~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 290 (566)
++.+++++. +++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++ ++++|+..+++...+..+|.++||.+++++.+
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~---~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 180 (451)
T 1pw4_A 104 AVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWW---SQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMA 180 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTC---TTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHC---CchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999888752 568889999999999999999999999999999 66678889999999999999999999999888
Q ss_pred ccC-hHHHHHHHHHHHHH-HHHhheeeccccccCCCcCCCCCCCC-C-cc--ccchHHHHHH--HHHHhcccchhHHHHH
Q 008417 291 AYG-VRFVFGVTALLPLI-TSGVAVLVKEQQVLGPSRRQNLPLGD-P-SF--FESSKQNMFQ--LWEAVKQPNVFLPTLF 362 (566)
Q Consensus 291 ~~g-wr~~f~i~~i~~~~-~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~~--~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~ 362 (566)
..| ||+.|++.+++.++ .++..+++||++++....++++..++ + .. .++.+...++ .++.+++|.++...+.
T Consensus 181 ~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 260 (451)
T 1pw4_A 181 WFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIA 260 (451)
T ss_dssp HTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHH
T ss_pred HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHH
Confidence 898 99999999988877 45556677877654322111111000 0 00 0000111111 3456778888777776
Q ss_pred HHHHhhcccchhhhHHHHhhc-cCCChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcC--CcchhhHHHHHHHH-HHHhHHHH
Q 008417 363 VFLWQATPHSDSAMFYFTTNE-LGFTPEFLGRVKFVTSVASLLGVGLYNGFLKNV--PLRKIFLANTIFGT-ALGMTQVF 438 (566)
Q Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~--g~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~ 438 (566)
.++..........+.+.+.++ +|+++.+.+++.....++.+++.++.+++.||+ ++|+.+..+.++.. ++.+.+.+
T Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 340 (451)
T 1pw4_A 261 NVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWM 340 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 666666555555566666655 899999999999999999999999999999999 98888777766655 33222211
Q ss_pred hhhccccccccccchhhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhCCCCchHHHHHHHHHHHhh-hhhhHhHHHHHHHHhcCC
Q 008417 439 LVTGLNRKFGISDEWFAIGDSLILTVLSQASFMPVLVLAARLCPEGMEATLFATLMSISNG-GSVLGGLLGAGLTQLFGV 517 (566)
Q Consensus 439 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~l-g~~i~~~~~g~l~~~~g~ 517 (566)
... .+. +......++.++...........+..+..|++.+|+++|+.+.+.++ |..+++.+.|.+.+..|+
T Consensus 341 ~~~-~~~-------~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~ 412 (451)
T 1pw4_A 341 NPA-GNP-------TVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGW 412 (451)
T ss_dssp CCT-TCH-------HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCS
T ss_pred hcc-cCH-------HHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCc
Confidence 110 010 12222222333333333333348899999999999999999999999 999999999999998775
Q ss_pred CC
Q 008417 518 TK 519 (566)
Q Consensus 518 ~~ 519 (566)
..
T Consensus 413 ~~ 414 (451)
T 1pw4_A 413 DG 414 (451)
T ss_dssp HH
T ss_pred HH
Confidence 43
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.97 E-value=7e-30 Score=263.35 Aligned_cols=379 Identities=13% Similarity=0.062 Sum_probs=251.7
Q ss_pred CHHHHHHHHHHhhhhhhh-cchhhhcccccCcCCCCCchHhHHHHHHHHHHHHHHHh-----------------hcchHH
Q 008417 166 DPAETAVISGFSSLPWLI-KPLYGFISDSLPLFGYRRRSYLVLSGLLGALSWSLMAT-----------------IVESKY 227 (566)
Q Consensus 166 s~~~~g~~~s~~~~~~~~-~~~~G~lsDr~~~~G~grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------~~~~~~ 227 (566)
+..+.|++.+.+.+|.++ ++++|+++|| +|||+.++++.+++.++.+++++ .+++++
T Consensus 53 ~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr-----~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~ 127 (491)
T 4gc0_A 53 ANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNR-----FGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVP 127 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----TCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHH
Confidence 345678888888999988 5677999999 99999999999999999998873 278999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhcccCcccccchhHHHHHHhHHHHHHHHHHHhHhhcc--------cChHHHHH
Q 008417 228 SAALSILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSVSGSLQSLCWGSSAFGGIVSSYFSGSMVDA--------YGVRFVFG 299 (566)
Q Consensus 228 ~l~~~r~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~--------~gwr~~f~ 299 (566)
.++++|+++|++.+...+....+++|+. ++++|+...+....+..+|.++++.++..+... .+||+.+.
T Consensus 128 ~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~---p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 204 (491)
T 4gc0_A 128 EFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELA---PAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFA 204 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS---CGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhC---CHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhh
Confidence 9999999999999999999999999999 667778888888777788888888887766532 35888888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhheeeccccccCCCcCCCCCCCCC-------cc-ccc---hHHHHH------HHHHHhcccchhHHHHH
Q 008417 300 VTALLPLITSGVAVLVKEQQVLGPSRRQNLPLGDP-------SF-FES---SKQNMF------QLWEAVKQPNVFLPTLF 362 (566)
Q Consensus 300 i~~i~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~-~~~---~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~ 362 (566)
+..+..++.++..+++||++++...+.+.++.++. .. .+. .++... ......+.++.......
T Consensus 205 ~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 284 (491)
T 4gc0_A 205 SECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVML 284 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHH
Confidence 88887777778888899998764322211110000 00 000 000000 00111222333333322
Q ss_pred HHHHhh-cccchhhhHHHHhhccCCChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCcchhhHHHHHHHHHHHhHHHHhhh
Q 008417 363 VFLWQA-TPHSDSAMFYFTTNELGFTPEFLGRVKFVTSVASLLGVGLYNGFLKNVPLRKIFLANTIFGTALGMTQVFLVT 441 (566)
Q Consensus 363 ~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 441 (566)
.++... .......+.....+..+.+.........+..+..+++.++.+++.||+|||+.+..+.....++.+.+.....
T Consensus 285 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~ 364 (491)
T 4gc0_A 285 SIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFY 364 (491)
T ss_dssp HHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 222222 2222333344445567777777777778888999999999999999999999998888877776655543322
Q ss_pred ccccccccccchhhhhHHHHHHHhhhhhhHHHH-HHHHhhCCCCchHHHHHHHHHHHhhhhhhHhHHHHHHHHhcCCCCc
Q 008417 442 GLNRKFGISDEWFAIGDSLILTVLSQASFMPVL-VLAARLCPEGMEATLFATLMSISNGGSVLGGLLGAGLTQLFGVTKD 520 (566)
Q Consensus 442 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~i~~~~~g~l~~~~g~~~~ 520 (566)
..... ........+........+.|.. .+.+|.+|.+.|+++.|+.+.+..+++.+++.+.+.+.+......
T Consensus 365 ~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~- 437 (491)
T 4gc0_A 365 TQAPG------IVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVA- 437 (491)
T ss_dssp TTCCH------HHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHH-
T ss_pred cccch------HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-
Confidence 21110 1111222222233444555555 889999999999999999999999999999998887765321100
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhccCCCCCCCCCccchh
Q 008417 521 SFDNLATLIILCNLSSLLPLPLIGLLPQDSPDSTSKESE 559 (566)
Q Consensus 521 ~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 559 (566)
.+.....+++.++++.+..++.++++||+|+++.||.++
T Consensus 438 ~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tLeei~~ 476 (491)
T 4gc0_A 438 HFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKTLEELEA 476 (491)
T ss_dssp HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCHHHHGG
T ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCCHHHHHH
Confidence 000011112222222223333456789999998877654
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.96 E-value=1.8e-28 Score=252.79 Aligned_cols=367 Identities=14% Similarity=0.078 Sum_probs=241.3
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhh-hhhhhhHHHHHHhh-----cCCCHHHHHHHHHHhhhhhhh-cchhhhcccccCcCCC-CCchHhH
Q 008417 135 NFAVAMVYFVQGVL-GLARLAVNFYLKDD-----LHLDPAETAVISGFSSLPWLI-KPLYGFISDSLPLFGY-RRRSYLV 206 (566)
Q Consensus 135 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~l~~~l~~~-----~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~~-~~~~G~lsDr~~~~G~-grr~~~~ 206 (566)
++.++...+...+. ......+++|+.++ +|++..+.+++.+++.++..+ ++++|+++|| + |||++++
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-----~~g~r~~~~ 89 (491)
T 4aps_A 15 LSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADR-----IIGARPAVF 89 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----TSCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-----cccchHHHH
Confidence 44445555555554 34556677888777 999999999999999888887 7788999999 6 9999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhcccCcccccchhHHHHHHhHHHHHHHHHHHh
Q 008417 207 LSGLLGALSWSLMATIVESKYSAALSILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSVSGSLQSLCWGSSAFGGIVSSYFSG 286 (566)
Q Consensus 207 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 286 (566)
.+.++..++.+++++ +++++.++++|++.|++.+...+...+++.|+++++++ .|+..++..+.+.++|.++||.+++
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~ 167 (491)
T 4aps_A 90 WGGVLIMLGHIVLAL-PFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDR-RRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVG 167 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHS-CCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTT-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccc-cceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999998 99999999999999999999999999999999955332 3677788888888999999999999
Q ss_pred HhhcccChHHHHHHHHHHHHHHHHhheee-ccccccCCCcCCCCCCCCCccccchHHHHHH-------------------
Q 008417 287 SMVDAYGVRFVFGVTALLPLITSGVAVLV-KEQQVLGPSRRQNLPLGDPSFFESSKQNMFQ------------------- 346 (566)
Q Consensus 287 ~l~~~~gwr~~f~i~~i~~~~~~~~~~~~-~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------- 346 (566)
.+.+..|||+.|++.++..++.++..++. ++..+++.... +.+.+ .++.++..+.
T Consensus 168 ~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~----~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~ 242 (491)
T 4aps_A 168 AAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRP-TDPLA----PEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVG 242 (491)
T ss_dssp HHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCC-SCCCS----HHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCC-CCccc----cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 99999999999999887776644444333 32221111111 00000 0000000000
Q ss_pred -----------------------------HHH--Hhccc--chhHHHHHHHHHhhcccchhhhHH-HHhhccCCChhhhh
Q 008417 347 -----------------------------LWE--AVKQP--NVFLPTLFVFLWQATPHSDSAMFY-FTTNELGFTPEFLG 392 (566)
Q Consensus 347 -----------------------------~~~--~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~g~~~~~~g 392 (566)
... ..+++ ..+...+..+++...+.......+ +..+..+.+....+
T Consensus 243 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 322 (491)
T 4aps_A 243 WNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVS 322 (491)
T ss_dssp SCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSG
T ss_pred CcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHH
Confidence 000 01111 122222223333332223333333 33444677767788
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCcchhhH-----HHHHHHHHHHhHHHHhhhccccccccccchhhhhHHHHHHHhhh
Q 008417 393 RVKFVTSVASLLGVGLYNGFLKNVPLRKIFL-----ANTIFGTALGMTQVFLVTGLNRKFGISDEWFAIGDSLILTVLSQ 467 (566)
Q Consensus 393 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~g~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 467 (566)
++.....++.+++.++.+++.||+++|+... .+.++.+++.+.+.+............ .+......++.++...
T Consensus 323 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~l~g~~~~ 401 (491)
T 4aps_A 323 WFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVS-PLWLVGSWALVILGEM 401 (491)
T ss_dssp GGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCC-THHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCcc-HHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8888888999999999999999999886544 555555555444433221100000001 0112222222222333
Q ss_pred hhhHHHHHHHHhhCCCCchHHHHHHHHHHHhhhhhhHhHHHHHHHHh
Q 008417 468 ASFMPVLVLAARLCPEGMEATLFATLMSISNGGSVLGGLLGAGLTQL 514 (566)
Q Consensus 468 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~i~~~~~g~l~~~ 514 (566)
....+...+..+..|++.||++.|+.+....+|..+++.+.+.+.+.
T Consensus 402 ~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~ 448 (491)
T 4aps_A 402 LISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK 448 (491)
T ss_dssp TTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS
T ss_pred HHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 33333448999999999999999999999999999999998887754
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.96 E-value=1.1e-29 Score=252.35 Aligned_cols=345 Identities=14% Similarity=0.041 Sum_probs=247.8
Q ss_pred HHHHHHHHHhh-hhhhhhHHHHHHhhcCCCHHHHHHHHHHhhhhhhh-cchhhhcccccCcCCCCCchHhHHHHHHHHHH
Q 008417 138 VAMVYFVQGVL-GLARLAVNFYLKDDLHLDPAETAVISGFSSLPWLI-KPLYGFISDSLPLFGYRRRSYLVLSGLLGALS 215 (566)
Q Consensus 138 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~l~~~l~~~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~~-~~~~G~lsDr~~~~G~grr~~~~~~~~~~~~~ 215 (566)
++...+..++. ....+.++ .+.+++|.+..+.+++.+.+.++..+ ++++|+++|| +|||+.++.+.++..++
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-----~g~r~~~~~~~~~~~~~ 78 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIA-DMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDR-----VGRRPVILVGMSIFMLA 78 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTT-----SCCCCCCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhH-HHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hCCchhHHHHHHHHHHH
Confidence 44455555554 34444444 45577999999999999999888877 7889999999 99999999999999999
Q ss_pred HHHHHhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhcccCcccccchhHHHHHHhHHHHHHHHHHHhHhhcccChH
Q 008417 216 WSLMATIVESKYSAALSILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSVSGSLQSLCWGSSAFGGIVSSYFSGSMVDAYGVR 295 (566)
Q Consensus 216 ~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~gwr 295 (566)
.+.+++ +++++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++ ++++|+..++.......+|.+++|.+++++.+..|||
T Consensus 79 ~~~~~~-~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~ 154 (375)
T 2gfp_A 79 TLVAVT-TSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLY---ERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWR 154 (375)
T ss_dssp HHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHH
T ss_pred HHHHHH-hccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHC---CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHH
Confidence 999998 899999999999999999999999999999999 5567788888888888999999999999999989999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH-hheeeccccccCCCcCCCCCCCCCccccchHHHHHHHHHHhcccchhHHHHHHHHHhhcccchh
Q 008417 296 FVFGVTALLPLITSG-VAVLVKEQQVLGPSRRQNLPLGDPSFFESSKQNMFQLWEAVKQPNVFLPTLFVFLWQATPHSDS 374 (566)
Q Consensus 296 ~~f~i~~i~~~~~~~-~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 374 (566)
+.|++.+++.++..+ ..+++||++++++++++ .+ ++.++.+++|.++...+..++.........
T Consensus 155 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 219 (375)
T 2gfp_A 155 ACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPRTR------------LL---TSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFE 219 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCCCC------------TT---TCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccccc------------HH---HHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999888877444 55667776553221110 00 112234556666666655555444433334
Q ss_pred hhHHHHhhc-cCCChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCcchhhHHHHHH-HHHHHhHHHHhhh-cccccccccc
Q 008417 375 AMFYFTTNE-LGFTPEFLGRVKFVTSVASLLGVGLYNGFLKNVPLRKIFLANTIF-GTALGMTQVFLVT-GLNRKFGISD 451 (566)
Q Consensus 375 ~~~~~~~~~-~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~g~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~ 451 (566)
.+.+.+.++ +|+++.+.+.+.....++.+++.++.+++.||.++ .+..+... ...+...+..... ..+.
T Consensus 220 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------ 291 (375)
T 2gfp_A 220 ACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFST--LMWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNV------ 291 (375)
T ss_dssp HHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHH--HHHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHH------
T ss_pred HHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccH------
Confidence 444444444 78889999999999999999999999999999876 22333322 2222221111110 0010
Q ss_pred chhhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhCCCCchHHHHHHHHHHHhhhhhhHhHHHHHHHHhcCC
Q 008417 452 EWFAIGDSLILTVLSQASFMPVLVLAARLCPEGMEATLFATLMSISNGGSVLGGLLGAGLTQLFGV 517 (566)
Q Consensus 452 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~i~~~~~g~l~~~~g~ 517 (566)
+......++.++..+........+..+..| +++|++.|+.+...++|..+++.+.|.+.+..++
T Consensus 292 -~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~ 355 (375)
T 2gfp_A 292 -WTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQG 355 (375)
T ss_dssp -HHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHH
T ss_pred -HHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcc
Confidence 111122223333333333333478888888 8999999999999999999999999999876543
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.94 E-value=1.8e-27 Score=239.40 Aligned_cols=361 Identities=14% Similarity=0.116 Sum_probs=216.8
Q ss_pred cchHHHHHHHHHHHhh-hhhhhhHHHHHHhhcCCCHHHHHHHHHHhhhhhhh-cchhhhcccccCcCCCCCchHhHHHHH
Q 008417 133 PDNFAVAMVYFVQGVL-GLARLAVNFYLKDDLHLDPAETAVISGFSSLPWLI-KPLYGFISDSLPLFGYRRRSYLVLSGL 210 (566)
Q Consensus 133 ~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~l~~~l~~~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~~-~~~~G~lsDr~~~~G~grr~~~~~~~~ 210 (566)
+.++.+...++...+. ....+.++.|+++++|++..++|++.+.+.++..+ ++++|+++|| +|||+.++++..
T Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr-----~Grr~~l~~~~~ 81 (417)
T 2cfq_A 7 TNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDK-----LGLRKYLLWIIT 81 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-----STTCCHHHHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hcchHHHHHHHH
Confidence 3344444444444333 45567788899888999999999999999888877 7899999999 999999998887
Q ss_pred HHHHHHHH---HHhhcchH-HHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhcccCcccccchhHHHHHHhHHHHHHHHHHHh
Q 008417 211 LGALSWSL---MATIVESK-YSAALSILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSVSGSLQSLCWGSSAFGGIVSSYFSG 286 (566)
Q Consensus 211 ~~~~~~~~---~~~~~~~~-~~l~~~r~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 286 (566)
+..++... ..+ .+.. ...+..+++.+++.+.........+.++.++.+ ++++..++....+..+|..++|.+++
T Consensus 82 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~ 159 (417)
T 2cfq_A 82 GMLVMFAPFFIFIF-GPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVS-RRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVG 159 (417)
T ss_dssp HTTSCHHHHHHHTH-HHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHH-HHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhh-hhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 76543211 122 2111 112334444444333333333334444443222 23455566666666899999999999
Q ss_pred HhhcccChHHHHHHHHHHHHHHHHhheeeccccccCCCcCCCCCCCCCccccchHHHHHHHHHHhcccchhHHHHHHHHH
Q 008417 287 SMVDAYGVRFVFGVTALLPLITSGVAVLVKEQQVLGPSRRQNLPLGDPSFFESSKQNMFQLWEAVKQPNVFLPTLFVFLW 366 (566)
Q Consensus 287 ~l~~~~gwr~~f~i~~i~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 366 (566)
++.+ .+||+.|++.++..++.++..++.+|++++..+++++.+.++ .+...++.++.+++|.++...+..+..
T Consensus 160 ~l~~-~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 232 (417)
T 2cfq_A 160 IMFT-INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGANH------SAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGV 232 (417)
T ss_dssp HHHH-HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSSSCC------CCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHH-hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCccccccccccccccccc------ccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHH
Confidence 9886 589999998877655544444444443321111010000000 001123445667888776655443333
Q ss_pred hhcccchhhhHH-HHhhccC---CChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCcchhhHHHHHHHHHHHhHHHHhhhc
Q 008417 367 QATPHSDSAMFY-FTTNELG---FTPEFLGRVKFVTSVASLLGVGLYNGFLKNVPLRKIFLANTIFGTALGMTQVFLVTG 442 (566)
Q Consensus 367 ~~~~~~~~~~~~-~~~~~~g---~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 442 (566)
...+.......+ ++.+.++ .+....++...+..++.+++.++.+++.||+++|+.+..+.++.++..+.+.+.
T Consensus 233 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~--- 309 (417)
T 2cfq_A 233 SCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA--- 309 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC---
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---
Confidence 222222222222 2233333 224456777778888889999999999999999998887776666543332211
Q ss_pred cccccccccchhhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhCCCCchHHHHHH-HHHHHhhhhhhHhHHHHHHHHhcCC
Q 008417 443 LNRKFGISDEWFAIGDSLILTVLSQASFMPVLVLAARLCPEGMEATLFAT-LMSISNGGSVLGGLLGAGLTQLFGV 517 (566)
Q Consensus 443 ~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~-~~~~~~lg~~i~~~~~g~l~~~~g~ 517 (566)
.+. +.......+..+.......+...+..|..|++.||+++++ ++....+|+.++|.++|.+.+..|+
T Consensus 310 ~~~-------~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~ 378 (417)
T 2cfq_A 310 TSA-------LEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGF 378 (417)
T ss_dssp CSH-------HHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHH
T ss_pred ccH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCc
Confidence 110 1111111111222222222334789999999999999999 4888889999999999999987653
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.94 E-value=1e-25 Score=234.08 Aligned_cols=172 Identities=15% Similarity=0.143 Sum_probs=143.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhh-hhhhhhHHHHHHhhcC------CCHHHHHHHHHHhhhhhhh-cchhhhcccccCcCCC-CCchHhH
Q 008417 136 FAVAMVYFVQGVL-GLARLAVNFYLKDDLH------LDPAETAVISGFSSLPWLI-KPLYGFISDSLPLFGY-RRRSYLV 206 (566)
Q Consensus 136 ~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~l~~~l~~~~g------~s~~~~g~~~s~~~~~~~~-~~~~G~lsDr~~~~G~-grr~~~~ 206 (566)
+.+....+...+. ......++.|+.+++| ++..+.+++.+++.++..+ .++.|+++|| + |||++++
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr-----~~g~r~~~~ 89 (524)
T 2xut_A 15 PYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADR-----FFGKYNTIL 89 (524)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTT-----SSCSHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HhcchHHHH
Confidence 3344444444443 4456677888888899 9999999999999888877 6788999999 8 9999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcc-hHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhcccCcccccchhHHHHHHhHHHHHHHHHHH
Q 008417 207 LSGLLGALSWSLMATIVE-SKYSAALSILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSVSGSLQSLCWGSSAFGGIVSSYFS 285 (566)
Q Consensus 207 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 285 (566)
++.++.+++.+++++ ++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++++++++++...+++...+.++|.++||.++
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 168 (524)
T 2xut_A 90 WLSLIYCVGHAFLAI-FEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSM 168 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH-TSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH-hcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999988 87 9999999999999999999999999999999665555555666668888899999999999
Q ss_pred hHhhcccChHHHHHHHHHHHHHHHHhhe
Q 008417 286 GSMVDAYGVRFVFGVTALLPLITSGVAV 313 (566)
Q Consensus 286 ~~l~~~~gwr~~f~i~~i~~~~~~~~~~ 313 (566)
+.+.+..|||+.|++.+++.++..+..+
T Consensus 169 ~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 169 PLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp THHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999889999999999888776444433
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.37 E-value=3.6e-12 Score=129.19 Aligned_cols=174 Identities=13% Similarity=0.042 Sum_probs=138.2
Q ss_pred cchHHHHHHHHHHHhh-hhhhhhHHHHHHhhcCCCHHHHHHHHHHhhhhhhh-cchhhhcccccCcCCC--CCchHhHHH
Q 008417 133 PDNFAVAMVYFVQGVL-GLARLAVNFYLKDDLHLDPAETAVISGFSSLPWLI-KPLYGFISDSLPLFGY--RRRSYLVLS 208 (566)
Q Consensus 133 ~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~l~~~l~~~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~~-~~~~G~lsDr~~~~G~--grr~~~~~~ 208 (566)
+.++.+.+..+...+. ......++.++++.+|.+..+.+++.+...++.++ .++.|+++|| + |||+.+..+
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~-----~~~~~~~~~~~~ 326 (451)
T 1pw4_A 252 KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDK-----VFRGNRGATGVF 326 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----TSTTCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HhcCCchhHHHH
Confidence 3355555555554443 45566778888877899999999998888777777 6788999999 8 899988888
Q ss_pred HHHHH-HHHHHHHhhc--chHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhcccCcccccchhHHHHHHhHH-HHHHHHHH
Q 008417 209 GLLGA-LSWSLMATIV--ESKYSAALSILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSVSGSLQSLCWGSSAF-GGIVSSYF 284 (566)
Q Consensus 209 ~~~~~-~~~~~~~~~~--~~~~~l~~~r~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~~ 284 (566)
.++.. ++.+.+.+ . .+.+.+++..++.|++.+...+....++.|.. ++++|+..+++......+ |..++|.+
T Consensus 327 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 402 (451)
T 1pw4_A 327 FMTLVTIATIVYWM-NPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELA---PKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAI 402 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTS-CCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTS---CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHH-hcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHh---chhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77766 66666655 4 36777788888999988888888888999999 666789999999888899 99999999
Q ss_pred HhHhhcccChHHHHHHHHHHHHHHHHhheee
Q 008417 285 SGSMVDAYGVRFVFGVTALLPLITSGVAVLV 315 (566)
Q Consensus 285 ~~~l~~~~gwr~~f~i~~i~~~~~~~~~~~~ 315 (566)
.+.+.+..||+..|++.+++.++..+..+++
T Consensus 403 ~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 403 VGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999988887755444443
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.27 E-value=8.8e-11 Score=118.41 Aligned_cols=143 Identities=10% Similarity=0.039 Sum_probs=108.6
Q ss_pred HHHHhhcccchhhhHHHHhhccCCChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCcchhhHHHHHHHHHHHhHHHHhhhc
Q 008417 363 VFLWQATPHSDSAMFYFTTNELGFTPEFLGRVKFVTSVASLLGVGLYNGFLKNVPLRKIFLANTIFGTALGMTQVFLVTG 442 (566)
Q Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 442 (566)
.++..+.........+.+.+++|.+..+.|++.+...++..++.++.|++.||+|+|+.+.++.++..++.++.......
T Consensus 35 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 114 (438)
T 3o7q_A 35 FFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEI 114 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc
Confidence 33344433445555666778899999999999999999999999999999999999999999999888887766332221
Q ss_pred cccccccccchhhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhCCCCchHHHHHHHHHHHhhhhhhHhHHHHHHH
Q 008417 443 LNRKFGISDEWFAIGDSLILTVLSQASFMPVLVLAARLCPEGMEATLFATLMSISNGGSVLGGLLGAGLT 512 (566)
Q Consensus 443 ~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~i~~~~~g~l~ 512 (566)
.+. +..+..-++.++..+.......+++.+..|+++|+.+.++.+....+|..+++.+++.+.
T Consensus 115 ~~~-------~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 177 (438)
T 3o7q_A 115 MNY-------TLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLI 177 (438)
T ss_dssp TCH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH
T ss_pred ccH-------HHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 111 222222333333444444444499999999999999999999999999999999999998
No 10
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.25 E-value=4.8e-11 Score=117.66 Aligned_cols=144 Identities=13% Similarity=-0.022 Sum_probs=108.9
Q ss_pred HHHHhhcccchhhhHHHHhhccCCChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCcchhhHHHHHHHHHHHhHHHHhhhc
Q 008417 363 VFLWQATPHSDSAMFYFTTNELGFTPEFLGRVKFVTSVASLLGVGLYNGFLKNVPLRKIFLANTIFGTALGMTQVFLVTG 442 (566)
Q Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 442 (566)
.++............+.+.+++|.++.+.+++.+...++..++.++.|++.||+|+|+.+..+.++..++.+...+....
T Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 88 (375)
T 2gfp_A 9 VAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTSSL 88 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccH
Confidence 33334433344455566678899999999999999999999999999999999999999999988888887766554321
Q ss_pred cccccccccchhhhhHHHHHHHhhhhhhHHHH-HHHHhhCCCCchHHHHHHHHHHHhhhhhhHhHHHHHHHHhcCC
Q 008417 443 LNRKFGISDEWFAIGDSLILTVLSQASFMPVL-VLAARLCPEGMEATLFATLMSISNGGSVLGGLLGAGLTQLFGV 517 (566)
Q Consensus 443 ~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~i~~~~~g~l~~~~g~ 517 (566)
+ ......++.+ .+.....+.. +++.|..|+++|++++++.+....+|..+++.+++.+.+..|+
T Consensus 89 ~----------~l~~~~~l~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~ 153 (375)
T 2gfp_A 89 T----------VLIAASAMQG-MGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNW 153 (375)
T ss_dssp H----------HHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHH
T ss_pred H----------HHHHHHHHHH-HHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccH
Confidence 1 1222222223 3333344444 8899999999999999999999999999999999999876553
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.20 E-value=3.8e-10 Score=115.63 Aligned_cols=125 Identities=11% Similarity=0.020 Sum_probs=97.0
Q ss_pred cCCChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-CCcchhhHHHHHHHHHHHhHHHHhhhccccccccccchhhhhHHHHH
Q 008417 384 LGFTPEFLGRVKFVTSVASLLGVGLYNGFLKN-VPLRKIFLANTIFGTALGMTQVFLVTGLNRKFGISDEWFAIGDSLIL 462 (566)
Q Consensus 384 ~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 462 (566)
+|++..+.+++.+...++..++.++.|++.|| +|||+.+..+.++..++.+++.+.... +......++.
T Consensus 49 ~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~~l~ 118 (491)
T 4aps_A 49 LHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGA----------SALFGSIILI 118 (491)
T ss_dssp CCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCST----------THHHHHHHHH
T ss_pred cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhH----------HHHHHHHHHH
Confidence 89999999999999999999999999999999 899999999988888776655432211 1122222333
Q ss_pred HHhhhhhhHHHHHHHHhhCCCCc--hHHHHHHHHHHHhhhhhhHhHHHHHHHHhcCCC
Q 008417 463 TVLSQASFMPVLVLAARLCPEGM--EATLFATLMSISNGGSVLGGLLGAGLTQLFGVT 518 (566)
Q Consensus 463 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~g~~~g~~~~~~~lg~~i~~~~~g~l~~~~g~~ 518 (566)
++..+.......+++.|.+|+++ |+.++++.+...++|..++|.+++.+.+..|+.
T Consensus 119 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~ 176 (491)
T 4aps_A 119 IIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYH 176 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHH
T ss_pred HHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHH
Confidence 33333333333489999999888 788888899999999999999999999987644
No 12
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.20 E-value=1.2e-10 Score=116.53 Aligned_cols=158 Identities=13% Similarity=0.076 Sum_probs=118.3
Q ss_pred hHHHHHHhhcCC---CHHHHHHHHHHhhhhhhh-cchhhhcccccCcCCCCCchHhHHHHHHHHHHHHHHHhhcchHHHH
Q 008417 154 AVNFYLKDDLHL---DPAETAVISGFSSLPWLI-KPLYGFISDSLPLFGYRRRSYLVLSGLLGALSWSLMATIVESKYSA 229 (566)
Q Consensus 154 ~l~~~l~~~~g~---s~~~~g~~~s~~~~~~~~-~~~~G~lsDr~~~~G~grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l 229 (566)
.++.|+.+.++. +....++..++..+...+ .++.|+++|| +|||+.+..+.++.+++.+.+++ .++.+.+
T Consensus 242 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-----~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~ 315 (417)
T 2cfq_A 242 QFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINR-----IGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSF-ATSALEV 315 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-CCSHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hccHHHH
Confidence 356676665553 234456666655555555 5677999999 99999999888888888777776 7777777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhcccCcccccchhHHH-HHHhHHHHHHHHHHHhHhhcccChHHHHHHHHHHHHHH
Q 008417 230 ALSILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSVSGSLQSLC-WGSSAFGGIVSSYFSGSMVDAYGVRFVFGVTALLPLIT 308 (566)
Q Consensus 230 ~~~r~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~gwr~~f~i~~i~~~~~ 308 (566)
++..++.+++.+...+....++.|.+ +.+.|+..++.. +....+|.+++|.++|++.+..|++..|.+.+++.++.
T Consensus 316 ~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~ 392 (417)
T 2cfq_A 316 VILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQF---EVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGF 392 (417)
T ss_dssp HHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS---CHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---CHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 78888888877766666678899998 556777777774 66667999999999999998889999999988887774
Q ss_pred H-Hhheeeccccc
Q 008417 309 S-GVAVLVKEQQV 320 (566)
Q Consensus 309 ~-~~~~~~~e~~~ 320 (566)
. +..++.||+++
T Consensus 393 ~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 393 TLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHhhhcCCCc
Confidence 4 44455565444
No 13
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.07 E-value=1.6e-09 Score=111.88 Aligned_cols=155 Identities=9% Similarity=-0.123 Sum_probs=107.5
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHhhcccchhhhH-HHHhhccC------CChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcC-CcchhhHHH
Q 008417 354 PNVFLPTLFVFLWQATPHSDSAMF-YFTTNELG------FTPEFLGRVKFVTSVASLLGVGLYNGFLKNV-PLRKIFLAN 425 (566)
Q Consensus 354 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~g------~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~-g~~~~~~~~ 425 (566)
+.++...+..++..+.+.....+. .++.+++| +++.+.+++.....++.+++.++.|++.||+ |+|+.+.++
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~ 91 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWL 91 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHH
Confidence 344555444454444433333443 34456688 9999999999999999999999999999999 999999988
Q ss_pred HHHHHHHHhHHHHhhhccccccccccchhhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhCCCCchHHHHHH---HHHHHhhhhh
Q 008417 426 TIFGTALGMTQVFLVTGLNRKFGISDEWFAIGDSLILTVLSQASFMPVLVLAARLCPEGMEATLFAT---LMSISNGGSV 502 (566)
Q Consensus 426 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~---~~~~~~lg~~ 502 (566)
.++..++.+++.+.. .+. +.+....++.++..+.......+++.+.+|+++|++..++ .+...++|..
T Consensus 92 ~~~~~~~~~~~~~~~--~~~-------~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 162 (524)
T 2xut_A 92 SLIYCVGHAFLAIFE--HSV-------QGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSF 162 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTS--SCH-------HHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhc--ccH-------HHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888877766554432 011 1122222333333333333344899999999999766555 8899999999
Q ss_pred hHhHHHHHHHHhcCC
Q 008417 503 LGGLLGAGLTQLFGV 517 (566)
Q Consensus 503 i~~~~~g~l~~~~g~ 517 (566)
+++.+++.+.+..|+
T Consensus 163 ~g~~~~~~l~~~~g~ 177 (524)
T 2xut_A 163 FASLSMPLLLKNFGA 177 (524)
T ss_dssp HHHHTSTHHHHTSCH
T ss_pred HHHHHHHHHhccccH
Confidence 999999999886654
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=98.75 E-value=7.9e-08 Score=98.25 Aligned_cols=158 Identities=13% Similarity=0.053 Sum_probs=106.4
Q ss_pred HHHHHhhcCCCHHHHHHHHHHhhhhhhh-cchhhhcccccCcCCCCCchHhHHHHHHHHHHHHHHHhh---cchHHHHHH
Q 008417 156 NFYLKDDLHLDPAETAVISGFSSLPWLI-KPLYGFISDSLPLFGYRRRSYLVLSGLLGALSWSLMATI---VESKYSAAL 231 (566)
Q Consensus 156 ~~~l~~~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~~-~~~~G~lsDr~~~~G~grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~l~~ 231 (566)
.+++.+..+.+............+...+ .++.+.+.|| +|||+.++.+.....++.+.++.. ..+.+..++
T Consensus 300 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr-----~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 374 (491)
T 4gc0_A 300 APEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDK-----FGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALL 374 (491)
T ss_dssp HHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHH
T ss_pred chHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----hcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHH
Confidence 3344455687777766655555554444 5677999999 999999999988888777666542 111122222
Q ss_pred HHHHHHHHHH-hHhhhhhhhhhhhhcccCcccccchhHHHHHHhHHHHHHHHHHHhHhhc------ccChHHHHHHHHHH
Q 008417 232 SILLGSLSVA-FSDVVVDSMVVERARGESQSVSGSLQSLCWGSSAFGGIVSSYFSGSMVD------AYGVRFVFGVTALL 304 (566)
Q Consensus 232 ~r~l~g~~~~-~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~------~~gwr~~f~i~~i~ 304 (566)
..++...+.+ ...+....+.+|++ +.+.|+...++......+|.++++.+...+.+ ..++.+.|++.+++
T Consensus 375 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~f---Pt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~ 451 (491)
T 4gc0_A 375 SMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIF---PNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCM 451 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSS---CTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhC---CHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHH
Confidence 2222222222 23345667899999 67788888898888888888888877665542 35677788888888
Q ss_pred HHH-HHHhheeecccccc
Q 008417 305 PLI-TSGVAVLVKEQQVL 321 (566)
Q Consensus 305 ~~~-~~~~~~~~~e~~~~ 321 (566)
+++ .++.++++||++..
T Consensus 452 ~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 452 GVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred HHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 887 55667889998764
Done!