Query 009409
Match_columns 535
No_of_seqs 562 out of 2838
Neff 10.4
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 04:32:49 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/009409.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/009409hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 2.3E-39 8E-44 329.9 29.1 399 112-523 26-434 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 4.8E-37 1.6E-41 311.6 38.5 372 112-514 24-424 (438)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 3.7E-35 1.3E-39 291.4 18.0 358 117-509 3-363 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.2E-32 4E-37 283.6 28.4 403 118-527 17-476 (491)
5 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.8E-31 9.4E-36 273.4 30.2 406 117-532 15-472 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 1.3E-30 4.6E-35 262.2 23.9 385 118-528 11-405 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 4E-28 1.4E-32 251.9 23.1 399 119-524 17-504 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 4.2E-15 1.4E-19 150.6 12.0 177 114-290 252-434 (451)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 3.7E-12 1.3E-16 130.4 23.1 176 336-522 13-196 (491)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 1.2E-11 4.2E-16 124.5 21.0 174 338-521 28-228 (438)
11 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 7.9E-13 2.7E-17 132.4 10.8 141 147-288 257-398 (417)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 5E-12 1.7E-16 130.6 16.4 176 335-520 11-196 (524)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.2 2E-11 6.9E-16 120.2 10.9 175 340-526 4-178 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.2 1.3E-10 4.6E-15 118.8 15.9 181 114-295 277-469 (491)
15 3mkt_A Multi antimicrobial ext 56.3 1.4E+02 0.0049 28.6 32.0 31 224-254 145-175 (460)
16 2ks1_B Epidermal growth factor 37.0 60 0.002 19.8 4.1 12 517-528 29-40 (44)
17 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 34.9 3.4E+02 0.012 26.7 17.9 51 232-282 20-72 (501)
18 2l2t_A Receptor tyrosine-prote 28.7 52 0.0018 20.1 2.8 11 519-529 30-40 (44)
19 2g9p_A Antimicrobial peptide l 28.6 9.6 0.00033 19.2 -0.3 13 169-181 3-15 (26)
20 4f4c_A Multidrug resistance pr 26.5 7.4E+02 0.025 28.0 17.3 20 265-284 233-252 (1321)
21 3hd6_A Ammonium transporter RH 23.0 5.4E+02 0.019 25.2 11.2 29 231-259 336-364 (490)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=2.3e-39 Score=329.87 Aligned_cols=399 Identities=14% Similarity=0.180 Sum_probs=311.7
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhhhhhcccCCCccchhHHHHHHHHHHHhhhccchhhhcccCCchhhHHHHHHHHH
Q 009409 112 RYKLIGTTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHRFGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSL 191 (535)
Q Consensus 112 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~ 191 (535)
+++.+..+++..+...++...+.+.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.+++.++++++|+++||+|||++++++.+++++
T Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~ 104 (451)
T 1pw4_A 26 RWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAA 104 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHH
Confidence 456777888888889999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhh----hhhhhHHHHHHHHhhhccCCchhhHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHhhhhHHHHHhhhHHHhccccc
Q 009409 192 ATALLPLL----AGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLG 267 (535)
Q Consensus 192 ~~~~~~~~----~~~~~~l~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g 267 (535)
+.++.+ + +++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+..+|.+++|++++++.+..|
T Consensus 105 ~~~~~~-~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g 183 (451)
T 1pw4_A 105 VMLFMG-FVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFN 183 (451)
T ss_dssp HHHHHH-HCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTC
T ss_pred HHHHHH-hhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 988775 5 77889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999888888
Q ss_pred -hhHHHHHHHHHHHHHHH-HhhhcccCCCCCCCCCCcchhhhhhhhhhhhhHHHhccCCCCCcHHHhhhcHHHHHHHHHH
Q 009409 268 -WESVFYIFGLLGIAWFS-GFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLSASLEEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAH 345 (535)
Q Consensus 268 -w~~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~ 345 (535)
||+.|++.+++.++..+ ..+.++++++.......++.+... ++. ....++.+...++..+++.+++|.++...+..
T Consensus 184 ~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 261 (451)
T 1pw4_A 184 DWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDY-PDD-YNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIAN 261 (451)
T ss_dssp CSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC---------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccc-ccc-chhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHH
Confidence 99999999988766544 445555544332211111100000 000 00000001111111246788999999999999
Q ss_pred HHHhhhhHHHHHhhHHHHHHHhCCChhhHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009409 346 FCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNL--IATGVETTMVRKICQTIAFLSPAV 423 (535)
Q Consensus 346 ~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 423 (535)
++.....+.+..++|.|+++.+|++..+.+.+.+...++.+++.++.+++.||+ ++| +.......+...+
T Consensus 262 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~ 333 (451)
T 1pw4_A 262 VFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNR--------GATGVFFMTLVTI 333 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCH--------HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc--------hhHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999887899999999999999999999999999999998 643 2222222222223
Q ss_pred HHHHhhhcCC-CcHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHHHhhhh-hhhHHHHHHHHHhcccCcc
Q 009409 424 CMTLSSIDLG-LPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAV-PGIVGVALTGYLLDSTHSW 501 (535)
Q Consensus 424 ~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~l-g~~igp~i~G~l~~~~g~~ 501 (535)
.+.+...... +.....+..++.|++.+...+.......+..|+++++++.|+.+.+.++ |..++|.+.|.+.+..| +
T Consensus 334 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g-~ 412 (451)
T 1pw4_A 334 ATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFG-W 412 (451)
T ss_dssp HHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC-S
T ss_pred HHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC-c
Confidence 4443333322 3344455556667766666666667777888999999999999999999 99999999999999985 8
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhc
Q 009409 502 SMSLFAPSIFFYLTGTIVWLAF 523 (535)
Q Consensus 502 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 523 (535)
...|++.+++.+++.++.+...
T Consensus 413 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 413 DGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8888887777766666555543
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=4.8e-37 Score=311.63 Aligned_cols=372 Identities=13% Similarity=0.150 Sum_probs=296.2
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhhhhhcccCCCccchhHHHHHHHHHHHhhhccchhhhcccCCchhhHHHHHHHHH
Q 009409 112 RYKLIGTTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHRFGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSL 191 (535)
Q Consensus 112 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~ 191 (535)
+++.+..+++.++..+++.....+..|.+.+++|++..+.|++.+++.+++.++.+++|+++||+|||++++++.+++++
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~ 103 (438)
T 3o7q_A 24 YIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYAL 103 (438)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHH
Confidence 34666677778888888989999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHH--hhhhhhhHHHHHHHHhhhccCCchhhHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHhhhhHHHHHhhhHHHhc-cccc-
Q 009409 192 ATALLP--LLAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPII-ENLG- 267 (535)
Q Consensus 192 ~~~~~~--~~~~~~~~l~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~-~~~g- 267 (535)
+.++.. ..+++++.++++|++.|++.+...+...++++|++|+++|++++++.+.+..+|.+++|++++.+. +..+
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~ 183 (438)
T 3o7q_A 104 GAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPH 183 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCC
T ss_pred HHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccc
Confidence 887762 256778999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998 5554
Q ss_pred ------------------------hhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCCCCCCCCCCcchhhhhhhhhhhhhHHHhccC
Q 009409 268 ------------------------WESVFYIFGLLGIAWFSGFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLSASLEEMGES 323 (535)
Q Consensus 268 ------------------------w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 323 (535)
||+.|++.+++.++..+..++.+.++.++..+.++++.
T Consensus 184 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~------------------ 245 (438)
T 3o7q_A 184 QSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAKQG------------------ 245 (438)
T ss_dssp CCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSSTT------------------
T ss_pred ccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccccccc------------------
Confidence 99999988877766555544443332222111111000
Q ss_pred CCCCcHHHhhhcHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHhhHHH-HHHHhCCChhhHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc
Q 009409 324 LKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTY-FSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIAT 402 (535)
Q Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~-l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~ 402 (535)
..+.++++++++|.++...+..++.....+.+..++|.| +++.+|++..+++.+.....++.++++++.+++.||+++|
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~ 325 (438)
T 3o7q_A 246 SFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPH 325 (438)
T ss_dssp SHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHH
T ss_pred chhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch
Confidence 001235788899999999999999998889999999999 8888899999999999999999999999999999999754
Q ss_pred CCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCcHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHHHhhhh
Q 009409 403 GVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSIDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAV 482 (535)
Q Consensus 403 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~l 482 (535)
.....+.+...+.+.+.... ...+..+.+++.+++.+...+.......+.++++ ++++.++.. ...+
T Consensus 326 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~ 392 (438)
T 3o7q_A 326 ---------KVLAAYALIAMALCLISAFA--GGHVGLIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTII 392 (438)
T ss_dssp ---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTH
T ss_pred ---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHc--CCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHH
Confidence 23333344444444333332 2233444556677777766666666666767655 888888877 6779
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHhcccCcchHHHHHHHHHHHH
Q 009409 483 PGIVGVALTGYLLDSTHSWSMSLFAPSIFFYL 514 (535)
Q Consensus 483 g~~igp~i~G~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 514 (535)
|+.++|.+.|++.|..|++...|.+.+++.++
T Consensus 393 g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 424 (438)
T 3o7q_A 393 GGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAV 424 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999987688888876554443
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=3.7e-35 Score=291.41 Aligned_cols=358 Identities=15% Similarity=0.118 Sum_probs=287.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhhhhhcccCCCccchhHHHHHHHHHHHhhhccchhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 009409 117 GTTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHRFGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSLATALL 196 (535)
Q Consensus 117 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (535)
..+++..+...++...+.+.+|.+.+++|.+..+.+++.+++.++..++++++|+++||+|||+++..+.++.+++.++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45667777888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998777
Q ss_pred HhhhhhhhHHHHHHHHhhhccCCchhhHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHhhhhHHHHHhhhHHHhccccchhHHHHHHH
Q 009409 197 PLLAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWESVFYIFG 276 (535)
Q Consensus 197 ~~~~~~~~~l~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~gw~~~f~~~~ 276 (535)
. .+++++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++......+|..++|.+++++.+..|||+.|++.+
T Consensus 83 ~-~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 161 (375)
T 2gfp_A 83 V-TTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLL 161 (375)
T ss_dssp H-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred H-HhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHH
Confidence 5 667889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999899999999988
Q ss_pred HHHHHHHH-HhhhcccCCCCCCCCCCcchhhhhhhhhhhhhHHHhccCCCCCcHHHhhhcHHHHHHHHHHHHHhhhhHHH
Q 009409 277 LLGIAWFS-GFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLSASLEEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWGHYTC 355 (535)
Q Consensus 277 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 355 (535)
++.++..+ ....+||++++++++ +....++++.+|+|.++...+..++.....+.+
T Consensus 162 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 218 (375)
T 2gfp_A 162 VLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR-----------------------TRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAF 218 (375)
T ss_dssp HHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC-----------------------CCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc-----------------------ccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88776655 444455443321111 001223467889999999999999999999999
Q ss_pred HHhhHHHHHHHhCCChhhHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCCchhHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhhh-cCC
Q 009409 356 LSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAF-LSPAVCMTLSSI-DLG 433 (535)
Q Consensus 356 ~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~-~~~ 433 (535)
..+.|.|+++.+|.++.+.+.+.....++.+++.++.+++.||++++ ....... ............ ...
T Consensus 219 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 289 (375)
T 2gfp_A 219 EACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL---------MWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVM 289 (375)
T ss_dssp HHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH---------HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccc
Confidence 99999999988899999999999999999999999999999998641 1111111 111111101111 011
Q ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHhcccCcchHHHHHHH
Q 009409 434 LPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAVPGIVGVALTGYLLDSTHSWSMSLFAPS 509 (535)
Q Consensus 434 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~igp~i~G~l~~~~g~~~~~~~~~~ 509 (535)
+.+..++..++.+++.+...+.......+..| ++++++.|+.+...++|..++|.+.|.+.+.. ++...+...+
T Consensus 290 ~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~-~~~~~~~~~~ 363 (375)
T 2gfp_A 290 NVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTG-QGSLGLLMTL 363 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHH-HHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC-cccHHHHHHH
Confidence 22333455566777777767777777777666 89999999999999999999999999998865 5776666543
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.2e-32 Score=283.63 Aligned_cols=403 Identities=14% Similarity=0.080 Sum_probs=275.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhHhhhhh-hhcc-----cCCCccchhHHHHHHHHHHHhhhccchhhhcc-cCCchhhHHHHHHHH
Q 009409 118 TTSLAFVICNMDKVNLSVAIIP-MSHR-----FGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKI-FGGRKVLQTGVLIWS 190 (535)
Q Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-----~g~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~g~r~~~~~~~~~~~ 190 (535)
.+++..+...++.....+.++. +.++ +|.+..+.+++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++.++.++.+
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~ 96 (491)
T 4aps_A 17 TLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIM 96 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHH
Confidence 4444555555555555444444 4444 99999999999999999999999999999999 899999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHhhhccCCchhhHHHHhhhcccccc--hhhHHHHHHHhhhhHHHHHhhhHHHhccccch
Q 009409 191 LATALLPLLAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEE--RSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGW 268 (535)
Q Consensus 191 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~gw 268 (535)
++.++.+ .+++++.++++|++.|++.+...+...++++|++|+++ |+.++++++.+.++|.+++|.+++++.+..||
T Consensus 97 ~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~ 175 (491)
T 4aps_A 97 LGHIVLA-LPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGY 175 (491)
T ss_dssp HHHHHHH-SCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCH
T ss_pred HHHHHHH-HhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhH
Confidence 9987774 67788999999999999999999999999999999988 77888989999999999999999999999999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccc-CCCCCCCCCCcchhhhhhhhhhhh------------------------h-HH----
Q 009409 269 ESVFYIFGLLGIAWFSGFKILQE-GETSNGATLAPRSNYINMKKSLSA------------------------S-LE---- 318 (535)
Q Consensus 269 ~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------------~-~~---- 318 (535)
|+.|++.++..++..+...+..+ ..+++.....+.......++..+. . ..
T Consensus 176 ~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 255 (491)
T 4aps_A 176 HVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTI 255 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhH
Confidence 99999988776655544443322 221111111111000000000000 0 00
Q ss_pred ----------HhccCCCCCcHHHhhhcHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHhhHHHHHHHhCCChhhHHHHHhhHHHHHHHH
Q 009409 319 ----------EMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLV 388 (535)
Q Consensus 319 ----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 388 (535)
....+..........+....+.+.+..++....+.....++|.|.++.++.+....+.+.....++.+++
T Consensus 256 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 335 (491)
T 4aps_A 256 VAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLY 335 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHH
Confidence 0000000000011112223444444555555555666778899998878888778888889999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc--------CCCcHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhh
Q 009409 389 TSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSID--------LGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCT 460 (535)
Q Consensus 389 ~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 460 (535)
..+.+++.||+++|+... ...+..+....++++.+.... ..+..+..+..++.+++.+...+......
T Consensus 336 ~~~~~~l~~r~~~r~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~ 411 (491)
T 4aps_A 336 TPFFAWLWTAWKKNQPSS----PTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVT 411 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTTC---C----HHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhccCCCc----hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHH
Confidence 999999999998764321 112223333333333322221 12445556666777777777777777788
Q ss_pred hhccCCcchhHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHhcccCcchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccCCC
Q 009409 461 HQDISPEYASILLGITNTVGAVPGIVGVALTGYLLDSTHSWSMSLFAPSIFFYLTGTIVWLAFASSK 527 (535)
Q Consensus 461 ~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~igp~i~G~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 527 (535)
.+..|++.|+++.|+.+....+|..++|.+.|.+.+. ++...|...+++.++..++.+...++.+
T Consensus 412 ~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (491)
T 4aps_A 412 TKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK--SEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQ 476 (491)
T ss_dssp HHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS--STTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-----
T ss_pred HHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8889999999999999999999999999999988875 3566777777666666666655554433
No 5
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2.8e-31 Score=273.37 Aligned_cols=406 Identities=17% Similarity=0.175 Sum_probs=277.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhhhhhcccCC--------CccchhHHHHHHHHHHHhhhccchhhhcccCCchhhHHHHHH
Q 009409 117 GTTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHRFGW--------NSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLI 188 (535)
Q Consensus 117 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~--------s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~ 188 (535)
+..++..++.++|...++..+|.+.++++. +..+.|++.+++.++..+|++++|+++||+|||++++++.++
T Consensus 15 ~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l 94 (491)
T 4gc0_A 15 LVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVL 94 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHH
Confidence 344566778888999999999988887743 335678999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHh-----------------hhhhhhHHHHHHHHhhhccCCchhhHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHhhhhH
Q 009409 189 WSLATALLPL-----------------LAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFG 251 (535)
Q Consensus 189 ~~~~~~~~~~-----------------~~~~~~~l~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g 251 (535)
+.++.++.++ .+++++.++++|+++|++.|...+....+++|+.|+++|++..++...+..+|
T Consensus 95 ~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g 174 (491)
T 4gc0_A 95 FFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFG 174 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhh
Confidence 9999987753 47788999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhhhHHHhccc--------cchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCCCCCCCCCCcchhhhhhhhhhh-----hhH-
Q 009409 252 SVAGLLLAPPIIEN--------LGWESVFYIFGLLGIAWFSGFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLS-----ASL- 317 (535)
Q Consensus 252 ~~~g~~~~~~l~~~--------~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~- 317 (535)
.++++.++..+... .+||+.+.+..+..++.++..+++||.++....+.+.++.....++... .+.
T Consensus 175 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 254 (491)
T 4gc0_A 175 QLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQ 254 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHH
Confidence 99999988876543 3588888877777777777778888876543222222211111111000 000
Q ss_pred ---HHhccCCCCCcHHHhhhcHHHHHHH-HHHHHHhhhhHHHHHhhHHHHHHHhCCChhhHHHHHhhHHHHHHHHHHHHH
Q 009409 318 ---EEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMI-YAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAA 393 (535)
Q Consensus 318 ---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g 393 (535)
+...+..+.......++.+...... ...+....+.+.+..+.|.+.+ ..+.+...........++..+++.++.+
T Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 333 (491)
T 4gc0_A 255 EIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFK-TLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAI 333 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHH-HSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHH-hcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0000001111122333344444433 3334444455566667776664 5688888888788888899999999999
Q ss_pred HHHHHHHHcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hhhcCCCcHH-HHHHHHHHHHHHh-hhhhhhhhhhhhccCCcch
Q 009409 394 QFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTL--SSIDLGLPHW-EIVGILTAGLALS-SFALSGLYCTHQDISPEYA 469 (535)
Q Consensus 394 ~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~-~~~~~~~~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 469 (535)
++.||+|+| .....+.....+++.. .........+ .++..++...+++ ...+....+..+.+|.+.|
T Consensus 334 ~l~dr~Grr---------~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R 404 (491)
T 4gc0_A 334 MTVDKFGRK---------PLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIR 404 (491)
T ss_dssp HHHHHHCSH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTH
T ss_pred HHHHhhcCc---------chhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHH
Confidence 999999865 2222222222222221 1111222222 2222222222222 2233344556677899999
Q ss_pred hHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHhccc-----CcchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccCCCCCCCC
Q 009409 470 SILLGITNTVGAVPGIVGVALTGYLLDST-----HSWSMSLFAPSIFFYLTGTIVWLAFASSKPQNFS 532 (535)
Q Consensus 470 g~~~g~~~~~~~lg~~igp~i~G~l~~~~-----g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 532 (535)
+++.|+.+.++.+++.+++.+.+.+.+.. ......|++.+++.++..+.++++.+++|.++.|
T Consensus 405 ~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tLe 472 (491)
T 4gc0_A 405 GKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKTLE 472 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCCHH
Confidence 99999999999999999998887765431 0244567777777778888888888887776543
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.97 E-value=1.3e-30 Score=262.19 Aligned_cols=385 Identities=11% Similarity=0.012 Sum_probs=252.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhHhhhhh-hhcccCCCccchhHHHHHHHHHHHhhhccchhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 009409 118 TTSLAFVICNMDKVNLSVAIIP-MSHRFGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSLATALL 196 (535)
Q Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (535)
.+.+.++...+....+.+.+|. +.+++|+|..+.|++.+++.+++.++++++|+++||+|||++++++..+++++....
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~ 90 (417)
T 2cfq_A 11 MFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPF 90 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3444455555566666777777 556699999999999999999999999999999999999999998887765432111
Q ss_pred H--hhhhhh-hHHHHHHHHhhhccCCchhhHHHHhhhcccc--cchhhHHHHHHHhhhhHHHHHhhhHHHhccccchhHH
Q 009409 197 P--LLAGFM-PGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPL--EERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWESV 271 (535)
Q Consensus 197 ~--~~~~~~-~~l~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~gw~~~ 271 (535)
. ...+.. ..++..+++.|++.+...+.....+.++.++ ++++..++.......+|..++|.+++++.+ .+||+.
T Consensus 91 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~ 169 (417)
T 2cfq_A 91 FIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFV 169 (417)
T ss_dssp HHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHH
Confidence 0 111111 1234456666666555444444444444432 456777888888999999999999999886 589999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhcccCCCCCCCCCCcchhhhhhhhhhhhhHHHhccCCCCCcHHHhhhcHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 009409 272 FYIFGLLGIAWFSGFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLSASLEEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWG 351 (535)
Q Consensus 272 f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~ 351 (535)
|++.++..++..+..+..++++++..+. .++++. .+++.....+++++++|.++...+..++....
T Consensus 170 f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~-------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 235 (417)
T 2cfq_A 170 FWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATV-ANAVGA-------------NHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCT 235 (417)
T ss_dssp HTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCS-SSSSSS-------------CCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHcCccccccccc-cccccc-------------ccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHH
Confidence 9987776544444444444332211100 000000 00000111245678899988877766666666
Q ss_pred hHHHHHhhHHHHHHHhCC---ChhhHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 009409 352 HYTCLSWLPTYFSEELSL---NLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLS 428 (535)
Q Consensus 352 ~~~~~~~~p~~l~~~~g~---s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (535)
++....++|.|+.+.++. +....+++..+..++.+++.++.++++||+++| .....+.+..++.+...
T Consensus 236 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~---------~~l~~~~~~~~~~~~~~ 306 (417)
T 2cfq_A 236 YDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGK---------NALLLAGTIMSVRIIGS 306 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 666677899998765542 244557777888888899999999999999864 22333333333333333
Q ss_pred hhcCCCcHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHH-HHHhhhhhhhHHHHHHHHHhcccCcchHHHHH
Q 009409 429 SIDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGI-TNTVGAVPGIVGVALTGYLLDSTHSWSMSLFA 507 (535)
Q Consensus 429 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~-~~~~~~lg~~igp~i~G~l~~~~g~~~~~~~~ 507 (535)
.. .++....++..++.+++..........+..+..|++.||++.|+ ++....+|+.++|.++|++.+..| +...|.+
T Consensus 307 ~~-~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g-~~~~f~~ 384 (417)
T 2cfq_A 307 SF-ATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIG-FQGAYLV 384 (417)
T ss_dssp TT-CCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSH-HHHHHHH
T ss_pred HH-hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcC-cHHHHHH
Confidence 32 22333333333444544444444445567777899999999999 488889999999999999999774 7888888
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhccCCCC
Q 009409 508 PSIFFYLTGTIVWLAFASSKP 528 (535)
Q Consensus 508 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 528 (535)
.+++.+++.++.+...+++++
T Consensus 385 ~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 385 LGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 777666666665555554444
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=4e-28 Score=251.90 Aligned_cols=399 Identities=14% Similarity=0.077 Sum_probs=242.2
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhHhhhhh-hhcccC------CCccchhHHHHHHHHHHHhhhccchhhhccc-CCchhhHHHHHHHH
Q 009409 119 TSLAFVICNMDKVNLSVAIIP-MSHRFG------WNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIF-GGRKVLQTGVLIWS 190 (535)
Q Consensus 119 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g------~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-g~r~~~~~~~~~~~ 190 (535)
+.+..++..+......+.++. +.+++| .+..+.+++.+++.++..++.+++|+++||+ |||+++.++.++.+
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~ 96 (524)
T 2xut_A 17 IIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYC 96 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 344444555555555555555 677889 9999999999999999999999999999999 99999999999998
Q ss_pred HHHHHHHhhhh-hhhHHHHHHHHhhhccCCchhhHHHHhhhcccccchhhHHHH---HHHhhhhHHHHHhhhHHHhcccc
Q 009409 191 LATALLPLLAG-FMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSF---VFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENL 266 (535)
Q Consensus 191 ~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 266 (535)
++.++.+ .++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. ...+.++|.+++|.+++++.+..
T Consensus 97 ~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 175 (524)
T 2xut_A 97 VGHAFLA-IFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNF 175 (524)
T ss_dssp HHHHHHH-HTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTS
T ss_pred HHHHHHH-HhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 8887775 555 778999999999999999999999999999999999876666 89999999999999999999889
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCCCCCCCCCCcc-h--hh----hhhhhhhhhh---HHH-------------h---
Q 009409 267 GWESVFYIFGLLGIAWFSGFKILQEGETSNGATLAPR-S--NY----INMKKSLSAS---LEE-------------M--- 320 (535)
Q Consensus 267 gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~--~~----~~~~~~~~~~---~~~-------------~--- 320 (535)
|||+.|++.+++.++..+......+..+.+..+..+. + +. .+.++...+. ... .
T Consensus 176 g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 255 (524)
T 2xut_A 176 GAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTL 255 (524)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTT
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchh
Confidence 9999999988877665554443322211111000000 0 00 0000000000 000 0
Q ss_pred -------------ccCCCCCcHH------------HhhhcHHHHHHHHHH---HHHhhhhHHHHHhhHHHHHHHhCCCh-
Q 009409 321 -------------GESLKDVPWK------------AIFRSKAVWAMIYAH---FCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNL- 371 (535)
Q Consensus 321 -------------~~~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~l~~---~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~- 371 (535)
.+...+.+++ .....+..+...... .+....+......++.+..+ .+.+.
T Consensus 256 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~ 334 (524)
T 2xut_A 256 GIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWILQAND-MVKPQW 334 (524)
T ss_dssp CSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHHHHHHH-SCCCSS
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhHHhHHh-cCCCee
Confidence 0000000110 001112222111111 11111111112223333322 23222
Q ss_pred hhHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc--------CCCcHHHH
Q 009409 372 TEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFA----DNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSID--------LGLPHWEI 439 (535)
Q Consensus 372 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~ 439 (535)
...+.+.....++.+++..+.+++. +|.+++.. .+.....+.++.++.+.+.... ..+..+.+
T Consensus 335 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 409 (524)
T 2xut_A 335 FEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLT-----ALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQI 409 (524)
T ss_dssp SCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------C-----CHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHH
T ss_pred ecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCC-----hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHH
Confidence 2456666666666666666666553 34332110 1122334444444444433331 12445566
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHhccc----------CcchHHHHHHH
Q 009409 440 VGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAVPGIVGVALTGYLLDST----------HSWSMSLFAPS 509 (535)
Q Consensus 440 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~igp~i~G~l~~~~----------g~~~~~~~~~~ 509 (535)
+..++.+++.+...+.......+..|++.||+++|+.++..++|..++|.+.|.+.+.. +.....|.+.+
T Consensus 410 ~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 489 (524)
T 2xut_A 410 LPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFA 489 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHH
Confidence 66777788877777777778888899999999999999999999999999999998742 11122255555
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhcc
Q 009409 510 IFFYLTGTIVWLAFA 524 (535)
Q Consensus 510 ~~~~~~~~~~~~~~~ 524 (535)
++.+++.++.+...+
T Consensus 490 ~~~~~~~~~~~~~~~ 504 (524)
T 2xut_A 490 GFAILAAIVFALYAR 504 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHC----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 555555555444443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.59 E-value=4.2e-15 Score=150.57 Aligned_cols=177 Identities=14% Similarity=0.054 Sum_probs=145.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhhhhhcc-cCCCccchhHHHHHHHHHHHhhhccchhhhccc--CCchhhHHHHHHHH
Q 009409 114 KLIGTTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHR-FGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIF--GGRKVLQTGVLIWS 190 (535)
Q Consensus 114 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--g~r~~~~~~~~~~~ 190 (535)
+.+..+.+..++.......+....|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+.++..+..
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 331 (451)
T 1pw4_A 252 KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLV 331 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHH
Confidence 334445555556666667777788886666 899999999999999999999999999999999 99999888877766
Q ss_pred -HHHHHHHhhh-hhhhHHHHHHHHhhhccCCchhhHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHhhhh-HHHHHhhhHHHhccccc
Q 009409 191 -LATALLPLLA-GFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSF-GSVAGLLLAPPIIENLG 267 (535)
Q Consensus 191 -~~~~~~~~~~-~~~~~l~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~~~~~l~~~~g 267 (535)
++.++..... .+.+.+++..++.|++.+...+....++.+.+|+++|++++|+.+....+ |..++|.+.+++.+..|
T Consensus 332 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g 411 (451)
T 1pw4_A 332 TIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFG 411 (451)
T ss_dssp HHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC
T ss_pred HHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 5554443222 25567778888999998888888899999999999999999999999999 99999999999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc
Q 009409 268 WESVFYIFGLLGIAWFSGFKILQ 290 (535)
Q Consensus 268 w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 290 (535)
|+..|++.+++.++..+..+.+.
T Consensus 412 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 412 WDGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999998888777665555543
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.48 E-value=3.7e-12 Score=130.39 Aligned_cols=176 Identities=9% Similarity=-0.027 Sum_probs=141.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHhhHHHHHHH-----hCCChhhHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHcCCCchhH
Q 009409 336 KAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEE-----LSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADN-LIATGVETTMV 409 (535)
Q Consensus 336 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~~~~~~~~~~~ 409 (535)
+.++...+..++..+.++....+++.|+++. +|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++|| +|+|
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r------- 85 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGAR------- 85 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHH-------
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccch-------
Confidence 4667777888888889999999999999988 99999999999999999999999999999999 8864
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCcHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcc--hhHHHHHHHHhhhhhhhHH
Q 009409 410 RKICQTIAFLSPAVCMTLSSIDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEY--ASILLGITNTVGAVPGIVG 487 (535)
Q Consensus 410 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~g~~~g~~~~~~~lg~~ig 487 (535)
.....+.++..+...+... .++....+++.++.|++.+...+.....+.+.+++++ |+.+.++.+...++|..++
T Consensus 86 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 162 (491)
T 4aps_A 86 --PAVFWGGVLIMLGHIVLAL-PFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIA 162 (491)
T ss_dssp --HHHHHHHHHHHHHHHHHHS-CCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --HHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3444444444444444443 3455666677778888888888888888888888888 7888998999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhcccCcchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Q 009409 488 VALTGYLLDSTHSWSMSLFAPSIFFYLTGTIVWLA 522 (535)
Q Consensus 488 p~i~G~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 522 (535)
|.++|.+.+.. +|...|++.++..+++.++.+..
T Consensus 163 ~~~~~~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 163 PLIVGAAQEAA-GYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhhh-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999999987 49999988776665555544443
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.41 E-value=1.2e-11 Score=124.47 Aligned_cols=174 Identities=11% Similarity=0.055 Sum_probs=130.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhHHHHHhhHHHHHHHhCCChhhHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCCchhHHHHHHHHH
Q 009409 338 VWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIA 417 (535)
Q Consensus 338 ~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 417 (535)
+..+.+..++...........+|.+. +.+|.+..+.|++.+...++..++.++.|+++||+|+| .....+
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r---------~~l~~~ 97 (438)
T 3o7q_A 28 FALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQ-QAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYK---------AGIITG 97 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHH---------HHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHH-HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcch---------HHHHHH
Confidence 34445555556666666777778755 57899999999999999999999999999999999865 333344
Q ss_pred HHHHHHHHHHhh--hcCCCcHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHh
Q 009409 418 FLSPAVCMTLSS--IDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAVPGIVGVALTGYLL 495 (535)
Q Consensus 418 ~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~igp~i~G~l~ 495 (535)
.+..++..++.. ...++.+..++..++.|++.+...+....++.+..++++|+++.|+.+....+|..++|.+++.+.
T Consensus 98 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 177 (438)
T 3o7q_A 98 LFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLI 177 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 444444433331 223445566677788899888888888888888899999999999999999999999999999999
Q ss_pred -cccCc------------------------chHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Q 009409 496 -DSTHS------------------------WSMSLFAPSIFFYLTGTIVWL 521 (535)
Q Consensus 496 -~~~g~------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 521 (535)
+..+. |...|++.+++.++..++.+.
T Consensus 178 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 228 (438)
T 3o7q_A 178 LSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIML 228 (438)
T ss_dssp HTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 65544 788887766655555444433
No 11
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.39 E-value=7.9e-13 Score=132.41 Aligned_cols=141 Identities=13% Similarity=0.069 Sum_probs=115.8
Q ss_pred CccchhHHHHHHHHHHHhhhccchhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHhhhccCCchhhHHH
Q 009409 147 NSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSLATALLPLLAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATD 226 (535)
Q Consensus 147 s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~ 226 (535)
+....++..++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.. ..++.+.+++..++.+++.+...+....
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 335 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSS-FATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFK 335 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-TCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 345667888888888899999999999999999999988888777665553 4455567777777788877666677788
Q ss_pred HhhhcccccchhhHHHH-HHHhhhhHHHHHhhhHHHhccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 009409 227 LIARSIPLEERSRAVSF-VFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWESVFYIFGLLGIAWFSGFKI 288 (535)
Q Consensus 227 ~~~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 288 (535)
+++|.+|++.|+++.++ ++....+|.+++|.++|++.+..|++..|++.+++.++..+..+.
T Consensus 336 ~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~ 398 (417)
T 2cfq_A 336 YITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVF 398 (417)
T ss_dssp HHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999999999999999 488888999999999999999889999999888877766555444
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.38 E-value=5e-12 Score=130.57 Aligned_cols=176 Identities=11% Similarity=0.042 Sum_probs=136.1
Q ss_pred cHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHhhHHHHHHHhC------CChhhHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHcCCCch
Q 009409 335 SKAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELS------LNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNL-IATGVETT 407 (535)
Q Consensus 335 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g------~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-~~~~~~~~ 407 (535)
++.++.+.+..++...+++....++|.|+++.+| ++..+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |+|
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r----- 85 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKY----- 85 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSH-----
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch-----
Confidence 3556677788888888889999999999998899 9999999999999999999999999999999 864
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCcHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHH---HHHhhhhhh
Q 009409 408 MVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSIDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGI---TNTVGAVPG 484 (535)
Q Consensus 408 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~---~~~~~~lg~ 484 (535)
.....+.++.++..++......+....++..++.|++.+...+.....+.+.+++++|+++.+. .+...++|.
T Consensus 86 ----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 161 (524)
T 2xut_A 86 ----NTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGS 161 (524)
T ss_dssp ----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2333444444444444333222455566677778888888888888888888999999776666 889999999
Q ss_pred hHHHHHHHHHhcccCcchHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 009409 485 IVGVALTGYLLDSTHSWSMSLFAPSIFFYLTGTIVW 520 (535)
Q Consensus 485 ~igp~i~G~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 520 (535)
.++|.++|.+.+.. +|...|.+.+++.++..++.+
T Consensus 162 ~~g~~~~~~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 162 FFASLSMPLLLKNF-GAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp HHHHHTSTHHHHTS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhccc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999877 488888887776555444433
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.25 E-value=2e-11 Score=120.21 Aligned_cols=175 Identities=7% Similarity=-0.048 Sum_probs=129.4
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhHHHHHhhHHHHHHHhCCChhhHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCCchhHHHHHHHHHHH
Q 009409 340 AMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFL 419 (535)
Q Consensus 340 ~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~p~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 419 (535)
.+.+..++...........+|.+. +++|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|+|+.- ..+..
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~---------~~~~~ 73 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMA-RDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVI---------LVGMS 73 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCC---------HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHH-HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhH---------HHHHH
Confidence 445556666666677777888766 46899999999999999999999999999999999977442 12222
Q ss_pred HHHHHHHHhhhcCCCcHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHhcccC
Q 009409 420 SPAVCMTLSSIDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAVPGIVGVALTGYLLDSTH 499 (535)
Q Consensus 420 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~igp~i~G~l~~~~g 499 (535)
...+...+.... ++....++..++.|++.+...+.......+..++++|+++.++.+....+|..++|.++|.+.+..
T Consensus 74 ~~~~~~~~~~~~-~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~- 151 (375)
T 2gfp_A 74 IFMLATLVAVTT-SSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMW- 151 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHH-
T ss_pred HHHHHHHHHHHh-ccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhc-
Confidence 222222222221 234455566677788888777777778888888999999999999999999999999999999877
Q ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccCC
Q 009409 500 SWSMSLFAPSIFFYLTGTIVWLAFASS 526 (535)
Q Consensus 500 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 526 (535)
+|...|.+.++..++..+..+...+++
T Consensus 152 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 178 (375)
T 2gfp_A 152 NWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPET 178 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCC
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCccc
Confidence 488888877776665555444444443
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.22 E-value=1.3e-10 Score=118.75 Aligned_cols=181 Identities=11% Similarity=0.017 Sum_probs=132.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhhhhhcccCCCccchhHHHHHHHHHHHhhhccchhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHH
Q 009409 114 KLIGTTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHRFGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSLAT 193 (535)
Q Consensus 114 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~ 193 (535)
+.........+......+.+..+.|.+.+..+.+............+...++.++++++.||+|||+.++.+....+++.
T Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~ 356 (491)
T 4gc0_A 277 VIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGM 356 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHH
Confidence 44455555566666667777778888888899888888888888888899999999999999999999998888777766
Q ss_pred HHHHhhh----hhhhHHH-HHHHHhhhccCCchhhHHHHhhhcccccchhhHHHHHHHhhhhHHHHHhhhHHHhcc----
Q 009409 194 ALLPLLA----GFMPGLV-LSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIE---- 264 (535)
Q Consensus 194 ~~~~~~~----~~~~~l~-~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~---- 264 (535)
+..+... +....++ +..+..+++ ....+..+.+.+|.+|.+.|++++|+......+|.++++.+.+.+.+
T Consensus 357 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~ 435 (491)
T 4gc0_A 357 FSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFA-MSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWL 435 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHH-TTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHH-hHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5543221 1111122 222222233 33447778999999999999999999999999999999988776654
Q ss_pred --ccchhHHHHHHHHHHHHHHH-HhhhcccCCCC
Q 009409 265 --NLGWESVFYIFGLLGIAWFS-GFKILQEGETS 295 (535)
Q Consensus 265 --~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~ 295 (535)
..++.+.|++.++++++..+ .++++||++.+
T Consensus 436 ~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 436 VAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp HHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred HhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 34667788888887766544 55677876653
No 15
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=56.29 E-value=1.4e+02 Score=28.58 Aligned_cols=31 Identities=0% Similarity=-0.290 Sum_probs=16.4
Q ss_pred HHHHhhhcccccchhhHHHHHHHhhhhHHHH
Q 009409 224 ATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVA 254 (535)
Q Consensus 224 ~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~ 254 (535)
........+..+++.+...+......+-.++
T Consensus 145 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~ 175 (460)
T 3mkt_A 145 LFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLLLNIP 175 (460)
T ss_dssp HHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3344455555566666666655554444443
No 16
>2ks1_B Epidermal growth factor receptor; ERBB1, ERBB2, transmembrane, heterodimer, complex, tyrosine receptor, bicelles, transferase; NMR {Homo sapiens}
Probab=37.05 E-value=60 Score=19.83 Aligned_cols=12 Identities=8% Similarity=-0.175 Sum_probs=4.7
Q ss_pred HhhhhhccCCCC
Q 009409 517 TIVWLAFASSKP 528 (535)
Q Consensus 517 ~~~~~~~~~~~~ 528 (535)
+..++++++++.
T Consensus 29 ~~~~~~~RRr~~ 40 (44)
T 2ks1_B 29 LGIGLFMRRRHI 40 (44)
T ss_dssp HHHHHHHHTTTC
T ss_pred HHHHHHhhhhHh
Confidence 333344444333
No 17
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=34.93 E-value=3.4e+02 Score=26.70 Aligned_cols=51 Identities=10% Similarity=-0.036 Sum_probs=26.6
Q ss_pred ccccch-hhHHHHHHHhhhhHHHHHhh-hHHHhccccchhHHHHHHHHHHHHH
Q 009409 232 IPLEER-SRAVSFVFGGLSFGSVAGLL-LAPPIIENLGWESVFYIFGLLGIAW 282 (535)
Q Consensus 232 ~~~~~r-~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-~~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~ 282 (535)
.|+++| .....+.....+....++.. +++.+....+|.+.++...+..++.
T Consensus 20 vp~~~R~~~~~~~~~~W~g~~~~i~~~~~Ga~~~~GLs~~~a~lai~lG~li~ 72 (501)
T 2jln_A 20 TRYAERSVGPFSLAAIWFAMAIQVAIFIAAGQMTSSFQVWQVIVAIAAGCTIA 72 (501)
T ss_dssp CCGGGCCBCHHHHHHHHHHHHCSTHHHHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhhCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcCHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 455666 45555555544444444444 3333333567777776655544433
No 18
>2l2t_A Receptor tyrosine-protein kinase ERBB-4; transmembrane dimer, membrane domain, membrane protei; NMR {Homo sapiens}
Probab=28.69 E-value=52 Score=20.09 Aligned_cols=11 Identities=0% Similarity=-0.164 Sum_probs=4.4
Q ss_pred hhhhccCCCCC
Q 009409 519 VWLAFASSKPQ 529 (535)
Q Consensus 519 ~~~~~~~~~~~ 529 (535)
.++++++++.|
T Consensus 30 ~~~~~RRRr~~ 40 (44)
T 2l2t_A 30 FAVYVRRKSIK 40 (44)
T ss_dssp HHHHHHTTCSS
T ss_pred HHHHhhhhhhh
Confidence 33444444333
No 19
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=28.61 E-value=9.6 Score=19.15 Aligned_cols=13 Identities=38% Similarity=0.519 Sum_probs=10.0
Q ss_pred chhhhcccCCchh
Q 009409 169 GGWLAKIFGGRKV 181 (535)
Q Consensus 169 ~g~l~dr~g~r~~ 181 (535)
+|.+..+||||.+
T Consensus 3 fgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 3 FGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHTSHHH
T ss_pred HHHHHHHHhHHHH
Confidence 5778889998854
No 20
>4f4c_A Multidrug resistance protein PGP-1; ABC transporter, ATPase, multi-drug transporter, exporter, A binding, hydrolase,protein transport; HET: NDG NAG BMA MAN 0SA; 3.40A {Caenorhabditis elegans}
Probab=26.48 E-value=7.4e+02 Score=27.96 Aligned_cols=20 Identities=10% Similarity=0.333 Sum_probs=11.3
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009409 265 NLGWESVFYIFGLLGIAWFS 284 (535)
Q Consensus 265 ~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~ 284 (535)
..+|+......+++.+..++
T Consensus 233 ~~~~~l~lv~l~~~p~~~~~ 252 (1321)
T 4f4c_A 233 THSWQLTLVMLAVTPIQALC 252 (1321)
T ss_dssp HHCHHHHHHHHTTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34788776665554444333
No 21
>3hd6_A Ammonium transporter RH type C; ammonia, channel, rhesus, glycoprotein, membran structural genomics, PSI-2, protein structure initiative; HET: BOG; 2.10A {Homo sapiens}
Probab=23.02 E-value=5.4e+02 Score=25.19 Aligned_cols=29 Identities=10% Similarity=0.088 Sum_probs=18.5
Q ss_pred cccccchhhHHHHHHHhhhhHHHHHhhhH
Q 009409 231 SIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLA 259 (535)
Q Consensus 231 ~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 259 (535)
...-++---+.++...++.+|.++.++.+
T Consensus 336 kl~iDD~lgv~~vHGv~Gi~G~l~~glfa 364 (490)
T 3hd6_A 336 RLHIQDTCGINNLHGIPGIIGGIVGAVTA 364 (490)
T ss_dssp HHCCCCTTCHHHHTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HCCCCccccchHHhhHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 34444445577777777777777766654
Done!