Query 009757
Match_columns 526
No_of_seqs 605 out of 2728
Neff 10.8
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 12:19:21 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/009757.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/009757hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 4.6E-42 1.6E-46 344.0 35.9 401 93-510 22-435 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 8E-40 2.7E-44 326.5 36.6 372 96-501 23-425 (438)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 9.1E-37 3.1E-41 297.8 18.2 358 102-495 3-363 (375)
4 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 4.9E-34 1.7E-38 288.9 30.8 413 95-520 8-475 (491)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.3E-33 4.6E-38 285.7 33.6 373 129-510 49-473 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 1.2E-31 4.1E-36 265.0 24.2 369 111-508 19-399 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 7.2E-29 2.5E-33 253.1 24.2 165 109-275 22-198 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 4.2E-15 1.4E-19 148.1 17.0 172 104-275 257-433 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 1.6E-13 5.6E-18 135.0 15.5 146 132-279 257-403 (417)
10 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 1.6E-12 5.6E-17 130.8 22.3 175 324-508 13-196 (491)
11 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 4.8E-13 1.7E-17 132.6 18.0 151 115-270 274-427 (438)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 5.4E-12 1.8E-16 128.2 17.5 175 323-507 11-197 (524)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 4.9E-12 1.7E-16 122.6 11.7 165 328-503 4-169 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 1.4E-10 4.8E-15 116.6 19.9 177 104-281 282-468 (491)
15 3mkt_A Multi antimicrobial ext 87.5 21 0.00071 34.3 32.1 36 201-236 136-171 (460)
16 2g9p_A Antimicrobial peptide l 57.5 6.8 0.00023 19.2 1.7 14 153-166 2-15 (26)
17 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 48.6 2E+02 0.0068 28.0 17.1 53 218-270 20-74 (501)
18 2l2t_A Receptor tyrosine-prote 24.4 81 0.0028 18.8 3.0 7 505-511 31-37 (44)
19 4dve_A Biotin transporter BIOY 20.5 1.6E+02 0.0054 24.5 5.3 24 141-164 100-123 (198)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=4.6e-42 Score=344.00 Aligned_cols=401 Identities=17% Similarity=0.204 Sum_probs=316.7
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcchhhhhhhcCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhHhcChHHHHHHHH
Q 009757 93 ITSERVKVVSMLALALALCNADRVVMSVAIVPLSLAHGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVA 172 (526)
Q Consensus 93 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~ 172 (526)
.++.+++.+..+++..+...++...+.+.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.+
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~ 100 (451)
T 1pw4_A 22 YRRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLI 100 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHH
Confidence 3455677888888999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhhhh----ccccchHHHHHHHHHhhhhccchhhhhHHHHhhhcCcchhhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHH
Q 009757 173 LWSLATFLTPW----AADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPIL 248 (526)
Q Consensus 173 ~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~l~~~r~l~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l 248 (526)
+.+++.+++++ + ++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+.++|.+++|.+++++
T Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 178 (451)
T 1pw4_A 101 LAAAVMLFMGFVPWAT--SSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLG 178 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHCHHHH--SSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhhcc--ccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999 8 89999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HhhcC-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCCCCCCCChhHHHHHHHhcccccccCCCCCCCCCCch--HHHHHcCch
Q 009757 249 MSQAG-IFGPFVIFGLSGFLWVLVWLSATSSTPDRHPQISKYELEYILREKQKPLLMGNKHKPATVIPP--FRRLLSKMP 325 (526)
Q Consensus 249 ~~~~g-w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~ 325 (526)
.+..| ||+.|++.+++.++..++.++..||+|++....++++.+...... .+++++++....+ .++.+++|.
T Consensus 179 ~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 253 (451)
T 1pw4_A 179 MAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDD-----YNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKL 253 (451)
T ss_dssp HHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC------------------CCTHHHHHHTSSCHH
T ss_pred HHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhccccccc-----chhhhhcccccccchHHHHHcCHH
Confidence 89898 999999999988887777777777766543322111100000000 0001111111222 467888999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHhcCCcchhhhHhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HhhcCccchhHHHHHH
Q 009757 326 TWSIIVANAMHSWGFFVILSWMPIYFNFVYHIDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDML--IQRGTSVTLTRKILQS 403 (526)
Q Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~--~~~~~~~~~~~~~~~~ 403 (526)
++...+..++.......+..++|.|+++.+|++..+++++.+...++.+++.++.+++.||+ ++| +....
T Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~--------~~~~~ 325 (451)
T 1pw4_A 254 LWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNR--------GATGV 325 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCH--------HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc--------hhHHH
Confidence 99999999999999999999999999998899999999999999999999999999999998 776 12222
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhccC--chhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcc-cchhhHHHHHHHHHhH-HHHHHHHHHhh
Q 009757 404 IGFIAPGIALIGLTAA--KSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAP-QYSGVLHGISNTAGTF-AAILGTVGAGF 479 (526)
Q Consensus 404 ~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~g~~~~~~~l-g~~~~~~~~g~ 479 (526)
...+...+.++.+... .+.+......++.+...+...+....+..+..| ++||++.|+.+.+.++ |..++|.+.|+
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~ 405 (451)
T 1pw4_A 326 FFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGY 405 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2222222333333333 233333333333333333444555666777776 6899999999999999 99999999999
Q ss_pred hccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 009757 480 FVELVGSFQGFLLLTSLLYFLSALFYIIFST 510 (526)
Q Consensus 480 l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 510 (526)
+.|..| +...|++.+++.+++.++.+...+
T Consensus 406 l~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 435 (451)
T 1pw4_A 406 TVDFFG-WDGGFMVMIGGSILAVILLIVVMI 435 (451)
T ss_dssp HHHSSC-SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhcC-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999988 888888888888777776666543
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=8e-40 Score=326.47 Aligned_cols=372 Identities=15% Similarity=0.093 Sum_probs=300.1
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcchhhhhhhcCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhHhcChHHHHHHHHHHH
Q 009757 96 ERVKVVSMLALALALCNADRVVMSVAIVPLSLAHGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVALWS 175 (526)
Q Consensus 96 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~ 175 (526)
+++..+..+++..+..+++.....+.+|.+.+++|.+..+.|++.+++.++..++.+++|+++||+|||++++++.++.+
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 45566777778888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhhh---hhccccchHHHHHHHHHhhhhccchhhhhHHHHhhhcCcchhhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHH-hh
Q 009757 176 LATFLT---PWAADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILM-SQ 251 (526)
Q Consensus 176 ~~~~~~---~~~~~~~~~~l~~~r~l~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~-~~ 251 (526)
++.+++ +++ ++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.++++.+++.+. +.
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~--~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 180 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWPAAEI--MNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSN 180 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHT--TCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHhcccc--ccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 999998 787 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998 55
Q ss_pred cC-------------------------chhHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-ccCCCCCCCCCChhHHHHHHHhcccccccC
Q 009757 252 AG-------------------------IFGPFVIFGLSGFLWVLVWLSA-TSSTPDRHPQISKYELEYILREKQKPLLMG 305 (526)
Q Consensus 252 ~g-------------------------w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 305 (526)
.+ ||+.|++.+++.++..++.++. .||.+++. +
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~---------------------~ 239 (438)
T 3o7q_A 181 VPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDN---------------------H 239 (438)
T ss_dssp SCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTC---------------------C
T ss_pred cccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccc---------------------c
Confidence 54 9999988887766665554443 22222111 0
Q ss_pred CCCCCCCCCchHHHHHcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHH-HHHHhcCCcchhhhHhhHhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009757 306 NKHKPATVIPPFRRLLSKMPTWSIIVANAMHSWGFFVILSWMPIY-FNFVYHIDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLS 384 (526)
Q Consensus 306 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~ 384 (526)
+++++.....++++++++|.++...+..++.......+..++|.| +++.+|++..+++.+.+...++..+++++.+++.
T Consensus 240 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~ 319 (438)
T 3o7q_A 240 SDAKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLI 319 (438)
T ss_dssp CCSSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 111222334567889999999999999999888899999999999 8887799999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhhcCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcccchhhHHHHHHH
Q 009757 385 DMLIQRGTSVTLTRKILQSIGFIAPGIALIGLTAAKSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAPQYSGVLHGISNT 464 (526)
Q Consensus 385 dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 464 (526)
||+++| .....+.++..+.++.....+..+..+...+++.+ .+...+....+..+..|++++++.++..
T Consensus 320 ~r~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 388 (438)
T 3o7q_A 320 SRFAPH---------KVLAAYALIAMALCLISAFAGGHVGLIALTLCSAF-MSIQYPTIFSLGIKNLGQDTKYGSSFIV- 388 (438)
T ss_dssp HHSCHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHSSCGGGHHHHHHHHH-
T ss_pred HHhcch---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhHHH-
Confidence 999988 23333444444444444445555544444444433 3444556666666666666888888877
Q ss_pred HHhHHHHHHHHHHhhhccccchhHHHHHHHHHHHHHH
Q 009757 465 AGTFAAILGTVGAGFFVELVGSFQGFLLLTSLLYFLS 501 (526)
Q Consensus 465 ~~~lg~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 501 (526)
...+++.++|.+.|++.|..|++...|.+.+++.++.
T Consensus 389 ~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 425 (438)
T 3o7q_A 389 MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVI 425 (438)
T ss_dssp HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7789999999999999999876777777665554443
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=9.1e-37 Score=297.82 Aligned_cols=358 Identities=13% Similarity=0.081 Sum_probs=289.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhhcchhhhhhhcCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhHhcChHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 009757 102 SMLALALALCNADRVVMSVAIVPLSLAHGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVALWSLATFLT 181 (526)
Q Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~ 181 (526)
..+++..+...+....+.+.+|.+.+++|.++.+.+++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.++.++.+++.++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45667777888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhccccchHHHHHHHHHhhhhccchhhhhHHHHhhhcCcchhhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhcCchhHHHHH
Q 009757 182 PWAADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQAGIFGPFVIF 261 (526)
Q Consensus 182 ~~~~~~~~~~l~~~r~l~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~~~~gw~~~f~~~ 261 (526)
+++ ++++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|..++|.+++++.+..+||+.|++.
T Consensus 83 ~~~--~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 160 (375)
T 2gfp_A 83 VTT--SSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFL 160 (375)
T ss_dssp HHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHh--ccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHH
Confidence 999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999888999999998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhccCCCCCCCCCChhHHHHHHHhcccccccCCCCCCCCCCchHHHHHcCchHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009757 262 GLSGFLWVLVWLSATSSTPDRHPQISKYELEYILREKQKPLLMGNKHKPATVIPPFRRLLSKMPTWSIIVANAMHSWGFF 341 (526)
Q Consensus 262 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 341 (526)
++..++..+...+..||+++++++ +++..+++++.+|+|.++...+..++......
T Consensus 161 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 216 (375)
T 2gfp_A 161 LVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAP------------------------RTRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIA 216 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCC------------------------CCCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcc------------------------cccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888777666555555554432210 11123345678889999999999999889999
Q ss_pred HHHHhHHHHHHHHhcCCcchhhhHhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCccchhHHHHHHHHH-HHHHHHHHhhcc--
Q 009757 342 VILSWMPIYFNFVYHIDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDMLIQRGTSVTLTRKILQSIGF-IAPGIALIGLTA-- 418 (526)
Q Consensus 342 ~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~-- 418 (526)
.+..+.|.|+++.+|.+..+.+.+.+...++..++.++.+++.||.+++ ....... ...+...+....
T Consensus 217 ~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 287 (375)
T 2gfp_A 217 AFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL---------MWQSVICCLLAGLLMWIPDWFG 287 (375)
T ss_dssp HHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH---------HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Confidence 9999999999998899999999999999999999999999999998864 1221111 111111111111
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcccchhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHhhhccccchhHHHHHHHH
Q 009757 419 AKSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAPQYSGVLHGISNTAGTFAAILGTVGAGFFVELVGSFQGFLLLTS 495 (526)
Q Consensus 419 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~lg~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~ 495 (526)
.++.+......++.....+...+.......+..|++||++.|+.+...++|..++|.+.|.+.+..+ +...+.+.+
T Consensus 288 ~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~-~~~~~~~~~ 363 (375)
T 2gfp_A 288 VMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFPFLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQ-GSLGLLMTL 363 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHH-HHHHHHHHH
T ss_pred cccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCCcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc-ccHHHHHHH
Confidence 1233333333333333344555666777777778999999999999999999999999999987654 666665543
No 4
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=4.9e-34 Score=288.92 Aligned_cols=413 Identities=15% Similarity=0.110 Sum_probs=277.0
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcchhhhhhhcCC--------ccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhHhcChHH
Q 009757 95 SERVKVVSMLALALALCNADRVVMSVAIVPLSLAHGW--------SRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKII 166 (526)
Q Consensus 95 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~--------s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~ 166 (526)
++.+.+.++.+++.++.++|...++..+|.+.++++. +..+.|++.+++.+|..++++++|+++||+|||++
T Consensus 8 ~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~ 87 (491)
T 4gc0_A 8 SYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDS 87 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHH
T ss_pred HHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHH
Confidence 4455666667788888999999999999999887743 34567899999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhh------------------ccccchHHHHHHHHHhhhhccchhhhhHHHHhhhcCcchhhHHHH
Q 009757 167 MAWGVALWSLATFLTPW------------------AADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVA 228 (526)
Q Consensus 167 l~~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~~l~~~r~l~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~ 228 (526)
++++.+++.++.+++++ + +++++++++|+++|+|.|+..+....+++|+.|+++|++..+
T Consensus 88 l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a--~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~ 165 (491)
T 4gc0_A 88 LKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLA--GYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVS 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGG--GCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHh--hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHH
Confidence 99999999999998884 5 899999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhh--------cCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCCCCCC-CChhHHHHHHHhcc
Q 009757 229 IAMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQ--------AGIFGPFVIFGLSGFLWVLVWLSATSSTPDRHPQ-ISKYELEYILREKQ 299 (526)
Q Consensus 229 ~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~~~--------~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~ 299 (526)
+.+.+..+|.++++.++..+... .+||..+.+..+..++.. +..+..||+|+.... .++++..+..++..
T Consensus 166 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~ 244 (491)
T 4gc0_A 166 FNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFL-MLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIM 244 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHH-HHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhh-hhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhc
Confidence 99999999999999988877643 236666666665555443 445566777753211 11111111111100
Q ss_pred cc-------cccCCCCCCCCCCchHHHHHcCchHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhHHHHHHHHhcCCcchhhhHhhHhHH
Q 009757 300 KP-------LLMGNKHKPATVIPPFRRLLSKMPTWSIIVANA-MHSWGFFVILSWMPIYFNFVYHIDLRQASWFSAVPWS 371 (526)
Q Consensus 300 ~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~ 371 (526)
.. .+..+...+..........++.++......... ....+.+.+..+.+.+.++ .+.+...........++
T Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~ 323 (491)
T 4gc0_A 245 GNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT-LGASTDIALLQTIIVGV 323 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH-SSCCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh-cCCCccchhhHHHHHHH
Confidence 00 000000000000011112333444444333333 3334455566666666665 67777777777788888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh----hccCchhHHHHHHHHH-HHHHHhhhhhhHHHH
Q 009757 372 VMAFTGYLGGLLSDMLIQRGTSVTLTRKILQSIGFIAPGIALIG----LTAAKSPVMASAWLTL-AIGMKSFSHSGFLVN 446 (526)
Q Consensus 372 ~~~i~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~ 446 (526)
...++.++.+++.||+|||+ ....+.....+.++. .......+..+..+++ ..++.....+..+.+
T Consensus 324 ~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~---------~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 394 (491)
T 4gc0_A 324 INLTFTVLAIMTVDKFGRKP---------LQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVL 394 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCSHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcCcc---------hhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999992 222222222222211 1122222222223322 333333344566788
Q ss_pred HHhhcc-cchhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHhhhccccc-----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhcCceeccccc
Q 009757 447 LQEIAP-QYSGVLHGISNTAGTFAAILGTVGAGFFVELVG-----SFQGFLLLTSLLYFLSALFY-IIFSTGERVNFDEA 519 (526)
Q Consensus 447 ~~~~~~-~~~g~~~g~~~~~~~lg~~~~~~~~g~l~~~~g-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~ 519 (526)
..|++| +.|+++.|+.+.++++++++++.+.+.+.+..+ .....|++.+++.+++.+.. ++++++|.++.+|.
T Consensus 395 ~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tLeei 474 (491)
T 4gc0_A 395 LSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKTLEEL 474 (491)
T ss_dssp HHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCHHHH
T ss_pred HHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCCHHHH
Confidence 899998 699999999999999999999999887765421 13345566666666555544 55667777666554
Q ss_pred c
Q 009757 520 G 520 (526)
Q Consensus 520 ~ 520 (526)
+
T Consensus 475 ~ 475 (491)
T 4gc0_A 475 E 475 (491)
T ss_dssp G
T ss_pred H
Confidence 4
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.3e-33 Score=285.69 Aligned_cols=373 Identities=14% Similarity=0.135 Sum_probs=260.4
Q ss_pred cCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhH-hcChHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccccchHHHHHHHHHhhhhccchh
Q 009757 129 HGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDY-YGGKIIMAWGVALWSLATFLTPWAADTSLLALLAMRAVVGLAEGVAL 207 (526)
Q Consensus 129 ~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr-~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~Gig~g~~~ 207 (526)
+|.+..+.|++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++.++.++.+++.++++++ ++++.++++|+++|++.+...
T Consensus 49 ~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~ 126 (491)
T 4aps_A 49 LHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALP--FGASALFGSIILIIIGTGFLK 126 (491)
T ss_dssp CCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC--CSTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--hhHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 99999999999999999999999999999999 899999999999999999999998 999999999999999999999
Q ss_pred hhhHHHHhhhcCcch--hhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCCCC--
Q 009757 208 PAMNNMVARWFPQTE--RARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQAGIFGPFVIFGLSGFLWVLVWLSATSSTPDRH-- 283 (526)
Q Consensus 208 ~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-- 283 (526)
+...+++.|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|.+++.+.+..|||+.|++.++..++..++.++..++..++.
T Consensus 127 ~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 206 (491)
T 4aps_A 127 PNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYL 206 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCS
T ss_pred chHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCccccccccc
Confidence 999999999999988 7788888999999999999999999999999999999988777666655554433322111
Q ss_pred ---CCCChhHHHHHHHh-----------------cccccccCCC-----------------CCCCCCCchHHHHHcCchH
Q 009757 284 ---PQISKYELEYILRE-----------------KQKPLLMGNK-----------------HKPATVIPPFRRLLSKMPT 326 (526)
Q Consensus 284 ---~~~~~~~~~~~~~~-----------------~~~~~~~~~~-----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 326 (526)
...++++.++..+. .... ..++. ...+.......+..+....
T Consensus 207 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 285 (491)
T 4aps_A 207 RPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWN-SLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSY 285 (491)
T ss_dssp CCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSC-CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTH
T ss_pred CCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCc-ccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHH
Confidence 11112222211111 0000 00000 0000000000111122334
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHhcCCcchhhhHhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCccchhHHHHHHHHH
Q 009757 327 WSIIVANAMHSWGFFVILSWMPIYFNFVYHIDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDMLIQRGTSVTLTRKILQSIGF 406 (526)
Q Consensus 327 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 406 (526)
+...+..++....+.....++|.|.++..+.+....+.+.....++..++.++.+++.||++||+... ...+..+.
T Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~----~~~~~~~~ 361 (491)
T 4aps_A 286 IPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSS----PTKFAVGL 361 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---C----HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCc----hHHHHHHH
Confidence 45555556666666667788899999877888788899999999999999999999999999884321 12222333
Q ss_pred HHHHHHHHhhcc---------CchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcc-cchhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHH
Q 009757 407 IAPGIALIGLTA---------AKSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAP-QYSGVLHGISNTAGTFAAILGTVG 476 (526)
Q Consensus 407 ~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~g~~~~~~~lg~~~~~~~ 476 (526)
...++.++.+.. ..+.+......++.....+...+....+..+..| +.||++.|+.+....+|..+++.+
T Consensus 362 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~ 441 (491)
T 4aps_A 362 MFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQL 441 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 444443333322 1133333333333333334444555667777777 689999999999999999999999
Q ss_pred HhhhccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 009757 477 AGFFVELVGSFQGFLLLTSLLYFLSALFYIIFST 510 (526)
Q Consensus 477 ~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 510 (526)
.+.+.+. + +...|...+++.+++.++.+...+
T Consensus 442 ~~~~~~~-~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 473 (491)
T 4aps_A 442 VTLYNAK-S-EVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSK 473 (491)
T ss_dssp GGGGGGS-S-TTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC--
T ss_pred HHHHhcc-c-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9988876 3 566677766666666655554433
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=100.00 E-value=1.2e-31 Score=264.95 Aligned_cols=369 Identities=15% Similarity=0.089 Sum_probs=244.9
Q ss_pred Hhhhhhhhhcchhhh-hhhcCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhHhcChHHHHHHHHHHHHHH---hhhhhccc
Q 009757 111 CNADRVVMSVAIVPL-SLAHGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVALWSLAT---FLTPWAAD 186 (526)
Q Consensus 111 ~~~~~~~~~~~~~~l-~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~ 186 (526)
.........+.+|.+ .+++|.++.+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++++..+.+++. ....+.
T Consensus 19 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-- 96 (417)
T 2cfq_A 19 YFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFG-- 96 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHH--
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--
Confidence 333344555666664 55689999999999999999999999999999999999999998888765532 111222
Q ss_pred cch-HHHHHHHHHhhhhccchhhhhHHHHhhhcCc--chhhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhcCchhHHHHHHH
Q 009757 187 TSL-LALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQ--TERARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQAGIFGPFVIFGL 263 (526)
Q Consensus 187 ~~~-~~l~~~r~l~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~~~~gw~~~f~~~~~ 263 (526)
+.. ..++..+++.|++.+...+.....+.++.++ ++++...+.......+|..++|.+++++.+ .+||..|++.++
T Consensus 97 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f~~~~~ 175 (417)
T 2cfq_A 97 PLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVFWLGSG 175 (417)
T ss_dssp HHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHHTTTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHHHHHHH
Confidence 211 1234556666766665555555555555543 456777888888899999999999999887 589999988776
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhccCCCCCCCCCChhHHHHHHHhcccccccCCCCCCCCCCchHHHHHcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009757 264 SGFLWVLVWLSATSSTPDRHPQISKYELEYILREKQKPLLMGNKHKPATVIPPFRRLLSKMPTWSIIVANAMHSWGFFVI 343 (526)
Q Consensus 264 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 343 (526)
..++..+..++..||+++..+. +++ +++++++....++++++++|+++...+..+.....+..+
T Consensus 176 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 239 (417)
T 2cfq_A 176 CALILAVLLFFAKTDAPSSATV-ANA---------------VGANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVF 239 (417)
T ss_dssp TTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCS-SSS---------------SSSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHcCccccccccc-ccc---------------cccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6544444333333333211100 000 001111122345667889999887776666655566666
Q ss_pred HHhHHHHHHHHhc---CCcchhhhHhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCc
Q 009757 344 LSWMPIYFNFVYH---IDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDMLIQRGTSVTLTRKILQSIGFIAPGIALIGLTAAK 420 (526)
Q Consensus 344 ~~~~~~~~~~~~g---~s~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 420 (526)
..++|.|+.+.++ .+....++..++..++..++.++.+++.||+++| ..+..+..+.++.++.+...+
T Consensus 240 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~---------~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (417)
T 2cfq_A 240 DQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGK---------NALLLAGTIMSVRIIGSSFAT 310 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 6778888877544 2234457777777788889999999999999988 223334444444444444444
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcc-cchhhHHHHH-HHHHhHHHHHHHHHHhhhccccchhHHHHHHHHHHH
Q 009757 421 SPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAP-QYSGVLHGIS-NTAGTFAAILGTVGAGFFVELVGSFQGFLLLTSLLY 498 (526)
Q Consensus 421 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~g~~-~~~~~lg~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 498 (526)
+.+..+...++.........+....+..+..| +.||++.|+. +....+|+.++|.+.|++.+..| +...|.+.+++.
T Consensus 311 ~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~ 389 (417)
T 2cfq_A 311 SALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIG-FQGAYLVLGLVA 389 (417)
T ss_dssp SHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSH-HHHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcC-cHHHHHHHHHHH
Confidence 44433333222222223333444567777777 6899999994 78888999999999999999877 888888888877
Q ss_pred HHHHHHHHHH
Q 009757 499 FLSALFYIIF 508 (526)
Q Consensus 499 ~~~~~~~~~~ 508 (526)
+++.++.+..
T Consensus 390 l~~~~~~~~~ 399 (417)
T 2cfq_A 390 LGFTLISVFT 399 (417)
T ss_dssp HHHHHHHTTS
T ss_pred HHHHHHHHhh
Confidence 7776655443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=7.2e-29 Score=253.07 Aligned_cols=165 Identities=18% Similarity=0.184 Sum_probs=142.6
Q ss_pred HHHhhhhhhhhcch-hhhhhhcC------CccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhHh-cChHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 009757 109 ALCNADRVVMSVAI-VPLSLAHG------WSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYY-GGKIIMAWGVALWSLATFL 180 (526)
Q Consensus 109 ~~~~~~~~~~~~~~-~~l~~~~~------~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~-Grr~~l~~~~~~~~~~~~~ 180 (526)
++..+......+.+ +.+.+++| .+..+.|++.+++.++..++.+++|+++||+ |||+++.++.++.+++.++
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~ 101 (524)
T 2xut_A 22 ACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAF 101 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333333333344 44667789 9999999999999999999999999999999 9999999999999999999
Q ss_pred hhhcccc-chHHHHHHHHHhhhhccchhhhhHHHHhhhcCcchhhHHHHH---HHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhcCchh
Q 009757 181 TPWAADT-SLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAI---AMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQAGIFG 256 (526)
Q Consensus 181 ~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~~~~gw~~ 256 (526)
++++ + +++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. ...+.++|..++|.+++.+.+..|||+
T Consensus 102 ~~~~--~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~ 179 (524)
T 2xut_A 102 LAIF--EHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAV 179 (524)
T ss_dssp HHHT--SSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHH
T ss_pred HHHh--cccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHH
Confidence 9998 8 999999999999999999999999999999999999876666 899999999999999999998899999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 009757 257 PFVIFGLSGFLWVLVWLSA 275 (526)
Q Consensus 257 ~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 275 (526)
.|++.+++.++..+..++.
T Consensus 180 ~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (524)
T 2xut_A 180 AFGIPGVLMFVATVFFWLG 198 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 9999888876665554443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.63 E-value=4.2e-15 Score=148.10 Aligned_cols=172 Identities=11% Similarity=-0.018 Sum_probs=143.9
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhhcchhhhhhh-cCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhHh--cChHHHHHHHHHHH-HHHh
Q 009757 104 LALALALCNADRVVMSVAIVPLSLA-HGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYY--GGKIIMAWGVALWS-LATF 179 (526)
Q Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~-~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~--Grr~~l~~~~~~~~-~~~~ 179 (526)
..+..++.......+....|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+.++.++.. ++.+
T Consensus 257 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 336 (451)
T 1pw4_A 257 IAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATI 336 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3334444444444555666776666 899999999999999999999999999999999 99999888887776 6666
Q ss_pred hhhhccccchHHHHHHHHHhhhhccchhhhhHHHHhhhcCcchhhHHHHHHHhhhhh-HHHHHHHHHHHHHhhcCchhHH
Q 009757 180 LTPWAADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTS-GNAIGLVLSPILMSQAGIFGPF 258 (526)
Q Consensus 180 ~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-G~~ig~~l~~~l~~~~gw~~~f 258 (526)
+..+....+.+.+.+..++.|++.+...+....++.|.+|+++|++++++......+ |..++|.+.+.+.+..||+..|
T Consensus 337 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~ 416 (451)
T 1pw4_A 337 VYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGF 416 (451)
T ss_dssp HTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHH
T ss_pred HHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHH
Confidence 666653237788888889999998988898999999999999999999999999999 9999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 009757 259 VIFGLSGFLWVLVWLSA 275 (526)
Q Consensus 259 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 275 (526)
++.+++.++..++.++.
T Consensus 417 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 417 MVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99888877776665554
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.51 E-value=1.6e-13 Score=134.96 Aligned_cols=146 Identities=14% Similarity=0.097 Sum_probs=124.8
Q ss_pred ccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhHhcChHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccccchHHHHHHHHHhhhhccchhhhhH
Q 009757 132 SRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVALWSLATFLTPWAADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMN 211 (526)
Q Consensus 132 s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~Gig~g~~~~~~~ 211 (526)
+....+++.++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++. ++.+.+++..++.+++.+...+...
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 334 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA--TSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCF 334 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC--CSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34566888888888999999999999999999999999998888888777777 7888888888888888777777788
Q ss_pred HHHhhhcCcchhhHHHHH-HHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCC
Q 009757 212 NMVARWFPQTERARAVAI-AMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQAGIFGPFVIFGLSGFLWVLVWLSATSST 279 (526)
Q Consensus 212 ~~i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 279 (526)
.++.|.+|++.|+.+.++ ++....+|..++|.+++++.+..|++..|.+.+++.++..++.++..+++
T Consensus 335 ~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 403 (417)
T 2cfq_A 335 KYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGP 403 (417)
T ss_dssp HHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCS
T ss_pred HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCC
Confidence 999999999999999999 48888899999999999999988899999988888777766666555543
No 10
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.50 E-value=1.6e-12 Score=130.83 Aligned_cols=175 Identities=15% Similarity=0.159 Sum_probs=138.4
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHH-----hcCCcchhhhHhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhhcCccchh
Q 009757 324 MPTWSIIVANAMHSWGFFVILSWMPIYFNFV-----YHIDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDM-LIQRGTSVTLT 397 (526)
Q Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr-~~~~~~~~~~~ 397 (526)
+.++...+..++..+.++.+..+++.|+++. +|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++|| +|||
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r------- 85 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGAR------- 85 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHH-------
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccch-------
Confidence 3566777777888888889999999999998 89999999999999999999999999999999 8998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcc-cc--hhhHHHHHHHHHhHHHHHHH
Q 009757 398 RKILQSIGFIAPGIALIGLTAAKSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAP-QY--SGVLHGISNTAGTFAAILGT 474 (526)
Q Consensus 398 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~--~g~~~g~~~~~~~lg~~~~~ 474 (526)
..+..+.++..+..+.....++.+..++..++.+...+...+....+..+..| ++ |+.+.++.+....+|..++|
T Consensus 86 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 163 (491)
T 4aps_A 86 --PAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAP 163 (491)
T ss_dssp --HHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34455555555555555556666655555555444455556677777777776 56 78889989999999999999
Q ss_pred HHHhhhccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009757 475 VGAGFFVELVGSFQGFLLLTSLLYFLSALFYIIF 508 (526)
Q Consensus 475 ~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 508 (526)
.+.+.+.+..| |+..|++.++..+++.++....
T Consensus 164 ~~~~~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 164 LIVGAAQEAAG-YHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhh-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999999887 8999988877777666665544
No 11
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.50 E-value=4.8e-13 Score=132.59 Aligned_cols=151 Identities=11% Similarity=0.127 Sum_probs=125.7
Q ss_pred hhhhhcchhhh-hhh-cCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhHhcChHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccccchHHH
Q 009757 115 RVVMSVAIVPL-SLA-HGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVALWSLATFLTPWAADTSLLAL 192 (526)
Q Consensus 115 ~~~~~~~~~~l-~~~-~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l 192 (526)
........|.+ .++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+.+.++.++.+++.++..+. ++.+.+
T Consensus 274 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~ 351 (438)
T 3o7q_A 274 QTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFA--GGHVGL 351 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc--CCcHHH
Confidence 33444455555 554 59999999999999999999999999999999999999999999999998888887 666655
Q ss_pred HHHHHHhhhhccchhhhhHHHHhhhcCcchhhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhcC-chhHHHHHHHHHHHHHH
Q 009757 193 LAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQAG-IFGPFVIFGLSGFLWVL 270 (526)
Q Consensus 193 ~~~r~l~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~~~~g-w~~~f~~~~~~~~~~~~ 270 (526)
+.. ++.|++.+...+...++..|.+|++ ++.+.++.. ...+|..++|.+.+.+.+..| ++..|++.+++.++..+
T Consensus 352 ~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 427 (438)
T 3o7q_A 352 IAL-TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIFI 427 (438)
T ss_dssp HHH-HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 444 8889999999999999999999855 888888877 566999999999999999998 99999887665544433
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.40 E-value=5.4e-12 Score=128.18 Aligned_cols=175 Identities=11% Similarity=0.001 Sum_probs=131.4
Q ss_pred CchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHhc------CCcchhhhHhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhhcCccc
Q 009757 323 KMPTWSIIVANAMHSWGFFVILSWMPIYFNFVYH------IDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDML-IQRGTSVT 395 (526)
Q Consensus 323 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g------~s~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~-~~~~~~~~ 395 (526)
++.++.+.+..++..+.++.+..+++.|+++.+| ++..+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |||
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r----- 85 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKY----- 85 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSH-----
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch-----
Confidence 3456777788888888888999999999998889 9999999999999999999999999999999 988
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCc-hhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcc-cchhhHHHH---HHHHHhHHH
Q 009757 396 LTRKILQSIGFIAPGIALIGLTAAK-SPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAP-QYSGVLHGI---SNTAGTFAA 470 (526)
Q Consensus 396 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~g~---~~~~~~lg~ 470 (526)
..+..+.++..+..+.....+ +.+..++..++.+...+...+....+..+..| ++|+++.+. .+...++|.
T Consensus 86 ----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 161 (524)
T 2xut_A 86 ----NTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGS 161 (524)
T ss_dssp ----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 233344444444444444444 55555444444444445556666777777776 678766555 899999999
Q ss_pred HHHHHHHhhhccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009757 471 ILGTVGAGFFVELVGSFQGFLLLTSLLYFLSALFYII 507 (526)
Q Consensus 471 ~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 507 (526)
.++|.+.+.+.+..| ++..|.+.+++.+++.++.+.
T Consensus 162 ~~g~~~~~~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 162 FFASLSMPLLLKNFG-AAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHTSTHHHHTSC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHhcccc-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999998877 888888887776666555443
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.33 E-value=4.9e-12 Score=122.57 Aligned_cols=165 Identities=8% Similarity=-0.017 Sum_probs=122.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHhcCCcchhhhHhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCccchhHHHHHHHHHH
Q 009757 328 SIIVANAMHSWGFFVILSWMPIYFNFVYHIDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDMLIQRGTSVTLTRKILQSIGFI 407 (526)
Q Consensus 328 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 407 (526)
.+.+..++.......+...+|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+|||+.. ..+..
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~---------~~~~~ 73 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVI---------LVGMS 73 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCC---------HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhH---------HHHHH
Confidence 44555666666777777778877666 899999999999999999999999999999999998432 23333
Q ss_pred HHHHHHHhhccCchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcc-cchhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHhhhccccch
Q 009757 408 APGIALIGLTAAKSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAP-QYSGVLHGISNTAGTFAAILGTVGAGFFVELVGS 486 (526)
Q Consensus 408 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~g~~~~~~~lg~~~~~~~~g~l~~~~g~ 486 (526)
...+..+.....++.+......++.+...+...+....+..+..| ++|+++.++.+....+|..++|.+.+++.+..|
T Consensus 74 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~- 152 (375)
T 2gfp_A 74 IFMLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWN- 152 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHH-
T ss_pred HHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhcc-
Confidence 333333333334455555555444444445556666777777766 799999999999999999999999999998876
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009757 487 FQGFLLLTSLLYFLSAL 503 (526)
Q Consensus 487 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 503 (526)
++..+.+.+++.++..+
T Consensus 153 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 169 (375)
T 2gfp_A 153 WRACYLFLLVLCAGVTF 169 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88888877776655544
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.29 E-value=1.4e-10 Score=116.63 Aligned_cols=177 Identities=19% Similarity=0.092 Sum_probs=130.0
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhhcchhhhhhhcCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhHhcChHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Q 009757 104 LALALALCNADRVVMSVAIVPLSLAHGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVALWSLATFLTPW 183 (526)
Q Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 183 (526)
.....+........+....+.+.+..+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+.
T Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~ 361 (491)
T 4gc0_A 282 VMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGT 361 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333444444445555667788888888888888888888899999999999999999999999998888887766544
Q ss_pred cc---ccchHHHHH-HHHHhhhhccchhhhhHHHHhhhcCcchhhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHh------hcC
Q 009757 184 AA---DTSLLALLA-MRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILMS------QAG 253 (526)
Q Consensus 184 ~~---~~~~~~l~~-~r~l~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~~------~~g 253 (526)
.. .++...++. .-+..+++. ...+....+.+|.+|.+.|+.+.++......+|..+++.+.+.+.+ ..+
T Consensus 362 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~ 440 (491)
T 4gc0_A 362 AFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAM-SWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFH 440 (491)
T ss_dssp HHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHT-TTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHT
T ss_pred HHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHh-HHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Confidence 31 122222222 222223332 3356778899999999999999999999999999999887766533 456
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCC
Q 009757 254 IFGPFVIFGLSGFLWVLVWLSATSSTPD 281 (526)
Q Consensus 254 w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (526)
+...|++.++++++..+..+++.||+..
T Consensus 441 ~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 441 NGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp TCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 7788999999998888888888888754
No 15
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=87.51 E-value=21 Score=34.30 Aligned_cols=36 Identities=3% Similarity=-0.209 Sum_probs=18.2
Q ss_pred hhccchhhhhHHHHhhhcCcchhhHHHHHHHhhhhh
Q 009757 201 LAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTS 236 (526)
Q Consensus 201 ig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 236 (526)
+..+.............+..+++.+...+......+
T Consensus 136 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 171 (460)
T 3mkt_A 136 VIFAVPAYLLFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLL 171 (460)
T ss_dssp GGGHHHHHHHHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHH
Confidence 333333344445555666666666655555544443
No 16
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=57.50 E-value=6.8 Score=19.15 Aligned_cols=14 Identities=36% Similarity=0.546 Sum_probs=11.5
Q ss_pred hhhHHHhHhcChHH
Q 009757 153 AGGTLVDYYGGKII 166 (526)
Q Consensus 153 ~~G~l~dr~Grr~~ 166 (526)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46899999999864
No 17
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=48.59 E-value=2e+02 Score=27.97 Aligned_cols=53 Identities=13% Similarity=0.115 Sum_probs=27.9
Q ss_pred cCcchh-hHHHHHHHhhhhhHHHHHHH-HHHHHHhhcCchhHHHHHHHHHHHHHH
Q 009757 218 FPQTER-ARAVAIAMGGFTSGNAIGLV-LSPILMSQAGIFGPFVIFGLSGFLWVL 270 (526)
Q Consensus 218 ~~~~~r-~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~-l~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~ 270 (526)
.|+++| .....+.....+....++.. +++.+....+|...++...+..++..+
T Consensus 20 vp~~~R~~~~~~~~~~W~g~~~~i~~~~~Ga~~~~GLs~~~a~lai~lG~li~~~ 74 (501)
T 2jln_A 20 TRYAERSVGPFSLAAIWFAMAIQVAIFIAAGQMTSSFQVWQVIVAIAAGCTIAVI 74 (501)
T ss_dssp CCGGGCCBCHHHHHHHHHHHHCSTHHHHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhhCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcCHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 455666 45555555555555455544 444444455677766655544444433
No 18
>2l2t_A Receptor tyrosine-protein kinase ERBB-4; transmembrane dimer, membrane domain, membrane protei; NMR {Homo sapiens}
Probab=24.42 E-value=81 Score=18.80 Aligned_cols=7 Identities=0% Similarity=-0.055 Sum_probs=2.7
Q ss_pred HHHHhcC
Q 009757 505 YIIFSTG 511 (526)
Q Consensus 505 ~~~~~~~ 511 (526)
+++++++
T Consensus 31 ~~~~RRR 37 (44)
T 2l2t_A 31 AVYVRRK 37 (44)
T ss_dssp HHHHHTT
T ss_pred HHHhhhh
Confidence 3344333
No 19
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=20.45 E-value=1.6e+02 Score=24.47 Aligned_cols=24 Identities=13% Similarity=0.225 Sum_probs=17.9
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhHHHhHhcCh
Q 009757 141 SSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGK 164 (526)
Q Consensus 141 s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr 164 (526)
.-|.+++.++..+.|++.||..++
T Consensus 100 gGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 100 GGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 456777788888888888887543
Done!