Query 009442
Match_columns 534
No_of_seqs 465 out of 1579
Neff 11.0
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 05:17:26 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/009442.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/009442hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 3.2E-47 1.1E-51 384.4 30.7 460 18-511 7-482 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.4E-37 4.8E-42 310.4 22.6 401 18-493 23-434 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.7E-35 9.1E-40 292.7 31.6 393 18-487 21-427 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 8.4E-32 2.9E-36 271.5 25.4 385 66-495 50-475 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 5.3E-32 1.8E-36 263.0 16.7 356 26-477 3-361 (375)
6 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 7.1E-28 2.4E-32 244.8 15.8 142 67-236 51-196 (524)
7 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 9.3E-28 3.2E-32 236.0 13.4 358 66-496 39-404 (417)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.4 2.3E-12 7.9E-17 127.7 17.5 170 29-237 258-432 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 3E-12 1E-16 126.4 15.7 179 298-492 28-229 (438)
10 2cfq_A Lactose permease; trans 99.3 8.8E-12 3E-16 122.1 13.2 147 68-243 257-405 (417)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 9.1E-12 3.1E-16 124.9 12.1 173 298-492 15-196 (491)
12 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 6E-11 2.1E-15 118.9 16.9 180 33-242 287-467 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.2 4.7E-12 1.6E-16 122.2 6.4 171 304-496 8-179 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 99.2 1.2E-10 4E-15 117.9 12.9 171 301-492 17-198 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 50.7 5.3 0.00018 19.4 0.7 14 89-102 2-15 (26)
16 3arc_T Photosystem II reaction 22.9 1E+02 0.0034 16.7 3.2 12 233-244 18-29 (32)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=3.2e-47 Score=384.37 Aligned_cols=460 Identities=17% Similarity=0.207 Sum_probs=328.1
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhhhhhcccCCCCCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhcc
Q 009442 18 QWYHVTAIVIAGMGFFTDAYDLFCISTVSKLLGRLYYYDPANPKHNPGKLPTPINNFVIGVALVGTLTGQLFFGWLGDKL 97 (534)
Q Consensus 18 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~lg~~i~~~~~g~l~dr~ 97 (534)
+++.+.+.++++++.+..|||...++.++|.+.+++..+++ .+.+.+..+.|++.+++.+|..+|++++|+++||+
T Consensus 7 ~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~ 82 (491)
T 4gc0_A 7 SSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQN----LSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRF 82 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGC----CCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred hHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCC----CCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 45667777788899999999999999999999888743221 11134567789999999999999999999999999
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCC------------ccchHHHHHHHHHHHHHhccccccchhhhhhhccccchhhh
Q 009442 98 GRKKVYGITLILMVICAICSGLSFGSS------------ARSVIGTLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGA 165 (534)
Q Consensus 98 Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~------------~~~s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~rg~ 165 (534)
|||++++++.+++.++++++++++... ..+|+++++++|+++|++.|+..+....+++|+.|+++|++
T Consensus 83 GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~ 162 (491)
T 4gc0_A 83 GRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGK 162 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhh
Confidence 999999999999999999999632100 11569999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcccccccCCCCCcchHHHHHHhhHHHHHHHHHHhcccCCccch
Q 009442 166 FIAAVFAMQGVGIIFAGLVSMILSKIFLQLFPAPAFEDDEIFSTQPEGDYLWRIVLMLGALPALTTYYWRMKMPETGRYT 245 (534)
Q Consensus 166 ~~~~~~~~~~lG~~i~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~esp~~~ 245 (534)
..+..+.+..+|.++++.++..+...... .......||+.+.+..++.++.++..+++||||+|+
T Consensus 163 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L 227 (491)
T 4gc0_A 163 LVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDA---------------SWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWL 227 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCT---------------TTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHH
T ss_pred hHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhcccccc---------------ccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHH
Confidence 99999999999999999988877632211 012356799999999999999888889999999997
Q ss_pred hhhcCChHHHHHHHHhhhccccchhhhhhhhhcccCcccchhHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhccccc
Q 009442 246 AIIEGNAKQAASDMGRVLDIEIDEEHDKLSQFKEVNKYPLLSREFFQRHGLHLIGTMSTWFLLDIAFYSQNLTQKDIFPA 325 (534)
Q Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 325 (534)
..+++.+++.+.+++..+.+..++.....+......++...........+.........+......+....+.+.+.+.
T Consensus 228 -~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 306 (491)
T 4gc0_A 228 -MSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT 306 (491)
T ss_dssp -HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -HHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh
Confidence 5555666666666555443322211111110000000000011111111122233333333333444445555555554
Q ss_pred ccccccccccchhhhHhhhhHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhHHH
Q 009442 326 MGLVHKAPQVNALREVFETSRAMFVVALLGTFPGYWFTVFLIEKIGRFIIQLVGFFMMSLFMLIIGIKYDYLKNDNKWLF 405 (534)
Q Consensus 326 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~gr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (534)
.+...... ........+..+++.++++++.||+|||+.++.+.....++++.+....... ...+..
T Consensus 307 ~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~--~~~~~~ 372 (491)
T 4gc0_A 307 LGASTDIA------------LLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQ--APGIVA 372 (491)
T ss_dssp SSCCHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT--CCHHHH
T ss_pred cCCCccch------------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcc--cchHHH
Confidence 44333221 1145666777888999999999999999999999988888887776654421 223333
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhcCCcceeeecccccCChhhhhhhhhHHHHHHHhhhhHhhhhhhhhccccc---ccchhHHHHHHHHHH
Q 009442 406 ATLYGLTFFFANFGPNSTTFVLPAELFPTRVRSTCHALSAAAGKAGAMIGAFVVQSYTLDED---SKKIQHAVLVLAFTN 482 (534)
Q Consensus 406 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~p~~~r~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~ 482 (534)
.....+...+...+..++.+.+.+|++|++.|+++.|+.+..+++++++++.+.+.+.+... ..+....|+++++++
T Consensus 373 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~ 452 (491)
T 4gc0_A 373 LLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMG 452 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHH
Confidence 33333444444566778888999999999999999999999999999999998887754211 124455788888888
Q ss_pred HHHHHHHH-hhccCCCCCcccccccCCCCC
Q 009442 483 MLGFCCTF-LVTETKGRSLEEISGEDGGVG 511 (534)
Q Consensus 483 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 511 (534)
+++.++.+ ++||||+|+.||+++..+++.
T Consensus 453 ~~~~i~~~~~~PETkg~tLeei~~~f~~~~ 482 (491)
T 4gc0_A 453 VLAALFMWKFVPETKGKTLEELEALWEPET 482 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCCCCTTCCHHHHGGGTC---
T ss_pred HHHHHHHHheecCCCCCCHHHHHHHhCCCC
Confidence 88887765 679999999999988776543
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.4e-37 Score=310.35 Aligned_cols=401 Identities=13% Similarity=0.110 Sum_probs=291.1
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhhhhhcccCCCCCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhcc
Q 009442 18 QWYHVTAIVIAGMGFFTDAYDLFCISTVSKLLGRLYYYDPANPKHNPGKLPTPINNFVIGVALVGTLTGQLFFGWLGDKL 97 (534)
Q Consensus 18 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~lg~~i~~~~~g~l~dr~ 97 (534)
++.+++.+..++++.+..+++...+++.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~ 89 (451)
T 1pw4_A 23 RRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-------------FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRS 89 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-------------TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-------------ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhc
Confidence 455677788888888999999999999999888753 4667899999999999999999999999999
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----ccCCCccchHHHHHHHHHHHHHhccccccchhhhhhhccccchhhhHHHHHHHH
Q 009442 98 GRKKVYGITLILMVICAICSGL----SFGSSARSVIGTLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAM 173 (534)
Q Consensus 98 Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~----~~~~~~~~s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~rg~~~~~~~~~ 173 (534)
|||++++++.++.+++.+++++ + ++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+
T Consensus 90 g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~ 163 (451)
T 1pw4_A 90 NPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWAT------SSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCA 163 (451)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH------SSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcc------ccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999 7 45899999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcccccccCCCCCcc-hHHHHHHhhHHHHHH-HHHHhcccCCccchhhhcCC
Q 009442 174 QGVGIIFAGLVSMILSKIFLQLFPAPAFEDDEIFSTQPEGDYL-WRIVLMLGALPALTT-YYWRMKMPETGRYTAIIEGN 251 (534)
Q Consensus 174 ~~lG~~i~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-wr~~~~~~~i~~~~~-~~~~~~~~esp~~~~~~~~~ 251 (534)
.++|.++++.+++.+.. ..+ ||+.|++.+++.++. ++..+++||+|+.. ..++
T Consensus 164 ~~~g~~~g~~~~~~l~~-----------------------~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~ 218 (451)
T 1pw4_A 164 HNVGGGIPPLLFLLGMA-----------------------WFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSC--GLPP 218 (451)
T ss_dssp HHHHHTSHHHHHHHHHH-----------------------HTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTT--CCCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH-----------------------HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhc--CCCC
Confidence 99999999999998762 345 999999977776654 44556789987652 1111
Q ss_pred hHHHHHHHHhhhccccchhhhhhhhhcccCcccchhHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhccccc-ccccc
Q 009442 252 AKQAASDMGRVLDIEIDEEHDKLSQFKEVNKYPLLSREFFQRHGLHLIGTMSTWFLLDIAFYSQNLTQKDIFPA-MGLVH 330 (534)
Q Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~ 330 (534)
.++..+ +.+++ .+.++.++.+..+.......+ .+.++...+..+.....++....+.+.++++ .|+++
T Consensus 219 ~~~~~~--------~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 287 (451)
T 1pw4_A 219 IEEYKN--------DYPDD-YNEKAEQELTAKQIFMQYVLP--NKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFAL 287 (451)
T ss_dssp CTTTCC--------C--------------CCTHHHHHHTSS--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCH
T ss_pred hhhhcc--------ccccc-chhhhhcccccccchHHHHHc--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCH
Confidence 111000 00000 000000011111111111111 1224444555555556666777777877776 56554
Q ss_pred cccccchhhhHhhhhHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHhh--hhHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhhhcccchhHHHHH
Q 009442 331 KAPQVNALREVFETSRAMFVVALLGTFPGYWFTVFLIEKI--GRFIIQLVGFFMMS-LFMLIIGIKYDYLKNDNKWLFAT 407 (534)
Q Consensus 331 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--gr~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 407 (534)
...+. ......++.+++.++.+++.||+ +||+.+..+..+.. ++++++..... .+.+. ..
T Consensus 288 ~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~-~~ 350 (451)
T 1pw4_A 288 DKSSW------------AYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPA----GNPTV-DM 350 (451)
T ss_dssp HHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCT----TCHHH-HH
T ss_pred HHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc----cCHHH-HH
Confidence 43322 67777888999999999999999 99988877766655 44443332210 12222 22
Q ss_pred HHHHHHHHhhcCCcceeeecccccCChhhhhhhhhHHHHHHHh-hhhHhhhhhhhhcccccccchhHHHHHHHHHHHHHH
Q 009442 408 LYGLTFFFANFGPNSTTFVLPAELFPTRVRSTCHALSAAAGKA-GAMIGAFVVQSYTLDEDSKKIQHAVLVLAFTNMLGF 486 (534)
Q Consensus 408 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~p~~~r~~~~g~~~~~~~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 486 (534)
+..+..+++..+..+....+..|.+|++.|+++.|+.+...++ |..++|.+.+.+.+ ..++...|++.+++.+++.
T Consensus 351 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~---~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 427 (451)
T 1pw4_A 351 ICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVD---FFGWDGGFMVMIGGSILAV 427 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---SSCSHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---hcCcHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2223333333334455567889999999999999999999999 99999999999887 4478889998888888887
Q ss_pred HHHHhhc
Q 009442 487 CCTFLVT 493 (534)
Q Consensus 487 ~~~~~~~ 493 (534)
++.++++
T Consensus 428 ~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 428 ILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHHHHH
T ss_pred HHHHHHH
Confidence 7776653
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.7e-35 Score=292.65 Aligned_cols=393 Identities=12% Similarity=-0.022 Sum_probs=272.3
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhhhhhcccCCCCCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhcc
Q 009442 18 QWYHVTAIVIAGMGFFTDAYDLFCISTVSKLLGRLYYYDPANPKHNPGKLPTPINNFVIGVALVGTLTGQLFFGWLGDKL 97 (534)
Q Consensus 18 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~lg~~i~~~~~g~l~dr~ 97 (534)
+++++..+..+++..+..+++....++..|.+.+++ +++..+.|++.+++.++..++++++|+++||+
T Consensus 21 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~ 88 (438)
T 3o7q_A 21 SRSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAF------------TLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKL 88 (438)
T ss_dssp -CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS------------CCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHS
T ss_pred hhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHc------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHh
Confidence 445566777778888899999999999999999998 99999999999999999999999999999999
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHH---HhccCCCccchHHHHHHHHHHHHHhccccccchhhhhhhccccchhhhHHHHHHHHH
Q 009442 98 GRKKVYGITLILMVICAICS---GLSFGSSARSVIGTLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQ 174 (534)
Q Consensus 98 Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~---~~~~~~~~~~s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~rg~~~~~~~~~~ 174 (534)
|||++++++.++.+++.+++ +++ ++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.
T Consensus 89 g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~ 162 (438)
T 3o7q_A 89 SYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEI------MNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFN 162 (438)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT------TCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc------ccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999 777 559999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcccccccCCC------CCcchHHHHHHhhHHHHHHHHHHh--cccCCccchh
Q 009442 175 GVGIIFAGLVSMILSKIFLQLFPAPAFEDDEIFSTQPE------GDYLWRIVLMLGALPALTTYYWRM--KMPETGRYTA 246 (534)
Q Consensus 175 ~lG~~i~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~wr~~~~~~~i~~~~~~~~~~--~~~esp~~~~ 246 (534)
++|.++++.+++.+........+.. .....+.+.. ...+||+.|++.++..++..+..+ ..||+++.
T Consensus 163 ~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~-- 237 (438)
T 3o7q_A 163 SFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQD---VLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSD-- 237 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHH---HHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTT--
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhccccccccc---ccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccc--
Confidence 9999999999998872110000000 0000000000 001199999876655544433333 34554432
Q ss_pred hhcCChHHHHHHHHhhhccccchhhhhhhhhcccCcccchhHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcc-ccc
Q 009442 247 IIEGNAKQAASDMGRVLDIEIDEEHDKLSQFKEVNKYPLLSREFFQRHGLHLIGTMSTWFLLDIAFYSQNLTQKDI-FPA 325 (534)
Q Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 325 (534)
..++++++ +. ++..++.++++ .++...+..++.....+....+.+.+ .++
T Consensus 238 ~~~~~~~~-----------------~~-----~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 288 (438)
T 3o7q_A 238 NHSDAKQG-----------------SF-----SASLSRLARIR-------HWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEE 288 (438)
T ss_dssp CCCCSSTT-----------------SH-----HHHHHHHTTCS-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cccccccc-----------------ch-----hhhHHHHHhCh-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Confidence 00000000 00 00001111111 12333333444444555555666666 555
Q ss_pred c-cccccccccchhhhHhhhhHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhHH
Q 009442 326 M-GLVHKAPQVNALREVFETSRAMFVVALLGTFPGYWFTVFLIEKIGRFIIQLVGFFMMSLFMLIIGIKYDYLKNDNKWL 404 (534)
Q Consensus 326 ~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~gr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 404 (534)
. |+++...+. ......++.+++.++.+++.||++||+.+..+.++..++++.+... .+.+.
T Consensus 289 ~~g~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~ 350 (438)
T 3o7q_A 289 IPGMTAGFAAN------------YLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFA------GGHVG 350 (438)
T ss_dssp STTCCHHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------CHHHH
T ss_pred cCCcchhHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc------CCcHH
Confidence 4 555443322 6677778889999999999999999999999888887776665553 12222
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhcCCcceeeecccccCChhhhhhhhhHHHHHHHhhhhHhhhhhhhhcccccccc-hhHHHHHHHHHHH
Q 009442 405 FATLYGLTFFFANFGPNSTTFVLPAELFPTRVRSTCHALSAAAGKAGAMIGAFVVQSYTLDEDSKK-IQHAVLVLAFTNM 483 (534)
Q Consensus 405 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~p~~~r~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~ 483 (534)
..... ..+++.....+..+++..|.+|++ ++.+.++.. .+.+|+.++|.+.+.+.+ ..+ +...|.+.+++.+
T Consensus 351 -~~~~~-~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~---~~g~~~~~~~~~~~~~~ 423 (438)
T 3o7q_A 351 -LIALT-LCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSD---AAGNIPTAELIPALCFA 423 (438)
T ss_dssp -HHHHH-HHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHH---HHTSSGGGGHHHHHHHH
T ss_pred -HHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH---HhcchHHHHHHHHHHHH
Confidence 22222 222333345677778888999977 888888877 677999999999999987 335 7777776655544
Q ss_pred HHHH
Q 009442 484 LGFC 487 (534)
Q Consensus 484 ~~~~ 487 (534)
+..+
T Consensus 424 ~~~~ 427 (438)
T 3o7q_A 424 VIFI 427 (438)
T ss_dssp HHHH
T ss_pred HHHH
Confidence 4433
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=8.4e-32 Score=271.46 Aligned_cols=385 Identities=10% Similarity=-0.004 Sum_probs=242.5
Q ss_pred CCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhc-cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCccchHHHHHHHHHHHHHhcc
Q 009442 66 KLPTPINNFVIGVALVGTLTGQLFFGWLGDK-LGRKKVYGITLILMVICAICSGLSFGSSARSVIGTLCFFRFWLGFGIG 144 (534)
Q Consensus 66 ~~s~~~~g~~~s~~~lg~~i~~~~~g~l~dr-~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~s~~~l~~~r~l~G~~~g 144 (534)
|++..+.+++.+++.++..+++++.|+++|| +|||+++..+.++.+++.++++++ ++++.++++|+++|++.+
T Consensus 50 ~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~l~g~~~~ 123 (491)
T 4aps_A 50 HITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALP------FGASALFGSIILIIIGTG 123 (491)
T ss_dssp CSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC------CSTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh------hhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999 899999999999999999999998 458999999999999999
Q ss_pred ccccchhhhhhhccccch--hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcccccccCCCCCcchHHHHH
Q 009442 145 GDYPLSATIMSEYANKKT--RGAFIAAVFAMQGVGIIFAGLVSMILSKIFLQLFPAPAFEDDEIFSTQPEGDYLWRIVLM 222 (534)
Q Consensus 145 ~~~~~~~~~i~e~~~~~~--rg~~~~~~~~~~~lG~~i~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~~~ 222 (534)
...+...+++.|++|+++ |+++.++++.+.++|..+++.+++.+. +..+||+.|+
T Consensus 124 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~-----------------------~~~g~~~~f~ 180 (491)
T 4aps_A 124 FLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQ-----------------------EAAGYHVAFS 180 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------------------HHSCHHHHHH
T ss_pred hccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------------------hhhhHHHHHH
Confidence 999999999999999988 777888899999999999999999987 3457999999
Q ss_pred HhhHHHHHHHHHHhcc-cCCccc---hhhhcCChHHHHHHHHh-----------------hhccccchhhhhhhhh----
Q 009442 223 LGALPALTTYYWRMKM-PETGRY---TAIIEGNAKQAASDMGR-----------------VLDIEIDEEHDKLSQF---- 277 (534)
Q Consensus 223 ~~~i~~~~~~~~~~~~-~esp~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------~~~~~~~~~~~~~~~~---- 277 (534)
+.++..++..+..++. |+..+. ....+.++++..+..+. ..+.+.++........
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 260 (491)
T 4aps_A 181 LAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAI 260 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHH
Confidence 9776665544443322 221110 00011112222221111 0000000000000000
Q ss_pred ----cccCcccchhHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhccccc-ccccccccccchhhhHhhhhHHHHHHH
Q 009442 278 ----KEVNKYPLLSREFFQRHGLHLIGTMSTWFLLDIAFYSQNLTQKDIFPA-MGLVHKAPQVNALREVFETSRAMFVVA 352 (534)
Q Consensus 278 ----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 352 (534)
......+....+..++.....+...+..+.....+.....+.+.+..+ .+.+....+. .....
T Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~~~~ 328 (491)
T 4aps_A 261 PVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSW------------FQSLN 328 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGG------------GTTHH
T ss_pred HHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHH------------Hhccc
Confidence 000000000000111111112222222233333344444444444433 2332222222 34555
Q ss_pred HhhcchhHHHHHHHHHhhhhHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc--cchhHHHHHHHHHHHHHhhcCCcceee
Q 009442 353 LLGTFPGYWFTVFLIEKIGRFIIQL-----VGFFMMSLFMLIIGIKYDYLK--NDNKWLFATLYGLTFFFANFGPNSTTF 425 (534)
Q Consensus 353 ~~~~~~~~~~~g~l~d~~gr~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 425 (534)
.++.+++.++.+++.||++||+... .+..+.+++++++........ .........+..+..+++.....+..+
T Consensus 329 ~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~ 408 (491)
T 4aps_A 329 PLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGL 408 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHH
Confidence 6667777888999999999886544 666666666555554321100 011222233333333444444566778
Q ss_pred ecccccCChhhhhhhhhHHHHHHHhhhhHhhhhhhhhcccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-ccC
Q 009442 426 VLPAELFPTRVRSTCHALSAAAGKAGAMIGAFVVQSYTLDEDSKKIQHAVLVLAFTNMLGFCCTFLV-TET 495 (534)
Q Consensus 426 ~~~~e~~p~~~r~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 495 (534)
.++.|.+|++.|+++.|+.+....+|..+++.+.+.+.+. ++...+.+.+++++++.++.+++ ++.
T Consensus 409 ~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 475 (491)
T 4aps_A 409 SVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK----SEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRI 475 (491)
T ss_dssp HHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS----STTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC----
T ss_pred HHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc----cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8999999999999999999999999999999999888753 56677888888777777766654 443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.98 E-value=5.3e-32 Score=263.04 Aligned_cols=356 Identities=15% Similarity=0.125 Sum_probs=255.0
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhhhhhcccCCCCCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhccchhHHHHH
Q 009442 26 VIAGMGFFTDAYDLFCISTVSKLLGRLYYYDPANPKHNPGKLPTPINNFVIGVALVGTLTGQLFFGWLGDKLGRKKVYGI 105 (534)
Q Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~lg~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~ 105 (534)
..+++..+..+++...+.+..|.+.+++ +.+..+.+++.+++.++..+++++.|+++||+|||+++..
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~ 70 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDL------------NVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILV 70 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS------------SSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHc------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHH
Confidence 4556667788888899999999999888 8999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccCCCccchHHHHHHHHHHHHHhccccccchhhhhhhccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009442 106 TLILMVICAICSGLSFGSSARSVIGTLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQGVGIIFAGLVS 185 (534)
Q Consensus 106 ~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~rg~~~~~~~~~~~lG~~i~~~~~ 185 (534)
+.++.+++.++.+++ ++++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+..+|..+++.++
T Consensus 71 ~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 144 (375)
T 2gfp_A 71 GMSIFMLATLVAVTT------SSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIG 144 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHh------ccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHH
Confidence 999999999999998 66999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhhcCCCCCCCcccccccCCCCCcchHHHHHHhhHHHHHHHH-HHhcccCCccchhhhcCChHHHHHHHHhhhc
Q 009442 186 MILSKIFLQLFPAPAFEDDEIFSTQPEGDYLWRIVLMLGALPALTTYY-WRMKMPETGRYTAIIEGNAKQAASDMGRVLD 264 (534)
Q Consensus 186 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~~~~~~i~~~~~~~-~~~~~~esp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 264 (534)
+.+. +..+||+.|++.++..++..+ ..+++||+++. .++++ +
T Consensus 145 ~~l~-----------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~--~---------- 187 (375)
T 2gfp_A 145 GLLD-----------------------TMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPV--DAPRT--R---------- 187 (375)
T ss_dssp HHSS-----------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTT--TCCCC--C----------
T ss_pred HHHH-----------------------HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCC--Ccccc--c----------
Confidence 9876 345799999987777666554 55567887643 11100 0
Q ss_pred cccchhhhhhhhhcccCcccchhHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhccccc-ccccccccccchhhhHhh
Q 009442 265 IEIDEEHDKLSQFKEVNKYPLLSREFFQRHGLHLIGTMSTWFLLDIAFYSQNLTQKDIFPA-MGLVHKAPQVNALREVFE 343 (534)
Q Consensus 265 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 343 (534)
..++.++.++++ .++...+..+......+....+.|.+.++ .|+++...
T Consensus 188 -------------~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~---------- 237 (375)
T 2gfp_A 188 -------------LLTSYKTLFGNS-------GFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTV---------- 237 (375)
T ss_dssp -------------TTTCSTHHHHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHH----------
T ss_pred -------------HHHHHHHHhcCc-------chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHH----------
Confidence 000111222222 12333344444455556666677777665 44443322
Q ss_pred hhHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhhhcccchhHHHHHHHHHHHHHhhcCCcc
Q 009442 344 TSRAMFVVALLGTFPGYWFTVFLIEKIGRFIIQLVGFFM-MSLFMLIIGIKYDYLKNDNKWLFATLYGLTFFFANFGPNS 422 (534)
Q Consensus 344 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~gr~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 422 (534)
........++.+++.++.+++.||.+++. ..+..+ ...+...+..... ...+.+...... +..+++.....+
T Consensus 238 --g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~-~l~g~~~~~~~~ 310 (375)
T 2gfp_A 238 --SILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM--WQSVICCLLAGLLMWIPDWF--GVMNVWTLLVPA-ALFFFGAGMLFP 310 (375)
T ss_dssp --HHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH--HHHHHHHHHTSSSSSHHHHH--HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTSS
T ss_pred --HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHhhh--ccccHHHHHHHH-HHHHHHHHHhhH
Confidence 22566667788888889999999988732 222222 2222221111110 001222222222 222233333456
Q ss_pred eeeecccccCChhhhhhhhhHHHHHHHhhhhHhhhhhhhhcccccccchhHHHHH
Q 009442 423 TTFVLPAELFPTRVRSTCHALSAAAGKAGAMIGAFVVQSYTLDEDSKKIQHAVLV 477 (534)
Q Consensus 423 ~~~~~~~e~~p~~~r~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 477 (534)
...++..|.+| +.|+++.|+.+....+|..++|.+.+.+.+ ..++...+.+
T Consensus 311 ~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~---~~~~~~~~~~ 361 (375)
T 2gfp_A 311 LATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQ---TGQGSLGLLM 361 (375)
T ss_dssp TTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHH---HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc---CCcccHHHHH
Confidence 77788899998 889999999999999999999999998875 3355555544
No 6
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.95 E-value=7.1e-28 Score=244.79 Aligned_cols=142 Identities=15% Similarity=0.217 Sum_probs=126.7
Q ss_pred CCchhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhcc-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCccchHHHHHHHHHHHHHhccc
Q 009442 67 LPTPINNFVIGVALVGTLTGQLFFGWLGDKL-GRKKVYGITLILMVICAICSGLSFGSSARSVIGTLCFFRFWLGFGIGG 145 (534)
Q Consensus 67 ~s~~~~g~~~s~~~lg~~i~~~~~g~l~dr~-Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~s~~~l~~~r~l~G~~~g~ 145 (534)
++..+.+++.+++.++..+++++.|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ .+++.++++|++.|++.+.
T Consensus 51 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~l~g~~~~~ 125 (524)
T 2xut_A 51 LRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFE-----HSVQGFYTGLFLIALGSGG 125 (524)
T ss_dssp TTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS-----SCHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-----ccHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 8999999999999999999999999999999 999999999999999999999984 0489999999999999999
Q ss_pred cccchhhhhhhccccchhhhHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcccccccCCCCCcchHHHHH
Q 009442 146 DYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAA---VFAMQGVGIIFAGLVSMILSKIFLQLFPAPAFEDDEIFSTQPEGDYLWRIVLM 222 (534)
Q Consensus 146 ~~~~~~~~i~e~~~~~~rg~~~~~---~~~~~~lG~~i~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~~~ 222 (534)
..+...+++.|++|+++|+++.+. ...+.++|.++++.+++.+. +..+||+.|+
T Consensus 126 ~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~-----------------------~~~g~~~~f~ 182 (524)
T 2xut_A 126 IKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLL-----------------------KNFGAAVAFG 182 (524)
T ss_dssp THHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHH-----------------------HTSCHHHHHH
T ss_pred cchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----------------------ccccHHHHHH
Confidence 999999999999999999877666 88899999999999998887 3457999999
Q ss_pred HhhHHHHHHHHHHh
Q 009442 223 LGALPALTTYYWRM 236 (534)
Q Consensus 223 ~~~i~~~~~~~~~~ 236 (534)
+.++..++..+..+
T Consensus 183 ~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 183 IPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHH
Confidence 97777666554443
No 7
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.95 E-value=9.3e-28 Score=236.04 Aligned_cols=358 Identities=13% Similarity=0.042 Sum_probs=209.9
Q ss_pred CCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHH---HhccCCCccchH-HHHHHHHHHHHH
Q 009442 66 KLPTPINNFVIGVALVGTLTGQLFFGWLGDKLGRKKVYGITLILMVICAICS---GLSFGSSARSVI-GTLCFFRFWLGF 141 (534)
Q Consensus 66 ~~s~~~~g~~~s~~~lg~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~---~~~~~~~~~~s~-~~l~~~r~l~G~ 141 (534)
|++..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++..+++++.... .+++ .. ..++..+++.|+
T Consensus 39 g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~ 112 (417)
T 2cfq_A 39 HISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGP------LLQYNILVGSIVGGI 112 (417)
T ss_dssp CCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHH------HHHTTCCHHHHGGGS
T ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8899999999999999999999999999999999999998888776532211 2221 01 113445666666
Q ss_pred hccccccchhhhhhhcccc--chhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcccccccCCCCCcchHH
Q 009442 142 GIGGDYPLSATIMSEYANK--KTRGAFIAAVFAMQGVGIIFAGLVSMILSKIFLQLFPAPAFEDDEIFSTQPEGDYLWRI 219 (534)
Q Consensus 142 ~~g~~~~~~~~~i~e~~~~--~~rg~~~~~~~~~~~lG~~i~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~ 219 (534)
+.+...+.....+.++.++ ++|+...+....+..+|..++|.+++++.+ .+||.
T Consensus 113 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~------------------------~~~~~ 168 (417)
T 2cfq_A 113 YLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT------------------------INNQF 168 (417)
T ss_dssp STTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH------------------------HCSHH
T ss_pred HHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------------hchhH
Confidence 5555444445555555543 355667777777788999999999988862 35999
Q ss_pred HHHHhhHHHHHHHHHHhcccCCccchhhhcCChHHHHHHHHhhhccccchhhhhhhhhcccCcccchhHHHhhhhhhHHH
Q 009442 220 VLMLGALPALTTYYWRMKMPETGRYTAIIEGNAKQAASDMGRVLDIEIDEEHDKLSQFKEVNKYPLLSREFFQRHGLHLI 299 (534)
Q Consensus 220 ~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~esp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 299 (534)
.|++.++..++..+..++.+|+|+. ..++++++ +.+++.... ++..+.++++. .+
T Consensus 169 ~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~-----------~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~-------~~ 223 (417)
T 2cfq_A 169 VFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPS--SATVANAV-----------GANHSAFSL-----KLALELFRQPK-------LW 223 (417)
T ss_dssp HHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSC--SSCSSSSS-----------SSCCCCCCH-----HHHHHHTTCHH-------HH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHcCccccc--cccccccc-----------ccccccccH-----HHHHHHhcCCc-------hh
Confidence 9998776655554444444433211 00000000 000000000 00011112111 11
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccccccccccccccchhhhHhhhhHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHhhhhHHHHHHH
Q 009442 300 GTMSTWFLLDIAFYSQNLTQKDIFPAMGLVHKAPQVNALREVFETSRAMFVVALLGTFPGYWFTVFLIEKIGRFIIQLVG 379 (534)
Q Consensus 300 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~gr~~~~~~~ 379 (534)
...+..+.....++....+.|.++.+. +... + .+.........+..++.+++.++.++++||+|||+.+..+
T Consensus 224 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~--~-----~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~ 295 (417)
T 2cfq_A 224 FLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSF-FATG--E-----QGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLA 295 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-SSSH--H-----HHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-Hhcc--C-----CChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHH
Confidence 111111111122222222233333221 1000 0 0001112245566677788899999999999999998888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhHHHHHHHHHHHHHhhcCCcceeeecccccCChhhhhhhhhHH-HHHHHhhhhHhhhh
Q 009442 380 FFMMSLFMLIIGIKYDYLKNDNKWLFATLYGLTFFFANFGPNSTTFVLPAELFPTRVRSTCHALS-AAAGKAGAMIGAFV 458 (534)
Q Consensus 380 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~p~~~r~~~~g~~-~~~~~~g~~~~~~~ 458 (534)
..+.+++.+.+... .+.+.......+ ..+......+..+.+..|.+|++.|+++.++. +....+|++++|.+
T Consensus 296 ~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~l-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l 368 (417)
T 2cfq_A 296 GTIMSVRIIGSSFA------TSALEVVILKTL-HMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVL 368 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTC------CSHHHHHHHTTH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHh------ccHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhh
Confidence 77776665444331 122222222111 11111112233457889999999999999995 78888999999999
Q ss_pred hhhhcccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hccCC
Q 009442 459 VQSYTLDEDSKKIQHAVLVLAFTNMLGFCCTFL-VTETK 496 (534)
Q Consensus 459 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~ 496 (534)
.|.+.+ ..++...|.+.+++.+++.++.++ .||++
T Consensus 369 ~G~l~~---~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 369 AGNMYE---SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHTHHH---HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHHH---hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 998876 346778888888888888776554 35433
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.44 E-value=2.3e-12 Score=127.74 Aligned_cols=170 Identities=16% Similarity=0.115 Sum_probs=136.8
Q ss_pred HHHHHHhhhhHHHHHHHHhhhhhh-cccCCCCCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhcc--chhHHHHH
Q 009442 29 GMGFFTDAYDLFCISTVSKLLGRL-YYYDPANPKHNPGKLPTPINNFVIGVALVGTLTGQLFFGWLGDKL--GRKKVYGI 105 (534)
Q Consensus 29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~lg~~i~~~~~g~l~dr~--Grr~~~~~ 105 (534)
.+..+........+....|.+.++ + +.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..
T Consensus 258 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~ 325 (451)
T 1pw4_A 258 AIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVK------------HFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGV 325 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBS------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHH
Confidence 333444444444555666666554 4 88999999999999999999999999999999 99999888
Q ss_pred HHHHHH-HHHHHHHhccCCCccchHHHHHHHHHHHHHhccccccchhhhhhhccccchhhhHHHHHHHHHHH-HHHHHHH
Q 009442 106 TLILMV-ICAICSGLSFGSSARSVIGTLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQGV-GIIFAGL 183 (534)
Q Consensus 106 ~~~~~~-i~~~~~~~~~~~~~~~s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~rg~~~~~~~~~~~l-G~~i~~~ 183 (534)
+..+.. ++.++..+.++ ++.+.+.+.-++.|++.+...+....++.|.+|+++|+++.++......+ |..+++.
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 401 (451)
T 1pw4_A 326 FFMTLVTIATIVYWMNPA----GNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASA 401 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCCT----TCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcc----cCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 877766 66666666543 34778888889999998888888889999999999999999999999999 9999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhcCCCCCCCcccccccCCCCCcchHHHHHHhhHHHHHHHHHHhc
Q 009442 184 VSMILSKIFLQLFPAPAFEDDEIFSTQPEGDYLWRIVLMLGALPALTTYYWRMK 237 (534)
Q Consensus 184 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~~~~~~i~~~~~~~~~~~ 237 (534)
+.+.+. +..||+..|++.++..++..+..++
T Consensus 402 ~~g~l~-----------------------~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 402 IVGYTV-----------------------DFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHHHHH-----------------------HSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHH-----------------------HhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999987 3557999999877777665555443
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.40 E-value=3e-12 Score=126.38 Aligned_cols=179 Identities=13% Similarity=0.043 Sum_probs=126.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccccccccccccccchhhhHhhhhHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHhhhhHHHHH
Q 009442 298 LIGTMSTWFLLDIAFYSQNLTQKDIFPAMGLVHKAPQVNALREVFETSRAMFVVALLGTFPGYWFTVFLIEKIGRFIIQL 377 (534)
Q Consensus 298 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~gr~~~~~ 377 (534)
+..+.+.++.............|.+.++.+.+..+.+. ......++..++.++.|+++||+|||+.+.
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~------------~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~ 95 (438)
T 3o7q_A 28 FALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGL------------IQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGII 95 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHH------------HHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHH
Confidence 34444555555555566666677777777776655443 677788888999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhHHHHHHHHHHHHHhhcCCcceeeecccccCChhhhhhhhhHHHHHHHhhhhHhhh
Q 009442 378 VGFFMMSLFMLIIGIKYDYLKNDNKWLFATLYGLTFFFANFGPNSTTFVLPAELFPTRVRSTCHALSAAAGKAGAMIGAF 457 (534)
Q Consensus 378 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~p~~~r~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~ 457 (534)
.+.++.+++.++...... .++...+.+..+..+.+.....+...+++.|.+|++.|++++++.+....+|..++|.
T Consensus 96 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~ 171 (438)
T 3o7q_A 96 TGLFLYALGAALFWPAAE----IMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVV 171 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHH----TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccc----cccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999988887733221 1233333333333444343445667788999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhc-ccccc----------------------cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 009442 458 VVQSYT-LDEDS----------------------KKIQHAVLVLAFTNMLGFCCTFLV 492 (534)
Q Consensus 458 ~~~~~~-~~~~~----------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 492 (534)
+.+.+. +..+. .+|++.|.+.+++.++..++.++.
T Consensus 172 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 229 (438)
T 3o7q_A 172 FGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLT 229 (438)
T ss_dssp HTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999887 43221 017888877777666665555543
No 10
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.33 E-value=8.8e-12 Score=122.07 Aligned_cols=147 Identities=10% Similarity=0.076 Sum_probs=117.6
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCccchHHHHHHHHHHHHHhccccc
Q 009442 68 PTPINNFVIGVALVGTLTGQLFFGWLGDKLGRKKVYGITLILMVICAICSGLSFGSSARSVIGTLCFFRFWLGFGIGGDY 147 (534)
Q Consensus 68 s~~~~g~~~s~~~lg~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~ 147 (534)
+....++..++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++. ++.+.+++..++.+++.+...
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~ 330 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA------TSALEVVILKTLHMFEVPFLL 330 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC------CSHHHHHHHTTHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh------ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34566888888888999999999999999999999998888888877777666 336777888888888877666
Q ss_pred cchhhhhhhccccchhhhHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcccccccCCCCCcchHHHHHHhhH
Q 009442 148 PLSATIMSEYANKKTRGAFIAA-VFAMQGVGIIFAGLVSMILSKIFLQLFPAPAFEDDEIFSTQPEGDYLWRIVLMLGAL 226 (534)
Q Consensus 148 ~~~~~~i~e~~~~~~rg~~~~~-~~~~~~lG~~i~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~~~~~~i 226 (534)
+....++.|.+|++.|+++.+. ++....+|..++|.+++.+.+ ..+++..|.+.++
T Consensus 331 ~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~-----------------------~~g~~~~f~~~~~ 387 (417)
T 2cfq_A 331 VGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE-----------------------SIGFQGAYLVLGL 387 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH-----------------------HSHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH-----------------------hcCcHHHHHHHHH
Confidence 7778899999999999999988 477888999999999998873 3458888888777
Q ss_pred HHHHHHHH-HhcccCCcc
Q 009442 227 PALTTYYW-RMKMPETGR 243 (534)
Q Consensus 227 ~~~~~~~~-~~~~~esp~ 243 (534)
..++..+. ....||.++
T Consensus 388 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 388 VALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 76665544 334565443
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.30 E-value=9.1e-12 Score=124.95 Aligned_cols=173 Identities=10% Similarity=0.066 Sum_probs=123.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhccccc------ccccccccccchhhhHhhhhHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHh-h
Q 009442 298 LIGTMSTWFLLDIAFYSQNLTQKDIFPA------MGLVHKAPQVNALREVFETSRAMFVVALLGTFPGYWFTVFLIEK-I 370 (534)
Q Consensus 298 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~ 370 (534)
.+...+..+.....++....+.+.++.+ .+.+..+.+. ......++..++.++.|+++|| +
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~ 82 (491)
T 4aps_A 15 LSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAAS------------IMAIYASMVYLSGTIGGFVADRII 82 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 4445555556666666666666666554 4554443322 6777888889999999999999 8
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhHHHHHHHHHHHHHhhcCCcceeeecccccCChhh--hhhhhhHHHHHH
Q 009442 371 GRFIIQLVGFFMMSLFMLIIGIKYDYLKNDNKWLFATLYGLTFFFANFGPNSTTFVLPAELFPTRV--RSTCHALSAAAG 448 (534)
Q Consensus 371 gr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~p~~~--r~~~~g~~~~~~ 448 (534)
|||+++..+.++..++.+++... ++.+...+ ..+..+.+.....+...+++.|.+|++. |+.+.++.+...
T Consensus 83 g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~-~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~ 155 (491)
T 4aps_A 83 GARPAVFWGGVLIMLGHIVLALP------FGASALFG-SIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGI 155 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC------CSTTHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh------hhHHHHHH-HHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHH
Confidence 99999999999888888777653 12222222 2223333333345667788899999988 778888899999
Q ss_pred HhhhhHhhhhhhhhcccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 009442 449 KAGAMIGAFVVQSYTLDEDSKKIQHAVLVLAFTNMLGFCCTFLV 492 (534)
Q Consensus 449 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 492 (534)
.+|..++|.+.+.+.+ ..+|+..|.+.++..+++.+..++.
T Consensus 156 ~~g~~~~~~~~~~l~~---~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 156 NLGAFIAPLIVGAAQE---AAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHH---HSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHh---hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 9999999999999876 4589999998887777776665544
No 12
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.28 E-value=6e-11 Score=118.93 Aligned_cols=180 Identities=18% Similarity=0.130 Sum_probs=119.0
Q ss_pred HHhhhhHHHHHHHHhhhhhhcccCCCCCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhccchhHHHHHHHHHHHH
Q 009442 33 FTDAYDLFCISTVSKLLGRLYYYDPANPKHNPGKLPTPINNFVIGVALVGTLTGQLFFGWLGDKLGRKKVYGITLILMVI 112 (534)
Q Consensus 33 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~lg~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i 112 (534)
+........+....+.+.+.. +.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....+
T Consensus 287 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~ 354 (491)
T 4gc0_A 287 FQQFVGINVVLYYAPEVFKTL------------GASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAI 354 (491)
T ss_dssp HHHHTCHHHHHHHHHHHHHHS------------SCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhhhhHHHhcchHHHHhc------------CCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHH
Confidence 333333344445556666655 66666777777788888999999999999999999999999888888
Q ss_pred HHHHHHhccCCCccchHHHHHHHHHHHHHhccccccchhhhhhhccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009442 113 CAICSGLSFGSSARSVIGTLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQGVGIIFAGLVSMILSKIF 192 (534)
Q Consensus 113 ~~~~~~~~~~~~~~~s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~rg~~~~~~~~~~~lG~~i~~~~~~~l~~~~ 192 (534)
+.+..+.............+...-+..+++.+ ..++...+.+|.+|.+.|+++.++......+|..+++.+...+....
T Consensus 355 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~ 433 (491)
T 4gc0_A 355 GMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMS-WGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNS 433 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTT-TTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhH-HHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77766544221111112222222233333333 34677889999999999999999999988899888887766554221
Q ss_pred hhcCCCCCCCcccccccCCCCCcchHHHHHHhhHHHHHH-HHHHhcccCCc
Q 009442 193 LQLFPAPAFEDDEIFSTQPEGDYLWRIVLMLGALPALTT-YYWRMKMPETG 242 (534)
Q Consensus 193 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~~~~~~i~~~~~-~~~~~~~~esp 242 (534)
.. ....++...|++.++.+++. ++.++++|||.
T Consensus 434 ~~-----------------~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 434 WL-----------------VAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HH-----------------HHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HH-----------------HhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 10 01234556777766665554 44556899983
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.25 E-value=4.7e-12 Score=122.20 Aligned_cols=171 Identities=13% Similarity=0.011 Sum_probs=122.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhcccccccccccccccchhhhHhhhhHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHH
Q 009442 304 TWFLLDIAFYSQNLTQKDIFPAMGLVHKAPQVNALREVFETSRAMFVVALLGTFPGYWFTVFLIEKIGRFIIQLVGFFMM 383 (534)
Q Consensus 304 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~gr~~~~~~~~~~~ 383 (534)
..+.............+.+.++.|.++.+.+. ......++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.
T Consensus 8 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~------------~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~ 75 (375)
T 2gfp_A 8 LVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQS------------VMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIF 75 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHH
Confidence 33344444444445556666666766554333 677777888899999999999999999999999988
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhcccchhHHHHHHHHHHHHHhhcCCcceeeecccccCChhhhhhhhhHHHHHHHhhhhHhhhhhhhhc
Q 009442 384 SLFMLIIGIKYDYLKNDNKWLFATLYGLTFFFANFGPNSTTFVLPAELFPTRVRSTCHALSAAAGKAGAMIGAFVVQSYT 463 (534)
Q Consensus 384 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~p~~~r~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~ 463 (534)
.++.+..... ++.....+..+..+.+.....+...++..|.+|+++|++++++.+....+|..++|.+.+.+.
T Consensus 76 ~~~~~~~~~~-------~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~ 148 (375)
T 2gfp_A 76 MLATLVAVTT-------SSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLD 148 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHHHHHHh-------ccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH
Confidence 8888777664 222333333333333333345667788899999999999999999999999999999999888
Q ss_pred ccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hhccCC
Q 009442 464 LDEDSKKIQHAVLVLAFTNMLGFCCTF-LVTETK 496 (534)
Q Consensus 464 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~ 496 (534)
+ ..+|+..+.+.+++.++..+... ++||++
T Consensus 149 ~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 179 (375)
T 2gfp_A 149 T---MWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETR 179 (375)
T ss_dssp C---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCS
T ss_pred H---hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccC
Confidence 6 45788888888777776665333 456654
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.18 E-value=1.2e-10 Score=117.88 Aligned_cols=171 Identities=9% Similarity=-0.001 Sum_probs=120.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccc-ccc------ccccccccchhhhHhhhhHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHhh-hh
Q 009442 301 TMSTWFLLDIAFYSQNLTQKDIFP-AMG------LVHKAPQVNALREVFETSRAMFVVALLGTFPGYWFTVFLIEKI-GR 372 (534)
Q Consensus 301 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-gr 372 (534)
..+..+.....++....+.+.++. +.+ +++.+.+. ......++.+++.+++|+++||+ ||
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~------------~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~ 84 (524)
T 2xut_A 17 IIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKD------------VFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGK 84 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHH------------HHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 344444555556555555555543 345 55544333 66777788889999999999999 99
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhHHHHHHHHHHHHHhhcCCcceeeecccccCChhhhhhhhhH---HHHHHH
Q 009442 373 FIIQLVGFFMMSLFMLIIGIKYDYLKNDNKWLFATLYGLTFFFANFGPNSTTFVLPAELFPTRVRSTCHAL---SAAAGK 449 (534)
Q Consensus 373 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~p~~~r~~~~g~---~~~~~~ 449 (534)
|+.+..+.++..++.+++.... .+...+.+..+..+++.....+...+++.|.+|++.|+++.+. .+....
T Consensus 85 r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~ 158 (524)
T 2xut_A 85 YNTILWLSLIYCVGHAFLAIFE------HSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTIN 158 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS------SCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc------ccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999888888877776642 0223333333344444445567778899999999999876666 888889
Q ss_pred hhhhHhhhhhhhhcccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 009442 450 AGAMIGAFVVQSYTLDEDSKKIQHAVLVLAFTNMLGFCCTFLV 492 (534)
Q Consensus 450 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 492 (534)
+|..++|.+.+.+.+ ..+|+..|.+.+++.+++.+..++.
T Consensus 159 ~g~~~g~~~~~~l~~---~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (524)
T 2xut_A 159 FGSFFASLSMPLLLK---NFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLG 198 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHTSTHHHH---TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhc---cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999999999998876 4488989988888777766655443
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=50.69 E-value=5.3 Score=19.35 Aligned_cols=14 Identities=50% Similarity=0.821 Sum_probs=11.1
Q ss_pred hHhhhhhccchhHH
Q 009442 89 FFGWLGDKLGRKKV 102 (534)
Q Consensus 89 ~~g~l~dr~Grr~~ 102 (534)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 36788899999864
No 16
>3arc_T Photosystem II reaction center protein T; PSII, membrane-protein complex, transmembrane alpha-helix, E transport, photosynthesis; HET: OEX CLA PHO BCR PL9 SQD LMG UNL LMT HTG DGD LHG HEM; 1.90A {Thermosynechococcus vulcanus} PDB: 1s5l_T* 2axt_T* 3bz1_T* 3bz2_T* 3kzi_T* 3prq_T* 3prr_T* 3a0b_T* 3a0h_T*
Probab=22.92 E-value=1e+02 Score=16.71 Aligned_cols=12 Identities=17% Similarity=0.393 Sum_probs=8.0
Q ss_pred HHHhcccCCccc
Q 009442 233 YWRMKMPETGRY 244 (534)
Q Consensus 233 ~~~~~~~esp~~ 244 (534)
....+++|+|+.
T Consensus 18 FFAI~FRePPri 29 (32)
T 3arc_T 18 FFAIFFREPPRI 29 (32)
T ss_dssp HHHHHTSCCCCC
T ss_pred HHhhhhcCCCCC
Confidence 334468899875
Done!