Query 011997
Match_columns 473
No_of_seqs 451 out of 1340
Neff 11.1
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 19:34:20 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/011997.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/011997hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.2E-37 4.1E-42 301.7 27.3 375 40-448 27-412 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 4.6E-36 1.6E-40 289.4 34.7 370 38-448 23-410 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.6E-34 8.9E-39 281.3 31.0 385 47-446 18-433 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 7E-34 2.4E-38 268.3 20.0 350 44-448 3-355 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 6.6E-31 2.3E-35 257.1 25.6 377 41-445 13-448 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 1.6E-28 5.4E-33 234.6 14.7 363 41-448 7-378 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 4.7E-27 1.6E-31 231.7 16.1 375 43-445 14-467 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 1.7E-14 5.9E-19 138.9 14.8 174 41-236 252-433 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 6E-13 2E-17 126.7 14.7 141 84-240 261-404 (417)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 6.8E-13 2.3E-17 127.2 15.3 145 42-195 259-406 (438)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 1.6E-11 5.5E-16 119.5 14.5 146 44-195 286-447 (491)
12 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 5E-12 1.7E-16 123.1 9.9 181 46-242 282-469 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.0 4.7E-11 1.6E-15 111.9 0.4 146 41-195 199-351 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 98.9 1.2E-08 4E-13 100.1 12.9 156 282-448 12-177 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 56.2 3.3 0.00011 19.6 0.5 14 101-114 2-15 (26)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.2e-37 Score=301.67 Aligned_cols=375 Identities=12% Similarity=0.028 Sum_probs=284.6
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHHHhcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccCCchhhHHHH
Q 011997 40 ITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (473)
Q Consensus 40 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~ 119 (473)
++.+..+++..+...++.....+.+|.+.+++ .+..+ .|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~ 99 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGD------LGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGL 99 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSC------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHH
Confidence 44556677788888889999999999999999 99998 999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhc----cccHHHHHHHHHHHhhhcchhHhH-HHHhhhhccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 011997 120 ASVVIFNTLFGL----SVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLA 194 (473)
Q Consensus 120 ~~~~~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~l~ 194 (473)
++.+++.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+. .+++.|++|+++|++++++.+....+|..++|.+++++.
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 179 (451)
T 1pw4_A 100 ILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGM 179 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999 999999999999999998888775 999999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred cccccCCCccc-ccccccCCcchhHHHHHHHHHHHH-HHHHhhcccCcCCCCCCCcchhhhHHHhhHhHHHhhhhhcccC
Q 011997 195 QPAEKYPNLFS-SESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGV-TIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREA 272 (473)
Q Consensus 195 ~~~~~~~~~~g-w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (473)
+ .+| ||+.| .+.++..++. ++..+.+||++++.+.+++++....++.+ ..++.+++....+
T Consensus 180 ~-------~~g~w~~~f---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~ 242 (451)
T 1pw4_A 180 A-------WFNDWHAAL---------YMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDD-YNEKAEQELTAKQ 242 (451)
T ss_dssp H-------HTCCSTTCT---------HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC--------------CCTH
T ss_pred H-------HhccHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhccccccc-chhhhhccccccc
Confidence 7 566 77665 4555444443 44556788877654322211111100000 0000000111111
Q ss_pred CccccccccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhcCccccCCCCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhh-
Q 011997 273 TPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERIL- 351 (473)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~- 351 (473)
...++.+|+|.++...+..++..........+.|.|+.. .+|+++.+.+...+..+++.+++.+ ..+++.||+
T Consensus 243 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~l~~~~~ 316 (451)
T 1pw4_A 243 IFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKE-----VKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTL-LCGWMSDKVF 316 (451)
T ss_dssp HHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTT-----BSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHTS
T ss_pred chHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHh
Confidence 114677889999988888888877777777788877653 3589999999999999999999988 555666777
Q ss_pred -hhhHHHHHHHHHHH-HHHhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCcchhhHHHHHHHHHHH
Q 011997 352 -GPIMVARIAGVLTI-PLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMS 429 (473)
Q Consensus 352 -~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~ 429 (473)
++|+.+..+..+.. +++..+.+.. .... .......++.+.+.....+....+..|.+|++.|+++.|+.+...+
T Consensus 317 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~-~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 392 (451)
T 1pw4_A 317 RGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNP---AGNP-TVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGY 392 (451)
T ss_dssp TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCC---TTCH-HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc---ccCH-HHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHH
Confidence 78877776665554 4444333211 1122 2233344444555566677778899999999999999999999999
Q ss_pred H-HHHhhhhhhhHHHHHhhh
Q 011997 430 L-FKAAGPAGGGALFSWAQK 448 (473)
Q Consensus 430 ~-g~~~~~~~~g~l~~~~g~ 448 (473)
+ |..++|.+.|.+.++.+.
T Consensus 393 ~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~ 412 (451)
T 1pw4_A 393 LGGSVAASAIVGYTVDFFGW 412 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHSSCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcCc
Confidence 9 999999999999998764
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=4.6e-36 Score=289.41 Aligned_cols=370 Identities=14% Similarity=0.120 Sum_probs=280.3
Q ss_pred CChHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHHHhcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccCCchhhHH
Q 011997 38 LPITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIM 117 (473)
Q Consensus 38 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~ 117 (473)
..++.+..+++..++..++.....+..|.+.+++|.+..+ .|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++++
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~ 96 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQ------AGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIIT 96 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHH------HHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 3455666777788888888899999999999999999999 9999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHh---hccccHHHHHHHHHHHhhhcchhHhH-HHHhhhhccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011997 118 GTASVVIFNTLF---GLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFL 193 (473)
Q Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~l 193 (473)
+.++.+++.+++ +++++++.++++|++.|++.+...+. .++++|++|+++|++++++.+.+.++|..++|.+++.+
T Consensus 97 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 176 (438)
T 3o7q_A 97 GLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSL 176 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999 88999999999999999999888875 99999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred c-cccccCC----------CcccccccccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhh--cccCcCCCCCCCcchhhhHHHhhHh
Q 011997 194 A-QPAEKYP----------NLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFW--LPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESA 260 (473)
Q Consensus 194 ~-~~~~~~~----------~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 260 (473)
. +..+..+ ...+|+... ..+|+.++...+...++..+..++ .||++++.++++++
T Consensus 177 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~----------- 244 (438)
T 3o7q_A 177 ILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSL-VLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAKQ----------- 244 (438)
T ss_dssp HHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSST-----------
T ss_pred HhcccccccccccccCCcchhhhhhhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccccccccc-----------
Confidence 8 4110000 000000000 111566665555544444333333 34443322111111
Q ss_pred HHHhhhhhcccCCccccccccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHh-hcCccccCCCCCChhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011997 261 SAEVKEEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLW-ANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVF 339 (473)
Q Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~i~ 339 (473)
++.....++++|+|.++...+..++..........+.+.| ... .+|++..+.+.......++.+++
T Consensus 245 --------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (438)
T 3o7q_A 245 --------GSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEE-----IPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIG 311 (438)
T ss_dssp --------TSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----STTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --------cchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc-----cCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0111245677889999988888888777777777778877 443 25889999999999999999999
Q ss_pred HHhhHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCcchhhH
Q 011997 340 QLSLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGA 419 (473)
Q Consensus 340 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 419 (473)
.+ ..+++.||++||+.+..+.++..+...++.+.. ..+. .....+.+++.....+....+..|.+|++ +++
T Consensus 312 ~~-~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~--~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 382 (438)
T 3o7q_A 312 RF-TGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAG-----GHVG--LIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKY 382 (438)
T ss_dssp HH-HHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----HHHH--HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHH
T ss_pred HH-HHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC-----CcHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccc
Confidence 88 566677778999988888877766665544421 1111 22224444556667788888888888866 889
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhh
Q 011997 420 ANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFSWAQK 448 (473)
Q Consensus 420 ~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~ 448 (473)
+.++.. ...+|+.++|.+.|.+.|..|.
T Consensus 383 ~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~ 410 (438)
T 3o7q_A 383 GSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGN 410 (438)
T ss_dssp HHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred hhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 998877 6789999999999999999883
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2.6e-34 Score=281.32 Aligned_cols=385 Identities=14% Similarity=0.038 Sum_probs=269.6
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHHHhcccccc--hhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHH
Q 011997 47 WIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKRE--EDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVI 124 (473)
Q Consensus 47 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~ 124 (473)
.++.++.++|...++..+|.+.++++.+... ...+...|++.+++.+|..+|++++|+++||+|||++++++.+++.+
T Consensus 18 ~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i 97 (491)
T 4gc0_A 18 TLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFI 97 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4556777888899999999999888654322 22334489999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhh------------------ccccHHHHHHHHHHHhhhcchhHhH-HHHhhhhccccchhhhhHHHHHHHHHHHHH
Q 011997 125 FNTLFG------------------LSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLII 185 (473)
Q Consensus 125 ~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~ 185 (473)
++++++ +++|+++++++|+++|++.|...+. ..+++|+.|+++|++..+..+.+...|..+
T Consensus 98 ~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~ 177 (491)
T 4gc0_A 98 SGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLL 177 (491)
T ss_dssp HHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhh
Confidence 999988 4789999999999999999888875 999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhccccccCCCcccccccccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCcCCCCCCCcchhhhH--HHhhHhH--
Q 011997 186 GPALGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSY--DALESAS-- 261 (473)
Q Consensus 186 ~~~i~~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~-- 261 (473)
++.++..+.. ..++.... .+.||.++....+..++.++..+++||+|++...++++++... ++.....
T Consensus 178 ~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~ 249 (491)
T 4gc0_A 178 VYCVNYFIAR-------SGDASWLN-TDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLA 249 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHT-------TSCTTTTT-TTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhcchhhcc-------cccccccc-chhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchh
Confidence 9999988876 44444443 5668888888888888888888999999987544433332221 1111000
Q ss_pred ----HHhh--hhhcccCCccccccccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhcCccccCCCCCChhhHHHHHHHHHHH
Q 011997 262 ----AEVK--EEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFS 335 (473)
Q Consensus 262 ----~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~ 335 (473)
.+.+ .++.+........++.+..........+...........+..+ ..+..+.+...........++.
T Consensus 250 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 324 (491)
T 4gc0_A 250 TQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPE-----VFKTLGASTDIALLQTIIVGVI 324 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHH-----HHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchH-----HHHhcCCCccchhhHHHHHHHH
Confidence 0000 0111111122223333333333333322222211111111111 2223466666677777777888
Q ss_pred HHHHHHhhHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCcc
Q 011997 336 LLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQD 415 (473)
Q Consensus 336 ~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 415 (473)
.+++.+ ...++.||+|||+.+..+.....+++..+........ ..+.......+....+..+..+..+.+.+|.+|++
T Consensus 325 ~~~~~~-~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~ 402 (491)
T 4gc0_A 325 NLTFTV-LAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQA-PGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNA 402 (491)
T ss_dssp HHHHHH-HHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC-CHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTT
T ss_pred HHHHHH-HHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhccc-chHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHh
Confidence 888887 5566677789999988888777777666554433222 22222333333333444555677889999999999
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHh
Q 011997 416 QRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFSWA 446 (473)
Q Consensus 416 ~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~ 446 (473)
.|+++.|+.+..+++++.+++.+.+.+.+..
T Consensus 403 ~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~ 433 (491)
T 4gc0_A 403 IRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNS 433 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999988876543
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=7e-34 Score=268.26 Aligned_cols=350 Identities=13% Similarity=0.131 Sum_probs=266.0
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHHHhcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccCCchhhHHHHHHHH
Q 011997 44 FSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVV 123 (473)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~ 123 (473)
..+++..++..++.....+.+|.+.+++|.++.+ .+++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++.+..+..
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~ 76 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGA------VQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFM 76 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHH------HHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHH
Confidence 4566777888889999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhhccccHHHHHHHHHHHhhhcchhHhH-HHHhhhhccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccCCC
Q 011997 124 IFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAEKYPN 202 (473)
Q Consensus 124 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~l~~~~~~~~~ 202 (473)
++.++.+++++++.+++.|++.|++.+...+. .+++.|++|+++|+++++..+....+|..++|.+++++.+
T Consensus 77 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~------- 149 (375)
T 2gfp_A 77 LATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDT------- 149 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC-------
T ss_pred HHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHH-------
Confidence 99999999999999999999999999988886 9999999999999999999999999999999999999987
Q ss_pred cccccccccCCcchhHHHHHHHHHHHHHH-HHhhcccCcCCCCCCCcchhhhHHHhhHhHHHhhhhhcccCCcccccccc
Q 011997 203 LFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTI-AAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREATPKKSLLKN 281 (473)
Q Consensus 203 ~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (473)
.++|+..+.+.++..++..+ ..+.+||+++++++++ +.....++.+|+
T Consensus 150 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------------~~~~~~~~~~~~ 198 (375)
T 2gfp_A 150 ---------MWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPRT----------------------RLLTSYKTLFGN 198 (375)
T ss_dssp ---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCCC----------------------CTTTCSTHHHHH
T ss_pred ---------hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcccc----------------------cHHHHHHHHhcC
Confidence 34455555666655555443 4456777654432211 112345677888
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhcCccccCCCCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhhhhhHHHHHHH
Q 011997 282 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAG 361 (473)
Q Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 361 (473)
|+++...+..++..........+.|.|. .+.+|.++.+.+.......++.+++.. ..+++.||.++ ....+.
T Consensus 199 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~r~~~--~~~~~~ 270 (375)
T 2gfp_A 199 SGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLM-----GAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAW-FAGRPNKRFST--LMWQSV 270 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSS-----HHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHH-HHHTTTTHHHH--HHHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHH--HHHHHH
Confidence 8888877777776655555544444333 233588899999999999999999888 55566666665 222232
Q ss_pred HH-HHHHHhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhh
Q 011997 362 VL-TIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGG 440 (473)
Q Consensus 362 ~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g 440 (473)
.. ...+...+.... ... .......+...+.+++.....+....+..|..| ++||++.|+.+...++|..++|.+.|
T Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g 347 (375)
T 2gfp_A 271 ICCLLAGLLMWIPDW-FGV-MNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSA 347 (375)
T ss_dssp HHHHHTSSSSSHHHH-HHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhh-hcc-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 22 222222111111 111 122223333444455555667788888899888 89999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhhh
Q 011997 441 ALFSWAQK 448 (473)
Q Consensus 441 ~l~~~~g~ 448 (473)
.+.+..+.
T Consensus 348 ~l~~~~~~ 355 (375)
T 2gfp_A 348 MLPQTGQG 355 (375)
T ss_dssp HHHHHHHH
T ss_pred HHhcCCcc
Confidence 99887654
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.98 E-value=6.6e-31 Score=257.11 Aligned_cols=377 Identities=12% Similarity=0.076 Sum_probs=244.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHH-HHH-----hcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcc-cCCch
Q 011997 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFM-IKD-----FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADR-YGRKP 113 (473)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-----~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr-~Grr~ 113 (473)
+.++.++...+...+......+.++.+ .++ +|.+..+ .+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~ 86 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRAT------AASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARP 86 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchH
Confidence 445566666666666666665666544 444 8999998 9999999999999999999999999 89999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHhhccccHHHHHHHHHHHhhhcchhHhH-HHHhhhhccccc--hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011997 114 VIIMGTASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEH--QALGLSTVSTAWGIGLIIGPALG 190 (473)
Q Consensus 114 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~ 190 (473)
++..+.++..++.+++++++|++.++++|+++|++.+...+. .++++|++|+++ |+++++..+...++|..++|.++
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 166 (491)
T 4aps_A 87 AVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIV 166 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999999998888775 999999999988 77788889999999999999999
Q ss_pred HHhccccccCCCcccccccccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhh-cccCcCCCCCCCc---chhhhHHHhhH-------
Q 011997 191 GFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFW-LPETLHRHNDDDD---SCDVSYDALES------- 259 (473)
Q Consensus 191 ~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~e~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~------- 259 (473)
+.+.+ ..| |+.++.+.++..++..+..++ .|+..++..++++ ++++..+..+.
T Consensus 167 ~~l~~-------~~g---------~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~ 230 (491)
T 4aps_A 167 GAAQE-------AAG---------YHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAG 230 (491)
T ss_dssp HHHHH-------HSC---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHH
T ss_pred HHHHh-------hhh---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99988 344 455555655544444333332 2322221111111 11111111100
Q ss_pred -----------h---HHH----------------hhhhhcccCCccccccccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhh
Q 011997 260 -----------A---SAE----------------VKEEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWA 309 (473)
Q Consensus 260 -----------~---~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 309 (473)
. ..+ ..+..++......+..+....+...+...+...........++.|.
T Consensus 231 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (491)
T 4aps_A 231 FIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFA 310 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHH
Confidence 0 000 0000000111111111222233344444444444445555566565
Q ss_pred cCccccCCCCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhhhhhHHHH-----HHHHHHHHHHhHHHHHHHhh---hhh
Q 011997 310 NSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVAR-----IAGVLTIPLLTSYPYIAMLS---GFG 381 (473)
Q Consensus 310 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~ 381 (473)
... .+.+..+.+.......+..+++..+.+ ++.||.+||+... .+..+..++..++....... ...
T Consensus 311 ~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 384 (491)
T 4aps_A 311 AER-----VDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFA-WLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKV 384 (491)
T ss_dssp HHS-----CCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred HHH-----hccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHH-HHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCc
Confidence 432 344445666777777778888877444 4566667765433 55666666655554432110 011
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHH
Q 011997 382 LAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALFSW 445 (473)
Q Consensus 382 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~ 445 (473)
......+..++.+.+.....+....+..|.+|++.||++.|+.+...++|..++|.+.+.+.+.
T Consensus 385 ~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~ 448 (491)
T 4aps_A 385 SPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK 448 (491)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 2222334444455555555777888999999999999999999999999999999999988754
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.96 E-value=1.6e-28 Score=234.59 Aligned_cols=363 Identities=10% Similarity=0.091 Sum_probs=226.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHH-HHhcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccCCchhhHHHH
Q 011997 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMI-KDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (473)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~ 119 (473)
+..+.+....++.........+.+|.+. +++|.+..+ .|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++++.
T Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~ 80 (417)
T 2cfq_A 7 TNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSD------TGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWII 80 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTT------SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHH
Confidence 4555556666666666777788888765 558999998 999999999999999999999999999999999888
Q ss_pred HHHHHHH---HHhhccccHH-HHHHHHHHHhhhcchhHhH-HHHhhhhccc--cchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011997 120 ASVVIFN---TLFGLSVNFW-MAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFRE--EHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGF 192 (473)
Q Consensus 120 ~~~~~~~---~~~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~ 192 (473)
.+++++. ....+++... .++..+.+.|++.+...+. ...+.++.++ ++|+...+.......+|..++|.++++
T Consensus 81 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~ 160 (417)
T 2cfq_A 81 TGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGI 160 (417)
T ss_dssp HHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7765432 1112222211 2345566666655544332 3333444433 456777788878889999999999999
Q ss_pred hccccccCCCcccccccccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCcCCCCCCCcchhhhHHHhhHhHHHhhhhhcccC
Q 011997 193 LAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREA 272 (473)
Q Consensus 193 l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (473)
+.+ .+| +.++.+.++..++..+..+..+|++++..+++++++.. +++...
T Consensus 161 l~~--------~~~---------~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------~~~~~~ 210 (417)
T 2cfq_A 161 MFT--------INN---------QFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGAN-------------HSAFSL 210 (417)
T ss_dssp HHH--------HCS---------HHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSSSC-------------CCCCCH
T ss_pred HHH--------hch---------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccccccccccccc-------------cccccH
Confidence 875 233 34444444433333333344443322111100000000 000011
Q ss_pred CccccccccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhcCccccCCCCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhhh
Q 011997 273 TPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILG 352 (473)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~ 352 (473)
...++++|+|+++...+..+........+..++|.|+.... +..+.+....+.......++.+++.. ..+++.||++
T Consensus 211 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~l~dr~g 287 (417)
T 2cfq_A 211 KLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFF--ATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMF-FAPLIINRIG 287 (417)
T ss_dssp HHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS--SSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhc
Confidence 12345778888877665544444444444455666653221 11123355667888887888888877 5666777789
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCcchhhHHHHHH-HHHHHHH
Q 011997 353 PIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIA-MTGMSLF 431 (473)
Q Consensus 353 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-~~~~~~g 431 (473)
||+.+..+..+..+....+.+. . ..+. +.+...+.+.......+....+..|..|++.||++.++. +..+.+|
T Consensus 288 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~---~--~~~~-~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg 361 (417)
T 2cfq_A 288 GKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA---T--SALE-VVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLA 361 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC---C--SHHH-HHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---c--cHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHH
Confidence 9988877776665554443221 1 1222 222222233333344555678899999999999999994 8889999
Q ss_pred HHhhhhhhhHHHHHhhh
Q 011997 432 KAAGPAGGGALFSWAQK 448 (473)
Q Consensus 432 ~~~~~~~~g~l~~~~g~ 448 (473)
+.++|.+.|.+.+..+.
T Consensus 362 ~~~gp~l~G~l~~~~g~ 378 (417)
T 2cfq_A 362 MIFMSVLAGNMYESIGF 378 (417)
T ss_dssp HHHHTHHHHTHHHHSHH
T ss_pred HHHhhhhHHHHHHhcCc
Confidence 99999999999997764
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.94 E-value=4.7e-27 Score=231.66 Aligned_cols=375 Identities=12% Similarity=0.067 Sum_probs=224.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHH-HHHHhc------ccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccc-CCchh
Q 011997 43 LFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYF-MIKDFQ------IAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRY-GRKPV 114 (473)
Q Consensus 43 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~------~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~-Grr~~ 114 (473)
++.+++..++..+......+.++. +.+++| .+..+ .+++.+++.++..++++++|+++||+ |||++
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~ 87 (524)
T 2xut_A 14 IPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAV------AKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNT 87 (524)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTT------HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHH
Confidence 334555566666666666666665 467789 89988 99999999999999999999999999 99999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHhhccc-cHHHHHHHHHHHhhhcchhHhH-HHHhhhhccccchhhhhHH---HHHHHHHHHHHHHHH
Q 011997 115 IIMGTASVVIFNTLFGLSV-NFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLST---VSTAWGIGLIIGPAL 189 (473)
Q Consensus 115 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~~~~i 189 (473)
+..+.++.+++.+++++++ +++.++++|++.|++.+...+. .+++.|++|+++|+++.+. .+...++|..++|.+
T Consensus 88 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~ 167 (524)
T 2xut_A 88 ILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLS 167 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999998 9999999999999998888775 9999999999999876666 889999999999999
Q ss_pred HHHhccccccCCCcccccccccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-ccCcCCCCCCCcchhhh-------H------H
Q 011997 190 GGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWL-PETLHRHNDDDDSCDVS-------Y------D 255 (473)
Q Consensus 190 ~~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~~~~~~~~~~~~~~~-------~------~ 255 (473)
++.+.+ ..+|+..+.+.++..++..+..+.. |+.++..+++++..+.. . +
T Consensus 168 ~~~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 231 (524)
T 2xut_A 168 MPLLLK----------------NFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKG 231 (524)
T ss_dssp STHHHH----------------TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHH
T ss_pred HHHHhc----------------cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccC
Confidence 999987 3445555566555555444443332 22111111100000000 0 0
Q ss_pred H---hhHhHH-------------------------Hhhhhhccc----------CCccccccccchhHHHHHHH---HHH
Q 011997 256 A---LESASA-------------------------EVKEEEGRE----------ATPKKSLLKNWPLMSSIIVY---CVF 294 (473)
Q Consensus 256 ~---~~~~~~-------------------------~~~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~ 294 (473)
. ...... ...+++.+. .....+..+.++.+...... .+.
T Consensus 232 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (524)
T 2xut_A 232 NIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPF 311 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHH
T ss_pred ccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0 000000 000000000 00000111122222111111 111
Q ss_pred HhhhhhhhHHHHHhhcCccccCCCCCCh-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHH----HHh---hhhhHHHHHHHHHHHH
Q 011997 295 SLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYST-QMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFL----ERI---LGPIMVARIAGVLTIP 366 (473)
Q Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~----~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~ 366 (473)
..........++.+... .+.+. ...+.......++.++...+..+.. +|+ .++++.+..+..+..+
T Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 385 (524)
T 2xut_A 312 WSLFDQKASTWILQAND------MVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGL 385 (524)
T ss_dssp HTTTSSTTTHHHHHHHH------SCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHH
T ss_pred HHHHhccchhhHHhHHh------cCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11111111222222111 11111 2345555544455555554333322 333 1223445555555555
Q ss_pred HHhHHHHHHHhh---hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHH
Q 011997 367 LLTSYPYIAMLS---GFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGALF 443 (473)
Q Consensus 367 ~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~ 443 (473)
+..++....... .......+....++.+.+.....+....+..+..|++.||+++|+.++..++|+.++|.+.|.+.
T Consensus 386 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~ 465 (524)
T 2xut_A 386 SWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVK 465 (524)
T ss_dssp HHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 554443321000 00112223344555566667778888999999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred HH
Q 011997 444 SW 445 (473)
Q Consensus 444 ~~ 445 (473)
+.
T Consensus 466 ~~ 467 (524)
T 2xut_A 466 SP 467 (524)
T ss_dssp SC
T ss_pred cc
Confidence 74
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.58 E-value=1.7e-14 Score=138.93 Aligned_cols=174 Identities=12% Similarity=0.066 Sum_probs=140.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHHH-hcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccc--CCchhhHH
Q 011997 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRY--GRKPVIIM 117 (473)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~--Grr~~~~~ 117 (473)
+.++.+.+..++............|.+.++ +|.+..+ .+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~ 325 (451)
T 1pw4_A 252 KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDK------SSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGV 325 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHH
Confidence 455556666666667677777888888776 8999888 99999999999999999999999999 99999988
Q ss_pred HHHHHH-HHHHHhhcc--ccHHHHHHHHHHHhhhcchhHhH-HHHhhhhccccchhhhhHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHH
Q 011997 118 GTASVV-IFNTLFGLS--VNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGI-GLIIGPALGGF 192 (473)
Q Consensus 118 ~~~~~~-~~~~~~~~~--~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~~~~i~~~ 192 (473)
+..+.. ++.++..+. .+.+.+.+..++.|++.+...+. ..++.|.+|+++|+++.++.+....+ |..++|.+.+.
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~ 405 (451)
T 1pw4_A 326 FFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGY 405 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 877766 666666665 37778888888899987776664 89999999999999999999999999 99999999999
Q ss_pred hccccccCCCcccccccccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 011997 193 LAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWL 236 (473)
Q Consensus 193 l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (473)
+.+ ..+|...+...++..++..+..+.+
T Consensus 406 l~~----------------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 406 TVD----------------FFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHH----------------SSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHH----------------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 998 4445555566666555554444443
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.46 E-value=6e-13 Score=126.68 Aligned_cols=141 Identities=18% Similarity=0.129 Sum_probs=112.6
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHHHhhccccHHHHHHHHHHHhhhcchhHh-HHHHhhhh
Q 011997 84 AGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEI 162 (473)
Q Consensus 84 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~ 162 (473)
.++..++..++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+ ...+++|.
T Consensus 261 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 340 (417)
T 2cfq_A 261 FGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQ 340 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 67888888888899999999999999999999999888888888888888888888888888887665555 48899999
Q ss_pred ccccchhhhhHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccCCCcccccccccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHH-HhhcccCc
Q 011997 163 FREEHQALGLST-VSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIA-AFWLPETL 240 (473)
Q Consensus 163 ~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~~~~i~~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~~ 240 (473)
+|++.|+++.+. ++....+|..++|.+++++.+ ..++...+...++..++..+. .+..||++
T Consensus 341 ~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 341 FEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE----------------SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH----------------HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH----------------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 999999999998 488888999999999999987 344445555655555555443 33455543
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.46 E-value=6.8e-13 Score=127.22 Aligned_cols=145 Identities=10% Similarity=0.045 Sum_probs=117.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHH-HHH-hcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccCCchhhHHHH
Q 011997 42 ELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFM-IKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (473)
Q Consensus 42 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~ 119 (473)
.++...+..++............|.+ .++ +|.+..+ .++..+...++..++.++.|+++||+|||+++..+.
T Consensus 259 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~ 332 (438)
T 3o7q_A 259 HWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGF------AANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYA 332 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHH
Confidence 34444455555555556666777766 655 4999888 999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhccccHHHHHHHHHHHhhhcchhHhH-HHHhhhhccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Q 011997 120 ASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQ 195 (473)
Q Consensus 120 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~l~~ 195 (473)
++..++.++..+.++.+.++.. ++.|++.+...+. .++..|.+|++ |+++.++.. ...+|..++|.+.+++.+
T Consensus 333 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~ 406 (438)
T 3o7q_A 333 LIAMALCLISAFAGGHVGLIAL-TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSD 406 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH-HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999998888888887665544 7888887777775 88889999866 888888777 567999999999999998
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.32 E-value=1.6e-11 Score=119.50 Aligned_cols=146 Identities=10% Similarity=-0.008 Sum_probs=113.2
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHHH-hcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccCCchhhH-----H
Q 011997 44 FSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVII-----M 117 (473)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~-----~ 117 (473)
..+++..++...........+|.+.++ ++.+..+ .++..+...++..++.++.|++.||+|||+... .
T Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~ 359 (491)
T 4aps_A 286 IPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFP------VSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAV 359 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSC------SGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccC------HHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHH
Confidence 334444444444455555666666554 5666556 788888889999999999999999999987766 7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhccc---------cHHHHHHHHHHHhhhcchhHhH-HHHhhhhccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 011997 118 GTASVVIFNTLFGLSV---------NFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGP 187 (473)
Q Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 187 (473)
+..+.+++.++..... +.+.+.+.-++.|++.+...+. ..++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|
T Consensus 360 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~ 439 (491)
T 4aps_A 360 GLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNA 439 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7777777777666532 7777888889999998886664 88999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhcc
Q 011997 188 ALGGFLAQ 195 (473)
Q Consensus 188 ~i~~~l~~ 195 (473)
.+.+.+.+
T Consensus 440 ~~~~~~~~ 447 (491)
T 4aps_A 440 QLVTLYNA 447 (491)
T ss_dssp HHGGGGGG
T ss_pred HHHHHHhc
Confidence 99988875
No 12
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.30 E-value=5e-12 Score=123.12 Aligned_cols=181 Identities=13% Similarity=0.054 Sum_probs=117.8
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHHHhcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHHH
Q 011997 46 IWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVIF 125 (473)
Q Consensus 46 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~ 125 (473)
.....+.............|.+.++.+.+... .........+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++
T Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~ 355 (491)
T 4gc0_A 282 VMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDI------ALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIG 355 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccc------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHH
Confidence 33334444444555555667777887777766 666677778888999999999999999999999988888777
Q ss_pred HHHhhcc----ccHHHHHHHHH--HHhhhcchhHhHHHHhhhhccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccc
Q 011997 126 NTLFGLS----VNFWMAVLTRF--LLGSLNGLLGPIKAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAEK 199 (473)
Q Consensus 126 ~~~~~~~----~~~~~l~~~r~--l~G~~~g~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~l~~~~~~ 199 (473)
.+..+.. .+.+..++.-+ ..+.+.+.......+.+|.+|.+.|++++++......++..+++.+...+.+..
T Consensus 356 ~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~-- 433 (491)
T 4gc0_A 356 MFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNS-- 433 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHH--
T ss_pred HHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--
Confidence 6655432 12222222222 222333333334889999999999999999999999999999988877665410
Q ss_pred CCCcccccccccCCcchhHHHHHHHHHHHH-HHHHhhcccCcCC
Q 011997 200 YPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGV-TIAAFWLPETLHR 242 (473)
Q Consensus 200 ~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~e~~~~ 242 (473)
|... ..++...+.+.+.++++. ++.++++||++.+
T Consensus 434 ------~~~~--~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 434 ------WLVA--HFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp ------HHHH--HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred ------HHHh--hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 0000 111222334444444443 4566789998654
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=98.99 E-value=4.7e-11 Score=111.86 Aligned_cols=146 Identities=13% Similarity=0.086 Sum_probs=108.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHHH-hcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccCCchhhHHHH
Q 011997 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (473)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~ 119 (473)
+.++...+..++............|.+.++ +|.++.+ .+++.+...++..++.++.+++.||+||| +..+.
T Consensus 199 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~~~~ 270 (375)
T 2gfp_A 199 SGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMT------VSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MWQSV 270 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHH------HHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHH
Confidence 344445555555555555555666655544 8888888 99999999999999999999999999883 23333
Q ss_pred HH-HHHHHHH--hhc--cccHHHHHHHHHHHhhhcchhHhH-HHHhhhhccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 011997 120 AS-VVIFNTL--FGL--SVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFL 193 (473)
Q Consensus 120 ~~-~~~~~~~--~~~--~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~l 193 (473)
.. ...+... ... .++.+.+++..++.|++.+...+. .+++.|..| ++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+
T Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l 349 (375)
T 2gfp_A 271 ICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAML 349 (375)
T ss_dssp HHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 32 2222221 111 236777778888999988887775 899999998 8999999999999999999999999988
Q ss_pred cc
Q 011997 194 AQ 195 (473)
Q Consensus 194 ~~ 195 (473)
.+
T Consensus 350 ~~ 351 (375)
T 2gfp_A 350 PQ 351 (375)
T ss_dssp HH
T ss_pred hc
Confidence 76
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.88 E-value=1.2e-08 Score=100.12 Aligned_cols=156 Identities=10% Similarity=-0.039 Sum_probs=116.1
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhcCccccCCCC------CChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhh-hhh
Q 011997 282 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLN------YSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERIL-GPI 354 (473)
Q Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~-~~~ 354 (473)
+.++...+..++...........++.|+... +| +++.+.+.+.+...++..++.+ ..+++.||+ |||
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~-----~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~G~l~dr~~g~r 85 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTA-----LLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPL-LGGWIADRFFGKY 85 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-----CSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHH-HHHHHHTTSSCSH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhcch
Confidence 4556666666666666666666677665432 45 8999999999999999999988 566677778 999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCcchhhHHHHH---HHHHHHHH
Q 011997 355 MVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGI---AMTGMSLF 431 (473)
Q Consensus 355 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~---~~~~~~~g 431 (473)
+.+..+.++..++..+..+.. .....+.+..++.+.+.....+...++..|.+|+++|+++.+. .+...++|
T Consensus 86 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g 160 (524)
T 2xut_A 86 NTILWLSLIYCVGHAFLAIFE-----HSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFG 160 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS-----SCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-----ccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 998888887777766654421 0222344444555666677788899999999999999877666 88999999
Q ss_pred HHhhhhhhhHHHHHhhh
Q 011997 432 KAAGPAGGGALFSWAQK 448 (473)
Q Consensus 432 ~~~~~~~~g~l~~~~g~ 448 (473)
..++|.+.+.+.+..+.
T Consensus 161 ~~~g~~~~~~l~~~~g~ 177 (524)
T 2xut_A 161 SFFASLSMPLLLKNFGA 177 (524)
T ss_dssp HHHHHHTSTHHHHTSCH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhccccH
Confidence 99999999999886554
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=56.24 E-value=3.3 Score=19.64 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.888 Sum_probs=11.1
Q ss_pred hhhhhhcccCCchh
Q 011997 101 FWGLVADRYGRKPV 114 (473)
Q Consensus 101 ~~G~l~dr~Grr~~ 114 (473)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46888999999864
Done!