Query 009099
Match_columns 543
No_of_seqs 492 out of 2977
Neff 11.0
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 18:48:12 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/009099.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/009099hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 1.7E-44 5.7E-49 366.0 38.2 435 100-542 8-481 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.6E-39 5.6E-44 325.7 18.5 398 100-524 24-434 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 6.6E-37 2.3E-41 305.5 35.5 369 103-519 25-428 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.5E-32 5.3E-37 278.0 26.0 398 124-530 34-478 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.3E-33 4.6E-38 275.4 16.0 354 107-508 3-361 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 2E-30 7E-35 256.1 9.8 374 115-529 18-405 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 4.1E-29 1.4E-33 255.0 18.4 152 126-280 35-197 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 8.2E-14 2.8E-18 138.8 12.5 160 118-280 266-432 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 6E-12 2E-16 124.8 14.4 160 356-521 40-227 (438)
10 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 4.8E-13 1.6E-17 131.6 6.0 142 144-286 262-405 (417)
11 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 5E-12 1.7E-16 122.5 9.2 163 358-529 16-180 (375)
12 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 5.1E-11 1.7E-15 120.0 16.1 142 372-522 49-195 (491)
13 2xut_A Proton/peptide symporte 99.2 1.3E-10 4.3E-15 118.1 16.3 150 365-522 36-197 (524)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.1 1.1E-11 3.8E-16 124.8 3.5 164 120-286 293-468 (491)
15 3mkt_A Multi antimicrobial ext 68.9 82 0.0028 30.0 24.0 28 215-242 145-172 (460)
16 2g9p_A Antimicrobial peptide l 48.3 5.9 0.0002 19.3 0.7 14 160-173 2-15 (26)
17 4dve_A Biotin transporter BIOY 24.7 1.4E+02 0.0047 24.8 5.7 26 147-172 99-124 (198)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=1.7e-44 Score=365.99 Aligned_cols=435 Identities=33% Similarity=0.578 Sum_probs=343.5
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHcCCCcc------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhcccch
Q 009099 100 GVVLPFVGVACLGAILFGYHLGVVNGALEYLAKDLGIAEN------TVLQGWIVSSLLAGATVGSFTGGSLADKFGRTRT 173 (543)
Q Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~------~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~ 173 (543)
+..+.+..+.+++.+..++|.++++..+|.+.++++.+.+ ....|++.+++.+|..++++++|+++||+|||++
T Consensus 8 ~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~ 87 (491)
T 4gc0_A 8 SYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDS 87 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHH
T ss_pred HHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHH
Confidence 3456666667888999999999999999999998854321 2234899999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHH------------------HhhhHHHHHHHHHHHhhhccccccchhhhhhccCCcccchhhhHHH
Q 009099 174 FQLDAVPLAAGAFLCA------------------TAQSVQTMIIGRVLAGIGIGISSAIVPLYISEISPTEIRGALGSVN 235 (543)
Q Consensus 174 ~~~~~~~~~i~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~ 235 (543)
++++.+++.+++++++ +++|+++++++|+++|++.|+..+....+++|+.|+++|++..++.
T Consensus 88 l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~ 167 (491)
T 4gc0_A 88 LKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFN 167 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhh
Confidence 9999999999999999 4789999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhcccCC-------CCCchHHHHHHhHHHHHHHHHHhcccCCChhHHHhcCChHHHHHHHHHHhCch
Q 009099 236 QLFICVGILAALVAGLPLAG-------NPLWWRTMFGLAAIPSILLALGMGLSPESPRWLFQQGKKSEAEKSIQTLYGKE 308 (543)
Q Consensus 236 ~~~~~~G~~~~~~~~~~l~~-------~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 308 (543)
..+..+|.++++.++..+.. ...+||+.+.+..++.++..+..+++||+|+|+..+++.+++.+.+++....+
T Consensus 168 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~ 247 (491)
T 4gc0_A 168 QFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNT 247 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCc
Confidence 99999999988887765432 12569999999999988888888899999999999999999888877765544
Q ss_pred hhHHHHHHHHHhccCCCCcccchhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHcCCCchhH--HHHHHHH
Q 009099 309 RVSEVMLDLTNAGQGSAEPEAGWFDLFSSRYWKVVSVGAALFLFQQLAGINAVVYYSTSVFRSVGIESDVA--ASALVGA 386 (543)
Q Consensus 309 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~ 386 (543)
..+++..+.+......+ +.......++. +...+......+.++.+...+.+|.+.+.+..+.+.... .....++
T Consensus 248 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 323 (491)
T 4gc0_A 248 LATQAVQEIKHSLDHGR-KTGGRLLMFGV---GVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGV 323 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHH-HHTTHHHHSCC---THHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHhhh-hhhhHHHHhcc---cHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHH
Confidence 33333222221111110 11111122222 233444555556666778888899999988887766543 4566778
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhHHHHHHHHHHHhhcCccccccccccccc
Q 009099 387 ANVFGTAVASSLMDRQGRKNLLTFSFTGMAASMLLLSLSFTWKVLAPYSGTLAVLGTVLYVLSFSLGAGPVPALLLPEIF 466 (543)
Q Consensus 387 ~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 466 (543)
..+++.++++++.||+|||+.++.+.....++++.+....... ......++..+++..++..+..++.+.+.+|.+
T Consensus 324 ~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~f 399 (491)
T 4gc0_A 324 INLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQ----APGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIF 399 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT----CCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcc----cchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhC
Confidence 8899999999999999999999998888888877766543321 123444555666666777778888888999999
Q ss_pred ChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHH------hhccccchhhhhHHHHHHHHhhheecccCCCCCHHHHHHhcC
Q 009099 467 ASRIRAKAVALSLGMHWISNFVIGLYFLSVVN------KFGISTVYLGFATVCLLAVLYIAVNVVETKGRSLEEIERALN 540 (543)
Q Consensus 467 p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 540 (543)
|++.|++++|+.+.++++++++++.+.+.+.+ ..+....|++++++++++.++.+++.||+|+|+.||+|+.+|
T Consensus 400 Pt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tLeei~~~f~ 479 (491)
T 4gc0_A 400 PNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKTLEELEALWE 479 (491)
T ss_dssp CTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCHHHHGGGTC
T ss_pred CHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCCHHHHHHHhC
Confidence 99999999999999999999999888766543 345667788899999999988889999999999999999887
Q ss_pred CC
Q 009099 541 PV 542 (543)
Q Consensus 541 ~~ 542 (543)
++
T Consensus 480 ~~ 481 (491)
T 4gc0_A 480 PE 481 (491)
T ss_dssp --
T ss_pred CC
Confidence 64
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.6e-39 Score=325.70 Aligned_cols=398 Identities=14% Similarity=0.111 Sum_probs=296.2
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhcccchhhhhhH
Q 009099 100 GVVLPFVGVACLGAILFGYHLGVVNGALEYLAKDLGIAENTVLQGWIVSSLLAGATVGSFTGGSLADKFGRTRTFQLDAV 179 (543)
Q Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~ 179 (543)
+..+..+..+++..+...++...+.+.+|.+.+++ .+..+. |++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.+
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~--g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~ 100 (451)
T 1pw4_A 24 RLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDL--GFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLI 100 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHH--HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHH
Confidence 34466677778888888898889999999999999 999998 999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHH----hhhHHHHHHHHHHHhhhccccccchhhhhhccCCcccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCC
Q 009099 180 PLAAGAFLCAT----AQSVQTMIIGRVLAGIGIGISSAIVPLYISEISPTEIRGALGSVNQLFICVGILAALVAGLPLAG 255 (543)
Q Consensus 180 ~~~i~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l~~ 255 (543)
+.+++.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+..+|.+++|.+++++.+
T Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 180 (451)
T 1pw4_A 101 LAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMA 180 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999988765
Q ss_pred CCCc-hHHHHHHhHHHHHHHHH-HhcccCCChhHHHhcCChHHHHHHHHHHhCchhhHHHHHHHHHhccCCCCcccchhh
Q 009099 256 NPLW-WRTMFGLAAIPSILLAL-GMGLSPESPRWLFQQGKKSEAEKSIQTLYGKERVSEVMLDLTNAGQGSAEPEAGWFD 333 (543)
Q Consensus 256 ~~~~-wr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 333 (543)
. .+ ||+.|++.+++.++..+ ..+++||+|+....+++++... .. +.+ ..+++++....++...++
T Consensus 181 ~-~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~--~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 247 (451)
T 1pw4_A 181 W-FNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKN--------DY--PDD--YNEKAEQELTAKQIFMQY 247 (451)
T ss_dssp H-TCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCC--------C-----------------CCTHHHHHH
T ss_pred H-hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcc--------cc--ccc--chhhhhcccccccchHHH
Confidence 4 67 99999999988876554 4455688776321111110000 00 000 000000001111112456
Q ss_pred hhccchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHH-cCCCchhH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc--CChhHH
Q 009099 334 LFSSRYWKVVSVGAALFLFQQLAGINAVVYYSTSVFRS-VGIESDVA--ASALVGAANVFGTAVASSLMDRQ--GRKNLL 408 (543)
Q Consensus 334 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--g~~~~~ 408 (543)
+++++.++...+...+... .......+.+.++++ .+.+.... ......++.+++.++.+++.||+ ++|+.+
T Consensus 248 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~ 323 (451)
T 1pw4_A 248 VLPNKLLWYIAIANVFVYL----LRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGAT 323 (451)
T ss_dssp TSSCHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHH
T ss_pred HHcCHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhH
Confidence 6777776665554444433 245566677777766 67776543 56667889999999999999999 999888
Q ss_pred HHHHHHHH-HHHHHHHHHHhhcccccccchhHHHHHHHHHHHhhcCcccccccccccccChhhhhHHHHHHHHHHHH-HH
Q 009099 409 TFSFTGMA-ASMLLLSLSFTWKVLAPYSGTLAVLGTVLYVLSFSLGAGPVPALLLPEIFASRIRAKAVALSLGMHWI-SN 486 (543)
Q Consensus 409 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~-g~ 486 (543)
..+..+.. ++++++.+. ...+.+......++.+.+.. ...+....++.|.+|++.|++++|+.+.+.++ |.
T Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~ 396 (451)
T 1pw4_A 324 GVFFMTLVTIATIVYWMN------PAGNPTVDMICMIVIGFLIY-GPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGS 396 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTSC------CTTCHHHHHHHHHHHHHHHT-HHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHh------cccCHHHHHHHHHHHHHHHh-chHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77665555 444333221 11122233333333333332 23444556889999999999999999999999 99
Q ss_pred HHHHHhhHHHHHhhccccchhhhhHHHHHHHHhhheec
Q 009099 487 FVIGLYFLSVVNKFGISTVYLGFATVCLLAVLYIAVNV 524 (543)
Q Consensus 487 ~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 524 (543)
.++|.+.|.+.+..|+...|++.+++.+++.++.++..
T Consensus 397 ~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 397 VAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999988888887776655443
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=6.6e-37 Score=305.49 Aligned_cols=369 Identities=16% Similarity=0.139 Sum_probs=285.2
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhcccchhhhhhHHHH
Q 009099 103 LPFVGVACLGAILFGYHLGVVNGALEYLAKDLGIAENTVLQGWIVSSLLAGATVGSFTGGSLADKFGRTRTFQLDAVPLA 182 (543)
Q Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~ 182 (543)
+..+..+++..+..+++.....+..|.+.+++|++..+. |++.+++.+++.++++++|+++||+|||++++++.++++
T Consensus 25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~--g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 25 IIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQA--GLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHH--HHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 444555667778888888899999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHH---HHhhhHHHHHHHHHHHhhhccccccchhhhhhccCCcccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccC-CCCC
Q 009099 183 AGAFLC---ATAQSVQTMIIGRVLAGIGIGISSAIVPLYISEISPTEIRGALGSVNQLFICVGILAALVAGLPLA-GNPL 258 (543)
Q Consensus 183 i~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l~-~~~~ 258 (543)
++.+++ +++++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+..+|.++++.+++.+. +...
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~ 182 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVP 182 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSC
T ss_pred HHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc
Confidence 999999 888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999887 5423
Q ss_pred c------------------------hHHHHHHhHHHHHHHHHHhcc--cCCChhHHHhcCChHHHHHHHHHHhCchhhHH
Q 009099 259 W------------------------WRTMFGLAAIPSILLALGMGL--SPESPRWLFQQGKKSEAEKSIQTLYGKERVSE 312 (543)
Q Consensus 259 ~------------------------wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~--~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 312 (543)
. ||+.|++.+++.++..+..++ .||+++. ++++
T Consensus 183 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~---~~~~------------------ 241 (438)
T 3o7q_A 183 HQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSD---NHSD------------------ 241 (438)
T ss_dssp CCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTT---CCCC------------------
T ss_pred cccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccc---cccc------------------
Confidence 3 999998888777665544433 3555431 0000
Q ss_pred HHHHHHHhccCCCCcccchhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHH-HHHc-CCCchhH--HHHHHHHHH
Q 009099 313 VMLDLTNAGQGSAEPEAGWFDLFSSRYWKVVSVGAALFLFQQLAGINAVVYYSTSV-FRSV-GIESDVA--ASALVGAAN 388 (543)
Q Consensus 313 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-~~~~~~~--~~~~~~~~~ 388 (543)
+++++.+.+++++++++.++...+...+.... ......+.+.+ .++. +.+.... ......++.
T Consensus 242 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 308 (438)
T 3o7q_A 242 ---------AKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGA----QTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCF 308 (438)
T ss_dssp ---------SSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---------ccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 01111223456778888877766655544443 34445555665 5554 7776544 566677889
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhHHHHHHHHHHHhhcCcccccccccccccCh
Q 009099 389 VFGTAVASSLMDRQGRKNLLTFSFTGMAASMLLLSLSFTWKVLAPYSGTLAVLGTVLYVLSFSLGAGPVPALLLPEIFAS 468 (543)
Q Consensus 389 ~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~ 468 (543)
+++.++.+++.||++||+.+..+..+.+++++++.+. ......+...+.+.+.+ ...+....+..|.+|+
T Consensus 309 ~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~ 378 (438)
T 3o7q_A 309 FIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFA---------GGHVGLIALTLCSAFMS-IQYPTIFSLGIKNLGQ 378 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------CHHHHHHHHHHHHHHHT-THHHHHHHHHHSSCGG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc---------CCcHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhhccc
Confidence 9999999999999999999988888777776665542 11223333344444433 3456666677888987
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhc-cccchhhhhHHHHHHHHh
Q 009099 469 RIRAKAVALSLGMHWISNFVIGLYFLSVVNKFG-ISTVYLGFATVCLLAVLY 519 (543)
Q Consensus 469 ~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 519 (543)
+ ++.+.++.. ...+|+.++|.+.|.+.|..| ++..|.+.+++.++..++
T Consensus 379 ~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
T 3o7q_A 379 D-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIFIF 428 (438)
T ss_dssp G-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred c-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6 888888877 678999999999999999999 888888766555554443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.5e-32 Score=278.02 Aligned_cols=398 Identities=13% Similarity=0.019 Sum_probs=252.4
Q ss_pred hhhHHHHHHH-----cCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhh-hcccchhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhHHHH
Q 009099 124 NGALEYLAKD-----LGIAENTVLQGWIVSSLLAGATVGSFTGGSLADK-FGRTRTFQLDAVPLAAGAFLCATAQSVQTM 197 (543)
Q Consensus 124 ~~~~~~i~~~-----~~~s~~~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr-~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~l 197 (543)
....+++.++ +|.+..+. +++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.+
T Consensus 34 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 111 (491)
T 4aps_A 34 AILLYYMWFLISTGDLHITRATA--ASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASAL 111 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHH
T ss_pred HHHHHHHHhccchhhcCCCHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHH
Confidence 3455566666 99999988 999999999999999999999999 899999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhhhccccccchhhhhhccCCccc--chhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCchHHHHHHhHHHHHHHH
Q 009099 198 IIGRVLAGIGIGISSAIVPLYISEISPTEI--RGALGSVNQLFICVGILAALVAGLPLAGNPLWWRTMFGLAAIPSILLA 275 (543)
Q Consensus 198 ~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~ 275 (543)
+++|+++|++.+...+...+++.|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|.+++.+.+. .+||+.|++.++..++..
T Consensus 112 ~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~-~g~~~~f~~~~~~~~~~~ 190 (491)
T 4aps_A 112 FGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEA-AGYHVAFSLAAIGMFIGL 190 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-SCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999988 77788889999999999999999998765 789999999877766655
Q ss_pred HHhccc-CCChh----HHHhcCChHHHHHHHHH----------------HhCchhhHHHHH---------HHHHhccCCC
Q 009099 276 LGMGLS-PESPR----WLFQQGKKSEAEKSIQT----------------LYGKERVSEVML---------DLTNAGQGSA 325 (543)
Q Consensus 276 ~~~~~~-~e~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~ 325 (543)
+..++. ++..+ ....+.+.++..+..+. .....+.+.... .........+
T Consensus 191 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 270 (491)
T 4aps_A 191 LVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMIS 270 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-
T ss_pred HHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhh
Confidence 444332 21110 00001111222221111 000000000000 0000000000
Q ss_pred CcccchhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHH-cCCC--chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc
Q 009099 326 EPEAGWFDLFSSRYWKVVSVGAALFLFQQLAGINAVVYYSTSVFRS-VGIE--SDVAASALVGAANVFGTAVASSLMDRQ 402 (543)
Q Consensus 326 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~ 402 (543)
+++....+..+........+........... ...+.+.+.++ .+.+ ..........++.+++.++.+++.||+
T Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~ 346 (491)
T 4aps_A 271 SVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQ----GSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAW 346 (491)
T ss_dssp -----------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGG----GGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred cccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh----ccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0000011111112222233233333332222 22333333333 3333 334455666778888899999999999
Q ss_pred CChhHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc-cccccchhHHHHHHHHHHHhhcCcccccccccccccChhhhhHHHH
Q 009099 403 GRKNLLT-----FSFTGMAASMLLLSLSFTWKV-LAPYSGTLAVLGTVLYVLSFSLGAGPVPALLLPEIFASRIRAKAVA 476 (543)
Q Consensus 403 g~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g 476 (543)
+||+... .+..+.+++++++........ ....+.+......++.+.+.. ...+....++.|.+|++.|+++.|
T Consensus 347 ~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g 425 (491)
T 4aps_A 347 KKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEM-LISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMS 425 (491)
T ss_dssp TTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHH-TTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTH
T ss_pred hccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHH
Confidence 9886544 555566666555544321111 111123333444444444443 345566678999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhccccchhhhhHHHHHHHHhhheecccCCCC
Q 009099 477 LSLGMHWISNFVIGLYFLSVVNKFGISTVYLGFATVCLLAVLYIAVNVVETKGR 530 (543)
Q Consensus 477 ~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 530 (543)
+.+...++|..++|.+.+.+.+ .++...|.+.+++++++.++.+++.++.+++
T Consensus 426 ~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 478 (491)
T 4aps_A 426 MWFLSSSVGSALNAQLVTLYNA-KSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQGL 478 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGG-SSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999887754 4667788888888877777666655555443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=1.3e-33 Score=275.41 Aligned_cols=354 Identities=17% Similarity=0.118 Sum_probs=265.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhcccchhhhhhHHHHHHHH
Q 009099 107 GVACLGAILFGYHLGVVNGALEYLAKDLGIAENTVLQGWIVSSLLAGATVGSFTGGSLADKFGRTRTFQLDAVPLAAGAF 186 (543)
Q Consensus 107 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~ 186 (543)
.++++..+...+....+.+.+|.+.+++|.+..+. +++.+++.++..++++++|+++||+|||+++..+.++.+++.+
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~--g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~ 80 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAV--QSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATL 80 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHH--HHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34566777888888899999999999999999998 9999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhhhHHHHHHHHHHHhhhccccccchhhhhhccCCcccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCchHHHHHH
Q 009099 187 LCATAQSVQTMIIGRVLAGIGIGISSAIVPLYISEISPTEIRGALGSVNQLFICVGILAALVAGLPLAGNPLWWRTMFGL 266 (543)
Q Consensus 187 ~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l~~~~~~wr~~f~~ 266 (543)
+++++++++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+..+|..++|.+++++.+. .+||+.|++
T Consensus 81 ~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~-~~~~~~~~~ 159 (375)
T 2gfp_A 81 VAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTM-WNWRACYLF 159 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCH-HHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHh-ccHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998865 789999999
Q ss_pred hHHHHHHHHH-HhcccCCChhHHHhcCChHHHHHHHHHHhCchhhHHHHHHHHHhccCCCCcccchhhhhccchhHHHHH
Q 009099 267 AAIPSILLAL-GMGLSPESPRWLFQQGKKSEAEKSIQTLYGKERVSEVMLDLTNAGQGSAEPEAGWFDLFSSRYWKVVSV 345 (543)
Q Consensus 267 ~~~~~~~~~~-~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~ 345 (543)
.+++.++..+ ..+++||++++ +++ +++.+.+++++++++.++...+
T Consensus 160 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 206 (375)
T 2gfp_A 160 LLVLCAGVTFSMARWMPETRPV---DAP------------------------------RTRLLTSYKTLFGNSGFNCYLL 206 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTT---TCC------------------------------CCCTTTCSTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHCcccCCC---Ccc------------------------------cccHHHHHHHHhcCcchHHHHH
Confidence 9888877666 44556776542 100 0123345667777777766555
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHH-cCCCch--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCChhHHHHHHHH-HHHHHHH
Q 009099 346 GAALFLFQQLAGINAVVYYSTSVFRS-VGIESD--VAASALVGAANVFGTAVASSLMDRQGRKNLLTFSFTG-MAASMLL 421 (543)
Q Consensus 346 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~-~~~~~~~ 421 (543)
...+.... ......+.+.+.++ .+.+.. ........++.+++.++.+++.||.+++ ...+... ...+...
T Consensus 207 ~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~ 280 (375)
T 2gfp_A 207 MLIGGLAG----IAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MWQSVICCLLAGLLM 280 (375)
T ss_dssp HHHHHHHH----HHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HHHHHHHHHHTSSSS
T ss_pred HHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 54444333 33444444444433 444443 3355666788888999999999998772 2222222 2222221
Q ss_pred HHHHHhhcccccccchhHHHHHHHHHHHhhcCcccccccccccccChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhc
Q 009099 422 LSLSFTWKVLAPYSGTLAVLGTVLYVLSFSLGAGPVPALLLPEIFASRIRAKAVALSLGMHWISNFVIGLYFLSVVNKFG 501 (543)
Q Consensus 422 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~g 501 (543)
+...... ..+.+.......+.+.+.+. ..+....+..|..| +.|+++.|+.+...++|..++|.+.|.+.+..+
T Consensus 281 ~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~ 354 (375)
T 2gfp_A 281 WIPDWFG----VMNVWTLLVPAALFFFGAGM-LFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQ 354 (375)
T ss_dssp SHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHH
T ss_pred HHHhhhc----cccHHHHHHHHHHHHHHHHH-hhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc
Confidence 1111100 00122233344444444443 45566668889998 789999999999999999999999999988877
Q ss_pred cccchhh
Q 009099 502 ISTVYLG 508 (543)
Q Consensus 502 ~~~~~~~ 508 (543)
+...+.+
T Consensus 355 ~~~~~~~ 361 (375)
T 2gfp_A 355 GSLGLLM 361 (375)
T ss_dssp HHHHHHH
T ss_pred ccHHHHH
Confidence 7666654
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.96 E-value=2e-30 Score=256.05 Aligned_cols=374 Identities=14% Similarity=0.063 Sum_probs=236.1
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhHHH-HHHHcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhcccchhhhhhHHHHHHH---HHHHH
Q 009099 115 LFGYHLGVVNGALEY-LAKDLGIAENTVLQGWIVSSLLAGATVGSFTGGSLADKFGRTRTFQLDAVPLAAGA---FLCAT 190 (543)
Q Consensus 115 ~~~~~~~~~~~~~~~-i~~~~~~s~~~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~---~~~~~ 190 (543)
..........+.+|. +++++|.+..+. |++.+++.+++.++++++|+++||+|||++++++..+++++. ..+++
T Consensus 18 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~--g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 95 (417)
T 2cfq_A 18 FYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDT--GIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIF 95 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTS--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 333334454556665 556799999999 999999999999999999999999999999998888775532 22233
Q ss_pred hhhH-HHHHHHHHHHhhhccccccchhhhhhccCCc--ccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCchHHHHHHh
Q 009099 191 AQSV-QTMIIGRVLAGIGIGISSAIVPLYISEISPT--EIRGALGSVNQLFICVGILAALVAGLPLAGNPLWWRTMFGLA 267 (543)
Q Consensus 191 ~~~~-~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l~~~~~~wr~~f~~~ 267 (543)
++.. ..++..+++.|++.+..++.....+.++.++ ++++...+....+..+|..++|.+++++.+ .+||+.|++.
T Consensus 96 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~--~~~~~~f~~~ 173 (417)
T 2cfq_A 96 GPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT--INNQFVFWLG 173 (417)
T ss_dssp HHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH--HCSHHHHTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hchhHHHHHH
Confidence 3322 1345567777776665555555555555543 345777788777788899999999888764 5799999988
Q ss_pred HHHHHHHHHHhcccCCChhHHHhcCChHHHHHHHHHHhCchhhHHHHHHHHHhccCCCCcccchhhhhccchhHHHHHHH
Q 009099 268 AIPSILLALGMGLSPESPRWLFQQGKKSEAEKSIQTLYGKERVSEVMLDLTNAGQGSAEPEAGWFDLFSSRYWKVVSVGA 347 (543)
Q Consensus 268 ~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 347 (543)
++..++..+..++.+|+++. ..+++++ . +.+.++....+++++++++.++...+..
T Consensus 174 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~----------~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 229 (417)
T 2cfq_A 174 SGCALILAVLLFFAKTDAPS--SATVANA----------V------------GANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYV 229 (417)
T ss_dssp TTTTTTHHHHSCSSCCCCSC--SSCSSSS----------S------------SSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHcCccccc--ccccccc----------c------------ccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHH
Confidence 77765555555555443321 0000000 0 0000011112345677777666544432
Q ss_pred HHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHH-cCCC---ch--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCChhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009099 348 ALFLFQQLAGINAVVYYSTSVFRS-VGIE---SD--VAASALVGAANVFGTAVASSLMDRQGRKNLLTFSFTGMAASMLL 421 (543)
Q Consensus 348 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~---~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 421 (543)
...... +.....+.+.++.+ .+.. .. ........++.+++.++.+++.||+|||+.+..+..+.+++.+.
T Consensus 230 ~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 305 (417)
T 2cfq_A 230 IGVSCT----YDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIG 305 (417)
T ss_dssp HHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 222221 22222223333333 2211 11 22344555677888999999999999999888777666665444
Q ss_pred HHHHHhhcccccccchhHHHHHHHHHHHhhcCcccccccccccccChhhhhHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhh
Q 009099 422 LSLSFTWKVLAPYSGTLAVLGTVLYVLSFSLGAGPVPALLLPEIFASRIRAKAVALS-LGMHWISNFVIGLYFLSVVNKF 500 (543)
Q Consensus 422 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~-~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~ 500 (543)
+.+. .+.+..++...+.+.+.. ...+....++.|.+|++.||++.++. +...++|++++|.+.|.+.+..
T Consensus 306 ~~~~--------~~~~~~~~~~~l~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~ 376 (417)
T 2cfq_A 306 SSFA--------TSALEVVILKTLHMFEVP-FLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESI 376 (417)
T ss_dssp HTTC--------CSHHHHHHHTTHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHS
T ss_pred HHHh--------ccHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhc
Confidence 4221 112222222222222222 12223355889999999999999994 8888999999999999999988
Q ss_pred ccccchhhhhHHHHHHHHhhheecccCCC
Q 009099 501 GISTVYLGFATVCLLAVLYIAVNVVETKG 529 (543)
Q Consensus 501 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 529 (543)
|+...|.+.+++++++.++.+...+++++
T Consensus 377 g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 377 GFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 88888888888888877766655555443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=4.1e-29 Score=254.98 Aligned_cols=152 Identities=19% Similarity=0.205 Sum_probs=137.1
Q ss_pred hHHHHHHHcC------CCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhhh-cccchhhhhhHHHHHHHHHHHHhh-hHHHH
Q 009099 126 ALEYLAKDLG------IAENTVLQGWIVSSLLAGATVGSFTGGSLADKF-GRTRTFQLDAVPLAAGAFLCATAQ-SVQTM 197 (543)
Q Consensus 126 ~~~~i~~~~~------~s~~~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~-Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~-~~~~l 197 (543)
..+++.+++| .+..+. +++.+++.++..++++++|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ +++.+
T Consensus 35 l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~--g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 112 (524)
T 2xut_A 35 LTPFLMTALLLSIPEELRGAVA--KDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGF 112 (524)
T ss_dssp HHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTH--HHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhccccccccCHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHH
Confidence 4556788899 999888 9999999999999999999999999 999999999999999999999999 99999
Q ss_pred HHHHHHHhhhccccccchhhhhhccCCcccchhhhHH---HHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCchHHHHHHhHHHHHHH
Q 009099 198 IIGRVLAGIGIGISSAIVPLYISEISPTEIRGALGSV---NQLFICVGILAALVAGLPLAGNPLWWRTMFGLAAIPSILL 274 (543)
Q Consensus 198 ~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~~~~~~~~~l~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~ 274 (543)
+++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. ...+.++|..++|.+++++.+. .+||+.|++.+++.++.
T Consensus 113 ~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~-~g~~~~f~~~~~~~~~~ 191 (524)
T 2xut_A 113 YTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKN-FGAAVAFGIPGVLMFVA 191 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHT-SCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-ccHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999876666 8899999999999999988765 78999999988877665
Q ss_pred HHHhcc
Q 009099 275 ALGMGL 280 (543)
Q Consensus 275 ~~~~~~ 280 (543)
.+..++
T Consensus 192 ~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 192 TVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHS
T ss_pred HHHHHH
Confidence 554433
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.50 E-value=8.2e-14 Score=138.82 Aligned_cols=160 Identities=16% Similarity=0.101 Sum_probs=134.1
Q ss_pred HHHHHhhhhHHHHHHH-cCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhhh--cccchhhhhhHHHH-HHHHHHHHh--
Q 009099 118 YHLGVVNGALEYLAKD-LGIAENTVLQGWIVSSLLAGATVGSFTGGSLADKF--GRTRTFQLDAVPLA-AGAFLCATA-- 191 (543)
Q Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~i~~~-~~~s~~~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~--Grr~~~~~~~~~~~-i~~~~~~~~-- 191 (543)
..........|.+.++ +|.+..+. +++.+.+.++..++.++.|++.||+ |||+.+..+.++.. ++.++..+.
T Consensus 266 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 343 (451)
T 1pw4_A 266 LLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKS--SWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPA 343 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 3333444566665555 89988888 9999999999999999999999999 99999888877776 666666665
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHhhhccccccchhhhhhccCCcccchhhhHHHHHHHHH-HHHHHHHhhcccCCCCCchHHHHHHhHHH
Q 009099 192 QSVQTMIIGRVLAGIGIGISSAIVPLYISEISPTEIRGALGSVNQLFICV-GILAALVAGLPLAGNPLWWRTMFGLAAIP 270 (543)
Q Consensus 192 ~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-G~~~~~~~~~~l~~~~~~wr~~f~~~~~~ 270 (543)
.+.+.+++..++.|++.+...+....++.|.+|+++|++++++.+....+ |..++|.+.+.+.+. .+|+..|++.+++
T Consensus 344 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~-~g~~~~~~~~~~~ 422 (451)
T 1pw4_A 344 GNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDF-FGWDGGFMVMIGG 422 (451)
T ss_dssp TCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-SCSHHHHHHHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-cCcHHHHHHHHHH
Confidence 37788888889999998888888889999999999999999999999999 999999999998876 7899999998888
Q ss_pred HHHHHHHhcc
Q 009099 271 SILLALGMGL 280 (543)
Q Consensus 271 ~~~~~~~~~~ 280 (543)
.++..+..++
T Consensus 423 ~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 423 SILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHH
Confidence 7776655544
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.36 E-value=6e-12 Score=124.76 Aligned_cols=160 Identities=12% Similarity=0.047 Sum_probs=119.3
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHcCCCchhH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccc
Q 009099 356 AGINAVVYYSTSVFRSVGIESDVA--ASALVGAANVFGTAVASSLMDRQGRKNLLTFSFTGMAASMLLLSLSFTWKVLAP 433 (543)
Q Consensus 356 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (543)
..........+.+.++++.+.... ......++..++.++.|+++||+|||+.+..+.++.+++.+++......
T Consensus 40 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----- 114 (438)
T 3o7q_A 40 VANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEI----- 114 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-----
T ss_pred HHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc-----
Confidence 334566677788888898887754 6667778889999999999999999999999999998888877432111
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHHHhhcCcccccccccccccChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHH-Hhhc-----------
Q 009099 434 YSGTLAVLGTVLYVLSFSLGAGPVPALLLPEIFASRIRAKAVALSLGMHWISNFVIGLYFLSVV-NKFG----------- 501 (543)
Q Consensus 434 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~-~~~g----------- 501 (543)
.+.+..++..++.+.+.+. ..+....++.|.+|+++|+.++++.+....+|..++|.+.+.+. +..+
T Consensus 115 ~~~~~l~~~~~l~G~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 193 (438)
T 3o7q_A 115 MNYTLFLVGLFIIAAGLGC-LETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMS 193 (438)
T ss_dssp TCHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSC
T ss_pred ccHHHHHHHHHHHHhhHHH-hhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCC
Confidence 1233444444555554443 34455668999999999999999999999999999999999988 4444
Q ss_pred --------------cccchhhhhHHHHHHHHhhh
Q 009099 502 --------------ISTVYLGFATVCLLAVLYIA 521 (543)
Q Consensus 502 --------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 521 (543)
|++.|.+.+++.++..++.+
T Consensus 194 ~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 227 (438)
T 3o7q_A 194 PEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIM 227 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 67788776666655544433
No 10
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.35 E-value=4.8e-13 Score=131.61 Aligned_cols=142 Identities=10% Similarity=0.044 Sum_probs=119.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhcccchhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHhhhccccccchhhhhhccC
Q 009099 144 GWIVSSLLAGATVGSFTGGSLADKFGRTRTFQLDAVPLAAGAFLCATAQSVQTMIIGRVLAGIGIGISSAIVPLYISEIS 223 (543)
Q Consensus 144 g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~ 223 (543)
+++.++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+....++.|.+
T Consensus 262 g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 341 (417)
T 2cfq_A 262 GYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQF 341 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
Confidence 78888888888999999999999999999999998888888777788888888888888888887767777788999999
Q ss_pred CcccchhhhHH-HHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCchHHHHHHhHHHHHHHHHHhcc-cCCChh
Q 009099 224 PTEIRGALGSV-NQLFICVGILAALVAGLPLAGNPLWWRTMFGLAAIPSILLALGMGL-SPESPR 286 (543)
Q Consensus 224 ~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~~~~~~~~~l~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~-~~e~~~ 286 (543)
|++.|+.+.++ ++....+|..++|.+++++.+. .+++..|.+.+++.++..+..++ .+|+++
T Consensus 342 p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~-~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 342 EVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYES-IGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHH-SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHh-cCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 99999999998 4778889999999999988765 68899998888887776655444 455443
No 11
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.29 E-value=5e-12 Score=122.51 Aligned_cols=163 Identities=12% Similarity=0.081 Sum_probs=124.7
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHcCCCchhH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccc
Q 009099 358 INAVVYYSTSVFRSVGIESDVA--ASALVGAANVFGTAVASSLMDRQGRKNLLTFSFTGMAASMLLLSLSFTWKVLAPYS 435 (543)
Q Consensus 358 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 435 (543)
........+.+.++++.+.... ......++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..++.+++.+.. +
T Consensus 16 ~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~ 87 (375)
T 2gfp_A 16 QTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTS--------S 87 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------H
T ss_pred HHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--------c
Confidence 4445555677777788877644 56677888999999999999999999999999988888888777642 1
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHhhcCcccccccccccccChhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhccccchhhhhHHHHH
Q 009099 436 GTLAVLGTVLYVLSFSLGAGPVPALLLPEIFASRIRAKAVALSLGMHWISNFVIGLYFLSVVNKFGISTVYLGFATVCLL 515 (543)
Q Consensus 436 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 515 (543)
.+..++..++.+.+.+ ...+....++.|.+|+++|++++++.+....+|..++|.+.+.+.+..||+..|.+.+++.++
T Consensus 88 ~~~l~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 166 (375)
T 2gfp_A 88 LTVLIAASAMQGMGTG-VGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAG 166 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHH-hhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2333333344443333 245566668899999999999999999999999999999999999888999999988888877
Q ss_pred HHHhhheecccCCC
Q 009099 516 AVLYIAVNVVETKG 529 (543)
Q Consensus 516 ~~~~~~~~~~~~~~ 529 (543)
..++..+..||+++
T Consensus 167 ~~~~~~~~~~~~~~ 180 (375)
T 2gfp_A 167 VTFSMARWMPETRP 180 (375)
T ss_dssp HHCCCCCSSCCCST
T ss_pred HHHHHHHHCcccCC
Confidence 77655555665543
No 12
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.28 E-value=5.1e-11 Score=119.97 Aligned_cols=142 Identities=12% Similarity=0.149 Sum_probs=110.5
Q ss_pred cCCCchhH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc-cCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhHHHHHHHHHH
Q 009099 372 VGIESDVA--ASALVGAANVFGTAVASSLMDR-QGRKNLLTFSFTGMAASMLLLSLSFTWKVLAPYSGTLAVLGTVLYVL 448 (543)
Q Consensus 372 ~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 448 (543)
++.+.... ......++..++.++.|+++|| +|||+.+..+.++..++.+++.+. .+.+..++..++.+.
T Consensus 49 ~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~l~g~ 120 (491)
T 4aps_A 49 LHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALP--------FGASALFGSIILIII 120 (491)
T ss_dssp CCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC--------CSTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--------hhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77776644 6677788999999999999999 899999999998888887776542 123344444445444
Q ss_pred HhhcCcccccccccccccChhh--hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhccccchhhhhHHHHHHHHhhhe
Q 009099 449 SFSLGAGPVPALLLPEIFASRI--RAKAVALSLGMHWISNFVIGLYFLSVVNKFGISTVYLGFATVCLLAVLYIAV 522 (543)
Q Consensus 449 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 522 (543)
+.+. ..+....++.|.+|++. |+.++++.+...++|..++|.+.+.+.+..||+..|.+.++..+++.++.++
T Consensus 121 ~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 195 (491)
T 4aps_A 121 GTGF-LKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYF 195 (491)
T ss_dssp HHHH-HHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHh-ccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4433 44566668999999888 7888888999999999999999999999999999999887777666655443
No 13
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.23 E-value=1.3e-10 Score=118.12 Aligned_cols=150 Identities=14% Similarity=0.112 Sum_probs=111.1
Q ss_pred HHHHHHHcC------CCchhH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc-CChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccc
Q 009099 365 STSVFRSVG------IESDVA--ASALVGAANVFGTAVASSLMDRQ-GRKNLLTFSFTGMAASMLLLSLSFTWKVLAPYS 435 (543)
Q Consensus 365 ~~~~~~~~~------~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 435 (543)
.+++.++.+ .+.... ......++.+++.++.|+++||+ |||+.+..+.++.+++.+++.+.. .+
T Consensus 36 ~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~ 108 (524)
T 2xut_A 36 TPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFE-------HS 108 (524)
T ss_dssp HHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS-------SC
T ss_pred HHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-------cc
Confidence 333444566 665543 66677888899999999999999 999999998888888877776531 02
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHhhcCcccccccccccccChhhhhHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhccccchhhhhHH
Q 009099 436 GTLAVLGTVLYVLSFSLGAGPVPALLLPEIFASRIRAKAVAL---SLGMHWISNFVIGLYFLSVVNKFGISTVYLGFATV 512 (543)
Q Consensus 436 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~---~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 512 (543)
.+..++..++.+.+.+ ...+...+++.|.+|++.|+++.+. .+...++|..++|.+.+.+.+..||+..|.+.+++
T Consensus 109 ~~~~~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~ 187 (524)
T 2xut_A 109 VQGFYTGLFLIALGSG-GIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVL 187 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHH-TTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcc-ccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHH
Confidence 2333444444444443 3455666689999999999776666 88999999999999999999999999999888877
Q ss_pred HHHHHHhhhe
Q 009099 513 CLLAVLYIAV 522 (543)
Q Consensus 513 ~~~~~~~~~~ 522 (543)
.+++.++.++
T Consensus 188 ~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 188 MFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHH
Confidence 7766655443
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.15 E-value=1.1e-11 Score=124.77 Aligned_cols=164 Identities=18% Similarity=0.101 Sum_probs=116.5
Q ss_pred HHHhhhhHHHHHHHcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhcccchhhhhhHHHHHHHHHHHHh-----hhH
Q 009099 120 LGVVNGALEYLAKDLGIAENTVLQGWIVSSLLAGATVGSFTGGSLADKFGRTRTFQLDAVPLAAGAFLCATA-----QSV 194 (543)
Q Consensus 120 ~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~-----~~~ 194 (543)
...+....+.+.++.+.+.... ........+...++.++.+++.||+|||+.++.+....+++.+..+.. ++.
T Consensus 293 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~ 370 (491)
T 4gc0_A 293 INVVLYYAPEVFKTLGASTDIA--LLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGI 370 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHH
T ss_pred hhHHHhcchHHHHhcCCCccch--hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchH
Confidence 3344446677888888777666 677777788888999999999999999999999998888877666543 122
Q ss_pred HHHHHHH-HHHhhhccccccchhhhhhccCCcccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCC-----CCchHHHHHHhH
Q 009099 195 QTMIIGR-VLAGIGIGISSAIVPLYISEISPTEIRGALGSVNQLFICVGILAALVAGLPLAGN-----PLWWRTMFGLAA 268 (543)
Q Consensus 195 ~~l~~~r-~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l~~~-----~~~wr~~f~~~~ 268 (543)
..++..- +..+++. ...+....+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+...+.+. ..++.+.|++.+
T Consensus 371 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~ 449 (491)
T 4gc0_A 371 VALLSMLFYVAAFAM-SWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYG 449 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHT-TTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHh-HHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHH
Confidence 2222222 2222222 23456778999999999999999999999889888887776554321 134556778888
Q ss_pred HHHHHHHHH-hcccCCChh
Q 009099 269 IPSILLALG-MGLSPESPR 286 (543)
Q Consensus 269 ~~~~~~~~~-~~~~~e~~~ 286 (543)
+++++..+. .+++||+..
T Consensus 450 ~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 450 CMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 777776554 456799864
No 15
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=68.88 E-value=82 Score=30.01 Aligned_cols=28 Identities=4% Similarity=-0.223 Sum_probs=14.9
Q ss_pred hhhhhhccCCcccchhhhHHHHHHHHHH
Q 009099 215 VPLYISEISPTEIRGALGSVNQLFICVG 242 (543)
Q Consensus 215 ~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G 242 (543)
........+...++.+...+......+-
T Consensus 145 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 172 (460)
T 3mkt_A 145 LFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLLL 172 (460)
T ss_dssp HHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3344455566666666555555544443
No 16
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=48.28 E-value=5.9 Score=19.25 Aligned_cols=14 Identities=43% Similarity=0.579 Sum_probs=11.1
Q ss_pred hhHhhhhhhcccch
Q 009099 160 TGGSLADKFGRTRT 173 (543)
Q Consensus 160 ~~g~l~dr~Grr~~ 173 (543)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46888999999864
No 17
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=24.70 E-value=1.4e+02 Score=24.82 Aligned_cols=26 Identities=15% Similarity=0.029 Sum_probs=20.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhcccc
Q 009099 147 VSSLLAGATVGSFTGGSLADKFGRTR 172 (543)
Q Consensus 147 ~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~ 172 (543)
+.-|.+|+.++..+.|++.||..+++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~~ 124 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKITT 124 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccc
Confidence 45678888999999999999976543
Done!