Query 012075
Match_columns 471
No_of_seqs 298 out of 2424
Neff 9.2
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 21:07:44 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/012075.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/012075hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 4.1E-28 1.4E-32 250.2 22.5 378 61-459 58-488 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.9 5.8E-24 2E-28 216.3 26.7 330 47-408 52-404 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.9 1.3E-22 4.4E-27 205.7 26.4 313 55-406 58-400 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.9 2.1E-20 7.1E-25 192.6 24.4 328 55-409 51-444 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.8 4.1E-19 1.4E-23 176.4 12.0 310 55-407 32-346 (375)
6 2xut_A Proton/peptide symporte 99.7 1.2E-16 4E-21 166.0 22.4 114 57-173 53-171 (524)
7 2cfq_A Lactose permease; trans 99.7 9.6E-18 3.3E-22 169.4 12.2 315 57-408 42-370 (417)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 98.8 7.7E-08 2.6E-12 96.9 16.2 116 56-173 286-406 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 98.7 9.6E-08 3.3E-12 95.8 11.2 103 66-171 267-370 (417)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 98.5 1.5E-06 5.1E-11 87.1 14.6 109 56-170 293-401 (438)
11 2gfp_A EMRD, multidrug resista 98.5 1.5E-06 5.2E-11 85.3 14.2 149 270-447 33-183 (375)
12 4gc0_A D-xylose-proton symport 98.5 3.4E-07 1.2E-11 93.4 9.6 145 66-210 320-467 (491)
13 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 98.3 1E-06 3.4E-11 90.0 8.9 105 66-170 327-442 (491)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 97.8 0.00015 5.2E-09 74.3 12.7 115 269-408 51-169 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 27.4 20 0.00068 18.9 0.7 13 78-90 3-15 (26)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.96 E-value=4.1e-28 Score=250.24 Aligned_cols=378 Identities=12% Similarity=0.057 Sum_probs=210.0
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhchhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh---------------hcccchHHHHHHHHHHh
Q 012075 61 NNANTALYTTFTIFGILGGGIYNILGPQVTLISACSTYVLYAGSFLYY---------------NHHKHQAFAIAAGAILG 125 (471)
Q Consensus 61 ~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~Grk~~l~i~~~~~~~~~~~~~~~---------------~~~~~~~~li~~r~l~G 125 (471)
+...+..+.+..+|++++|+++||+|||++++++.+++.+........ ..++|.++++++|+++|
T Consensus 58 g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G 137 (491)
T 4gc0_A 58 GFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGG 137 (491)
T ss_dssp HHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHH
Confidence 344566678888999999999999999999999999887754433210 13689999999999999
Q ss_pred hhhhHHHhhhhhhhccCCCCCchhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhccCCCc--cccccchhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 012075 126 IGAGLLWAAEGAIMTSYPPPNRKGTYISIFWSIFNMGGVIGGLIPFILNYNRNEA--VSVNDGTYIGFMCFMSAGALLSL 203 (471)
Q Consensus 126 ~g~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~RG~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~ 203 (471)
+|.|...+..+.|++|++|+++||+..++++.....|.++++++++......+.. ..++|+.......+..+..+...
T Consensus 138 ~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 217 (491)
T 4gc0_A 138 IGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLL 217 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhh
Confidence 9999999999999999999999999999999999999999998876554322110 11112211111112222222223
Q ss_pred hccC--CCccccCC---CCccccc----------cCCCHHHHHHH------HHHHhcchhHHHHHHHHHHhHhH----hh
Q 012075 204 VILP--PGRVIRDD---GTHCTNI----------KYSNVSTEITQ------VLKLFSNWKMLLIFPASWASNFF----YS 258 (471)
Q Consensus 204 ~l~~--p~~~~r~~---~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~ll~~~~~~~~~~~----~s 258 (471)
+..| |+++.+++ +++.... +....++...+ ......+++.++......+.++. ..
T Consensus 218 ~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 297 (491)
T 4gc0_A 218 YTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVL 297 (491)
T ss_dssp GGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHH
T ss_pred hcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHH
Confidence 3334 33332111 1100000 00000000000 01112333443333333322221 01
Q ss_pred hccccccc-cccccchhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCCCCccceeeehhhhHHHHHHHHHHhHhhhhcccCCCCC
Q 012075 259 YQFNNVNG-LQFNLRTRGLNNVFYWGAQMLGSVGIGYIFDFSFPTRRKRGFVGIVVVALLGSAIWAGGLANQLNYSHDKP 337 (471)
Q Consensus 259 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~l~~~~~~i~~i~g~~~~g~l~D~~~~gRr~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 337 (471)
++.+.+.. ...+.......++..++..+++.++.+++.|| +|||+..+.+...+.+. +...+... . .
T Consensus 298 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr--~Grr~~~~~~~~~~~~~-~~~l~~~~--~---~---- 365 (491)
T 4gc0_A 298 YYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDK--FGRKPLQIIGALGMAIG-MFSLGTAF--Y---T---- 365 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HCSHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHH--H---T----
T ss_pred hcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--hcCcchhccchHHHHHH-HHHHHHHH--h---c----
Confidence 11011111 11222233455667788999999999999999 89999887776655322 22211111 1 1
Q ss_pred CCccCCCCCCCCchhHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCchh--hH
Q 012075 338 PAKLDFKNSGSDFAGPFVLYFCYGLLDAMFQSMVYWVIGALADDSETLSRYSGFYKGVQSAGAAVAWQVDTHKVSL--LS 415 (471)
Q Consensus 338 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~g~~i~~~~~~~~~p~--~~ 415 (471)
+ . ..+.......++...+..++.+..+.+.+|+++. +-|+++.|+...+..++..+.-.+.+..... ..
T Consensus 366 ----~--~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt-~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~ 436 (491)
T 4gc0_A 366 ----Q--A--PGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPN-AIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLV 436 (491)
T ss_dssp ----T--C--CHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCT-TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHH
T ss_pred ----c--c--chHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCH-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0 1 2222233334444455566777888889999932 2347888888877777766655443321110 00
Q ss_pred -HH--HHHHHHHHhhhhhhhheeeeeeccCCCc-----cCccccccCcCCCC
Q 012075 416 -QL--VVNWSLTTISYPLLVILVLLAVKDEKSP-----EESTNSKEVTLPAA 459 (471)
Q Consensus 416 -~~--~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~pet~~~-----~~~~~~~~~~~~~~ 459 (471)
.. +..+.++++..+...+++++++||||.+ ||.+.+|++..|++
T Consensus 437 ~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tLeei~~~f~~~~~~~~~~ 488 (491)
T 4gc0_A 437 AHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKTLEELEALWEPETKKTQQT 488 (491)
T ss_dssp HHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCHHHHGGGTC---------
T ss_pred hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCCHHHHHHHhCCCCcccccC
Confidence 01 1223344444455666788999999544 44455555554444
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.93 E-value=5.8e-24 Score=216.30 Aligned_cols=330 Identities=13% Similarity=0.065 Sum_probs=205.4
Q ss_pred hhcCCCCCCChhhhhHHHHHHHHHHHhhhchhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc----ccchHHHHHHHH
Q 012075 47 SGMGGGGQVDTTAANNANTALYTTFTIFGILGGGIYNILGPQVTLISACSTYVLYAGSFLYYNH----HKHQAFAIAAGA 122 (471)
Q Consensus 47 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~Grk~~l~i~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~li~~r~ 122 (471)
..+..+. .++...+...+....+..++++++|+++||+|||+.++++.+++.+..... .. +++.+.++++|+
T Consensus 52 ~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~l~~~~~ 127 (451)
T 1pw4_A 52 PYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFM---GFVPWATSSIAVMFVLLF 127 (451)
T ss_dssp HHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHCHHHHSSSSHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHH---HhhhhccccHHHHHHHHH
Confidence 3344433 445555667777888888999999999999999999999998876633322 33 578999999999
Q ss_pred HHhhhhhHHHhhhhhhhccCCCCCchhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhccCCCccc-cccchhHHHHHHHHHHHHH
Q 012075 123 ILGIGAGLLWAAEGAIMTSYPPPNRKGTYISIFWSIFNMGGVIGGLIPFILNYNRNEAVS-VNDGTYIGFMCFMSAGALL 201 (471)
Q Consensus 123 l~G~g~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~RG~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~i~ 201 (471)
+.|++.+...++..+++.|+.|+++|+++++++.....+|.++|+.++..+... .+ |++..++ ..++..+..++
T Consensus 128 l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~----~g~w~~~f~~-~~~~~~~~~~~ 202 (451)
T 1pw4_A 128 LCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAW----FNDWHAALYM-PAFCAILVALF 202 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHH----TCCSTTCTHH-HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----hccHHHHHHH-HHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999999999999999999997433221 23 5555443 33333333333
Q ss_pred HHhccCC--CccccCCCCccccc------cCCCHHHHHHH--HHHHhcchhHHHHHHHHHHhHhH---hhhcccccccc-
Q 012075 202 SLVILPP--GRVIRDDGTHCTNI------KYSNVSTEITQ--VLKLFSNWKMLLIFPASWASNFF---YSYQFNNVNGL- 267 (471)
Q Consensus 202 ~~~l~~p--~~~~r~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~ll~~~~~~~~~~~---~s~~~~~~~~~- 267 (471)
..+..|+ ++.+++++++...+ ++++.+...++ ..+.+++|+++......+..... ....++.+...
T Consensus 203 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 282 (451)
T 1pw4_A 203 AFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEV 282 (451)
T ss_dssp HHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTB
T ss_pred HHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 3333332 22111110000000 00000000111 12334566665544433332221 11111333332
Q ss_pred -ccccchhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCCC--CccceeeehhhhHHHHHHHHHHhHhhhhcccCCCCCCCccCCC
Q 012075 268 -QFNLRTRGLNNVFYWGAQMLGSVGIGYIFDFSFP--TRRKRGFVGIVVVALLGSAIWAGGLANQLNYSHDKPPAKLDFK 344 (471)
Q Consensus 268 -~~~~~~~~l~~~~~~i~~i~g~~~~g~l~D~~~~--gRr~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 344 (471)
+++..+.++.....+++.+++.++.+++.|| + |||+....+..+...+.... + . +. +
T Consensus 283 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~--~--~~--------~-- 342 (451)
T 1pw4_A 283 KHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDK--VFRGNRGATGVFFMTLVTIATIV----Y--W--MN--------P-- 342 (451)
T ss_dssp SCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--TSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHH----T--T--SC--------C--
T ss_pred cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHH----H--H--Hh--------c--
Confidence 3344456677778899999999999999999 6 88876655443321111111 1 0 11 0
Q ss_pred CCCCCchhHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhhhHHHHHHHHHHHH-HHHHHhhhcc
Q 012075 345 NSGSDFAGPFVLYFCYGLLDAMFQSMVYWVIGALADDSETLSRYSGFYKGVQSA-GAAVAWQVDT 408 (471)
Q Consensus 345 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~-g~~i~~~~~~ 408 (471)
+ .+.....+..++.|++....++..+.++.|.++ +++++++.|+.+.+..+ +.+++..+..
T Consensus 343 ~--~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g 404 (451)
T 1pw4_A 343 A--GNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAP-KKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVG 404 (451)
T ss_dssp T--TCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSC-TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred c--cCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhc-hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0 122334556666777777777777788888884 34568999999999988 8888776543
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.91 E-value=1.3e-22 Score=205.69 Aligned_cols=313 Identities=12% Similarity=0.033 Sum_probs=193.6
Q ss_pred CChhhhhHHHHHHHHHHHhhhchhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchHHHHHHHHHHhhhhhHHHhh
Q 012075 55 VDTTAANNANTALYTTFTIFGILGGGIYNILGPQVTLISACSTYVLYAGSFLYYNHHKHQAFAIAAGAILGIGAGLLWAA 134 (471)
Q Consensus 55 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~Grk~~l~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~li~~r~l~G~g~g~~~~~ 134 (471)
.++...+...+....+..++++++|+++||+|||++++++.+++.+..........+++.+.++++|++.|++.+...++
T Consensus 58 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~ 137 (438)
T 3o7q_A 58 LTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETA 137 (438)
T ss_dssp CCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhh
Confidence 34555666777888888899999999999999999999999988765444322134689999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhccCCCCCchhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhccCCCccc------------------------cccchhHH
Q 012075 135 EGAIMTSYPPPNRKGTYISIFWSIFNMGGVIGGLIPFILNYNRNEAVS------------------------VNDGTYIG 190 (471)
Q Consensus 135 ~~~~i~~~~~~~~RG~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~~~~~~~~~~~~~------------------------~~~~~~~~ 190 (471)
...+++|+.|+++|++.+++++....+|..+|+.++..+..... +. |++.. ++
T Consensus 138 ~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~-~~ 214 (438)
T 3o7q_A 138 ANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNV--PHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPY-MI 214 (438)
T ss_dssp HHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSS--CCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HH
T ss_pred HHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc--ccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHH-HH
Confidence 99999999999999999999999999999999998744431211 11 33332 22
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccCCCccccCCCCccccccCCCHHHHHHHHHHHhcchhHHHHHHHHHHhHh---Hhhhccccc-cc
Q 012075 191 FMCFMSAGALLSLVILPPGRVIRDDGTHCTNIKYSNVSTEITQVLKLFSNWKMLLIFPASWASNF---FYSYQFNNV-NG 266 (471)
Q Consensus 191 ~~~~~~~~~i~~~~l~~p~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ll~~~~~~~~~~---~~s~~~~~~-~~ 266 (471)
..++..+..++.++.+.|+..++++++ +++++.++.++ +.+++|+++......+.... ......+.+ ..
T Consensus 215 ~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 287 (438)
T 3o7q_A 215 IVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSD----AKQGSFSASLS---RLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVE 287 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCC----SSTTSHHHHHH---HHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccc----ccccchhhhHH---HHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Confidence 222323222333333334332221111 11223333333 34566766544433222211 111112344 33
Q ss_pred c--ccccchhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCCCCccceeeehhhhHHHHHHHHHHhHhhhhcccCCCCCCCccCCC
Q 012075 267 L--QFNLRTRGLNNVFYWGAQMLGSVGIGYIFDFSFPTRRKRGFVGIVVVALLGSAIWAGGLANQLNYSHDKPPAKLDFK 344 (471)
Q Consensus 267 ~--~~~~~~~~l~~~~~~i~~i~g~~~~g~l~D~~~~gRr~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 344 (471)
. +++....++......++.+++.++.+++.|| +|||+....+..+.. +..... . . .
T Consensus 288 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r--~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~----~-~---~----------- 345 (438)
T 3o7q_A 288 EIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISR--FAPHKVLAAYALIAM-ALCLIS----A-F---A----------- 345 (438)
T ss_dssp HSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--SCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHH----H-H---C-----------
T ss_pred ccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hcchHHHHHHHHHHH-HHHHHH----H-H---c-----------
Confidence 2 3344456677777889999999999999999 789987665544331 111111 1 0 0
Q ss_pred CCCCCchhHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 012075 345 NSGSDFAGPFVLYFCYGLLDAMFQSMVYWVIGALADDSETLSRYSGFYKGVQSAGAAVAWQV 406 (471)
Q Consensus 345 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~g~~i~~~~ 406 (471)
+... .....++.+++.+...+..+.+..|.+++.+ +++.++.. ...++.+++-.+
T Consensus 346 ---~~~~-~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~ 400 (438)
T 3o7q_A 346 ---GGHV-GLIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQDT--KYGSSFIV-MTIIGGGIVTPV 400 (438)
T ss_dssp ---CHHH-HHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGGH--HHHHHHHH-HTTHHHHHHHHH
T ss_pred ---CCcH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccc--cchhhHHH-HHHHHHHHHHHH
Confidence 1111 2334456677777777778877777774333 45555444 344555554443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.86 E-value=2.1e-20 Score=192.59 Aligned_cols=328 Identities=13% Similarity=0.025 Sum_probs=189.5
Q ss_pred CChhhhhHHHHHHHHHHHhhhchhhhhhhc-cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchHHHHHHHHHHhhhhhHHHh
Q 012075 55 VDTTAANNANTALYTTFTIFGILGGGIYNI-LGPQVTLISACSTYVLYAGSFLYYNHHKHQAFAIAAGAILGIGAGLLWA 133 (471)
Q Consensus 55 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~-~Grk~~l~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~li~~r~l~G~g~g~~~~ 133 (471)
.++...+...+....+..++++++|+++|| +|||+++.++.+++.+..... +.++|.+.++++|++.|++.+...+
T Consensus 51 ~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~ 127 (491)
T 4aps_A 51 ITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVL---ALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKP 127 (491)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 345566677778888888999999999999 899999999998876633322 3478999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhccCCCCCc--hhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhccCCCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCcc
Q 012075 134 AEGAIMTSYPPPNR--KGTYISIFWSIFNMGGVIGGLIPFILNYNRNEAVSVNDGTYIGFMCFMSAGALLSLVILPPGRV 211 (471)
Q Consensus 134 ~~~~~i~~~~~~~~--RG~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~l~~p~~~ 211 (471)
...++++|+.|+++ |++.++++....++|..+||.++..+... .+|++..++ ..+...++.++.++..| ++.
T Consensus 128 ~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~----~g~~~~f~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 201 (491)
T 4aps_A 128 NVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEA----AGYHVAFSL-AAIGMFIGLLVYYFGGK-KTL 201 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----SCHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH-TTC
T ss_pred hHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh----hhHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhCc-ccc
Confidence 99999999999988 77788889999999999999987444321 235444333 23233333333333322 111
Q ss_pred ccC-CCCccccccCCCHHHHH------------------------------------------------HHHHHH-hcch
Q 012075 212 IRD-DGTHCTNIKYSNVSTEI------------------------------------------------TQVLKL-FSNW 241 (471)
Q Consensus 212 ~r~-~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------------------------------------~~~~~~-~~~~ 241 (471)
+++ ++++.. .++++.++.. ++.... ..++
T Consensus 202 ~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 280 (491)
T 4aps_A 202 DPHYLRPTDP-LAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHL 280 (491)
T ss_dssp CSCCSCCSCC-CSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----------
T ss_pred cccccCCCCc-cccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHH
Confidence 111 000000 0000000000 000000 0111
Q ss_pred h---HHHHHHHHHHhHhHhhhc---ccccccc--ccccchhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCCCCccceee-----
Q 012075 242 K---MLLIFPASWASNFFYSYQ---FNNVNGL--QFNLRTRGLNNVFYWGAQMLGSVGIGYIFDFSFPTRRKRGF----- 308 (471)
Q Consensus 242 ~---~ll~~~~~~~~~~~~s~~---~~~~~~~--~~~~~~~~l~~~~~~i~~i~g~~~~g~l~D~~~~gRr~~~~----- 308 (471)
+ .+.+..........+... ++.+... ..+....++.....+++.+++.++.+++.|| +|||+...
T Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r--~~~r~~~~~~~~~ 358 (491)
T 4aps_A 281 RVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTA--WKKNQPSSPTKFA 358 (491)
T ss_dssp -CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--TTTC---CHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHH--HhccCCCchHHHH
Confidence 1 111111111111111111 0112111 1222245566666788888888899999999 78887654
Q ss_pred ehhhhHHHHHHHHHHhHhhhhcccCCCCCCCccCCCCCCCCchhHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhhhHH
Q 012075 309 VGIVVVALLGSAIWAGGLANQLNYSHDKPPAKLDFKNSGSDFAGPFVLYFCYGLLDAMFQSMVYWVIGALADDSETLSRY 388 (471)
Q Consensus 309 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~ 388 (471)
.+..++. ++..... .. .....+ + .+ .+.....+..++.+++.+...+..+.++.|.+++ ++++++
T Consensus 359 ~~~~~~~-~~~~~~~--~~-~~~~~~-------~-~~--~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~-~~~g~~ 423 (491)
T 4aps_A 359 VGLMFAG-LSFLLMA--IP-GALYGT-------S-GK--VSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPK-AFNSQM 423 (491)
T ss_dssp HHHHHHH-HHHTTTH--HH-HHHCCC-------C-TT--CCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTT-TCSSSS
T ss_pred HHHHHHH-HHHHHHH--HH-HHhcCC-------C-CC--ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCH-HHHHHH
Confidence 3332221 1111110 00 000110 0 01 2333455667778888888788888889998843 345889
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhccc
Q 012075 389 SGFYKGVQSAGAAVAWQVDTH 409 (471)
Q Consensus 389 ~~~~~~~~s~g~~i~~~~~~~ 409 (471)
.|+++...++|.+++..+.+.
T Consensus 424 ~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~ 444 (491)
T 4aps_A 424 MSMWFLSSSVGSALNAQLVTL 444 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHGGG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999988877654
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.78 E-value=4.1e-19 Score=176.38 Aligned_cols=310 Identities=13% Similarity=0.063 Sum_probs=186.1
Q ss_pred CChhhhhHHHHHHHHHHHhhhchhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchHHHHHHHHHHhhhhhHHHhh
Q 012075 55 VDTTAANNANTALYTTFTIFGILGGGIYNILGPQVTLISACSTYVLYAGSFLYYNHHKHQAFAIAAGAILGIGAGLLWAA 134 (471)
Q Consensus 55 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~Grk~~l~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~li~~r~l~G~g~g~~~~~ 134 (471)
.++...+...+.......++++++|+++||+|||+.++++.++..+...... .+++.+.++++|++.|++.+...+.
T Consensus 32 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~ 108 (375)
T 2gfp_A 32 VREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAV---TTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVM 108 (375)
T ss_dssp STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHH---HhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Confidence 3455566777778888889999999999999999999999988766433322 3578999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhccCCCCCchhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhccCCCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCccccC
Q 012075 135 EGAIMTSYPPPNRKGTYISIFWSIFNMGGVIGGLIPFILNYNRNEAVSVNDGTYIGFMCFMSAGALLSLVILPPGRVIRD 214 (471)
Q Consensus 135 ~~~~i~~~~~~~~RG~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~l~~p~~~~r~ 214 (471)
...++.|..|+++|++.+++++....+|..+|+.++..+. . ..+|++. +....++..+..+...+..|+++. ++
T Consensus 109 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~-~---~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~ 182 (375)
T 2gfp_A 109 ARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLD-T---MWNWRAC-YLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRP-VD 182 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS-C---HHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCST-TT
T ss_pred HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH-H---hccHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCC-CC
Confidence 9999999999999999999999999999999999974332 1 1123322 222222222222112222332221 11
Q ss_pred CCCccccccCCCHHHHHHHHHHHhcchhHHHHHHHHHHhHh---Hhhhcccccccc--ccccchhhhHHHHHHHHHHHHh
Q 012075 215 DGTHCTNIKYSNVSTEITQVLKLFSNWKMLLIFPASWASNF---FYSYQFNNVNGL--QFNLRTRGLNNVFYWGAQMLGS 289 (471)
Q Consensus 215 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ll~~~~~~~~~~---~~s~~~~~~~~~--~~~~~~~~l~~~~~~i~~i~g~ 289 (471)
++++ +++++. ++ .+++|+++......+.... .+....+.+... +++....++.....+++.+++.
T Consensus 183 ~~~~---~~~~~~----~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 252 (375)
T 2gfp_A 183 APRT---RLLTSY----KT---LFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGA 252 (375)
T ss_dssp CCCC---CTTTCS----TH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHH
T ss_pred cccc---cHHHHH----HH---HhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 1100 111122 11 2234444433332222221 111122333322 2233345666777789999999
Q ss_pred hhhhhhcccCCCCccceeeehhhhHHHHHHHHHHhHhhhhcccCCCCCCCccCCCCCCCCchhHHHHHHHHHhhHHHHHH
Q 012075 290 VGIGYIFDFSFPTRRKRGFVGIVVVALLGSAIWAGGLANQLNYSHDKPPAKLDFKNSGSDFAGPFVLYFCYGLLDAMFQS 369 (471)
Q Consensus 290 ~~~g~l~D~~~~gRr~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 369 (471)
++.+++.|| .+|+ ...+...+...+..... .... .. .+.....+..++.+++.+..++
T Consensus 253 ~~~~~l~~r--~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~--------------~~--~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~ 310 (375)
T 2gfp_A 253 WFAGRPNKR--FSTL--MWQSVICCLLAGLLMWI--PDWF--------------GV--MNVWTLLVPAALFFFGAGMLFP 310 (375)
T ss_dssp HHHHTTTTH--HHHH--HHHHHHHHHHTSSSSSH--HHHH--------------HH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSS
T ss_pred HHHHHHHHH--HHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHH--Hhhh--------------cc--ccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhH
Confidence 999999888 4442 22222110000000000 0000 00 1222334556677888888888
Q ss_pred HHHHHHHHhcCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Q 012075 370 MVYWVIGALADDSETLSRYSGFYKGVQSAGAAVAWQVD 407 (471)
Q Consensus 370 ~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~g~~i~~~~~ 407 (471)
....+..|..+ ++++++.++.+..+++|..++-.+.
T Consensus 311 ~~~~~~~~~~p--~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~ 346 (375)
T 2gfp_A 311 LATSGAMEPFP--FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLS 346 (375)
T ss_dssp TTHHHHHTHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTC
T ss_pred HHHHHHHHhCC--cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88888888874 4668999998888777766554443
No 6
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.74 E-value=1.2e-16 Score=165.97 Aligned_cols=114 Identities=16% Similarity=0.167 Sum_probs=94.7
Q ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHhhhchhhhhhhcc-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccc-chHHHHHHHHHHhhhhhHHHhh
Q 012075 57 TTAANNANTALYTTFTIFGILGGGIYNIL-GPQVTLISACSTYVLYAGSFLYYNHHK-HQAFAIAAGAILGIGAGLLWAA 134 (471)
Q Consensus 57 ~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~-Grk~~l~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~li~~r~l~G~g~g~~~~~ 134 (471)
+...+...+....+..++++++|+++||+ |||+++.++.+++.+..... ..++ +.+.++++|++.|++.+...+.
T Consensus 53 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~ 129 (524)
T 2xut_A 53 GAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFL---AIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPL 129 (524)
T ss_dssp TTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchh
Confidence 44455667777778888999999999999 99999999998776643332 2356 8999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhccCCCCCchhhHHHH---HHHHHHhhhhhhhHHHHHh
Q 012075 135 EGAIMTSYPPPNRKGTYISI---FWSIFNMGGVIGGLIPFIL 173 (471)
Q Consensus 135 ~~~~i~~~~~~~~RG~~~g~---~~~~~~~G~~iG~~i~~~~ 173 (471)
..+++.|..|+++||+..+. +....++|..+|+.+...+
T Consensus 130 ~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 171 (524)
T 2xut_A 130 VSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLL 171 (524)
T ss_dssp HHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHH
T ss_pred HHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999877666 8888999999999886433
No 7
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.73 E-value=9.6e-18 Score=169.42 Aligned_cols=315 Identities=10% Similarity=-0.024 Sum_probs=160.7
Q ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHhhhchhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccch-HHHHHHHHHHhhhhhHHHhhh
Q 012075 57 TTAANNANTALYTTFTIFGILGGGIYNILGPQVTLISACSTYVLYAGSFLYYNHHKHQ-AFAIAAGAILGIGAGLLWAAE 135 (471)
Q Consensus 57 ~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~Grk~~l~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~li~~r~l~G~g~g~~~~~~ 135 (471)
+...+...+....+..++++++|+++||+|||+.++++.+++.+...........+.. ..++.++++.|++.+..+.+.
T Consensus 42 ~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 121 (417)
T 2cfq_A 42 KSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAG 121 (417)
T ss_dssp TTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Confidence 4445566777778888999999999999999999999887654322121110111111 123456777777666654443
Q ss_pred hhhhccCCCC--CchhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhccCCCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCcccc
Q 012075 136 GAIMTSYPPP--NRKGTYISIFWSIFNMGGVIGGLIPFILNYNRNEAVSVNDGTYIGFMCFMSAGALLSLVILPPGRVIR 213 (471)
Q Consensus 136 ~~~i~~~~~~--~~RG~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~l~~p~~~~r 213 (471)
.....++.++ ++||...|.......+|..+||.++..+.. .+|++..+ +..+..++. ++..++.+|++.++
T Consensus 122 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-----~~~~~~f~-~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~ 194 (417)
T 2cfq_A 122 APAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-----INNQFVFW-LGSGCALIL-AVLLFFAKTDAPSS 194 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-----HCSHHHHT-TTTTTTTTH-HHHSCSSCCCCSCS
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hchhHHHH-HHHHHHHHH-HHHHHHcCcccccc
Confidence 3333333332 456777787777778888888887633321 12333222 211121111 12223333332111
Q ss_pred C--CCCccccccCCCHHHHHHHHHHHhcchhHHHHHHHHHHhHh---Hhhhccccccccccc-----cchhhhHHHHHHH
Q 012075 214 D--DGTHCTNIKYSNVSTEITQVLKLFSNWKMLLIFPASWASNF---FYSYQFNNVNGLQFN-----LRTRGLNNVFYWG 283 (471)
Q Consensus 214 ~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ll~~~~~~~~~~---~~s~~~~~~~~~~~~-----~~~~~l~~~~~~i 283 (471)
. ++++....++.+. ++..+.+++|+++......+.... .+...++.+....++ ....++......+
T Consensus 195 ~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 270 (417)
T 2cfq_A 195 ATVANAVGANHSAFSL----KLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGEL 270 (417)
T ss_dssp SCSSSSSSSCCCCCCH----HHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cccccccccccccccH----HHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHH
Confidence 1 1110000111121 223345566765443322121111 010011222211121 1122444555677
Q ss_pred HHHHHhhhhhhhcccCCCCccceeeehhhhHHHHHHHHHHhHhhhhcccCCCCCCCccCCCCCCCCchhHHHHHHHHHhh
Q 012075 284 AQMLGSVGIGYIFDFSFPTRRKRGFVGIVVVALLGSAIWAGGLANQLNYSHDKPPAKLDFKNSGSDFAGPFVLYFCYGLL 363 (471)
Q Consensus 284 ~~i~g~~~~g~l~D~~~~gRr~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 363 (471)
+++++.++.+++.|| +|||+....+...+. +.... .. +. .+.....+..++.+++
T Consensus 271 ~~~~~~~~~g~l~dr--~g~~~~l~~~~~~~~-~~~~~----~~----~~--------------~~~~~~~~~~~l~~~~ 325 (417)
T 2cfq_A 271 LNASIMFFAPLIINR--IGGKNALLLAGTIMS-VRIIG----SS----FA--------------TSALEVVILKTLHMFE 325 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH--HCHHHHHHHHHHHHH-HHHHH----HT----TC--------------CSHHHHHHHTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH--hcHHHHHHHHHHHHH-HHHHH----HH----Hh--------------ccHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888899999999999 789986655443331 11111 10 00 1111233334445555
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcCCchhhhHHHHH-HHHHHHHHHHHHhhhcc
Q 012075 364 DAMFQSMVYWVIGALADDSETLSRYSGF-YKGVQSAGAAVAWQVDT 408 (471)
Q Consensus 364 ~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~s~g~~i~~~~~~ 408 (471)
....++..+.+++|.++ ++.++++.+. ++..+++|..++..+..
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G 370 (417)
T 2cfq_A 326 VPFLLVGCFKYITSQFE-VRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAG 370 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHSC-HHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHH
Confidence 56666666778899884 3455777777 46666777777665544
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=98.80 E-value=7.7e-08 Score=96.91 Aligned_cols=116 Identities=13% Similarity=-0.052 Sum_probs=90.0
Q ss_pred ChhhhhHHHHHHHHHHHhhhchhhhhhhcc--chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc--cchHHHHHHHHHHhhhhhHH
Q 012075 56 DTTAANNANTALYTTFTIFGILGGGIYNIL--GPQVTLISACSTYVLYAGSFLYYNHH--KHQAFAIAAGAILGIGAGLL 131 (471)
Q Consensus 56 ~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~--Grk~~l~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~li~~r~l~G~g~g~~ 131 (471)
++...+...+....+..++.++++++.||+ |||+.+.++.++... .+....... .+.+.+++.-++.|++.+..
T Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 363 (451)
T 1pw4_A 286 ALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVT--IATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGP 363 (451)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHH--HHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHH
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHH--HHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhch
Confidence 344445555666666778889999999999 999999888766542 121211222 36777888889999999888
Q ss_pred HhhhhhhhccCCCCCchhhHHHHHHHHHHh-hhhhhhHHHHHh
Q 012075 132 WAAEGAIMTSYPPPNRKGTYISIFWSIFNM-GGVIGGLIPFIL 173 (471)
Q Consensus 132 ~~~~~~~i~~~~~~~~RG~~~g~~~~~~~~-G~~iG~~i~~~~ 173 (471)
.+....++.|..|+++||+.+|++.....+ |..+|+.+...+
T Consensus 364 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l 406 (451)
T 1pw4_A 364 VMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYT 406 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888889999999999999999999999999 999999886333
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=98.65 E-value=9.6e-08 Score=95.84 Aligned_cols=103 Identities=10% Similarity=-0.053 Sum_probs=79.5
Q ss_pred HHHHHHHhhhchhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchHHHHHHHHHHhhhhhHHHhhhhhhhccCCCC
Q 012075 66 ALYTTFTIFGILGGGIYNILGPQVTLISACSTYVLYAGSFLYYNHHKHQAFAIAAGAILGIGAGLLWAAEGAIMTSYPPP 145 (471)
Q Consensus 66 ~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~Grk~~l~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~li~~r~l~G~g~g~~~~~~~~~i~~~~~~ 145 (471)
+......++.++.++++||+|||+.+.++.++..+.. ......++.+.+++..++.|++.+...+....+++|..|+
T Consensus 267 ~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~ 343 (417)
T 2cfq_A 267 MGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRI---IGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEV 343 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCH
Confidence 3344556677899999999999999988877655422 2223356777788888888888777666677899999999
Q ss_pred CchhhHHHH-HHHHHHhhhhhhhHHHH
Q 012075 146 NRKGTYISI-FWSIFNMGGVIGGLIPF 171 (471)
Q Consensus 146 ~~RG~~~g~-~~~~~~~G~~iG~~i~~ 171 (471)
+.||+..++ +.....+|..+||.+..
T Consensus 344 ~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G 370 (417)
T 2cfq_A 344 RFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAG 370 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHH
Confidence 999999998 57778889999998863
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=98.48 E-value=1.5e-06 Score=87.10 Aligned_cols=109 Identities=13% Similarity=-0.039 Sum_probs=80.2
Q ss_pred ChhhhhHHHHHHHHHHHhhhchhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchHHHHHHHHHHhhhhhHHHhhh
Q 012075 56 DTTAANNANTALYTTFTIFGILGGGIYNILGPQVTLISACSTYVLYAGSFLYYNHHKHQAFAIAAGAILGIGAGLLWAAE 135 (471)
Q Consensus 56 ~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~Grk~~l~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~li~~r~l~G~g~g~~~~~~ 135 (471)
++...+...+....+..++.++.++++||+|||+.+.++.++..+...... ..++.+.++. -++.|++.+..++..
T Consensus 293 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~ 368 (438)
T 3o7q_A 293 TAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISA---FAGGHVGLIA-LTLCSAFMSIQYPTI 368 (438)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HCCHHHHHHH-HHHHHHHHTTHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HcCCcHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344445556666677778889999999999999999998876655332222 2455554444 488889999888888
Q ss_pred hhhhccCCCCCchhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHH
Q 012075 136 GAIMTSYPPPNRKGTYISIFWSIFNMGGVIGGLIP 170 (471)
Q Consensus 136 ~~~i~~~~~~~~RG~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~ 170 (471)
..+..|..|++ |++..++.. ...+|..++|.+.
T Consensus 369 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~ 401 (438)
T 3o7q_A 369 FSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVM 401 (438)
T ss_dssp HHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHH
Confidence 88878887766 888888876 5568888888876
No 11
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=98.48 E-value=1.5e-06 Score=85.28 Aligned_cols=149 Identities=10% Similarity=-0.049 Sum_probs=96.9
Q ss_pred ccchhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCCCCccceeeehhhhHHHHHHHHHHhHhhhhcccCCCCCCCccCCCCCCCC
Q 012075 270 NLRTRGLNNVFYWGAQMLGSVGIGYIFDFSFPTRRKRGFVGIVVVALLGSAIWAGGLANQLNYSHDKPPAKLDFKNSGSD 349 (471)
Q Consensus 270 ~~~~~~l~~~~~~i~~i~g~~~~g~l~D~~~~gRr~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 349 (471)
+..+.++......++..++.++.|++.|| +|||+....+...... ...... . . ++
T Consensus 33 s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr--~g~r~~~~~~~~~~~~-~~~~~~--~--~------------------~~ 87 (375)
T 2gfp_A 33 REGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDR--VGRRPVILVGMSIFML-ATLVAV--T--T------------------SS 87 (375)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTT--SCCCCCCHHHHHHHHH-HHHHHH--H--H------------------HH
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hCCchhHHHHHHHHHH-HHHHHH--H--h------------------cc
Confidence 44456677778899999999999999999 8999988776655422 211111 0 0 12
Q ss_pred chhHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCchhhHHHHHHH--HHHHhh
Q 012075 350 FAGPFVLYFCYGLLDAMFQSMVYWVIGALADDSETLSRYSGFYKGVQSAGAAVAWQVDTHKVSLLSQLVVNW--SLTTIS 427 (471)
Q Consensus 350 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~g~~i~~~~~~~~~p~~~~~~~~~--~~~~~~ 427 (471)
+....+..++.|++.+...+....++.|.+++ ++++++++..+...++|..++..+....... .+..+ .+.++.
T Consensus 88 ~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~---~~~~~~~~~~~~~ 163 (375)
T 2gfp_A 88 LTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYER-TQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTM---WNWRACYLFLLVL 163 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-SSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCH---HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHh---ccHHHHHHHHHHH
Confidence 23456677788999998888888899998832 3457889999998888888888776543221 12222 222222
Q ss_pred hhhhhheeeeeeccCCCccC
Q 012075 428 YPLLVILVLLAVKDEKSPEE 447 (471)
Q Consensus 428 ~~~~i~~~~~~~pet~~~~~ 447 (471)
.+......++.+||+++.++
T Consensus 164 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 183 (375)
T 2gfp_A 164 CAGVTFSMARWMPETRPVDA 183 (375)
T ss_dssp HHHHHCCCCCSSCCCSTTTC
T ss_pred HHHHHHHHHHHCcccCCCCc
Confidence 22333335567888865543
No 12
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=98.47 E-value=3.4e-07 Score=93.39 Aligned_cols=145 Identities=12% Similarity=-0.011 Sum_probs=83.3
Q ss_pred HHHHHHHhhhchhhhhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc-cchHHHHHHHHHHhhhhhHH-HhhhhhhhccCC
Q 012075 66 ALYTTFTIFGILGGGIYNILGPQVTLISACSTYVLYAGSFLYYNHH-KHQAFAIAAGAILGIGAGLL-WAAEGAIMTSYP 143 (471)
Q Consensus 66 ~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~Grk~~l~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~li~~r~l~G~g~g~~-~~~~~~~i~~~~ 143 (471)
.......++.++++.+.||+|||+.++.+.....+........... .+.+..++.-++...+.+.. .+....|.+|+.
T Consensus 320 ~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~f 399 (491)
T 4gc0_A 320 IVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIF 399 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhC
Confidence 3344455677899999999999999998887665533322211111 22222222222222222221 234567899999
Q ss_pred CCCchhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHhhccCCC-ccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCc
Q 012075 144 PPNRKGTYISIFWSIFNMGGVIGGLIPFILNYNRNE-AVSVNDGTYIGFMCFMSAGALLSLVILPPGR 210 (471)
Q Consensus 144 ~~~~RG~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~l~~p~~ 210 (471)
|.+.|++.+|+......+|..+++.+.-.+...... ........++++.++.+++.+...++.||.+
T Consensus 400 Pt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 400 PNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp CTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred CHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 999999999999988888888877653111100000 0001122355666666666666666666543
No 13
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=98.33 E-value=1e-06 Score=89.98 Aligned_cols=105 Identities=8% Similarity=0.013 Sum_probs=75.3
Q ss_pred HHHHHHHhhhchhhhhhhccchhHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHhhh------cccchHHHHHHHHHHhhhhhHHHhh
Q 012075 66 ALYTTFTIFGILGGGIYNILGPQVTLI-----SACSTYVLYAGSFLYYN------HHKHQAFAIAAGAILGIGAGLLWAA 134 (471)
Q Consensus 66 ~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~Grk~~l~-----i~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~li~~r~l~G~g~g~~~~~ 134 (471)
.......++.++.+++.||+|||+... ++.++..+......... ...+.+.++++-++.|++.+...+.
T Consensus 327 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~ 406 (491)
T 4aps_A 327 LNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPV 406 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHH
Confidence 333444566788899999999986544 44443332111111100 0126677888889999999988888
Q ss_pred hhhhhccCCCCCchhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHH
Q 012075 135 EGAIMTSYPPPNRKGTYISIFWSIFNMGGVIGGLIP 170 (471)
Q Consensus 135 ~~~~i~~~~~~~~RG~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~ 170 (471)
...++.|..|+++||+.+|++.....+|..+|+.+.
T Consensus 407 ~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~ 442 (491)
T 4aps_A 407 GLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLV 442 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHG
T ss_pred HHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 889999999999999999999999999999999886
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=97.78 E-value=0.00015 Score=74.32 Aligned_cols=115 Identities=14% Similarity=-0.007 Sum_probs=76.5
Q ss_pred cccchhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCCC-CccceeeehhhhHHHHHHHHHHhHhhhhcccCCCCCCCccCCCCCC
Q 012075 269 FNLRTRGLNNVFYWGAQMLGSVGIGYIFDFSFP-TRRKRGFVGIVVVALLGSAIWAGGLANQLNYSHDKPPAKLDFKNSG 347 (471)
Q Consensus 269 ~~~~~~~l~~~~~~i~~i~g~~~~g~l~D~~~~-gRr~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 347 (471)
.+..+.++....+.++..++.++.|++.|| + |||+....+.++.. ++.+.. .+ . +
T Consensus 51 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr--~~g~r~~~~~~~~~~~-~~~~~~----~~----~--------~----- 106 (524)
T 2xut_A 51 LRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADR--FFGKYNTILWLSLIYC-VGHAFL----AI----F--------E----- 106 (524)
T ss_dssp TTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTT--SSCSHHHHHHHHHHHH-HHHHHH----HH----T--------S-----
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HhcchHHHHHHHHHHH-HHHHHH----HH----h--------c-----
Confidence 344456777778899999999999999999 7 99997766554432 111111 10 0 0
Q ss_pred CCchhHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhhhHHH---HHHHHHHHHHHHHHhhhcc
Q 012075 348 SDFAGPFVLYFCYGLLDAMFQSMVYWVIGALADDSETLSRYS---GFYKGVQSAGAAVAWQVDT 408 (471)
Q Consensus 348 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~s~g~~i~~~~~~ 408 (471)
.++...++..++.|++.+...+....++.|.+++. +++++. +.++...++|.+++..+..
T Consensus 107 ~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 169 (524)
T 2xut_A 107 HSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQS-NKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMP 169 (524)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTT-TTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTST
T ss_pred ccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCcc-chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 13334566677788888888888888999998432 334444 4477777777777766554
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=27.37 E-value=20 Score=18.92 Aligned_cols=13 Identities=15% Similarity=0.253 Sum_probs=10.4
Q ss_pred hhhhhhccchhHH
Q 012075 78 GGGIYNILGPQVT 90 (471)
Q Consensus 78 ~g~l~d~~Grk~~ 90 (471)
.|.+..+||||..
T Consensus 3 fgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 3 FGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHTSHHH
T ss_pred HHHHHHHHhHHHH
Confidence 5778899999863
Done!