Query 012315
Match_columns 466
No_of_seqs 542 out of 3023
Neff 10.6
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 07:00:44 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/012315.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/012315hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 4.2E-35 1.5E-39 288.1 30.7 355 101-458 25-433 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 6.4E-34 2.2E-38 278.7 35.3 337 101-454 23-428 (438)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.2E-31 4E-36 257.1 16.1 321 107-445 3-363 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 5.2E-29 1.8E-33 247.5 27.1 350 107-459 16-472 (491)
5 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 5.2E-28 1.8E-32 240.3 27.5 361 102-465 10-471 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 1.2E-26 4.1E-31 225.3 18.1 337 113-460 16-401 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 1.9E-24 6.4E-29 216.5 26.7 169 110-279 18-197 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.7 4.5E-16 1.5E-20 152.3 12.1 175 106-280 254-433 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 8.6E-14 2.9E-18 134.7 12.6 146 137-284 257-403 (417)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 1.4E-13 4.8E-18 134.0 14.2 160 111-275 265-427 (438)
11 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.5 3.3E-13 1.1E-17 133.5 14.1 179 108-286 281-468 (491)
12 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 3.3E-12 1.1E-16 126.3 13.8 163 121-284 300-475 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.2 5.2E-12 1.8E-16 120.3 4.8 160 105-267 200-363 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 98.9 1.7E-09 5.8E-14 107.7 8.4 144 140-283 336-505 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 45.7 6.6 0.00022 19.2 0.6 14 158-171 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 21.9 2.1E+02 0.0073 23.4 6.3 25 145-169 99-123 (198)
17 3hd6_A Ammonium transporter RH 21.2 5.4E+02 0.018 24.5 12.7 30 221-250 335-364 (490)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=4.2e-35 Score=288.11 Aligned_cols=355 Identities=16% Similarity=0.234 Sum_probs=278.8
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHhHhhhhhccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCcchHHHHHHHHHH
Q 012315 101 KRWFIVVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWS 180 (466)
Q Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~ 180 (466)
.+|+.+...++..+..+++...+.+.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.++.++.+
T Consensus 25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 103 (451)
T 1pw4_A 25 LRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAA 103 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHH
Confidence 4567788888888999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHH----HhhhchhHHHHHHHHHHhhhccchhhHHHHHhcccCCCchhHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHhhcc
Q 012315 181 IATALTPV----AAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHR 256 (466)
Q Consensus 181 ~~~~~~~~----~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~ 256 (466)
++.+++++ ++ +++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+++|.+++++.+.
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~ 181 (451)
T 1pw4_A 104 AVMLFMGFVPWATS--SIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAW 181 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHCHHHHS--SSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhhccc--cHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999 88 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998888
Q ss_pred cC-chHHHHHHhHHHHHHHHHHhhhcccCCCCCCCCChHHHH-----HHhhcccCCCCCCCcchhhhhcChhHHHHHHHH
Q 012315 257 FG-WPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDPQLRPAEKK-----LIVSSCASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSH 330 (466)
Q Consensus 257 ~g-w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 330 (466)
+| ||+.|++.+++.++..++.++..||+++..+..+.++.+ +..++.+++.+.++...++++++|.++...+..
T Consensus 182 ~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 261 (451)
T 1pw4_A 182 FNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIAN 261 (451)
T ss_dssp TCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHH
T ss_pred hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHH
Confidence 98 999999999888877776666666655433211111100 000000001111111246788999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------------------------------H-------HHHHHhHHHH-HHHHHHhcC
Q 012315 331 FCHNWGTFILLTWMPTYYNQ--------------------------------I-------MQSIGFLGPA-FFLTQLSHV 370 (466)
Q Consensus 331 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~--------------------------------~-------~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~ 370 (466)
++..........++|.|+++ . ....+..+.. +.+..+...
T Consensus 262 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 341 (451)
T 1pw4_A 262 VFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMN 341 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999999999999999877 0 1111111111 222222222
Q ss_pred --CchHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhcccCc-cchhhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhccCcchhHHHHHHH
Q 012315 371 --DSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAP-RYSGVLLGLSNTAGVL-AGVFGTAATGYILQHGSWDDVFKVSVG 446 (466)
Q Consensus 371 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~i~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~ 446 (466)
.+.+......++.+++.....+....+..+..| +++|+++|+.+....+ |..++|.+.|.+.|..||...|++.++
T Consensus 342 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~ 421 (451)
T 1pw4_A 342 PAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIG 421 (451)
T ss_dssp CTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHH
T ss_pred cccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHH
Confidence 244445555555555555556666677777776 5899999999999999 999999999999999999999999888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHh
Q 012315 447 LYLVGTAVWNLF 458 (466)
Q Consensus 447 ~~~~~~~~~~~~ 458 (466)
+.+++.++....
T Consensus 422 ~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 422 GSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHH
Confidence 888877766654
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=6.4e-34 Score=278.66 Aligned_cols=337 Identities=13% Similarity=0.123 Sum_probs=266.0
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHhHhhhhhccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCcchHHHHHHHHHH
Q 012315 101 KRWFIVVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWS 180 (466)
Q Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~ 180 (466)
+++..+..+++.++..+++.....+..|.+.+++|++..++|++.+++.++..+++++.|+++||+|||++++++.++.+
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 45666777778888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHH---HHHhhhchhHHHHHHHHHHhhhccchhhHHHHHhcccCCCchhHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHhh-cc
Q 012315 181 IATALT---PVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLI-HR 256 (466)
Q Consensus 181 ~~~~~~---~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~-~~ 256 (466)
++.+++ .+++ +++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+++|.+++++. +.
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 180 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWPAAEIM--NYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSN 180 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTT--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHhccccc--cHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 999998 7777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998 55
Q ss_pred cC-------------------------chHHHHHHhHHHHHHHHHHhhh-cccCCCCCCCCChHHHHHHhhcccCCCCCC
Q 012315 257 FG-------------------------WPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSK-AHSSPAEDPQLRPAEKKLIVSSCASKEPVK 310 (466)
Q Consensus 257 ~g-------------------------w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (466)
.+ ||+.|++.+++.++..++.++. .|+.++++++. +++++.
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~-------------~~~~~~ 247 (438)
T 3o7q_A 181 VPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSD-------------AKQGSF 247 (438)
T ss_dssp SCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCC-------------SSTTSH
T ss_pred cccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccc-------------ccccch
Confidence 54 9999988877766665554443 22222211010 011112
Q ss_pred CcchhhhhcChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHH-------------------------------------HH
Q 012315 311 TIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTY-YNQ-------------------------------------IM 352 (466)
Q Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-l~~-------------------------------------~~ 352 (466)
+.++++++++|.++...+..++....+.....++|.| +++ ..
T Consensus 248 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~ 327 (438)
T 3o7q_A 248 SASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKV 327 (438)
T ss_dssp HHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHH
T ss_pred hhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHH
Confidence 3457788999999999999999988899999999999 776 22
Q ss_pred HHHHhHHHHHHHHHHhcCCchHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhcccCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 012315 353 QSIGFLGPAFFLTQLSHVDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYIL 432 (466)
Q Consensus 353 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~ 432 (466)
...+.++..+........++.+..+.. .+.+++.+...+..+.+..+..|++++.+.++.. .+.+|+.++|.+.|++.
T Consensus 328 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~ 405 (438)
T 3o7q_A 328 LAAYALIAMALCLISAFAGGHVGLIAL-TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQDTKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVS 405 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH-HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGGHHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 233333334444444444444443333 4444555666677777766767766888888877 77899999999999999
Q ss_pred ccCc-chhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 012315 433 QHGS-WDDVFKVSVGLYLVGTAV 454 (466)
Q Consensus 433 ~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 454 (466)
|..| ++..|.+.+++.++..+.
T Consensus 406 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
T 3o7q_A 406 DAAGNIPTAELIPALCFAVIFIF 428 (438)
T ss_dssp HHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9977 999988776665554443
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.97 E-value=1.2e-31 Score=257.11 Aligned_cols=321 Identities=12% Similarity=0.064 Sum_probs=256.1
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhhHHhHhhhhhccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 012315 107 VLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALT 186 (466)
Q Consensus 107 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 186 (466)
..+++..+...+....+.+.+|.+.+++|.++.+.+++.+++.++..+++++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45566677788888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhhhchhHHHHHHHHHHhhhccchhhHHHHHhcccCCCchhHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHhhcccCchHHHHHH
Q 012315 187 PVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSF 266 (466)
Q Consensus 187 ~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~gw~~~~~~~ 266 (466)
.+++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+....+|..++|.+++++.+..|||+.|++.
T Consensus 83 ~~~~--~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 160 (375)
T 2gfp_A 83 VTTS--SLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFL 160 (375)
T ss_dssp HHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHH
Confidence 9998 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999988999999998
Q ss_pred hHHHHHHHHHHhhhcccCCCCCCCCChHHHHHHhhcccCCCCCCCcchhhhhcChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 012315 267 GSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDPQLRPAEKKLIVSSCASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPT 346 (466)
Q Consensus 267 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 346 (466)
+++.++..+...+..||+++++++. ++.+.++++++|+|.++...+..++..........+.|.
T Consensus 161 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 224 (375)
T 2gfp_A 161 LVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR----------------TRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGV 224 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC----------------CCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc----------------ccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8887776665555555544322111 112335677889999999988888888888888888888
Q ss_pred HHHH--------------------------------HH---HHHHhHH-HHHHHH--HHhc--CCchHHHHHHHHHHhhh
Q 012315 347 YYNQ--------------------------------IM---QSIGFLG-PAFFLT--QLSH--VDSPAMAVLCMACSQGT 386 (466)
Q Consensus 347 ~l~~--------------------------------~~---~~~~~~~-~~~~~~--~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~ 386 (466)
|+++ .. ...+... ...... .... .++.+...+..++.+++
T Consensus 225 ~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~ 304 (375)
T 2gfp_A 225 LMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLMWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFG 304 (375)
T ss_dssp SSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7765 00 0111100 000000 0000 11334344445555566
Q ss_pred hhhhhhhhhhhhcccCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcchhHHHHHH
Q 012315 387 DAFSQSGLYSNHQDIAPRYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQHGSWDDVFKVSV 445 (466)
Q Consensus 387 ~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~ 445 (466)
.+...+.......+..|+++|++.|+.+....+|..++|.+.|.+.+..++...+.+.+
T Consensus 305 ~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~ 363 (375)
T 2gfp_A 305 AGMLFPLATSGAMEPFPFLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMTL 363 (375)
T ss_dssp HHHTSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhhHHHHHHHHHhCCcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHHH
Confidence 66667777778888778999999999999999999999999999998888877776643
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.97 E-value=5.2e-29 Score=247.52 Aligned_cols=350 Identities=14% Similarity=0.079 Sum_probs=237.7
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhhHHhHh-hhhhc-----cCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcc-cCcchHHHHHHHHH
Q 012315 107 VLCFSAFLLCNMDRVNMSIAIL-PMSAE-----FNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADT-VGGKAVLGFGVVWW 179 (466)
Q Consensus 107 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~-----~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~g~r~~~~~~~~~~ 179 (466)
....+..+...+..+.....++ ++.++ +|.+..+.+++.+++.++..+++++.|+++|| +|||+++..+.++.
T Consensus 16 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~ 95 (491)
T 4aps_A 16 STLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLI 95 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHH
Confidence 3334444444444444444433 45554 99999999999999999999999999999999 89999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHhhhccchhhHHHHHhcccCCCc--hhHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHhhccc
Q 012315 180 SIATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAE--RSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRF 257 (466)
Q Consensus 180 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~ 257 (466)
+++.+++++++ +++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|.+++++.+..
T Consensus 96 ~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~ 173 (491)
T 4aps_A 96 MLGHIVLALPF--GASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAA 173 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHSCC--STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Confidence 99999999998 99999999999999999999999999999999988 778888899999999999999999999999
Q ss_pred CchHHHHHHhHHHHHHHHHHhhhcccCCCCC-----CCCChHHHHHHhhc------------------ccCC--------
Q 012315 258 GWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAED-----PQLRPAEKKLIVSS------------------CASK-------- 306 (466)
Q Consensus 258 gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~-------- 306 (466)
|||+.|++.++..++..+...+..++..+++ ....+++.+...+. ...+
T Consensus 174 g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 253 (491)
T 4aps_A 174 GYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLL 253 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhh
Confidence 9999999987776665555444333221111 11111111110000 0000
Q ss_pred ---------------CCCCCcchhhhhcChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------------------
Q 012315 307 ---------------EPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQ--------------------- 350 (466)
Q Consensus 307 ---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~--------------------- 350 (466)
.+++.....+..+....+.+.+..++....+.....+++.|+.+
T Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 333 (491)
T 4aps_A 254 TIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIM 333 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHH
Confidence 00000000111122234445555555555556666677777766
Q ss_pred ---------------------HHHHHHhHHHHHHHHHHhc---------CCchHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhcc
Q 012315 351 ---------------------IMQSIGFLGPAFFLTQLSH---------VDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQD 400 (466)
Q Consensus 351 ---------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 400 (466)
.....+....++.+..+.. ..+.+......++.+.+.+...+..+.+..+
T Consensus 334 ~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 413 (491)
T 4aps_A 334 LYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTK 413 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHH
Confidence 0001222222222211111 1234445555555555666666777778888
Q ss_pred cCc-cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 012315 401 IAP-RYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQHGSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNLFS 459 (466)
Q Consensus 401 ~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 459 (466)
..| +.||++.|+.+....+|..++|.+.+.+.+. ++...|.+.+++.+++.++.+++.
T Consensus 414 ~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 472 (491)
T 4aps_A 414 LAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK-SEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLS 472 (491)
T ss_dssp HTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS-STTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-
T ss_pred hCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 777 5899999999999999999999999998875 666777777777777666655553
No 5
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.96 E-value=5.2e-28 Score=240.32 Aligned_cols=361 Identities=17% Similarity=0.155 Sum_probs=234.6
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHhHhhhhhccCC--------ChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCcchHHH
Q 012315 102 RWFIVVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNW--------NPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLG 173 (466)
Q Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~ 173 (466)
.+...++..++.++.+++...++..+|.+.++++. +..+.|++.+.+.+|..++++++|+++||+|||+++.
T Consensus 10 ~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~ 89 (491)
T 4gc0_A 10 IFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLK 89 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHH
T ss_pred HhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHH
Confidence 34445556677788899999999889988877642 3456789999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH------------------HhhhchhHHHHHHHHHHhhhccchhhHHHHHhcccCCCchhHHHHHH
Q 012315 174 FGVVWWSIATALTPV------------------AAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALV 235 (466)
Q Consensus 174 ~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~ 235 (466)
++.+++.++.+++++ ++ |++.++++|+++|++.|...+....+++|+.|+++|++..++.
T Consensus 90 ~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~--~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~ 167 (491)
T 4gc0_A 90 IAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAG--YVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFN 167 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGG--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhh
Confidence 999999999999984 56 8999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhHHHHHhhhHHHhhcc--------cCchHHHHHHhHHHHHHHHHHhhhcccCCCCCC-CCChHHHHHH-hh----
Q 012315 236 YSGMYLGSVTGLAFSPFLIHR--------FGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDP-QLRPAEKKLI-VS---- 301 (466)
Q Consensus 236 ~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~--------~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~-~~---- 301 (466)
+.+..+|.++++.++..+... .+||..+.+..+..++.. ...+..||+|+... +.+.++.... .+
T Consensus 168 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~ 246 (491)
T 4gc0_A 168 QFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFL-MLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGN 246 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHH-HHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhh-hhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCC
Confidence 999999999999888776543 246776666555555443 44455677654211 1111111000 00
Q ss_pred ---------ccc-CCCCCCCcchhhhhcChhHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------------------
Q 012315 302 ---------SCA-SKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVS-HFCHNWGTFILLTWMPTYYNQ-------------------- 350 (466)
Q Consensus 302 ---------~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~-------------------- 350 (466)
..+ ..+.++.......++.+........ .+........+..+.+.+.+.
T Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 326 (491)
T 4gc0_A 247 TLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINL 326 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHH
Confidence 000 0000001111222333333322222 222233334444455544444
Q ss_pred ----------------HHHHHHhHHHHHHHHH----HhcCCchHHHHHH-HHHHhhhhhhhhhhhhhhhcccCc-cchhh
Q 012315 351 ----------------IMQSIGFLGPAFFLTQ----LSHVDSPAMAVLC-MACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAP-RYSGV 408 (466)
Q Consensus 351 ----------------~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~ 408 (466)
.....+.....+.+.. .......+..+.. .+...++.....+..+.+..|.+| +.|++
T Consensus 327 ~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~ 406 (491)
T 4gc0_A 327 TFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGK 406 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHH
Confidence 1111111111111111 1112222222222 222333333344667788889988 69999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc------CcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--cCCCccc
Q 012315 409 LLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQH------GSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNLF--STGEKVV 465 (466)
Q Consensus 409 ~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~ 465 (466)
+.|+.+..+.+++++++.+.+.+.+. .++...|++.+++.+++.++.+++ ++|.|.+
T Consensus 407 ~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tL 471 (491)
T 4gc0_A 407 ALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKTL 471 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCCH
Confidence 99999999999999999988877553 345567777777777777666555 5555554
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.94 E-value=1.2e-26 Score=225.35 Aligned_cols=337 Identities=12% Similarity=0.029 Sum_probs=211.3
Q ss_pred HHHhhhhhhhhHHhHhh-hhhccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCcchHHHHHHHHHHHHH---HHHHH
Q 012315 113 FLLCNMDRVNMSIAILP-MSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIAT---ALTPV 188 (466)
Q Consensus 113 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~ 188 (466)
.+..........+.+|. +.+++|++..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++.+++. ....+
T Consensus 16 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 95 (417)
T 2cfq_A 16 FFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIF 95 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34444444555566666 556799999999999999999999999999999999999999998887765532 11122
Q ss_pred Hhhhch-hHHHHHHHHHHhhhccchhhHHHHHhcccCC--CchhHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHhhcccCchHHHHH
Q 012315 189 AAKLGL-PFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPV--AERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYS 265 (466)
Q Consensus 189 ~~~~~~-~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~gw~~~~~~ 265 (466)
.+ .. ..++..+++.|++.+..++.....+.++.++ ++++...|.......+|..++|.+++++.+ .+|+..|++
T Consensus 96 ~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f~~ 172 (417)
T 2cfq_A 96 GP--LLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVFWL 172 (417)
T ss_dssp HH--HHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHHTT
T ss_pred HH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHHHH
Confidence 22 11 1123445555555554444444444444432 456777888888899999999999999887 589999988
Q ss_pred HhHHHHHHHHHHhhhcccCCCCCCCCChHHHHHHhhcccCCCCCCCcchhhhhcChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 012315 266 FGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDPQLRPAEKKLIVSSCASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMP 345 (466)
Q Consensus 266 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 345 (466)
.++..++..+..++..|++++..++ + +.+ .+++++....++++++++|.++...+..++....+..+..++|
T Consensus 173 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~--~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 244 (417)
T 2cfq_A 173 GSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATV-A--NAV-----GANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFA 244 (417)
T ss_dssp TTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCS-S--SSS-----SSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHcCccccccccc-c--ccc-----ccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7776544444333333332211100 0 000 0001111112456788999988776665555445555555566
Q ss_pred HHHHH----------------------------------------HHHHHHhHHHHHHHHHHhcCCchHHHHHHHHHHhh
Q 012315 346 TYYNQ----------------------------------------IMQSIGFLGPAFFLTQLSHVDSPAMAVLCMACSQG 385 (466)
Q Consensus 346 ~~l~~----------------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 385 (466)
.|+.+ .....+..+.++........++.+..++...+.++
T Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~ 324 (417)
T 2cfq_A 245 NFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMF 324 (417)
T ss_dssp HHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHH
Confidence 65433 11222222233333333333444443333333333
Q ss_pred hhhhhhhhhhhhhcccCc-cchhhHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Q 012315 386 TDAFSQSGLYSNHQDIAP-RYSGVLLGLS-NTAGVLAGVFGTAATGYILQHGSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNLFST 460 (466)
Q Consensus 386 ~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~-~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 460 (466)
......+..+.+..+..| +.||++.|+. +....+|++++|.+.|++.|..|+...|.+.+++.+++.++.....+
T Consensus 325 ~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~ 401 (417)
T 2cfq_A 325 EVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLS 401 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Confidence 333344445667777777 6899999984 78888999999999999999888989999888888887776655443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.93 E-value=1.9e-24 Score=216.49 Aligned_cols=169 Identities=15% Similarity=0.169 Sum_probs=143.3
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhhhHHhHh-hhhhccC------CChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccc-CcchHHHHHHHHHHH
Q 012315 110 FSAFLLCNMDRVNMSIAIL-PMSAEFN------WNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTV-GGKAVLGFGVVWWSI 181 (466)
Q Consensus 110 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~------~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-g~r~~~~~~~~~~~~ 181 (466)
.+..++..+..+...+.++ ++.+++| ++..+.|++.+++.++..++.++.|+++||+ |||+++.++.++.++
T Consensus 18 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~ 97 (524)
T 2xut_A 18 IASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCV 97 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHH
Confidence 3344444444444444544 4677899 9999999999999999999999999999999 999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHhhhccchhhHHHHHhcccCCCchhHHHHH---HHHHHHhHHHHHhhhHHHhhcccC
Q 012315 182 ATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLAL---VYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFG 258 (466)
Q Consensus 182 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~g 258 (466)
+.+++++++. +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. ++.+.++|..++|.+++++.+..|
T Consensus 98 ~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g 176 (524)
T 2xut_A 98 GHAFLAIFEH-SVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFG 176 (524)
T ss_dssp HHHHHHHTSS-CHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSC
T ss_pred HHHHHHHhcc-cHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc
Confidence 9988887641 678899999999999999999999999999999999876666 999999999999999999999899
Q ss_pred chHHHHHHhHHHHHHHHHHhh
Q 012315 259 WPSVFYSFGSLGTVWFTVWLS 279 (466)
Q Consensus 259 w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 279 (466)
|++.|++.+++.++..+...+
T Consensus 177 ~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 177 AAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999888877665555443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.65 E-value=4.5e-16 Score=152.33 Aligned_cols=175 Identities=13% Similarity=0.064 Sum_probs=144.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhhHHhHhhhhhc-cCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccc--CcchHHHHHHHHHH-H
Q 012315 106 VVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAE-FNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTV--GGKAVLGFGVVWWS-I 181 (466)
Q Consensus 106 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--g~r~~~~~~~~~~~-~ 181 (466)
+....+..++............|.+.++ +|.+..+.+++.+...++.+++.++.|++.||+ |+|+.+..+..+.. +
T Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 333 (451)
T 1pw4_A 254 LWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTI 333 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHH
Confidence 3344444444555555666677776555 899999999999999999999999999999999 99999888877766 6
Q ss_pred HHHHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHhhhccchhhHHHHHhcccCCCchhHHHHHHHHHHHh-HHHHHhhhHHHhhcccCch
Q 012315 182 ATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYL-GSVTGLAFSPFLIHRFGWP 260 (466)
Q Consensus 182 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~ig~~~~~~l~~~~gw~ 260 (466)
+.++..+.+..+.+.+.+..++.|++.+...+....++.|.+|+++|++++|+.+....+ |..++|.+.+++.+..||+
T Consensus 334 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~ 413 (451)
T 1pw4_A 334 ATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWD 413 (451)
T ss_dssp HHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSH
T ss_pred HHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcH
Confidence 666666654226777778888899988888888899999999999999999999999999 9999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhHHHHHHHHHHhhh
Q 012315 261 SVFYSFGSLGTVWFTVWLSK 280 (466)
Q Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 280 (466)
..|++.+++.++..++.++.
T Consensus 414 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 414 GGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999888877766655544
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.50 E-value=8.6e-14 Score=134.72 Aligned_cols=146 Identities=8% Similarity=0.022 Sum_probs=123.1
Q ss_pred ChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHhhhccchhhHH
Q 012315 137 NPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMN 216 (466)
Q Consensus 137 s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~ 216 (466)
+....+++.++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.+ +.+.+++..++.+++.+...+...
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 334 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFAT--SALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCF 334 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC--SHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 345668888888889999999999999999999999998888888877777666 777777777788887777777778
Q ss_pred HHHhcccCCCchhHHHHH-HHHHHHhHHHHHhhhHHHhhcccCchHHHHHHhHHHHHHHHHHhhhcccC
Q 012315 217 NILSKWVPVAERSRSLAL-VYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSS 284 (466)
Q Consensus 217 ~~~~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 284 (466)
.++.|.+|++.|+++.++ ++....+|..++|.++|++.+..|+...|.+.+++.++..++.+...+++
T Consensus 335 ~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 403 (417)
T 2cfq_A 335 KYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGP 403 (417)
T ss_dssp HHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCS
T ss_pred HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCC
Confidence 999999999999999999 58888999999999999999988999999988888777766655555543
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.50 E-value=1.4e-13 Score=133.99 Aligned_cols=160 Identities=9% Similarity=-0.012 Sum_probs=128.3
Q ss_pred HHHHHhhhhhhhhHHhHhhh-hh-ccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 012315 111 SAFLLCNMDRVNMSIAILPM-SA-EFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALTPV 188 (466)
Q Consensus 111 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~-~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 188 (466)
+..++............|.+ .+ .+|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++..+
T Consensus 265 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 344 (438)
T 3o7q_A 265 LAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAF 344 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333344444555555555 54 45999999999999999999999999999999999999999999999998888887
Q ss_pred HhhhchhHHHHHHHHHHhhhccchhhHHHHHhcccCCCchhHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHhhcccC-chHHHHHHh
Q 012315 189 AAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFG-WPSVFYSFG 267 (466)
Q Consensus 189 ~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~g-w~~~~~~~~ 267 (466)
.+ +.+.++ ..++.|++.+...+...++..|.+|++ ++.+.++.. ...+|..++|.+.|++.+..| ++..|++.+
T Consensus 345 ~~--~~~~~~-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~ 419 (438)
T 3o7q_A 345 AG--GHVGLI-ALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPA 419 (438)
T ss_dssp CC--HHHHHH-HHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHH
T ss_pred cC--CcHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHH
Confidence 76 555443 447888999999999999999999855 888888877 567999999999999999998 999988766
Q ss_pred HHHHHHHH
Q 012315 268 SLGTVWFT 275 (466)
Q Consensus 268 ~~~~~~~~ 275 (466)
++.++..+
T Consensus 420 ~~~~~~~~ 427 (438)
T 3o7q_A 420 LCFAVIFI 427 (438)
T ss_dssp HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH
Confidence 55444333
No 11
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.47 E-value=3.3e-13 Score=133.49 Aligned_cols=179 Identities=13% Similarity=0.003 Sum_probs=132.6
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhhHHhHhhhhhccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 012315 108 LCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALTP 187 (466)
Q Consensus 108 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 187 (466)
......+......+.+....+.+.+..+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+...+.++.+..+
T Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~ 360 (491)
T 4gc0_A 281 GVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLG 360 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHH
Confidence 33334444444455666677888888898888888888888899999999999999999999999999988888876665
Q ss_pred HHhhh--chhHHHHHHHHHHhh-hccchhhHHHHHhcccCCCchhHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHhhc------ccC
Q 012315 188 VAAKL--GLPFLLVVRVFMGIG-EGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIH------RFG 258 (466)
Q Consensus 188 ~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~------~~g 258 (466)
..... +.+..++..++...+ .....+..+.+.+|.+|.+.|++++|+......+|..+++.+.+.+.+ ..+
T Consensus 361 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~ 440 (491)
T 4gc0_A 361 TAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFH 440 (491)
T ss_dssp HHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Confidence 44211 122222222222222 223456778999999999999999999999999999999888766543 345
Q ss_pred chHHHHHHhHHHHHHHHHHhhhcccCCC
Q 012315 259 WPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPA 286 (466)
Q Consensus 259 w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 286 (466)
+...|++.++++++..+..+++.||.+.
T Consensus 441 ~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 441 NGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp TCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 6778888888888888888888887653
No 12
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.38 E-value=3.3e-12 Score=126.32 Aligned_cols=163 Identities=14% Similarity=0.059 Sum_probs=125.8
Q ss_pred hhhHHhHhh-hhhccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCcchHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHh----
Q 012315 121 VNMSIAILP-MSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLG-----FGVVWWSIATALTPVAA---- 190 (466)
Q Consensus 121 ~~~~~~~~~-~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~---- 190 (466)
......+|. ..+.++.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+|||+... .+.++.+++.++..+..
T Consensus 300 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 379 (491)
T 4aps_A 300 EQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYG 379 (491)
T ss_dssp GGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCC
T ss_pred hhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 333444454 44456777678888899999999999999999999999986655 77777777776666542
Q ss_pred ---hhchhHHHHHHHHHHhhhccchhhHHHHHhcccCCCchhHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHhhcccCchHHHHHHh
Q 012315 191 ---KLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSFG 267 (466)
Q Consensus 191 ---~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~gw~~~~~~~~ 267 (466)
..+.+.+++..++.|++.+...+....++.|.+|+++|++++|+.+....+|..+++.+.+++.+ .++...|.+.+
T Consensus 380 ~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~ 458 (491)
T 4aps_A 380 TSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNA-KSEVAYFSYFG 458 (491)
T ss_dssp CCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGG-SSTTHHHHHTH
T ss_pred CCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-ccHHHHHHHHH
Confidence 12567777888899999999899999999999999999999999999999999999999988866 46777888888
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhcccC
Q 012315 268 SLGTVWFTVWLSKAHSS 284 (466)
Q Consensus 268 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 284 (466)
++.++..+..++..++.
T Consensus 459 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 475 (491)
T 4aps_A 459 LGSVVLGIVLVFLSKRI 475 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHC----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88777766665554443
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.22 E-value=5.2e-12 Score=120.28 Aligned_cols=160 Identities=11% Similarity=-0.056 Sum_probs=121.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHhHhhhhhc-cCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCcchHHHHHHHH-HHHH
Q 012315 105 IVVLCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSAE-FNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVW-WSIA 182 (466)
Q Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~-~~~~ 182 (466)
.+....+..++.......+....|.+.++ +|.++.+.+++.+...++..++.++.|++.||++++ +..+... ...+
T Consensus 200 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~~~~~~~~~~~ 277 (375)
T 2gfp_A 200 GFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MWQSVICCLLAG 277 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HHHHHHHHHHTS
T ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHH
Confidence 34444444555555556666677776555 899999999999999999999999999999999883 2333322 2222
Q ss_pred HH--HHHHHhhhchhHHHHHHHHHHhhhccchhhHHHHHhcccCCCchhHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHhhcccCch
Q 012315 183 TA--LTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWP 260 (466)
Q Consensus 183 ~~--~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~gw~ 260 (466)
.. ........+.+.+++..++.|++.+...+...+++.|.+| ++|+++.|+.+....+|..++|.+.+.+.+..+|+
T Consensus 278 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~ 356 (375)
T 2gfp_A 278 LLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGS 356 (375)
T ss_dssp SSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCccc
Confidence 22 2222211256777778889999999999999999999998 89999999999999999999999999998877787
Q ss_pred HHHHHHh
Q 012315 261 SVFYSFG 267 (466)
Q Consensus 261 ~~~~~~~ 267 (466)
..+.+.+
T Consensus 357 ~~~~~~~ 363 (375)
T 2gfp_A 357 LGLLMTL 363 (375)
T ss_dssp HHHHHHH
T ss_pred HHHHHHH
Confidence 7776543
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.92 E-value=1.7e-09 Score=107.72 Aligned_cols=144 Identities=11% Similarity=0.059 Sum_probs=102.7
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhh----cccCc----chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-------hhchhHHHHHHHHH
Q 012315 140 TVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWA----DTVGG----KAVLGFGVVWWSIATALTPVAA-------KLGLPFLLVVRVFM 204 (466)
Q Consensus 140 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----dr~g~----r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~l~~~~~l~ 204 (466)
..+++.....++..++.++.+++. ||.|+ ++.+.++.++.+++.++.++.. ..+.+.+++..++.
T Consensus 336 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~ 415 (524)
T 2xut_A 336 EPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALL 415 (524)
T ss_dssp CHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHH
Confidence 456677777777777888888775 55543 3466677777777777666532 12567777888999
Q ss_pred HhhhccchhhHHHHHhcccCCCchhHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHhhccc--Cc---------hHHHHHHhHHHHHH
Q 012315 205 GIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRF--GW---------PSVFYSFGSLGTVW 273 (466)
Q Consensus 205 G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~~~l~~~~--gw---------~~~~~~~~~~~~~~ 273 (466)
|++.+...+...+++.|.+|+++||+++|+.+....+|..++|.+.+.+.+.. +| +..|++.+++.++.
T Consensus 416 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 495 (524)
T 2xut_A 416 TFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILA 495 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999999999999999988742 23 33366666666666
Q ss_pred HHHHhhhccc
Q 012315 274 FTVWLSKAHS 283 (466)
Q Consensus 274 ~~~~~~~~~~ 283 (466)
.++.++..++
T Consensus 496 ~~~~~~~~~~ 505 (524)
T 2xut_A 496 AIVFALYARS 505 (524)
T ss_dssp HHHHC-----
T ss_pred HHHHHHHHHH
Confidence 5555444443
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=45.72 E-value=6.6 Score=19.16 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.278 Sum_probs=11.1
Q ss_pred hhhhhhcccCcchH
Q 012315 158 AGGIWADTVGGKAV 171 (466)
Q Consensus 158 ~~g~l~dr~g~r~~ 171 (466)
+.|.+..++|||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999854
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=21.88 E-value=2.1e+02 Score=23.35 Aligned_cols=25 Identities=12% Similarity=0.218 Sum_probs=19.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhcccCcc
Q 012315 145 QSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGK 169 (466)
Q Consensus 145 ~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r 169 (466)
..-|.++..+++.+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 3456778888999999999997644
No 17
>3hd6_A Ammonium transporter RH type C; ammonia, channel, rhesus, glycoprotein, membran structural genomics, PSI-2, protein structure initiative; HET: BOG; 2.10A {Homo sapiens}
Probab=21.24 E-value=5.4e+02 Score=24.48 Aligned_cols=30 Identities=10% Similarity=0.072 Sum_probs=16.8
Q ss_pred cccCCCchhHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhH
Q 012315 221 KWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFS 250 (466)
Q Consensus 221 ~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ig~~~~ 250 (466)
+...-++---+.++.....-+|.+...+.+
T Consensus 335 ~kl~iDD~lgv~~vHGv~Gi~G~l~~glfa 364 (490)
T 3hd6_A 335 SRLHIQDTCGINNLHGIPGIIGGIVGAVTA 364 (490)
T ss_dssp HHHCCCCTTCHHHHTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHCCCCccccchHHhhHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 333334444466777777777766655544
Done!