Query 011783
Match_columns 477
No_of_seqs 463 out of 1234
Neff 11.1
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 15:14:14 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/011783.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/011783hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.2E-40 4.2E-45 323.3 34.3 399 38-469 25-432 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 1.1E-38 3.9E-43 308.2 35.9 385 37-469 22-431 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 9.4E-37 3.2E-41 299.2 33.5 419 46-477 17-468 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1E-34 3.5E-39 274.5 22.5 352 44-456 3-362 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 2.1E-33 7.3E-38 275.3 26.1 398 41-469 13-470 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 9.6E-32 3.3E-36 257.4 25.0 384 40-469 6-398 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 8.8E-29 3E-33 244.5 15.4 405 42-469 13-501 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 3.9E-13 1.3E-17 129.7 20.0 176 273-469 28-205 (451)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 1.9E-12 6.5E-17 126.4 21.1 180 273-469 13-195 (491)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 1.4E-12 4.7E-17 125.3 19.3 180 280-469 33-228 (438)
11 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 5.2E-13 1.8E-17 127.3 11.1 112 84-195 261-374 (417)
12 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.4 2.3E-12 7.9E-17 121.0 13.9 171 280-474 7-177 (375)
13 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 9.5E-12 3.2E-16 122.5 18.0 174 273-468 12-196 (524)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.2 1.2E-11 4E-16 120.7 9.0 147 43-195 279-431 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 59.7 3.2 0.00011 19.7 0.8 14 101-114 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 25.8 1.6E+02 0.0055 23.7 6.2 25 88-112 99-123 (198)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.2e-40 Score=323.28 Aligned_cols=399 Identities=12% Similarity=0.044 Sum_probs=306.5
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHHhhhchhchHhHHHHHHHHhcccccchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCchhhHH
Q 011783 38 LPITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIM 117 (477)
Q Consensus 38 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~~~~ 117 (477)
.+++.+..+++..++..++...+.+.+|.+.+++ .+..+ .|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++++
T Consensus 25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~ 97 (451)
T 1pw4_A 25 LRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGD------LGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPA 97 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSC------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHH
Confidence 3455677788888899999999999999999999 99999 9999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHh----hhhHHHHHHHHHHhhhcccchhhH-HHHhhhhccccchhhHHHHHHHHhHHHHHHHHhHHHH
Q 011783 118 GTASVVIFNTLFGL----SVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGF 192 (477)
Q Consensus 118 ~~~~~~i~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~ 192 (477)
+.++.+++.+++++ ++|++.++++|+++|++.+...+. .+++.|++|+++|++++++.+.+..+|.++||.+++.
T Consensus 98 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~ 177 (451)
T 1pw4_A 98 GLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLL 177 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999 999999999999999999988887 9999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhccccCCcccccccccccccchHHHHHHHHHhhccccccCCCCCCccchhhhhhhhhhccchhhcccCCchhhhhhcc
Q 011783 193 LAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREATPKKSLLKN 272 (477)
Q Consensus 193 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (477)
+.+...+||+.+....+. .++..++..+.+||+++..+.++++.... +..++..++.+++........++.+|+
T Consensus 178 l~~~~g~w~~~f~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 251 (451)
T 1pw4_A 178 GMAWFNDWHAALYMPAFC-----AILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKN-DYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPN 251 (451)
T ss_dssp HHHHTCCSTTCTHHHHHH-----HHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCC-C-------------CCTHHHHHHTSSC
T ss_pred HHHHhccHHHHHHHHHHH-----HHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcc-cccccchhhhhcccccccchHHHHHcC
Confidence 886322255544322211 22233344456677665433221111100 000000000000011111124778899
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcCcccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--cchhHHHH
Q 011783 273 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERIL--GPIMVARI 350 (477)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~--~~~~~~~~ 350 (477)
|.++...+..++..........+.|.|+.+. +|+++.+.+.+.+...++.+++.+ +.+++.||+ ++|+.+..
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~l~~~~~~~~~~~~~~ 325 (451)
T 1pw4_A 252 KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEV-----KHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTL-LCGWMSDKVFRGNRGATGV 325 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTB-----SCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHTSTTCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhcCCchhHHH
Confidence 9999988888888888788888888887754 789999999999999999999988 889999999 99888877
Q ss_pred HHHHHH-HHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHHHHHhhcCCcchhhHHhHHHHHHHHH-HHHHhhh
Q 011783 351 AGVLTI-PLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSL-FKAAGPA 428 (477)
Q Consensus 351 ~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~~~~~ 428 (477)
+..+.. ++++.+.+.... ..+ .......+.+++.....+....+..+.+|++.||+++|+.+....+ |..++|.
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~-~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 401 (451)
T 1pw4_A 326 FFMTLVTIATIVYWMNPAG---NPT-VDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASA 401 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCCTT---CHH-HHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhccc---CHH-HHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 766655 454444332211 111 2333334445666777778888999999999999999999999999 9999999
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhccccCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011783 429 GGGALFSWAQKRLDASFLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTFK 469 (477)
Q Consensus 429 ~~g~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 469 (477)
+.|.+.+.. |++..|++.+++.+++.++.+.
T Consensus 402 ~~g~l~~~~----------g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 402 IVGYTVDFF----------GWDGGFMVMIGGSILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHHHHHHSS----------CSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhc----------CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999987 8889999988888887776654
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=1.1e-38 Score=308.25 Aligned_cols=385 Identities=13% Similarity=0.101 Sum_probs=294.3
Q ss_pred CCchhHHHHHHHHHHHhhhchhchHhHHHHHHHHhcccccchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCchhhH
Q 011783 37 GLPITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVII 116 (477)
Q Consensus 37 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~~~ 116 (477)
+.+++.+..+.+..++..++.....+.+|.+.+++|.+..+ .|++.+++.+++.++++++|+++||+|||++++
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~ 95 (438)
T 3o7q_A 22 RSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQ------AGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGII 95 (438)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHH------HHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHH
T ss_pred hHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHH
Confidence 34456677778888888899899999999999999999999 999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHH---HhhhhHHHHHHHHHHhhhcccchhhH-HHHhhhhccccchhhHHHHHHHHhHHHHHHHHhHHHH
Q 011783 117 MGTASVVIFNTLF---GLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGF 192 (477)
Q Consensus 117 ~~~~~~~i~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~ 192 (477)
++.++.+++.+++ +++++++.+++.|++.|++.+...+. .++++|++|+++|++++++.+.+.++|..++|.+++.
T Consensus 96 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~ 175 (438)
T 3o7q_A 96 TGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQS 175 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999 88899999999999999999998887 9999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hh-hcccc----------------CC--cccccccccccccchHHHHHHHHHhhccccccCCCCCCccchhhhhhhhhhc
Q 011783 193 LA-QPAEK----------------YP--NLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASA 253 (477)
Q Consensus 193 l~-~~~~~----------------~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 253 (477)
+. +.... |+ ...+|++.|...........+..+.. ..++.+++++++.+
T Consensus 176 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~p~~~~~~~~~~~----------- 243 (438)
T 3o7q_A 176 LILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLT-KFPALQSDNHSDAK----------- 243 (438)
T ss_dssp HHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCTTTCCCCSS-----------
T ss_pred HHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-cCCccccccccccc-----------
Confidence 98 42221 00 00004433311111111111111111 11111111000000
Q ss_pred cchhhcccCCchhhhhhcchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHh-hcCcccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011783 254 EVKEEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLW-ANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQL 332 (477)
Q Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 332 (477)
+.+.....++++|+|.++...+..++..........+.+.| ..+. +|+++.+.+...+...++.+++.+
T Consensus 244 -----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 313 (438)
T 3o7q_A 244 -----QGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEI-----PGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRF 313 (438)
T ss_dssp -----TTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-----TTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -----ccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc-----CCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11223466788999999998888888888778888888888 6654 699999999999999999999988
Q ss_pred HHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHHHHHhhcCCcchhhHHh
Q 011783 333 SLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAAN 412 (477)
Q Consensus 333 ~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 412 (477)
+.+++.||+++|+.+..+..+..++++.+.+.... + . .....+.+++.+...+...++..+.+|++ ++++.
T Consensus 314 -~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~-~-~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~ 384 (438)
T 3o7q_A 314 -TGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAGGH-----V-G-LIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGS 384 (438)
T ss_dssp -HHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHH-----H-H-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHH
T ss_pred -HHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCc-----H-H-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchh
Confidence 89999999999999998888877776665544321 1 1 11223445666777888888888888866 89999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHhhhhccccCCCC-chHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011783 413 GIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFSWAQKRLDASFLPG-SQMVFFVLNVVEAIGVLMTFK 469 (477)
Q Consensus 413 g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 469 (477)
++.. ...+|+.++|.+.|.+.+.. | ++..|++.+++.++..+..+.
T Consensus 385 ~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~----------g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 431 (438)
T 3o7q_A 385 SFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAA----------GNIPTAELIPALCFAVIFIFARF 431 (438)
T ss_dssp HHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHH----------TSSGGGGHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred hHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----------cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8877 77899999999999999988 6 777888776665555544433
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=9.4e-37 Score=299.23 Aligned_cols=419 Identities=13% Similarity=0.061 Sum_probs=285.5
Q ss_pred HHHHHHHhhhchhchHhHHHHHHHHhcccccc--hhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCchhhHHHHHHHH
Q 011783 46 IWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKRE--EDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVV 123 (477)
Q Consensus 46 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~--~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~ 123 (477)
..++.++.++|.+.++..+|.+.++++.+... ...+...|++.+++.+|..+|++++|+++||+|||+++.++.+++.
T Consensus 17 a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~ 96 (491)
T 4gc0_A 17 ATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFF 96 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHH
Confidence 34556777788899999999999988654322 2223448999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHH------------------hhhhHHHHHHHHHHhhhcccchhhH-HHHhhhhccccchhhHHHHHHHHhHHHHH
Q 011783 124 IFNTLFG------------------LSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLI 184 (477)
Q Consensus 124 i~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ 184 (477)
+++++++ +++|+++++++|+++|++.|...+. ..+++|+.|+++|++..+..+.+..+|.+
T Consensus 97 i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~ 176 (491)
T 4gc0_A 97 ISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQL 176 (491)
T ss_dssp HHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhh
Confidence 9999998 4789999999999999999998887 99999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhHHHHhhhccc-cCCcccccccccccccchHHHHHHHHHhhccccccCCCCCCccchh--hhhhhhhhccc------
Q 011783 185 IGPALGGFLAQPAE-KYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGETLHRHNDDDDSCDVS--YDALESASAEV------ 255 (477)
Q Consensus 185 ~g~~~~~~l~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~------ 255 (477)
+++.++..+..... .+....+|+..+..........+.....+||+|++...+.++++.. .++...+....
T Consensus 177 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 256 (491)
T 4gc0_A 177 LVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEI 256 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHH
Confidence 99999887765322 2333445555542222233444555667899988744333222211 11111100000
Q ss_pred h--hhcccCCchhhhhhcchhhHHHHHHHHHHHhhh-hhhHHHHHHhhcCcccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011783 256 K--EEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHD-MAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQL 332 (477)
Q Consensus 256 ~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 332 (477)
+ .++.+........++.+..........+..... .....+.+.... ..+.+...........++..+++..
T Consensus 257 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 330 (491)
T 4gc0_A 257 KHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFK------TLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTV 330 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHH------HSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHH------hcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0 001111112222333344333333333322222 222222222222 2566666666677777788888877
Q ss_pred HHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHHHHHhhcCCcchhhHHh
Q 011783 333 SLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAAN 412 (477)
Q Consensus 333 ~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 412 (477)
+.+++.||+|||+.+..+.....++++.+.......... +..+....+....+..+..+..+.+.+|.+|++.|+++.
T Consensus 331 -~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~ 408 (491)
T 4gc0_A 331 -LAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPG-IVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKAL 408 (491)
T ss_dssp -HHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCH-HHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHH
T ss_pred -HHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccch-HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHH
Confidence 889999999999999998888887776665544332222 222222223333444555677888999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHhhhhccccCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhccCC
Q 011783 413 GIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFSWAQKRLDASFLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTFKPFLAQRHD 477 (477)
Q Consensus 413 g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 477 (477)
|+.+..+++++++++.+.+.+.+........ +....|++.+++++++.+..++ ++||+|+
T Consensus 409 g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~----~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~-~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 409 AIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHF----HNGFSYWIYGCMGVLAALFMWK-FVPETKG 468 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHH----TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCCCCTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh----hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-eecCCCC
Confidence 9999999999999999988776543211100 4556888888888888887765 6888864
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=1e-34 Score=274.51 Aligned_cols=352 Identities=11% Similarity=0.100 Sum_probs=268.3
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhchhchHhHHHHHHHHhcccccchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCchhhHHHHHHHH
Q 011783 44 FSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVV 123 (477)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~ 123 (477)
..+++..++..++.....+.+|.+.+++|.++.+ .+++.+++.++..++++++|+++||+|||+++..+.++.+
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~ 76 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGA------VQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFM 76 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHH------HHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHH
Confidence 4567778888899999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHhhhcccchhhH-HHHhhhhccccchhhHHHHHHHHhHHHHHHHHhHHHHhhhccccCCc
Q 011783 124 IFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAEKYPN 202 (477)
Q Consensus 124 i~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~ 202 (477)
++.++.++++|++.+++.|++.|++.+...+. .+++.|++|+++|++++++.+....+|..++|.+++++.+
T Consensus 77 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~------- 149 (375)
T 2gfp_A 77 LATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDT------- 149 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC-------
T ss_pred HHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHH-------
Confidence 99999999999999999999999999998888 9999999999999999999999999999999999999987
Q ss_pred ccccccccccccchHHHHHHHH------HhhccccccCCCCCCccchhhhhhhhhhccchhhcccCCchhhhhhcchhhH
Q 011783 203 LFSSESLFGKFPYFLPCLCISL------FAFGETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREATPKKSLLKNWPLM 276 (477)
Q Consensus 203 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 276 (477)
.++|+..+ ........+ ..+||+++++++ +++.....++.+|+|.++
T Consensus 150 ~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 202 (375)
T 2gfp_A 150 MWNWRACY-----LFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAP----------------------RTRLLTSYKTLFGNSGFN 202 (375)
T ss_dssp HHHHHHHH-----HHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCC----------------------CCCTTTCSTHHHHHHHHH
T ss_pred hccHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcc----------------------cccHHHHHHHHhcCcchH
Confidence 45566555 111111111 122232211100 111233566788889988
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcCcccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHH-H
Q 011783 277 SSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAGVL-T 355 (477)
Q Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~-~ 355 (477)
...+..++.......+..+.|.|..+. +|.++.+.+.......++.+++.. +.+++.||.+++ ...+... .
T Consensus 203 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~r~~~~--~~~~~~~~~ 274 (375)
T 2gfp_A 203 CYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAV-----LGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAW-FAGRPNKRFSTL--MWQSVICCL 274 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHH-----HHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHH-HHHTTTTHHHHH--HHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHH
Confidence 888877777666666665555554432 788999999999999999999888 888888888762 2233322 2
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHHHHHhhcCCcchhhHHhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHH
Q 011783 356 IPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFS 435 (477)
Q Consensus 356 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~ 435 (477)
..+...+...... .. ..........+.+++.+...+....+..|..| ++||++.|+.+....+|..++|.+.|.+.+
T Consensus 275 ~~~~~~~~~~~~~-~~-~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~ 351 (375)
T 2gfp_A 275 LAGLLMWIPDWFG-VM-NVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQ 351 (375)
T ss_dssp HTSSSSSHHHHHH-HH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhc-cc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 2222211111100 00 11223333344456667778888999999888 899999999999999999999999999987
Q ss_pred HhhhhccccCCCCchHHHHHH
Q 011783 436 WAQKRLDASFLPGSQMVFFVL 456 (477)
Q Consensus 436 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 456 (477)
.. ++...+.+.
T Consensus 352 ~~----------~~~~~~~~~ 362 (375)
T 2gfp_A 352 TG----------QGSLGLLMT 362 (375)
T ss_dssp HH----------HHHHHHHHH
T ss_pred CC----------cccHHHHHH
Confidence 66 566666554
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=2.1e-33 Score=275.32 Aligned_cols=398 Identities=12% Similarity=0.073 Sum_probs=264.2
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhchhchHhHHH-HHHHH-----hcccccchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhh-cCCch
Q 011783 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLY-FMIKD-----FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADR-YGRKP 113 (477)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~-----~~~s~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~Dr-~Grr~ 113 (477)
+.++.+....+...++.....+.++ ++.++ +|.+..+ .+++.+++.++..++++++|+++|| +|||+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~ 86 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRAT------AASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARP 86 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchH
Confidence 4566677777777777776666665 55555 8999999 9999999999999999999999999 89999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHhhhcccchhhH-HHHhhhhccccc--hhhHHHHHHHHhHHHHHHHHhHH
Q 011783 114 VIIMGTASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEH--QALGLSTVSTAWGIGLIIGPALG 190 (477)
Q Consensus 114 ~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 190 (477)
++..+.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+...+. .++++|++|+++ |++++++++.+.++|..++|.++
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 166 (491)
T 4aps_A 87 AVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIV 166 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999999999998887 999999999988 77888889999999999999999
Q ss_pred HHhhhccccCCcccccccccccccchHHHHHHHHH-hhccccccCCCCCCccchhhhhhhhhhc----------------
Q 011783 191 GFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLF-AFGETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASA---------------- 253 (477)
Q Consensus 191 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------- 253 (477)
+.+.+ .++|+..|..........++..+ ..++..+++..++++.+.. ++.++..+
T Consensus 167 ~~l~~-------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~ 238 (491)
T 4aps_A 167 GAAQE-------AAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAP-EEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVM 238 (491)
T ss_dssp HHHHH-------HSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSH-HHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHh-------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCcccc-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99988 44555555211111111111111 2222222111111111000 00000000
Q ss_pred ------cchh-------------------hcccCCchhhhhhcchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcCcccCCc
Q 011783 254 ------EVKE-------------------EEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGG 308 (477)
Q Consensus 254 ------~~~~-------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 308 (477)
+.++ ..++......+..+....+...+...+...........++.|..+.
T Consensus 239 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----- 313 (491)
T 4aps_A 239 NLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAER----- 313 (491)
T ss_dssp HHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHS-----
T ss_pred HhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHH-----
Confidence 0000 0000001111111222233344444444444455556666666543
Q ss_pred cccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHhh---hhhHHHHHHHH
Q 011783 309 LNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVAR-----IAGVLTIPLLTSYPYIAMLS---GFGLAFLLNCA 380 (477)
Q Consensus 309 ~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~ 380 (477)
.+.+..+.+.......+..+++.. +.+++.||++||+... .+..+..+++..+....... .........+.
T Consensus 314 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 392 (491)
T 4aps_A 314 VDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTP-FFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGS 392 (491)
T ss_dssp CCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHH
T ss_pred hccCccCHHHHhccchHHHHHHHH-HHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHH
Confidence 455556677777778888888877 7889999999876544 56666666655554433110 00111223334
Q ss_pred HHHHhhhhHHHHhHHHHHHhhcCCcchhhHHhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHhhhhccccCCCCchHHHHHHHHHH
Q 011783 381 SVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFSWAQKRLDASFLPGSQMVFFVLNVVE 460 (477)
Q Consensus 381 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~ 460 (477)
..+.+++.....+....+..|.+|++.|+++.|+.+....+|.+++|.+.+.+.+. ++...|.+.++++
T Consensus 393 ~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~-----------~~~~~~~~~~~~~ 461 (491)
T 4aps_A 393 WALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK-----------SEVAYFSYFGLGS 461 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS-----------STTHHHHHTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-----------cHHHHHHHHHHHH
Confidence 44455666677788899999999999999999999999999999999998877543 5667777777777
Q ss_pred HHHHHHHhh
Q 011783 461 AIGVLMTFK 469 (477)
Q Consensus 461 ~~~~~~~~~ 469 (477)
+++.++.+.
T Consensus 462 ~~~~~~~~~ 470 (491)
T 4aps_A 462 VVLGIVLVF 470 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHH
Confidence 776665544
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=100.00 E-value=9.6e-32 Score=257.39 Aligned_cols=384 Identities=12% Similarity=0.091 Sum_probs=250.7
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHhhhchhchHhHHHHH-HHHhcccccchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCchhhHHH
Q 011783 40 ITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFM-IKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMG 118 (477)
Q Consensus 40 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~s~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~~~~~ 118 (477)
.+.++.+....++..+......+.+|.+ .+++|.++.+ .|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++
T Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~ 79 (417)
T 2cfq_A 6 NTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSD------TGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWI 79 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTT------SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHH
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHH
Confidence 3556666666677777777778888864 5569999999 99999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HHHHHHHHH---HHHhhhhHH-HHHHHHHHhhhcccchhhH-HHHhhhhccc--cchhhHHHHHHHHhHHHHHHHHhHHH
Q 011783 119 TASVVIFNT---LFGLSVNFW-MAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFRE--EHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGG 191 (477)
Q Consensus 119 ~~~~~i~~~---~~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 191 (477)
..+.++... ...+++... .++..+.+.|++.+...+. ...+.++.++ ++|+...+.......+|..++|.+++
T Consensus 80 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~ 159 (417)
T 2cfq_A 80 ITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVG 159 (417)
T ss_dssp HHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 887765322 223333221 2455677777766654443 4444455443 45677788888889999999999999
Q ss_pred HhhhccccCCcccccccccccccchHHHHHHHHHhhccccccCCCCCCccchhhhhhhhhhccchhhcccCCchhhhhhc
Q 011783 192 FLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREATPKKSLLK 271 (477)
Q Consensus 192 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 271 (477)
++.+. +|++.+....+ ......+.....++.+++.. ++++.++ +++++......++++|
T Consensus 160 ~l~~~--~~~~~f~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~ 218 (417)
T 2cfq_A 160 IMFTI--NNQFVFWLGSG------CALILAVLLFFAKTDAPSSA-TVANAVG------------ANHSAFSLKLALELFR 218 (417)
T ss_dssp HHHHH--CSHHHHTTTTT------TTTTHHHHSCSSCCCCSCSS-CSSSSSS------------SCCCCCCHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHh--chhHHHHHHHH------HHHHHHHHHHHcCccccccc-ccccccc------------cccccccHHHHHHHhc
Confidence 98762 34444332111 11122222222232211110 0000000 0001111224567888
Q ss_pred chhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcCcccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHH
Q 011783 272 NWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIA 351 (477)
Q Consensus 272 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 351 (477)
+|.++...+..+........+..++|.|+.+.. +..+.+....+...+...++.+++.. +.+++.||++||+.+..+
T Consensus 219 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~l~dr~g~~~~l~~~ 295 (417)
T 2cfq_A 219 QPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFF--ATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMF-FAPLIINRIGGKNALLLA 295 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS--SSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHCHHHHHHHH
T ss_pred CCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhcHHHHHHHH
Confidence 898887666555444444445555676664321 11233455667888888888888877 899999999999998887
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHHHHHhhcCCcchhhHHhHHH-HHHHHHHHHHhhhHH
Q 011783 352 GVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIA-MTGMSLFKAAGPAGG 430 (477)
Q Consensus 352 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-~~~~~~g~~~~~~~~ 430 (477)
..+..+..+.+.+.. + .+ .+.+...+.++......+....+..|.+|++.||++.+.. +....+|++++|.+.
T Consensus 296 ~~~~~~~~~~~~~~~---~--~~-~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~ 369 (417)
T 2cfq_A 296 GTIMSVRIIGSSFAT---S--AL-EVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLA 369 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTCC---S--HH-HHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhc---c--HH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhH
Confidence 777666655443321 1 11 1222222233344445556678899999999999999994 788899999999999
Q ss_pred HHHHHHhhhhccccCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011783 431 GALFSWAQKRLDASFLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTFK 469 (477)
Q Consensus 431 g~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 469 (477)
|.+.+.. |+...|.+.+++++++.++.+.
T Consensus 370 G~l~~~~----------g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~ 398 (417)
T 2cfq_A 370 GNMYESI----------GFQGAYLVLGLVALGFTLISVF 398 (417)
T ss_dssp HTHHHHS----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHhc----------CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 9999876 7778898888888888776554
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=8.8e-29 Score=244.53 Aligned_cols=405 Identities=11% Similarity=0.079 Sum_probs=235.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhchhchHhHHH-HHHHHhc------ccccchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhc-CCch
Q 011783 42 ELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLY-FMIKDFQ------IAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRY-GRKP 113 (477)
Q Consensus 42 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~------~s~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~Dr~-Grr~ 113 (477)
.++.+.+..++..+..+...+.++ ++.+++| .+..+ .|++.+++.++..++++++|+++||+ |||+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~ 86 (524)
T 2xut_A 13 QIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAV------AKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYN 86 (524)
T ss_dssp CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTT------HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH
Confidence 344566677777777776777776 5667799 99999 99999999999999999999999999 9999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hHHHHHHHHHHhhhcccchhhH-HHHhhhhccccchhhHHHH---HHHHhHHHHHHHHh
Q 011783 114 VIIMGTASVVIFNTLFGLSV-NFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLST---VSTAWGIGLIIGPA 188 (477)
Q Consensus 114 ~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~g~~ 188 (477)
++.++.++.+++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+. .+++.|++|+++|+++.+. .+...++|..+||.
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~ 166 (524)
T 2xut_A 87 TILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASL 166 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999 9999999999999999998887 9999999999999876666 89999999999999
Q ss_pred HHHHhhhccccCCcccccccccccccchHHHHHHHHHhhccccccCC--CCCCccchhhhh----hhhhhc--cc-----
Q 011783 189 LGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGETLHRHN--DDDDSCDVSYDA----LESASA--EV----- 255 (477)
Q Consensus 189 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~----~~~~~~--~~----- 255 (477)
+++.+.+ .++|+..|....... ++..+......++..+ +++++.....+. .++... +.
T Consensus 167 ~~~~l~~-------~~g~~~~f~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 237 (524)
T 2xut_A 167 SMPLLLK-------NFGAAVAFGIPGVLM--FVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVL 237 (524)
T ss_dssp TSTHHHH-------TSCHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhc-------cccHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhh
Confidence 9999987 345655552111111 1111111111111111 000000000000 000000 00
Q ss_pred -------------------------------hhhcccCC----------chhhhhhcchhhHHHHHHH---HHHHhhhhh
Q 011783 256 -------------------------------KEEEGREA----------TPKKSLLKNWPLMSSIIVY---CVFSLHDMA 291 (477)
Q Consensus 256 -------------------------------~~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~ 291 (477)
.+++.+.+ ....+..+.+..+...... .++......
T Consensus 238 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 317 (524)
T 2xut_A 238 ALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQ 317 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSS
T ss_pred hhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 00000000 0000011112222111111 111111111
Q ss_pred hHHHHHHhhcCcccCCccccch-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----Hhhc----chhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011783 292 YSEIFSLWANSPKKLGGLNYST-QMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLE----RILG----PIMVARIAGVLTIPLLTSY 362 (477)
Q Consensus 292 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~----~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 362 (477)
....++.+... .+.+. ...+.+.....++.++... +.+++. +|.+ +++.+..+..+..++++.+
T Consensus 318 ~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 390 (524)
T 2xut_A 318 KASTWILQAND------MVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIP-FNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVV 390 (524)
T ss_dssp TTTHHHHHHHH------SCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGG-GTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTT
T ss_pred cchhhHHhHHh------cCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHH-HHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 12222222211 11111 1345555554455555544 333321 3332 2345556666666665554
Q ss_pred HHHHHhh---hhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHHHHHhhcCCcchhhHHhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHhhh
Q 011783 363 PYIAMLS---GFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFSWAQK 439 (477)
Q Consensus 363 ~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~ 439 (477)
....... .......+....++.+++.+...+....+..+.+|++.||+++|+.+....+|+.++|.+.|.+.+....
T Consensus 391 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~ 470 (524)
T 2xut_A 391 GTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVT 470 (524)
T ss_dssp TTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHH
T ss_pred HHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccc
Confidence 4432100 0011112333445556777778888889999999999999999999999999999999999988763210
Q ss_pred hc-cccCCCCc-hHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011783 440 RL-DASFLPGS-QMVFFVLNVVEAIGVLMTFK 469 (477)
Q Consensus 440 ~~-~~~~~~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 469 (477)
.. ..... +. ...|++.+++++++.++.+.
T Consensus 471 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 501 (524)
T 2xut_A 471 EQIVQTGM-SVTAFQMFFFAGFAILAAIVFAL 501 (524)
T ss_dssp HHHHHHHS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-
T ss_pred cccccccc-cccccHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00 00000 11 23366677776666665543
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.53 E-value=3.9e-13 Score=129.66 Aligned_cols=176 Identities=9% Similarity=0.026 Sum_probs=136.1
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcCcccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHH
Q 011783 273 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAG 352 (477)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 352 (477)
+.+....+..++.......+....|.+..+ + .+..+.|++.+...++..++++ ..+++.||+|||+.+..+.
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~G~l~dr~g~r~~l~~~~ 99 (451)
T 1pw4_A 28 QIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ------G-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKF-IMGSVSDRSNPRVFLPAGL 99 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS------T-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------h-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hHHHHHHhcCchHHHHHHH
Confidence 334444445555554445555555554433 7 8899999999999999999998 8999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH-hhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHHHHHhhcCCcchhhHHhHHHHHHHHHHHHHhhhHHH
Q 011783 353 VLTIPLLTSYPYIAM-LSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGG 431 (477)
Q Consensus 353 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g 431 (477)
++..++.+...+... ..+ ...+.+..++.+++.+...+...+++.|.+|+++|++++|+.+....+|..++|.+++
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 176 (451)
T 1pw4_A 100 ILAAAVMLFMGFVPWATSS---IAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFL 176 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCHHHHSS---SSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhcccc---HHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 998888877766221 111 1134444556677788888999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhhhhccccCCCC-chHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011783 432 ALFSWAQKRLDASFLPG-SQMVFFVLNVVEAIGVLMTFK 469 (477)
Q Consensus 432 ~l~~~~~~~~~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 469 (477)
.+.+.. | |+..|++.+++.++..++..+
T Consensus 177 ~l~~~~----------g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 205 (451)
T 1pw4_A 177 LGMAWF----------NDWHAALYMPAFCAILVALFAFA 205 (451)
T ss_dssp HHHHHT----------CCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHh----------ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 988876 7 999999988887776655443
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.49 E-value=1.9e-12 Score=126.37 Aligned_cols=180 Identities=16% Similarity=0.078 Sum_probs=143.3
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcCcccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hcchhHHHHH
Q 011783 273 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERI-LGPIMVARIA 351 (477)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~-~~~~~~~~~~ 351 (477)
+.++......++..+.......+.+.|+.+....+++|.+..+.+++.+...++..++++ +.+++.|| +|||+.+..+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~l~dr~~g~r~~~~~~ 91 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGT-IGGFVADRIIGARPAVFWG 91 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHTSCHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHhccccchHHHHHH
Confidence 345566666666666666777777777765433445899999999999999999999998 99999999 8999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHHHHHhhcCCcch--hhHHhHHHHHHHHHHHHHhhhH
Q 011783 352 GVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQ--RGAANGIAMTGMSLFKAAGPAG 429 (477)
Q Consensus 352 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~ 429 (477)
.++..++.+...+..+. ..+.+..++.+++.+...+...+++.|.+|+++ |+++.+..+....+|..++|.+
T Consensus 92 ~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 165 (491)
T 4aps_A 92 GVLIMLGHIVLALPFGA------SALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLI 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSCCST------THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhH------HHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 98888887766554321 133344455567778888999999999999988 7888888999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhhhhccccCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011783 430 GGALFSWAQKRLDASFLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTFK 469 (477)
Q Consensus 430 ~g~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 469 (477)
++.+.+.. ||+..|++.++..+++.++...
T Consensus 166 ~~~l~~~~----------g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 195 (491)
T 4aps_A 166 VGAAQEAA----------GYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYF 195 (491)
T ss_dssp HHHHHHHS----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhhh----------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999877 8999999988877777666543
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.49 E-value=1.4e-12 Score=125.35 Aligned_cols=180 Identities=9% Similarity=-0.004 Sum_probs=130.2
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcCcccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHH
Q 011783 280 IVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLL 359 (477)
Q Consensus 280 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 359 (477)
...++............|.+.. ++|.+..+.|++.+...++..++++ ..+++.||+|||+.+..+..+..++.
T Consensus 33 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~-~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~ 105 (438)
T 3o7q_A 33 SLFFLWAVANNLNDILLPQFQQ------AFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPI-PAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGA 105 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------HSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHH-HHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHH------HcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3333333333444444554433 3899999999999999999999998 89999999999999999999888887
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHHHHHhhcCCcchhhHHhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHH-HHhh
Q 011783 360 TSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALF-SWAQ 438 (477)
Q Consensus 360 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~-~~~~ 438 (477)
++........+ ...+.+..++.+++.+...+...+++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|.+++.+. +...
T Consensus 106 ~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~ 182 (438)
T 3o7q_A 106 ALFWPAAEIMN---YTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVP 182 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHTTC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSC
T ss_pred HHHHhcccccc---HHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc
Confidence 77633222111 2234455566678888889999999999999999999999999999999999999999998 3331
Q ss_pred hhc------------ccc---CCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 011783 439 KRL------------DAS---FLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTFK 469 (477)
Q Consensus 439 ~~~------------~~~---~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 469 (477)
... ..+ ...+|++.|++.+++.++..++..+
T Consensus 183 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 228 (438)
T 3o7q_A 183 HQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIML 228 (438)
T ss_dssp CCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000 000 0001788887777766666555544
No 11
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.42 E-value=5.2e-13 Score=127.31 Aligned_cols=112 Identities=16% Similarity=0.071 Sum_probs=99.0
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHhhhcccchhhH-HHHhhhh
Q 011783 84 AGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEI 162 (477)
Q Consensus 84 ~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~ 162 (477)
.++..++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+. ..+++|.
T Consensus 261 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 340 (417)
T 2cfq_A 261 FGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQ 340 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 688888888899999999999999999999999999888888888888888888888888888876666665 8899999
Q ss_pred ccccchhhHHHH-HHHHhHHHHHHHHhHHHHhhh
Q 011783 163 FREEHQALGLST-VSTAWGIGLIIGPALGGFLAQ 195 (477)
Q Consensus 163 ~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 195 (477)
+|++.|+++.+. ++....+|..++|.++|.+.+
T Consensus 341 ~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~ 374 (417)
T 2cfq_A 341 FEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE 374 (417)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH
Confidence 999999999998 588888999999999999887
No 12
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.40 E-value=2.3e-12 Score=121.05 Aligned_cols=171 Identities=16% Similarity=0.079 Sum_probs=134.0
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcCcccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHHH
Q 011783 280 IVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLL 359 (477)
Q Consensus 280 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 359 (477)
...++.......+....|.+.. ++|.++.+.++..+...++..++++ ..+++.||+|||+.+..+..+..++.
T Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~ 79 (375)
T 2gfp_A 7 LLVAVGQMAQTIYIPAIADMAR------DLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQL-FYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLAT 79 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT------TSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-THHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHH------HcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHH
Confidence 3344444444444455554443 3899999999999999999999998 89999999999999999998888887
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHHHHHhhcCCcchhhHHhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHhhh
Q 011783 360 TSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFSWAQK 439 (477)
Q Consensus 360 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~ 439 (477)
.......+ ...+....++.+++.+...+...+++.|..|+++|+++++..+....+|..++|.+++.+.+..
T Consensus 80 ~~~~~~~~------~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~-- 151 (375)
T 2gfp_A 80 LVAVTTSS------LTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMW-- 151 (375)
T ss_dssp HHHHHHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHH--
T ss_pred HHHHHhcc------HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhc--
Confidence 77766543 2234445556677778888999999999999999999999999999999999999999998776
Q ss_pred hccccCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhc
Q 011783 440 RLDASFLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTFKPFLAQ 474 (477)
Q Consensus 440 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 474 (477)
+|+..|.+.+++.++..+.... ..||
T Consensus 152 --------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~ 177 (375)
T 2gfp_A 152 --------NWRACYLFLLVLCAGVTFSMAR-WMPE 177 (375)
T ss_dssp --------HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-SSCC
T ss_pred --------cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCcc
Confidence 7889999888877776654333 3444
No 13
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.39 E-value=9.5e-12 Score=122.47 Aligned_cols=174 Identities=10% Similarity=0.013 Sum_probs=136.7
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhcCcccCCccc------cchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-cch
Q 011783 273 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLN------YSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERIL-GPI 345 (477)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g------~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~-~~~ 345 (477)
+.++...+..++..........+++.|+.+. +| +++.+.+.+.+...++..++.+ ..+++.||+ |||
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~-----~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~G~l~dr~~g~r 85 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTA-----LLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPL-LGGWIADRFFGKY 85 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-----CSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHH-HHHHHHTTSSCSH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhcch
Confidence 4555566666666666666777777776543 56 9999999999999999999988 899999999 999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHhHHHHHHhhcCCcchhhHHhHH---HHHHHHH
Q 011783 346 MVARIAGVLTIPLLTSYPYIA-MLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGI---AMTGMSL 421 (477)
Q Consensus 346 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~---~~~~~~~ 421 (477)
+.+..+.++..++.+...+.. + ...+.+..++.+++.+...+...+++.|.+|+++|+++.+. .+....+
T Consensus 86 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~ 159 (524)
T 2xut_A 86 NTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHS------VQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINF 159 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSC------HHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc------HHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999998888887777665543 2 11333444555677788889999999999999999877666 8888999
Q ss_pred HHHHhhhHHHHHHHHhhhhccccCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011783 422 FKAAGPAGGGALFSWAQKRLDASFLPGSQMVFFVLNVVEAIGVLMTF 468 (477)
Q Consensus 422 g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 468 (477)
|..++|.+.+.+.+.. ||+..|++.+++.+++.++..
T Consensus 160 g~~~g~~~~~~l~~~~----------g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 160 GSFFASLSMPLLLKNF----------GAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp HHHHHHHTSTHHHHTS----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccc----------cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999998876 899999988888777666544
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.25 E-value=1.2e-11 Score=120.75 Aligned_cols=147 Identities=14% Similarity=0.139 Sum_probs=107.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhchhchHhHHHHHHHHhcccccchhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCchhhHHHHHHH
Q 011783 43 LFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASV 122 (477)
Q Consensus 43 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~ 122 (477)
........+........+....|.+.++.+.+... .........+...++.++.+++.||+|||+.++.+....
T Consensus 279 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~ 352 (491)
T 4gc0_A 279 VIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDI------ALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGM 352 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccc------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHH
Confidence 33444444555556666667778888888887776 677777788888999999999999999999999998888
Q ss_pred HHHHHHHHhhh-----hHHHHHHHHHHhhhcccchhhH-HHHhhhhccccchhhHHHHHHHHhHHHHHHHHhHHHHhhh
Q 011783 123 VIFNTLFGLSV-----NFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQ 195 (477)
Q Consensus 123 ~i~~~~~~~~~-----~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 195 (477)
.++.+..+... +...++..-+..+.......+. ..+.+|.+|.+.|++++|+......+|..+++.+.+.+.+
T Consensus 353 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~ 431 (491)
T 4gc0_A 353 AIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDK 431 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88776655431 2222222222222222234455 8899999999999999999999999999999888777654
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=59.68 E-value=3.2 Score=19.70 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.888 Sum_probs=11.3
Q ss_pred hhhhhhhhcCCchh
Q 011783 101 FWGLVADRYGRKPV 114 (477)
Q Consensus 101 ~~G~l~Dr~Grr~~ 114 (477)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46888999999865
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=25.80 E-value=1.6e+02 Score=23.74 Aligned_cols=25 Identities=8% Similarity=0.213 Sum_probs=20.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcCCc
Q 011783 88 GSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRK 112 (477)
Q Consensus 88 ~s~~~~~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr 112 (477)
+.-|.+++.++..+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 4567788889999999999997643
Done!