Query 013312
Match_columns 445
No_of_seqs 495 out of 1331
Neff 11.0
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 08:13:22 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/013312.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/013312hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 4.1E-40 1.4E-44 315.4 32.0 389 8-429 28-433 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.3E-38 7.8E-43 302.1 40.2 348 8-398 26-408 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 1.5E-36 5E-41 293.9 27.7 408 16-434 20-467 (491)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.7E-34 5.7E-39 279.5 31.2 407 7-432 12-474 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 5E-36 1.7E-40 279.9 13.9 341 11-398 3-353 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 5E-33 1.7E-37 262.9 20.8 384 7-433 6-403 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 6.9E-31 2.4E-35 256.2 19.6 386 5-397 9-467 (524)
8 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.6 3.4E-14 1.2E-18 136.9 22.4 174 245-427 12-194 (491)
9 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 3.6E-14 1.2E-18 135.2 21.4 150 246-398 28-182 (451)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.6 3.7E-14 1.2E-18 134.6 21.0 145 250-396 30-178 (438)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.6 1.1E-13 3.8E-18 134.5 19.9 175 245-428 11-197 (524)
12 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.5 6.6E-14 2.3E-18 130.0 13.1 164 251-424 5-169 (375)
13 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 5.1E-13 1.7E-17 125.8 15.7 165 23-195 235-404 (417)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.2 5.5E-10 1.9E-14 107.4 17.2 116 281-397 54-188 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 44.4 2.9 0.0001 19.7 -0.7 13 71-83 3-15 (26)
16 3mkt_A Multi antimicrobial ext 38.1 2.3E+02 0.0078 25.6 34.3 34 124-157 140-173 (460)
17 2dw3_A Intrinsic membrane prot 23.2 1.6E+02 0.0054 19.2 4.4 30 169-198 32-61 (77)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=4.1e-40 Score=315.37 Aligned_cols=389 Identities=12% Similarity=0.090 Sum_probs=305.2
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhcCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccccccCchhHhHHH
Q 013312 8 KTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLP 87 (445)
Q Consensus 8 ~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~ 87 (445)
+.+..+++..+...++.....+.+|.+.+ ++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++..+
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~ 98 (451)
T 1pw4_A 28 QIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVE--------QG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAG 98 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTS--------ST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------Hh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHH
Confidence 34556666777788888888888888763 34 5556789999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHh----hcCcchhHHHHHHHHHhhhccchhHHHHHHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHhhhhhhhhhh
Q 013312 88 LTLSIIPLAILAY----RRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLA 163 (445)
Q Consensus 88 ~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l 163 (445)
.++.+++.+++++ +++ ++.++++|+++|+ +.+...+...+++.|++|+++|++++++.+...++|.++||.+
T Consensus 99 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~G~-~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~ 174 (451)
T 1pw4_A 99 LILAAAVMLFMGFVPWATSS---IAVMFVLLFLCGW-FQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLL 174 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCHHHHSS---SSHHHHHHHHHHH-HHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhcccc---HHHHHHHHHHHHH-HhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999 899 8999999999999 8888899999999999999999999999999999999999998
Q ss_pred hhh----hc-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCcCCccccchhhhcccccCCCCCCcccccccccchhHHH
Q 013312 164 ARF----LS-TTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDL 238 (445)
Q Consensus 164 ~~~----~~-w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 238 (445)
++. .+ ||+.|++.+++.++..++..+.+||++++.+.+++.+...+ .++ +.+ ...+++.+.++.
T Consensus 175 ~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~-~~~----~~~~~~~~~~~~ 243 (451)
T 1pw4_A 175 FLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKND------YPD-DYN----EKAEQELTAKQI 243 (451)
T ss_dssp HHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC------------------------CCTHH
T ss_pred HHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhccc------ccc-cch----hhhhcccccccc
Confidence 876 47 99999999988887777777888887664432211100000 000 000 000011111222
Q ss_pred -HHHhhcchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHhhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh--cchhH
Q 013312 239 -ICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPIL--GEAKL 315 (445)
Q Consensus 239 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~--~~~~~ 315 (445)
.+...++|.++...+..++..........+.|.|+++.+|+++.+.+.+.+..+++.+++. ++.+++.||+ ++|+.
T Consensus 244 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~~~~~~~~~~~ 322 (451)
T 1pw4_A 244 FMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGT-LLCGWMSDKVFRGNRGA 322 (451)
T ss_dssp HHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTSTTCHHH
T ss_pred hHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhcCCchh
Confidence 3446678888888888888888888899999999999889999999999999999999988 7889999999 99988
Q ss_pred HHHHHHHHH-HHHHHHHhcC--CchhHHH-HHHHHhhhhhhhhhHHHHHhcccCCccchhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHH
Q 013312 316 LSLGLFAAC-INMFICSISW--SAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSF-ANIVSPLI 390 (445)
Q Consensus 316 ~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~--~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~i~~~~ 390 (445)
+..+..+.. ++.+.+.+.+ +.+.... ..+.|++.+...+...++..|.+|+++||++.|+.+...++ |..++|.+
T Consensus 323 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 402 (451)
T 1pw4_A 323 TGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAI 402 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 877776666 6666666553 3333333 35667778888888899999999999999999999999999 99999999
Q ss_pred HHHHHHhhhcCCCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 013312 391 FSPLTALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASMVAFIQSLMM 429 (445)
Q Consensus 391 ~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 429 (445)
.|.+.+.. ++. ..+.+.+++.+++.+.....
T Consensus 403 ~g~l~~~~-------g~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 403 VGYTVDFF-------GWD-GGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHSS-------CSH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhc-------CcH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999975 322 23555555555555555443
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.3e-38 Score=302.08 Aligned_cols=348 Identities=14% Similarity=0.097 Sum_probs=288.6
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhcCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccccccCchhHhHHH
Q 013312 8 KTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLP 87 (445)
Q Consensus 8 ~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~ 87 (445)
+.+..+.+..+...++.....+.+|.+.++ ++.+..+.|++.+++.++..+++++.|+++||+|||++++.+
T Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~ 97 (438)
T 3o7q_A 26 IPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQA--------FTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITG 97 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------SCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHH--------cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHH
Confidence 345556666777788888889999998654 356667899999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHH---HhhcCcchhHHHHHHHHHhhhccchhHHHHHHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHhhhhhhhhhhh
Q 013312 88 LTLSIIPLAIL---AYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAA 164 (445)
Q Consensus 88 ~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~ 164 (445)
.++.+++.+++ .++++ ++.+++.|++.|+ +.+...+...+++.|++|+++|++++++.+...++|..+||.++
T Consensus 98 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~G~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 173 (438)
T 3o7q_A 98 LFLYALGAALFWPAAEIMN---YTLFLVGLFIIAA-GLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFG 173 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTTC---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcccccc---HHHHHHHHHHHHh-hHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999 88899 9999999999999 88999999999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred hhhc------------------------------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hccCCCCCCCCcCCccccchhhhc
Q 013312 165 RFLS------------------------------TTSAFQAATIVSMLAAAYMRV-FLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETE 213 (445)
Q Consensus 165 ~~~~------------------------------w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~-~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 213 (445)
+.+. ||+.|++.+.+.++..+...+ ..||++++++++
T Consensus 174 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~------------ 241 (438)
T 3o7q_A 174 QSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSD------------ 241 (438)
T ss_dssp THHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCC------------
T ss_pred HHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccc------------
Confidence 7753 999998877776555444332 123322211110
Q ss_pred ccccCCCCCCcccccccccchhHHHHHHhhcchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHH-HHhhcCCchhhHHHHHHHHH
Q 013312 214 GVNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDLICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYF-LKAQFHFNKNQFADLMLIAG 292 (445)
Q Consensus 214 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~ 292 (445)
++++..++.++..+++|.++...+..++..........+.|.| +++.+|+++.+.+.......
T Consensus 242 ----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 305 (438)
T 3o7q_A 242 ----------------AKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTM 305 (438)
T ss_dssp ----------------SSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ----------------ccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHH
Confidence 0001122334446678888888888888888888889999999 88878999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHHhcccCCccchhH
Q 013312 293 LAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMFICSISWSAWVPYATTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKA 372 (445)
Q Consensus 293 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 372 (445)
++.+++. ++.+++.||+++|+.+..+..+..++.+.+.+.++.+..+...+.+++.+...|...++..|.+|++ ++++
T Consensus 306 ~~~~~~~-~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~ 383 (438)
T 3o7q_A 306 VCFFIGR-FTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAGGHVGLIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYG 383 (438)
T ss_dssp HHHHHHH-HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHH
T ss_pred HHHHHHH-HHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccch
Confidence 9999988 8889999999999999999999888888888877766655567778888889999999999999866 8888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 013312 373 QGCISGISSFANIVSPLIFSPLTALF 398 (445)
Q Consensus 373 ~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~ 398 (445)
.++.. ...+++.++|.+.|++.|..
T Consensus 384 ~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~ 408 (438)
T 3o7q_A 384 SSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAA 408 (438)
T ss_dssp HHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 88777 77899999999999999987
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=1.5e-36 Score=293.90 Aligned_cols=408 Identities=14% Similarity=0.099 Sum_probs=277.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhcCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccccccCchhHhHHHHHHHHHHH
Q 013312 16 TVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTLSIIPL 95 (445)
Q Consensus 16 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~ 95 (445)
+.++..++.+++.+.+|.+.++...+...+.+.+..+.|++.+++.+|..++++++|+++||+|||++++++.+++.++.
T Consensus 20 g~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~ 99 (491)
T 4gc0_A 20 GGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISG 99 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 44566677788888888887765333334446677889999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHh------------------hcCcchhHHHHHHHHHhhhccchhHHHHHHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHhhhh
Q 013312 96 AILAY------------------RRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASF 157 (445)
Q Consensus 96 ~~~~~------------------~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~ 157 (445)
+++++ ++| ++.++++|+++|+ +.|...+...++++|+.|+++|++..+..+.+...|.
T Consensus 100 i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~---~~~l~~~R~l~G~-g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~ 175 (491)
T 4gc0_A 100 VGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGY---VPEFVIYRIIGGI-GVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQ 175 (491)
T ss_dssp HHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGC---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhh---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhh
Confidence 99984 677 9999999999999 8899999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhhhh------------hchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCcCCcccc---chhhhcccccCCCCC
Q 013312 158 VCGTLAARF------------LSTTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPI---ITEETEGVNQNESNS 222 (445)
Q Consensus 158 ~~g~~l~~~------------~~w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~ 222 (445)
++++.++.. ..||..+.+..+..++. +...+.+||+|+....+++.++. .++...++..+++..
T Consensus 176 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 254 (491)
T 4gc0_A 176 LLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLF-LMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQ 254 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHH-HHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhh-hhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHH
Confidence 888777643 25777777777665444 44457899998743332222222 211111111000000
Q ss_pred CcccccccccchhHHHHHHhhcchhhHHHHHHHHHHHh-hhhhhHHHHHHHHHhhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013312 223 PVKIPVCKKIPSIRDLICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGL-SEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLL 301 (445)
Q Consensus 223 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 301 (445)
+..+...+.++. .. .....+.+..........+... .......+.|.+.++ .+.+...........++...++. +
T Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~-~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~ 330 (491)
T 4gc0_A 255 EIKHSLDHGRKT-GG-RLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT-LGASTDIALLQTIIVGVINLTFT-V 330 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHH-TT-HHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH-SSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-H
T ss_pred HHHHHHHhhhhh-hh-HHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh-cCCCccchhhHHHHHHHHHHHHH-H
Confidence 000000000000 00 1112233333333333333333 333444555555544 68887777777777888888877 7
Q ss_pred HHHHhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhc---CCc-hhHHH-HHHHHhh-hhhhhhhHHHHHhcccCCccchhHHHH
Q 013312 302 FMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMFICSIS---WSA-WVPYA-TTAFSVL-VVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGC 375 (445)
Q Consensus 302 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~-~~~~~-~~~~g~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~ 375 (445)
+.+++.||+|||+.+..+.....++.+.+... ... +.... ..++..+ .....+..+.+.+|.+|++.|+++.|+
T Consensus 331 ~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~ 410 (491)
T 4gc0_A 331 LAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAI 410 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHH
Confidence 78899999999999988888877776665432 222 22222 2222222 333457778899999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCC
Q 013312 376 ISGISSFANIVSPLIFSPLTALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASMVAFIQSLMMSHTPA 434 (445)
Q Consensus 376 ~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (445)
.+..+++++.+++.+.+.+.+..... .. ...+..+++.+++++++.++.++..||++
T Consensus 411 ~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~-~~-~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 411 AVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLV-AH-FHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHH-HH-HTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hh-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 99999999999999888776542100 00 12233466777777777777766666654
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.7e-34 Score=279.47 Aligned_cols=407 Identities=14% Similarity=0.024 Sum_probs=284.8
Q ss_pred HhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhcCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccccc-cCchhHhH
Q 013312 7 IKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQ-YGRKAMLT 85 (445)
Q Consensus 7 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr-~Grr~~l~ 85 (445)
++.++.+++..+...++.....+.++.+.++.. .+++++.+..+.|++.+++.++..+++++.|+++|| +|||+++.
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~ 89 (491)
T 4aps_A 12 PLGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLI--STGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVF 89 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--chhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHH
Confidence 456777778888888888888888888886531 123467888899999999999999999999999999 89999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhHHHHHHHHHhhhccchhHHHHHHHHHhcCCCccc--hhhHHHHHHHHHhhhhhhhhhh
Q 013312 86 LPLTLSIIPLAILAYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQ--RASAFGILLGVLSASFVCGTLA 163 (445)
Q Consensus 86 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l 163 (445)
.+.++.+++.+++++++| ++.+++.|+++|+ +.+...+...++++|++|+++ |++++++++...++|..+||.+
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 165 (491)
T 4aps_A 90 WGGVLIMLGHIVLALPFG---ASALFGSIILIII-GTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLI 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCCS---TTHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhh---HHHHHHHHHHHHH-HHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999 9999999999999 889899999999999999988 7778888999999999999998
Q ss_pred hhh----hchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCcCCccccchhhhcc-------------------cccCCC
Q 013312 164 ARF----LSTTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEG-------------------VNQNES 220 (445)
Q Consensus 164 ~~~----~~w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------------~~~~~~ 220 (445)
++. .+||+.|++.++..++..+...+..|+..++++++.+.+...++.++. ..++.+
T Consensus 166 ~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 245 (491)
T 4aps_A 166 VGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNS 245 (491)
T ss_dssp HHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCC
T ss_pred HHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcc
Confidence 876 489999999887766665555444444322221111110000000000 000000
Q ss_pred CCCcccc---------------cccccchhHHHHHHhhcchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHhhcCCchhhHH
Q 013312 221 NSPVKIP---------------VCKKIPSIRDLICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFA 285 (445)
Q Consensus 221 ~~~~~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g 285 (445)
.++.... ..++. ... ....++....+...+..++..........++|.|.++..+.+..+.+
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 322 (491)
T 4aps_A 246 LPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSV-KVT--STEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVS 322 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSG
T ss_pred cccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcc-ccc--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHH
Confidence 0000000 00000 000 00011122234445555556666677788899999988888867778
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHH-----HHHHHHHHHHHHHHhcC---------CchhHHH-HHHHHhhhh
Q 013312 286 DLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLS-----LGLFAACINMFICSISW---------SAWVPYA-TTAFSVLVV 350 (445)
Q Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~-~~~~g~~~~ 350 (445)
.......+...++. .+.+++.||++||+... .+..+..++.+.+.... +.+.... ..+.+++.+
T Consensus 323 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~ 401 (491)
T 4aps_A 323 WFQSLNPLFIMLYT-PFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEM 401 (491)
T ss_dssp GGTTHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhccchHHHHHHH-HHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88888888888887 77789999999876544 67777777766665521 3333333 466788888
Q ss_pred hhhhhHHHHHhcccCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Q 013312 351 FATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASMVAFIQSLMMS 430 (445)
Q Consensus 351 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 430 (445)
...+....+..|.+|++.||++.|+.+...++|..++|.+.+.+.+. +... .+...+.+.+++.+..+...
T Consensus 402 ~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~--------~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 472 (491)
T 4aps_A 402 LISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK--------SEVA-YFSYFGLGSVVLGIVLVFLS 472 (491)
T ss_dssp TTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS--------STTH-HHHHTHHHHHHHHHHHHHC-
T ss_pred HHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--------cHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88999999999999999999999999999999999999998887653 1222 34555555555555554444
Q ss_pred CC
Q 013312 431 HT 432 (445)
Q Consensus 431 ~~ 432 (445)
++
T Consensus 473 ~~ 474 (491)
T 4aps_A 473 KR 474 (491)
T ss_dssp --
T ss_pred HH
Confidence 33
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=5e-36 Score=279.87 Aligned_cols=341 Identities=13% Similarity=0.089 Sum_probs=275.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhcCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccccccCchhHhHHHHHH
Q 013312 11 SHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTL 90 (445)
Q Consensus 11 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~ 90 (445)
..+++..++..++.....|.+|.+.+ +++.+..+.|++.+++.++..+++++.|+++||+|||+++..+..+
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~ 74 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMAR--------DLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSI 74 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT--------TSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHH--------HcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHH
Confidence 45567778888899999999998863 4466778899999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhcCcchhHHHHHHHHHhhhccchhHHHHHHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhh---
Q 013312 91 SIIPLAILAYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAARFL--- 167 (445)
Q Consensus 91 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~~--- 167 (445)
.+++.++..++++ ++.+++.|++.|+ +.+...+...+++.|++|+|+|++++++.+....+|..++|.+++.+
T Consensus 75 ~~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~ 150 (375)
T 2gfp_A 75 FMLATLVAVTTSS---LTVLIAASAMQGM-GTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTM 150 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCH
T ss_pred HHHHHHHHHHhcc---HHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHh
Confidence 9999999999999 9999999999999 88989999999999999999999999999999999999999998874
Q ss_pred -chhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCcCCccccchhhhcccccCCCCCCcccccccccchhHHHHHHhhcch
Q 013312 168 -STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDLICLLRSSV 246 (445)
Q Consensus 168 -~w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 246 (445)
+||+.|++.+++.++..+...+.+||++++++++ ++.+++.++ ..++|
T Consensus 151 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------------------~~~~~~~~~----~~~~~ 199 (375)
T 2gfp_A 151 WNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR---------------------------TRLLTSYKT----LFGNS 199 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC---------------------------CCTTTCSTH----HHHHH
T ss_pred ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc---------------------------ccHHHHHHH----HhcCc
Confidence 8999999988887666554556677765432211 001112223 34556
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHhhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHHH-HHH
Q 013312 247 TLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFA-ACI 325 (445)
Q Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 325 (445)
.++...+..++..........+.|.|+++.+|.++.+.+.......++.+++. +..+++.||.+++ ...+... ...
T Consensus 200 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~l~~r~~~~--~~~~~~~~~~~ 276 (375)
T 2gfp_A 200 GFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGA-WFAGRPNKRFSTL--MWQSVICCLLA 276 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHH-HHHHTTTTHHHHH--HHHHHHHHHHT
T ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHH
Confidence 77777777888888888888999999998889999999999999999999988 7779999998872 2223322 222
Q ss_pred HHHH--HHh--cCCchhHHH-HHHHHhhhhhhhhhHHHHHhcccCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 013312 326 NMFI--CSI--SWSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTALF 398 (445)
Q Consensus 326 ~~~~--~~~--~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~ 398 (445)
+... ... .++.+.... ..+.+++.+...+...++..|..| ++||++.|+.+...++|..++|.+.|.+.+..
T Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~ 353 (375)
T 2gfp_A 277 GLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTG 353 (375)
T ss_dssp SSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC
Confidence 2221 111 123343333 466788888899999999999998 89999999999999999999999999998764
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=100.00 E-value=5e-33 Score=262.94 Aligned_cols=384 Identities=15% Similarity=0.106 Sum_probs=256.2
Q ss_pred HhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhcCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccccccCchhHhHH
Q 013312 7 IKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTL 86 (445)
Q Consensus 7 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~ 86 (445)
+|.++.+....++...+.....|.+|.+.++ +++.+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++.
T Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~-------~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~ 78 (417)
T 2cfq_A 6 NTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHD-------INHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLW 78 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHT-------TTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHH
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------HhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 4556667777778888888889999999864 235555678999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HHHHHHHHH---HHHHhhcCcchh-HHHHHHHHHhhhccchhHHHHHHHHHhcCCCc--cchhhHHHHHHHHHhhhhhhh
Q 013312 87 PLTLSIIPL---AILAYRRSISFF-YAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISE--RQRASAFGILLGVLSASFVCG 160 (445)
Q Consensus 87 ~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~-~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g 160 (445)
+..+.++.. ....+.+. . ..++..+.+.|+ ..+...+.....+.++.++ ++|+...+.......+|..++
T Consensus 79 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~-~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~ 154 (417)
T 2cfq_A 79 IITGMLVMFAPFFIFIFGPL---LQYNILVGSIVGGI-YLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALG 154 (417)
T ss_dssp HHHHTTSCHHHHHHHTHHHH---HHTTCCHHHHGGGS-STTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 887765532 21222221 1 113455666666 5555444444444444433 456677788877888899999
Q ss_pred hhhhhhh---chhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCcCCccccchhhhcccccCCCCCCcccccccccchhHH
Q 013312 161 TLAARFL---STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRD 237 (445)
Q Consensus 161 ~~l~~~~---~w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 237 (445)
|.+++.+ +||+.|++.++..++..+. .+..||+++++.++++ ++++ + +++.+.++
T Consensus 155 ~~l~~~l~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~-------------~~~~-----~---~~~~~~~~ 212 (417)
T 2cfq_A 155 ASIVGIMFTINNQFVFWLGSGCALILAVL-LFFAKTDAPSSATVAN-------------AVGA-----N---HSAFSLKL 212 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCSHHHHTTTTTTTTTHHHH-SCSSCCCCSCSSCSSS-------------SSSS-----C---CCCCCHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHcCccccccccccc-------------cccc-----c---cccccHHH
Confidence 9888764 7999998877664433332 2333332211111000 0000 0 00112223
Q ss_pred HHHHhhcchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHhhcCC---chhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcchh
Q 013312 238 LICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHF---NKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAK 314 (445)
Q Consensus 238 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~ 314 (445)
.. ...++|.++...+..+........+..++|.|+.+.++. +....+.......+..+++. +..+++.||++||+
T Consensus 213 ~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~dr~g~~~ 290 (417)
T 2cfq_A 213 AL-ELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIM-FFAPLIINRIGGKN 290 (417)
T ss_dssp HH-HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHCHHH
T ss_pred HH-HHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhcHHH
Confidence 22 244566666655554544445555566788888775542 34456777777778888877 78899999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHH-HHHHhhhhhhhhhHHHHHhcccCCccchhHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013312 315 LLSLGLFAACINMFICSISWSAWVPYAT-TAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCI-SGISSFANIVSPLIFS 392 (445)
Q Consensus 315 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-~~~~~~g~~i~~~~~g 392 (445)
.+..+..+.+++.+.+.+.++.+..... .+.+++.+...+....+..|..|++.||++.+.. +..+.+|+.++|.+.|
T Consensus 291 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G 370 (417)
T 2cfq_A 291 ALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAG 370 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHH
Confidence 9988888888877777666665544443 4456666666677788999999999999999984 8888999999999999
Q ss_pred HHHHhhhcCCCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCC
Q 013312 393 PLTALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASMVAFIQSLMMSHTP 433 (445)
Q Consensus 393 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (445)
++.+.. + ....|.+.+++.+++.+..+...+++
T Consensus 371 ~l~~~~-------g-~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 403 (417)
T 2cfq_A 371 NMYESI-------G-FQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGP 403 (417)
T ss_dssp THHHHS-------H-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCS
T ss_pred HHHHhc-------C-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCC
Confidence 999864 2 22345666666666666655544433
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.97 E-value=6.9e-31 Score=256.16 Aligned_cols=386 Identities=11% Similarity=0.038 Sum_probs=242.2
Q ss_pred hhHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhcCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccccccc-CchhH
Q 013312 5 KEIKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQY-GRKAM 83 (445)
Q Consensus 5 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~-Grr~~ 83 (445)
++++.++.+.+..++..++.....+.++.+..+.++++ .+.+.+..+.|++.+++.++..++.++.|+++||+ |||++
T Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~-~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~ 87 (524)
T 2xut_A 9 KWPRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLS-IPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNT 87 (524)
T ss_dssp ----CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSC-CSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHH
T ss_pred cCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc-cccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHH
Confidence 34566777888888888888888899998887543211 11226667889999999999999999999999999 99999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHhhc-CcchhHHHHHHHHHhhhccchhHHHHHHHHHhcCCCccchhhHHHH---HHHHHhhhhhh
Q 013312 84 LTLPLTLSIIPLAILAYRR-SISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGI---LLGVLSASFVC 159 (445)
Q Consensus 84 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~ 159 (445)
+..+.++.+++.+++++++ + ++.+++.|++.|+ +.+...+...+++.|++|+++|+++.+. .+...++|..+
T Consensus 88 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 163 (524)
T 2xut_A 88 ILWLSLIYCVGHAFLAIFEHS---VQGFYTGLFLIAL-GSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFF 163 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSSC---HHHHHHHHHHHHH-HHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhccc---HHHHHHHHHHHHH-hccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999998 8 8999999999999 8888889999999999999999876666 88889999999
Q ss_pred hhhhhhh----hchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCcCCccccchh----hhccccc-C------------
Q 013312 160 GTLAARF----LSTTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITE----ETEGVNQ-N------------ 218 (445)
Q Consensus 160 g~~l~~~----~~w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~-~------------ 218 (445)
||.+++. .+||+.|++.+++.++..+...+..|+.+++++++++..+..+. .++...+ +
T Consensus 164 g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 243 (524)
T 2xut_A 164 ASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGV 243 (524)
T ss_dssp HHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhh
Confidence 9988775 48999999988876665544433223222111111000000000 0000000 0
Q ss_pred ------CCCCCcc-----------cccccccchhHHHHH--------HhhcchhhHHHH---HHHHHHHhhhhhhHHHHH
Q 013312 219 ------ESNSPVK-----------IPVCKKIPSIRDLIC--------LLRSSVTLSQAA---VVAFFSGLSEGGMQASFL 270 (445)
Q Consensus 219 ------~~~~~~~-----------~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 270 (445)
++.++.. ..+.+.++++++..+ ...+++...... ....+...........++
T Consensus 244 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 323 (524)
T 2xut_A 244 SAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWI 323 (524)
T ss_dssp HHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHH
T ss_pred hhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhH
Confidence 0000000 000000000000000 001112221111 111122222222334444
Q ss_pred HHHHhhcCCch-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh----hhhcc----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC-------
Q 013312 271 YFLKAQFHFNK-NQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLA----PILGE----AKLLSLGLFAACINMFICSISW------- 334 (445)
Q Consensus 271 ~~~~~~~g~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~----~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------- 334 (445)
.+..+ .+.+. ...+.+.....+...+.. .+.+++. ||.++ ++.+..+..+.+++.+.+.+..
T Consensus 324 ~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 401 (524)
T 2xut_A 324 LQAND-MVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLI-PFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGS 401 (524)
T ss_dssp HHHHH-SCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHG-GGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTC
T ss_pred HhHHh-cCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhH-HHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCC
Confidence 55443 33322 134555554444444444 3333432 33332 3456677777777777766532
Q ss_pred --CchhHHH-HHHHHhhhhhhhhhHHHHHhcccCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 013312 335 --SAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTAL 397 (445)
Q Consensus 335 --~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~ 397 (445)
+.+.... ..+.+++.+...+...++..|..|+++||+++|+.+...++|+.++|.+.|.+.+.
T Consensus 402 ~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~ 467 (524)
T 2xut_A 402 ALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSP 467 (524)
T ss_dssp CCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSC
T ss_pred CcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 3333333 46778888899999999999999999999999999999999999999999988763
No 8
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.63 E-value=3.4e-14 Score=136.91 Aligned_cols=174 Identities=13% Similarity=0.197 Sum_probs=146.3
Q ss_pred chhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHhh-----cCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh-hcchhHHHH
Q 013312 245 SVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQ-----FHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPI-LGEAKLLSL 318 (445)
Q Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~-~~~~~~~~~ 318 (445)
++.++......++..+.++....+++.|+++. +|.++.+.+++.+...++..++. +..|+++|| +|||+.+..
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~dr~~g~r~~~~~ 90 (491)
T 4aps_A 12 PLGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSG-TIGGFVADRIIGARPAVFW 90 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTSCHHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhccccchHHHHH
Confidence 34566677777788888888889999999988 99999999999999999999998 888999999 899999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHH-HHHHhhhhhhhhhHHHHHhcccCCcc--chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013312 319 GLFAACINMFICSISWSAWVPYAT-TAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNE--QGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLT 395 (445)
Q Consensus 319 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~ 395 (445)
+..+..++.++..+.++.+.++.. ++.|++.+...+...+++.|.+|+++ |+++.+..+...++|..++|.+.+.+.
T Consensus 91 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~ 170 (491)
T 4aps_A 91 GGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQ 170 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999998888776665 77799999999999999999999988 778888899999999999999999998
Q ss_pred HhhhcCCCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013312 396 ALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASMVAFIQSL 427 (445)
Q Consensus 396 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 427 (445)
+.. ++.. .+.+.++..+++.+...
T Consensus 171 ~~~-------g~~~-~f~~~~~~~~~~~~~~~ 194 (491)
T 4aps_A 171 EAA-------GYHV-AFSLAAIGMFIGLLVYY 194 (491)
T ss_dssp HHS-------CHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhh-------hHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 865 3333 34555554555444443
No 9
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.62 E-value=3.6e-14 Score=135.18 Aligned_cols=150 Identities=14% Similarity=0.089 Sum_probs=131.3
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHhhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHHHHHH
Q 013312 246 VTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACI 325 (445)
Q Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 325 (445)
+.+....+..+............+|.+.++ + .++.+.|++.+...++..++. +..|+++||+|||+.+..+.++..+
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~ 104 (451)
T 1pw4_A 28 QIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ-G-FSRGDLGFALSGISIAYGFSK-FIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAA 104 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS-T-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-h-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHH
Confidence 445555666666666666677778887777 6 999999999999999999998 7889999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHh----cCCchhHHHH-HHHHhhhhhhhhhHHHHHhcccCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 013312 326 NMFICSI----SWSAWVPYAT-TAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTALF 398 (445)
Q Consensus 326 ~~~~~~~----~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~ 398 (445)
+.++.++ .++.+.++.. ++.|++.+...+...+++.|.+|+++|++++|+.+....+|..++|.+.+.+.+..
T Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 182 (451)
T 1pw4_A 105 VMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWF 182 (451)
T ss_dssp HHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 9999988 8888777665 77899999999999999999999999999999999999999999999999988765
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.62 E-value=3.7e-14 Score=134.59 Aligned_cols=145 Identities=11% Similarity=-0.003 Sum_probs=125.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHhhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013312 250 QAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMFI 329 (445)
Q Consensus 250 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 329 (445)
......+...+.........|.+.++ +|.++.+.|++.+...++..++. +..|+++||+|||+.+..+..+..++.++
T Consensus 30 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~-~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~ 107 (438)
T 3o7q_A 30 LLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQA-FTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIP-IPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAAL 107 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-SCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTH-HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34444555555555666667775555 89999999999999999999998 77899999999999999999999999888
Q ss_pred H---HhcCCchhHHHH-HHHHhhhhhhhhhHHHHHhcccCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013312 330 C---SISWSAWVPYAT-TAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTA 396 (445)
Q Consensus 330 ~---~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~ 396 (445)
. ...++.+.++.. ++.|++.+...+...+++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.+
T Consensus 108 ~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 178 (438)
T 3o7q_A 108 FWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLIL 178 (438)
T ss_dssp HHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHH
T ss_pred HHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 8 777888777665 778999999999999999999999999999999999999999999999999983
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.57 E-value=1.1e-13 Score=134.48 Aligned_cols=175 Identities=14% Similarity=0.056 Sum_probs=143.7
Q ss_pred chhhHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHhhcC------CchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh-cchhHHH
Q 013312 245 SVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFH------FNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPIL-GEAKLLS 317 (445)
Q Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g------~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~-~~~~~~~ 317 (445)
+|.++...+..++..+..+....+++.|+++.+| +++.+.+++.+...++..++. +..|+++||+ |||+.+.
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~G~l~dr~~g~r~~~~ 89 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFP-LLGGWIADRFFGKYNTIL 89 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTH-HHHHHHHTTSSCSHHHHH
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhcchHHHH
Confidence 3556667777888888888888999999988889 999999999999999999988 8889999999 9999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcC-CchhHHHH-HHHHhhhhhhhhhHHHHHhcccCCccchhHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013312 318 LGLFAACINMFICSISW-SAWVPYAT-TAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGC---ISGISSFANIVSPLIFS 392 (445)
Q Consensus 318 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~---~~~~~~~g~~i~~~~~g 392 (445)
.+.++..++.++..+.+ +.+.++.. ++.|++.+...+...+++.|.+|+++|+++.+. .+...++|..++|.+.+
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 169 (524)
T 2xut_A 90 WLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMP 169 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTST
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999998888887 77766554 777899999999999999999999999877666 88999999999999999
Q ss_pred HHHHhhhcCCCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 013312 393 PLTALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASMVAFIQSLM 428 (445)
Q Consensus 393 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (445)
.+.+.. ++.. .+.+.+++.+++.+....
T Consensus 170 ~l~~~~-------g~~~-~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 170 LLLKNF-------GAAV-AFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHTS-------CHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHhccc-------cHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 998754 3332 355555555555444443
No 12
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.52 E-value=6.6e-14 Score=129.97 Aligned_cols=164 Identities=11% Similarity=0.091 Sum_probs=135.3
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHhhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013312 251 AAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMFIC 330 (445)
Q Consensus 251 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 330 (445)
+....++...........+|.+.++ +|.|+.+.++..+...++..++. +..|+++||+|||+.+..+..+..++.+..
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQ-LFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4455566666666677777877665 89999999999999999999998 778999999999999999999999999888
Q ss_pred HhcCCchhHHHH-HHHHhhhhhhhhhHHHHHhcccCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCCcccch
Q 013312 331 SISWSAWVPYAT-TAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTALFLSKGAPFNFPG 409 (445)
Q Consensus 331 ~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~ 409 (445)
.+.++.+.+... .+.|++.+...+...+++.|..|+++|+++++..+....+|..++|.+.+.+.++. ++..
T Consensus 83 ~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~-------~~~~ 155 (375)
T 2gfp_A 83 VTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMW-------NWRA 155 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHH-------HHHH
T ss_pred HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhc-------cHHH
Confidence 888877766664 77789999999999999999999999999999999999999999999999988764 2222
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHH
Q 013312 410 FSIMCIGLASMVAFI 424 (445)
Q Consensus 410 ~~~~~~~~~~~~~~~ 424 (445)
.+.+.++..++..+
T Consensus 156 -~~~~~~~~~~~~~~ 169 (375)
T 2gfp_A 156 -CYLFLLVLCAGVTF 169 (375)
T ss_dssp -HHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred -HHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34555555555444
No 13
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.48 E-value=5.1e-13 Score=125.81 Aligned_cols=165 Identities=12% Similarity=0.054 Sum_probs=126.9
Q ss_pred HHHhhhhhHHHHHHHhcCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccccccCchhHhHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 013312 23 ATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTLSIIPLAILAYRR 102 (445)
Q Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 102 (445)
........+|.+..+.. ++.+.+....|+..++..++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.+..++.+
T Consensus 235 ~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (417)
T 2cfq_A 235 TYDVFDQQFANFFTSFF----ATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFAT 310 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTS----SSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH----hccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 33333344677765532 22234445678888888899999999999999999999999999888888887887777
Q ss_pred CcchhHHHHHHHHHhhhccchhHHHHHHHHHhcCCCccchhhHHHH-HHHHHhhhhhhhhhhhhhh----chhhHHHHHH
Q 013312 103 SISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGI-LLGVLSASFVCGTLAARFL----STTSAFQAAT 177 (445)
Q Consensus 103 ~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~g~~l~~~~----~w~~~f~~~~ 177 (445)
+ .+.+++..++.++ +.+...+....++.|.+|++.|+++.+. ++....+|..+||.+++.+ +++..|.+.+
T Consensus 311 ~---~~~~~~~~~l~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~ 386 (417)
T 2cfq_A 311 S---ALEVVILKTLHMF-EVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLG 386 (417)
T ss_dssp S---HHHHHHHTTHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHH
T ss_pred c---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHH
Confidence 7 7777788888887 6666667778999999999999999998 4777788988999888763 6778888888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhccCCC
Q 013312 178 IVSMLAAAYMRVFLKDDV 195 (445)
Q Consensus 178 ~~~~i~~~~~~~~~~e~~ 195 (445)
++.++..+..++..||++
T Consensus 387 ~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 387 LVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 777776666555566543
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.18 E-value=5.5e-10 Score=107.39 Aligned_cols=116 Identities=9% Similarity=-0.104 Sum_probs=98.7
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh------------------cCCchhHHHH
Q 013312 281 KNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMFICSI------------------SWSAWVPYAT 342 (445)
Q Consensus 281 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~~~~ 342 (445)
+.+.|++.+...++..++. ++.|+++||+|||+.+.++.++..++.+..++ +++.+.+++.
T Consensus 54 ~~~~g~~~s~~~~G~~iG~-~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~ 132 (491)
T 4gc0_A 54 NSLLGFCVASALIGCIIGG-ALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIY 132 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHH
Confidence 3456788888889999988 88899999999999999999999998887774 4455556665
Q ss_pred -HHHHhhhhhhhhhHHHHHhcccCCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 013312 343 -TAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTAL 397 (445)
Q Consensus 343 -~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~ 397 (445)
++.|++.+...+....+++|..|+++|++..+..+.....|..+++.+.......
T Consensus 133 R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 188 (491)
T 4gc0_A 133 RIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARS 188 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccc
Confidence 8889999999999999999999999999999999999999988888776665543
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=44.41 E-value=2.9 Score=19.69 Aligned_cols=13 Identities=46% Similarity=0.951 Sum_probs=10.2
Q ss_pred ccccccccCchhH
Q 013312 71 IGNLSDQYGRKAM 83 (445)
Q Consensus 71 ~G~l~Dr~Grr~~ 83 (445)
+|.+..+||||.+
T Consensus 3 fgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 3 FGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHTSHHH
T ss_pred HHHHHHHHhHHHH
Confidence 5778889999864
No 16
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=38.06 E-value=2.3e+02 Score=25.63 Aligned_cols=34 Identities=3% Similarity=-0.254 Sum_probs=18.8
Q ss_pred hHHHHHHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHhhhh
Q 013312 124 SINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASF 157 (445)
Q Consensus 124 ~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~ 157 (445)
................++|.+.....+....+-.
T Consensus 140 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 173 (460)
T 3mkt_A 140 VPAYLLFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLLLN 173 (460)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3333445555666666677666666555544433
No 17
>2dw3_A Intrinsic membrane protein PUFX; quinone exchange, photosynthesis, light- harvesting, GXXXG motif, dimerization; NMR {Rhodobacter sphaeroides} PDB: 2ita_A
Probab=23.24 E-value=1.6e+02 Score=19.17 Aligned_cols=30 Identities=7% Similarity=-0.121 Sum_probs=14.8
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCC
Q 013312 169 TTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPND 198 (445)
Q Consensus 169 w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~ 198 (445)
|...+.+...+.++.+-.+-..+||..++.
T Consensus 32 ~AAv~f~~~~~~lv~l~~iG~~LPE~Sr~a 61 (77)
T 2dw3_A 32 WAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQA 61 (77)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTCSSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCchhcccC
Confidence 333444444343444444446788865543
Done!