Query 013645
Match_columns 439
No_of_seqs 158 out of 1713
Neff 9.3
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 14:27:15 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/013645.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/013645hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.4E-29 4.6E-34 253.5 35.6 381 27-430 27-437 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 1.6E-28 5.4E-33 245.0 33.3 351 22-400 20-401 (438)
3 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.9 2.7E-24 9.1E-29 217.9 32.9 387 25-432 10-477 (491)
4 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.9 2.2E-23 7.5E-28 211.1 33.4 346 65-425 61-461 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.9 3.6E-25 1.2E-29 216.4 16.6 335 33-401 5-347 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 3.3E-22 1.1E-26 198.7 14.6 372 27-425 6-398 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 2E-20 6.9E-25 191.0 24.4 382 25-430 9-506 (524)
8 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.1 8.2E-10 2.8E-14 109.2 15.4 140 257-402 34-175 (438)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.1 3.3E-09 1.1E-13 106.7 18.9 143 280-430 50-200 (491)
10 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.0 5.2E-09 1.8E-13 103.7 17.6 172 27-214 251-434 (451)
11 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.0 2.3E-09 7.8E-14 103.9 12.1 154 260-421 11-169 (375)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 98.9 2.1E-08 7.3E-13 101.6 15.2 137 281-424 51-196 (524)
13 2cfq_A Lactose permease; trans 98.8 4.4E-08 1.5E-12 96.6 15.2 130 71-216 271-403 (417)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 98.6 5.3E-08 1.8E-12 97.7 8.7 140 69-220 322-470 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 45.5 13 0.00045 19.2 1.8 13 79-91 3-15 (26)
16 3arc_T Photosystem II reaction 26.8 94 0.0032 17.7 3.9 20 200-219 9-29 (32)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.98 E-value=1.4e-29 Score=253.54 Aligned_cols=381 Identities=10% Similarity=-0.003 Sum_probs=253.5
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhccCCCCch----HHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHhHHHHHH
Q 013645 27 TRDVHILSCAFLLIFLAYGAAQNLETTVNTEGNLGT----ISLGILYTSFTCFSLVASLVVRVLGSKNALILGTTGYWLF 102 (439)
Q Consensus 27 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~g~----~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~G~r~~l~~g~~~~~~~ 102 (439)
++.++.+.++.++............+.+.++. .+. ...++......+++++.|+++||+|||+++.++.+++++.
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~ 105 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAV 105 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34444454555554544444445555555443 322 2355666677888999999999999999999999988776
Q ss_pred HHh-hh----cchhhHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhHHHHHhhhhhhhcCCCcccchhhhhHHHHHHHHHhhhhhhHHH
Q 013645 103 VAA-NL----FPSWYTMVPASLYLGFAASIIWVGEGTYLTAAALSHASNHKLHEGTVIGSFNGEFWGMFASHQFVGNLIT 177 (439)
Q Consensus 103 ~~~-~~----~~~~~~li~~r~i~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~~~~~~rg~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~ 177 (439)
.+. .. .++++.++++|++.|++.+..+++..++++|+. |+++|++++|+.....++|.++|+.++
T Consensus 106 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~----------~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 175 (451)
T 1pw4_A 106 MLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWW----------SQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLF 175 (451)
T ss_dssp HHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTC----------TTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHH
T ss_pred HHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHC----------CchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 654 35 688999999999999999999999999998886 789999999999999999999999998
Q ss_pred HHhhcCCCCCCCC-cchHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhccCCCccccc---cccccc----hhhhhhHHHHHHH--HHHhh
Q 013645 178 LAVLKDDKGGSTS-GTTLLFIVFLGVITLGTI-LMCFLRKEEDKGEK---ETADAS----VNFYSYLVSLSKS--ITTLL 246 (439)
Q Consensus 178 ~~l~~~~~~~~~~-w~~~~~~~~~~~~~l~~~-~~~~l~~~~~~~~~---~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~--~~~~~ 246 (439)
..+... .+ ||..++ +.+++.++..+ ..+++||+++..+. +..+.+ .....+.+...++ .++.+
T Consensus 176 ~~l~~~-----~g~w~~~f~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 249 (451)
T 1pw4_A 176 LLGMAW-----FNDWHAALY-MPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVL 249 (451)
T ss_dssp HHHHHH-----TCCSTTCTH-HHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHH-----hccHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHH
Confidence 876543 24 887544 44444444333 34567764432110 000000 0000000000011 24567
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHhhHHHHHHHhhcchhhhc-ccccccchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcCC--CCcceehhhHHH
Q 013645 247 ADVRMLLIIPLFAYSGLQQAFVWAEFTKEIVT-PALGVSGVGGAMAVYGAFDAICSLAAGRLTTGL--PSITFIVSGGAI 323 (439)
Q Consensus 247 ~~~~~~~l~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~~~G~l~d~~--~~r~~~~~~g~~ 323 (439)
++|+++......+..+........+++.++.+ .+.+....+.+....+++.++++++.|++.||+ ++|+.+ ..+..
T Consensus 250 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~-~~~~~ 328 (451)
T 1pw4_A 250 PNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGAT-GVFFM 328 (451)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHH-HHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhH-HHHHH
Confidence 88888876665444443332233444544433 345566788888899999999999999999998 877644 34444
Q ss_pred HHH-HHHHHHHhhccCCCCccchHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhccCCc-hhhHHHHHHHHHH-HHHHHHHHh
Q 013645 324 AQV-VVFLWILINYSVTSGVLGTLYPLIMAALLGIGDGVLNTQLSALLGILFKHDT-EGAFAQLKVWQCA-SIAVVFFIG 400 (439)
Q Consensus 324 ~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~G~~~~~~~~~~~a~~~~~~p~~~-~~a~s~~~~~~~~-g~~i~~~i~ 400 (439)
+.. +++. .+.+.++.+ .....++.++.|++.+...+..++++.+.+|++. +.++|+++..+.+ |..+++.+.
T Consensus 329 ~~~~~~~~--~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 403 (451)
T 1pw4_A 329 TLVTIATI--VYWMNPAGN---PTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIV 403 (451)
T ss_dssp HHHHHHHH--HTTSCCTTC---HHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH--HHHHhcccC---HHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 433 4332 233333222 3556677788899888888888999999999875 5678998888888 888777655
Q ss_pred hh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013645 401 PY----ISLQAMLIVMVVGICVALVGILFLTIQV 430 (439)
Q Consensus 401 ~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 430 (439)
+. .++...+++.+++.+++.+..+++.++.
T Consensus 404 g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 437 (451)
T 1pw4_A 404 GYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVMIGE 437 (451)
T ss_dssp HHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Confidence 43 3577777777777777777776654443
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.97 E-value=1.6e-28 Score=244.96 Aligned_cols=351 Identities=10% Similarity=0.048 Sum_probs=230.1
Q ss_pred CccccchhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhccCCCCchH----HHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHhH
Q 013645 22 TPKNYTRDVHILSCAFLLIFLAYGAAQNLETTVNTEGNLGTI----SLGILYTSFTCFSLVASLVVRVLGSKNALILGTT 97 (439)
Q Consensus 22 ~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~g~~----~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~G~r~~l~~g~~ 97 (439)
++++..+.++.+..++++....+.....+.+.+.++.+.... ..+.....+.+++++.|+++||+|||+++..+.+
T Consensus 20 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~ 99 (438)
T 3o7q_A 20 QSRSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLF 99 (438)
T ss_dssp --CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHH
Confidence 334455566666666666665555555666666655444443 3455566667888999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhh----hcchhhHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhHHHHHhhhhhhhcCCCcccchhhhhHHHHHHHHHhhhhh
Q 013645 98 GYWLFVAAN----LFPSWYTMVPASLYLGFAASIIWVGEGTYLTAAALSHASNHKLHEGTVIGSFNGEFWGMFASHQFVG 173 (439)
Q Consensus 98 ~~~~~~~~~----~~~~~~~li~~r~i~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~~~~~~rg~~~g~~~~~~~~G~~iG 173 (439)
++++..+.. ..++++.+++.|++.|++.+..+++..++++|+. |+++|++++|+.....++|..+|
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g 169 (438)
T 3o7q_A 100 LYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLG----------PESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIA 169 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS----------CSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHc----------CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 887765543 4688999999999999999999999999999887 88999999999999999999999
Q ss_pred hHHHHHhh-cCCCCC--------------C------CCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCccccccccccchhhh
Q 013645 174 NLITLAVL-KDDKGG--------------S------TSGTTLLFIVFLGVITLGTILMCFLRKEEDKGEKETADASVNFY 232 (439)
Q Consensus 174 ~~i~~~l~-~~~~~~--------------~------~~w~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 232 (439)
+.++..+. ...... . .+||+. |.+..++..+..++.++.++|+++++++.+++ +
T Consensus 170 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~----~ 244 (438)
T 3o7q_A 170 VVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTP-YMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAK----Q 244 (438)
T ss_dssp HHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSS----T
T ss_pred HHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccccc----c
Confidence 99988886 332100 0 007664 33334434333333344444433222111111 1
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHhhHHHHHHHhhcchh-hhcc-cccccchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcC
Q 013645 233 SYLVSLSKSITTLLADVRMLLIIPLFAYSGLQQAFVWAEFTKE-IVTP-ALGVSGVGGAMAVYGAFDAICSLAAGRLTTG 310 (439)
Q Consensus 233 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~-~~~~-~~~~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~~~G~l~d~ 310 (439)
.+.+ ++.++.+++|+++......+...........+++.+ +.+. +.+....+......+++.++++++.|++.||
T Consensus 245 ~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r 321 (438)
T 3o7q_A 245 GSFS---ASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISR 321 (438)
T ss_dssp TSHH---HHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cchh---hhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 1112 234467889998876655443333222223444544 3332 5566678888888999999999999999999
Q ss_pred CCCcceehhhHHHHHHHHHHHHHhhccCCCCccchHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhccCCchhhHHHHHHHHH
Q 013645 311 LPSITFIVSGGAIAQVVVFLWILINYSVTSGVLGTLYPLIMAALLGIGDGVLNTQLSALLGILFKHDTEGAFAQLKVWQC 390 (439)
Q Consensus 311 ~~~r~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~G~~~~~~~~~~~a~~~~~~p~~~~~a~s~~~~~~~ 390 (439)
+++|+.+ ..+.++..++.. ...+.++ ....+..++.|++.+...+..+++..+.+|++++.+.+... ...
T Consensus 322 ~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~------~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 391 (438)
T 3o7q_A 322 FAPHKVL-AAYALIAMALCL--ISAFAGG------HVGLIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQDTKYGSSFIV-MTI 391 (438)
T ss_dssp SCHHHHH-HHHHHHHHHHHH--HHHHCCH------HHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGGHHHHHHHHH-HTT
T ss_pred hcchHHH-HHHHHHHHHHHH--HHHHcCC------cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhHHH-HHH
Confidence 9988743 455555554432 2233322 22344557788888888999999999999977554545444 344
Q ss_pred HHHHHHHHHh
Q 013645 391 ASIAVVFFIG 400 (439)
Q Consensus 391 ~g~~i~~~i~ 400 (439)
+|..+++.+.
T Consensus 392 ~g~~~~~~~~ 401 (438)
T 3o7q_A 392 IGGGIVTPVM 401 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHH
Confidence 6666655444
No 3
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.94 E-value=2.7e-24 Score=217.89 Aligned_cols=387 Identities=12% Similarity=0.001 Sum_probs=226.5
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh-hHhhhcc-----CCCCchH----HHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHH-hchhHHHH
Q 013645 25 NYTRDVHILSCAFLLIFLAYGAAQN-LETTVNT-----EGNLGTI----SLGILYTSFTCFSLVASLVVRV-LGSKNALI 93 (439)
Q Consensus 25 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~-----~~~~g~~----~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~G~r~~l~ 93 (439)
+..+.++.+....++...++..... +.+.+.+ |.+.+.. ..+.......+++++.|+++|| +|||+++.
T Consensus 10 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~ 89 (491)
T 4aps_A 10 GQPLGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVF 89 (491)
T ss_dssp -CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHH
T ss_pred ccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHH
Confidence 3445566666666655555544432 2222222 2444433 3455556667888999999999 89999999
Q ss_pred HHhHHHHHHHHh-hhcchhhHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhHHHHHhhhhhhhcCCCcccc--hhhhhHHHHHHHHHhh
Q 013645 94 LGTTGYWLFVAA-NLFPSWYTMVPASLYLGFAASIIWVGEGTYLTAAALSHASNHKLHEGTV--IGSFNGEFWGMFASHQ 170 (439)
Q Consensus 94 ~g~~~~~~~~~~-~~~~~~~~li~~r~i~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~~~~~~--rg~~~g~~~~~~~~G~ 170 (439)
.+.+++.+..+. ...++++.+++.|++.|+|.+..+++..++++|+. |+++ |+++++++....++|.
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~ 159 (491)
T 4aps_A 90 WGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLY----------DEHDRRRDAGFSIFVFGINLGA 159 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS----------SSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHc----------CcccccceeeehHHHHHHHHHH
Confidence 999988776655 35788999999999999999999999999999987 6666 7788888999999999
Q ss_pred hhhhHHHHHhhcCCCCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-cCCCccc-cccccc-cchhhhhhHHH----------
Q 013645 171 FVGNLITLAVLKDDKGGSTSGTTLLFIVFLGVITLGTILMCFL-RKEEDKG-EKETAD-ASVNFYSYLVS---------- 237 (439)
Q Consensus 171 ~iG~~i~~~l~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~l-~~~~~~~-~~~~~~-~~~~~~~~~~~---------- 237 (439)
.+|+.+++.+... .+||+.++ +..+..+++.+..++. ++..+++ +++.++ .+.+..+..+.
T Consensus 160 ~~~~~~~~~l~~~-----~g~~~~f~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~ 233 (491)
T 4aps_A 160 FIAPLIVGAAQEA-----AGYHVAFS-LAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIA 233 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH-----SCHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhh-----hhHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999888654 35887543 3444444444443332 2211110 000000 00000000000
Q ss_pred ----------------------------------HHHHHHHhhccc-h---hHHHHHHHHHhhHHHHHHHhhcchhhhc-
Q 013645 238 ----------------------------------LSKSITTLLADV-R---MLLIIPLFAYSGLQQAFVWAEFTKEIVT- 278 (439)
Q Consensus 238 ----------------------------------~~~~~~~~~~~~-~---~~~l~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~- 278 (439)
..++.....+++ + .+.+....+............++.+..+
T Consensus 234 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 313 (491)
T 4aps_A 234 IIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAER 313 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHH
Confidence 000000000111 1 1111111111111111111122222211
Q ss_pred ccccccchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcCCCCcceeh----hhHHHHHHHHHHHHHhhcc-------CCCCccchHH
Q 013645 279 PALGVSGVGGAMAVYGAFDAICSLAAGRLTTGLPSITFIV----SGGAIAQVVVFLWILINYS-------VTSGVLGTLY 347 (439)
Q Consensus 279 ~~~~~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~~~G~l~d~~~~r~~~~----~~g~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~ 347 (439)
.+.+....+......+++.+++..+.|++.||++||+... ..+.++..+++.. +.+. ++.+ ...
T Consensus 314 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~---~~~ 388 (491)
T 4aps_A 314 VDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLL--MAIPGALYGTSGKVS---PLW 388 (491)
T ss_dssp CCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTT--THHHHHHCCCCTTCC---THH
T ss_pred hccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHhcCCCCCcc---HHH
Confidence 1233345566667788888999999999999999875322 1444444443321 1111 1111 355
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhccCCc-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh---hHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013645 348 PLIMAALLGIGDGVLNTQLSALLGILFKHDT-EGAFAQLKVWQCASIAVVFFIGPYI---SLQAMLIVMVVGICVALVGI 423 (439)
Q Consensus 348 ~~~~~~l~G~~~~~~~~~~~a~~~~~~p~~~-~~a~s~~~~~~~~g~~i~~~i~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 423 (439)
..+..++.|++.+...+..++++.+.+|++. +.+.|+++...++|..+++.+.+.. ++...+..++++.+++++..
T Consensus 389 ~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 468 (491)
T 4aps_A 389 LVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSVVLGIVL 468 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6677888999999989999999999999885 4578899999999999888776543 45566666666666666666
Q ss_pred HHHHHHHhh
Q 013645 424 LFLTIQVEK 432 (439)
Q Consensus 424 ~~~~~~~~~ 432 (439)
+...++.+|
T Consensus 469 ~~~~~~~~~ 477 (491)
T 4aps_A 469 VFLSKRIQG 477 (491)
T ss_dssp HHC------
T ss_pred HHHHHHHHH
Confidence 655554443
No 4
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.93 E-value=2.2e-23 Score=211.05 Aligned_cols=346 Identities=10% Similarity=0.011 Sum_probs=198.9
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHhHHHHHHHHhh-------------------hcchhhHHHHHHHHhhhHH
Q 013645 65 LGILYTSFTCFSLVASLVVRVLGSKNALILGTTGYWLFVAAN-------------------LFPSWYTMVPASLYLGFAA 125 (439)
Q Consensus 65 ~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~G~r~~l~~g~~~~~~~~~~~-------------------~~~~~~~li~~r~i~Gig~ 125 (439)
.++.+.+..+++++.|+++||+|||+++.++.+++.+..+.. .++|+..++++|+++|+|.
T Consensus 61 ~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~ 140 (491)
T 4gc0_A 61 VASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGV 140 (491)
T ss_dssp HHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 345566778899999999999999999999999887766542 3578999999999999999
Q ss_pred HHHHhhhhhHHHHHhhhhhhhcCCCcccchhhhhHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHhhcCCCCC---CCCcchHHHHHHHHH
Q 013645 126 SIIWVGEGTYLTAAALSHASNHKLHEGTVIGSFNGEFWGMFASHQFVGNLITLAVLKDDKGG---STSGTTLLFIVFLGV 202 (439)
Q Consensus 126 g~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~~~~~~rg~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~~~l~~~~~~~---~~~w~~~~~~~~~~~ 202 (439)
|...+....+++|++ |+++||+..++...+...|..+++.++.......... ..+||. .+....+.
T Consensus 141 G~~~~~~~~~i~E~~----------p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~ 209 (491)
T 4gc0_A 141 GLASMLSPMYIAELA----------PAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRY-MFASECIP 209 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTS----------CGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHH-HHHTTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhC----------CHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHH-Hhhhhhhh
Confidence 999999999999997 8999999999999999999888888877665432211 122333 23222333
Q ss_pred HHHHHHHHHhccCCCcc----cccccccc-------ch---hhhhhHHH----HHH--HHHHhhccchhHHHHHHHHHhh
Q 013645 203 ITLGTILMCFLRKEEDK----GEKETADA-------SV---NFYSYLVS----LSK--SITTLLADVRMLLIIPLFAYSG 262 (439)
Q Consensus 203 ~~l~~~~~~~l~~~~~~----~~~~~~~~-------~~---~~~~~~~~----~~~--~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g 262 (439)
.++..+..+++||.++. +++|..++ +. +.....++ +.+ ......+.++........++..
T Consensus 210 ~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 289 (491)
T 4gc0_A 210 ALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQ 289 (491)
T ss_dssp HHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333334567775431 11110000 00 00000000 000 0111222333332222222111
Q ss_pred HHHHHHHhhcchhhh-cccccccchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcCCCCcceehhhHHHHHHHHHHHHHhhccCCCC
Q 013645 263 LQQAFVWAEFTKEIV-TPALGVSGVGGAMAVYGAFDAICSLAAGRLTTGLPSITFIVSGGAIAQVVVFLWILINYSVTSG 341 (439)
Q Consensus 263 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~~~G~l~d~~~~r~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 341 (439)
.........|.+.+. ..+.............++...++.++.+++.||+|||+.+ ..+.....+++..+......+..
T Consensus 290 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~-~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~ 368 (491)
T 4gc0_A 290 FVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQ-IIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAP 368 (491)
T ss_dssp HTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC
T ss_pred HhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchh-ccchHHHHHHHHHHHHHHhcccc
Confidence 111111122222221 1222223344455677888899999999999999998754 34554444433211111111111
Q ss_pred ccchHHHHHHHHHHhhh-hhhhhhhHHHHHHhhccCCch-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh----------hHHHHH
Q 013645 342 VLGTLYPLIMAALLGIG-DGVLNTQLSALLGILFKHDTE-GAFAQLKVWQCASIAVVFFIGPYI----------SLQAML 409 (439)
Q Consensus 342 ~~~~~~~~~~~~l~G~~-~~~~~~~~~a~~~~~~p~~~~-~a~s~~~~~~~~g~~i~~~i~~~~----------~~~~~~ 409 (439)
.....+...++..+ ...+.+..+.+.+|++|++.| .+.|+.+..+.++..++..+.|.. .....+
T Consensus 369 ---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 445 (491)
T 4gc0_A 369 ---GIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSY 445 (491)
T ss_dssp ---HHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHH
T ss_pred ---hHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHH
Confidence 12222222222222 234556788999999999865 577777777777776665443322 222445
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013645 410 IVMVVGICVALVGILF 425 (439)
Q Consensus 410 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 425 (439)
++++++.+++++..++
T Consensus 446 ~i~~~~~~~~~i~~~~ 461 (491)
T 4gc0_A 446 WIYGCMGVLAALFMWK 461 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 6667776666665443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.93 E-value=3.6e-25 Score=216.44 Aligned_cols=335 Identities=13% Similarity=0.023 Sum_probs=221.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhccCCCCchH----HHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHhHHHHHHHHh-hh
Q 013645 33 LSCAFLLIFLAYGAAQNLETTVNTEGNLGTI----SLGILYTSFTCFSLVASLVVRVLGSKNALILGTTGYWLFVAA-NL 107 (439)
Q Consensus 33 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~g~~----~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~G~r~~l~~g~~~~~~~~~~-~~ 107 (439)
+..+.++............+.+.++.+.... ..+.......+++++.|+++||+|||+++..+.++.++.... ..
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 84 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVT 84 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3344444444444444555655555444433 345555666788899999999999999999999887776554 35
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhHHHHHhhhhhhhcCCCcccchhhhhHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHhhcCCCCC
Q 013645 108 FPSWYTMVPASLYLGFAASIIWVGEGTYLTAAALSHASNHKLHEGTVIGSFNGEFWGMFASHQFVGNLITLAVLKDDKGG 187 (439)
Q Consensus 108 ~~~~~~li~~r~i~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~~~~~~rg~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~~~l~~~~~~~ 187 (439)
.++++.+++.|++.|++.+..++...+++.|+. |+++|++++++.....++|..+|+.++..+...
T Consensus 85 ~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~---- 150 (375)
T 2gfp_A 85 TSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLY----------ERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTM---- 150 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCH----
T ss_pred hccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHC----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHh----
Confidence 688999999999999999999999999999997 778999999999999999999999998887542
Q ss_pred CCCcchHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhccCCCccccccccccchhhhhhHHHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHhhHHHH
Q 013645 188 STSGTTLLFIVFLGVITLGTI-LMCFLRKEEDKGEKETADASVNFYSYLVSLSKSITTLLADVRMLLIIPLFAYSGLQQA 266 (439)
Q Consensus 188 ~~~w~~~~~~~~~~~~~l~~~-~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~~~~ 266 (439)
.+||.. |.+..++.++..+ ..+++||+++.++++. +..++ .++.+|+|+++......+.......
T Consensus 151 -~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 216 (375)
T 2gfp_A 151 -WNWRAC-YLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPRT-----RLLTS-------YKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIA 216 (375)
T ss_dssp -HHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCCC-----CTTTC-------STHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -ccHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcccc-----cHHHH-------HHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 357764 3334444443333 2244565433221110 01111 2235567777766554443333332
Q ss_pred HHHhhcchhhhc-ccccccchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcCCCCcceehhhHHHH-HHHHHHHHHhhccCCCCccc
Q 013645 267 FVWAEFTKEIVT-PALGVSGVGGAMAVYGAFDAICSLAAGRLTTGLPSITFIVSGGAIA-QVVVFLWILINYSVTSGVLG 344 (439)
Q Consensus 267 ~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~~~G~l~d~~~~r~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 344 (439)
....+++.++.+ .+.+.+..+......+++.++++++.+++.||.+++ + ..+... ...+.......+.++.+
T Consensus 217 ~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--- 290 (375)
T 2gfp_A 217 AFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--M-WQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMN--- 290 (375)
T ss_dssp HHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--H-HHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHH---
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--H-HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccc---
Confidence 333445544433 345556778888889999999999999999998652 1 233322 11111100111111111
Q ss_pred hHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhccCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 013645 345 TLYPLIMAALLGIGDGVLNTQLSALLGILFKHDTEGAFAQLKVWQCASIAVVFFIGP 401 (439)
Q Consensus 345 ~~~~~~~~~l~G~~~~~~~~~~~a~~~~~~p~~~~~a~s~~~~~~~~g~~i~~~i~~ 401 (439)
.....+..++.|++.+...+..++++.|.+|++++.+.|..+..+.+|..+++.+.+
T Consensus 291 ~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g 347 (375)
T 2gfp_A 291 VWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFPFLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSA 347 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCCcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 244556778889999999999999999999955566889999988888887765544
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.88 E-value=3.3e-22 Score=198.71 Aligned_cols=372 Identities=12% Similarity=0.070 Sum_probs=206.4
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhh-hccCCCCc----hHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHhHHHHH
Q 013645 27 TRDVHILSCAFLLIFLAYGAAQNLETT-VNTEGNLG----TISLGILYTSFTCFSLVASLVVRVLGSKNALILGTTGYWL 101 (439)
Q Consensus 27 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-l~~~~~~g----~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~G~r~~l~~g~~~~~~ 101 (439)
+|+++.+....++.+..+.......+. +.++.+.+ ....+.......+++++.|+++||+|||+++.++..++++
T Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~ 85 (417)
T 2cfq_A 6 NTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLV 85 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTS
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHH
Confidence 345566666666666555443333332 22222222 2345566667788999999999999999999998876543
Q ss_pred HHHh----hhcchh-hHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhHHHHHhhhhhhhcCCCcccchhhhhHHHHHHHHHhhhhhhHH
Q 013645 102 FVAA----NLFPSW-YTMVPASLYLGFAASIIWVGEGTYLTAAALSHASNHKLHEGTVIGSFNGEFWGMFASHQFVGNLI 176 (439)
Q Consensus 102 ~~~~----~~~~~~-~~li~~r~i~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~~~~~~rg~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i 176 (439)
.... ...+.. ..++..+.+.|++.+..+++....+.++.++ .+++|++.+|......++|..+|+.+
T Consensus 86 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l 157 (417)
T 2cfq_A 86 MFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEK--------VSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASI 157 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHH--------HHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHH--------hhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2111 111111 1123356666666666555544444444321 12456777777766678888899988
Q ss_pred HHHhhcCCCCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccC-CCccccccccccchhhhhhHHHHHHHHHHhhccchhHHHH
Q 013645 177 TLAVLKDDKGGSTSGTTLLFIVFLGVITLGTILMCFLRK-EEDKGEKETADASVNFYSYLVSLSKSITTLLADVRMLLII 255 (439)
Q Consensus 177 ~~~l~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~l~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~ 255 (439)
+..+... +|+.. |++..+..++..+..++.+| +++..++++.+++.+++.+. ++.++.+++|+++...
T Consensus 158 ~~~l~~~------~~~~~-f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~ 226 (417)
T 2cfq_A 158 VGIMFTI------NNQFV-FWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGANHSAFSL----KLALELFRQPKLWFLS 226 (417)
T ss_dssp HHHHHHH------CSHHH-HTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSSSCCCCCCH----HHHHHHTTCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHh------chhHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccccccccccccccccccH----HHHHHHhcCCchhhHH
Confidence 8777542 36653 33323322222222233333 21111111000000011111 2344677888887654
Q ss_pred HHHHHhhHHHHHHHhhcchhhhc----ccccccchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcCCCCcceehhhHHHHHHHHHHH
Q 013645 256 PLFAYSGLQQAFVWAEFTKEIVT----PALGVSGVGGAMAVYGAFDAICSLAAGRLTTGLPSITFIVSGGAIAQVVVFLW 331 (439)
Q Consensus 256 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~~~G~l~d~~~~r~~~~~~g~~~~~~~~~~ 331 (439)
...+...........+++.++.+ .+.+.+..+....+..++++++.++.|+++||++||+.+ ..+.++.++.+.
T Consensus 227 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l-~~~~~~~~~~~~- 304 (417)
T 2cfq_A 227 LYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNAL-LLAGTIMSVRII- 304 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHH-HHHHHHHHHHHH-
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHH-HHHHHHHHHHHH-
Confidence 43222211111111223322211 112233456777778888899999999999999988744 455555554432
Q ss_pred HHhhccCCCCccchHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhccCCch-hhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHhhh----hhH
Q 013645 332 ILINYSVTSGVLGTLYPLIMAALLGIGDGVLNTQLSALLGILFKHDTE-GAFAQ-LKVWQCASIAVVFFIGPY----ISL 405 (439)
Q Consensus 332 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~G~~~~~~~~~~~a~~~~~~p~~~~-~a~s~-~~~~~~~g~~i~~~i~~~----~~~ 405 (439)
...+.++ ...+.+..++.+++.+...+..++++.|.+|++.+ ++++. ++..+.+|..+++.+.+. .++
T Consensus 305 -~~~~~~~-----~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~ 378 (417)
T 2cfq_A 305 -GSSFATS-----ALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGF 378 (417)
T ss_dssp -HHTTCCS-----HHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHH
T ss_pred -HHHHhcc-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCc
Confidence 2333322 24455566667777777777788999999998754 46776 577777777777655543 345
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013645 406 QAMLIVMVVGICVALVGILF 425 (439)
Q Consensus 406 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 425 (439)
...+.+.+++.+++.+..+.
T Consensus 379 ~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~ 398 (417)
T 2cfq_A 379 QGAYLVLGLVALGFTLISVF 398 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 66677777777777665544
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.86 E-value=2e-20 Score=190.98 Aligned_cols=382 Identities=9% Similarity=0.016 Sum_probs=206.9
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh-HhhhccCCC------Cch----HHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHh-chhHHH
Q 013645 25 NYTRDVHILSCAFLLIFLAYGAAQNL-ETTVNTEGN------LGT----ISLGILYTSFTCFSLVASLVVRVL-GSKNAL 92 (439)
Q Consensus 25 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~l~~~~~------~g~----~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-G~r~~l 92 (439)
+..++++.+.+..++...++...... ...+.++.+ .+. ...+.......+++++.|+++||+ |||+++
T Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~ 88 (524)
T 2xut_A 9 KWPRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTI 88 (524)
T ss_dssp ----CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHH
T ss_pred cCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHH
Confidence 33455555555555555554433322 222222222 222 234556667778899999999999 999999
Q ss_pred HHHhHHHHHHHHhh-hcc-hhhHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhHHHHHhhhhhhhcCCCcccchhhhhHH---HHHHHH
Q 013645 93 ILGTTGYWLFVAAN-LFP-SWYTMVPASLYLGFAASIIWVGEGTYLTAAALSHASNHKLHEGTVIGSFNGE---FWGMFA 167 (439)
Q Consensus 93 ~~g~~~~~~~~~~~-~~~-~~~~li~~r~i~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~~~~~~rg~~~g~---~~~~~~ 167 (439)
..+.+++++..+.. ..+ +++.+++.|++.|++.+...++..++++|.. |+++|+++.+. +....+
T Consensus 89 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~ 158 (524)
T 2xut_A 89 LWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQF----------DQSNKSLAQKAFDMFYFTIN 158 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTC----------STTTTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHc----------CccchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99998877765543 566 8888889999999999999999999999887 78888876666 888889
Q ss_pred HhhhhhhHHHHHhhcCCCCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCC-c-cccccc-ccc--------chhh-hhhH
Q 013645 168 SHQFVGNLITLAVLKDDKGGSTSGTTLLFIVFLGVITLGTILMCFLRKEE-D-KGEKET-ADA--------SVNF-YSYL 235 (439)
Q Consensus 168 ~G~~iG~~i~~~l~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~l~~~~-~-~~~~~~-~~~--------~~~~-~~~~ 235 (439)
+|..+|+.+++.+... .+|+.. |.+..++.+++.+..++.+++. + +++++. .+. +... ..+.
T Consensus 159 ~g~~~g~~~~~~l~~~-----~g~~~~-f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 232 (524)
T 2xut_A 159 FGSFFASLSMPLLLKN-----FGAAVA-FGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGN 232 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHTSTHHHHT-----SCHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcc-----ccHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCc
Confidence 9999999988877643 358774 4444554444444433332211 1 111000 000 0000 0000
Q ss_pred HHHHH--------------------------------------H---HHH--------hhccc-hhHHHHHHHHHhhHHH
Q 013645 236 VSLSK--------------------------------------S---ITT--------LLADV-RMLLIIPLFAYSGLQQ 265 (439)
Q Consensus 236 ~~~~~--------------------------------------~---~~~--------~~~~~-~~~~l~~~~~~~g~~~ 265 (439)
..... . ..+ ..+++ +.+...+. +......
T Consensus 233 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~ 311 (524)
T 2xut_A 233 IGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVL-FALVTPF 311 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHH-HTTSHHH
T ss_pred cchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH
Confidence 00000 0 000 00112 22212211 1111111
Q ss_pred HH-H---Hhhcchhhhcccccc---cchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh----cCCCCc---ceehhhHHHHHHHHHHH
Q 013645 266 AF-V---WAEFTKEIVTPALGV---SGVGGAMAVYGAFDAICSLAAGRLT----TGLPSI---TFIVSGGAIAQVVVFLW 331 (439)
Q Consensus 266 ~~-~---~~~~~~~~~~~~~~~---~~~g~~~~~~~i~~~ig~~~~G~l~----d~~~~r---~~~~~~g~~~~~~~~~~ 331 (439)
.. . .+.++... .+.+. ...+.+.....++.+++..+.+++. ||.++| ...+..+.++.++++.
T Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~- 388 (524)
T 2xut_A 312 WSLFDQKASTWILQA--NDMVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWI- 388 (524)
T ss_dssp HTTTSSTTTHHHHHH--HHSCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHH-
T ss_pred HHHHhccchhhHHhH--HhcCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHH-
Confidence 00 0 01111111 11222 1345555555666677777777764 444322 1123455555555432
Q ss_pred HHhhccC-------CCCccchHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhccCCc-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Q 013645 332 ILINYSV-------TSGVLGTLYPLIMAALLGIGDGVLNTQLSALLGILFKHDT-EGAFAQLKVWQCASIAVVFFIGPYI 403 (439)
Q Consensus 332 ~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~l~G~~~~~~~~~~~a~~~~~~p~~~-~~a~s~~~~~~~~g~~i~~~i~~~~ 403 (439)
.+.+.+ ..+ .....+..++.|++.+...+..++++.+..|++. +.+.|+++..+.+|..+++.+.+..
T Consensus 389 -~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~ 464 (524)
T 2xut_A 389 -VVGTIQLMMDGGSALS---IFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSV 464 (524)
T ss_dssp -TTTTTTTTTTTTCCCC---SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred -HHHHHHHHhcCCCCcC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 222321 111 3456677889999999999999999999999775 5578888888888888877665432
Q ss_pred h------H---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013645 404 S------L---------QAMLIVMVVGICVALVGILFLTIQV 430 (439)
Q Consensus 404 ~------~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 430 (439)
. + ...+++.+++.+++++.+++..++.
T Consensus 465 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 506 (524)
T 2xut_A 465 KSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFALYARSY 506 (524)
T ss_dssp TSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------
T ss_pred cccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 1 0 2225666666677776666555444
No 8
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.12 E-value=8.2e-10 Score=109.22 Aligned_cols=140 Identities=12% Similarity=0.028 Sum_probs=100.5
Q ss_pred HHHHhhHHHHHHHhhcchhhhcccccccchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcCCCCcceehhhHHHHHHHHHHHHH-hh
Q 013645 257 LFAYSGLQQAFVWAEFTKEIVTPALGVSGVGGAMAVYGAFDAICSLAAGRLTTGLPSITFIVSGGAIAQVVVFLWIL-IN 335 (439)
Q Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~~~G~l~d~~~~r~~~~~~g~~~~~~~~~~~~-~~ 335 (439)
.++..++.........+....+.+.+.++.|.+...+.++.++++++.|+++||+|||+. +..+.++.+++..... ..
T Consensus 34 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~-l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 112 (438)
T 3o7q_A 34 LFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAG-IITGLFLYALGAALFWPAA 112 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHH-HHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 334444443333333443333345666788999999999999999999999999998875 4566666555432110 03
Q ss_pred ccCCCCccchHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhccCCch-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 013645 336 YSVTSGVLGTLYPLIMAALLGIGDGVLNTQLSALLGILFKHDTE-GAFAQLKVWQCASIAVVFFIGPY 402 (439)
Q Consensus 336 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~G~~~~~~~~~~~a~~~~~~p~~~~-~a~s~~~~~~~~g~~i~~~i~~~ 402 (439)
..++ +..+++..++.|++.+...+..+++++|.+|++++ .+.+.++...++|..+++.+...
T Consensus 113 ~~~~-----~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~ 175 (438)
T 3o7q_A 113 EIMN-----YTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQS 175 (438)
T ss_dssp HTTC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTH
T ss_pred cccc-----HHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3322 46677888999999999999999999999998765 46889999999998888766544
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.09 E-value=3.3e-09 Score=106.70 Aligned_cols=143 Identities=14% Similarity=0.197 Sum_probs=107.7
Q ss_pred cccccchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcC-CCCcceehhhHHHHHHHHHHHHHhhccCCCCccchHHHHHHHHHHhhh
Q 013645 280 ALGVSGVGGAMAVYGAFDAICSLAAGRLTTG-LPSITFIVSGGAIAQVVVFLWILINYSVTSGVLGTLYPLIMAALLGIG 358 (439)
Q Consensus 280 ~~~~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~~~G~l~d~-~~~r~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~G~~ 358 (439)
+.+.++.+.+...+.++..+++++.|+++|| +|||+. +..+.++..++.. ...+.++ ...+++..++.|++
T Consensus 50 ~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~-~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~-----~~~~~~~~~l~g~~ 121 (491)
T 4aps_A 50 HITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPA-VFWGGVLIMLGHI--VLALPFG-----ASALFGSIILIIIG 121 (491)
T ss_dssp CSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHH-HHHHHHHHHHHHH--HHHSCCS-----TTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHH-HHHHHHHHHHHHH--HHHHhhh-----HHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4555678899999999999999999999999 898874 4566666655543 3344433 25677788899999
Q ss_pred hhhhhhhHHHHHHhhccCCc--h-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013645 359 DGVLNTQLSALLGILFKHDT--E-GAFAQLKVWQCASIAVVFFIGPY----ISLQAMLIVMVVGICVALVGILFLTIQV 430 (439)
Q Consensus 359 ~~~~~~~~~a~~~~~~p~~~--~-~a~s~~~~~~~~g~~i~~~i~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 430 (439)
.+...+...++++|.+|+++ + .+++.++...++|..+++.+.+. .++.+.+++.++..+++.+.+++..++.
T Consensus 122 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 200 (491)
T 4aps_A 122 TGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKT 200 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCccc
Confidence 99999999999999998765 2 26777888888888887766543 4677888887777777777666554443
No 10
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.04 E-value=5.2e-09 Score=103.71 Aligned_cols=172 Identities=12% Similarity=-0.031 Sum_probs=116.9
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhccC-CCCchHH----HHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHh--chhHHHHHHhHHH
Q 013645 27 TRDVHILSCAFLLIFLAYGAAQNLETTVNTE-GNLGTIS----LGILYTSFTCFSLVASLVVRVL--GSKNALILGTTGY 99 (439)
Q Consensus 27 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~-~~~g~~~----~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--G~r~~l~~g~~~~ 99 (439)
.++++.+.+..++....+.......+...++ .+.+... .+.......++.++.|++.||+ |||+.+..+..+.
T Consensus 251 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 330 (451)
T 1pw4_A 251 NKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTL 330 (451)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHH
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHH
Confidence 3556666666666666655555555555443 4444433 2333344556778899999999 9999988887665
Q ss_pred H-HHHHhh-hc--chhhHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhHHHHHhhhhhhhcCCCcccchhhhhHHHHHHHHH-hhhhhh
Q 013645 100 W-LFVAAN-LF--PSWYTMVPASLYLGFAASIIWVGEGTYLTAAALSHASNHKLHEGTVIGSFNGEFWGMFAS-HQFVGN 174 (439)
Q Consensus 100 ~-~~~~~~-~~--~~~~~li~~r~i~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~~~~~~rg~~~g~~~~~~~~-G~~iG~ 174 (439)
. +..... .. .+...+++.-++.|++.+..++...+++.+.. |+++||+++|+......+ |..+|+
T Consensus 331 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 400 (451)
T 1pw4_A 331 VTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELA----------PKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAAS 400 (451)
T ss_dssp HHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTS----------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHh----------chhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4 333332 22 25666666778889988887777777887776 888999999999999999 999999
Q ss_pred HHHHHhhcCCCCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Q 013645 175 LITLAVLKDDKGGSTSGTTLLFIVFLGVITLGTILMCFLR 214 (439)
Q Consensus 175 ~i~~~l~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~l~ 214 (439)
.+.+.+.... +++. .|.+..++.+++.+..++++
T Consensus 401 ~~~g~l~~~~-----g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 401 AIVGYTVDFF-----GWDG-GFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHSS-----CSHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhc-----CcHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9988876543 3544 35555666666655554443
No 11
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=98.99 E-value=2.3e-09 Score=103.90 Aligned_cols=154 Identities=15% Similarity=0.112 Sum_probs=109.3
Q ss_pred HhhHHHHHHHhhcchhhhcccccccchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcCCCCcceehhhHHHHHHHHHHHHHhhccCC
Q 013645 260 YSGLQQAFVWAEFTKEIVTPALGVSGVGGAMAVYGAFDAICSLAAGRLTTGLPSITFIVSGGAIAQVVVFLWILINYSVT 339 (439)
Q Consensus 260 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~~~G~l~d~~~~r~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 339 (439)
..++....+.+.++....+.+.+.++.+.+...+.++..+++++.|+++||+|||+.+ ..+.++..++.. .....++
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~-~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~ 87 (375)
T 2gfp_A 11 VGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVI-LVGMSIFMLATL--VAVTTSS 87 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCC-HHHHHHHHHHHH--HHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhH-HHHHHHHHHHHH--HHHHhcc
Confidence 3344333443445443333455667789999999999999999999999999998755 466666555433 2233322
Q ss_pred CCccchHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhccCCc-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh----hhHHHHHHHHHH
Q 013645 340 SGVLGTLYPLIMAALLGIGDGVLNTQLSALLGILFKHDT-EGAFAQLKVWQCASIAVVFFIGPY----ISLQAMLIVMVV 414 (439)
Q Consensus 340 ~~~~~~~~~~~~~~l~G~~~~~~~~~~~a~~~~~~p~~~-~~a~s~~~~~~~~g~~i~~~i~~~----~~~~~~~~~~~~ 414 (439)
+..+++..++.|++.+...+..++++.|.+|+++ +.+.+.++....+|..+++.+.+. .+++..+++.++
T Consensus 88 -----~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 162 (375)
T 2gfp_A 88 -----LTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLV 162 (375)
T ss_dssp -----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -----HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHH
Confidence 3567778889999999999999999999998665 457888888888888888777654 356666666666
Q ss_pred HHHHHHH
Q 013645 415 GICVALV 421 (439)
Q Consensus 415 ~~~~~~~ 421 (439)
..++..+
T Consensus 163 ~~~~~~~ 169 (375)
T 2gfp_A 163 LCAGVTF 169 (375)
T ss_dssp HHHHHHC
T ss_pred HHHHHHH
Confidence 6555544
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.88 E-value=2.1e-08 Score=101.63 Aligned_cols=137 Identities=13% Similarity=0.020 Sum_probs=101.1
Q ss_pred ccccchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhcCC-CCcceehhhHHHHHHHHHHHHHhhccCCCCccchHHHHHHHHHHhhhh
Q 013645 281 LGVSGVGGAMAVYGAFDAICSLAAGRLTTGL-PSITFIVSGGAIAQVVVFLWILINYSVTSGVLGTLYPLIMAALLGIGD 359 (439)
Q Consensus 281 ~~~~~~g~~~~~~~i~~~ig~~~~G~l~d~~-~~r~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~G~~~ 359 (439)
.+.++.+.+...+.++..++.++.|+++||+ |||+.+ ..+.++..++.. ...+.+. + ...+++..++.|++.
T Consensus 51 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~-~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~-~---~~~~~~~~~l~g~~~ 123 (524)
T 2xut_A 51 LRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTI-LWLSLIYCVGHA--FLAIFEH-S---VQGFYTGLFLIALGS 123 (524)
T ss_dssp TTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHH-HHHHHHHHHHHH--HHHHTSS-C---HHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHH-HHHHHHHHHHHH--HHHHhcc-c---HHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 5667789999999999999999999999999 988744 456665555433 2334331 2 356777888999999
Q ss_pred hhhhhhHHHHHHhhccCCch-h---hHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013645 360 GVLNTQLSALLGILFKHDTE-G---AFAQLKVWQCASIAVVFFIGPY----ISLQAMLIVMVVGICVALVGIL 424 (439)
Q Consensus 360 ~~~~~~~~a~~~~~~p~~~~-~---a~s~~~~~~~~g~~i~~~i~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 424 (439)
+...+..+++++|.+|++++ . .++.++...++|..+++.+.+. .++.+.+++.++..+++.+..+
T Consensus 124 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 124 GGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp HTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999988764 2 3455888888888888766543 3567777777766666655543
No 13
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=98.84 E-value=4.4e-08 Score=96.62 Aligned_cols=130 Identities=18% Similarity=0.115 Sum_probs=90.7
Q ss_pred HHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHhHHHHHHHHh-hhcchhhHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhHHHHHhhhhhhhcCC
Q 013645 71 SFTCFSLVASLVVRVLGSKNALILGTTGYWLFVAA-NLFPSWYTMVPASLYLGFAASIIWVGEGTYLTAAALSHASNHKL 149 (439)
Q Consensus 71 ~~~~~~~~~g~l~dr~G~r~~l~~g~~~~~~~~~~-~~~~~~~~li~~r~i~Gig~g~~~~~~~~~i~~~~~~~a~~~~~ 149 (439)
...++.++.|++.||+|||+++..+.++.++.... ...++...+++..++.|++.+...+....+++|..
T Consensus 271 ~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------- 341 (417)
T 2cfq_A 271 LNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQF--------- 341 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS---------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------
Confidence 44567789999999999999998888766554333 23456666666777788887766666667777776
Q ss_pred CcccchhhhhHH-HHHHHHHhhhhhhHHHHHhhcCCCCCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccCC
Q 013645 150 HEGTVIGSFNGE-FWGMFASHQFVGNLITLAVLKDDKGGSTSGTTLLFIVFLGVITLGTILMCF-LRKE 216 (439)
Q Consensus 150 ~~~~~rg~~~g~-~~~~~~~G~~iG~~i~~~l~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-l~~~ 216 (439)
|++.||++.|+ +.....+|..+||.+++.+.... +++. .|.+.+++.+++.++.++ .||+
T Consensus 342 -p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~-----g~~~-~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 403 (417)
T 2cfq_A 342 -EVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESI-----GFQG-AYLVLGLVALGFTLISVFTLSGP 403 (417)
T ss_dssp -CHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHS-----HHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCS
T ss_pred -CHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhc-----CcHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCC
Confidence 88899999998 46677899999999888776432 2333 355556666666555433 4443
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=98.63 E-value=5.3e-08 Score=97.75 Aligned_cols=140 Identities=12% Similarity=0.057 Sum_probs=82.0
Q ss_pred HHHHHhhhhhHHHHHHHhchhHHHHHHhHHHHHHHHh--h-h---cchhhHHHHHHHHhhhHHHH-HHhhhhhHHHHHhh
Q 013645 69 YTSFTCFSLVASLVVRVLGSKNALILGTTGYWLFVAA--N-L---FPSWYTMVPASLYLGFAASI-IWVGEGTYLTAAAL 141 (439)
Q Consensus 69 ~~~~~~~~~~~g~l~dr~G~r~~l~~g~~~~~~~~~~--~-~---~~~~~~li~~r~i~Gig~g~-~~~~~~~~i~~~~~ 141 (439)
.....++.++++++.||+|||+.+..+....++.... . . .+++..++ .-.+...+.+. ..+....+.+|..
T Consensus 322 ~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~f- 399 (491)
T 4gc0_A 322 GVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALL-SMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIF- 399 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHH-HHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSS-
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHH-HHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhC-
Confidence 3345567788999999999999998888765543332 1 1 12222221 22222222221 1233456777776
Q ss_pred hhhhhcCCCcccchhhhhHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHhhcCCC-CCCCCcchHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhccCCCcc
Q 013645 142 SHASNHKLHEGTVIGSFNGEFWGMFASHQFVGNLITLAVLKDDK-GGSTSGTTLLFIVFLGVITLGTIL-MCFLRKEEDK 219 (439)
Q Consensus 142 ~~a~~~~~~~~~~rg~~~g~~~~~~~~G~~iG~~i~~~l~~~~~-~~~~~w~~~~~~~~~~~~~l~~~~-~~~l~~~~~~ 219 (439)
|.+.|++++|+......+|..+++.+...+..... ....++.. .|++++++++++.+. .+++||++.+
T Consensus 400 ---------Pt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~-~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 400 ---------PNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGF-SYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp ---------CTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred ---------CHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhH-HHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 88999999999988888888777655443321100 00011222 355677777766654 4678997654
Q ss_pred c
Q 013645 220 G 220 (439)
Q Consensus 220 ~ 220 (439)
.
T Consensus 470 t 470 (491)
T 4gc0_A 470 T 470 (491)
T ss_dssp C
T ss_pred C
Confidence 3
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=45.50 E-value=13 Score=19.20 Aligned_cols=13 Identities=15% Similarity=0.319 Sum_probs=10.8
Q ss_pred HHHHHHHhchhHH
Q 013645 79 ASLVVRVLGSKNA 91 (439)
Q Consensus 79 ~g~l~dr~G~r~~ 91 (439)
.|.+.+|||||.+
T Consensus 3 fgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 3 FGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHTSHHH
T ss_pred HHHHHHHHhHHHH
Confidence 5789999999864
No 16
>3arc_T Photosystem II reaction center protein T; PSII, membrane-protein complex, transmembrane alpha-helix, E transport, photosynthesis; HET: OEX CLA PHO BCR PL9 SQD LMG UNL LMT HTG DGD LHG HEM; 1.90A {Thermosynechococcus vulcanus} PDB: 1s5l_T* 2axt_T* 3bz1_T* 3bz2_T* 3kzi_T* 3prq_T* 3prr_T* 3a0b_T* 3a0h_T*
Probab=26.76 E-value=94 Score=17.71 Aligned_cols=20 Identities=10% Similarity=0.180 Sum_probs=11.4
Q ss_pred HHHHHHHHHH-HHhccCCCcc
Q 013645 200 LGVITLGTIL-MCFLRKEEDK 219 (439)
Q Consensus 200 ~~~~~l~~~~-~~~l~~~~~~ 219 (439)
...+.++++. +.+.|||++.
T Consensus 9 ll~~tlgiiFFAI~FRePPri 29 (32)
T 3arc_T 9 IFACIIALFFFAIFFREPPRI 29 (32)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTSCCCCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhcCCCCC
Confidence 3334445443 4678888764
Done!