Query 009914
Match_columns 522
No_of_seqs 651 out of 2702
Neff 10.9
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 15:47:36 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/009914.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/009914hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 6.5E-38 2.2E-42 312.3 35.5 371 4-391 26-412 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2E-35 6.7E-40 293.2 42.8 357 3-392 23-412 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 5.1E-34 1.7E-38 287.3 31.3 371 9-387 15-432 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 2.4E-34 8.3E-39 279.2 18.5 348 8-387 2-352 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 4.1E-32 1.4E-36 273.4 31.8 376 4-387 11-448 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 2.1E-29 7.2E-34 247.6 13.0 359 6-391 7-378 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 2E-27 6.8E-32 241.1 25.7 370 7-387 13-467 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 8.2E-14 2.8E-18 138.0 15.9 176 6-186 252-434 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 1.2E-12 4.2E-17 128.1 18.2 144 40-188 258-402 (417)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 6.9E-12 2.4E-16 123.6 20.3 166 8-181 260-428 (438)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 1E-11 3.5E-16 124.4 14.4 174 9-188 286-474 (491)
12 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 1.9E-10 6.4E-15 115.1 20.3 184 7-190 278-467 (491)
13 2xut_A Proton/peptide symporte 99.1 3.7E-10 1.3E-14 114.0 13.5 145 234-391 22-177 (524)
14 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.0 3.3E-10 1.1E-14 109.1 8.1 132 243-387 19-150 (375)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 57.9 6.9 0.00023 19.0 1.8 14 60-73 2-15 (26)
16 2zz9_A Aquaporin-4; water tran 27.8 36 0.0012 30.4 2.9 10 429-438 218-227 (301)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=6.5e-38 Score=312.29 Aligned_cols=371 Identities=15% Similarity=0.116 Sum_probs=290.4
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHhcCCChhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHH
Q 009914 4 ETVTLVLVNLAGIMERADESLLPGVYKEVGAALHTDPTGLGSLTLFRSIVQASCYPIAAYLAIRHNRAHVIALGAFLWAA 83 (522)
Q Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~Dr~grr~~l~~~~~~~~~ 83 (522)
+++.+..++++.+...++...+.+.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++.++
T Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~ 104 (451)
T 1pw4_A 26 RWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAA 104 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHH
Confidence 456778888889999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHh----hhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhccCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccc
Q 009914 84 ATFLVAF----SSTFAQVAISRALNGIGLALVAPAIQSLVADSTDDSNRGVAFGWLQLTSNIGSLVGGLFSVVMAPMTFM 159 (522)
Q Consensus 84 ~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l~~~l~~~~~~ 159 (522)
+.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+++|.+++++.+.
T Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~--- 181 (451)
T 1pw4_A 105 VMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAW--- 181 (451)
T ss_dssp HHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHH---
T ss_pred HHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---
Confidence 9999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998876
Q ss_pred CCCC-chHHHHHHHHHHHHHHHhhhh-ccCCCCCCCCCCCCCcccccchh---hhhhHHHHH--HhhhhhcchhHHHHHH
Q 009914 160 GIPG-WRISFHIVGLISVVVGTLVRL-FANDPHFPDGGTANSDQVSSKSF---RSDVKVLIQ--EAKSVIKIPSFQIIVA 232 (522)
Q Consensus 160 ~~~g-w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~ 232 (522)
.| ||++|++.+++.++..++.++ .+++|+....++.++..+..... ..+.+...+ ..+..+++|.++...+
T Consensus 182 --~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 259 (451)
T 1pw4_A 182 --FNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAI 259 (451)
T ss_dssp --TCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHH
T ss_pred --hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHH
Confidence 77 999999999888877766655 44444332211111100000000 000000001 1355677888877766
Q ss_pred Hhhhccc-hhHHHHHHHHHHHH-hCCChhHHHHHHHHHHHHHhccchhhhhhhhHh--hhcCCCchhHHHHHHHHHHHHH
Q 009914 233 QGVTGSF-PWSALSFAAMWLEL-TGFSHEKTAFLMALFVIASSLGGLFGGRMGDFL--SARFPNSGRIILAQISSLSAIP 308 (522)
Q Consensus 233 ~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 308 (522)
..+.... .+....+.|.|+++ +|++..+.+.+.+...++.+++.++.+++.||+ ++|+ .+... ..+.. .
T Consensus 260 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~-----~~~~~-~~~~~-~ 332 (451)
T 1pw4_A 260 ANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRG-----ATGVF-FMTLV-T 332 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHH-----HHHHH-HHHHH-H
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCch-----hHHHH-HHHHH-H
Confidence 5555544 45666789999986 899999999999999999999999999999998 7762 22221 11111 0
Q ss_pred HHHHHHHhCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHhccCCCcchhhhhhhcCcchhHHHHHHHHHHHHH-HhchhhHHHHHHHHH
Q 009914 309 LAALLLLVLPDDPSTPVMHGLVLVVTGLFISWNAPATNNPIFAEIVPEKSRTSVYAMDRSFESI-LSSFAPPVVGILAQH 387 (522)
Q Consensus 309 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~-~~~i~~~~~g~l~~~ 387 (522)
.....+... ...+.+......++.|++.+...+ ....++.|.+|++.|++++|+.+.+.++ +..++|.+.|.+.+.
T Consensus 333 -~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~ 409 (451)
T 1pw4_A 333 -IATIVYWMN-PAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVM-LIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDF 409 (451)
T ss_dssp -HHHHHTTSC-CTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHH-HHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred -HHHHHHHHh-cccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHH-HHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 111222222 122444466677778888777776 6778999999999999999999999999 999999999999998
Q ss_pred hhCc
Q 009914 388 VYGF 391 (522)
Q Consensus 388 ~~g~ 391 (522)
.||
T Consensus 410 -~g~ 412 (451)
T 1pw4_A 410 -FGW 412 (451)
T ss_dssp -SCS
T ss_pred -cCc
Confidence 565
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2e-35 Score=293.18 Aligned_cols=357 Identities=13% Similarity=0.107 Sum_probs=282.0
Q ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHhcCCChhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHH
Q 009914 3 QETVTLVLVNLAGIMERADESLLPGVYKEVGAALHTDPTGLGSLTLFRSIVQASCYPIAAYLAIRHNRAHVIALGAFLWA 82 (522)
Q Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~Dr~grr~~l~~~~~~~~ 82 (522)
++++.+..+++..+..++......+..|.+.+++|.|+.+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++.+
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 34567778888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHH---HhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhccCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-cccc
Q 009914 83 AATFLV---AFSSTFAQVAISRALNGIGLALVAPAIQSLVADSTDDSNRGVAFGWLQLTSNIGSLVGGLFSVVMA-PMTF 158 (522)
Q Consensus 83 ~~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l~~~l~-~~~~ 158 (522)
++.+++ +++++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.++++.+++.+. ..
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~-- 180 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSN-- 180 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTS--
T ss_pred HHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--
Confidence 999999 888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999988 44
Q ss_pred cCCCC-------------------------chHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccCCCCCCCCCCCCCcccccchhhhhhHH
Q 009914 159 MGIPG-------------------------WRISFHIVGLISVVVGTLVRLFANDPHFPDGGTANSDQVSSKSFRSDVKV 213 (522)
Q Consensus 159 ~~~~g-------------------------w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 213 (522)
.+ ||+.|++.+++.++..++.++.. .|+.+++++++++ + ++
T Consensus 181 ---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~p~~~~~~~~~~~---~-------~~ 246 (438)
T 3o7q_A 181 ---VPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTK-FPALQSDNHSDAK---Q-------GS 246 (438)
T ss_dssp ---SCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCCTTTCCCCSS---T-------TS
T ss_pred ---cccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc-CCccccccccccc---c-------cc
Confidence 33 99999888877776666554432 2222211111111 1 11
Q ss_pred HHHHhhhhhcchhHHHHHHHhhhccc-hhHHHHHHHHH-HHH-hCCChhHHHHHHHHHHHHHhccchhhhhhhhHhhhcC
Q 009914 214 LIQEAKSVIKIPSFQIIVAQGVTGSF-PWSALSFAAMW-LEL-TGFSHEKTAFLMALFVIASSLGGLFGGRMGDFLSARF 290 (522)
Q Consensus 214 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~-~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~ 290 (522)
..+..++.+++|.++...+..+.... .+....+.|.| +++ +|++..+++.+.+...++.+++.++.+++.||+++|+
T Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~ 326 (438)
T 3o7q_A 247 FSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHK 326 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHH
T ss_pred hhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH
Confidence 22345567788888877666555554 34566789999 876 5999999999999999999999999999999999883
Q ss_pred CCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHhccCCCcchhhhhhhcCcchhHHHHHHHHHHH
Q 009914 291 PNSGRIILAQISSLSAIPLAALLLLVLPDDPSTPVMHGLVLVVTGLFISWNAPATNNPIFAEIVPEKSRTSVYAMDRSFE 370 (522)
Q Consensus 291 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 370 (522)
.+.... .+..+. .+.+.. .+. .+ .....++.|++.+...+ ...++..|..|++ ++++.++.. ..
T Consensus 327 -----~~~~~~-~~~~~~--~~~~~~---~~~-~~-~~~~~~~~g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~ 390 (438)
T 3o7q_A 327 -----VLAAYA-LIAMAL--CLISAF---AGG-HV-GLIALTLCSAFMSIQYP-TIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MT 390 (438)
T ss_dssp -----HHHHHH-HHHHHH--HHHHHH---CCH-HH-HHHHHHHHHHHHTTHHH-HHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HT
T ss_pred -----HHHHHH-HHHHHH--HHHHHH---cCC-cH-HHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HH
Confidence 332222 111111 111111 122 22 33445777888887777 7888888999866 888888877 67
Q ss_pred HHHhchhhHHHHHHHHHhhC-cc
Q 009914 371 SILSSFAPPVVGILAQHVYG-FK 392 (522)
Q Consensus 371 ~~~~~i~~~~~g~l~~~~~g-~~ 392 (522)
.+++.++|.+.|++.|. .| +.
T Consensus 391 ~~g~~~~~~~~g~l~~~-~g~~~ 412 (438)
T 3o7q_A 391 IIGGGIVTPVMGFVSDA-AGNIP 412 (438)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHH-HTSSG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH-hcchH
Confidence 79999999999999999 45 64
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=5.1e-34 Score=287.30 Aligned_cols=371 Identities=14% Similarity=0.152 Sum_probs=262.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHhcCC--------ChhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHHHH
Q 009914 9 VLVNLAGIMERADESLLPGVYKEVGAALHT--------DPTGLGSLTLFRSIVQASCYPIAAYLAIRHNRAHVIALGAFL 80 (522)
Q Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~--------s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~Dr~grr~~l~~~~~~ 80 (522)
+..+++.++.+++..+++..+|.+.++++. +..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++
T Consensus 15 ~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l 94 (491)
T 4gc0_A 15 LVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVL 94 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHH
Confidence 344667788899999999999999888743 345688999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHH------------------hhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhccCCCchhHHHHHHHHHHHHH
Q 009914 81 WAAATFLVA------------------FSSTFAQVAISRALNGIGLALVAPAIQSLVADSTDDSNRGVAFGWLQLTSNIG 142 (522)
Q Consensus 81 ~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lg 142 (522)
+.++.++++ +++|++.++++|+++|++.|...+....+++|+.|+++|++..++.+.+..+|
T Consensus 95 ~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g 174 (491)
T 4gc0_A 95 FFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFG 174 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhh
Confidence 999999998 47899999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhcccc---cCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccCCCCCCCCCCCCCcccccch----------hhh
Q 009914 143 SLVGGLFSVVMAPMTF---MGIPGWRISFHIVGLISVVVGTLVRLFANDPHFPDGGTANSDQVSSKS----------FRS 209 (522)
Q Consensus 143 ~~~g~~l~~~l~~~~~---~~~~gw~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~ 209 (522)
.++++.++..+..... ....+||+.+.+..+..++..+..++.||+|++...+.+.++..+... ...
T Consensus 175 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 254 (491)
T 4gc0_A 175 QLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQ 254 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHH
Confidence 9999998887654321 123568999988888888888888888888876544433222111000 000
Q ss_pred hhHHHHH----H--hhhhhcchhHHHHHHHhh-hccc-hhHHHHHHHHHHHHhCCChhHHHHHHHHHHHHHhccchhhhh
Q 009914 210 DVKVLIQ----E--AKSVIKIPSFQIIVAQGV-TGSF-PWSALSFAAMWLELTGFSHEKTAFLMALFVIASSLGGLFGGR 281 (522)
Q Consensus 210 ~~~~~~~----~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 281 (522)
+.++... . ....++.+.......... .... .+....+.|.+.+..+.+...........++..+++.++.++
T Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 334 (491)
T 4gc0_A 255 EIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIM 334 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0000000 0 011222333333222222 2222 344455677777788888888888888888999999999999
Q ss_pred hhhHhhhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHhccCCCcchhhhhhhcCcchhHH
Q 009914 282 MGDFLSARFPNSGRIILAQISSLSAIPLAALLLLVLPDDPSTPVMHGLVLVVTGLFISWNAPATNNPIFAEIVPEKSRTS 361 (522)
Q Consensus 282 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 361 (522)
+.||+|||+ .++... ....+....+...................+..++..+ ..+ ..+.+.+|.+|++.|++
T Consensus 335 l~dr~Grr~-----~~~~~~-~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~~~~~~~E~fPt~~R~~ 406 (491)
T 4gc0_A 335 TVDKFGRKP-----LQIIGA-LGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMS-WGP-VCWVLLSEIFPNAIRGK 406 (491)
T ss_dssp HHHHHCSHH-----HHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTT-TTH-HHHHHHHHSSCTTTHHH
T ss_pred HHHhhcCcc-----hhccch-HHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhH-HHH-HHHHHHHHhCCHhHHHH
Confidence 999999994 332222 2222222222222222222222222222222233322 233 57789999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhchhhHHHHHHHHH
Q 009914 362 VYAMDRSFESILSSFAPPVVGILAQH 387 (522)
Q Consensus 362 ~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~~~ 387 (522)
+.|+.+.++++++.+++.+.+.+.+.
T Consensus 407 ~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~ 432 (491)
T 4gc0_A 407 ALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKN 432 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999888777554
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=2.4e-34 Score=279.16 Aligned_cols=348 Identities=14% Similarity=0.119 Sum_probs=275.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHhcCCChhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009914 8 LVLVNLAGIMERADESLLPGVYKEVGAALHTDPTGLGSLTLFRSIVQASCYPIAAYLAIRHNRAHVIALGAFLWAAATFL 87 (522)
Q Consensus 8 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~Dr~grr~~l~~~~~~~~~~~~~ 87 (522)
+..+++..+...+......+.+|.+.+++|.|+.+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++..+.++.+++.++
T Consensus 2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~ 81 (375)
T 2gfp_A 2 LLMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLV 81 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 35567788888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhccCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccccCCCCchHH
Q 009914 88 VAFSSTFAQVAISRALNGIGLALVAPAIQSLVADSTDDSNRGVAFGWLQLTSNIGSLVGGLFSVVMAPMTFMGIPGWRIS 167 (522)
Q Consensus 88 ~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l~~~l~~~~~~~~~gw~~~ 167 (522)
++++++++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+....+|.+++|.+++++.+. .+||+.
T Consensus 82 ~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~-----~~~~~~ 156 (375)
T 2gfp_A 82 AVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTM-----WNWRAC 156 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCH-----HHHHHH
T ss_pred HHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHh-----ccHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999887 799999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhccCCCCCCCCCCCCCcccccchhhhhhHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHHhhhccc-hhHHHHH
Q 009914 168 FHIVGLISVVVGTLVRLFANDPHFPDGGTANSDQVSSKSFRSDVKVLIQEAKSVIKIPSFQIIVAQGVTGSF-PWSALSF 246 (522)
Q Consensus 168 f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~ 246 (522)
|++.+++.++..+...+..++++..+++++ + . . +..++.+++|.++......+.... .+....+
T Consensus 157 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~---~---~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 221 (375)
T 2gfp_A 157 YLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPRT--R---L---L-------TSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEAC 221 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCCC--C---T---T-------TCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcccc--c---H---H-------HHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999988887777655443333222211110 0 0 0 112234455666555444444333 3455567
Q ss_pred HHHHHHH-hCCChhHHHHHHHHHHHHHhccchhhhhhhhHhhhcCCCchhHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHhCCCCCchh
Q 009914 247 AAMWLEL-TGFSHEKTAFLMALFVIASSLGGLFGGRMGDFLSARFPNSGRIILAQIS-SLSAIPLAALLLLVLPDDPSTP 324 (522)
Q Consensus 247 ~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 324 (522)
.|.|+++ +|.++.+.+.+.....++.+++.++.+++.||++++ ....... ...+......... ...+.
T Consensus 222 ~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~ 291 (375)
T 2gfp_A 222 SGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL------MWQSVICCLLAGLLMWIPDWF----GVMNV 291 (375)
T ss_dssp CSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH------HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHH----HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh----ccccH
Confidence 8888875 899999999999999999999999999999998874 2221111 1111100000000 01233
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccCCCcchhhhhhhcCcchhHHHHHHHHHHHHHHhchhhHHHHHHHHH
Q 009914 325 VMHGLVLVVTGLFISWNAPATNNPIFAEIVPEKSRTSVYAMDRSFESILSSFAPPVVGILAQH 387 (522)
Q Consensus 325 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~~~ 387 (522)
+......++.|++.+...+ ...++..|..| ++|+++.|+.+...+++..++|.+.|.+.+.
T Consensus 292 ~~~~~~~~l~g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~ 352 (375)
T 2gfp_A 292 WTLLVPAALFFFGAGMLFP-LATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQT 352 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSS-TTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhH-HHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 4455667788888888888 88999999998 8999999999999999999999999999876
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=4.1e-32 Score=273.38 Aligned_cols=376 Identities=12% Similarity=0.091 Sum_probs=260.2
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh-HHHHHHHh-----cCCChhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHH-hchhHHHHH
Q 009914 4 ETVTLVLVNLAGIMERADESLLPG-VYKEVGAA-----LHTDPTGLGSLTLFRSIVQASCYPIAAYLAIR-HNRAHVIAL 76 (522)
Q Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~-----~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~Dr-~grr~~l~~ 76 (522)
+++.++.+.+..+...+....... ..+++.++ +|.+..+.|++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++..
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~ 90 (491)
T 4aps_A 11 QPLGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFW 90 (491)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHH
T ss_pred cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHH
Confidence 345566666677776666655544 44455555 99999999999999999999999999999999 899999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhccCCCc--hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 009914 77 GAFLWAAATFLVAFSSTFAQVAISRALNGIGLALVAPAIQSLVADSTDDSN--RGVAFGWLQLTSNIGSLVGGLFSVVMA 154 (522)
Q Consensus 77 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l~~~l~ 154 (522)
+.++.+++.++++++++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++ |+.++++.+.+.++|.+++|.+++.+.
T Consensus 91 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~ 170 (491)
T 4aps_A 91 GGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQ 170 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999999999999999999999988 777888899999999999999999999
Q ss_pred cccccCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccCCCCCCCCCCCCCcccccchhhhhhH----------------------
Q 009914 155 PMTFMGIPGWRISFHIVGLISVVVGTLVRLFANDPHFPDGGTANSDQVSSKSFRSDVK---------------------- 212 (522)
Q Consensus 155 ~~~~~~~~gw~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------------- 212 (522)
+. .|||++|++.++..++..++.++..++...++.+..+++ ..+++..+..+
T Consensus 171 ~~-----~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 244 (491)
T 4aps_A 171 EA-----AGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDP-LAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWN 244 (491)
T ss_dssp HH-----SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCC-CSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSC
T ss_pred hh-----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCc-cccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCc
Confidence 87 899999999888777666655544322111111110000 00000000000
Q ss_pred --------------------------HHHHHhhhhhcchhHHHHHHHhhhccc-hhHHHHHHHHHHHH-hCCChhHHHHH
Q 009914 213 --------------------------VLIQEAKSVIKIPSFQIIVAQGVTGSF-PWSALSFAAMWLEL-TGFSHEKTAFL 264 (522)
Q Consensus 213 --------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~ 264 (522)
+.....+...+....+........... ......++|.|.++ .+.+....+.+
T Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 324 (491)
T 4aps_A 245 SLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWF 324 (491)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGG
T ss_pred ccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHH
Confidence 000000011111112222222222222 23344567888875 67765677788
Q ss_pred HHHHHHHHhccchhhhhhhhHhhhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hCC-CCCchhHHHHHHHHHHHHHHhcc
Q 009914 265 MALFVIASSLGGLFGGRMGDFLSARFPNSGRIILAQISSLSAIPLAALLLL--VLP-DDPSTPVMHGLVLVVTGLFISWN 341 (522)
Q Consensus 265 ~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 341 (522)
.....++.+++.++.+++.||++||+....+.+.... .+..+....+... ... ......+......++.|++.+..
T Consensus 325 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~ 403 (491)
T 4aps_A 325 QSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGL-MFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLI 403 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHH-HHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred hccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8888889999999999999999988643211111111 1111111111111 000 11223444667778889988888
Q ss_pred CCCcchhhhhhhcCcchhHHHHHHHHHHHHHHhchhhHHHHHHHHH
Q 009914 342 APATNNPIFAEIVPEKSRTSVYAMDRSFESILSSFAPPVVGILAQH 387 (522)
Q Consensus 342 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~~~ 387 (522)
.+ ..+.++.|.+|++.|+++.|+.+....++..++|.+.+.+.+.
T Consensus 404 ~~-~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~ 448 (491)
T 4aps_A 404 SP-VGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK 448 (491)
T ss_dssp TT-HHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS
T ss_pred hH-HHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 88 7899999999999999999999999999999999998887654
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.96 E-value=2.1e-29 Score=247.55 Aligned_cols=359 Identities=9% Similarity=0.040 Sum_probs=224.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHH-HHHhcCCChhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHH
Q 009914 6 VTLVLVNLAGIMERADESLLPGVYKE-VGAALHTDPTGLGSLTLFRSIVQASCYPIAAYLAIRHNRAHVIALGAFLWAAA 84 (522)
Q Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~Dr~grr~~l~~~~~~~~~~ 84 (522)
+.+..+....+..........+.+|. +.+++|.|+.+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++..+.+++
T Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~ 86 (417)
T 2cfq_A 7 TNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVM 86 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSC
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34445555555555555565666666 45669999999999999999999999999999999999999999888776553
Q ss_pred HHH---HHhhhhHH-HHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhccCC--CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccc
Q 009914 85 TFL---VAFSSTFA-QVAISRALNGIGLALVAPAIQSLVADSTDD--SNRGVAFGWLQLTSNIGSLVGGLFSVVMAPMTF 158 (522)
Q Consensus 85 ~~~---~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l~~~l~~~~~ 158 (522)
... ..+.+... .++..+++.|++.+...+.....+.++.++ ++++..++.......+|..++|.+++++.+
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~--- 163 (417)
T 2cfq_A 87 FAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT--- 163 (417)
T ss_dssp HHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH---
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---
Confidence 221 12222211 133445555544444443333334444332 345677788888889999999999999876
Q ss_pred cCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccCCCCCCCCCCCCCcccccchhhhhhHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHHhhhcc
Q 009914 159 MGIPGWRISFHIVGLISVVVGTLVRLFANDPHFPDGGTANSDQVSSKSFRSDVKVLIQEAKSVIKIPSFQIIVAQGVTGS 238 (522)
Q Consensus 159 ~~~~gw~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 238 (522)
.+|+..|++.++..++..+..++.++++++..++++.++.+.++. ..++.++.+++|.++......+...
T Consensus 164 ---~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 233 (417)
T 2cfq_A 164 ---INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGANHSAF-------SLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVS 233 (417)
T ss_dssp ---HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSSSCCCCC-------CHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccccccccccccccccc-------cHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHH
Confidence 479999998777655544444444444322111110000011110 1123345667777766554433322
Q ss_pred ch-hHHHHHHHHHHHH-hC---CChhHHHHHHHHHHHHHhccchhhhhhhhHhhhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009914 239 FP-WSALSFAAMWLEL-TG---FSHEKTAFLMALFVIASSLGGLFGGRMGDFLSARFPNSGRIILAQISSLSAIPLAALL 313 (522)
Q Consensus 239 ~~-~~~~~~~~~~~~~-~g---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 313 (522)
.. +....+.|.|+.+ ++ .+....+...++..++.+++.++.++++||+++|+ .+... ..+.++ . ..
T Consensus 234 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~-----~l~~~-~~~~~~--~-~~ 304 (417)
T 2cfq_A 234 CTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKN-----ALLLA-GTIMSV--R-II 304 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHH-----HHHHH-HHHHHH--H-HH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHH-----HHHHH-HHHHHH--H-HH
Confidence 22 2334567888765 33 22345677777888888899999999999999883 22221 111111 1 11
Q ss_pred HHhCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHhccCCCcchhhhhhhcCcchhHHHHHHH-HHHHHHHhchhhHHHHHHHHHhhCc
Q 009914 314 LLVLPDDPSTPVMHGLVLVVTGLFISWNAPATNNPIFAEIVPEKSRTSVYAMD-RSFESILSSFAPPVVGILAQHVYGF 391 (522)
Q Consensus 314 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~-~~~~~~~~~i~~~~~g~l~~~~~g~ 391 (522)
.. ...++ .+.+.+..++.+++.+...+ ....+..|..|++.|+++.++. +....+++.++|.+.|++.+. .|+
T Consensus 305 ~~--~~~~~-~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~-~g~ 378 (417)
T 2cfq_A 305 GS--SFATS-ALEVVILKTLHMFEVPFLLV-GCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYES-IGF 378 (417)
T ss_dssp HH--TTCCS-HHHHHHHTTHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHH-SHH
T ss_pred HH--HHhcc-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHh-cCc
Confidence 11 11222 23344444455555554444 4678999999999999999994 888889999999999999987 443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=2e-27 Score=241.14 Aligned_cols=370 Identities=11% Similarity=0.009 Sum_probs=232.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHH-HHHHhcC------CChhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHh-chhHHHHHHH
Q 009914 7 TLVLVNLAGIMERADESLLPGVYK-EVGAALH------TDPTGLGSLTLFRSIVQASCYPIAAYLAIRH-NRAHVIALGA 78 (522)
Q Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~g------~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~Dr~-grr~~l~~~~ 78 (522)
.+..+.+..++..+......+.++ ++.+++| .++.+.|++.+++.++..++.+++|+++||+ |||+++.++.
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~ 92 (524)
T 2xut_A 13 QIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLS 92 (524)
T ss_dssp CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHH
Confidence 344555666666666555444444 5677899 9999999999999999999999999999999 9999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhh-hHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhccCCCchhHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 009914 79 FLWAAATFLVAFSS-TFAQVAISRALNGIGLALVAPAIQSLVADSTDDSNRGVAFGW---LQLTSNIGSLVGGLFSVVMA 154 (522)
Q Consensus 79 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~lg~~~g~~l~~~l~ 154 (522)
++.+++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. .+...++|.+++|.+++.+.
T Consensus 93 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 172 (524)
T 2xut_A 93 LIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLL 172 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999999999998 999999999999999999999999999999999999776665 99999999999999999998
Q ss_pred cccccCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccCCCCCCCCCCCC-Ccc--------cccchhhhh---hHH---------
Q 009914 155 PMTFMGIPGWRISFHIVGLISVVVGTLVRLFANDPHFPDGGTAN-SDQ--------VSSKSFRSD---VKV--------- 213 (522)
Q Consensus 155 ~~~~~~~~gw~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~--------~~~~~~~~~---~~~--------- 213 (522)
+. .+||++|++.+++.++..++.++..++.+..+++.+. .+. ++.....+. ...
T Consensus 173 ~~-----~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 247 (524)
T 2xut_A 173 KN-----FGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAY 247 (524)
T ss_dssp HT-----SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cc-----ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhh
Confidence 77 7999999998888776665554433221111110000 000 000000000 000
Q ss_pred ----------------------HHH---Hh---h---------hhhcchhHHHHHHHhhhccch---h-HHHHHHHHHHH
Q 009914 214 ----------------------LIQ---EA---K---------SVIKIPSFQIIVAQGVTGSFP---W-SALSFAAMWLE 252 (522)
Q Consensus 214 ----------------------~~~---~~---~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~-~~~~~~~~~~~ 252 (522)
..+ .+ . ...+.+............... + .....++.+..
T Consensus 248 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 327 (524)
T 2xut_A 248 ALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWILQAN 327 (524)
T ss_dssp TGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHHHHHH
T ss_pred hhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhHHhHH
Confidence 000 00 0 001112222111111111111 1 11123334433
Q ss_pred HhCCCh-hHHHHHHHHHHHHHhccchhhhhhh----hHhhhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCC------CC
Q 009914 253 LTGFSH-EKTAFLMALFVIASSLGGLFGGRMG----DFLSARFPNSGRIILAQISSLSAIPLAALLLLVLPD------DP 321 (522)
Q Consensus 253 ~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~ 321 (522)
..+.+. ...+.+.....++.+++..+.+++. +|.+++... ......+..+. . .......... ..
T Consensus 328 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~g~~~~-~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 402 (524)
T 2xut_A 328 DMVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTA---LRKMGAGIAIT-G-LSWIVVGTIQLMMDGGSA 402 (524)
T ss_dssp HSCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CC---HHHHHTHHHHH-H-HHHHTTTTTTTTTTTTCC
T ss_pred hcCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCCh---HHHHHHHHHHH-H-HHHHHHHHHHHHhcCCCC
Confidence 443322 1345555554455555555555553 333322111 11111111111 1 1111111110 11
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHhccCCCcchhhhhhhcCcchhHHHHHHHHHHHHHHhchhhHHHHHHHHH
Q 009914 322 STPVMHGLVLVVTGLFISWNAPATNNPIFAEIVPEKSRTSVYAMDRSFESILSSFAPPVVGILAQH 387 (522)
Q Consensus 322 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~~~ 387 (522)
...+......++.|++.+...+ ...+++.|..|++.||+++|+.+...++++.++|.+.|.+.+.
T Consensus 403 ~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~ 467 (524)
T 2xut_A 403 LSIFWQILPYALLTFGEVLVSA-TGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSP 467 (524)
T ss_dssp CCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSC
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 2334455677888888887777 7889999999999999999999999999999999999988764
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.54 E-value=8.2e-14 Score=138.02 Aligned_cols=176 Identities=11% Similarity=0.010 Sum_probs=150.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHh-cCCChhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHh--chhHHHHHHHHHHH
Q 009914 6 VTLVLVNLAGIMERADESLLPGVYKEVGAA-LHTDPTGLGSLTLFRSIVQASCYPIAAYLAIRH--NRAHVIALGAFLWA 82 (522)
Q Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~Dr~--grr~~l~~~~~~~~ 82 (522)
+.++.+.+..++............|.+.++ +|.++.+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+.++..+..
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 331 (451)
T 1pw4_A 252 KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLV 331 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHH
Confidence 445566666666666666777777877766 899999999999999999999999999999999 99999888777766
Q ss_pred -HHHHHHHhh--hhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhccCCCchhHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhhhcccc
Q 009914 83 -AATFLVAFS--STFAQVAISRALNGIGLALVAPAIQSLVADSTDDSNRGVAFGWLQLTSNI-GSLVGGLFSVVMAPMTF 158 (522)
Q Consensus 83 -~~~~~~~~~--~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~l-g~~~g~~l~~~l~~~~~ 158 (522)
++.+++.+. .+.+.+.+..++.|++.+...+...+++.|.+|+++|++++++.+....+ |..++|.+.+.+.+.
T Consensus 332 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~-- 409 (451)
T 1pw4_A 332 TIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDF-- 409 (451)
T ss_dssp HHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS--
T ss_pred HHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--
Confidence 666666665 36778888889999998999999999999999999999999999999999 999999999999987
Q ss_pred cCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcc
Q 009914 159 MGIPGWRISFHIVGLISVVVGTLVRLFA 186 (522)
Q Consensus 159 ~~~~gw~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~ 186 (522)
.||+..|++.+++.++..++.++..
T Consensus 410 ---~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 410 ---FGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp ---SCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---cCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7999999999888887777666543
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.47 E-value=1.2e-12 Score=128.05 Aligned_cols=144 Identities=10% Similarity=0.146 Sum_probs=123.3
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHH
Q 009914 40 PTGLGSLTLFRSIVQASCYPIAAYLAIRHNRAHVIALGAFLWAAATFLVAFSSTFAQVAISRALNGIGLALVAPAIQSLV 119 (522)
Q Consensus 40 ~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~Dr~grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i 119 (522)
....|++.++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+....++
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 337 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYI 337 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45568888888888899999999999999999999998888888877777778888888888888888777777788999
Q ss_pred hhccCCCchhHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccccCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccCC
Q 009914 120 ADSTDDSNRGVAFGW-LQLTSNIGSLVGGLFSVVMAPMTFMGIPGWRISFHIVGLISVVVGTLVRLFAND 188 (522)
Q Consensus 120 ~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~lg~~~g~~l~~~l~~~~~~~~~gw~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~ 188 (522)
.|.+|++.|+++.++ .+....+|..++|.+++++.+. .|++..|.+.+++.++..++.++..++
T Consensus 338 ~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~-----~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 402 (417)
T 2cfq_A 338 TSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYES-----IGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSG 402 (417)
T ss_dssp HHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHH-----SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCC
T ss_pred HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHh-----cCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcC
Confidence 999999999999998 4888889999999999999887 789999999888888777766654443
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.43 E-value=6.9e-12 Score=123.60 Aligned_cols=166 Identities=13% Similarity=-0.005 Sum_probs=133.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHH-HH-hcCCChhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHH
Q 009914 8 LVLVNLAGIMERADESLLPGVYKEV-GA-ALHTDPTGLGSLTLFRSIVQASCYPIAAYLAIRHNRAHVIALGAFLWAAAT 85 (522)
Q Consensus 8 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~-~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~Dr~grr~~l~~~~~~~~~~~ 85 (522)
+....+..++............|.+ .+ .+|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.
T Consensus 260 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 339 (438)
T 3o7q_A 260 WRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALC 339 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4444455555555555555555655 54 459999999999999999999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhccCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccccCCCC-c
Q 009914 86 FLVAFSSTFAQVAISRALNGIGLALVAPAIQSLVADSTDDSNRGVAFGWLQLTSNIGSLVGGLFSVVMAPMTFMGIPG-W 164 (522)
Q Consensus 86 ~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l~~~l~~~~~~~~~g-w 164 (522)
++..+.++.+.++.. ++.|++.+...+...++..|.+|++ ++.+.++.. ...+|..++|.+.+.+.+. .| +
T Consensus 340 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~-----~g~~ 411 (438)
T 3o7q_A 340 LISAFAGGHVGLIAL-TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDA-----AGNI 411 (438)
T ss_dssp HHHHHCCHHHHHHHH-HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHH-----HTSS
T ss_pred HHHHHcCCcHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hcch
Confidence 888888877655444 8889999999999999999999866 888888777 5679999999999999987 67 9
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 009914 165 RISFHIVGLISVVVGTL 181 (522)
Q Consensus 165 ~~~f~~~~~~~~i~~~~ 181 (522)
+..|++.++..++..++
T Consensus 412 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
T 3o7q_A 412 PTAELIPALCFAVIFIF 428 (438)
T ss_dssp GGGGHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99998876655544443
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.33 E-value=1e-11 Score=124.41 Aligned_cols=174 Identities=16% Similarity=0.155 Sum_probs=134.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHH-HhcCCChhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHH-----HHHHHHH
Q 009914 9 VLVNLAGIMERADESLLPGVYKEVG-AALHTDPTGLGSLTLFRSIVQASCYPIAAYLAIRHNRAHVIA-----LGAFLWA 82 (522)
Q Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~Dr~grr~~l~-----~~~~~~~ 82 (522)
..+.+..+............+|.+. +.++.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+|||+... .+.++.+
T Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~ 365 (491)
T 4aps_A 286 IPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAG 365 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHH
Confidence 3344444444444555555556554 446777678888899999999999999999999999986544 7777777
Q ss_pred HHHHHHHhhh---------hHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHhhccCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 009914 83 AATFLVAFSS---------TFAQVAISRALNGIGLALVAPAIQSLVADSTDDSNRGVAFGWLQLTSNIGSLVGGLFSVVM 153 (522)
Q Consensus 83 ~~~~~~~~~~---------~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l~~~l 153 (522)
++.++..+.. +.+.+.+..++.|++.+...+...+++.|.+|+++|++++++.+....+|..+++.+.+.+
T Consensus 366 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~ 445 (491)
T 4aps_A 366 LSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLY 445 (491)
T ss_dssp HHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGG
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7776666643 6677888889999999999999999999999999999999999999999999999998888
Q ss_pred hcccccCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccCC
Q 009914 154 APMTFMGIPGWRISFHIVGLISVVVGTLVRLFAND 188 (522)
Q Consensus 154 ~~~~~~~~~gw~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~ 188 (522)
.+ .++...|.+.+++.++..++.+++.++
T Consensus 446 ~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 474 (491)
T 4aps_A 446 NA------KSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKR 474 (491)
T ss_dssp GG------SSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC---
T ss_pred hc------ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 75 477788888888888777776665443
No 12
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.28 E-value=1.9e-10 Score=115.14 Aligned_cols=184 Identities=13% Similarity=0.053 Sum_probs=130.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHhcCCChhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009914 7 TLVLVNLAGIMERADESLLPGVYKEVGAALHTDPTGLGSLTLFRSIVQASCYPIAAYLAIRHNRAHVIALGAFLWAAATF 86 (522)
Q Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~Dr~grr~~l~~~~~~~~~~~~ 86 (522)
.........+........+....+.+.+..+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+....+++.+
T Consensus 278 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~ 357 (491)
T 4gc0_A 278 IVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMF 357 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHH
Confidence 33444444444444555666677888888998888888888888889999999999999999999999998888887776
Q ss_pred HHHhhh----hHHHHHHHHHH-HHHHhhhhHHHHHHHHhhccCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccc-ccC
Q 009914 87 LVAFSS----TFAQVAISRAL-NGIGLALVAPAIQSLVADSTDDSNRGVAFGWLQLTSNIGSLVGGLFSVVMAPMT-FMG 160 (522)
Q Consensus 87 ~~~~~~----~~~~l~~~r~l-~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l~~~l~~~~-~~~ 160 (522)
..+... +.+..++..++ .+.......+....+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+...+.+.. ...
T Consensus 358 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~ 437 (491)
T 4gc0_A 358 SLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVA 437 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 655431 11222222222 222223344667789999999999999999999999999999888776654321 001
Q ss_pred CCCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccCCCC
Q 009914 161 IPGWRISFHIVGLISVVVGTLVRLFANDPH 190 (522)
Q Consensus 161 ~~gw~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~ 190 (522)
..++...|++.++++++..++.+++.+|.+
T Consensus 438 ~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 438 HFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 146677889999988888888877655543
No 13
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.13 E-value=3.7e-10 Score=114.01 Aligned_cols=145 Identities=13% Similarity=0.035 Sum_probs=107.2
Q ss_pred hhhccchhHHHHHHHHHHH-HhC------CChhHHHHHHHHHHHHHhccchhhhhhhhHh-hhcCCCchhHHHHHHHHHH
Q 009914 234 GVTGSFPWSALSFAAMWLE-LTG------FSHEKTAFLMALFVIASSLGGLFGGRMGDFL-SARFPNSGRIILAQISSLS 305 (522)
Q Consensus 234 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 305 (522)
.+.....+....+++.|++ ++| ++..+.+++.+...++.+++.++.|+++||+ |+|+ .+.... .+.
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~-----~~~~~~-~~~ 95 (524)
T 2xut_A 22 ACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYN-----TILWLS-LIY 95 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHH-----HHHHHH-HHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH-----HHHHHH-HHH
Confidence 3333334566678888886 588 9999999999999999999999999999999 9883 332221 111
Q ss_pred HHHHHHHHHHhCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHhccCCCcchhhhhhhcCcchhHHHHHH---HHHHHHHHhchhhHHHH
Q 009914 306 AIPLAALLLLVLPDDPSTPVMHGLVLVVTGLFISWNAPATNNPIFAEIVPEKSRTSVYAM---DRSFESILSSFAPPVVG 382 (522)
Q Consensus 306 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---~~~~~~~~~~i~~~~~g 382 (522)
.+ ..+.... ...+.+.+.+..++.|++.+...+ ...+++.|.+|+++|++..+. .+...++|..++|.+.|
T Consensus 96 ~~--~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 169 (524)
T 2xut_A 96 CV--GHAFLAI---FEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKP-LVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMP 169 (524)
T ss_dssp HH--HHHHHHH---TSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHH-HHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTST
T ss_pred HH--HHHHHHH---hcccHHHHHHHHHHHHHhccccch-hHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11 1111111 121344566777888999988888 889999999999999776665 88889999999999999
Q ss_pred HHHHHhhCc
Q 009914 383 ILAQHVYGF 391 (522)
Q Consensus 383 ~l~~~~~g~ 391 (522)
.+.+. .||
T Consensus 170 ~l~~~-~g~ 177 (524)
T 2xut_A 170 LLLKN-FGA 177 (524)
T ss_dssp HHHHT-SCH
T ss_pred HHhcc-ccH
Confidence 99886 555
No 14
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.03 E-value=3.3e-10 Score=109.05 Aligned_cols=132 Identities=11% Similarity=0.051 Sum_probs=103.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhCCChhHHHHHHHHHHHHHhccchhhhhhhhHhhhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCCCc
Q 009914 243 ALSFAAMWLELTGFSHEKTAFLMALFVIASSLGGLFGGRMGDFLSARFPNSGRIILAQISSLSAIPLAALLLLVLPDDPS 322 (522)
Q Consensus 243 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 322 (522)
....+|.+.+++|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+.. ........... ..... .+
T Consensus 19 ~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~----~~~~~~~~~~~--~~~~~------~~ 86 (375)
T 2gfp_A 19 YIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVI----LVGMSIFMLAT--LVAVT------TS 86 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCC----HHHHHHHHHHH--HHHHH------HH
T ss_pred HhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhH----HHHHHHHHHHH--HHHHH------hc
Confidence 33456777778999999999999999999999999999999999998643 11111111111 11111 13
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhccCCCcchhhhhhhcCcchhHHHHHHHHHHHHHHhchhhHHHHHHHHH
Q 009914 323 TPVMHGLVLVVTGLFISWNAPATNNPIFAEIVPEKSRTSVYAMDRSFESILSSFAPPVVGILAQH 387 (522)
Q Consensus 323 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~~~ 387 (522)
+.+.+.+..++.|++.+...+ ...+++.|..|+++|++++++.+....++..++|.+++++.+.
T Consensus 87 ~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~ 150 (375)
T 2gfp_A 87 SLTVLIAASAMQGMGTGVGGV-MARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTM 150 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh-hHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHh
Confidence 445566778888999888888 7889999999999999999999999999999999999998876
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=57.85 E-value=6.9 Score=19.01 Aligned_cols=14 Identities=14% Similarity=0.230 Sum_probs=11.6
Q ss_pred hHHHHHHHhchhHH
Q 009914 60 IAAYLAIRHNRAHV 73 (522)
Q Consensus 60 ~~G~l~Dr~grr~~ 73 (522)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999865
No 16
>2zz9_A Aquaporin-4; water transport, water channel, two-dimensional crystal, electron diffraction, electron microscopy, membrane protein; HET: PEE; 2.80A {Rattus norvegicus} PDB: 2d57_A
Probab=27.76 E-value=36 Score=30.44 Aligned_cols=10 Identities=20% Similarity=0.311 Sum_probs=3.8
Q ss_pred HHHHHHHHHh
Q 009914 429 CCFIYSFLYS 438 (522)
Q Consensus 429 ~~~~~~~~~~ 438 (522)
+.++..++++
T Consensus 218 Gailaa~ly~ 227 (301)
T 2zz9_A 218 GAVLAGALYE 227 (301)
T ss_dssp HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHH
Confidence 3333333433
Done!