Query 009828
Match_columns 524
No_of_seqs 449 out of 2024
Neff 10.7
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 13:54:09 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/009828.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/009828hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 2.4E-41 8.2E-46 339.8 36.8 403 33-497 23-435 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.7E-37 9.3E-42 309.1 32.9 369 34-487 22-424 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.2E-36 7.6E-41 307.1 21.9 435 34-513 8-479 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 3.4E-35 1.2E-39 287.6 14.5 356 41-481 3-362 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 4.6E-33 1.6E-37 282.7 26.0 374 98-495 49-471 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 3.3E-30 1.1E-34 255.5 17.1 349 98-493 38-397 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 1E-27 3.6E-32 245.2 17.7 366 110-493 54-500 (524)
8 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 6.2E-13 2.1E-17 134.3 18.0 178 307-493 14-194 (491)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 7.4E-13 2.5E-17 131.6 16.9 169 312-493 32-227 (438)
10 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 2.5E-13 8.4E-18 135.6 13.4 174 308-495 30-206 (451)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 4.2E-12 1.4E-16 129.4 17.5 174 305-492 11-195 (524)
12 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 3.7E-12 1.3E-16 123.8 11.7 164 311-490 5-169 (375)
13 2cfq_A Lactose permease; trans 99.3 2.6E-12 9E-17 126.7 9.2 143 110-257 259-403 (417)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.2 6.8E-11 2.3E-15 119.3 9.8 150 110-259 312-468 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 32.3 6.2 0.00021 19.4 -0.6 14 129-142 2-15 (26)
16 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 20.9 5.8E+02 0.02 24.7 12.2 50 197-246 20-72 (501)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=2.4e-41 Score=339.84 Aligned_cols=403 Identities=22% Similarity=0.382 Sum_probs=327.9
Q ss_pred ccchhhHHHHHHHHHHHHHhhcccccccccccCCCCCCCCcCCccchhccccchhhhhhhhcccCCCCCCCCCCCchhhH
Q 009828 33 KNHQAIVLIVTFFAYTSYHAARKTTSIVKSTLDPQSPDTSLKSLPWRISYLQEPAESRKLSWKLGDGWAPFNGSDGTALL 112 (524)
Q Consensus 33 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 112 (524)
++.+|..+...+++++..+++...++...|.+.++ + ++. .+.
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------------------~-~s~-------~~~ 64 (451)
T 1pw4_A 23 RRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ------------------------------G-FSR-------GDL 64 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS------------------------------T-TCS-------SCH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------------------h-ccH-------hHH
Confidence 45678888888999999999999999999999888 7 666 889
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHhc----cccccchhHHHHHHHHHHHHHhhhcchhh
Q 009828 113 GELDLAFLSIYAGGMFFSGHLGDRLDLRIFLTVGMVGTGLFTSLYGI----GYWGNVHSFYYYLVVQMLAGLFQSTGWPS 188 (524)
Q Consensus 113 g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~----a~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~ 188 (524)
|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++.+++.+++++ + ++++.+++.|+++|++.+...+.
T Consensus 65 g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~ 139 (451)
T 1pw4_A 65 GFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWAT-----SSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPP 139 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH-----SSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcc-----ccHHHHHHHHHHHHHHhhhccch
Confidence 99999999999999999999999999999999999999999999998 7 89999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhhccccccccceehhhhhhhhhHHHHHHHHHHHhh-hcC-chhHHHHhHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCCCCCCc
Q 009828 189 VVAVVGNWFGKSKRGLIMGIWNAHTSIGNITGSLVASALL-TYG-WGWSFVVPGLIIAFVGLIVFLFLPVNPESVGTDTN 266 (524)
Q Consensus 189 ~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~-~~g-wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 266 (524)
..+++.|++|+++|++++++...+..+|.+++|.+++.+. .+| ||+.|++.+++.++..++.++.+||+|++....+.
T Consensus 140 ~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 219 (451)
T 1pw4_A 140 CGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPI 219 (451)
T ss_dssp HHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSC
T ss_pred HHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCCh
Confidence 9999999999999999999999999999999999999876 678 99999999998888877788888887765433221
Q ss_pred cccccCCccccCCCcccccccchhhhhhhhhhHHHHhcCCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCChh
Q 009828 267 EEDESLSPKKIGEGVTQPLLRRETKIEEKAVGFIEAWKIPGVAPFALCLFFAKLVAYTFLYWLPFYVSHTAVDGKYLSSE 346 (524)
Q Consensus 267 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 346 (524)
++.+....+ + .+ .+++++...+....++.+++|.++...+..++..........++|.|+++. +|+++.
T Consensus 220 ~~~~~~~~~-~-----~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~g~~~~ 288 (451)
T 1pw4_A 220 EEYKNDYPD-D-----YN-EKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEV----KHFALD 288 (451)
T ss_dssp TTTCCC--------------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTB----SCCCHH
T ss_pred hhhcccccc-c-----ch-hhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----cCCCHH
Confidence 111110000 0 00 000001111122246778889999988888888888889999999999987 799999
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhh--hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHH
Q 009828 347 MAGNLSTLFDVGGVLGGILAGHISDRL--DARAITAASFMYCAIPALFFYRSYGHLSLALNIALMFITGMFVNGPYALIT 424 (524)
Q Consensus 347 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 424 (524)
+.+++.+...++.+++.++.|++.||+ ++|+.+..+..+......++....+..+.+...+..++.|++.+...+...
T Consensus 289 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 368 (451)
T 1pw4_A 289 KSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIG 368 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999 998888777666553333332222223566667777788888888888778
Q ss_pred HHHHhhhcccccCCCCccchhHHHHHHHhhhhh-hhhhhhhhhHhhccc-ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009828 425 TAVSADLGTHSSLKGNSRALATVTAIIDGTGSV-GAAIGPLLTGYISAT-SWTAVFTMLMAAALISGLLLTRLVV 497 (524)
Q Consensus 425 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~i~~~~~g~l~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 497 (524)
....+..| ++.++++.|+.+.+..+ |..++|.+.|++.+. +++..|++.+++.+++.++.....+
T Consensus 369 ~~~~~~~~--------~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 435 (451)
T 1pw4_A 369 LHALELAP--------KKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVMI 435 (451)
T ss_dssp HHHHHTSC--------TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhc--------hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 88888877 36789999999999999 999999999999998 9999999988888777666654433
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.7e-37 Score=309.07 Aligned_cols=369 Identities=14% Similarity=0.096 Sum_probs=301.0
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHHHhhcccccccccccCCCCCCCCcCCccchhccccchhhhhhhhcccCCCCCCCCCCCchhhHh
Q 009828 34 NHQAIVLIVTFFAYTSYHAARKTTSIVKSTLDPQSPDTSLKSLPWRISYLQEPAESRKLSWKLGDGWAPFNGSDGTALLG 113 (524)
Q Consensus 34 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g 113 (524)
++++..+..++++++...++....++..|.+.++ +|++. .+.|
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------------------~g~s~-------~~~g 64 (438)
T 3o7q_A 22 RSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQA------------------------------FTLTN-------FQAG 64 (438)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------------------SCCCS-------HHHH
T ss_pred hHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHH------------------------------cCCCH-------HHHH
Confidence 4556667777778888888888899999998888 88888 9999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhcccccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHH---hccccccchhHHHHHHHHHHHHHhhhcchhhHH
Q 009828 114 ELDLAFLSIYAGGMFFSGHLGDRLDLRIFLTVGMVGTGLFTSLY---GIGYWGNVHSFYYYLVVQMLAGLFQSTGWPSVV 190 (524)
Q Consensus 114 ~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~---~~a~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~~~ 190 (524)
++.+.+.+++.++++++|+++||+|||++++++.++.+++.+++ +++ ++++.+++.|++.|++.+...+...
T Consensus 65 ~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~ 139 (438)
T 3o7q_A 65 LIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEI-----MNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAAN 139 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-----TCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc-----ccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999999999999 776 8999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhhccccccccceehhhhhhhhhHHHHHHHHHHHhh-hc-C-------------------------chhHHHHhHHHH
Q 009828 191 AVVGNWFGKSKRGLIMGIWNAHTSIGNITGSLVASALL-TY-G-------------------------WGWSFVVPGLII 243 (524)
Q Consensus 191 ~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~-~~-g-------------------------wr~~f~~~~~~~ 243 (524)
+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+++|.+++.+. +. + ||+.|++.+++.
T Consensus 140 ~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~ 219 (438)
T 3o7q_A 140 PFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIV 219 (438)
T ss_dssp HHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999887 44 2 999998888776
Q ss_pred HHHHHHHHHh-cCCCCCCCCCCCccccccCCccccCCCcccccccchhhhhhhhhhHHHHhcCCCcHHHHHHHHHHHHHH
Q 009828 244 AFVGLIVFLF-LPVNPESVGTDTNEEDESLSPKKIGEGVTQPLLRRETKIEEKAVGFIEAWKIPGVAPFALCLFFAKLVA 322 (524)
Q Consensus 244 ~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 322 (524)
++..++.++. .||++++. ++++ +.++....+++.+++|.++...+..++.....
T Consensus 220 ~~~~~~~~~~~~p~~~~~~---~~~~----------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 274 (438)
T 3o7q_A 220 LLVALLIMLTKFPALQSDN---HSDA----------------------KQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQ 274 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHCCCCCCTTTC---CCCS----------------------STTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHcCCcccccc---cccc----------------------cccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6665443332 22222111 0000 00112345678899999999988888888888
Q ss_pred HHHHHHHHHH-HhhcccCCCCCChhhhhhHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchh
Q 009828 323 YTFLYWLPFY-VSHTAVDGKYLSSEMAGNLSTLFDVGGVLGGILAGHISDRLDARAITAASFMYCAIPALFFYRSYGHLS 401 (524)
Q Consensus 323 ~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 401 (524)
.....++|.| +++. +|+++.+++.......++.++++++.|++.||+++|+.+..+..+..+..+++... .+
T Consensus 275 ~~~~~~~~~~~~~~~----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~ 347 (438)
T 3o7q_A 275 TACWSYLIRYAVEEI----PGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFA---GG 347 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHS----TTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---CH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhcc----CCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc---CC
Confidence 8889999999 8887 79999999999999999999999999999999999999888877776665554432 22
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHhhhcccccCCCCccchhHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhHhhccc-C-hhHHHH
Q 009828 402 LALNIALMFITGMFVNGPYALITTAVSADLGTHSSLKGNSRALATVTAIIDGTGSVGAAIGPLLTGYISAT-S-WTAVFT 479 (524)
Q Consensus 402 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~-~-~~~~~~ 479 (524)
.+ .....++.|++.+..++.......+.+++ + ++++.++.. ...+|+.++|.+.|++.|. + ++..|+
T Consensus 348 ~~-~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~ 416 (438)
T 3o7q_A 348 HV-GLIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQ--------D-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAEL 416 (438)
T ss_dssp HH-HHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGG--------G-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGH
T ss_pred cH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc--------c-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 22 34455777888888888888887887763 2 577777766 6779999999999999998 6 888888
Q ss_pred HHHHHHHH
Q 009828 480 MLMAAALI 487 (524)
Q Consensus 480 ~~~~~~~~ 487 (524)
+.+++.++
T Consensus 417 ~~~~~~~~ 424 (438)
T 3o7q_A 417 IPALCFAV 424 (438)
T ss_dssp HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH
Confidence 76554443
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2.2e-36 Score=307.07 Aligned_cols=435 Identities=12% Similarity=0.040 Sum_probs=296.2
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHHHhhcccccccccccCCCCCCCCcCCccchhccccchhhhhhhhcccCCCCCC-CCCCCchhhH
Q 009828 34 NHQAIVLIVTFFAYTSYHAARKTTSIVKSTLDPQSPDTSLKSLPWRISYLQEPAESRKLSWKLGDGWAP-FNGSDGTALL 112 (524)
Q Consensus 34 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~ 112 (524)
++.|.+.++..++.+...+|...++.++|.+.++ ++.+. .+.+.+..+.
T Consensus 8 ~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~ 57 (491)
T 4gc0_A 8 SYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTV------------------------------FVAPQNLSESAANSLL 57 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHH------------------------------HTGGGCCCHHHHHHHH
T ss_pred HHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------------------hcCCCCCCcccHHHHH
Confidence 3455666666778888888988888888877766 22111 1122334778
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHhcccc-------------ccchhHHHHHHHHHHHH
Q 009828 113 GELDLAFLSIYAGGMFFSGHLGDRLDLRIFLTVGMVGTGLFTSLYGIGYW-------------GNVHSFYYYLVVQMLAG 179 (524)
Q Consensus 113 g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~a~~-------------~~~~~~~~~~~~r~l~G 179 (524)
|++.+++.+|..++++++|+++||+|||++++++.+++.+++++++++.. ...+++++++++|+++|
T Consensus 58 g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G 137 (491)
T 4gc0_A 58 GFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGG 137 (491)
T ss_dssp HHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999999999999985210 00289999999999999
Q ss_pred HhhhcchhhHHHHHhhccccccccceehhhhhhhhhHHHHHHHHHHHhhh---------cCchhHHHHhHHHHHHHHHHH
Q 009828 180 LFQSTGWPSVVAVVGNWFGKSKRGLIMGIWNAHTSIGNITGSLVASALLT---------YGWGWSFVVPGLIIAFVGLIV 250 (524)
Q Consensus 180 ~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~~---------~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~ 250 (524)
++.|...+....+++|+.|+++|++..++.+.+..+|.++++.++..+.. .+||+.+.+..+..++. ++.
T Consensus 138 ~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 216 (491)
T 4gc0_A 138 IGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLF-LML 216 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHH-HHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhh-hhh
Confidence 99999999999999999999999999999999999999999998877652 24788777766655554 566
Q ss_pred HHhcCCCCCCCCCCCccccccCCccccCCCcc--ccc--ccchhhhhhhhhhHHHHhcCCCcHHHHHHHHHHHH-HHHHH
Q 009828 251 FLFLPVNPESVGTDTNEEDESLSPKKIGEGVT--QPL--LRRETKIEEKAVGFIEAWKIPGVAPFALCLFFAKL-VAYTF 325 (524)
Q Consensus 251 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~ 325 (524)
.+++||+|++...+.++++..+..++...... +.. .++....+++........+.++.........+..+ .....
T Consensus 217 ~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 296 (491)
T 4gc0_A 217 LYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVV 296 (491)
T ss_dssp GGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHH
T ss_pred hhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHH
Confidence 77889999876544433332221111100000 000 00000111111122223333433333333333322 33445
Q ss_pred HHHHHHHHhhcccCCCCCChhhhhhHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-cchhHHH
Q 009828 326 LYWLPFYVSHTAVDGKYLSSEMAGNLSTLFDVGGVLGGILAGHISDRLDARAITAASFMYCAIPALFFYRSY-GHLSLAL 404 (524)
Q Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~ 404 (524)
..+.|.+.+. .+.+...........++..+++.++.+++.||+|||+.+..+...+.++.+.+.... .......
T Consensus 297 ~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 371 (491)
T 4gc0_A 297 LYYAPEVFKT-----LGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIV 371 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHH-----SSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHH
T ss_pred HhcchHHHHh-----cCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHH
Confidence 5566666655 477777777777888899999999999999999999998888777766655543321 1222222
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhh-hhhHHHHHHHHhhhcccccCCCCccchhHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhHhhccc-------ChhH
Q 009828 405 NIALMFITGMFVN-GPYALITTAVSADLGTHSSLKGNSRALATVTAIIDGTGSVGAAIGPLLTGYISAT-------SWTA 476 (524)
Q Consensus 405 ~~~~~~~~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~-------~~~~ 476 (524)
.++..++...+.+ +..+....+.+|.+|+ +.|+++.|+.+.++.+++.+++.+.+.+.+. ++..
T Consensus 372 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt--------~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~ 443 (491)
T 4gc0_A 372 ALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPN--------AIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGF 443 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCT--------TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCH--------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhH
Confidence 2333333322222 3334556677777774 7789999999999999999999888776543 4455
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccccccC
Q 009828 477 VFTMLMAAALISGLLLTRLVVAEVAAKFVESRSQSGN 513 (524)
Q Consensus 477 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 513 (524)
.|++.+++++++.++.+ +..+|+|+++.||.++.-+
T Consensus 444 ~~~i~~~~~~~~~i~~~-~~~PETkg~tLeei~~~f~ 479 (491)
T 4gc0_A 444 SYWIYGCMGVLAALFMW-KFVPETKGKTLEELEALWE 479 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHH-HHCCCCTTCCHHHHGGGTC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH-heecCCCCCCHHHHHHHhC
Confidence 67777777776665544 5568999998887655433
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=3.4e-35 Score=287.62 Aligned_cols=356 Identities=14% Similarity=0.111 Sum_probs=285.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhcccccccccccCCCCCCCCcCCccchhccccchhhhhhhhcccCCCCCCCCCCCchhhHhHHHHHHH
Q 009828 41 IVTFFAYTSYHAARKTTSIVKSTLDPQSPDTSLKSLPWRISYLQEPAESRKLSWKLGDGWAPFNGSDGTALLGELDLAFL 120 (524)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~ 120 (524)
..+++..+...++...+.+..|.+.++ +|+++ .+.|++.+.+.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------------------~g~s~-------~~~g~~~~~~~ 45 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD------------------------------LNVRE-------GAVQSVMGAYL 45 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT------------------------------SSSTT-------HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH------------------------------cCCCH-------HHHHHHHHHHH
Confidence 445666677777888888888888888 88887 99999999999
Q ss_pred HHHHhhhhhhhcccccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHhccccccchhHHHHHHHHHHHHHhhhcchhhHHHHHhhccccc
Q 009828 121 SIYAGGMFFSGHLGDRLDLRIFLTVGMVGTGLFTSLYGIGYWGNVHSFYYYLVVQMLAGLFQSTGWPSVVAVVGNWFGKS 200 (524)
Q Consensus 121 l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~ 200 (524)
++..++++++|+++||+|||++++.+.++.+++.++.+++ ++++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|++
T Consensus 46 ~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 120 (375)
T 2gfp_A 46 LTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTT-----SSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERT 120 (375)
T ss_dssp HHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----ccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHH
Confidence 9999999999999999999999999999999999999997 89999999999999999999999999999999999
Q ss_pred cccceehhhhhhhhhHHHHHHHHHHHhh-hcCchhHHHHhHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCCCCCCccccccCCccccCC
Q 009828 201 KRGLIMGIWNAHTSIGNITGSLVASALL-TYGWGWSFVVPGLIIAFVGLIVFLFLPVNPESVGTDTNEEDESLSPKKIGE 279 (524)
Q Consensus 201 ~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~-~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 279 (524)
+|++++++...+..+|..++|.+++.+. ++|||+.|++.+++.++..+...+.+||+++++++++
T Consensus 121 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------- 186 (375)
T 2gfp_A 121 QLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPRT-------------- 186 (375)
T ss_dssp SCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCCC--------------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcccc--------------
Confidence 9999999999999999999999999988 4699999999888777765555666676544321100
Q ss_pred CcccccccchhhhhhhhhhHHHHhcCCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCChhhhhhHHHHHHHHH
Q 009828 280 GVTQPLLRRETKIEEKAVGFIEAWKIPGVAPFALCLFFAKLVAYTFLYWLPFYVSHTAVDGKYLSSEMAGNLSTLFDVGG 359 (524)
Q Consensus 280 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 359 (524)
+...++++.+++|.++...+..++..........++|.|+++. +|.++.+.+.+.....++.
T Consensus 187 --------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~g~~~~~~g~~~~~~~~~~ 248 (375)
T 2gfp_A 187 --------------RLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAV----LGLSSMTVSILFILPIPAA 248 (375)
T ss_dssp --------------CTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHH----HHHHHHHHHHHHHTHHHHH
T ss_pred --------------cHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----hCCCHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0111234667788888888888888888888889999999886 6899999999999999999
Q ss_pred HhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHH-HHHHHHH-HHHhhcchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHhhhcccccC
Q 009828 360 VLGGILAGHISDRLDARAITAASFMY-CAIPALF-FYRSYGHLSLALNIALMFITGMFVNGPYALITTAVSADLGTHSSL 437 (524)
Q Consensus 360 ~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 437 (524)
+++.++.+++.||.+++.. .+... ...+... ........+.+...+..++.|++.+...+.......+..|
T Consensus 249 ~~~~~~~~~l~~r~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p----- 321 (375)
T 2gfp_A 249 FFGAWFAGRPNKRFSTLMW--QSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP----- 321 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHTTTTHHHHHHH--HHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-----
Confidence 9999999999999987322 22222 1111111 1111112344555566777788888888888888888775
Q ss_pred CCCccchhHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhHhhccc-ChhHHHHHH
Q 009828 438 KGNSRALATVTAIIDGTGSVGAAIGPLLTGYISAT-SWTAVFTML 481 (524)
Q Consensus 438 ~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~-~~~~~~~~~ 481 (524)
+.++++.|+.+....+|..++|.+.|.+.+. ++...+.+.
T Consensus 322 ----~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~ 362 (375)
T 2gfp_A 322 ----FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMT 362 (375)
T ss_dssp ----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ----cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHH
Confidence 4579999999999999999999999999876 666555553
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=4.6e-33 Score=282.66 Aligned_cols=374 Identities=13% Similarity=0.025 Sum_probs=263.9
Q ss_pred CCCCCCCCCCchhhHhHHHHHHHHHHHhhhhhhhccccc-CCchhhHHHHHHHHHHHHHHHhccccccchhHHHHHHHHH
Q 009828 98 DGWAPFNGSDGTALLGELDLAFLSIYAGGMFFSGHLGDR-LDLRIFLTVGMVGTGLFTSLYGIGYWGNVHSFYYYLVVQM 176 (524)
Q Consensus 98 ~g~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr-~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~r~ 176 (524)
+|++. .+.|++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.++++++ ++++.+++.|+
T Consensus 49 ~~~s~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~ 116 (491)
T 4aps_A 49 LHITR-------ATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALP-----FGASALFGSII 116 (491)
T ss_dssp CCSCH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC-----CSTTHHHHHHH
T ss_pred cCCCH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----hhHHHHHHHHH
Confidence 67776 999999999999999999999999999 899999999999999999999997 89999999999
Q ss_pred HHHHhhhcchhhHHHHHhhcccccc--ccceehhhhhhhhhHHHHHHHHHHHhh-hcCchhHHHHhHHHHHHHHHHHHHh
Q 009828 177 LAGLFQSTGWPSVVAVVGNWFGKSK--RGLIMGIWNAHTSIGNITGSLVASALL-TYGWGWSFVVPGLIIAFVGLIVFLF 253 (524)
Q Consensus 177 l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~-~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 253 (524)
++|++.+...+...+++.|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|.+++.+. +.|||+.|++.++..++..++.++.
T Consensus 117 l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 117 LIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 9999999999999999999999988 777888899999999999999999988 5899999999877666655544444
Q ss_pred cCCCCCCCCCCCccccccCCccc----------------------cCCCccccccc--c----------hhhhhhhhhhH
Q 009828 254 LPVNPESVGTDTNEEDESLSPKK----------------------IGEGVTQPLLR--R----------ETKIEEKAVGF 299 (524)
Q Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------------~~~~~~~~~~~--~----------~~~~~~~~~~~ 299 (524)
.|+..++....+.++....+.++ ...+.+..... . ....++.....
T Consensus 197 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 276 (491)
T 4aps_A 197 GKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTS 276 (491)
T ss_dssp HHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------
T ss_pred CcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccH
Confidence 34322211111100000000000 00000000000 0 00000000000
Q ss_pred HHHhcCCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCChhhhhhHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhhhhHHH
Q 009828 300 IEAWKIPGVAPFALCLFFAKLVAYTFLYWLPFYVSHTAVDGKYLSSEMAGNLSTLFDVGGVLGGILAGHISDRLDARAIT 379 (524)
Q Consensus 300 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~ 379 (524)
.+..+....+...+..++....+.....++|.|.++. .+.+....+.......++.+++.++.+++.||++||+..
T Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~ 352 (491)
T 4aps_A 277 TEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAER----VDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPS 352 (491)
T ss_dssp -----CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHS----CCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHH----hccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCC
Confidence 1111122233444444555555566677888898886 677777888888999999999999999999999988654
Q ss_pred H-----HHHHHHHHHHHHHHHhh------cchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHhhhcccccCCCCccchhHHH
Q 009828 380 A-----ASFMYCAIPALFFYRSY------GHLSLALNIALMFITGMFVNGPYALITTAVSADLGTHSSLKGNSRALATVT 448 (524)
Q Consensus 380 ~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 448 (524)
. .+..+.+++.+++.... ...+.++..+..++.|++.+...+.......+..|+ +.++++.
T Consensus 353 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~--------~~~g~~~ 424 (491)
T 4aps_A 353 SPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPK--------AFNSQMM 424 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTT--------TCSSSST
T ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCH--------HHHHHHH
Confidence 3 44444444443332211 112445566677778888888788888888888874 6678999
Q ss_pred HHHHhhhhhhhhhhhhhhHhhcccChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009828 449 AIIDGTGSVGAAIGPLLTGYISATSWTAVFTMLMAAALISGLLLTRL 495 (524)
Q Consensus 449 g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 495 (524)
|+.+....+|..++|.+.+++.+.++...|...+++.+++.++.+..
T Consensus 425 g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 471 (491)
T 4aps_A 425 SMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFL 471 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999988888888888887777766655543
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.97 E-value=3.3e-30 Score=255.48 Aligned_cols=349 Identities=13% Similarity=0.083 Sum_probs=231.6
Q ss_pred CCCCCCCCCCchhhHhHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccccCCchhhHHHHHHHHHHHH---HHHhccccccchhH-HHHHH
Q 009828 98 DGWAPFNGSDGTALLGELDLAFLSIYAGGMFFSGHLGDRLDLRIFLTVGMVGTGLFT---SLYGIGYWGNVHSF-YYYLV 173 (524)
Q Consensus 98 ~g~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~---~~~~~a~~~~~~~~-~~~~~ 173 (524)
+|++. .+.|++.+.+.+++.++++++|+++||+|||++++++..+.+++. ....++ +.. ..+..
T Consensus 38 ~g~s~-------~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~ 105 (417)
T 2cfq_A 38 NHISK-------SDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFG-----PLLQYNILV 105 (417)
T ss_dssp TCCCT-------TTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHH-----HHHHTTCCH
T ss_pred hCCCH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HHHHHHHHH
Confidence 77777 889999999999999999999999999999999999887765432 111221 111 11334
Q ss_pred HHHHHHHhhhcchhhHHHHHhhcccc--ccccceehhhhhhhhhHHHHHHHHHHHhhhcCchhHHHHhHHHHHHHHHHHH
Q 009828 174 VQMLAGLFQSTGWPSVVAVVGNWFGK--SKRGLIMGIWNAHTSIGNITGSLVASALLTYGWGWSFVVPGLIIAFVGLIVF 251 (524)
Q Consensus 174 ~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 251 (524)
.+++.|++.+...+.....+.++.++ ++++...+.......+|..++|.+++++.+.+||+.|++.+++.++..+ ..
T Consensus 106 ~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~-~~ 184 (417)
T 2cfq_A 106 GSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFTINNQFVFWLGSGCALILAV-LL 184 (417)
T ss_dssp HHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHTTTTTTTTTHHH-HS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHH-HH
Confidence 55555554444444434444444433 4567778888888999999999999998878999999987766544323 33
Q ss_pred HhcCCCCCCCCCCCccccccCCccccCCCcccccccchhhhhhhhhhHHHHhcCCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009828 252 LFLPVNPESVGTDTNEEDESLSPKKIGEGVTQPLLRRETKIEEKAVGFIEAWKIPGVAPFALCLFFAKLVAYTFLYWLPF 331 (524)
Q Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 331 (524)
+..++++++.. +.+++ . ++ + + .+.....+++.+++|.++...+..++....+.....++|.
T Consensus 185 ~~~~~~~~~~~--~~~~~--~---~~-~---~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 245 (417)
T 2cfq_A 185 FFAKTDAPSSA--TVANA--V---GA-N---H--------SAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFAN 245 (417)
T ss_dssp CSSCCCCSCSS--CSSSS--S---SS-C---C--------CCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHcCccccccc--ccccc--c---cc-c---c--------ccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333221110 00000 0 00 0 0 0001223456778888877666655555555566677888
Q ss_pred HHhhcccCCCC---CChhhhhhHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHH
Q 009828 332 YVSHTAVDGKY---LSSEMAGNLSTLFDVGGVLGGILAGHISDRLDARAITAASFMYCAIPALFFYRSYGHLSLALNIAL 408 (524)
Q Consensus 332 ~~~~~~~~~~g---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 408 (524)
|+.+. ++ .+....++...+..++.+++.++.+++.||++||+.+..+..+.++..+.+.. ..+.+..++.
T Consensus 246 ~~~~~----~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~ 318 (417)
T 2cfq_A 246 FFTSF----FATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSF---ATSALEVVIL 318 (417)
T ss_dssp HHHHT----SSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT---CCSHHHHHHH
T ss_pred HHHHH----HhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---hccHHHHHHH
Confidence 88765 33 22345567777778888899999999999999999887776666554433321 2334444444
Q ss_pred HHHHHhhhhhhhHHHHHHHHhhhcccccCCCCccchhHHHHHH-HhhhhhhhhhhhhhhHhhccc-ChhHHHHHHHHHHH
Q 009828 409 MFITGMFVNGPYALITTAVSADLGTHSSLKGNSRALATVTAII-DGTGSVGAAIGPLLTGYISAT-SWTAVFTMLMAAAL 486 (524)
Q Consensus 409 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~-~~~~~~~~~~~~~~ 486 (524)
.++.+++.....+....+..+..| ++.+|++.++. +....+|+.++|.+.|++.+. ++...|.+.+++.+
T Consensus 319 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p--------~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l 390 (417)
T 2cfq_A 319 KTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFE--------VRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVAL 390 (417)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC--------HHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHH
Confidence 455565555555556667777776 37789999984 888889999999999999886 78888888877776
Q ss_pred HHHHHHH
Q 009828 487 ISGLLLT 493 (524)
Q Consensus 487 ~~~~~~~ 493 (524)
++.++..
T Consensus 391 ~~~~~~~ 397 (417)
T 2cfq_A 391 GFTLISV 397 (417)
T ss_dssp HHHHHHT
T ss_pred HHHHHHH
Confidence 6655443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.95 E-value=1e-27 Score=245.25 Aligned_cols=366 Identities=11% Similarity=-0.023 Sum_probs=221.2
Q ss_pred hhHhHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccccC-CchhhHHHHHHHHHHHHHHHhccccccch-hHHHHHHHHHHHHHhhhcchh
Q 009828 110 ALLGELDLAFLSIYAGGMFFSGHLGDRL-DLRIFLTVGMVGTGLFTSLYGIGYWGNVH-SFYYYLVVQMLAGLFQSTGWP 187 (524)
Q Consensus 110 ~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~-Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~~-~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~ 187 (524)
.+.|++.+.+.++..++++++|+++||+ |||+++.++.++.+++.++++++ + +++.+++.|++.|++.+...+
T Consensus 54 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~ 128 (524)
T 2xut_A 54 AVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIF-----EHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKP 128 (524)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-----SSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----cccHHHHHHHHHHHHHhccccch
Confidence 8899999999999999999999999999 99999999999999999999987 7 999999999999999999999
Q ss_pred hHHHHHhhccccccccceehh---hhhhhhhHHHHHHHHHHHhh-hcCchhHHHHhHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCCCC
Q 009828 188 SVVAVVGNWFGKSKRGLIMGI---WNAHTSIGNITGSLVASALL-TYGWGWSFVVPGLIIAFVGLIVFLFLPVNPESVGT 263 (524)
Q Consensus 188 ~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~-~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 263 (524)
...+++.|++|+++|+++.+. ...+.++|..++|.+++.+. ..|||+.|++.+++.++..++.++..++.++..+.
T Consensus 129 ~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 208 (524)
T 2xut_A 129 LVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPE 208 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--
T ss_pred hHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCC
Confidence 999999999999999876666 89999999999999999887 57999999998877665544333322222111111
Q ss_pred CCccccccCC---ccccCCCcccc--cc----------------cc------------hhhhhhhhhhHHHH--------
Q 009828 264 DTNEEDESLS---PKKIGEGVTQP--LL----------------RR------------ETKIEEKAVGFIEA-------- 302 (524)
Q Consensus 264 ~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~--~~----------------~~------------~~~~~~~~~~~~~~-------- 302 (524)
.+...+..+. ..++.....+. .. .. ....++...++++.
T Consensus 209 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 288 (524)
T 2xut_A 209 PKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHP 288 (524)
T ss_dssp ------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCC
T ss_pred CccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhcccc
Confidence 0000000000 00000000000 00 00 00000000011000
Q ss_pred ---hcC-CCcHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCCh-hhhhhHHHHHHHHHHhhhHHHHHHH----
Q 009828 303 ---WKI-PGVAPFALCLF---FAKLVAYTFLYWLPFYVSHTAVDGKYLSS-EMAGNLSTLFDVGGVLGGILAGHIS---- 370 (524)
Q Consensus 303 ---~~~-~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~---- 370 (524)
.++ ++.+....... +....+......++.+..+. +.+. ...+.+.....++.+++..+.+++.
T Consensus 289 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 363 (524)
T 2xut_A 289 DAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWILQANDM-----VKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAI 363 (524)
T ss_dssp SSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHHHHHHHS-----CCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC-----
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhHHhHHhc-----CCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHH
Confidence 011 22211111111 11111111122333333332 2221 2345555555555555665555543
Q ss_pred hhhhh----hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh------cchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHhhhcccccCCCC
Q 009828 371 DRLDA----RAITAASFMYCAIPALFFYRSY------GHLSLALNIALMFITGMFVNGPYALITTAVSADLGTHSSLKGN 440 (524)
Q Consensus 371 dr~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 440 (524)
+|.++ ++.+..+..+.+++.+++.... ...+.++.++..++.|++.+...+.......+..|+
T Consensus 364 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~------- 436 (524)
T 2xut_A 364 ERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPK------- 436 (524)
T ss_dssp -------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCT-------
T ss_pred HhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcH-------
Confidence 44432 2344445555444443332211 112445566677788888888888888888888774
Q ss_pred ccchhHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhHhhccc---Ch---------hHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009828 441 SRALATVTAIIDGTGSVGAAIGPLLTGYISAT---SW---------TAVFTMLMAAALISGLLLT 493 (524)
Q Consensus 441 ~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~---~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 493 (524)
+.+|+++|+.+....+|..++|.+.|.+.+. +| ...|++.+++.+++.++..
T Consensus 437 -~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 500 (524)
T 2xut_A 437 -AMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFA 500 (524)
T ss_dssp -TCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred -HHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6679999999999999999999999999874 12 2235566665555554443
No 8
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.49 E-value=6.2e-13 Score=134.34 Aligned_cols=178 Identities=15% Similarity=0.196 Sum_probs=144.1
Q ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-ccCCCCCChhhhhhHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhh-hhhhHHHHHHHH
Q 009828 307 GVAPFALCLFFAKLVAYTFLYWLPFYVSHT-AVDGKYLSSEMAGNLSTLFDVGGVLGGILAGHISDR-LDARAITAASFM 384 (524)
Q Consensus 307 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~~~~~~~~~~~~ 384 (524)
.++......++..+.++....+++.|+++. ..+++|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++|| +|||+.+..+.+
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~ 93 (491)
T 4aps_A 14 GLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGV 93 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHH
Confidence 455666667777778888888899998763 112259999999999999999999999999999999 899999999888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHhhhcccccCCCCccchhHHHHHHHhhhhhhhhhhhh
Q 009828 385 YCAIPALFFYRSYGHLSLALNIALMFITGMFVNGPYALITTAVSADLGTHSSLKGNSRALATVTAIIDGTGSVGAAIGPL 464 (524)
Q Consensus 385 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~ 464 (524)
+..++.++... .++.+..++..++.|++.+...+.....+.+.++++ .+.|+.+.++.+....+|..++|.
T Consensus 94 ~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 164 (491)
T 4aps_A 94 LIMLGHIVLAL---PFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEH------DRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPL 164 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHS---CCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSC------TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH---hhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcc------cccceeeehHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88777766543 345666777788889999988999999999888753 244788899899999999999999
Q ss_pred hhHhhccc-ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009828 465 LTGYISAT-SWTAVFTMLMAAALISGLLLT 493 (524)
Q Consensus 465 ~~g~l~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 493 (524)
+.+++.+. +|+..|++.++..+++.++..
T Consensus 165 ~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 194 (491)
T 4aps_A 165 IVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYY 194 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999886 999999988776666555443
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.47 E-value=7.4e-13 Score=131.64 Aligned_cols=169 Identities=17% Similarity=0.155 Sum_probs=135.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCChhhhhhHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009828 312 ALCLFFAKLVAYTFLYWLPFYVSHTAVDGKYLSSEMAGNLSTLFDVGGVLGGILAGHISDRLDARAITAASFMYCAIPAL 391 (524)
Q Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 391 (524)
.+..++..+........+|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.+++.+
T Consensus 32 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~ 106 (438)
T 3o7q_A 32 CSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQA-----FTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAA 106 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----SCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHH-----cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 334444445555666677776666 699999999999999999999999999999999999999999888887776
Q ss_pred HHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHhhhcccccCCCCccchhHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhHhhc-
Q 009828 392 FFYRSYGHLSLALNIALMFITGMFVNGPYALITTAVSADLGTHSSLKGNSRALATVTAIIDGTGSVGAAIGPLLTGYIS- 470 (524)
Q Consensus 392 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~- 470 (524)
+.......++.+..++..++.|++.+...+....++.+..++ +.|+.+.++.+....+|..++|.+.+++.
T Consensus 107 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 178 (438)
T 3o7q_A 107 LFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPE--------SSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLIL 178 (438)
T ss_dssp HHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCS--------TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHH
T ss_pred HHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCc--------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 663222346777788888999999999999999999888873 67899999999999999999999999988
Q ss_pred cc-C-------------------------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009828 471 AT-S-------------------------WTAVFTMLMAAALISGLLLT 493 (524)
Q Consensus 471 ~~-~-------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 493 (524)
+. + |+..|++.+++.++..++..
T Consensus 179 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 227 (438)
T 3o7q_A 179 SNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIM 227 (438)
T ss_dssp TSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 55 3 78888777766655544433
No 10
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.47 E-value=2.5e-13 Score=135.64 Aligned_cols=174 Identities=20% Similarity=0.224 Sum_probs=137.3
Q ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCChhhhhhHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHH
Q 009828 308 VAPFALCLFFAKLVAYTFLYWLPFYVSHTAVDGKYLSSEMAGNLSTLFDVGGVLGGILAGHISDRLDARAITAASFMYCA 387 (524)
Q Consensus 308 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~ 387 (524)
++...+..++...........+|.+.++ + .+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.+
T Consensus 30 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 103 (451)
T 1pw4_A 30 FLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ-----G-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAA 103 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS-----T-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----h-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHH
Confidence 3444444555555555556667766655 7 899999999999999999999999999999999999998888887
Q ss_pred HHHHHHHHhhc-chhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHhhhcccccCCCCccchhHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhh
Q 009828 388 IPALFFYRSYG-HLSLALNIALMFITGMFVNGPYALITTAVSADLGTHSSLKGNSRALATVTAIIDGTGSVGAAIGPLLT 466 (524)
Q Consensus 388 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~ 466 (524)
++.++...... ..+.+..++..++.|++.+...+....++.+.++ ++.|+++.|+.+....+|..++|.+.
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~--------~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 175 (451)
T 1pw4_A 104 AVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWS--------QKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLF 175 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCT--------TTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCC--------chhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77766654111 2455667777888899988888888999988887 36789999999999999999999999
Q ss_pred Hhhccc-C-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009828 467 GYISAT-S-WTAVFTMLMAAALISGLLLTRL 495 (524)
Q Consensus 467 g~l~~~-~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 495 (524)
+++.+. + |+..|++.+++.++..++....
T Consensus 176 ~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 206 (451)
T 1pw4_A 176 LLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAM 206 (451)
T ss_dssp HHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Confidence 987766 7 9999999888777665554433
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.41 E-value=4.2e-12 Score=129.38 Aligned_cols=174 Identities=11% Similarity=0.099 Sum_probs=141.0
Q ss_pred CCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCC------CChhhhhhHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhh-hhhH
Q 009828 305 IPGVAPFALCLFFAKLVAYTFLYWLPFYVSHTAVDGKY------LSSEMAGNLSTLFDVGGVLGGILAGHISDRL-DARA 377 (524)
Q Consensus 305 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-~~~~ 377 (524)
++.++.+.+..++..+.++....+++.|+++. +| +++.+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |||+
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~----~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~ 86 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTA----LLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYN 86 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS----CSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHH
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----hccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH
Confidence 35677778888888888888899999998876 68 9999999999999999999999999999999 9999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHhhhcccccCCCCccchhHHH---HHHHhh
Q 009828 378 ITAASFMYCAIPALFFYRSYGHLSLALNIALMFITGMFVNGPYALITTAVSADLGTHSSLKGNSRALATVT---AIIDGT 454 (524)
Q Consensus 378 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~---g~~~~~ 454 (524)
.+..+.++..++.++.... ..+.+..++..++.|++.+...+.....+.+.+++ +.|+++. ++.+..
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~r~~~~~~~~~~~~~ 156 (524)
T 2xut_A 87 TILWLSLIYCVGHAFLAIF--EHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQ--------SNKSLAQKAFDMFYFT 156 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHT--SSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCST--------TTTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHh--cccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCc--------cchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9988888777766665442 11566677778888999888889999999998875 4445444 448888
Q ss_pred hhhhhhhhhhhhHhhccc-ChhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009828 455 GSVGAAIGPLLTGYISAT-SWTAVFTMLMAAALISGLLL 492 (524)
Q Consensus 455 ~~~g~~i~~~~~g~l~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 492 (524)
..+|..++|.+.+++.+. +|+..|++.+++.+++.++.
T Consensus 157 ~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 195 (524)
T 2xut_A 157 INFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFF 195 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999876 99999988877766554443
No 12
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.34 E-value=3.7e-12 Score=123.76 Aligned_cols=164 Identities=14% Similarity=0.174 Sum_probs=134.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCChhhhhhHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 009828 311 FALCLFFAKLVAYTFLYWLPFYVSHTAVDGKYLSSEMAGNLSTLFDVGGVLGGILAGHISDRLDARAITAASFMYCAIPA 390 (524)
Q Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 390 (524)
+.+..++...........+|.+.++ +|.++.+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..++.
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~ 79 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-----LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLAT 79 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-----SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-----cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHH
Confidence 4445555566666666777877666 69999999999999999999999999999999999999988888877776
Q ss_pred HHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHhhhcccccCCCCccchhHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhHhhc
Q 009828 391 LFFYRSYGHLSLALNIALMFITGMFVNGPYALITTAVSADLGTHSSLKGNSRALATVTAIIDGTGSVGAAIGPLLTGYIS 470 (524)
Q Consensus 391 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~ 470 (524)
+.... .++.+..++..++.|++.+...+.....+.+..++ +.|+++.++.+....+|..++|.+.+++.
T Consensus 80 ~~~~~---~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~ 148 (375)
T 2gfp_A 80 LVAVT---TSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYER--------TQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLD 148 (375)
T ss_dssp HHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT--------SSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHH---hccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH
Confidence 66554 24667777778888999888888888888888874 55689999999999999999999999998
Q ss_pred cc-ChhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009828 471 AT-SWTAVFTMLMAAALISGL 490 (524)
Q Consensus 471 ~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 490 (524)
+. +|+..|++.++..++..+
T Consensus 149 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 169 (375)
T 2gfp_A 149 TMWNWRACYLFLLVLCAGVTF 169 (375)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HhccHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 87 899988887776665544
No 13
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.32 E-value=2.6e-12 Score=126.72 Aligned_cols=143 Identities=15% Similarity=0.079 Sum_probs=120.1
Q ss_pred hhHhHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHhccccccchhHHHHHHHHHHHHHhhhcchhhH
Q 009828 110 ALLGELDLAFLSIYAGGMFFSGHLGDRLDLRIFLTVGMVGTGLFTSLYGIGYWGNVHSFYYYLVVQMLAGLFQSTGWPSV 189 (524)
Q Consensus 110 ~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~~ 189 (524)
.+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++. ++.+.+++..++.+++.+...+..
T Consensus 259 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 333 (417)
T 2cfq_A 259 RVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA-----TSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGC 333 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC-----CSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 567888888888999999999999999999999999988888887777775 677788888888888877777777
Q ss_pred HHHHhhccccccccceehh-hhhhhhhHHHHHHHHHHHhh-hcCchhHHHHhHHHHHHHHHHHHHhcCCC
Q 009828 190 VAVVGNWFGKSKRGLIMGI-WNAHTSIGNITGSLVASALL-TYGWGWSFVVPGLIIAFVGLIVFLFLPVN 257 (524)
Q Consensus 190 ~~~i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~-~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 257 (524)
..+++|.+|++.|+.+.++ ++....+|..++|.+++.+. +.|++..|.+.+++.++..++.++..||.
T Consensus 334 ~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 403 (417)
T 2cfq_A 334 FKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGP 403 (417)
T ss_dssp HHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCS
T ss_pred HHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCC
Confidence 8999999999999999998 48888899999999999887 56889999988887777666555555543
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.16 E-value=6.8e-11 Score=119.30 Aligned_cols=150 Identities=14% Similarity=0.157 Sum_probs=110.0
Q ss_pred hhHhHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHhccccccchhHHHHHHHHHHHHHhhhcchhhH
Q 009828 110 ALLGELDLAFLSIYAGGMFFSGHLGDRLDLRIFLTVGMVGTGLFTSLYGIGYWGNVHSFYYYLVVQMLAGLFQSTGWPSV 189 (524)
Q Consensus 110 ~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~~ 189 (524)
...........+...++.++.+++.||+|||+.++.+....+++.+..+.......++...+...-+..+.......+..
T Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 391 (491)
T 4gc0_A 312 DIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVC 391 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHH
T ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHH
Confidence 44555666777888899999999999999999999998888877766654321122233222222222222222345777
Q ss_pred HHHHhhccccccccceehhhhhhhhhHHHHHHHHHHHhh-------hcCchhHHHHhHHHHHHHHHHHHHhcCCCCC
Q 009828 190 VAVVGNWFGKSKRGLIMGIWNAHTSIGNITGSLVASALL-------TYGWGWSFVVPGLIIAFVGLIVFLFLPVNPE 259 (524)
Q Consensus 190 ~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~l~~~l~-------~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 259 (524)
..+.+|.+|.+.|+.++|+......+|..+++.+...+. ..++.+.|++.++++++..+..++++||+..
T Consensus 392 ~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 392 WVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp HHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred HHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 889999999999999999999999999988887765543 2467778899899999988888999998754
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=32.34 E-value=6.2 Score=19.42 Aligned_cols=14 Identities=14% Similarity=0.285 Sum_probs=10.6
Q ss_pred hhhcccccCCchhh
Q 009828 129 FSGHLGDRLDLRIF 142 (524)
Q Consensus 129 ~~G~l~Dr~Grr~~ 142 (524)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 35788888998854
No 16
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=20.92 E-value=5.8e+02 Score=24.71 Aligned_cols=50 Identities=6% Similarity=-0.094 Sum_probs=23.9
Q ss_pred cccccc-cceehhhhhhhhhHHHHHHH-HHHHhh-hcCchhHHHHhHHHHHHH
Q 009828 197 FGKSKR-GLIMGIWNAHTSIGNITGSL-VASALL-TYGWGWSFVVPGLIIAFV 246 (524)
Q Consensus 197 ~~~~~r-~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~-l~~~l~-~~gwr~~f~~~~~~~~~~ 246 (524)
.|+++| .....+.....+....++.. +|+.+. ..+|...++...+-.++.
T Consensus 20 vp~~~R~~~~~~~~~~W~g~~~~i~~~~~Ga~~~~GLs~~~a~lai~lG~li~ 72 (501)
T 2jln_A 20 TRYAERSVGPFSLAAIWFAMAIQVAIFIAAGQMTSSFQVWQVIVAIAAGCTIA 72 (501)
T ss_dssp CCGGGCCBCHHHHHHHHHHHHCSTHHHHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhhCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcCHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 466666 34444444444444444443 333333 456676665544333333
Done!