Query 011756
Match_columns 478
No_of_seqs 163 out of 2092
Neff 9.8
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 14:41:15 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/011756.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/011756hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 3.7E-43 1.3E-47 359.6 34.7 410 22-469 7-479 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 7.7E-28 2.6E-32 242.8 35.3 380 22-453 23-434 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 1E-25 3.5E-30 226.5 40.0 353 22-444 21-424 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.9 3.6E-22 1.2E-26 203.8 27.4 393 35-459 21-478 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.9 1.5E-22 5E-27 199.3 18.2 328 30-428 3-352 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 99.8 1.8E-19 6.1E-24 180.1 19.6 351 50-461 31-408 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.8 1E-18 3.6E-23 179.7 22.5 147 35-181 20-196 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.3 1.7E-10 5.9E-15 115.5 18.5 140 319-458 68-212 (451)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.2 1.7E-09 5.7E-14 109.8 20.1 137 319-455 60-199 (491)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.1 2.8E-09 9.6E-14 106.2 20.8 108 319-426 67-177 (438)
11 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.1 1.5E-09 5.3E-14 105.9 14.2 141 319-459 41-181 (375)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 99.0 1.8E-08 6.1E-13 103.0 18.4 135 320-454 61-200 (524)
13 4gc0_A D-xylose-proton symport 98.6 9.5E-07 3.3E-11 89.2 17.9 104 322-425 64-185 (491)
14 2cfq_A Lactose permease; trans 98.2 9.2E-06 3.2E-10 80.3 12.9 108 81-188 295-405 (417)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 25.6 40 0.0014 17.2 1.6 13 333-345 3-15 (26)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=3.7e-43 Score=359.57 Aligned_cols=410 Identities=20% Similarity=0.246 Sum_probs=287.4
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHhhhhhcCCC--------cchhhHHHHHHHHHHHH----------------
Q 011756 22 GKFQGLALAYSGLGWFSEAMEVMILSFVGPAVKSEWGLS--------SSEESLITTVVFAGMMS---------------- 77 (478)
Q Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~--------~~~~~~~~s~~~~G~~~---------------- 77 (478)
.+|.+.+.+++++|.++++||...++.+.|.++++++.+ +.+.|++.|++++|.++
T Consensus 7 ~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~ 86 (491)
T 4gc0_A 7 SSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRD 86 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHH
T ss_pred hHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHH
Confidence 377888888899999999999999999999998887432 34578888888887655
Q ss_pred -HHHHHHHHHHHHHHHh------------------hhchHHHHHHHHHHhhcccCchh-hHHHHHhhccCCCCchhHHHH
Q 011756 78 -ILGGALVTFVAGLLSA------------------FSPNYISLLILRGLAGAGLGSGH-VFFSWFMEFVPPSNRGKWMVV 137 (478)
Q Consensus 78 -~~~~~~~~~i~~~~~~------------------~a~~~~~l~~~R~l~Gig~g~~~-~~~~~~~E~~p~~~Rg~~~~~ 137 (478)
++.+.+++.+++++++ +++|+++++++|+++|+|.|+.. ....|++|++|+++||+..+.
T Consensus 87 ~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~ 166 (491)
T 4gc0_A 87 SLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSF 166 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHh
Confidence 5677788888888888 48899999999999999999874 567889999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--------CcchHHHHHHhhHHHHHHHHHHHhcCCCchhhhhcCChhHHHHHHHHHHHH
Q 011756 138 FSTFWTFGSVSEAALAWIVMP--------ILTWRWLLALSAIPAFVLLIFIVFMPESPRYLCTKGRITDAHNILDKIAQF 209 (478)
Q Consensus 138 ~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~--------~~~WR~~f~i~~i~~~l~~~~~~~lpESP~~l~~~~~~~~a~~~l~~~~~~ 209 (478)
.+.++..|.++++.++..... .++||+++.+..+++++.++.++++||||||+..|+|.||+++.+++.+..
T Consensus 167 ~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~ 246 (491)
T 4gc0_A 167 NQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGN 246 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCC
Confidence 999999999999888776532 357999999999999999999999999999999999999999999988754
Q ss_pred cCCCCCCCCCCCCCCCCcccccCCCCcccccccccccccccccccchhhcccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011756 210 NQTSLPSGNLTSDGTNDLDEEFSTSEETPLLSSARKRTTVRKSGFSSFLMLFSPRFFKTTILLWVLYFGNSFVYYGIVLL 289 (478)
Q Consensus 210 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 289 (478)
+..+. +. .+.++.. .+. ++.. .....++.+ +..+......+.+...++....+
T Consensus 247 ~~~~~--------------~~---~~~~~~~----~~~---~~~~-~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 299 (491)
T 4gc0_A 247 TLATQ--------------AV---QEIKHSL----DHG---RKTG-GRLLMFGVG--VIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYY 299 (491)
T ss_dssp HHHHH--------------HH---HHHHHHH----HHH---HHHT-THHHHSCCT--HHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHH
T ss_pred chhHH--------------HH---HHHHHHH----Hhh---hhhh-hHHHHhccc--HHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhc
Confidence 32100 00 0000000 000 0000 111111111 11122222222222222333333
Q ss_pred HHhhhCCCCCcccccccccCccchhhHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHhhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--h-c-h
Q 011756 290 ASELSGSQSKCSSSILLSENVQDASVYINVFITSFAELPGLLTAALLVDRVGRKLSMTIMFIFVCIFLLPLVT--L-Q-S 365 (478)
Q Consensus 290 ~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~l~dr~GRr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~-~-~ 365 (478)
.+.+.... ...............+..+++.+++++++||+|||+.+..+.....+.++.+.. . . .
T Consensus 300 ~~~~~~~~-----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~ 368 (491)
T 4gc0_A 300 APEVFKTL-----------GASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAP 368 (491)
T ss_dssp HHHHHHHS-----------SCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC
T ss_pred chHHHHhc-----------CCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccc
Confidence 33332111 111122333445666778899999999999999999988776655544433321 1 1 1
Q ss_pred hHHH-HHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcccccCcChhHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHHHhhcc------chhHHHHHH
Q 011756 366 NILL-TALLSGARMFSMGTFIIANIFAPEIYPTSMRSTGAGVAYAVGRIGGMVCPLVAVGLVTSC------HQTAAILLL 438 (478)
Q Consensus 366 ~~~~-~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~E~~p~~~R~~~~g~~~~~~~lg~~~~p~~~~~l~~~~------~~~~~~~~~ 438 (478)
.... ........++..+..++.|.+.+|+||+++|+++.|+++.++++++++++.+.+.+.+.. +....++++
T Consensus 369 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~ 448 (491)
T 4gc0_A 369 GIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIY 448 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHH
Confidence 1221 122222233344555678999999999999999999999999999999998877654321 223467888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhccccccCcccchhhcccc
Q 011756 439 EALIVLSVVVILLIPFETKGKELVNTIDGVS 469 (478)
Q Consensus 439 ~~~~~i~~~~~~~~~pet~g~~l~~~~~~~~ 469 (478)
+++++++.++.+++.||||||++||.++.-|
T Consensus 449 ~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tLeei~~~f~ 479 (491)
T 4gc0_A 449 GCMGVLAALFMWKFVPETKGKTLEELEALWE 479 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCHHHHGGGTC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHheecCCCCCCHHHHHHHhC
Confidence 9999999999999999999999998655433
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.97 E-value=7.7e-28 Score=242.84 Aligned_cols=380 Identities=13% Similarity=0.168 Sum_probs=258.8
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHhhhhhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHH-----------------HHHHHHH
Q 011756 22 GKFQGLALAYSGLGWFSEAMEVMILSFVGPAVKSEWGLSSSEESLITTVVFAGMMS-----------------ILGGALV 84 (478)
Q Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~s~~~~G~~~-----------------~~~~~~~ 84 (478)
.++++..+..+.++.+.++++....+...|.+.+|+ +++.+.|++.+.+.++..+ ++.+.++
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~ 101 (451)
T 1pw4_A 23 RRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLIL 101 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHH
Confidence 466778888888999999999999999999999999 9999999999998776554 5667777
Q ss_pred HHHHHHHHhh----hchHHHHHHHHHHhhcccCch-hhHHHHHhhccCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Q 011756 85 TFVAGLLSAF----SPNYISLLILRGLAGAGLGSG-HVFFSWFMEFVPPSNRGKWMVVFSTFWTFGSVSEAALAWIVMPI 159 (478)
Q Consensus 85 ~~i~~~~~~~----a~~~~~l~~~R~l~Gig~g~~-~~~~~~~~E~~p~~~Rg~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~ 159 (478)
..++.++.++ ++|++.++++|++.|++.|.. +...+++.|++|+++|++..++.+.+..+|.++++.++..+.+.
T Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~ 181 (451)
T 1pw4_A 102 AAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAW 181 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8888888889 999999999999999998875 45678899999999999999999999999999999999887777
Q ss_pred cc-hHHHHHHhhHHHHHH-HHHHHhcCCCchhhhhcCChhHHHHHHHHHHHHcCCCCCCCCCCCCCCCCcccccCCCCcc
Q 011756 160 LT-WRWLLALSAIPAFVL-LIFIVFMPESPRYLCTKGRITDAHNILDKIAQFNQTSLPSGNLTSDGTNDLDEEFSTSEET 237 (478)
Q Consensus 160 ~~-WR~~f~i~~i~~~l~-~~~~~~lpESP~~l~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 237 (478)
.| ||+.|++.+++.++. ++..+++||+|+....+.++++ .++. ++. .+++
T Consensus 182 ~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------------~~~~----~~~---~~~~ 233 (451)
T 1pw4_A 182 FNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEY---------------------KNDY----PDD---YNEK 233 (451)
T ss_dssp TCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTT---------------------CCC---------------
T ss_pred hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhh---------------------cccc----ccc---chhh
Confidence 88 999999998877665 4456778999875322111000 0000 000 0000
Q ss_pred cccccccccccccccccch--hhcccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhCCCCCcccccccccCccchhh
Q 011756 238 PLLSSARKRTTVRKSGFSS--FLMLFSPRFFKTTILLWVLYFGNSFVYYGIVLLASELSGSQSKCSSSILLSENVQDASV 315 (478)
Q Consensus 238 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 315 (478)
+ ++ +...++ .+..++++ ..+...+..+.....+++...+.|.+..... +.+....
T Consensus 234 ~------~~----~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------g~~~~~~ 290 (451)
T 1pw4_A 234 A------EQ----ELTAKQIFMQYVLPNK---LLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVK----------HFALDKS 290 (451)
T ss_dssp ---------------CCTHHHHHHTSSCH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBS----------CCCHHHH
T ss_pred h------hc----ccccccchHHHHHcCH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc----------CCCHHHH
Confidence 0 00 000001 12223222 2222233333344445555555554432210 1111222
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHhhh--chHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhhc--hhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhh
Q 011756 316 YINVFITSFAELPGLLTAALLVDRV--GRKLSMTIMFIFVC-IFLLPLVTLQ--SNILLTALLSGARMFSMGTFIIANIF 390 (478)
Q Consensus 316 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~l~dr~--GRr~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 390 (478)
........++.+++.++.+++.||+ |||+.+..+..+.. +..+.+.... +.+......+...+...+.++..+.+
T Consensus 291 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 370 (451)
T 1pw4_A 291 SWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLH 370 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHH
Confidence 2233455677888999999999999 99998776655444 3333333221 22222222333333334455566789
Q ss_pred cccccCcChhHHHHHHHHHHHhH-hHhHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Q 011756 391 APEIYPTSMRSTGAGVAYAVGRI-GGMVCPLVAVGLVTSCHQTAAILLLEALIVLSVVVILLIP 453 (478)
Q Consensus 391 ~~E~~p~~~R~~~~g~~~~~~~l-g~~~~p~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~ 453 (478)
..|.+|++.|+++.|+.+.+.++ |+.++|.+.+.+.+..+....+.+.+++.+++.++.++..
T Consensus 371 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 371 ALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999 9999999999888876666677777777777766665543
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.96 E-value=1e-25 Score=226.47 Aligned_cols=353 Identities=14% Similarity=0.102 Sum_probs=234.4
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHhhhhhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHH-----------------HHHHHHH
Q 011756 22 GKFQGLALAYSGLGWFSEAMEVMILSFVGPAVKSEWGLSSSEESLITTVVFAGMMS-----------------ILGGALV 84 (478)
Q Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~s~~~~G~~~-----------------~~~~~~~ 84 (478)
.+.++..+..+++..+..+++....+...|.+++++|+++.+.|++.+.+.++..+ ++.+.++
T Consensus 21 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~ 100 (438)
T 3o7q_A 21 SRSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFL 100 (438)
T ss_dssp -CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHH
Confidence 34455566667778889999999999999999999999999999999998877554 5667777
Q ss_pred HHHHHHHH---hhhchHHHHHHHHHHhhcccCchh-hHHHHHhhccCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-cC
Q 011756 85 TFVAGLLS---AFSPNYISLLILRGLAGAGLGSGH-VFFSWFMEFVPPSNRGKWMVVFSTFWTFGSVSEAALAWIVM-PI 159 (478)
Q Consensus 85 ~~i~~~~~---~~a~~~~~l~~~R~l~Gig~g~~~-~~~~~~~E~~p~~~Rg~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~-~~ 159 (478)
..++.++. ++++|++.++++|++.|+|.|... ...+++.|++|+++|++..++.+.+..+|.++++.++..+. +.
T Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 180 (438)
T 3o7q_A 101 YALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSN 180 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 77888777 889999999999999999998764 56788999999999999999999999999999999988776 54
Q ss_pred cc-------------------------hHHHHHHhhHHHHHHHHHHHh--cCCCchhhhhcCChhHHHHHHHHHHHHcCC
Q 011756 160 LT-------------------------WRWLLALSAIPAFVLLIFIVF--MPESPRYLCTKGRITDAHNILDKIAQFNQT 212 (478)
Q Consensus 160 ~~-------------------------WR~~f~i~~i~~~l~~~~~~~--lpESP~~l~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~ 212 (478)
.+ ||+.|++.++...+..+..++ .||+++..
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~---------------------- 238 (438)
T 3o7q_A 181 VPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDN---------------------- 238 (438)
T ss_dssp SCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTC----------------------
T ss_pred cccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccc----------------------
Confidence 44 999998877666555443333 45554310
Q ss_pred CCCCCCCCCCCCCCcccccCCCCcccccccccccccccccccchhhcccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011756 213 SLPSGNLTSDGTNDLDEEFSTSEETPLLSSARKRTTVRKSGFSSFLMLFSPRFFKTTILLWVLYFGNSFVYYGIVLLASE 292 (478)
Q Consensus 213 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 292 (478)
+ + ++ ++++ ...+.+++++++......+. .+.....+++...+.+.
T Consensus 239 ~-------~------~~-----~~~~--------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~ 283 (438)
T 3o7q_A 239 H-------S------DA-----KQGS--------------FSASLSRLARIRHWRWAVLA---QFCYVGAQTACWSYLIR 283 (438)
T ss_dssp C-------C------CS-----STTS--------------HHHHHHHHTTCSHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred c-------c------cc-----cccc--------------hhhhHHHHHhChHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0 0 00 0000 00122333433322222221 22222223333333333
Q ss_pred h-hCCCCCcccccccccCccchhhHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHhhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhHHHHH
Q 011756 293 L-SGSQSKCSSSILLSENVQDASVYINVFITSFAELPGLLTAALLVDRVGRKLSMTIMFIFVCIFLLPLVTLQSNILLTA 371 (478)
Q Consensus 293 l-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~l~dr~GRr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 371 (478)
+ .... .+.+............++.+++.++.++++||+|||+.+..+..+..+..+......+......
T Consensus 284 ~~~~~~----------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 353 (438)
T 3o7q_A 284 YAVEEI----------PGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAGGHVGLIA 353 (438)
T ss_dssp HHHHHS----------TTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHH
T ss_pred Hhhhcc----------CCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHH
Confidence 3 2111 0111111222334455778889999999999999999988777666555444443333322222
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhhhhhcccccCcChhHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHHHhhccc-hhHHHHHHHHHHHH
Q 011756 372 LLSGARMFSMGTFIIANIFAPEIYPTSMRSTGAGVAYAVGRIGGMVCPLVAVGLVTSCH-QTAAILLLEALIVL 444 (478)
Q Consensus 372 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~E~~p~~~R~~~~g~~~~~~~lg~~~~p~~~~~l~~~~~-~~~~~~~~~~~~~i 444 (478)
.....++....++..+.+..|.+|++ |+++.++.. .+++++.++|.+.+.+.+..+ ....+.+.+++.++
T Consensus 354 -~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 424 (438)
T 3o7q_A 354 -LTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAV 424 (438)
T ss_dssp -HHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHH
T ss_pred -HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 22222333445667788889999977 999999877 788999999999998887765 44455544444333
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.90 E-value=3.6e-22 Score=203.85 Aligned_cols=393 Identities=11% Similarity=-0.001 Sum_probs=208.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHH-HhHHhhhhh-----cCCCcchhhHHHHHHHHHHHH------------------HHHHHHHHHHHHH
Q 011756 35 GWFSEAMEVMILS-FVGPAVKSE-----WGLSSSEESLITTVVFAGMMS------------------ILGGALVTFVAGL 90 (478)
Q Consensus 35 ~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-----~~l~~~~~~~~~s~~~~G~~~------------------~~~~~~~~~i~~~ 90 (478)
..+.+.+...... +..+.++++ +|+++.+.+++.+.+.++..+ +..+.++..++.+
T Consensus 21 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~ 100 (491)
T 4aps_A 21 TEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHI 100 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3444444444433 333334444 999999999999988776544 4556677778888
Q ss_pred HHhhhchHHHHHHHHHHhhcccCch-hhHHHHHhhccCCCC--chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcchHHHHH
Q 011756 91 LSAFSPNYISLLILRGLAGAGLGSG-HVFFSWFMEFVPPSN--RGKWMVVFSTFWTFGSVSEAALAWIVMPILTWRWLLA 167 (478)
Q Consensus 91 ~~~~a~~~~~l~~~R~l~Gig~g~~-~~~~~~~~E~~p~~~--Rg~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~WR~~f~ 167 (478)
+.++++|++.++++|++.|+|.|.. +...+++.|++|+++ |++..+.++.+..+|..+++.++..+.+..|||+.|+
T Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~ 180 (491)
T 4aps_A 101 VLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFS 180 (491)
T ss_dssp HHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHH
T ss_pred HHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH
Confidence 8899999999999999999998876 456778999999999 7778888999999999999999998888899999999
Q ss_pred HhhHHHHHHHHHHHhc-CC----CchhhhhcCChhHHHHHHHH--------------HHHHcCCCCCCCCCCCCCCCCcc
Q 011756 168 LSAIPAFVLLIFIVFM-PE----SPRYLCTKGRITDAHNILDK--------------IAQFNQTSLPSGNLTSDGTNDLD 228 (478)
Q Consensus 168 i~~i~~~l~~~~~~~l-pE----SP~~l~~~~~~~~a~~~l~~--------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 228 (478)
+.++..++..+...+. |+ .++-...+.+.++.++..++ ....++.+ .+
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------~~ 247 (491)
T 4aps_A 181 LAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNS-------------LP 247 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCC-------------TT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcc-------------cc
Confidence 9876665554433222 21 11111111223333333332 11111100 00
Q ss_pred cccCCCCc-ccccccccccccccccccchhhcccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHhhhCCCCCcccc
Q 011756 229 EEFSTSEE-TPLLSSARKRTTVRKSGFSSFLMLFSPRFFKTTILLWVLYFGNSFVYY----GIVLLASELSGSQSKCSSS 303 (478)
Q Consensus 229 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~l~~~~~~~~~~ 303 (478)
+....... .............++. ......+++.. .....+...+.....+. ....+....... +
T Consensus 248 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~----- 317 (491)
T 4aps_A 248 AYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSV---KVTSTEHLRVV-SYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDS-S----- 317 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------------CT-THHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCC-S-----
T ss_pred cchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcc---cccHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhcc-C-----
Confidence 00000000 0000000000000000 00000001111 11111111111111111 111111111100 0
Q ss_pred cccccCccchhhHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHhhhchHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHhhc---------hhHHH
Q 011756 304 ILLSENVQDASVYINVFITSFAELPGLLTAALLVDRVGRKLSMT-----IMFIFVCIFLLPLVTLQ---------SNILL 369 (478)
Q Consensus 304 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~l~dr~GRr~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~ 369 (478)
...... ......+..+++..+.+++.||+|||+... .+..+.++....+.... +....
T Consensus 318 ------~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 389 (491)
T 4aps_A 318 ------WFPVSW--FQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWL 389 (491)
T ss_dssp ------SSCSGG--GTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHH
T ss_pred ------ccCHHH--HhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHH
Confidence 000110 112333445566778889999999986433 33333333322222110 11222
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcccccCcChhHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011756 370 TALLSGARMFSMGTFIIANIFAPEIYPTSMRSTGAGVAYAVGRIGGMVCPLVAVGLVTSCHQTAAILLLEALIVLSVVVI 449 (478)
Q Consensus 370 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~E~~p~~~R~~~~g~~~~~~~lg~~~~p~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~ 449 (478)
........+......+..+.+..|.+|++.|+++.|+.+...++|+.++|.+.+.+.+ .+....+..++++++++.++.
T Consensus 390 ~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 468 (491)
T 4aps_A 390 VGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNA-KSEVAYFSYFGLGSVVLGIVL 468 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGG-SSTTHHHHHTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2222222222222345678899999999999999999999999999999998665543 344566777777778877777
Q ss_pred HhccccccCc
Q 011756 450 LLIPFETKGK 459 (478)
Q Consensus 450 ~~~~pet~g~ 459 (478)
+++.++++++
T Consensus 469 ~~~~~~~~~~ 478 (491)
T 4aps_A 469 VFLSKRIQGL 478 (491)
T ss_dssp HHC-------
T ss_pred HHHHHHHHHH
Confidence 7777777655
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.89 E-value=1.5e-22 Score=199.34 Aligned_cols=328 Identities=13% Similarity=0.067 Sum_probs=208.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHhhhhhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHH-----------------HHHHHHHHHHHHHHH
Q 011756 30 AYSGLGWFSEAMEVMILSFVGPAVKSEWGLSSSEESLITTVVFAGMMS-----------------ILGGALVTFVAGLLS 92 (478)
Q Consensus 30 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~s~~~~G~~~-----------------~~~~~~~~~i~~~~~ 92 (478)
+...++.+.+.++........|.+.+++|.++.+.+++.+...++..+ +..+.++..++.++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 345567788889999999999999999999999999999998877655 566777778888888
Q ss_pred hhhchHHHHHHHHHHhhcccCch-hhHHHHHhhccCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcchHHHHHHhhH
Q 011756 93 AFSPNYISLLILRGLAGAGLGSG-HVFFSWFMEFVPPSNRGKWMVVFSTFWTFGSVSEAALAWIVMPILTWRWLLALSAI 171 (478)
Q Consensus 93 ~~a~~~~~l~~~R~l~Gig~g~~-~~~~~~~~E~~p~~~Rg~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~WR~~f~i~~i 171 (478)
++++|++.+++.|++.|++.+.. +...+++.|+.|+++|++..+..+....+|..+++.++..+.+..+||+.|.+.++
T Consensus 83 ~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 162 (375)
T 2gfp_A 83 VTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLV 162 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHH
Confidence 89999999999999999998875 45567899999999999999999999999999999999988888899999999888
Q ss_pred HHHHHHH-HHHhcCCCchhhhhcCChhHHHHHHHHHHHHcCCCCCCCCCCCCCCCCcccccCCCCccccccccccccccc
Q 011756 172 PAFVLLI-FIVFMPESPRYLCTKGRITDAHNILDKIAQFNQTSLPSGNLTSDGTNDLDEEFSTSEETPLLSSARKRTTVR 250 (478)
Q Consensus 172 ~~~l~~~-~~~~lpESP~~l~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 250 (478)
..++..+ ..+++||+|+...++ ++ ..
T Consensus 163 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------------------------~~-----~~-------------- 189 (375)
T 2gfp_A 163 LCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR----------------------------------TR-----LL-------------- 189 (375)
T ss_dssp HHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC----------------------------------CC-----TT--------------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc----------------------------------cc-----HH--------------
Confidence 7766654 455678876521000 00 00
Q ss_pred ccccchhhcccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhCCCCCcccccccccCccchhhHHHHHHHHhhhhhHH
Q 011756 251 KSGFSSFLMLFSPRFFKTTILLWVLYFGNSFVYYGIVLLASELSGSQSKCSSSILLSENVQDASVYINVFITSFAELPGL 330 (478)
Q Consensus 251 ~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 330 (478)
+++++.++++ +........+.....+++...+.|.+... ..+.+....-.......++.+++.
T Consensus 190 ----~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 252 (375)
T 2gfp_A 190 ----TSYKTLFGNS---GFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGA----------VLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGA 252 (375)
T ss_dssp ----TCSTHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHH----------HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHH
T ss_pred ----HHHHHHhcCc---chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0011111111 11122222222233333333332221100 000111111112233345566677
Q ss_pred HHHHHHHhhhchHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHh--hchhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcccccCcChhHHHHHHH
Q 011756 331 LTAALLVDRVGRKLSMTIMF-IFVCIFLLPLVT--LQSNILLTALLSGARMFSMGTFIIANIFAPEIYPTSMRSTGAGVA 407 (478)
Q Consensus 331 ~~~~~l~dr~GRr~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~E~~p~~~R~~~~g~~ 407 (478)
++.+++.||.|||....... ...+...+.... ..+.+..........+.....++..+.+..|.+| +.|+++.|+.
T Consensus 253 ~~~~~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~ 331 (375)
T 2gfp_A 253 WFAGRPNKRFSTLMWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALV 331 (375)
T ss_dssp HHHHTTTTHHHHHHHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHH
Confidence 77777778877733222211 111111111111 1112212122222222222345566788899999 8999999999
Q ss_pred HHHHhHhHhHHHHHHHHHhhc
Q 011756 408 YAVGRIGGMVCPLVAVGLVTS 428 (478)
Q Consensus 408 ~~~~~lg~~~~p~~~~~l~~~ 428 (478)
+..+++|+.++|.+.+.+.+.
T Consensus 332 ~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~ 352 (375)
T 2gfp_A 332 GGLQNIGSGVLASLSAMLPQT 352 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHCCSTTCTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 999999999999887766553
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.83 E-value=1.8e-19 Score=180.07 Aligned_cols=351 Identities=12% Similarity=0.066 Sum_probs=188.4
Q ss_pred HHhhhhhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHH-----------------HHHHHHHHHHHH---HHHhhhchHH-HHHHHHHHh
Q 011756 50 GPAVKSEWGLSSSEESLITTVVFAGMMS-----------------ILGGALVTFVAG---LLSAFSPNYI-SLLILRGLA 108 (478)
Q Consensus 50 ~~~~~~~~~l~~~~~~~~~s~~~~G~~~-----------------~~~~~~~~~i~~---~~~~~a~~~~-~l~~~R~l~ 108 (478)
.+.+++++|+++.+.|++.+.+.++..+ ++.+..++.++. ...++++... .+..+|++.
T Consensus 31 ~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 110 (417)
T 2cfq_A 31 PIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVG 110 (417)
T ss_dssp HHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGG
T ss_pred HHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3336778999999999999998776554 222332222211 1112222221 245667777
Q ss_pred hcccCchh-hHHHHHhhccCC--CCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcchHHHHHHhhHHHHHHHHHHHhcCC
Q 011756 109 GAGLGSGH-VFFSWFMEFVPP--SNRGKWMVVFSTFWTFGSVSEAALAWIVMPILTWRWLLALSAIPAFVLLIFIVFMPE 185 (478)
Q Consensus 109 Gig~g~~~-~~~~~~~E~~p~--~~Rg~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~WR~~f~i~~i~~~l~~~~~~~lpE 185 (478)
|++.|... .......++.++ ++||...+.......+|..+++.++..+.+ .+||+.|++.+++.++..+..++.||
T Consensus 111 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 189 (417)
T 2cfq_A 111 GIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKT 189 (417)
T ss_dssp GSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCC
T ss_pred HHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCc
Confidence 77665432 112222233332 356766777766777888888888877654 58999999888776555444444444
Q ss_pred CchhhhhcCChhHHHHHHHHHHHHcCCCCCCCCCCCCCCCCcccccCCCCcccccccccccccccccccchhhcccC-cc
Q 011756 186 SPRYLCTKGRITDAHNILDKIAQFNQTSLPSGNLTSDGTNDLDEEFSTSEETPLLSSARKRTTVRKSGFSSFLMLFS-PR 264 (478)
Q Consensus 186 SP~~l~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~-~~ 264 (478)
+|+. +.+.+| . ++ ++.++ ...++.+++++ ++
T Consensus 190 ~~~~---~~~~~~------------------------~----~~--~~~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~ 221 (417)
T 2cfq_A 190 DAPS---SATVAN------------------------A----VG--ANHSA---------------FSLKLALELFRQPK 221 (417)
T ss_dssp CCSC---SSCSSS------------------------S----SS--SCCCC---------------CCHHHHHHHTTCHH
T ss_pred cccc---cccccc------------------------c----cc--ccccc---------------ccHHHHHHHhcCCc
Confidence 3320 000000 0 00 00000 00011222333 33
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-CCCCCcccccccccCccchhhHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHhhhchH
Q 011756 265 FFKTTILLWVLYFGNSFVYYGIVLLASELS-GSQSKCSSSILLSENVQDASVYINVFITSFAELPGLLTAALLVDRVGRK 343 (478)
Q Consensus 265 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~l~dr~GRr 343 (478)
.+... ...+.....++....+.|.+. ...+ .........-....+..++.+++.++.++++||+|||
T Consensus 222 ~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~ 289 (417)
T 2cfq_A 222 LWFLS----LYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFA--------TGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGK 289 (417)
T ss_dssp HHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSS--------SHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHH
T ss_pred hhhHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--------ccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHH
Confidence 32211 111111222222211222211 0000 0000001111122333456778899999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcccccCcChhHHHHHHH-HHHHhHhHhHHHHHH
Q 011756 344 LSMTIMFIFVCIFLLPLVTLQSNILLTALLSGARMFSMGTFIIANIFAPEIYPTSMRSTGAGVA-YAVGRIGGMVCPLVA 422 (478)
Q Consensus 344 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~E~~p~~~R~~~~g~~-~~~~~lg~~~~p~~~ 422 (478)
+.+..+..+.++..+......+.+..........+.........+.+.+|.+|++.|+++.|+. +..+++|+.++|.+.
T Consensus 290 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~ 369 (417)
T 2cfq_A 290 NALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLA 369 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhH
Confidence 9887766555544333333222222221111111111222334578999999999999999996 677789999999998
Q ss_pred HHHhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccCccc
Q 011756 423 VGLVTSCHQTAAILLLEALIVLSVVVILLIPFETKGKEL 461 (478)
Q Consensus 423 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~pet~g~~l 461 (478)
+.+.+..+....+.+.+++.+++.++.++..||++..++
T Consensus 370 G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 408 (417)
T 2cfq_A 370 GNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGPLSL 408 (417)
T ss_dssp HTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCTTCS
T ss_pred HHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCchHH
Confidence 877766555556777777778887777777788776554
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.81 E-value=1e-18 Score=179.66 Aligned_cols=147 Identities=15% Similarity=0.073 Sum_probs=114.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHh-HHhhhhhcC------CCcchhhHHHHHHHHHHHH------------------HHHHHHHHHHHH
Q 011756 35 GWFSEAMEVMILSFV-GPAVKSEWG------LSSSEESLITTVVFAGMMS------------------ILGGALVTFVAG 89 (478)
Q Consensus 35 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~------l~~~~~~~~~s~~~~G~~~------------------~~~~~~~~~i~~ 89 (478)
+.+++.+........ .+.+++++| +++.+.+++.+.+.++..+ +..+.++..++.
T Consensus 20 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~ 99 (524)
T 2xut_A 20 SEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGH 99 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 334444444333333 344677888 9999999999988776544 455666777777
Q ss_pred HHHhhhc-hHHHHHHHHHHhhcccCch-hhHHHHHhhccCCCCchhHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcchHH
Q 011756 90 LLSAFSP-NYISLLILRGLAGAGLGSG-HVFFSWFMEFVPPSNRGKWMVV---FSTFWTFGSVSEAALAWIVMPILTWRW 164 (478)
Q Consensus 90 ~~~~~a~-~~~~l~~~R~l~Gig~g~~-~~~~~~~~E~~p~~~Rg~~~~~---~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~~~~WR~ 164 (478)
++.++++ |++.+++.|++.|++.|.. +...+++.|++|+++||+..+. .+....+|..+++.++..+.+..|||+
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~ 179 (524)
T 2xut_A 100 AFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAV 179 (524)
T ss_dssp HHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHH
T ss_pred HHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHH
Confidence 8888888 9999999999999998876 4567789999999999887766 888899999999999888878889999
Q ss_pred HHHHhhHHHHHHHHHHH
Q 011756 165 LLALSAIPAFVLLIFIV 181 (478)
Q Consensus 165 ~f~i~~i~~~l~~~~~~ 181 (478)
.|++.++..++..+...
T Consensus 180 ~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 180 AFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99998877665544443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.26 E-value=1.7e-10 Score=115.49 Aligned_cols=140 Identities=14% Similarity=0.046 Sum_probs=100.3
Q ss_pred HHHHHhhhhhHHHHHHHHHhhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----hchhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcccc
Q 011756 319 VFITSFAELPGLLTAALLVDRVGRKLSMTIMFIFVCIFLLPLVT----LQSNILLTALLSGARMFSMGTFIIANIFAPEI 394 (478)
Q Consensus 319 ~~~~~~~~~~g~~~~~~l~dr~GRr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~E~ 394 (478)
.....++..++.+..|+++||+|||+.+..+..+.++..+.... ..+.+...+..+...+......+....+.+|.
T Consensus 68 ~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~ 147 (451)
T 1pw4_A 68 LSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHW 147 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHH
Confidence 34555677888999999999999999988887766655544444 33333223222333333333456678899999
Q ss_pred cCcChhHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHHHhhccc-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccC
Q 011756 395 YPTSMRSTGAGVAYAVGRIGGMVCPLVAVGLVTSCH-QTAAILLLEALIVLSVVVILLIPFETKG 458 (478)
Q Consensus 395 ~p~~~R~~~~g~~~~~~~lg~~~~p~~~~~l~~~~~-~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~pet~g 458 (478)
+|.+.|+++.|+.+....+|..++|.+.+.+.+..+ +...+.+.+++.++..++.++..||++.
T Consensus 148 ~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 212 (451)
T 1pw4_A 148 WSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQ 212 (451)
T ss_dssp CTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSST
T ss_pred CCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHh
Confidence 999999999999999999999999999887766655 5566777777776666666666677554
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.15 E-value=1.7e-09 Score=109.78 Aligned_cols=137 Identities=11% Similarity=0.028 Sum_probs=95.9
Q ss_pred HHHHHhhhhhHHHHHHHHHhh-hchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcccccCc
Q 011756 319 VFITSFAELPGLLTAALLVDR-VGRKLSMTIMFIFVCIFLLPLVTLQSNILLTALLSGARMFSMGTFIIANIFAPEIYPT 397 (478)
Q Consensus 319 ~~~~~~~~~~g~~~~~~l~dr-~GRr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~E~~p~ 397 (478)
.....++..++.+..|+++|| +|||+.+..+..+..+..+......+.+...+..+...+......+....+.+|.+|.
T Consensus 60 ~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 139 (491)
T 4aps_A 60 MAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDE 139 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCc
Confidence 345567778899999999999 8999999888776665555444433333333222333333333456678899999999
Q ss_pred Ch--hHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc
Q 011756 398 SM--RSTGAGVAYAVGRIGGMVCPLVAVGLVTSCHQTAAILLLEALIVLSVVVILLIPFE 455 (478)
Q Consensus 398 ~~--R~~~~g~~~~~~~lg~~~~p~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~pe 455 (478)
+. |+++.++.+....+|..++|.+.+.+.+..++...+.+.++..+++.+..++..|+
T Consensus 140 ~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 199 (491)
T 4aps_A 140 HDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKK 199 (491)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred ccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcc
Confidence 88 77888888899999999999998888776666666766666666665555544343
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.14 E-value=2.8e-09 Score=106.24 Aligned_cols=108 Identities=13% Similarity=0.054 Sum_probs=78.7
Q ss_pred HHHHHhhhhhHHHHHHHHHhhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HhhchhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhccccc
Q 011756 319 VFITSFAELPGLLTAALLVDRVGRKLSMTIMFIFVCIFLLPL---VTLQSNILLTALLSGARMFSMGTFIIANIFAPEIY 395 (478)
Q Consensus 319 ~~~~~~~~~~g~~~~~~l~dr~GRr~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~E~~ 395 (478)
.....++..++.+..|+++||+|||+.+..+..+.++..+.. ....+.+...+..+..........+....+.+|.+
T Consensus 67 ~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 146 (438)
T 3o7q_A 67 QSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLG 146 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHc
Confidence 345556778889999999999999999888776665544443 33233333322223333333344556788999999
Q ss_pred CcChhHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHHHh
Q 011756 396 PTSMRSTGAGVAYAVGRIGGMVCPLVAVGLV 426 (478)
Q Consensus 396 p~~~R~~~~g~~~~~~~lg~~~~p~~~~~l~ 426 (478)
|.+.|+++.|+.+....+|..++|.+.+.+.
T Consensus 147 ~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 177 (438)
T 3o7q_A 147 PESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLI 177 (438)
T ss_dssp CSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH
T ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999887776
No 11
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.06 E-value=1.5e-09 Score=105.94 Aligned_cols=141 Identities=18% Similarity=0.062 Sum_probs=97.7
Q ss_pred HHHHHhhhhhHHHHHHHHHhhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcccccCcC
Q 011756 319 VFITSFAELPGLLTAALLVDRVGRKLSMTIMFIFVCIFLLPLVTLQSNILLTALLSGARMFSMGTFIIANIFAPEIYPTS 398 (478)
Q Consensus 319 ~~~~~~~~~~g~~~~~~l~dr~GRr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~E~~p~~ 398 (478)
.....++..++.+..|+++||+|||+.+..+....++..+......+.+......+..........+....+.+|.+|++
T Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 120 (375)
T 2gfp_A 41 MGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERT 120 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHH
Confidence 34555677888999999999999999888777665554444433333322222222222222334456688899999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccCc
Q 011756 399 MRSTGAGVAYAVGRIGGMVCPLVAVGLVTSCHQTAAILLLEALIVLSVVVILLIPFETKGK 459 (478)
Q Consensus 399 ~R~~~~g~~~~~~~lg~~~~p~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~pet~g~ 459 (478)
.|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.+..++...+.+.+++.++..+...+..||++.+
T Consensus 121 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 181 (375)
T 2gfp_A 121 QLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPV 181 (375)
T ss_dssp SCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCC
Confidence 9999999999999999999999888776654555566666666666655556667887654
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.97 E-value=1.8e-08 Score=103.05 Aligned_cols=135 Identities=16% Similarity=0.078 Sum_probs=91.0
Q ss_pred HHHHhhhhhHHHHHHHHHhhh-chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-hhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcccccCc
Q 011756 320 FITSFAELPGLLTAALLVDRV-GRKLSMTIMFIFVCIFLLPLVTLQ-SNILLTALLSGARMFSMGTFIIANIFAPEIYPT 397 (478)
Q Consensus 320 ~~~~~~~~~g~~~~~~l~dr~-GRr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~E~~p~ 397 (478)
....++..++.+.+|+++||+ |||+.+..+..+.++..+...... +.+......+...+......+....+.+|.+|+
T Consensus 61 ~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 140 (524)
T 2xut_A 61 HSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQ 140 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCST
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCc
Confidence 344566778899999999999 999998887766655444444333 333222222233232333446678899999999
Q ss_pred ChhHHHHHH---HHHHHhHhHhHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Q 011756 398 SMRSTGAGV---AYAVGRIGGMVCPLVAVGLVTSCHQTAAILLLEALIVLSVVVILLIPF 454 (478)
Q Consensus 398 ~~R~~~~g~---~~~~~~lg~~~~p~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~p 454 (478)
+.|+++.+. .+....+|+.++|.+.+.+.+..++...+.+.+++.+++.+..++..|
T Consensus 141 ~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 200 (524)
T 2xut_A 141 SNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRK 200 (524)
T ss_dssp TTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSS
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 999876666 888889999999988877766556666666666666665555444333
No 13
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=98.63 E-value=9.5e-07 Score=89.25 Aligned_cols=104 Identities=12% Similarity=0.018 Sum_probs=70.7
Q ss_pred HHhhhhhHHHHHHHHHhhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh------------------hchhHHHHHHHHHHHHHhhhh
Q 011756 322 TSFAELPGLLTAALLVDRVGRKLSMTIMFIFVCIFLLPLVT------------------LQSNILLTALLSGARMFSMGT 383 (478)
Q Consensus 322 ~~~~~~~g~~~~~~l~dr~GRr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 383 (478)
..++.++|.++.|+++||+|||+.+..+..+..+..+...+ ..+.....+.-++.++...+.
T Consensus 64 ~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~ 143 (491)
T 4gc0_A 64 ALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLA 143 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34677889999999999999999988877655544333221 111122222223333333445
Q ss_pred hhhhhhhcccccCcChhHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHHH
Q 011756 384 FIIANIFAPEIYPTSMRSTGAGVAYAVGRIGGMVCPLVAVGL 425 (478)
Q Consensus 384 ~~~~~~~~~E~~p~~~R~~~~g~~~~~~~lg~~~~p~~~~~l 425 (478)
.+..+.+.+|..|++.|+...++......+|...++.+....
T Consensus 144 ~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 185 (491)
T 4gc0_A 144 SMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFI 185 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhh
Confidence 567789999999999999999998888777777776654433
No 14
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=98.22 E-value=9.2e-06 Score=80.34 Aligned_cols=108 Identities=12% Similarity=0.093 Sum_probs=78.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhchHHHHHHHHHHhhcccCch-hhHHHHHhhccCCCCchhHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011756 81 GALVTFVAGLLSAFSPNYISLLILRGLAGAGLGSG-HVFFSWFMEFVPPSNRGKWMVV-FSTFWTFGSVSEAALAWIVMP 158 (478)
Q Consensus 81 ~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~Gig~g~~-~~~~~~~~E~~p~~~Rg~~~~~-~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~ 158 (478)
+.++..++.+..+++++...+++..++.|++.+.. .....+..|..|++.||+..+. ++....+|..++|.++..+.+
T Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~ 374 (417)
T 2cfq_A 295 AGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE 374 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH
Confidence 34444444455566778888888888888765543 3445688999999999999888 477788999999999888777
Q ss_pred CcchHHHHHHhhHHHHHHHHH-HHhcCCCch
Q 011756 159 ILTWRWLLALSAIPAFVLLIF-IVFMPESPR 188 (478)
Q Consensus 159 ~~~WR~~f~i~~i~~~l~~~~-~~~lpESP~ 188 (478)
..||+..|.+.++..++..+. ....||.++
T Consensus 375 ~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 375 SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 788999998887776665444 334565443
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=25.55 E-value=40 Score=17.23 Aligned_cols=13 Identities=31% Similarity=0.463 Sum_probs=10.4
Q ss_pred HHHHHhhhchHHH
Q 011756 333 AALLVDRVGRKLS 345 (478)
Q Consensus 333 ~~~l~dr~GRr~~ 345 (478)
.|-++.++|||.+
T Consensus 3 fgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 3 FGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHTSHHH
T ss_pred HHHHHHHHhHHHH
Confidence 4678899999975
Done!