Query 011388
Match_columns 487
No_of_seqs 462 out of 1474
Neff 11.2
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 07:06:58 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/011388.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/011388hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.3E-48 7.8E-53 382.2 44.8 427 44-487 6-479 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.8E-39 6E-44 315.5 21.4 392 47-471 25-434 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.2E-37 7.6E-42 299.4 34.0 355 50-459 26-421 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 2.5E-32 8.4E-37 268.0 33.8 386 80-476 49-477 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 7.2E-34 2.5E-38 268.9 16.4 352 55-460 5-365 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 8.2E-31 2.8E-35 251.0 10.4 365 67-477 24-406 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 2.8E-28 9.6E-33 241.1 22.3 147 73-219 36-197 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 1.1E-13 3.6E-18 133.8 14.9 154 67-220 269-433 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 8.5E-13 2.9E-17 125.9 9.9 141 84-224 258-404 (417)
10 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.4 2E-12 6.8E-17 126.3 11.9 157 68-224 295-467 (491)
11 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 2.1E-11 7.3E-16 117.1 18.4 145 288-445 31-177 (438)
12 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 6.5E-12 2.2E-16 122.7 12.8 153 70-222 303-474 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 1.6E-11 5.6E-16 115.3 10.6 162 299-476 16-180 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 99.1 9.9E-10 3.4E-14 108.1 17.1 153 300-467 29-195 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 68.6 3 0.0001 19.7 1.6 14 104-117 2-15 (26)
16 3mkt_A Multi antimicrobial ext 42.4 2.1E+02 0.007 26.3 23.7 32 158-189 144-175 (460)
17 4dve_A Biotin transporter BIOY 26.2 1.2E+02 0.0043 24.4 5.6 25 91-115 99-123 (198)
18 3arc_T Photosystem II reaction 20.7 96 0.0033 16.4 2.5 12 214-225 17-28 (32)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2.3e-48 Score=382.19 Aligned_cols=427 Identities=30% Similarity=0.488 Sum_probs=346.0
Q ss_pred CcchhHHHHHHHhhhcccccccccccchhHHHHHhhcCC--------ChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchh
Q 011388 44 GSVSVVFCVLVVALGPIQFGFTCGYSSPTQAEIISDLKL--------TISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRK 115 (487)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--------s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~Grr 115 (487)
++++.+.+.++.+++.+..|+|.++++..+|.+.++++. +..+.|++.+++.+|..++++++|+++||+|||
T Consensus 6 ~~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk 85 (491)
T 4gc0_A 6 NSSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRR 85 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHH
T ss_pred ChHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCH
Confidence 345677788888999999999999999999999988743 345679999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhhhhhHHHHHHHHH------------------HhcChhHHHHHHHHHHHhhhhcchhHHHHHHhhCCcCccchhhH
Q 011388 116 GSLMIAAVPNIIGWLIIS------------------FSKDSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGS 177 (487)
Q Consensus 116 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~ 177 (487)
+++.++.+++.+++++++ +++|+++++++|+++|+|.|+..+....+++|+.|+++|++..+
T Consensus 86 ~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~ 165 (491)
T 4gc0_A 86 DSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVS 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHH
Confidence 999999999999999999 47899999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhh------------hhHHHHHhhhHHHHHHHhhhhccCCChHHHHhcCChHHHHHHHHHHhC
Q 011388 178 VNQLSVTIGIMLAYLLGLFV------------NWRVLAVLGVLPCTLLIPGLFFIPESPRWLAKMGMTEDFESSLQVLRG 245 (487)
Q Consensus 178 ~~~~~~~~g~~~~~~l~~~~------------~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 245 (487)
+.+.+..+|.++++.++... +||+.+.+..+..++.++..+++||||+|+..+++.+++.+.+++..+
T Consensus 166 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~ 245 (491)
T 4gc0_A 166 FNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMG 245 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcC
Confidence 99999999999988877543 688999999998888888899999999999999999999998887765
Q ss_pred CChhhhHHHHHHHHHhhhccchhhhhHHHHhhcccchhHHHHHHHHHHHHhhchhhHHhhHHHHHHhcCCCchh--HHHH
Q 011388 246 FDTDISIEVNEIKRSVASSSRRTAIRFAELKRKRYWFPLMIGIGLLVLQQLSGINGVLFYSSNIFANAGISSSN--VATF 323 (487)
Q Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~--~~~~ 323 (487)
.+...+...+..+... +.++....... ...+...+......+.+..+.+.+..|.+.+.+..+.+... ....
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 319 (491)
T 4gc0_A 246 NTLATQAVQEIKHSLD---HGRKTGGRLLM---FGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTI 319 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHTTHHHH---SCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHH
T ss_pred CchhHHHHHHHHHHHH---hhhhhhhHHHH---hcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHH
Confidence 4322221111111110 11111111111 22334456666667777777888889999999888776554 4556
Q ss_pred HHHHHHHHHHhHHHHHhhhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcc
Q 011388 324 GLGVVQVVATGVNTWLMDKAGRRLLLLISSSGMAASFFLVSVAFFLEGFVSEDSRFYSILGILSLVGLVTVVISFSLGVG 403 (487)
Q Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 403 (487)
..++..+++.++++++.||+|||+.+..+...+.++.+.+......... .+.......++..++..+..
T Consensus 320 ~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~-----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 388 (491)
T 4gc0_A 320 IVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAP-----------GIVALLSMLFYVAAFAMSWG 388 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC-----------HHHHHHHHHHHHHHHHTTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccc-----------hHHHHHHHHHHHHHHHhHHH
Confidence 6778889999999999999999999998888888877777655433321 23344555556667777888
Q ss_pred cchhhhhcccCChhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHhh-------hhcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCC
Q 011388 404 AIPWVIMSEILPVNIKSLAGSVATLANWLVSWIVTMTANFLLD-------WSSGGTFLIYGIVCAFTVAFVSLWVPETKG 476 (487)
Q Consensus 404 ~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (487)
++.+.+.+|++|++.|+++.|+.+..+++++++++.+.+.+.+ .+....+++++++++++.++.++++||||+
T Consensus 389 ~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 389 PVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred HHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 8888999999999999999999999999999999998877654 234456788899999999999999999999
Q ss_pred CCHHHHHhhhC
Q 011388 477 RSLEEIQFSFR 487 (487)
Q Consensus 477 ~~~~~~~~~~~ 487 (487)
|++||+|++|+
T Consensus 469 ~tLeei~~~f~ 479 (491)
T 4gc0_A 469 KTLEELEALWE 479 (491)
T ss_dssp CCHHHHGGGTC
T ss_pred CCHHHHHHHhC
Confidence 99999999885
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.8e-39 Score=315.46 Aligned_cols=392 Identities=13% Similarity=0.108 Sum_probs=284.6
Q ss_pred hhHHHHHHHhhhcccccccccccchhHHHHHhhcCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHHhhhhhHH
Q 011388 47 SVVFCVLVVALGPIQFGFTCGYSSPTQAEIISDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNI 126 (487)
Q Consensus 47 ~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~Grr~~~~~~~~~~~ 126 (487)
..+.....++++.+..+++...+.+.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.++.++.+
T Consensus 25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 103 (451)
T 1pw4_A 25 LRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAA 103 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHH
Confidence 3455566666677777788888999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHH----hcChhHHHHHHHHHHHhhhhcchhHHHHHHhhCCcCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----h
Q 011388 127 IGWLIISF----SKDSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----N 198 (487)
Q Consensus 127 ~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~l~~~~----~ 198 (487)
++.+++++ ++|++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+++|.+++.+ +
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g 183 (451)
T 1pw4_A 104 AVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFN 183 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTC
T ss_pred HHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 99999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998764 7
Q ss_pred -hHHHHHhhhHHHHHH-HhhhhccCCChHHHHhcCChHHHHHHHHHHhCCChhhhHHHHHHHHHhhhccchhhhhHHHHh
Q 011388 199 -WRVLAVLGVLPCTLL-IPGLFFIPESPRWLAKMGMTEDFESSLQVLRGFDTDISIEVNEIKRSVASSSRRTAIRFAELK 276 (487)
Q Consensus 199 -wr~~f~~~~~~~~~~-~~~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 276 (487)
||+.|++.++..++. ++..+++||+|+....+++++... +... +.++..+++...++...++++
T Consensus 184 ~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 249 (451)
T 1pw4_A 184 DWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKN-----------DYPD---DYNEKAEQELTAKQIFMQYVL 249 (451)
T ss_dssp CSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCC-----------C----------------CCTHHHHHHTS
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcc-----------cccc---cchhhhhcccccccchHHHHH
Confidence 999999988776665 445566888876432111111000 0000 000000011111111235555
Q ss_pred hcccchhHHHHHHHHHHHHhhchhhHHhhHHHHHHh-cCCCchh--HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhc--cchHHHHH
Q 011388 277 RKRYWFPLMIGIGLLVLQQLSGINGVLFYSSNIFAN-AGISSSN--VATFGLGVVQVVATGVNTWLMDKA--GRRLLLLI 351 (487)
Q Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--~~~~~~~~ 351 (487)
+++..+...+. .+...........+.|.++++ .|.+... .......++.+++.++.+++.||+ ++|+.+..
T Consensus 250 ~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~ 325 (451)
T 1pw4_A 250 PNKLLWYIAIA----NVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGV 325 (451)
T ss_dssp SCHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHH
Confidence 55554333333 333333455667788888877 5777655 666777889999999999999999 99988777
Q ss_pred HHHHHH-HHHHHHHHHHHhhcccCCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhhcccCChhhhhhHhHHHHHHH
Q 011388 352 SSSGMA-ASFFLVSVAFFLEGFVSEDSRFYSILGILSLVGLVTVVISFSLGVGAIPWVIMSEILPVNIKSLAGSVATLAN 430 (487)
Q Consensus 352 ~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~ 430 (487)
+..+.. ++.+++... +++ ..+.......+.+.+. ....+....+..|.+|++.|+++.|+.+...
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~------~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 391 (451)
T 1pw4_A 326 FFMTLVTIATIVYWMN-------PAG------NPTVDMICMIVIGFLI-YGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFG 391 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSC-------CTT------CHHHHHHHHHHHHHHH-THHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHh-------ccc------CHHHHHHHHHHHHHHH-hchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHH
Confidence 665554 333333211 000 1122222333333322 2333455688999999999999999999999
Q ss_pred HH-HHHHHHHHhhhHhh-hhcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011388 431 WL-VSWIVTMTANFLLD-WSSGGTFLIYGIVCAFTVAFVSLWV 471 (487)
Q Consensus 431 ~~-g~~i~~~~~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 471 (487)
++ |..++|.+.|.+.+ .++...+.+.+++.+++.++..+..
T Consensus 392 ~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 392 YLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99 99999999999999 5666667777777666665554443
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.2e-37 Score=299.44 Aligned_cols=355 Identities=13% Similarity=0.099 Sum_probs=270.0
Q ss_pred HHHHHHhhhcccccccccccchhHHHHHhhcCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHHhhhhhHHHHH
Q 011388 50 FCVLVVALGPIQFGFTCGYSSPTQAEIISDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNIIGW 129 (487)
Q Consensus 50 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~Grr~~~~~~~~~~~~~~ 129 (487)
.....+++..+..+++.....+.+|.+.+++|++..+.|++.+++.+++.++++++|+++||+|||+++.++.++.+++.
T Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~ 105 (438)
T 3o7q_A 26 IPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGA 105 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33444455556677887888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHH---HHhcChhHHHHHHHHHHHhhhhcchhHHHHHHhhCCcCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh--------
Q 011388 130 LII---SFSKDSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFVN-------- 198 (487)
Q Consensus 130 ~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~l~~~~~-------- 198 (487)
+++ ++++|++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.++++.+++.+.
T Consensus 106 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~ 185 (438)
T 3o7q_A 106 ALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQS 185 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCC
T ss_pred HHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccc
Confidence 999 889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999987762
Q ss_pred ----------------------hHHHHHhhhHHHHHHHhhhhc--cCCChHHHHhcCChHHHHHHHHHHhCCChhhhHHH
Q 011388 199 ----------------------WRVLAVLGVLPCTLLIPGLFF--IPESPRWLAKMGMTEDFESSLQVLRGFDTDISIEV 254 (487)
Q Consensus 199 ----------------------wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~--~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 254 (487)
||+.|++.++..++..+..++ .||+++. +
T Consensus 186 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~---~------------------------ 238 (438)
T 3o7q_A 186 QDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSD---N------------------------ 238 (438)
T ss_dssp HHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTT---C------------------------
T ss_pred ccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccc---c------------------------
Confidence 999998766655554433333 4555320 0
Q ss_pred HHHHHHhhhccchhhhhHHHHhhcccchhHHHHHHHHHHHHhhchhhHHhhHHHH-HHhc-CCCchh--HHHHHHHHHHH
Q 011388 255 NEIKRSVASSSRRTAIRFAELKRKRYWFPLMIGIGLLVLQQLSGINGVLFYSSNI-FANA-GISSSN--VATFGLGVVQV 330 (487)
Q Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-g~~~~~--~~~~~~~~~~~ 330 (487)
+.++++++.+.+++++++++..+...+..++... .......+.+.+ .++. |.+... .......++.+
T Consensus 239 -----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 309 (438)
T 3o7q_A 239 -----HSDAKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVG----AQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFF 309 (438)
T ss_dssp -----CCCSSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -----cccccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0011122334556777777765554444333333 344556777777 7765 777655 66666788899
Q ss_pred HHHhHHHHHhhhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhh
Q 011388 331 VATGVNTWLMDKAGRRLLLLISSSGMAASFFLVSVAFFLEGFVSEDSRFYSILGILSLVGLVTVVISFSLGVGAIPWVIM 410 (487)
Q Consensus 331 ~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 410 (487)
++.++.+++.||++||+.+..+.++..++.+++... . . ........+.+.+. ....|..+++.
T Consensus 310 ~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~------------~-~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~ 372 (438)
T 3o7q_A 310 IGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFA---G------------G-HVGLIALTLCSAFM-SIQYPTIFSLG 372 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---C------------H-HHHHHHHHHHHHHH-TTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc---C------------C-cHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999988887776666555432 0 1 11222333333333 33456677888
Q ss_pred cccCChhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHhh-hh-cchhhHHHHHH
Q 011388 411 SEILPVNIKSLAGSVATLANWLVSWIVTMTANFLLD-WS-SGGTFLIYGIV 459 (487)
Q Consensus 411 ~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~~~~-~~-~~~~~~~~~~~ 459 (487)
.|.+|++ ++.+.++.. ...+|+.++|.+.|++.| .+ +...+.+.+++
T Consensus 373 ~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~ 421 (438)
T 3o7q_A 373 IKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALC 421 (438)
T ss_dssp HSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHH
T ss_pred Hhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHH
Confidence 8999876 888888777 677999999999999999 45 55555554443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=2.5e-32 Score=268.00 Aligned_cols=386 Identities=15% Similarity=0.121 Sum_probs=246.5
Q ss_pred cCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hchhHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhcChhHHHHHHHHHHHhhhhcchh
Q 011388 80 LKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEY-IGRKGSLMIAAVPNIIGWLIISFSKDSSFLFMGRLLEGFGVGVISYT 158 (487)
Q Consensus 80 ~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~ 158 (487)
+|.+..+.+++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+...+.
T Consensus 49 ~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~ 128 (491)
T 4aps_A 49 LHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPN 128 (491)
T ss_dssp CCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccch
Confidence 99999999999999999999999999999999 89999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhCCcCc--cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHHHhhhHHHHHHHhhhhcc-CCCh----HHH
Q 011388 159 VPVYIAEIAPQNM--RGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----NWRVLAVLGVLPCTLLIPGLFFI-PESP----RWL 227 (487)
Q Consensus 159 ~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~l~~~~----~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~p----~~~ 227 (487)
..+++.|++|+++ |++++++++.+.++|..++|.+++.+ +||+.|++.++..++..+..++. |+.. +..
T Consensus 129 ~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 208 (491)
T 4aps_A 129 VSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRP 208 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCC
T ss_pred HHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCC
Confidence 9999999999988 67788889999999999999998876 89999999877666554443322 2110 000
Q ss_pred HhcCChHHHHHHHHH----------------HhCCC-hhhhHHHHHHHH---H---hhhccchhhhhHHHHhhcccchhH
Q 011388 228 AKMGMTEDFESSLQV----------------LRGFD-TDISIEVNEIKR---S---VASSSRRTAIRFAELKRKRYWFPL 284 (487)
Q Consensus 228 ~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~-~~~~~~~~~~~~---~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 284 (487)
.++.+.++..+..+. ..+.. .+.......... . .....++.+....+..+.......
T Consensus 209 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 288 (491)
T 4aps_A 209 TDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPL 288 (491)
T ss_dssp SCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHH
T ss_pred CCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHH
Confidence 111122222222221 01110 000000000000 0 000000000000111111111111
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhchhhHHhhHHHHHHh-cCCC--chhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhccchHHHH-----HHHHHH
Q 011388 285 MIGIGLLVLQQLSGINGVLFYSSNIFAN-AGIS--SSNVATFGLGVVQVVATGVNTWLMDKAGRRLLLL-----ISSSGM 356 (487)
Q Consensus 285 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~-----~~~~~~ 356 (487)
........ ..+.....+.+.+.++ .+.+ ..........+..+++.++.+++.||++||+... .+..+.
T Consensus 289 ~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~ 364 (491)
T 4aps_A 289 FIAAVLFW----AIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFA 364 (491)
T ss_dssp HHHHHHHH----HHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH----HHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHH
Confidence 21222222 2233344455555554 3443 2335566677888888999999999999886544 555555
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhcccCCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhhcccCChhhhhhHhHHHHHHHHHHHHH
Q 011388 357 AASFFLVSVAFFLEGFVSEDSRFYSILGILSLVGLVTVVISFSLGVGAIPWVIMSEILPVNIKSLAGSVATLANWLVSWI 436 (487)
Q Consensus 357 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i 436 (487)
+++.+++..........+ + ...+.......+.+.+. ....+....+..|.+|++.|+++.|+.+....+|..+
T Consensus 365 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-----~~~~~~~~~~~l~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i 437 (491)
T 4aps_A 365 GLSFLLMAIPGALYGTSG-K-----VSPLWLVGSWALVILGE-MLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSAL 437 (491)
T ss_dssp HHHHTTTHHHHHHCCCCT-T-----CCTHHHHHHHHHHHHHH-HTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcCCCC-C-----ccHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 555555554322211000 0 01122233333333333 3335666789999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhhhHhhhhcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCC
Q 011388 437 VTMTANFLLDWSSGGTFLIYGIVCAFTVAFVSLWVPETKG 476 (487)
Q Consensus 437 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (487)
+|.+.+.+.+.++...+.+.++++++..++.++..++.++
T Consensus 438 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 477 (491)
T 4aps_A 438 NAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQG 477 (491)
T ss_dssp HHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC------
T ss_pred HHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999988777778888888888777776666655544
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=7.2e-34 Score=268.90 Aligned_cols=352 Identities=14% Similarity=0.108 Sum_probs=255.8
Q ss_pred HhhhcccccccccccchhHHHHHhhcCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHHhhhhhHHHHHHHHHH
Q 011388 55 VALGPIQFGFTCGYSSPTQAEIISDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNIIGWLIISF 134 (487)
Q Consensus 55 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 134 (487)
+++..+..+++...+.+.+|.+.+++|.++++.+++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++..+.++.+++.+++++
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 84 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVT 84 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34455556677888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hcChhHHHHHHHHHHHhhhhcchhHHHHHHhhCCcCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHHHhhhHHH
Q 011388 135 SKDSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----NWRVLAVLGVLPC 210 (487)
Q Consensus 135 ~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~l~~~~----~wr~~f~~~~~~~ 210 (487)
++|++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.+++.+ +||+.|++.++..
T Consensus 85 ~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 164 (375)
T 2gfp_A 85 TSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLC 164 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998876 8999999888777
Q ss_pred HHHHh-hhhccCCChHHHHhcCChHHHHHHHHHHhCCChhhhHHHHHHHHHhhhccchhhhhHHHHhhcccchhHHHHHH
Q 011388 211 TLLIP-GLFFIPESPRWLAKMGMTEDFESSLQVLRGFDTDISIEVNEIKRSVASSSRRTAIRFAELKRKRYWFPLMIGIG 289 (487)
Q Consensus 211 ~~~~~-~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 289 (487)
++..+ ..+.+||+++.. +++++.+.++++++++|..+...+...
T Consensus 165 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 209 (375)
T 2gfp_A 165 AGVTFSMARWMPETRPVD-----------------------------------APRTRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLI 209 (375)
T ss_dssp HHHHCCCCCSSCCCSTTT-----------------------------------CCCCCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHCcccCCCC-----------------------------------cccccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHH
Confidence 76655 556678875420 001112233455666655444444333
Q ss_pred HHHHHHhhchhhHHhhHHHHHHh-cCCCchh--HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhccchHHHHHHHHH-HHHHHHHHHH
Q 011388 290 LLVLQQLSGINGVLFYSSNIFAN-AGISSSN--VATFGLGVVQVVATGVNTWLMDKAGRRLLLLISSSG-MAASFFLVSV 365 (487)
Q Consensus 290 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~ 365 (487)
+... .......+.|.+.++ .|.++.. .......++.+++.++.+++.||.+++. ..+... ...+...+..
T Consensus 210 ~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~ 283 (375)
T 2gfp_A 210 GGLA----GIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM--WQSVICCLLAGLLMWIP 283 (375)
T ss_dssp HHHH----HHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH--HHHHHHHHHTSSSSSHH
T ss_pred HHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3332 233444455555444 4554443 5566667888899999999999988732 222222 2222221111
Q ss_pred HHHhhcccCCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhhcccCChhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHh
Q 011388 366 AFFLEGFVSEDSRFYSILGILSLVGLVTVVISFSLGVGAIPWVIMSEILPVNIKSLAGSVATLANWLVSWIVTMTANFLL 445 (487)
Q Consensus 366 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~~~ 445 (487)
..... ...+.......+.+.+.+. ..+....+..|..| ++|+++.|+.+....+|..++|.+.|.+.
T Consensus 284 ~~~~~-----------~~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~ 350 (375)
T 2gfp_A 284 DWFGV-----------MNVWTLLVPAALFFFGAGM-LFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLP 350 (375)
T ss_dssp HHHHH-----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHH
T ss_pred hhhcc-----------ccHHHHHHHHHHHHHHHHH-hhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 11000 0122233333344444433 34666688999998 78999999999999999999999999998
Q ss_pred hhhcchhhHHHHHHH
Q 011388 446 DWSSGGTFLIYGIVC 460 (487)
Q Consensus 446 ~~~~~~~~~~~~~~~ 460 (487)
+.+.....+...++.
T Consensus 351 ~~~~~~~~~~~~~~~ 365 (375)
T 2gfp_A 351 QTGQGSLGLLMTLMG 365 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCcccHHHHHHHHH
Confidence 854444444443333
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.97 E-value=8.2e-31 Score=251.04 Aligned_cols=365 Identities=12% Similarity=0.043 Sum_probs=222.8
Q ss_pred cccchhHHH-HHhhcCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHHhhhhhHHHHH---HHHHHhcCh-hHH
Q 011388 67 GYSSPTQAE-IISDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNIIGW---LIISFSKDS-SFL 141 (487)
Q Consensus 67 ~~~~~~~~~-i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~Grr~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~-~~l 141 (487)
....+.+|. +++++|.++.+.|++.+.+.+++.++++++|+++||+|||+++.++..+++++. ..+++++.. ..+
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 103 (417)
T 2cfq_A 24 GAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNI 103 (417)
T ss_dssp HHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 444566666 566799999999999999999999999999999999999999998887765532 222222221 123
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhcchhHHHHHHhhCCc--CccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh---hhHHHHHhhhHHHHHHHhh
Q 011388 142 FMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQ--NMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV---NWRVLAVLGVLPCTLLIPG 216 (487)
Q Consensus 142 ~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~l~~~~---~wr~~f~~~~~~~~~~~~~ 216 (487)
+..+.+.|++.+...+.....+.++.++ ++++...+.......+|..++|.+++.+ +||+.|++.++..++..+.
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~ 183 (417)
T 2cfq_A 104 LVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFTINNQFVFWLGSGCALILAVL 183 (417)
T ss_dssp CHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHTTTTTTTTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4556666655555444444445555443 3556667777777788888888887766 7999999887765555555
Q ss_pred hhccCCChHHHHhcCChHHHHHHHHHHhCCChhhhHHHHHHHHHhhhccchhhhhHHHHhhcccchhHHHHHHHHHHHHh
Q 011388 217 LFFIPESPRWLAKMGMTEDFESSLQVLRGFDTDISIEVNEIKRSVASSSRRTAIRFAELKRKRYWFPLMIGIGLLVLQQL 296 (487)
Q Consensus 217 ~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 296 (487)
.++.+|+|+. +.++++. + .+++++....+++++++++..+...+.......
T Consensus 184 ~~~~~~~~~~---~~~~~~~------------~-----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--- 234 (417)
T 2cfq_A 184 LFFAKTDAPS---SATVANA------------V-----------GANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSC--- 234 (417)
T ss_dssp SCSSCCCCSC---SSCSSSS------------S-----------SSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHH---
T ss_pred HHHcCccccc---ccccccc------------c-----------ccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHH---
Confidence 5554443310 0000000 0 000011112234556666554433322221111
Q ss_pred hchhhHHhhHHHHHHhc-CC---Cchh--HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011388 297 SGINGVLFYSSNIFANA-GI---SSSN--VATFGLGVVQVVATGVNTWLMDKAGRRLLLLISSSGMAASFFLVSVAFFLE 370 (487)
Q Consensus 297 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-g~---~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 370 (487)
.+.....+.|.++.+. +. +... .......++.+++.++.+++.||+|||+.+..+....+++.+.+.+. .
T Consensus 235 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~---~ 310 (417)
T 2cfq_A 235 -TYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA---T 310 (417)
T ss_dssp -HHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC---C
T ss_pred -HHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---c
Confidence 1222223345554432 21 1111 33445566778899999999999999998887776666554443211 0
Q ss_pred cccCCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhhcccCChhhhhhHhHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhhHhh-hh
Q 011388 371 GFVSEDSRFYSILGILSLVGLVTVVISFSLGVGAIPWVIMSEILPVNIKSLAGSVA-TLANWLVSWIVTMTANFLLD-WS 448 (487)
Q Consensus 371 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~-~~~~~~g~~i~~~~~g~~~~-~~ 448 (487)
..+.......+...... ...+..+.+..|.+|++.|+++.++. +....+|++++|.+.|++.+ .+
T Consensus 311 ------------~~~~~~~~~~l~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g 377 (417)
T 2cfq_A 311 ------------SALEVVILKTLHMFEVP-FLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIG 377 (417)
T ss_dssp ------------SHHHHHHHTTHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSH
T ss_pred ------------cHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcC
Confidence 01111122112222211 11233457899999999999999994 88899999999999999988 55
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCC
Q 011388 449 SGGTFLIYGIVCAFTVAFVSLWVPETKGR 477 (487)
Q Consensus 449 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 477 (487)
+...+.+.+++++++.++.+...+|+++.
T Consensus 378 ~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 406 (417)
T 2cfq_A 378 FQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGPL 406 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCTT
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCch
Confidence 55667777777777766666656665543
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=2.8e-28 Score=241.12 Aligned_cols=147 Identities=13% Similarity=0.126 Sum_probs=132.9
Q ss_pred HHHHHhhcC------CChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-chhHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhc-ChhHHHHH
Q 011388 73 QAEIISDLK------LTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYI-GRKGSLMIAAVPNIIGWLIISFSK-DSSFLFMG 144 (487)
Q Consensus 73 ~~~i~~~~~------~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~ 144 (487)
.+.+.+++| .+..+.+++.+++.++..+++++.|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ |++.++++
T Consensus 36 ~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 115 (524)
T 2xut_A 36 TPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTG 115 (524)
T ss_dssp HHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHH
Confidence 345678899 9999999999999999999999999999999 999999999999999999999999 99999999
Q ss_pred HHHHHHhhhhcchhHHHHHHhhCCcCccchhhHH---HHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHHHhhhHHHHHHHhhh
Q 011388 145 RLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSV---NQLSVTIGIMLAYLLGLFV----NWRVLAVLGVLPCTLLIPGL 217 (487)
Q Consensus 145 r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~~~~l~~~~----~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~ 217 (487)
|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|..++|.+++.+ +||+.|++.++..++..+..
T Consensus 116 ~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 195 (524)
T 2xut_A 116 LFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFF 195 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999877666 8999999999999998766 89999998887766655444
Q ss_pred hc
Q 011388 218 FF 219 (487)
Q Consensus 218 ~~ 219 (487)
++
T Consensus 196 ~~ 197 (524)
T 2xut_A 196 WL 197 (524)
T ss_dssp HS
T ss_pred HH
Confidence 33
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.52 E-value=1.1e-13 Score=133.79 Aligned_cols=154 Identities=12% Similarity=0.135 Sum_probs=130.9
Q ss_pred cccchhHHHHHhh-cCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh--chhHHHHhhhhhHH-HHHHHHHHh--cChhH
Q 011388 67 GYSSPTQAEIISD-LKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYI--GRKGSLMIAAVPNI-IGWLIISFS--KDSSF 140 (487)
Q Consensus 67 ~~~~~~~~~i~~~-~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--Grr~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~--~~~~~ 140 (487)
.......|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..+..+.. ++.++..+. .+.+.
T Consensus 269 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 348 (451)
T 1pw4_A 269 YGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTV 348 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHH
Confidence 3444567777666 899999999999999999999999999999999 99999988877776 666666666 36778
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhcchhHHHHHHhhCCcCccchhhHHHHHHHHH-HHHHHHHhhhhh----hhHHHHHhhhHHHHHHHh
Q 011388 141 LFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTI-GIMLAYLLGLFV----NWRVLAVLGVLPCTLLIP 215 (487)
Q Consensus 141 l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~~~~l~~~~----~wr~~f~~~~~~~~~~~~ 215 (487)
+.+..++.|++.+...+....++.|.+|+++|+++.++.+....+ |..++|.+.+.+ ||+..|++.++..++..+
T Consensus 349 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (451)
T 1pw4_A 349 DMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVI 428 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888899999999999999999999999999999999999999999 999999988776 799999888877776655
Q ss_pred hhhcc
Q 011388 216 GLFFI 220 (487)
Q Consensus 216 ~~~~~ 220 (487)
..+++
T Consensus 429 ~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 429 LLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHH
T ss_pred HHHHH
Confidence 54443
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.39 E-value=8.5e-13 Score=125.92 Aligned_cols=141 Identities=13% Similarity=0.070 Sum_probs=118.0
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhcChhHHHHHHHHHHHhhhhcchhHHHHH
Q 011388 84 ISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNIIGWLIISFSKDSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYI 163 (487)
Q Consensus 84 ~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i 163 (487)
..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+....++
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 337 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYI 337 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45678888888899999999999999999999999999988888888888888888888888888988777777788999
Q ss_pred HhhCCcCccchhhHH-HHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHHHhhhHHHHHHHhh-hhccCCCh
Q 011388 164 AEIAPQNMRGSLGSV-NQLSVTIGIMLAYLLGLFV----NWRVLAVLGVLPCTLLIPG-LFFIPESP 224 (487)
Q Consensus 164 ~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~~~~l~~~~----~wr~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~p 224 (487)
.|.+|++.|+++.++ ++....+|..++|.+++.+ |++..|.+.++..++..+. ++..||.+
T Consensus 338 ~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 338 TSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 999999999999888 4778889999999888765 7788888877776666544 44466553
No 10
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.37 E-value=2e-12 Score=126.34 Aligned_cols=157 Identities=13% Similarity=0.034 Sum_probs=113.5
Q ss_pred ccchhHHHHHhhcCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhc----ChhHHHH
Q 011388 68 YSSPTQAEIISDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNIIGWLIISFSK----DSSFLFM 143 (487)
Q Consensus 68 ~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~l~~ 143 (487)
.+....|.+.++.+.+..+.........+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+... +.+..++
T Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 374 (491)
T 4gc0_A 295 VVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALL 374 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHH
T ss_pred HHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHH
Confidence 334456778888888888888888888999999999999999999999999999888888777665431 1122222
Q ss_pred HHHH-HHHhhhhcchhHHHHHHhhCCcCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----------hhHHHHHhhhHHHHH
Q 011388 144 GRLL-EGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----------NWRVLAVLGVLPCTL 212 (487)
Q Consensus 144 ~r~l-~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~l~~~~----------~wr~~f~~~~~~~~~ 212 (487)
.-++ .+....+..+....+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+...+ ++.+.|++.+..+++
T Consensus 375 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~ 454 (491)
T 4gc0_A 375 SMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVL 454 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHH
Confidence 2222 22222334567788999999999999999999998888888876554332 344566666666655
Q ss_pred H-HhhhhccCCCh
Q 011388 213 L-IPGLFFIPESP 224 (487)
Q Consensus 213 ~-~~~~~~~~e~p 224 (487)
. ++.++++||+.
T Consensus 455 ~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 455 AALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHheecCCC
Confidence 5 44567799984
No 11
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.36 E-value=2.1e-11 Score=117.09 Aligned_cols=145 Identities=12% Similarity=-0.020 Sum_probs=108.2
Q ss_pred HHHHHHHHhhchhhHHhhHHHHHHhcCCCchh--HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011388 288 IGLLVLQQLSGINGVLFYSSNIFANAGISSSN--VATFGLGVVQVVATGVNTWLMDKAGRRLLLLISSSGMAASFFLVSV 365 (487)
Q Consensus 288 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 365 (487)
.....+.............|.+.++.|.+..+ .......++..++.++.|+++||+|||+.+..+.++.+++.++...
T Consensus 31 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 110 (438)
T 3o7q_A 31 LCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWP 110 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 33333333333456667788888888988776 6677778889999999999999999999999999888888877743
Q ss_pred HHHhhcccCCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhhcccCChhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHh
Q 011388 366 AFFLEGFVSEDSRFYSILGILSLVGLVTVVISFSLGVGAIPWVIMSEILPVNIKSLAGSVATLANWLVSWIVTMTANFLL 445 (487)
Q Consensus 366 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~~~ 445 (487)
.....+ .+..++..++.+.+.+ ...+...+++.|.+|+++|+.+.++.+....+|..++|.+.+.+.
T Consensus 111 ~~~~~~------------~~~l~~~~~l~G~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 177 (438)
T 3o7q_A 111 AAEIMN------------YTLFLVGLFIIAAGLG-CLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLI 177 (438)
T ss_dssp HHHTTC------------HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH
T ss_pred cccccc------------HHHHHHHHHHHHhhHH-HhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 222111 2233334444444333 334555689999999999999999999999999999999999998
No 12
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.33 E-value=6.5e-12 Score=122.68 Aligned_cols=153 Identities=16% Similarity=0.048 Sum_probs=120.1
Q ss_pred chhHHHHH-hhcCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHH-----hhhhhHHHHHHHHHHhc-------
Q 011388 70 SPTQAEII-SDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLM-----IAAVPNIIGWLIISFSK------- 136 (487)
Q Consensus 70 ~~~~~~i~-~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~Grr~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~------- 136 (487)
...+|... +.++.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+|||+... .+.++.+++.++.++..
T Consensus 303 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (491)
T 4aps_A 303 SVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSG 382 (491)
T ss_dssp GTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCT
T ss_pred cHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCC
Confidence 34455444 446777678899999999999999999999999999987665 77777777777766643
Q ss_pred --ChhHHHHHHHHHHHhhhhcchhHHHHHHhhCCcCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh---hhHHHHHhhhHHHH
Q 011388 137 --DSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV---NWRVLAVLGVLPCT 211 (487)
Q Consensus 137 --~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~l~~~~---~wr~~f~~~~~~~~ 211 (487)
+.+.+.+.-++.|++.+...+....++.|.+|+++|+++.++.+....+|..+++.+.+.+ ++.+.|.+.+...+
T Consensus 383 ~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 462 (491)
T 4aps_A 383 KVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSV 462 (491)
T ss_dssp TCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHH
T ss_pred CccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7778888999999999999999999999999999999999999999999999999998877 56667777666655
Q ss_pred HHHhh-hhccCC
Q 011388 212 LLIPG-LFFIPE 222 (487)
Q Consensus 212 ~~~~~-~~~~~e 222 (487)
+..+. +++.++
T Consensus 463 ~~~~~~~~~~~~ 474 (491)
T 4aps_A 463 VLGIVLVFLSKR 474 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHC---
T ss_pred HHHHHHHHHHHH
Confidence 55443 333444
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.26 E-value=1.6e-11 Score=115.34 Aligned_cols=162 Identities=12% Similarity=0.124 Sum_probs=118.8
Q ss_pred hhhHHhhHHHHHHhcCCCchh--HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCC
Q 011388 299 INGVLFYSSNIFANAGISSSN--VATFGLGVVQVVATGVNTWLMDKAGRRLLLLISSSGMAASFFLVSVAFFLEGFVSED 376 (487)
Q Consensus 299 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 376 (487)
........|.+.++.|.++.+ .......++..++.++.|+++||+|||+.+..+.....++.++.....
T Consensus 16 ~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------- 86 (375)
T 2gfp_A 16 QTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTS--------- 86 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------
T ss_pred HHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhc---------
Confidence 444555667777788887766 667777889999999999999999999999998888888877776541
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhhcccCChhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHhh-hhcchhhHH
Q 011388 377 SRFYSILGILSLVGLVTVVISFSLGVGAIPWVIMSEILPVNIKSLAGSVATLANWLVSWIVTMTANFLLD-WSSGGTFLI 455 (487)
Q Consensus 377 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~~~~-~~~~~~~~~ 455 (487)
..+.......+.+.+. ....+....+..|.+|+++|+++.+..+....+|..++|.+.+.+.+ .++...+.+
T Consensus 87 ------~~~~l~~~~~l~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 159 (375)
T 2gfp_A 87 ------SLTVLIAASAMQGMGT-GVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLF 159 (375)
T ss_dssp ------HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHH
T ss_pred ------cHHHHHHHHHHHHHHH-HhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHH
Confidence 1122333333333332 23345666889999999999999999999999999999999999988 466566666
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcccCCC
Q 011388 456 YGIVCAFTVAFVSLWVPETKG 476 (487)
Q Consensus 456 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (487)
.+++.++..+...+..||+++
T Consensus 160 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 180 (375)
T 2gfp_A 160 LLVLCAGVTFSMARWMPETRP 180 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHCCCCCSSCCCST
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHCcccCC
Confidence 666666555545555666543
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.14 E-value=9.9e-10 Score=108.09 Aligned_cols=153 Identities=14% Similarity=0.123 Sum_probs=106.7
Q ss_pred hhHHhhHHHHHH-hcC------CCchh--HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhc-cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011388 300 NGVLFYSSNIFA-NAG------ISSSN--VATFGLGVVQVVATGVNTWLMDKA-GRRLLLLISSSGMAASFFLVSVAFFL 369 (487)
Q Consensus 300 ~~~~~~~~~~~~-~~g------~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 369 (487)
+....+.+.++. +.| .+..+ .......++..++.++.|+++||+ |||+.+..+.++..++.++..+..
T Consensus 29 ~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-- 106 (524)
T 2xut_A 29 YGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFE-- 106 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS--
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--
Confidence 334445555544 456 66555 667777888999999999999999 999999988888877777665421
Q ss_pred hcccCCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhhcccCChhhhhhHhHH---HHHHHHHHHHHHHHHhhhHhh
Q 011388 370 EGFVSEDSRFYSILGILSLVGLVTVVISFSLGVGAIPWVIMSEILPVNIKSLAGSV---ATLANWLVSWIVTMTANFLLD 446 (487)
Q Consensus 370 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~---~~~~~~~g~~i~~~~~g~~~~ 446 (487)
. ..+...+...+.+.+. ....+...++..|.+|+++|+++.+. .+....+|..++|.+.+.+.+
T Consensus 107 -~-----------~~~~~~~~~~l~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 173 (524)
T 2xut_A 107 -H-----------SVQGFYTGLFLIALGS-GGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLK 173 (524)
T ss_dssp -S-----------CHHHHHHHHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHH
T ss_pred -c-----------cHHHHHHHHHHHHHhc-cccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 0 1122333333333333 34456667899999999999766666 889999999999999999988
Q ss_pred -hhcchhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 011388 447 -WSSGGTFLIYGIVCAFTVAFV 467 (487)
Q Consensus 447 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 467 (487)
.++...+.+.+++.++..++.
T Consensus 174 ~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 195 (524)
T 2xut_A 174 NFGAAVAFGIPGVLMFVATVFF 195 (524)
T ss_dssp TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 556566666666555544433
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=68.60 E-value=3 Score=19.73 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.463 Sum_probs=11.6
Q ss_pred HHHHHHhhhchhHH
Q 011388 104 ASGQIAEYIGRKGS 117 (487)
Q Consensus 104 ~~g~l~d~~Grr~~ 117 (487)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999865
No 16
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=42.38 E-value=2.1e+02 Score=26.34 Aligned_cols=32 Identities=3% Similarity=-0.243 Sum_probs=17.1
Q ss_pred hHHHHHHhhCCcCccchhhHHHHHHHHHHHHH
Q 011388 158 TVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIML 189 (487)
Q Consensus 158 ~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~ 189 (487)
............++|.+.....+....+-.++
T Consensus 144 ~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~ 175 (460)
T 3mkt_A 144 LLFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLLLNIP 175 (460)
T ss_dssp HHHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33444455566666666666655554444433
No 17
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=26.25 E-value=1.2e+02 Score=24.40 Aligned_cols=25 Identities=4% Similarity=-0.039 Sum_probs=20.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchh
Q 011388 91 GSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRK 115 (487)
Q Consensus 91 ~s~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~Grr 115 (487)
+.-|.+|+.++..+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 4567888889999999999987644
No 18
>3arc_T Photosystem II reaction center protein T; PSII, membrane-protein complex, transmembrane alpha-helix, E transport, photosynthesis; HET: OEX CLA PHO BCR PL9 SQD LMG UNL LMT HTG DGD LHG HEM; 1.90A {Thermosynechococcus vulcanus} PDB: 1s5l_T* 2axt_T* 3bz1_T* 3bz2_T* 3kzi_T* 3prq_T* 3prr_T* 3a0b_T* 3a0h_T*
Probab=20.66 E-value=96 Score=16.39 Aligned_cols=12 Identities=33% Similarity=0.423 Sum_probs=7.6
Q ss_pred HhhhhccCCChH
Q 011388 214 IPGLFFIPESPR 225 (487)
Q Consensus 214 ~~~~~~~~e~p~ 225 (487)
+....+++|+|+
T Consensus 17 iFFAI~FRePPr 28 (32)
T 3arc_T 17 FFFAIFFREPPR 28 (32)
T ss_dssp HHHHHHTSCCCC
T ss_pred HHHhhhhcCCCC
Confidence 344556788875
Done!