Query 013453
Match_columns 442
No_of_seqs 436 out of 1340
Neff 11.2
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 10:51:57 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/013453.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/013453hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.2E-37 4.2E-42 295.6 25.9 368 40-441 27-405 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.5E-36 8.7E-41 285.4 30.6 363 38-441 23-403 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 3.4E-35 1.2E-39 281.8 25.9 378 47-439 18-426 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.3E-34 4.5E-39 267.9 18.7 343 44-441 3-348 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.8E-31 6.2E-36 255.9 24.0 373 41-441 13-444 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 1.9E-28 6.5E-33 229.5 15.7 357 40-441 6-371 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 1.9E-27 6.5E-32 229.8 16.5 171 42-234 13-196 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 7E-15 2.4E-19 138.9 13.4 174 41-236 252-433 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 2.5E-13 8.5E-18 126.8 14.5 141 84-240 261-404 (417)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 3.3E-13 1.1E-17 126.9 14.7 145 42-195 259-406 (438)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 6.3E-12 2.2E-16 120.0 13.4 146 44-195 286-447 (491)
12 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 8.7E-11 3E-15 112.1 18.4 181 45-242 281-469 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.0 3.7E-11 1.3E-15 110.4 1.1 146 41-195 199-351 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 98.8 2.7E-08 9.3E-13 95.6 13.4 149 282-441 12-170 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 56.7 3 0.0001 19.4 0.4 14 101-114 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 22.0 1.2E+02 0.0039 24.1 4.5 25 88-112 99-123 (198)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.2e-37 Score=295.59 Aligned_cols=368 Identities=12% Similarity=0.036 Sum_probs=278.7
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHhHhcchhhchhHHHHHHHhcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHHH
Q 013453 40 ITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (442)
Q Consensus 40 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~ 119 (442)
++.+...++..+...++.....+.+|.+.+++ .+..+ .|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~ 99 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGD------LGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGL 99 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSC------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHH
Confidence 44555677788888888888999999999999 99999 999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhc----cchHHHHHHHHHHHHhhcchhhH-HHHHhhhhccccchhhhhhhhhHhhhhHHHHHHHhhhhhc
Q 013453 120 ASVVIFNTLFGL----SVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLA 194 (442)
Q Consensus 120 ~~~~i~~~~~~~----a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 194 (442)
++.+++.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+ ..+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+++|.+++++.
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 179 (451)
T 1pw4_A 100 ILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGM 179 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999 99999999999999999998888 5999999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred cccccCCCccc-ccccccCCcChhHHHHHHHHHHHH-HHHHhhccccCCCCCCCCccchhhhhhhhhhhhhhhhhhcccc
Q 013453 195 QPAEKYPNLFS-SESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGV-TIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREA 272 (442)
Q Consensus 195 ~~~~~~~~~~g-w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (442)
+ ..| ||+.+ .+.+++.++. ++..+++||++++.+.+++++.+..++.+ ..++.+++....+
T Consensus 180 ~-------~~g~w~~~f---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~ 242 (451)
T 1pw4_A 180 A-------WFNDWHAAL---------YMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDD-YNEKAEQELTAKQ 242 (451)
T ss_dssp H-------HTCCSTTCT---------HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC--------------CCTH
T ss_pred H-------HhccHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhccccccc-chhhhhccccccc
Confidence 7 455 66555 6666666554 44556788877654322211111000000 0000000011111
Q ss_pred cccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHhcCCcccCcccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHhh-
Q 013453 273 TPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERIL- 351 (442)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 351 (442)
...++.+++|.++...+..++..........+.+.|+... +|+++.+.+...+..+++.+++.+ +.+++.||+
T Consensus 243 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~l~~~~~ 316 (451)
T 1pw4_A 243 IFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEV-----KHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTL-LCGWMSDKVF 316 (451)
T ss_dssp HHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTB-----SCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHTS
T ss_pred chHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHh
Confidence 1146778899999888888888888888888888877642 689999999999999999999988 667777887
Q ss_pred -chhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccCChhhhhHHHHHHHHHHH
Q 013453 352 -GPIMVARIAGVLTI-PLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMS 429 (442)
Q Consensus 352 -~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~ 429 (442)
++|+.+..+..+.. +++.++.+.. ....+. .....+..+.+.....+....+..|.+|++.|+++.|+.+...+
T Consensus 317 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~-~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 392 (451)
T 1pw4_A 317 RGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNP---AGNPTV-DMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGY 392 (451)
T ss_dssp TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCC---TTCHHH-HHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc---ccCHHH-HHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHH
Confidence 88887776665554 4443332211 112222 22333333444455666777889999999999999999999999
Q ss_pred H-HHhhhcccCCC
Q 013453 430 L-FKAAGPAGGGA 441 (442)
Q Consensus 430 ~-g~~~gp~i~G~ 441 (442)
+ |..++|.+.|+
T Consensus 393 ~~g~~~~~~~~g~ 405 (451)
T 1pw4_A 393 LGGSVAASAIVGY 405 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHH
Confidence 9 99999988764
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.5e-36 Score=285.41 Aligned_cols=363 Identities=14% Similarity=0.126 Sum_probs=275.4
Q ss_pred CChhhHHHHHHHHHHhHhcchhhchhHHHHHHHhcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHH
Q 013453 38 LPITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIM 117 (442)
Q Consensus 38 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~ 117 (442)
.+++.+..+++..+...+......+.+|.+.+++|.+..+ .|++.+.+.+++.++++++|+++||+|||+++++
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~ 96 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQ------AGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIIT 96 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHH------HHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 3455666777788888888889999999999999999999 9999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHH---hccchHHHHHHHHHHHHhhcchhhH-HHHHhhhhccccchhhhhhhhhHhhhhHHHHHHHhhhhh
Q 013453 118 GTASVVIFNTLF---GLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFL 193 (442)
Q Consensus 118 ~~~~~~i~~~~~---~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 193 (442)
+.++.+++.+++ +++++++.++++|++.|++.+...+ ..+++.|++|+++|++++++.+.+.++|..++|.+++.+
T Consensus 97 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 176 (438)
T 3o7q_A 97 GLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSL 176 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999 8899999999999999999999888 599999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred c-cccccC----------CCcccccccccCCcChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhc--cccCCCCCCCCccchhhhhhhhhh
Q 013453 194 A-QPAEKY----------PNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWL--PETLHRHNDDDDSCDVSYDALESA 260 (442)
Q Consensus 194 ~-~~~~~~----------~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 260 (442)
. +..+.. ....+|+... ..+|+.++.+.+...++..+..++. ||++++.+++++
T Consensus 177 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~------------ 243 (438)
T 3o7q_A 177 ILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSL-VLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAK------------ 243 (438)
T ss_dssp HHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSS------------
T ss_pred HhcccccccccccccCCcchhhhhhhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccccc------------
Confidence 8 411000 0000000000 0116666666666555554443333 443322111110
Q ss_pred hhhhhhhhcccccccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH-hcCCcccCcccCChhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013453 261 SAEVKEEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLW-ANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVF 339 (442)
Q Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 339 (442)
+++.+...++++|+|.++...+..++..........+.+.| ..+. +|++..+.+.......++.+++
T Consensus 244 -------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (438)
T 3o7q_A 244 -------QGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEI-----PGMTAGFAANYLTGTMVCFFIG 311 (438)
T ss_dssp -------TTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-----TTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -------ccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc-----CCcchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 01112345678899999998888888888888888888887 5532 5889999999999999999999
Q ss_pred HhhHHHHHHHhhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccCChhhhhH
Q 013453 340 QLSLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGA 419 (442)
Q Consensus 340 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 419 (442)
.+ +.+++.||++||+.+..+..+..++..++.+.. ..+. ... ..+.+++.....+....+..|.+|++ +++
T Consensus 312 ~~-~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~-~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 382 (438)
T 3o7q_A 312 RF-TGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAG-----GHVG-LIA-LTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKY 382 (438)
T ss_dssp HH-HHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----HHHH-HHH-HHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHH
T ss_pred HH-HHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC-----CcHH-HHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccc
Confidence 88 777788888999998888877777766554432 1111 111 23333444556677888888888866 888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhcccCCC
Q 013453 420 ANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGA 441 (442)
Q Consensus 420 ~~g~~~~~~~~g~~~gp~i~G~ 441 (442)
+.++.. ...+|++++|.+.|+
T Consensus 383 ~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~ 403 (438)
T 3o7q_A 383 GSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGF 403 (438)
T ss_dssp HHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888877 677999999988774
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=3.4e-35 Score=281.81 Aligned_cols=378 Identities=13% Similarity=0.034 Sum_probs=264.6
Q ss_pred HHHHHHhHhcchhhchhHHHHHHHhcccccc--hhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHH
Q 013453 47 WIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKRE--EDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVI 124 (442)
Q Consensus 47 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i 124 (442)
.++.++.+++...++..+|.+.++++.+... ...+...|++.+.+.+|..++++++|+++||+|||++++++.+++.+
T Consensus 18 ~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i 97 (491)
T 4gc0_A 18 TLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFI 97 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4456677778888899999999988654322 22344589999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHh------------------ccchHHHHHHHHHHHHhhcchhhH-HHHHhhhhccccchhhhhhhhhHhhhhHHHH
Q 013453 125 FNTLFG------------------LSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLII 185 (442)
Q Consensus 125 ~~~~~~------------------~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~ 185 (442)
++++++ +++|+++++++|+++|++.|...+ +..+++|+.|+++|++..++.+.+..+|..+
T Consensus 98 ~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~ 177 (491)
T 4gc0_A 98 SGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLL 177 (491)
T ss_dssp HHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhh
Confidence 999988 478999999999999999998888 5999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhhhhhccccccCCCcccccccccCCcChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccCCCCCCCCccchhh--hhhhhhhhhh
Q 013453 186 GPALGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVS--YDALESASAE 263 (442)
Q Consensus 186 g~~~~~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~ 263 (442)
++.++..+.. ..++.... .+.||.++....+..++..+..+++||+|++...+++.++.. .++.......
T Consensus 178 ~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~ 249 (491)
T 4gc0_A 178 VYCVNYFIAR-------SGDASWLN-TDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLA 249 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHT-------TSCTTTTT-TTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhcchhhcc-------cccccccc-chhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchh
Confidence 9999888876 44444443 566888888888888888888889999998754333322221 1111111000
Q ss_pred h--------hhhhcccccccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHhcCCcccCcccCChhHHHHHHHHHHHH
Q 013453 264 V--------KEEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFS 335 (442)
Q Consensus 264 ~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 335 (442)
+ ..++++........++.+..........+...........+..+ ..+..+.+...........++.
T Consensus 250 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 324 (491)
T 4gc0_A 250 TQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPE-----VFKTLGASTDIALLQTIIVGVI 324 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHH-----HHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchH-----HHHhcCCCccchhhHHHHHHHH
Confidence 0 00111111122223333433333332222222211111112111 1223466666666677777788
Q ss_pred HHHHHhhHHHHHHHhhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccCChh
Q 013453 336 LLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQD 415 (442)
Q Consensus 336 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 415 (442)
.+++.+ +..++.||+|||+.+..+.....+++..+........ ..+.......++...+..+..+..+.+.+|.+|++
T Consensus 325 ~~~~~~-~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~ 402 (491)
T 4gc0_A 325 NLTFTV-LAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQA-PGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNA 402 (491)
T ss_dssp HHHHHH-HHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC-CHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTT
T ss_pred HHHHHH-HHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhccc-chHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHh
Confidence 888877 6777888889999998888887777666655443322 22333333333344445556677889999999999
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHhhhcccC
Q 013453 416 QRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGG 439 (442)
Q Consensus 416 ~~g~~~g~~~~~~~~g~~~gp~i~ 439 (442)
.|+++.|+.+..+++++++++.+.
T Consensus 403 ~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~ 426 (491)
T 4gc0_A 403 IRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTF 426 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999998887653
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=1.3e-34 Score=267.91 Aligned_cols=343 Identities=13% Similarity=0.129 Sum_probs=259.5
Q ss_pred HHHHHHHHHhHhcchhhchhHHHHHHHhcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHHHHHHH
Q 013453 44 FSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVV 123 (442)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~ 123 (442)
+.+++..++..++.....+.+|.+.+++|.++.+ .+++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++..+.++..
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~ 76 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGA------VQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFM 76 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHH------HHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHH
Confidence 4566777888888899999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhccchHHHHHHHHHHHHhhcchhhH-HHHHhhhhccccchhhhhhhhhHhhhhHHHHHHHhhhhhccccccCCC
Q 013453 124 IFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAEKYPN 202 (442)
Q Consensus 124 i~~~~~~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~ 202 (442)
++.++.+++++++.+++.|++.|++.+...+ ..+++.|++|+|+|++++++.+.+..+|..++|.+++++.+
T Consensus 77 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~------- 149 (375)
T 2gfp_A 77 LATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDT------- 149 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC-------
T ss_pred HHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHH-------
Confidence 9999999999999999999999999998888 59999999999999999999999999999999999999987
Q ss_pred cccccccccCCcChhHHHHHHHHHHHHHH-HHhhccccCCCCCCCCccchhhhhhhhhhhhhhhhhhccccccccccccc
Q 013453 203 LFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTI-AAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREATPKKSLLKN 281 (442)
Q Consensus 203 ~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (442)
..+|+..+.+.++..++..+ ..+.+||+++++++++ +.....++++|+
T Consensus 150 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------------~~~~~~~~~~~~ 198 (375)
T 2gfp_A 150 ---------MWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPRT----------------------RLLTSYKTLFGN 198 (375)
T ss_dssp ---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCCC----------------------CTTTCSTHHHHH
T ss_pred ---------hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcccc----------------------cHHHHHHHHhcC
Confidence 34456665777766666554 4556777654432211 122345678888
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHhcCCcccCcccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHhhchhHHHHHHH
Q 013453 282 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAG 361 (442)
Q Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 361 (442)
|+++...+..++..........+.|.|. .+.+|+++.+.+.......++.+++.. ..+++.||.+++ ...+.
T Consensus 199 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~r~~~~--~~~~~ 270 (375)
T 2gfp_A 199 SGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLM-----GAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAW-FAGRPNKRFSTL--MWQSV 270 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSS-----HHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHH-HHHTTTTHHHHH--HHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH--HHHHH
Confidence 9888877777776655555544433332 233788999999999999999999888 666677776662 22222
Q ss_pred HH-HHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccCChhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCC
Q 013453 362 VL-TIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGG 440 (442)
Q Consensus 362 ~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~gp~i~G 440 (442)
.. ...+...+...... ....+. ......+.+.......+....+..|..| ++||++.|+.+...++|..++|.+.|
T Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~-~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g 347 (375)
T 2gfp_A 271 ICCLLAGLLMWIPDWFG-VMNVWT-LLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSA 347 (375)
T ss_dssp HHHHHTSSSSSHHHHHH-HHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhc-cccHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 22 22222211111100 111222 2222333334444556777888889888 89999999999999999999999987
Q ss_pred C
Q 013453 441 A 441 (442)
Q Consensus 441 ~ 441 (442)
.
T Consensus 348 ~ 348 (375)
T 2gfp_A 348 M 348 (375)
T ss_dssp H
T ss_pred H
Confidence 5
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.8e-31 Score=255.92 Aligned_cols=373 Identities=13% Similarity=0.098 Sum_probs=244.0
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHhHhcchhhchhHHHHH-HH-----hcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcc-cCCch
Q 013453 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMI-KD-----FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADR-YGRKP 113 (442)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~-----~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr-~Grr~ 113 (442)
+.++.++...+...+......+.++.+. ++ +|.+..+ .+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~ 86 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRAT------AASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARP 86 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchH
Confidence 4556666677777776666656665554 44 8999999 9999999999999999999999999 89999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHHHHHhhcchhhH-HHHHhhhhccccc--hhhhhhhhhHhhhhHHHHHHHhh
Q 013453 114 VIIMGTASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEIFREEH--QALGLSTVSTAWGIGLIIGPALG 190 (442)
Q Consensus 114 ~~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 190 (442)
++..+.++..++.+++++++|++.++++|+++|++.+...+ ..+++.|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|.++
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 166 (491)
T 4aps_A 87 AVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIV 166 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999998888 5999999999988 77788889999999999999999
Q ss_pred hhhccccccCCCcccccccccCCcChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-cccCCCCCCCC-c--cchhhhhhhhh-------
Q 013453 191 GFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWL-PETLHRHNDDD-D--SCDVSYDALES------- 259 (442)
Q Consensus 191 ~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~~~~~~~~~-~--~~~~~~~~~~~------- 259 (442)
+.+.+ ..+|+..+.+.++..++..+...+. |+..++..+++ + +.++..+..+.
T Consensus 167 ~~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~ 230 (491)
T 4aps_A 167 GAAQE----------------AAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAG 230 (491)
T ss_dssp HHHHH----------------HSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHH
T ss_pred HHHHh----------------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99988 3445555566666555554433322 32222111111 1 11111010000
Q ss_pred ------------hhhhhh------------------hhhcccccccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHh
Q 013453 260 ------------ASAEVK------------------EEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWA 309 (442)
Q Consensus 260 ------------~~~~~~------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 309 (442)
..+.++ +..++......+..+....+...+...+...........++.|.
T Consensus 231 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (491)
T 4aps_A 231 FIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFA 310 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHH
Confidence 000000 00000111111111222334444455555555555666666666
Q ss_pred cCCcccCcccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHhhchhHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHhh---chh
Q 013453 310 NSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVAR-----IAGVLTIPLLTSYPYIAMLS---GFG 381 (442)
Q Consensus 310 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~ 381 (442)
... .+.+..+.+.......+..+++.. +..++.||.+||+... .+..+..+++.++....... ...
T Consensus 311 ~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 384 (491)
T 4aps_A 311 AER-----VDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTP-FFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKV 384 (491)
T ss_dssp HHS-----CCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred HHH-----hccCccCHHHHhccchHHHHHHHH-HHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCc
Confidence 543 344445566666777777777777 5555677777765433 55555566655554432110 011
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccCChhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCCC
Q 013453 382 LAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIAMTGMSLFKAAGPAGGGA 441 (442)
Q Consensus 382 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~gp~i~G~ 441 (442)
.........++.+.......+....+..|..|++.|+++.|+.+...++|.+++|.+.|+
T Consensus 385 ~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~ 444 (491)
T 4aps_A 385 SPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTL 444 (491)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGG
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 222233333333444444567778899999999999999999999999999999988775
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.96 E-value=1.9e-28 Score=229.46 Aligned_cols=357 Identities=10% Similarity=0.087 Sum_probs=224.1
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHhHhcchhhchhHHHHHH-HhcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHH
Q 013453 40 ITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIK-DFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMG 118 (442)
Q Consensus 40 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~ 118 (442)
.++++.+....+...+......+.+|.+.+ ++|.+..+ .|++.+.+.+++.++++++|+++||+|||++++++
T Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~ 79 (417)
T 2cfq_A 6 NTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSD------TGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWI 79 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTT------SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHH
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHH
Confidence 345555666666666667777888888654 58999999 99999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HHHHHHHHH---HHhccchHH-HHHHHHHHHHhhcchhhH-HHHHhhhhccc--cchhhhhhhhhHhhhhHHHHHHHhhh
Q 013453 119 TASVVIFNT---LFGLSVNFW-MAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEIFRE--EHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGG 191 (442)
Q Consensus 119 ~~~~~i~~~---~~~~a~~~~-~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 191 (442)
..++.+... ...+++... .++..+++.|++.+...+ ....+.++.++ ++|+...+.......+|..++|.+++
T Consensus 80 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~ 159 (417)
T 2cfq_A 80 ITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVG 159 (417)
T ss_dssp HHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 887755322 122322221 234556666665555443 23334444432 45677788888889999999999999
Q ss_pred hhccccccCCCcccccccccCCcChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccCCCCCCCCccchhhhhhhhhhhhhhhhhhccc
Q 013453 192 FLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGRE 271 (442)
Q Consensus 192 ~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 271 (442)
++.+ .+ |+.++++.++..++..+..++.+|++++..+++++.++ ++++..
T Consensus 160 ~l~~--------~~---------~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------~~~~~~ 209 (417)
T 2cfq_A 160 IMFT--------IN---------NQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGA-------------NHSAFS 209 (417)
T ss_dssp HHHH--------HC---------SHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSSS-------------CCCCCC
T ss_pred HHHH--------hc---------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCccccccccccccccc-------------cccccc
Confidence 9875 12 44444554444444433434444332211110000000 000011
Q ss_pred ccccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHhcCCcccCcccCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHhh
Q 013453 272 ATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERIL 351 (442)
Q Consensus 272 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 351 (442)
....++++++|+++...+..+........+..++|.|+.... +..+.+....+.......++.+++.+ ..+++.||+
T Consensus 210 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~g~l~dr~ 286 (417)
T 2cfq_A 210 LKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFF--ATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMF-FAPLIINRI 286 (417)
T ss_dssp HHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS--SSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHh
Confidence 123456788888877666555444444445556666664321 11233455667888887888888877 777788888
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccCChhhhhHHHHHH-HHHHHH
Q 013453 352 GPIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGIA-MTGMSL 430 (442)
Q Consensus 352 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-~~~~~~ 430 (442)
+||+.+..+..+..+....+.+. + ..+. ......+.+.......+....+.+|..|++.||++.++. +..+.+
T Consensus 287 g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~---~--~~~~-~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~l 360 (417)
T 2cfq_A 287 GGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA---T--SALE-VVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQL 360 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC---C--SHHH-HHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---c--cHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhH
Confidence 99998877776666554443221 1 1222 112222222222334455677899999999999999994 888889
Q ss_pred HHhhhcccCCC
Q 013453 431 FKAAGPAGGGA 441 (442)
Q Consensus 431 g~~~gp~i~G~ 441 (442)
|++++|.+.|+
T Consensus 361 g~~~gp~l~G~ 371 (417)
T 2cfq_A 361 AMIFMSVLAGN 371 (417)
T ss_dssp HHHHHTHHHHT
T ss_pred HHHHhhhhHHH
Confidence 99999998875
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.95 E-value=1.9e-27 Score=229.83 Aligned_cols=171 Identities=15% Similarity=0.183 Sum_probs=142.9
Q ss_pred hHHHHHHHHHHhHhcchhhchhHHH-HHHHhc------ccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhccc-CCch
Q 013453 42 ELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYF-MIKDFQ------IAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRY-GRKP 113 (442)
Q Consensus 42 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~------~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~-Grr~ 113 (442)
.++.+++..++..+......+.++. +.+++| .+..+ .+++.+.+.++..++.++.|+++||+ |||+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~ 86 (524)
T 2xut_A 13 QIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAV------AKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYN 86 (524)
T ss_dssp CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTT------HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH
Confidence 3444556666666666666666665 456789 99999 99999999999999999999999999 9999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhccc-hHHHHHHHHHHHHhhcchhhH-HHHHhhhhccccchhhhhhh---hhHhhhhHHHHHHH
Q 013453 114 VIIMGTASVVIFNTLFGLSV-NFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEIFREEHQALGLST---VSTAWGIGLIIGPA 188 (442)
Q Consensus 114 ~~~~~~~~~~i~~~~~~~a~-~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~g~~ 188 (442)
++.++.++..++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+ ..+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|..++|.
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~ 166 (524)
T 2xut_A 87 TILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASL 166 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999 999999999999999998888 59999999999999876666 99999999999999
Q ss_pred hhhhhccccccCCCcccccccccCCcChhHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 013453 189 LGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAF 234 (442)
Q Consensus 189 ~~~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 234 (442)
+++.+.+ ..+|+..+.+.++..++..+..+
T Consensus 167 ~~~~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 167 SMPLLLK----------------NFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp TSTHHHH----------------TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhc----------------cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999987 44455555776666555544443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.59 E-value=7e-15 Score=138.93 Aligned_cols=174 Identities=13% Similarity=0.068 Sum_probs=142.6
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHhHhcchhhchhHHHHHHH-hcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhccc--CCchhhHH
Q 013453 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRY--GRKPVIIM 117 (442)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~--Grr~~~~~ 117 (442)
+.++...+..++............|.+.++ +|.+..+ .+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~ 325 (451)
T 1pw4_A 252 KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDK------SSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGV 325 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHH
Confidence 455566666667777777777888888777 8999888 99999999999999999999999999 99999988
Q ss_pred HHHHHH-HHHHHHhcc--chHHHHHHHHHHHHhhcchhhH-HHHHhhhhccccchhhhhhhhhHhhhh-HHHHHHHhhhh
Q 013453 118 GTASVV-IFNTLFGLS--VNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGI-GLIIGPALGGF 192 (442)
Q Consensus 118 ~~~~~~-i~~~~~~~a--~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~~~~~ 192 (442)
+..+.. ++.++..+. .+.+.+.+..++.|++.+...+ ...++.|.+|+++|++++++.+....+ |..++|.+.+.
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~ 405 (451)
T 1pw4_A 326 FFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGY 405 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 877766 677777666 3778888888899998777777 589999999999999999999999999 99999999999
Q ss_pred hccccccCCCcccccccccCCcChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 013453 193 LAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWL 236 (442)
Q Consensus 193 l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (442)
+.+ ..+|+..+.+.+++.++..+..+++
T Consensus 406 l~~----------------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 406 TVD----------------FFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHH----------------SSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHH----------------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 998 4455666677776666665544444
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.50 E-value=2.5e-13 Score=126.81 Aligned_cols=141 Identities=18% Similarity=0.129 Sum_probs=114.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHHHHHhhcchhhH-HHHHhhhh
Q 013453 84 AGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEI 162 (442)
Q Consensus 84 ~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~ 162 (442)
.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+ ...++.|.
T Consensus 261 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 340 (417)
T 2cfq_A 261 FGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQ 340 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 68888888889999999999999999999999999988888888888888888888888888887666655 58899999
Q ss_pred ccccchhhhhhh-hhHhhhhHHHHHHHhhhhhccccccCCCcccccccccCCcChhHHHHHHHHHHHHHHH-HhhccccC
Q 013453 163 FREEHQALGLST-VSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIA-AFWLPETL 240 (442)
Q Consensus 163 ~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~~ 240 (442)
+|++.|+++.+. ++....+|..++|.++|++.+ ..++...+.+.+++.++..+. +...||++
T Consensus 341 ~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 341 FEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE----------------SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH----------------HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH----------------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 999999999998 588889999999999999987 334455556666666665544 34455433
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.49 E-value=3.3e-13 Score=126.90 Aligned_cols=145 Identities=11% Similarity=0.055 Sum_probs=119.1
Q ss_pred hHHHHHHHHHHhHhcchhhchhHHHH-HHH-hcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHHH
Q 013453 42 ELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFM-IKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (442)
Q Consensus 42 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~ 119 (442)
.++...+..++............|.+ .++ +|.+..+ .+++.+...++..++.++.|+++||+|||+++..+.
T Consensus 259 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~ 332 (438)
T 3o7q_A 259 HWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGF------AANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYA 332 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHH
Confidence 34444555555555555666677777 665 4999888 999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHHHHHhhcchhhH-HHHHhhhhccccchhhhhhhhhHhhhhHHHHHHHhhhhhcc
Q 013453 120 ASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQ 195 (442)
Q Consensus 120 ~~~~i~~~~~~~a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 195 (442)
++..++.++..+.++.+.++.. ++.|++.+...| ..++..|.+|++ |+.+.++.. ...+|..++|.+.+.+.+
T Consensus 333 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~ 406 (438)
T 3o7q_A 333 LIAMALCLISAFAGGHVGLIAL-TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSD 406 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH-HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999988888887765554 888888888777 588889999866 888888777 566999999999999998
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.35 E-value=6.3e-12 Score=119.99 Aligned_cols=146 Identities=10% Similarity=-0.025 Sum_probs=114.3
Q ss_pred HHHHHHHHHhHhcchhhchhHHHHHHH-hcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhH-----H
Q 013453 44 FSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVII-----M 117 (442)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~-----~ 117 (442)
..+++..+............+|.+.++ ++.+..+ .+++.+...++..++.++.|++.||+|||+... .
T Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~ 359 (491)
T 4aps_A 286 IPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFP------VSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAV 359 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSC------SGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccC------HHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHH
Confidence 344444444444455555666666655 5666566 788888899999999999999999999987665 7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhccc---------hHHHHHHHHHHHHhhcchhhH-HHHHhhhhccccchhhhhhhhhHhhhhHHHHHH
Q 013453 118 GTASVVIFNTLFGLSV---------NFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGP 187 (442)
Q Consensus 118 ~~~~~~i~~~~~~~a~---------~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~ 187 (442)
+.++.+++.++..+.. +.+.+.+.-++.|++.+...+ ..+++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|
T Consensus 360 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~ 439 (491)
T 4aps_A 360 GLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNA 439 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7777777777666543 777788888999999888777 589999999999999999999999999999999
Q ss_pred Hhhhhhcc
Q 013453 188 ALGGFLAQ 195 (442)
Q Consensus 188 ~~~~~l~~ 195 (442)
.+.+.+.+
T Consensus 440 ~~~~~~~~ 447 (491)
T 4aps_A 440 QLVTLYNA 447 (491)
T ss_dssp HHGGGGGG
T ss_pred HHHHHHhc
Confidence 99988875
No 12
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.30 E-value=8.7e-11 Score=112.07 Aligned_cols=181 Identities=13% Similarity=0.085 Sum_probs=122.5
Q ss_pred HHHHHHHHhHhcchhhchhHHHHHHHhcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHH
Q 013453 45 SIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVI 124 (442)
Q Consensus 45 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i 124 (442)
......+....+.+.+....|.+.++.+.+... .........+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....+
T Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~ 354 (491)
T 4gc0_A 281 GVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDI------ALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAI 354 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccc------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHH
Confidence 344444455555566666778888888887776 67777778888899999999999999999999998888877
Q ss_pred HHHHHhcc-----chHHHHHHHH-HHHHhhcchhhH-HHHHhhhhccccchhhhhhhhhHhhhhHHHHHHHhhhhhcccc
Q 013453 125 FNTLFGLS-----VNFWMAVLTR-FLLGSLNGLLGP-IKAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPA 197 (442)
Q Consensus 125 ~~~~~~~a-----~~~~~l~~~r-~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 197 (442)
+.+..+.. ++...+...- +..+.+.+ ..+ ...+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+...+.+..
T Consensus 355 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~ 433 (491)
T 4gc0_A 355 GMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMS-WGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNS 433 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTT-TTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhH-HHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77655432 2222222222 22222333 344 5789999999999999999999999999999988877765411
Q ss_pred ccCCCcccccccccCCcChhHHHHHHHHHHHH-HHHHhhccccCCC
Q 013453 198 EKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGV-TIAAFWLPETLHR 242 (442)
Q Consensus 198 ~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~e~~~~ 242 (442)
. ... ..++...+++.+.++++. ++.++++||++.+
T Consensus 434 ~-------~~~---~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 434 W-------LVA---HFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp H-------HHH---HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred H-------HHh---hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 0 000 112233445555555555 4566789998654
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.03 E-value=3.7e-11 Score=110.37 Aligned_cols=146 Identities=13% Similarity=0.078 Sum_probs=109.9
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHhHhcchhhchhHHHHHHH-hcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHHH
Q 013453 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (442)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~~~~~~ 119 (442)
+.++...+..++............|.+.++ +|.++.+ .+++.+...++..++.++.+++.||+|+| +..+.
T Consensus 199 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~~~~ 270 (375)
T 2gfp_A 199 SGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMT------VSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MWQSV 270 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHH------HHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHH
Confidence 334445555555555555556666666554 8998888 99999999999999999999999999873 23333
Q ss_pred HH-HHHHHH--HHhc--cchHHHHHHHHHHHHhhcchhhH-HHHHhhhhccccchhhhhhhhhHhhhhHHHHHHHhhhhh
Q 013453 120 AS-VVIFNT--LFGL--SVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFL 193 (442)
Q Consensus 120 ~~-~~i~~~--~~~~--a~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~-~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 193 (442)
.. ...+.. .... .++.+.+++..++.|++.+...+ ..+++.|..| ++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+
T Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l 349 (375)
T 2gfp_A 271 ICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAML 349 (375)
T ss_dssp HHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33 222222 1222 23677777888999999888877 5899999998 8999999999999999999999999998
Q ss_pred cc
Q 013453 194 AQ 195 (442)
Q Consensus 194 ~~ 195 (442)
.+
T Consensus 350 ~~ 351 (375)
T 2gfp_A 350 PQ 351 (375)
T ss_dssp HH
T ss_pred hc
Confidence 76
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.84 E-value=2.7e-08 Score=95.59 Aligned_cols=149 Identities=9% Similarity=-0.021 Sum_probs=110.8
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHhcCCcccCccc------CChhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHhh-chh
Q 013453 282 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLN------YSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERIL-GPI 354 (442)
Q Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 354 (442)
+.++...+..++..........+++.|+... +| +++.+.+.+.+...++..++.+ ..+++.||+ |||
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~-----~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~G~l~dr~~g~r 85 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTA-----LLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPL-LGGWIADRFFGKY 85 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-----CSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHH-HHHHHHTTSSCSH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhcch
Confidence 4566666777777777777777777776532 45 8999999999999999999988 777788888 999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcccCChhhhhHHHHH---HHHHHHHH
Q 013453 355 MVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVDQDQRGAANGI---AMTGMSLF 431 (442)
Q Consensus 355 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~---~~~~~~~g 431 (442)
+.+..+.++..++.++..+.. ...+ .+.+..++.+.+.....+...+++.|.+|+++|+++.+. .+...++|
T Consensus 86 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~-~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g 160 (524)
T 2xut_A 86 NTILWLSLIYCVGHAFLAIFE----HSVQ-GFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFG 160 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS----SCHH-HHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc----ccHH-HHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999888888777776665532 0122 223333344445555668888999999999999877666 88999999
Q ss_pred HhhhcccCCC
Q 013453 432 KAAGPAGGGA 441 (442)
Q Consensus 432 ~~~gp~i~G~ 441 (442)
..++|.++|+
T Consensus 161 ~~~g~~~~~~ 170 (524)
T 2xut_A 161 SFFASLSMPL 170 (524)
T ss_dssp HHHHHHTSTH
T ss_pred HHHHHHHHHH
Confidence 9999998875
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=56.71 E-value=3 Score=19.45 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.888 Sum_probs=11.2
Q ss_pred hhhhhhcccCCchh
Q 013453 101 FWGLVADRYGRKPV 114 (442)
Q Consensus 101 ~~G~l~dr~Grr~~ 114 (442)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46788899999864
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=22.05 E-value=1.2e+02 Score=24.14 Aligned_cols=25 Identities=8% Similarity=0.213 Sum_probs=17.9
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCc
Q 013453 88 GSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRK 112 (442)
Q Consensus 88 ~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr 112 (442)
+..|.+|+.++..+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 3456677778888888888886543
Done!