Query 009978
Match_columns 521
No_of_seqs 648 out of 2885
Neff 10.8
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 17:11:15 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/009978.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/009978hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 5.7E-41 2E-45 335.9 35.1 398 94-509 23-434 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.5E-39 8.6E-44 322.7 39.9 373 96-502 23-426 (438)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.5E-36 5.2E-41 296.2 17.8 359 102-496 3-364 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.3E-32 4.6E-37 278.2 35.2 396 106-509 20-472 (491)
5 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 1.8E-32 6E-37 277.4 30.9 410 95-517 8-472 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 3.9E-31 1.3E-35 261.2 23.3 372 109-509 17-400 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 6E-28 2E-32 246.2 23.6 167 107-275 20-198 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 3.5E-15 1.2E-19 148.6 18.0 172 104-275 257-433 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 1.8E-13 6.3E-18 134.6 17.8 147 132-280 257-404 (417)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 4.5E-13 1.5E-17 132.8 18.9 153 111-268 270-425 (438)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 4.6E-12 1.6E-16 127.5 22.3 175 324-508 13-196 (491)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 1.2E-11 4E-16 125.7 17.7 175 323-507 11-197 (524)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 1.1E-11 3.7E-16 120.1 11.2 166 327-503 3-169 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 1.5E-10 5E-15 116.5 19.7 175 106-281 284-468 (491)
15 3mkt_A Multi antimicrobial ext 72.6 67 0.0023 30.6 32.1 33 204-236 139-171 (460)
16 2g9p_A Antimicrobial peptide l 62.4 4.7 0.00016 19.8 1.6 14 153-166 2-15 (26)
17 2l2t_A Receptor tyrosine-prote 31.8 51 0.0018 19.7 3.1 11 503-513 29-39 (44)
18 2ks1_B Epidermal growth factor 26.4 1.1E+02 0.0037 18.3 3.9 12 502-513 29-40 (44)
19 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 24.5 4.9E+02 0.017 25.2 19.5 52 218-269 20-73 (501)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=5.7e-41 Score=335.92 Aligned_cols=398 Identities=18% Similarity=0.215 Sum_probs=313.5
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhhcCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHhcchHHHHHHHHH
Q 009978 94 TSERVKVVSMLALALALCNADRVVMSVAIVPLSLAHGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVAL 173 (521)
Q Consensus 94 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~ 173 (521)
++.+++.+..+++..+...++...+.+.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~ 101 (451)
T 1pw4_A 23 RRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLIL 101 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHH
Confidence 445677788888888999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhhhhh----ccccchHHHHHHHHHHhhhhcchhhHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHhh
Q 009978 174 WSLATFLTPW----AADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILM 249 (521)
Q Consensus 174 ~~~~~~l~~~----~~~~~~~~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~ 249 (521)
.+++.+++++ + ++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+++|.+++++.
T Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 179 (451)
T 1pw4_A 102 AAAVMLFMGFVPWAT--SSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGM 179 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCHHHH--SSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhcc--ccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999998 8 899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred hccC-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCCCCCchhHHHHHHHhhccccccCCCCCCCCCCch--HHHHHhcchH
Q 009978 250 SQAG-IFGPFVIFGLSGFLWVLVWLSATSSTPDRHPQISKYELEYILREKQKPLLMGNKHKPATVIPP--FRRLLSKMPT 326 (521)
Q Consensus 250 ~~~g-w~~~f~~~~~~~~i~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~ 326 (521)
+..| ||+.|++.+++.++..++.++..||+|+.....++++.+...+.. .+++++++....+ .++.+++|.+
T Consensus 180 ~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 254 (451)
T 1pw4_A 180 AWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDD-----YNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLL 254 (451)
T ss_dssp HHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC------------------CCTHHHHHHTSSCHHH
T ss_pred HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhccccccc-----chhhhhcccccccchHHHHHcCHHH
Confidence 9898 999999999988877777666677766543221111100000000 0000111111222 4678889999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCcccchhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HhcCCCcchhHHHHHHH
Q 009978 327 WSIIVANAMHSWGFFVILSWMPIYFNFVYHIDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDML--IQRGTSVTLTRKILQSI 404 (521)
Q Consensus 327 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~--~~~~~~~~~~~~~~~~~ 404 (521)
+...+..++.......+..+.|.|+++.+|+++.+.+++.+...++.+++.++.+++.||+ ++| .....
T Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~---------~~~~~ 325 (451)
T 1pw4_A 255 WYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNR---------GATGV 325 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCH---------HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc---------hhHHH
Confidence 9999999999999999999999999998899999999999999999999999999999998 766 22222
Q ss_pred HHHHHH-HHHHHHhcc--chhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhhc-cchhhHHhHHHHHHHH-HHHHHHHHHHH
Q 009978 405 GFIAPG-IALIGLTAA--KSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAP-QYSGVLHGISNTAGTF-AAILGTVGAGF 479 (521)
Q Consensus 405 ~~~~~~-~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~~~~~~~g~ 479 (521)
+..+.. +.++.+... .+.+......++.+...+...+....+..+..| +++|++.|+.+...++ |..++|.+.|.
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~ 405 (451)
T 1pw4_A 326 FFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGY 405 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 222222 334444333 233333333333333333444445566667666 5899999999999999 99999999999
Q ss_pred HhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 009978 480 FVELVGSFQGFLLLTSLLYFLSALFYIIFS 509 (521)
Q Consensus 480 l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 509 (521)
+.|..| +...|++.+++.+++.++.+...
T Consensus 406 l~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 406 TVDFFG-WDGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHSSC-SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhcC-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999988 89999988888887777666554
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.5e-39 Score=322.73 Aligned_cols=373 Identities=14% Similarity=0.097 Sum_probs=300.1
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhhcCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHhcchHHHHHHHHHHH
Q 009978 96 ERVKVVSMLALALALCNADRVVMSVAIVPLSLAHGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVALWS 175 (521)
Q Consensus 96 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~ 175 (521)
+++..+..+++..+...++.....+..|.+.+++|.++.+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++.+
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 34556667777788888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhhh---hhccccchHHHHHHHHHHhhhhcchhhHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHhh-hc
Q 009978 176 LATFLT---PWAADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILM-SQ 251 (521)
Q Consensus 176 ~~~~l~---~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~-~~ 251 (521)
++.+++ .++ ++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.++++.+++.+. +.
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~--~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 180 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWPAAEI--MNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSN 180 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHT--TCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHhcccc--ccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 999988 777 899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998 55
Q ss_pred cC-------------------------chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-cCCCCCCCCCCchhHHHHHHHhhccccccC
Q 009978 252 AG-------------------------IFGPFVIFGLSGFLWVLVWLSA-TSSTPDRHPQISKYELEYILREKQKPLLMG 305 (521)
Q Consensus 252 ~g-------------------------w~~~f~~~~~~~~i~~i~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 305 (521)
.+ ||+.|++.+++.++..++.++. .||.++++ +
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~---------------------~ 239 (438)
T 3o7q_A 181 VPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDN---------------------H 239 (438)
T ss_dssp SCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTC---------------------C
T ss_pred cccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccc---------------------c
Confidence 54 9999988887766655544443 22222111 0
Q ss_pred CCCCCCCCCchHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHhCCCcccchhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009978 306 NKHKPATVIPPFRRLLSKMPTWSIIVANAMHSWGFFVILSWMPIY-FNFVYHIDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLS 384 (521)
Q Consensus 306 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~ 384 (521)
+++++.....++++++++|.++...+..++.......+..+.|.| +++.+|++..+++...+...++..+++++.+++.
T Consensus 240 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~ 319 (438)
T 3o7q_A 240 SDAKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLI 319 (438)
T ss_dssp CCSSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 111222334567889999999999999999888889999999999 8887799999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhcCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhhccchhhHHhHHHH
Q 009978 385 DMLIQRGTSVTLTRKILQSIGFIAPGIALIGLTAAKSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAPQYSGVLHGISNT 464 (521)
Q Consensus 385 dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 464 (521)
||+++| ..+..+.++..+.++.+...++.+..+...+++. ..+...+....+..+..|++++++.++..
T Consensus 320 ~r~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 388 (438)
T 3o7q_A 320 SRFAPH---------KVLAAYALIAMALCLISAFAGGHVGLIALTLCSA-FMSIQYPTIFSLGIKNLGQDTKYGSSFIV- 388 (438)
T ss_dssp HHSCHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHH-HHTTHHHHHHHHHHSSCGGGHHHHHHHHH-
T ss_pred HHhcch---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhHHH-
Confidence 999988 2333444444444445555555544444433443 33444556666656666666888888876
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhcccchHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009978 465 AGTFAAILGTVGAGFFVELVGSFQGFLLLTSLLYFLSA 502 (521)
Q Consensus 465 ~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 502 (521)
...+|..++|.+.|.+.|..|++...|++.+++.++..
T Consensus 389 ~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 426 (438)
T 3o7q_A 389 MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIF 426 (438)
T ss_dssp HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77899999999999999998767888877665544433
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=1.5e-36 Score=296.15 Aligned_cols=359 Identities=13% Similarity=0.083 Sum_probs=289.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhhcCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHhcchHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 009978 102 SMLALALALCNADRVVMSVAIVPLSLAHGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVALWSLATFLT 181 (521)
Q Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~l~ 181 (521)
..+++..+...+....+.+.+|.+.+++|.++.+.+++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.++.++.+++.+++
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 44566777788888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhccccchHHHHHHHHHHhhhhcchhhHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHhhhccCchhHHHHH
Q 009978 182 PWAADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQAGIFGPFVIF 261 (521)
Q Consensus 182 ~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~~gw~~~f~~~ 261 (521)
.++ ++++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+....+|..++|.+++++.+..|||+.|++.
T Consensus 83 ~~~--~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 160 (375)
T 2gfp_A 83 VTT--SSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFL 160 (375)
T ss_dssp HHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHh--ccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHH
Confidence 998 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999988999999998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCCCCCchhHHHHHHHhhccccccCCCCCCCCCCchHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009978 262 GLSGFLWVLVWLSATSSTPDRHPQISKYELEYILREKQKPLLMGNKHKPATVIPPFRRLLSKMPTWSIIVANAMHSWGFF 341 (521)
Q Consensus 262 ~~~~~i~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~ 341 (521)
++..++..+...+..||+++++++ +++..+++++.+++|.++...+..++......
T Consensus 161 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 216 (375)
T 2gfp_A 161 LVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAP------------------------RTRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIA 216 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCC------------------------CCCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcc------------------------cccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888776655444445554332110 11223345678889999999999999888999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhCCCcccchhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCcchhHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhc--
Q 009978 342 VILSWMPIYFNFVYHIDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDMLIQRGTSVTLTRKILQSIGF-IAPGIALIGLTA-- 418 (521)
Q Consensus 342 ~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~-- 418 (521)
.+..+.|.|+++.+|.++.+.+...+...++..++.++.+++.||.+++ ....... ...+...+....
T Consensus 217 ~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 287 (375)
T 2gfp_A 217 AFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL---------MWQSVICCLLAGLLMWIPDWFG 287 (375)
T ss_dssp HHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH---------HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Confidence 9999999999998899999999999999999999999999999998874 2222211 111111111111
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhhccchhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccchHHHHHHHHH
Q 009978 419 AKSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAPQYSGVLHGISNTAGTFAAILGTVGAGFFVELVGSFQGFLLLTSL 496 (521)
Q Consensus 419 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~ 496 (521)
.++.+......++.....+...+....+..+..|+++|++.|+.+...++|..++|.+.|.+.+..+ +...+.+.++
T Consensus 288 ~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~-~~~~~~~~~~ 364 (375)
T 2gfp_A 288 VMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFPFLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQ-GSLGLLMTLM 364 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHH-HHHHHHHHHH
T ss_pred cccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCCcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc-ccHHHHHHHH
Confidence 1233333333333334444556666777777778999999999999999999999999999988655 7666665443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.3e-32 Score=278.23 Aligned_cols=396 Identities=13% Similarity=0.115 Sum_probs=268.9
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhhhh-hhhhhhhh-----hcCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhH-hcchHHHHHHHHHHHHHH
Q 009978 106 LALALCNADRVVMSV-AIVPLSLA-----HGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDY-YGGKIIMAWGVALWSLAT 178 (521)
Q Consensus 106 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~-----~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr-~Grr~~~~~~~~~~~~~~ 178 (521)
+..+...+....... ..+.+.++ +|.+..+.+++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++.++.++.+++.
T Consensus 20 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~ 99 (491)
T 4aps_A 20 MTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGH 99 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 334444443334433 34444444 99999999999999999999999999999999 899999999999999999
Q ss_pred hhhhhccccchHHHHHHHHHHhhhhcchhhHHHHHHHhcCCchh--hHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHhhhccCchh
Q 009978 179 FLTPWAADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTE--RARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQAGIFG 256 (521)
Q Consensus 179 ~l~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~~gw~~ 256 (521)
++++++ ++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++ |+.++++++...++|..++|.+++.+.+..|||+
T Consensus 100 ~~~~~~--~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~ 177 (491)
T 4aps_A 100 IVLALP--FGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHV 177 (491)
T ss_dssp HHHHSC--CSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHH
T ss_pred HHHHHh--hhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHH
Confidence 999998 999999999999999999999999999999999988 7788998999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCC-----CCCchhHHHHHHHh----------------hccccccCCC--------
Q 009978 257 PFVIFGLSGFLWVLVWLSATSSTPDRH-----PQISKYELEYILRE----------------KQKPLLMGNK-------- 307 (521)
Q Consensus 257 ~f~~~~~~~~i~~i~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~-------- 307 (521)
.|++.++..++..+..++..++..++. ...++++.+...+. ..+.....+.
T Consensus 178 ~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 257 (491)
T 4aps_A 178 AFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVA 257 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHH
Confidence 999988777666555544433221111 11112222211111 0000000000
Q ss_pred ---------CCCCCCCchHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCcccchhHhHHHHHHHHHHHH
Q 009978 308 ---------HKPATVIPPFRRLLSKMPTWSIIVANAMHSWGFFVILSWMPIYFNFVYHIDLRQASWFSAVPWSVMAFTGY 378 (521)
Q Consensus 308 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~ 378 (521)
...+.......+..+....+...+..++....+.....+++.|..+..+.+....+.......++..++.+
T Consensus 258 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 337 (491)
T 4aps_A 258 IAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTP 337 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHH
Confidence 00000000001111223345555556666666666778888999987788878889999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhcCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc---------chhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHh
Q 009978 379 LGGLLSDMLIQRGTSVTLTRKILQSIGFIAPGIALIGLTAA---------KSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQE 449 (521)
Q Consensus 379 ~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 449 (521)
+.+++.||++||+... ...+..+..+.++..+.+... .+.+......++.....+...+....+..+
T Consensus 338 ~~~~l~~r~~~r~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 413 (491)
T 4aps_A 338 FFAWLWTAWKKNQPSS----PTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTK 413 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTTTC---C----HHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhccCCCc----hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHH
Confidence 9999999999885321 112223333333333322221 133333333333333334444555666677
Q ss_pred hhc-cchhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 009978 450 IAP-QYSGVLHGISNTAGTFAAILGTVGAGFFVELVGSFQGFLLLTSLLYFLSALFYIIFS 509 (521)
Q Consensus 450 ~~~-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 509 (521)
..| +.||++.|+.+....+|..+++.+.+.+.+. + +...|...+++.+++.++.+...
T Consensus 414 ~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~-~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 472 (491)
T 4aps_A 414 LAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK-S-EVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLS 472 (491)
T ss_dssp HTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS-S-TTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-
T ss_pred hCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-c-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 766 5899999999999999999999999988775 3 66777777777666666555543
No 5
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=1.8e-32 Score=277.40 Aligned_cols=410 Identities=15% Similarity=0.098 Sum_probs=272.0
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhhcC--------CcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHhcchHH
Q 009978 95 SERVKVVSMLALALALCNADRVVMSVAIVPLSLAHGW--------SRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKII 166 (521)
Q Consensus 95 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~ 166 (521)
++.+.+.++.+++.++.+++...++..+|.+.++++. +..+.|++.+++.+|..++++++|+++||+|||++
T Consensus 8 ~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~ 87 (491)
T 4gc0_A 8 SYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDS 87 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHH
T ss_pred HHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHH
Confidence 4445566666778888899999999999998887743 34567899999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhh------------------ccccchHHHHHHHHHHhhhhcchhhHHHHHHHhcCCchhhHHHHH
Q 009978 167 MAWGVALWSLATFLTPW------------------AADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVA 228 (521)
Q Consensus 167 ~~~~~~~~~~~~~l~~~------------------~~~~~~~~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~ 228 (521)
++++.+++.++.+++++ + +|++.++++|+++|+|.|...+....+++|+.|+++|++..+
T Consensus 88 l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a--~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~ 165 (491)
T 4gc0_A 88 LKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLA--GYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVS 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGG--GCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHh--hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHH
Confidence 99999999999998874 5 899999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhhhhhhhHHHHHHHHHhhhc--------cCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCCCC-CchhHHHHHHHhhc
Q 009978 229 IAMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQ--------AGIFGPFVIFGLSGFLWVLVWLSATSSTPDRHPQ-ISKYELEYILREKQ 299 (521)
Q Consensus 229 ~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~--------~gw~~~f~~~~~~~~i~~i~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~ 299 (521)
+.+.+..+|.++++.++..+... .+||..+.+..+..++.. +..+..||+|+.... .++++.+...++..
T Consensus 166 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~ 244 (491)
T 4gc0_A 166 FNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFL-MLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIM 244 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHH-HHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhh-hhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhc
Confidence 99999999999999988877543 246666666666555443 344556777653211 11111111111100
Q ss_pred cc-------cccCCCCCCCCCCchHHHHHhcchHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCcccchhHhHHHHH
Q 009978 300 KP-------LLMGNKHKPATVIPPFRRLLSKMPTWSIIVA-NAMHSWGFFVILSWMPIYFNFVYHIDLRQASWFSAVPWS 371 (521)
Q Consensus 300 ~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 371 (521)
.. .+..+...+..........++.+........ .+....+.+.+..+.+.+.++ .+.+...........++
T Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~ 323 (491)
T 4gc0_A 245 GNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT-LGASTDIALLQTIIVGV 323 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH-SSCCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh-cCCCccchhhHHHHHHH
Confidence 00 0000000000000111122333444333333 333334455566666666665 67777777777778888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----hccchhHHHHHHHHH-HHHHHhhhhhhhHHH
Q 009978 372 VMAFTGYLGGLLSDMLIQRGTSVTLTRKILQSIGFIAPGIALIGL----TAAKSPVMASAWLTL-AIGMKSFSHSGFLVN 446 (521)
Q Consensus 372 ~~~i~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~ 446 (521)
...++.++.+++.||+|||+ .. ..+.....+.++.+ ......+..+...++ ..++.....+..+.+
T Consensus 324 ~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~-------~~--~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 394 (491)
T 4gc0_A 324 INLTFTVLAIMTVDKFGRKP-------LQ--IIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVL 394 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCSHH-------HH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcCcc-------hh--ccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHH
Confidence 89999999999999999982 22 22222222222211 112222222222222 233333334556778
Q ss_pred HHhhhc-cchhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc-----chHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhccCcccccc
Q 009978 447 LQEIAP-QYSGVLHGISNTAGTFAAILGTVGAGFFVELVG-----SFQGFLLLTSLLYFLSALFY-IIFSTGERVNFD 517 (521)
Q Consensus 447 ~~~~~~-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~ 517 (521)
..|+.| +.|+++.|+.+..+++++++++.+.+.+.+..+ .....|++.+++.+++.++. +++++.|.++.|
T Consensus 395 ~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tLe 472 (491)
T 4gc0_A 395 LSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKTLE 472 (491)
T ss_dssp HHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCHH
T ss_pred HHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCCHH
Confidence 889988 589999999999999999999988877655321 13456666666666666544 455655554443
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.98 E-value=3.9e-31 Score=261.20 Aligned_cols=372 Identities=15% Similarity=0.082 Sum_probs=243.1
Q ss_pred HHHhhhhhhhhhhhhhh-hhhhcCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHhcchHHHHHHHHHHHHHH---hhhhhc
Q 009978 109 ALCNADRVVMSVAIVPL-SLAHGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVALWSLAT---FLTPWA 184 (521)
Q Consensus 109 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~---~l~~~~ 184 (521)
+..........+.+|.+ .+++|.++.+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++..+.+++. ....+.
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 96 (417)
T 2cfq_A 17 FFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFG 96 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333344555666664 55689999999999999999999999999999999999999998887765432 111222
Q ss_pred cccchH-HHHHHHHHHhhhhcchhhHHHHHHHhcCCc--hhhHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHhhhccCchhHHHHH
Q 009978 185 ADTSLL-ALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQ--TERARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQAGIFGPFVIF 261 (521)
Q Consensus 185 ~~~~~~-~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~~gw~~~f~~~ 261 (521)
+... .++..+++.|++.+...+.....+.++.++ ++++..++.......+|..++|.+++++.+ .+||+.|++.
T Consensus 97 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f~~~ 173 (417)
T 2cfq_A 97 --PLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVFWLG 173 (417)
T ss_dssp --HHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHHTTT
T ss_pred --HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHHHHH
Confidence 2111 234456666665555444444444444433 456777888888899999999999999987 5899999887
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCCCCCchhHHHHHHHhhccccccCCCCCCCCCCchHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009978 262 GLSGFLWVLVWLSATSSTPDRHPQISKYELEYILREKQKPLLMGNKHKPATVIPPFRRLLSKMPTWSIIVANAMHSWGFF 341 (521)
Q Consensus 262 ~~~~~i~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~ 341 (521)
++..++..+..+...||+++..+. ++ ..++++++...+++++++++|.++...+..+.....+.
T Consensus 174 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~-------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 237 (417)
T 2cfq_A 174 SGCALILAVLLFFAKTDAPSSATV---AN-------------AVGANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYD 237 (417)
T ss_dssp TTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCS---SS-------------SSSSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHcCccccccccc---cc-------------ccccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 766544333332222332211100 00 00001111223456678899998887776666555666
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhCC---CcccchhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 009978 342 VILSWMPIYFNFVYHI---DLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDMLIQRGTSVTLTRKILQSIGFIAPGIALIGLTA 418 (521)
Q Consensus 342 ~~~~~~~~~~~~~~g~---~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 418 (521)
.+..++|.|+.+.++. +....++..++..++.+++.++.+++.||+++| ..+..+..+.++..+.+..
T Consensus 238 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~---------~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 308 (417)
T 2cfq_A 238 VFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGK---------NALLLAGTIMSVRIIGSSF 308 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6667788888775442 234456777777788888999999999999988 2233344444444444444
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhhc-cchhhHHhH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccchHHHHHHHHH
Q 009978 419 AKSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAP-QYSGVLHGI-SNTAGTFAAILGTVGAGFFVELVGSFQGFLLLTSL 496 (521)
Q Consensus 419 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~g~-~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~ 496 (521)
.++.+..++..++.........+....+..+..| +.||++.+. ++....+|++++|.+.|.+.|..| +...|.+.++
T Consensus 309 ~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g-~~~~f~~~~~ 387 (417)
T 2cfq_A 309 ATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIG-FQGAYLVLGL 387 (417)
T ss_dssp CCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSH-HHHHHHHHHH
T ss_pred hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcC-cHHHHHHHHH
Confidence 4444433333222222223333344566677766 689999998 478888999999999999999877 8888888888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhc
Q 009978 497 LYFLSALFYIIFS 509 (521)
Q Consensus 497 ~~~~~~~~~~~~~ 509 (521)
+.+++.++.+...
T Consensus 388 ~~l~~~~~~~~~~ 400 (417)
T 2cfq_A 388 VALGFTLISVFTL 400 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTSS
T ss_pred HHHHHHHHHHhhh
Confidence 8777776655433
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=6e-28 Score=246.15 Aligned_cols=167 Identities=17% Similarity=0.182 Sum_probs=143.4
Q ss_pred HHHHHhhhhhhhhhhhh-hhhhhhc------CCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHh-cchHHHHHHHHHHHHHH
Q 009978 107 ALALCNADRVVMSVAIV-PLSLAHG------WSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYY-GGKIIMAWGVALWSLAT 178 (521)
Q Consensus 107 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~------~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~-Grr~~~~~~~~~~~~~~ 178 (521)
..++..+..+.....++ .+.+++| .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+ |||+++.++.++.+++.
T Consensus 20 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~ 99 (524)
T 2xut_A 20 SEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGH 99 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33344444434444444 4667789 9999999999999999999999999999999 99999999999999999
Q ss_pred hhhhhcccc-chHHHHHHHHHHhhhhcchhhHHHHHHHhcCCchhhHHHHHH---HHhhhhhhhHHHHHHHHHhhhccCc
Q 009978 179 FLTPWAADT-SLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAI---AMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQAGI 254 (521)
Q Consensus 179 ~l~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~~gw 254 (521)
++++++ + +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|..+||.+++.+.+..||
T Consensus 100 ~~~~~~--~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~ 177 (524)
T 2xut_A 100 AFLAIF--EHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGA 177 (524)
T ss_dssp HHHHHT--SSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCH
T ss_pred HHHHHh--cccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccH
Confidence 999888 7 999999999999999999999999999999999999776655 9999999999999999999998999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 009978 255 FGPFVIFGLSGFLWVLVWLSA 275 (521)
Q Consensus 255 ~~~f~~~~~~~~i~~i~~~~~ 275 (521)
|+.|++.+++.++..+..++.
T Consensus 178 ~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (524)
T 2xut_A 178 AVAFGIPGVLMFVATVFFWLG 198 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999999888876665554443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.64 E-value=3.5e-15 Score=148.57 Aligned_cols=172 Identities=11% Similarity=-0.018 Sum_probs=144.0
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhh-hcCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHh--cchHHHHHHHHHHH-HHHh
Q 009978 104 LALALALCNADRVVMSVAIVPLSLA-HGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYY--GGKIIMAWGVALWS-LATF 179 (521)
Q Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~--Grr~~~~~~~~~~~-~~~~ 179 (521)
..+..++............|.+.++ +|.++.+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+.++..+.. ++.+
T Consensus 257 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 336 (451)
T 1pw4_A 257 IAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATI 336 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3344444444555566677777766 899999999999999999999999999999999 99999888877766 6666
Q ss_pred hhhhccccchHHHHHHHHHHhhhhcchhhHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHhhhhh-hhHHHHHHHHHhhhccCchhHH
Q 009978 180 LTPWAADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTS-GNAIGLVLSPILMSQAGIFGPF 258 (521)
Q Consensus 180 l~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~l~~~l~~~~gw~~~f 258 (521)
+..+....+.+.+.+..++.|++.+...+....++.|.+|+++|++++|+.+....+ |..++|.+.+.+.+..||+..|
T Consensus 337 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~ 416 (451)
T 1pw4_A 337 VYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGF 416 (451)
T ss_dssp HTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHH
T ss_pred HHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHH
Confidence 666653236777888889999998888888999999999999999999999999999 9999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 009978 259 VIFGLSGFLWVLVWLSA 275 (521)
Q Consensus 259 ~~~~~~~~i~~i~~~~~ 275 (521)
++.+++.++..++.+..
T Consensus 417 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 417 MVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99988887766665554
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.53 E-value=1.8e-13 Score=134.55 Aligned_cols=147 Identities=14% Similarity=0.093 Sum_probs=124.1
Q ss_pred CcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHhcchHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccccchHHHHHHHHHHhhhhcchhhHHH
Q 009978 132 SRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVALWSLATFLTPWAADTSLLALLAMRAVVGLAEGVALPAMN 211 (521)
Q Consensus 132 s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~ 211 (521)
+....++..++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++. ++.+.+++..++.+++.+...+...
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 334 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA--TSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCF 334 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC--CSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 35566888888888889999999999999999999999888888887777776 7778888888888888777777788
Q ss_pred HHHHhcCCchhhHHHHHH-HHhhhhhhhHHHHHHHHHhhhccCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCC
Q 009978 212 NMVARWFPQTERARAVAI-AMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQAGIFGPFVIFGLSGFLWVLVWLSATSSTP 280 (521)
Q Consensus 212 ~~i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~i~~i~~~~~~~~~~ 280 (521)
.++.|.+|++.|+.+.++ ++....+|..++|.+++++.+..|++..|.+.+++.++..++.+...+|++
T Consensus 335 ~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 335 KYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 999999999999999999 588888999999999999999888999999988887777666555555433
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.51 E-value=4.5e-13 Score=132.77 Aligned_cols=153 Identities=11% Similarity=0.103 Sum_probs=126.0
Q ss_pred Hhhhhhhhhhhhhhh-hhh-hcCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHhcchHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccccc
Q 009978 111 CNADRVVMSVAIVPL-SLA-HGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVALWSLATFLTPWAADTS 188 (521)
Q Consensus 111 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~ 188 (521)
............|.+ .++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+++.++.++.+++.++..+. ++
T Consensus 270 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~ 347 (438)
T 3o7q_A 270 YVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFA--GG 347 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc--CC
Confidence 333334455555655 555 59999999999999999999999999999999999999999999998888888777 66
Q ss_pred hHHHHHHHHHHhhhhcchhhHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHhhhccC-chhHHHHHHHHHHH
Q 009978 189 LLALLAMRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILMSQAG-IFGPFVIFGLSGFL 267 (521)
Q Consensus 189 ~~~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~~g-w~~~f~~~~~~~~i 267 (521)
.+.++. -++.|++.+...+...++..|.+|++ ++.+.++.. ...+|..++|.+.+++.+..| ++..|++.++..++
T Consensus 348 ~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 424 (438)
T 3o7q_A 348 HVGLIA-LTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAV 424 (438)
T ss_dssp HHHHHH-HHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 655444 48889999999999999999999865 888888877 567999999999999999999 99999887665444
Q ss_pred H
Q 009978 268 W 268 (521)
Q Consensus 268 ~ 268 (521)
.
T Consensus 425 ~ 425 (438)
T 3o7q_A 425 I 425 (438)
T ss_dssp H
T ss_pred H
Confidence 3
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.47 E-value=4.6e-12 Score=127.47 Aligned_cols=175 Identities=15% Similarity=0.159 Sum_probs=138.6
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hCCCcccchhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhcCCCcchh
Q 009978 324 MPTWSIIVANAMHSWGFFVILSWMPIYFNFV-----YHIDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDM-LIQRGTSVTLT 397 (521)
Q Consensus 324 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr-~~~~~~~~~~~ 397 (521)
+.++...+..++..+.++.+..+++.|+++. +|++..+.+++.+...++..++.++.|+++|| +|||
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r------- 85 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGAR------- 85 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHH-------
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccch-------
Confidence 4566777778888888888999999999998 89999999999999999999999999999999 8998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhhc-cc--hhhHHhHHHHHHHHHHHHHH
Q 009978 398 RKILQSIGFIAPGIALIGLTAAKSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAP-QY--SGVLHGISNTAGTFAAILGT 474 (521)
Q Consensus 398 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~--~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~ 474 (521)
..+..+.++.++..+.....++.+..++..++.+...+...+....+..+..| ++ |+.+.++.+....+|..++|
T Consensus 86 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 163 (491)
T 4aps_A 86 --PAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAP 163 (491)
T ss_dssp --HHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34455555555555556666666655555555444455556666777777766 46 78888989999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 009978 475 VGAGFFVELVGSFQGFLLLTSLLYFLSALFYIIF 508 (521)
Q Consensus 475 ~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 508 (521)
.+.+.+.+..| |+..|++.++..+++.+..+..
T Consensus 164 ~~~~~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 164 LIVGAAQEAAG-YHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhh-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999999887 9999998887777766665544
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.37 E-value=1.2e-11 Score=125.66 Aligned_cols=175 Identities=11% Similarity=0.001 Sum_probs=132.1
Q ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhC------CCcccchhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhcCCCcc
Q 009978 323 KMPTWSIIVANAMHSWGFFVILSWMPIYFNFVYH------IDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDML-IQRGTSVT 395 (521)
Q Consensus 323 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~-~~~~~~~~ 395 (521)
++.++.+.+..++..+.++....+++.|+.+.+| ++..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |+|
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r----- 85 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKY----- 85 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSH-----
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch-----
Confidence 3566777788888888888899999999998889 9999999999999999999999999999999 988
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc-hhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhhc-cchhhHHhH---HHHHHHHHH
Q 009978 396 LTRKILQSIGFIAPGIALIGLTAAK-SPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAP-QYSGVLHGI---SNTAGTFAA 470 (521)
Q Consensus 396 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~g~---~~~~~~~g~ 470 (521)
..+..+.++.++..+.....+ +.+..++..++.+...+...+....+..+..| ++|+++.+. .+...++|.
T Consensus 86 ----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 161 (524)
T 2xut_A 86 ----NTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGS 161 (524)
T ss_dssp ----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 233444444444444444444 55555444444444445555666677777766 577765555 889999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009978 471 ILGTVGAGFFVELVGSFQGFLLLTSLLYFLSALFYII 507 (521)
Q Consensus 471 ~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 507 (521)
.++|.+.+.+.+..| |+..|.+.+++.+++.+.++.
T Consensus 162 ~~g~~~~~~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 162 FFASLSMPLLLKNFG-AAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHTSTHHHHTSC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHhcccc-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999998877 899998888877766665544
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.29 E-value=1.1e-11 Score=120.05 Aligned_cols=166 Identities=8% Similarity=-0.018 Sum_probs=122.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCcccchhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCcchhHHHHHHHHH
Q 009978 327 WSIIVANAMHSWGFFVILSWMPIYFNFVYHIDLRQASWFSAVPWSVMAFTGYLGGLLSDMLIQRGTSVTLTRKILQSIGF 406 (521)
Q Consensus 327 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 406 (521)
+.+.+..++.......+...+|.+.++ +|.++.+.++..+...++..++.++.|++.||+|||+.. ..+.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~---------~~~~ 72 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVI---------LVGM 72 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCC---------HHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhH---------HHHH
Confidence 344555666666677777778877666 899999999999999999999999999999999998532 2333
Q ss_pred HHHHHHHHHHhccchhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhhc-cchhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc
Q 009978 407 IAPGIALIGLTAAKSPVMASAWLTLAIGMKSFSHSGFLVNLQEIAP-QYSGVLHGISNTAGTFAAILGTVGAGFFVELVG 485 (521)
Q Consensus 407 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g 485 (521)
....+..+.....++.+..+...++.+...+...+....+..+..| ++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.+..|
T Consensus 73 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~ 152 (375)
T 2gfp_A 73 SIFMLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWN 152 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhcc
Confidence 3333333333334455555544444444445556666677777766 699999999999999999999999999998877
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 009978 486 SFQGFLLLTSLLYFLSAL 503 (521)
Q Consensus 486 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 503 (521)
|+..|.+.+++.++..+
T Consensus 153 -~~~~~~~~~~~~~~~~~ 169 (375)
T 2gfp_A 153 -WRACYLFLLVLCAGVTF 169 (375)
T ss_dssp -HHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred -HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88888887777666555
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.28 E-value=1.5e-10 Score=116.47 Aligned_cols=175 Identities=19% Similarity=0.090 Sum_probs=128.3
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhhcCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHhHhcchHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcc
Q 009978 106 LALALCNADRVVMSVAIVPLSLAHGWSRSFSGIVQSSFLWGYLVSPIAGGTLVDYYGGKIIMAWGVALWSLATFLTPWAA 185 (521)
Q Consensus 106 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~ 185 (521)
...+........+....+.+.+..+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+...
T Consensus 284 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~ 363 (491)
T 4gc0_A 284 LSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAF 363 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333444444556667778888888888888888888889999999999999999999999998888877766544321
Q ss_pred --c-cchHHHHH-HHHHHhhhhcchhhHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHhhh------ccCch
Q 009978 186 --D-TSLLALLA-MRAVVGLAEGVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTSGNAIGLVLSPILMS------QAGIF 255 (521)
Q Consensus 186 --~-~~~~~l~~-~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~------~~gw~ 255 (521)
. ++...++. .-+..+++ ....+....+.+|.+|.+.|+.+.|+......+|..+++.+.+.+.+ ..++.
T Consensus 364 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~ 442 (491)
T 4gc0_A 364 YTQAPGIVALLSMLFYVAAFA-MSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNG 442 (491)
T ss_dssp HTTCCHHHHHHHHHHHHHHHH-TTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTC
T ss_pred hcccchHHHHHHHHHHHHHHH-hHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh
Confidence 1 12222222 22222233 23456778899999999999999999999999999998887766543 34677
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCC
Q 009978 256 GPFVIFGLSGFLWVLVWLSATSSTPD 281 (521)
Q Consensus 256 ~~f~~~~~~~~i~~i~~~~~~~~~~~ 281 (521)
..|++.++++++..+..+++.||++.
T Consensus 443 ~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 443 FSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 78899999888888888888887754
No 15
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=72.61 E-value=67 Score=30.56 Aligned_cols=33 Identities=3% Similarity=-0.199 Sum_probs=16.5
Q ss_pred cchhhHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHhhhhh
Q 009978 204 GVALPAMNNMVARWFPQTERARAVAIAMGGFTS 236 (521)
Q Consensus 204 ~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 236 (521)
+.............+..+++.+...+.+....+
T Consensus 139 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 171 (460)
T 3mkt_A 139 AVPAYLLFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLL 171 (460)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHH
Confidence 333334444555566556665555554444433
No 16
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=62.41 E-value=4.7 Score=19.77 Aligned_cols=14 Identities=36% Similarity=0.546 Sum_probs=11.5
Q ss_pred hhHHHHhHhcchHH
Q 009978 153 AGGTLVDYYGGKII 166 (521)
Q Consensus 153 ~~G~l~dr~Grr~~ 166 (521)
++|.++.+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46899999999864
No 17
>2l2t_A Receptor tyrosine-protein kinase ERBB-4; transmembrane dimer, membrane domain, membrane protei; NMR {Homo sapiens}
Probab=31.83 E-value=51 Score=19.67 Aligned_cols=11 Identities=9% Similarity=0.072 Sum_probs=4.6
Q ss_pred HHHHHhccCcc
Q 009978 503 LFYIIFSTGER 513 (521)
Q Consensus 503 ~~~~~~~~~~~ 513 (521)
..+++++++++
T Consensus 29 ~~~~~~RRRr~ 39 (44)
T 2l2t_A 29 TFAVYVRRKSI 39 (44)
T ss_dssp HHHHHHHTTCS
T ss_pred HHHHHhhhhhh
Confidence 33444444433
No 18
>2ks1_B Epidermal growth factor receptor; ERBB1, ERBB2, transmembrane, heterodimer, complex, tyrosine receptor, bicelles, transferase; NMR {Homo sapiens}
Probab=26.35 E-value=1.1e+02 Score=18.27 Aligned_cols=12 Identities=0% Similarity=-0.180 Sum_probs=5.0
Q ss_pred HHHHHHhccCcc
Q 009978 502 ALFYIIFSTGER 513 (521)
Q Consensus 502 ~~~~~~~~~~~~ 513 (521)
...++++++++.
T Consensus 29 ~~~~~~~RRr~~ 40 (44)
T 2ks1_B 29 LGIGLFMRRRHI 40 (44)
T ss_dssp HHHHHHHHTTTC
T ss_pred HHHHHHhhhhHh
Confidence 333444444433
No 19
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=24.52 E-value=4.9e+02 Score=25.17 Aligned_cols=52 Identities=13% Similarity=0.100 Sum_probs=26.8
Q ss_pred CCchhh-HHHHHHHHhhhhhhhHHHHH-HHHHhhhccCchhHHHHHHHHHHHHH
Q 009978 218 FPQTER-ARAVAIAMGGFTSGNAIGLV-LSPILMSQAGIFGPFVIFGLSGFLWV 269 (521)
Q Consensus 218 ~~~~~r-~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-l~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~i~~ 269 (521)
.|+++| .....+.....+....++.. +++.+....+|...++...+..++..
T Consensus 20 vp~~~R~~~~~~~~~~W~g~~~~i~~~~~Ga~~~~GLs~~~a~lai~lG~li~~ 73 (501)
T 2jln_A 20 TRYAERSVGPFSLAAIWFAMAIQVAIFIAAGQMTSSFQVWQVIVAIAAGCTIAV 73 (501)
T ss_dssp CCGGGCCBCHHHHHHHHHHHHCSTHHHHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhhCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcCHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 455666 44555555555544444444 44444444567766665554444433
Done!