Query 011056
Match_columns 494
No_of_seqs 455 out of 1442
Neff 11.1
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 19:53:34 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/011056.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/011056hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 7.3E-30 2.5E-34 248.4 35.0 386 28-477 23-428 (438)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 6.4E-32 2.2E-36 263.9 19.5 383 37-481 34-433 (451)
3 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 4.3E-27 1.5E-31 232.3 28.6 401 32-486 14-476 (491)
4 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 1.7E-27 5.8E-32 229.5 16.9 390 31-487 7-405 (417)
5 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.9 6.2E-26 2.1E-30 223.9 25.6 391 49-489 30-470 (491)
6 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.9 9E-27 3.1E-31 221.6 17.7 343 37-457 6-354 (375)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 4.3E-22 1.5E-26 198.1 18.3 398 41-485 22-506 (524)
8 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 1.2E-12 3.9E-17 128.9 18.0 181 274-483 13-198 (491)
9 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 1.1E-12 3.9E-17 127.3 17.7 141 325-485 66-210 (451)
10 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.4 3.3E-12 1.1E-16 120.8 15.8 142 325-487 39-180 (375)
11 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 1.1E-11 3.8E-16 119.8 19.7 115 325-455 65-180 (438)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 1E-11 3.4E-16 123.2 18.2 177 274-481 12-198 (524)
13 2cfq_A Lactose permease; trans 98.9 4.7E-10 1.6E-14 107.6 4.3 177 269-477 4-183 (417)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 98.9 3.9E-08 1.3E-12 96.4 17.3 126 328-456 62-189 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 52.2 10 0.00035 18.1 1.8 14 340-353 2-15 (26)
No 1
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=7.3e-30 Score=248.36 Aligned_cols=386 Identities=12% Similarity=0.029 Sum_probs=256.8
Q ss_pred CCHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhCCCchhHHHHHHHHHHHhhhhccccceecccccCCCCCcchhHHHH
Q 011056 28 VPLRKLLKVASVAGGIQFGWALQLSLLTPYVQELGIPHAWASIIWLCGPVSGLFVQPLVGHFSDRCTSRFGRRRPFIVCG 107 (494)
Q Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~D~~~~r~Grr~~~l~~~ 107 (494)
.+++.++.++...+...+......+.+|.+.+++|+|..+.|++.+++.++..+++++.|+++| |+||||.++. +
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~d----r~g~r~~l~~-~ 97 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMK----KLSYKAGIIT-G 97 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHH----HSCHHHHHHH-H
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHH----HhcchHHHHH-H
Confidence 3445555555566666666677778899999999999999999999999999999999999999 9999887766 6
Q ss_pred HHHHHHHHHHH---hhccccccccCCCCCCcchHHHHHHHHHHhhccccccccc---cccchhhHHhHHHHHHHHHHHHH
Q 011056 108 AISIAVAVLLI---GLSADIGWLLGDRGDFRPRAIAVFVFGFWILDVANNMTQG---KDHRRTRVANAYFSLFMAVGNIL 181 (494)
Q Consensus 108 ~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~r~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 181 (494)
.+..+++.++. .++++++. ......+.+++.+........... ++++|++ +.++.....++|..+
T Consensus 98 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~-~~~~~~~~~~~g~~~ 168 (438)
T 3o7q_A 98 LFLYALGAALFWPAAEIMNYTL--------FLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHF-RLNLAQTFNSFGAII 168 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHH-HHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccccccHHH--------HHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHH-HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 66667777777 67777622 122333444444443333333333 6677776 899999999999999
Q ss_pred Hhhhcccccccccchhhh------------cccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-cccCCCCCCCCCCCCCCc
Q 011056 182 GYATGSFSGWFKILPFTL------------TSACNVDCANLKSAFFLDVIFIAITTCISAS-AAHEVPLGSHDQSAPFSE 248 (494)
Q Consensus 182 g~~~g~~~~~~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~e~~~~~~~~~~~~~~ 248 (494)
++.+++.+... ..+... .........+||+.|++.+.+.++..++.++ ..||++++++++
T Consensus 169 g~~~~~~l~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~------ 241 (438)
T 3o7q_A 169 AVVFGQSLILS-NVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSD------ 241 (438)
T ss_dssp HHHHTTHHHHT-SSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCC------
T ss_pred HHHHHHHHHhc-ccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccc------
Confidence 99998763100 000000 0000000012899997777665555444333 234433221111
Q ss_pred cccccchhhhhhHHHHHHHHhhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhh-hhhhhcCCCCCCCccccccchhhHHHH
Q 011056 249 EGHEQSSDVHEAFLWELFGTFRYFSGTIWIILIVTALTWLGWFPFLLFDTDW-MGREIYGGEPNEGQNYATGVRMGALGL 327 (494)
Q Consensus 249 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 327 (494)
++ ++...++.++.+++ |.++..++..++..........+.+.| +. +.++.+. .......
T Consensus 242 ---~~----~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~----------~~~~~~~ 301 (438)
T 3o7q_A 242 ---AK----QGSFSASLSRLARI--RHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVE-EIPGMTA----------GFAANYL 301 (438)
T ss_dssp ---SS----TTSHHHHHHHHTTC--SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HSTTCCH----------HHHHHHH
T ss_pred ---cc----ccchhhhHHHHHhC--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-ccCCcch----------hHHHHHH
Confidence 00 11122344556666 778888777777777777777888888 54 3333222 1222334
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHHHhhHhhh
Q 011056 328 MLNSVVLGITSVLMEKLCRKWGAGFIWGISNILMALCFLAMLILYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTILGGPLAI 407 (494)
Q Consensus 328 ~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 407 (494)
....++.+++.++.+++.||+|||+.+..+.++.++++++..+.. +. ...+...+.+++.+.
T Consensus 302 ~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------~~-~~~~~~~~~g~~~~~ 363 (438)
T 3o7q_A 302 TGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAG-----------------GH-VGLIALTLCSAFMSI 363 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----------------HH-HHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC-----------------Cc-HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 456777889999999999999999999888888877776655541 22 234455777888888
Q ss_pred hhhchhhhHhhhcccCCCCcchhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCCCcchHHHHHHHHHHHHHH
Q 011056 408 TYSVPYALVSIRTESLGLGQGLSLGVLNLAIVIPQIVVSMGSGPWDQLFGGGNSPAFAVGGISALAGGLI 477 (494)
Q Consensus 408 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~l~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~ 477 (494)
..+..+++..|..|+ + ++.+.++.. ...++..++|.+.|.+.|..| ++...|.+.+++.++..++
T Consensus 364 ~~~~~~~~~~~~~~~--~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
T 3o7q_A 364 QYPTIFSLGIKNLGQ--D-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAG-NIPTAELIPALCFAVIFIF 428 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHSSCGG--G-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHT-SSGGGGHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhccc--c-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-chHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888888998999886 4 778888766 677999999999999999876 3555666655554444433
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.98 E-value=6.4e-32 Score=263.90 Aligned_cols=383 Identities=12% Similarity=0.047 Sum_probs=264.0
Q ss_pred HHhhhHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhCCCchhHHHHHHHHHHHhhhhccccceecccccCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHH
Q 011056 37 ASVAGGIQFGWALQLSLLTPYVQELGIPHAWASIIWLCGPVSGLFVQPLVGHFSDRCTSRFGRRRPFIVCGAISIAVAVL 116 (494)
Q Consensus 37 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~D~~~~r~Grr~~~l~~~~~~~~~~~~ 116 (494)
....+...+......+.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.++..+++++.|+++| |+||||.+++ +.++.+++.+
T Consensus 34 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~d----r~g~r~~l~~-~~~~~~~~~~ 107 (451)
T 1pw4_A 34 FFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSD----RSNPRVFLPA-GLILAAAVML 107 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HSCHHHHHHH-HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHH----hcCchHHHHH-HHHHHHHHHH
Confidence 3333444444455566788888999 99999999999999999999999999999 9999886655 7777777888
Q ss_pred HHhh----ccccccccCCCCCCcchHHHHHHHHHHhhccccccccc---cccchhhHHhHHHHHHHHHHHHHHhhhcccc
Q 011056 117 LIGL----SADIGWLLGDRGDFRPRAIAVFVFGFWILDVANNMTQG---KDHRRTRVANAYFSLFMAVGNILGYATGSFS 189 (494)
Q Consensus 117 ~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~r~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~g~~~ 189 (494)
+.++ ++++. .......+.+++.+........... ++++|++ +.++.....++|..+|+.+++.+
T Consensus 108 ~~~~~~~~~~~~~--------~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~-~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 178 (451)
T 1pw4_A 108 FMGFVPWATSSIA--------VMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGG-IVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLG 178 (451)
T ss_dssp HHHHCHHHHSSSS--------HHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHH-HHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHH
T ss_pred HHHhhhhccccHH--------HHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8878 77772 2222333344444433333333322 6677777 99999999999999999998752
Q ss_pred cccccchhhhcccccccccc-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCCCCCCCCCCccc---cccchhhhhhHHHH-
Q 011056 190 GWFKILPFTLTSACNVDCAN-LKSAFFLDVIFIAITTCISASAAHEVPLGSHDQSAPFSEEG---HEQSSDVHEAFLWE- 264 (494)
Q Consensus 190 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~- 264 (494)
... .+ ||+.|++.+++.++..++.++.+||+|++...+.+++.+++ +.+++++++...++
T Consensus 179 -----~~~----------~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 243 (451)
T 1pw4_A 179 -----MAW----------FNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQI 243 (451)
T ss_dssp -----HHH----------TCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHH
T ss_pred -----HHH----------hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccc
Confidence 111 15 99999998888777777777778887765332211111000 00000001111112
Q ss_pred -HHHHhhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhhhhhhcCCCCCCCccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011056 265 -LFGTFRYFSGTIWIILIVTALTWLGWFPFLLFDTDWMGREIYGGEPNEGQNYATGVRMGALGLMLNSVVLGITSVLMEK 343 (494)
Q Consensus 265 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~ 343 (494)
..+.+++ +.++..++..++..........+.+.++.+ .++.++ ...........++.+++.++.++
T Consensus 244 ~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 310 (451)
T 1pw4_A 244 FMQYVLPN--KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKE-VKHFAL----------DKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGW 310 (451)
T ss_dssp HHHHTSSC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTT-BSCCCH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHcC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hcCCCH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2344555 788888888888877777777888887753 222211 12223345567788999999999
Q ss_pred HHhhh--cchHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhchhhhHhhhc
Q 011056 344 LCRKW--GAGFIWGISNILMA-LCFLAMLILYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTILGGPLAITYSVPYALVSIRT 420 (494)
Q Consensus 344 l~dr~--g~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 420 (494)
+.||+ |+|+.+..+..+.. ++++++.+. +. .+.+...+...+.|++.+...+....++.|.+
T Consensus 311 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------------~~-~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 375 (451)
T 1pw4_A 311 MSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMN--------------PA-GNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELA 375 (451)
T ss_dssp HHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSC--------------CT-TCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--------------cc-cCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999 99998877766655 444443332 11 13555666777788888887778889999999
Q ss_pred ccCCCCcchhhhHHHHHHHH-HHHHHhhhhhhhhhhcCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 011056 421 ESLGLGQGLSLGVLNLAIVI-PQIVVSMGSGPWDQLFGGGNSPAFAVGGISALAGGLIAILA 481 (494)
Q Consensus 421 ~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~l~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~ 481 (494)
|+ +++|+++|+.+....+ |..++|.+.|.+.+..| +...|.+.+++.+++.++.++.
T Consensus 376 ~~--~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 376 PK--KAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFG--WDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp CT--THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC--SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ch--hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC--cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 98 8999999999999999 99999999999999876 6777887777777776665554
No 3
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.96 E-value=4.3e-27 Score=232.26 Aligned_cols=401 Identities=13% Similarity=0.058 Sum_probs=238.0
Q ss_pred HHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHhHHHHH-HH-----hCCCchhHHHHHHHHHHHhhhhccccceecccccCC-CCCcchhH
Q 011056 32 KLLKVASVAGGIQFGWALQLSLLTPYV-QE-----LGIPHAWASIIWLCGPVSGLFVQPLVGHFSDRCTSR-FGRRRPFI 104 (494)
Q Consensus 32 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~-~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~D~~~~r-~Grr~~~l 104 (494)
..+......+...+.+......++.+. ++ +|.|..+.+++.+++.++..+++++.|+++| | +||||.++
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d----r~~g~r~~~~ 89 (491)
T 4aps_A 14 GLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVAD----RIIGARPAVF 89 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HTSCHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----ccccchHHHH
Confidence 444444444554455555555666665 44 8999999999999999999999999999999 9 89988776
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhccccccccCCCCCCcchHHHHHHHHHHhhccccccccc---cccc--hhhHHhHHHHHHHHHHH
Q 011056 105 VCGAISIAVAVLLIGLSADIGWLLGDRGDFRPRAIAVFVFGFWILDVANNMTQG---KDHR--RTRVANAYFSLFMAVGN 179 (494)
Q Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~--r~~~~~~~~~~~~~~g~ 179 (494)
. +.++..++.+++++++++. .......+.+++.+........... ++++ |+. +.+..+...++|.
T Consensus 90 ~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~-~~~~~~~~~~~g~ 159 (491)
T 4aps_A 90 W-GGVLIMLGHIVLALPFGAS--------ALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDA-GFSIFVFGINLGA 159 (491)
T ss_dssp H-HHHHHHHHHHHHHSCCSTT--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHH-HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred H-HHHHHHHHHHHHHHhhhHH--------HHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCccccccee-eehHHHHHHHHHH
Confidence 6 6677777888888888772 2223333344444433333333322 4444 444 7788889999999
Q ss_pred HHHhhhcccccccccchhhhcccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCCCCCCCCCCccccccchhhhh
Q 011056 180 ILGYATGSFSGWFKILPFTLTSACNVDCANLKSAFFLDVIFIAITTCISASAAHEVPLGSHDQSAPFSEEGHEQSSDVHE 259 (494)
Q Consensus 180 ~~g~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 259 (494)
.+++.+++.+ ... .+||+.|++.++..++..++.++..|+..+++.++.+.+. ++++.++..+.
T Consensus 160 ~~~~~~~~~l-----~~~----------~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~ 223 (491)
T 4aps_A 160 FIAPLIVGAA-----QEA----------AGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPL-APEEVKPLLVK 223 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHH-----HHH----------SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCC-SHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHH-----Hhh----------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCcc-ccchhHHHHHH
Confidence 9999998763 111 1799999998776666555544433332221111110000 00000000000
Q ss_pred ------------------------h-------------------HHHHHHH--HhhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011056 260 ------------------------A-------------------FLWELFG--TFRYFSGTIWIILIVTALTWLGWFPFL 294 (494)
Q Consensus 260 ------------------------~-------------------~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 294 (494)
. ..++... ..++.....+...+..++.+..+....
T Consensus 224 ~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 303 (491)
T 4aps_A 224 VSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGS 303 (491)
T ss_dssp CCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc
Confidence 0 0000000 000000112333333344444444444
Q ss_pred hhchhhhhhhhcCCCCCCCccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchHHHH-----HHHHHHHHHHHHHH
Q 011056 295 LFDTDWMGREIYGGEPNEGQNYATGVRMGALGLMLNSVVLGITSVLMEKLCRKWGAGFIWG-----ISNILMALCFLAML 369 (494)
Q Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~g~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~ 369 (494)
.+.+.+.. +.++.+... .+ .......+..+++.++.+++.||+|||+... .+..+.+++++++.
T Consensus 304 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~---------~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 372 (491)
T 4aps_A 304 VVLATFAA-ERVDSSWFP---------VS-WFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMA 372 (491)
T ss_dssp THHHHHHH-HSCCCSSSC---------SG-GGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTH
T ss_pred HHHHHHHH-HHhccCccC---------HH-HHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 44555554 323322111 11 1123345667778888999999999886544 66667777766665
Q ss_pred HHHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhchhhhHhhhcccCCCCcchhhhHHHHHHHHHHHHHhhhh
Q 011056 370 ILYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTILGGPLAITYSVPYALVSIRTESLGLGQGLSLGVLNLAIVIPQIVVSMGS 449 (494)
Q Consensus 370 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~l~~~~~ 449 (494)
.......+ +...+.+...+...+.|++.+...+..+.++.|..|+ +.+|++.|+.+....+|..+++.+.
T Consensus 373 ~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~--~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~ 442 (491)
T 4aps_A 373 IPGALYGT--------SGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPK--AFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLV 442 (491)
T ss_dssp HHHHHCCC--------CTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTT--TCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHG
T ss_pred HHHHhcCC--------CCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 54211000 0111345566777888898888888889999999999 8999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhcCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCC
Q 011056 450 GPWDQLFGGGNSPAFAVGGISALAGGLIAILAIPRSS 486 (494)
Q Consensus 450 g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~ 486 (494)
+.+.+. + +...|...+++++++.++.++..++.+
T Consensus 443 ~~~~~~-~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (491)
T 4aps_A 443 TLYNAK-S--EVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQ 476 (491)
T ss_dssp GGGGGS-S--TTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-----
T ss_pred HHHhcc-c--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 988764 2 556677777777777766666555443
No 4
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.95 E-value=1.7e-27 Score=229.54 Aligned_cols=390 Identities=13% Similarity=0.093 Sum_probs=225.6
Q ss_pred HHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHhHHHHHH-HhCCCchhHHHHHHHHHHHhhhhccccceecccccCCCCCcchhHHHHHH
Q 011056 31 RKLLKVASVAGGIQFGWALQLSLLTPYVQ-ELGIPHAWASIIWLCGPVSGLFVQPLVGHFSDRCTSRFGRRRPFIVCGAI 109 (494)
Q Consensus 31 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~-~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~D~~~~r~Grr~~~l~~~~~ 109 (494)
++.+......+...+.+....+++|.+.+ ++|+|+.+.|++.+++.++..+++|++|+++| |+||||+++....+
T Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsD----r~Grr~~l~~~~~~ 82 (417)
T 2cfq_A 7 TNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSD----KLGLRKYLLWIITG 82 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT----TSTTCCHHHHHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HhcchHHHHHHHHH
Confidence 34444444444444455666678888775 58999999999999999999999999999999 99999988764433
Q ss_pred HHHH--HHHHHhhccccccccCCCCCCcchHHHHHHHHHHhhcccccc-ccc--cc--cchhhHHhHHHHHHHHHHHHHH
Q 011056 110 SIAV--AVLLIGLSADIGWLLGDRGDFRPRAIAVFVFGFWILDVANNM-TQG--KD--HRRTRVANAYFSLFMAVGNILG 182 (494)
Q Consensus 110 ~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~--~~--~~r~~~~~~~~~~~~~~g~~~g 182 (494)
..+. ......+.+... ........+.+...+........ ... ++ ++++. ..+......++|..++
T Consensus 83 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~~~~~~~~g~~~~ 154 (417)
T 2cfq_A 83 MLVMFAPFFIFIFGPLLQ-------YNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNF-EFGRARMFGCVGWALG 154 (417)
T ss_dssp TTSCHHHHHHHTHHHHHH-------TTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTC-CHHHHSSSTTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhccc-chHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2211 111111211110 00001111111111111001111 111 22 22222 4556656677888888
Q ss_pred hhhcccccccccchhhhcccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCCCCCCCCCCccccccchhhhhhHH
Q 011056 183 YATGSFSGWFKILPFTLTSACNVDCANLKSAFFLDVIFIAITTCISASAAHEVPLGSHDQSAPFSEEGHEQSSDVHEAFL 262 (494)
Q Consensus 183 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 262 (494)
+.+++.+ .. .+|++.|++.++..++..+..++..||+++..+++ + ++ ++++ ++...
T Consensus 155 ~~l~~~l-----~~-----------~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~~--~~~~----~~~~~ 210 (417)
T 2cfq_A 155 ASIVGIM-----FT-----------INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVA-N-AV--GANH----SAFSL 210 (417)
T ss_dssp HHHHHHH-----HH-----------HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSS-S-SS--SSCC----CCCCH
T ss_pred HHHHHHH-----HH-----------hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccccccc-c-cc--cccc----ccccH
Confidence 8887652 11 15788888766554433333333333432211100 0 00 0000 11123
Q ss_pred HHHHHHhhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhhhhhhcCCCCCCCccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011056 263 WELFGTFRYFSGTIWIILIVTALTWLGWFPFLLFDTDWMGREIYGGEPNEGQNYATGVRMGALGLMLNSVVLGITSVLME 342 (494)
Q Consensus 263 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g 342 (494)
++.++.+++ |+++..++..+.....+..+....+.|+. +.++.. +.+.....+......+..+++.++.+
T Consensus 211 ~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~-------~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g 280 (417)
T 2cfq_A 211 KLALELFRQ--PKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFT-SFFATG-------EQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAP 280 (417)
T ss_dssp HHHHHHTTC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HTSSSH-------HHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhcC--CchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhcc-------CCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344556666 77766655544433333333333455553 222110 00111112223445566788899999
Q ss_pred HHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhchhhhHhhhccc
Q 011056 343 KLCRKWGAGFIWGISNILMALCFLAMLILYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTILGGPLAITYSVPYALVSIRTES 422 (494)
Q Consensus 343 ~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 422 (494)
++.||+|||+++..+..+.+++++.+.+. + +.+..++...+.+++.+...+..+.++.|..|+
T Consensus 281 ~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~--------------~---~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~ 343 (417)
T 2cfq_A 281 LIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA--------------T---SALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEV 343 (417)
T ss_dssp HHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC--------------C---SHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCH
T ss_pred HHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--------------c---cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCH
Confidence 99999999999888777776665544332 1 244455555556666666666667899999998
Q ss_pred CCCCcchhhhH-HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCC
Q 011056 423 LGLGQGLSLGV-LNLAIVIPQIVVSMGSGPWDQLFGGGNSPAFAVGGISALAGGLIAILAIPRSSA 487 (494)
Q Consensus 423 ~~~~~g~~~g~-~~~~~~~g~~l~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~ 487 (494)
+.+|++++. .+....+|+.++|.+.|.+.+..| +...|.+.+++.+++.++.+...||+++
T Consensus 344 --~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g--~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 344 --RFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIG--FQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp --HHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred --HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcC--cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 899999998 488889999999999999998766 5667888888888887776665665544
No 5
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.95 E-value=6.2e-26 Score=223.94 Aligned_cols=391 Identities=15% Similarity=0.095 Sum_probs=228.4
Q ss_pred HHHHhHHHHHHHhCC--------CchhHHHHHHHHHHHhhhhccccceecccccCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011056 49 LQLSLLTPYVQELGI--------PHAWASIIWLCGPVSGLFVQPLVGHFSDRCTSRFGRRRPFIVCGAISIAVAVLLIGL 120 (494)
Q Consensus 49 ~~~~~l~~~~~~~g~--------s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~D~~~~r~Grr~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 120 (494)
..+..++.+.++++. ++.+.|++.+++.++..++++++|+++| |+|||+.+++ +.++..++.++.++
T Consensus 30 ~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laD----r~GRk~~l~~-~~~l~~i~~i~~a~ 104 (491)
T 4gc0_A 30 VISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSN----RFGRRDSLKI-AAVLFFISGVGSAW 104 (491)
T ss_dssp GGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHH----HTCHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HhcCHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHH
Confidence 334456666666532 2456789999999999999999999999 9999987776 66666667776664
Q ss_pred ------------------ccccccccCCCCCCcchHHHHHHHHHHhhccccccccc---cccchhhHHhHHHHHHHHHHH
Q 011056 121 ------------------SADIGWLLGDRGDFRPRAIAVFVFGFWILDVANNMTQG---KDHRRTRVANAYFSLFMAVGN 179 (494)
Q Consensus 121 ------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~r~~~~~~~~~~~~~~g~ 179 (494)
++|+. .....+.+.+++.+........... ++++|++ ..+....+..+|.
T Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~--------~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~-~~~~~~~~~~~g~ 175 (491)
T 4gc0_A 105 PELGFTSINPDNTVPVYLAGYVP--------EFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGK-LVSFNQFAIIFGQ 175 (491)
T ss_dssp TTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHH-HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhh-hHHhhhhhhhhhh
Confidence 33331 1122334444444433222222222 7777776 8888889999998
Q ss_pred HHHhhhcccccccccchhhhcccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCCCCCCCCCCcccccc------
Q 011056 180 ILGYATGSFSGWFKILPFTLTSACNVDCANLKSAFFLDVIFIAITTCISASAAHEVPLGSHDQSAPFSEEGHEQ------ 253 (494)
Q Consensus 180 ~~g~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------ 253 (494)
.+++.++...... .++ ......+||+.+.+..+..++ .++..+..||+|++...+++.++..+..+
T Consensus 176 ~~~~~~~~~~~~~--~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~ 247 (491)
T 4gc0_A 176 LLVYCVNYFIARS--GDA-----SWLNTDGWRYMFASECIPALL-FLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNT 247 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTT--SCT-----TTTTTTHHHHHHHTTHHHHHH-HHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhcchhhccc--ccc-----ccccchhhHHHhhhhhhhhhh-hhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCc
Confidence 8888776542100 000 001112566666655544443 34456778999875433322211100000
Q ss_pred ----chhhhhhHHHHHH-----HHhhhchHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhhchhhhhhhhcCCCCCCCccccccchhh
Q 011056 254 ----SSDVHEAFLWELF-----GTFRYFSGTIWIILIVTALTW-LGWFPFLLFDTDWMGREIYGGEPNEGQNYATGVRMG 323 (494)
Q Consensus 254 ----~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 323 (494)
+..+.+....+.. ....+ .++.........+.+ .+...+..|.+.... .. +.+ . ...
T Consensus 248 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~-~~~--------~--~~~ 314 (491)
T 4gc0_A 248 LATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFG-VGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFK-TL-GAS--------T--DIA 314 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSC-CTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHH-HS-SCC--------H--HHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHH-hc-CCC--------c--cch
Confidence 0000000000000 01111 123333333333333 333344444443332 21 110 0 111
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHHHhh
Q 011056 324 ALGLMLNSVVLGITSVLMEKLCRKWGAGFIWGISNILMALCFLAMLILYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTILGG 403 (494)
Q Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 403 (494)
.......++..+++.++.+++.||+|||+.++.+.....++++.+..... ... ..+..++...++..
T Consensus 315 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~------------~~~-~~~~~~~~~~~~~~ 381 (491)
T 4gc0_A 315 LLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFY------------TQA-PGIVALLSMLFYVA 381 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------TTC-CHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHh------------ccc-chHHHHHHHHHHHH
Confidence 12234456778889999999999999999999888888887777655431 111 12222333333333
Q ss_pred Hhhh-hhhchhhhHhhhcccCCCCcchhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhc----CCCCcchHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011056 404 PLAI-TYSVPYALVSIRTESLGLGQGLSLGVLNLAIVIPQIVVSMGSGPWDQLF----GGGNSPAFAVGGISALAGGLIA 478 (494)
Q Consensus 404 ~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~l~~~~~g~l~~~~----g~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~ 478 (494)
+++. ..++.+.+.+|.+|+ +.|+++.|+.+..+.++.++++.+.+.+.+.. ..+....|++.+++++++.++.
T Consensus 382 ~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt--~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~ 459 (491)
T 4gc0_A 382 AFAMSWGPVCWVLLSEIFPN--AIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFM 459 (491)
T ss_dssp HHHTTTTHHHHHHHHHSSCT--TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhHHHHHHHHHHHHhCCH--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3322 336778899999999 99999999999999999999999887765431 1114456778888888998888
Q ss_pred hhcccCCCCCC
Q 011056 479 ILAIPRSSAQK 489 (494)
Q Consensus 479 ~~~~~~~~~~~ 489 (494)
+++.||+|.+.
T Consensus 460 ~~~~PETkg~t 470 (491)
T 4gc0_A 460 WKFVPETKGKT 470 (491)
T ss_dssp HHHCCCCTTCC
T ss_pred HheecCCCCCC
Confidence 88899988653
No 6
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.94 E-value=9e-27 Score=221.62 Aligned_cols=343 Identities=14% Similarity=0.049 Sum_probs=233.3
Q ss_pred HHhhhHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhCCCchhHHHHHHHHHHHhhhhccccceecccccCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHH
Q 011056 37 ASVAGGIQFGWALQLSLLTPYVQELGIPHAWASIIWLCGPVSGLFVQPLVGHFSDRCTSRFGRRRPFIVCGAISIAVAVL 116 (494)
Q Consensus 37 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~D~~~~r~Grr~~~l~~~~~~~~~~~~ 116 (494)
....+...+......+.+|.+.+++|.|+.+.+++.+++.++..+++++.|+++| |+||||.++. +.+...++.+
T Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d----r~g~r~~~~~-~~~~~~~~~~ 80 (375)
T 2gfp_A 6 VLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISD----RVGRRPVILV-GMSIFMLATL 80 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHT----TSCCCCCCHH-HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HhCCchhHHH-HHHHHHHHHH
Confidence 3444444556667777889999999999999999999999999999999999999 9999998776 6666677777
Q ss_pred HHhhccccccccCCCCCCcchHHHHHHHHHHhhccccccccc---cccchhhHHhHHHHHHHHHHHHHHhhhcccccccc
Q 011056 117 LIGLSADIGWLLGDRGDFRPRAIAVFVFGFWILDVANNMTQG---KDHRRTRVANAYFSLFMAVGNILGYATGSFSGWFK 193 (494)
Q Consensus 117 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~r~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~g~~~~~~~ 193 (494)
...+++++..+ .....+.+++.+........... ++++|++ +.+.......+|..+++.+++.+.
T Consensus 81 ~~~~~~~~~~l--------~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~--- 148 (375)
T 2gfp_A 81 VAVTTSSLTVL--------IAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRH-ANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLD--- 148 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCS-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS---
T ss_pred HHHHhccHHHH--------HHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH---
Confidence 77777776211 12222233333322222222222 5677777 999999999999999999987631
Q ss_pred cchhhhcccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCCCCCCCCCCccccccchhhhhhHHHHHHHHhhhch
Q 011056 194 ILPFTLTSACNVDCANLKSAFFLDVIFIAITTCISASAAHEVPLGSHDQSAPFSEEGHEQSSDVHEAFLWELFGTFRYFS 273 (494)
Q Consensus 194 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 273 (494)
.. .+||+.|.+.++..++..+...+..||+++++++++ + .+. +.++.+++
T Consensus 149 --~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~-----~~~---~~~~~~~~-- 198 (375)
T 2gfp_A 149 --TM----------WNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPRT--------R-----LLT---SYKTLFGN-- 198 (375)
T ss_dssp --CH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCCC--------C-----TTT---CSTHHHHH--
T ss_pred --Hh----------ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcccc--------c-----HHH---HHHHHhcC--
Confidence 11 168999998887777666656667777654432210 0 011 11233445
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhhhhhhcCCCCCCCccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchHH
Q 011056 274 GTIWIILIVTALTWLGWFPFLLFDTDWMGREIYGGEPNEGQNYATGVRMGALGLMLNSVVLGITSVLMEKLCRKWGAGFI 353 (494)
Q Consensus 274 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~g~~~~ 353 (494)
|+++...+..++..........+.+.++.+.. + ++. ...........++.+++.++.+++.||.+++.
T Consensus 199 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-g--------~~~--~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~- 266 (375)
T 2gfp_A 199 SGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVL-G--------LSS--MTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM- 266 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHH-H--------HHH--HHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH-
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-C--------CCH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-
Confidence 77777777777777777777777887775422 1 111 11223344456778888999999999988732
Q ss_pred HHHHHHH-HHHHHH--HHHHHHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhchhhhHhhhcccCCCCcchh
Q 011056 354 WGISNIL-MALCFL--AMLILYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTILGGPLAITYSVPYALVSIRTESLGLGQGLS 430 (494)
Q Consensus 354 ~~~~~~~-~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 430 (494)
..+... ...+.. ...... .+ +.+...+...+.|++.+...+...++..|..| +++|++
T Consensus 267 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~------------~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p---~~~g~~ 327 (375)
T 2gfp_A 267 -WQSVICCLLAGLLMWIPDWFG---VM------------NVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP---FLAGTA 327 (375)
T ss_dssp -HHHHHHHHHTSSSSSHHHHHH---HH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH---HHHHHH
T ss_pred -HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc---cc------------cHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC---cccchH
Confidence 222222 222222 122211 00 34556667778889999888899999999987 578999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcC
Q 011056 431 LGVLNLAIVIPQIVVSMGSGPWDQLFG 457 (494)
Q Consensus 431 ~g~~~~~~~~g~~l~~~~~g~l~~~~g 457 (494)
.|+.+....+|..++|.+.|.+.+..+
T Consensus 328 ~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~ 354 (375)
T 2gfp_A 328 GALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQ 354 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc
Confidence 999999999999999999999987654
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.88 E-value=4.3e-22 Score=198.07 Aligned_cols=398 Identities=11% Similarity=0.068 Sum_probs=203.6
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhHHHHH-HHhC------CCchhHHHHHHHHHHHhhhhccccceecccccCCC-CCcchhHHHHHHHHH
Q 011056 41 GGIQFGWALQLSLLTPYV-QELG------IPHAWASIIWLCGPVSGLFVQPLVGHFSDRCTSRF-GRRRPFIVCGAISIA 112 (494)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~-~~~g------~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~D~~~~r~-Grr~~~l~~~~~~~~ 112 (494)
+...+.+....+.++.+. +++| .|..+.+++.+++.++..++.++.|+++| |+ ||||.++. +.+..+
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~d----r~~g~r~~~~~-~~~~~~ 96 (524)
T 2xut_A 22 ACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIAD----RFFGKYNTILW-LSLIYC 96 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHT----TSSCSHHHHHH-HHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HHhcchHHHHH-HHHHHH
Confidence 333344444445666655 6689 99999999999999999999999999999 99 99887766 666667
Q ss_pred HHHHHHhhcc-ccccccCCCCCCcchHHHHHHHHHHhhccccccccc---cccchhh--HHhHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Q 011056 113 VAVLLIGLSA-DIGWLLGDRGDFRPRAIAVFVFGFWILDVANNMTQG---KDHRRTR--VANAYFSLFMAVGNILGYATG 186 (494)
Q Consensus 113 ~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~r~~--~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~g 186 (494)
++.++..+++ +... ......+.+++.+........... ++++|++ ..+++.....++|..+|+.++
T Consensus 97 ~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 168 (524)
T 2xut_A 97 VGHAFLAIFEHSVQG--------FYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSM 168 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHTSSCHHH--------HHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHhcccHHH--------HHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7777777776 6521 112222333333332222222222 5556643 134448888999999999987
Q ss_pred ccccccccchhhhcccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCCCCCCCCCCCccc------cccc-hhhhh
Q 011056 187 SFSGWFKILPFTLTSACNVDCANLKSAFFLDVIFIAITTCISASAAHEVPLGSHDQSAPFSEEG------HEQS-SDVHE 259 (494)
Q Consensus 187 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~-~~~~~ 259 (494)
+.+ ... .+|++.|.+.++..++..++.++..++.++.++++++..+..+ .+++ +++..
T Consensus 169 ~~l-----~~~----------~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 233 (524)
T 2xut_A 169 PLL-----LKN----------FGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNI 233 (524)
T ss_dssp THH-----HHT----------SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHHHH
T ss_pred HHH-----hcc----------ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCcc
Confidence 752 111 1799999988877666555444333322211111100000000 0000 00000
Q ss_pred -----------------------------------------hHHHHHHH--------HhhhchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011056 260 -----------------------------------------AFLWELFG--------TFRYFSGTIWIILIVTALTWLGW 290 (494)
Q Consensus 260 -----------------------------------------~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 290 (494)
..+++..+ ..++ +++.+.............
T Consensus 234 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 312 (524)
T 2xut_A 234 GLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDG-VRSVLRILVLFALVTPFW 312 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTT-TTTHHHHHHHHTTSHHHH
T ss_pred chhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00000000 0011 122211111111100000
Q ss_pred HHHHhhchhhhhhhhcCCCCCCCccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----hhhcc----hHHHHHHHHHHH
Q 011056 291 FPFLLFDTDWMGREIYGGEPNEGQNYATGVRMGALGLMLNSVVLGITSVLMEKLC----RKWGA----GFIWGISNILMA 362 (494)
Q Consensus 291 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~----dr~g~----~~~~~~~~~~~~ 362 (494)
.....+.+.+.. ...+.+.. .+ ...+ .......+..++...+.+++. ||.|+ ++.+..+.++.+
T Consensus 313 ~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~---~~---~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 384 (524)
T 2xut_A 313 SLFDQKASTWIL-QANDMVKP---QW---FEPA-MMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITG 384 (524)
T ss_dssp TTTSSTTTHHHH-HHHHSCCC---SS---SCHH-HHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHH
T ss_pred HHHhccchhhHH-hHHhcCCC---ee---ecHH-HHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHH
Confidence 011111111111 11000000 00 0111 111112233344444444432 44432 345556666666
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhchhhhHhhhcccCCCCcchhhhHHHHHHHHHH
Q 011056 363 LCFLAMLILYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTILGGPLAITYSVPYALVSIRTESLGLGQGLSLGVLNLAIVIPQ 442 (494)
Q Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~ 442 (494)
++++++........+ +...+.+..++..++.|++.+...+..++++.|..|+ +.+|+++|+.+....+|+
T Consensus 385 ~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~--~~~g~~~g~~~~~~~~g~ 454 (524)
T 2xut_A 385 LSWIVVGTIQLMMDG--------GSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPK--AMKGTIMSFWTLSVTVGN 454 (524)
T ss_dssp HHHHTTTTTTTTTTT--------TCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCT--TCCTTTHHHHGGGHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcC--------CCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcH--HHHhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 666655443100000 0111345566778888999998888999999999998 999999999999999999
Q ss_pred HHHhhhhhhhhhhcCC--------CC-cchHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCC
Q 011056 443 IVVSMGSGPWDQLFGG--------GN-SPAFAVGGISALAGGLIAILAIPRS 485 (494)
Q Consensus 443 ~l~~~~~g~l~~~~g~--------~~-~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~ 485 (494)
.++|.+.|.+.+..+. +. ...|.+.+++.+++.++.++..++.
T Consensus 455 ~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 506 (524)
T 2xut_A 455 LWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFALYARSY 506 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------
T ss_pred HHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 9999999998874210 01 1125666666666666555544443
No 8
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.47 E-value=1.2e-12 Score=128.86 Aligned_cols=181 Identities=10% Similarity=0.058 Sum_probs=138.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhhhhhh----cCCCCCCCccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-h
Q 011056 274 GTIWIILIVTALTWLGWFPFLLFDTDWMGREI----YGGEPNEGQNYATGVRMGALGLMLNSVVLGITSVLMEKLCRK-W 348 (494)
Q Consensus 274 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr-~ 348 (494)
+.++..+...++...+++....+.+.|+.++. ++.+. ....+......++..+++++.|+++|| +
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~ 82 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITR----------ATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRII 82 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 56667777777777777777777788876441 22111 122244455678889999999999999 8
Q ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhchhhhHhhhcccCCCCcc
Q 011056 349 GAGFIWGISNILMALCFLAMLILYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTILGGPLAITYSVPYALVSIRTESLGLGQG 428 (494)
Q Consensus 349 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g 428 (494)
|||+++..+.++.+++.++..+.+ +.+.+++..++.|++.+...+...+++.|.+|++++.|+
T Consensus 83 g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~ 145 (491)
T 4aps_A 83 GARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPF-----------------GASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRD 145 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCC-----------------STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-----------------hHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccce
Confidence 999999999998888887766542 356677788889999999999999999999998333488
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHhhccc
Q 011056 429 LSLGVLNLAIVIPQIVVSMGSGPWDQLFGGGNSPAFAVGGISALAGGLIAILAIP 483 (494)
Q Consensus 429 ~~~g~~~~~~~~g~~l~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~ 483 (494)
.++++.+....+|..++|.+++.+.+..| +...|.+.++..+++.+..++..+
T Consensus 146 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g--~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (491)
T 4aps_A 146 AGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAG--YHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGK 198 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred eeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCc
Confidence 88999999999999999999999999876 667777777766666655544433
No 9
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.47 E-value=1.1e-12 Score=127.34 Aligned_cols=141 Identities=13% Similarity=0.052 Sum_probs=116.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHH
Q 011056 325 LGLMLNSVVLGITSVLMEKLCRKWGAGFIWGISNILMALCFLAMLI----LYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTI 400 (494)
Q Consensus 325 ~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 400 (494)
+......++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++..+ .. +.+.+++..++
T Consensus 66 ~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------~~~~l~~~~~l 128 (451)
T 1pw4_A 66 FALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATS-----------------SIAVMFVLLFL 128 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHS-----------------SSSHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccc-----------------cHHHHHHHHHH
Confidence 3345567788999999999999999999999999999999888877 42 35667778889
Q ss_pred HhhHhhhhhhchhhhHhhhcccCCCCcchhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011056 401 LGGPLAITYSVPYALVSIRTESLGLGQGLSLGVLNLAIVIPQIVVSMGSGPWDQLFGGGNSPAFAVGGISALAGGLIAIL 480 (494)
Q Consensus 401 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~l~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~ 480 (494)
.|++.+...+...+++.|.+|+ ++|++++|+.+....+|..++|.+++.+.+..| ++...|.+.+++.++..++.++
T Consensus 129 ~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g-~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 205 (451)
T 1pw4_A 129 CGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQ--KERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFN-DWHAALYMPAFCAILVALFAFA 205 (451)
T ss_dssp HHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTT--THHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTC-CSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhhhccchHHHHHHHHCCc--hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 9999999999999999999998 899999999999999999999999999888765 2566777777777766665555
Q ss_pred cccCC
Q 011056 481 AIPRS 485 (494)
Q Consensus 481 ~~~~~ 485 (494)
..||+
T Consensus 206 ~~~~~ 210 (451)
T 1pw4_A 206 MMRDT 210 (451)
T ss_dssp HCCCS
T ss_pred hccCC
Confidence 55543
No 10
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.41 E-value=3.3e-12 Score=120.84 Aligned_cols=142 Identities=9% Similarity=0.079 Sum_probs=118.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHHHhhH
Q 011056 325 LGLMLNSVVLGITSVLMEKLCRKWGAGFIWGISNILMALCFLAMLILYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTILGGP 404 (494)
Q Consensus 325 ~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 404 (494)
+......+...+++++.|++.||+|||+.+..+..+.+++.+...+.+ +.+.+++...+.|++
T Consensus 39 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------~~~~l~~~~~l~g~~ 101 (375)
T 2gfp_A 39 SVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTS-----------------SLTVLIAASAMQGMG 101 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------------HHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-----------------cHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 334556777889999999999999999999999999988888887764 567778888899999
Q ss_pred hhhhhhchhhhHhhhcccCCCCcchhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHhhcccC
Q 011056 405 LAITYSVPYALVSIRTESLGLGQGLSLGVLNLAIVIPQIVVSMGSGPWDQLFGGGNSPAFAVGGISALAGGLIAILAIPR 484 (494)
Q Consensus 405 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~l~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~ 484 (494)
.+...+...+++.|..|+ ++|++++++.+....+|..++|.+++.+.+..+ +...+.+.++..++..+...+..||
T Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 177 (375)
T 2gfp_A 102 TGVGGVMARTLPRDLYER--TQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWN--WRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPE 177 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHT--SSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCC
T ss_pred HHhhhhhHHHHHHHHCCH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhcc--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcc
Confidence 999999999999999998 899999999999999999999999999998766 5667777777666666545555565
Q ss_pred CCC
Q 011056 485 SSA 487 (494)
Q Consensus 485 ~~~ 487 (494)
+++
T Consensus 178 ~~~ 180 (375)
T 2gfp_A 178 TRP 180 (375)
T ss_dssp CST
T ss_pred cCC
Confidence 543
No 11
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.41 E-value=1.1e-11 Score=119.83 Aligned_cols=115 Identities=11% Similarity=-0.108 Sum_probs=98.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHHHhhH
Q 011056 325 LGLMLNSVVLGITSVLMEKLCRKWGAGFIWGISNILMALCFLAMLILYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTILGGP 404 (494)
Q Consensus 325 ~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 404 (494)
+......++..++.++.|++.||+|||+.+..+.++.+++.++...... . + +.+.+++..++.|++
T Consensus 65 ~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~--------~---~~~~l~~~~~l~G~~ 130 (438)
T 3o7q_A 65 LIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAE---I--------M---NYTLFLVGLFIIAAG 130 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---T--------T---CHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc---c--------c---cHHHHHHHHHHHHhh
Confidence 3345567778899999999999999999999999999888887733210 0 1 477788888999999
Q ss_pred hhhhhhchhhhHhhhcccCCCCcchhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhh-hh
Q 011056 405 LAITYSVPYALVSIRTESLGLGQGLSLGVLNLAIVIPQIVVSMGSGPWD-QL 455 (494)
Q Consensus 405 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~l~~~~~g~l~-~~ 455 (494)
.+...+...+++.|.+|+ ++|++++++.+....+|..++|.+++.+. +.
T Consensus 131 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 180 (438)
T 3o7q_A 131 LGCLETAANPFVTVLGPE--SSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSN 180 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSSCS--TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTS
T ss_pred HHHhhhhHHHHHHHHcCc--hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 999999999999999999 99999999999999999999999999998 44
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.39 E-value=1e-11 Score=123.21 Aligned_cols=177 Identities=10% Similarity=0.027 Sum_probs=132.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhhhhhhcC------CCCCCCccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011056 274 GTIWIILIVTALTWLGWFPFLLFDTDWMGREIYG------GEPNEGQNYATGVRMGALGLMLNSVVLGITSVLMEKLCRK 347 (494)
Q Consensus 274 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr 347 (494)
+.++.+.+..++...+++....+.+.|+.++ ++ .++. ...+......++..++.++.|+++||
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~-~~~~~~~~~s~~----------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr 80 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTA-LLLSIPEELRGA----------VAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADR 80 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-CSSCCSSSTTTT----------THHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTT
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hccccccccCHH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5566666777777777777777778777543 33 2221 12233445677788999999999999
Q ss_pred h-cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhchhhhHhhhcccCCCC
Q 011056 348 W-GAGFIWGISNILMALCFLAMLILYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTILGGPLAITYSVPYALVSIRTESLGLG 426 (494)
Q Consensus 348 ~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 426 (494)
+ |||+++..+.++.+++.++..+. +. +.+.+++..++.|++.+...+...+++.|.+|+ ++
T Consensus 81 ~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------------~~--~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~ 142 (524)
T 2xut_A 81 FFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIF--------------EH--SVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQ--SN 142 (524)
T ss_dssp SSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT--------------SS--CHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCST--TT
T ss_pred HhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--------------cc--cHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCc--cc
Confidence 9 99999999988888888776665 20 256677778888999999889999999999998 78
Q ss_pred cchhhhH---HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 011056 427 QGLSLGV---LNLAIVIPQIVVSMGSGPWDQLFGGGNSPAFAVGGISALAGGLIAILA 481 (494)
Q Consensus 427 ~g~~~g~---~~~~~~~g~~l~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~ 481 (494)
|++..+. .+....+|..++|.+.+.+.+..| +...|.+.+++.+++.+..++.
T Consensus 143 r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g--~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (524)
T 2xut_A 143 KSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFG--AAVAFGIPGVLMFVATVFFWLG 198 (524)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 8766655 889999999999999999988766 6667777777766665554443
No 13
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=98.92 E-value=4.7e-10 Score=107.58 Aligned_cols=177 Identities=13% Similarity=0.073 Sum_probs=104.5
Q ss_pred hhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhhhhhhcCCCCCCCccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 011056 269 FRYFSGTIWIILIVTALTWLGWFPFLLFDTDWMGREIYGGEPNEGQNYATGVRMGALGLMLNSVVLGITSVLMEKLCRKW 348 (494)
Q Consensus 269 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~ 348 (494)
+|+ |+++......++.+.++.....+.+.|+.++ ++.++.+ .+ +......++..+++++.|+++||+
T Consensus 4 ~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~-~g~s~~~---------~g-~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~ 70 (417)
T 2cfq_A 4 LKN--TNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDI-NHISKSD---------TG-IIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKL 70 (417)
T ss_dssp TSC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTT-TCCCTTT---------SH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred ccc--cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hCCCHHH---------HH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 455 7888877777777777777777888888543 3333322 22 334456778899999999999999
Q ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHhhhhccccCCCCCCCchHHHHHHHHHHHhhHhhhhhhchhhhHhhhcccCCC
Q 011056 349 GAGFIWGISNILMALCFLAM---LILYYVAIHMDYRGHDLPPNGIVIAALIIFTILGGPLAITYSVPYALVSIRTESLGL 425 (494)
Q Consensus 349 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 425 (494)
|||+++..+..+.++..... .+... ..........+.+++.+...+.......+..++..+
T Consensus 71 Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 134 (417)
T 2cfq_A 71 GLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPL----------------LQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSR 134 (417)
T ss_dssp TTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHH----------------HHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhh
Confidence 99999988777654422111 11100 000011122233333333332333333333332114
Q ss_pred CcchhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCCCcchHHHHHHHHHHHHHH
Q 011056 426 GQGLSLGVLNLAIVIPQIVVSMGSGPWDQLFGGGNSPAFAVGGISALAGGLI 477 (494)
Q Consensus 426 ~~g~~~g~~~~~~~~g~~l~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~ 477 (494)
+++..+|..+....+|..++|.+++.+.+. + +...|++.++..++..+.
T Consensus 135 ~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~~-~--~~~~f~~~~~~~~~~~~~ 183 (417)
T 2cfq_A 135 RSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFTI-N--NQFVFWLGSGCALILAVL 183 (417)
T ss_dssp HHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHHH-C--SHHHHTTTTTTTTTHHHH
T ss_pred hcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-c--hhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 567778887778889999999999998874 3 455566555544444333
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=98.90 E-value=3.9e-08 Score=96.40 Aligned_cols=126 Identities=13% Similarity=0.008 Sum_probs=95.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccCCCCC--CCchHHHHHHHHHHHhhHh
Q 011056 328 MLNSVVLGITSVLMEKLCRKWGAGFIWGISNILMALCFLAMLILYYVAIHMDYRGHDLP--PNGIVIAALIIFTILGGPL 405 (494)
Q Consensus 328 ~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 405 (494)
....++.++++++.|+++||+|||+.+.++.++..++.++..+.......... ....+ ...+.+.+++.-++.|++.
T Consensus 62 s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~ 140 (491)
T 4gc0_A 62 ASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINP-DNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGV 140 (491)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSS-SSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcc-hhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33567789999999999999999999999999988888876643100000000 00000 0125778888999999999
Q ss_pred hhhhhchhhhHhhhcccCCCCcchhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhc
Q 011056 406 AITYSVPYALVSIRTESLGLGQGLSLGVLNLAIVIPQIVVSMGSGPWDQLF 456 (494)
Q Consensus 406 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~l~~~~~g~l~~~~ 456 (494)
|...+....+++|..|+ ++||...++.+.....|..+++.+...+....
T Consensus 141 G~~~~~~~~~i~E~~p~--~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 189 (491)
T 4gc0_A 141 GLASMLSPMYIAELAPA--HIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSG 189 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCG--GGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhCCH--HhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhcccc
Confidence 99999999999999999 99999999999999999988888877665543
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=52.20 E-value=10 Score=18.08 Aligned_cols=14 Identities=43% Similarity=0.643 Sum_probs=11.0
Q ss_pred HHHHHHhhhcchHH
Q 011056 340 LMEKLCRKWGAGFI 353 (494)
Q Consensus 340 ~~g~l~dr~g~~~~ 353 (494)
+.|.+++|+||+.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 35889999999854
Done!