Query 011917
Match_columns 475
No_of_seqs 259 out of 2315
Neff 10.0
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 17:57:27 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/011917.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/011917hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.4E-31 4.9E-36 268.2 25.2 359 23-407 27-410 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.3E-28 7.9E-33 244.0 36.7 364 22-406 24-407 (438)
3 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.9 8.6E-25 3E-29 221.6 36.2 353 25-404 14-446 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.9 1.3E-27 4.4E-32 233.8 13.5 343 29-404 5-350 (375)
5 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 1.5E-25 5.2E-30 222.4 13.6 356 22-404 5-373 (417)
6 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.9 1.5E-22 5.3E-27 204.9 28.8 412 28-475 16-479 (491)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 4.4E-22 1.5E-26 203.3 24.3 353 25-404 13-465 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.2 7.5E-11 2.6E-15 117.3 14.0 176 24-221 252-431 (451)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.0 1.3E-08 4.3E-13 102.5 20.2 150 251-404 14-170 (491)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.0 1.1E-08 3.8E-13 101.1 18.7 141 257-404 33-177 (438)
11 2cfq_A Lactose permease; trans 99.0 4.8E-09 1.6E-13 103.4 14.1 164 40-228 236-404 (417)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 98.9 2.3E-08 7.8E-13 101.5 15.8 152 250-404 12-172 (524)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 98.8 4.2E-08 1.4E-12 94.9 13.2 142 256-404 6-148 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 98.7 6.6E-08 2.2E-12 97.2 13.0 174 42-230 295-469 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 43.6 5.7 0.0002 20.0 0.3 13 78-90 2-14 (26)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.4e-31 Score=268.20 Aligned_cols=359 Identities=12% Similarity=0.008 Sum_probs=262.9
Q ss_pred ccceehccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCChhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHHHHH
Q 011917 23 RWSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDIGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAV 102 (475)
Q Consensus 23 ~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~i~~i~~l~~~i~~p~~G~l~Dr~Grr~~~l~~~~~~~~~ 102 (475)
++......++.+...........++|.+.++. .|+.+.|++.+++.+...+.+|++|+++||+||||. ++.+.+..++
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~-l~~~~~~~~~ 104 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVF-LPAGLILAAA 104 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHH-HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHH-HHHHHHHHHH
Confidence 34455666777777777777888899999999 999999999999999999999999999999999887 5556655555
Q ss_pred HHHHhcCCccCCccCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhhhcccCCCccchhhHhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011917 103 SFSSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYAI 182 (475)
Q Consensus 103 ~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~R~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 182 (475)
+.++... .|. . ..+.+...+.. .+.+++.+...++..+++.|..+ +++|++..++...+..+|.++++.+
T Consensus 105 ~~~~~~~--~~~-~--~~~~~~l~~~~----~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~-~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~ 174 (451)
T 1pw4_A 105 VMLFMGF--VPW-A--TSSIAVMFVLL----FLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWS-QKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLL 174 (451)
T ss_dssp HHHHHHH--CHH-H--HSSSSHHHHHH----HHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCT-TTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHH
T ss_pred HHHHHHh--hhh-c--cccHHHHHHHH----HHHHHHhhhccchHHHHHHHHCC-chhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5543331 010 0 11222222222 26788888888899999999987 7889999999999999999998888
Q ss_pred HHHHHHhhccCCccchHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccccccc---CC---------------CcchHH-H
Q 011917 183 AFIVFSVSTAKTHADLENQ-YRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKMGL---RG---------------NSHARI-S 242 (475)
Q Consensus 183 ~~~l~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~~~---~~---------------~~~~~~-~ 242 (475)
++.+.. ..+ ||+.+++.+++.++..++.++..||+++..+. ++ +.+.++ .
T Consensus 175 ~~~l~~----------~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 244 (451)
T 1pw4_A 175 FLLGMA----------WFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIF 244 (451)
T ss_dssp HHHHHH----------HTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHH
T ss_pred HHHHHH----------HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccch
Confidence 877653 345 99988888777766666655556664332110 00 001111 1
Q ss_pred HHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhcccccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHH--hhhhHHH
Q 011917 243 WAYWFKKILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWT--GQRLKAY 319 (475)
Q Consensus 243 ~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~y~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~--~~r~k~~ 319 (475)
.++++|||.++...+..++..........++|.|+++..|.++.+.+.+.....++.+++.++.+++ +|+ ++ |+.
T Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~--~~~ 322 (451)
T 1pw4_A 245 MQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGN--RGA 322 (451)
T ss_dssp HHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTC--HHH
T ss_pred HHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC--chh
Confidence 4677889998888888888888888889999999998889998888887777788888888888775 444 33 455
Q ss_pred HHHHHHHHH-HHHHHHhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhccCCCccchhhhhHHHHHHHH-HHHHHH
Q 011917 320 YSAGGVLWV-FCGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKM-SCGIAV 397 (475)
Q Consensus 320 ~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~i-g~~ig~ 397 (475)
+.++..+.. ++.+.+.+.+..+.+...+...+.|++.+...+....+..+..|++++| ..+|+.+...++ |..+++
T Consensus 323 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g--~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 400 (451)
T 1pw4_A 323 TGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAG--TAAGFTGLFGYLGGSVAAS 400 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 555555544 5544444443335555566677888888888877778888889999899 899999999999 999999
Q ss_pred HHHHHhcccC
Q 011917 398 YVLQSYQSMS 407 (475)
Q Consensus 398 ~l~~~~~~~~ 407 (475)
.+.+.+....
T Consensus 401 ~~~g~l~~~~ 410 (451)
T 1pw4_A 401 AIVGYTVDFF 410 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHHHHHhc
Confidence 9888776443
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.97 E-value=2.3e-28 Score=244.00 Aligned_cols=364 Identities=11% Similarity=-0.028 Sum_probs=252.9
Q ss_pred CccceehccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCChhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHHHH
Q 011917 22 GRWSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDIGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVA 101 (475)
Q Consensus 22 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~i~~i~~l~~~i~~p~~G~l~Dr~Grr~~~l~~~~~~~~ 101 (475)
+++......+..+...+......+++|.+.++.|+|..++|++.+++.+...+.+|+.|+++||+||||.+ +.+.+..+
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l-~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 24 YIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGI-ITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHH-HHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHH-HHHHHHHH
Confidence 34445556666677777778888888888777899999999999999999999999999999999999984 55555555
Q ss_pred HHHHHhcCCccCCccCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhhhcccCCCccchhhHhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011917 102 VSFSSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYA 181 (475)
Q Consensus 102 ~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~R~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 181 (475)
++.++... .. . ..+.+.. ...+ .+.+++.+...++..+++.+..+ +++|++..++.+....+|..+++.
T Consensus 103 ~~~~~~~~--~~--~--~~~~~~l-~~~~---~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~ 171 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWP--AA--E--IMNYTLF-LVGL---FIIAAGLGCLETAANPFVTVLGP-ESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVV 171 (438)
T ss_dssp HHHHHHHH--HH--H--TTCHHHH-HHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC-STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHh--cc--c--cccHHHH-HHHH---HHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcC-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 55544310 00 0 1122222 2222 27888888888899999999987 788999999999999999999988
Q ss_pred HHHHHH-HhhccCCc---------------cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-ccccccccc-ccCCCcchHHHH
Q 011917 182 IAFIVF-SVSTAKTH---------------ADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLS-RTEEPRLKM-GLRGNSHARISW 243 (475)
Q Consensus 182 ~~~~l~-~~~~~~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~-~~~e~~~~~-~~~~~~~~~~~~ 243 (475)
+++.+. ...+..+. .+...+||+.+++.+.+.++..++.++ ..||+++++ +++++++.++++
T Consensus 172 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 251 (438)
T 3o7q_A 172 FGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAKQGSFSASL 251 (438)
T ss_dssp HTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSSTTSHHHHH
T ss_pred HHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccccccccccchhhhH
Confidence 887776 32210000 001123999987776655555444333 344433322 223344556788
Q ss_pred HHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHH-HhhhcccccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhHHHHH
Q 011917 244 AYWFKKILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFY-VINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRLKAYYS 321 (475)
Q Consensus 244 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~y-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~r~k~~~~ 321 (475)
++++|+|+++...+..++..........++|.| +++..|.++.+.+.......++.+++.++.+++ +|+++ |+.+.
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~--~~~~~ 329 (438)
T 3o7q_A 252 SRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAP--HKVLA 329 (438)
T ss_dssp HHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCH--HHHHH
T ss_pred HHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--hHHHH
Confidence 999999998888887777777788888999999 888779998888877777778888888887765 44444 56666
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhccCCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011917 322 AGGVLWVFCGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQ 401 (475)
Q Consensus 322 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~ig~~ig~~l~~ 401 (475)
.+..+..++.+...+.+ +.+. .....+.|++.+...+....+..+..+++ ++ ...++.. ...+|..+++.+.+
T Consensus 330 ~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~-~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~--~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g 402 (438)
T 3o7q_A 330 AYALIAMALCLISAFAG--GHVG-LIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TK--YGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMG 402 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHCC--HHHH-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HH--HHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHcC--CcHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-cc--chhhHHH-HHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77776666655555543 3333 34457778888888887777766666655 55 4455544 45688888888777
Q ss_pred Hhccc
Q 011917 402 SYQSM 406 (475)
Q Consensus 402 ~~~~~ 406 (475)
.+.+.
T Consensus 403 ~l~~~ 407 (438)
T 3o7q_A 403 FVSDA 407 (438)
T ss_dssp HHHHH
T ss_pred HHHHH
Confidence 66543
No 3
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.95 E-value=8.6e-25 Score=221.57 Aligned_cols=353 Identities=9% Similarity=-0.037 Sum_probs=232.1
Q ss_pred ceehccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH------cCCChhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhc-cCCcchhHHHHH
Q 011917 25 SVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTD------IGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDR-FGHFKIWHGAGS 97 (475)
Q Consensus 25 ~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~------~g~s~~~~g~i~~i~~l~~~i~~p~~G~l~Dr-~Grr~~~l~~~~ 97 (475)
..+......+.....+....++++.|+++ .|.|..+.|++.+++.+...+.+|+.|+++|| +||||.+ ..+.
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~-~~~~ 92 (491)
T 4aps_A 14 GLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAV-FWGG 92 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHH-HHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHH-HHHH
Confidence 34455556666677777777888888876 69999999999999999999999999999999 8999984 5555
Q ss_pred HHHHHHHHHhcCCccCCccCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhhhcccCCCccc--hhhHhhHHHHHHHHH
Q 011917 98 VLVAVSFSSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTS--RVVLTSCRNAFTMVA 175 (475)
Q Consensus 98 ~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~--R~~~~~~~~~~~~~g 175 (475)
+..+++.++... . .+.+.. ...+ .+.+++.+...++..+++.|..+ +++ |++..+..+....+|
T Consensus 93 ~~~~~~~~~~~~-------~--~~~~~~-~~~~---~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g 158 (491)
T 4aps_A 93 VLIMLGHIVLAL-------P--FGASAL-FGSI---ILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYD-EHDRRRDAGFSIFVFGINLG 158 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHS-------C--CSTTHH-HHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS-SCTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHH-------h--hhHHHH-HHHH---HHHHHHHHhccchHHHHHHHHcC-cccccceeeehHHHHHHHHH
Confidence 555555543331 1 122222 2222 26788888888888999999987 555 666777777888888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhccCCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccc----ccccCCCc-chHHHHHH-----
Q 011917 176 NLSLYAIAFIVFSVSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRL----KMGLRGNS-HARISWAY----- 245 (475)
Q Consensus 176 ~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~----~~~~~~~~-~~~~~~~~----- 245 (475)
..+++.+++.+.. ..+||+.+++.++..++..++.+...++..+ +++++.++ +.++..+.
T Consensus 159 ~~~~~~~~~~l~~----------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l 228 (491)
T 4aps_A 159 AFIAPLIVGAAQE----------AAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAV 228 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH----------HSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHh----------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHH
Confidence 8888888777653 3579999888766555554444322222111 11111111 11110000
Q ss_pred ------------------------------------------------HHhc--hhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHH
Q 011917 246 ------------------------------------------------WFKK--ILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAF 275 (475)
Q Consensus 246 ------------------------------------------------l~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 275 (475)
..++ ...+...+...+..........++|.
T Consensus 229 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 308 (491)
T 4aps_A 229 AGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLAT 308 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHH
Confidence 0011 11233344445555566677888999
Q ss_pred HHhhhcccccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhhh---HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-------CCchHHH
Q 011917 276 YVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRL---KAYYSAGGVLWVFCGAGILIL-------PMNMSAF 344 (475)
Q Consensus 276 y~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~r~---k~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~ 344 (475)
|..+..+.+....+.......++.+++.++.+++ +|+++|. .+.+..+..+..++...+... ...+.+.
T Consensus 309 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 388 (491)
T 4aps_A 309 FAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLW 388 (491)
T ss_dssp HHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHH
T ss_pred HHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHH
Confidence 9988777765555666666666777777776664 5555542 122335666655554444331 1124455
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhccCCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011917 345 MYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQ 404 (475)
Q Consensus 345 ~~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~ig~~ig~~l~~~~~ 404 (475)
..+..++.|++.+...+....+..+..|++.+| ...|+.+....+|..+++.+.+.+.
T Consensus 389 ~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g--~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~ 446 (491)
T 4aps_A 389 LVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNS--QMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYN 446 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSS--SSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 566777888988887888888888899999999 8889999999999999998877665
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.95 E-value=1.3e-27 Score=233.78 Aligned_cols=343 Identities=12% Similarity=0.024 Sum_probs=242.8
Q ss_pred ccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCChhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011917 29 YGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDIGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAVSFSSVF 108 (475)
Q Consensus 29 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~i~~i~~l~~~i~~p~~G~l~Dr~Grr~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 108 (475)
..++.+..........+.+|.+.++.|.|+.+.|++.++..+...+.+|+.|+++||+||||.++ .+.....++.....
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~-~~~~~~~~~~~~~~ 83 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVIL-VGMSIFMLATLVAV 83 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCH-HHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHH-HHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34455666777777888888887777999999999999999999999999999999999999855 45555555543332
Q ss_pred CCccCCccCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhhhcccCCCccchhhHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011917 109 GGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYAIAFIVFS 188 (475)
Q Consensus 109 ~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~R~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~ 188 (475)
. ..+.+. +...+ .+.+++.+...+...+++.|..+ +++|++..+..+....+|..+++.+++.+.
T Consensus 84 ~---------~~~~~~-l~~~~---~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~- 148 (375)
T 2gfp_A 84 T---------TSSLTV-LIAAS---AMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYE-RTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLD- 148 (375)
T ss_dssp H---------HHHHHH-HHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS-
T ss_pred H---------hccHHH-HHHHH---HHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH-
Confidence 1 012222 22222 26778888888888899999886 678999999999998888888777665543
Q ss_pred hhccCCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccccccccccCCCcchHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011917 189 VSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKMGLRGNSHARISWAYWFKKILYYQVALVYMLTRLVVNV 268 (475)
Q Consensus 189 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 268 (475)
...+||+.+++.+++.++..++.++..||+++++ +++++.++++++++|||+++...+..++.......
T Consensus 149 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 217 (375)
T 2gfp_A 149 ---------TMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVD--APRTRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAA 217 (375)
T ss_dssp ---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTT--CCCCCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---------HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCC--cccccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2468999998887777666654556667754332 22223445667888999988888877877778888
Q ss_pred hhHHHHHHHhhhcccccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHH-HHHHHHH--HhhcCCchHHHH
Q 011917 269 SQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEMAWTGQRLKAYYSAGGVL-WVFCGAG--ILILPMNMSAFM 345 (475)
Q Consensus 269 ~~~~~~~y~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~k~~~~~~~~~-~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~ 345 (475)
...+.|.|+++..|.++.+.+.......++.+++.++.+ ++.||.++....+... ...+... ....+.++.+..
T Consensus 218 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 294 (375)
T 2gfp_A 218 FEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAG---RPNKRFSTLMWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTL 294 (375)
T ss_dssp HHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHH---TTTTHHHHHHHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHH
Confidence 889999999888888887777777776777777776654 4456553333333333 2222111 111111244555
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhccCCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011917 346 YVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQ 404 (475)
Q Consensus 346 ~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~ig~~ig~~l~~~~~ 404 (475)
.+...+.|++.+...+....+..+..| +++| ...|+.+...++|..+++.+.+.+.
T Consensus 295 ~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g--~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~ 350 (375)
T 2gfp_A 295 LVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAG--TAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLP 350 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHH--HHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccc--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 566778889998888877777777777 6777 8999999999998888877666554
No 5
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.93 E-value=1.5e-25 Score=222.39 Aligned_cols=356 Identities=10% Similarity=0.056 Sum_probs=199.2
Q ss_pred CccceehccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHc-CCChhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHHH
Q 011917 22 GRWSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDI-GLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLV 100 (475)
Q Consensus 22 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-g~s~~~~g~i~~i~~l~~~i~~p~~G~l~Dr~Grr~~~l~~~~~~~ 100 (475)
+.++........+.....+....+++|.|+++. |+|+.++|++.++..+...+.+|++|+++||+||||++++...+ .
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~-~ 83 (417)
T 2cfq_A 5 KNTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITG-M 83 (417)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHH-T
T ss_pred cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHH-H
Confidence 334444444444555566667778999999886 99999999999999999999999999999999999986543332 2
Q ss_pred HHHHHHhcCCccCCccCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhhhcccCCC-ccchhhHhhHHHHHHHHHHHHH
Q 011917 101 AVSFSSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLN-STSRVVLTSCRNAFTMVANLSL 179 (475)
Q Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~-~~~R~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 179 (475)
.+.....+. .. .... ........+. +.+.+.+....+..+...+..++ +++|+...+.......+|..++
T Consensus 84 ~~~~~~~~~--~~--~~~~--~~~~~~~~~~---~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~ 154 (417)
T 2cfq_A 84 LVMFAPFFI--FI--FGPL--LQYNILVGSI---VGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALG 154 (417)
T ss_dssp TSCHHHHHH--HT--HHHH--HHTTCCHHHH---GGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHH--HH--HHHH--HHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 211000000 00 0000 0000000110 11111111111112222222211 2334444444444556676676
Q ss_pred HHHHHHHHHhhccCCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccccc--cc----CCCcchHHHHHHHHhchhHH
Q 011917 180 YAIAFIVFSVSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKM--GL----RGNSHARISWAYWFKKILYY 253 (475)
Q Consensus 180 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~--~~----~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~ 253 (475)
+.+++.+.. .+|++.+++.++.+++..+..+...||+++.. ++ ++++...+++++++|+|+++
T Consensus 155 ~~l~~~l~~-----------~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 223 (417)
T 2cfq_A 155 ASIVGIMFT-----------INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGANHSAFSLKLALELFRQPKLW 223 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHH-----------HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSSSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHH-----------hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccccccccccccccccccHHHHHHHhcCCchh
Confidence 666655542 35788777665554444444333344432111 00 11111234567788999887
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhccc---ccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhHHHHHHHHHHHHH
Q 011917 254 QVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRM---GQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRLKAYYSAGGVLWVF 329 (475)
Q Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~y~~~~~g~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~r~k~~~~~~~~~~~~ 329 (475)
...+..++..........++|.|+.+..+. +....+....+..++.+++.++.+++ +|+++ |+.+..+..+.++
T Consensus 224 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~--~~~l~~~~~~~~~ 301 (417)
T 2cfq_A 224 FLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGG--KNALLLAGTIMSV 301 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCH--HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcH--HHHHHHHHHHHHH
Confidence 666554444444555556788887665442 22333444444445556666665554 44443 5566666666666
Q ss_pred HHHHHhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhccCCCccchhhhhH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011917 330 CGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGT-LSFLDKMSCGIAVYVLQSYQ 404 (475)
Q Consensus 330 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~-~~~~~~ig~~ig~~l~~~~~ 404 (475)
+...+.+. ++.+.+++...+.+++.+...+....+..+..|++.+| ..++. ++....+|+.+++.+.+.+.
T Consensus 302 ~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g--~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~ 373 (417)
T 2cfq_A 302 RIIGSSFA--TSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSA--TIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMY 373 (417)
T ss_dssp HHHHHTTC--CSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHH--HHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHH
T ss_pred HHHHHHHh--ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHH--HHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHH
Confidence 54444333 24444455555667776666666677788888888888 66776 46777788888888877654
No 6
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.91 E-value=1.5e-22 Score=204.93 Aligned_cols=412 Identities=12% Similarity=0.028 Sum_probs=225.1
Q ss_pred hccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHc----C----CChhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHH
Q 011917 28 YYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDI----G----LSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVL 99 (475)
Q Consensus 28 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~----g----~s~~~~g~i~~i~~l~~~i~~p~~G~l~Dr~Grr~~~l~~~~~~ 99 (475)
.-++|.+..+.+.+.++..+|...++. + .+..+.|++.+++.+...++.+++|+++||+|||+.+++...+.
T Consensus 16 ~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~ 95 (491)
T 4gc0_A 16 VATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLF 95 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHH
Confidence 335666666666666666666555443 2 23567899999999999999999999999999999855544443
Q ss_pred HHHHHHHhcCCccCCccC----------CccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhhhcccCCCccchhhHhhHHH
Q 011917 100 VAVSFSSVFGGCMPCRIL----------STSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRN 169 (475)
Q Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~p~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~R~~~~~~~~ 169 (475)
...+....+. +.... ......+.++..+ .+.|++.+...+...+++.|..| +++|++..+..+
T Consensus 96 ~i~~i~~a~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R---~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p-~~~rg~~~~~~~ 168 (491)
T 4gc0_A 96 FISGVGSAWP---ELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYR---IIGGIGVGLASMLSPMYIAELAP-AHIRGKLVSFNQ 168 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHCT---TTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSC-GGGHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHH---hhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCC-HHhhhhhHHhhh
Confidence 3333333331 10000 0011222233333 37888888888888899999997 889999999998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccccccc---cccCCC----------
Q 011917 170 AFTMVANLSLYAIAFIVFSVSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLK---MGLRGN---------- 236 (475)
Q Consensus 170 ~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~---~~~~~~---------- 236 (475)
.+...|.+.+..++..+........ .....||+.+.+..+..++..+.. +..||+++. +.++++
T Consensus 169 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~ 245 (491)
T 4gc0_A 169 FAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASW--LNTDGWRYMFASECIPALLFLMLL-YTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMG 245 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTT--TTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHG-GGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhcchhhcccccccc--ccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhh-hcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcC
Confidence 8888888887776655543322111 124578888877666665554443 556665321 000000
Q ss_pred --------cchHHH---------HHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhcccccchhhhHhHHHHHHH
Q 011917 237 --------SHARIS---------WAYWFKKILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICS 299 (475)
Q Consensus 237 --------~~~~~~---------~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~y~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 299 (475)
.+.++. ....++.+..........+..........++..++.+..+.+............+..
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 325 (491)
T 4gc0_A 246 NTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVIN 325 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHH
Confidence 000000 001111222222222222222222223334444444555655544444444445566
Q ss_pred HHHHHHHHHH-HHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--cCCchHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhHhhhhhhhccCCC
Q 011917 300 FIVSILLQEM-AWTGQRLKAYYSAGGVLWVFCGAGILI--LPMNMSAFMYVLAIFVGIANAL-MMVTGISMQNVLVGEDL 375 (475)
Q Consensus 300 ~~~~~~~~~~-~~~~~r~k~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~l~g~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~ 375 (475)
+++.++..++ +|++| |+.+..+.....++...+.. ....+.+...+...+...+.+. ..+....+..+..|.+.
T Consensus 326 ~~~~~~~~~l~dr~Gr--r~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~ 403 (491)
T 4gc0_A 326 LTFTVLAIMTVDKFGR--KPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAI 403 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCS--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhcC--cchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhH
Confidence 6666666654 56665 55555555555444333322 1222222222222222222222 23455677888889998
Q ss_pred ccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCccccCCCcccccccccCCCCCcHHHHHHHHHHHhhHhHHHHHHHHHH
Q 011917 376 SGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQSMSPTVLDNNSSITSLTVLDNNSLISTSYISVTRFGLGLIPAICSLVSVAV 455 (475)
Q Consensus 376 ~G~~~~~~~~~~~~~ig~~ig~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 455 (475)
++ ...|+.+...++++.+++.+...+...... ....+....+.+..+++.+..+++
T Consensus 404 R~--~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~----------------------~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~ 459 (491)
T 4gc0_A 404 RG--KALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWL----------------------VAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFM 459 (491)
T ss_dssp HH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHH----------------------HHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----------------------HhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88 778888888888888887765544311000 000011112333333444444455
Q ss_pred HhhccCCccChhhhHhhhcC
Q 011917 456 TFTMKLHTPYSKPLVEPLLQ 475 (475)
Q Consensus 456 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~ 475 (475)
+++.|+||.+..|+-|+++|
T Consensus 460 ~~~~PETkg~tLeei~~~f~ 479 (491)
T 4gc0_A 460 WKFVPETKGKTLEELEALWE 479 (491)
T ss_dssp HHHCCCCTTCCHHHHGGGTC
T ss_pred HheecCCCCCCHHHHHHHhC
Confidence 67889999877666666654
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.90 E-value=4.4e-22 Score=203.35 Aligned_cols=353 Identities=9% Similarity=-0.028 Sum_probs=207.2
Q ss_pred ceehccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHc-C------CChhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcc-CCcchhHHHH
Q 011917 25 SVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDI-G------LSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRF-GHFKIWHGAG 96 (475)
Q Consensus 25 ~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-g------~s~~~~g~i~~i~~l~~~i~~p~~G~l~Dr~-Grr~~~l~~~ 96 (475)
......+..+.....+....++++.|+++. | .|+.+.|++.+++.+...+..++.|+++||+ ||||.++ .+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~-~~ 91 (524)
T 2xut_A 13 QIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTIL-WL 91 (524)
T ss_dssp CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHH-HH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHH-HH
Confidence 344455666677777777888999999886 9 9999999999999999999999999999999 9999854 45
Q ss_pred HHHHHHHHHHhcCCccCCccCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhhhcccCCCccchhhHhhH---HHHHHH
Q 011917 97 SVLVAVSFSSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSC---RNAFTM 173 (475)
Q Consensus 97 ~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~R~~~~~~---~~~~~~ 173 (475)
.+..+++.++... .. .+.+...+.. .+.+++.+...++..+++.+..+ +++|++..+. .+....
T Consensus 92 ~~~~~~~~~~~~~-------~~-~~~~~~~~~~----~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~r~~~~~~~~~~~~~~~ 158 (524)
T 2xut_A 92 SLIYCVGHAFLAI-------FE-HSVQGFYTGL----FLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFD-QSNKSLAQKAFDMFYFTIN 158 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH-------TS-SCHHHHHHHH----HHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCS-TTTTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHH-------hc-ccHHHHHHHH----HHHHHhccccchhHHHHHHHHcC-ccchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5555555433321 11 1222222222 26788888888888999999987 6777665555 777778
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhccCCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccccccc-CCCcch-------------
Q 011917 174 VANLSLYAIAFIVFSVSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKMGL-RGNSHA------------- 239 (475)
Q Consensus 174 ~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~~~-~~~~~~------------- 239 (475)
+|..+++.+++.+.. ..+|++.+++.+++.++..++.+...++.++.+++ ++..+.
T Consensus 159 ~g~~~g~~~~~~l~~----------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 228 (524)
T 2xut_A 159 FGSFFASLSMPLLLK----------NFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVE 228 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHTSTHHHH----------TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhc----------cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhc
Confidence 888887776665542 34799998887776665555443322221111000 000000
Q ss_pred -HH--------------------------------------------HHHHHH-----------hc-hhHHHHHHHHH--
Q 011917 240 -RI--------------------------------------------SWAYWF-----------KK-ILYYQVALVYM-- 260 (475)
Q Consensus 240 -~~--------------------------------------------~~~~l~-----------~~-~~~~~~~~~~~-- 260 (475)
.+ +++++. ++ ++.+.......
T Consensus 229 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 308 (524)
T 2xut_A 229 GKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALV 308 (524)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTS
T ss_pred ccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00 000000 11 11111111111
Q ss_pred -HHHHHHHhhhHHHHHHHhhhccccc-chhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHH-----HHHHhhhh--HHHHHHHHHHHHHHH
Q 011917 261 -LTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQ-SAKALVPAIIYICSFIVSILLQE-----MAWTGQRL--KAYYSAGGVLWVFCG 331 (475)
Q Consensus 261 -~~~~~~~~~~~~~~~y~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~r~--k~~~~~~~~~~~~~~ 331 (475)
+..........+++.+..+ .+.+. ...+.+.....++.++..++.++ .+|.++|. ++.+.++..+..++.
T Consensus 309 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 387 (524)
T 2xut_A 309 TPFWSLFDQKASTWILQAND-MVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSW 387 (524)
T ss_dssp HHHHTTTSSTTTHHHHHHHH-SCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccchhhHHhHHh-cCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 1111111222334444332 22211 01222222222233333333322 23333322 244556666666665
Q ss_pred HHHhhcC-------CchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhccCCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011917 332 AGILILP-------MNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQ 404 (475)
Q Consensus 332 ~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~ig~~ig~~l~~~~~ 404 (475)
+.+.+.+ ..+.+...+..++.|++.+...+....+..+..|++.+| ..+|+.+....+|+.+++.+.+.+.
T Consensus 388 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g--~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~ 465 (524)
T 2xut_A 388 IVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKG--TIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVK 465 (524)
T ss_dssp HTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCT--TTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHh--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 5544432 124455566778899999999998889999999999999 8899999999999999999988775
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.23 E-value=7.5e-11 Score=117.31 Aligned_cols=176 Identities=9% Similarity=-0.028 Sum_probs=122.1
Q ss_pred cceehccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHc-CCChhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcc--CCcchhHHHHHHHH
Q 011917 24 WSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDI-GLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRF--GHFKIWHGAGSVLV 100 (475)
Q Consensus 24 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-g~s~~~~g~i~~i~~l~~~i~~p~~G~l~Dr~--Grr~~~l~~~~~~~ 100 (475)
+..+...+..+...........++|.|+++. |.++.+.|++.++..+...+..++.|+++||+ |||+.++....+..
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 331 (451)
T 1pw4_A 252 KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLV 331 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHH
Confidence 3344556666666677777888999999996 99999999999999999999999999999999 98887544444333
Q ss_pred HHHHHHhcCCccCCccCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhhhcccCCCccchhhHhhHHHHHHHH-HHHHH
Q 011917 101 AVSFSSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMV-ANLSL 179 (475)
Q Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~R~~~~~~~~~~~~~-g~~~~ 179 (475)
.++...... ......+...... .+.+.+.+.......++..+..+ +++|++..++.+....+ |..++
T Consensus 332 ~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~----~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 399 (451)
T 1pw4_A 332 TIATIVYWM-------NPAGNPTVDMICM----IVIGFLIYGPVMLIGLHALELAP-KKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAA 399 (451)
T ss_dssp HHHHHHTTS-------CCTTCHHHHHHHH----HHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSC-TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHH-------hcccCHHHHHHHH----HHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhc-hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 244433321 1111222222222 24566666666667788888876 67899999999998888 98888
Q ss_pred HHHHHHHHHhhccCCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011917 180 YAIAFIVFSVSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFL 221 (475)
Q Consensus 180 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~ 221 (475)
+.+.+.+.+. .+|+..+++.+++.++..++.+
T Consensus 400 ~~~~g~l~~~----------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 431 (451)
T 1pw4_A 400 SAIVGYTVDF----------FGWDGGFMVMIGGSILAVILLI 431 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHS----------SCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHh----------cCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8887777642 2466666666555555444443
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.03 E-value=1.3e-08 Score=102.46 Aligned_cols=150 Identities=15% Similarity=0.090 Sum_probs=118.1
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhh-----cccccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HH-HhhhhHHHHHHH
Q 011917 251 LYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVIND-----LRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AW-TGQRLKAYYSAG 323 (475)
Q Consensus 251 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~y~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~-~~~r~k~~~~~~ 323 (475)
.++......++.....+....+++.|+.+. .|.+..+.+++.....++..++.++.+++ +| +++ |+.+..+
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~--r~~~~~~ 91 (491)
T 4aps_A 14 GLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGA--RPAVFWG 91 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCH--HHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccc--hHHHHHH
Confidence 455666666777777888889999999887 89999888888888888888888888775 44 344 6788888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhccCCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011917 324 GVLWVFCGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSY 403 (475)
Q Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~ig~~ig~~l~~~~ 403 (475)
..+..++.+...+. ++.+.+++..++.|++.+...+....+..+..++++++.+..++..+....+|..+++.+.+.+
T Consensus 92 ~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l 169 (491)
T 4aps_A 92 GVLIMLGHIVLALP--FGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAA 169 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSC--CSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHh--hhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88887776666553 3566667788899999999999888998888887774433788888888899999998888776
Q ss_pred c
Q 011917 404 Q 404 (475)
Q Consensus 404 ~ 404 (475)
.
T Consensus 170 ~ 170 (491)
T 4aps_A 170 Q 170 (491)
T ss_dssp H
T ss_pred H
Confidence 5
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.02 E-value=1.1e-08 Score=101.15 Aligned_cols=141 Identities=16% Similarity=0.127 Sum_probs=107.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhcccccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-
Q 011917 257 LVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRLKAYYSAGGVLWVFCGAGI- 334 (475)
Q Consensus 257 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~y~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~r~k~~~~~~~~~~~~~~~~~- 334 (475)
+..++............|. +.++.|.+..+.+++.....++..++.++.+++ +|+++ |+.+.++..+..++.++.
T Consensus 33 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~--r~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 109 (438)
T 3o7q_A 33 SLFFLWAVANNLNDILLPQ-FQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSY--KAGIITGLFLYALGAALFW 109 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhHHHHHHH-HHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcc--hHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3444444444555555665 556779999888888888888888888887765 44444 677888888888776665
Q ss_pred --hhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhccCCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011917 335 --LILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQ 404 (475)
Q Consensus 335 --~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~ig~~ig~~l~~~~~ 404 (475)
.+ .++.+.+++..++.|++.+...+....+..+..++++++ ...+..+....+|..+++.+.+.+.
T Consensus 110 ~~~~--~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~--~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 177 (438)
T 3o7q_A 110 PAAE--IMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGH--FRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLI 177 (438)
T ss_dssp HHHH--TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH
T ss_pred hccc--cccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33 246777778889999999999999999999999999998 7888889999999999988776654
No 11
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=98.97 E-value=4.8e-09 Score=103.39 Aligned_cols=164 Identities=10% Similarity=0.037 Sum_probs=103.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHc-C---CChhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHhcCCccCCc
Q 011917 40 AACWFTYLLLFLTDI-G---LSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAVSFSSVFGGCMPCR 115 (475)
Q Consensus 40 ~~~~~~~l~~~~~~~-g---~s~~~~g~i~~i~~l~~~i~~p~~G~l~Dr~Grr~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~ 115 (475)
+......+|.|+++. + .+....|...++..+...+..++.|+++||+||||.. ..+....++......
T Consensus 236 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l-~~~~~~~~~~~~~~~------- 307 (417)
T 2cfq_A 236 YDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNAL-LLAGTIMSVRIIGSS------- 307 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHT-------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHH-------
Confidence 334444577788775 4 2355678888888888889999999999999998874 445554544433222
Q ss_pred cCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhHhhhhhhhcccCCCccchhhHhhHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCC
Q 011917 116 ILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCR-NAFTMVANLSLYAIAFIVFSVSTAKT 194 (475)
Q Consensus 116 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~R~~~~~~~-~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~ 194 (475)
... +.+.. .... .+.+.+.+....+..++.+|..| ++.|+...+.. +....+|..+++.+.+.+.+
T Consensus 308 ~~~--~~~~~-~~~~---~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~------ 374 (417)
T 2cfq_A 308 FAT--SALEV-VILK---TLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFE-VRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE------ 374 (417)
T ss_dssp TCC--SHHHH-HHHT---THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC-HHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH------
T ss_pred Hhc--cHHHH-HHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH------
Confidence 111 11111 1111 13344444455556677888876 67888877763 56666788887777766653
Q ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccccc
Q 011917 195 HADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPR 228 (475)
Q Consensus 195 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~ 228 (475)
..++...+.+.+++.++..++.+...||++
T Consensus 375 ----~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 375 ----SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp ----HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred ----hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 346777777777777666666556566644
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.89 E-value=2.3e-08 Score=101.50 Aligned_cols=152 Identities=9% Similarity=-0.024 Sum_probs=114.1
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhcc------cccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHH-hhhhHHHHH
Q 011917 250 ILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLR------MGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWT-GQRLKAYYS 321 (475)
Q Consensus 250 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~y~~~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~~r~k~~~~ 321 (475)
|.++.+.+..++.....+....+++.|+.++.| .++.+.+++.....++..++.++.+++ +|+ ++ |+.+.
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~--r~~~~ 89 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGK--YNTIL 89 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCS--HHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--hHHHH
Confidence 445666667777777888888999999998888 888888888888888888888887775 444 44 67777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhccCCCccc-hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011917 322 AGGVLWVFCGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGC-AFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVL 400 (475)
Q Consensus 322 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~-~~~~~~~~~~~~ig~~ig~~l~ 400 (475)
++..+..++.+...+.+ .+.+.+++..++.|++.+...+....+..+..+++++|. ...++..+....+|..+++.+.
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 168 (524)
T 2xut_A 90 WLSLIYCVGHAFLAIFE-HSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSM 168 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTS-SCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 78777777766655533 255666777889999999998888888888888888871 1234447788888888888776
Q ss_pred HHhc
Q 011917 401 QSYQ 404 (475)
Q Consensus 401 ~~~~ 404 (475)
+.+.
T Consensus 169 ~~l~ 172 (524)
T 2xut_A 169 PLLL 172 (524)
T ss_dssp THHH
T ss_pred HHHh
Confidence 6554
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=98.79 E-value=4.2e-08 Score=94.93 Aligned_cols=142 Identities=10% Similarity=0.064 Sum_probs=106.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhhhcccccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011917 256 ALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRLKAYYSAGGVLWVFCGAGI 334 (475)
Q Consensus 256 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~y~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~r~k~~~~~~~~~~~~~~~~~ 334 (475)
.+..++...........+|.+. ++.|.++.+.++......++..++.++.+++ +|.++ |+.+..+..+..++....
T Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~--r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 6 VLLVAVGQMAQTIYIPAIADMA-RDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGR--RPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCC--CCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHH-HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCC--chhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3344455555555666666654 5678888888888888888888888887765 33333 667777777777776665
Q ss_pred hhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhccCCCccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011917 335 LILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQ 404 (475)
Q Consensus 335 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~~~~~~~~~~~~~ig~~ig~~l~~~~~ 404 (475)
.+. ++.+.+++..++.|++.+...+....+..+..++++++ ..++..+....+|..+++.+.+.+.
T Consensus 83 ~~~--~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~ 148 (375)
T 2gfp_A 83 VTT--SSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLR--HANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLD 148 (375)
T ss_dssp HHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCC--SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHh--ccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH
Confidence 554 36667777888999999999998888888888888888 8889999999999999998887765
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=98.74 E-value=6.6e-08 Score=97.16 Aligned_cols=174 Identities=13% Similarity=0.009 Sum_probs=104.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHcCCChhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHhcCCccCCccCCccc
Q 011917 42 CWFTYLLLFLTDIGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAVSFSSVFGGCMPCRILSTST 121 (475)
Q Consensus 42 ~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~i~~i~~l~~~i~~p~~G~l~Dr~Grr~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~ 121 (475)
.+..|.+.+.++.+.+.........+..+...+..++.+++.||+|||+.. +.+.....++...+.. . ......
T Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~-~~~~~~~~~~~~~l~~---~--~~~~~~ 368 (491)
T 4gc0_A 295 VVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQ-IIGALGMAIGMFSLGT---A--FYTQAP 368 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHH---H--HHTTCC
T ss_pred HHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchh-ccchHHHHHHHHHHHH---H--Hhcccc
Confidence 344556666666688888888888888888999999999999999998874 4444444443322210 0 001111
Q ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHhH-hhhhhhhcccCCCccchhhHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCccchHH
Q 011917 122 LKVETISYCVFAAIFNVGWAATQ-VAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYAIAFIVFSVSTAKTHADLEN 200 (475)
Q Consensus 122 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~-~~~~al~~~~~~~~~~R~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 200 (475)
......... +...+++... .....+.+|+.| .+.|++..++......+++.+++.+.+.+..... .....
T Consensus 369 ~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fP-t~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~----~~~~~ 439 (491)
T 4gc0_A 369 GIVALLSML----FYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFP-NAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSW----LVAHF 439 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHH----HHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSC-TTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHH----HHHHH
T ss_pred hHHHHHHHH----HHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCC-HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HHhhh
Confidence 111111111 1222222211 223466788887 6789999999888888888887766554432110 00122
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccccccc
Q 011917 201 QYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLK 230 (475)
Q Consensus 201 ~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~ 230 (475)
++...+++.+.++++..++.+++.||++..
T Consensus 440 ~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 440 HNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 344566677777888878778889997643
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=43.64 E-value=5.7 Score=20.03 Aligned_cols=13 Identities=38% Similarity=0.833 Sum_probs=10.6
Q ss_pred hhhhhhhccCCcc
Q 011917 78 FIGELIDRFGHFK 90 (475)
Q Consensus 78 ~~G~l~Dr~Grr~ 90 (475)
++|.+..++|||.
T Consensus 2 lfgklikkfgrka 14 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKA 14 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHH
Confidence 4788999999864
Done!