Query 011781
Match_columns 477
No_of_seqs 744 out of 3371
Neff 10.5
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 15:11:42 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/011781.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/011781hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.8E-33 6.3E-38 278.7 27.8 353 112-476 26-387 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 3.6E-32 1.2E-36 268.4 34.3 334 112-475 24-386 (438)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 2.8E-31 9.6E-36 256.6 19.8 327 117-476 3-331 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 2E-27 6.9E-32 238.0 30.2 355 117-476 16-427 (491)
5 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 7.9E-27 2.7E-31 233.7 25.3 350 118-476 16-411 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 1.6E-24 5.3E-29 212.2 15.8 332 119-475 12-352 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 4E-23 1.4E-27 208.5 24.7 170 119-289 17-198 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 1.8E-15 6.3E-20 149.2 15.3 175 116-290 254-434 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 2.2E-13 7.6E-18 133.7 15.3 161 121-285 265-428 (438)
10 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 2.6E-13 9E-18 132.4 15.5 141 148-289 258-399 (417)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 6.2E-12 2.1E-16 125.3 12.5 166 125-291 294-473 (491)
12 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 1.4E-10 4.6E-15 115.6 19.3 182 114-295 277-469 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.1 4.2E-11 1.4E-15 114.8 7.2 158 116-276 201-363 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 98.8 9.3E-09 3.2E-13 103.2 9.7 140 150-289 336-502 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 53.5 6.1 0.00021 19.4 1.2 14 168-181 2-15 (26)
16 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 32.9 2.5E+02 0.0086 27.0 10.3 52 232-283 20-73 (501)
17 4f4c_A Multidrug resistance pr 31.9 2.3E+02 0.0077 31.4 10.7 341 48-397 8-378 (1321)
18 3mkt_A Multi antimicrobial ext 28.6 3.6E+02 0.012 25.0 21.4 32 223-254 144-175 (460)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.8e-33 Score=278.69 Aligned_cols=353 Identities=13% Similarity=0.150 Sum_probs=266.9
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHhhhhhhCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcChhHHHHHHHHHHH
Q 011781 112 RYKLIGTTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHRFGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSL 191 (477)
Q Consensus 112 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~ 191 (477)
+++.+..+++..+...+....+.+.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.++.++.++
T Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~ 104 (451)
T 1pw4_A 26 RWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAA 104 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHH
Confidence 456677777888888888899999999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHh----hchHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHhhhhcCCcchhhHHHHHHhhhhhHHHHHHhhhHHhhcccC
Q 011781 192 ATALLPLL----AGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLG 267 (477)
Q Consensus 192 ~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~g 267 (477)
+.++++ + +++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|.+++|.+++++.+..|
T Consensus 105 ~~~~~~-~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g 183 (451)
T 1pw4_A 105 VMLFMG-FVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFN 183 (451)
T ss_dssp HHHHHH-HCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTC
T ss_pred HHHHHH-hhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 888875 5 67788999999999999999999999999999999999999999999999999999999999888898
Q ss_pred -hhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhccCCcCCCCCCCCcchhhhhhhhhhhhHHhhccCCCCCCHHHHhhcHHHHHHHHHH
Q 011781 268 -WESVFYIFGLLGIAWFSGF-KILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLSASLEEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAH 345 (477)
Q Consensus 268 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~ 345 (477)
||+.|++.+++.++..++. +++++++........++.+.. .... ....++.+...++..++..+++|.++...+..
T Consensus 184 ~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 261 (451)
T 1pw4_A 184 DWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKND-YPDD-YNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIAN 261 (451)
T ss_dssp CSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC---------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhccc-cccc-chhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHH
Confidence 9999999998887765544 445544333221111110000 0000 00000001111111146778899999999999
Q ss_pred HHhHHHHHHHhhhhhHHHHHhhCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhchhHH--HhcCcccceehhhhhHHhhhhhHH
Q 011781 346 FCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNL--IATGVETTMVRKICQTIAFLSPAV 423 (477)
Q Consensus 346 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--g~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 423 (477)
++.......+..++|.|+++.+|++..+.+++.+...++.+++.++.+++.||+ ++| +.......+...+
T Consensus 262 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~ 333 (451)
T 1pw4_A 262 VFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNR--------GATGVFFMTLVTI 333 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCH--------HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc--------hhHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999987899999999999999999999999999999998 765 4443333333323
Q ss_pred HHhhhcccCC-CchHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHhhhccCccchhhhhhhc
Q 011781 424 CMTLSSIDLG-LPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLYLE 476 (477)
Q Consensus 424 ~~~l~~~~~~-~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~gl~ 476 (477)
++.+...... +.....+..++.|.+.+...........+..+++++|+++|+.
T Consensus 334 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 387 (451)
T 1pw4_A 334 ATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFT 387 (451)
T ss_dssp HHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHH
Confidence 3333333222 3334445555666665555544444455556667799998863
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=3.6e-32 Score=268.40 Aligned_cols=334 Identities=14% Similarity=0.143 Sum_probs=260.1
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHhhhhhhCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcChhHHHHHHHHHHH
Q 011781 112 RYKLIGTTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHRFGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSL 191 (477)
Q Consensus 112 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~ 191 (477)
++..+..+++..+...+......+..|.+.+++|++..+.|++.+++.++..++.+++|+++||+|||++++++.++.++
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~ 103 (438)
T 3o7q_A 24 YIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYAL 103 (438)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHH
Confidence 34566677777788888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred HHHHHH--HhhchHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHhhhhcCCcchhhHHHHHHhhhhhHHHHHHhhhHHhh-cccC-
Q 011781 192 ATALLP--LLAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPII-ENLG- 267 (477)
Q Consensus 192 ~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~-~~~g- 267 (477)
+.+++. ..+++++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|.+++|.+++.+. +..+
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~ 183 (438)
T 3o7q_A 104 GAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPH 183 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCC
T ss_pred HHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccc
Confidence 887762 245778999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998 5554
Q ss_pred ------------------------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCcCCCCCCCCcchhhhhhhhhhhhHHhhccC
Q 011781 268 ------------------------WESVFYIFGLLGIAWFSGFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLSASLEEMGES 323 (477)
Q Consensus 268 ------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 323 (477)
||+.|++.+++.++..+..++.+.++.+++.+.+++++
T Consensus 184 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~------------------ 245 (438)
T 3o7q_A 184 QSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAKQG------------------ 245 (438)
T ss_dssp CCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSSTT------------------
T ss_pred ccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccccccc------------------
Confidence 99999888877776666555543333222111111100
Q ss_pred CCCCCHHHHhhcHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhHH-HHHhhCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhchhHHHhc
Q 011781 324 LKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTY-FSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIAT 402 (477)
Q Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~ 402 (477)
....++++++++|.++...+..++..........++|.| +++.+|++..+++.+.+...++.++++++.+++.||+++|
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~ 325 (438)
T 3o7q_A 246 SFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPH 325 (438)
T ss_dssp SHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHH
T ss_pred chhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch
Confidence 001235688899999999999888888889999999999 8887899999999999999999999999999999999876
Q ss_pred CcccceehhhhhHHhhhhhHHHHhhhcccCCCchHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHhhhccCccchhhhhhh
Q 011781 403 GVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSIDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLYL 475 (477)
Q Consensus 403 ~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~gl 475 (477)
+...... ++..+..++.... ...+..+.+++++++.+... +.......+..|++++++.++
T Consensus 326 --------~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 386 (438)
T 3o7q_A 326 --------KVLAAYA-LIAMALCLISAFA--GGHVGLIALTLCSAFMSIQY-PTIFSLGIKNLGQDTKYGSSF 386 (438)
T ss_dssp --------HHHHHHH-HHHHHHHHHHHHC--CHHHHHHHHHHHHHHHTTHH-HHHHHHHHSSCGGGHHHHHHH
T ss_pred --------HHHHHHH-HHHHHHHHHHHHc--CCcHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhhccccccchhhH
Confidence 3433333 3333333333332 23344455566676655555 445555444444557776664
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.97 E-value=2.8e-31 Score=256.60 Aligned_cols=327 Identities=16% Similarity=0.121 Sum_probs=254.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHhhhhhhCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcChhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011781 117 GTTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHRFGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSLATALL 196 (477)
Q Consensus 117 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (477)
..+++..+........+.+.+|.+.+++|.+..+.+++.+++.++..++++++|+++||+|||+++..+.++.+++.++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34566677788888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998888887
Q ss_pred HHhhchHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHhhhhcCCcchhhHHHHHHhhhhhHHHHHHhhhHHhhcccChhHHHHHHH
Q 011781 197 PLLAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWESVFYIFG 276 (477)
Q Consensus 197 ~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~ 276 (477)
. ..++++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+....+|.+++|.+++++.+..|||+.|++.+
T Consensus 83 ~-~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 161 (375)
T 2gfp_A 83 V-TTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLL 161 (375)
T ss_dssp H-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred H-HhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHH
Confidence 5 567789999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999899999999988
Q ss_pred HHHHHHHH-HHHHhccCCcCCCCCCCCcchhhhhhhhhhhhHHhhccCCCCCCHHHHhhcHHHHHHHHHHHHhHHHHHHH
Q 011781 277 LLGIAWFS-GFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLSASLEEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWGHYTC 355 (477)
Q Consensus 277 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 355 (477)
++.++..+ ..+.++|+++.++++ +....++++++++|.++...+..++.......+
T Consensus 162 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 218 (375)
T 2gfp_A 162 VLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR-----------------------TRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAF 218 (375)
T ss_dssp HHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC-----------------------CCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc-----------------------ccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 87776655 333334332221110 011223568889999999999999988899999
Q ss_pred hhhhhHHHHHhhCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhchhHHHhcCcccceehhhhhHHhhhhhHHHHhhhcccCCCc
Q 011781 356 LSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSIDLGLP 435 (477)
Q Consensus 356 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~ 435 (477)
..+.|.|+++.+|.++.+.+.+.+...++.+++.++.+++.||++++ ..............+..........
T Consensus 219 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 290 (375)
T 2gfp_A 219 EACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--------MWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMN 290 (375)
T ss_dssp HHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--------HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccc
Confidence 99999999988899999999999999999999999999999998753 1111111011111111111100112
Q ss_pred hH-HHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHhhhccCccchhhhhhhc
Q 011781 436 HW-EIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLYLE 476 (477)
Q Consensus 436 ~~-~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~gl~ 476 (477)
.+ ..+..++.+.+.+... +.......+..|+++|+++|+.
T Consensus 291 ~~~~~~~~~l~g~~~~~~~-~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~ 331 (375)
T 2gfp_A 291 VWTLLVPAALFFFGAGMLF-PLATSGAMEPFPFLAGTAGALV 331 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTS-STTHHHHHTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhh-HHHHHHHHHhCCcccchHHHHH
Confidence 23 3344555666555444 5555556666568899998863
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.96 E-value=2e-27 Score=238.03 Aligned_cols=355 Identities=15% Similarity=0.096 Sum_probs=235.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHH-hhhhh-----hCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhh-hcChhHHHHHHHHH
Q 011781 117 GTTSLAFVICNMDKVNLSVAII-PMSHR-----FGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKI-FGGRKVLQTGVLIW 189 (477)
Q Consensus 117 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~g~r~~~~~~~~~~ 189 (477)
..++...+............++ ++.++ +|.+..+.+++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.
T Consensus 16 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~ 95 (491)
T 4aps_A 16 STLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLI 95 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHH
Confidence 3444444444445444444444 45555 99999999999999999999999999999999 89999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhchHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHhhhhcCCcc--hhhHHHHHHhhhhhHHHHHHhhhHHhhcccC
Q 011781 190 SLATALLPLLAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEE--RSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLG 267 (477)
Q Consensus 190 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~g 267 (477)
+++.+++. .+++++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++ |+.++++++...++|.+++|.+++.+.+..|
T Consensus 96 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g 174 (491)
T 4aps_A 96 MLGHIVLA-LPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAG 174 (491)
T ss_dssp HHHHHHHH-SCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC
T ss_pred HHHHHHHH-HhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Confidence 88888774 67778999999999999999999999999999999988 7778888999999999999999999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCcCCC-CCCCCcchhhhhhhhhhh----------------hHH------------
Q 011781 268 WESVFYIFGLLGIAWFSGFKILQEGETSNG-ATLAPRSNYINMKKSLSA----------------SLE------------ 318 (477)
Q Consensus 268 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~------------ 318 (477)
||+.|++.++..++..+...+..++..++. ....+..+..+.++..+. ..+
T Consensus 175 ~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 254 (491)
T 4aps_A 175 YHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLT 254 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhh
Confidence 999999988777766555544422221111 111111000000000000 000
Q ss_pred -----------hhccCCCCCCHHHHhhcHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhHHHHHhhCCchhhhHHHHHHHHHHHHH
Q 011781 319 -----------EMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVL 387 (477)
Q Consensus 319 -----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~ 387 (477)
....+..........+....+...+..++....+.....++|.|..+..+.+....+.+.....++.++
T Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 334 (491)
T 4aps_A 255 IVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIML 334 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHH
Confidence 000000000001111223345555566666667777788899999887888877788888999999999
Q ss_pred HHHhhhhchhHHHhcCcccceehhhhhHHhhhhhHHHHhhhcc--------cCCCchHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhH
Q 011781 388 VTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSI--------DLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYC 459 (477)
Q Consensus 388 ~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 459 (477)
+..+.+++.||+++|+.. +...+..+..+.+++..+... ...+..+..+..++.+.+.+.........
T Consensus 335 ~~~~~~~l~~r~~~r~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~ 410 (491)
T 4aps_A 335 YTPFFAWLWTAWKKNQPS----SPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSV 410 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTC-------CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccCCC----chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHH
Confidence 999999999999987321 111222333333333332222 11233445555666666655555555554
Q ss_pred hhhccCccchhhhhhhc
Q 011781 460 THQDISPEYASILLYLE 476 (477)
Q Consensus 460 ~~~~~~p~~~g~~~gl~ 476 (477)
..+..+++++|+++|+.
T Consensus 411 ~~~~~p~~~~g~~~g~~ 427 (491)
T 4aps_A 411 TTKLAPKAFNSQMMSMW 427 (491)
T ss_dssp HHHHTTTTCSSSSTHHH
T ss_pred HHHhCCHHHHHHHHHHH
Confidence 55556667799988863
No 5
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.95 E-value=7.9e-27 Score=233.69 Aligned_cols=350 Identities=17% Similarity=0.162 Sum_probs=230.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHhhhhhhCC--------CcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcChhHHHHHHHHH
Q 011781 118 TTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHRFGW--------NSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIW 189 (477)
Q Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~--------s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~ 189 (477)
...++.++.+++...++..+|.+.++++. +..+.|++.+++.+|..+|++++|+++||+|||+++.++.+++
T Consensus 16 ~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~ 95 (491)
T 4gc0_A 16 VATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLF 95 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHH
Confidence 34456677778888888888888877743 2356789999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHH-----------------hhchHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHhhhhcCCcchhhHHHHHHhhhhhHH
Q 011781 190 SLATALLPL-----------------LAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGS 252 (477)
Q Consensus 190 ~~~~~~~~~-----------------~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~ 252 (477)
.++.++.++ .+++++.++++|+++|++.|...+....+++|+.|+++|++..++.+.+..+|.
T Consensus 96 ~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~ 175 (491)
T 4gc0_A 96 FISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQ 175 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhh
Confidence 998887753 467889999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhhhHHhhcc--------cChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCcCCCCCCCCcchhhhhhh--hhh-------h
Q 011781 253 VAGLLLAPPIIEN--------LGWESVFYIFGLLGIAWFSGFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKK--SLS-------A 315 (477)
Q Consensus 253 ~ig~~~~~~l~~~--------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~-------~ 315 (477)
++++.++..+... .+||+.+.+..+..++..+..++.+|.++....+.+.++.....++ ... +
T Consensus 176 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 255 (491)
T 4gc0_A 176 LLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQE 255 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHH
Confidence 9999888776543 3477777777777777777777777765432221111111111000 000 0
Q ss_pred hHHhhccCCCCCCHHHHhhcHHHHHHHHHH-HHhHHHHHHHhhhhhHHHHHhhCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Q 011781 316 SLEEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAH-FCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQ 394 (477)
Q Consensus 316 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 394 (477)
..+..++..+........+.+......... +........+..+.+.+.+ ..+.+...........++..+++.++.++
T Consensus 256 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 334 (491)
T 4gc0_A 256 IKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFK-TLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIM 334 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHH-HSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHH-hcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000011111111222333344444433333 3333444555566666664 46888777777788888999999999999
Q ss_pred chhHHHhcCcccceehhhhhHHhhhhhHHHHh--hhcccCCCchHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHhhhccCc-cchhh
Q 011781 395 FADNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMT--LSSIDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISP-EYASI 471 (477)
Q Consensus 395 l~dr~g~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~--l~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~ 471 (477)
+.||+|+| +.............+. ............++.+++...++.....+..+.+..++.| +.|++
T Consensus 335 l~dr~Grr--------~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~ 406 (491)
T 4gc0_A 335 TVDKFGRK--------PLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGK 406 (491)
T ss_dssp HHHHHCSH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHH
T ss_pred HHHhhcCc--------chhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHH
Confidence 99999987 3222222222221111 1112222222223333333334344444556666666655 55999
Q ss_pred hhhhc
Q 011781 472 LLYLE 476 (477)
Q Consensus 472 ~~gl~ 476 (477)
++|++
T Consensus 407 ~~g~~ 411 (491)
T 4gc0_A 407 ALAIA 411 (491)
T ss_dssp HHHHH
T ss_pred HHHHH
Confidence 88864
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.92 E-value=1.6e-24 Score=212.23 Aligned_cols=332 Identities=11% Similarity=0.002 Sum_probs=200.7
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhHHHHhHHh-hhhhhCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcChhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011781 119 TSLAFVICNMDKVNLSVAIIP-MSHRFGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSLATALLP 197 (477)
Q Consensus 119 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (477)
+....+........+.+++|. +.+++|.++.+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.++..+.+++...+.
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 91 (417)
T 2cfq_A 12 FGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFF 91 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 333444555555666667776 4566999999999999999999999999999999999999999988776544221110
Q ss_pred --HhhchH-HHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHhhhhcCC--cchhhHHHHHHhhhhhHHHHHHhhhHHhhcccChhHHH
Q 011781 198 --LLAGFM-PGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPL--EERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWESVF 272 (477)
Q Consensus 198 --~~~~~~-~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~g~~~~~ 272 (477)
...... ..++..+++.|++.+...+.....+.++.++ ++++...+.......+|..++|.+++++.+ .+|++.|
T Consensus 92 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f 170 (417)
T 2cfq_A 92 IFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVF 170 (417)
T ss_dssp HHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHH
Confidence 111111 1123445555555554444444444444332 356777888888999999999999999886 5899999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhccCCcCCCCCCCCcchhhhhhhhhhhhHHhhccCCCCCCHHHHhhcHHHHHHHHHHHHhHHHH
Q 011781 273 YIFGLLGIAWFSGFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLSASLEEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWGH 352 (477)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~ 352 (477)
++.++..++..+..++.++++++..+..+++++ .+++....++++++++|.++...+..+.....+
T Consensus 171 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (417)
T 2cfq_A 171 WLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGA--------------NHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTY 236 (417)
T ss_dssp TTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSSS--------------CCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHcCccccccccccccccc--------------ccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHH
Confidence 887666544443333333322111100000000 000000112456788999888777666555566
Q ss_pred HHHhhhhhHHHHHhhCC---chhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhchhHHHhcCcccceehhhhhHHhhhhhHHHHhhhc
Q 011781 353 YTCLSWLPTYFSEELSL---NLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLSS 429 (477)
Q Consensus 353 ~~~~~~~~~~~~~~~g~---~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~l~~ 429 (477)
..+..++|.|+.+.++. +....+...+...++.+++.++.++++||+|+| +.+.. +.+..++.+.+..
T Consensus 237 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~--------~~l~~-~~~~~~~~~~~~~ 307 (417)
T 2cfq_A 237 DVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGK--------NALLL-AGTIMSVRIIGSS 307 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHH--------HHHHH-HHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHH--------HHHHH-HHHHHHHHHHHHH
Confidence 66667788888765542 244557777788888899999999999999877 33332 3333333333332
Q ss_pred ccCCCchHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHhhhccCccchhhhhhh
Q 011781 430 IDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLYL 475 (477)
Q Consensus 430 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~gl 475 (477)
.. ++....++..++.+.+.............+..+++.+|++.|+
T Consensus 308 ~~-~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~ 352 (417)
T 2cfq_A 308 FA-TSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLV 352 (417)
T ss_dssp TC-CSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHH
T ss_pred Hh-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHH
Confidence 22 2333333333334444333333333334444566669988775
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.91 E-value=4e-23 Score=208.54 Aligned_cols=170 Identities=21% Similarity=0.264 Sum_probs=143.4
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhHHHHhHHh-hhhhhC------CCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhh-cChhHHHHHHHHHH
Q 011781 119 TSLAFVICNMDKVNLSVAIIP-MSHRFG------WNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIF-GGRKVLQTGVLIWS 190 (477)
Q Consensus 119 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g------~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-g~r~~~~~~~~~~~ 190 (477)
+.+..++...........++. +.+++| .+..+.|++.+++.++..++.+++|+++||+ |||+++.++.++.+
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~ 96 (524)
T 2xut_A 17 IIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYC 96 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 334444444455445455444 667889 9999999999999999999999999999999 99999999999988
Q ss_pred HHHHHHHHhhc-hHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHhhhhcCCcchhhHHHH---HHhhhhhHHHHHHhhhHHhhccc
Q 011781 191 LATALLPLLAG-FMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSF---VFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENL 266 (477)
Q Consensus 191 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~ 266 (477)
++.+++. .++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|.+++|.+++.+.+..
T Consensus 97 ~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 175 (524)
T 2xut_A 97 VGHAFLA-IFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNF 175 (524)
T ss_dssp HHHHHHH-HTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTS
T ss_pred HHHHHHH-HhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 8888775 555 778899999999999999999999999999999999876666 89999999999999999999989
Q ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011781 267 GWESVFYIFGLLGIAWFSGFKIL 289 (477)
Q Consensus 267 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 289 (477)
||++.|++.+++.++..+..++.
T Consensus 176 g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (524)
T 2xut_A 176 GAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLG 198 (524)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999999888877665555443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.64 E-value=1.8e-15 Score=149.18 Aligned_cols=175 Identities=13% Similarity=0.040 Sum_probs=144.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHhhhhh-hCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhh--cChhHHHHHHHHHH-H
Q 011781 116 IGTTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHR-FGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIF--GGRKVLQTGVLIWS-L 191 (477)
Q Consensus 116 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--g~r~~~~~~~~~~~-~ 191 (477)
+..+.+..++.......+..+.|.+.++ +|.+..+.+++.+...++.+++.++.|++.||+ |+|+.+..+..+.. +
T Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 333 (451)
T 1pw4_A 254 LWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTI 333 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHH
Confidence 3344445555556666677777776665 899999999999999999999999999999999 99999888776665 5
Q ss_pred HHHHHHHhh-chHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHhhhhcCCcchhhHHHHHHhhhhh-HHHHHHhhhHHhhcccChh
Q 011781 192 ATALLPLLA-GFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSF-GSVAGLLLAPPIIENLGWE 269 (477)
Q Consensus 192 ~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~ig~~~~~~l~~~~g~~ 269 (477)
+.+++.... .+.+.+.+..++.|++.+...+....++.+.+|+++|++++|+.+....+ |..++|.+.|.+.+..||+
T Consensus 334 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~ 413 (451)
T 1pw4_A 334 ATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWD 413 (451)
T ss_dssp HHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSH
T ss_pred HHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcH
Confidence 554443222 25567778888999998888899999999999999999999999999999 9999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011781 270 SVFYIFGLLGIAWFSGFKILQ 290 (477)
Q Consensus 270 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 290 (477)
..|++.+++.++..+..+++.
T Consensus 414 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 414 GGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999998888877766665553
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.50 E-value=2.2e-13 Score=133.68 Aligned_cols=161 Identities=16% Similarity=0.096 Sum_probs=127.0
Q ss_pred HHHHHHHhhhhHHHHhHHhh-hhh-hCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcChhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011781 121 LAFVICNMDKVNLSVAIIPM-SHR-FGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSLATALLPL 198 (477)
Q Consensus 121 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (477)
+..++..........+.|.+ .++ +|.+..+.++..++..++..++.++.|+++||+|||+.+..+.++..++.+++.
T Consensus 265 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 343 (438)
T 3o7q_A 265 LAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISA- 343 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHH-
Confidence 33344444455555565655 544 599999999999999999999999999999999999999999888877776664
Q ss_pred hhchHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHhhhhcCCcchhhHHHHHHhhhhhHHHHHHhhhHHhhcccC-hhHHHHHHHH
Q 011781 199 LAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLG-WESVFYIFGL 277 (477)
Q Consensus 199 ~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~g-~~~~~~~~~~ 277 (477)
..++.+. ++..++.|++.+...+...++..+.+|++ ++.+.++.. ...+|..++|.+.|.+.+..| ++..|++.++
T Consensus 344 ~~~~~~~-~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~ 420 (438)
T 3o7q_A 344 FAGGHVG-LIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPAL 420 (438)
T ss_dssp HCCHHHH-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHH
T ss_pred HcCCcHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHH
Confidence 4555443 44458889999999999999999999855 888888877 667999999999999999998 9999988765
Q ss_pred HHHHHHHH
Q 011781 278 LGIAWFSG 285 (477)
Q Consensus 278 ~~~~~~~~ 285 (477)
+.++..+.
T Consensus 421 ~~~~~~~~ 428 (438)
T 3o7q_A 421 CFAVIFIF 428 (438)
T ss_dssp HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH
Confidence 55444433
No 10
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.50 E-value=2.6e-13 Score=132.39 Aligned_cols=141 Identities=13% Similarity=0.065 Sum_probs=116.6
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHH
Q 011781 148 SSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSLATALLPLLAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDL 227 (477)
Q Consensus 148 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~ 227 (477)
....++..++..++.+++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.. ..++.+.+++..++.+++.+...+....+
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 336 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSS-FATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKY 336 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-TCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45567888888888899999999999999999999888887777665553 44555667777777888777777778899
Q ss_pred hhhhcCCcchhhHHHH-HHhhhhhHHHHHHhhhHHhhcccChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011781 228 IARSIPLEERSRAVSF-VFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWESVFYIFGLLGIAWFSGFKIL 289 (477)
Q Consensus 228 i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 289 (477)
+.|.+|++.|+++.++ ++....+|.+++|.++|++.+..|++..|.+.+++.++..+..+..
T Consensus 337 ~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~ 399 (417)
T 2cfq_A 337 ITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFT 399 (417)
T ss_dssp HHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Confidence 9999999999999999 5888899999999999999998899999998888877766655443
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.33 E-value=6.2e-12 Score=125.34 Aligned_cols=166 Identities=19% Similarity=0.077 Sum_probs=125.0
Q ss_pred HHHhhhhHHHHhHHhh-hhhhCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcChhHHH-----HHHHHHHHHHHHHHH
Q 011781 125 ICNMDKVNLSVAIIPM-SHRFGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQ-----TGVLIWSLATALLPL 198 (477)
Q Consensus 125 ~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (477)
............++.+ .+.++.+..+.++..+...++..++.++.|++.||+|||+... .+.++.+++.+++..
T Consensus 294 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 373 (491)
T 4aps_A 294 LFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAI 373 (491)
T ss_dssp HHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHH
T ss_pred HHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3333344444445554 4446777678889999999999999999999999999986544 666666666655543
Q ss_pred hh--------chHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHhhhhcCCcchhhHHHHHHhhhhhHHHHHHhhhHHhhcccChhH
Q 011781 199 LA--------GFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWES 270 (477)
Q Consensus 199 ~~--------~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~g~~~ 270 (477)
.. .+.+.+++..++.|++.+...+....++.+.+|+++|++++|+.+....+|..++|.+.+.+.+. ++.+
T Consensus 374 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~-~~~~ 452 (491)
T 4aps_A 374 PGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK-SEVA 452 (491)
T ss_dssp HHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS-STTH
T ss_pred HHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-cHHH
Confidence 21 24566778889999999998999999999999999999999999999999999999999988754 6777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Q 011781 271 VFYIFGLLGIAWFSGFKILQE 291 (477)
Q Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 291 (477)
.|++.+++.++..+..+++.+
T Consensus 453 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 473 (491)
T 4aps_A 453 YFSYFGLGSVVLGIVLVFLSK 473 (491)
T ss_dssp HHHHTHHHHHHHHHHHHHC--
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888888777776665555433
No 12
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.28 E-value=1.4e-10 Score=115.58 Aligned_cols=182 Identities=12% Similarity=0.002 Sum_probs=131.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHhhhhhhCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcChhHHHHHHHHHHHHH
Q 011781 114 KLIGTTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHRFGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLIWSLAT 193 (477)
Q Consensus 114 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~ 193 (477)
+.........+....+...+..+.+.+.+..+.+.........+..+...++.++.+++.||+|||+.++.+....+++.
T Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~ 356 (491)
T 4gc0_A 277 VIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGM 356 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHH
Confidence 44444555555566666777777888888889888888888888888999999999999999999999998887777666
Q ss_pred HHHHHhh---chHHHHHHHHHH-HHhhccchhhhHHHHhhhhcCCcchhhHHHHHHhhhhhHHHHHHhhhHHhhc-----
Q 011781 194 ALLPLLA---GFMPGLVLSRVL-VGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIE----- 264 (477)
Q Consensus 194 ~~~~~~~---~~~~~~~~~~~l-~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~----- 264 (477)
+.++... ...+..++..++ .+.......+..+.+.+|.+|.+.|++++|+......++.++++.+.+.+.+
T Consensus 357 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~ 436 (491)
T 4gc0_A 357 FSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLV 436 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5543221 111222222222 2222233457778899999999999999999999999999999988776653
Q ss_pred -ccChhHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhccCCcC
Q 011781 265 -NLGWESVFYIFGLLGIAWFSG-FKILQEGETS 295 (477)
Q Consensus 265 -~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~ 295 (477)
..++.+.|++.++++++..+. ++++||++.+
T Consensus 437 ~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 437 AHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp HHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 345667888888877776554 4566776544
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.14 E-value=4.2e-11 Score=114.84 Aligned_cols=158 Identities=13% Similarity=-0.037 Sum_probs=119.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHhhhhh-hCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcChhHHHHHHHH-HHHHH
Q 011781 116 IGTTSLAFVICNMDKVNLSVAIIPMSHR-FGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGRKVLQTGVLI-WSLAT 193 (477)
Q Consensus 116 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~-~~~~~ 193 (477)
+....+..++.......+....|.+.++ +|.++.+.+++.+...++..++.++.+++.||++++. ..+..+ ...+.
T Consensus 201 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~--~~~~~~~~~~~~ 278 (375)
T 2gfp_A 201 FNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM--WQSVICCLLAGL 278 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH--HHHHHHHHHTSS
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHH
Confidence 3344444455555666666777775554 8999999999999999999999999999999998732 222222 22222
Q ss_pred H--HHHHh-hchHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHhhhhcCCcchhhHHHHHHhhhhhHHHHHHhhhHHhhcccChhH
Q 011781 194 A--LLPLL-AGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWES 270 (477)
Q Consensus 194 ~--~~~~~-~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~g~~~ 270 (477)
. ..... .++.+.+++..++.|++.+...+....++.+..| ++|+++.|+.+....+|..++|.+.+.+.+..+|+.
T Consensus 279 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~ 357 (375)
T 2gfp_A 279 LMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSL 357 (375)
T ss_dssp SSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccH
Confidence 2 11111 2355667778889999999999999999999998 899999999999999999999999999988878887
Q ss_pred HHHHHH
Q 011781 271 VFYIFG 276 (477)
Q Consensus 271 ~~~~~~ 276 (477)
.+++.+
T Consensus 358 ~~~~~~ 363 (375)
T 2gfp_A 358 GLLMTL 363 (375)
T ss_dssp HHHHHH
T ss_pred HHHHHH
Confidence 777643
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.82 E-value=9.3e-09 Score=103.19 Aligned_cols=140 Identities=14% Similarity=0.097 Sum_probs=98.9
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhh----hhhcC----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--------chHHHHHHHHHHH
Q 011781 150 VAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLA----KIFGG----RKVLQTGVLIWSLATALLPLLA--------GFMPGLVLSRVLV 213 (477)
Q Consensus 150 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----dr~g~----r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~l~ 213 (477)
..+++.....++..++.++.+++. +|.|+ ++.+.++.++.+++.+++.... .+.+.+++..++.
T Consensus 336 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~ 415 (524)
T 2xut_A 336 EPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALL 415 (524)
T ss_dssp CHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHH
Confidence 456666666667777777777764 55543 3456667777777666554321 3456677888999
Q ss_pred HhhccchhhhHHHHhhhhcCCcchhhHHHHHHhhhhhHHHHHHhhhHHhhccc--Ch---------hHHHHHHHHHHHHH
Q 011781 214 GIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENL--GW---------ESVFYIFGLLGIAW 282 (477)
Q Consensus 214 g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~--g~---------~~~~~~~~~~~~~~ 282 (477)
|++.+...+....++.+..|+++|++++|+.+....+|.++||.+.+.+.+.. +| +..|++.+++.++.
T Consensus 416 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 495 (524)
T 2xut_A 416 TFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILA 495 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999999999999999988742 23 33366666666665
Q ss_pred HHHHHHh
Q 011781 283 FSGFKIL 289 (477)
Q Consensus 283 ~~~~~~~ 289 (477)
.++.+++
T Consensus 496 ~~~~~~~ 502 (524)
T 2xut_A 496 AIVFALY 502 (524)
T ss_dssp HHHHC--
T ss_pred HHHHHHH
Confidence 5554443
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=53.46 E-value=6.1 Score=19.45 Aligned_cols=14 Identities=36% Similarity=0.427 Sum_probs=11.3
Q ss_pred hhhhhhhhhcChhH
Q 011781 168 PGGWLAKIFGGRKV 181 (477)
Q Consensus 168 ~~g~l~dr~g~r~~ 181 (477)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999864
No 16
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=32.91 E-value=2.5e+02 Score=27.01 Aligned_cols=52 Identities=10% Similarity=-0.034 Sum_probs=25.5
Q ss_pred cCCcch-hhHHHHHHhhhhhHHHHHHh-hhHHhhcccChhHHHHHHHHHHHHHH
Q 011781 232 IPLEER-SRAVSFVFGGLSFGSVAGLL-LAPPIIENLGWESVFYIFGLLGIAWF 283 (477)
Q Consensus 232 ~~~~~r-~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~-~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 283 (477)
.|+++| .....+.....+....++.. +++.+....++...++...+..++..
T Consensus 20 vp~~~R~~~~~~~~~~W~g~~~~i~~~~~Ga~~~~GLs~~~a~lai~lG~li~~ 73 (501)
T 2jln_A 20 TRYAERSVGPFSLAAIWFAMAIQVAIFIAAGQMTSSFQVWQVIVAIAAGCTIAV 73 (501)
T ss_dssp CCGGGCCBCHHHHHHHHHHHHCSTHHHHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhhCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcCHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 455666 44555544444444344444 33333335567766665544444433
No 17
>4f4c_A Multidrug resistance protein PGP-1; ABC transporter, ATPase, multi-drug transporter, exporter, A binding, hydrolase,protein transport; HET: NDG NAG BMA MAN 0SA; 3.40A {Caenorhabditis elegans}
Probab=31.86 E-value=2.3e+02 Score=31.40 Aligned_cols=341 Identities=9% Similarity=-0.051 Sum_probs=0.0
Q ss_pred ccccccccccCCcccccccccccccCccCCCCCCCCCCCCCCCcCCCcccCCCCCCCCCC-CCchhHHHHHHHHHHHHHH
Q 011781 48 RVSCSIKEKENVKEETDKFDEVLTGLRVDEPGSVSGFDSESGQVRGTEEVGRASYWPPWK-NIPQRYKLIGTTSLAFVIC 126 (477)
Q Consensus 48 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 126 (477)
..+....+.-...+++......+...+...+......+.+....++++...+...+..++ ..++++.++++..++....
T Consensus 8 ~~~l~~~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~v~~~~Lfrya~~~d~~l~~~g~~~a~~~ 87 (1321)
T 4f4c_A 8 RQSLRTLDSFSLAPEDVLKTAIKTVEDYEGDNIDSNGEIKITRDAKEEVVNKVSIPQLYRYTTTLEKLLLFIGTLVAVIT 87 (1321)
T ss_dssp HHHHHHHHHTCCCHHHHHHHHHHHHHTTSTTTBCSSSCBCCSCC---CCSSCCCHHHHTTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hcCCcccccccCCchhhcccccchhhhhcccccccccccchhhhhhhcccCCCCHHHHhhccChHHHHHHHHHHHHHHHH
Q ss_pred HhhhhHHHHhHHhhhhhhCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhcCh-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHH
Q 011781 127 NMDKVNLSVAIIPMSHRFGWNSSVAGLVQSSFFWGYALSQLPGGWLAKIFGGR-KVLQTGVLIWSLATALLPLLAGFMPG 205 (477)
Q Consensus 127 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 205 (477)
+.....+..++..+.+.+. .........+............+.+... ..+.+.++..+++..++.++....+.
T Consensus 88 G~~~p~~~~~~G~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~i~~~~~~~~~~~~~~ 161 (1321)
T 4f4c_A 88 GAGLPLMSILQGKVSQAFI------NEQIVINNNGSTFLPTGQNYTKTDFEHDVMNVVWSYAAMTVGMWAAGQITVTCYL 161 (1321)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHH------HHHHHHHTTSCBCSSTTCBCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHH------hcccccccccccccccccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q ss_pred HHHHHHH---------------HHhhccchhhhHHHHhhhhcCCcchhhHHHHHHhhhhhHHHHHHhhhHHhhcccChhH
Q 011781 206 LVLSRVL---------------VGIGEGVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWES 270 (477)
Q Consensus 206 ~~~~~~l---------------~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~g~~~ 270 (477)
...-|.. .++...-...-..+.+.+-...=+......+......+..+++.++..+.. +|+.
T Consensus 162 ~~~~r~~~~lR~~~~~~ll~~~~~~fd~~~~G~l~sr~~~D~~~i~~~~~~~l~~~~~~~~~~i~~~i~~~~~---~~~l 238 (1321)
T 4f4c_A 162 YVAEQMNNRLRREFVKSILRQEISWFDTNHSGTLATKLFDNLERVKEGTGDKIGMAFQYLSQFITGFIVAFTH---SWQL 238 (1321)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHTCCTTHHHHHHHHHHHHHHTSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---CHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHH
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCcCCCCCCCCcchhhhhhhhhhhhHHhhccCCCCCCHH-------------HHhhcHH
Q 011781 271 VFYIFGLLGIAWFSGFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLSASLEEMGESLKDVPWK-------------AIFRSKA 337 (477)
Q Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------~~~~~~~ 337 (477)
.++..+++.+..++..++.+...+...+......+........-...+..+.-....... ...+...
T Consensus 239 ~lv~l~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~l~gi~~ik~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 318 (1321)
T 4f4c_A 239 TLVMLAVTPIQALCGFAIAKSMSTFAIRETLRYAKAGKVVEETISSIRTVVSLNGLRYELERYSTAVEEAKKAGVLKGLF 318 (1321)
T ss_dssp HHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q ss_pred HHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhHHHHHhhCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhchh
Q 011781 338 VWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFAD 397 (477)
Q Consensus 338 ~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d 397 (477)
.........+..........++..++...-.++....-..+............+...+..
T Consensus 319 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~v~~g~lt~g~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~ 378 (1321)
T 4f4c_A 319 LGISFGAMQASNFISFALAFYIGVGWVHDGSLNFGDMLTTFSSVMMGSMALGLAGPQLAV 378 (1321)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
No 18
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=28.62 E-value=3.6e+02 Score=25.00 Aligned_cols=32 Identities=0% Similarity=-0.293 Sum_probs=16.7
Q ss_pred hHHHHhhhhcCCcchhhHHHHHHhhhhhHHHH
Q 011781 223 AATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVA 254 (477)
Q Consensus 223 ~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~i 254 (477)
.............++.+...+......+-.++
T Consensus 144 ~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~ 175 (460)
T 3mkt_A 144 LLFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLLLNIP 175 (460)
T ss_dssp HHHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34444455555566666555555555444443
Done!