Query 011424
Match_columns 486
No_of_seqs 461 out of 1378
Neff 11.2
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 07:51:31 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/011424.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/011424hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 2.3E-39 8E-44 314.7 29.2 394 39-478 26-432 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 4.1E-38 1.4E-42 304.8 35.8 390 38-478 23-431 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 1.5E-38 5.3E-43 312.3 30.0 421 46-486 17-468 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 2.6E-35 8.9E-40 278.9 18.7 357 44-465 3-362 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 6.1E-33 2.1E-37 272.4 26.1 399 41-478 13-470 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 3.3E-31 1.1E-35 253.9 19.4 389 41-485 7-404 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 1.6E-28 5.4E-33 243.0 20.3 408 43-478 14-501 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 1.7E-14 5.7E-19 139.5 14.5 174 41-236 252-433 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 4E-13 1.4E-17 128.3 15.1 141 84-240 261-404 (417)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 7.2E-13 2.5E-17 127.5 15.8 145 42-195 259-406 (438)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 2.3E-11 8E-16 118.8 18.6 180 282-478 13-195 (491)
12 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 8.5E-12 2.9E-16 121.9 10.5 181 45-242 281-469 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 4.2E-11 1.4E-15 112.6 13.8 172 289-484 7-178 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 99.3 1.2E-10 4.2E-15 114.7 17.7 176 282-478 12-197 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 64.1 2.1 7.3E-05 20.3 0.6 14 101-114 2-15 (26)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=2.3e-39 Score=314.70 Aligned_cols=394 Identities=13% Similarity=0.057 Sum_probs=303.0
Q ss_pred ChhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccHHHHHHHhcccccchhhhhHhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCCchhhhHH
Q 011424 39 PITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMG 118 (486)
Q Consensus 39 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~ 118 (486)
+++.+..+.+..+...++.....+.+|.+.+++ .+..+ .|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++
T Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~ 98 (451)
T 1pw4_A 26 RWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGD------LGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAG 98 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSC------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHH
Confidence 345566777788888889999999999999999 99999 99999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhc----cchHHHHHHHHHHHHhhccchhhH-HHHHhhhccchhhhhHhhHHHHHhhhhHHHHhhhhhhh
Q 011424 119 TASVVIFNTLFGL----SVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFL 193 (486)
Q Consensus 119 ~~~~~~~~~~~~~----a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~~~l 193 (486)
.++.+++.+++++ ++|++.++++|+++|++.+...+. .+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+++|.+++++
T Consensus 99 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 178 (451)
T 1pw4_A 99 LILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLG 178 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999 999999999999999999888886 99999999999999999999999999999999999998
Q ss_pred cccCccCCcccc-cccccccCCChhhHHHHHHHHHHH-HHHHHhcCCcccCCCCCCCcccchhhhccccccchhhhcccC
Q 011424 194 AQPAEKYPNLFS-SESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGV-TIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGRE 271 (486)
Q Consensus 194 ~~~~~~~~~~~g-w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 271 (486)
.+ .+| ||+.+ .+.++..++. ++..+.+||++++.+.+++++... +..++ .+++++++..
T Consensus 179 ~~-------~~g~w~~~f---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~--~~~~~~~~~~ 239 (451)
T 1pw4_A 179 MA-------WFNDWHAAL---------YMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKN-DYPDD--YNEKAEQELT 239 (451)
T ss_dssp HH-------HTCCSTTCT---------HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCC-C---------------C
T ss_pred HH-------HhccHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcc-ccccc--chhhhhcccc
Confidence 87 555 66555 5555555543 445567888776543222111110 00000 0000001111
Q ss_pred CCc--ccccccchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhcCccccCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011424 272 ATP--KKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLER 349 (486)
Q Consensus 272 ~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 349 (486)
... .++.+++|.++...+..++..........+.+.|+.+. +|++..+.+.......++.+++.+ ..+++.|
T Consensus 240 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~l~~ 313 (451)
T 1pw4_A 240 AKQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEV-----KHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTL-LCGWMSD 313 (451)
T ss_dssp CTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTB-----SCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH
T ss_pred cccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH
Confidence 111 46778899999888888888887778888888887654 689999999999999999999988 5666777
Q ss_pred hh--hhHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhccccCchhhHHhHHHH
Q 011424 350 IL--GPIMVARIAGVLTI-PLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMT 426 (486)
Q Consensus 350 ~~--~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 426 (486)
|+ ++|+.+..+..+.. ++...+.+.. ....+ ...+..++.+.+.....+....+..|.+|++.|+++.|+.+.
T Consensus 314 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~-~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 389 (451)
T 1pw4_A 314 KVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNP---AGNPT-VDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGL 389 (451)
T ss_dssp HTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCC---TTCHH-HHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc---ccCHH-HHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHH
Confidence 77 88877776655544 3433333221 11122 233333444555566667778899999999999999999999
Q ss_pred HHHH-HHHHHhhhHHHHHHHHhhhcCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 011424 427 GMSL-FKAAGPAGGGALFSWAQKRLDASFLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTFK 478 (486)
Q Consensus 427 ~~~~-g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 478 (486)
..++ |..++|.+.|.+.+.. |+...|++.+++.+++.++.+.
T Consensus 390 ~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~----------g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 390 FGYLGGSVAASAIVGYTVDFF----------GWDGGFMVMIGGSILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS----------CSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc----------CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999 9999999999999876 7888999888888887766654
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=4.1e-38 Score=304.76 Aligned_cols=390 Identities=14% Similarity=0.109 Sum_probs=295.8
Q ss_pred CChhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccHHHHHHHhcccccchhhhhHhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCCchhhhH
Q 011424 38 LPITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIM 117 (486)
Q Consensus 38 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~ 117 (486)
..++.+..+....+...++.....+.+|.+.+++|.+..+ .|++.+++.+++.++++++|+++||+|||+++++
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~ 96 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQ------AGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIIT 96 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHH------HHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 3455666777788888888899999999999999999999 9999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHH---hccchHHHHHHHHHHHHhhccchhhH-HHHHhhhccchhhhhHhhHHHHHhhhhHHHHhhhhhhh
Q 011424 118 GTASVVIFNTLF---GLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFL 193 (486)
Q Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~---~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~~~l 193 (486)
+.++.+++.+++ ++++|++.++++|+++|++.+...+. .+++.|++|+++|++++++.+.+.++|..++|.+++.+
T Consensus 97 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 176 (438)
T 3o7q_A 97 GLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSL 176 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999 88999999999999999999988876 99999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred c-ccCccC----------CcccccccccccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHh--cCCcccCCCCCCCcccchhhhcccc
Q 011424 194 A-QPAEKY----------PNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFW--LPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESA 260 (486)
Q Consensus 194 ~-~~~~~~----------~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 260 (486)
. +..... ....+|+... ..+||.++.+.++..++..+..++ .||++++.+++++
T Consensus 177 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~------------ 243 (438)
T 3o7q_A 177 ILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSL-VLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAK------------ 243 (438)
T ss_dssp HHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSS------------
T ss_pred HhcccccccccccccCCcchhhhhhhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccccc------------
Confidence 8 411000 0000000000 111566665555555544433333 3443322111110
Q ss_pred ccchhhhcccCCCcccccccchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHh-hcCccccCccccccchhHHHHHHHHHHHHHH
Q 011424 261 SAEVKEEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLW-ANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVF 339 (486)
Q Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 339 (486)
+++.....++++++|.++...+..++..........+.+.| ..+. +|++..+++.......++.+++
T Consensus 244 -------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (438)
T 3o7q_A 244 -------QGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEI-----PGMTAGFAANYLTGTMVCFFIG 311 (438)
T ss_dssp -------TTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-----TTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -------ccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc-----CCcchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11112345678899999988888888887777777888888 6544 6889999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhccccCchhh
Q 011424 340 QLSLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGA 419 (486)
Q Consensus 340 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 419 (486)
.+ ..+++.||+++|+.+..+..+..++...+.+... .+ . .....+.+++.....+....+..|.+|++ +++
T Consensus 312 ~~-~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~-~-~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 382 (438)
T 3o7q_A 312 RF-TGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAGG-----HV-G-LIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKY 382 (438)
T ss_dssp HH-HHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCH-----HH-H-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHH
T ss_pred HH-HHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCC-----cH-H-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccc
Confidence 88 6677777789999988887777666655544322 11 1 22224444556667788888888888866 888
Q ss_pred HHhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHhhhcCCCCCCc-hhHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 011424 420 ANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFSWAQKRLDASFLPG-SQMVFFVLNVVEAIGVLMTFK 478 (486)
Q Consensus 420 ~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~g-~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 478 (486)
+.++.. ...+++.++|.+.|.+.|.. | +...|++.+++.++..++.+.
T Consensus 383 ~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~----------g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 431 (438)
T 3o7q_A 383 GSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAA----------GNIPTAELIPALCFAVIFIFARF 431 (438)
T ss_dssp HHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHH----------TSSGGGGHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred hhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----------cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888877 77899999999999999988 5 777887776666665555444
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=1.5e-38 Score=312.34 Aligned_cols=421 Identities=13% Similarity=0.043 Sum_probs=296.4
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhhhcccHHHHHHHhcccccc--hhhhhHhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCCchhhhHHHHHHH
Q 011424 46 IWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKRE--EDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVV 123 (486)
Q Consensus 46 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~ 123 (486)
..++.++.+++.+.++..+|.+.++++.+... ...+...|++.+++.+|..+|++++|+++||+|||++++++.+++.
T Consensus 17 a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~ 96 (491)
T 4gc0_A 17 ATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFF 96 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHH
Confidence 34566777888899999999999988654322 2233448999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHh------------------ccchHHHHHHHHHHHHhhccchhhH-HHHHhhhccchhhhhHhhHHHHHhhhhHH
Q 011424 124 IFNTLFG------------------LSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLI 184 (486)
Q Consensus 124 ~~~~~~~------------------~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ 184 (486)
+++++++ +++|+++++++|+++|++.|...+. ..+++|+.|+++|++..+..+.+..+|.+
T Consensus 97 i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~ 176 (491)
T 4gc0_A 97 ISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQL 176 (491)
T ss_dssp HHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhh
Confidence 9999998 4789999999999999999988886 99999999999999999999999999999
Q ss_pred HHhhhhhhhcccCccCCcccccccccccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccCCCCCCCcccchh--hhcccccc
Q 011424 185 IGPALGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSY--DALESASA 262 (486)
Q Consensus 185 ig~~l~~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~ 262 (486)
+++.++..+.. ..++.... .+.||.++....+..++.++..+++||+|++...+++.++..+ ++......
T Consensus 177 ~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~ 248 (491)
T 4gc0_A 177 LVYCVNYFIAR-------SGDASWLN-TDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTL 248 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHT-------TSCTTTTT-TTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhcchhhcc-------cccccccc-chhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCch
Confidence 99999888876 44444433 5668888888888888888888999999987544433322211 11110000
Q ss_pred c--------hhhhcccCCCcccccccchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhcCccccCccccccchhHHHHHHHHH
Q 011424 263 E--------VKEEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGF 334 (486)
Q Consensus 263 ~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 334 (486)
. +...++++.......++.+..........+...........+..+.. +..+.+...........++
T Consensus 249 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 323 (491)
T 4gc0_A 249 ATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVF-----KTLGASTDIALLQTIIVGV 323 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHH-----HHSSCCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHH-----HhcCCCccchhhHHHHHHH
Confidence 0 00011111112223334444443333333333222222222222221 1245566666667777788
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhcccc
Q 011424 335 SLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQ 414 (486)
Q Consensus 335 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 414 (486)
..+++.+ ...++.||+|||+....+.....++...+........ ..+.......+....+..+..+..+.+.+|.+|+
T Consensus 324 ~~~~~~~-~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt 401 (491)
T 4gc0_A 324 INLTFTV-LAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQA-PGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPN 401 (491)
T ss_dssp HHHHHHH-HHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC-CHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCT
T ss_pred HHHHHHH-HHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhccc-chHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCH
Confidence 8888877 6666777789999988888777776666554433322 2222333333344445556677888999999999
Q ss_pred CchhhHHhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHhhhcCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccCCC
Q 011424 415 DQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFSWAQKRLDASFLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTFKPFLAQRHD 486 (486)
Q Consensus 415 ~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 486 (486)
+.|+++.|+.+..+++++++++.+.+.+.+....... .+....|++++++++++.++.++ ++||+|+
T Consensus 402 ~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~----~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~-~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 402 AIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAH----FHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWK-FVPETKG 468 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHH----HTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCCCCTT
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh----hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-eecCCCC
Confidence 9999999999999999999999998877654311100 04566888899999999888877 7899874
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=2.6e-35 Score=278.93 Aligned_cols=357 Identities=13% Similarity=0.149 Sum_probs=269.0
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhhcccHHHHHHHhcccccchhhhhHhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCCchhhhHHHHHHH
Q 011424 44 FSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVV 123 (486)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~ 123 (486)
+.+.+..++..++.....+.+|.+.+++|.++.+ .+++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++.++.++.+
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~ 76 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGA------VQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFM 76 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHH------HHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHH
Confidence 4566777888889999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhccchHHHHHHHHHHHHhhccchhhH-HHHHhhhccchhhhhHhhHHHHHhhhhHHHHhhhhhhhcccCccCCc
Q 011424 124 IFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAEKYPN 202 (486)
Q Consensus 124 ~~~~~~~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~~~l~~~~~~~~~ 202 (486)
++.+++++++|++.+++.|+++|++.+...+. .+++.|++|+++|+++++..+....+|..++|.+++++.+
T Consensus 77 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~------- 149 (375)
T 2gfp_A 77 LATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDT------- 149 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC-------
T ss_pred HHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHH-------
Confidence 99999999999999999999999999988886 9999999999999999999999999999999999999987
Q ss_pred ccccccccccCCChhhHHHHHHHHHHHHH-HHHhcCCcccCCCCCCCcccchhhhccccccchhhhcccCCCcccccccc
Q 011424 203 LFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTI-AAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREATPKKSLLKN 281 (486)
Q Consensus 203 ~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (486)
.+| ||..+.+.++..++..+ ..+.+||++++++++ ++.....++.+|+
T Consensus 150 ~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------------~~~~~~~~~~~~~ 198 (375)
T 2gfp_A 150 MWN---------WRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR----------------------TRLLTSYKTLFGN 198 (375)
T ss_dssp HHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC----------------------CCTTTCSTHHHHH
T ss_pred hcc---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc----------------------ccHHHHHHHHhcC
Confidence 344 45555666655555443 445667765432211 1122345678889
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhcCccccCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHH
Q 011424 282 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAG 361 (486)
Q Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 361 (486)
|+++...+..++.......+..+.|.|..+ .+|.++.+.+.......++.+++.. ..+++.||.+++ ...+.
T Consensus 199 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~r~~~~--~~~~~ 270 (375)
T 2gfp_A 199 SGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGA-----VLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAW-FAGRPNKRFSTL--MWQSV 270 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHH-----HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHH-HHHTTTTHHHHH--HHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH--HHHHH
Confidence 998888777777665555554444433332 2688999999999999999999887 556666665652 22222
Q ss_pred HH-HHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhccccCchhhHHhHHHHHHHHHHHHHhhhHH
Q 011424 362 VL-TIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGG 440 (486)
Q Consensus 362 ~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g 440 (486)
.. ...+...+..... .........+..++.+++.....+....+..|..| ++|+++.|+.+...++|..++|.+.|
T Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g 347 (375)
T 2gfp_A 271 ICCLLAGLLMWIPDWF--GVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSA 347 (375)
T ss_dssp HHHHHTSSSSSHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhh--ccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 22 1111111111110 01112223333344455556667888888899888 89999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhhcCCCCCCchhHHHHHH
Q 011424 441 ALFSWAQKRLDASFLPGSQMVFFVL 465 (486)
Q Consensus 441 ~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~f~~~ 465 (486)
.+.+.. ++...+.+.
T Consensus 348 ~l~~~~----------~~~~~~~~~ 362 (375)
T 2gfp_A 348 MLPQTG----------QGSLGLLMT 362 (375)
T ss_dssp HHHHHH----------HHHHHHHHH
T ss_pred HHhcCC----------cccHHHHHH
Confidence 998876 566666553
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=6.1e-33 Score=272.43 Aligned_cols=399 Identities=12% Similarity=0.069 Sum_probs=259.5
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccHHH-HHHH-----hcccccchhhhhHhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhh-cCCch
Q 011424 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYF-MIKD-----FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADR-YGRKP 113 (486)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr-~Grr~ 113 (486)
+.++.+....+...+......+.++. +.++ +|.+..+ .+++.+++.++..++++++|+++|| +|||+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~ 86 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRAT------AASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARP 86 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchH
Confidence 34556666677777776666556654 4444 8999999 9999999999999999999999999 89999
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHHHHHhhccchhhH-HHHHhhhccchh--hhhHhhHHHHHhhhhHHHHhhhh
Q 011424 114 VIIMGTASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEH--QALGLSTVSTAWGIGLIIGPALG 190 (486)
Q Consensus 114 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~ 190 (486)
++.++.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+...+. .+++.|++|+++ |+++++.++.+.++|..++|.++
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 166 (491)
T 4aps_A 87 AVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIV 166 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999999999988886 999999999988 77888889999999999999999
Q ss_pred hhhcccCccCCcccccccccccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHh-cCCcccCCCCCCCc---ccchhhhccc-------
Q 011424 191 GFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFW-LPETLHRHNDDDDS---CDVSYDALES------- 259 (486)
Q Consensus 191 ~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~e~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~------- 259 (486)
+.+.+ .. +|+.++.+.++..++..+...+ .|+..+....++++ .++..+..+.
T Consensus 167 ~~l~~-------~~---------g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~ 230 (491)
T 4aps_A 167 GAAQE-------AA---------GYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAG 230 (491)
T ss_dssp HHHHH-------HS---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHH
T ss_pred HHHHh-------hh---------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99998 34 4455556655555544433332 23222211111111 0100000000
Q ss_pred ------------cccchh------------------hhcccCCCcccccccchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhh
Q 011424 260 ------------ASAEVK------------------EEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWA 309 (486)
Q Consensus 260 ------------~~~~~~------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 309 (486)
..+.++ ...++......+..+....+...+...+...........++.|.
T Consensus 231 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (491)
T 4aps_A 231 FIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFA 310 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHH
Confidence 000000 00000111111111222233344444444444445555666666
Q ss_pred cCccccCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHhhh---hhh
Q 011424 310 NSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVAR-----IAGVLTIPLLTSYPYIAMLS---GFG 381 (486)
Q Consensus 310 ~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~ 381 (486)
.+. .+.+....+.......+..+++..+. +++.||.+||+... .+..+..++...+....... ...
T Consensus 311 ~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 384 (491)
T 4aps_A 311 AER-----VDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFF-AWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKV 384 (491)
T ss_dssp HHS-----CCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred HHH-----hccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHH-HHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCc
Confidence 543 35555667777777788888887744 45666667765433 44444444444443322110 011
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhccccCchhhHHhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHhhhcCCCCCCchhHH
Q 011424 382 LAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFSWAQKRLDASFLPGSQMV 461 (486)
Q Consensus 382 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 461 (486)
......+..++.+.+.....+....+..|.+|++.|+++.|+.+...++|..++|.+.+.+.+. ++...
T Consensus 385 ~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~-----------~~~~~ 453 (491)
T 4aps_A 385 SPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK-----------SEVAY 453 (491)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS-----------STTHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-----------cHHHH
Confidence 1222333444455555666778888999999999999999999999999999999998877542 46667
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 011424 462 FFVLNVVEAIGVLMTFK 478 (486)
Q Consensus 462 f~~~~~~~~~~~~~~~~ 478 (486)
|...+++.+++.++.+.
T Consensus 454 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 470 (491)
T 4aps_A 454 FSYFGLGSVVLGIVLVF 470 (491)
T ss_dssp HHHTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77777777777666554
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.97 E-value=3.3e-31 Score=253.93 Aligned_cols=389 Identities=11% Similarity=0.103 Sum_probs=247.0
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccHHHHH-HHhcccccchhhhhHhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCCchhhhHHH
Q 011424 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMI-KDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (486)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~ 119 (486)
+.++.+....+..........+.+|.+. +++|.+..+ .|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++++.
T Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~ 80 (417)
T 2cfq_A 7 TNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSD------TGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWII 80 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTT------SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHH
Confidence 4455566666667777778888898765 568999999 999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred HHHHHHH---HHHhccchHH-HHHHHHHHHHhhccchhhH-HHHHhhhccc--hhhhhHhhHHHHHhhhhHHHHhhhhhh
Q 011424 120 ASVVIFN---TLFGLSVNFW-MAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFRE--EHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGF 192 (486)
Q Consensus 120 ~~~~~~~---~~~~~a~~~~-~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~~~ 192 (486)
.+.+++. ..+.+++... .+...+++.|++.|...+. ...+.++.++ ++|+...+.......+|..++|.++++
T Consensus 81 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~ 160 (417)
T 2cfq_A 81 TGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGI 160 (417)
T ss_dssp HHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8775532 1122332221 2344555555554443332 3334444433 456777788888889999999999999
Q ss_pred hcccCccCCcccccccccccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccCCCCCCCcccchhhhccccccchhhhcccCC
Q 011424 193 LAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREA 272 (486)
Q Consensus 193 l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (486)
+.+ .+| +.++++.++..++..+..++.+|++++..+++++.+ ++.++...
T Consensus 161 l~~--------~~~---------~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------~~~~~~~~ 210 (417)
T 2cfq_A 161 MFT--------INN---------QFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVG-------------ANHSAFSL 210 (417)
T ss_dssp HHH--------HCS---------HHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSS-------------SCCCCCCH
T ss_pred HHH--------hch---------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccccccccccc-------------cccccccH
Confidence 875 233 333444444433333333444433321110000000 00000111
Q ss_pred CcccccccchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhcCccccCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 011424 273 TPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILG 352 (486)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 352 (486)
...++++++|+++...+..+........+.+++|.|+.+.. +..+.+....++......++.+++.+ ..+++.||++
T Consensus 211 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~l~dr~g 287 (417)
T 2cfq_A 211 KLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFF--ATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMF-FAPLIINRIG 287 (417)
T ss_dssp HHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS--SSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhc
Confidence 23456788888877666545444444444455666664321 11234455667778887788888877 6667777789
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhccccCchhhHHhHH-HHHHHHH
Q 011424 353 PIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIA-MTGMSLF 431 (486)
Q Consensus 353 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-~~~~~~g 431 (486)
||+.+..+..+..+....+.+.. ..+ .+.+...+.+.......+....+..|.+|++.|+++.++. +....+|
T Consensus 288 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~-~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg 361 (417)
T 2cfq_A 288 GKNALLLAGTIMSVRIIGSSFAT-----SAL-EVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLA 361 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC-----SHH-HHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-----cHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHH
Confidence 99988777666555444433211 111 1222222222233334455677889999999999999994 7888999
Q ss_pred HHHHhhhHHHHHHHHhhhcCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccCC
Q 011424 432 KAAGPAGGGALFSWAQKRLDASFLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTFKPFLAQRH 485 (486)
Q Consensus 432 ~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 485 (486)
++++|.+.|.+.+.. |+...|.+.+++.+++.++.+. ..||++
T Consensus 362 ~~~gp~l~G~l~~~~----------g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~-~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 362 MIFMSVLAGNMYESI----------GFQGAYLVLGLVALGFTLISVF-TLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHTHHHHTHHHHS----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSCCSC
T ss_pred HHHhhhhHHHHHHhc----------CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hhcCCC
Confidence 999999999999876 6888899888888888777655 455543
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=1.6e-28 Score=243.00 Aligned_cols=408 Identities=12% Similarity=0.054 Sum_probs=237.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhhcccHHH-HHHHhc------ccccchhhhhHhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhc-CCchh
Q 011424 43 LFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYF-MIKDFQ------IAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRY-GRKPV 114 (486)
Q Consensus 43 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~------~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~-Grr~~ 114 (486)
++.+.+..++..+......+.++. +.+++| .+..+ .+++.+++.++..++.+++|+++||+ |||++
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~ 87 (524)
T 2xut_A 14 IPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAV------AKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNT 87 (524)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTT------HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHH
Confidence 344555666666666666666664 567789 89988 99999999999999999999999999 99999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHhccc-hHHHHHHHHHHHHhhccchhhH-HHHHhhhccchhhhhHhhH---HHHHhhhhHHHHhhh
Q 011424 115 IIMGTASVVIFNTLFGLSV-NFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLST---VSTAWGIGLIIGPAL 189 (486)
Q Consensus 115 l~~~~~~~~~~~~~~~~a~-~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~ig~~l 189 (486)
+.++.++.+++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+. .+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|..++|.+
T Consensus 88 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~ 167 (524)
T 2xut_A 88 ILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLS 167 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999 9999999999999999888886 9999999999999876666 899999999999999
Q ss_pred hhhhcccCccCCcccccccccccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC-cccCCCCCCCcccc---hhhhcccccc--c
Q 011424 190 GGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWLPE-TLHRHNDDDDSCDV---SYDALESASA--E 263 (486)
Q Consensus 190 ~~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e-~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~--~ 263 (486)
++.+.+ ..+|+..+.+.++..++..+..++.++ .++..+++++..+. .....++... +
T Consensus 168 ~~~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 231 (524)
T 2xut_A 168 MPLLLK----------------NFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKG 231 (524)
T ss_dssp STHHHH----------------TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHH
T ss_pred HHHHhc----------------cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccC
Confidence 999987 344555556666555554444433322 11111110000000 0000000000 0
Q ss_pred h------------------------------------hhhccc----------CCCcccccccchhhHHHHHH---HHHH
Q 011424 264 V------------------------------------KEEEGR----------EATPKKSLLKNWPLMSSIIV---YCVF 294 (486)
Q Consensus 264 ~------------------------------------~~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~ 294 (486)
. .+++.+ +.....+..+.++.+..... ..+.
T Consensus 232 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (524)
T 2xut_A 232 NIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPF 311 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHH
T ss_pred ccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0 000000 00000011112222211111 1111
Q ss_pred HhhhhhhhHHHHHhhcCccccCcccccc-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HHh---hhhHHHHHHHHHHHHH
Q 011424 295 SLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYST-QMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFL----ERI---LGPIMVARIAGVLTIP 366 (486)
Q Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~ 366 (486)
..........++.+... .+.+. ...+.......++.++...+..+.. +|+ .++++.+..+..+..+
T Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 385 (524)
T 2xut_A 312 WSLFDQKASTWILQAND------MVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGL 385 (524)
T ss_dssp HTTTSSTTTHHHHHHHH------SCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHH
T ss_pred HHHHhccchhhHHhHHh------cCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11111112222222211 11111 2345555544455555544333322 333 1123344455555444
Q ss_pred HHHHHHHHHhhh---hhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhccccCchhhHHhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHH
Q 011424 367 LLTSYPYIAMLS---GFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALF 443 (486)
Q Consensus 367 ~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~ 443 (486)
+...+.+..... .........+..++.+.+.....+....+..|.+|++.||+++|+.++..++|+.++|.+.|.+.
T Consensus 386 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~ 465 (524)
T 2xut_A 386 SWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVK 465 (524)
T ss_dssp HHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 444433321000 00111223334455566666778888899999999999999999999999999999999999887
Q ss_pred HHHhhhcCCCCCCch-hHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 011424 444 SWAQKRLDASFLPGS-QMVFFVLNVVEAIGVLMTFK 478 (486)
Q Consensus 444 ~~~~~~~~~~~~~g~-~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 478 (486)
+.....+......+. ...|++.+++.+++.++.+.
T Consensus 466 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 501 (524)
T 2xut_A 466 SPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFAL 501 (524)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-
T ss_pred ccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 632100000000011 23367777777777666554
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.58 E-value=1.7e-14 Score=139.52 Aligned_cols=174 Identities=12% Similarity=0.066 Sum_probs=141.7
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccHHHHHHH-hcccccchhhhhHhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhc--CCchhhhH
Q 011424 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRY--GRKPVIIM 117 (486)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~--Grr~~l~~ 117 (486)
+.++...+..++............|.+.++ +|.+..+ .+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+.+
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~ 325 (451)
T 1pw4_A 252 KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDK------SSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGV 325 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHH
Confidence 455666666677777777777888888777 8999888 99999999999999999999999999 99999988
Q ss_pred HHHHHH-HHHHHHhcc--chHHHHHHHHHHHHhhccchhhH-HHHHhhhccchhhhhHhhHHHHHhhh-hHHHHhhhhhh
Q 011424 118 GTASVV-IFNTLFGLS--VNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGI-GLIIGPALGGF 192 (486)
Q Consensus 118 ~~~~~~-~~~~~~~~a--~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~ig~~l~~~ 192 (486)
+..+.. ++.++..+. .+.+.+.+.-++.|++.+...+. ..++.|.+|+++|++++++.+....+ |..++|.+.+.
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~ 405 (451)
T 1pw4_A 326 FFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGY 405 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 877776 676776666 47888888889999987777765 89999999999999999999999999 99999999999
Q ss_pred hcccCccCCcccccccccccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011424 193 LAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWL 236 (486)
Q Consensus 193 l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (486)
+.+ ..+|...+.+.++..++..+..+++
T Consensus 406 l~~----------------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 406 TVD----------------FFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHH----------------SSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHH----------------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 998 4445555566666665555444443
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.48 E-value=4e-13 Score=128.28 Aligned_cols=141 Identities=18% Similarity=0.121 Sum_probs=112.7
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCCchhhhHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHHHHHhhccchhhH-HHHHhhh
Q 011424 84 AGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEI 162 (486)
Q Consensus 84 ~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~ 162 (486)
.++..++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+. ..+++|.
T Consensus 261 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 340 (417)
T 2cfq_A 261 FGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQ 340 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 678888888888999999999999999999999999888888888888888888888888888876665554 8899999
Q ss_pred ccchhhhhHhhH-HHHHhhhhHHHHhhhhhhhcccCccCCcccccccccccCCChhhHHHHHHHHHHHHHH-HHhcCCcc
Q 011424 163 FREEHQALGLST-VSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIA-AFWLPETL 240 (486)
Q Consensus 163 ~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~ig~~l~~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~~ 240 (486)
+|++.|+++.+. ++....+|..++|.+++++.+ ..++...+.+.++.+++..+. ....||++
T Consensus 341 ~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 341 FEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE----------------SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH----------------HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH----------------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 999999999998 478888999999999999987 333444445656555555443 33455433
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.47 E-value=7.2e-13 Score=127.50 Aligned_cols=145 Identities=10% Similarity=0.056 Sum_probs=119.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccHHHH-HHHh-cccccchhhhhHhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCCchhhhHHH
Q 011424 42 ELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFM-IKDF-QIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (486)
Q Consensus 42 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~ 119 (486)
.++...+..++............|.+ .++. |.+..+ .++..+...++..++.++.|+++||+|||+++.++.
T Consensus 259 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~ 332 (438)
T 3o7q_A 259 HWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGF------AANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYA 332 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHH
Confidence 34444455555555556666677766 6554 999888 999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHHHHHhhccchhhH-HHHHhhhccchhhhhHhhHHHHHhhhhHHHHhhhhhhhcc
Q 011424 120 ASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQ 195 (486)
Q Consensus 120 ~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~~~l~~ 195 (486)
++..++.++..+.++.+.++.. ++.|++.+...+. .++..|.+|++ |+.+.++.. ...+|..++|.+.+++.+
T Consensus 333 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~ 406 (438)
T 3o7q_A 333 LIAMALCLISAFAGGHVGLIAL-TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSD 406 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH-HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999888888887765554 8888888887776 88889999876 888888777 566999999999999998
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.36 E-value=2.3e-11 Score=118.79 Aligned_cols=180 Identities=16% Similarity=0.078 Sum_probs=137.9
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhcCccccCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hhhHHHHHHH
Q 011424 282 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERI-LGPIMVARIA 360 (486)
Q Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~ 360 (486)
+.++......++............+.|+.+....+++|.+..+.+++.+...++..++++ ..+++.|| +|||+.+..+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~l~dr~~g~r~~~~~~ 91 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGT-IGGFVADRIIGARPAVFWG 91 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHTSCHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHhccccchHHHHHH
Confidence 345556666666666666666777777765433445799999999999999999999998 66677777 7999999998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhccccCc--hhhHHhHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 011424 361 GVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQ--RGAANGIAMTGMSLFKAAGPAG 438 (486)
Q Consensus 361 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~ 438 (486)
..+..++..+..+.... ..+.+..++.+.+.....+....++.|.+|+++ |+++.++.+....+|..++|.+
T Consensus 92 ~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 165 (491)
T 4aps_A 92 GVLIMLGHIVLALPFGA------SALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLI 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSCCST------THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhH------HHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88877777666543221 133344455566677778889999999999988 7788888999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhhhcCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 011424 439 GGALFSWAQKRLDASFLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTFK 478 (486)
Q Consensus 439 ~g~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 478 (486)
.+.+.+.. ||+..|++.++..+++.+..+.
T Consensus 166 ~~~l~~~~----------g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 195 (491)
T 4aps_A 166 VGAAQEAA----------GYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYF 195 (491)
T ss_dssp HHHHHHHS----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhhh----------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999876 8999999988777776665543
No 12
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.28 E-value=8.5e-12 Score=121.88 Aligned_cols=181 Identities=14% Similarity=0.098 Sum_probs=121.2
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhhcccHHHHHHHhcccccchhhhhHhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCCchhhhHHHHHHHH
Q 011424 45 SIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVI 124 (486)
Q Consensus 45 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~ 124 (486)
......+....+........|.+.++.+.+..+ .........+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....+
T Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~ 354 (491)
T 4gc0_A 281 GVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDI------ALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAI 354 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccc------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHH
Confidence 344444444555566666677888888887766 66677777888899999999999999999999998888877
Q ss_pred HHHHHhcc-----chHHHHHHHHH-HHHhhccchhhH-HHHHhhhccchhhhhHhhHHHHHhhhhHHHHhhhhhhhcccC
Q 011424 125 FNTLFGLS-----VNFWMAVLTRF-LLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPA 197 (486)
Q Consensus 125 ~~~~~~~a-----~~~~~l~~~r~-l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~~~l~~~~ 197 (486)
+.+..+.. ++...+...-+ ..+.+.+ ..+. ..+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+...+.+..
T Consensus 355 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~ 433 (491)
T 4gc0_A 355 GMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMS-WGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNS 433 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTT-TTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhH-HHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 76655432 22222222222 2223333 3444 889999999999999999999999999999888877665410
Q ss_pred ccCCcccccccccccCCChhhHHHHHHHHHHH-HHHHHhcCCcccC
Q 011424 198 EKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGV-TIAAFWLPETLHR 242 (486)
Q Consensus 198 ~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~e~~~~ 242 (486)
.... ..++...+++.++++++. ++.++++||++.+
T Consensus 434 -------~~~~---~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 434 -------WLVA---HFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp -------HHHH---HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred -------HHHh---hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 0000 112223334555555554 4566789998754
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.27 E-value=4.2e-11 Score=112.58 Aligned_cols=172 Identities=16% Similarity=0.076 Sum_probs=130.5
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhcCccccCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011424 289 IVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLL 368 (486)
Q Consensus 289 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 368 (486)
...++.......+....+.+. +++|.+..+.++..+...++..++++ ..+++.||+|||+.+..+..+..++.
T Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~ 79 (375)
T 2gfp_A 7 LLVAVGQMAQTIYIPAIADMA------RDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQL-FYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLAT 79 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------TTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-THHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhHHHH------HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHH
Confidence 333444444444444444433 33799999999999999999999988 66677777899999998888877777
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhccccCchhhHHhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHhh
Q 011424 369 TSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFSWAQK 448 (486)
Q Consensus 369 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~ 448 (486)
....+... ...+.+..++.+.+.....+....+..|..|+++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.+..
T Consensus 80 ~~~~~~~~------~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~-- 151 (375)
T 2gfp_A 80 LVAVTTSS------LTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMW-- 151 (375)
T ss_dssp HHHHHHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHH--
T ss_pred HHHHHhcc------HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhc--
Confidence 76665432 2234445555666777778888999999999999999999999999999999999999998876
Q ss_pred hcCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccC
Q 011424 449 RLDASFLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTFKPFLAQR 484 (486)
Q Consensus 449 ~~~~~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 484 (486)
+|+..|.+.+++.++..+...+ ..||+
T Consensus 152 --------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~ 178 (375)
T 2gfp_A 152 --------NWRACYLFLLVLCAGVTFSMAR-WMPET 178 (375)
T ss_dssp --------HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-SSCCC
T ss_pred --------cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCccc
Confidence 7999999888888777765544 45654
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.27 E-value=1.2e-10 Score=114.65 Aligned_cols=176 Identities=10% Similarity=0.005 Sum_probs=132.6
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhcCccccCccc------cccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hhH
Q 011424 282 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLN------YSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERIL-GPI 354 (486)
Q Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 354 (486)
+.++...+..++...........++.|+.+. +| ++..+.+++.+...++..++.+ ..+++.||+ |||
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~-----~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~G~l~dr~~g~r 85 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTA-----LLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPL-LGGWIADRFFGKY 85 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-----CSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHH-HHHHHHTTSSCSH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhcch
Confidence 4455566666666666666666777776544 56 8999999999999999999988 677778888 999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhccccCchhhHHhH---HHHHHHHH
Q 011424 355 MVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGI---AMTGMSLF 431 (486)
Q Consensus 355 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~---~~~~~~~g 431 (486)
+.+..+..+..++.++..+.. .....+.+..++.+.+.....+...+++.|.+|+++|+++.+. .+...++|
T Consensus 86 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g 160 (524)
T 2xut_A 86 NTILWLSLIYCVGHAFLAIFE-----HSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFG 160 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS-----SCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-----ccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 998888877777766665532 0111333444555666677788889999999999999877666 88889999
Q ss_pred HHHHhhhHHHHHHHHhhhcCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 011424 432 KAAGPAGGGALFSWAQKRLDASFLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTFK 478 (486)
Q Consensus 432 ~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 478 (486)
..++|.+.+.+.+.. ||+..|++.+++.+++.+..+.
T Consensus 161 ~~~g~~~~~~l~~~~----------g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 161 SFFASLSMPLLLKNF----------GAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHTSTHHHHTS----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHhccc----------cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999998765 7999999888887776665543
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=64.05 E-value=2.1 Score=20.25 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.888 Sum_probs=11.3
Q ss_pred hhhhhhhhcCCchh
Q 011424 101 FWGLVADRYGRKPV 114 (486)
Q Consensus 101 ~~G~l~dr~Grr~~ 114 (486)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999864
Done!