Query 011529
Match_columns 483
No_of_seqs 645 out of 3142
Neff 10.6
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 10:01:20 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/011529.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/011529hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 1.8E-33 6.3E-38 277.7 31.1 336 101-461 23-389 (438)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.6E-33 5.6E-38 279.1 28.1 349 100-459 24-387 (451)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 7E-32 2.4E-36 260.8 14.6 326 107-459 3-331 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.8E-27 6.1E-32 238.4 29.0 346 108-459 17-427 (491)
5 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.9 1.7E-26 5.9E-31 231.2 22.9 350 102-459 10-411 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 3E-24 1E-28 210.1 14.9 327 112-458 15-352 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 3.7E-22 1.3E-26 201.4 19.2 168 111-279 19-197 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.7 9.7E-16 3.3E-20 151.2 17.1 175 107-281 255-434 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 3E-13 1E-17 132.8 16.8 156 114-274 268-426 (438)
10 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 3E-13 1E-17 131.9 15.0 145 137-283 257-402 (417)
11 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.4 1.3E-12 4.5E-17 130.2 15.9 180 107-286 280-468 (491)
12 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 5.4E-12 1.9E-16 125.8 13.9 163 120-283 299-474 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.2 2.1E-11 7.2E-16 117.0 6.9 159 106-267 201-363 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 98.9 4.6E-09 1.6E-13 105.4 9.0 144 140-283 336-505 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 58.8 4.9 0.00017 19.7 1.4 14 158-171 2-15 (26)
16 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 41.1 2.5E+02 0.0086 27.0 13.5 51 223-273 20-72 (501)
No 1
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=1.8e-33 Score=277.67 Aligned_cols=336 Identities=14% Similarity=0.147 Sum_probs=263.0
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhhcCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhcCCchHHHHHHHHHH
Q 011529 101 KRWFIVVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWS 180 (483)
Q Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~ 180 (483)
+++..+..+++..++.+++.....+.+|.+.+++|.+..++|++.+++.++..++.+++|+++||+|||++++++.++.+
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 34556667777888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHh---hhhhcccHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHhhhcCCcchhHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhHHHhh-hc
Q 011529 181 IATALT---PVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLI-HR 256 (483)
Q Consensus 181 ~~~~~~---~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~-~~ 256 (483)
++.+++ .+.+ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.+++.+. +.
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 180 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWPAAEIM--NYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSN 180 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTT--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHhccccc--cHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 999988 7778 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998 55
Q ss_pred cC-------------------------chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-cCCCCCCCCCChhhHHHhhhcccCCCCCc
Q 011529 257 FG-------------------------WPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKA-HSSPAEDPQLRPAEKKLIVSSCASKEPVK 310 (483)
Q Consensus 257 ~g-------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (483)
.+ ||+.|++.+++.++..++.++.. |+.+++.++.+ +++..
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~-------------~~~~~ 247 (438)
T 3o7q_A 181 VPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDA-------------KQGSF 247 (438)
T ss_dssp SCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCS-------------STTSH
T ss_pred cccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccccccc-------------cccch
Confidence 54 99999888777766655554432 22221111110 11112
Q ss_pred ccchhhhhcChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHH-HHHHhCCCcchhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCC
Q 011529 311 TIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTY-YNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGL 389 (483)
Q Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~g~~~~ 389 (483)
..++++++|+|.++...+..++..........++|.| +++.+|++..+.+.+.+...++.++++++.+++.||+++|+.
T Consensus 248 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~ 327 (438)
T 3o7q_A 248 SASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKV 327 (438)
T ss_dssp HHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHH
T ss_pred hhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHH
Confidence 3457788999999999999999998899999999999 888779999999999999999999999999999999998842
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHhhhhhhhhhchhhhhHhhhccCcceeeeeeeec
Q 011529 390 SVTTVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRYSVSIISINIL 461 (483)
Q Consensus 390 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 461 (483)
...+.++....+......+.....+....++ .+.....+.......+..|++++.+.++...
T Consensus 328 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 389 (438)
T 3o7q_A 328 ---------LAAYALIAMALCLISAFAGGHVGLIALTLCS-AFMSIQYPTIFSLGIKNLGQDTKYGSSFIVM 389 (438)
T ss_dssp ---------HHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHH-HHHTTHHHHHHHHHHSSCGGGHHHHHHHHHH
T ss_pred ---------HHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhHHHH
Confidence 2222222222233333334444333333333 3334445666777666666667766664443
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.6e-33 Score=279.10 Aligned_cols=349 Identities=15% Similarity=0.199 Sum_probs=267.9
Q ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhhcCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhcCCchHHHHHHHHH
Q 011529 100 PKRWFIVVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWW 179 (483)
Q Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~ 179 (483)
+.++..+..+++..+...++...+.+.+|.+.+++ .+..++|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++.
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~ 102 (451)
T 1pw4_A 24 RLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILA 102 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHH
Confidence 34567778888888999999999999999999999 99999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhh----hhcccHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHhhhcCCcchhHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhHHHhhh
Q 011529 180 SIATALTPV----AAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIH 255 (483)
Q Consensus 180 ~~~~~~~~~----~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 255 (483)
+++.+++++ ++ +++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|.+++|.+++.+.+
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 180 (451)
T 1pw4_A 103 AAVMLFMGFVPWATS--SIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMA 180 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHCHHHHS--SSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhhhhccc--cHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999998 77 899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999888
Q ss_pred ccC-chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCCChhhHH-----HhhhcccCCCCCcccchhhhhcChhHHHHHHH
Q 011529 256 RFG-WPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDPQLRPAEKK-----LIVSSCASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVS 329 (483)
Q Consensus 256 ~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 329 (483)
..| ||+.|++.+++.++..++.++..++++++.+..+.++.+ ...+..+++...+....++++++|.++...+.
T Consensus 181 ~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 260 (451)
T 1pw4_A 181 WFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIA 260 (451)
T ss_dssp HTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHH
T ss_pred HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHH
Confidence 898 999999999888877776666666654432211111000 00000000111111124677899999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHhCCCcchhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011529 330 HFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTL--VSKGLSVTTVRKIMQSIGFLGPA 407 (483)
Q Consensus 330 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~--g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 407 (483)
.++.......+..++|.|+++.+|+++.+.+++.+...++.+++.++.+++.||+ ++|+ .......+...
T Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~ 332 (451)
T 1pw4_A 261 NVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRG--------ATGVFFMTLVT 332 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHH--------HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCch--------hHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999998899999999999999999999999999999998 7662 12222222221
Q ss_pred HHHHHhhcc--chhHHHHHHHHHhhhhhhhhhchhhhhHhhhcc-Ccceeeeeee
Q 011529 408 FFLTQLSHV--DSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAP-RYSVSIISIN 459 (483)
Q Consensus 408 ~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~g~~ 459 (483)
..+...... .+.+.......+.+.......+.......+..| +.+|+++|+.
T Consensus 333 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 387 (451)
T 1pw4_A 333 IATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFT 387 (451)
T ss_dssp HHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHH
Confidence 222222222 233333333333333333444555666777665 4588888754
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.97 E-value=7e-32 Score=260.80 Aligned_cols=326 Identities=13% Similarity=0.112 Sum_probs=258.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhhcCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011529 107 VLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALT 186 (483)
Q Consensus 107 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 186 (483)
..+++..++..+....+.+.+|.+.+++|.++.+.+++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.++.++.+++.++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 44566777788888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhcccHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHhhhcCCcchhHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhHHHhhhccCchHHHHHH
Q 011529 187 PVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSF 266 (483)
Q Consensus 187 ~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~ 266 (483)
.+.+ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+....+|..++|.+++++.+..+||+.|++.
T Consensus 83 ~~~~--~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 160 (375)
T 2gfp_A 83 VTTS--SLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFL 160 (375)
T ss_dssp HHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHH
Confidence 9988 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999988999999988
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCCChhhHHHhhhcccCCCCCcccchhhhhcChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHH
Q 011529 267 GSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDPQLRPAEKKLIVSSCASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPT 346 (483)
Q Consensus 267 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 346 (483)
+++.++..+......|++++++++. ++...++++++|+|.++...+..++.......+..+.|.
T Consensus 161 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 224 (375)
T 2gfp_A 161 LVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR----------------TRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGV 224 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC----------------CCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc----------------ccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8887776654444444433221111 111334667889999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhCCCcchhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHH-HHHHHH--HHHhhccchhHHHH
Q 011529 347 YYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGF-LGPAFF--LTQLSHVDSPAMAV 423 (483)
Q Consensus 347 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~ 423 (483)
|+++.+|.++.+.+.+.+...++.+++.++.+++.||++++ ....... ...... .......++.+...
T Consensus 225 ~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 295 (375)
T 2gfp_A 225 LMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL---------MWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLL 295 (375)
T ss_dssp SSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH---------HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHH
Confidence 99998899999999999999999999999999999998863 1111111 111111 11111112333333
Q ss_pred HHHHHhhhhhhhhhchhhhhHhhhccCcceeeeeee
Q 011529 424 LCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRYSVSIISIN 459 (483)
Q Consensus 424 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~ 459 (483)
....+.+...+...+.......+..|+++|++.|+.
T Consensus 296 ~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~ 331 (375)
T 2gfp_A 296 VPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFPFLAGTAGALV 331 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCCcccchHHHHH
Confidence 333333344445566677777777778888888744
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.96 E-value=1.8e-27 Score=238.38 Aligned_cols=346 Identities=14% Similarity=0.107 Sum_probs=232.2
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhh-hhhh-----cCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhh-cCCchHHHHHHHHHH
Q 011529 108 LCFSAFLLCNMDRVNMSIAILP-MSAE-----FNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADT-VGGKAVLGFGVVWWS 180 (483)
Q Consensus 108 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~g~r~~~~~~~~~~~ 180 (483)
.+++..+...+........++. +.++ +|.+..+.+++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~ 96 (491)
T 4aps_A 17 TLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIM 96 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHH
Confidence 3334444444444444444444 5555 99999999999999999999999999999999 899999999999999
Q ss_pred HHHHHhhhhhcccHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHhhhcCCcc--hhHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhHHHhhhccC
Q 011529 181 IATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAE--RSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFG 258 (483)
Q Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g 258 (483)
++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++ |+.++++.+...++|..++|.+++.+.+..|
T Consensus 97 ~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g 174 (491)
T 4aps_A 97 LGHIVLALPF--GASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAG 174 (491)
T ss_dssp HHHHHHHSCC--STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC
T ss_pred HHHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Confidence 9999999988 99999999999999999999999999999999988 7788888999999999999999999999999
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCC----C-CCChhhHHHhhhc------------------ccCC---------
Q 011529 259 WPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAED----P-QLRPAEKKLIVSS------------------CASK--------- 306 (483)
Q Consensus 259 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~-~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~--------- 306 (483)
|++.|++.++..++..+..+...++..++. + +.++++.+...+. .+..
T Consensus 175 ~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 254 (491)
T 4aps_A 175 YHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLT 254 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhh
Confidence 999999988777766655554433321111 1 1111111110000 0000
Q ss_pred --------------CCCcccchhhhhcChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHhCCCcchhhHHhHHHHHHHHH
Q 011529 307 --------------EPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAF 372 (483)
Q Consensus 307 --------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~i 372 (483)
.+.+........+....+...+..++..........+++.|.++..+.+....+.+.....++.++
T Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 334 (491)
T 4aps_A 255 IVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIML 334 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHH
Confidence 000000011111223345555555666666666778888999987888878888999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc---------cchhHHHHHHHHHhhhhhhhhhchhhhh
Q 011529 373 SANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSH---------VDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSN 443 (483)
Q Consensus 373 ~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 443 (483)
+.++.+++.||+++|+..... .+..+.++....+..... ....+..+....+.+.......+.....
T Consensus 335 ~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~ 410 (491)
T 4aps_A 335 YTPFFAWLWTAWKKNQPSSPT----KFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSV 410 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTC---CHH----HHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccCCCchH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHH
Confidence 999999999999988643311 111222222222111111 1133333333333333344445556667
Q ss_pred Hhhhcc-Ccceeeeeee
Q 011529 444 HQDIAP-RYSVSIISIN 459 (483)
Q Consensus 444 ~~~~~~-~~~g~~~g~~ 459 (483)
..+..| +.+|.+.|+.
T Consensus 411 ~~~~~p~~~~g~~~g~~ 427 (491)
T 4aps_A 411 TTKLAPKAFNSQMMSMW 427 (491)
T ss_dssp HHHHTTTTCSSSSTHHH
T ss_pred HHHhCCHHHHHHHHHHH
Confidence 777665 5588888744
No 5
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.95 E-value=1.7e-26 Score=231.22 Aligned_cols=350 Identities=14% Similarity=0.119 Sum_probs=225.8
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhhcCC--------ChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhcCCchHHH
Q 011529 102 RWFIVVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNW--------NPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLG 173 (483)
Q Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~--------s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~ 173 (483)
.+.+..+..++.++.++|...++..+|.+.++++. +..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.
T Consensus 10 ~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~ 89 (491)
T 4gc0_A 10 IFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLK 89 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHH
T ss_pred HhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHH
Confidence 34444555677788889999999888888877642 3456789999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhh------------------hhcccHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHhhhcCCcchhHHHHHH
Q 011529 174 FGVVWWSIATALTPV------------------AAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALV 235 (483)
Q Consensus 174 ~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~ 235 (483)
++.+++.++.+++++ ++ +++.++++|+++|++.|...+....++.|+.|+++|++..++.
T Consensus 90 ~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~--~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~ 167 (491)
T 4gc0_A 90 IAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAG--YVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFN 167 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGG--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhh
Confidence 999999999988774 56 8999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhHHHHHHhhHHHhhhc--------cCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCC-CCCChhhHHH-h------
Q 011529 236 YSGMYLGSVTGLAFSPFLIHR--------FGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAED-PQLRPAEKKL-I------ 299 (483)
Q Consensus 236 ~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~--------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~-~------ 299 (483)
+.+..+|.++++.++..+... .+|+..+.+..+..++.. ......||.|+.. .+.+.++... .
T Consensus 168 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~ 246 (491)
T 4gc0_A 168 QFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFL-MLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGN 246 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHH-HHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhh-hhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCC
Confidence 999999999999888776543 235655555554444433 3344455554310 0011110000 0
Q ss_pred -------hhcc-cCCCCCcccchhhhhcChhHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHhCCCcchhhHHhHHHHHHH
Q 011529 300 -------VSSC-ASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVS-HFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTM 370 (483)
Q Consensus 300 -------~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 370 (483)
.+.. ...+..+.......++.+........ .+......+.+..+.+.+.++ .+.+.........+.++..
T Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 325 (491)
T 4gc0_A 247 TLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT-LGASTDIALLQTIIVGVIN 325 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH-SSCCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh-cCCCccchhhHHHHHHHHH
Confidence 0000 00000001112223334444333333 333334455556666666665 7888877777778888999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHhhhhhhhhhchhhhhHhhhcc-
Q 011529 371 AFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAP- 449 (483)
Q Consensus 371 ~i~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 449 (483)
+++.++.+++.||+|||+...... ....+....+........+.....+.......+......+..+.+..|..|
T Consensus 326 ~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~----~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt 401 (491)
T 4gc0_A 326 LTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGA----LGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPN 401 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhcCcchhccch----HHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCH
Confidence 999999999999999985332221 011111111111112222222222222222333333334556677888877
Q ss_pred Ccceeeeeee
Q 011529 450 RYSVSIISIN 459 (483)
Q Consensus 450 ~~~g~~~g~~ 459 (483)
+.|+++.|+.
T Consensus 402 ~~R~~~~g~~ 411 (491)
T 4gc0_A 402 AIRGKALAIA 411 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHH
Confidence 4577777644
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.91 E-value=3e-24 Score=210.10 Aligned_cols=327 Identities=12% Similarity=0.037 Sum_probs=197.8
Q ss_pred HHHHHhhhhhhhHHhhhh-hhhhcCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhcCCchHHHHHHHHHHHHHH---Hhh
Q 011529 112 AFLLCNMDRVNMSIAILP-MSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATA---LTP 187 (483)
Q Consensus 112 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~---~~~ 187 (483)
..++.........+.+|. +.+++|.++.+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.++.++.+++.. ...
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 94 (417)
T 2cfq_A 15 FFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFI 94 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 334444445555667777 5566999999999999999999999999999999999999999988877654321 112
Q ss_pred hhhcccH-HHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHhhhcCC--cchhHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhHHHhhhccCchHHHH
Q 011529 188 VAAKLGL-PFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPV--AERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFY 264 (483)
Q Consensus 188 ~~~~~~~-~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~~~ 264 (483)
+.+ .. ..++..+++.|++.+...+.....+.++.++ ++++..++..+....+|..++|.+++++.+ .+|++.|+
T Consensus 95 ~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f~ 171 (417)
T 2cfq_A 95 FGP--LLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVFW 171 (417)
T ss_dssp HHH--HHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHHT
T ss_pred HHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHHH
Confidence 222 11 1123445555555544444434444444432 456777888888899999999999999987 58999998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCCChhhHHHhhhcccCCCCCcccchhhhhcChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011529 265 SFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDPQLRPAEKKLIVSSCASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWM 344 (483)
Q Consensus 265 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 344 (483)
+.++..++..+..+...+++++..++ ++ ++ .++.++....++++++++|.++...+..+.....+..+..++
T Consensus 172 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~--~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 243 (417)
T 2cfq_A 172 LGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATV-AN--AV-----GANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQF 243 (417)
T ss_dssp TTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCS-SS--SS-----SSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHcCccccccccc-cc--cc-----ccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77666544433333333332111100 00 00 000011112245667889998877776666555666666778
Q ss_pred HHHHHHHhCC---CcchhhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhHH
Q 011529 345 PTYYNQVLHF---NLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVDSPAM 421 (483)
Q Consensus 345 ~~~~~~~~g~---~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 421 (483)
|.|+.+.++. +....++..++..++.+++.++.+++.||+++|+. +..+..+.+..+......++.+.
T Consensus 244 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~---------l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 314 (417)
T 2cfq_A 244 ANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNA---------LLLAGTIMSVRIIGSSFATSALE 314 (417)
T ss_dssp HHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHH
T ss_pred HHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHH
Confidence 9888775442 23445777777788889999999999999998842 22222222232333333333333
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhhhhchhhhhHhhhcc-Ccceeeeee
Q 011529 422 AVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAP-RYSVSIISI 458 (483)
Q Consensus 422 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~g~ 458 (483)
.++...+.........+.......+..| +.+|++.+.
T Consensus 315 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~ 352 (417)
T 2cfq_A 315 VVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLV 352 (417)
T ss_dssp HHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHH
Confidence 3322222222222233334566667655 457777664
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.89 E-value=3.7e-22 Score=201.45 Aligned_cols=168 Identities=16% Similarity=0.190 Sum_probs=142.6
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhhHHhhhh-hhhhcC------CChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhc-CCchHHHHHHHHHHHH
Q 011529 111 SAFLLCNMDRVNMSIAILP-MSAEFN------WNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTV-GGKAVLGFGVVWWSIA 182 (483)
Q Consensus 111 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g------~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-g~r~~~~~~~~~~~~~ 182 (483)
+..++..+........++. +.+++| .+..+.+++.+++.++..++.+++|+++||+ |||+++.++.++.+++
T Consensus 19 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~ 98 (524)
T 2xut_A 19 ASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVG 98 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3344444444444445554 677889 9999999999999999999999999999999 9999999999999999
Q ss_pred HHHhhhhhcccHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHhhhcCCcchhHHHHH---HHHHHHhHHHHHHhhHHHhhhccCc
Q 011529 183 TALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLAL---VYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGW 259 (483)
Q Consensus 183 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~ 259 (483)
.+++.+++. +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. .+...++|..++|.+++.+.+..||
T Consensus 99 ~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~ 177 (524)
T 2xut_A 99 HAFLAIFEH-SVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGA 177 (524)
T ss_dssp HHHHHHTSS-CHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCH
T ss_pred HHHHHHhcc-cHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccH
Confidence 888877641 688899999999999999999999999999999999776666 9999999999999999999998999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011529 260 PSVFYSFGSLGTVWFTVWLS 279 (483)
Q Consensus 260 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 279 (483)
++.|++.+++.++..+..+.
T Consensus 178 ~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 178 AVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999988887766555544
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.67 E-value=9.7e-16 Score=151.17 Aligned_cols=175 Identities=13% Similarity=0.059 Sum_probs=145.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhh-cCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhc--CCchHHHHHHHHHH-HH
Q 011529 107 VLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAE-FNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTV--GGKAVLGFGVVWWS-IA 182 (483)
Q Consensus 107 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--g~r~~~~~~~~~~~-~~ 182 (483)
..+.+..++.......+....|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..+.++.. ++
T Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 334 (451)
T 1pw4_A 255 WYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIA 334 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHH
Confidence 334444445555555566677776655 899999999999999999999999999999999 99999888877766 66
Q ss_pred HHHhhhhhcccHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHhhhcCCcchhHHHHHHHHHHHh-HHHHHHhhHHHhhhccCchH
Q 011529 183 TALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYL-GSVTGLAFSPFLIHRFGWPS 261 (483)
Q Consensus 183 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~ 261 (483)
.+++.+.+..+.+.+.+..++.|++.+...+...+++.|.+|+++|++++|+.+....+ |..++|.+.|.+.+..||+.
T Consensus 335 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~ 414 (451)
T 1pw4_A 335 TIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDG 414 (451)
T ss_dssp HHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHH
T ss_pred HHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHH
Confidence 66666664336777888888999998888888899999999999999999999999999 99999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011529 262 VFYSFGSLGTVWFTVWLSKA 281 (483)
Q Consensus 262 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (483)
.|++.+++.++..++.+...
T Consensus 415 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 415 GFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99998888877766655543
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.51 E-value=3e-13 Score=132.79 Aligned_cols=156 Identities=10% Similarity=0.008 Sum_probs=126.3
Q ss_pred HHHhhhhhhhHHhhhhh-hhh-cCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhc
Q 011529 114 LLCNMDRVNMSIAILPM-SAE-FNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALTPVAAK 191 (483)
Q Consensus 114 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 191 (483)
++...........+|.+ .++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+|||+++..+.++..++.++..+.+
T Consensus 268 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 346 (438)
T 3o7q_A 268 FCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAG- 346 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC-
Confidence 33334444455555555 544 599999999999999999999999999999999999999999999988888877776
Q ss_pred ccHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHhhhcCCcchhHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhHHHhhhccC-chHHHHHHHHHH
Q 011529 192 LGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFG-WPSVFYSFGSLG 270 (483)
Q Consensus 192 ~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g-~~~~~~~~~~~~ 270 (483)
+.+.+ +..++.|++.+...+...++..|.+|++ ++.+.++.. ...+|..++|.+.|.+.+..| ++..|++.++..
T Consensus 347 -~~~~~-~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 422 (438)
T 3o7q_A 347 -GHVGL-IALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCF 422 (438)
T ss_dssp -HHHHH-HHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHH
T ss_pred -CcHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 55444 3448888999999999999999999755 888888877 677999999999999999988 999888766555
Q ss_pred HHHH
Q 011529 271 TVWF 274 (483)
Q Consensus 271 ~~~~ 274 (483)
++..
T Consensus 423 ~~~~ 426 (438)
T 3o7q_A 423 AVIF 426 (438)
T ss_dssp HHHH
T ss_pred HHHH
Confidence 4443
No 10
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.49 E-value=3e-13 Score=131.92 Aligned_cols=145 Identities=8% Similarity=0.021 Sum_probs=122.4
Q ss_pred ChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcccHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHH
Q 011529 137 NPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMN 216 (483)
Q Consensus 137 s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~ 216 (483)
+....+++.++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++..+.+ +.+.+++..++.+++.+...+...
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 334 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFAT--SALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCF 334 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC--SHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 345678888888889999999999999999999999988888888777777766 777777788888888777777778
Q ss_pred HHHhhhcCCcchhHHHHH-HHHHHHhHHHHHHhhHHHhhhccCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccC
Q 011529 217 NILSKWVPVAERSRSLAL-VYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHS 283 (483)
Q Consensus 217 ~~~~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 283 (483)
.++.|.+|++.|+++.++ .+....+|..++|.++|++.+..|++..|.+.+++.++..++.+...++
T Consensus 335 ~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 402 (417)
T 2cfq_A 335 KYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSG 402 (417)
T ss_dssp HHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCC
T ss_pred HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcC
Confidence 999999999999999999 5888899999999999999998889889988888877776665554443
No 11
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.44 E-value=1.3e-12 Score=130.21 Aligned_cols=180 Identities=13% Similarity=0.012 Sum_probs=132.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhhcCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011529 107 VLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALT 186 (483)
Q Consensus 107 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 186 (483)
.......+........+....+.+.+..+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..
T Consensus 280 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l 359 (491)
T 4gc0_A 280 IGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSL 359 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHH
Confidence 33344444445555556666778888888888888888888889999999999999999999999998888887776655
Q ss_pred hhhh--cccHHHHHHHHHHH-hhhhhcchhHHHHHHhhhcCCcchhHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhHHHhhh------cc
Q 011529 187 PVAA--KLGLPFLLVVRVFM-GIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIH------RF 257 (483)
Q Consensus 187 ~~~~--~~~~~~l~~~~~l~-G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~------~~ 257 (483)
.... ..+.+..++..++. +.......+....+.+|.+|.+.|++++|+......++..+++.+.+.+.+ ..
T Consensus 360 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~ 439 (491)
T 4gc0_A 360 GTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHF 439 (491)
T ss_dssp HHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Confidence 4322 11222222222222 222233456778899999999999999999999999999999888776643 34
Q ss_pred CchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCC
Q 011529 258 GWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPA 286 (483)
Q Consensus 258 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 286 (483)
++...|++.++++++..+..+++.||++.
T Consensus 440 ~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 440 HNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 56678888888888888888888887644
No 12
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.35 E-value=5.4e-12 Score=125.78 Aligned_cols=163 Identities=14% Similarity=0.063 Sum_probs=125.4
Q ss_pred hhhhHHhhhh-hhhhcCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhcCCchHHH-----HHHHHHHHHHHHhhhhh---
Q 011529 120 RVNMSIAILP-MSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLG-----FGVVWWSIATALTPVAA--- 190 (483)
Q Consensus 120 ~~~~~~~~~~-~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~--- 190 (483)
.......++. ..+.++.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+|||+... .+.++.+++.++..+..
T Consensus 299 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 378 (491)
T 4aps_A 299 EEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALY 378 (491)
T ss_dssp HGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHC
T ss_pred HhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 3334444555 34446777677888888899999999999999999999986644 77777777776665532
Q ss_pred ----cccHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHhhhcCCcchhHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhHHHhhhccCchHHHHHH
Q 011529 191 ----KLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSF 266 (483)
Q Consensus 191 ----~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~ 266 (483)
..+.+.+++..++.|++.+...+....++.|.+|+++|+++.|+.+....+|..++|.+.+.+.+ .++...|.+.
T Consensus 379 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~ 457 (491)
T 4aps_A 379 GTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNA-KSEVAYFSYF 457 (491)
T ss_dssp CCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGG-SSTTHHHHHT
T ss_pred CCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-ccHHHHHHHH
Confidence 12567778888999999999899999999999999999999999999999999999999888776 4677788888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccC
Q 011529 267 GSLGTVWFTVWLSKAHS 283 (483)
Q Consensus 267 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 283 (483)
+++.++..+..+...++
T Consensus 458 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 474 (491)
T 4aps_A 458 GLGSVVLGIVLVFLSKR 474 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHC---
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 87777776666655444
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.18 E-value=2.1e-11 Score=116.96 Aligned_cols=159 Identities=11% Similarity=-0.047 Sum_probs=119.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhh-cCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhcCCchHHHHHHHH-HHHHH
Q 011529 106 VVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAE-FNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVW-WSIAT 183 (483)
Q Consensus 106 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~-~~~~~ 183 (483)
+....+..++.......+....|.+.++ +|.++.+.+++.+...++..++.++.+++.||++++ +..+..+ ...+.
T Consensus 201 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~~~~~~~~~~~~ 278 (375)
T 2gfp_A 201 FNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MWQSVICCLLAGL 278 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HHHHHHHHHHTSS
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHH
Confidence 3334444445555555666677775554 899999999999999999999999999999999873 2333332 22222
Q ss_pred HH--hhhhhcccHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHhhhcCCcchhHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhHHHhhhccCchH
Q 011529 184 AL--TPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPS 261 (483)
Q Consensus 184 ~~--~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~ 261 (483)
.+ .......+.+.+++..++.|++.+...+...+++.|.+| ++|+++.|+.+....+|..++|.+.+.+.+..+++.
T Consensus 279 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~ 357 (375)
T 2gfp_A 279 LMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSL 357 (375)
T ss_dssp SSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccH
Confidence 21 122111156677788889999999999999999999997 899999999999999999999999999988777777
Q ss_pred HHHHHH
Q 011529 262 VFYSFG 267 (483)
Q Consensus 262 ~~~~~~ 267 (483)
.+.+.+
T Consensus 358 ~~~~~~ 363 (375)
T 2gfp_A 358 GLLMTL 363 (375)
T ss_dssp HHHHHH
T ss_pred HHHHHH
Confidence 666543
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.85 E-value=4.6e-09 Score=105.43 Aligned_cols=144 Identities=11% Similarity=0.059 Sum_probs=101.7
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHH----hhcCC----chHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh-------cccHHHHHHHHHHH
Q 011529 140 TVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWA----DTVGG----KAVLGFGVVWWSIATALTPVAA-------KLGLPFLLVVRVFM 204 (483)
Q Consensus 140 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----dr~g~----r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~l~~~~~l~ 204 (483)
..+++.....++..+..++.+++. ||.|+ ++.+.++.++.+++.++..+.. ..+.+.+++..++.
T Consensus 336 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~ 415 (524)
T 2xut_A 336 EPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALL 415 (524)
T ss_dssp CHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHH
Confidence 456666666667777777777764 55543 3456777788888777766532 12567778888999
Q ss_pred hhhhhcchhHHHHHHhhhcCCcchhHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhHHHhhhcc--Cc---------hHHHHHHHHHHHHH
Q 011529 205 GIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRF--GW---------PSVFYSFGSLGTVW 273 (483)
Q Consensus 205 G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~--g~---------~~~~~~~~~~~~~~ 273 (483)
|++.+...+...+++.|.+|+++|++++|+.+....+|..++|.+.+.+.+.. +| +..|++.+.+.++.
T Consensus 416 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 495 (524)
T 2xut_A 416 TFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILA 495 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999999999999999988732 13 33366666666666
Q ss_pred HHHHHHhccC
Q 011529 274 FTVWLSKAHS 283 (483)
Q Consensus 274 ~~~~~~~~~~ 283 (483)
.++.+...++
T Consensus 496 ~~~~~~~~~~ 505 (524)
T 2xut_A 496 AIVFALYARS 505 (524)
T ss_dssp HHHHC-----
T ss_pred HHHHHHHHHH
Confidence 5555544443
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=58.76 E-value=4.9 Score=19.71 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.278 Sum_probs=11.5
Q ss_pred hHHHHHhhcCCchH
Q 011529 158 AGGIWADTVGGKAV 171 (483)
Q Consensus 158 ~~g~l~dr~g~r~~ 171 (483)
++|.+..|||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999864
No 16
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=41.12 E-value=2.5e+02 Score=27.00 Aligned_cols=51 Identities=14% Similarity=0.031 Sum_probs=26.0
Q ss_pred cCCcch-hHHHHHHHHHHHhHHHHHHh-hHHHhhhccCchHHHHHHHHHHHHH
Q 011529 223 VPVAER-SRSLALVYSGMYLGSVTGLA-FSPFLIHRFGWPSVFYSFGSLGTVW 273 (483)
Q Consensus 223 ~~~~~r-~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 273 (483)
.|+++| .....+.....+....++.. +++.+....++.+.++...+..++.
T Consensus 20 vp~~~R~~~~~~~~~~W~g~~~~i~~~~~Ga~~~~GLs~~~a~lai~lG~li~ 72 (501)
T 2jln_A 20 TRYAERSVGPFSLAAIWFAMAIQVAIFIAAGQMTSSFQVWQVIVAIAAGCTIA 72 (501)
T ss_dssp CCGGGCCBCHHHHHHHHHHHHCSTHHHHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhhCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcCHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 455666 45555555555555444444 3333333456666665544444433
Done!