Query 013378
Match_columns 444
No_of_seqs 500 out of 1327
Neff 11.1
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 09:27:56 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/013378.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/013378hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 2.4E-39 8.2E-44 309.0 32.5 386 9-427 29-432 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 6.3E-38 2.1E-42 298.0 38.4 353 9-404 27-415 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.3E-36 7.9E-41 291.5 23.6 409 16-435 20-469 (491)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 4.3E-34 1.5E-38 275.6 30.1 380 7-396 12-448 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.3E-34 4.4E-39 269.4 16.4 340 11-397 3-353 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 1.2E-32 4E-37 259.5 18.0 383 7-432 6-403 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 3.3E-29 1.1E-33 243.4 24.0 384 6-396 10-467 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 7.2E-14 2.5E-18 132.6 22.8 157 244-404 27-189 (451)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.6 6.6E-14 2.3E-18 134.5 20.3 153 244-397 12-173 (491)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 4.9E-13 1.7E-17 126.3 20.3 144 249-394 30-177 (438)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.5 1.6E-13 5.6E-18 132.9 17.0 153 244-397 11-175 (524)
12 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.5 1.7E-13 5.9E-18 126.7 11.4 146 250-397 5-151 (375)
13 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 1.2E-12 4.2E-17 122.7 16.9 164 24-195 236-405 (417)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.2 4.3E-10 1.5E-14 107.8 15.6 142 53-196 314-469 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 44.9 2.8 9.7E-05 19.7 -0.7 13 71-83 3-15 (26)
16 4aw6_A CAAX prenyl protease 1 20.4 5.2E+02 0.018 23.9 10.5 58 268-326 145-209 (482)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=2.4e-39 Score=308.95 Aligned_cols=386 Identities=12% Similarity=0.089 Sum_probs=299.3
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHhhCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccCchHHHHHHH
Q 013378 9 TLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPL 88 (444)
Q Consensus 9 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~ 88 (444)
.+..+.+..+...++.....+.+|.+. +++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++.+.
T Consensus 29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~ 99 (451)
T 1pw4_A 29 IFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLV--------EQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGL 99 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTT--------SST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------HHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHH
Confidence 345556666777777788888888775 444 55667899999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHhHHHHHHHHh----ccCchhhHHHHHHHHhhhhcccchhhhhhhhh-hccCChhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhHHHhH
Q 013378 89 TLSIIPLAILAY----RRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAY-ADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAA 163 (444)
Q Consensus 89 ~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~-~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l~ 163 (444)
++.+++.+++++ +++ ++.++++|+++|++ .+...+...++ .|++|+++|++++++.+...++|.++||.++
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~G~~-~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 175 (451)
T 1pw4_A 100 ILAAAVMLFMGFVPWATSS---IAVMFVLLFLCGWF-QGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLF 175 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCHHHHSS---SSHHHHHHHHHHHH-HHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhcccc---HHHHHHHHHHHHHH-hhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999 888 89999999999994 47777889999 9999999999999999999999999999998
Q ss_pred Hh----hh-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCCCCCCCcccccccccccCCCCCCCcCCccccCCchHHH-
Q 013378 164 RF----LS-TTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDL- 237 (444)
Q Consensus 164 ~~----l~-~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 237 (444)
+. .+ ||++|++.+++.++..++.++.+||++++.+.++++++..+.. + +.++ + .+++.+.++.
T Consensus 176 ~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~-~~~~-~---~~~~~~~~~~~ 244 (451)
T 1pw4_A 176 LLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYP------D-DYNE-K---AEQELTAKQIF 244 (451)
T ss_dssp HHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC------------------------CCTHHH
T ss_pred HHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhccccc------c-cchh-h---hhcccccccch
Confidence 76 36 9999999998877777777778898776543221111100000 0 0000 0 0011122222
Q ss_pred HHHhccchhHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHhhccCcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh--CchhHH
Q 013378 238 ICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPIL--GEAKLL 315 (444)
Q Consensus 238 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~--~~~~~~ 315 (444)
.+..+++|.++...+..++..........+.|.|+++.+|+++.+.+......+++.+++. +..+++.||+ ++|+.+
T Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~~~~~~~~~~~~ 323 (451)
T 1pw4_A 245 MQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGT-LLCGWMSDKVFRGNRGAT 323 (451)
T ss_dssp HHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTSTTCHHHH
T ss_pred HHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhcCCchhH
Confidence 3457788999998888888888888889999999999889999999999999999999997 5568999999 999888
Q ss_pred HHHHHHHH-HHHHHhhhcc--CCchHHH-HHHHHhhhhhhhHHHHHHHhhccCCCcchhHHHHHHHHHHH-HHHHhHHHH
Q 013378 316 SLGLFAAC-INMFICSISW--SAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSF-ANIVSPLIF 390 (444)
Q Consensus 316 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~--~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~~~~~~~ 390 (444)
..+..+.. ++.+++.+.+ +.+.... .++.|++.+...+...++..|.+|+++||++.|+.+...++ |..++|.+.
T Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 403 (451)
T 1pw4_A 324 GVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIV 403 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77776665 6666666554 2333333 55667777888888899999999999999999999999999 999999999
Q ss_pred HHHHHhhhhcCCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 013378 391 SPLTALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASMVAFIQSLM 427 (444)
Q Consensus 391 g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 427 (444)
|.+.+.. ++. ..+.+.+++.+++.+....
T Consensus 404 g~l~~~~-g~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 404 GYTVDFF-GWD-------GGFMVMIGGSILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHHHHSS-CSH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhc-CcH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999875 322 2445555555555444443
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=6.3e-38 Score=298.01 Aligned_cols=353 Identities=13% Similarity=0.083 Sum_probs=287.9
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHhhCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccCchHHHHHHH
Q 013378 9 TLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPL 88 (444)
Q Consensus 9 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~ 88 (444)
.+..+....+...+..+...|.+|.+.++. +.+..+.|++.+++.++..+++++.|+++||+|||++++.+.
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~ 98 (438)
T 3o7q_A 27 PFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAF--------TLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGL 98 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS--------CCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHc--------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHH
Confidence 344555666777778888889999876443 555678899999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHhHHHHHHH---HhccCchhhHHHHHHHHhhhhcccchhhhhhhhh-hccCChhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhHHHhHH
Q 013378 89 TLSIIPLAIL---AYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAY-ADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAAR 164 (444)
Q Consensus 89 ~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~-~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l~~ 164 (444)
++.+++.+++ .++++ ++.++++|++.|+ +.+...+...++ .|++|+|+|++++++.+...++|..+||.+++
T Consensus 99 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~G~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 174 (438)
T 3o7q_A 99 FLYALGAALFWPAAEIMN---YTLFLVGLFIIAA-GLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQ 174 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTC---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcccccc---HHHHHHHHHHHHh-hHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999 88899 9999999999999 447777889999 99999999999999999999999999999988
Q ss_pred hhh------------------------------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hccCCCCCCCCCCCCCCcccccccc
Q 013378 165 FLS------------------------------TTSAFQAATIVSMLAAAYMRV-FLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEG 213 (444)
Q Consensus 165 ~l~------------------------------~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 213 (444)
.+. ||++|++.+.+..+..+...+ ..||++++++++
T Consensus 175 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~------------- 241 (438)
T 3o7q_A 175 SLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSD------------- 241 (438)
T ss_dssp HHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCC-------------
T ss_pred HHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccc-------------
Confidence 764 999998877765554443332 123332211110
Q ss_pred cccCCCCCCCcCCccccCCchHHHHHHhccchhHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHH-HhhccCcCchhHHHHHHHHHH
Q 013378 214 VNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDLICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYF-LKAQFHFNKNQFADLMLIAGL 292 (444)
Q Consensus 214 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 292 (444)
+++++.++.++.++++|.++...+..++..........+.|.| +++.+|++..+.+.......+
T Consensus 242 ---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 306 (438)
T 3o7q_A 242 ---------------AKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMV 306 (438)
T ss_dssp ---------------SSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---------------ccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHH
Confidence 0011224445567888999998888888888888888999999 989889999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhCchhHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCchHHHHHHHHhhhhhhhHHHHHHHhhccCCCcchhHH
Q 013378 293 AGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMFICSISWSAWVPYATTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQ 372 (444)
Q Consensus 293 ~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 372 (444)
+..++. +..+++.||+++|+.+..+..+..++.+++.+.++.+..+...+.+++.+...|...++..|.+|++ ++++.
T Consensus 307 ~~~~~~-~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~ 384 (438)
T 3o7q_A 307 CFFIGR-FTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAGGHVGLIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGS 384 (438)
T ss_dssp HHHHHH-HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHH
T ss_pred HHHHHH-HHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchh
Confidence 999987 6668999999999999999988888888887777665555567778888888999999999999966 88888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhhhhcCCCc
Q 013378 373 GCISGISSFANIVSPLIFSPLTALFLSKGAPF 404 (444)
Q Consensus 373 g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~ 404 (444)
++.. ...+++.++|.+.|.+.|..++++..+
T Consensus 385 ~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~ 415 (438)
T 3o7q_A 385 SFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAE 415 (438)
T ss_dssp HHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGG
T ss_pred hHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHH
Confidence 8776 778999999999999999873254433
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2.3e-36 Score=291.52 Aligned_cols=409 Identities=13% Similarity=0.084 Sum_probs=273.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHhhCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccCchHHHHHHHHHhHHHH
Q 013378 16 TVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTLSIIPL 95 (444)
Q Consensus 16 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~ 95 (444)
+.++.+++.+++.+.+|.+..+...+...+.+.+..+.|++.+++.+|.+++++++|+++||+|||++++++.+++.++.
T Consensus 20 g~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~ 99 (491)
T 4gc0_A 20 GGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISG 99 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34566667777788888776665322233446667788999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHh------------------ccCchhhHHHHHHHHhhhhcccchhhhhhhhh-hccCChhhhhHHHHHHHHHHHhhh
Q 013378 96 AILAY------------------RRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAY-ADNISERQRASAFGILLGVLSASF 156 (444)
Q Consensus 96 ~~~~~------------------~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~-~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lg~ 156 (444)
+++++ ++| +++++++|+++|++. |...+....+ .|+.|+++|++..++.+.+..+|.
T Consensus 100 i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~---~~~l~~~R~l~G~g~-G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~ 175 (491)
T 4gc0_A 100 VGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGY---VPEFVIYRIIGGIGV-GLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQ 175 (491)
T ss_dssp HHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGC---HHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhh---HHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhh
Confidence 99984 677 999999999999944 7777889999 999999999999999999999999
Q ss_pred hhHHHhHHhh------------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCCCCCCCccccccccc---ccCCCCC
Q 013378 157 VCGTLAARFL------------STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGV---NQNESNS 221 (444)
Q Consensus 157 ~~g~~l~~~l------------~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~ 221 (444)
++++.++... .||..+.+..+..+ ..+...+.+||+|++...+++.++..+..++.. ..+++..
T Consensus 176 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 254 (491)
T 4gc0_A 176 LLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPAL-LFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQ 254 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHH-HHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhh-hhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHH
Confidence 9988776542 57777777776654 445556779999986443333222222111110 0000000
Q ss_pred CCcCCccccCCchHHHHHHhccchhHHHHHHHHHHHHhhhc-chhHHHHHHHhhccCcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013378 222 PVKIPVCKKIPSIRDLICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEG-GMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLL 300 (444)
Q Consensus 222 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 300 (444)
+.++...++++... .....+.+..........+..+... ....+.|.+. +..+.+...........++...++. +
T Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~ 330 (491)
T 4gc0_A 255 EIKHSLDHGRKTGG--RLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVF-KTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFT-V 330 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTT--HHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHH-HHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-H
T ss_pred HHHHHHHhhhhhhh--HHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHH-HhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHH-H
Confidence 00000000000000 1112334444444444444443333 3344444444 4457777776666677777777876 5
Q ss_pred HHHHHhhhhCchhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc---CCch-HHH-HHHHHh-hhhhhhHHHHHHHhhccCCCcchhHHHH
Q 013378 301 FMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMFICSISW---SAWV-PYA-TTAFSV-LVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGC 374 (444)
Q Consensus 301 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~-~~~-~~~~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~ 374 (444)
..+++.||+|||+.+..+.....++++.+.... .... ... ..+... ......|..+.+.+|.+|++.|+++.|+
T Consensus 331 ~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~ 410 (491)
T 4gc0_A 331 LAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAI 410 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHH
Confidence 668999999999999888888777766554322 2221 122 222222 2233457788899999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhhhhcCCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCC
Q 013378 375 ISGISSFANIVSPLIFSPLTALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASMVAFIQSLMMSHTPASS 435 (444)
Q Consensus 375 ~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 435 (444)
.+..+++++++++.+.+.+.+..... .. ...+..+++.+++.+++.++.++..||++.+
T Consensus 411 ~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~-~~-~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 411 AVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLV-AH-FHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHH-HH-HTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hh-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 99999999999998887776542110 00 1223355677777777777777666665443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=4.3e-34 Score=275.63 Aligned_cols=380 Identities=13% Similarity=0.021 Sum_probs=269.2
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHhhCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccccc-cCchHHHH
Q 013378 7 IKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQ-YGRKAMLT 85 (444)
Q Consensus 7 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr-~Grr~~l~ 85 (444)
++.++.++...+...++.....+.++.|..+.. ..+|++.+..+.|++.+++.++..+++++.|+++|| +|||+++.
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~ 89 (491)
T 4aps_A 12 PLGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLI--STGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVF 89 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--chhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHH
Confidence 456677777888888888888888888886641 123457777899999999999999999999999999 89999999
Q ss_pred HHHHHhHHHHHHHHhccCchhhHHHHHHHHhhhhcccchhhhhhhhh-hccCChhh--hhHHHHHHHHHHHhhhhhHHHh
Q 013378 86 LPLTLSIIPLAILAYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAY-ADNISERQ--RASAFGILLGVLSASFVCGTLA 162 (444)
Q Consensus 86 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~-~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l 162 (444)
.+.++.+++.++++++++ ++.++++|+++|++ .+...+...++ .|++|+++ |++++++++...++|..+||.+
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~l~g~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 165 (491)
T 4aps_A 90 WGGVLIMLGHIVLALPFG---ASALFGSIILIIIG-TGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLI 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCCS---TTHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhh---HHHHHHHHHHHHHH-HHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999 89999999999994 47777889999 99999988 7788888999999999999998
Q ss_pred HHhh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCCCCCCCccccccccc------------------ccCCCC
Q 013378 163 ARFL----STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGV------------------NQNESN 220 (444)
Q Consensus 163 ~~~l----~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~ 220 (444)
++.+ +||++|++.++..++..+...+..|+..+++.++.+.+...++.++.. ..++.+
T Consensus 166 ~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 245 (491)
T 4aps_A 166 VGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNS 245 (491)
T ss_dssp HHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCC
T ss_pred HHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcc
Confidence 8874 899999998777655555444444443322211111000000000000 000000
Q ss_pred CCCcCC----------------ccccCCchHHHHHHhccchhHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHhhccCcCchhHH
Q 013378 221 SPVKIP----------------VCKKIPSIRDLICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFA 284 (444)
Q Consensus 221 ~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 284 (444)
.+.... ..+++ ... .+...+....+...+..+.....+......+|.|.++..+.+..+.+
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 322 (491)
T 4aps_A 246 LPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSV-KVT--STEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVS 322 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSG
T ss_pred cccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcc-ccc--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHH
Confidence 000000 00000 000 00011223344555556666666667788899999888888866777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhCchhHHH-----HHHHHHHHHHHHhhhcc---------CCchHHH-HHHHHhhhh
Q 013378 285 DLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLS-----LGLFAACINMFICSISW---------SAWVPYA-TTAFSVLVV 349 (444)
Q Consensus 285 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~-~~~~g~~~~ 349 (444)
.......+...++. ...+++.||++||+... .+..+.+++++++.... +.+.... .++.+++.+
T Consensus 323 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~ 401 (491)
T 4aps_A 323 WFQSLNPLFIMLYT-PFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEM 401 (491)
T ss_dssp GGTTHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhccchHHHHHHH-HHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77888888888886 45589999999876543 67777777766665532 3333333 566688888
Q ss_pred hhhHHHHHHHhhccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHh
Q 013378 350 FATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTAL 396 (444)
Q Consensus 350 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~ 396 (444)
...+..+++..|.+|++.||++.|+.+...++|..++|.+.+.+.+.
T Consensus 402 ~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~ 448 (491)
T 4aps_A 402 LISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK 448 (491)
T ss_dssp TTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS
T ss_pred HHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 88899999999999999999999999999999999999998877654
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=1.3e-34 Score=269.40 Aligned_cols=340 Identities=13% Similarity=0.093 Sum_probs=271.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHhhCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccCchHHHHHHHHH
Q 013378 11 SHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTL 90 (444)
Q Consensus 11 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~ 90 (444)
..+....++..++.+...|.+|.+. ++++.+..+.|++.+++.++..+++++.|+++||+|||+++..+..+
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~ 74 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMA--------RDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSI 74 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------TTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHH--------HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHH
Confidence 4556677888889999999999886 33466668889999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hHHHHHHHHhccCchhhHHHHHHHHhhhhcccchhhhhhhhh-hccCChhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhHHHhHHhh---
Q 013378 91 SIIPLAILAYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAY-ADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAARFL--- 166 (444)
Q Consensus 91 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~-~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l~~~l--- 166 (444)
.+++.++..++++ ++.+++.|+++|+ +.+...+...++ .|+.|+|+|++++++.+...++|..++|.+++.+
T Consensus 75 ~~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~ 150 (375)
T 2gfp_A 75 FMLATLVAVTTSS---LTVLIAASAMQGM-GTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTM 150 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCH
T ss_pred HHHHHHHHHHhcc---HHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHh
Confidence 9999999999998 9999999999999 547777889999 9999999999999999999999999999998874
Q ss_pred -hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCCCCCCCcccccccccccCCCCCCCcCCccccCCchHHHHHHhccch
Q 013378 167 -STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDLICLLRSSV 245 (444)
Q Consensus 167 -~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 245 (444)
+||+.|++.+++.++..+...+.+||++++++++ + +.+++.++ .+++|
T Consensus 151 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------------~---~~~~~~~~----~~~~~ 199 (375)
T 2gfp_A 151 WNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR------------------------T---RLLTSYKT----LFGNS 199 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC------------------------C---CTTTCSTH----HHHHH
T ss_pred ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc------------------------c---cHHHHHHH----HhcCc
Confidence 8999999988877666554556677765432211 0 01112233 45568
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHhhccCcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhCchhHHHHHHHH-HHH
Q 013378 246 TLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFA-ACI 324 (444)
Q Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 324 (444)
+++...+..++..........+.|.|+++.+|.++.+.+.......++..++. ...+++.||.+++ ...+... ...
T Consensus 200 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~l~~r~~~~--~~~~~~~~~~~ 276 (375)
T 2gfp_A 200 GFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGA-WFAGRPNKRFSTL--MWQSVICCLLA 276 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHH-HHHHTTTTHHHHH--HHHHHHHHHHT
T ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHH
Confidence 88888888888888888888899999988789999999999999999988887 5558999998872 2233322 222
Q ss_pred HHHHhhhc----cCCchHHH-HHHHHhhhhhhhHHHHHHHhhccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhh
Q 013378 325 NMFICSIS----WSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTALF 397 (444)
Q Consensus 325 ~~~~~~~~----~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~ 397 (444)
+...+... ++.+.... ..+.+++.+...+...++..|..| ++||++.|+.+...++|..++|.+.|.+.+..
T Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~ 353 (375)
T 2gfp_A 277 GLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTG 353 (375)
T ss_dssp SSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC
Confidence 22221111 13343333 566788888889999999999998 89999999999999999999999999998764
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=100.00 E-value=1.2e-32 Score=259.51 Aligned_cols=383 Identities=15% Similarity=0.103 Sum_probs=250.7
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHhhCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccCchHHHHH
Q 013378 7 IKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTL 86 (444)
Q Consensus 7 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~ 86 (444)
+|.++.+....++..++.+...|.+|.++++++ +.+..+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++.
T Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~-------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~ 78 (417)
T 2cfq_A 6 NTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDIN-------HISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLW 78 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTT-------CCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHH
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 456666777777788888889999999986543 4444667999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HHHHhHHHHHH---HHhccCchhh-HHHHHHHHhhhhcccchhhhhhhhh-hccCCh--hhhhHHHHHHHHHHHhhhhhH
Q 013378 87 PLTLSIIPLAI---LAYRRSISFF-YAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAY-ADNISE--RQRASAFGILLGVLSASFVCG 159 (444)
Q Consensus 87 ~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~-~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~-~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~lg~~~g 159 (444)
+..+.++.... ..+++. . ..++..+.+.|++. +...+..... .++.++ ++|+...+......++|..++
T Consensus 79 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~ 154 (417)
T 2cfq_A 79 IITGMLVMFAPFFIFIFGPL---LQYNILVGSIVGGIYL-GFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALG 154 (417)
T ss_dssp HHHHTTSCHHHHHHHTHHHH---HHTTCCHHHHGGGSST-THHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88877553221 122221 1 11334566666632 4433333444 444433 455667788877788899999
Q ss_pred HHhHHhh---hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCCCCCCCcccccccccccCCCCCCCcCCccccCCchHH
Q 013378 160 TLAARFL---STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRD 236 (444)
Q Consensus 160 ~~l~~~l---~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (444)
|.+++.+ +||+.|++.++..++..+. .+..||+++++.++ ++ +++ ++ +++.+.++
T Consensus 155 ~~l~~~l~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~--~~-----------~~~-----~~---~~~~~~~~ 212 (417)
T 2cfq_A 155 ASIVGIMFTINNQFVFWLGSGCALILAVL-LFFAKTDAPSSATV--AN-----------AVG-----AN---HSAFSLKL 212 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCSHHHHTTTTTTTTTHHHH-SCSSCCCCSCSSCS--SS-----------SSS-----SC---CCCCCHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHcCccccccccc--cc-----------ccc-----cc---cccccHHH
Confidence 9888774 6899998776664333333 33333322111110 00 000 00 00111222
Q ss_pred HHHHhccchhHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHhhccCc---CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhCchh
Q 013378 237 LICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHF---NKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAK 313 (444)
Q Consensus 237 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~ 313 (444)
.+..+++|+++...+..+.....+.....++|.|+.+.++. +....+.......+..+++. +..+++.||+++|+
T Consensus 213 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~dr~g~~~ 290 (417)
T 2cfq_A 213 -ALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIM-FFAPLIINRIGGKN 290 (417)
T ss_dssp -HHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHCHHH
T ss_pred -HHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhcHHH
Confidence 33456678777766655555545555556688888766542 34455777777777777776 66689999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCchHHH-HHHHHhhhhhhhHHHHHHHhhccCCCcchhHHHHH-HHHHHHHHHHhHHHHH
Q 013378 314 LLSLGLFAACINMFICSISWSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCI-SGISSFANIVSPLIFS 391 (444)
Q Consensus 314 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-~~~~~~g~~~~~~~~g 391 (444)
.+..+..+.+++.+.+.+.++.+.... ..+.+++.+...+....+..|.+|++.||++.+.. +....+|+.++|.+.|
T Consensus 291 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G 370 (417)
T 2cfq_A 291 ALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAG 370 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHH
Confidence 988888888777766666555444333 33445555556667788999999999999999984 8888999999999999
Q ss_pred HHHHhhhhcCCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCC
Q 013378 392 PLTALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASMVAFIQSLMMSHTP 432 (444)
Q Consensus 392 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (444)
.+.+.. ++ ...+.+.+++.+++.+..+...+++
T Consensus 371 ~l~~~~-g~-------~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 403 (417)
T 2cfq_A 371 NMYESI-GF-------QGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGP 403 (417)
T ss_dssp THHHHS-HH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCS
T ss_pred HHHHhc-Cc-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCC
Confidence 999864 22 2244666666666666555444433
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.97 E-value=3.3e-29 Score=243.43 Aligned_cols=384 Identities=10% Similarity=0.024 Sum_probs=237.2
Q ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHhHhHHHHHHHhhCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccccccc-CchHHH
Q 013378 6 EIKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQY-GRKAML 84 (444)
Q Consensus 6 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~-Grr~~l 84 (444)
+++.++.+.+..++..++.....+.++.++.+.++++ .+.+.+..+.|++.+++.++..++.++.|+++||+ |||+++
T Consensus 10 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~-~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~ 88 (524)
T 2xut_A 10 WPRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLS-IPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTI 88 (524)
T ss_dssp ---CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSC-CSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHH
T ss_pred CCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc-cccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHH
Confidence 3566777888888888898888899998886654211 11125567789999999999999999999999999 999999
Q ss_pred HHHHHHhHHHHHHHHhcc-CchhhHHHHHHHHhhhhcccchhhhhhhhh-hccCChhhhhHHHHH---HHHHHHhhhhhH
Q 013378 85 TLPLTLSIIPLAILAYRR-SISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAY-ADNISERQRASAFGI---LLGVLSASFVCG 159 (444)
Q Consensus 85 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~-~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~lg~~~g 159 (444)
..+.++.+++.+++++++ + ++.+++.|++.|+ +.+...+...++ .|++|+++|+++.+. .+...++|..+|
T Consensus 89 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g 164 (524)
T 2xut_A 89 LWLSLIYCVGHAFLAIFEHS---VQGFYTGLFLIAL-GSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFA 164 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSSC---HHHHHHHHHHHHH-HHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhccc---HHHHHHHHHHHHH-hccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999998 8 8999999999999 447777889999 999999999776665 889999999999
Q ss_pred HHhHHhh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCCCCCCCCCcccccccccccCCCCCCC------------
Q 013378 160 TLAARFL----STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESNSPV------------ 223 (444)
Q Consensus 160 ~~l~~~l----~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------ 223 (444)
|.+++.+ +||++|++.+++.++..+...+..|+.++.++++++..+..+......++.+...+.
T Consensus 165 ~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 244 (524)
T 2xut_A 165 SLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVS 244 (524)
T ss_dssp HHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhh
Confidence 9887764 899999998877655444433322322211111100000000000000000000000
Q ss_pred -------cCC---------------ccccCCchHHHH--------HHhccchhHHHH---HHHHHHHHhhhcchhHHHHH
Q 013378 224 -------KIP---------------VCKKIPSIRDLI--------CLLRSSVTLSQA---AVVAFFSGLSEGGMQASFLY 270 (444)
Q Consensus 224 -------~~~---------------~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 270 (444)
.+. +++.+.++++.. +...++++.+.. ..........+......++.
T Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 324 (524)
T 2xut_A 245 AAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWIL 324 (524)
T ss_dssp HHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHHH
T ss_pred hhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhHH
Confidence 000 000000000000 000112222211 11112222222223344444
Q ss_pred HHhhccCcCc-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----hhhC----chhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc--------
Q 013378 271 FLKAQFHFNK-NQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLA----PILG----EAKLLSLGLFAACINMFICSISW-------- 333 (444)
Q Consensus 271 ~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~----~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------- 333 (444)
+..+. +.+. ...+.+.....+...+...+. +++. ||.+ +++.+..+..+.+++++++....
T Consensus 325 ~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 402 (524)
T 2xut_A 325 QANDM-VKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFN-NFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSA 402 (524)
T ss_dssp HHHHS-CCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGT-TTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCC
T ss_pred hHHhc-CCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHH-HhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCC
Confidence 44332 3221 134554444444444443222 3332 3333 23456677777777777666532
Q ss_pred -CCchHHH-HHHHHhhhhhhhHHHHHHHhhccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHh
Q 013378 334 -SAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTAL 396 (444)
Q Consensus 334 -~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~ 396 (444)
+.+.... .++.+++.+...+..+++..|..|++.||+++|+.+...++|+.++|.+.|.+.+.
T Consensus 403 ~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~ 467 (524)
T 2xut_A 403 LSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSP 467 (524)
T ss_dssp CCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSC
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 3333333 56678888888999999999999999999999999999999999999999988764
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.61 E-value=7.2e-14 Score=132.60 Aligned_cols=157 Identities=14% Similarity=0.080 Sum_probs=132.2
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHhhccCcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhCchhHHHHHHHHHH
Q 013378 244 SVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAAC 323 (444)
Q Consensus 244 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 323 (444)
++.+....+..+............+|.+.++ + .+..+.+++.+...++..+++ +..|+++||+|||+.+..+.++.+
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 103 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ-G-FSRGDLGFALSGISIAYGFSK-FIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAA 103 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS-T-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-h-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHH
Confidence 3445555566666666666667777777655 5 899999999999999999997 555899999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhhh----ccCCchHHH-HHHHHhhhhhhhHHHHHHHhhccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhhh
Q 013378 324 INMFICSI----SWSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTALFL 398 (444)
Q Consensus 324 ~~~~~~~~----~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~ 398 (444)
++.++..+ .++.+.+++ .++.|++.+...+...+++.|.+|+++|+++.|+.+....+|..++|.+.+.+.+..
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~- 182 (451)
T 1pw4_A 104 AVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWF- 182 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHT-
T ss_pred HHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-
Confidence 99999888 788777766 677799999999999999999999999999999999999999999999999988776
Q ss_pred h-cCCCc
Q 013378 399 S-KGAPF 404 (444)
Q Consensus 399 ~-~~~~~ 404 (444)
+ .+..+
T Consensus 183 g~w~~~f 189 (451)
T 1pw4_A 183 NDWHAAL 189 (451)
T ss_dssp CCSTTCT
T ss_pred ccHHHHH
Confidence 4 55544
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.59 E-value=6.6e-14 Score=134.48 Aligned_cols=153 Identities=15% Similarity=0.201 Sum_probs=135.0
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHhhc-----cCcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hCchhHHHH
Q 013378 244 SVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQ-----FHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPI-LGEAKLLSL 317 (444)
Q Consensus 244 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~-~~~~~~~~~ 317 (444)
++.++......++..+.++....+++.|+++. +|.+..+.+++.+...++..+++ +..|+++|| +|||+.+..
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~dr~~g~r~~~~~ 90 (491)
T 4aps_A 12 PLGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSG-TIGGFVADRIIGARPAVFW 90 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTSCHHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhccccchHHHHH
Confidence 34566677777778888888888999999887 89999999999999999999997 566899999 899999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhccCCchHHH-HHHHHhhhhhhhHHHHHHHhhccCCCc--chhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHH
Q 013378 318 GLFAACINMFICSISWSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNE--QGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLT 394 (444)
Q Consensus 318 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~ 394 (444)
+..+..++.++..+.++.+.++. .++.|++.+...+...+++.|.+|+++ |+++.+..+...++|..++|.+.+.+.
T Consensus 91 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~ 170 (491)
T 4aps_A 91 GGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQ 170 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999988888777666 677799999999999999999999988 778888899999999999999999998
Q ss_pred Hhh
Q 013378 395 ALF 397 (444)
Q Consensus 395 ~~~ 397 (444)
+..
T Consensus 171 ~~~ 173 (491)
T 4aps_A 171 EAA 173 (491)
T ss_dssp HHS
T ss_pred hhh
Confidence 864
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.54 E-value=4.9e-13 Score=126.35 Aligned_cols=144 Identities=10% Similarity=-0.004 Sum_probs=121.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHhhccCcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013378 249 QAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMFI 328 (444)
Q Consensus 249 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 328 (444)
......+...+.........|.+ ++.+|.+..+.+++.+...++..++. +..|++.||+|||+.+..+..+.+++.++
T Consensus 30 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~-~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~ 107 (438)
T 3o7q_A 30 LLCSLFFLWAVANNLNDILLPQF-QQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIP-IPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAAL 107 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTH-HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHH-HHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33444444555555555666665 45579999999999999999999997 55589999999999999999999999888
Q ss_pred h---hhccCCchHHH-HHHHHhhhhhhhHHHHHHHhhccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHH
Q 013378 329 C---SISWSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLT 394 (444)
Q Consensus 329 ~---~~~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~ 394 (444)
. ...++.+.+++ .++.|++.+...+...+++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.
T Consensus 108 ~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 177 (438)
T 3o7q_A 108 FWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLI 177 (438)
T ss_dssp HHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH
T ss_pred HHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8 67777777666 677899999999999999999999999999999999999999999999999998
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.53 E-value=1.6e-13 Score=132.88 Aligned_cols=153 Identities=14% Similarity=0.062 Sum_probs=131.2
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHhhccC------cCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh-CchhHHH
Q 013378 244 SVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFH------FNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPIL-GEAKLLS 316 (444)
Q Consensus 244 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~-~~~~~~~ 316 (444)
++.++...+..++..+.++....+++.|+++.+| +++.+.+++.+...++..++. +..|+++||+ |||+.+.
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~G~l~dr~~g~r~~~~ 89 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFP-LLGGWIADRFFGKYNTIL 89 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTH-HHHHHHHTTSSCSHHHHH
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhcchHHHH
Confidence 3556666777788888888888999999988889 999999999999999999987 5668999999 9999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhcc-CCchHHH-HHHHHhhhhhhhHHHHHHHhhccCCCcchhHHHH---HHHHHHHHHHHhHHHHH
Q 013378 317 LGLFAACINMFICSISW-SAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGC---ISGISSFANIVSPLIFS 391 (444)
Q Consensus 317 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~---~~~~~~~g~~~~~~~~g 391 (444)
.+.++..++.++..+.+ +.+.++. .++.|++.+...+...+++.|.+|+++|+++.+. .+...++|..++|.+.+
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 169 (524)
T 2xut_A 90 WLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMP 169 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTST
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999988888887 7666555 5677899999999999999999999999876666 88999999999999999
Q ss_pred HHHHhh
Q 013378 392 PLTALF 397 (444)
Q Consensus 392 ~l~~~~ 397 (444)
.+.+..
T Consensus 170 ~l~~~~ 175 (524)
T 2xut_A 170 LLLKNF 175 (524)
T ss_dssp HHHHTS
T ss_pred HHhccc
Confidence 998753
No 12
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.47 E-value=1.7e-13 Score=126.72 Aligned_cols=146 Identities=12% Similarity=0.094 Sum_probs=124.1
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHhhccCcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhCchhHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 013378 250 AAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMFIC 329 (444)
Q Consensus 250 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 329 (444)
.....++...........+|.+. +++|.++.+.++..+...++..+++ +..|+++||+|||+.+..+..+..++.+..
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMA-RDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQ-LFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHH-HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34455555566666666777765 4569999999999999999999997 555899999999999999999999998888
Q ss_pred hhccCCchHHH-HHHHHhhhhhhhHHHHHHHhhccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhh
Q 013378 330 SISWSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTALF 397 (444)
Q Consensus 330 ~~~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~ 397 (444)
.+.++.+..+. .++.|++.+...+...+++.|..|+++|+++.+..+....+|..++|.+.+.+.+..
T Consensus 83 ~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~ 151 (375)
T 2gfp_A 83 VTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMW 151 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHH
T ss_pred HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhc
Confidence 88877766665 567789999999999999999999999999999999999999999999999988764
No 13
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.47 E-value=1.2e-12 Score=122.73 Aligned_cols=164 Identities=12% Similarity=0.065 Sum_probs=123.2
Q ss_pred HHhHhHhHHHHHHHhhCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccCchHHHHHHHHHhHHHHHHHHhccC
Q 013378 24 TMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTLSIIPLAILAYRRS 103 (444)
Q Consensus 24 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 103 (444)
.......+|.+..+.+ ++.+.+....|+..++..++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.+..++.++
T Consensus 236 ~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (417)
T 2cfq_A 236 YDVFDQQFANFFTSFF----ATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATS 311 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTS----SSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHH----hccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 3333344677765542 222333456688888888899999999999999999999999998888888877877777
Q ss_pred chhhHHHHHHHHhhhhcccchhhhhhhhh-hccCChhhhhHHHHH-HHHHHHhhhhhHHHhHHhh----hhHHHHHHHHH
Q 013378 104 ISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAY-ADNISERQRASAFGI-LLGVLSASFVCGTLAARFL----STTSAFQAATI 177 (444)
Q Consensus 104 ~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~~~~-~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~lg~~~g~~l~~~l----~~~~~f~~~~~ 177 (444)
.+.+++..++.+++ .+...+....+ .|..|++.|+++.+. ++....+|..+||.+++.+ +++..|.+.++
T Consensus 312 ---~~~~~~~~~l~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~ 387 (417)
T 2cfq_A 312 ---ALEVVILKTLHMFE-VPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGL 387 (417)
T ss_dssp ---HHHHHHHTTHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---HHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHH
Confidence 77777777777773 34455556778 999999999999998 4778889999999888864 67788888887
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhccCCCC
Q 013378 178 VSMLAAAYMRVFLKDDVP 195 (444)
Q Consensus 178 ~~~~~~~~~~~~~~e~~~ 195 (444)
+.++..+..++..||+++
T Consensus 388 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 388 VALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 766666555555665443
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.17 E-value=4.3e-10 Score=107.83 Aligned_cols=142 Identities=15% Similarity=0.123 Sum_probs=101.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhccccccccCchHHHHHHHHHhHHHHHHHHhc---cCchhhHHHHHHHHhhhhcccchhhhhh
Q 013378 53 SGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTLSIIPLAILAYR---RSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLA 129 (444)
Q Consensus 53 ~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~g~~~~~~ 129 (444)
.........+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+.. ............-+..+. . ....+..
T Consensus 314 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~~~~~~~ 391 (491)
T 4gc0_A 314 ALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAF-A-MSWGPVC 391 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHH-H-TTTTHHH
T ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHH-H-hHHHHHH
Confidence 3445566677888889999999999999999999888887776665432 121111222222222222 2 2334567
Q ss_pred hhh-hccCChhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhHHHhHHh----------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCC
Q 013378 130 LAY-ADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAARF----------LSTTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPN 196 (444)
Q Consensus 130 ~~~-~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lg~~~g~~l~~~----------l~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~ 196 (444)
..+ +|.+|.+.|+++.++......+|..+++.+... .++...|++.++++++..++.++++||++.+
T Consensus 392 ~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 392 WVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp HHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred HHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 788 999999999999999999988888887665433 2445678888888888888888999998754
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=44.93 E-value=2.8 Score=19.65 Aligned_cols=13 Identities=46% Similarity=0.951 Sum_probs=10.2
Q ss_pred ccccccccCchHH
Q 013378 71 IGNLSDQYGRKAM 83 (444)
Q Consensus 71 ~G~l~Dr~Grr~~ 83 (444)
+|.+..+||||.+
T Consensus 3 fgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 3 FGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHTSHHH
T ss_pred HHHHHHHHhHHHH
Confidence 5778888998865
No 16
>4aw6_A CAAX prenyl protease 1 homolog; hydrolase, M48 peptidase, integral membrane protein, prelami processing, ageing, progeria; HET: PC1; 3.40A {Homo sapiens} PDB: 2ypt_A
Probab=20.38 E-value=5.2e+02 Score=23.94 Aligned_cols=58 Identities=14% Similarity=0.211 Sum_probs=30.1
Q ss_pred HHHHHhhccCcCchhHHHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhCchhHHHHHHHHHHHHH
Q 013378 268 FLYFLKAQFHFNKNQFADLM-------LIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINM 326 (444)
Q Consensus 268 ~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 326 (444)
-...+++.+|+|.+..+... .+..+.+......+ =++.++.|+.+.+.......++..
T Consensus 145 ~tfvle~~~Gfnk~t~~~f~~D~~k~~~l~~vi~~pl~~~~-~~ii~~~g~~~wl~~w~~~~~~~l 209 (482)
T 4aw6_A 145 NTFVIEEKHGFNQQTLGFFMKDAIKKFVVTQCILLPVSSLL-LYIIKIGGDYFFIYAWLFTLVVSL 209 (482)
T ss_dssp HHHTHHHHTTCBCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHSCSSHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HheeehhhcCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34457788999987665432 11111122111122 267788888776554444444333
Done!