Query 010323
Match_columns 513
No_of_seqs 501 out of 2702
Neff 11.2
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 04:18:48 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/010323.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/010323hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.6E-48 9E-53 386.8 40.8 449 20-497 7-485 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.2E-39 4.1E-44 320.9 16.7 399 20-475 23-433 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 9.5E-37 3.2E-41 298.9 26.9 373 24-471 25-428 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 7.5E-32 2.6E-36 268.1 23.8 394 71-479 45-476 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.1E-33 3.9E-38 271.0 9.8 358 29-463 4-364 (375)
6 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 1.9E-28 6.6E-33 245.5 16.8 141 77-222 51-196 (524)
7 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 8.7E-29 3E-33 240.0 7.1 355 72-479 35-404 (417)
8 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 1.4E-12 4.9E-17 127.0 14.6 154 287-452 27-181 (438)
9 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.4 8.9E-13 3E-17 129.0 12.3 184 285-480 27-212 (451)
10 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 4.7E-12 1.6E-16 125.3 11.5 170 288-472 15-193 (491)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.3 3.3E-11 1.1E-15 120.2 16.2 164 295-473 21-196 (524)
12 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 6.6E-12 2.2E-16 119.6 9.4 171 294-479 8-179 (375)
13 2cfq_A Lactose permease; trans 99.2 2.8E-11 9.6E-16 116.9 8.7 146 78-228 257-404 (417)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.1 6.8E-10 2.3E-14 109.7 13.8 152 326-478 59-223 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 63.1 4.1 0.00014 19.5 1.5 14 99-112 2-15 (26)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2.6e-48 Score=386.82 Aligned_cols=449 Identities=26% Similarity=0.464 Sum_probs=352.3
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccccccccccchhHHhhhhhhhhhccccccccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010323 20 TSFVVLSCIVAATGGLIFGYDLGISGGVTSMEPFLEKFFPKVYRKMKEDTHISNYCKFDSQLLTSFTSSLYIAGLIASLF 99 (513)
Q Consensus 20 ~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~l~~~i~~~~ 99 (513)
+++.+.+++++++|.+.+|||.++++.+ ++.+.++|..+. ..+.+.+.++.|++.+++.+|..+|+++
T Consensus 7 ~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~--~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~ 74 (491)
T 4gc0_A 7 SSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGT--VESLNTVFVAPQ----------NLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGAL 74 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGT--HHHHHHHHTGGG----------CCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHhcCCC----------CCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4677888888999999999999998875 445555443221 1122346788999999999999999999
Q ss_pred hHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhh------------------hchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccccceee
Q 010323 100 ASSVTRAFGRRASILVGGAAFLAGSALGG------------------AALNIYMLIFGRVLLGVGIGFANQASSVPLYLS 161 (513)
Q Consensus 100 ~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~Gi~~~~~~~~~~~~~~i~ 161 (513)
+|+++||+|||++++++.+++.+++++++ +++|++.++++|+++|++.|...+. .+.+++
T Consensus 75 ~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~--~~~~i~ 152 (491)
T 4gc0_A 75 GGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASML--SPMYIA 152 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999998 4789999999999999999999999 999999
Q ss_pred ccCCCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccC-----CccchHHHHHhhHHHHHHHHHhhcccCCChHHHHHhCC
Q 010323 162 EMAPPRHRGAFNIGYELCTAIGILAASLINYGTQKIK-----GGWGWRISLAMAAAPALILTLGALFLPETPNSIIQRSN 236 (513)
Q Consensus 162 ~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~l~~~~~~~~-----~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~p~~~~~~~~ 236 (513)
|+.|+++|++..++.+.+..+|.++++.++....... ....||+.+.+..++.++..+..+++||+|+|+..+++
T Consensus 153 E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~ 232 (491)
T 4gc0_A 153 ELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGK 232 (491)
T ss_dssp TTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTC
T ss_pred hhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCc
Confidence 9999999999999999999999999999887665432 23579999999999998888888899999999999988
Q ss_pred cHHHHHHHHHHHhCCCchHHHHHHHHHHHHhhhhcCCcchhhcccCchhHHHHHHHHHHHhhhcchhhhHhcHHHHHHhc
Q 010323 237 DLQRAKQMLQRIRGTDDVEAEFDDLIKASSIAKTVNHPFKKIIQRKYRPQLVMAILIPFFLQVTGINVIGFYAPVLFRTI 316 (513)
Q Consensus 237 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 316 (513)
.+++++.+++..+.+..+.+..+.++....+++... .... ...++.........+.+..+...+..|.+.+.+..
T Consensus 233 -~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 307 (491)
T 4gc0_A 233 -QEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGG-RLLM---FGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTL 307 (491)
T ss_dssp -HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-HHHH---SCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred -hhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhh-HHHH---hcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhc
Confidence 788888877776554433333333222222222111 1111 22344556666667777778888889999999998
Q ss_pred CCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCcchHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcchhHHHHHHHH
Q 010323 317 KLSESTSLLMSAVVTGGIGTLSTIISMILVDKLGRKVLFLVGGIQMLAAQVMIGSIMENQLGDQGGFSKGNAYLILVLIC 396 (513)
Q Consensus 317 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 396 (513)
+.+..... ......++..+++.++++++.||+|||+.+..+...+.++.+.+...... ....+..+...+
T Consensus 308 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~ 377 (491)
T 4gc0_A 308 GASTDIAL-LQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYT---------QAPGIVALLSML 377 (491)
T ss_dssp SCCHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT---------TCCHHHHHHHHH
T ss_pred CCCccchh-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhc---------ccchHHHHHHHH
Confidence 88877766 67777888999999999999999999999999988888887776655432 233445555566
Q ss_pred HHHHhhhccccccccceecccCChhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhc------c-hhhhHHHHHHHHHHHH
Q 010323 397 VYVAGFAVSWGPLGFLVPSEIFPLEIRSAGQSINVAVGFLFTFLIAQTFLAMLCHF------K-AGIFFFFGGWVVVMTT 469 (513)
Q Consensus 397 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~-~~~~~~~~~~~~~~~~ 469 (513)
++..+++.++.++.+.+.+|++|++.|+++.|+.+..+++++++++.+.+.+.+.. + ...++++++++++..+
T Consensus 378 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i 457 (491)
T 4gc0_A 378 FYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAAL 457 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 66667777778888888899999999999999999999999999988887664432 2 2356677888888888
Q ss_pred HHHhhcccCCCCCHHHHHHHhccccccc
Q 010323 470 FVHFFLPETKNVPIEQMDEVWGEHWFWK 497 (513)
Q Consensus 470 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 497 (513)
+.++++||||++++||+|+.++++.+++
T Consensus 458 ~~~~~~PETkg~tLeei~~~f~~~~~~~ 485 (491)
T 4gc0_A 458 FMWKFVPETKGKTLEELEALWEPETKKT 485 (491)
T ss_dssp HHHHHCCCCTTCCHHHHGGGTC------
T ss_pred HHHheecCCCCCCHHHHHHHhCCCCccc
Confidence 8889999999999999998887665433
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.2e-39 Score=320.85 Aligned_cols=399 Identities=14% Similarity=0.031 Sum_probs=292.3
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccccccccccchhHHhhhhhhhhhccccccccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010323 20 TSFVVLSCIVAATGGLIFGYDLGISGGVTSMEPFLEKFFPKVYRKMKEDTHISNYCKFDSQLLTSFTSSLYIAGLIASLF 99 (513)
Q Consensus 20 ~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~l~~~i~~~~ 99 (513)
+++++......+++.+..+++...+++. .|.+.+++ .+..+.+++.+++.++..+++++
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------------------~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 81 (451)
T 1pw4_A 23 RRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALA--------------------MPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFI 81 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHH--------------------HHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------------------HHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 4455667777788888888887776554 34456677 89999999999999999999999
Q ss_pred hHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh----chhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccccceeeccCCCCCccchhhH
Q 010323 100 ASSVTRAFGRRASILVGGAAFLAGSALGGA----ALNIYMLIFGRVLLGVGIGFANQASSVPLYLSEMAPPRHRGAFNIG 175 (513)
Q Consensus 100 ~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~Gi~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~ 175 (513)
+|+++||+|||++++++.++.+++.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+. ..+++.|++|+++|++++++
T Consensus 82 ~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~--~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~ 159 (451)
T 1pw4_A 82 MGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPP--CGRTMVHWWSQKERGGIVSV 159 (451)
T ss_dssp HHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHH--HHHHHHTTCTTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccch--HHHHHHHHCCchhhhHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999 999999999999999999999999 99999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCCccc-hHHHHHhhHHHHHHHHHh-hcccCCChHHHHHhCCcHHHHHHHHHHHhCCCc
Q 010323 176 YELCTAIGILAASLINYGTQKIKGGWG-WRISLAMAAAPALILTLG-ALFLPETPNSIIQRSNDLQRAKQMLQRIRGTDD 253 (513)
Q Consensus 176 ~~~~~~~G~~~~~~l~~~~~~~~~~~~-wr~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 253 (513)
...+..+|.+++|.+++.+.+. .+ ||+.|++.+++.++..+. .+++||+|++...+++ ++. .+.
T Consensus 160 ~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~---~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~---------~~~ 225 (451)
T 1pw4_A 160 WNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAW---FNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPI--EEY---------KND 225 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHH---TCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSC--TTT---------CCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCCh--hhh---------ccc
Confidence 9999999999999998876543 46 999999999887776554 4558888753211111 000 000
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhhhcCCcchhh-cccCchhHHHHHHHHHHHhhhcchhhhHhcHHHHHHh-cCCCchhHHHHHHHHH
Q 010323 254 VEAEFDDLIKASSIAKTVNHPFKKI-IQRKYRPQLVMAILIPFFLQVTGINVIGFYAPVLFRT-IKLSESTSLLMSAVVT 331 (513)
Q Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~ 331 (513)
.+.+ . +++++++.+.++. .+...+++.++...+..++..........+.|.++++ .|.+..+.+ ......
T Consensus 226 ~~~~---~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~-~~~~~~ 297 (451)
T 1pw4_A 226 YPDD---Y----NEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSS-WAYFLY 297 (451)
T ss_dssp --------------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHH-HHHHHH
T ss_pred cccc---c----hhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHH-HHHHHH
Confidence 0000 0 0001111222222 1222334445555555566666667778888988877 788888888 788888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhcc--CcchHHHHhHHHHH-HHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHhhhccccc
Q 010323 332 GGIGTLSTIISMILVDKL--GRKVLFLVGGIQML-AAQVMIGSIMENQLGDQGGFSKGNAYLILVLICVYVAGFAVSWGP 408 (513)
Q Consensus 332 ~~~~~~~~~~~g~l~d~~--g~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 408 (513)
.++.+++.++.+++.||+ ++|+.+..+..+.. ++.+++... +..+.+......++.+.+.+... +
T Consensus 298 ~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~-~ 365 (451)
T 1pw4_A 298 EYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMN-----------PAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPV-M 365 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSC-----------CTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHH-H
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----------cccCHHHHHHHHHHHHHHHhchH-H
Confidence 899999999999999999 99988877666655 333332221 11244555555555655554443 3
Q ss_pred cccceecccCChhhhhhHhHHHHHHHHH-HHHHHHHHhHHHHHhcchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 010323 409 LGFLVPSEIFPLEIRSAGQSINVAVGFL-FTFLIAQTFLAMLCHFKAGIFFFFGGWVVVMTTFVHFFL 475 (513)
Q Consensus 409 ~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 475 (513)
....+..|.+|++.|+++.|+.+...++ +..++|.+.+.+.+..++...+...+++.+.+.+..+..
T Consensus 366 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 366 LIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3355668999999999999999999999 999999999999999886655554444444444444433
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=9.5e-37 Score=298.94 Aligned_cols=373 Identities=10% Similarity=0.093 Sum_probs=275.3
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhcccccccccccchhHHhhhhhhhhhccccccccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHH
Q 010323 24 VLSCIVAATGGLIFGYDLGISGGVTSMEPFLEKFFPKVYRKMKEDTHISNYCKFDSQLLTSFTSSLYIAGLIASLFASSV 103 (513)
Q Consensus 24 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l 103 (513)
+....++++..+..+++....++. .|.+.+++|++..+.+++.+.+.+++.++++++|++
T Consensus 25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------------------~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l 84 (438)
T 3o7q_A 25 IIPFALLCSLFFLWAVANNLNDIL--------------------LPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGIL 84 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------------------HHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHH--------------------HHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHH
Confidence 344444566667777777665544 344567778999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHh---hhchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccccceeeccCCCCCccchhhHHHHHH
Q 010323 104 TRAFGRRASILVGGAAFLAGSALG---GAALNIYMLIFGRVLLGVGIGFANQASSVPLYLSEMAPPRHRGAFNIGYELCT 180 (513)
Q Consensus 104 ~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~Gi~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~ 180 (513)
+||+|||++++++.++.+++.+++ +++++++.+++.|++.|++.+...+. ..+++.|++|+++|++++++.+.+.
T Consensus 85 ~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~ 162 (438)
T 3o7q_A 85 MKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETA--ANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFN 162 (438)
T ss_dssp HHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhh--HHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999 88999999999999999999999999 9999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhc-ccCCc----------------------cchHHHHHhhHHHHHHHHHhhcc--cCCChHHHHHhC
Q 010323 181 AIGILAASLINYGTQ-KIKGG----------------------WGWRISLAMAAAPALILTLGALF--LPETPNSIIQRS 235 (513)
Q Consensus 181 ~~G~~~~~~l~~~~~-~~~~~----------------------~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~--~~e~p~~~~~~~ 235 (513)
.+|..+++.+++.+. ...+. .+||+.|++.+++.++..+..++ .||+++.. +
T Consensus 163 ~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~---~ 239 (438)
T 3o7q_A 163 SFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDN---H 239 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTC---C
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccc---c
Confidence 999999999998876 43221 01999998877766665544333 56654210 0
Q ss_pred CcHHHHHHHHHHHhCCCchHHHHHHHHHHHHhhhhcCCcchhhcccCchhHHHHHHHHHHHhhhcchhhhHhcHHHH-HH
Q 010323 236 NDLQRAKQMLQRIRGTDDVEAEFDDLIKASSIAKTVNHPFKKIIQRKYRPQLVMAILIPFFLQVTGINVIGFYAPVL-FR 314 (513)
Q Consensus 236 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~ 314 (513)
++ +++++.+.++++.++++ .++...+..++..........+.|.+ ++
T Consensus 240 ~~----------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 287 (438)
T 3o7q_A 240 SD----------------------------AKQGSFSASLSRLARIR----HWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVE 287 (438)
T ss_dssp CC----------------------------SSTTSHHHHHHHHTTCS----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cc----------------------------ccccchhhhHHHHHhCh----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Confidence 00 00001112233444332 23333344444444556667788888 77
Q ss_pred hc-CCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCcchHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcchhHHHHH
Q 010323 315 TI-KLSESTSLLMSAVVTGGIGTLSTIISMILVDKLGRKVLFLVGGIQMLAAQVMIGSIMENQLGDQGGFSKGNAYLILV 393 (513)
Q Consensus 315 ~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 393 (513)
+. |.+..+.+ .......++.+++.++.+++.||++||+.+..+..+..++.+++... ++.+ ...
T Consensus 288 ~~~g~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------~~~~-~~~ 352 (438)
T 3o7q_A 288 EIPGMTAGFAA-NYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFA-------------GGHV-GLI 352 (438)
T ss_dssp HSTTCCHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------------CHHH-HHH
T ss_pred ccCCcchhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc-------------CCcH-HHH
Confidence 75 88888888 78888889999999999999999999999988887777766555442 2222 233
Q ss_pred HHHHHHHhhhccccccccceecccCChhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhcc-hhhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 010323 394 LICVYVAGFAVSWGPLGFLVPSEIFPLEIRSAGQSINVAVGFLFTFLIAQTFLAMLCHFK-AGIFFFFGGWVVVMTTFV 471 (513)
Q Consensus 394 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 471 (513)
...+.+++.+..+ +....+..|.+|++ ++.+.++.. .+.+++.++|.+.|.+.+..+ +...+.+.+++.+...+.
T Consensus 353 ~~~~~g~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
T 3o7q_A 353 ALTLCSAFMSIQY-PTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIFIF 428 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTHH-HHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4455556655554 44566657888866 888888777 677999999999999999988 665555554444444333
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=7.5e-32 Score=268.05 Aligned_cols=394 Identities=14% Similarity=0.086 Sum_probs=253.6
Q ss_pred cccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHHHhhhhh
Q 010323 71 ISNYCKFDSQLLTSFTSSLYIAGLIASLFASSVTRA-FGRRASILVGGAAFLAGSALGGAALNIYMLIFGRVLLGVGIGF 149 (513)
Q Consensus 71 i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr-~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~Gi~~~~ 149 (513)
+++|+|++..+.+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.+++.|+++|++.+.
T Consensus 45 ~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~ 124 (491)
T 4aps_A 45 STGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGF 124 (491)
T ss_dssp HHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred chhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 356689999999999999999999999999999999 8999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhcccccceeeccCCCCC--ccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCCccchHHHHHhhHHHHHHHHHhhccc-CC
Q 010323 150 ANQASSVPLYLSEMAPPRH--RGAFNIGYELCTAIGILAASLINYGTQKIKGGWGWRISLAMAAAPALILTLGALFL-PE 226 (513)
Q Consensus 150 ~~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~l~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e 226 (513)
..+. ..+++.|++|+++ |+.+.++++.+.++|..++|.+++.+.+. .+||+.|++.++..++..+..++. |+
T Consensus 125 ~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~---~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 199 (491)
T 4aps_A 125 LKPN--VSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEA---AGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKK 199 (491)
T ss_dssp HHHH--HHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred ccch--HHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh---hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcc
Confidence 9999 9999999999988 67788889999999999999999887654 579999999877666655443322 21
Q ss_pred ChH---HHHHhCCcHHHHHHHHHH----------------HhCCCchHHHHHH--HHH-------HHHhhhhcCCcchhh
Q 010323 227 TPN---SIIQRSNDLQRAKQMLQR----------------IRGTDDVEAEFDD--LIK-------ASSIAKTVNHPFKKI 278 (513)
Q Consensus 227 ~p~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~--~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~ 278 (513)
..+ ....+..+.++.++..+. ..+..+.+..... ... .....++.+.+..+
T Consensus 200 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 278 (491)
T 4aps_A 200 TLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTE- 278 (491)
T ss_dssp TCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------
T ss_pred cccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHH-
Confidence 100 000011112232222221 1111111110000 000 00000000000000
Q ss_pred cccCchhHHHHHHHHHHHhhhcchhhhHhcHHHHHHh-cCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCcchHHH-
Q 010323 279 IQRKYRPQLVMAILIPFFLQVTGINVIGFYAPVLFRT-IKLSESTSLLMSAVVTGGIGTLSTIISMILVDKLGRKVLFL- 356 (513)
Q Consensus 279 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~- 356 (513)
++. ........+........+.....+.+.+.++ .+.+....+ .......+..+++.++.+++.||++||+...
T Consensus 279 -~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~ 354 (491)
T 4aps_A 279 -HLR--VVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVS-WFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSP 354 (491)
T ss_dssp ------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSG-GGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CH
T ss_pred -HHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHH-HHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCch
Confidence 010 0111222222222333344455566767665 455544445 5666777888888999999999999986544
Q ss_pred ----HhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceecccCChhhhhhHhHHHHH
Q 010323 357 ----VGGIQMLAAQVMIGSIMENQLGDQGGFSKGNAYLILVLICVYVAGFAVSWGPLGFLVPSEIFPLEIRSAGQSINVA 432 (513)
Q Consensus 357 ----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~ 432 (513)
.+..+..++.+++........ ...+.+.+......++.+++.+... +....++.|.+|++.|+++.|+.+.
T Consensus 355 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~-~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~ 429 (491)
T 4aps_A 355 TKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYG----TSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLIS-PVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFL 429 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCC----CCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTT-THHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC----CCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-HHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHH
Confidence 555555555555444321110 0011244555566666666665544 4446677899999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhHHHHHhcchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCC
Q 010323 433 VGFLFTFLIAQTFLAMLCHFKAGIFFFFGGWVVVMTTFVHFFLPETK 479 (513)
Q Consensus 433 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 479 (513)
...+|.++++.+.+.+.+......+...++++.+..++.++..++.+
T Consensus 430 ~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (491)
T 4aps_A 430 SSSVGSALNAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQ 476 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999988877655455566666666665555555544433
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=1.1e-33 Score=271.00 Aligned_cols=358 Identities=15% Similarity=0.132 Sum_probs=265.1
Q ss_pred HHHHhhhhhhcccccccccccchhHHhhhhhhhhhccccccccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhhhhh
Q 010323 29 VAATGGLIFGYDLGISGGVTSMEPFLEKFFPKVYRKMKEDTHISNYCKFDSQLLTSFTSSLYIAGLIASLFASSVTRAFG 108 (513)
Q Consensus 29 ~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~G 108 (513)
+++++.+..+++...+++. .|.+.+++|.+..+.+++.+.+.++..++++++|+++||+|
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------------------~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g 63 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPA--------------------IADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVG 63 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------------------HHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhh--------------------hHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhC
Confidence 3455556666666665544 23446778899999999999999999999999999999999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccccceeeccCCCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 010323 109 RRASILVGGAAFLAGSALGGAALNIYMLIFGRVLLGVGIGFANQASSVPLYLSEMAPPRHRGAFNIGYELCTAIGILAAS 188 (513)
Q Consensus 109 rr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~Gi~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~ 188 (513)
||+++..+..+.+++.++.+++++++.+++.|++.|++.+...+. ..+++.|++|+++|++++++...+..+|..++|
T Consensus 64 ~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 141 (375)
T 2gfp_A 64 RRPVILVGMSIFMLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVM--ARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAP 141 (375)
T ss_dssp CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh--HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhH
Confidence 999999999999999999999999999999999999999999998 999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhhhcccCCccchHHHHHhhHHHHHHHHH-hhcccCCChHHHHHhCCcHHHHHHHHHHHhCCCchHHHHHHHHHHHHh
Q 010323 189 LINYGTQKIKGGWGWRISLAMAAAPALILTL-GALFLPETPNSIIQRSNDLQRAKQMLQRIRGTDDVEAEFDDLIKASSI 267 (513)
Q Consensus 189 ~l~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 267 (513)
.+++.+.+. .+||+.|++.+++.++..+ ..+++||++++. ++
T Consensus 142 ~~~~~l~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~------------------------------- 184 (375)
T 2gfp_A 142 LIGGLLDTM---WNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVD---AP------------------------------- 184 (375)
T ss_dssp HHHHHSSCH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTT---CC-------------------------------
T ss_pred HHHHHHHHh---ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCC---cc-------------------------------
Confidence 998887653 5799999999888877766 445588876320 00
Q ss_pred hhhcCCcchhhcccCchhHHHHHHHHHHHhhhcchhhhHhcHHHHHHh-cCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 010323 268 AKTVNHPFKKIIQRKYRPQLVMAILIPFFLQVTGINVIGFYAPVLFRT-IKLSESTSLLMSAVVTGGIGTLSTIISMILV 346 (513)
Q Consensus 268 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~ 346 (513)
+++.+.++++.++ ++.++...+..+...........+.|.+.++ .|.++.+.+ .......++.+++.++.+++.
T Consensus 185 ~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~ 259 (375)
T 2gfp_A 185 RTRLLTSYKTLFG----NSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVS-ILFILPIPAAFFGAWFAGRPN 259 (375)
T ss_dssp CCCTTTCSTHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHH-HHHHTHHHHHHHHHHHHHTTT
T ss_pred cccHHHHHHHHhc----CcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0111223333332 3334444444444555556666777777665 777777777 778888899999999999999
Q ss_pred hccCcchHHHHhHHH-HHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceecccCChhhhhh
Q 010323 347 DKLGRKVLFLVGGIQ-MLAAQVMIGSIMENQLGDQGGFSKGNAYLILVLICVYVAGFAVSWGPLGFLVPSEIFPLEIRSA 425 (513)
Q Consensus 347 d~~g~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~ 425 (513)
||.+++ ...+... ...+...+..... ..++.+......++.+++.+... +....+..|..| +.|++
T Consensus 260 ~r~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~-~~~~~~~~~~~p-~~~g~ 326 (375)
T 2gfp_A 260 KRFSTL--MWQSVICCLLAGLLMWIPDWF---------GVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLF-PLATSGAMEPFP-FLAGT 326 (375)
T ss_dssp THHHHH--HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS-STTHHHHHTHHH-HHHHH
T ss_pred HHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh---------ccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-HHHHHHHHHhCC-cccch
Confidence 998872 2222222 2222221111110 11244555556666666666554 444566689888 89999
Q ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhcchhhhHHHHHH
Q 010323 426 GQSINVAVGFLFTFLIAQTFLAMLCHFKAGIFFFFGGW 463 (513)
Q Consensus 426 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 463 (513)
+.|+.+....+|..++|.+.+.+.+..++...+...++
T Consensus 327 ~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~ 364 (375)
T 2gfp_A 327 AGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMTLM 364 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999887666555544433
No 6
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=1.9e-28 Score=245.50 Aligned_cols=141 Identities=15% Similarity=0.170 Sum_probs=128.0
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhhhh-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhch-hHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcc
Q 010323 77 FDSQLLTSFTSSLYIAGLIASLFASSVTRAF-GRRASILVGGAAFLAGSALGGAAL-NIYMLIFGRVLLGVGIGFANQAS 154 (513)
Q Consensus 77 ~s~~~~~~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~-Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~Gi~~~~~~~~~ 154 (513)
++..+.+++.+.+.++..++++++|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+.
T Consensus 51 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~- 129 (524)
T 2xut_A 51 LRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPL- 129 (524)
T ss_dssp TTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH-
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchh-
Confidence 8999999999999999999999999999999 999999999999999999999999 9999999999999999999998
Q ss_pred cccceeeccCCCCCccchhhH---HHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCCccchHHHHHhhHHHHHHHHHhhc
Q 010323 155 SVPLYLSEMAPPRHRGAFNIG---YELCTAIGILAASLINYGTQKIKGGWGWRISLAMAAAPALILTLGAL 222 (513)
Q Consensus 155 ~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~~~~~l~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 222 (513)
..+++.|++|+++|+++.+. ...+.++|..++|.+++.+.+. .+||+.|++.+++.++..+..+
T Consensus 130 -~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~---~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 130 -VSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKN---FGAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp -HHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHT---SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -HHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc---ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999876666 8899999999999998877653 5799999998887766555443
No 7
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.95 E-value=8.7e-29 Score=240.03 Aligned_cols=355 Identities=11% Similarity=0.040 Sum_probs=215.6
Q ss_pred ccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHH---HHhhhchhH-HHHHHHHHHHHhhh
Q 010323 72 SNYCKFDSQLLTSFTSSLYIAGLIASLFASSVTRAFGRRASILVGGAAFLAGS---ALGGAALNI-YMLIFGRVLLGVGI 147 (513)
Q Consensus 72 ~~~~~~s~~~~~~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~-~~l~~~r~l~Gi~~ 147 (513)
++++|+|..+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++++..+++++. ..+.+++.. ..+...+++.|++.
T Consensus 35 ~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 114 (417)
T 2cfq_A 35 HDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYL 114 (417)
T ss_dssp HTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSST
T ss_pred HHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45678899999999999999999999999999999999999999888775532 222333322 12345566666665
Q ss_pred hhhhhcccccceeeccCCC--CCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCCccchHHHHHhhHHHHHHHHHhhcccC
Q 010323 148 GFANQASSVPLYLSEMAPP--RHRGAFNIGYELCTAIGILAASLINYGTQKIKGGWGWRISLAMAAAPALILTLGALFLP 225 (513)
Q Consensus 148 ~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~l~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 225 (513)
+...+. ....+.++.++ ++|+...+.......+|..++|.+++.+.+ .+||+.|++.+++.++..+..++.+
T Consensus 115 g~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~----~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 188 (417)
T 2cfq_A 115 GFCFNA--GAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT----INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAK 188 (417)
T ss_dssp THHHHT--THHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH----HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSC
T ss_pred HHHHhh--hHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC
Confidence 555544 44444445443 355777777777778889999988887764 3699999988777655555555544
Q ss_pred CChHHHHHhCCcHHHHHHHHHHHhCCCchHHHHHHHHHHHHhhhhcCC---cchhhcccCchhHHHHHHHHHHHhhhcch
Q 010323 226 ETPNSIIQRSNDLQRAKQMLQRIRGTDDVEAEFDDLIKASSIAKTVNH---PFKKIIQRKYRPQLVMAILIPFFLQVTGI 302 (513)
Q Consensus 226 e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 302 (513)
|+++. +.+ .++ +. ++++++. ++++.+++ +.++...+..+.....+
T Consensus 189 ~~~~~---~~~-~~~---------~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (417)
T 2cfq_A 189 TDAPS---SAT-VAN---------AV---------------GANHSAFSLKLALELFRQ----PKLWFLSLYVIGVSCTY 236 (417)
T ss_dssp CCCSC---SSC-SSS---------SS---------------SSCCCCCCHHHHHHHTTC----HHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccccc---ccc-ccc---------cc---------------ccccccccHHHHHHHhcC----CchhhHHHHHHHHHHHH
Confidence 33210 000 000 00 0000011 11223322 22222222222222233
Q ss_pred hhhHhcHHHHHHhc-CC---CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCcchHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcC
Q 010323 303 NVIGFYAPVLFRTI-KL---SESTSLLMSAVVTGGIGTLSTIISMILVDKLGRKVLFLVGGIQMLAAQVMIGSIMENQLG 378 (513)
Q Consensus 303 ~~~~~~~~~~~~~~-g~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 378 (513)
.....+.|.++++. +. +....+ .......+..+++.++.++++||++||+.+..+..+..+..+.+...
T Consensus 237 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~------ 309 (417)
T 2cfq_A 237 DVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFG-YVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA------ 309 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh------
Confidence 34444566666543 21 122223 55666667788899999999999999998887776666654443221
Q ss_pred CCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceecccCChhhhhhHhHHH-HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhcchhhh
Q 010323 379 DQGGFSKGNAYLILVLICVYVAGFAVSWGPLGFLVPSEIFPLEIRSAGQSIN-VAVGFLFTFLIAQTFLAMLCHFKAGIF 457 (513)
Q Consensus 379 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 457 (513)
++.+.......+.+.+..... +....+++|.+|++.|+++.++. +....+|+.++|.+.|.+.++.++...
T Consensus 310 -------~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~ 381 (417)
T 2cfq_A 310 -------TSALEVVILKTLHMFEVPFLL-VGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGA 381 (417)
T ss_dssp -------CSHHHHHHHTTHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHH
T ss_pred -------ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHH
Confidence 233333333333444333222 22355678999999999999984 778889999999999999998775544
Q ss_pred HHH-HHHHHHHHHHHHhhcccCC
Q 010323 458 FFF-GGWVVVMTTFVHFFLPETK 479 (513)
Q Consensus 458 ~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 479 (513)
+.. +++..+..++.+...||++
T Consensus 382 f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 382 YLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 444 4333444344344445443
No 8
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.42 E-value=1.4e-12 Score=126.99 Aligned_cols=154 Identities=14% Similarity=0.027 Sum_probs=123.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhcchhhhHhcHHHHHHhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCcchHHHHhHHHHHHHH
Q 010323 287 LVMAILIPFFLQVTGINVIGFYAPVLFRTIKLSESTSLLMSAVVTGGIGTLSTIISMILVDKLGRKVLFLVGGIQMLAAQ 366 (513)
Q Consensus 287 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 366 (513)
.+....+.++.............|.+.+++|.+..+.+ ...+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..++.
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g-~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~ 105 (438)
T 3o7q_A 27 PFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAG-LIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGA 105 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHH-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34444445555555556777788888899999999988 88889999999999999999999999999999999988888
Q ss_pred HHHHHHHHhhcCCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceecccCChhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhH
Q 010323 367 VMIGSIMENQLGDQGGFSKGNAYLILVLICVYVAGFAVSWGPLGFLVPSEIFPLEIRSAGQSINVAVGFLFTFLIAQTFL 446 (513)
Q Consensus 367 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 446 (513)
++...... .++.+..++..++.+++.+...... ..++.|.+|++.|+.+.++.+....+|..+++.+.+
T Consensus 106 ~~~~~~~~----------~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 174 (438)
T 3o7q_A 106 ALFWPAAE----------IMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAA-NPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQ 174 (438)
T ss_dssp HHHHHHHH----------TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHhccc----------cccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhH-HHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 87733211 1456677777788888777665444 566689999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHH-Hhc
Q 010323 447 AML-CHF 452 (513)
Q Consensus 447 ~~~-~~~ 452 (513)
.+. +..
T Consensus 175 ~l~~~~~ 181 (438)
T 3o7q_A 175 SLILSNV 181 (438)
T ss_dssp HHHHTSS
T ss_pred HHHhccc
Confidence 988 444
No 9
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.41 E-value=8.9e-13 Score=128.97 Aligned_cols=184 Identities=13% Similarity=0.061 Sum_probs=138.8
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhcchhhhHhcHHHHHHhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCcchHHHHhHHHHHH
Q 010323 285 PQLVMAILIPFFLQVTGINVIGFYAPVLFRTIKLSESTSLLMSAVVTGGIGTLSTIISMILVDKLGRKVLFLVGGIQMLA 364 (513)
Q Consensus 285 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~ 364 (513)
++.+....+..+.............|.+.++. .+..+.+ ...+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..+
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~ 104 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLG-FALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAA 104 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHH
Confidence 34455555555555555566677788888888 8888888 888889999999999999999999999999999999888
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceecccCChhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010323 365 AQVMIGSIMENQLGDQGGFSKGNAYLILVLICVYVAGFAVSWGPLGFLVPSEIFPLEIRSAGQSINVAVGFLFTFLIAQT 444 (513)
Q Consensus 365 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 444 (513)
+.++..+.... .++.+..++..++.+++.+...+ ....++.|.+|++.|+.+.|+.+....+|..++|.+
T Consensus 105 ~~~~~~~~~~~---------~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~-~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~ 174 (451)
T 1pw4_A 105 VMLFMGFVPWA---------TSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWP-PCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLL 174 (451)
T ss_dssp HHHHHHHCHHH---------HSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHH-HHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHH
T ss_pred HHHHHHhhhhc---------cccHHHHHHHHHHHHHHhhhccc-hHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88877661100 04556667777777777765544 445666899999999999999999999999999999
Q ss_pred hHHHHHhcc-hhhhHHH-HHHHHHHHHHHHhhcccCCC
Q 010323 445 FLAMLCHFK-AGIFFFF-GGWVVVMTTFVHFFLPETKN 480 (513)
Q Consensus 445 ~~~~~~~~~-~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 480 (513)
.+.+.+..+ +...+.. +++..+..++..+..||+++
T Consensus 175 ~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 212 (451)
T 1pw4_A 175 FLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQ 212 (451)
T ss_dssp HHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSST
T ss_pred HHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHh
Confidence 999888887 6654444 44444555555566776543
No 10
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.33 E-value=4.7e-12 Score=125.30 Aligned_cols=170 Identities=14% Similarity=0.094 Sum_probs=126.2
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhcchhhhHhcHHHHHHh------cCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc-cCcchHHHHhHH
Q 010323 288 VMAILIPFFLQVTGINVIGFYAPVLFRT------IKLSESTSLLMSAVVTGGIGTLSTIISMILVDK-LGRKVLFLVGGI 360 (513)
Q Consensus 288 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~g~~~~~~~~~~ 360 (513)
++...+..+.....++....+.+.++++ .|.+..+.+ ...+...++..++.++.|+++|| +|||+.+..+..
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~ 93 (491)
T 4aps_A 15 LSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAA-SIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGV 93 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHH
Confidence 3334444444444555565566666544 799998888 88889999999999999999999 899999999988
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceecccCChhh--hhhHhHHHHHHHHHHH
Q 010323 361 QMLAAQVMIGSIMENQLGDQGGFSKGNAYLILVLICVYVAGFAVSWGPLGFLVPSEIFPLEI--RSAGQSINVAVGFLFT 438 (513)
Q Consensus 361 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~g~~~~~~~~~~ 438 (513)
+..++.++.... ++.+...+..++.+++.+... +....++.|.+|++. |+.+.++.+....+|.
T Consensus 94 ~~~~~~~~~~~~-------------~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~ 159 (491)
T 4aps_A 94 LIMLGHIVLALP-------------FGASALFGSIILIIIGTGFLK-PNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGA 159 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHSC-------------CSTTHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHh-------------hhHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-chHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHH
Confidence 888877766542 455566666777777766554 444666689999888 7788888999999999
Q ss_pred HHHHHHhHHHHHhcchhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010323 439 FLIAQTFLAMLCHFKAGIFFFFGGWVVVMTTFVH 472 (513)
Q Consensus 439 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 472 (513)
.++|.+.+.+.+..++...+...++..+.+.+..
T Consensus 160 ~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 193 (491)
T 4aps_A 160 FIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVY 193 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999998887665555544444444333
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.30 E-value=3.3e-11 Score=120.22 Aligned_cols=164 Identities=10% Similarity=0.008 Sum_probs=121.1
Q ss_pred HHhhhcchhhhHhcHHHHH-HhcC------CCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc-CcchHHHHhHHHHHHHH
Q 010323 295 FFLQVTGINVIGFYAPVLF-RTIK------LSESTSLLMSAVVTGGIGTLSTIISMILVDKL-GRKVLFLVGGIQMLAAQ 366 (513)
Q Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~ 366 (513)
.+.....++....+.+.++ ++.| .+..+.+ .......++..++.++.|+++||+ |||+.+..+..+..++.
T Consensus 21 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~ 99 (524)
T 2xut_A 21 EACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAK-DVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGH 99 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHH-HHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3333344455555666655 5578 8888888 888888999999999999999999 99999999888888877
Q ss_pred HHHHHHHHhhcCCCCCCCcc-hhHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceecccCChhhhhhHhHH---HHHHHHHHHHHHH
Q 010323 367 VMIGSIMENQLGDQGGFSKG-NAYLILVLICVYVAGFAVSWGPLGFLVPSEIFPLEIRSAGQSI---NVAVGFLFTFLIA 442 (513)
Q Consensus 367 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~---~~~~~~~~~~~~~ 442 (513)
+++.+. . +.+...+..++.+++.+... +....++.|.+|++.|+++.+. .+....+|..++|
T Consensus 100 ~~~~~~-------------~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~ 165 (524)
T 2xut_A 100 AFLAIF-------------EHSVQGFYTGLFLIALGSGGIK-PLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFAS 165 (524)
T ss_dssp HHHHHT-------------SSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTH-HHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHh-------------cccHHHHHHHHHHHHHhccccc-hhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 766553 3 55666666777777766554 4445666899999999766655 8888999999999
Q ss_pred HHhHHHHHhcchhhhHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 010323 443 QTFLAMLCHFKAGIFFFFGGWVVVMTTFVHF 473 (513)
Q Consensus 443 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 473 (513)
.+.+.+.+..++...+...++..+...+..+
T Consensus 166 ~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 166 LSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp HTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999888876555554444444444433
No 12
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.28 E-value=6.6e-12 Score=119.57 Aligned_cols=171 Identities=12% Similarity=0.070 Sum_probs=129.3
Q ss_pred HHHhhhcchhhhHhcHHHHHHhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCcchHHHHhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010323 294 PFFLQVTGINVIGFYAPVLFRTIKLSESTSLLMSAVVTGGIGTLSTIISMILVDKLGRKVLFLVGGIQMLAAQVMIGSIM 373 (513)
Q Consensus 294 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 373 (513)
..+.............|.+.++.|.+..+.+ .......++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..++.+.....
T Consensus 8 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 85 (375)
T 2gfp_A 8 LVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQ-SVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTT- 85 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHH-HHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh-
Confidence 3334444455566677888888999999888 88888999999999999999999999999999998888888777664
Q ss_pred HhhcCCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHhhhccccccccceecccCChhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhcc
Q 010323 374 ENQLGDQGGFSKGNAYLILVLICVYVAGFAVSWGPLGFLVPSEIFPLEIRSAGQSINVAVGFLFTFLIAQTFLAMLCHFK 453 (513)
Q Consensus 374 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 453 (513)
++.+......++.+.+.+... +....++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.+..+
T Consensus 86 ------------~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~ 152 (375)
T 2gfp_A 86 ------------SSLTVLIAASAMQGMGTGVGG-VMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWN 152 (375)
T ss_dssp ------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHH
T ss_pred ------------ccHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhcc
Confidence 455666666677777666544 4445666899999999999999999999999999999999887777
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHH-HHhhcccCC
Q 010323 454 AGIFFFFGGWVVVMTTF-VHFFLPETK 479 (513)
Q Consensus 454 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~ 479 (513)
+...+...++..+...+ ..+..||++
T Consensus 153 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 179 (375)
T 2gfp_A 153 WRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETR 179 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccC
Confidence 66544444333333333 444556544
No 13
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.19 E-value=2.8e-11 Score=116.86 Aligned_cols=146 Identities=12% Similarity=0.127 Sum_probs=121.2
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccccc
Q 010323 78 DSQLLTSFTSSLYIAGLIASLFASSVTRAFGRRASILVGGAAFLAGSALGGAALNIYMLIFGRVLLGVGIGFANQASSVP 157 (513)
Q Consensus 78 s~~~~~~~~s~~~l~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~Gi~~~~~~~~~~~~ 157 (513)
+....+++.+...++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+. ..
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~--~~ 334 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVG--CF 334 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHH--HH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HH
Confidence 4566788888888899999999999999999999999999988888888888888888888888888887777666 67
Q ss_pred ceeeccCCCCCccchhhH-HHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCCccchHHHHHhhHHHHHHHHHhhc-ccCCCh
Q 010323 158 LYLSEMAPPRHRGAFNIG-YELCTAIGILAASLINYGTQKIKGGWGWRISLAMAAAPALILTLGAL-FLPETP 228 (513)
Q Consensus 158 ~~i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~~~~~l~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~-~~~e~p 228 (513)
.++.|.+|++.|+++.+. ++....+|..++|.+++.+.+. .|++..|.+.+++.++..+..+ +.||++
T Consensus 335 ~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~---~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 335 KYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYES---IGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHH---SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHh---cCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 799999999999999888 4788889999999998877653 4688899888887777665544 466654
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.10 E-value=6.8e-10 Score=109.71 Aligned_cols=152 Identities=11% Similarity=0.012 Sum_probs=104.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCcchHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCC-----CCCCcchhHHHHHHHHHHHH
Q 010323 326 MSAVVTGGIGTLSTIISMILVDKLGRKVLFLVGGIQMLAAQVMIGSIMENQLGDQ-----GGFSKGNAYLILVLICVYVA 400 (513)
Q Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 400 (513)
+..+...++.++|.++.|+++||+|||+.+.++.++..++.++.++......... ...-.++.+..++.-++.++
T Consensus 59 ~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~ 138 (491)
T 4gc0_A 59 FCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGI 138 (491)
T ss_dssp HHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5566677889999999999999999999999999988888777664210000000 00012456677777888888
Q ss_pred hhhccccccccceecccCChhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhcc--------hhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010323 401 GFAVSWGPLGFLVPSEIFPLEIRSAGQSINVAVGFLFTFLIAQTFLAMLCHFK--------AGIFFFFGGWVVVMTTFVH 472 (513)
Q Consensus 401 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 472 (513)
+.+... +....+++|..|++.|+...++.+.....|..+++..........+ +........+..+...+..
T Consensus 139 g~G~~~-~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 217 (491)
T 4gc0_A 139 GVGLAS-MLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLL 217 (491)
T ss_dssp HHHHHH-HHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHG
T ss_pred HHHHHH-HHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhh
Confidence 777654 4446677899999999999999998888887777766655544322 2334444444445555555
Q ss_pred hhcccC
Q 010323 473 FFLPET 478 (513)
Q Consensus 473 ~~~~~~ 478 (513)
+..||.
T Consensus 218 ~~~peS 223 (491)
T 4gc0_A 218 YTVPES 223 (491)
T ss_dssp GGSCCC
T ss_pred hcCCCC
Confidence 667775
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=63.12 E-value=4.1 Score=19.47 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.603 Sum_probs=11.4
Q ss_pred HhHHHhhhhhhHHH
Q 010323 99 FASSVTRAFGRRAS 112 (513)
Q Consensus 99 ~~g~l~dr~Grr~~ 112 (513)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999864
Done!