Query 013324
Match_columns 445
No_of_seqs 233 out of 2230
Neff 10.1
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 08:26:43 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/013324.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/013324hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.9E-30 6.5E-35 256.0 26.3 338 23-376 27-409 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.1E-28 7.3E-33 240.5 39.6 345 20-375 22-406 (438)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.2E-27 4.2E-32 230.4 16.8 327 28-374 4-350 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.9 1.3E-24 4.6E-29 216.8 36.3 337 24-374 13-446 (491)
5 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 1.2E-25 4.2E-30 219.7 19.2 336 21-374 4-373 (417)
6 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.9 8.8E-21 3E-25 189.0 30.6 334 30-373 18-429 (491)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 1.6E-21 5.4E-26 196.2 22.8 335 25-374 13-465 (524)
8 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.1 3.4E-09 1.2E-13 105.0 19.2 151 220-374 13-170 (491)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.1 5.3E-09 1.8E-13 101.9 19.5 143 227-374 33-177 (438)
10 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.1 6.5E-09 2.2E-13 101.6 18.5 148 220-373 28-178 (451)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.0 9.2E-09 3.1E-13 102.8 17.2 153 219-374 11-172 (524)
12 2cfq_A Lactose permease; trans 98.9 1.4E-08 4.9E-13 98.5 15.5 161 27-199 223-405 (417)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 98.9 2.2E-08 7.7E-13 95.4 15.0 141 226-374 6-148 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 98.8 8.6E-08 2.9E-12 94.8 14.3 155 40-200 293-469 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 49.4 5.5 0.00019 19.9 0.7 14 78-91 2-15 (26)
16 4f35_D Transporter, NADC famil 24.7 4.3E+02 0.015 24.7 11.9 36 55-90 78-118 (449)
17 2yvc_D Neprilysin; protein-pep 23.3 29 0.00098 17.5 0.8 10 7-16 5-14 (26)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.97 E-value=1.9e-30 Score=256.04 Aligned_cols=338 Identities=11% Similarity=-0.007 Sum_probs=248.3
Q ss_pred hhHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhccCCchHHHHHHHHHHHH
Q 013324 23 RWSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDIGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAV 102 (445)
Q Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~l~~~~~i~~~i~~p~~G~l~Dr~Grrr~~ll~~~i~~~~ 102 (445)
++......++.+..........+++|.+.+|+ .++++.|++.+++.+...+++|++|+++||+||||.++ .+.+...+
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~-~~~~~~~~ 104 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLP-AGLILAAA 104 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHH-HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHH-HHHHHHHH
Confidence 44456677777777777778888899999999 99999999999999999999999999999999998754 34443333
Q ss_pred HHHHH------H---------------HHHhhhhhHhhhhhhcccCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 013324 103 SFSSV------F---------------GWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYAIAFIVFSVST 161 (445)
Q Consensus 103 ~~~~~------~---------------~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~ 161 (445)
+..+. . +.+....+..+++.|..+ +++|+++.++...+..+|.++++.+++.+..
T Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~-~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~--- 180 (451)
T 1pw4_A 105 VMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWS-QKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMA--- 180 (451)
T ss_dssp HHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCT-TTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHH---
T ss_pred HHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCC-chhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---
Confidence 32221 1 233344556677788775 6889999999999999999999888877653
Q ss_pred cccccchhhH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccccc----cc--C------------Ccch-HHHHHHHHhchH
Q 013324 162 AKTHADLENQ-YRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKMG----LR--G------------NSHA-RISWAYWFKKIL 221 (445)
Q Consensus 162 ~~~~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~~----~~--~------------~~~~-~~~~~~~~~~~~ 221 (445)
..+ ||+.+.+.+++.++..++..+..||++.+.+ ++ + +.+. +...++++|+|.
T Consensus 181 -------~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 253 (451)
T 1pw4_A 181 -------WFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKL 253 (451)
T ss_dssp -------HTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTSSCHH
T ss_pred -------HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHHcCHH
Confidence 346 9998888877777666555555566432210 00 0 0001 111466788999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhh-hhhhHHHHHHHHHHH-
Q 013324 222 YYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTG-QRLKAYYSAGGVLWV- 298 (445)
Q Consensus 222 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ig~~l~~~~-~~~~-~r~~~~~~~~~~~~~- 298 (445)
++...+..++..........++|.|+++..|.+....+.......++.+++.++.+++ +|+. +| |+.+..+..+..
T Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~ 332 (451)
T 1pw4_A 254 LWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGN-RGATGVFFMTLVT 332 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTC-HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC-chhHHHHHHHHHH
Confidence 9988888888888888889999999998889999888888888888999999988875 4431 22 455555555444
Q ss_pred HHHHHHhhccCchhHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhHhhhcccccccccccchhHHhHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHcccc
Q 013324 299 FCGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKM-SCGIAVYVLQSYQSM 376 (445)
Q Consensus 299 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i-g~~i~~~l~~~~~~~ 376 (445)
++.+.+.+.+..+.+.......+.|++.+...+....+..+..|++++| .+.|+.+....+ |..+++.+.+.+.+.
T Consensus 333 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g--~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~ 409 (451)
T 1pw4_A 333 IATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAG--TAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDF 409 (451)
T ss_dssp HHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 4544444433335666666777888888888887788888889999899 889999999999 999999888876643
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.97 E-value=2.1e-28 Score=240.51 Aligned_cols=345 Identities=11% Similarity=-0.029 Sum_probs=241.9
Q ss_pred CCchhHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhccCCchHHHHHHHHH
Q 013324 20 PVGRWSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDIGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVL 99 (445)
Q Consensus 20 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~l~~~~~i~~~i~~p~~G~l~Dr~Grrr~~ll~~~i~ 99 (445)
+.+++......+..+...+......+++|.+.+++|.++.++|++.+++.+...+++|+.|+++||+||||.+++ +.+.
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~-~~~~ 100 (438)
T 3o7q_A 22 RSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIIT-GLFL 100 (438)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHH-HHHH
T ss_pred hHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHH-HHHH
Confidence 344555566677777778888888888999888889999999999999999999999999999999999998544 4444
Q ss_pred HHHHHHHH----H----------------HHHhhhhhHhhhhhhcccCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-H
Q 013324 100 VAVSFSSV----F----------------GWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYAIAFIVF-S 158 (445)
Q Consensus 100 ~~~~~~~~----~----------------~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~-~ 158 (445)
..++..+. + +.+....+..+++.+..+ +++|+++.++...+..+|.++++.+++.+. .
T Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~ 179 (438)
T 3o7q_A 101 YALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGP-ESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILS 179 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC-STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcC-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 44444333 1 333445556677778775 788999999999999999999998888776 3
Q ss_pred hhcccc---------------ccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-ccccccccc-cccCCcchHHHHHHHHhchH
Q 013324 159 VSTAKT---------------HADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLS-RTEEPRLKM-GLRGNSHARISWAYWFKKIL 221 (445)
Q Consensus 159 ~~~~~~---------------~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~-~~~e~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 221 (445)
..+..+ ......+||+.+.+.+++.++..++..+ ..||++.++ +++++++.++++++++|+|+
T Consensus 180 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 259 (438)
T 3o7q_A 180 NVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAKQGSFSASLSRLARIRH 259 (438)
T ss_dssp SSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSSTTSHHHHHHHHTTCSH
T ss_pred ccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccccccccccchhhhHHHHHhChH
Confidence 211000 0001122999887766665555444332 334433222 22334456677889999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhhhcccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhhhhhhHHHHHHHHHHHH
Q 013324 222 YYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFY-VINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRLKAYYSAGGVLWVF 299 (445)
Q Consensus 222 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ig~~l~~~~-~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~ 299 (445)
++...+..++..........+.|.| +++..|.+....+.......++.+++.++.+++ +|+.+ |+.+..+.++..+
T Consensus 260 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~--~~~~~~~~~~~~~ 337 (438)
T 3o7q_A 260 WRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAP--HKVLAAYALIAMA 337 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCH--HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--hHHHHHHHHHHHH
Confidence 9988888777777788888999999 888889999888888888888888888888864 33333 5666666666666
Q ss_pred HHHHHhhccCchhHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhHhhhcccccccccccchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccc
Q 013324 300 CGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQS 375 (445)
Q Consensus 300 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ig~~i~~~l~~~~~~ 375 (445)
+.+...+.+ +.+. ....++.|++.+...+....+..+..|++ ++ ...++.. ...+|..+++.+.+.+.+
T Consensus 338 ~~~~~~~~~--~~~~-~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~--~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~ 406 (438)
T 3o7q_A 338 LCLISAFAG--GHVG-LIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TK--YGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSD 406 (438)
T ss_dssp HHHHHHHCC--HHHH-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HH--HHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHcC--CcHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-cc--chhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 655555533 3333 33446778888888888888866666655 55 4455544 445777777777766553
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.95 E-value=1.2e-27 Score=230.36 Aligned_cols=327 Identities=11% Similarity=0.011 Sum_probs=236.5
Q ss_pred HHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhccCCchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013324 28 YYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDIGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAVSFSSV 107 (445)
Q Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~l~~~~~i~~~i~~p~~G~l~Dr~Grrr~~ll~~~i~~~~~~~~~ 107 (445)
...+..+..........+.+|.+.+|+|.++++.|++.+++.+...+.+|+.|+++||+||||.++. +.+...++....
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~-~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILV-GMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHH-HHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHH-HHHHHHHHHHHH
Confidence 3456667777888888888999888889999999999999999999999999999999999998554 333333333222
Q ss_pred H-----------------HHHhhhhhHhhhhhhcccCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccchhh
Q 013324 108 F-----------------GWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYAIAFIVFSVSTAKTHADLEN 170 (445)
Q Consensus 108 ~-----------------~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 170 (445)
. +.+.......+++.|..+ +++|++..+....+..+|..+++.+++.+. +..
T Consensus 83 ~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~----------~~~ 151 (375)
T 2gfp_A 83 VTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYE-RTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLD----------TMW 151 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS----------CHH
T ss_pred HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH----------Hhc
Confidence 1 223344455667777775 678999999999988888888887776653 346
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 013324 171 QYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKMGLRGNSHARISWAYWFKKILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVIND 250 (445)
Q Consensus 171 g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 250 (445)
+||+.+.+.+++.++..+...+..||++.+++ ++++.++++++++|||+++...+..++..........+.|.|+++.
T Consensus 152 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 229 (375)
T 2gfp_A 152 NWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDA--PRTRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAV 229 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTC--CCCCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCc--ccccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 89999988877777766655566677543322 1223344557788999988888888777778888889999999988
Q ss_pred hcccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHH-HHHHHHHHhh--ccCchhHHHHHHHHHHHHHHh
Q 013324 251 LRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEMAWTGQRLKAYYSAGGVL-WVFCGAGILI--LPMNMSAFMYVLAIFVGIANA 327 (445)
Q Consensus 251 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ig~~l~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~ 327 (445)
.|.++.+.+.......++.+++.++.+ ++.||.++....+... ...+...... ...++.+...+..++.|++.+
T Consensus 230 ~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~ 306 (375)
T 2gfp_A 230 LGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAG---RPNKRFSTLMWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAG 306 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHH---TTTTHHHHHHHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 899988888888888888888887766 5566653333333333 2222221111 112355556667778899999
Q ss_pred HhhhhHhhhcccccccccccchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcc
Q 013324 328 LMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQ 374 (445)
Q Consensus 328 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ig~~i~~~l~~~~~ 374 (445)
...+....+..+..| +++| .+.++.+....+|..+++.+.+.+.
T Consensus 307 ~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g--~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~ 350 (375)
T 2gfp_A 307 MLFPLATSGAMEPFP-FLAG--TAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLP 350 (375)
T ss_dssp HTSSTTHHHHHTHHH-HHHH--HHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHH
T ss_pred HhhHHHHHHHHHhCC-cccc--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 888888888877777 6778 8899999998888888777665553
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.95 E-value=1.3e-24 Score=216.77 Aligned_cols=337 Identities=9% Similarity=-0.011 Sum_probs=223.5
Q ss_pred hHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------hCCCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhc-cCCchHHHHHH
Q 013324 24 WSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTD------IGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDR-FGHFKIWHGAG 96 (445)
Q Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~------~g~s~~~~g~l~~~~~i~~~i~~p~~G~l~Dr-~Grrr~~ll~~ 96 (445)
+..+......+........+.++++.|+++ +|.++.+.|++.+++.+...+++|+.|+++|| +||||+++ .+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~-~~ 91 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVF-WG 91 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHH-HH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHH-HH
Confidence 455566667777777788888888888876 69999999999999999999999999999999 89998854 44
Q ss_pred HHHHHHHHHHHH-----------------HHHhhhhhHhhhhhhcccCccc--cchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013324 97 SVLVAVSFSSVF-----------------GWAATQVAHMSMVNCITLNSTS--RVVLTSCRNAFTMVANLSLYAIAFIVF 157 (445)
Q Consensus 97 ~i~~~~~~~~~~-----------------~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~ 157 (445)
.+...++..... +.+....+..+++.|..+ +++ |+...+..+.+..+|..+++.+++.+.
T Consensus 92 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~ 170 (491)
T 4aps_A 92 GVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYD-EHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQ 170 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS-SCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcC-cccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 444544444332 233344555677778776 445 666777777888888888888887765
Q ss_pred HhhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccc----cccccCCc-chHHHHH------------------
Q 013324 158 SVSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRL----KMGLRGNS-HARISWA------------------ 214 (445)
Q Consensus 158 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~----~~~~~~~~-~~~~~~~------------------ 214 (445)
. ..+||+.+.+.++..++..+...+..++... +++++.++ +.++..+
T Consensus 171 ~----------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~ 240 (491)
T 4aps_A 171 E----------AAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNL 240 (491)
T ss_dssp H----------HSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred h----------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 3 4689999887766555554443322222111 11110011 1111000
Q ss_pred -------------------------------------HHHhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchh
Q 013324 215 -------------------------------------YWFKKILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSA 257 (445)
Q Consensus 215 -------------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 257 (445)
+..+....+...+...+..........++|.|.++..+.+...
T Consensus 241 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 320 (491)
T 4aps_A 241 VGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFP 320 (491)
T ss_dssp HSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSC
T ss_pred ccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccC
Confidence 0001111233344445555666667788899998877777555
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhhhhh---hHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc-------CchhHHHHHHHHHHHHHH
Q 013324 258 KALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRL---KAYYSAGGVLWVFCGAGILILP-------MNMSAFMYVLAIFVGIAN 326 (445)
Q Consensus 258 ~~~~~~~~~~~~~ig~~l~~~~-~~~~~r~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~l~g~~~ 326 (445)
.+.......+..+++.++.+++ +|+.+|. .+.+..+..+..+++..+.... ..+.+......++.|++.
T Consensus 321 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~ 400 (491)
T 4aps_A 321 VSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGE 400 (491)
T ss_dssp SGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5666666667777777777764 5555442 2233466666666555444321 224556667778889999
Q ss_pred hHhhhhHhhhcccccccccccchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcc
Q 013324 327 ALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQ 374 (445)
Q Consensus 327 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ig~~i~~~l~~~~~ 374 (445)
+...+....+..+..|++.+| .+.|+.+....+|..+++.+.+...
T Consensus 401 ~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g--~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~ 446 (491)
T 4aps_A 401 MLISPVGLSVTTKLAPKAFNS--QMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYN 446 (491)
T ss_dssp HTTTTHHHHHHHHHTTTTCSS--SSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGG
T ss_pred HHHhHHHHHHHHHhCCHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 888888888888999999999 8888999999999999998876664
No 5
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.94 E-value=1.2e-25 Score=219.69 Aligned_cols=336 Identities=11% Similarity=0.069 Sum_probs=201.0
Q ss_pred CchhHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhccCCchHHHHHHHHH
Q 013324 21 VGRWSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDI-GLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVL 99 (445)
Q Consensus 21 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-g~s~~~~g~l~~~~~i~~~i~~p~~G~l~Dr~Grrr~~ll~~~i~ 99 (445)
++.++.+......+..........+++|.|+++. |.|+.++|++.+++.+...+++|++|+++||+||||++++...+.
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~ 83 (417)
T 2cfq_A 4 LKNTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGM 83 (417)
T ss_dssp TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHT
T ss_pred ccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHH
Confidence 4556666666666667777777788999999885 999999999999999999999999999999999999865433322
Q ss_pred HHH--HHHH-HH----------HHH-------hhhhhHhhhhhhcccC-ccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013324 100 VAV--SFSS-VF----------GWA-------ATQVAHMSMVNCITLN-STSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYAIAFIVFS 158 (445)
Q Consensus 100 ~~~--~~~~-~~----------~~~-------~~~~~~~al~~~~~~~-~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~ 158 (445)
... .... .+ +.. ....+......+..++ +++|+...+....+..+|..+++.+++.+..
T Consensus 84 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~ 163 (417)
T 2cfq_A 84 LVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT 163 (417)
T ss_dssp TSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 111 1110 00 000 0000111112222211 1334444444444455666677666666542
Q ss_pred hhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccc--cc----cCCcchHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHH
Q 013324 159 VSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKM--GL----RGNSHARISWAYWFKKILYYQVALVYMLT 232 (445)
Q Consensus 159 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~--~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 232 (445)
.+|++.+++.++..++..+..++..||++.+. ++ ++++...+++++++|+|+++...+..+..
T Consensus 164 -----------~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 232 (417)
T 2cfq_A 164 -----------INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGV 232 (417)
T ss_dssp -----------HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSSSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -----------hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccccccccccccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHH
Confidence 36788877655554444333333334432110 00 11112234557788999987766554444
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc---cchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 013324 233 RLVVNVSQAYLAFYVINDLRM---GQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEMAWTGQRL--KAYYSAGGVLWVFCGAGILIL 307 (445)
Q Consensus 233 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---~~~~~~~~~~~~~~~~~ig~~l~~~~~~~~~r~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 307 (445)
.........++|.|+.+..+. +....+.......++.+++.++.++ +.||+ |+.+..+..+.++..+...+.
T Consensus 233 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 309 (417)
T 2cfq_A 233 SCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPL---IINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA 309 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 444445556678887665432 2333455555555666777777664 34444 556666666666554444432
Q ss_pred cCchhHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhHhhhcccccccccccchhHHhH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHcc
Q 013324 308 PMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGT-LSFLDKMSCGIAVYVLQSYQ 374 (445)
Q Consensus 308 ~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~-~~~~~~ig~~i~~~l~~~~~ 374 (445)
++.+..++...+.+++.+...+....+..+..|++.+| ..++. ++....+|..+++.+.+.+.
T Consensus 310 --~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g--~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~ 373 (417)
T 2cfq_A 310 --TSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSA--TIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMY 373 (417)
T ss_dssp --CSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHH--HHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHH
T ss_pred --ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHH--HHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHH
Confidence 24455555556677777666666677888888888888 76776 47777788888877776554
No 6
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.89 E-value=8.8e-21 Score=189.05 Aligned_cols=334 Identities=13% Similarity=0.057 Sum_probs=187.5
Q ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----C----CCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhccCCchHHHHHHHHHHH
Q 013324 30 GSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDI----G----LSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVA 101 (445)
Q Consensus 30 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~----g----~s~~~~g~l~~~~~i~~~i~~p~~G~l~Dr~Grrr~~ll~~~i~~~ 101 (445)
++|.+....+...++..+|....++ + .+.++.|++.+++.+...++++++|+++||+|||+.+++. .+++.
T Consensus 18 ~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~-~~l~~ 96 (491)
T 4gc0_A 18 TLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIA-AVLFF 96 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHH-HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHH-HHHHH
Confidence 4566666556666666666655553 2 2346789999999999999999999999999999986544 33343
Q ss_pred HHHHH-H-------------------------H---------HHHhhhhhHhhhhhhcccCccccchhhhHHHHHHHHHH
Q 013324 102 VSFSS-V-------------------------F---------GWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVAN 146 (445)
Q Consensus 102 ~~~~~-~-------------------------~---------~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~ 146 (445)
++..+ . + +.+........++.|..+ +++|++..++.+.+...|.
T Consensus 97 i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p-~~~rg~~~~~~~~~~~~g~ 175 (491)
T 4gc0_A 97 ISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAP-AHIRGKLVSFNQFAIIFGQ 175 (491)
T ss_dssp HHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSC-GGGHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCC-HHhhhhhHHhhhhhhhhhh
Confidence 33222 1 0 222233334466677775 7889999999988888888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccc-----ccccCC-------------c-
Q 013324 147 LSLYAIAFIVFSVSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLK-----MGLRGN-------------S- 207 (445)
Q Consensus 147 ~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~-----~~~~~~-------------~- 207 (445)
+++..++..+........ .....||+.+.+..+..++..+.. +..||.++. +.++.+ +
T Consensus 176 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~ 252 (491)
T 4gc0_A 176 LLVYCVNYFIARSGDASW--LNTDGWRYMFASECIPALLFLMLL-YTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQA 252 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTSCTTT--TTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHG-GGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhcchhhcccccccc--ccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhh-hcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHH
Confidence 888777666543322111 124678888776655555544443 456664321 000000 0
Q ss_pred --chHHH---------HHHHHhchHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013324 208 --HARIS---------WAYWFKKILYYQVALVYMLTRL-VVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSIL 275 (445)
Q Consensus 208 --~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ig~~l 275 (445)
+.++. ....++.++.........+... ..+....|. +++.+..+.+............+..+++.++
T Consensus 253 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 331 (491)
T 4gc0_A 253 VQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYA-PEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVL 331 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHH-HHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcc-hHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00000 0011112222222222222222 233333444 4444445666555555555566667777777
Q ss_pred HHHH-HHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc--cCchhHHHHHHHHHHHHHHhH-hhhhHhhhcccccccccccchhH
Q 013324 276 LQEM-AWTGQRLKAYYSAGGVLWVFCGAGILIL--PMNMSAFMYVLAIFVGIANAL-MMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFV 351 (445)
Q Consensus 276 ~~~~-~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 351 (445)
.+++ +|++| |+....+...+.++.+.+... .....+..+....+...+.+. ..+..+.+..|..|.+.|+ ..
T Consensus 332 ~~~l~dr~Gr--r~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~--~~ 407 (491)
T 4gc0_A 332 AIMTVDKFGR--KPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRG--KA 407 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHCS--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHH--HH
T ss_pred HHHHHHhhcC--cchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHH--HH
Confidence 7653 55554 455555555544444333221 122223323333333333222 2355677888899999998 77
Q ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc
Q 013324 352 CGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSY 373 (445)
Q Consensus 352 ~~~~~~~~~ig~~i~~~l~~~~ 373 (445)
.|+.+....+++.+++.+...+
T Consensus 408 ~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l 429 (491)
T 4gc0_A 408 LAIAVAAQWLANYFVSWTFPMM 429 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8888888888888887665544
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.88 E-value=1.6e-21 Score=196.17 Aligned_cols=335 Identities=10% Similarity=-0.024 Sum_probs=194.4
Q ss_pred HHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-C------CCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcc-CCchHHHHHH
Q 013324 25 SVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDI-G------LSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRF-GHFKIWHGAG 96 (445)
Q Consensus 25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-g------~s~~~~g~l~~~~~i~~~i~~p~~G~l~Dr~-Grrr~~ll~~ 96 (445)
..+...+..+..........++++.|+++. | .++.+.|++.+++.+...++.++.|+++||+ ||||.+++ +
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~-~ 91 (524)
T 2xut_A 13 QIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILW-L 91 (524)
T ss_dssp CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHH-H
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHH-H
Confidence 334455666677777778888999999885 9 9999999999999999999999999999999 99997544 3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHH------------------HHHhhhhhHhhhhhhcccCccccchhhhH---HHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013324 97 SVLVAVSFSSVF------------------GWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSC---RNAFTMVANLSLYAIAFI 155 (445)
Q Consensus 97 ~i~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 155 (445)
.+...++..+.. +.+....+..+++.+..+ +++|++..+. ...+..+|..+++.+++.
T Consensus 92 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~ 170 (524)
T 2xut_A 92 SLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFD-QSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPL 170 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCS-TTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcC-ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 333333322211 223344555677778775 6677665555 777777888887777666
Q ss_pred HHHhhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccc-cCCcc--------------hHHH--------
Q 013324 156 VFSVSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKMGL-RGNSH--------------ARIS-------- 212 (445)
Q Consensus 156 l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~~~~-~~~~~--------------~~~~-------- 212 (445)
+.. ..+|++.+.+.+++.++..+...+..++.+.++++ +...+ ..+.
T Consensus 171 l~~----------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 240 (524)
T 2xut_A 171 LLK----------NFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALI 240 (524)
T ss_dssp HHH----------TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred Hhc----------cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhh
Confidence 542 35799998877776666555443322221111000 00000 0000
Q ss_pred ------------------------------------HHHHH-----------hc-hHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHH
Q 013324 213 ------------------------------------WAYWF-----------KK-ILYYQVALVY---MLTRLVVNVSQA 241 (445)
Q Consensus 213 ------------------------------------~~~~~-----------~~-~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~ 241 (445)
++++. ++ |+.+...... .+..........
T Consensus 241 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 320 (524)
T 2xut_A 241 GGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKAS 320 (524)
T ss_dssp HHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTT
T ss_pred hhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccch
Confidence 00000 11 1111111111 111111111222
Q ss_pred HHHHHHHhhhcccc-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HHHhhhhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc-----
Q 013324 242 YLAFYVINDLRMGQ-SAKALVPAIIYICSFIVSILLQE-----MAWTGQRL--KAYYSAGGVLWVFCGAGILILP----- 308 (445)
Q Consensus 242 ~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~ig~~l~~~-----~~~~~~r~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----- 308 (445)
+++.+..+ .+.+. ...+.......++.+++.++.++ ++|+.+|. ++.+..+.++.+++++.+.+..
T Consensus 321 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 399 (524)
T 2xut_A 321 TWILQAND-MVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDG 399 (524)
T ss_dssp HHHHHHHH-SCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTT
T ss_pred hhHHhHHh-cCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 33333332 22211 11233333323333444433332 13333222 3445666666666655554432
Q ss_pred --CchhHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhHhhhcccccccccccchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcc
Q 013324 309 --MNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQ 374 (445)
Q Consensus 309 --~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ig~~i~~~l~~~~~ 374 (445)
..+.++..+..++.|++.+...+....+..+..|++.+| .+.|+.+....+|+.+++.+.+.+.
T Consensus 400 ~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g--~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~ 465 (524)
T 2xut_A 400 GSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKG--TIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVK 465 (524)
T ss_dssp TCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCT--TTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred CCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHh--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 134556667778899999998888888988899999999 8899999999999999999988775
No 8
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.10 E-value=3.4e-09 Score=105.03 Aligned_cols=151 Identities=15% Similarity=0.096 Sum_probs=117.8
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-----hcccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HH-hhhhhhHHHHH
Q 013324 220 ILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVIND-----LRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AW-TGQRLKAYYSA 292 (445)
Q Consensus 220 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ig~~l~~~~-~~-~~~r~~~~~~~ 292 (445)
|.++......++.....+....+++.|+++. .|.+..+.++......++..++.++.|++ +| +++ |+.+..
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~--r~~~~~ 90 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGA--RPAVFW 90 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCH--HHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccc--hHHHHH
Confidence 3455666666677777778888999999887 89999999999888899999999988864 33 233 677788
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhccCchhHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhHhhhcccccccccccchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013324 293 GGVLWVFCGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQS 372 (445)
Q Consensus 293 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ig~~i~~~l~~~ 372 (445)
+.++..++.+...+. ++.+.+++..++.|++.+...+....+..+..|+++++++...+.++....+|..+++.+.+.
T Consensus 91 ~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 168 (491)
T 4aps_A 91 GGVLIMLGHIVLALP--FGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGA 168 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSC--CSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHh--hhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888877777666653 366777788889999999999988899888888877443377888888888888888887776
Q ss_pred cc
Q 013324 373 YQ 374 (445)
Q Consensus 373 ~~ 374 (445)
+.
T Consensus 169 l~ 170 (491)
T 4aps_A 169 AQ 170 (491)
T ss_dssp HH
T ss_pred HH
Confidence 54
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.09 E-value=5.3e-09 Score=101.91 Aligned_cols=143 Identities=16% Similarity=0.123 Sum_probs=107.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 013324 227 LVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRLKAYYSAGGVLWVFCGAGIL 305 (445)
Q Consensus 227 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ig~~l~~~~-~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 305 (445)
+..+.............|. +++++|.+..+.+++.....++..++.++.+++ +|+++ |+.+..+.++.+++.++..
T Consensus 33 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~--r~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 109 (438)
T 3o7q_A 33 SLFFLWAVANNLNDILLPQ-FQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSY--KAGIITGLFLYALGAALFW 109 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhHHHHHHH-HHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcc--hHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3344444444455555555 566789999999999898888889898888854 33333 7778888888877776662
Q ss_pred hc-cCchhHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhHhhhcccccccccccchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcc
Q 013324 306 IL-PMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQ 374 (445)
Q Consensus 306 ~~-~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ig~~i~~~l~~~~~ 374 (445)
.. ..++.+.+++..++.|++.+...+....+..+..|+++++ ...+..+....+|..+++.+.+.+.
T Consensus 110 ~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~--~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 177 (438)
T 3o7q_A 110 PAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGH--FRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLI 177 (438)
T ss_dssp HHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH
T ss_pred hccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 21 1347778888889999999999999999999999999998 7788888888888888888766654
No 10
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.05 E-value=6.5e-09 Score=101.61 Aligned_cols=148 Identities=12% Similarity=0.091 Sum_probs=108.9
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhhhhhhHHHHHHHHHHH
Q 013324 220 ILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRLKAYYSAGGVLWV 298 (445)
Q Consensus 220 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ig~~l~~~~-~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 298 (445)
+.+....+..+...........++|.+.++ . .+..+.+++.....++..++.++.|++ +|+++ |+.+..+.++.+
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~--r~~l~~~~~~~~ 103 (451)
T 1pw4_A 28 QIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ-G-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNP--RVFLPAGLILAA 103 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS-T-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCH--HHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-h-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCc--hHHHHHHHHHHH
Confidence 334444445555555555566666666554 5 888888888888888889988888864 33333 677888888888
Q ss_pred HHHHHHhhcc--CchhHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhHhhhcccccccccccchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc
Q 013324 299 FCGAGILILP--MNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSY 373 (445)
Q Consensus 299 ~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ig~~i~~~l~~~~ 373 (445)
++.+...+.+ .++.+.+++..++.|++.+...+...++..+..|+++++ .+.++.+....+|..+++.+.+.+
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~--~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 178 (451)
T 1pw4_A 104 AVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERG--GIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLG 178 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHH--HHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhh--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7777766621 236667778888999999999998889999999989888 888888888888888887766554
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.99 E-value=9.2e-09 Score=102.84 Aligned_cols=153 Identities=8% Similarity=-0.026 Sum_probs=113.9
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc------ccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHh-hhhhhHHH
Q 013324 219 KILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLR------MGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWT-GQRLKAYY 290 (445)
Q Consensus 219 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~ig~~l~~~~-~~~-~~r~~~~~ 290 (445)
+|.++...+..++.....+....+++.|++++.| .+..+.+++.....++..++.++.|++ +|+ ++ |+.+
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~--r~~~ 88 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGK--YNTI 88 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCS--HHHH
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--hHHH
Confidence 3455666667777777777888999999998889 999888988888888889998888865 333 33 6677
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhccCchhHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhHhhhcccccccccccc-hhHHhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013324 291 SAGGVLWVFCGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGC-AFVCGTLSFLDKMSCGIAVYV 369 (445)
Q Consensus 291 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~-~~~~~~~~~~~~ig~~i~~~l 369 (445)
..+.++..++.+...+.+ .+.+.+++..++.|++.+...+...++..+..|++++|. ...++..+....+|..+++.+
T Consensus 89 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~ 167 (524)
T 2xut_A 89 LWLSLIYCVGHAFLAIFE-HSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLS 167 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTS-SCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 777777777666655532 256667777889999999999988899999888888872 123444777888888888876
Q ss_pred HHHcc
Q 013324 370 LQSYQ 374 (445)
Q Consensus 370 ~~~~~ 374 (445)
.+.+.
T Consensus 168 ~~~l~ 172 (524)
T 2xut_A 168 MPLLL 172 (524)
T ss_dssp STHHH
T ss_pred HHHHh
Confidence 65543
No 12
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=98.93 E-value=1.4e-08 Score=98.45 Aligned_cols=161 Identities=11% Similarity=0.037 Sum_probs=97.9
Q ss_pred HHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-CC---CHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhccCCchHHHHHHHHHHHH
Q 013324 27 LYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDI-GL---SPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAV 102 (445)
Q Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-g~---s~~~~g~l~~~~~i~~~i~~p~~G~l~Dr~Grrr~~ll~~~i~~~~ 102 (445)
+.+.+..+............+|.|+.+. +. +....|.+.++..+...++.++.|+++||+||||... .+.+..++
T Consensus 223 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~-~~~~~~~~ 301 (417)
T 2cfq_A 223 WFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALL-LAGTIMSV 301 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHH-HHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHH-HHHHHHHH
Confidence 3333333333333334444578888775 42 3456788888888888899999999999999988744 33333333
Q ss_pred HHHHHH-----------------HHHhhhhhHhhhhhhcccCccccchhhhHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc
Q 013324 103 SFSSVF-----------------GWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCR-NAFTMVANLSLYAIAFIVFSVSTAKT 164 (445)
Q Consensus 103 ~~~~~~-----------------~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~-~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~ 164 (445)
...... .......+...+..+..+ ++.|+...+.. +....+|..+++.+++.+.+
T Consensus 302 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~------ 374 (417)
T 2cfq_A 302 RIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFE-VRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE------ 374 (417)
T ss_dssp HHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC-HHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH------
T ss_pred HHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH------
Confidence 322211 111222233445566554 66787777663 55566777787777776653
Q ss_pred ccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccc
Q 013324 165 HADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRL 199 (445)
Q Consensus 165 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~ 199 (445)
..++...+.+.+++.++..++.++..||+++
T Consensus 375 ----~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 375 ----SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp ----HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred ----hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 3467777777777777666665555666443
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=98.89 E-value=2.2e-08 Score=95.41 Aligned_cols=141 Identities=10% Similarity=0.066 Sum_probs=107.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh--hHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013324 226 ALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEMAWTGQRL--KAYYSAGGVLWVFCGAG 303 (445)
Q Consensus 226 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ig~~l~~~~~~~~~r~--~~~~~~~~~~~~~~~~~ 303 (445)
.+..++...........+|.+ .++.|.++.+.+.......++..++.+..+++ .||+ |+.+..+..+..++...
T Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l---~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~ 81 (375)
T 2gfp_A 6 VLLVAVGQMAQTIYIPAIADM-ARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPI---SDRVGRRPVILVGMSIFMLATLV 81 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHH---HTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhHHH-HHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 334444445555556666665 45679999888888888888888888888754 4444 66677777777777666
Q ss_pred HhhccCchhHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhHhhhcccccccccccchhHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcc
Q 013324 304 ILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQ 374 (445)
Q Consensus 304 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ig~~i~~~l~~~~~ 374 (445)
..+. ++.+..++..++.|++.+...+....+..+..|+++++ ...+..+....+|..+++.+.+.+.
T Consensus 82 ~~~~--~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~ 148 (375)
T 2gfp_A 82 AVTT--SSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLR--HANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLD 148 (375)
T ss_dssp HHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCC--SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHh--ccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH
Confidence 6554 36777778888999999998888888888888888888 7888999999999999998887765
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=98.75 E-value=8.6e-08 Score=94.83 Aligned_cols=155 Identities=14% Similarity=-0.012 Sum_probs=99.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhccCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------
Q 013324 40 AACWFTYLLLFLTDIGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAVSFSSVF----------- 108 (445)
Q Consensus 40 ~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~l~~~~~i~~~i~~p~~G~l~Dr~Grrr~~ll~~~i~~~~~~~~~~----------- 108 (445)
.+.+..+.+.+..+.+.+.........+..+...+..++.+++.||+|||+..+. +.....++.....
T Consensus 293 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~-~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 371 (491)
T 4gc0_A 293 INVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQII-GALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIV 371 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHH
T ss_pred hhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhcc-chHHHHHHHHHHHHHHhcccchHH
Confidence 3444456666666678888888888888888899999999999999999987543 3333333322211
Q ss_pred ----------HHHhhhhhH-hhhhhhcccCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhHHHHHHH
Q 013324 109 ----------GWAATQVAH-MSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYAIAFIVFSVSTAKTHADLENQYRWIAY 177 (445)
Q Consensus 109 ----------~~~~~~~~~-~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 177 (445)
++.....|. ..+.+|+.+ .+.|+...++......++..+++.+.+.+...... ....++.+.++
T Consensus 372 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fP-t~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~----~~~~~~~~~~~ 446 (491)
T 4gc0_A 372 ALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFP-NAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWL----VAHFHNGFSYW 446 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSC-TTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHH----HHHHTTCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCC-HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HhhhhhhHHHH
Confidence 111111122 244567665 67799999988888788888777665554321100 01233445667
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccccccccc
Q 013324 178 SSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLK 200 (445)
Q Consensus 178 ~~~~~~~i~~~~~~~~~~e~~~~ 200 (445)
+.++++++..++.++..||.+.+
T Consensus 447 i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 447 IYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 77777888877777888997644
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=49.43 E-value=5.5 Score=19.86 Aligned_cols=14 Identities=43% Similarity=0.869 Sum_probs=11.3
Q ss_pred hhhhhhhccCCchH
Q 013324 78 FIGELIDRFGHFKI 91 (445)
Q Consensus 78 ~~G~l~Dr~Grrr~ 91 (445)
++|.|..+||||..
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 47899999999753
No 16
>4f35_D Transporter, NADC family; transport protein; HET: BNG CIT; 3.20A {Vibrio cholerae}
Probab=24.75 E-value=4.3e+02 Score=24.67 Aligned_cols=36 Identities=3% Similarity=-0.079 Sum_probs=17.9
Q ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHhh-----hhhhhhhhhccCCch
Q 013324 55 GLSPRGAAAVMLSGQIADGFA-----TIFIGELIDRFGHFK 90 (445)
Q Consensus 55 g~s~~~~g~l~~~~~i~~~i~-----~p~~G~l~Dr~Grrr 90 (445)
+.+...+-++.+.+.+..++- +-+.-++..|.|.|.
T Consensus 78 ~~~~~~i~li~g~~~la~al~~tGl~~riA~~il~~~g~~~ 118 (449)
T 4f35_D 78 NFANSIIFLFLGGFALAAAMHHQGLDKVIADKVLAMAQGKM 118 (449)
T ss_dssp TTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHTTCSCT
T ss_pred HccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHhCCCH
Confidence 555555555555555544443 333444444555543
No 17
>2yvc_D Neprilysin; protein-peptide complex, cell adhesion; 3.20A {Mus musculus}
Probab=23.26 E-value=29 Score=17.47 Aligned_cols=10 Identities=20% Similarity=0.315 Sum_probs=6.7
Q ss_pred cCCccccccc
Q 013324 7 MNYDIENDDS 16 (445)
Q Consensus 7 ~~~~~~~~~~ 16 (445)
-+||+.++..
T Consensus 5 sqmditdina 14 (26)
T 2yvc_D 5 SQMDITDINA 14 (26)
T ss_pred cccccccccC
Confidence 4678777654
Done!