Query 010343
Match_columns 512
No_of_seqs 788 out of 3578
Neff 10.5
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 04:45:19 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/010343.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/010343hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1E-39 3.6E-44 328.3 35.0 395 101-505 25-434 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2E-38 6.7E-43 317.8 36.2 374 101-500 23-428 (438)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 9.5E-36 3.2E-40 292.0 16.7 360 107-493 3-365 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.6E-32 5.4E-37 279.1 33.2 393 106-506 15-473 (491)
5 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 7.4E-30 2.5E-34 259.4 30.9 398 102-510 10-468 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 7E-31 2.4E-35 260.9 21.4 382 108-510 11-405 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 3.3E-27 1.1E-31 241.9 24.9 171 109-280 17-198 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 1.4E-15 4.9E-20 152.1 13.7 177 105-281 253-434 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 3.7E-13 1.3E-17 134.0 15.7 162 109-275 263-427 (438)
10 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 5.7E-13 2E-17 131.8 14.2 145 137-283 257-402 (417)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 3E-12 1E-16 129.5 18.7 174 321-504 13-196 (491)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 9.5E-12 3.2E-16 126.9 16.6 174 320-503 11-197 (524)
13 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.4 5.8E-12 2E-16 127.3 14.5 182 105-286 278-468 (491)
14 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 6.6E-12 2.2E-16 122.2 8.8 170 325-504 4-174 (375)
15 3mkt_A Multi antimicrobial ext 70.9 75 0.0026 30.3 29.3 36 209-244 139-174 (460)
16 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 61.7 1.2E+02 0.0042 29.6 16.8 52 223-274 20-73 (501)
17 2g9p_A Antimicrobial peptide l 46.6 10 0.00034 18.8 1.4 14 158-171 2-15 (26)
18 3hd6_A Ammonium transporter RH 31.6 3.7E+02 0.013 26.1 14.6 30 221-250 335-364 (490)
19 2ks1_B Epidermal growth factor 26.0 1.1E+02 0.0036 18.5 3.8 14 496-509 27-40 (44)
20 2l2t_A Receptor tyrosine-prote 23.6 1.3E+02 0.0043 18.1 3.8 11 498-508 28-38 (44)
21 3brd_D Protein LIN-12; protein 21.4 31 0.0011 18.1 0.7 16 2-17 7-22 (29)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1e-39 Score=328.33 Aligned_cols=395 Identities=16% Similarity=0.210 Sum_probs=310.6
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhcccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHhHhhcCChHHHHHHHHHHH
Q 010343 101 KRWFIVVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWS 180 (512)
Q Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~ 180 (512)
.+|+.+..+++..++..+....+.+.+|.+.+++ .+..++|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.++.++.+
T Consensus 25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 103 (451)
T 1pw4_A 25 LRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAA 103 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHH
Confidence 4677888888899999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHH----HhhcChHHHHHHHHHHhhhhhchhhHHHHHHhcccCCcchhHHHHHHHHhhhhHHHHHHhHHHHHhcc
Q 010343 181 IATALTPV----AAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHR 256 (512)
Q Consensus 181 ~~~~~~~~----~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~ 256 (512)
++.+++++ ++ +++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|.+++|.+++.+.+.
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~ 181 (451)
T 1pw4_A 104 AVMLFMGFVPWATS--SIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAW 181 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHCHHHHS--SSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhhccc--cHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999 88 8999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999898
Q ss_pred cC-chhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCCCCCCCChhhhHhh---hhcccc--CCCCCCchHHHhhcChHHHHHHHHH
Q 010343 257 FG-WPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDPQLRPAEKKLI---VSSCAS--KEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSH 330 (512)
Q Consensus 257 ~g-~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~ 330 (512)
.| ||+.|++.+++.++..++.++..++++++....++++.+.. ..+.++ +...+....++.+++|.++.+.+..
T Consensus 182 ~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 261 (451)
T 1pw4_A 182 FNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIAN 261 (451)
T ss_dssp TCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHH
T ss_pred hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHH
Confidence 98 99999999988888777766666665543221111110000 000000 1111111257788999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhhcCCccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HhcCCchhhHHHHHHHHHhHH-HH
Q 010343 331 FCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTL--VSKGLSVTTVRKIMQSIGFLG-PA 407 (512)
Q Consensus 331 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~ 407 (512)
++.......+..++|.|+++.+|++..+.+++.+...++.+++.++.|++.||+ ++|+ .......+.. .+
T Consensus 262 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~ 334 (451)
T 1pw4_A 262 VFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRG-------ATGVFFMTLVTIA 334 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHH-------HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCch-------hHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999998899999999999999999999999999999998 7762 2222222222 22
Q ss_pred HHHHhhccCChhHH-HHHHHHHHhhhhhhhhchhhhhhhhhcCcchhhHHHHHHHHHhH-HHHHHHHhhhheeecCcchh
Q 010343 408 FFLTQLSHVDSPAM-AVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRYSGVLLGLSNTAGVL-AGVFGTAATGYILQHGSWDD 485 (512)
Q Consensus 408 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~ig~~l~g~l~~~~g~~~ 485 (512)
..+.........+. ....++.+.+.............+..+++++|++.|+.+.+.++ |..++|.+.|.+.|+.||+.
T Consensus 335 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~ 414 (451)
T 1pw4_A 335 TIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDG 414 (451)
T ss_dssp HHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHH
T ss_pred HHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHH
Confidence 22222222123333 33334444433333333333344445557899999999999999 99999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 010343 486 VFKVSVGLYLVGTAVWNLFS 505 (512)
Q Consensus 486 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 505 (512)
.|++.+++.+++.++.....
T Consensus 415 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 415 GFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999888888777666543
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2e-38 Score=317.82 Aligned_cols=374 Identities=13% Similarity=0.130 Sum_probs=296.9
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhcccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHhHhhcCChHHHHHHHHHHH
Q 010343 101 KRWFIVVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWS 180 (512)
Q Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~ 180 (512)
+++..+..+++..++.++......+.+|.+.+++|.+..++|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++.+
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 45667777788888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHH---HHHhhcChHHHHHHHHHHhhhhhchhhHHHHHHhcccCCcchhHHHHHHHHhhhhHHHHHHhHHHHHh-cc
Q 010343 181 IATALT---PVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLI-HR 256 (512)
Q Consensus 181 ~~~~~~---~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~-~~ 256 (512)
++.+++ .+.+ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|.++++.+++.+. +.
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 180 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWPAAEIM--NYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSN 180 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTT--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHhccccc--cHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 999988 7777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998 55
Q ss_pred cC-------------------------chhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc-cCCCCCCCCCChhhhHhhhhccccCCCCC
Q 010343 257 FG-------------------------WPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKA-HSSPAEDPQLRPAEKKLIVSSCASKEPVK 310 (512)
Q Consensus 257 ~g-------------------------~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (512)
.+ ||+.|++.+++.++..++.++.. |+.++++++.+ +++..
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~-------------~~~~~ 247 (438)
T 3o7q_A 181 VPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDA-------------KQGSF 247 (438)
T ss_dssp SCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCS-------------STTSH
T ss_pred cccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccccccc-------------cccch
Confidence 54 89999888777766655554432 22222111110 11111
Q ss_pred CchHHHhhcChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHH-HHHhhcCCccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC
Q 010343 311 TIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTY-YNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGL 389 (512)
Q Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-l~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~ 389 (512)
..++++++++|.++...+..++..........++|.| +++.+|++..+.+.+.+...++.++++++.|++.||+++|+
T Consensus 248 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~- 326 (438)
T 3o7q_A 248 SASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHK- 326 (438)
T ss_dssp HHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHH-
T ss_pred hhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH-
Confidence 3467788999999999999999888899999999999 88878999999999999999999999999999999999883
Q ss_pred chhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHhhccCChhHHHHHHHHHHhhhhhhhhchhhhhhhhhcCcchhhHHHHHHHHHhHHHHH
Q 010343 390 SVTTVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRYSGVLLGLSNTAGVLAGVF 469 (512)
Q Consensus 390 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i 469 (512)
.+..+.+............+..+......+.+.+.... .+.......+..|++++++.++.. ...+|..+
T Consensus 327 --------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~~~ 396 (438)
T 3o7q_A 327 --------VLAAYALIAMALCLISAFAGGHVGLIALTLCSAFMSIQ-YPTIFSLGIKNLGQDTKYGSSFIV-MTIIGGGI 396 (438)
T ss_dssp --------HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHTTH-HHHHHHHHHSSCGGGHHHHHHHHH-HTTHHHHH
T ss_pred --------HHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhhccccccchhhHHH-HHHHHHHH
Confidence 22222222233333333334444444444445444433 445555533444445888888877 67799999
Q ss_pred HHHhhhheeecCc-chhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010343 470 GTAATGYILQHGS-WDDVFKVSVGLYLVGTAV 500 (512)
Q Consensus 470 g~~l~g~l~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 500 (512)
+|.+.|++.|..| ++..|.+.+++.++..++
T Consensus 397 ~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
T 3o7q_A 397 VTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIFIF 428 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999988 999988876665554443
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=9.5e-36 Score=292.04 Aligned_cols=360 Identities=13% Similarity=0.097 Sum_probs=289.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhcccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHhHhhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010343 107 VLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALT 186 (512)
Q Consensus 107 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 186 (512)
..+++..++..++...+.+.+|.+.+++|.++.+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++..+.++.+++.++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45667778888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhhcChHHHHHHHHHHhhhhhchhhHHHHHHhcccCCcchhHHHHHHHHhhhhHHHHHHhHHHHHhcccCchhHHHHH
Q 010343 187 PVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSF 266 (512)
Q Consensus 187 ~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~ 266 (512)
.+.+ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+....+|..++|.+++.+.+..|||+.|++.
T Consensus 83 ~~~~--~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 160 (375)
T 2gfp_A 83 VTTS--SLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFL 160 (375)
T ss_dssp HHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHH
Confidence 9998 89999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999989999999998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhccCCCCCCCCCChhhhHhhhhccccCCCCCCchHHHhhcChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHH
Q 010343 267 GSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDPQLRPAEKKLIVSSCASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPT 346 (512)
Q Consensus 267 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 346 (512)
+++.++..+......||+++++++. ++...++++.+++|.++...+..++.......+..+.|.
T Consensus 161 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 224 (375)
T 2gfp_A 161 LVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR----------------TRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGV 224 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC----------------CCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc----------------ccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8888777665555555543322111 011334667888999999999999988999999999999
Q ss_pred HHHHhhcCCccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHh-HHHHHHHHhhc--cCChhHHHH
Q 010343 347 YYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGF-LGPAFFLTQLS--HVDSPAMAV 423 (512)
Q Consensus 347 ~l~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~ 423 (512)
|+++.+|.++.+.+.+.+...++.++++++.+++.||.+++ ....... ...+....... ..++.+...
T Consensus 225 ~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 295 (375)
T 2gfp_A 225 LMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL---------MWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLL 295 (375)
T ss_dssp SSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH---------HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHH
Confidence 99998899999999999999999999999999999999863 1111111 11111111111 112333333
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhhhchhhhhhhhhcCcchhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHhhhheeecCcchhHHHHHHHH
Q 010343 424 LCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQHGSWDDVFKVSVGL 493 (512)
Q Consensus 424 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~ig~~l~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~ 493 (512)
....+.+...+...+.......+..|+++|++.|+.+...++|..++|.+.|.+.+..++...+.+.+..
T Consensus 296 ~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 365 (375)
T 2gfp_A 296 VPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFPFLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMTLMG 365 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCCcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHHHHH
Confidence 3333333333344455555555555689999999999999999999999999999888888777765433
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.6e-32 Score=279.13 Aligned_cols=393 Identities=13% Similarity=0.066 Sum_probs=271.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhh-hhcc-----cCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHhHhh-cCChHHHHHHHHH
Q 010343 106 VVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILP-MSAE-----FNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADT-VGGKAVLGFGVVW 178 (512)
Q Consensus 106 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~g~r~~~~~~~~~ 178 (512)
++.+++..++..+........++. +.++ +|.+..+.|++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~ 94 (491)
T 4aps_A 15 LSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVL 94 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHH
Confidence 444445555555555555444444 4444 99999999999999999999999999999999 8999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhcChHHHHHHHHHHhhhhhchhhHHHHHHhcccCCcc--hhHHHHHHHHhhhhHHHHHHhHHHHHhcc
Q 010343 179 WSIATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAE--RSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHR 256 (512)
Q Consensus 179 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~ 256 (512)
.+++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++ |+.++++++...++|..++|.+++.+.+.
T Consensus 95 ~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~ 172 (491)
T 4aps_A 95 IMLGHIVLALPF--GASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEA 172 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSCC--STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Confidence 999999999988 89999999999999999999999999999999988 77888889999999999999999999999
Q ss_pred cCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCCCC-----CCCChhhhHhhhhc-----------------cccC--------
Q 010343 257 FGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAED-----PQLRPAEKKLIVSS-----------------CASK-------- 306 (512)
Q Consensus 257 ~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~-----------------~~~~-------- 306 (512)
.|||+.|++.++..++..++.+...++..+++ .+.++++.+...+. .+..
T Consensus 173 ~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 252 (491)
T 4aps_A 173 AGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINL 252 (491)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhh
Confidence 99999999988777766655554433222111 11111111110000 0000
Q ss_pred ----------------CCCCCchHHHhhcChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhhcCCccchhhhhhhhHHHH
Q 010343 307 ----------------EPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTM 370 (512)
Q Consensus 307 ----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~ 370 (512)
.+.+.....+..+....+.+.+..++....+.....+++.|.++..+.+....+.+.....++.
T Consensus 253 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 332 (491)
T 4aps_A 253 LTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFI 332 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHH
Confidence 0000000111112223445555555666666667778889998878888788999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHhhcc----------CChhHHHHHHHHHHhhhhhhhhchh
Q 010343 371 AFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSH----------VDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGL 440 (512)
Q Consensus 371 ~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 440 (512)
+++.++.+++.||+++|+.... ..+..+....++.+..... .+..+......+.+.+..... +..
T Consensus 333 ~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~-~~~ 407 (491)
T 4aps_A 333 MLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSP----TKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLIS-PVG 407 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTTC---CH----HHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTT-THH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccCCCch----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-HHH
Confidence 9999999999999998864321 1111222222222221111 123333333333444433333 444
Q ss_pred hhhh-hhhcCcchhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHhhhheeecCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Q 010343 441 YSNH-QDIAPRYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQHGSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNLFST 506 (512)
Q Consensus 441 ~~~~-~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~ig~~l~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 506 (512)
..+. +..+++.||++.|+.+....+|..++|.+.|.+.+. ++...|...+++.+++.++.+...+
T Consensus 408 ~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 473 (491)
T 4aps_A 408 LSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK-SEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSK 473 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS-STTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC--
T ss_pred HHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4444 445557899999999999999999999999998765 5777888877777777666655544
No 5
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.97 E-value=7.4e-30 Score=259.40 Aligned_cols=398 Identities=14% Similarity=0.103 Sum_probs=267.3
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhcccCC--------ChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHhHhhcCChHHHH
Q 010343 102 RWFIVVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNW--------NPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLG 173 (512)
Q Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~--------s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~ 173 (512)
.+.+.++..++.++.+++...++..+|.+.++++. +..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.
T Consensus 10 ~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~ 89 (491)
T 4gc0_A 10 IFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLK 89 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHH
T ss_pred HhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHH
Confidence 34444555667788888988888888888777632 3456899999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH------------------HhhcChHHHHHHHHHHhhhhhchhhHHHHHHhcccCCcchhHHHHHH
Q 010343 174 FGVVWWSIATALTPV------------------AAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALV 235 (512)
Q Consensus 174 ~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~ 235 (512)
++.+++.++.+++++ ++ +++.++++|+++|++.|...+....++.|+.|+++|++..++.
T Consensus 90 ~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~--~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~ 167 (491)
T 4gc0_A 90 IAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAG--YVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFN 167 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGG--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhh
Confidence 999999999998874 56 8999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHhhhhHHHHHHhHHHHHhcc--------cCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCCCCC-CCChhhhHhhhh-----
Q 010343 236 YSGMYLGSVTGLAFSPFLIHR--------FGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDP-QLRPAEKKLIVS----- 301 (512)
Q Consensus 236 ~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~--------~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~----- 301 (512)
+.+..+|..+++.++..+... .+||..+.+..+..++..+ ..+..||+|+... +.+.++.....+
T Consensus 168 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~ 246 (491)
T 4gc0_A 168 QFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLM-LLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGN 246 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHH-HGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhh-hhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCC
Confidence 999999999999988877643 2366666665555544433 3444555543111 111111000000
Q ss_pred -----c----c-ccCCCCCCchHHHhhcChHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhhHHHHHHhhcCCccchhhhhhhhHHHH
Q 010343 302 -----S----C-ASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHN-WGTFILLTWMPTYYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTM 370 (512)
Q Consensus 302 -----~----~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~ 370 (512)
+ . ...+..+.......++.+..........+.. .....+..+.+.+.++ .+.+...........++..
T Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 325 (491)
T 4gc0_A 247 TLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT-LGASTDIALLQTIIVGVIN 325 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH-SSCCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh-cCCCccchhhHHHHHHHHH
Confidence 0 0 0000001112222334444444333333333 3344555566665555 6877777777788888999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHhHHHH---HHHHhhccCChhHHHHHHHHHHhhhhhhhhchhhhhhhhh
Q 010343 371 AFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGFLGPA---FFLTQLSHVDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDI 447 (512)
Q Consensus 371 ~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 447 (512)
+++.++.+++.||+|||+... ........+ +......................++.....+..+.+..|.
T Consensus 326 ~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~-------~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~ 398 (491)
T 4gc0_A 326 LTFTVLAIMTVDKFGRKPLQI-------IGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEI 398 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCSHHHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhcCcchhc-------cchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999999999999999994322 111111111 1111122222222233333333333333344555666666
Q ss_pred cC-cchhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHhhhheeec------CcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCccc
Q 010343 448 AP-RYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQH------GSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNLFSTGEKV 510 (512)
Q Consensus 448 ~~-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~ig~~l~g~l~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 510 (512)
.| +.|+++.|+.+.+..+++.+++.+.+.+.+. .++...|++.+++++++.++.+++.++.|.
T Consensus 399 fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 399 FPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp SCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred CCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 66 7899999999999999999999888776553 345667888888888888777776665543
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.97 E-value=7e-31 Score=260.93 Aligned_cols=382 Identities=12% Similarity=0.027 Sum_probs=244.5
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhh-hcccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHhHhhcCChHHHHHHHHHHHHHH---
Q 010343 108 LCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPM-SAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIAT--- 183 (512)
Q Consensus 108 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~--- 183 (512)
.+....++.........+.+|.+ .+++|.|+.++|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.++..+.++..
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~ 90 (417)
T 2cfq_A 11 MFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPF 90 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34444455555556666777774 55689999999999999999999999999999999999999998887765432
Q ss_pred HHHHHHhhcCh-HHHHHHHHHHhhhhhchhhHHHHHHhcccCC--cchhHHHHHHHHhhhhHHHHHHhHHHHHhcccCch
Q 010343 184 ALTPVAAKLGL-PFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPV--AERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWP 260 (512)
Q Consensus 184 ~~~~~~~~~~~-~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~ 260 (512)
....+.+ .. ..++..+++.|++.+...+.....+.++.++ ++++..++..+....+|..++|.+++++.+ .+|+
T Consensus 91 ~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~ 167 (417)
T 2cfq_A 91 FIFIFGP--LLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQ 167 (417)
T ss_dssp HHHTHHH--HHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSH
T ss_pred HHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchh
Confidence 1112222 11 1123345555554444333333333333322 456777888888999999999999999987 5899
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCCCCCCCChhhhHhhhhccccCCCCCCchHHHhhcChHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010343 261 SVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDPQLRPAEKKLIVSSCASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFIL 340 (512)
Q Consensus 261 ~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 340 (512)
+.|++.++..++..+..+...++++++.++ ++.+ .+++++....++++++++|.++...+..+.....+..+
T Consensus 168 ~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 239 (417)
T 2cfq_A 168 FVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATV-ANAV-------GANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVF 239 (417)
T ss_dssp HHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCS-SSSS-------SSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCccccccccc-cccc-------ccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999987776554444433333332211100 0000 00001111234567889999988777666655566666
Q ss_pred HHhhHHHHHHhhcC---CccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHhhccCC
Q 010343 341 LTWMPTYYNQVLHF---NLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVD 417 (512)
Q Consensus 341 ~~~~~~~l~~~~g~---~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 417 (512)
..++|.|+.+.++. +....+...++..++.+++.++.+++.||+++|+ .. ..+.+..++.+......+
T Consensus 240 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~-------~l--~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (417)
T 2cfq_A 240 DQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKN-------AL--LLAGTIMSVRIIGSSFAT 310 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHH-------HH--HHHHHHHHHHHHHHTTCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHH-------HH--HHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 67788888765442 2445577788888889999999999999999883 22 222223333232223333
Q ss_pred hhHHHHHH-HHHHhhhhhhhhchhhhhhhhh-cCcchhhHHHH-HHHHHhHHHHHHHHhhhheeecCcchhHHHHHHHHH
Q 010343 418 SPAMAVLC-MACSQGTDAFSQSGLYSNHQDI-APRYSGVLLGL-SNTAGVLAGVFGTAATGYILQHGSWDDVFKVSVGLY 494 (512)
Q Consensus 418 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~g~-~~~~~~~g~~ig~~l~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~ 494 (512)
+.+..... .+.+.... ...+....+..+. +++.||++.++ ++....+|+.++|.+.|++.|+.|+...|.+.+++.
T Consensus 311 ~~~~~~~~~~l~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~ 389 (417)
T 2cfq_A 311 SALEVVILKTLHMFEVP-FLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVA 389 (417)
T ss_dssp SHHHHHHHTTHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHH
Confidence 33333222 22222222 2222334445444 45789999999 488888999999999999999989999999988888
Q ss_pred HHHHHHHHHhcCCccc
Q 010343 495 LVGTAVWNLFSTGEKV 510 (512)
Q Consensus 495 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 510 (512)
+++.++.+...+++|+
T Consensus 390 l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 390 LGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 8887776665555443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.95 E-value=3.3e-27 Score=241.92 Aligned_cols=171 Identities=16% Similarity=0.185 Sum_probs=145.2
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhhhhhhh-hhcccC------CChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHhHhhc-CChHHHHHHHHHHH
Q 010343 109 CFSAFLLCNMDRVNMSIAILP-MSAEFN------WNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTV-GGKAVLGFGVVWWS 180 (512)
Q Consensus 109 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g------~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-g~r~~~~~~~~~~~ 180 (512)
+.+..++..+........++. +.+++| .+..+.|++.+++.++..++.+++|+++||+ |||+++.++.++.+
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~ 96 (524)
T 2xut_A 17 IIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYC 96 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 444455555555555555554 667889 9999999999999999999999999999999 99999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhcChHHHHHHHHHHhhhhhchhhHHHHHHhcccCCcchhHHHHH---HHHhhhhHHHHHHhHHHHHhccc
Q 010343 181 IATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLAL---VYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRF 257 (512)
Q Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 257 (512)
++.+++.+++. +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. .+...++|..++|.+++.+.+..
T Consensus 97 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 175 (524)
T 2xut_A 97 VGHAFLAIFEH-SVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNF 175 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHTSS-CHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHhcc-cHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 99888887642 578899999999999999999999999999999999776665 99999999999999999999989
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 010343 258 GWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSK 280 (512)
Q Consensus 258 g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 280 (512)
||++.|++.+++.++..+..+..
T Consensus 176 g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (524)
T 2xut_A 176 GAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLG 198 (524)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999999888877665555443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.63 E-value=1.4e-15 Score=152.11 Aligned_cols=177 Identities=13% Similarity=0.067 Sum_probs=148.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhcc-cCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHhHhhc--CChHHHHHHHHHHH-
Q 010343 105 IVVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAE-FNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTV--GGKAVLGFGVVWWS- 180 (512)
Q Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--g~r~~~~~~~~~~~- 180 (512)
.++.+.+..++............|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |+|+.+..+..+..
T Consensus 253 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 332 (451)
T 1pw4_A 253 LLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVT 332 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHH
Confidence 34445555555566666666777776665 899999999999999999999999999999999 99999888777766
Q ss_pred HHHHHHHHHhhcChHHHHHHHHHHhhhhhchhhHHHHHHhcccCCcchhHHHHHHHHhhhh-HHHHHHhHHHHHhcccCc
Q 010343 181 IATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYL-GSVTGLAFSPFLIHRFGW 259 (512)
Q Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~~~~~l~~~~g~ 259 (512)
++.+++.+.+..+.+.+.+..++.|++.+...+....++.|.+|+++|++++|+.+....+ |..++|.+.+.+.+..||
T Consensus 333 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~ 412 (451)
T 1pw4_A 333 IATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGW 412 (451)
T ss_dssp HHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCS
T ss_pred HHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCc
Confidence 6666666653226777888889999998888899999999999999999999999999999 999999999999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Q 010343 260 PSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKA 281 (512)
Q Consensus 260 ~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (512)
+..|++.+++.++..++.+...
T Consensus 413 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 413 DGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999998888877766665543
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.48 E-value=3.7e-13 Score=133.98 Aligned_cols=162 Identities=10% Similarity=0.003 Sum_probs=129.9
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhh-hcc-cCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHhHhhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010343 109 CFSAFLLCNMDRVNMSIAILPM-SAE-FNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALT 186 (512)
Q Consensus 109 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 186 (512)
..+..++............|.+ .++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+|||+.+..+.++.+++.++.
T Consensus 263 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 342 (438)
T 3o7q_A 263 AVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLIS 342 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3334444444445555556665 554 59999999999999999999999999999999999999999999888888887
Q ss_pred HHHhhcChHHHHHHHHHHhhhhhchhhHHHHHHhcccCCcchhHHHHHHHHhhhhHHHHHHhHHHHHhcccC-chhHHHH
Q 010343 187 PVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFG-WPSVFYS 265 (512)
Q Consensus 187 ~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g-~~~~f~~ 265 (512)
.+.+ +.+. ++..++.|++.+...+...++..|.+|++ ++.+.++.. ...+|..++|.+.|.+.+..| ++..|++
T Consensus 343 ~~~~--~~~~-~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~ 417 (438)
T 3o7q_A 343 AFAG--GHVG-LIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELI 417 (438)
T ss_dssp HHCC--HHHH-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHH
T ss_pred HHcC--CcHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHH
Confidence 7776 4444 34448889999999999999999999755 888888877 667999999999999999999 9999987
Q ss_pred HHHHHHHHHH
Q 010343 266 FGSLGTVWFT 275 (512)
Q Consensus 266 ~~~~~~~~~~ 275 (512)
.++..++..+
T Consensus 418 ~~~~~~~~~~ 427 (438)
T 3o7q_A 418 PALCFAVIFI 427 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHH
Confidence 6655544433
No 10
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.45 E-value=5.7e-13 Score=131.78 Aligned_cols=145 Identities=8% Similarity=0.021 Sum_probs=122.9
Q ss_pred ChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHhHhhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcChHHHHHHHHHHhhhhhchhhHHH
Q 010343 137 NPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMN 216 (512)
Q Consensus 137 s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~ 216 (512)
+..+.|+..++..++..++.++.|++.||+|||+++..+.++.+++.++..+.+ +.+.+++..++.+++.+...+...
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 334 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFAT--SALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCF 334 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC--SHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 355678888888889999999999999999999999988888888777776666 777777888888888777777788
Q ss_pred HHHhcccCCcchhHHHHH-HHHhhhhHHHHHHhHHHHHhcccCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccC
Q 010343 217 NILSKWVPVAERSRSLAL-VYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHS 283 (512)
Q Consensus 217 ~~~~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 283 (512)
.++.|.+|++.|+++.++ ++....+|..++|.++|.+.+..|++..|.+.+++.++..++.+...++
T Consensus 335 ~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 402 (417)
T 2cfq_A 335 KYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSG 402 (417)
T ss_dssp HHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCC
T ss_pred HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcC
Confidence 999999999999999999 4888889999999999999998899999998888887776665555544
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.44 E-value=3e-12 Score=129.52 Aligned_cols=174 Identities=10% Similarity=0.051 Sum_probs=129.5
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHh-----hcCCccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhcCCchhhH
Q 010343 321 PPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQV-----LHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADT-LVSKGLSVTTV 394 (512)
Q Consensus 321 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~-----~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~~~~~~~~~~~ 394 (512)
+.++.+.+..++..+.++....+++.|+++. +|++..+.+++.+...++..++.++.|+++|| +|+|+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~------ 86 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARP------ 86 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHH------
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchH------
Confidence 4567777778888888889999999999988 89999999999999999999999999999999 89983
Q ss_pred HHHHHHHHhHHHHHHHHhhccCChhHHH-HHHHHHHhhhhhhhhchhhhhhhh-hcCcc--hhhHHHHHHHHHhHHHHHH
Q 010343 395 RKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVDSPAMA-VLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQD-IAPRY--SGVLLGLSNTAGVLAGVFG 470 (512)
Q Consensus 395 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~--~g~~~g~~~~~~~~g~~ig 470 (512)
.+..+.+...+........++.+.. +..++.+.+.+. ..+....+..+ .++++ |+.+.++++...++|..++
T Consensus 87 ---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 162 (491)
T 4aps_A 87 ---AVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGF-LKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIA 162 (491)
T ss_dssp ---HHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2223333333333333333344433 334444444443 44445555544 45566 7888898999999999999
Q ss_pred HHhhhheeecCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 010343 471 TAATGYILQHGSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNLF 504 (512)
Q Consensus 471 ~~l~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 504 (512)
|.++|.+.++.||+..|++.++..+++.++....
T Consensus 163 ~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 163 PLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 9999999999999999999888777776665544
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.36 E-value=9.5e-12 Score=126.90 Aligned_cols=174 Identities=14% Similarity=0.054 Sum_probs=125.2
Q ss_pred ChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhhc------CCccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhcCCchh
Q 010343 320 KPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLH------FNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTL-VSKGLSVT 392 (512)
Q Consensus 320 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g------~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-~~~~~~~~ 392 (512)
++.++.+.+..++..+.++....+++.|+++.+| ++..+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |+|+.
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~--- 87 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNT--- 87 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHH---
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHH---
Confidence 4556677778888888888999999999988889 9999999999999999999999999999999 98832
Q ss_pred hHHHHHHHHHhHHHHHHHHhhccCC-hhHHHH-HHHHHHhhhhhhhhchhhhhh-hhhcCcchhhHHHH---HHHHHhHH
Q 010343 393 TVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVD-SPAMAV-LCMACSQGTDAFSQSGLYSNH-QDIAPRYSGVLLGL---SNTAGVLA 466 (512)
Q Consensus 393 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~g~~~g~---~~~~~~~g 466 (512)
. ..+.+...+........+ +.+... ..++.+.+.+ ...+....+. +..++++|+++.+. .+...++|
T Consensus 88 ----~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g 160 (524)
T 2xut_A 88 ----I--LWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSG-GIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFG 160 (524)
T ss_dssp ----H--HHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHH-TTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ----H--HHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhcc-ccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2 222222222222222223 344333 3344444444 4444444544 44555778766555 88999999
Q ss_pred HHHHHHhhhheeecCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010343 467 GVFGTAATGYILQHGSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNL 503 (512)
Q Consensus 467 ~~ig~~l~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 503 (512)
..++|.+.|.+.+..||+..|.+.+++.+++.++...
T Consensus 161 ~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 161 SFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999988887776665543
No 13
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.36 E-value=5.8e-12 Score=127.32 Aligned_cols=182 Identities=14% Similarity=0.022 Sum_probs=135.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhcccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHhHhhcCChHHHHHHHHHHHHHHH
Q 010343 105 IVVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATA 184 (512)
Q Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~ 184 (512)
.........+........+....+.+.++.+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+....+++.+
T Consensus 278 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~ 357 (491)
T 4gc0_A 278 IVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMF 357 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHH
Confidence 34444444555555566666667888888898888888888888899999999999999999999999998888887776
Q ss_pred HHHHHhhc--ChHHHHHHHHH-HhhhhhchhhHHHHHHhcccCCcchhHHHHHHHHhhhhHHHHHHhHHHHHhc------
Q 010343 185 LTPVAAKL--GLPFLLVVRVF-MGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIH------ 255 (512)
Q Consensus 185 ~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l-~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~------ 255 (512)
..+..... +.+..++..++ .+.......+..+.+.+|.+|.+.|++++|+......+|..+++.+.+.+.+
T Consensus 358 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~ 437 (491)
T 4gc0_A 358 SLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVA 437 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 65543211 22222222222 2222233456778899999999999999999999999999999888776643
Q ss_pred ccCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCC
Q 010343 256 RFGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPA 286 (512)
Q Consensus 256 ~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 286 (512)
..++...|++.++++++..++.+++.||++.
T Consensus 438 ~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 438 HFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 3567788899999999988888888887654
No 14
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.27 E-value=6.6e-12 Score=122.21 Aligned_cols=170 Identities=10% Similarity=-0.020 Sum_probs=120.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhhcCCccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHhH
Q 010343 325 ALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGFL 404 (512)
Q Consensus 325 ~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 404 (512)
.+.+..++.......+...+|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+|+|+....+. .....+.
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~--~~~~~~~- 79 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGM--SIFMLAT- 79 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHH--HHHHHHH-
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHH--HHHHHHH-
Confidence 44556666667777777888887665 8999999999999999999999999999999999998765321 1111111
Q ss_pred HHHHHHHhhccCChhHHHHHHHHHHhhhhhhhhchhhhhh-hhhcCcchhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHhhhheeecCcc
Q 010343 405 GPAFFLTQLSHVDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNH-QDIAPRYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQHGSW 483 (512)
Q Consensus 405 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~ig~~l~g~l~~~~g~ 483 (512)
......++.+.......+.+...+...+....+. +..++++|++++++.+....+|..++|.+++++.++.||
T Consensus 80 ------~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~ 153 (375)
T 2gfp_A 80 ------LVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNW 153 (375)
T ss_dssp ------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHH
T ss_pred ------HHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccH
Confidence 1111123344444443333333444444544544 444568999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 010343 484 DDVFKVSVGLYLVGTAVWNLF 504 (512)
Q Consensus 484 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 504 (512)
+..|.+.+++.++..++....
T Consensus 154 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 174 (375)
T 2gfp_A 154 RACYLFLLVLCAGVTFSMARW 174 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999998888777665533333
No 15
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=70.88 E-value=75 Score=30.34 Aligned_cols=36 Identities=8% Similarity=-0.034 Sum_probs=19.0
Q ss_pred hchhhHHHHHHhcccCCcchhHHHHHHHHhhhhHHH
Q 010343 209 GVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSV 244 (512)
Q Consensus 209 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ 244 (512)
+.............+..+++.+...+.+....+-.+
T Consensus 139 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i 174 (460)
T 3mkt_A 139 AVPAYLLFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLLLNI 174 (460)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 333344445556666566666655555555444433
No 16
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=61.74 E-value=1.2e+02 Score=29.58 Aligned_cols=52 Identities=13% Similarity=0.031 Sum_probs=27.8
Q ss_pred cCCcch-hHHHHHHHHhhhhHHHHHHh-HHHHHhcccCchhHHHHHHHHHHHHH
Q 010343 223 VPVAER-SRSLALVYSGMYLGSVTGLA-FSPFLIHRFGWPSVFYSFGSLGTVWF 274 (512)
Q Consensus 223 ~~~~~r-~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~ 274 (512)
.|+++| .....+.....+....++.. +++.+....++.+.++...+-.++..
T Consensus 20 vp~~~R~~~~~~~~~~W~g~~~~i~~~~~Ga~~~~GLs~~~a~lai~lG~li~~ 73 (501)
T 2jln_A 20 TRYAERSVGPFSLAAIWFAMAIQVAIFIAAGQMTSSFQVWQVIVAIAAGCTIAV 73 (501)
T ss_dssp CCGGGCCBCHHHHHHHHHHHHCSTHHHHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhhCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcCHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 456666 55666665555555555555 34444444556666655444444433
No 17
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=46.61 E-value=10 Score=18.84 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.278 Sum_probs=11.5
Q ss_pred hhhHhHhhcCChHH
Q 010343 158 AGGIWADTVGGKAV 171 (512)
Q Consensus 158 ~~g~l~dr~g~r~~ 171 (512)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999864
No 18
>3hd6_A Ammonium transporter RH type C; ammonia, channel, rhesus, glycoprotein, membran structural genomics, PSI-2, protein structure initiative; HET: BOG; 2.10A {Homo sapiens}
Probab=31.63 E-value=3.7e+02 Score=26.09 Aligned_cols=30 Identities=10% Similarity=0.072 Sum_probs=19.3
Q ss_pred cccCCcchhHHHHHHHHhhhhHHHHHHhHH
Q 010343 221 KWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFS 250 (512)
Q Consensus 221 ~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 250 (512)
+...-++---+.++....+.+|.++.++.+
T Consensus 335 ~kl~iDD~lgv~~vHGv~Gi~G~l~~glfa 364 (490)
T 3hd6_A 335 SRLHIQDTCGINNLHGIPGIIGGIVGAVTA 364 (490)
T ss_dssp HHHCCCCTTCHHHHTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHCCCCccccchHHhhHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 444445555677777777777777666544
No 19
>2ks1_B Epidermal growth factor receptor; ERBB1, ERBB2, transmembrane, heterodimer, complex, tyrosine receptor, bicelles, transferase; NMR {Homo sapiens}
Probab=26.03 E-value=1.1e+02 Score=18.50 Aligned_cols=14 Identities=7% Similarity=-0.005 Sum_probs=5.9
Q ss_pred HHHHHHHHhcCCcc
Q 010343 496 VGTAVWNLFSTGEK 509 (512)
Q Consensus 496 ~~~~~~~~~~~~~~ 509 (512)
++.+.+++++++++
T Consensus 27 i~~~~~~~~RRr~~ 40 (44)
T 2ks1_B 27 VALGIGLFMRRRHI 40 (44)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTTC
T ss_pred HHHHHHHHhhhhHh
Confidence 33334444444433
No 20
>2l2t_A Receptor tyrosine-protein kinase ERBB-4; transmembrane dimer, membrane domain, membrane protei; NMR {Homo sapiens}
Probab=23.56 E-value=1.3e+02 Score=18.15 Aligned_cols=11 Identities=0% Similarity=-0.227 Sum_probs=4.5
Q ss_pred HHHHHHhcCCc
Q 010343 498 TAVWNLFSTGE 508 (512)
Q Consensus 498 ~~~~~~~~~~~ 508 (512)
...++++++++
T Consensus 28 ~~~~~~~RRRr 38 (44)
T 2l2t_A 28 LTFAVYVRRKS 38 (44)
T ss_dssp HHHHHHHHTTC
T ss_pred HHHHHHhhhhh
Confidence 33344444443
No 21
>3brd_D Protein LIN-12; protein-DNA complex, signaling, transcription, notch; HET: DNA; 2.21A {Caenorhabditis elegans}
Probab=21.42 E-value=31 Score=18.12 Aligned_cols=16 Identities=13% Similarity=0.245 Sum_probs=13.0
Q ss_pred CCccccccCCCCCCcc
Q 010343 2 SARALFYSPILQSPPY 17 (512)
Q Consensus 2 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 17 (512)
.||+||-.|-=+||+-
T Consensus 7 RKRr~i~A~vW~PPME 22 (29)
T 3brd_D 7 RKRRMINASVWMPPME 22 (29)
T ss_pred hhheeecccccCCCcc
Confidence 3789998888888876
Done!