Query 009833
Match_columns 524
No_of_seqs 485 out of 2095
Neff 11.0
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 14:00:56 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/009833.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/009833hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2E-49 6.8E-54 398.5 38.5 446 21-492 6-481 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 9E-39 3.1E-43 317.4 20.6 400 21-473 22-433 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 3.6E-37 1.2E-41 304.6 30.7 375 24-469 23-428 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 6.5E-33 2.2E-37 278.3 22.8 387 77-476 50-475 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.7E-34 5.7E-39 279.3 10.7 360 31-463 4-366 (375)
6 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 1.2E-28 4.1E-33 249.3 21.8 142 78-222 51-197 (524)
7 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 1.6E-28 5.4E-33 240.4 7.9 353 77-476 39-403 (417)
8 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 2E-12 6.8E-17 127.1 15.2 154 286-451 28-182 (438)
9 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.4 2.4E-12 8.1E-17 127.1 15.2 144 77-223 284-433 (451)
10 2cfq_A Lactose permease; trans 99.3 9.2E-13 3.2E-17 128.4 7.7 146 79-227 257-404 (417)
11 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 8.8E-12 3E-16 119.7 11.6 173 289-476 5-178 (375)
12 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 8.5E-12 2.9E-16 124.6 10.8 170 286-470 15-193 (491)
13 2xut_A Proton/peptide symporte 99.2 9.7E-11 3.3E-15 117.9 16.2 170 289-472 17-197 (524)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.2 4.4E-10 1.5E-14 112.0 16.0 151 77-227 308-467 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 64.7 3.3 0.00011 20.0 1.3 14 100-113 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 24.7 1.5E+02 0.0051 24.4 5.9 25 87-111 99-123 (198)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2e-49 Score=398.51 Aligned_cols=446 Identities=27% Similarity=0.459 Sum_probs=353.1
Q ss_pred cchHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcccccchhhhhhhhhhhhccccCCCCCCcccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 009833 21 ITPIVIVSCIMAATGGLMFGYDVGVSGGVTAMPHFLKKFFPVVYRRTQQGDDSNYCKYDNQGLQLFTSSLYLAGLTATFF 100 (524)
Q Consensus 21 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~lp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~ 100 (524)
.+++.+.++++++++.+++|||.++++ ..+|.+.++|..+. +.+.+.+..+.|++.+++.+|..+|+++
T Consensus 6 ~~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~--~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~ 74 (491)
T 4gc0_A 6 NSSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVIS--GTVESLNTVFVAPQ---------NLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGAL 74 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGG--GTHHHHHHHHTGGG---------CCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHhcCCC---------CCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 345678888888999999999999998 45688888873221 1112445677899999999999999999
Q ss_pred hHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------hhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhcc
Q 009833 101 ASYTTRRLGRRLTMLIAGIFFIAGVAFNV------------------AAQNLAMLIVGRILLGCGVGFANQAVPLFLSEI 162 (524)
Q Consensus 101 ~g~l~dr~Grr~~l~~~~~l~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~ 162 (524)
+|+++||+|||++++++.+++.+++++++ +++|+++++++|+++|++.|+..+....+++|+
T Consensus 75 ~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~ 154 (491)
T 4gc0_A 75 GGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAEL 154 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Confidence 99999999999999999999999999998 478999999999999999999999999999999
Q ss_pred CCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCC-----CCcchHHHHHhhHHHHHHHHHHhhcccCChHHHHhcCChh
Q 009833 163 APTRIRGGLNILFQLNVTIGILFANLVNYGTSHIK-----SQWGWRISLGLAGIPAALLTVGSLLVTDTPNSLIERGRFE 237 (524)
Q Consensus 163 ~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~p~~~~~~~~~~ 237 (524)
.|+++|++..++.+.+..+|.++++.++....... ...+||+.+.+..++.++..+..+++||||+|+..+++.+
T Consensus 155 ~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~ 234 (491)
T 4gc0_A 155 APAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQE 234 (491)
T ss_dssp SCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHH
T ss_pred CCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchh
Confidence 99999999999999999999999998876554332 2457999999999999988888999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhCCCCchHHHHHHHHHHHHhhhhccchhhhcccCchhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHhcCCC
Q 009833 238 EGKAVLRKIRGTDKIEPEFLELVEASRIAKEVKHPFRNLLKRRNRPQLVIAVALQIFQQCTGINAIMFYAPVLFKTLGFG 317 (524)
Q Consensus 238 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 317 (524)
++++.+++...++..+++..+.++..+..++. ...... ...++..+......+.+..+...+..|.+.+.+..+.+
T Consensus 235 ~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (491)
T 4gc0_A 235 QAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKT-GGRLLM---FGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGAS 310 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TTHHHH---SCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCC
T ss_pred HHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhh-hhHHHH---hcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCC
Confidence 99999888765543333332222222221111 111122 22334456666677777778888889999999888888
Q ss_pred CcchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCccchhhHHHHHHHHHHHHH
Q 009833 318 GSASLYSTVITGAVNVLSTLVSIYSVDKVGRRMLLLEAGIQMFLSQTVIAIILGIKVKDHSEDLHTGFAVLVVIMICTFI 397 (524)
Q Consensus 318 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 397 (524)
...........++..+++.++++++.||+|||+.+..+...+.++.+.+..... .....+..+...+++.
T Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~ 380 (491)
T 4gc0_A 311 TDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFY----------TQAPGIVALLSMLFYV 380 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----------TTCCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHh----------cccchHHHHHHHHHHH
Confidence 777777888888999999999999999999999999888888887776665432 1222333444555556
Q ss_pred hhhccccccccceeecccCCchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh------c-hhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009833 398 SAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRSAGQSVTVCVNLLFTFVIAQAFLSMLCHF------K-FGIFLFFSGWVLIMSCFVF 470 (524)
Q Consensus 398 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~------g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 470 (524)
.++..+..++.+.+.+|++|++.|+++.|+.+..+++++++++.+++.+.+.. + ...++++++++++..++.+
T Consensus 381 ~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~ 460 (491)
T 4gc0_A 381 AAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMW 460 (491)
T ss_dssp HHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 66667777888889999999999999999999999999999998887765432 1 2356677777888888888
Q ss_pred HhcccCCCCChHHhHHHHHccc
Q 009833 471 FLLPETKNVPIEEMTERVWKQH 492 (524)
Q Consensus 471 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 492 (524)
+++||||++++||+ |+.++++
T Consensus 461 ~~~PETkg~tLeei-~~~f~~~ 481 (491)
T 4gc0_A 461 KFVPETKGKTLEEL-EALWEPE 481 (491)
T ss_dssp HHCCCCTTCCHHHH-GGGTC--
T ss_pred heecCCCCCCHHHH-HHHhCCC
Confidence 99999999999998 7666544
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=9e-39 Score=317.40 Aligned_cols=400 Identities=15% Similarity=0.063 Sum_probs=288.1
Q ss_pred cchHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcccccchhhhhhhhhhhhccccCCCCCCcccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 009833 21 ITPIVIVSCIMAATGGLMFGYDVGVSGGVTAMPHFLKKFFPVVYRRTQQGDDSNYCKYDNQGLQLFTSSLYLAGLTATFF 100 (524)
Q Consensus 21 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~lp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~ 100 (524)
.+++++......+++.+..+++...++ ..+|.+.+ ++ .+..+.|++.+++.++..+++++
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~-----------------~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 81 (451)
T 1pw4_A 22 YRRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFA--LAMPYLVE-----------------QG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFI 81 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHH--HHHHHTTS-----------------ST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHH-----------------Hh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 344556677777777788888877765 33354433 34 67889999999999999999999
Q ss_pred hHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----hhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccCCCCCcchhHHHHH
Q 009833 101 ASYTTRRLGRRLTMLIAGIFFIAGVAFNVA----AQNLAMLIVGRILLGCGVGFANQAVPLFLSEIAPTRIRGGLNILFQ 176 (524)
Q Consensus 101 ~g~l~dr~Grr~~l~~~~~l~~~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~ 176 (524)
+|+++||+|||++++++.++.+++.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+
T Consensus 82 ~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~ 161 (451)
T 1pw4_A 82 MGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWN 161 (451)
T ss_dssp HHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCcc-hHHHHHhhHHHHHHHHHH-hhcccCChHHHHhcCChhHHHHHHHHHhCCCCchH
Q 009833 177 LNVTIGILFANLVNYGTSHIKSQWG-WRISLGLAGIPAALLTVG-SLLVTDTPNSLIERGRFEEGKAVLRKIRGTDKIEP 254 (524)
Q Consensus 177 ~~~~lG~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-wr~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 254 (524)
.+.++|.++++.++..+ .+..+ ||+.|++.+++.++..++ .+++||+|+....+++.+. .+..+
T Consensus 162 ~~~~~g~~~g~~~~~~l---~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------~~~~~ 227 (451)
T 1pw4_A 162 CAHNVGGGIPPLLFLLG---MAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEY-----------KNDYP 227 (451)
T ss_dssp HHHHHHHTSHHHHHHHH---HHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTT-----------CCC--
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhh-----------ccccc
Confidence 99999999999995443 24467 999999999888776655 5668888753211111100 00000
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhh-ccchhhhcccCchhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHh-cCCCCcchhHHHHHHHHHH
Q 009833 255 EFLELVEASRIAKEV-KHPFRNLLKRRNRPQLVIAVALQIFQQCTGINAIMFYAPVLFKT-LGFGGSASLYSTVITGAVN 332 (524)
Q Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 332 (524)
+. . .++.+++... +...++.++++. ++...+..+........+..+.|.++++ +|++..+.+.......++.
T Consensus 228 ~~-~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 301 (451)
T 1pw4_A 228 DD-Y-NEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKL----LWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAG 301 (451)
T ss_dssp -------------CCTHHHHHHTSSCHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cc-c-hhhhhcccccccchHHHHHcCHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00 0 0000000000 001233444333 5556666666666677788899998877 8999999999999999999
Q ss_pred HHHHhhhhhhhccc--CchhHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhhhccCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccc
Q 009833 333 VLSTLVSIYSVDKV--GRRMLLLEAGIQMF-LSQTVIAIILGIKVKDHSEDLHTGFAVLVVIMICTFISAFAWSWGPLGW 409 (524)
Q Consensus 333 ~~~~~~~g~l~d~~--~~r~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 409 (524)
+++.++.+++.||+ +||+.+..+..+.. ++.+.+... .....+......++.+.+.. ...+...
T Consensus 302 ~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~-~~~~~~~ 368 (451)
T 1pw4_A 302 IPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMN------------PAGNPTVDMICMIVIGFLIY-GPVMLIG 368 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSC------------CTTCHHHHHHHHHHHHHHHT-HHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh------------cccCHHHHHHHHHHHHHHHh-chHHHHH
Confidence 99999999999999 99988776655544 333222211 11122222222333332222 2234445
Q ss_pred eeecccCCchhhhhhhHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 009833 410 LIPSETFPLETRSAGQSVTVCVNLL-FTFVIAQAFLSMLCHFKFGIFLFFSGWVLIMSCFVFFLL 473 (524)
Q Consensus 410 ~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~i~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 473 (524)
.+..|.+|++.|+++.|+.+....+ +..++|.+.+.+.+..++...+.+.+.+.+.+.+..++.
T Consensus 369 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 369 LHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6778999999999999999999999 999999999999999887766655555555444444443
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=3.6e-37 Score=304.63 Aligned_cols=375 Identities=11% Similarity=0.095 Sum_probs=282.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcccccchhhhhhhhhhhhccccCCCCCCcccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHH
Q 009833 24 IVIVSCIMAATGGLMFGYDVGVSGGVTAMPHFLKKFFPVVYRRTQQGDDSNYCKYDNQGLQLFTSSLYLAGLTATFFASY 103 (524)
Q Consensus 24 ~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~lp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~ 103 (524)
+.+....++++..+..+++....+ ..+|.+.+++ |++..+.|++.+.+.+++.++++++|+
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~-----------------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~ 83 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLND--ILLPQFQQAF-----------------TLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGI 83 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHS-----------------CCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHH--HHHHHHHHHc-----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHH
Confidence 344555566666777888877777 4568899998 999999999999999999999999999
Q ss_pred HhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccCCCCCcchhHHHHHHHHH
Q 009833 104 TTRRLGRRLTMLIAGIFFIAGVAFN---VAAQNLAMLIVGRILLGCGVGFANQAVPLFLSEIAPTRIRGGLNILFQLNVT 180 (524)
Q Consensus 104 l~dr~Grr~~l~~~~~l~~~~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~ 180 (524)
++||+|||++++++.++.+++.+++ +++++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.+
T Consensus 84 l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~ 163 (438)
T 3o7q_A 84 LMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNS 163 (438)
T ss_dssp HHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999 8889999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhcc-cCCCC----------------------cchHHHHHhhHHHHHHHHHHhhc--ccCChHHHHhcCC
Q 009833 181 IGILFANLVNYGTS-HIKSQ----------------------WGWRISLGLAGIPAALLTVGSLL--VTDTPNSLIERGR 235 (524)
Q Consensus 181 lG~~~~~~~~~~~~-~~~~~----------------------~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~--~~e~p~~~~~~~~ 235 (524)
+|.+++++++.... ..... .+||+.|++.+++.++..++.++ .||+++. +++
T Consensus 164 ~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~---~~~ 240 (438)
T 3o7q_A 164 FGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSD---NHS 240 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTT---CCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccc---ccc
Confidence 99999999955443 22110 01999998887776666555333 4655421 000
Q ss_pred hhHHHHHHHHHhCCCCchHHHHHHHHHHHHhhhhccchhhhcccCchhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHH-HHh-
Q 009833 236 FEEGKAVLRKIRGTDKIEPEFLELVEASRIAKEVKHPFRNLLKRRNRPQLVIAVALQIFQQCTGINAIMFYAPVL-FKT- 313 (524)
Q Consensus 236 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~- 313 (524)
.+ ++++.+.+++++++++. ++...+..+...........+.|.+ +++
T Consensus 241 ~~---------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 289 (438)
T 3o7q_A 241 DA---------------------------KQGSFSASLSRLARIRH----WRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEI 289 (438)
T ss_dssp CS---------------------------STTSHHHHHHHHTTCSH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred cc---------------------------cccchhhhHHHHHhChH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc
Confidence 00 00111234556666665 4444555555555566777888888 776
Q ss_pred cCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCccchhhHHHHHHHHH
Q 009833 314 LGFGGSASLYSTVITGAVNVLSTLVSIYSVDKVGRRMLLLEAGIQMFLSQTVIAIILGIKVKDHSEDLHTGFAVLVVIMI 393 (524)
Q Consensus 314 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 393 (524)
+|++..+.+.......++.+++.++.+++.||++||+.+..+.++..++.+.+... .. . +. ....
T Consensus 290 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~-~-~~-~~~~ 354 (438)
T 3o7q_A 290 PGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFA------------GG-H-VG-LIAL 354 (438)
T ss_dssp TTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CH-H-HH-HHHH
T ss_pred CCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc------------CC-c-HH-HHHH
Confidence 59999999999999999999999999999999999999988877776665554432 11 1 11 2222
Q ss_pred HHHHhhhccccccccceeecccCCchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc-hhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009833 394 CTFISAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRSAGQSVTVCVNLLFTFVIAQAFLSMLCHFK-FGIFLFFSGWVLIMSCFV 469 (524)
Q Consensus 394 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 469 (524)
.+.+.+.+ ...|....+..|.+|++ ++.+.++.. .+.+++.++|.+.|.+.+..+ +...+.+.+++.+..++.
T Consensus 355 ~~~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
T 3o7q_A 355 TLCSAFMS-IQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIFIF 428 (438)
T ss_dssp HHHHHHHT-THHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 22233332 33456667767888877 888888876 677999999999999999988 776666555544444333
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=6.5e-33 Score=278.25 Aligned_cols=387 Identities=13% Similarity=0.066 Sum_probs=246.3
Q ss_pred cCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhh
Q 009833 77 KYDNQGLQLFTSSLYLAGLTATFFASYTTRR-LGRRLTMLIAGIFFIAGVAFNVAAQNLAMLIVGRILLGCGVGFANQAV 155 (524)
Q Consensus 77 ~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr-~Grr~~l~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~ 155 (524)
|++..+.+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.++++++++++.++++|+++|++.+...+..
T Consensus 50 ~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~ 129 (491)
T 4aps_A 50 HITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNV 129 (491)
T ss_dssp CSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchH
Confidence 9999999999999999999999999999999 899999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhccCCCCC--cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCcchHHHHHhhHHHHHHHHHHhhcc-cCChH----
Q 009833 156 PLFLSEIAPTRI--RGGLNILFQLNVTIGILFANLVNYGTSHIKSQWGWRISLGLAGIPAALLTVGSLLV-TDTPN---- 228 (524)
Q Consensus 156 ~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~lG~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~p~---- 228 (524)
.+++.|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|.++.. +.+..|||+.|++.++..++..++.++. ++..+
T Consensus 130 ~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~---l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 206 (491)
T 4aps_A 130 STLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGA---AQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYL 206 (491)
T ss_dssp HHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCS
T ss_pred HHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCccccccccc
Confidence 999999999988 7778888999999999999999544 4445789999999887766655553322 22110
Q ss_pred HHHhcCChhHHHHHHHH----------------HhCCCCchHHHHHHHHH---------HHHhhhhccchhhhcccCchh
Q 009833 229 SLIERGRFEEGKAVLRK----------------IRGTDKIEPEFLELVEA---------SRIAKEVKHPFRNLLKRRNRP 283 (524)
Q Consensus 229 ~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 283 (524)
....+.+.++.++..+. ..+..+.++........ ....++.+....+..+...
T Consensus 207 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-- 284 (491)
T 4aps_A 207 RPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVS-- 284 (491)
T ss_dssp CCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTT--
T ss_pred CCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHH--
Confidence 00011122222222221 11111111111000000 0000000000001111111
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHh-cCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCchhHHH-----HHHH
Q 009833 284 QLVIAVALQIFQQCTGINAIMFYAPVLFKT-LGFGGSASLYSTVITGAVNVLSTLVSIYSVDKVGRRMLLL-----EAGI 357 (524)
Q Consensus 284 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~r~~~~-----~~~~ 357 (524)
.+...+..+.....+.....+.|.+.++ .+.+....+.......++.+++.++.+++.||++||+... .+..
T Consensus 285 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~ 362 (491)
T 4aps_A 285 --YIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLM 362 (491)
T ss_dssp --HHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHH
T ss_pred --HHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHH
Confidence 2222222233333334444556666655 6766677788888888999999999999999999886544 4444
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhccCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceeecccCCchhhhhhhHHHHHHHHHHHH
Q 009833 358 QMFLSQTVIAIILGIKVKDHSEDLHTGFAVLVVIMICTFISAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRSAGQSVTVCVNLLFTF 437 (524)
Q Consensus 358 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 437 (524)
+..++.+.+.......... .....+.......+.+.+.. ...+....++.|.+|++.|+++.|+.+....+|..
T Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~ 436 (491)
T 4aps_A 363 FAGLSFLLMAIPGALYGTS-----GKVSPLWLVGSWALVILGEM-LISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSA 436 (491)
T ss_dssp HHHHHHTTTHHHHHHCCCC-----TTCCTHHHHHHHHHHHHHHH-TTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcCCC-----CCccHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4444444443321110000 01122222222333333322 33455667888999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccC
Q 009833 438 VIAQAFLSMLCHFKFGIFLFFSGWVLIMSCFVFFLLPET 476 (524)
Q Consensus 438 i~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (524)
+++.+.+.+.+......+..++++..+.+++.++..++.
T Consensus 437 i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 475 (491)
T 4aps_A 437 LNAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRI 475 (491)
T ss_dssp HHHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC----
T ss_pred HHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999888776544555555555555555555544443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=1.7e-34 Score=279.31 Aligned_cols=360 Identities=14% Similarity=0.122 Sum_probs=269.2
Q ss_pred HHHHhhhhhhhhhhhhcccccchhhhhhhhhhhhccccCCCCCCcccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhhh
Q 009833 31 MAATGGLMFGYDVGVSGGVTAMPHFLKKFFPVVYRRTQQGDDSNYCKYDNQGLQLFTSSLYLAGLTATFFASYTTRRLGR 110 (524)
Q Consensus 31 ~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~lp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Gr 110 (524)
+.+++.+..+++..... ..+|.+.+++ |.+..+.+++.+.+.++..++++++|+++||+||
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~-----------------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~ 64 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYI--PAIADMARDL-----------------NVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGR 64 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHTTS-----------------SSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHh--hhhHHHHHHc-----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCC
Confidence 34455566677777766 4458888888 9999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009833 111 RLTMLIAGIFFIAGVAFNVAAQNLAMLIVGRILLGCGVGFANQAVPLFLSEIAPTRIRGGLNILFQLNVTIGILFANLVN 190 (524)
Q Consensus 111 r~~l~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~~~~~~~~ 190 (524)
|+++..+.++.+++.++++++++++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..+++.+
T Consensus 65 r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~- 143 (375)
T 2gfp_A 65 RPVILVGMSIFMLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLI- 143 (375)
T ss_dssp CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHH-
Confidence 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhcccCCCCcchHHHHHhhHHHHHHHHHH-hhcccCChHHHHhcCChhHHHHHHHHHhCCCCchHHHHHHHHHHHHhhhh
Q 009833 191 YGTSHIKSQWGWRISLGLAGIPAALLTVG-SLLVTDTPNSLIERGRFEEGKAVLRKIRGTDKIEPEFLELVEASRIAKEV 269 (524)
Q Consensus 191 ~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 269 (524)
.+.+.+..+||+.|++.+++.++..+. .+++||+++.. ++ +++.
T Consensus 144 --~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~------------------------------~~~~ 188 (375)
T 2gfp_A 144 --GGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVD---AP------------------------------RTRL 188 (375)
T ss_dssp --HHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTT---CC------------------------------CCCT
T ss_pred --HHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCC---cc------------------------------cccH
Confidence 444555679999999998888777664 56688876320 00 0112
Q ss_pred ccchhhhcccCchhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHh-cCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCc
Q 009833 270 KHPFRNLLKRRNRPQLVIAVALQIFQQCTGINAIMFYAPVLFKT-LGFGGSASLYSTVITGAVNVLSTLVSIYSVDKVGR 348 (524)
Q Consensus 270 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~ 348 (524)
+.++++.++++. ++...+..+........+..+.|.++++ +|.++.+.+.......++.+++.++.+++.||.++
T Consensus 189 ~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~ 264 (375)
T 2gfp_A 189 LTSYKTLFGNSG----FNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFST 264 (375)
T ss_dssp TTCSTHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHhcCcc----hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 234455555544 4444455555555566677777777765 78888889999999999999999999999999887
Q ss_pred hhHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhhhccCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceeecccCCchhhhhhhHH
Q 009833 349 RMLLLEAGIQ-MFLSQTVIAIILGIKVKDHSEDLHTGFAVLVVIMICTFISAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRSAGQSV 427 (524)
Q Consensus 349 r~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~ 427 (524)
+ ...+... ...+...+..... .....+.......+.+.+.+. ..+....+..|..| +.|+++.|+
T Consensus 265 ~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~ 330 (375)
T 2gfp_A 265 L--MWQSVICCLLAGLLMWIPDWF----------GVMNVWTLLVPAALFFFGAGM-LFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGAL 330 (375)
T ss_dssp H--HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHH
T ss_pred H--HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh----------ccccHHHHHHHHHHHHHHHHH-hhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHH
Confidence 3 2222222 1111111111100 111222222333333333332 34555667789888 889999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHH
Q 009833 428 TVCVNLLFTFVIAQAFLSMLCHFKFGIFLFFSGWVL 463 (524)
Q Consensus 428 ~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~ 463 (524)
.+....++..+++.+.+.+.+..++...+.+.++..
T Consensus 331 ~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 366 (375)
T 2gfp_A 331 VGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMTLMGL 366 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999988777666665544433
No 6
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=1.2e-28 Score=249.26 Aligned_cols=142 Identities=18% Similarity=0.264 Sum_probs=128.4
Q ss_pred CCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhh-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhh
Q 009833 78 YDNQGLQLFTSSLYLAGLTATFFASYTTRRL-GRRLTMLIAGIFFIAGVAFNVAAQ-NLAMLIVGRILLGCGVGFANQAV 155 (524)
Q Consensus 78 ~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~-Grr~~l~~~~~l~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~ 155 (524)
++..+.+++.+.+.++..++++++|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ +++.++++|+++|++.+...+..
T Consensus 51 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~ 130 (524)
T 2xut_A 51 LRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLV 130 (524)
T ss_dssp TTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhH
Confidence 9999999999999999999999999999999 999999999999999999999999 99999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhccCCCCCcchhHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCcchHHHHHhhHHHHHHHHHHhhc
Q 009833 156 PLFLSEIAPTRIRGGLNIL---FQLNVTIGILFANLVNYGTSHIKSQWGWRISLGLAGIPAALLTVGSLL 222 (524)
Q Consensus 156 ~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~lG~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 222 (524)
.+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|.+++|.+ .+.+.+..+||+.|++.+++.++..+..++
T Consensus 131 ~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~---~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 131 SSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLS---MPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT---STHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999877666 889999999999998 444445578999999988887766555443
No 7
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.95 E-value=1.6e-28 Score=240.40 Aligned_cols=353 Identities=14% Similarity=0.062 Sum_probs=214.7
Q ss_pred cCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHhhhhH-HHHHHHHHHHHhhhhhhh
Q 009833 77 KYDNQGLQLFTSSLYLAGLTATFFASYTTRRLGRRLTMLIAGIFFIAGVA---FNVAAQNL-AMLIVGRILLGCGVGFAN 152 (524)
Q Consensus 77 ~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~l~~~~~~---~~~~~~~~-~~l~~~r~l~G~~~g~~~ 152 (524)
|++..+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++++..+++++.. ...+++.. ..++..+++.|++.+...
T Consensus 39 g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 118 (417)
T 2cfq_A 39 HISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCF 118 (417)
T ss_dssp CCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHH
T ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999999998887765322 12233222 124456777777666555
Q ss_pred hhhhhhhhccCCC--CCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCcchHHHHHhhHHHHHHHHHHhhcccCChHHH
Q 009833 153 QAVPLFLSEIAPT--RIRGGLNILFQLNVTIGILFANLVNYGTSHIKSQWGWRISLGLAGIPAALLTVGSLLVTDTPNSL 230 (524)
Q Consensus 153 ~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~lG~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~p~~~ 230 (524)
+.....+.++.++ ++|+...+....+..+|..++|.++..... .+||+.|++.++..++..+..++.+|+|+.
T Consensus 119 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~----~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 193 (417)
T 2cfq_A 119 NAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT----INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPS- 193 (417)
T ss_dssp HTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH----HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSC-
T ss_pred hhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCccccc-
Confidence 5555555555443 346777788877788888999988554432 479999998887765555555554443310
Q ss_pred HhcCChhHHHHHHHHHhCCCCchHHHHHHHHHHHHhhhhccchhhhcccCchhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHH
Q 009833 231 IERGRFEEGKAVLRKIRGTDKIEPEFLELVEASRIAKEVKHPFRNLLKRRNRPQLVIAVALQIFQQCTGINAIMFYAPVL 310 (524)
Q Consensus 231 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (524)
+.+.++. .+.++ ++....+++++++++. ++...+..+.....+..+..+.|.+
T Consensus 194 --~~~~~~~-------~~~~~--------------~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 246 (417)
T 2cfq_A 194 --SATVANA-------VGANH--------------SAFSLKLALELFRQPK----LWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANF 246 (417)
T ss_dssp --SSCSSSS-------SSSCC--------------CCCCHHHHHHHTTCHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --ccccccc-------ccccc--------------ccccHHHHHHHhcCCc----hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0000000 00000 0000012234444443 2222222222222334444556766
Q ss_pred HHh-cC---CCCcchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCccchhhHH
Q 009833 311 FKT-LG---FGGSASLYSTVITGAVNVLSTLVSIYSVDKVGRRMLLLEAGIQMFLSQTVIAIILGIKVKDHSEDLHTGFA 386 (524)
Q Consensus 311 ~~~-~g---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 386 (524)
+.+ ++ .+....+....+..++.+++.++.++++||++||+.+..+..+..+..+.+... . ..
T Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~--~~ 312 (417)
T 2cfq_A 247 FTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA------------T--SA 312 (417)
T ss_dssp HHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC------------C--SH
T ss_pred HHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh------------c--cH
Confidence 654 32 123344666777778888999999999999999998887766655544333211 1 11
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhccccccccceeecccCCchhhhhhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHH
Q 009833 387 VLVVIMICTFISAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRSAGQSVT-VCVNLLFTFVIAQAFLSMLCHFKFGIFLFFSGWVLIM 465 (524)
Q Consensus 387 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 465 (524)
+..+....+...... ...+..+.+.+|.+|++.|+++.++. +..+.+++.++|.+.|.+.+..++...+.+.+...+.
T Consensus 313 ~~~~~~~~l~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~ 391 (417)
T 2cfq_A 313 LEVVILKTLHMFEVP-FLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALG 391 (417)
T ss_dssp HHHHHHTTHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHH
Confidence 122222111221111 11123356778999999999999984 7888899999999999999887766555554444444
Q ss_pred HHH-HHHhcccC
Q 009833 466 SCF-VFFLLPET 476 (524)
Q Consensus 466 ~~~-~~~~~~~~ 476 (524)
+.+ .++..+|+
T Consensus 392 ~~~~~~~~~~~~ 403 (417)
T 2cfq_A 392 FTLISVFTLSGP 403 (417)
T ss_dssp HHHHHTTSSCCS
T ss_pred HHHHHHhhhcCC
Confidence 433 33334443
No 8
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.42 E-value=2e-12 Score=127.08 Aligned_cols=154 Identities=6% Similarity=-0.067 Sum_probs=116.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009833 286 VIAVALQIFQQCTGINAIMFYAPVLFKTLGFGGSASLYSTVITGAVNVLSTLVSIYSVDKVGRRMLLLEAGIQMFLSQTV 365 (524)
Q Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~ 365 (524)
++.+.+.++.............|.+.+++|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+.++..++.++
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~ 107 (438)
T 3o7q_A 28 FALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAAL 107 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 44455555555555567777788888999999999999999999999999999999999999999999999888888777
Q ss_pred HHHHHhhhccCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceeecccCCchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009833 366 IAIILGIKVKDHSEDLHTGFAVLVVIMICTFISAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRSAGQSVTVCVNLLFTFVIAQAFLS 445 (524)
Q Consensus 366 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~ 445 (524)
..... ..++.+..++..++.+.+.+ ...+....++.|.+|++.|+.+.++.+....+|..+++.+.+.
T Consensus 108 ~~~~~-----------~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~ 175 (438)
T 3o7q_A 108 FWPAA-----------EIMNYTLFLVGLFIIAAGLG-CLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQS 175 (438)
T ss_dssp HHHHH-----------HTTCHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTH
T ss_pred HHhcc-----------ccccHHHHHHHHHHHHhhHH-HhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 63321 11122223333333333333 3334556777899999999999999999999999999999999
Q ss_pred HH-hhhc
Q 009833 446 ML-CHFK 451 (524)
Q Consensus 446 ~~-~~~g 451 (524)
+. +..+
T Consensus 176 l~~~~~~ 182 (438)
T 3o7q_A 176 LILSNVP 182 (438)
T ss_dssp HHHTSSC
T ss_pred HHhcccc
Confidence 88 4443
No 9
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.41 E-value=2.4e-12 Score=127.06 Aligned_cols=144 Identities=14% Similarity=0.122 Sum_probs=124.7
Q ss_pred cCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhh--hhHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhh--hhHHHHHHHHHHHHhhhhhh
Q 009833 77 KYDNQGLQLFTSSLYLAGLTATFFASYTTRRL--GRRLTMLIAGIFFI-AGVAFNVAA--QNLAMLIVGRILLGCGVGFA 151 (524)
Q Consensus 77 ~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~--Grr~~l~~~~~l~~-~~~~~~~~~--~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~ 151 (524)
|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..+..+.. ++.++..+. .+.+.+.+.-++.|++.+..
T Consensus 284 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 363 (451)
T 1pw4_A 284 HFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGP 363 (451)
T ss_dssp CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHH
T ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhch
Confidence 89999999999999999999999999999999 99999888887776 666666665 37888888899999999999
Q ss_pred hhhhhhhhhccCCCCCcchhHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhhcccCCCCcchHHHHHhhHHHHHHHHHHhhcc
Q 009833 152 NQAVPLFLSEIAPTRIRGGLNILFQLNVTI-GILFANLVNYGTSHIKSQWGWRISLGLAGIPAALLTVGSLLV 223 (524)
Q Consensus 152 ~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~l-G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 223 (524)
.+....++.|.+|+++|++++++.+....+ |..+++.+ .+.+.+..||+..|++.+++.++..++.+++
T Consensus 364 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~---~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 364 VMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAI---VGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999 99999999 4444555789999999888877776665443
No 10
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.35 E-value=9.2e-13 Score=128.43 Aligned_cols=146 Identities=14% Similarity=0.205 Sum_probs=122.3
Q ss_pred CcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhh
Q 009833 79 DNQGLQLFTSSLYLAGLTATFFASYTTRRLGRRLTMLIAGIFFIAGVAFNVAAQNLAMLIVGRILLGCGVGFANQAVPLF 158 (524)
Q Consensus 79 s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~ 158 (524)
+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+....+
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 336 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKY 336 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45667888888889999999999999999999999999998888888777778888888888888998888777778899
Q ss_pred hhccCCCCCcchhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCcchHHHHHhhHHHHHHHHHH-hhcccCCh
Q 009833 159 LSEIAPTRIRGGLNIL-FQLNVTIGILFANLVNYGTSHIKSQWGWRISLGLAGIPAALLTVG-SLLVTDTP 227 (524)
Q Consensus 159 i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~lG~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~p 227 (524)
+.|.+|++.|+++.++ ++....+|..++|.+ .+.+.+..|++..|.+.+++.++..++ .++.||.+
T Consensus 337 ~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l---~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 337 ITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVL---AGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHH---HHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhh---HHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 9999999999999998 477888999999999 444445568899999888887777666 44466654
No 11
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.30 E-value=8.8e-12 Score=119.73 Aligned_cols=173 Identities=13% Similarity=0.010 Sum_probs=125.0
Q ss_pred HHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009833 289 VALQIFQQCTGINAIMFYAPVLFKTLGFGGSASLYSTVITGAVNVLSTLVSIYSVDKVGRRMLLLEAGIQMFLSQTVIAI 368 (524)
Q Consensus 289 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 368 (524)
+.+..+........+....|.+.+++|.+..+.+...+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+.....++.+....
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 84 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVT 84 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33444444455566666778888889999999999999999999999999999999999999999888888877776654
Q ss_pred HHhhhccCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceeecccCCchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 009833 369 ILGIKVKDHSEDLHTGFAVLVVIMICTFISAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRSAGQSVTVCVNLLFTFVIAQAFLSMLC 448 (524)
Q Consensus 369 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~ 448 (524)
. + +.+..+....+.+.+. ....+....++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.+
T Consensus 85 ~------------~--~~~~l~~~~~l~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~ 149 (375)
T 2gfp_A 85 T------------S--SLTVLIAASAMQGMGT-GVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDT 149 (375)
T ss_dssp H------------H--HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC
T ss_pred h------------c--cHHHHHHHHHHHHHHH-HhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHH
Confidence 3 1 2222222222222222 22345556777899999999999999999999999999999999988
Q ss_pred hhchhhHHHHHHHHHHHHHH-HHHhcccC
Q 009833 449 HFKFGIFLFFSGWVLIMSCF-VFFLLPET 476 (524)
Q Consensus 449 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~ 476 (524)
..++...+.+.+...+...+ ..+..||+
T Consensus 150 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 178 (375)
T 2gfp_A 150 MWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPET 178 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCC
T ss_pred hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCccc
Confidence 87877655554444433333 33444544
No 12
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.29 E-value=8.5e-12 Score=124.56 Aligned_cols=170 Identities=14% Similarity=0.091 Sum_probs=121.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHH-h-----cCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcc-cCchhHHHHHHHH
Q 009833 286 VIAVALQIFQQCTGINAIMFYAPVLFK-T-----LGFGGSASLYSTVITGAVNVLSTLVSIYSVDK-VGRRMLLLEAGIQ 358 (524)
Q Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~~~r~~~~~~~~~ 358 (524)
++...+..+.....++....+.+.+++ . +|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++|| +|||+.+..+.++
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~ 94 (491)
T 4aps_A 15 LSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVL 94 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHH
Confidence 444445555555555666666666664 4 89999999999999999999999999999999 8999999998888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhccCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceeecccCCchh--hhhhhHHHHHHHHHHH
Q 009833 359 MFLSQTVIAIILGIKVKDHSEDLHTGFAVLVVIMICTFISAFAWSWGPLGWLIPSETFPLET--RSAGQSVTVCVNLLFT 436 (524)
Q Consensus 359 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~ 436 (524)
..++.++.... . +.+...+...+.+.+.+ ...+....++.|.+|++. |+.+.++.+....+|.
T Consensus 95 ~~~~~~~~~~~------------~--~~~~~~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~ 159 (491)
T 4aps_A 95 IMLGHIVLALP------------F--GASALFGSIILIIIGTG-FLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGA 159 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSC------------C--STTHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHh------------h--hHHHHHHHHHHHHHHHH-hccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHH
Confidence 77777665532 1 11122222222222222 233556677789999988 7778888889999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009833 437 FVIAQAFLSMLCHFKFGIFLFFSGWVLIMSCFVF 470 (524)
Q Consensus 437 ~i~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 470 (524)
.++|.+.+.+.+..+|...+...++..+.+++..
T Consensus 160 ~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 193 (491)
T 4aps_A 160 FIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVY 193 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999998888766666555444444433
No 13
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.25 E-value=9.7e-11 Score=117.88 Aligned_cols=170 Identities=11% Similarity=0.062 Sum_probs=119.4
Q ss_pred HHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHH-HhcC------CCCcchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccc-CchhHHHHHHHHHH
Q 009833 289 VALQIFQQCTGINAIMFYAPVLF-KTLG------FGGSASLYSTVITGAVNVLSTLVSIYSVDKV-GRRMLLLEAGIQMF 360 (524)
Q Consensus 289 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-~~r~~~~~~~~~~~ 360 (524)
..+..+.....++....+.+.++ +++| ++..+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |||+.+..+.++..
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~ 96 (524)
T 2xut_A 17 IIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYC 96 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 33444444445555666676665 4588 9999999999999999999999999999999 99999998888777
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhccCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceeecccCCchhhhhhhHH---HHHHHHHHHH
Q 009833 361 LSQTVIAIILGIKVKDHSEDLHTGFAVLVVIMICTFISAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRSAGQSV---TVCVNLLFTF 437 (524)
Q Consensus 361 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~ 437 (524)
++.++.... . .+.+..++...+.+.+.+ ...+....++.|.+|++.|+++.+. .+....+|..
T Consensus 97 ~~~~~~~~~------------~-~~~~~~~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 162 (524)
T 2xut_A 97 VGHAFLAIF------------E-HSVQGFYTGLFLIALGSG-GIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSF 162 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHT------------S-SCHHHHHHHHHHHHHHHH-TTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHh------------c-ccHHHHHHHHHHHHHhcc-ccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 776665542 1 012222222233333322 3345666777899999999876666 8888999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 009833 438 VIAQAFLSMLCHFKFGIFLFFSGWVLIMSCFVFFL 472 (524)
Q Consensus 438 i~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 472 (524)
++|.+.+.+.+..++...+.+.++..+.+++..+.
T Consensus 163 ~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 163 FASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999998888776666555554444444433
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.16 E-value=4.4e-10 Score=112.03 Aligned_cols=151 Identities=18% Similarity=0.086 Sum_probs=107.4
Q ss_pred cCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-----hHHHHHHHHHHHHhhhhhh
Q 009833 77 KYDNQGLQLFTSSLYLAGLTATFFASYTTRRLGRRLTMLIAGIFFIAGVAFNVAAQ-----NLAMLIVGRILLGCGVGFA 151 (524)
Q Consensus 77 ~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~l~~~~~~~~~~~~-----~~~~l~~~r~l~G~~~g~~ 151 (524)
+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+... +...++..-+..+......
T Consensus 308 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 387 (491)
T 4gc0_A 308 GASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSW 387 (491)
T ss_dssp SCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTT
T ss_pred CCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHH
Confidence 66777777777888888999999999999999999999999888888776655431 1222222222222222334
Q ss_pred hhhhhhhhhccCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc---CCCCcchHHHHHhhHHHHHHHHHH-hhcccCCh
Q 009833 152 NQAVPLFLSEIAPTRIRGGLNILFQLNVTIGILFANLVNYGTSH---IKSQWGWRISLGLAGIPAALLTVG-SLLVTDTP 227 (524)
Q Consensus 152 ~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~p 227 (524)
.+....+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+...+.. .....++...|++.++++++..+. ++++||+.
T Consensus 388 ~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 388 GPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 56777899999999999999999999988888888766332211 111234556788888877777665 57799984
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=64.73 E-value=3.3 Score=19.99 Aligned_cols=14 Identities=14% Similarity=0.375 Sum_probs=11.5
Q ss_pred hhHHHhhhhhhHHH
Q 009833 100 FASYTTRRLGRRLT 113 (524)
Q Consensus 100 ~~g~l~dr~Grr~~ 113 (524)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999864
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=24.65 E-value=1.5e+02 Score=24.39 Aligned_cols=25 Identities=16% Similarity=0.269 Sum_probs=18.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhhhH
Q 009833 87 TSSLYLAGLTATFFASYTTRRLGRR 111 (524)
Q Consensus 87 ~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr 111 (524)
+.-|.+|+.+++.+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 3456777788888888888886543
Done!