Query 009185
Match_columns 541
No_of_seqs 444 out of 2636
Neff 11.2
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 20:44:45 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/009185.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/009185hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.9E-47 9.8E-52 383.4 38.5 443 64-531 6-485 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.3E-41 4.3E-46 338.6 17.2 401 65-508 23-433 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 3E-39 1E-43 320.1 30.4 368 73-502 29-426 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 8E-34 2.7E-38 285.3 30.2 409 90-514 34-477 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 2.4E-35 8.1E-40 285.7 10.0 357 73-493 3-361 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 2.2E-31 7.4E-36 261.0 11.1 372 86-514 23-405 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 5E-29 1.7E-33 252.4 20.5 153 91-246 34-197 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 2.7E-14 9.2E-19 141.3 14.5 183 317-514 25-212 (451)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 1.6E-12 5.4E-17 130.1 15.7 175 321-508 14-196 (491)
10 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 2.2E-12 7.6E-17 130.1 14.8 173 321-506 13-196 (524)
11 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 3E-13 1E-17 132.1 8.0 146 104-252 258-405 (417)
12 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 1.7E-12 5.8E-17 127.8 12.4 153 88-246 276-431 (438)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.4 9.8E-13 3.4E-17 126.6 8.9 176 325-514 5-180 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 9.8E-12 3.3E-16 124.3 11.5 166 85-251 292-467 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 48.5 5.6 0.00019 19.1 0.6 14 124-137 2-15 (26)
16 2dw3_A Intrinsic membrane prot 24.6 1.6E+02 0.0055 19.6 5.5 36 480-515 25-60 (77)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2.9e-47 Score=383.39 Aligned_cols=443 Identities=28% Similarity=0.504 Sum_probs=345.3
Q ss_pred ccchHHHHHHHHHHhhhhhhcccchhhhhHHHHhhhcCC--------ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccchhH
Q 009185 64 FNKYALTGAILASTNSILLGYDIGVMSGAILYIRDNLNI--------TSIQVEVLVGSLNVCSLIGSLAAGKTSDCIGRR 135 (541)
Q Consensus 64 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--------s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr 135 (541)
.+++.+.+.++++++.++.+||.+.++..+|.+.++++. +..+.|++.+++.+|..+|++++|+++||+|||
T Consensus 6 ~~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk 85 (491)
T 4gc0_A 6 NSSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRR 85 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHH
T ss_pred ChHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCH
Confidence 345667777788889999999999999999999888743 345678999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------hcccHHHHHHHHHHHhhcccccccchhhhhhhcCccccchhhch
Q 009185 136 YTIVLAAATFLLGALLMG------------------LAPSFLFLMAGRVVSGIGVGYSLMIAPVYTTEISPAMTRGFLSS 197 (541)
Q Consensus 136 ~~~~~~~~~~~i~~~~~~------------------~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~ 197 (541)
++++++.+++.+++++++ +++|+++++++|+++|+|.|+..+....+++|+.|+++|++..+
T Consensus 86 ~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~ 165 (491)
T 4gc0_A 86 DSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVS 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHH
Confidence 999999999999999999 47899999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC-----CcchhHHHHHhhhHHHHHHHHHHhcCCCChHHHHhcCChHHHHHHHHHhcC
Q 009185 198 LPEVFINFGILLGYISNYALSGLP-----EHINWRLMLGLAALPAIAVAFGVIAMPESPRWLVMKGRFADAKQALIKTSD 272 (541)
Q Consensus 198 ~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~-----~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (541)
+.+.+..+|.++++.++..+.... ...+||+.+.+..++.++..+..+++||||+|+..+++.+++.+.+++..+
T Consensus 166 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~ 245 (491)
T 4gc0_A 166 FNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMG 245 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcC
Confidence 999999999999998888775321 245799999999999999988999999999999999999999988877654
Q ss_pred ChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhccCCcCCcchhHHhhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhccHHHHhhcCC
Q 009185 273 SVEEAEFRLNEMTRTIADLGHAASSNNWQGQGVWKELLLRPSRPLRRILIAAIGVNFFMQASGNDAVVYYSPEVFKDAGI 352 (541)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 352 (541)
++...+...+..... .. ..+ ...+.... .+++.........+....+.+.+..|.|.+.+..+.
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~---~~~-------~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 309 (491)
T 4gc0_A 246 NTLATQAVQEIKHSL-DH---GRK-------TGGRLLMF-----GVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGA 309 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH-HH---HHH-------HTTHHHHS-----CCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSC
T ss_pred CchhHHHHHHHHHHH-Hh---hhh-------hhhHHHHh-----cccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCC
Confidence 332222111111000 00 000 00011111 122344455556666777778888888888887766
Q ss_pred CCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCchHHHHhHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHH
Q 009185 353 NSKKQLVGVTVIMGIAKTSFVLISALYLDHFGRRPLLMLGSTGMAVSLAVLGLGSKYLDQSDIKPAWAIALCVIAVCAAV 432 (541)
Q Consensus 353 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (541)
.... ........++..+++.++++++.||+|||+.++.+...+.++++.++....... ..+ ..+...++..
T Consensus 310 ~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~-----~~~---~~~~~~~~~~ 380 (491)
T 4gc0_A 310 STDI-ALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQA-----PGI---VALLSMLFYV 380 (491)
T ss_dssp CHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC-----CHH---HHHHHHHHHH
T ss_pred Cccc-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhccc-----chH---HHHHHHHHHH
Confidence 5443 444677788899999999999999999999999998888888777766544321 111 2333444455
Q ss_pred HHHhccccccceeeecccCCchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------hhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009185 433 SFFSIGLGPITWVYSSEIFPTKFRAQGSSLAISVNRLVSGIVAMSFLSISR------AVTFGGMFFILSGITAVGTVFFY 506 (541)
Q Consensus 433 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 506 (541)
..+..+..|+.+.+.+|++|++.|+++.|+.+..+++++.+++.+.+.+.+ ..+....+++++++++++.++.+
T Consensus 381 ~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~ 460 (491)
T 4gc0_A 381 AAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMW 460 (491)
T ss_dssp HHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 566677778888999999999999999999999999999999988876543 33455678899999999999999
Q ss_pred hhcccCCCCCHHHHHHHhcccCCCC
Q 009185 507 FFLPETKGKSLEDIGLLFEDKAHDN 531 (541)
Q Consensus 507 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 531 (541)
+++||||+|+++|+|+.+|++.+++
T Consensus 461 ~~~PETkg~tLeei~~~f~~~~~~~ 485 (491)
T 4gc0_A 461 KFVPETKGKTLEELEALWEPETKKT 485 (491)
T ss_dssp HHCCCCTTCCHHHHGGGTC------
T ss_pred heecCCCCCCHHHHHHHhCCCCccc
Confidence 9999999999999998876655443
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.3e-41 Score=338.57 Aligned_cols=401 Identities=12% Similarity=0.060 Sum_probs=308.5
Q ss_pred cchHHHHHHHHHHhhhhhhcccchhhhhHHHHhhhcCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccchhHHHHHHHHHH
Q 009185 65 NKYALTGAILASTNSILLGYDIGVMSGAILYIRDNLNITSIQVEVLVGSLNVCSLIGSLAAGKTSDCIGRRYTIVLAAAT 144 (541)
Q Consensus 65 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~ 144 (541)
++..+..+..++++.+..+++...+.+.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~ 101 (451)
T 1pw4_A 23 RRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLIL 101 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHH
Confidence 334455556777777888889999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHh----cccHHHHHHHHHHHhhcccccccchhhhhhhcCccccchhhchHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCC
Q 009185 145 FLLGALLMGL----APSFLFLMAGRVVSGIGVGYSLMIAPVYTTEISPAMTRGFLSSLPEVFINFGILLGYISNYALSGL 220 (541)
Q Consensus 145 ~~i~~~~~~~----a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~ 220 (541)
.+++.+++++ ++|++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+..+|.+++|.+++.+.
T Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~-- 179 (451)
T 1pw4_A 102 AAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGM-- 179 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHH--
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--
Confidence 9999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999887
Q ss_pred CCcch-hHHHHHhhhHHHHHHHH-HHhcCCCChHHHHhcCChHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhccC
Q 009185 221 PEHIN-WRLMLGLAALPAIAVAF-GVIAMPESPRWLVMKGRFADAKQALIKTSDSVEEAEFRLNEMTRTIADLGHAASSN 298 (541)
Q Consensus 221 ~~~~g-wr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 298 (541)
+..| ||+.|++.+++.++..+ ..+++||+|+....+++.+. .+..+. +. +.+
T Consensus 180 -~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~-~~--------------~~~-- 233 (451)
T 1pw4_A 180 -AWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEY--------KNDYPD-DY--------------NEK-- 233 (451)
T ss_dssp -HHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTT--------CCC-------------------------
T ss_pred -HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhh--------cccccc-cc--------------hhh--
Confidence 6778 99999998877766544 55668888753211111000 000000 00 000
Q ss_pred CcCCcchhHHhhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhccHHHHhhcCCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009185 299 NWQGQGVWKELLLRPSRPLRRILIAAIGVNFFMQASGNDAVVYYSPEVFKDAGINSKKQLVGVTVIMGIAKTSFVLISAL 378 (541)
Q Consensus 299 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 378 (541)
..++...++... ...++++.++...+..++.......+..+.|.|+++..+.+....+.......++.+++.++.|+
T Consensus 234 -~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 310 (451)
T 1pw4_A 234 -AEQELTAKQIFM--QYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGW 310 (451)
T ss_dssp ------CCTHHHH--HHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -hhcccccccchH--HHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000011111100 12344567777777788888888889999999999876677777887889999999999999999
Q ss_pred HHhhc--CCchHHHHhHHHHH-HHHHHHHHHhhhcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccceeeecccCCchh
Q 009185 379 YLDHF--GRRPLLMLGSTGMA-VSLAVLGLGSKYLDQSDIKPAWAIALCVIAVCAAVSFFSIGLGPITWVYSSEIFPTKF 455 (541)
Q Consensus 379 l~d~~--g~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~ 455 (541)
+.||+ ++|+.+.++..+.. ++++++.+... ...+ ......+..+++..+..+....+..|.+|++.
T Consensus 311 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~----~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 379 (451)
T 1pw4_A 311 MSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPA-------GNPT----VDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKA 379 (451)
T ss_dssp HHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCT-------TCHH----HHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTH
T ss_pred HHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-------cCHH----HHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhh
Confidence 99999 99888877766555 44443322110 0112 22223333344444444566688899999999
Q ss_pred hhhhhHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 009185 456 RAQGSSLAISVNRL-VSGIVAMSFLSISRAVTFGGMFFILSGITAVGTVFFYFF 508 (541)
Q Consensus 456 ~~~~~g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 508 (541)
|+++.|+.+...++ ++.++|.+.|.+.+..|+...+++.+++.+++.++.++.
T Consensus 380 ~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 380 AGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999 999999999999999999889988888887777665543
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=3e-39 Score=320.10 Aligned_cols=368 Identities=13% Similarity=0.062 Sum_probs=288.2
Q ss_pred HHHHHhhhhhhcccchhhhhHHHHhhhcCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009185 73 ILASTNSILLGYDIGVMSGAILYIRDNLNITSIQVEVLVGSLNVCSLIGSLAAGKTSDCIGRRYTIVLAAATFLLGALLM 152 (541)
Q Consensus 73 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~ 152 (541)
.++++..+..+++....++..|.+.+++|++..+.+++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++.+.++.+++.+++
T Consensus 29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~ 108 (438)
T 3o7q_A 29 ALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALF 108 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 44555667778888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred ---HhcccHHHHHHHHHHHhhcccccccchhhhhhhcCccccchhhchHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhc-CCCCc-----
Q 009185 153 ---GLAPSFLFLMAGRVVSGIGVGYSLMIAPVYTTEISPAMTRGFLSSLPEVFINFGILLGYISNYALS-GLPEH----- 223 (541)
Q Consensus 153 ---~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~-~~~~~----- 223 (541)
++++|++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.++++.+++.+. .....
T Consensus 109 ~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 188 (438)
T 3o7q_A 109 WPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDV 188 (438)
T ss_dssp HHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHH
T ss_pred HhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccc
Confidence 889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999886 32111
Q ss_pred -----------------chhHHHHHhhhHHHHHHHHHHhc--CCCChHHHHhcCChHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHH
Q 009185 224 -----------------INWRLMLGLAALPAIAVAFGVIA--MPESPRWLVMKGRFADAKQALIKTSDSVEEAEFRLNEM 284 (541)
Q Consensus 224 -----------------~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~--~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 284 (541)
.+||+.|++.+++.++..+..++ .||+++.. ++.+ +.
T Consensus 189 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~---~~~~-----------~~---------- 244 (438)
T 3o7q_A 189 LDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDN---HSDA-----------KQ---------- 244 (438)
T ss_dssp HHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTC---CCCS-----------ST----------
T ss_pred cccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccc---cccc-----------cc----------
Confidence 01999998866665555443333 45554310 0000 00
Q ss_pred HHHHHhhhhhhccCCcCCcchhHHhhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhccHHH-HhhcCCCCchhhHHHHH
Q 009185 285 TRTIADLGHAASSNNWQGQGVWKELLLRPSRPLRRILIAAIGVNFFMQASGNDAVVYYSPEV-FKDAGINSKKQLVGVTV 363 (541)
Q Consensus 285 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~ 363 (541)
...+..+++ .++++.++...+..++..........+.|.| +++..+.+....+....
T Consensus 245 ---------------~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 302 (438)
T 3o7q_A 245 ---------------GSFSASLSR-------LARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLT 302 (438)
T ss_dssp ---------------TSHHHHHHH-------HTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHH
T ss_pred ---------------cchhhhHHH-------HHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHH
Confidence 000011222 2334556666666677777778888999999 88886777788888888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCchHHHHhHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccc
Q 009185 364 IMGIAKTSFVLISALYLDHFGRRPLLMLGSTGMAVSLAVLGLGSKYLDQSDIKPAWAIALCVIAVCAAVSFFSIGLGPIT 443 (541)
Q Consensus 364 ~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 443 (541)
...++.+++.++.|++.||++||+.+..+.++.+++++++.+.... + .....+..+++.....|..
T Consensus 303 ~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~-----~~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 368 (438)
T 3o7q_A 303 GTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAGGH---------V-----GLIALTLCSAFMSIQYPTI 368 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHH---------H-----HHHHHHHHHHHHTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCc---------H-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999998888887777666553221 1 1222234444555556777
Q ss_pred eeeecccCCchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-chhHHHHHHHHHHHHH
Q 009185 444 WVYSSEIFPTKFRAQGSSLAISVNRLVSGIVAMSFLSISRAVT-FGGMFFILSGITAVGT 502 (541)
Q Consensus 444 ~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~ 502 (541)
+++..|.+|++ ++.+.++.. .+.+++.++|.+.|.+.+..| +...+.+.+++.++..
T Consensus 369 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 426 (438)
T 3o7q_A 369 FSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIF 426 (438)
T ss_dssp HHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88888998977 888888877 677999999999999999999 8888877655544433
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=8e-34 Score=285.32 Aligned_cols=409 Identities=13% Similarity=0.055 Sum_probs=266.4
Q ss_pred hhhHHHHhhh-----cCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcc-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHH
Q 009185 90 SGAILYIRDN-----LNITSIQVEVLVGSLNVCSLIGSLAAGKTSDC-IGRRYTIVLAAATFLLGALLMGLAPSFLFLMA 163 (541)
Q Consensus 90 ~~~~~~i~~~-----~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~l~~ 163 (541)
....+++.++ +|.+..+.+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.+++
T Consensus 34 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 113 (491)
T 4aps_A 34 AILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFG 113 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHH
Confidence 3334455555 99999999999999999999999999999999 89999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhhcccccccchhhhhhhcCcccc--chhhchHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCcchhHHHHHhhhHHHHHHH
Q 009185 164 GRVVSGIGVGYSLMIAPVYTTEISPAMT--RGFLSSLPEVFINFGILLGYISNYALSGLPEHINWRLMLGLAALPAIAVA 241 (541)
Q Consensus 164 ~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~ 241 (541)
+|+++|++.+...+...+++.|++|+++ |+.++++++.+.++|.+++|.+++.+. +..|||+.|++.++..++..
T Consensus 114 ~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~---~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~ 190 (491)
T 4aps_A 114 SIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQ---EAAGYHVAFSLAAIGMFIGL 190 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---hhhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999988 777888899999999999999999998 77899999999776666554
Q ss_pred HHHhcC-CCCh----HHHHhcCChHHHHHHHHH-----------------hcCChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhccCC
Q 009185 242 FGVIAM-PESP----RWLVMKGRFADAKQALIK-----------------TSDSVEEAEFRLNEMTRTIADLGHAASSNN 299 (541)
Q Consensus 242 ~~~~~~-~e~p----~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 299 (541)
+..++. |+.. +....+.+.++.++..+. ......+.................... .
T Consensus 191 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~ 268 (491)
T 4aps_A 191 LVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAW--M 268 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--H
T ss_pred HHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHH--H
Confidence 443322 2110 000001111222221111 000000000000000000000000000 0
Q ss_pred cCCcchhHHhhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhccHHHHhhcCCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009185 300 WQGQGVWKELLLRPSRPLRRILIAAIGVNFFMQASGNDAVVYYSPEVFKDAGINSKKQLVGVTVIMGIAKTSFVLISALY 379 (541)
Q Consensus 300 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l 379 (541)
++.+.. .. . ...+....+...+..+.....+.....+.|.+.++..+.+....+.......++.+++.++.+++
T Consensus 269 ~~~~~~-~~--~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l 342 (491)
T 4aps_A 269 ISSVKV-TS--T---EHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWL 342 (491)
T ss_dssp C------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhcccc-cH--H---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000000 00 0 00011112233333344445555666777888887666554555557778888899999999999
Q ss_pred HhhcCCchHHH-----HhHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccceeeecccCCch
Q 009185 380 LDHFGRRPLLM-----LGSTGMAVSLAVLGLGSKYLDQSDIKPAWAIALCVIAVCAAVSFFSIGLGPITWVYSSEIFPTK 454 (541)
Q Consensus 380 ~d~~g~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~ 454 (541)
.||++||+... .+..+.+++++++...............+ ......+..++......+....++.|.+|++
T Consensus 343 ~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~ 418 (491)
T 4aps_A 343 WTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPL----WLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKA 418 (491)
T ss_dssp HHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTH----HHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTT
T ss_pred HHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHH----HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHH
Confidence 99999986544 66666666666665543221111111112 2223334444455555677788999999999
Q ss_pred hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCC
Q 009185 455 FRAQGSSLAISVNRLVSGIVAMSFLSISRAVTFGGMFFILSGITAVGTVFFYFFLPETKG 514 (541)
Q Consensus 455 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 514 (541)
.|+++.|+.+...++|..+++.+.+.+.+ .++...+.+.+++++++.++.+++.++.++
T Consensus 419 ~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 477 (491)
T 4aps_A 419 FNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNA-KSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQG 477 (491)
T ss_dssp CSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGG-SSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999887654 466778888888887777776665555443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=2.4e-35 Score=285.67 Aligned_cols=357 Identities=16% Similarity=0.078 Sum_probs=277.9
Q ss_pred HHHHHhhhhhhcccchhhhhHHHHhhhcCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009185 73 ILASTNSILLGYDIGVMSGAILYIRDNLNITSIQVEVLVGSLNVCSLIGSLAAGKTSDCIGRRYTIVLAAATFLLGALLM 152 (541)
Q Consensus 73 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~ 152 (541)
.++++..++..++.....+.+|.+.+++|.++.+.+++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34455667777888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HhcccHHHHHHHHHHHhhcccccccchhhhhhhcCccccchhhchHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCcchhHHHHHh
Q 009185 153 GLAPSFLFLMAGRVVSGIGVGYSLMIAPVYTTEISPAMTRGFLSSLPEVFINFGILLGYISNYALSGLPEHINWRLMLGL 232 (541)
Q Consensus 153 ~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~gwr~~f~~ 232 (541)
++++|++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.+++.+. +..|||+.|++
T Consensus 83 ~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~---~~~~~~~~~~~ 159 (375)
T 2gfp_A 83 VTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLD---TMWNWRACYLF 159 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS---CHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH---HhccHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998 77899999998
Q ss_pred hhHHHHHHHH-HHhcCCCChHHHHhcCChHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhccCCcCCcchhHHhhc
Q 009185 233 AALPAIAVAF-GVIAMPESPRWLVMKGRFADAKQALIKTSDSVEEAEFRLNEMTRTIADLGHAASSNNWQGQGVWKELLL 311 (541)
Q Consensus 233 ~~~~~~~~~~-~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (541)
.++..++..+ ..+++||+++.. +++ .+.+..+
T Consensus 160 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~---------------------------------------~~~~~~~----- 192 (375)
T 2gfp_A 160 LLVLCAGVTFSMARWMPETRPVD---APR---------------------------------------TRLLTSY----- 192 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTT---CCC---------------------------------------CCTTTCS-----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCC---ccc---------------------------------------ccHHHHH-----
Confidence 8777776655 455678875410 000 0000011
Q ss_pred CCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhccHHHHhhcCCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCchHHHH
Q 009185 312 RPSRPLRRILIAAIGVNFFMQASGNDAVVYYSPEVFKDAGINSKKQLVGVTVIMGIAKTSFVLISALYLDHFGRRPLLML 391 (541)
Q Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~ 391 (541)
++.+++|.++...+..++..........+.|.++++..+.+....+.......++.+++.++.+++.||++++ ...
T Consensus 193 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~~ 268 (375)
T 2gfp_A 193 --KTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MWQ 268 (375)
T ss_dssp --THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HHH
T ss_pred --HHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHH
Confidence 2345677777777777778888888888899988875555666777788888999999999999999998872 222
Q ss_pred hHHH-HHHHHHHHHHHhhhcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccceeeecccCCchhhhhhhHHHHHHHHHH
Q 009185 392 GSTG-MAVSLAVLGLGSKYLDQSDIKPAWAIALCVIAVCAAVSFFSIGLGPITWVYSSEIFPTKFRAQGSSLAISVNRLV 470 (541)
Q Consensus 392 ~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~ 470 (541)
+..+ ...+..++...... ... ........+..++......+...++..|..| +.|+++.|+.+...++|
T Consensus 269 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~-~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g 338 (375)
T 2gfp_A 269 SVICCLLAGLLMWIPDWFG--------VMN-VWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIG 338 (375)
T ss_dssp HHHHHHHTSSSSSHHHHHH--------HHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhc--------ccc-HHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHH
Confidence 2222 22222211111100 000 1122223333344444556777888899988 78999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHH
Q 009185 471 SGIVAMSFLSISRAVTFGGMFFI 493 (541)
Q Consensus 471 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 493 (541)
..++|.+.+.+.+..++...+.+
T Consensus 339 ~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~ 361 (375)
T 2gfp_A 339 SGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLM 361 (375)
T ss_dssp HHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHH
Confidence 99999999999887776555544
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.97 E-value=2.2e-31 Score=260.98 Aligned_cols=372 Identities=16% Similarity=0.145 Sum_probs=239.1
Q ss_pred cchhhhhHHH-HhhhcCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHhcccHH-H
Q 009185 86 IGVMSGAILY-IRDNLNITSIQVEVLVGSLNVCSLIGSLAAGKTSDCIGRRYTIVLAAATFLLGAL---LMGLAPSFL-F 160 (541)
Q Consensus 86 ~~~~~~~~~~-i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~---~~~~a~~~~-~ 160 (541)
.....+.+|. +++++|.++.+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++++..+++++.. ..++++... .
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 102 (417)
T 2cfq_A 23 MGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYN 102 (417)
T ss_dssp HHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3445566664 6677999999999999999999999999999999999999999999888765322 222332221 2
Q ss_pred HHHHHHHHhhcccccccchhhhhhhcCcc--ccchhhchHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCcchhHHHHHhhhHHHH
Q 009185 161 LMAGRVVSGIGVGYSLMIAPVYTTEISPA--MTRGFLSSLPEVFINFGILLGYISNYALSGLPEHINWRLMLGLAALPAI 238 (541)
Q Consensus 161 l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~gwr~~f~~~~~~~~ 238 (541)
++..+++.|++.+...+.....+.++.++ ++|+...+....+..+|..++|.+++++. + .+||+.|++.+++.+
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~---~-~~~~~~f~~~~~~~~ 178 (417)
T 2cfq_A 103 ILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMF---T-INNQFVFWLGSGCAL 178 (417)
T ss_dssp CCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHH---H-HCSHHHHTTTTTTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---H-hchhHHHHHHHHHHH
Confidence 45567777777666655555555555543 35566677777778889999999999987 3 589999998777665
Q ss_pred HHHHHHhcCCCChHHHHhcCChHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhccCCcCCcchhHHhhcCCCchhH
Q 009185 239 AVAFGVIAMPESPRWLVMKGRFADAKQALIKTSDSVEEAEFRLNEMTRTIADLGHAASSNNWQGQGVWKELLLRPSRPLR 318 (541)
Q Consensus 239 ~~~~~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 318 (541)
+..+..++.+|+++. +.+.++. .+ ..++......+++. ++
T Consensus 179 ~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~-------~~-----------------------~~~~~~~~~~~~~~-------~~ 218 (417)
T 2cfq_A 179 ILAVLLFFAKTDAPS---SATVANA-------VG-----------------------ANHSAFSLKLALEL-------FR 218 (417)
T ss_dssp THHHHSCSSCCCCSC---SSCSSSS-------SS-----------------------SCCCCCCHHHHHHH-------TT
T ss_pred HHHHHHHHcCccccc---ccccccc-------cc-----------------------cccccccHHHHHHH-------hc
Confidence 555555554443210 0000000 00 00000000111222 22
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhccHHHHhhcCCCC---chhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCchHHHHhHHH
Q 009185 319 RILIAAIGVNFFMQASGNDAVVYYSPEVFKDAGINS---KKQLVGVTVIMGIAKTSFVLISALYLDHFGRRPLLMLGSTG 395 (541)
Q Consensus 319 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~ 395 (541)
++.++...+..+.....+.....+.|.|+.+..... ....+....+..++.+++.++.+++.||+|||+.+..+..+
T Consensus 219 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~ 298 (417)
T 2cfq_A 219 QPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTI 298 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHH
Confidence 344444444333333344445556777776543321 23345566677788889999999999999999988877777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccceeeecccCCchhhhhhhHHH-HHHHHHHHHHH
Q 009185 396 MAVSLAVLGLGSKYLDQSDIKPAWAIALCVIAVCAAVSFFSIGLGPITWVYSSEIFPTKFRAQGSSLA-ISVNRLVSGIV 474 (541)
Q Consensus 396 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~-~~~~~~~~~~~ 474 (541)
.+++.+++.+.. ..+... ......++......+..+.++.|.+|++.|+++.++. +...++|+.++
T Consensus 299 ~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~----~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~g 365 (417)
T 2cfq_A 299 MSVRIIGSSFAT---------SALEVV----ILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFM 365 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHTTCC---------SHHHHH----HHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhc---------cHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHh
Confidence 666554443211 112111 1111111111112233457889999999999999994 88888999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCC
Q 009185 475 AMSFLSISRAVTFGGMFFILSGITAVGTVFFYFFLPETKG 514 (541)
Q Consensus 475 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 514 (541)
|.+.|.+.+..|+...|.+.+++++++.++.+...+|+++
T Consensus 366 p~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 366 SVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp THHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred hhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 9999999998888888888888888777766555555443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=5e-29 Score=252.43 Aligned_cols=153 Identities=13% Similarity=0.145 Sum_probs=138.5
Q ss_pred hhHHHHhhhcC------CChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccc-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-cHHHHH
Q 009185 91 GAILYIRDNLN------ITSIQVEVLVGSLNVCSLIGSLAAGKTSDCI-GRRYTIVLAAATFLLGALLMGLAP-SFLFLM 162 (541)
Q Consensus 91 ~~~~~i~~~~~------~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~a~-~~~~l~ 162 (541)
...+++.+++| .+..+.+++.+.+.++..++.+++|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ +++.++
T Consensus 34 ~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 113 (524)
T 2xut_A 34 ILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFY 113 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHH
Confidence 33446788899 9999999999999999999999999999999 999999999999999999999999 999999
Q ss_pred HHHHHHhhcccccccchhhhhhhcCccccchhhchH---hHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCcchhHHHHHhhhHHHHH
Q 009185 163 AGRVVSGIGVGYSLMIAPVYTTEISPAMTRGFLSSL---PEVFINFGILLGYISNYALSGLPEHINWRLMLGLAALPAIA 239 (541)
Q Consensus 163 ~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~gwr~~f~~~~~~~~~ 239 (541)
++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. ...+.++|.+++|.+++.+. +..|||+.|++.+++.++
T Consensus 114 ~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~---~~~g~~~~f~~~~~~~~~ 190 (524)
T 2xut_A 114 TGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLL---KNFGAAVAFGIPGVLMFV 190 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHH---HTSCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---ccccHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999877666 88999999999999999988 678999999998777666
Q ss_pred HHHHHhc
Q 009185 240 VAFGVIA 246 (541)
Q Consensus 240 ~~~~~~~ 246 (541)
..+..++
T Consensus 191 ~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 191 ATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHS
T ss_pred HHHHHHH
Confidence 6555443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.56 E-value=2.7e-14 Score=141.33 Aligned_cols=183 Identities=15% Similarity=0.056 Sum_probs=147.4
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhccHHHHhhcCCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCchHHHHhHHHH
Q 009185 317 LRRILIAAIGVNFFMQASGNDAVVYYSPEVFKDAGINSKKQLVGVTVIMGIAKTSFVLISALYLDHFGRRPLLMLGSTGM 396 (541)
Q Consensus 317 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~ 396 (541)
.+++.++...+..+........+....|.+.++. .+....+++.+...++..++.++.|+++||+|||+.+.++.++.
T Consensus 25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~ 102 (451)
T 1pw4_A 25 LRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG--FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILA 102 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST--TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHH
Confidence 4455666666777777777777777888888777 56667777899999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHH----HhhhcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccceeeecccCCchhhhhhhHHHHHHHHHHHH
Q 009185 397 AVSLAVLGL----GSKYLDQSDIKPAWAIALCVIAVCAAVSFFSIGLGPITWVYSSEIFPTKFRAQGSSLAISVNRLVSG 472 (541)
Q Consensus 397 ~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 472 (541)
+++.+++.+ .... + .+++..+..+++.....+...+++.|.+|+++|+.++|+.+....+|..
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~----~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ 169 (451)
T 1pw4_A 103 AAVMLFMGFVPWATSSI---------A----VMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGG 169 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHCHHHHSSS---------S----HHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHhhhhccccH---------H----HHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 998888877 3332 1 3334444555555556677788999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhc-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCC
Q 009185 473 IVAMSFLSISRAVT-FGGMFFILSGITAVGTVFFYFFLPETKG 514 (541)
Q Consensus 473 ~~~~~~~~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 514 (541)
++|.+.+.+.+..| |+..|++.+++.++..++.+++.+|+.+
T Consensus 170 ~g~~~~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 212 (451)
T 1pw4_A 170 IPPLLFLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQ 212 (451)
T ss_dssp SHHHHHHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSST
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHh
Confidence 99999999889898 9999999998888877777677776543
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.43 E-value=1.6e-12 Score=130.09 Aligned_cols=175 Identities=13% Similarity=0.028 Sum_probs=137.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhccHHHHhhc-----CCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-cCCchHHHHhHH
Q 009185 321 LIAAIGVNFFMQASGNDAVVYYSPEVFKDA-----GINSKKQLVGVTVIMGIAKTSFVLISALYLDH-FGRRPLLMLGST 394 (541)
Q Consensus 321 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~g~~~~~~~~~~ 394 (541)
.++...+..++....++....+++.|+++. .+.+....+.+.+...++..++.++.|+++|| +|||+.+..+.+
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~ 93 (491)
T 4aps_A 14 GLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGV 93 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHH
Confidence 455556666667777788888889998876 66778888889999999999999999999999 899999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccceeeecccCCchh--hhhhhHHHHHHHHHHHH
Q 009185 395 GMAVSLAVLGLGSKYLDQSDIKPAWAIALCVIAVCAAVSFFSIGLGPITWVYSSEIFPTKF--RAQGSSLAISVNRLVSG 472 (541)
Q Consensus 395 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~g~~~~~~~~~~~ 472 (541)
+.+++.+++.+.... + .+.+..+..+++.....+...+++.|.+|++. |+.+.++.+....+|..
T Consensus 94 ~~~~~~~~~~~~~~~---------~----~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ 160 (491)
T 4aps_A 94 LIMLGHIVLALPFGA---------S----ALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAF 160 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHSCCST---------T----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhH---------H----HHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHH
Confidence 888888777653221 2 22333334444444455777889999999988 78888889999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 009185 473 IVAMSFLSISRAVTFGGMFFILSGITAVGTVFFYFF 508 (541)
Q Consensus 473 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 508 (541)
++|.+.+.+.+..||+..|++.++..+++.++.++.
T Consensus 161 ~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 161 IAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999999999999999999998877766666555443
No 10
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.40 E-value=2.2e-12 Score=130.13 Aligned_cols=173 Identities=16% Similarity=0.052 Sum_probs=135.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhccHHHHhhcCC------CCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-CCchHHHHhH
Q 009185 321 LIAAIGVNFFMQASGNDAVVYYSPEVFKDAGI------NSKKQLVGVTVIMGIAKTSFVLISALYLDHF-GRRPLLMLGS 393 (541)
Q Consensus 321 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-g~~~~~~~~~ 393 (541)
.++...+..++....++....+++.|+.+..+ .+....+.+.....++..++.++.|+++||+ |||+.+.++.
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~ 92 (524)
T 2xut_A 13 QIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLS 92 (524)
T ss_dssp CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHH
Confidence 34555566666677777788888888877666 6777788889999999999999999999999 9999999998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHh-hhcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccceeeecccCCchhhhhhhHH---HHHHHHH
Q 009185 394 TGMAVSLAVLGLGS-KYLDQSDIKPAWAIALCVIAVCAAVSFFSIGLGPITWVYSSEIFPTKFRAQGSSL---AISVNRL 469 (541)
Q Consensus 394 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~---~~~~~~~ 469 (541)
++.+++.+++.+.. .. + .+.+..+..+++.....+...+++.|.+|++.|+.+.+. .+...++
T Consensus 93 ~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~----~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~ 159 (524)
T 2xut_A 93 LIYCVGHAFLAIFEHSV---------Q----GFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINF 159 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSSCH---------H----HHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcccH---------H----HHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88888887776643 21 1 233334445555556667888999999999999876666 8899999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009185 470 VSGIVAMSFLSISRAVTFGGMFFILSGITAVGTVFFY 506 (541)
Q Consensus 470 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 506 (541)
|..++|.+.+.+.+..+|+..|++.+++.++..++.+
T Consensus 160 g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 160 GSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp HHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999888999999888877666555543
No 11
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.40 E-value=3e-13 Score=132.07 Aligned_cols=146 Identities=12% Similarity=0.039 Sum_probs=123.8
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHhhcccccccchhhhh
Q 009185 104 SIQVEVLVGSLNVCSLIGSLAAGKTSDCIGRRYTIVLAAATFLLGALLMGLAPSFLFLMAGRVVSGIGVGYSLMIAPVYT 183 (541)
Q Consensus 104 ~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i 183 (541)
....+++.+...++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.|++.+...+....++
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 337 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYI 337 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45668888888888999999999999999999999999999988888888888888888888888888777777778899
Q ss_pred hhcCccccchhhchH-hHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCcchhHHHHHhhhHHHHHHHHHH-hcCCCChH
Q 009185 184 TEISPAMTRGFLSSL-PEVFINFGILLGYISNYALSGLPEHINWRLMLGLAALPAIAVAFGV-IAMPESPR 252 (541)
Q Consensus 184 ~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~-~~~~e~p~ 252 (541)
.|.+|++.|+.+.++ ++....+|.+++|.+++.+. +..|++..|.+.+++.++..+.. ++.||.++
T Consensus 338 ~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~---~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 338 TSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMY---ESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHH---HHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHH---HhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 999999999999998 47888999999999999988 67789999988777777666543 44666543
No 12
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.39 E-value=1.7e-12 Score=127.80 Aligned_cols=153 Identities=11% Similarity=-0.045 Sum_probs=126.7
Q ss_pred hhhhhHH-H-HhhhcCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHH
Q 009185 88 VMSGAIL-Y-IRDNLNITSIQVEVLVGSLNVCSLIGSLAAGKTSDCIGRRYTIVLAAATFLLGALLMGLAPSFLFLMAGR 165 (541)
Q Consensus 88 ~~~~~~~-~-i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~l~~~r 165 (541)
......| + +.+.+|.+..+.+++.+.+.++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++..+.++.+.++..
T Consensus 276 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 354 (438)
T 3o7q_A 276 ACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAGGHVGLIAL- 354 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH-
T ss_pred HHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHH-
Confidence 3444455 4 445569999999999999999999999999999999999999999999999999999998888765554
Q ss_pred HHHhhcccccccchhhhhhhcCccccchhhchHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCcch-hHHHHHhhhHHHHHHHHHH
Q 009185 166 VVSGIGVGYSLMIAPVYTTEISPAMTRGFLSSLPEVFINFGILLGYISNYALSGLPEHIN-WRLMLGLAALPAIAVAFGV 244 (541)
Q Consensus 166 ~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~g-wr~~f~~~~~~~~~~~~~~ 244 (541)
++.|++.+...+...++..|.+|++ |+.+.++.. ...+|..++|.+.+.+. +..| ++..|++.++..++..+..
T Consensus 355 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~---~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 429 (438)
T 3o7q_A 355 TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVS---DAAGNIPTAELIPALCFAVIFIFA 429 (438)
T ss_dssp HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHH---HHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH---HHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8889999999999999999999865 888888776 56699999999999998 7778 9988887655555444443
Q ss_pred hc
Q 009185 245 IA 246 (541)
Q Consensus 245 ~~ 246 (541)
++
T Consensus 430 ~~ 431 (438)
T 3o7q_A 430 RF 431 (438)
T ss_dssp TT
T ss_pred HH
Confidence 33
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.36 E-value=9.8e-13 Score=126.61 Aligned_cols=176 Identities=13% Similarity=0.082 Sum_probs=135.7
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhHhhccHHHHhhcCCCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCchHHHHhHHHHHHHHHHHH
Q 009185 325 IGVNFFMQASGNDAVVYYSPEVFKDAGINSKKQLVGVTVIMGIAKTSFVLISALYLDHFGRRPLLMLGSTGMAVSLAVLG 404 (541)
Q Consensus 325 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 404 (541)
+.+..+.............|.+.++.+. +....+.......++..++.+..|+++||+|||+.+..+..+..++.+++.
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~-s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 83 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNV-REGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAV 83 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSS-TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3444455555666666677877766654 556677788999999999999999999999999999999999988888877
Q ss_pred HHhhhcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccceeeecccCCchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 009185 405 LGSKYLDQSDIKPAWAIALCVIAVCAAVSFFSIGLGPITWVYSSEIFPTKFRAQGSSLAISVNRLVSGIVAMSFLSISRA 484 (541)
Q Consensus 405 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 484 (541)
+.... + .+....+..+.+.....+...+++.|.+|+++|++++++.+....+|..++|.+.+.+.+.
T Consensus 84 ~~~~~---------~----~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~ 150 (375)
T 2gfp_A 84 TTSSL---------T----VLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTM 150 (375)
T ss_dssp HHHHH---------H----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCH
T ss_pred HhccH---------H----HHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHh
Confidence 65432 1 2333344445555555577778889999999999999999999999999999999999888
Q ss_pred hcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCC
Q 009185 485 VTFGGMFFILSGITAVGTVFFYFFLPETKG 514 (541)
Q Consensus 485 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 514 (541)
.+|+..+.+.+++.++..+..++..||+++
T Consensus 151 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 180 (375)
T 2gfp_A 151 WNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRP 180 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCST
T ss_pred ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCC
Confidence 899999888887777666655555665543
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.29 E-value=9.8e-12 Score=124.33 Aligned_cols=166 Identities=16% Similarity=0.081 Sum_probs=120.2
Q ss_pred ccchhhhhHHHHhhhcCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-----ccHH
Q 009185 85 DIGVMSGAILYIRDNLNITSIQVEVLVGSLNVCSLIGSLAAGKTSDCIGRRYTIVLAAATFLLGALLMGLA-----PSFL 159 (541)
Q Consensus 85 ~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~a-----~~~~ 159 (541)
....+....+.+.++.+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+....+++.+..+.. ++..
T Consensus 292 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 371 (491)
T 4gc0_A 292 GINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIV 371 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHH
T ss_pred hhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHH
Confidence 33445556678888888888888888888888999999999999999999999999998888877766543 1222
Q ss_pred HHHH-HHHHHhhcccccccchhhhhhhcCccccchhhchHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCC---CCcchhHHHHHhhhH
Q 009185 160 FLMA-GRVVSGIGVGYSLMIAPVYTTEISPAMTRGFLSSLPEVFINFGILLGYISNYALSGL---PEHINWRLMLGLAAL 235 (541)
Q Consensus 160 ~l~~-~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~---~~~~gwr~~f~~~~~ 235 (541)
.++. .-+..+++. +..+....+.+|.+|.+.|+.++++......+|..+++.+.+.+.+. ....++.+.|++.++
T Consensus 372 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~ 450 (491)
T 4gc0_A 372 ALLSMLFYVAAFAM-SWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGC 450 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHT-TTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHh-HHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHH
Confidence 2222 222233332 24467788999999999999999999999999998888777666410 012345567777666
Q ss_pred HHHHHHH-HHhcCCCCh
Q 009185 236 PAIAVAF-GVIAMPESP 251 (541)
Q Consensus 236 ~~~~~~~-~~~~~~e~p 251 (541)
++++..+ .++++||+.
T Consensus 451 ~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 451 MGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 6666555 567799993
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=48.51 E-value=5.6 Score=19.13 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.313 Sum_probs=11.1
Q ss_pred hhhhhhccchhHHH
Q 009185 124 AAGKTSDCIGRRYT 137 (541)
Q Consensus 124 ~~g~l~dr~Grr~~ 137 (541)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 35788899999865
No 16
>2dw3_A Intrinsic membrane protein PUFX; quinone exchange, photosynthesis, light- harvesting, GXXXG motif, dimerization; NMR {Rhodobacter sphaeroides} PDB: 2ita_A
Probab=24.61 E-value=1.6e+02 Score=19.62 Aligned_cols=36 Identities=11% Similarity=0.059 Sum_probs=19.1
Q ss_pred HHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCC
Q 009185 480 SISRAVTFGGMFFILSGITAVGTVFFYFFLPETKGK 515 (541)
Q Consensus 480 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 515 (541)
.+....||..++.+...+.+++.-++-.++||..+.
T Consensus 25 qMlkGAg~AAv~f~~~~~~lv~l~~iG~~LPE~Sr~ 60 (77)
T 2dw3_A 25 QMMKGAGWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQ 60 (77)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTCSS
T ss_pred HHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCchhccc
Confidence 344445555555555544444444455667776543
Done!