Query 011470
Match_columns 485
No_of_seqs 468 out of 1487
Neff 11.2
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 08:49:01 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/011470.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/011470hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 4.5E-48 1.5E-52 379.4 43.2 428 41-485 5-479 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 4.3E-39 1.5E-43 312.1 25.9 393 43-468 23-433 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 6.6E-37 2.2E-41 295.6 33.9 346 47-447 25-409 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.4E-32 4.7E-37 269.3 31.6 387 78-475 49-478 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 6.7E-34 2.3E-38 268.6 14.0 351 51-455 3-362 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 4.4E-30 1.5E-34 245.5 10.5 366 65-476 24-407 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 2.7E-28 9.3E-33 240.8 19.2 146 71-216 36-196 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 5.1E-14 1.7E-18 135.8 13.4 157 62-218 266-433 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 9.1E-12 3.1E-16 119.5 17.4 147 284-443 29-177 (438)
10 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 5.2E-13 1.8E-17 127.2 8.5 141 82-222 258-404 (417)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 3.8E-12 1.3E-16 124.1 11.7 154 68-221 303-475 (491)
12 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 2.2E-12 7.4E-17 125.9 8.6 156 66-222 295-467 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.2 2.2E-11 7.6E-16 114.2 9.4 162 296-473 15-179 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 99.1 1E-09 3.6E-14 107.8 16.0 149 297-460 28-190 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 68.3 3.1 0.0001 19.7 1.6 14 102-115 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 27.3 1.4E+02 0.0049 24.0 6.1 25 89-113 99-123 (198)
17 3arc_T Photosystem II reaction 23.2 80 0.0027 16.7 2.5 13 211-223 16-28 (32)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=4.5e-48 Score=379.38 Aligned_cols=428 Identities=29% Similarity=0.494 Sum_probs=344.5
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHhhhhccccccccccchhHHHHHhhhCC--------CchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhch
Q 011470 41 DSSISVLACVLIVALGPIQFGFTCGYSSPTQTAITRDLEL--------TLSEFSLFASLSNVGAMVGAITSGQISEYIGR 112 (485)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--------s~~~~~~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Gr 112 (485)
.++++.+.+.++.+++.++.++|.+.++..+|.+.++++. +..+.|++.+++.+|..+|++++|+++||+||
T Consensus 5 ~~~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GR 84 (491)
T 4gc0_A 5 YNSSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGR 84 (491)
T ss_dssp CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCH
T ss_pred cChHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 3456777777888899999999999999999999998843 34467899999999999999999999999999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------HhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhcCCCCcchhHH
Q 011470 113 KGSLMIAAIPNIIGWLAIS------------------FARESSFLYMGRLLEGFGVGIISYTVPVYIAEIAPQNLRGALG 174 (485)
Q Consensus 113 r~~~~~~~~l~~~~~~~~~------------------~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~ 174 (485)
|++++++.+++.+++++++ +++|+++++++|+++|+|.|+..+....+++|+.|+++|++..
T Consensus 85 k~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~ 164 (491)
T 4gc0_A 85 RDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLV 164 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhH
Confidence 9999999999999999999 4789999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhccc------------cchhHHHhhHHHHHHHHHHhhccCCchhHHHhcCCHHHHHHHHHHHh
Q 011470 175 SVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV------------PWRILAVLGILPCTILITGLFFIPESPRWLAKMGMTEDFEASLQVLR 242 (485)
Q Consensus 175 ~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l------------~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 242 (485)
++.+.+..+|.++++.++... .||+.+.+..++.++.++..+++||+|+|+..+++.+++.+.+++..
T Consensus 165 ~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~ 244 (491)
T 4gc0_A 165 SFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIM 244 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhc
Confidence 999999999999988776433 48888888888888888888999999999999999999998888765
Q ss_pred CCCcchHHHHHHHHHHHhhccccchhhhHHhhhcccchhHHHHHHHHHHHhhcchhhHHHhHHHHHhHcCCCchh--hHH
Q 011470 243 GFDTDISIEVNEIKRSVASSSRRTTIRFSELKQRRYYFPLTVGIGLLILQQLSGINGVVFYSSTIFESAGITSSD--VAT 320 (485)
Q Consensus 243 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~--~~~ 320 (485)
+.+...++..+..+...+ .++....... ...++.........+.++.+.+.+..|.+.+.+..+.+... ...
T Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 318 (491)
T 4gc0_A 245 GNTLATQAVQEIKHSLDH---GRKTGGRLLM---FGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQT 318 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHTTHHHH---SCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHH
T ss_pred CCchhHHHHHHHHHHHHh---hhhhhhHHHH---hcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHH
Confidence 432221111111111100 0011111111 22334456666677777778888899999999888876554 445
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCc
Q 011470 321 LGLGALQVIATGVTTWLADKAGRRALLIISSVGMTVSILIVAVSFFVKGFVSDDSSCYSILDIFSVIGVVAMVVTFSLGM 400 (485)
Q Consensus 321 ~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 400 (485)
...++..+++.++++++.||+|||+.+..+...+.++.+.+......... ....++...++..+++.+.
T Consensus 319 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~-----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 387 (491)
T 4gc0_A 319 IIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAP-----------GIVALLSMLFYVAAFAMSW 387 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC-----------HHHHHHHHHHHHHHHHTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccc-----------hHHHHHHHHHHHHHHHhHH
Confidence 56678889999999999999999999999888888887776655433321 2334455556667777888
Q ss_pred ccchhhhccccCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------hhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCC
Q 011470 401 GPIPWVIMSEILPINIKGLAGSVATLANWLTVWLITMTANLLLN-------WSGGGTFAIYTVVSAFTVAFVSIWVPETK 473 (485)
Q Consensus 401 ~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~i~g~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 473 (485)
.++.+.+.+|.+|++.|+++.|+.+..+++++++++.+.+.+.+ .+....++++++++++..++.++++||||
T Consensus 388 ~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 388 GPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 88889999999999999999999999999999999998887644 23445677888888888888999999999
Q ss_pred CCCHHHHHhhhC
Q 011470 474 GKTLEEIQRSLR 485 (485)
Q Consensus 474 ~~~~~~~~~~~~ 485 (485)
+|++||+|+.||
T Consensus 468 g~tLeei~~~f~ 479 (491)
T 4gc0_A 468 GKTLEELEALWE 479 (491)
T ss_dssp TCCHHHHGGGTC
T ss_pred CCCHHHHHHHhC
Confidence 999999998875
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=4.3e-39 Score=312.15 Aligned_cols=393 Identities=12% Similarity=0.081 Sum_probs=282.8
Q ss_pred hhHHHHHHHHHhhhhccccccccccchhHHHHHhhhCCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhchhHHHHHHHHH
Q 011470 43 SISVLACVLIVALGPIQFGFTCGYSSPTQTAITRDLELTLSEFSLFASLSNVGAMVGAITSGQISEYIGRKGSLMIAAIP 122 (485)
Q Consensus 43 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~l 122 (485)
+++++..+..++++.+..+++....++.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~ 101 (451)
T 1pw4_A 23 RRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLIL 101 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHH
Confidence 344566677777788888899999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHH----hhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc---
Q 011470 123 NIIGWLAISF----ARESSFLYMGRLLEGFGVGIISYTVPVYIAEIAPQNLRGALGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV--- 195 (485)
Q Consensus 123 ~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l--- 195 (485)
.+++.+++++ ++|++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+.++|.+++|.+++.+
T Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~ 181 (451)
T 1pw4_A 102 AAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAW 181 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999988764
Q ss_pred -c-chhHHHhhHHHHHH-HHHHhhccCCchhHHHhcCCHHHHHHHHHHHhCCCcchHHHHHHHHHHHhhccccchhhhHH
Q 011470 196 -P-WRILAVLGILPCTI-LITGLFFIPESPRWLAKMGMTEDFEASLQVLRGFDTDISIEVNEIKRSVASSSRRTTIRFSE 272 (485)
Q Consensus 196 -~-wr~~f~~~~~~~~~-~~~~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (485)
+ ||+.|++.++..++ .++.++++||+|+....+++.++. ++...+ .++..+++...++...++
T Consensus 182 ~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 247 (451)
T 1pw4_A 182 FNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYK-----------NDYPDD---YNEKAEQELTAKQIFMQY 247 (451)
T ss_dssp TCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTC-----------CC----------------CCTHHHHHH
T ss_pred hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhc-----------cccccc---chhhhhcccccccchHHH
Confidence 7 99999997766555 555667788887543211111000 000000 000000011111111233
Q ss_pred hhhcccchhHHHHHHHHHHHhhcchhhHHHhHHHHHhH-cCCCchh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--cchhHH
Q 011470 273 LKQRRYYFPLTVGIGLLILQQLSGINGVVFYSSTIFES-AGITSSD--VATLGLGALQVIATGVTTWLADKA--GRRALL 347 (485)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--~~~~~~ 347 (485)
.++++. ++...+..+...........+.|.+.++ .|.+... .......++.+++.++.+++.||+ +||+.+
T Consensus 248 ~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~ 323 (451)
T 1pw4_A 248 VLPNKL----LWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGAT 323 (451)
T ss_dssp TSSCHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHH
T ss_pred HHcCHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhH
Confidence 333332 3444444444444566677888888877 6887665 555566788999999999999999 999887
Q ss_pred HHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhhcccCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhccccCCccchhhHHHHHHH
Q 011470 348 IISSVGMT-VSILIVAVSFFVKGFVSDDSSCYSILDIFSVIGVVAMVVTFSLGMGPIPWVIMSEILPINIKGLAGSVATL 426 (485)
Q Consensus 348 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~ 426 (485)
..+..+.. ++.+++... .. ...+......++.+.+.+. ..+....+..|.+|++.|+++.|+.+.
T Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~----------~~~~~~~~~~~~~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 389 (451)
T 1pw4_A 324 GVFFMTLVTIATIVYWMN---PA----------GNPTVDMICMIVIGFLIYG-PVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGL 389 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTSC---CT----------TCHHHHHHHHHHHHHHHTH-HHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHh---cc----------cCHHHHHHHHHHHHHHHhc-hHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHH
Confidence 76665554 333332211 00 0112223333333333332 234445889999999999999999999
Q ss_pred HHHH-HHHHHHHHHHHHHHh-hcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011470 427 ANWL-TVWLITMTANLLLNW-SGGGTFAIYTVVSAFTVAFVSIW 468 (485)
Q Consensus 427 ~~~~-g~~~~~~i~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 468 (485)
..++ |..++|.+.|.+.+. +....+...+++.++..++.+..
T Consensus 390 ~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 390 FGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999 999999999999995 44444555555555554444443
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=6.6e-37 Score=295.62 Aligned_cols=346 Identities=12% Similarity=0.098 Sum_probs=260.4
Q ss_pred HHHHHHHhhhhccccccccccchhHHHHHhhhCCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHHHH
Q 011470 47 LACVLIVALGPIQFGFTCGYSSPTQTAITRDLELTLSEFSLFASLSNVGAMVGAITSGQISEYIGRKGSLMIAAIPNIIG 126 (485)
Q Consensus 47 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~~~ 126 (485)
+..+..+++..+..+++....++.+|.+.+++|++..+.|++.+++.+++.++++++|+++||+|||++++++.++.+++
T Consensus 25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~ 104 (438)
T 3o7q_A 25 IIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALG 104 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33444555566667888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHH---HHhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc-----c--
Q 011470 127 WLAI---SFARESSFLYMGRLLEGFGVGIISYTVPVYIAEIAPQNLRGALGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV-----P-- 196 (485)
Q Consensus 127 ~~~~---~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l-----~-- 196 (485)
.+++ +++++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+++|.+++.+ +
T Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~ 184 (438)
T 3o7q_A 105 AALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQ 184 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCC
T ss_pred HHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccc
Confidence 9999 88899999999999999999999999999999999999999999999999999999999988766 2
Q ss_pred -----------------------chhHHHhhHHHHHHHHHHh--hccCCchhHHHhcCCHHHHHHHHHHHhCCCcchHHH
Q 011470 197 -----------------------WRILAVLGILPCTILITGL--FFIPESPRWLAKMGMTEDFEASLQVLRGFDTDISIE 251 (485)
Q Consensus 197 -----------------------wr~~f~~~~~~~~~~~~~~--~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 251 (485)
||+.|++.+...++..+.. ...||+++...+
T Consensus 185 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~------------------------ 240 (438)
T 3o7q_A 185 SQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHS------------------------ 240 (438)
T ss_dssp CHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCC------------------------
T ss_pred cccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccccc------------------------
Confidence 9999977554444433222 234555421000
Q ss_pred HHHHHHHHhhccccchhhhHHhhhcccchhHHHHHHHHHHHhhcchhhHHHhHHHH-HhHc-CCCchh--hHHHHHHHHH
Q 011470 252 VNEIKRSVASSSRRTTIRFSELKQRRYYFPLTVGIGLLILQQLSGINGVVFYSSTI-FESA-GITSSD--VATLGLGALQ 327 (485)
Q Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-g~~~~~--~~~~~~~~~~ 327 (485)
++++++.+..++++++++..+...+ ..+...........+.|.+ .++. |.+... .......++.
T Consensus 241 --------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 308 (438)
T 3o7q_A 241 --------DAKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVL----AQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCF 308 (438)
T ss_dssp --------CSSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --------cccccchhhhHHHHHhChHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0111222334555665554333332 2333333355666777777 7766 887665 5555667888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhh
Q 011470 328 VIATGVTTWLADKAGRRALLIISSVGMTVSILIVAVSFFVKGFVSDDSSCYSILDIFSVIGVVAMVVTFSLGMGPIPWVI 407 (485)
Q Consensus 328 ~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 407 (485)
+++.++.+++.||++||+.+..+.++..++.+++.... .....+...+.+.+.+. ..+..+.+
T Consensus 309 ~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~g~~~~~-~~~~~~~~ 371 (438)
T 3o7q_A 309 FIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAG----------------GHVGLIALTLCSAFMSI-QYPTIFSL 371 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----------------HHHHHHHHHHHHHHHTT-HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC----------------CcHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHH
Confidence 99999999999999999998888877766665554321 01122333444444433 34556688
Q ss_pred ccccCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 011470 408 MSEILPINIKGLAGSVATLANWLTVWLITMTANLLLNWSG 447 (485)
Q Consensus 408 ~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~i~g~~~~~~~ 447 (485)
..|.+|++ ++.+.++.. ...+|+.++|.+.|.+.|..+
T Consensus 372 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g 409 (438)
T 3o7q_A 372 GIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAG 409 (438)
T ss_dssp HHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 88888866 888888877 677999999999999999544
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.4e-32 Score=269.30 Aligned_cols=387 Identities=12% Similarity=0.069 Sum_probs=244.9
Q ss_pred hCCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhh-hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhh
Q 011470 78 LELTLSEFSLFASLSNVGAMVGAITSGQISEY-IGRKGSLMIAAIPNIIGWLAISFARESSFLYMGRLLEGFGVGIISYT 156 (485)
Q Consensus 78 ~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr-~Grr~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~ 156 (485)
+|.+..+.+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+...+.
T Consensus 49 ~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~ 128 (491)
T 4aps_A 49 LHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPN 128 (491)
T ss_dssp CCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccch
Confidence 99999999999999999999999999999999 89999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhcCCCCc--chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc----cchhHHHhhHHHHHHHHHHhhcc-CCc----hhHH
Q 011470 157 VPVYIAEIAPQNL--RGALGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----PWRILAVLGILPCTILITGLFFI-PES----PRWL 225 (485)
Q Consensus 157 ~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l----~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~----p~~~ 225 (485)
..+++.|++|+++ |+.+.++++.+.++|..++|.+++.+ +||+.|++.++..++.++..++. |+. .+..
T Consensus 129 ~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 208 (491)
T 4aps_A 129 VSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRP 208 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCC
T ss_pred HHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCC
Confidence 9999999999988 77788889999999999999988775 89999999766555543333322 211 1111
Q ss_pred HhcCCHHHHHHHHHH---------------HhCCCcchHHHHHHHHH--------HHhhccccchhhhHHhhhcccchhH
Q 011470 226 AKMGMTEDFEASLQV---------------LRGFDTDISIEVNEIKR--------SVASSSRRTTIRFSELKQRRYYFPL 282 (485)
Q Consensus 226 ~~~~~~~~~~~~~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 282 (485)
..+.+.++.++..+. ......+.+........ ......+++..... .+++...
T Consensus 209 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~-- 284 (491)
T 4aps_A 209 TDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTST--EHLRVVS-- 284 (491)
T ss_dssp SCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------------CTT--
T ss_pred CCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHH--HHHHHHH--
Confidence 111122332222221 00001011000000000 00000000000000 1111111
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhcchhhHHHhHHHHHhH-cCCC--chhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchhHHH-----HHHHHH
Q 011470 283 TVGIGLLILQQLSGINGVVFYSSTIFES-AGIT--SSDVATLGLGALQVIATGVTTWLADKAGRRALLI-----ISSVGM 354 (485)
Q Consensus 283 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~-----~~~~~~ 354 (485)
.+...+.....+..+.....+.+.+.++ .+.+ ..........+..+++.++.+++.||++||+... .+..+.
T Consensus 285 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~ 364 (491)
T 4aps_A 285 YIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFA 364 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHH
Confidence 1112222222222233444455666655 3444 2335566667888888999999999999886544 555555
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhcccCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhccccCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011470 355 TVSILIVAVSFFVKGFVSDDSSCYSILDIFSVIGVVAMVVTFSLGMGPIPWVIMSEILPINIKGLAGSVATLANWLTVWL 434 (485)
Q Consensus 355 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~ 434 (485)
+++.+++.......... .+ ...+.......+.+.+.+. ..+..+.++.|.+|++.|+++.|+.+...++|..+
T Consensus 365 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~-----~~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i 437 (491)
T 4aps_A 365 GLSFLLMAIPGALYGTS-GK-----VSPLWLVGSWALVILGEML-ISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSAL 437 (491)
T ss_dssp HHHHTTTHHHHHHCCCC-TT-----CCTHHHHHHHHHHHHHHHT-TTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcCCC-CC-----ccHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 55555554433221100 00 0112233334444444443 34555689999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCC
Q 011470 435 ITMTANLLLNWSGGGTFAIYTVVSAFTVAFVSIWVPETKGK 475 (485)
Q Consensus 435 ~~~i~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 475 (485)
+|.+.+.+.+.+....+...++++++..++.++..++.+++
T Consensus 438 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 478 (491)
T 4aps_A 438 NAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQGL 478 (491)
T ss_dssp HHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-------
T ss_pred HHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999988887776777777777777776666666655443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=6.7e-34 Score=268.63 Aligned_cols=351 Identities=14% Similarity=0.142 Sum_probs=254.6
Q ss_pred HHHhhhhccccccccccchhHHHHHhhhCCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011470 51 LIVALGPIQFGFTCGYSSPTQTAITRDLELTLSEFSLFASLSNVGAMVGAITSGQISEYIGRKGSLMIAAIPNIIGWLAI 130 (485)
Q Consensus 51 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~~~~~~~ 130 (485)
.++++..+..+++.....+.+|.+.+++|.++.+.+++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++..+..+.+++.++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34455566667888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc----cchhHHHhhHH
Q 011470 131 SFARESSFLYMGRLLEGFGVGIISYTVPVYIAEIAPQNLRGALGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----PWRILAVLGIL 206 (485)
Q Consensus 131 ~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l----~wr~~f~~~~~ 206 (485)
++++|++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.+++.+ +||+.|++.++
T Consensus 83 ~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 162 (375)
T 2gfp_A 83 VTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLV 162 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998876 79999998776
Q ss_pred HHHHHHH-HhhccCCchhHHHhcCCHHHHHHHHHHHhCCCcchHHHHHHHHHHHhhccccchhhhHHhhhcccchhHHHH
Q 011470 207 PCTILIT-GLFFIPESPRWLAKMGMTEDFEASLQVLRGFDTDISIEVNEIKRSVASSSRRTTIRFSELKQRRYYFPLTVG 285 (485)
Q Consensus 207 ~~~~~~~-~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 285 (485)
..++..+ ..+++||+++... ++++...++++.++++..+.
T Consensus 163 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---- 203 (375)
T 2gfp_A 163 LCAGVTFSMARWMPETRPVDA-----------------------------------PRTRLLTSYKTLFGNSGFNC---- 203 (375)
T ss_dssp HHHHHHCCCCCSSCCCSTTTC-----------------------------------CCCCTTTCSTHHHHHHHHHH----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHCcccCCCCc-----------------------------------ccccHHHHHHHHhcCcchHH----
Confidence 6655444 5667788753210 00112223444454443322
Q ss_pred HHHHHHHhhcchhhHHHhHHHHHhH-cCCCchh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchhHHHHHHHH-HHHHHHHH
Q 011470 286 IGLLILQQLSGINGVVFYSSTIFES-AGITSSD--VATLGLGALQVIATGVTTWLADKAGRRALLIISSVG-MTVSILIV 361 (485)
Q Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~ 361 (485)
..+..+...........+.|.+.++ .|.++.. .......++.+++.++.+++.||.+++ ...+... ...+...+
T Consensus 204 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (375)
T 2gfp_A 204 YLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MWQSVICCLLAGLLMW 281 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HHHHHHHHHHTSSSSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2222233333344555566666555 5665444 444555778888889999999998872 2222222 22222211
Q ss_pred HHHHHhhcccCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhccccCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011470 362 AVSFFVKGFVSDDSSCYSILDIFSVIGVVAMVVTFSLGMGPIPWVIMSEILPINIKGLAGSVATLANWLTVWLITMTANL 441 (485)
Q Consensus 362 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~i~g~ 441 (485)
....... ...+.......+.+.+.+.. .+....+..|..| ++|+++.|+.+...++|..++|.+.|.
T Consensus 282 ~~~~~~~-----------~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~ 348 (375)
T 2gfp_A 282 IPDWFGV-----------MNVWTLLVPAALFFFGAGML-FPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAM 348 (375)
T ss_dssp HHHHHHH-----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-SSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTH
T ss_pred HHhhhcc-----------ccHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 1111000 01122334444455555544 4455588899988 899999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhhcchhHHHHH
Q 011470 442 LLNWSGGGTFAIYT 455 (485)
Q Consensus 442 ~~~~~~~~~~~~~~ 455 (485)
+.+.++........
T Consensus 349 l~~~~~~~~~~~~~ 362 (375)
T 2gfp_A 349 LPQTGQGSLGLLMT 362 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhcCCcccHHHHHH
Confidence 98865544444433
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.96 E-value=4.4e-30 Score=245.51 Aligned_cols=366 Identities=11% Similarity=0.047 Sum_probs=218.7
Q ss_pred cccchhHHH-HHhhhCCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHhhhH-HHH
Q 011470 65 GYSSPTQTA-ITRDLELTLSEFSLFASLSNVGAMVGAITSGQISEYIGRKGSLMIAAIPNIIGW---LAISFARES-SFL 139 (485)
Q Consensus 65 ~~~~~~~~~-i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~~~~---~~~~~~~~~-~~~ 139 (485)
....+.+|. +++++|+++.+.|++.+.+.+++.++++++|+++||+|||++++++..+.+++. ...++++.. ..+
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 103 (417)
T 2cfq_A 24 GAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNI 103 (417)
T ss_dssp HHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344566666 566799999999999999999999999999999999999999999888776532 222333322 124
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhcCCC--CcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc---cchhHHHhhHHHHHHHHHH
Q 011470 140 YMGRLLEGFGVGIISYTVPVYIAEIAPQ--NLRGALGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV---PWRILAVLGILPCTILITG 214 (485)
Q Consensus 140 ~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l---~wr~~f~~~~~~~~~~~~~ 214 (485)
...+++.|++.+...+.....+.++.++ ++|+...+.......+|..++|.+++.+ +||+.|++.++..++..+.
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~ 183 (417)
T 2cfq_A 104 LVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFTINNQFVFWLGSGCALILAVL 183 (417)
T ss_dssp CHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHTTTTTTTTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5567777776666555555555555443 3456666777667777888888777665 7999999876665554444
Q ss_pred hhccCCchhHHHhcCCHHHHHHHHHHHhCCCcchHHHHHHHHHHHhhccccchhhhHHhhhcccchhHHHHHHHHHHHhh
Q 011470 215 LFFIPESPRWLAKMGMTEDFEASLQVLRGFDTDISIEVNEIKRSVASSSRRTTIRFSELKQRRYYFPLTVGIGLLILQQL 294 (485)
Q Consensus 215 ~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 294 (485)
.++.+|+++. +.+.++ . + .+++++.....++++++++..+...+ ..+...
T Consensus 184 ~~~~~~~~~~---~~~~~~-----------~-~-----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~ 233 (417)
T 2cfq_A 184 LFFAKTDAPS---SATVAN-----------A-V-----------GANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSL----YVIGVS 233 (417)
T ss_dssp SCSSCCCCSC---SSCSSS-----------S-S-----------SSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHH----HHHHHH
T ss_pred HHHcCccccc---cccccc-----------c-c-----------ccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHH----HHHHHH
Confidence 4454443311 000000 0 0 00000111122334444433222221 111111
Q ss_pred cchhhHHHhHHHHHhHc-CCC---chh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011470 295 SGINGVVFYSSTIFESA-GIT---SSD--VATLGLGALQVIATGVTTWLADKAGRRALLIISSVGMTVSILIVAVSFFVK 368 (485)
Q Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-g~~---~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 368 (485)
..+.....+.|.+..+. +.. ... .......+..+++.++.++++||++||+.+..+..+.+++.+.+... .
T Consensus 234 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~---~ 310 (417)
T 2cfq_A 234 CTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA---T 310 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC---C
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---c
Confidence 12233334455555443 211 111 23334456778899999999999999998887776666554433211 0
Q ss_pred cccCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhccccCCccchhhHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-h
Q 011470 369 GFVSDDSSCYSILDIFSVIGVVAMVVTFSLGMGPIPWVIMSEILPINIKGLAGSVA-TLANWLTVWLITMTANLLLNW-S 446 (485)
Q Consensus 369 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~-~~~~~~g~~~~~~i~g~~~~~-~ 446 (485)
+ .+..++...+....... ..+..+.+..|.+|++.|+++.+.. +...++|++++|.+.|.+.+. +
T Consensus 311 ~------------~~~~~~~~~l~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g 377 (417)
T 2cfq_A 311 S------------ALEVVILKTLHMFEVPF-LLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIG 377 (417)
T ss_dssp S------------HHHHHHHTTHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSH
T ss_pred c------------HHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcC
Confidence 0 11112222222222221 1223358999999999999999995 888899999999999999884 4
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCC
Q 011470 447 GGGTFAIYTVVSAFTVAFVSIWVPETKGKT 476 (485)
Q Consensus 447 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (485)
....+...++++++..++.+...+|+++.+
T Consensus 378 ~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 407 (417)
T 2cfq_A 378 FQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGPLS 407 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCTTC
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCchH
Confidence 344455556555555555555566555433
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=2.7e-28 Score=240.79 Aligned_cols=146 Identities=12% Similarity=0.111 Sum_probs=131.2
Q ss_pred HHHHHhhhC------CCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhh-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hHHHHHHH
Q 011470 71 QTAITRDLE------LTLSEFSLFASLSNVGAMVGAITSGQISEYI-GRKGSLMIAAIPNIIGWLAISFAR-ESSFLYMG 142 (485)
Q Consensus 71 ~~~i~~~~~------~s~~~~~~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~-Grr~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~ 142 (485)
.+.+.+++| .+..+.+++.+++.++..++.++.|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ +++.+++.
T Consensus 36 ~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 115 (524)
T 2xut_A 36 TPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTG 115 (524)
T ss_dssp HHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHH
Confidence 345678899 9999999999999999999999999999999 999999999999999999999999 99999999
Q ss_pred HHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhcCCCCcchhHHHH---HHHHHHHHHHHHHHhhccc----cchhHHHhhHHHHHHHHHHh
Q 011470 143 RLLEGFGVGIISYTVPVYIAEIAPQNLRGALGSV---NQLSVTIGIMLAYLLGLFV----PWRILAVLGILPCTILITGL 215 (485)
Q Consensus 143 r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~~~~~~~~~l----~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~ 215 (485)
|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. ...+.++|.+++|.+++.+ +||+.|++.++..++..+..
T Consensus 116 ~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 195 (524)
T 2xut_A 116 LFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFF 195 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999876666 8899999999999988765 89999998776655544443
Q ss_pred h
Q 011470 216 F 216 (485)
Q Consensus 216 ~ 216 (485)
+
T Consensus 196 ~ 196 (524)
T 2xut_A 196 W 196 (524)
T ss_dssp H
T ss_pred H
Confidence 3
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.53 E-value=5.1e-14 Score=135.82 Aligned_cols=157 Identities=13% Similarity=0.116 Sum_probs=130.6
Q ss_pred ccccccchhHHHHHhh-hCCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhh--chhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHh--hh
Q 011470 62 FTCGYSSPTQTAITRD-LELTLSEFSLFASLSNVGAMVGAITSGQISEYI--GRKGSLMIAAIPNI-IGWLAISFA--RE 135 (485)
Q Consensus 62 ~~~~~~~~~~~~i~~~-~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~--Grr~~~~~~~~l~~-~~~~~~~~~--~~ 135 (485)
..........|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..+..+.. ++.++..+. .+
T Consensus 266 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 345 (451)
T 1pw4_A 266 LLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGN 345 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccC
Confidence 3333445567777666 899999999999999999999999999999999 99999988887776 666666665 37
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhcCCCCcchhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhhccc----cchhHHHhhHHHHHH
Q 011470 136 SSFLYMGRLLEGFGVGIISYTVPVYIAEIAPQNLRGALGSVNQLSVTI-GIMLAYLLGLFV----PWRILAVLGILPCTI 210 (485)
Q Consensus 136 ~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-G~~~~~~~~~~l----~wr~~f~~~~~~~~~ 210 (485)
.+.+.+..++.|++.+...+....++.|.+|+++|+++.++.+....+ |..++|.+.+.+ +|+..|++.++..++
T Consensus 346 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 425 (451)
T 1pw4_A 346 PTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSIL 425 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHH
Confidence 788888889999999999999999999999999999999999999999 999999887765 799998887766666
Q ss_pred HHHHhhcc
Q 011470 211 LITGLFFI 218 (485)
Q Consensus 211 ~~~~~~~~ 218 (485)
..+..+++
T Consensus 426 ~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 426 AVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH
Confidence 54444433
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.39 E-value=9.1e-12 Score=119.48 Aligned_cols=147 Identities=9% Similarity=-0.045 Sum_probs=110.2
Q ss_pred HHHHHHHHHhhcchhhHHHhHHHHHhHcCCCchh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011470 284 VGIGLLILQQLSGINGVVFYSSTIFESAGITSSD--VATLGLGALQVIATGVTTWLADKAGRRALLIISSVGMTVSILIV 361 (485)
Q Consensus 284 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 361 (485)
..+.+..+.............|.+.++.|.+..+ .......++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.+++.++.
T Consensus 29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~ 108 (438)
T 3o7q_A 29 ALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALF 108 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3333444444444456667788888999998877 55566678889999999999999999999999999888888777
Q ss_pred HHHHHhhcccCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhccccCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011470 362 AVSFFVKGFVSDDSSCYSILDIFSVIGVVAMVVTFSLGMGPIPWVIMSEILPINIKGLAGSVATLANWLTVWLITMTANL 441 (485)
Q Consensus 362 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~i~g~ 441 (485)
.......+ .+..++..++.+.+.+... +...+++.|.+|+++|+.+.++.+....+|..++|.+.+.
T Consensus 109 ~~~~~~~~------------~~~l~~~~~l~G~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~ 175 (438)
T 3o7q_A 109 WPAAEIMN------------YTLFLVGLFIIAAGLGCLE-TAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQS 175 (438)
T ss_dssp HHHHHTTC------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTH
T ss_pred Hhcccccc------------HHHHHHHHHHHHhhHHHhh-hhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 43322221 1333444555555555443 3445999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HH
Q 011470 442 LL 443 (485)
Q Consensus 442 ~~ 443 (485)
+.
T Consensus 176 l~ 177 (438)
T 3o7q_A 176 LI 177 (438)
T ss_dssp HH
T ss_pred HH
Confidence 88
No 10
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.39 E-value=5.2e-13 Score=127.19 Aligned_cols=141 Identities=13% Similarity=0.095 Sum_probs=115.5
Q ss_pred chhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHH
Q 011470 82 LSEFSLFASLSNVGAMVGAITSGQISEYIGRKGSLMIAAIPNIIGWLAISFARESSFLYMGRLLEGFGVGIISYTVPVYI 161 (485)
Q Consensus 82 ~~~~~~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i 161 (485)
..+.++..++..++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.++.++.++.+.+++..++.|++.+...+....++
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 337 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYI 337 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45568888888889999999999999999999999999988888877777778888888888888888877777788999
Q ss_pred HhcCCCCcchhHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhccc----cchhHHHhhHHHHHHH-HHHhhccCCch
Q 011470 162 AEIAPQNLRGALGSV-NQLSVTIGIMLAYLLGLFV----PWRILAVLGILPCTIL-ITGLFFIPESP 222 (485)
Q Consensus 162 ~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~~~~~~~~~l----~wr~~f~~~~~~~~~~-~~~~~~~~e~p 222 (485)
.|.+|++.|+.+.++ ++....+|.+++|.+++.+ +++..|.+.++..++. ++.+++.||.+
T Consensus 338 ~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 338 TSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 999999999999888 4777888988888888765 6777887766655554 34455566654
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.34 E-value=3.8e-12 Score=124.09 Aligned_cols=154 Identities=15% Similarity=0.053 Sum_probs=119.6
Q ss_pred chhHHHH-HhhhCCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhchhHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHhh-------
Q 011470 68 SPTQTAI-TRDLELTLSEFSLFASLSNVGAMVGAITSGQISEYIGRKGSLM-----IAAIPNIIGWLAISFAR------- 134 (485)
Q Consensus 68 ~~~~~~i-~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~-----~~~~l~~~~~~~~~~~~------- 134 (485)
...+|.. .+.++.+..+.++..+...++..++.++.|++.||+|||+... .+.++.+++.++.++..
T Consensus 303 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (491)
T 4aps_A 303 SVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSG 382 (491)
T ss_dssp GTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCT
T ss_pred cHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCC
Confidence 3445544 4446777778899999999999999999999999999987655 77777777777777654
Q ss_pred --hHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc---cchhHHHhhHHHHH
Q 011470 135 --ESSFLYMGRLLEGFGVGIISYTVPVYIAEIAPQNLRGALGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV---PWRILAVLGILPCT 209 (485)
Q Consensus 135 --~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l---~wr~~f~~~~~~~~ 209 (485)
+.+.+.+.-++.|++.+...+....++.|.+|+++|+++.++.+....+|..+++.+.+.+ ++.+.|++.+...+
T Consensus 383 ~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 462 (491)
T 4aps_A 383 KVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSV 462 (491)
T ss_dssp TCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHH
T ss_pred CccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7778888899999999999999999999999999999999999999999999999998877 56666776554444
Q ss_pred H-HHHHhhccCCc
Q 011470 210 I-LITGLFFIPES 221 (485)
Q Consensus 210 ~-~~~~~~~~~e~ 221 (485)
+ .++.+++.++.
T Consensus 463 ~~~~~~~~~~~~~ 475 (491)
T 4aps_A 463 VLGIVLVFLSKRI 475 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHC----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHH
Confidence 4 44444444443
No 12
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.32 E-value=2.2e-12 Score=125.86 Aligned_cols=156 Identities=14% Similarity=0.033 Sum_probs=113.2
Q ss_pred ccchhHHHHHhhhCCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-----hHHHHH
Q 011470 66 YSSPTQTAITRDLELTLSEFSLFASLSNVGAMVGAITSGQISEYIGRKGSLMIAAIPNIIGWLAISFAR-----ESSFLY 140 (485)
Q Consensus 66 ~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~ 140 (485)
......|.+.++.+.+..+.........+...++.++.+++.||+|||+.++.+....+++.+..+... +...+.
T Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 374 (491)
T 4gc0_A 295 VVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALL 374 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHH
T ss_pred HHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHH
Confidence 344456778888888888888888888899999999999999999999999999988888777665532 122222
Q ss_pred H-HHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc----------cchhHHHhhHHHHH
Q 011470 141 M-GRLLEGFGVGIISYTVPVYIAEIAPQNLRGALGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----------PWRILAVLGILPCT 209 (485)
Q Consensus 141 ~-~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~l----------~wr~~f~~~~~~~~ 209 (485)
. .-+..+++ ....+....+.+|.+|.+.|+++.++......+|..+++.+...+ ++.+.|++.+...+
T Consensus 375 ~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~ 453 (491)
T 4gc0_A 375 SMLFYVAAFA-MSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGV 453 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHH-TTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHH-hHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHH
Confidence 2 22222222 234467788999999999999999999988888888876554322 45566666444444
Q ss_pred H-HHHHhhccCCch
Q 011470 210 I-LITGLFFIPESP 222 (485)
Q Consensus 210 ~-~~~~~~~~~e~p 222 (485)
+ .++.++++||+.
T Consensus 454 ~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 454 LAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHheecCCC
Confidence 4 666778899984
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.22 E-value=2.2e-11 Score=114.22 Aligned_cols=162 Identities=10% Similarity=0.088 Sum_probs=115.7
Q ss_pred chhhHHHhHHHHHhHcCCCchh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCC
Q 011470 296 GINGVVFYSSTIFESAGITSSD--VATLGLGALQVIATGVTTWLADKAGRRALLIISSVGMTVSILIVAVSFFVKGFVSD 373 (485)
Q Consensus 296 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 373 (485)
.........|.+.++.|.++.+ .......+...++.++.|+++||+|||+.+..+.....++.++......
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------- 87 (375)
T 2gfp_A 15 AQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTSS------- 87 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------
T ss_pred HHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-------
Confidence 3455556677788888988776 4555668888999999999999999999999998888888777765421
Q ss_pred CCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhccccCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hcchhHH
Q 011470 374 DSSCYSILDIFSVIGVVAMVVTFSLGMGPIPWVIMSEILPINIKGLAGSVATLANWLTVWLITMTANLLLNW-SGGGTFA 452 (485)
Q Consensus 374 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~i~g~~~~~-~~~~~~~ 452 (485)
.+..+...++.+.+.+. ..+....++.|.+|+++|+++.+..+....+|..++|.+.+.+.+. +....+.
T Consensus 88 --------~~~l~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~ 158 (375)
T 2gfp_A 88 --------LTVLIAASAMQGMGTGV-GGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYL 158 (375)
T ss_dssp --------HHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHH
T ss_pred --------HHHHHHHHHHHHHHHHh-hhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHH
Confidence 12233333444444433 3445558999999999999999999999999999999999988774 4333444
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccCC
Q 011470 453 IYTVVSAFTVAFVSIWVPETK 473 (485)
Q Consensus 453 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 473 (485)
+.++...+..+......||++
T Consensus 159 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 179 (375)
T 2gfp_A 159 FLLVLCAGVTFSMARWMPETR 179 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCCCCCSSCCCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHCcccC
Confidence 444444444443445556543
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.12 E-value=1e-09 Score=107.75 Aligned_cols=149 Identities=14% Similarity=0.091 Sum_probs=102.4
Q ss_pred hhhHHHhHHHHH-hHcC------CCchh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011470 297 INGVVFYSSTIF-ESAG------ITSSD--VATLGLGALQVIATGVTTWLADKA-GRRALLIISSVGMTVSILIVAVSFF 366 (485)
Q Consensus 297 ~~~~~~~~~~~~-~~~g------~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 366 (485)
++....+.+.++ ++.| .+..+ .......++..++.++.|+++||+ |||+.+..+.++..++.+++....
T Consensus 28 ~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 106 (524)
T 2xut_A 28 FYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFE- 106 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS-
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-
Confidence 444445555554 4567 77665 555566788899999999999999 999999988888877777665431
Q ss_pred hhcccCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccchhhhccccCCccchhhHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011470 367 VKGFVSDDSSCYSILDIFSVIGVVAMVVTFSLGMGPIPWVIMSEILPINIKGLAGSV---ATLANWLTVWLITMTANLLL 443 (485)
Q Consensus 367 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~---~~~~~~~g~~~~~~i~g~~~ 443 (485)
. ..+..++..++.+.+.+. ..+...+++.|.+|+++|+.+.+. .+....+|..++|.+.+.+.
T Consensus 107 -~------------~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 172 (524)
T 2xut_A 107 -H------------SVQGFYTGLFLIALGSGG-IKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLL 172 (524)
T ss_dssp -S------------CHHHHHHHHHHHHHHHHT-THHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHH
T ss_pred -c------------cHHHHHHHHHHHHHhccc-cchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 0 112333444444544443 345555899999999999876666 88899999999999999998
Q ss_pred Hhhc-chhHHHHHHHHHH
Q 011470 444 NWSG-GGTFAIYTVVSAF 460 (485)
Q Consensus 444 ~~~~-~~~~~~~~~~~~~ 460 (485)
+..+ ...+.+.+++.++
T Consensus 173 ~~~g~~~~f~~~~~~~~~ 190 (524)
T 2xut_A 173 KNFGAAVAFGIPGVLMFV 190 (524)
T ss_dssp HTSCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccccHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8433 3344444444333
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=68.31 E-value=3.1 Score=19.67 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.437 Sum_probs=11.6
Q ss_pred hHHHHHhhhchhHH
Q 011470 102 TSGQISEYIGRKGS 115 (485)
Q Consensus 102 ~~G~l~dr~Grr~~ 115 (485)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999864
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=27.34 E-value=1.4e+02 Score=23.99 Aligned_cols=25 Identities=4% Similarity=-0.039 Sum_probs=20.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhchh
Q 011470 89 ASLSNVGAMVGAITSGQISEYIGRK 113 (485)
Q Consensus 89 ~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr 113 (485)
+.-|.+|+.++..+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 4567888899999999999987643
No 17
>3arc_T Photosystem II reaction center protein T; PSII, membrane-protein complex, transmembrane alpha-helix, E transport, photosynthesis; HET: OEX CLA PHO BCR PL9 SQD LMG UNL LMT HTG DGD LHG HEM; 1.90A {Thermosynechococcus vulcanus} PDB: 1s5l_T* 2axt_T* 3bz1_T* 3bz2_T* 3kzi_T* 3prq_T* 3prr_T* 3a0b_T* 3a0h_T*
Probab=23.24 E-value=80 Score=16.66 Aligned_cols=13 Identities=38% Similarity=0.534 Sum_probs=8.0
Q ss_pred HHHHhhccCCchh
Q 011470 211 LITGLFFIPESPR 223 (485)
Q Consensus 211 ~~~~~~~~~e~p~ 223 (485)
.+....+.+|+|+
T Consensus 16 iiFFAI~FRePPr 28 (32)
T 3arc_T 16 LFFFAIFFREPPR 28 (32)
T ss_dssp HHHHHHHTSCCCC
T ss_pred HHHHhhhhcCCCC
Confidence 3344456788875
Done!