Query 010239
Match_columns 514
No_of_seqs 481 out of 1881
Neff 11.3
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 22:55:03 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/010239.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/010239hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 9.2E-47 3.1E-51 374.2 38.3 448 44-510 4-483 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 4.9E-41 1.7E-45 329.4 25.7 399 48-489 24-433 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 7.2E-39 2.4E-43 312.8 32.9 372 53-488 27-431 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 4.9E-34 1.7E-38 282.7 29.3 396 89-496 49-478 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.8E-35 6.3E-40 282.3 9.9 357 55-475 3-362 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 6E-32 2.1E-36 261.1 10.0 370 70-495 25-405 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 3E-29 1E-33 250.3 18.5 393 91-496 51-509 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 1.3E-13 4.3E-18 134.5 17.1 145 89-234 283-433 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 4E-13 1.4E-17 130.4 16.1 159 324-486 42-226 (438)
10 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.5 2.5E-13 8.6E-18 128.9 11.3 165 324-495 16-180 (375)
11 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 3.5E-13 1.2E-17 129.7 10.9 146 92-238 257-404 (417)
12 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 4.2E-13 1.4E-17 132.4 10.7 155 326-487 31-194 (491)
13 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 9.7E-12 3.3E-16 123.6 15.9 157 326-488 30-197 (524)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 1.4E-11 4.9E-16 121.4 10.5 150 89-239 307-468 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 71.2 2.6 8.8E-05 20.0 1.7 14 113-126 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 26.6 1.5E+02 0.005 24.2 6.0 25 100-124 99-123 (198)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=9.2e-47 Score=374.16 Aligned_cols=448 Identities=30% Similarity=0.543 Sum_probs=349.3
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccccccccccccCCCCCCCc-cccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Q 010239 44 NYSVSAAILPFLFPALGGLLYGYDIGSTSCATISIESPTLSGIS-WYDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADILG 122 (514)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~G 122 (514)
+++.+..+.+.++.+++.+++|||.++++..+|.+.++...+++ ..+.+..+.|++.+++.+|..+|++++|+++||+|
T Consensus 4 ~~~~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~G 83 (491)
T 4gc0_A 4 QYNSSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFG 83 (491)
T ss_dssp -CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTC
T ss_pred CcChHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 34556667777778899999999999999999988766221110 01345667899999999999999999999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------hhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHHHhhcCCCCcchhH
Q 010239 123 RRRELILAALLYLVGALVTA------------------LAPDFIIMVVGRFVFGIGIGLAMHAAPMYIAETAPTPMRGQL 184 (514)
Q Consensus 123 rr~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~ 184 (514)
||++++++.+++.+++++++ +++|+++++++|+++|++.|...+....+++|+.|+++|++.
T Consensus 84 Rk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~ 163 (491)
T 4gc0_A 84 RRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKL 163 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHH
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhh
Confidence 99999999999999999998 478999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccc-------ccchhHHHHhhHHHHHHHHHHhhcccCchhHHHHhhccccCCccccHH
Q 010239 185 ISLKEFFIVLGMVGGYGIGSLLVDL-------VAGWRYMYGASTPLAVIMGMGMWWLPASPRWLLLCAMKRKGDMQDLRE 257 (514)
Q Consensus 185 ~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~-------~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 257 (514)
.++.+.+..+|.++++.++..+... ...||+.+.+..++.++..+..+++||+|+|+..++ +.+
T Consensus 164 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~---------~~~ 234 (491)
T 4gc0_A 164 VSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRG---------KQE 234 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTT---------CHH
T ss_pred HHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcC---------chh
Confidence 9999999999999999988776542 126999999999999998888999999999999887 666
Q ss_pred HHHHHHHHHhCCCCCCCCchhHHHHHHhhhhccccccchhHHHhhhchhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHH
Q 010239 258 SAISCLCRLRGQSIGDSAPTEVDEILTELSYVGEDKEVSLREVFHGKCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQS 337 (514)
Q Consensus 258 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 337 (514)
++++.+++.+..+..++. ..+..... ..+++....... ...++..+......+.++.+.+.+.+|.+.+.+.
T Consensus 235 ~a~~~l~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 306 (491)
T 4gc0_A 235 QAEGILRKIMGNTLATQA---VQEIKHSL--DHGRKTGGRLLM---FGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT 306 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHH--HHHHHHTTHHHH---SCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhHHHhcCCchhHHH---HHHHHHHH--HhhhhhhhHHHH---hcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh
Confidence 676666665432211100 00000000 000011111111 2234455666666777788888889999999888
Q ss_pred cCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhCCchhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchHHHHHHHHHHHHhh
Q 010239 338 AGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLFLDDVPAVAVVALLLYVGCYQ 417 (514)
Q Consensus 338 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 417 (514)
.+. +............+..+++.++++++.||+|||+.+..+.....++++.++..... ....+..+....++..++.
T Consensus 307 ~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 384 (491)
T 4gc0_A 307 LGA-STDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYT-QAPGIVALLSMLFYVAAFA 384 (491)
T ss_dssp SSC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-TCCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCC-CccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhc-ccchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 887 66677777888899999999999999999999999999888888887776654433 3334445555556666777
Q ss_pred cccccccceeeccccchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchHhHH------hhCcchhhHHHHHHHHHHHHHhCCCCC
Q 010239 418 LSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLKD------LLGAGILFYAFGVIAVLSLAFIFXXXX 491 (514)
Q Consensus 418 ~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 491 (514)
.++.++.+.+.+|.+|++.|++++|+.+..+++++++++.+.+.+.+ ..+....|++++++++++.++.+++.|
T Consensus 385 ~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~P 464 (491)
T 4gc0_A 385 MSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVP 464 (491)
T ss_dssp TTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheec
Confidence 77778888999999999999999999999999999999988876643 345667888999999999998888899
Q ss_pred CCCCCchhhhhcccccCCC
Q 010239 492 XXXXSFQRQRGLRLRRSRP 510 (514)
Q Consensus 492 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 510 (514)
|||+|..+|.++..+++++
T Consensus 465 ETkg~tLeei~~~f~~~~~ 483 (491)
T 4gc0_A 465 ETKGKTLEELEALWEPETK 483 (491)
T ss_dssp CCTTCCHHHHGGGTC----
T ss_pred CCCCCCHHHHHHHhCCCCc
Confidence 9999999988776655443
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=4.9e-41 Score=329.43 Aligned_cols=399 Identities=14% Similarity=0.060 Sum_probs=301.1
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHhhcccccccccccccccCCCCCCCccccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHH
Q 010239 48 SAAILPFLFPALGGLLYGYDIGSTSCATISIESPTLSGISWYDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADILGRRREL 127 (514)
Q Consensus 48 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~ 127 (514)
+..+..+....++.+..+++...+.+.+|.+.++ + .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l 95 (451)
T 1pw4_A 24 RLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ-------G-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFL 95 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS-------T-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------h-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHH
Confidence 3445556677778888888999999999999998 9 9999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHh----hhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHHHhhcCCCCcchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 010239 128 ILAALLYLVGALVTAL----APDFIIMVVGRFVFGIGIGLAMHAAPMYIAETAPTPMRGQLISLKEFFIVLGMVGGYGIG 203 (514)
Q Consensus 128 ~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~ 203 (514)
+++.++.+++.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|.+++|.++
T Consensus 96 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 175 (451)
T 1pw4_A 96 PAGLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLF 175 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhcccccc-hhHHHHhhHHHHHHHHH-HhhcccCchhHHHHhhccccCCccccHHHHHHHHHHHhCCCCCCCCchhHHH
Q 010239 204 SLLVDLVAG-WRYMYGASTPLAVIMGM-GMWWLPASPRWLLLCAMKRKGDMQDLRESAISCLCRLRGQSIGDSAPTEVDE 281 (514)
Q Consensus 204 ~~l~~~~~~-wr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (514)
+.+.+.. + ||+.|++.++++++..+ ..+++||+|+....++ +.+..+..++ +.
T Consensus 176 ~~l~~~~-g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~-------------------~~-- 230 (451)
T 1pw4_A 176 LLGMAWF-NDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPP---IEEYKNDYPD-------------------DY-- 230 (451)
T ss_dssp HHHHHHT-CCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCS---CTTTCCC--------------------------
T ss_pred HHHHHHh-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCC---hhhhcccccc-------------------cc--
Confidence 9988776 7 99999999988877544 4456788776321110 0000000000 00
Q ss_pred HHHhhhhccccccchhHHHhhhchhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHH-cCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHH
Q 010239 282 ILTELSYVGEDKEVSLREVFHGKCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQS-AGFSAASDATRVSILLGLFKLIM 360 (514)
Q Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 360 (514)
..+.+++...++...++.++++..+...+..++.. ........+.|.++++ .+. +..+.+.......++.+++
T Consensus 231 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 304 (451)
T 1pw4_A 231 -NEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVY----LLRYGILDWSPTYLKEVKHF-ALDKSSWAYFLYEYAGIPG 304 (451)
T ss_dssp ---------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHBTTBSCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -hhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHhcCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00000001111111345566555544443333322 2334566788888877 566 7888999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhHh--CCchhhhhhHHHHH-HHHHHHHHhhhccCCcchHHHHHHHHHHHHhhcccccccceeeccccchhhh
Q 010239 361 TGLAVLVVERL--GRRPLLLGGVSGIV-ISLFLLGSYYLFLDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLR 437 (514)
Q Consensus 361 ~~~~g~l~d~~--g~r~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~ 437 (514)
.++.+++.||+ ++|+.+..+..+.. ++.+++.. ....+.+.......+.+. ......+....+..|.+|++.|
T Consensus 305 ~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 380 (451)
T 1pw4_A 305 TLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWM---NPAGNPTVDMICMIVIGF-LIYGPVMLIGLHALELAPKKAA 380 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS---CCTTCHHHHHHHHHHHHH-HHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH---hcccCHHHHHHHHHHHHH-HHhchHHHHHHHHHHHhchhhh
Confidence 99999999999 99988877666555 44443321 111233333333333333 3333344556789999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhchHhHHhhCcchhhHHHHHHHHHHHHHhCCC
Q 010239 438 GRGLSVAVLVNFG-ANALVTFAFSPLKDLLGAGILFYAFGVIAVLSLAFIFXX 489 (514)
Q Consensus 438 ~~~~g~~~~~~~~-g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 489 (514)
++++|+.+...++ |..++|.+.|.+.+..|+...|++.+++.+++.++.+..
T Consensus 381 g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 381 GTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999 999999999999999999989988888887777665543
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=7.2e-39 Score=312.77 Aligned_cols=372 Identities=16% Similarity=0.133 Sum_probs=291.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhcccccccccccccccCCCCCCCccccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHH
Q 010239 53 PFLFPALGGLLYGYDIGSTSCATISIESPTLSGISWYDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADILGRRRELILAAL 132 (514)
Q Consensus 53 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~ 132 (514)
.+.++++..+..+++....++.+|.+.++ +|++..+.|++.+++.+++.++++++|+++||+|||++++++.+
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~ 99 (438)
T 3o7q_A 27 PFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQA-------FTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLF 99 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------SCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHH-------cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHH
Confidence 33455566677788888899999999988 99999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHH---HhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHHHhhcCCCCcchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhc-c
Q 010239 133 LYLVGALVT---ALAPDFIIMVVGRFVFGIGIGLAMHAAPMYIAETAPTPMRGQLISLKEFFIVLGMVGGYGIGSLLV-D 208 (514)
Q Consensus 133 ~~~~~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~-~ 208 (514)
+.+++.+++ +++++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|..+++.+++.+. +
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~ 179 (438)
T 3o7q_A 100 LYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILS 179 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 999999999 889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998 5
Q ss_pred cccc------------------------hhHHHHhhHHHHHHHHHHhhc--ccCchhHHHHhhccccCCccccHHHHHHH
Q 010239 209 LVAG------------------------WRYMYGASTPLAVIMGMGMWW--LPASPRWLLLCAMKRKGDMQDLRESAISC 262 (514)
Q Consensus 209 ~~~~------------------------wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~--~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 262 (514)
.... ||+.|++.+++.++..+..++ .||+++.. +.
T Consensus 180 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~-------~~------------ 240 (438)
T 3o7q_A 180 NVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDN-------HS------------ 240 (438)
T ss_dssp SSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTC-------CC------------
T ss_pred ccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccc-------cc------------
Confidence 5423 999998888777765444443 45443200 00
Q ss_pred HHHHhCCCCCCCCchhHHHHHHhhhhccccccchhHHHhhhchhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHH-HHHc-CC
Q 010239 263 LCRLRGQSIGDSAPTEVDEILTELSYVGEDKEVSLREVFHGKCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASI-LQSA-GF 340 (514)
Q Consensus 263 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-~~ 340 (514)
++++++.+.+++++++++..+...+...+.... ......+.|.+ +++. |.
T Consensus 241 ------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 292 (438)
T 3o7q_A 241 ------------------------DAKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGA----QTACWSYLIRYAVEEIPGM 292 (438)
T ss_dssp ------------------------CSSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHSTTC
T ss_pred ------------------------cccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHhhhccCCc
Confidence 000112233566777777666655544443332 23555677777 7776 66
Q ss_pred CCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhCCchhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchHHHHHHHHHHHHhhccc
Q 010239 341 SAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLFLDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSF 420 (514)
Q Consensus 341 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 420 (514)
+..+++.......++.+++.++.+++.||++||+.+..+..+..++.+++.. .+..+ ......+.+.+. ...
T Consensus 293 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~-~~~~~~~~g~~~-~~~ 364 (438)
T 3o7q_A 293 -TAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAF-----AGGHV-GLIALTLCSAFM-SIQ 364 (438)
T ss_dssp -CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----CCHHH-HHHHHHHHHHHH-TTH
T ss_pred -chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----cCCcH-HHHHHHHHHHHH-HHH
Confidence 8889999999999999999999999999999999998888877777665543 22222 233333333333 334
Q ss_pred ccccceeeccccchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchHhHHhhC-cchhhHHHHHHHHHHHHHhCC
Q 010239 421 GPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLKDLLG-AGILFYAFGVIAVLSLAFIFX 488 (514)
Q Consensus 421 ~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 488 (514)
.+..+.+..|.+|++ ++++.++.. ...+++.++|.+.|.+.|..| +...|++.+++.++..++.+.
T Consensus 365 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 431 (438)
T 3o7q_A 365 YPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIFIFARF 431 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 466678888999966 888888877 677999999999999999999 888888776666555554443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=4.9e-34 Score=282.69 Aligned_cols=396 Identities=14% Similarity=0.047 Sum_probs=257.2
Q ss_pred ccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhH
Q 010239 89 YDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADI-LGRRRELILAALLYLVGALVTALAPDFIIMVVGRFVFGIGIGLAMHA 167 (514)
Q Consensus 89 ~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr-~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~ 167 (514)
+|.+..+.+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+...+.
T Consensus 49 ~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~ 128 (491)
T 4aps_A 49 LHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPN 128 (491)
T ss_dssp CCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccch
Confidence 79999999999999999999999999999999 89999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhhcCCCCc--chhHHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcccccchhHHHHhhHHHHHHHHHHhhcc-cCchhHHHHh
Q 010239 168 APMYIAETAPTPM--RGQLISLKEFFIVLGMVGGYGIGSLLVDLVAGWRYMYGASTPLAVIMGMGMWWL-PASPRWLLLC 244 (514)
Q Consensus 168 ~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~~~~~~~~ 244 (514)
..+++.|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|.+++.+.+.. +||+.|++.++..++..+..++. ++..+ .
T Consensus 129 ~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~- 203 (491)
T 4aps_A 129 VSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAA-GYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLD---P- 203 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC---S-
T ss_pred HHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCccccc---c-
Confidence 9999999999988 777888899999999999999999999877 99999999887776654444432 22111 0
Q ss_pred hccccCCccccHHHHHHHHHH---------------HhCCCCCCCCchhHHHHHHh------hhhccccccchhHHHhhh
Q 010239 245 AMKRKGDMQDLRESAISCLCR---------------LRGQSIGDSAPTEVDEILTE------LSYVGEDKEVSLREVFHG 303 (514)
Q Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 303 (514)
+.++.+...+.++.++..+. ......+.+........... .....+++.....+..+.
T Consensus 204 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 282 (491)
T 4aps_A 204 -HYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRV 282 (491)
T ss_dssp -CCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------C
T ss_pred -cccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHH
Confidence 00111111122222222221 11111111111000000000 000000000000111111
Q ss_pred chhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHHcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhCCchhhh-----
Q 010239 304 KCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQSAGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLL----- 378 (514)
Q Consensus 304 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~----- 378 (514)
.......+...+.+.. +.....+.+.+.++....+....+.......+..+++.++.+++.||++||+...
T Consensus 283 ~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~ 358 (491)
T 4aps_A 283 VSYIPLFIAAVLFWAI----EEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFA 358 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHH----HGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHH----HhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHH
Confidence 1112222222222222 2233445566665533325467778888889999999999999999999986654
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHhhhc---cC-CcchHHHHHHHHHHHHhhcccccccceeeccccchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010239 379 GGVSGIVISLFLLGSYYLF---LD-DVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANAL 454 (514)
Q Consensus 379 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~ 454 (514)
.+..+.+++++++...... .. .+.+....... +.+.......+..+.++.|.+|++.|++++|+.+...++|..+
T Consensus 359 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i 437 (491)
T 4aps_A 359 VGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWA-LVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSAL 437 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHH-HHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5555555555544432111 01 12333333333 3333333445666789999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhchHhHHhhCcchhhHHHHHHHHHHHHHhCCCCCCCCCC
Q 010239 455 VTFAFSPLKDLLGAGILFYAFGVIAVLSLAFIFXXXXXXXXS 496 (514)
Q Consensus 455 ~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 496 (514)
++.+.+.+.+ .++...|...+++++++.++.++..++.+++
T Consensus 438 ~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 478 (491)
T 4aps_A 438 NAQLVTLYNA-KSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQGL 478 (491)
T ss_dssp HHHHGGGGGG-SSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-------
T ss_pred HHHHHHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999988876 5677788888888877777766655554443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=1.8e-35 Score=282.33 Aligned_cols=357 Identities=13% Similarity=0.077 Sum_probs=271.5
Q ss_pred HHHHHHHHhhcccccccccccccccCCCCCCCccccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHH
Q 010239 55 LFPALGGLLYGYDIGSTSCATISIESPTLSGISWYDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADILGRRRELILAALLY 134 (514)
Q Consensus 55 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~ 134 (514)
.++++..+..+++.....+.+|.+.++ +|.+..+.+++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++..+.++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~ 75 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-------LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIF 75 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-------SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-------cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHH
Confidence 344566677777888889999999988 9999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHHHhhcCCCCcchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcccccchh
Q 010239 135 LVGALVTALAPDFIIMVVGRFVFGIGIGLAMHAAPMYIAETAPTPMRGQLISLKEFFIVLGMVGGYGIGSLLVDLVAGWR 214 (514)
Q Consensus 135 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~wr 214 (514)
+++.++++++++++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.+++.+.+.. +||
T Consensus 76 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~-~~~ 154 (375)
T 2gfp_A 76 MLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMW-NWR 154 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHH-HHH
T ss_pred HHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhc-cHH
Confidence 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999877 999
Q ss_pred HHHHhhHHHHHHHHH-HhhcccCchhHHHHhhccccCCccccHHHHHHHHHHHhCCCCCCCCchhHHHHHHhhhhccccc
Q 010239 215 YMYGASTPLAVIMGM-GMWWLPASPRWLLLCAMKRKGDMQDLRESAISCLCRLRGQSIGDSAPTEVDEILTELSYVGEDK 293 (514)
Q Consensus 215 ~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 293 (514)
+.|++.+++.++..+ ..+++||+++.. + ++++.
T Consensus 155 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~-------------------------------------------~~~~~ 188 (375)
T 2gfp_A 155 ACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVD---A-------------------------------------------PRTRL 188 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTT---C-------------------------------------------CCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCC---c-------------------------------------------ccccH
Confidence 999999988877655 445577765410 0 00112
Q ss_pred cchhHHHhhhchhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHH-cCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhC
Q 010239 294 EVSLREVFHGKCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQS-AGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLG 372 (514)
Q Consensus 294 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g 372 (514)
+.++++.++++..+...+...+.... ......+.|.++++ .+. +..+.+.......++.+++.++.+++.||.+
T Consensus 189 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~g~-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~ 263 (375)
T 2gfp_A 189 LTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAG----IAAFEACSGVLMGAVLGL-SSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFS 263 (375)
T ss_dssp TTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHCSCSSHHHHHH-HHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHH
T ss_pred HHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHhCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 23455677776655554444333322 23445556666555 566 6778899999999999999999999999988
Q ss_pred CchhhhhhHHH-HHHHHHHHHHhhhccCCcchHHHHHHHHHHHHhhcccccccceeeccccchhhhhhHHHHHHHHHHHH
Q 010239 373 RRPLLLGGVSG-IVISLFLLGSYYLFLDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGA 451 (514)
Q Consensus 373 ~r~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g 451 (514)
++ ...+..+ ...+..++..... ...+.+.......+.+.+.+ ...+....+..|..| ++|+++.|+.+...++|
T Consensus 264 ~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g 338 (375)
T 2gfp_A 264 TL--MWQSVICCLLAGLLMWIPDWF-GVMNVWTLLVPAALFFFGAG-MLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIG 338 (375)
T ss_dssp HH--HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-ccccHHHHHHHHHHHHHHHH-HhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHH
Confidence 72 2222222 2222111111000 01122333333333333333 344666788999998 88999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhchHhHHhhCcchhhHHH
Q 010239 452 NALVTFAFSPLKDLLGAGILFYAF 475 (514)
Q Consensus 452 ~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~ 475 (514)
..++|.+.|.+.+..++...+...
T Consensus 339 ~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~ 362 (375)
T 2gfp_A 339 SGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMT 362 (375)
T ss_dssp HHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHH
Confidence 999999999998877776555543
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.97 E-value=6e-32 Score=261.11 Aligned_cols=370 Identities=14% Similarity=0.064 Sum_probs=238.6
Q ss_pred cccccccc-ccCCCCCCCccccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHH---HHHHhhh
Q 010239 70 STSCATIS-IESPTLSGISWYDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADILGRRRELILAALLYLVGA---LVTALAP 145 (514)
Q Consensus 70 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~ 145 (514)
...+.+|. ++++ +|+++.+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++++..+.+++. ..+.+++
T Consensus 25 ~~~~~~~~~l~~~-------~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 97 (417)
T 2cfq_A 25 AYFPFFPIWLHDI-------NHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGP 97 (417)
T ss_dssp HHTTTHHHHHHTT-------TCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHH-------hCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33455555 4555 79999999999999999999999999999999999999999888776532 2223333
Q ss_pred hHH-HHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHHHhhcCCC--CcchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcccccchhHHHHhhHH
Q 010239 146 DFI-IMVVGRFVFGIGIGLAMHAAPMYIAETAPT--PMRGQLISLKEFFIVLGMVGGYGIGSLLVDLVAGWRYMYGASTP 222 (514)
Q Consensus 146 ~~~-~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~wr~~f~~~~~ 222 (514)
... .+..++++.|++.+...+.....+.++.++ ++|+...+....+..+|..++|.+++++.+. +||+.|++.++
T Consensus 98 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~~--~~~~~f~~~~~ 175 (417)
T 2cfq_A 98 LLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFTI--NNQFVFWLGSG 175 (417)
T ss_dssp HHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHHH--CSHHHHTTTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--chhHHHHHHHH
Confidence 221 244566676666665554444444444432 3557777888778889999999999998763 89999998887
Q ss_pred HHHHHHHHhhcccCchhHHHHhhccccCCccccHHHHHHHHHHHhCCCCCCCCchhHHHHHHhhhhccccccchhHHHhh
Q 010239 223 LAVIMGMGMWWLPASPRWLLLCAMKRKGDMQDLRESAISCLCRLRGQSIGDSAPTEVDEILTELSYVGEDKEVSLREVFH 302 (514)
Q Consensus 223 ~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 302 (514)
+.++..+..++.+|+++.. . ++.+ + +. +..++....+++++++
T Consensus 176 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~--~~~~---~--------------~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~ 218 (417)
T 2cfq_A 176 CALILAVLLFFAKTDAPSS---A--TVAN---A--------------VG---------------ANHSAFSLKLALELFR 218 (417)
T ss_dssp TTTTHHHHSCSSCCCCSCS---S--CSSS---S--------------SS---------------SCCCCCCHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHcCcccccc---c--cccc---c--------------cc---------------cccccccHHHHHHHhc
Confidence 7655555555544433200 0 0000 0 00 0000111123455666
Q ss_pred hchhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHHcCCC---CCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhCCchhhhh
Q 010239 303 GKCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQSAGFS---AASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLLG 379 (514)
Q Consensus 303 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~~ 379 (514)
++..+...+....... .+.....+.|.++.+.... +....+.......++.+++.++.++++||++||+++..
T Consensus 219 ~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~ 294 (417)
T 2cfq_A 219 QPKLWFLSLYVIGVSC----TYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLL 294 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHH
T ss_pred CCchhhHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHH
Confidence 6655544333222211 1123333455555443210 23345677777788889999999999999999998887
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchHHHHHHHHHHHHhhcccccccceeeccccchhhhhhHHHHH-HHHHHHHHHHHHHh
Q 010239 380 GVSGIVISLFLLGSYYLFLDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVA-VLVNFGANALVTFA 458 (514)
Q Consensus 380 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~-~~~~~~g~~~~~~~ 458 (514)
+..+.+++.+++.. .++.+..+....+...... ...+..+.+..|.+|++.|+++.++. +....+|++++|.+
T Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~l~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l 368 (417)
T 2cfq_A 295 AGTIMSVRIIGSSF-----ATSALEVVILKTLHMFEVP-FLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVL 368 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTT-----CCSHHHHHHHTTHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHH-----hccHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhh
Confidence 77776665544432 2233333332222222222 22233457889999999999999995 78888999999999
Q ss_pred chHhHHhhCcchhhHHHHHHHHHHHHHhCCCCCCCCC
Q 010239 459 FSPLKDLLGAGILFYAFGVIAVLSLAFIFXXXXXXXX 495 (514)
Q Consensus 459 ~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 495 (514)
.|.+.+..|+...|.+.+++++++.++.+...+++++
T Consensus 369 ~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 369 AGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 9999998888888888888888887776665655443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=3e-29 Score=250.34 Aligned_cols=393 Identities=14% Similarity=0.104 Sum_probs=226.1
Q ss_pred CCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHH
Q 010239 91 LSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADIL-GRRRELILAALLYLVGALVTALAP-DFIIMVVGRFVFGIGIGLAMHAA 168 (514)
Q Consensus 91 ~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~-Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~ 168 (514)
.+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ +++.++++|++.|++.+...+..
T Consensus 51 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~ 130 (524)
T 2xut_A 51 LRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLV 130 (524)
T ss_dssp TTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhH
Confidence 9999999999999999999999999999999 999999999999999999999999 99999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhhcCCCCcchhHHhH---HHHHHHHHHHHHHHhhhhhcccccchhHHHHhhHHHHHHHHHHhhcc-cCchhHHHHh
Q 010239 169 PMYIAETAPTPMRGQLISL---KEFFIVLGMVGGYGIGSLLVDLVAGWRYMYGASTPLAVIMGMGMWWL-PASPRWLLLC 244 (514)
Q Consensus 169 ~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~~~~~~~~ 244 (514)
.+++.|++|+++|+++.+. ...+.++|..++|.+++.+.+.. +||+.|++.+++.++..+..++. ++.++. +
T Consensus 131 ~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~ 206 (524)
T 2xut_A 131 SSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNF-GAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHM---P 206 (524)
T ss_dssp HHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCC---C
T ss_pred HHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccc---C
Confidence 9999999999999877666 99999999999999999998876 99999999888877655544433 221100 0
Q ss_pred hccccCCccccHHHHHHHHH-HHhCCCCCCCCchhHHHHHH------hh-----------------hhccccccchhHHH
Q 010239 245 AMKRKGDMQDLRESAISCLC-RLRGQSIGDSAPTEVDEILT------EL-----------------SYVGEDKEVSLREV 300 (514)
Q Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~-----------------~~~~~~~~~~~~~~ 300 (514)
++++ ...+..+... ..+......+.......... .. ...+++.+.+++++
T Consensus 207 ~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 280 (524)
T 2xut_A 207 PEPK------DPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQL 280 (524)
T ss_dssp --------------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHH
T ss_pred CCCc------cchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHH
Confidence 0000 0000000000 00000000000000000000 00 00000000011000
Q ss_pred -----------hhh-chhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHHcCCCCC-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010239 301 -----------FHG-KCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQSAGFSAA-SDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLV 367 (514)
Q Consensus 301 -----------~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l 367 (514)
.++ +....... ...........+.......+.+..+.+. +. ...+.......++.+++.++.+++
T Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 358 (524)
T 2xut_A 281 ERARKSHPDAAVDGVRSVLRILV-LFALVTPFWSLFDQKASTWILQANDMVK-PQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFV 358 (524)
T ss_dssp HHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHH-HHTTSHHHHTTTSSTTTHHHHHHHHSCC-CSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC
T ss_pred hhhhccccHhHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhccchhhHHhHHhcCC-CeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhh
Confidence 001 11111111 1111111111111111122222233322 11 135555555555555565555554
Q ss_pred H----hHhCC----chhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhc----cCCcchHHHHHHHHHHHHhhcccccccceeeccccchh
Q 010239 368 V----ERLGR----RPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLF----LDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLR 435 (514)
Q Consensus 368 ~----d~~g~----r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~ 435 (514)
. +|.++ ++.+..+..+.+++++++...... ...+.+..+....+.+ .......+..+.+..|..|++
T Consensus 359 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~ 437 (524)
T 2xut_A 359 LYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLT-FGEVLVSATGLEFAYSQAPKA 437 (524)
T ss_dssp ------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHTTTHHHHCCTT
T ss_pred hHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHhCcHH
Confidence 3 44433 244556666666655544321100 0123333333333333 333334456678899999999
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchHhHHhh----------Cc-chhhHHHHHHHHHHHHHhCCCCCCCCCC
Q 010239 436 LRGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLKDLL----------GA-GILFYAFGVIAVLSLAFIFXXXXXXXXS 496 (514)
Q Consensus 436 ~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~----------g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 496 (514)
.||+++|+.++..++|+.++|.+.|.+.+.. +. ...|++.+++++++.++.+++.++.+++
T Consensus 438 ~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 509 (524)
T 2xut_A 438 MKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFALYARSYQMQ 509 (524)
T ss_dssp CCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------
T ss_pred HHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 9999999999999999999999999887632 21 2236677777777777766666555443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.54 E-value=1.3e-13 Score=134.51 Aligned_cols=145 Identities=16% Similarity=0.151 Sum_probs=129.3
Q ss_pred ccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh--hhhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhh--hhHHHHHHHHHHHhhhhhh
Q 010239 89 YDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADIL--GRRRELILAALLYL-VGALVTALA--PDFIIMVVGRFVFGIGIGL 163 (514)
Q Consensus 89 ~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~--Grr~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~--~~~~~l~~~r~l~G~~~~~ 163 (514)
+|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+.++..+.. ++.++..+. .+.+.+.+..++.|++.+.
T Consensus 283 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 362 (451)
T 1pw4_A 283 KHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYG 362 (451)
T ss_dssp SCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTH
T ss_pred cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 689999999999999999999999999999999 99999888887776 666666665 3678888888999999999
Q ss_pred hhhHHHHHHhhcCCCCcchhHHhHHHHHHHH-HHHHHHHhhhhhcccccchhHHHHhhHHHHHHHHHHhhcc
Q 010239 164 AMHAAPMYIAETAPTPMRGQLISLKEFFIVL-GMVGGYGIGSLLVDLVAGWRYMYGASTPLAVIMGMGMWWL 234 (514)
Q Consensus 164 ~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-G~~~g~~~~~~l~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 234 (514)
..+....++.|.+|+++|++++++.+....+ |..++|.+.+.+.+.. +|+..|++.+++.++..+..+++
T Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 363 PVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFF-GWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS-CSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999 9999999999999987 89999999988888766555544
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.49 E-value=4e-13 Score=130.44 Aligned_cols=159 Identities=11% Similarity=-0.010 Sum_probs=124.0
Q ss_pred hhHHHHhHHHHHHHcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhCCchhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcch
Q 010239 324 QPSVLYYAASILQSAGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLFLDDVPA 403 (514)
Q Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 403 (514)
........|.+.++.+. +..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+.++.+++.++...... .++.+
T Consensus 42 ~~~~~~~~~~~~~~~g~-s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~ 118 (438)
T 3o7q_A 42 NNLNDILLPQFQQAFTL-TNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAE--IMNYT 118 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCC-CSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--TTCHH
T ss_pred HHhHHHHHHHHHHHcCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc--cccHH
Confidence 34666677888889998 8899999999999999999999999999999999999999998888877632111 33445
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhcccccccceeeccccchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchHhH-HhhC---------------
Q 010239 404 VAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLK-DLLG--------------- 467 (514)
Q Consensus 404 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~-~~~g--------------- 467 (514)
..++..++.+.+.+ ...+...+++.|.+|+++|+.++++.+....+|..+++.+.+.+. +..+
T Consensus 119 ~l~~~~~l~G~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (438)
T 3o7q_A 119 LFLVGLFIIAAGLG-CLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQL 197 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhHH-HhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchh
Confidence 55544444444443 334555689999999999999999999999999999999999998 5444
Q ss_pred ----------cchhhHHHHHHHHHHHHHh
Q 010239 468 ----------AGILFYAFGVIAVLSLAFI 486 (514)
Q Consensus 468 ----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 486 (514)
|++.|++.+++.++..++.
T Consensus 198 ~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 226 (438)
T 3o7q_A 198 SAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLI 226 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6777777666655554443
No 10
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.45 E-value=2.5e-13 Score=128.91 Aligned_cols=165 Identities=12% Similarity=0.042 Sum_probs=130.3
Q ss_pred hhHHHHhHHHHHHHcCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhCCchhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcch
Q 010239 324 QPSVLYYAASILQSAGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLFLDDVPA 403 (514)
Q Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 403 (514)
........|.+.++.+. +..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..++.+++... ++.+
T Consensus 16 ~~~~~~~~~~~~~~~g~-s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~ 89 (375)
T 2gfp_A 16 QTIYIPAIADMARDLNV-REGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTT-----SSLT 89 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSSS-TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HHHH
T ss_pred HHHHhhhhHHHHHHcCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----ccHH
Confidence 34455566777788888 88899999999999999999999999999999999999988888888776642 2333
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhcccccccceeeccccchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchHhHHhhCcchhhHHHHHHHHHHH
Q 010239 404 VAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLKDLLGAGILFYAFGVIAVLSL 483 (514)
Q Consensus 404 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 483 (514)
..+....+. +.......+....++.|.+|+++|++++++.+....+|..++|.+.+.+.+..||+..+++.+++.++..
T Consensus 90 ~l~~~~~l~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 168 (375)
T 2gfp_A 90 VLIAASAMQ-GMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVT 168 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHH-HHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 333333333 3333334456668899999999999999999999999999999999999998899999988888777776
Q ss_pred HHhCCCCCCCCC
Q 010239 484 AFIFXXXXXXXX 495 (514)
Q Consensus 484 ~~~~~~~~~~~~ 495 (514)
+......||+++
T Consensus 169 ~~~~~~~~~~~~ 180 (375)
T 2gfp_A 169 FSMARWMPETRP 180 (375)
T ss_dssp CCCCCSSCCCST
T ss_pred HHHHHHCcccCC
Confidence 655555665543
No 11
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.43 E-value=3.5e-13 Score=129.74 Aligned_cols=146 Identities=14% Similarity=0.129 Sum_probs=125.4
Q ss_pred CchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHH
Q 010239 92 SSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADILGRRRELILAALLYLVGALVTALAPDFIIMVVGRFVFGIGIGLAMHAAPMY 171 (514)
Q Consensus 92 s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~ 171 (514)
+....+++.++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+....+
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 336 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKY 336 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45667888888889999999999999999999999999999988888888888888888888888898888777888899
Q ss_pred HhhcCCCCcchhHHhH-HHHHHHHHHHHHHHhhhhhcccccchhHHHHhhHHHHHHHHHHh-hcccCch
Q 010239 172 IAETAPTPMRGQLISL-KEFFIVLGMVGGYGIGSLLVDLVAGWRYMYGASTPLAVIMGMGM-WWLPASP 238 (514)
Q Consensus 172 i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~-~~~~e~~ 238 (514)
+.|.+|++.|+.+.++ ++....+|..++|.+++.+.+.. +++..|.+.++++++..+.. ++.||++
T Consensus 337 ~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 337 ITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESI-GFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHS-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhc-CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 9999999999999998 48888899999999999998876 89999999888887765543 3456544
No 12
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.42 E-value=4.2e-13 Score=132.35 Aligned_cols=155 Identities=12% Similarity=0.121 Sum_probs=121.2
Q ss_pred HHHHhHHHHHHH------cCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhH-hCCchhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhcc
Q 010239 326 SVLYYAASILQS------AGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVER-LGRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLFL 398 (514)
Q Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 398 (514)
....+.+.++++ .+. +..+.++..+...++..++.++.|+++|| +|||+++..+.++..++.+++..
T Consensus 31 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----- 104 (491)
T 4aps_A 31 GMRAILLYYMWFLISTGDLHI-TRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLAL----- 104 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSCCS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-----
T ss_pred HHHHHHHHHHHhccchhhcCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----
Confidence 444455555544 677 88899999999999999999999999999 89999999999888888777653
Q ss_pred CCcchHHHHHHHHHHHHhhcccccccceeeccccchhh--hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchHhHHhhCcchhhHHHH
Q 010239 399 DDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRL--RGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLKDLLGAGILFYAFG 476 (514)
Q Consensus 399 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~ 476 (514)
.++.+..++..++.+.+.+ ...+...+++.|.+|++. |+.++++.+....+|..++|.+.+.+.+..||++.|++.+
T Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~ 183 (491)
T 4aps_A 105 PFGASALFGSIILIIIGTG-FLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAA 183 (491)
T ss_dssp CCSTTHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHH-hccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHH
Confidence 3344444444444443333 344566689999999888 7788888999999999999999999999999999998887
Q ss_pred HHHHHHHHHhC
Q 010239 477 VIAVLSLAFIF 487 (514)
Q Consensus 477 ~~~~~~~~~~~ 487 (514)
+..+++.++.+
T Consensus 184 ~~~~~~~~~~~ 194 (491)
T 4aps_A 184 IGMFIGLLVYY 194 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH
Confidence 76666655544
No 13
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.36 E-value=9.7e-12 Score=123.63 Aligned_cols=157 Identities=12% Similarity=0.087 Sum_probs=120.0
Q ss_pred HHHHhHHHHH-HHcC------CCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHh-CCchhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhc
Q 010239 326 SVLYYAASIL-QSAG------FSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERL-GRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLF 397 (514)
Q Consensus 326 ~~~~~~~~~~-~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 397 (514)
....+.+.++ ++.+ . +..+.++..+...++..++.++.|+++||+ |||+++..+.++..++.+++...
T Consensus 30 ~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~-s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--- 105 (524)
T 2xut_A 30 GMRNILTPFLMTALLLSIPEEL-RGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIF--- 105 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSCSSCCSSST-TTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT---
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcccccccc-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---
Confidence 3444555544 4566 6 888999999999999999999999999999 99999999888888877776542
Q ss_pred cCCcchHHHHHHHHHHHHhhcccccccceeeccccchhhhhhHHHH---HHHHHHHHHHHHHHhchHhHHhhCcchhhHH
Q 010239 398 LDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSV---AVLVNFGANALVTFAFSPLKDLLGAGILFYA 474 (514)
Q Consensus 398 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~---~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~ 474 (514)
..+.+..++..++.+ .......+...+++.|.+|++.|+++.+. .+....+|..++|.+.+.+.+..||+..|++
T Consensus 106 -~~~~~~~~~~~~l~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~ 183 (524)
T 2xut_A 106 -EHSVQGFYTGLFLIA-LGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGI 183 (524)
T ss_dssp -SSCHHHHHHHHHHHH-HHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHH
T ss_pred -cccHHHHHHHHHHHH-HhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHH
Confidence 113444444444443 33334446667899999999999776666 8888999999999999999998999999988
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhCC
Q 010239 475 FGVIAVLSLAFIFX 488 (514)
Q Consensus 475 ~~~~~~~~~~~~~~ 488 (514)
.+++.+++.++.+.
T Consensus 184 ~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 184 PGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88777766655544
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.26 E-value=1.4e-11 Score=121.37 Aligned_cols=150 Identities=15% Similarity=0.065 Sum_probs=110.9
Q ss_pred ccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-----hHHHHH-HHHHHHhhhhh
Q 010239 89 YDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADILGRRRELILAALLYLVGALVTALAP-----DFIIMV-VGRFVFGIGIG 162 (514)
Q Consensus 89 ~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~l~-~~r~l~G~~~~ 162 (514)
.+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+... +...+. +.-+..+++.+
T Consensus 307 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 386 (491)
T 4gc0_A 307 LGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMS 386 (491)
T ss_dssp SSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred cCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhH
Confidence 566667777777788888999999999999999999999999888888777665432 122222 22222333333
Q ss_pred hhhhHHHHHHhhcCCCCcchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcccc-----cchhHHHHhhHHHHHHHHH-HhhcccC
Q 010239 163 LAMHAAPMYIAETAPTPMRGQLISLKEFFIVLGMVGGYGIGSLLVDLV-----AGWRYMYGASTPLAVIMGM-GMWWLPA 236 (514)
Q Consensus 163 ~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~-----~~wr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e 236 (514)
..+....+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+...+.+.. .++.+.|++.++++++..+ .++++||
T Consensus 387 -~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PE 465 (491)
T 4gc0_A 387 -WGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPE 465 (491)
T ss_dssp -TTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
T ss_pred -HHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecC
Confidence 45677889999999999999999999999999999988876664321 1566778888888887544 4567899
Q ss_pred chh
Q 010239 237 SPR 239 (514)
Q Consensus 237 ~~~ 239 (514)
+..
T Consensus 466 Tkg 468 (491)
T 4gc0_A 466 TKG 468 (491)
T ss_dssp CTT
T ss_pred CCC
Confidence 853
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=71.19 E-value=2.6 Score=20.02 Aligned_cols=14 Identities=21% Similarity=0.249 Sum_probs=11.6
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhHH
Q 010239 113 LAFNIADILGRRRE 126 (514)
Q Consensus 113 ~~g~l~dr~Grr~~ 126 (514)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999865
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=26.56 E-value=1.5e+02 Score=24.17 Aligned_cols=25 Identities=16% Similarity=-0.007 Sum_probs=19.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh
Q 010239 100 TSGSLYGALIGSILAFNIADILGRR 124 (514)
Q Consensus 100 ~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr 124 (514)
+.-|.+|+.++..+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 3457788889999999999997643
Done!