Query 013707
Match_columns 438
No_of_seqs 479 out of 1327
Neff 11.0
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 15:36:30 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/013707.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/013707hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 2.2E-39 7.4E-44 309.2 35.8 388 8-428 28-432 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 4.6E-38 1.6E-42 298.9 39.0 348 9-399 27-409 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 6.3E-36 2.2E-40 288.4 25.4 407 15-432 19-465 (491)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 2.2E-34 7.5E-39 277.6 30.2 381 7-397 12-448 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 6.6E-36 2.3E-40 278.0 15.7 340 11-397 3-352 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 3.3E-32 1.1E-36 256.3 18.7 380 7-428 6-398 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 2.7E-29 9.3E-34 244.0 22.8 385 6-397 10-467 (524)
8 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.6 1.6E-13 5.3E-18 131.8 23.0 176 245-429 12-196 (491)
9 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 2.1E-13 7.3E-18 129.3 18.7 151 245-398 27-182 (451)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 3.3E-13 1.1E-17 127.5 19.7 146 249-396 29-178 (438)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.5 4.3E-13 1.5E-17 129.8 17.7 152 245-397 11-174 (524)
12 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 5E-13 1.7E-17 125.4 15.9 160 29-196 241-405 (417)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.4 5.7E-13 1.9E-17 123.2 9.8 145 251-397 5-150 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.2 3.6E-10 1.2E-14 108.3 16.2 144 53-198 314-470 (491)
15 3mkt_A Multi antimicrobial ext 74.3 52 0.0018 30.0 30.0 29 128-156 144-172 (460)
16 2g9p_A Antimicrobial peptide l 38.8 5 0.00017 18.9 -0.4 13 71-83 3-15 (26)
17 1cmk_I CAMP-dependent protein 20.1 23 0.00079 17.5 0.1 10 75-84 9-18 (26)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=2.2e-39 Score=309.17 Aligned_cols=388 Identities=12% Similarity=0.068 Sum_probs=304.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhCCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccccccCcchHhHHH
Q 013707 8 KTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLP 87 (438)
Q Consensus 8 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~ 87 (438)
+.+..+++..+...++.....+.+|.+.+ ++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++..+
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~ 98 (451)
T 1pw4_A 28 QIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVE--------QG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAG 98 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTS--------ST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------Hh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHH
Confidence 34555666777778888888888887743 45 6667789999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHh----cccchhHHHHHHHHHhhhhcchhhHhhhhhHhhhccCCccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhHhh
Q 013707 88 LTLSIIPLAILAY----RRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLA 163 (438)
Q Consensus 88 ~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l 163 (438)
.++.+++.+++++ +++ ++.++++|+++|+ +.+...+...+++.|++|+++|++++++.+...++|.++||.+
T Consensus 99 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~G~-~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~ 174 (451)
T 1pw4_A 99 LILAAAVMLFMGFVPWATSS---IAVMFVLLFLCGW-FQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLL 174 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCHHHHSS---SSHHHHHHHHHHH-HHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhcccc---HHHHHHHHHHHHH-HhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999 888 8999999999999 8898999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hHH----hh-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCCCCCCCCcccchhccccccCCCCCCCCCccccccCCchhHH
Q 013707 164 ARF----LS-TTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDL 238 (438)
Q Consensus 164 ~~~----~~-w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 238 (438)
++. .+ ||++|++.+++.++..++.++.+||++++.+.+++.+...+. +++.+ .+.++..+.++.
T Consensus 175 ~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~---~~~~~~~~~~~~ 243 (451)
T 1pw4_A 175 FLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDY--------PDDYN---EKAEQELTAKQI 243 (451)
T ss_dssp HHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC------------------------CCTHH
T ss_pred HHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccc--------cccch---hhhhcccccccc
Confidence 876 36 999999999888777777778888877654332111000000 00000 000011122222
Q ss_pred -HHhhcccchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHhHcCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--chhhH
Q 013707 239 -ICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPIL--GEAKL 315 (438)
Q Consensus 239 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~--~~~~~ 315 (438)
.+...++|.++...+..++..........+.|.|+++.+|+++.+.+.+.+...++.+++. ++.+++.||+ ++|+.
T Consensus 244 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~~~~~~~~~~~ 322 (451)
T 1pw4_A 244 FMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGT-LLCGWMSDKVFRGNRGA 322 (451)
T ss_dssp HHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTSTTCHHH
T ss_pred hHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhcCCchh
Confidence 3446678888888888888888888999999999999889999999999999999999998 8889999999 99988
Q ss_pred HHHHHHHHH-HHHHHhHhcc--cchHHHH-HHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHhhHhhh-hhhhhhHh
Q 013707 316 LSLGLFAAC-INMFICSISW--SAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSF-ANIVSPLI 390 (438)
Q Consensus 316 ~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~--~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~~g~~~ 390 (438)
+..+..+.. ++++++.+.+ +.+.... ..+.+++.+...+...++..|.+|+++||++.|+.+...++ |..++|.+
T Consensus 323 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 402 (451)
T 1pw4_A 323 TGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAI 402 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 887777666 6777666654 3333333 56677778888888899999999999999999999999999 99999999
Q ss_pred HHHHHHHHhcCCCCCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 013707 391 FSPLTALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASVRAFTYELL 428 (438)
Q Consensus 391 ~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
.|.+.+.. .....+.+.+++.+++.+....
T Consensus 403 ~g~l~~~~--------g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 403 VGYTVDFF--------GWDGGFMVMIGGSILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHHHHHSS--------CSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhc--------CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999863 2233444455555555444443
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=4.6e-38 Score=298.85 Aligned_cols=348 Identities=14% Similarity=0.095 Sum_probs=290.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhCCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccccccCcchHhHHHH
Q 013707 9 TLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPL 88 (438)
Q Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~~ 88 (438)
.+..+.+..+...++.+...|.+|.+.+ +++.+..+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++.+.
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~ 98 (438)
T 3o7q_A 27 PFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQ--------AFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGL 98 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------HSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHH--------HcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHH
Confidence 4455566677777888888999998865 45667788999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHH---HhcccchhHHHHHHHHHhhhhcchhhHhhhhhHhhhccCCccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhH
Q 013707 89 TLSIIPLAIL---AYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAAR 165 (438)
Q Consensus 89 ~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~ 165 (438)
++.+++.+++ .++++ ++.+++.|++.|+ +.+...+...+++.|++|+|+|++++++.+...++|.++||.+++
T Consensus 99 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~G~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 174 (438)
T 3o7q_A 99 FLYALGAALFWPAAEIMN---YTLFLVGLFIIAA-GLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQ 174 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTC---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcccccc---HHHHHHHHHHHHh-hHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999 88889 9999999999999 889999999999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred Hhh------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hcccCCCCCCCCCCCcccchhcccc
Q 013707 166 FLS------------------------------TTSAFQAATIVSMLAAAYMRV-FLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEG 214 (438)
Q Consensus 166 ~~~------------------------------w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 214 (438)
.+. ||+.|++.+.+.++..+...+ ..||++++++++
T Consensus 175 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~------------- 241 (438)
T 3o7q_A 175 SLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSD------------- 241 (438)
T ss_dssp HHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCC-------------
T ss_pred HHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccc-------------
Confidence 753 999998887776555444332 223332211110
Q ss_pred ccCCCCCCCCCccccccCCchhHHHHhhcccchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHH-HHhHcCCChhHHHHHHHHHHH
Q 013707 215 VNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDLICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYF-LKAQFHFNKNQFADLMLIAGL 293 (438)
Q Consensus 215 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 293 (438)
++..+.++..+.+.++|.++...+..++..........+.|.| +++.+|+++.+.+...+...+
T Consensus 242 ---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 306 (438)
T 3o7q_A 242 ---------------AKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMV 306 (438)
T ss_dssp ---------------SSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---------------ccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHH
Confidence 0011223334446678888888888888888888889999999 888889999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHhHhcccchHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhcCCCCcchhHH
Q 013707 294 AGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMFICSISWSAWVPYATTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQ 373 (438)
Q Consensus 294 ~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 373 (438)
+.+++. ++.+++.||+++|+.+..+..+..++.++..+.++.+..+...+.+++.+...|...++..|.+|++ ++++.
T Consensus 307 ~~~~~~-~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~ 384 (438)
T 3o7q_A 307 CFFIGR-FTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAGGHVGLIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGS 384 (438)
T ss_dssp HHHHHH-HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHH
T ss_pred HHHHHH-HHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchh
Confidence 999988 8889999999999999999999999888888877766655567788888889999999999999865 88888
Q ss_pred HHHhhHhhhhhhhhhHhHHHHHHHHh
Q 013707 374 GCISGISSFANIVSPLIFSPLTALFL 399 (438)
Q Consensus 374 g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~l~~~~~ 399 (438)
+... ...++..++|.+.|.+.|..+
T Consensus 385 ~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g 409 (438)
T 3o7q_A 385 SFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAG 409 (438)
T ss_dssp HHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred hHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 8777 778999999999999999864
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=6.3e-36 Score=288.37 Aligned_cols=407 Identities=14% Similarity=0.101 Sum_probs=275.4
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhCCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccccccCcchHhHHHHHHHHHH
Q 013707 15 VTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTLSIIP 94 (438)
Q Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~~~~~~~~ 94 (438)
++.++..++.+++.+.+|.+.+++..+...+.+.+..+.|++.+++.+|..++++++|+++||+|||+++.++.+++.++
T Consensus 19 lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~ 98 (491)
T 4gc0_A 19 LGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFIS 98 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34456667778888888888776543333444666778899999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHh------------------cccchhHHHHHHHHHhhhhcchhhHhhhhhHhhhccCCccchhHHHHHHHHHHHhh
Q 013707 95 LAILAY------------------RRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSAS 156 (438)
Q Consensus 95 ~~~~~~------------------~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g 156 (438)
.+++++ ++| ++.++++|+++|+ +.|...+....+++|+.|+++|++..+..+.+...|
T Consensus 99 ~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~---~~~l~~~R~l~G~-g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g 174 (491)
T 4gc0_A 99 GVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGY---VPEFVIYRIIGGI-GVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFG 174 (491)
T ss_dssp HHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGC---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhh---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhh
Confidence 999884 667 8999999999999 899999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhHhhhHHh------------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCCCCCCCCcccc---hhccccccCCCCC
Q 013707 157 FVCGTLAARFL------------STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPII---TEETEGVNQNESN 221 (438)
Q Consensus 157 ~~~g~~l~~~~------------~w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~ 221 (438)
.++++.++... .||..+.+..+..++. +...+.+||+|+....+++.++.. ++...+...+++.
T Consensus 175 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~ 253 (491)
T 4gc0_A 175 QLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLF-LMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAV 253 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHH-HHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhh-hhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHH
Confidence 99888776542 5788887777665444 455678999987433332222222 1111111000000
Q ss_pred CCCCccccccCCchhHHHHhhcccchhHHHHHHHHHHHh-hhchhhHHHHHHHHhHcCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013707 222 SPVKIPVCKKIPSIRDLICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGL-SEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQL 300 (438)
Q Consensus 222 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 300 (438)
.+.++...+.+ .... ....++.+..........+..+ .......+.|.+. +..+.+...........++...++.
T Consensus 254 ~~~~~~~~~~~-~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 329 (491)
T 4gc0_A 254 QEIKHSLDHGR-KTGG-RLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVF-KTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFT- 329 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH-HHTT-HHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHH-HHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-
T ss_pred HHHHHHHHhhh-hhhh-HHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHH-HhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHH-
Confidence 00000000000 0000 1112233333333333333333 3334444444444 4468887777777777788888877
Q ss_pred HHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHhHhcc---c-chHHHH-HHHHHh-hhhhhHHHHHHHHhhcCCCCcchhHHH
Q 013707 301 LFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMFICSISW---S-AWVPYA-TTAFSV-LVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQG 374 (438)
Q Consensus 301 ~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~-~~~~~~-~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g 374 (438)
++.+++.||+|||+.+..+.....++++.+.... . .+.... ..+... ......|..+.+.+|.+|++.|+++.|
T Consensus 330 ~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g 409 (491)
T 4gc0_A 330 VLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALA 409 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHH
Confidence 8888999999999999988888887776665422 1 222222 222222 233345778889999999999999999
Q ss_pred HHhhHhhhhhhhhhHhHHHHHHHHhcCCCCCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Q 013707 375 CISGISSFANIVSPLIFSPLTALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASVRAFTYELLLSFY 432 (438)
Q Consensus 375 ~~~~~~~~g~~~g~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (438)
+.+..+++++.+++.+.+.+.+..... .....+..+.+.+++++++.++.++..|+
T Consensus 410 ~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~--~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PE 465 (491)
T 4gc0_A 410 IAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLV--AHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPE 465 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHH--HHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecC
Confidence 999999999999999888776542110 00123445566666677776666554443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=2.2e-34 Score=277.58 Aligned_cols=381 Identities=13% Similarity=0.015 Sum_probs=275.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhCCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccccc-cCcchHhH
Q 013707 7 IKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQ-YGRKAMLT 85 (438)
Q Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr-~Grk~~l~ 85 (438)
+|.++.++...+...++.....+.++.|..+.. ..+|++.+..+.|++.+.+.++..+++++.|+++|| +|||+++.
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~ 89 (491)
T 4aps_A 12 PLGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLI--STGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVF 89 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--chhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHH
Confidence 346677777788888888888788888876531 123578888999999999999999999999999999 89999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcccchhHHHHHHHHHhhhhcchhhHhhhhhHhhhccCCccc--hhHHHHHHHHHHHhhhhhhHhh
Q 013707 86 LPLTLSIIPLAILAYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQ--RASAFGILLGVLSASFVCGTLA 163 (438)
Q Consensus 86 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l 163 (438)
.+.++.+++.++++++++ ++.+++.|+++|+ +.+...+...++++|++|+++ |+.+++..+...++|..+||.+
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 165 (491)
T 4aps_A 90 WGGVLIMLGHIVLALPFG---ASALFGSIILIII-GTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLI 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCCS---TTHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhh---HHHHHHHHHHHHH-HHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999 8999999999999 889999999999999999988 7778888999999999999998
Q ss_pred hHHh----hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCCCCCCCCcccchhccc---c----------------ccCCCC
Q 013707 164 ARFL----STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETE---G----------------VNQNES 220 (438)
Q Consensus 164 ~~~~----~w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~----------------~~~~~~ 220 (438)
++.+ +||+.|++.++..++..+...+..|+..++++++.+.+...+..++ . ..++.+
T Consensus 166 ~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 245 (491)
T 4aps_A 166 VGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNS 245 (491)
T ss_dssp HHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCC
T ss_pred HHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcc
Confidence 8874 8999999988776666555444444433322111111100000000 0 000000
Q ss_pred CCCCCcc---------------ccccCCchhHHHHhhcccchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHhHcCCChhHHH
Q 013707 221 NSPVKIP---------------VCKKIPSIRDLICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFA 285 (438)
Q Consensus 221 ~~~~~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 285 (438)
.+..... ..+.. ... .+..++....+...+..++....+......+|.|.++..+.+..+.+
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 322 (491)
T 4aps_A 246 LPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSV-KVT--STEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVS 322 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSG
T ss_pred cccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcc-ccc--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHH
Confidence 0000000 00000 000 00011122244455555666667777788899999988888866777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhHHH-----HHHHHHHHHHHHhHhcc---------cchHHHH-HHHHHhhhh
Q 013707 286 DLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLS-----LGLFAACINMFICSISW---------SAWVPYA-TTAFSVLVV 350 (438)
Q Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~-~~~~~~~~~ 350 (438)
.......+...++. .+.+++.||++||+... .+..+.+++++++.... +.+.... ..+.+++.+
T Consensus 323 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~ 401 (491)
T 4aps_A 323 WFQSLNPLFIMLYT-PFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEM 401 (491)
T ss_dssp GGTTHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhccchHHHHHHH-HHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88888888888887 77789999999876544 77777777777666532 3333333 567788888
Q ss_pred hhHHHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHhhHhhhhhhhhhHhHHHHHHH
Q 013707 351 FATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTAL 397 (438)
Q Consensus 351 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~l~~~ 397 (438)
...+..++++.|.+|+++||++.|+.+....+|..++|.+.+.+.+.
T Consensus 402 ~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~ 448 (491)
T 4aps_A 402 LISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK 448 (491)
T ss_dssp TTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS
T ss_pred HHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 88899999999999999999999999999999999999998887653
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=6.6e-36 Score=278.03 Aligned_cols=340 Identities=13% Similarity=0.095 Sum_probs=277.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhCCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccccccCcchHhHHHHHH
Q 013707 11 SHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTL 90 (438)
Q Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~~~~ 90 (438)
..++...++..++.+...|.+|.+.+ +++.+..+.|++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++..+..+
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~ 74 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMAR--------DLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSI 74 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT--------TSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHH--------HcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHH
Confidence 34567778888899999999998854 5677778899999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhcccchhHHHHHHHHHhhhhcchhhHhhhhhHhhhccCCccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhHHh---
Q 013707 91 SIIPLAILAYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAARFL--- 167 (438)
Q Consensus 91 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~~--- 167 (438)
.+++.++..++++ ++.+++.|+++|+ +.+...+...+++.|+.|+|+|+++++..+....+|..+||.+++.+
T Consensus 75 ~~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~ 150 (375)
T 2gfp_A 75 FMLATLVAVTTSS---LTVLIAASAMQGM-GTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTM 150 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCH
T ss_pred HHHHHHHHHHhcc---HHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHh
Confidence 9999999999998 9999999999999 88989999999999999999999999999999999999999998874
Q ss_pred -hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCCCCCCCCcccchhccccccCCCCCCCCCccccccCCchhHHHHhhcccc
Q 013707 168 -STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDLICLLRSSV 246 (438)
Q Consensus 168 -~w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 246 (438)
+||+.|++.+++.++..+...+.+||++++++++ ++..++.++ ..++|
T Consensus 151 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------------------~~~~~~~~~----~~~~~ 199 (375)
T 2gfp_A 151 WNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR---------------------------TRLLTSYKT----LFGNS 199 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC---------------------------CCTTTCSTH----HHHHH
T ss_pred ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc---------------------------ccHHHHHHH----HhcCc
Confidence 8999999988887666554556677765432221 001112233 44567
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHhHcCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHH-HHH
Q 013707 247 TLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFA-ACI 325 (438)
Q Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 325 (438)
.++...+..++..........+.|.|+++.+|.++.+.+.+.....++.+++. ++.+++.||.+++ ...+... ...
T Consensus 200 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~l~~r~~~~--~~~~~~~~~~~ 276 (375)
T 2gfp_A 200 GFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGA-WFAGRPNKRFSTL--MWQSVICCLLA 276 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHH-HHHHTTTTHHHHH--HHHHHHHHHHT
T ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHH
Confidence 78888888888888888888999999998889999999999999999999988 8888999998872 2233332 222
Q ss_pred HHHHhHhc----ccchHHHH-HHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHhhHhhhhhhhhhHhHHHHHHH
Q 013707 326 NMFICSIS----WSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTAL 397 (438)
Q Consensus 326 ~~~~~~~~----~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~l~~~ 397 (438)
+....... ++.+.... ..+.+++.+...+...++..|..| ++||++.|+.+...++|..++|.+.|.+.+.
T Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~ 352 (375)
T 2gfp_A 277 GLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQT 352 (375)
T ss_dssp SSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 32222211 23343333 567788888889999999999998 8999999999999999999999999999876
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=100.00 E-value=3.3e-32 Score=256.34 Aligned_cols=380 Identities=15% Similarity=0.106 Sum_probs=250.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhCCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccccccCcchHhHH
Q 013707 7 IKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTL 86 (438)
Q Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~ 86 (438)
+|.++.+....++..++.+...|.+|.+.++ +.+.+..+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||+++..
T Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~-------~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~ 78 (417)
T 2cfq_A 6 NTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHD-------INHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLW 78 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHT-------TTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHH
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------HhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 3456666666777778888889999999764 345566778999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HHHHHHHHHH---HHHhcccchhHHHHHHHHHhhhhcchhhHhhhhhHhhhccCCc--cchhHHHHHHHHHHHhhhhhhH
Q 013707 87 PLTLSIIPLA---ILAYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISE--RQRASAFGILLGVLSASFVCGT 161 (438)
Q Consensus 87 ~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~ 161 (438)
+..+.++... ...+++.. ...+...+.+.|+ ..+...+.....+.++.++ ++|+...+..+....+|..++|
T Consensus 79 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~-~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~ 155 (417)
T 2cfq_A 79 IITGMLVMFAPFFIFIFGPLL--QYNILVGSIVGGI-YLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGA 155 (417)
T ss_dssp HHHHTTSCHHHHHHHTHHHHH--HTTCCHHHHGGGS-STTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8877654321 11222210 0112345666665 4454444444444444443 4566677888777888999999
Q ss_pred hhhHHh---hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCCCCCCCCcccchhccccccCCCCCCCCCccccccCCchhHH
Q 013707 162 LAARFL---STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDL 238 (438)
Q Consensus 162 ~l~~~~---~w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 238 (438)
.+++++ +||..|++.++..++..+. .+..||+++++.+++ +++++ + +++.+.++.
T Consensus 156 ~l~~~l~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~--------------~~~~~----~---~~~~~~~~~ 213 (417)
T 2cfq_A 156 SIVGIMFTINNQFVFWLGSGCALILAVL-LFFAKTDAPSSATVA--------------NAVGA----N---HSAFSLKLA 213 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHCSHHHHTTTTTTTTTHHHH-SCSSCCCCSCSSCSS--------------SSSSS----C---CCCCCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHcCcccccccccc--------------ccccc----c---cccccHHHH
Confidence 888774 6899998876664433333 333333321111100 00000 0 001122332
Q ss_pred HHhhcccchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHhHcCC---ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhH
Q 013707 239 ICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHF---NKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKL 315 (438)
Q Consensus 239 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~ 315 (438)
. ...++|.++...+..+.....+.....++|.|+++.++. +....+...+...++.+++. +..++++||+|+|+.
T Consensus 214 ~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~dr~g~~~~ 291 (417)
T 2cfq_A 214 L-ELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIM-FFAPLIINRIGGKNA 291 (417)
T ss_dssp H-HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHCHHHH
T ss_pred H-HHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhcHHHH
Confidence 2 244566666655554544445555556688888775542 34455777777777778877 888999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHhcccchHHHH-HHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhcCCCCcchhHHHH-HhhHhhhhhhhhhHhHHH
Q 013707 316 LSLGLFAACINMFICSISWSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGC-ISGISSFANIVSPLIFSP 393 (438)
Q Consensus 316 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~-~~~~~~~g~~~g~~~~g~ 393 (438)
+..+..+.+++.+...+.++.+.... ..+.+++.+...+....+..|..|++.||++.+. ++..+.+|+.++|.+.|.
T Consensus 292 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~ 371 (417)
T 2cfq_A 292 LLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGN 371 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHH
Confidence 98888888887777766665554443 3445566666667778899999999999999999 488889999999999999
Q ss_pred HHHHHhcCCCCCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 013707 394 LTALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASVRAFTYELL 428 (438)
Q Consensus 394 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
+.+..+ ....+...+++.+++.+..+.
T Consensus 372 l~~~~g--------~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~ 398 (417)
T 2cfq_A 372 MYESIG--------FQGAYLVLGLVALGFTLISVF 398 (417)
T ss_dssp HHHHSH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHhcC--------cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 998632 223455555555555555443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.97 E-value=2.7e-29 Score=243.95 Aligned_cols=385 Identities=11% Similarity=0.040 Sum_probs=242.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhHHHHHHhhCCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccccc-CcchHh
Q 013707 6 EIKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQY-GRKAML 84 (438)
Q Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~-Grk~~l 84 (438)
++|.++.+.+..++..++.....+.++.+..+..+++ .+.+.+..+.|++.+.+.++..+++++.|+++||+ |||+++
T Consensus 10 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~-~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~ 88 (524)
T 2xut_A 10 WPRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLS-IPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTI 88 (524)
T ss_dssp ---CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSC-CSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHH
T ss_pred CCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc-cccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHH
Confidence 3556677788888888888888888888876532211 12226778889999999999999999999999999 999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcc-cchhHHHHHHHHHhhhhcchhhHhhhhhHhhhccCCccchhHHHHH---HHHHHHhhhhhh
Q 013707 85 TLPLTLSIIPLAILAYRR-SISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGI---LLGVLSASFVCG 160 (438)
Q Consensus 85 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~g 160 (438)
..+.++.+++.++.++++ + ++.+++.|++.|+ +.+...+...+++.|++|+++|+++.+. .+...++|..+|
T Consensus 89 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g 164 (524)
T 2xut_A 89 LWLSLIYCVGHAFLAIFEHS---VQGFYTGLFLIAL-GSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFA 164 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSSC---HHHHHHHHHHHHH-HHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhccc---HHHHHHHHHHHHH-hccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999998 8 8999999999999 8888999999999999999999876666 888899999999
Q ss_pred HhhhHHh----hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCCCCCCCCcccchhccccccCCCCC---------------
Q 013707 161 TLAARFL----STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESN--------------- 221 (438)
Q Consensus 161 ~~l~~~~----~w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------------- 221 (438)
|.+++.+ +||+.|++.+++.++..+...+..|+.+++++++++..+..+.......++..+
T Consensus 165 ~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 244 (524)
T 2xut_A 165 SLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVS 244 (524)
T ss_dssp HHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhh
Confidence 9888764 899999998887665544433322322211111100000000000000000000
Q ss_pred -------CCCC------------ccccccCCchhHHHH--------hhcccchhHHH---HHHHHHHHhhhchhhHHHHH
Q 013707 222 -------SPVK------------IPVCKKIPSIRDLIC--------LLRSSVTLSQA---AVVAFFSGLSEGGMQASFLY 271 (438)
Q Consensus 222 -------~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 271 (438)
.... ..+.+.+.++++..+ ...+++..... .....+...........++.
T Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 324 (524)
T 2xut_A 245 AAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWIL 324 (524)
T ss_dssp HHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHHH
T ss_pred hhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhHH
Confidence 0000 000000001100000 01112222111 11112222223333344455
Q ss_pred HHHhHcCCCh-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----Hhhch----hhHHHHHHHHHHHHHHHhHhcc--------
Q 013707 272 FLKAQFHFNK-NQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLA----PILGE----AKLLSLGLFAACINMFICSISW-------- 334 (438)
Q Consensus 272 ~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~----~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------- 334 (438)
+..+ .+.+. ...+.+.....+...+.. .+.+++. ||.++ ++.+..+..+.+++++.+.+..
T Consensus 325 ~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 402 (524)
T 2xut_A 325 QAND-MVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLI-PFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSA 402 (524)
T ss_dssp HHHH-SCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHG-GGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCC
T ss_pred hHHh-cCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhH-HHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCC
Confidence 5443 33322 134555555445555544 3333432 33332 3466677778888877776632
Q ss_pred -cchHHHH-HHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHhhHhhhhhhhhhHhHHHHHHH
Q 013707 335 -SAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTAL 397 (438)
Q Consensus 335 -~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~l~~~ 397 (438)
+.+.... ..+.+++.+...+..+++..|..|+++||+++|+.+...++|+.++|.+.|.+.+.
T Consensus 403 ~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~ 467 (524)
T 2xut_A 403 LSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSP 467 (524)
T ss_dssp CCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSC
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 3333333 57778888899999999999999999999999999999999999999999998763
No 8
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.59 E-value=1.6e-13 Score=131.82 Aligned_cols=176 Identities=13% Similarity=0.145 Sum_probs=147.2
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHhH-----cCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hchhhHHHH
Q 013707 245 SVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQ-----FHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPI-LGEAKLLSL 318 (438)
Q Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~-~~~~~~~~~ 318 (438)
++.++......++..+.++....+++.|+++. +|.++.+.+++.+...++..++. +..|+++|| +|||+.+..
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~dr~~g~r~~~~~ 90 (491)
T 4aps_A 12 PLGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSG-TIGGFVADRIIGARPAVFW 90 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTSCHHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhccccchHHHHH
Confidence 34566777777888888888889999999998 99999999999999999999999 888999999 899999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhHhcccchHHHH-HHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhcCCCCc--chhHHHHHhhHhhhhhhhhhHhHHHHH
Q 013707 319 GLFAACINMFICSISWSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNE--QGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLT 395 (438)
Q Consensus 319 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~l~ 395 (438)
+..+..++.++..+.++.+.+++ .++.|++.+...+...+++.|.+|+++ |+++.+..+....+|..++|.+.+.+.
T Consensus 91 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~ 170 (491)
T 4aps_A 91 GGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQ 170 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999888877766 678899999999999999999999988 778888899999999999999999998
Q ss_pred HHHhcCCCCCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 013707 396 ALFLSKGAPFNFPGFSIMCIGLASVRAFTYELLL 429 (438)
Q Consensus 396 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 429 (438)
+.. .....+.+.++..+++.+.....
T Consensus 171 ~~~--------g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 171 EAA--------GYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHS--------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhh--------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 862 22234444444444444444433
No 9
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.54 E-value=2.1e-13 Score=129.30 Aligned_cols=151 Identities=14% Similarity=0.081 Sum_probs=131.6
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHhHcCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHH
Q 013707 245 SVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAAC 324 (438)
Q Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 324 (438)
++.+....+..+............+|.+.++ + .++.+.+++.+...++..++. +..|+++||+|||+.+..+.++.+
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 103 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ-G-FSRGDLGFALSGISIAYGFSK-FIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAA 103 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS-T-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-h-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHH
Confidence 3445555666666666666777777877766 6 999999999999999999998 888999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhHh----cccchHHHH-HHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHhhHhhhhhhhhhHhHHHHHHHH
Q 013707 325 INMFICSI----SWSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTALF 398 (438)
Q Consensus 325 ~~~~~~~~----~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~l~~~~ 398 (438)
++.++..+ .++.+.+++ .++.|++.+...+...+++.|.+|+++|+++.|+.+....+|..++|.+.+.+.+..
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 182 (451)
T 1pw4_A 104 AVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWF 182 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999988 778777666 678899999999999999999999999999999999999999999999999988763
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.54 E-value=3.3e-13 Score=127.47 Aligned_cols=146 Identities=10% Similarity=-0.011 Sum_probs=125.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHhHcCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 013707 249 SQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMF 328 (438)
Q Consensus 249 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 328 (438)
....+..+...+.........|.+. +.+|.++.+.+++.+...++..++. +..|+++||+|||+.+..+..+.+++.+
T Consensus 29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~-~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~ 106 (438)
T 3o7q_A 29 ALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQ-QAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIP-IPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAA 106 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTH-HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHH-HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3344445555555556666667655 4589999999999999999999998 8889999999999999999999999998
Q ss_pred Hh---HhcccchHHHH-HHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHhhHhhhhhhhhhHhHHHHHH
Q 013707 329 IC---SISWSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTA 396 (438)
Q Consensus 329 ~~---~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~l~~ 396 (438)
+. .+.++.+.+++ .++.|++.+...+...+++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.+
T Consensus 107 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 178 (438)
T 3o7q_A 107 LFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLIL 178 (438)
T ss_dssp HHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHH
T ss_pred HHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 88 77778777766 6888999999999999999999999999999999999999999999999999883
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.51 E-value=4.3e-13 Score=129.82 Aligned_cols=152 Identities=14% Similarity=0.047 Sum_probs=133.4
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHhHcC------CChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-chhhHHH
Q 013707 245 SVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFH------FNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPIL-GEAKLLS 317 (438)
Q Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~-~~~~~~~ 317 (438)
++.++...+..++..+..+....+++.|+++.+| +++.+.+++.+...++..++. +..|+++||+ |||+.+.
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~G~l~dr~~g~r~~~~ 89 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFP-LLGGWIADRFFGKYNTIL 89 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTH-HHHHHHHTTSSCSHHHHH
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhcchHHHH
Confidence 4556667778888888888889999999998889 999999999999999999988 8889999999 9999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhHhcc-cchHHHH-HHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhcCCCCcchhHHHH---HhhHhhhhhhhhhHhHH
Q 013707 318 LGLFAACINMFICSISW-SAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGC---ISGISSFANIVSPLIFS 392 (438)
Q Consensus 318 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~---~~~~~~~g~~~g~~~~g 392 (438)
.+.++.+++.++..+.+ +.+.+++ .++.|++.+...+...+++.|.+|+++|++..+. .+...++|..++|.+.+
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 169 (524)
T 2xut_A 90 WLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMP 169 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTST
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999988887 7766665 5778999999999999999999999999876666 88999999999999999
Q ss_pred HHHHH
Q 013707 393 PLTAL 397 (438)
Q Consensus 393 ~l~~~ 397 (438)
.+.+.
T Consensus 170 ~l~~~ 174 (524)
T 2xut_A 170 LLLKN 174 (524)
T ss_dssp HHHHT
T ss_pred HHhcc
Confidence 98874
No 12
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.49 E-value=5e-13 Score=125.40 Aligned_cols=160 Identities=13% Similarity=0.083 Sum_probs=124.1
Q ss_pred hhhHHHHHHhhCCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccccccCcchHhHHHHHHHHHHHHHHHhcccchhHH
Q 013707 29 PAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTLSIIPLAILAYRRSISFFY 108 (438)
Q Consensus 29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 108 (438)
..+|.+..+.. ++.+.+....|+..+...++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.+..++.++ .+
T Consensus 241 ~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~ 313 (417)
T 2cfq_A 241 QQFANFFTSFF----ATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATS---AL 313 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHTS----SSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCS---HH
T ss_pred HHHHHHHHHHH----hccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc---HH
Confidence 34676665432 112334456688888888899999999999999999999999888888888777777777 67
Q ss_pred HHHHHHHhhhhcchhhHhhhhhHhhhccCCccchhHHHHH-HHHHHHhhhhhhHhhhHHh----hHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013707 109 AYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGI-LLGVLSASFVCGTLAARFL----STTSAFQAATIVSMLA 183 (438)
Q Consensus 109 ~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~g~~l~~~~----~w~~~f~~~~~~~~i~ 183 (438)
.+++..++.++ +.+...+....+++|.+|++.|+++.+. .+....+|..+||.+++.+ +++..|.+.+++.++.
T Consensus 314 ~~~~~~~l~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~ 392 (417)
T 2cfq_A 314 EVVILKTLHMF-EVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGF 392 (417)
T ss_dssp HHHHHTTHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77778788887 6666667778899999999999999998 4778888989998888763 6788888888877776
Q ss_pred HHHHHHhcccCCC
Q 013707 184 AAYMRVFLKDDVP 196 (438)
Q Consensus 184 ~~~~~~~~~~~~~ 196 (438)
.+..+...||+++
T Consensus 393 ~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 393 TLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHhhhcCCCc
Confidence 6665555666444
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.40 E-value=5.7e-13 Score=123.19 Aligned_cols=145 Identities=12% Similarity=0.091 Sum_probs=127.0
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHhHcCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 013707 251 AAVVAFFSGLSEGGMQASFLYFLKAQFHFNKNQFADLMLIAGLAGTISQLLFMPLLAPILGEAKLLSLGLFAACINMFIC 330 (438)
Q Consensus 251 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 330 (438)
..+..++...........+|.+.++ +|.++.+.+++.+...++..++. +..|+++||+|||+.+..+..+..++.+..
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQ-LFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4455556666666667777776655 89999999999999999999998 888999999999999999999999999998
Q ss_pred HhcccchHHHH-HHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHhhHhhhhhhhhhHhHHHHHHH
Q 013707 331 SISWSAWVPYA-TTAFSVLVVFATPSFRSIVSKQVGPNEQGKAQGCISGISSFANIVSPLIFSPLTAL 397 (438)
Q Consensus 331 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~l~~~ 397 (438)
.+.++.+.... .++.|++.+...+...+++.|..|+++|+++.+..+....+|..++|.+.+.+.+.
T Consensus 83 ~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~ 150 (375)
T 2gfp_A 83 VTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTM 150 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCH
T ss_pred HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHh
Confidence 88887776666 57789999999999999999999999999999999999999999999999998875
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.19 E-value=3.6e-10 Score=108.29 Aligned_cols=144 Identities=15% Similarity=0.106 Sum_probs=102.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccccccCcchHhHHHHHHHHHHHHHHHhcc--cchhHH-HHHHHHHhhhhcchhhHhhhh
Q 013707 53 SGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTLSIIPLAILAYRR--SISFFY-AYYALRTLTAMVCEGSINCLA 129 (438)
Q Consensus 53 ~g~~~s~~~l~~~~~~~~~G~l~Dr~Grk~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~-~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~ 129 (438)
.........+...++.++.+.+.||+|||+.++.+.....++.+..+... ...... .....-+..+. .....|..
T Consensus 314 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~ 391 (491)
T 4gc0_A 314 ALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAF--AMSWGPVC 391 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHH--HTTTTHHH
T ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHH--HhHHHHHH
Confidence 34455566778888899999999999999999998888777766554431 111122 22222222222 23344677
Q ss_pred hHhhhccCCccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhHhhhHH----------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCC
Q 013707 130 LAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAARF----------LSTTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPND 198 (438)
Q Consensus 130 ~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~----------~~w~~~f~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (438)
..+.+|.+|.+.|++++|+......++..+++.+... .++...|++.+.++++..+..++++||++.+.
T Consensus 392 ~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~t 470 (491)
T 4gc0_A 392 WVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKT 470 (491)
T ss_dssp HHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCC
T ss_pred HHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCC
Confidence 8899999999999999999999988888887665433 24456788888888888888889999987543
No 15
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=74.25 E-value=52 Score=30.00 Aligned_cols=29 Identities=3% Similarity=-0.213 Sum_probs=15.6
Q ss_pred hhhHhhhccCCccchhHHHHHHHHHHHhh
Q 013707 128 LALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSAS 156 (438)
Q Consensus 128 ~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g 156 (438)
............++|.+.....+....+-
T Consensus 144 ~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 172 (460)
T 3mkt_A 144 LLFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLLL 172 (460)
T ss_dssp HHHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34444555566666666665555544443
No 16
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=38.80 E-value=5 Score=18.86 Aligned_cols=13 Identities=46% Similarity=0.951 Sum_probs=10.0
Q ss_pred hcccccccCcchH
Q 013707 71 IGNLSDQYGRKAM 83 (438)
Q Consensus 71 ~G~l~Dr~Grk~~ 83 (438)
+|.+..+||||.+
T Consensus 3 fgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 3 FGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHTSHHH
T ss_pred HHHHHHHHhHHHH
Confidence 5778888998864
No 17
>1cmk_I CAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form; phosphotransferase; HET: TPO SEP MYR; 2.90A {Homo sapiens}
Probab=20.08 E-value=23 Score=17.48 Aligned_cols=10 Identities=30% Similarity=0.591 Sum_probs=7.4
Q ss_pred ccccCcchHh
Q 013707 75 SDQYGRKAML 84 (438)
Q Consensus 75 ~Dr~Grk~~l 84 (438)
+||-|||..+
T Consensus 9 ~~RtGRRNAl 18 (26)
T 1cmk_I 9 SGRTGRRNAI 18 (26)
T ss_pred cCcccccccc
Confidence 6788888754
Done!