Query 011657
Match_columns 480
No_of_seqs 492 out of 1885
Neff 11.3
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 12:40:22 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/011657.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/011657hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 3.6E-44 1.2E-48 350.1 29.1 415 44-477 4-484 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.9E-35 6.6E-40 285.2 19.8 361 51-454 27-432 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 3.6E-33 1.2E-37 268.2 27.2 335 56-454 30-431 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 4.3E-29 1.5E-33 243.4 22.9 362 89-462 49-478 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 6.8E-30 2.3E-34 240.1 9.2 321 57-441 5-362 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 2.4E-28 8E-33 232.5 8.4 325 89-462 38-406 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 6.3E-24 2.1E-28 208.6 14.3 361 91-463 51-510 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 6.3E-15 2.2E-19 141.6 13.2 180 276-459 30-210 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 5.7E-14 1.9E-18 134.4 15.0 161 288-452 40-226 (438)
10 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.5 3.9E-14 1.3E-18 132.6 10.4 166 290-462 16-181 (375)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 1.2E-13 3.9E-18 134.3 9.6 155 292-453 31-194 (491)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 1.9E-12 6.5E-17 126.8 16.3 157 292-454 30-197 (524)
13 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.0 6.2E-10 2.1E-14 107.9 8.8 120 311-430 56-187 (491)
14 2cfq_A Lactose permease; trans 99.0 8.4E-11 2.9E-15 111.4 1.1 183 266-458 3-190 (417)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 70.7 2.6 9E-05 19.8 1.6 14 113-126 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 25.8 1.1E+02 0.0038 24.6 5.1 25 100-124 99-123 (198)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=3.6e-44 Score=350.12 Aligned_cols=415 Identities=28% Similarity=0.504 Sum_probs=310.6
Q ss_pred ccchhhhHHhHHHHhhhhhcccccccccccccccccCCCCCCCc-cccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Q 011657 44 NYSVSAAILPFLFPALGGLLYGYDIGSTSCATISIESPTLSGIS-WYDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADILG 122 (480)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~G 122 (480)
+++.+..+.+.++.+++.+++|||.++++.++|.+.++....++ ..+.+..+.|++.+++.+|..+|++++|+++||+|
T Consensus 4 ~~~~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~G 83 (491)
T 4gc0_A 4 QYNSSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFG 83 (491)
T ss_dssp -CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTC
T ss_pred CcChHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 34555667777778899999999999999999988765211110 02345678899999999999999999999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------hcCchHHHHHHHHHHHHHHhH---------------------
Q 011657 123 RRRELILAALLYLVGALVTA------------------LAPDFIIMVVGRFVFGIGIGL--------------------- 163 (480)
Q Consensus 123 rr~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~g~g~--------------------- 163 (480)
||+++.++.+++.+++++++ +++|+++++++|+++|+|.|+
T Consensus 84 Rk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~ 163 (491)
T 4gc0_A 84 RRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKL 163 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHH
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhh
Confidence 99999999999999999998 478999999999999999987
Q ss_pred ---------hHHhhhhhhh----h-------hhhhhHHHHhchhHHHHHHHHHHhcccCchHHHHHhcccccCchhhhHH
Q 011657 164 ---------GGYGIGSLLV----D-------LVAGWRYMYGASTPLAVIMGMGMWWLPASPRWLLLCAMKRKGDMQDLRE 223 (480)
Q Consensus 164 ---------~g~~~g~~l~----~-------~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 223 (480)
.|..++..+. . ....||+.+.+..++.++..+..+++||||+|+..++ +.+
T Consensus 164 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~---------~~~ 234 (491)
T 4gc0_A 164 VSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRG---------KQE 234 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTT---------CHH
T ss_pred HHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcC---------chh
Confidence 2222222221 1 1237999999999999998899999999999999888 677
Q ss_pred HHHHHHHHHhCCCCCCCChhhHHHHHHhhhcccccccccHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHh
Q 011657 224 SAISCLCRLRGQSIGDSAPTEVDEILTELSYVGEDKEVSLREVFHGKCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQS 303 (480)
Q Consensus 224 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 303 (480)
++.+.+++.++.+.......+.+ ...+ +.++....... ...++..+......+.++.+.+.+.+|.+.+.+.
T Consensus 235 ~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~--~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 306 (491)
T 4gc0_A 235 QAEGILRKIMGNTLATQAVQEIK---HSLD--HGRKTGGRLLM---FGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT 306 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHH--HHHHHTTHHHH---SCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHH---HHHH--hhhhhhhHHHH---hcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh
Confidence 77777766654321111000000 0000 00111111111 1233455556666777778888889999999988
Q ss_pred cCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCchHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhhccCCchhHHHHHHHHHHHHHh
Q 011657 304 AGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLFLDDVPAVAVVALLLYVGCYQ 383 (480)
Q Consensus 304 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 383 (480)
.+. +...........++..+++.++++++.||+|||+.+..+.....++++.+...... ....+..+....++..++.
T Consensus 307 ~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 384 (491)
T 4gc0_A 307 LGA-STDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYT-QAPGIVALLSMLFYVAAFA 384 (491)
T ss_dssp SSC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-TCCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCC-CccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhc-ccchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888 66777778888899999999999999999999999999888888877776654332 3334444555556666777
Q ss_pred cccccccceeecccCChhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhhcchhhHH------hhCccHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCC
Q 011657 384 LSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLKD------LLGAGILFYAFGVIAVLSLAFIFXXXX 457 (480)
Q Consensus 384 ~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 457 (480)
.++.++.+.+.+|++|++.|+++.|+.+.++++++++++.+.+.+.+ ..+....|++++++++++.++.+++.|
T Consensus 385 ~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~P 464 (491)
T 4gc0_A 385 MSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVP 464 (491)
T ss_dssp TTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheec
Confidence 77888888999999999999999999999999999999988776543 345667889999999999998888899
Q ss_pred CCCCChhhhhhhhhccCCCC
Q 011657 458 XXXXSFQRQRGLRLRRSRPN 477 (480)
Q Consensus 458 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 477 (480)
|||+|+.||.++..++++++
T Consensus 465 ETkg~tLeei~~~f~~~~~~ 484 (491)
T 4gc0_A 465 ETKGKTLEELEALWEPETKK 484 (491)
T ss_dssp CCTTCCHHHHGGGTC-----
T ss_pred CCCCCCHHHHHHHhCCCCcc
Confidence 99999999987766554443
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.9e-35 Score=285.22 Aligned_cols=361 Identities=15% Similarity=0.083 Sum_probs=258.6
Q ss_pred HHhHHHHhhhhhcccccccccccccccccCCCCCCCccccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHH
Q 011657 51 ILPFLFPALGGLLYGYDIGSTSCATISIESPTLSGISWYDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADILGRRRELILA 130 (480)
Q Consensus 51 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~ 130 (480)
+..+....++.+..+++....++.+|.+.++ + .+..+.+++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~ 98 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ-------G-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAG 98 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS-------T-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------h-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHH
Confidence 3444555667788888888999999999988 8 8999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHh----cCchHHHHHHHHHHHHHHhH----------------------------------hHHhhhhhh
Q 011657 131 ALLYLVGALVTAL----APDFIIMVVGRFVFGIGIGL----------------------------------GGYGIGSLL 172 (480)
Q Consensus 131 ~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~g~g~----------------------------------~g~~~g~~l 172 (480)
.++.+++.+++++ ++|++.++++|+++|++.+. +|+.+++.+
T Consensus 99 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 178 (451)
T 1pw4_A 99 LILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLG 178 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999 99999999999999999887 555555555
Q ss_pred hhhhhh-hHHHHhchhHHHHH-HHHHHhcccCchHHHHHhcccccCchhhhHHHHHHHHHHHhCCCCCCCChhhHHHHHH
Q 011657 173 VDLVAG-WRYMYGASTPLAVI-MGMGMWWLPASPRWLLLCAMKRKGDMQDLRESAISCLCRLRGQSIGDSAPTEVDEILT 250 (480)
Q Consensus 173 ~~~~~~-wr~~f~~~~~~~~~-~~~~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 250 (480)
.+.. + ||+.|++.++++++ .++..+++||+|+....++.+ +.++..+ .+. .+
T Consensus 179 ~~~~-g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~-------------------~~~---~~ 232 (451)
T 1pw4_A 179 MAWF-NDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIE---EYKNDYP-------------------DDY---NE 232 (451)
T ss_dssp HHHT-CCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCT---TTCCC-----------------------------
T ss_pred HHHh-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChh---hhccccc-------------------ccc---hh
Confidence 5444 7 99999999988877 445566788887532111100 0000000 000 00
Q ss_pred hhhcccccccccHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHh-cCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011657 251 ELSYVGEDKEVSLREVFHGKCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQS-AGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGL 329 (480)
Q Consensus 251 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 329 (480)
+.+++...++...++.++++..+...+..++.. ........+.|.++++ .|. +..+.+.......++.+++.++
T Consensus 233 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 307 (451)
T 1pw4_A 233 KAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVY----LLRYGILDWSPTYLKEVKHF-ALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLL 307 (451)
T ss_dssp ------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHBTTBSCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHhcCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000001111111345556555544443333322 2334566788888877 677 8888999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhhh--cCchHHHhhhHHHH-HHHHHHHHHhhccCCchhHHHHHHHHHHHHHhcccccccceeecccCChhhhhhH
Q 011657 330 AVLVVERL--GRRPLLLGGVSGIV-ISLFLLGSYYLFLDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRG 406 (480)
Q Consensus 330 ~g~l~d~~--g~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~ 406 (480)
.+++.||+ +||+.+..+..+.. ++++++.. ....+.+.......+ .+.......+....+..|.+|++.|+++
T Consensus 308 ~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 383 (451)
T 1pw4_A 308 CGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWM---NPAGNPTVDMICMIV-IGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTA 383 (451)
T ss_dssp HHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS---CCTTCHHHHHHHHHH-HHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH---hcccCHHHHHHHHHH-HHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhH
Confidence 99999999 99988877666555 44433321 111233333333333 3333333345556889999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHH-HHHhHhhcchhhHHhhCccHHHHHHHHHHHHHHHhcCC
Q 011657 407 LSVAVLVNFG-ANALVTFAFSPLKDLLGAGILFYAFGVIAVLSLAFIFX 454 (480)
Q Consensus 407 ~~~~~~~~~~-g~~i~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 454 (480)
.|+.+.+.++ |..++|.+.|.+.+..|+...|++.+++.+++.++.++
T Consensus 384 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 384 AGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999 99999999999999999999999888888777766554
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=3.6e-33 Score=268.24 Aligned_cols=335 Identities=15% Similarity=0.115 Sum_probs=250.8
Q ss_pred HHhhhhhcccccccccccccccccCCCCCCCccccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHH
Q 011657 56 FPALGGLLYGYDIGSTSCATISIESPTLSGISWYDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADILGRRRELILAALLYL 135 (480)
Q Consensus 56 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~ 135 (480)
.+++..+..+++....++.+|.+.++ +|++..+.+++.+.+.+++.++++++|+++||+|||++++++.++++
T Consensus 30 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 30 LLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQA-------FTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------SCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHH-------cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 34555677778888899999999887 99999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHH---HhcCchHHHHHHHHHHHHHHhH----------------------------------hHHhhhhhhh-hhhh
Q 011657 136 VGALVT---ALAPDFIIMVVGRFVFGIGIGL----------------------------------GGYGIGSLLV-DLVA 177 (480)
Q Consensus 136 ~~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~g~g~----------------------------------~g~~~g~~l~-~~~~ 177 (480)
++.+++ ++++|++.++++|+++|++.+. +|+.+++.+. ....
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~ 182 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVP 182 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSC
T ss_pred HHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc
Confidence 999999 8999999999999999999987 5666666665 3322
Q ss_pred h------------------------hHHHHhchhHHHHHHHHHHhc--ccCchHHHHHhcccccCchhhhHHHHHHHHHH
Q 011657 178 G------------------------WRYMYGASTPLAVIMGMGMWW--LPASPRWLLLCAMKRKGDMQDLRESAISCLCR 231 (480)
Q Consensus 178 ~------------------------wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~--~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 231 (480)
. ||+.|++.+++.++..+..++ .||+++..
T Consensus 183 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~------------------------ 238 (438)
T 3o7q_A 183 HQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDN------------------------ 238 (438)
T ss_dssp CCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTC------------------------
T ss_pred cccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccc------------------------
Confidence 2 999998888777664444433 35543200
Q ss_pred HhCCCCCCCChhhHHHHHHhhhcccccccccHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHH-HHhc-CCCCC
Q 011657 232 LRGQSIGDSAPTEVDEILTELSYVGEDKEVSLREVFHGKCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASI-LQSA-GFSAA 309 (480)
Q Consensus 232 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-g~~~~ 309 (480)
+ .++++++.+..++++++++..+...+...+.... ......+.|.+ +++. |. +.
T Consensus 239 ----~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~g~-~~ 294 (438)
T 3o7q_A 239 ----H---------------SDAKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGA----QTACWSYLIRYAVEEIPGM-TA 294 (438)
T ss_dssp ----C---------------CCSSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHSTTC-CH
T ss_pred ----c---------------ccccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHhhhccCCc-ch
Confidence 0 0001122234566777777666655544443332 23555677777 7776 77 88
Q ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCchHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhhccCCchhHHHHHHHHHHHHHhcccccc
Q 011657 310 SDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLFLDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPI 389 (480)
Q Consensus 310 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 389 (480)
.+++.......++.+++.++.+++.||++||+.+..+..+..++.+++.. ..+. .......+.+. ......+.
T Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~-~~~~~~~~~g~-~~~~~~~~ 367 (438)
T 3o7q_A 295 GFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAF-----AGGH-VGLIALTLCSA-FMSIQYPT 367 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----CCHH-HHHHHHHHHHH-HHTTHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----cCCc-HHHHHHHHHHH-HHHHHHHH
Confidence 89999999999999999999999999999999998888877777665543 1222 23333333333 33344567
Q ss_pred cceeecccCChhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhhcchhhHHhhC-ccHHHHHHHHHHHHHHHhcCC
Q 011657 390 GWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLKDLLG-AGILFYAFGVIAVLSLAFIFX 454 (480)
Q Consensus 390 ~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 454 (480)
.+++..|.+|++ ++.+.++.. ...+++.++|.+.|.+.+..| ++..|++.+++.++..++.+.
T Consensus 368 ~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 431 (438)
T 3o7q_A 368 IFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIFIFARF 431 (438)
T ss_dssp HHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 778888999966 888888877 677999999999999999999 888888877666665555443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.97 E-value=4.3e-29 Score=243.45 Aligned_cols=362 Identities=13% Similarity=0.057 Sum_probs=219.8
Q ss_pred ccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHhH----
Q 011657 89 YDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADI-LGRRRELILAALLYLVGALVTALAPDFIIMVVGRFVFGIGIGL---- 163 (480)
Q Consensus 89 ~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~g~g~---- 163 (480)
+|.+..+.+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++.++.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+.
T Consensus 49 ~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~ 128 (491)
T 4aps_A 49 LHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPN 128 (491)
T ss_dssp CCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccch
Confidence 89999999999999999999999999999999 8999999999999999999999999999999999999999887
Q ss_pred --------------------------------hHHhhhhhhhhhhhhhHHHHhchhHHHHHHHHHHhcc-cCchHHHHHh
Q 011657 164 --------------------------------GGYGIGSLLVDLVAGWRYMYGASTPLAVIMGMGMWWL-PASPRWLLLC 210 (480)
Q Consensus 164 --------------------------------~g~~~g~~l~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~p~~~~~~ 210 (480)
+|+.+++.+.+.. +||+.|++.++..++..+..++. ++.. ..+
T Consensus 129 ~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~ 204 (491)
T 4aps_A 129 VSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAA-GYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTL---DPH 204 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC---CSC
T ss_pred HHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccc---ccc
Confidence 5555565555554 89999999877776644443332 2211 011
Q ss_pred cccccCchhhhHHHHHHHHHH---------------HhCCCCCCCChhhHHHHHHh------hhcccccccccHHHHhhh
Q 011657 211 AMKRKGDMQDLRESAISCLCR---------------LRGQSIGDSAPTEVDEILTE------LSYVGEDKEVSLREVFHG 269 (480)
Q Consensus 211 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 269 (480)
+.. .+.+.+.++..+..+. ......+.+........... .....+.......+..+.
T Consensus 205 ~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 282 (491)
T 4aps_A 205 YLR--PTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRV 282 (491)
T ss_dssp CSC--CSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------C
T ss_pred ccC--CCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHH
Confidence 101 1111112222222211 11112111111111000000 000000000000111111
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHh-cCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCchHHH----
Q 011657 270 KCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQS-AGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLL---- 344 (480)
Q Consensus 270 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~---- 344 (480)
.......+...+.+... .....+.+.+.++ .+. +..+.+.......++.+++.++.+++.||++||+...
T Consensus 283 ~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~ 357 (491)
T 4aps_A 283 VSYIPLFIAAVLFWAIE----EQGSVVLATFAAERVDS-SWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKF 357 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHH----GGGGTHHHHHHHHSCCC-SSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH----hhccHHHHHHHHHHhcc-CccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHH
Confidence 11122222222222222 2233345555555 344 5577888888999999999999999999999986554
Q ss_pred -hhhHHHHHHHHHHHHHhhc---cCCchhHHHHHHHHHHHHHhcccccccceeecccCChhhhhhHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011657 345 -GGVSGIVISLFLLGSYYLF---LDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANAL 420 (480)
Q Consensus 345 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~i 420 (480)
.+..+.+++++++...... ..+.+........++.+.......+..+.++.|.+|++.|+++.|+.+....+|..+
T Consensus 358 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i 437 (491)
T 4aps_A 358 AVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSAL 437 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5556555555554432111 111233333333333344444445667789999999999999999999999999999
Q ss_pred HhhcchhhHHhhCccHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCCCCC
Q 011657 421 VTFAFSPLKDLLGAGILFYAFGVIAVLSLAFIFXXXXXXXXS 462 (480)
Q Consensus 421 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 462 (480)
++.+.+.+.+ .++...|.+.+++++++.++.+.+.++.+++
T Consensus 438 ~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 478 (491)
T 4aps_A 438 NAQLVTLYNA-KSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQGL 478 (491)
T ss_dssp HHHHGGGGGG-SSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-------
T ss_pred HHHHHHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999888766 4667788888888777777666655555443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.96 E-value=6.8e-30 Score=240.11 Aligned_cols=321 Identities=14% Similarity=0.095 Sum_probs=232.5
Q ss_pred HhhhhhcccccccccccccccccCCCCCCCccccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHH
Q 011657 57 PALGGLLYGYDIGSTSCATISIESPTLSGISWYDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADILGRRRELILAALLYLV 136 (480)
Q Consensus 57 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~ 136 (480)
+++..++.+++.....+.+|.+.++ +|.+..+.+++.+.+.++..++++++|+++||+|||+++..+.++.++
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~ 77 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-------LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFML 77 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-------SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-------cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHH
Confidence 3455567777888888999999888 999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHhH----------------------------------hHHhhhhhhhhhhhhhHHH
Q 011657 137 GALVTALAPDFIIMVVGRFVFGIGIGL----------------------------------GGYGIGSLLVDLVAGWRYM 182 (480)
Q Consensus 137 ~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~g~g~----------------------------------~g~~~g~~l~~~~~~wr~~ 182 (480)
+.++.++++|++.+++.|+++|++.+. +|+.+++.+.+.. +||+.
T Consensus 78 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~-~~~~~ 156 (375)
T 2gfp_A 78 ATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMW-NWRAC 156 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHH-HHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhc-cHHHH
Confidence 999999999999999999999999886 5566666665554 99999
Q ss_pred HhchhHHHHHHHH-HHhcccCchHHHHHhcccccCchhhhHHHHHHHHHHHhCCCCCCCChhhHHHHHHhhhcccccccc
Q 011657 183 YGASTPLAVIMGM-GMWWLPASPRWLLLCAMKRKGDMQDLRESAISCLCRLRGQSIGDSAPTEVDEILTELSYVGEDKEV 261 (480)
Q Consensus 183 f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 261 (480)
|++.+++.++..+ ..+++||+++.. + ++++.+.
T Consensus 157 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~-------------------------------------------~~~~~~~ 190 (375)
T 2gfp_A 157 YLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVD---A-------------------------------------------PRTRLLT 190 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTT---C-------------------------------------------CCCCTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCC---c-------------------------------------------ccccHHH
Confidence 9998888877554 555678775310 0 0112233
Q ss_pred cHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHh-cCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCc
Q 011657 262 SLREVFHGKCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQS-AGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRR 340 (480)
Q Consensus 262 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~ 340 (480)
++++.++++..+...+...+... .......+.|.++++ .|. ++.+.+.......++.+++.++.+++.||.+++
T Consensus 191 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~g~-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~ 265 (375)
T 2gfp_A 191 SYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLA----GIAAFEACSGVLMGAVLGL-SSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL 265 (375)
T ss_dssp CSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHCSCSSHHHHHH-HHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH
T ss_pred HHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHhCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45677777766555444433332 223455566666555 676 778889999999999999999999999999872
Q ss_pred hHHHhhhHH-HHHHHHHHHHHhhccCCchhHHHHHHHHHHHHHhcccccccceeecccCChhhhhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 011657 341 PLLLGGVSG-IVISLFLLGSYYLFLDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANA 419 (480)
Q Consensus 341 ~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 419 (480)
+..+..+ ...+...+..... ...+.+.......+...+.+ ...+...++..|..| ++|+++.|+.+....+|..
T Consensus 266 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~ 340 (375)
T 2gfp_A 266 --MWQSVICCLLAGLLMWIPDWF-GVMNVWTLLVPAALFFFGAG-MLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSG 340 (375)
T ss_dssp --HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-ccccHHHHHHHHHHHHHHHH-HhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2222222 2222221111000 01122222333333333333 345666689999998 8999999999999999999
Q ss_pred hHhhcchhhHHhhCccHHHHHH
Q 011657 420 LVTFAFSPLKDLLGAGILFYAF 441 (480)
Q Consensus 420 i~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 441 (480)
++|.+.+.+.+..++...+.+.
T Consensus 341 ~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~ 362 (375)
T 2gfp_A 341 VLASLSAMLPQTGQGSLGLLMT 362 (375)
T ss_dssp CCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhcCCcccHHHHHH
Confidence 9999999998877776655553
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.95 E-value=2.4e-28 Score=232.50 Aligned_cols=325 Identities=14% Similarity=0.080 Sum_probs=198.2
Q ss_pred ccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHH---HHHHhcCchH-HHHHHHHH----HHHH
Q 011657 89 YDLSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADILGRRRELILAALLYLVGA---LVTALAPDFI-IMVVGRFV----FGIG 160 (480)
Q Consensus 89 ~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~-~l~~~r~l----~G~g 160 (480)
+|.+..+.|++.+.+.+++.++++++|+++||+|||++++++..+++++. ..+.+++... .++..+++ .|++
T Consensus 38 ~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 117 (417)
T 2cfq_A 38 NHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFC 117 (417)
T ss_dssp TCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHH
T ss_pred hCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 79999999999999999999999999999999999999998887765432 1112221110 01112222 1111
Q ss_pred HhH--------------------------------hHHhhhhhhhhhhhhhHHHHhchhHHHHHHHHHHhcccCchHHHH
Q 011657 161 IGL--------------------------------GGYGIGSLLVDLVAGWRYMYGASTPLAVIMGMGMWWLPASPRWLL 208 (480)
Q Consensus 161 ~g~--------------------------------~g~~~g~~l~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~p~~~~ 208 (480)
.+. +|+.+++.+.+ .+||+.|++.++..++..+..++.+|+++.
T Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~--~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-- 193 (417)
T 2cfq_A 118 FNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT--INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPS-- 193 (417)
T ss_dssp HHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH--HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSC--
T ss_pred HhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCccccc--
Confidence 110 45555555544 279999998887765554444444433210
Q ss_pred HhcccccCchhhhHHHHHHHHHHHhCCCCCCCChhhHHHHHHhhhcccccccccHHHHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011657 209 LCAMKRKGDMQDLRESAISCLCRLRGQSIGDSAPTEVDEILTELSYVGEDKEVSLREVFHGKCLKALIIGAGLVLFQQIT 288 (480)
Q Consensus 209 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 288 (480)
+. +. .+.. + +..++....+++++++++..+...+.......
T Consensus 194 -~~-----~~----------------~~~~------------~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---- 234 (417)
T 2cfq_A 194 -SA-----TV----------------ANAV------------G-ANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSC---- 234 (417)
T ss_dssp -SS-----CS----------------SSSS------------S-SCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHH----
T ss_pred -cc-----cc----------------cccc------------c-cccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHH----
Confidence 00 00 0000 0 00001111234556666655544332222211
Q ss_pred ChhHHHHhHHHHHHhc-CC--CCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCchHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhhccC
Q 011657 289 GQPSVLYYAASILQSA-GF--SAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLFLD 365 (480)
Q Consensus 289 ~~~~~~~~~~~~~~~~-g~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 365 (480)
.+.....+.|.++.+. +. .+....+.......++.+++.++.++++||+|||+++..+..+.+++.+++.. .
T Consensus 235 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~-----~ 309 (417)
T 2cfq_A 235 TYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSF-----A 309 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-----C
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----h
Confidence 1122333455555443 21 02334567777778888999999999999999999888777766665444321 1
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHHhcccccccceeecccCChhhhhhHHHHH-HHHHHHHHHhHhhcchhhHHhhCccHHHHHHHHH
Q 011657 366 DVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVA-VLVNFGANALVTFAFSPLKDLLGAGILFYAFGVI 444 (480)
Q Consensus 366 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~-~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 444 (480)
.+.+..+....+..... ....+..+.++.|.+|++.|+++.++. +..+.+|++++|.+.|.+.+..|+...|.+.+++
T Consensus 310 ~~~~~~~~~~~l~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~ 388 (417)
T 2cfq_A 310 TSALEVVILKTLHMFEV-PFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLV 388 (417)
T ss_dssp CSHHHHHHHTTHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHH
Confidence 22333222222222222 122233457899999999999999995 7888999999999999999988888888888888
Q ss_pred HHHHHHhcCCCCCCCCCC
Q 011657 445 AVLSLAFIFXXXXXXXXS 462 (480)
Q Consensus 445 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 462 (480)
++++.++.+...+|+++.
T Consensus 389 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 406 (417)
T 2cfq_A 389 ALGFTLISVFTLSGPGPL 406 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHTTSSCCSCTT
T ss_pred HHHHHHHHHhhhcCCCch
Confidence 888877766666654443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.91 E-value=6.3e-24 Score=208.63 Aligned_cols=361 Identities=14% Similarity=0.109 Sum_probs=187.5
Q ss_pred CChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC-chHHHHHHHHHHHHHHhH-----
Q 011657 91 LSSVEIGLITSGSLYGALIGSILAFNIADIL-GRRRELILAALLYLVGALVTALAP-DFIIMVVGRFVFGIGIGL----- 163 (480)
Q Consensus 91 ~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~g~g~----- 163 (480)
.+..+.+++.+.+.++..++++++|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ +++.+++.|+++|++.+.
T Consensus 51 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~ 130 (524)
T 2xut_A 51 LRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLV 130 (524)
T ss_dssp TTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhH
Confidence 9999999999999999999999999999999 999999999999999999999999 999999999999999887
Q ss_pred --------------------------------hHHhhhhhhhhhhhhhHHHHhchhHHHHHHHHHHhcc-cCchHHHHHh
Q 011657 164 --------------------------------GGYGIGSLLVDLVAGWRYMYGASTPLAVIMGMGMWWL-PASPRWLLLC 210 (480)
Q Consensus 164 --------------------------------~g~~~g~~l~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~p~~~~~~ 210 (480)
+|+.+++.+.+.. +||+.|++.+++.++..+..++. ++.++ .
T Consensus 131 ~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~- 205 (524)
T 2xut_A 131 SSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNF-GAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIH---M- 205 (524)
T ss_dssp HHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCC---C-
T ss_pred HHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccc---c-
Confidence 4444455444444 89999999888877654444432 21110 0
Q ss_pred cccccCchhhhHHHHHHHHHH-HhCCCCCCCChhhHHHHHH------hhh-----------------cccccccccHHHH
Q 011657 211 AMKRKGDMQDLRESAISCLCR-LRGQSIGDSAPTEVDEILT------ELS-----------------YVGEDKEVSLREV 266 (480)
Q Consensus 211 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~-----------------~~~~~~~~~~~~~ 266 (480)
. ++.+ ...+..+.+.. .++.....+.......... ... ..++..+..+++.
T Consensus 206 ~--~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 280 (524)
T 2xut_A 206 P--PEPK---DPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQL 280 (524)
T ss_dssp C-------------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHH
T ss_pred C--CCCc---cchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHH
Confidence 0 0000 00000000000 0000000000000000000 000 0000000001000
Q ss_pred -----------hhh-hhhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHhcCCCCC-cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011657 267 -----------FHG-KCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQSAGFSAA-SDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLV 333 (480)
Q Consensus 267 -----------~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l 333 (480)
.++ +....... ...........+.......+.+....+. +. ...+.......++.+++.++.+++
T Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 358 (524)
T 2xut_A 281 ERARKSHPDAAVDGVRSVLRILV-LFALVTPFWSLFDQKASTWILQANDMVK-PQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFV 358 (524)
T ss_dssp HHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHH-HHTTSHHHHTTTSSTTTHHHHHHHHSCC-CSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC
T ss_pred hhhhccccHhHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhccchhhHHhHHhcCC-CeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhh
Confidence 001 11111111 1111111111111111122222223222 11 245555555556666666665554
Q ss_pred H----hhhcC----chHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhhc---cCCchhHHHHHHHHHHHHHhcccccccceeecccCChhh
Q 011657 334 V----ERLGR----RPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLF---LDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRL 402 (480)
Q Consensus 334 ~----d~~g~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~ 402 (480)
. +|.++ ++.+..+..+.+++++++...... ....+...+....++.+.......+..++++.|..|++.
T Consensus 359 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~ 438 (524)
T 2xut_A 359 LYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAM 438 (524)
T ss_dssp ------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTC
T ss_pred hHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHH
Confidence 3 44433 234555666655555543321000 001122223333333333333345666689999999999
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHhHhhcchhhHHhh----------Cc-cHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCCCCCh
Q 011657 403 RGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLKDLL----------GA-GILFYAFGVIAVLSLAFIFXXXXXXXXSF 463 (480)
Q Consensus 403 ~~~~~~~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~----------g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 463 (480)
|++++|+.++...+|+.++|.+.+.+.+.. +. ...|++.+++++++.++.+++.++.++++
T Consensus 439 ~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 510 (524)
T 2xut_A 439 KGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFALYARSYQMQD 510 (524)
T ss_dssp CTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccch
Confidence 999999999999999999999999887632 11 22367777777777777666666555443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.59 E-value=6.3e-15 Score=141.57 Aligned_cols=180 Identities=14% Similarity=0.060 Sum_probs=135.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHhcCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCchHHHhhhHHHHHHHH
Q 011657 276 IIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQSAGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLLGGVSGIVISLF 355 (480)
Q Consensus 276 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 355 (480)
+....+..+........+....|.+.++. . +..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.+
T Consensus 30 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~ 107 (451)
T 1pw4_A 30 FLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-F-SRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVML 107 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-T-CSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-c-cHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333333333333445566778887888 6 899999999999999999999999999999999999999999888887
Q ss_pred HHHHHhhccCCchhHHHHHHHHHHHHHhcccccccceeecccCChhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhhcchhhHHhhC-c
Q 011657 356 LLGSYYLFLDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLKDLLG-A 434 (480)
Q Consensus 356 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~g-~ 434 (480)
++.+.... ..+.+..++. .++.+.......+...+++.|.+|+++|+.+.++.+....+|..++|.+.+.+.+..| |
T Consensus 108 ~~~~~~~~-~~~~~~l~~~-~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~w 185 (451)
T 1pw4_A 108 FMGFVPWA-TSSIAVMFVL-LFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFNDW 185 (451)
T ss_dssp HHHHCHHH-HSSSSHHHHH-HHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCCS
T ss_pred HHHhhhhc-cccHHHHHHH-HHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccH
Confidence 77641110 1233333333 3333443444456666899999999999999999999999999999999999899898 9
Q ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCC
Q 011657 435 GILFYAFGVIAVLSLAFIFXXXXXX 459 (480)
Q Consensus 435 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 459 (480)
++.|++.+++.++..++.++..+|+
T Consensus 186 ~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 210 (451)
T 1pw4_A 186 HAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDT 210 (451)
T ss_dssp TTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCC
Confidence 9999998888776665554445544
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.55 E-value=5.7e-14 Score=134.35 Aligned_cols=161 Identities=11% Similarity=-0.032 Sum_probs=124.2
Q ss_pred hChhHHHHhHHHHHHhcCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCchHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhhccCCc
Q 011657 288 TGQPSVLYYAASILQSAGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLFLDDV 367 (480)
Q Consensus 288 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 367 (480)
..........|.+.++.|. +..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+.++.+++.+++..... ..+
T Consensus 40 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~-s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~ 116 (438)
T 3o7q_A 40 VANNLNDILLPQFQQAFTL-TNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAE--IMN 116 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHSCC-CSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--TTC
T ss_pred HHHHhHHHHHHHHHHHcCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc--ccc
Confidence 3345666778888899999 8999999999999999999999999999999999999999998888877632111 233
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHhcccccccceeecccCChhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhhcchhhH-HhhC-------------
Q 011657 368 PAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLK-DLLG------------- 433 (480)
Q Consensus 368 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~-~~~g------------- 433 (480)
.+..++ ..++.+.......+...+++.|.+|+++|+.+.++.+....+|..+++.+.+.+. +..+
T Consensus 117 ~~~l~~-~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 195 (438)
T 3o7q_A 117 YTLFLV-GLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPE 195 (438)
T ss_dssp HHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHH
T ss_pred HHHHHH-HHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcc
Confidence 333333 3334444444445566789999999999999999999999999999999999988 5444
Q ss_pred ------------ccHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011657 434 ------------AGILFYAFGVIAVLSLAFI 452 (480)
Q Consensus 434 ------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 452 (480)
|++.|++.+++.++..++.
T Consensus 196 ~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 226 (438)
T 3o7q_A 196 QLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLI 226 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6778877666655554443
No 10
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.51 E-value=3.9e-14 Score=132.56 Aligned_cols=166 Identities=11% Similarity=0.032 Sum_probs=133.5
Q ss_pred hhHHHHhHHHHHHhcCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCchHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhhccCCchh
Q 011657 290 QPSVLYYAASILQSAGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLFLDDVPA 369 (480)
Q Consensus 290 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 369 (480)
........|.+.++.|. +..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..++.+++... ++.
T Consensus 16 ~~~~~~~~~~~~~~~g~-s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~ 88 (375)
T 2gfp_A 16 QTIYIPAIADMARDLNV-REGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTT------SSL 88 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSSS-TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH------HHH
T ss_pred HHHHhhhhHHHHHHcCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh------ccH
Confidence 34555667777888888 88999999999999999999999999999999999999988888888776642 233
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcccccccceeecccCChhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhhcchhhHHhhCccHHHHHHHHHHHHHH
Q 011657 370 VAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLKDLLGAGILFYAFGVIAVLSL 449 (480)
Q Consensus 370 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 449 (480)
..+....+..+.......+...+++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.+..||+..+++.+++.++..
T Consensus 89 ~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 168 (375)
T 2gfp_A 89 TVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVT 168 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333344444444445566678999999999999999999999999999999999999998899999998888888777
Q ss_pred HhcCCCCCCCCCC
Q 011657 450 AFIFXXXXXXXXS 462 (480)
Q Consensus 450 ~~~~~~~~~~~~~ 462 (480)
+...+..||++++
T Consensus 169 ~~~~~~~~~~~~~ 181 (375)
T 2gfp_A 169 FSMARWMPETRPV 181 (375)
T ss_dssp CCCCCSSCCCSTT
T ss_pred HHHHHHCcccCCC
Confidence 7666666665443
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.46 E-value=1.2e-13 Score=134.32 Aligned_cols=155 Identities=12% Similarity=0.113 Sum_probs=120.3
Q ss_pred HHHHhHHHHHHh------cCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hcCchHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhhcc
Q 011657 292 SVLYYAASILQS------AGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVER-LGRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLFL 364 (480)
Q Consensus 292 ~~~~~~~~~~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 364 (480)
....+.+.++++ .|. +..+.++..+...++..++.++.|+++|| +|||+++..+..+..++.+++..
T Consensus 31 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----- 104 (491)
T 4aps_A 31 GMRAILLYYMWFLISTGDLHI-TRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLAL----- 104 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSCCS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-----
T ss_pred HHHHHHHHHHHhccchhhcCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----
Confidence 344445555544 688 88999999999999999999999999999 89999999999888888776653
Q ss_pred CCchhHHHHHHHHHHHHHhcccccccceeecccCChhh--hhhHHHHHHHHHHHHHHhHhhcchhhHHhhCccHHHHHHH
Q 011657 365 DDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRL--RGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLKDLLGAGILFYAFG 442 (480)
Q Consensus 365 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~~~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~ 442 (480)
.++.+..++..++ .+.......+...+++.|.+|++. |+.+.++.+....+|..++|.+.+.+.+..||++.|++.+
T Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~l-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~ 183 (491)
T 4aps_A 105 PFGASALFGSIIL-IIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAA 183 (491)
T ss_dssp CCSTTHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred hhhHHHHHHHHHH-HHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHH
Confidence 2333333333333 333333345666789999999988 7888888999999999999999999999999999999887
Q ss_pred HHHHHHHHhcC
Q 011657 443 VIAVLSLAFIF 453 (480)
Q Consensus 443 ~~~~~~~~~~~ 453 (480)
++.+++.+..+
T Consensus 184 ~~~~~~~~~~~ 194 (491)
T 4aps_A 184 IGMFIGLLVYY 194 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH
Confidence 76666655543
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.43 E-value=1.9e-12 Score=126.81 Aligned_cols=157 Identities=11% Similarity=0.070 Sum_probs=120.4
Q ss_pred HHHHhHHHHH-HhcC------CCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-cCchHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 011657 292 SVLYYAASIL-QSAG------FSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERL-GRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLF 363 (480)
Q Consensus 292 ~~~~~~~~~~-~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 363 (480)
....+.+.++ ++.| . +..+.++..+...++..++.++.|+++||+ |||+++..+.++..++.+++..
T Consensus 30 ~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~-s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---- 104 (524)
T 2xut_A 30 GMRNILTPFLMTALLLSIPEEL-RGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAI---- 104 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSCSSCCSSST-TTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcccccccc-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----
Confidence 3344445444 5567 7 889999999999999999999999999999 9999999988888887776654
Q ss_pred cCCchhHHHHHHHHHHHHHhcccccccceeecccCChhhhhhHHHH---HHHHHHHHHHhHhhcchhhHHhhCccHHHHH
Q 011657 364 LDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSV---AVLVNFGANALVTFAFSPLKDLLGAGILFYA 440 (480)
Q Consensus 364 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~---~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 440 (480)
...+...+....++.+.......+...+++.|.+|+++|+.+.+. .+...++|..++|.+.+.+.+..||+..|++
T Consensus 105 -~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~ 183 (524)
T 2xut_A 105 -FEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGI 183 (524)
T ss_dssp -TSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHH
T ss_pred -hcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHH
Confidence 221333333333344444444556777899999999999876666 8888999999999999999998999999998
Q ss_pred HHHHHHHHHHhcCC
Q 011657 441 FGVIAVLSLAFIFX 454 (480)
Q Consensus 441 ~~~~~~~~~~~~~~ 454 (480)
.+++.+++.++.++
T Consensus 184 ~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 184 PGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88877766655443
No 13
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.00 E-value=6.2e-10 Score=107.93 Aligned_cols=120 Identities=17% Similarity=-0.051 Sum_probs=88.6
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCchHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhhcc------------CCchhHHHHHHHHH
Q 011657 311 DATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLLGGVSGIVISLFLLGSYYLFL------------DDVPAVAVVALLLY 378 (480)
Q Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~ 378 (480)
..++..+...++.++|.++.|+++||+|||+.+.++.++..++.++.++..... ...+...++..-++
T Consensus 56 ~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l 135 (491)
T 4gc0_A 56 LLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRII 135 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHH
Confidence 456777888899999999999999999999999999998888877765311000 02334444444444
Q ss_pred HHHHhcccccccceeecccCChhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhhcchhhHH
Q 011657 379 VGCYQLSFGPIGWLMISEVFPLRLRGRGLSVAVLVNFGANALVTFAFSPLKD 430 (480)
Q Consensus 379 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~ 430 (480)
.+....+..+...+++.|..|++.|+...++.+....+|..+++.+......
T Consensus 136 ~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 187 (491)
T 4gc0_A 136 GGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIAR 187 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhcc
Confidence 4444444556777899999999999999999999888888777766554443
No 14
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=98.97 E-value=8.4e-11 Score=111.40 Aligned_cols=183 Identities=14% Similarity=0.112 Sum_probs=104.0
Q ss_pred HhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhChhHHHHhHHHHHHh-cCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCchHHH
Q 011657 266 VFHGKCLKALIIGAGLVLFQQITGQPSVLYYAASILQS-AGFSAASDATRVSILLGLFKLIMTGLAVLVVERLGRRPLLL 344 (480)
Q Consensus 266 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~~~~~~ 344 (480)
.+|++.++.......+.+.. +.....+.|.++++ .|. +..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~l~~~~g~-s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~ 77 (417)
T 2cfq_A 3 YLKNTNFWMFGLFFFFYFFI----MGAYFPFFPIWLHDINHI-SKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLL 77 (417)
T ss_dssp TTSCHHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHTTTHHHHHHTTTCC-CTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHH
T ss_pred cccccchHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHhCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHH
Confidence 45556555444433332222 23444567776665 677 8899999999999999999999999999999999988
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHH-Hhhc-cCCchhHHHHHHHHHHHHHhcccccccceeecccCCh--hhhhhHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011657 345 GGVSGIVISLFLLGS-YYLF-LDDVPAVAVVALLLYVGCYQLSFGPIGWLMISEVFPL--RLRGRGLSVAVLVNFGANAL 420 (480)
Q Consensus 345 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~--~~~~~~~~~~~~~~~~g~~i 420 (480)
.+..+..+....+.. .... ................+....... ....+..++ +.++.+.|..+....+|..+
T Consensus 78 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~ 153 (417)
T 2cfq_A 78 WIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGA----PAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWAL 153 (417)
T ss_dssp HHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTH----HHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhH----HHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 776655432211110 0000 000001000000000000000111 122222222 34566777777778889999
Q ss_pred HhhcchhhHHhhCccHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCC
Q 011657 421 VTFAFSPLKDLLGAGILFYAFGVIAVLSLAFIFXXXXX 458 (480)
Q Consensus 421 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 458 (480)
+|.+.+.+.+ .+++..|++.++..++..+..++..+|
T Consensus 154 ~~~l~~~l~~-~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 190 (417)
T 2cfq_A 154 GASIVGIMFT-INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTD 190 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHH-HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCC
T ss_pred HHHHHHHHHH-hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcc
Confidence 9999998887 578888877665554444444433333
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=70.75 E-value=2.6 Score=19.80 Aligned_cols=14 Identities=21% Similarity=0.249 Sum_probs=11.6
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhHH
Q 011657 113 LAFNIADILGRRRE 126 (480)
Q Consensus 113 ~~g~l~dr~Grr~~ 126 (480)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999865
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=25.81 E-value=1.1e+02 Score=24.58 Aligned_cols=25 Identities=16% Similarity=-0.007 Sum_probs=20.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh
Q 011657 100 TSGSLYGALIGSILAFNIADILGRR 124 (480)
Q Consensus 100 ~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr 124 (480)
+.-|.+|+.++..+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 4567788899999999999997643
Done!