Query 010190
Match_columns 515
No_of_seqs 482 out of 1499
Neff 11.1
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 21:51:20 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/010190.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/010190hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 3.1E-47 1E-51 379.7 39.7 454 17-509 6-484 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 6.5E-39 2.2E-43 316.0 23.4 402 18-490 23-435 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 5.7E-37 2E-41 300.9 34.6 393 18-484 21-428 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 3E-32 1E-36 271.4 31.3 380 64-488 50-471 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 4E-33 1.4E-37 267.6 15.0 357 26-474 3-362 (375)
6 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 5.2E-29 1.8E-33 250.0 19.1 142 65-235 51-197 (524)
7 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 1.1E-29 3.9E-34 246.6 10.1 369 41-493 25-405 (417)
8 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 6.5E-13 2.2E-17 129.6 17.0 177 295-488 27-229 (438)
9 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 1.6E-12 5.4E-17 127.4 18.3 171 28-235 257-432 (451)
10 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 1.4E-12 4.7E-17 129.3 14.2 171 296-486 15-194 (491)
11 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 2E-12 7E-17 125.0 12.6 147 66-241 257-405 (417)
12 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 1.7E-11 5.9E-16 121.4 16.9 179 35-241 289-468 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 1.3E-12 4.5E-17 124.6 7.8 171 303-493 9-180 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 99.3 3.4E-11 1.1E-15 120.4 15.4 170 299-487 17-197 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 58.4 4.2 0.00014 19.5 1.0 14 87-100 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 20.3 1.3E+02 0.0046 24.5 4.7 25 74-98 99-123 (198)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=3.1e-47 Score=379.69 Aligned_cols=454 Identities=21% Similarity=0.264 Sum_probs=331.8
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHhHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhhhhccCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhh
Q 010190 17 TQWYHFTAIVIAGMGFFTDAYDLFCISLVTKLLGRIYYYKEGSDSPGTLPDNVASAVNGVALCGTLAGQLFFGWLGDKMG 96 (515)
Q Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~G~l~dr~G 96 (515)
.+++.+.+.++.+++.+.+++|..+++..+|.+.+++...+ +.+.+.+.++.|++.+++.+|..+|++++|+++||+|
T Consensus 6 ~~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~G 83 (491)
T 4gc0_A 6 NSSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQ--NLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFG 83 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGG--CCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTC
T ss_pred ChHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCC--CCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 34566777777888999999999999999999988873221 1222456678899999999999999999999999999
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHhhh------------------cCCCCchhHHHHHHHHHHHhhhccccccchhhHhhhhcccc
Q 010190 97 RKRVYGMTLMMMVICSLASGL------------------SFGKEPKAVMITLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANK 158 (515)
Q Consensus 97 rr~~l~~~~~~~~i~~~~~~~------------------~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~ 158 (515)
||++++++.+++.++++++++ +++ ++.++++|+++|++.|+..+....+++|+.|+
T Consensus 84 Rk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~------~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~ 157 (491)
T 4gc0_A 84 RRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGY------VPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPA 157 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGC------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCG
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhh------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCH
Confidence 999999999999999999985 556 89999999999999999999999999999999
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCccCCCCCCccccCCCchHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhcCC
Q 010190 159 KTRGAFIAAVFAMQGFGILSGGMVAIIVSAAFKANFPAPIYSANPAASTVPEADYIWRIILMFGAIPALLTYYWRMKMPE 238 (515)
Q Consensus 159 ~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e 238 (515)
++|++..++.+.+..+|.++++.++..+...... ......+||+.+.+..+..++.++..+++||
T Consensus 158 ~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~pe 222 (491)
T 4gc0_A 158 HIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDA---------------SWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPE 222 (491)
T ss_dssp GGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCT---------------TTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCC
T ss_pred HhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhcccccc---------------ccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCC
Confidence 9999999999999999999999998887643321 0124567999999999988888888899999
Q ss_pred chhhHHHHhccHHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhHHHhhcCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Q 010190 239 TARYTALVAKNAKQAAADMSKVLQVELEAEQEKVEQEKGKNDFGLFSAKFVRRHGLHLIGTTVTWFLLDVAYYSQNLFQK 318 (515)
Q Consensus 239 ~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 318 (515)
||+|+ ..+++.+++.+.+++..+.+..++.....++.....++........+..+.........+......+....+.+
T Consensus 223 Sp~~L-~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 301 (491)
T 4gc0_A 223 SPRWL-MSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAP 301 (491)
T ss_dssp CHHHH-HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHH
T ss_pred ChHHH-HHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcch
Confidence 99997 44455566666665554433322221111111000000001111111112333334444444445556666777
Q ss_pred HHHhHhcccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccCC
Q 010190 319 DIFTAIGWIPKAKTMNAIEEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVALIDKIGRFAIQLMGFFFMTVFMFALAIPYHHWTLP 398 (515)
Q Consensus 319 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 398 (515)
.+.+..+..... .........+..+++.++++++.||+|||+.++.+...+.++++.+...... .
T Consensus 302 ~~~~~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~---~ 366 (491)
T 4gc0_A 302 EVFKTLGASTDI------------ALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYT---Q 366 (491)
T ss_dssp HHHHHSSCCHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT---T
T ss_pred HHHHhcCCCccc------------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhc---c
Confidence 776665543322 1124455566777888899999999999999999988888887777654421 1
Q ss_pred CchHHHHHHHHHHHHHhhcCccccccccccccCchhhhhhhhHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHhhh------ccCchHHHH
Q 010190 399 DHRIGFVVLYSLTFFFSNFGPNTTTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKAGAIVGAFGFLYLAD------TSGVKKALL 472 (515)
Q Consensus 399 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~l~~------~~g~~~~~~ 472 (515)
......+....+....+..+..++.+.+.+|++|++.|++++|+.+.++++++++++.+.+.+.+ ..+....|+
T Consensus 367 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 446 (491)
T 4gc0_A 367 APGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYW 446 (491)
T ss_dssp CCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHH
Confidence 22333344444445555666778888999999999999999999999999999999999887754 244566788
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHH-hccccCCCChhhhhhhhhcccCC
Q 010190 473 ILGGANFLGMLFTF-LVPESKGKSLEEMSGEAEEEKGT 509 (515)
Q Consensus 473 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 509 (515)
+++++++++.++.+ ++||||+|++||.++..++++++
T Consensus 447 i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tLeei~~~f~~~~~~ 484 (491)
T 4gc0_A 447 IYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKTLEELEALWEPETKK 484 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCHHHHGGGTC-----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCCHHHHHHHhCCCCcc
Confidence 88888888887766 89999999999998877655443
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=6.5e-39 Score=316.04 Aligned_cols=402 Identities=13% Similarity=0.128 Sum_probs=293.8
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHhHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhhhhccCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhh
Q 010190 18 QWYHFTAIVIAGMGFFTDAYDLFCISLVTKLLGRIYYYKEGSDSPGTLPDNVASAVNGVALCGTLAGQLFFGWLGDKMGR 97 (515)
Q Consensus 18 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~G~l~dr~Gr 97 (515)
++.+++.+..++++.+..+++...+++..|.+.+++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+||
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~ 91 (451)
T 1pw4_A 23 RRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-----------FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNP 91 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-----------TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----------ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCc
Confidence 345677788888889999999999999999888765 466789999999999999999999999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHhhh----cCCCCchhHHHHHHHHHHHhhhccccccchhhHhhhhccccccchhHHHHHHHHHH
Q 010190 98 KRVYGMTLMMMVICSLASGL----SFGKEPKAVMITLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQG 173 (515)
Q Consensus 98 r~~l~~~~~~~~i~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~ 173 (515)
|++++++.++.+++.+++++ +++ ++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+..
T Consensus 92 r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~ 165 (451)
T 1pw4_A 92 RVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSS------IAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHN 165 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSS------SSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccc------HHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999 888 78999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCccCCCCCCccccCCCch-HHHHHHHhHHHHHHH-HHHHHhcCCchhhHHHHhccHH
Q 010190 174 FGILSGGMVAIIVSAAFKANFPAPIYSANPAASTVPEADYI-WRIILMFGAIPALLT-YYWRMKMPETARYTALVAKNAK 251 (515)
Q Consensus 174 ~G~~~g~~l~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-wr~~f~~~~~~~~~~-~~~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~ 251 (515)
+|.++++.+++.+.+ ..+ ||+.|++.++..++. ++..+++||+|++. ..++.+
T Consensus 166 ~g~~~g~~~~~~l~~-----------------------~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~ 220 (451)
T 1pw4_A 166 VGGGIPPLLFLLGMA-----------------------WFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSC--GLPPIE 220 (451)
T ss_dssp HHHTSHHHHHHHHHH-----------------------HTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTT--CCCSCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH-----------------------HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhc--CCCChh
Confidence 999999999998753 244 999999987776654 44557789987652 111100
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhHhhhhHHHhhcCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHhH-hcccCCc
Q 010190 252 QAAADMSKVLQVELEAEQEKVEQEKGKNDFGLFSAKFVRRHGLHLIGTTVTWFLLDVAYYSQNLFQKDIFTA-IGWIPKA 330 (515)
Q Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~ 330 (515)
+..+. .+++ .+.+++++.+.++.......++ +.++...+..++.....+....+.|.++++ .|+++..
T Consensus 221 ~~~~~--------~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 289 (451)
T 1pw4_A 221 EYKND--------YPDD-YNEKAEQELTAKQIFMQYVLPN--KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDK 289 (451)
T ss_dssp TTCCC----------------------CCTHHHHHHTSSC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHH
T ss_pred hhccc--------cccc-chhhhhcccccccchHHHHHcC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHH
Confidence 00000 0000 0000111112222211111111 234444555555556667777788888776 4554432
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhh--chhhHHHHHHHHHH-HHHHHHHhhhhcccCCCchHHHHHH
Q 010190 331 KTMNAIEEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVALIDKI--GRFAIQLMGFFFMT-VFMFALAIPYHHWTLPDHRIGFVVL 407 (515)
Q Consensus 331 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--g~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 407 (515)
.........++.+++.++.+++.||+ +||+.+..+..+.. ++++++.... .........
T Consensus 290 ------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~ 351 (451)
T 1pw4_A 290 ------------SSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNP------AGNPTVDMI 351 (451)
T ss_dssp ------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCC------TTCHHHHHH
T ss_pred ------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc------ccCHHHHHH
Confidence 22256666778889999999999999 99988877766655 4444332211 112222333
Q ss_pred HHHHHHHhhcCccccccccccccCchhhhhhhhHHHHHHhhh-hHHHHHHHHHHhhhccCchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010190 408 YSLTFFFSNFGPNTTTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKA-GAIVGAFGFLYLADTSGVKKALLILGGANFLGMLFTF 486 (515)
Q Consensus 408 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~-g~~i~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 486 (515)
..+..+.......+....+..|.+|++.|++++|+.+.+.++ |..++|.+.|.+.|..|+...|++.+++.+++.++.+
T Consensus 352 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 431 (451)
T 1pw4_A 352 CMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLI 431 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 333333333344556678889999999999999999999999 9999999999999999999999999888888887776
Q ss_pred hccc
Q 010190 487 LVPE 490 (515)
Q Consensus 487 ~~~~ 490 (515)
+.++
T Consensus 432 ~~~~ 435 (451)
T 1pw4_A 432 VVMI 435 (451)
T ss_dssp HHHH
T ss_pred HHHh
Confidence 5443
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=5.7e-37 Score=300.93 Aligned_cols=393 Identities=11% Similarity=-0.011 Sum_probs=279.4
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHhHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhhhhccCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhh
Q 010190 18 QWYHFTAIVIAGMGFFTDAYDLFCISLVTKLLGRIYYYKEGSDSPGTLPDNVASAVNGVALCGTLAGQLFFGWLGDKMGR 97 (515)
Q Consensus 18 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~G~l~dr~Gr 97 (515)
++++++.+..+++..+..+++....++..|.+.+++ +.+..+.|++.+.+.++..++++++|+++||+||
T Consensus 21 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~ 90 (438)
T 3o7q_A 21 SRSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAF----------TLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSY 90 (438)
T ss_dssp -CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS----------CCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCH
T ss_pred hhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHc----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcc
Confidence 344566667777888888999999999999999999 9999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHh---hhcCCCCchhHHHHHHHHHHHhhhccccccchhhHhhhhccccccchhHHHHHHHHHHH
Q 010190 98 KRVYGMTLMMMVICSLAS---GLSFGKEPKAVMITLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQGF 174 (515)
Q Consensus 98 r~~l~~~~~~~~i~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 174 (515)
|++++.+.++.+++.+++ +++++ ++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++
T Consensus 91 r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 164 (438)
T 3o7q_A 91 KAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMN------YTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSF 164 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccc------HHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999 88888 899999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHH-HhhhcCCCCCccCCCCCCcccc------CCCchHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHh--cCCchhhHHH
Q 010190 175 GILSGGMVAIIVS-AAFKANFPAPIYSANPAASTVP------EADYIWRIILMFGAIPALLTYYWRMK--MPETARYTAL 245 (515)
Q Consensus 175 G~~~g~~l~~~l~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~--~~e~p~~~~~ 245 (515)
|.++++.+++.+. ...+..........+ ... ....+||+.|++.++..++..+..++ .||+++. .
T Consensus 165 g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~--~ 238 (438)
T 3o7q_A 165 GAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMS----PEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSD--N 238 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTT--C
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCC----cchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccc--c
Confidence 9999999999886 221100000000000 000 00112999998766655554443333 4554432 0
Q ss_pred HhccHHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhHHHhhcCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHH-HhHh
Q 010190 246 VAKNAKQAAADMSKVLQVELEAEQEKVEQEKGKNDFGLFSAKFVRRHGLHLIGTTVTWFLLDVAYYSQNLFQKDI-FTAI 324 (515)
Q Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~ 324 (515)
++++++ ++.+.+.++.++++ .++...+..++.....+....+.|.+ +++.
T Consensus 239 ~~~~~~----------------------~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 289 (438)
T 3o7q_A 239 HSDAKQ----------------------GSFSASLSRLARIR-------HWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEI 289 (438)
T ss_dssp CCCSST----------------------TSHHHHHHHHTTCS-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred cccccc----------------------cchhhhHHHHHhCh-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc
Confidence 000000 00000111122221 22333334444445566666777777 6664
Q ss_pred -cccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccCCCchHH
Q 010190 325 -GWIPKAKTMNAIEEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVALIDKIGRFAIQLMGFFFMTVFMFALAIPYHHWTLPDHRIG 403 (515)
Q Consensus 325 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 403 (515)
|+++.. +........++.+++.++.+++.||++||+.+..+..+..++++++.... ...
T Consensus 290 ~g~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~ 349 (438)
T 3o7q_A 290 PGMTAGF------------AANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAG--------GHV 349 (438)
T ss_dssp TTCCHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------HHH
T ss_pred CCcchhH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC--------CcH
Confidence 554433 22255666778888999999999999999999988888777766655432 122
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhcCccccccccccccCchhhhhhhhHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHhhhccC-chHHHHHHHHHHHHHH
Q 010190 404 FVVLYSLTFFFSNFGPNTTTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKAGAIVGAFGFLYLADTSG-VKKALLILGGANFLGM 482 (515)
Q Consensus 404 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~l~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~ 482 (515)
..... +..+++.....+..+++..|.+|++ ++.+.++.. ...++..++|.+.|.+.|..| ++..|.+.+++.++..
T Consensus 350 ~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 426 (438)
T 3o7q_A 350 GLIAL-TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIF 426 (438)
T ss_dssp HHHHH-HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 22222 3333444445677888888999866 888888877 778999999999999999988 8888887655555444
Q ss_pred HH
Q 010190 483 LF 484 (515)
Q Consensus 483 ~~ 484 (515)
++
T Consensus 427 ~~ 428 (438)
T 3o7q_A 427 IF 428 (438)
T ss_dssp HH
T ss_pred HH
Confidence 33
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=3e-32 Score=271.36 Aligned_cols=380 Identities=11% Similarity=0.005 Sum_probs=245.0
Q ss_pred CCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh-hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCchhHHHHHHHHHHHhhhccc
Q 010190 64 TLPDNVASAVNGVALCGTLAGQLFFGWLGDK-MGRKRVYGMTLMMMVICSLASGLSFGKEPKAVMITLCFFRFWLGFGIG 142 (515)
Q Consensus 64 ~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~G~l~dr-~Grr~~l~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g 142 (515)
|.+..+.+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.++++++++ ++.++++|+++|++.+
T Consensus 50 ~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~l~g~~~~ 123 (491)
T 4aps_A 50 HITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFG------ASALFGSIILIIIGTG 123 (491)
T ss_dssp CSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCS------TTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh------HHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999 89999999999999999999999988 7999999999999999
Q ss_pred cccchhhHhhhhcccccc--chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCccCCCCCCccccCCCchHHHHHH
Q 010190 143 GDYPLSATIMSEYANKKT--RGAFIAAVFAMQGFGILSGGMVAIIVSAAFKANFPAPIYSANPAASTVPEADYIWRIILM 220 (515)
Q Consensus 143 ~~~~~~~~~i~e~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~ 220 (515)
...+...+++.|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|.+++.+.+. .|||+.|+
T Consensus 124 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~-----------------------~g~~~~f~ 180 (491)
T 4aps_A 124 FLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEA-----------------------AGYHVAFS 180 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------------------SCHHHHHH
T ss_pred hccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-----------------------hhHHHHHH
Confidence 999999999999999988 77788889999999999999999998643 45999999
Q ss_pred HhHHHHHHHHHHHHhc-CCchhh---HHHHhccHHHHHHHHHH---------------HHHhh--hhHhhhh--------
Q 010190 221 FGAIPALLTYYWRMKM-PETARY---TALVAKNAKQAAADMSK---------------VLQVE--LEAEQEK-------- 271 (515)
Q Consensus 221 ~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~p~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------~~~~~--~~~~~~~-------- 271 (515)
+.++..++..+..++. ++..+. ....+.++++..+..+. ....+ .+.....
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 260 (491)
T 4aps_A 181 LAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAI 260 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHH
Confidence 9776666544443322 211100 00001111222111111 00000 0000000
Q ss_pred ---HHHhhcCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHhH-hcccCCcccchhHHHHHHHHHHHH
Q 010190 272 ---VEQEKGKNDFGLFSAKFVRRHGLHLIGTTVTWFLLDVAYYSQNLFQKDIFTA-IGWIPKAKTMNAIEEVYKIARAQT 347 (515)
Q Consensus 272 ---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 347 (515)
......+.. ...+..++.....+............+.....+.+.+.++ .+.+....+. ..
T Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~ 325 (491)
T 4aps_A 261 PVFYFAWMISSV---KVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSW------------FQ 325 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHC---------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGG------------GT
T ss_pred HHHHHHHHhhcc---cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHH------------Hh
Confidence 000000000 0000011111112222222333333444455555666655 3333222222 34
Q ss_pred HHHHhhhhhHHHHHHHHHHhhchhhHHH-----HHHHHHHHHHHHHHhhhhccc-CCCchHHHHHHHHHHHHHhhcCccc
Q 010190 348 LIALCSTVPGYWFTVALIDKIGRFAIQL-----MGFFFMTVFMFALAIPYHHWT-LPDHRIGFVVLYSLTFFFSNFGPNT 421 (515)
Q Consensus 348 ~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 421 (515)
....+..+++.++.+++.||++||+... .+..+.+++++++........ .............+..+.......+
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~ 405 (491)
T 4aps_A 326 SLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISP 405 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTT
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhH
Confidence 4455566667778899999999886544 555555555555444321111 1111223333334444444444567
Q ss_pred cccccccccCchhhhhhhhHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHhhhccCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 010190 422 TTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKAGAIVGAFGFLYLADTSGVKKALLILGGANFLGMLFTFLV 488 (515)
Q Consensus 422 ~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 488 (515)
..++++.|.+|++.|+++.|+.+...++|..+++.+.+.+.+ .++...+.+.+++++++.++.++.
T Consensus 406 ~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 471 (491)
T 4aps_A 406 VGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNA-KSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFL 471 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGG-SSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 788899999999999999999999999999999999998875 467778888888887777766644
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=4e-33 Score=267.59 Aligned_cols=357 Identities=13% Similarity=0.091 Sum_probs=256.8
Q ss_pred HHHHHhHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhhhhccCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHH
Q 010190 26 VIAGMGFFTDAYDLFCISLVTKLLGRIYYYKEGSDSPGTLPDNVASAVNGVALCGTLAGQLFFGWLGDKMGRKRVYGMTL 105 (515)
Q Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~ 105 (515)
..+++..+...++...+.+..|.+.+++ |.+.++.+++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++..+.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~ 72 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDL----------NVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGM 72 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS----------SSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHc----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHH
Confidence 4556677778888899999999999999 999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhcCCCCchhHHHHHHHHHHHhhhccccccchhhHhhhhccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010190 106 MMMVICSLASGLSFGKEPKAVMITLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQGFGILSGGMVAII 185 (515)
Q Consensus 106 ~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~l~~~ 185 (515)
.+.+++.++.+++++ ++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.+++.
T Consensus 73 ~~~~~~~~~~~~~~~------~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 146 (375)
T 2gfp_A 73 SIFMLATLVAVTTSS------LTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGL 146 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcc------HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHH
Confidence 999999999999988 89999999999999999999999999999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HHHhhhcCCCCCccCCCCCCccccCCCchHHHHHHHhHHHHHHHHH-HHHhcCCchhhHHHHhccHHHHHHHHHHHHHhh
Q 010190 186 VSAAFKANFPAPIYSANPAASTVPEADYIWRIILMFGAIPALLTYY-WRMKMPETARYTALVAKNAKQAAADMSKVLQVE 264 (515)
Q Consensus 186 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 264 (515)
+. +..+||+.|++.++..++..+ ..+++||++++. +++
T Consensus 147 l~-----------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~---------------- 185 (375)
T 2gfp_A 147 LD-----------------------TMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVD--APR---------------- 185 (375)
T ss_dssp SS-----------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTT--CCC----------------
T ss_pred HH-----------------------HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCC--ccc----------------
Confidence 84 445699999987777666554 446678876531 000
Q ss_pred hhHhhhhHHHhhcCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHhH-hcccCCcccchhHHHHHHHH
Q 010190 265 LEAEQEKVEQEKGKNDFGLFSAKFVRRHGLHLIGTTVTWFLLDVAYYSQNLFQKDIFTA-IGWIPKAKTMNAIEEVYKIA 343 (515)
Q Consensus 265 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 343 (515)
++..++.++.++++. ++...+..+......+....+.|.++++ .|+++. ..
T Consensus 186 ---------~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~------------~~ 237 (375)
T 2gfp_A 186 ---------TRLLTSYKTLFGNSG-------FNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSM------------TV 237 (375)
T ss_dssp ---------CCTTTCSTHHHHHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHH------------HH
T ss_pred ---------ccHHHHHHHHhcCcc-------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHH------------HH
Confidence 011122333333322 2223333334444555555566665554 333222 12
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHH-HHHHHHHHHhhhhcccCCCchHHHHHHHHHHHHHhhcCcccc
Q 010190 344 RAQTLIALCSTVPGYWFTVALIDKIGRFAIQLMGFFF-MTVFMFALAIPYHHWTLPDHRIGFVVLYSLTFFFSNFGPNTT 422 (515)
Q Consensus 344 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 422 (515)
........++.+++.++.+++.||++++. ..+... ...+...+..... ...+.+......+..++......+.
T Consensus 238 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~ 311 (375)
T 2gfp_A 238 SILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM--WQSVICCLLAGLLMWIPDWF----GVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPL 311 (375)
T ss_dssp HHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH--HHHHHHHHHTSSSSSHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSST
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHhhh----ccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHH
Confidence 23455566777888888888888887722 222222 1111111111100 0012222222223333333334677
Q ss_pred ccccccccCchhhhhhhhHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHhhhccCchHHHHHH
Q 010190 423 TFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKAGAIVGAFGFLYLADTSGVKKALLIL 474 (515)
Q Consensus 423 ~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~ 474 (515)
..++..|..| ++|+++.|+.+...++|..++|.+.+.+.+..++...+.+.
T Consensus 312 ~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~ 362 (375)
T 2gfp_A 312 ATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMT 362 (375)
T ss_dssp THHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHH
Confidence 7788899998 89999999999999999999999999998877777666554
No 6
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=5.2e-29 Score=249.99 Aligned_cols=142 Identities=14% Similarity=0.190 Sum_probs=127.8
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhh-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcC-CCCchhHHHHHHHHHHHhhhccc
Q 010190 65 LPDNVASAVNGVALCGTLAGQLFFGWLGDKM-GRKRVYGMTLMMMVICSLASGLSF-GKEPKAVMITLCFFRFWLGFGIG 142 (515)
Q Consensus 65 ~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~G~l~dr~-Grr~~l~~~~~~~~i~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g 142 (515)
.+..+.+++.+.+.++..++++++|+++||+ |||+++..+.++.+++.+++++++ + ++.+++.|++.|++.+
T Consensus 51 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~l~g~~~~ 124 (524)
T 2xut_A 51 LRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHS------VQGFYTGLFLIALGSG 124 (524)
T ss_dssp TTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSC------HHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc------HHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 8999999999999999999999999999999 999999999999999999999998 7 8999999999999999
Q ss_pred cccchhhHhhhhccccccchhHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCccCCCCCCccccCCCchHHHHH
Q 010190 143 GDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAA---VFAMQGFGILSGGMVAIIVSAAFKANFPAPIYSANPAASTVPEADYIWRIIL 219 (515)
Q Consensus 143 ~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f 219 (515)
...+...+++.|++|+++|+++.+. ...+.++|.+++|.+++.+.+ ..+||+.|
T Consensus 125 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~-----------------------~~g~~~~f 181 (524)
T 2xut_A 125 GIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLK-----------------------NFGAAVAF 181 (524)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHH-----------------------TSCHHHHH
T ss_pred ccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-----------------------cccHHHHH
Confidence 9999999999999999999877666 889999999999999988853 34699999
Q ss_pred HHhHHHHHHHHHHHHh
Q 010190 220 MFGAIPALLTYYWRMK 235 (515)
Q Consensus 220 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 235 (515)
++.++..++..+..++
T Consensus 182 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 182 GIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9977776665554443
No 7
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.96 E-value=1.1e-29 Score=246.61 Aligned_cols=369 Identities=14% Similarity=0.075 Sum_probs=222.6
Q ss_pred HHHHHHhh-hhhhhhccCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHH---Hhh
Q 010190 41 CISLVTKL-LGRIYYYKEGSDSPGTLPDNVASAVNGVALCGTLAGQLFFGWLGDKMGRKRVYGMTLMMMVICSL---ASG 116 (515)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~-i~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~i~~~---~~~ 116 (515)
...+.+|. +.+++ |.+..+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++.+..+++++.. ...
T Consensus 25 ~~~~~~~~~l~~~~----------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 94 (417)
T 2cfq_A 25 AYFPFFPIWLHDIN----------HISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFI 94 (417)
T ss_dssp HHTTTHHHHHHTTT----------CCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHh----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33344444 55667 89999999999999999999999999999999999999988887755321 112
Q ss_pred hcCCCCchhHH-HHHHHHHHHhhhccccccchhhHhhhhcccc--ccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcC
Q 010190 117 LSFGKEPKAVM-ITLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANK--KTRGAFIAAVFAMQGFGILSGGMVAIIVSAAFKAN 193 (515)
Q Consensus 117 ~~~~~~~~~~~-~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~~~~ 193 (515)
+++. . ..++..+++.|++.+...+.....+.++.++ ++|+...+.......+|..++|.+++.+.+
T Consensus 95 ~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~----- 163 (417)
T 2cfq_A 95 FGPL------LQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT----- 163 (417)
T ss_dssp HHHH------HHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-----
T ss_pred HHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----
Confidence 2211 1 1134556677766665555555555555543 356777788777888999999999998853
Q ss_pred CCCCccCCCCCCccccCCCchHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhcCCchhhHHHHhccHHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhHH
Q 010190 194 FPAPIYSANPAASTVPEADYIWRIILMFGAIPALLTYYWRMKMPETARYTALVAKNAKQAAADMSKVLQVELEAEQEKVE 273 (515)
Q Consensus 194 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 273 (515)
.+||+.|++.++..++..+..++.+|+|+.. .++++++ + +
T Consensus 164 -------------------~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~-------------------~-~ 203 (417)
T 2cfq_A 164 -------------------INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSS-ATVANAV-------------------G-A 203 (417)
T ss_dssp -------------------HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCS-SCSSSSS-------------------S-S
T ss_pred -------------------hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccc-ccccccc-------------------c-c
Confidence 2499999887666555444444444433210 0000000 0 0
Q ss_pred HhhcCC---cchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHhHhcccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010190 274 QEKGKN---DFGLFSAKFVRRHGLHLIGTTVTWFLLDVAYYSQNLFQKDIFTAIGWIPKAKTMNAIEEVYKIARAQTLIA 350 (515)
Q Consensus 274 ~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 350 (515)
++++.+ .++.++++. ++......+.....++....+.|.++.+. +... ....... .......
T Consensus 204 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~------~~~~~~~-g~~~~~~ 268 (417)
T 2cfq_A 204 NHSAFSLKLALELFRQPK-------LWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSF-FATG------EQGTRVF-GYVTTMG 268 (417)
T ss_dssp CCCCCCHHHHHHHTTCHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-SSSH------HHHTHHH-HHHHHHH
T ss_pred ccccccHHHHHHHhcCCc-------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-Hhcc------CCChhHH-HHHHHHH
Confidence 000000 111222211 11112222222222233333355554432 1100 0001111 2244455
Q ss_pred HhhhhhHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccCCCchHHHHHHHHHHHHHhhcCcccccccccccc
Q 010190 351 LCSTVPGYWFTVALIDKIGRFAIQLMGFFFMTVFMFALAIPYHHWTLPDHRIGFVVLYSLTFFFSNFGPNTTTFVVPAEI 430 (515)
Q Consensus 351 ~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 430 (515)
.++.+++.++.++++||+|||+.+..+..+.+++.+.+.... +.+..... ............+..+.+..|.
T Consensus 269 ~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~-~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 340 (417)
T 2cfq_A 269 ELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFAT-------SALEVVIL-KTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQ 340 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC-------SHHHHHHH-TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-------cHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 566777888999999999999998887777766655543221 12222222 1111111111223456788999
Q ss_pred CchhhhhhhhHHH-HHHhhhhHHHHHHHHHHhhhccCchHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hccccCC
Q 010190 431 FPARLRSTCHGIS-AASGKAGAIVGAFGFLYLADTSGVKKALLILGGANFLGMLFTF-LVPESKG 493 (515)
Q Consensus 431 ~p~~~~~~~~g~~-~~~~~~g~~i~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~ 493 (515)
+|++.|+++.++. +....+|++++|.+.|.+.+..|+...|.+.+++++++.++.+ ..+|+++
T Consensus 341 ~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 341 FEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 9999999999995 7888899999999999999988888889888888888877665 4454433
No 8
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.48 E-value=6.5e-13 Score=129.60 Aligned_cols=177 Identities=12% Similarity=-0.018 Sum_probs=128.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHhHhcccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhhchhhHH
Q 010190 295 HLIGTTVTWFLLDVAYYSQNLFQKDIFTAIGWIPKAKTMNAIEEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVALIDKIGRFAIQ 374 (515)
Q Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~ 374 (515)
.++...+..+.............|.+.++.+.++.+.+. ......++..++.++.|+++||+|||+.+
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~------------~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l 94 (438)
T 3o7q_A 27 PFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGL------------IQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGI 94 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHH------------HHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHH
Confidence 344444555555566667777788888888877655332 56667778888999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccCCCchHHHHHHHHHHHHHhhcCccccccccccccCchhhhhhhhHHHHHHhhhhHHHH
Q 010190 375 LMGFFFMTVFMFALAIPYHHWTLPDHRIGFVVLYSLTFFFSNFGPNTTTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKAGAIVG 454 (515)
Q Consensus 375 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~ 454 (515)
..+..+.+++.++...... ........+..++.+.+.....+...+++.|.+|+++|++++++.+....+|..++
T Consensus 95 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g 169 (438)
T 3o7q_A 95 ITGLFLYALGAALFWPAAE-----IMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIA 169 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhccc-----cccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999888887733211 01233333333444444444566778899999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhh-hccC-------------------------chHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 010190 455 AFGFLYLA-DTSG-------------------------VKKALLILGGANFLGMLFTFLV 488 (515)
Q Consensus 455 ~~~~~~l~-~~~g-------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 488 (515)
|.+.+.+. +..+ |+..|++.+++.++..+..++.
T Consensus 170 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 229 (438)
T 3o7q_A 170 VVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLT 229 (438)
T ss_dssp HHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999998 5544 7888877776666665555443
No 9
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.46 E-value=1.6e-12 Score=127.35 Aligned_cols=171 Identities=16% Similarity=0.106 Sum_probs=136.7
Q ss_pred HHHhHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhh-hhccCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhh--hhhhHHHHH
Q 010190 28 AGMGFFTDAYDLFCISLVTKLLGRI-YYYKEGSDSPGTLPDNVASAVNGVALCGTLAGQLFFGWLGDKM--GRKRVYGMT 104 (515)
Q Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~-~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~G~l~dr~--Grr~~l~~~ 104 (515)
..+..+........+....|.+.++ + +.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..+
T Consensus 257 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~ 326 (451)
T 1pw4_A 257 IAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVK----------HFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVF 326 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBS----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHH
Confidence 3334444444444555666666555 6 89999999999999999999999999999999 999998888
Q ss_pred HHHHH-HHHHHhhhcCCCCchhHHHHHHHHHHHhhhccccccchhhHhhhhccccccchhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHH
Q 010190 105 LMMMV-ICSLASGLSFGKEPKAVMITLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQGF-GILSGGMV 182 (515)
Q Consensus 105 ~~~~~-i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-G~~~g~~l 182 (515)
..+.. ++.++..+.++.+ .+.+.+..++.|++.+...+....++.|.+|+++|+++.++.+....+ |..+++.+
T Consensus 327 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 402 (451)
T 1pw4_A 327 FMTLVTIATIVYWMNPAGN----PTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAI 402 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTSCCTTC----HHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcccC----HHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77776 6777666664211 677888889999988888888899999999999999999999999999 99999999
Q ss_pred HHHHHHhhhcCCCCCccCCCCCCccccCCCchHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHh
Q 010190 183 AIIVSAAFKANFPAPIYSANPAASTVPEADYIWRIILMFGAIPALLTYYWRMK 235 (515)
Q Consensus 183 ~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 235 (515)
.+.+.+ ..||+..|++.++..++..+..++
T Consensus 403 ~g~l~~-----------------------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 403 VGYTVD-----------------------FFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHHHHH-----------------------SSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHH-----------------------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999863 345999999877777666555444
No 10
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.42 E-value=1.4e-12 Score=129.34 Aligned_cols=171 Identities=13% Similarity=0.075 Sum_probs=124.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHhH------hcccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHh-h
Q 010190 296 LIGTTVTWFLLDVAYYSQNLFQKDIFTA------IGWIPKAKTMNAIEEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVALIDK-I 368 (515)
Q Consensus 296 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~ 368 (515)
++...+..+.....++....+.+.++.+ .++++.+ .........++..++.++.|+++|| +
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~ 82 (491)
T 4aps_A 15 LSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRAT------------AASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRII 82 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 4445555555556677766666666655 3444333 2225666777888899999999999 8
Q ss_pred chhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccCCCchHHHHHHHHHHHHHhhcCccccccccccccCchhh--hhhhhHHHHHH
Q 010190 369 GRFAIQLMGFFFMTVFMFALAIPYHHWTLPDHRIGFVVLYSLTFFFSNFGPNTTTFVVPAEIFPARL--RSTCHGISAAS 446 (515)
Q Consensus 369 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~g~~~~~ 446 (515)
|||+.+..+..+..++.++..... +.+ ...+..++.+.+.....+...+++.|.+|++. |+.+.++.+..
T Consensus 83 g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~-~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~ 154 (491)
T 4aps_A 83 GARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPF-------GAS-ALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFG 154 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCC-------STT-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-------hHH-HHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHH
Confidence 999999999988888887766532 122 22233333333333345677888999999888 78888889999
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHhhhccCchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010190 447 GKAGAIVGAFGFLYLADTSGVKKALLILGGANFLGMLFTF 486 (515)
Q Consensus 447 ~~~g~~i~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 486 (515)
.++|..++|.+.+.+.+..||+..|++.++..+++.+..+
T Consensus 155 ~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 194 (491)
T 4aps_A 155 INLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYY 194 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999988777777766655
No 11
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.38 E-value=2e-12 Score=125.04 Aligned_cols=147 Identities=7% Similarity=0.002 Sum_probs=119.4
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCchhHHHHHHHHHHHhhhcccccc
Q 010190 66 PDNVASAVNGVALCGTLAGQLFFGWLGDKMGRKRVYGMTLMMMVICSLASGLSFGKEPKAVMITLCFFRFWLGFGIGGDY 145 (515)
Q Consensus 66 s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~ 145 (515)
+....++..+...++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.++.++.++ .+.+++..++.+++.+...
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~l~~~~~~~~~ 330 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATS------ALEVVILKTLHMFEVPFLL 330 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCS------HHHHHHHTTHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc------HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3456788888888899999999999999999999999999888888777777776 6778888888888777666
Q ss_pred chhhHhhhhccccccchhHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCCccCCCCCCccccCCCchHHHHHHHhHH
Q 010190 146 PLSATIMSEYANKKTRGAFIAA-VFAMQGFGILSGGMVAIIVSAAFKANFPAPIYSANPAASTVPEADYIWRIILMFGAI 224 (515)
Q Consensus 146 ~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~ 224 (515)
+....++.|.+|++.|+++.++ ++....+|..++|.+++.+.+. .|++..|.+.++
T Consensus 331 ~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~-----------------------~g~~~~f~~~~~ 387 (417)
T 2cfq_A 331 VGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYES-----------------------IGFQGAYLVLGL 387 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHH-----------------------SHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHh-----------------------cCcHHHHHHHHH
Confidence 7778999999999999999998 4788889999999999988643 348888888777
Q ss_pred HHHHHHHHH-HhcCCchh
Q 010190 225 PALLTYYWR-MKMPETAR 241 (515)
Q Consensus 225 ~~~~~~~~~-~~~~e~p~ 241 (515)
..++..+.. +..||.++
T Consensus 388 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 388 VALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 776655543 44565443
No 12
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.35 E-value=1.7e-11 Score=121.42 Aligned_cols=179 Identities=15% Similarity=0.082 Sum_probs=121.4
Q ss_pred HHHhhhHHHHHHhhhhhhhhccCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010190 35 DAYDLFCISLVTKLLGRIYYYKEGSDSPGTLPDNVASAVNGVALCGTLAGQLFFGWLGDKMGRKRVYGMTLMMMVICSLA 114 (515)
Q Consensus 35 ~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~i~~~~ 114 (515)
.......+....+.+.++. +.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+.
T Consensus 289 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~ 358 (491)
T 4gc0_A 289 QFVGINVVLYYAPEVFKTL----------GASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFS 358 (491)
T ss_dssp HHTCHHHHHHHHHHHHHHS----------SCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhhhhHHHhcchHHHHhc----------CCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHH
Confidence 3333344455567777777 777777777788888899999999999999999999999988888877766
Q ss_pred hhhcCCCCchhHHHHHHHHHHHhhhccccccchhhHhhhhccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCC
Q 010190 115 SGLSFGKEPKAVMITLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQGFGILSGGMVAIIVSAAFKANF 194 (515)
Q Consensus 115 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~~~~~ 194 (515)
.+...............+.-+..+++.+ ..+....+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+.+.+.+....
T Consensus 359 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~-- 435 (491)
T 4gc0_A 359 LGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMS-WGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWL-- 435 (491)
T ss_dssp HHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTT-TTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHH--
T ss_pred HHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhH-HHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--
Confidence 6543221111112222223333333333 3467788999999999999999999999999999888877665322110
Q ss_pred CCCccCCCCCCccccCCCchHHHHHHHhHHHHHHH-HHHHHhcCCchh
Q 010190 195 PAPIYSANPAASTVPEADYIWRIILMFGAIPALLT-YYWRMKMPETAR 241 (515)
Q Consensus 195 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~-~~~~~~~~e~p~ 241 (515)
....++.+.|++.+..+++. ++.++++||+..
T Consensus 436 ---------------~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 436 ---------------VAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp ---------------HHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred ---------------HhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 01223556677766666554 445678999853
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.33 E-value=1.3e-12 Score=124.58 Aligned_cols=171 Identities=10% Similarity=-0.021 Sum_probs=125.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhHHHhHhcccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHH
Q 010190 303 WFLLDVAYYSQNLFQKDIFTAIGWIPKAKTMNAIEEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVALIDKIGRFAIQLMGFFFMT 382 (515)
Q Consensus 303 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~ 382 (515)
.+.............|.+.++.|.++.+.+. ......++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..
T Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~------------~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~ 76 (375)
T 2gfp_A 9 VAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQS------------VMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFM 76 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHH
Confidence 3333444444555566676776766544222 5566677778888899999999999999999998888
Q ss_pred HHHHHHHhhhhcccCCCchHHHHHHHHHHHHHhhcCccccccccccccCchhhhhhhhHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHhh
Q 010190 383 VFMFALAIPYHHWTLPDHRIGFVVLYSLTFFFSNFGPNTTTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKAGAIVGAFGFLYLA 462 (515)
Q Consensus 383 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~l~ 462 (515)
++.++..... +........+..+.......+...+++.|.+|+++|++++++.+....+|..++|.+.+.+.
T Consensus 77 ~~~~~~~~~~--------~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~ 148 (375)
T 2gfp_A 77 LATLVAVTTS--------SLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLD 148 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHHHHHhc--------cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH
Confidence 8887776654 23333333344444444456677788899999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hccCchHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hccccCC
Q 010190 463 DTSGVKKALLILGGANFLGMLFTF-LVPESKG 493 (515)
Q Consensus 463 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~ 493 (515)
+..+|+..+.+.+++.++..+... .+||+++
T Consensus 149 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 180 (375)
T 2gfp_A 149 TMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRP 180 (375)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCST
T ss_pred HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCC
Confidence 888999999888877777665443 5565443
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.29 E-value=3.4e-11 Score=120.38 Aligned_cols=170 Identities=12% Similarity=0.016 Sum_probs=122.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHhH-hc------ccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhh-ch
Q 010190 299 TTVTWFLLDVAYYSQNLFQKDIFTA-IG------WIPKAKTMNAIEEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVALIDKI-GR 370 (515)
Q Consensus 299 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-g~ 370 (515)
..+..+.....++....+.+.++.+ .+ +++.+.+. ......++.+++.++.|+++||+ ||
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~------------~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~ 84 (524)
T 2xut_A 17 IIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKD------------VFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGK 84 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHH------------HHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 3344444455666666666666554 56 55554322 55666777788889999999999 99
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccCCCchHHHHHHHHHHHHHhhcCccccccccccccCchhhhhhhhHH---HHHHh
Q 010190 371 FAIQLMGFFFMTVFMFALAIPYHHWTLPDHRIGFVVLYSLTFFFSNFGPNTTTFVVPAEIFPARLRSTCHGI---SAASG 447 (515)
Q Consensus 371 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~---~~~~~ 447 (515)
|+.+..+.++..++.++..... .....+.+..++.+.+.....+...+++.|.+|++.|+++.+. .+...
T Consensus 85 r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~ 157 (524)
T 2xut_A 85 YNTILWLSLIYCVGHAFLAIFE-------HSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTI 157 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS-------SCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-------ccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999998888888777765532 0222333333444444445567788899999999999776666 88899
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHhhhccCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 010190 448 KAGAIVGAFGFLYLADTSGVKKALLILGGANFLGMLFTFL 487 (515)
Q Consensus 448 ~~g~~i~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 487 (515)
++|..++|.+.+.+.+..||+..|.+.+++.+++.+..++
T Consensus 158 ~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 158 NFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999998889999999888877776665543
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=58.39 E-value=4.2 Score=19.47 Aligned_cols=14 Identities=50% Similarity=0.807 Sum_probs=11.3
Q ss_pred HHhhhhhhhhhhhH
Q 010190 87 FFGWLGDKMGRKRV 100 (515)
Q Consensus 87 ~~G~l~dr~Grr~~ 100 (515)
+.|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46888999999865
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=20.28 E-value=1.3e+02 Score=24.50 Aligned_cols=25 Identities=16% Similarity=0.162 Sum_probs=19.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhh
Q 010190 74 NGVALCGTLAGQLFFGWLGDKMGRK 98 (515)
Q Consensus 74 ~s~~~l~~~i~~~~~G~l~dr~Grr 98 (515)
+.-|.+|+.+++.+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 4457788888899999999987644
Done!