Query 013779
Match_columns 436
No_of_seqs 475 out of 1276
Neff 11.3
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 16:57:30 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/013779.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/013779hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 1.2E-44 4.1E-49 344.3 35.5 398 16-435 51-479 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.4E-40 4.7E-45 312.9 19.2 376 2-418 47-433 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 8.9E-38 3.1E-42 292.6 28.3 349 3-413 46-427 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.2E-34 4.2E-39 275.3 26.4 397 14-424 48-477 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 2.4E-36 8.4E-41 276.9 5.0 340 3-404 20-362 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 1.1E-32 3.7E-37 255.8 2.9 368 4-425 28-406 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 7.9E-30 2.7E-34 244.2 15.7 142 17-159 51-197 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 1.7E-14 5.8E-19 135.0 9.9 180 239-422 30-210 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 1.3E-13 4.3E-18 128.6 12.1 165 246-414 35-225 (438)
10 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.5 1.3E-13 4.4E-18 125.8 10.5 163 254-423 17-179 (375)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 4.8E-13 1.6E-17 126.6 10.2 155 255-416 31-194 (491)
12 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 1.8E-12 6E-17 119.9 12.2 147 17-164 256-404 (417)
13 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 1.2E-11 4E-16 118.1 16.0 154 256-415 31-195 (524)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.2 1.1E-10 3.7E-15 110.4 13.8 156 7-164 301-467 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 73.5 2.3 7.7E-05 19.6 1.7 14 39-52 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 22.6 1.8E+02 0.006 22.9 5.6 24 27-50 100-123 (198)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=1.2e-44 Score=344.27 Aligned_cols=398 Identities=33% Similarity=0.595 Sum_probs=310.0
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcc------------------chhHHHHH
Q 013779 16 NLSAVQLGLVVSGSLYGALLGSILVYSIADFLGRKRELIIAAVLYALGALTTAY------------------APGLGVLL 77 (436)
Q Consensus 16 ~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~l~ 77 (436)
+.++++.|++.+.+.+|..++++++|+++||+|||+++.++.+++.++++++++ ++|++.++
T Consensus 51 ~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~ 130 (491)
T 4gc0_A 51 SAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFV 130 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHH
T ss_pred ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHH
Confidence 345678899999999999999999999999999999999999999999999884 78999999
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhhhhhhhhHhhhcCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccc-------cccchHHHhhhhHHH
Q 013779 78 VGRLLYGLGIGLAMHGAPLYIAETCPSQIRGTLISLKELFIVLGILLGYFVGSFQINA-------VGGWRYMYGLSAPLA 150 (436)
Q Consensus 78 ~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~l~~~l~~~l~~~-------~~~w~~~f~~~~~~~ 150 (436)
++|+++|++.|+..+....+++|+.|+++|++..++.+.+..+|.++++.++...... ..+||+.+.+..++.
T Consensus 131 ~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 210 (491)
T 4gc0_A 131 IYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPA 210 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhh
Confidence 9999999999999999999999999999999999999999999999999887765432 126899999999999
Q ss_pred HHHHHHHhcCCCChHHHHHHhhcCcCccchHHHHHHHHHhhhhcCCCCCcchhhhHHHHHHhhhhccccccccccchhhc
Q 013779 151 LLMGIGMWSLPPSPRWLLLRAVQGKGSLQEYKEQAISALGKLRRRPPGDKLSERQIEDTLVSLKSSYTDEKSEGSFLEVF 230 (436)
Q Consensus 151 ~~~~~~~~~~~es~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 230 (436)
++..+..+++||||+|+..| ++.+++.+.+++.+.++..++ +..+. ++..+++++.......+
T Consensus 211 ~~~~~~~~~~peSp~~L~~~---------~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~----~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~ 273 (491)
T 4gc0_A 211 LLFLMLLYTVPESPRWLMSR---------GKQEQAEGILRKIMGNTLATQ----AVQEI----KHSLDHGRKTGGRLLMF 273 (491)
T ss_dssp HHHHHHGGGSCCCHHHHHHT---------TCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHH----HHHHHHHHHHTTHHHHS
T ss_pred hhhhhhhhcCCCChHHHHHc---------CchhHHHHhHHHhcCCchhHH----HHHHH----HHHHHhhhhhhhHHHHh
Confidence 98888889999999999974 445555555554433211110 00000 00000111111112222
Q ss_pred cCCchhHHHHHHHHHHHHHHhChhhHHhchHHHHHhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCccEeehhh
Q 013779 231 QGPNLKAFIIGGGLVLFQQITGQPSVLYYAGPILQSAGFSAAADATRVSVVIGVFKLVMTWIAVAKVDDLGRRPLLIGGV 310 (436)
Q Consensus 231 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~ 310 (436)
+. +...+......+.+..+...+.+|.+.+.+..+.+. ..........++..+++.++++++.||+|||+.+..+.
T Consensus 274 ~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~ 349 (491)
T 4gc0_A 274 GV---GVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGAST-DIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGA 349 (491)
T ss_dssp CC---THHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHH
T ss_pred cc---cHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCc-cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccch
Confidence 22 334455556677777788888889999888887776 56667777888899999999999999999999998888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHcCCchHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhccccCCccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHH
Q 013779 311 CGIALSLLLLSAYYKILGGFPLVAVSALLLYVGCYQISFGPISWLMVSEIFPLRTRGRGISLAVLTNFGSNAIVTFAFSP 390 (436)
Q Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 390 (436)
..+.++.+.+..... ........+....++..++..+..++.+.+.+|.+|++.|+++.|+.+.++++++.+++.+.+.
T Consensus 350 ~~~~~~~~~l~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~ 428 (491)
T 4gc0_A 350 LGMAIGMFSLGTAFY-TQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPM 428 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH-TTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHh-cccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888777766654432 2233344455555566667777888888999999999999999999999999999999888766
Q ss_pred HHH------HhCcchhHHHHHHHHHHHHhheeEecccCCCCCHHHHHhhhh
Q 013779 391 LKE------LLGAENIFLLFAAIAFLAVLFIVRTVPETKGLSLEEIESKIL 435 (436)
Q Consensus 391 ~~~------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 435 (436)
+.+ ..+....|++++++++++.++.+++.||||+|+.||+|+..|
T Consensus 429 l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tLeei~~~f~ 479 (491)
T 4gc0_A 429 MDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKTLEELEALWE 479 (491)
T ss_dssp HCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCHHHHGGGTC
T ss_pred HHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCCHHHHHHHhC
Confidence 543 345667888999999999888888899999999999876543
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.4e-40 Score=312.91 Aligned_cols=376 Identities=14% Similarity=0.085 Sum_probs=283.4
Q ss_pred cccccCcccCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcc----chhHHHHH
Q 013779 2 IIAQSPELSGTTWFNLSAVQLGLVVSGSLYGALLGSILVYSIADFLGRKRELIIAAVLYALGALTTAY----APGLGVLL 77 (436)
Q Consensus 2 ~~~~~p~i~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~l~ 77 (436)
+.+.+|.+.++ + .|..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++.++.++.+++.+++++ +++++.++
T Consensus 47 ~~~~~~~~~~~--~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~ 123 (451)
T 1pw4_A 47 FALAMPYLVEQ--G-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMF 123 (451)
T ss_dssp HHHHHHHTTSS--T-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH--h-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHH
Confidence 35678889988 8 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 99999999
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhhhhhhhhHhhhcCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccccccc-chHHHhhhhHHHHHHHHH
Q 013779 78 VGRLLYGLGIGLAMHGAPLYIAETCPSQIRGTLISLKELFIVLGILLGYFVGSFQINAVGG-WRYMYGLSAPLALLMGIG 156 (436)
Q Consensus 78 ~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~l~~~l~~~l~~~~~~-w~~~f~~~~~~~~~~~~~ 156 (436)
++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+++|.+++.+.+.. + ||+.|++.++++++..++
T Consensus 124 ~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~-g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~ 202 (451)
T 1pw4_A 124 VLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWF-NDWHAALYMPAFCAILVALF 202 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHT-CCSTTCTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999999999999999999999877766 7 999999999888776554
Q ss_pred -HhcCCCChHHHHHHhhcCcCccchHHHHHHHHHhhhhcCCCCCcchhhhHHHHHHhhhhccccccccccchhhccCCch
Q 013779 157 -MWSLPPSPRWLLLRAVQGKGSLQEYKEQAISALGKLRRRPPGDKLSERQIEDTLVSLKSSYTDEKSEGSFLEVFQGPNL 235 (436)
Q Consensus 157 -~~~~~es~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 235 (436)
.+++||+|+.... .+ ++ +.++..+.+. +.+++++.+.++...++.++++.+
T Consensus 203 ~~~~~~~~~~~~~~----~~---~~----------------~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 254 (451)
T 1pw4_A 203 AFAMMRDTPQSCGL----PP---IE----------------EYKNDYPDDY-----NEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLL 254 (451)
T ss_dssp HHHHCCCSSTTTCC----CS---CT----------------TTCCC------------------CCTHHHHHHTSSCHHH
T ss_pred HHhhccCCHhhcCC----CC---hh----------------hhcccccccc-----hhhhhcccccccchHHHHHcCHHH
Confidence 4578887752100 00 00 0000000000 000000011111114567777777
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHhChhhHHhchHHHHHh-cCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc--CCccEeehhhHH
Q 013779 236 KAFIIGGGLVLFQQITGQPSVLYYAGPILQS-AGFSAAADATRVSVVIGVFKLVMTWIAVAKVDDL--GRRPLLIGGVCG 312 (436)
Q Consensus 236 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--~~~~~~~~~~~~ 312 (436)
+...+..++..+.. .....+.|.++++ .+.+. .+.+.......++.+++.++.+++.||+ +||+.+..+..+
T Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 329 (451)
T 1pw4_A 255 WYIAIANVFVYLLR----YGILDWSPTYLKEVKHFAL-DKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMT 329 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHBTTBSCCCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHhcCCCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHH
Confidence 76665544444433 3467788888887 56665 7888999999999999999999999999 898877666555
Q ss_pred HH-HHHHHHHHHHHHHcCCchHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhccccCCccccchhhHHHHHHHHH-HHHHHHHhhHH
Q 013779 313 IA-LSLLLLSAYYKILGGFPLVAVSALLLYVGCYQISFGPISWLMVSEIFPLRTRGRGISLAVLTNFG-SNAIVTFAFSP 390 (436)
Q Consensus 313 ~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~-g~~~~~~~~~~ 390 (436)
.. ++.+++.. ....+...........+.......+....+..|.+|++.|+++.|+.+...++ |..++|.+.|.
T Consensus 330 ~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~ 405 (451)
T 1pw4_A 330 LVTIATIVYWM----NPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGY 405 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHTTS----CCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH----hcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 54 33333321 11113333333333333433444455568899999999999999999999999 99999999999
Q ss_pred HHHHhCcchhHHHHHHHHHHHHhheeEe
Q 013779 391 LKELLGAENIFLLFAAIAFLAVLFIVRT 418 (436)
Q Consensus 391 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 418 (436)
+.+..|+...|++.+++.+++.++....
T Consensus 406 l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 406 TVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999998888888777655443
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=8.9e-38 Score=292.61 Aligned_cols=349 Identities=17% Similarity=0.141 Sum_probs=273.8
Q ss_pred ccccCcccCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHh---ccchhHHHHHHH
Q 013779 3 IAQSPELSGTTWFNLSAVQLGLVVSGSLYGALLGSILVYSIADFLGRKRELIIAAVLYALGALTT---AYAPGLGVLLVG 79 (436)
Q Consensus 3 ~~~~p~i~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~l~~~ 79 (436)
.+.+|.+.++ +|+|+.+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||+++.++.++.+++.+++ +++++++.++++
T Consensus 46 ~~~~~~~~~~--~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~ 123 (438)
T 3o7q_A 46 DILLPQFQQA--FTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVG 123 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHH--SCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHH--cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHH
Confidence 4667888888 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 889999999999
Q ss_pred HHHHhhhhhhhhhhhhhHhhhcCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc-ccccc--------------------
Q 013779 80 RLLYGLGIGLAMHGAPLYIAETCPSQIRGTLISLKELFIVLGILLGYFVGSFQI-NAVGG-------------------- 138 (436)
Q Consensus 80 r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~l~~~l~~~l~-~~~~~-------------------- 138 (436)
|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.++++.+++.+. +....
T Consensus 124 ~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 203 (438)
T 3o7q_A 124 LFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHS 203 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhh
Confidence 999999999999999999999999999999999999999999999999999988 55423
Q ss_pred ----chHHHhhhhHHHHHHHHHHhc--CCCChHHHHHHhhcCcCccchHHHHHHHHHhhhhcCCCCCcchhhhHHHHHHh
Q 013779 139 ----WRYMYGLSAPLALLMGIGMWS--LPPSPRWLLLRAVQGKGSLQEYKEQAISALGKLRRRPPGDKLSERQIEDTLVS 212 (436)
Q Consensus 139 ----w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~--~~es~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 212 (436)
||+.|++.+.+.++..+..++ .||+++. .+
T Consensus 204 ~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~----------------------------~~---------------- 239 (438)
T 3o7q_A 204 LVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSD----------------------------NH---------------- 239 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTT----------------------------CC----------------
T ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccc----------------------------cc----------------
Confidence 999998887777666554433 4544320 00
Q ss_pred hhhccccccccccchhhccCCchhHHHHHHHHHHHHHHhChhhHHhchHHH-HHhc-CCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013779 213 LKSSYTDEKSEGSFLEVFQGPNLKAFIIGGGLVLFQQITGQPSVLYYAGPI-LQSA-GFSAAADATRVSVVIGVFKLVMT 290 (436)
Q Consensus 213 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 290 (436)
+++++++.+.++++++|+|.++...+...+..... .....+.|.+ +++. +.+. .+.+.......++.+++.
T Consensus 240 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 312 (438)
T 3o7q_A 240 --SDAKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQ----TACWSYLIRYAVEEIPGMTA-GFAANYLTGTMVCFFIGR 312 (438)
T ss_dssp --CCSSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHSTTCCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --ccccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHhhhccCCcch-hHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00011122235677888888887776555544433 3466778888 7776 6665 788899999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhhcCCccEeehhhHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCchHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhccccCCccccchhh
Q 013779 291 WIAVAKVDDLGRRPLLIGGVCGIALSLLLLSAYYKILGGFPLVAVSALLLYVGCYQISFGPISWLMVSEIFPLRTRGRGI 370 (436)
Q Consensus 291 ~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~ 370 (436)
++.+++.||++||+.+..+..+..++.+++.. ...........+. +.......|..+++..|.+|++ ++++.
T Consensus 313 ~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~ 384 (438)
T 3o7q_A 313 FTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAF------AGGHVGLIALTLC-SAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGS 384 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------CCHHHHHHHHHHH-HHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------cCCcHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchh
Confidence 99999999999999888777776666555443 1222223333333 3333444566778888888866 88888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhC-cchhHHHHHHHHHHHHh
Q 013779 371 SLAVLTNFGSNAIVTFAFSPLKELLG-AENIFLLFAAIAFLAVL 413 (436)
Q Consensus 371 g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~ 413 (436)
++.. ...+|+.++|.+.|.+.|..| ++..|.+.+++.++..+
T Consensus 385 ~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 427 (438)
T 3o7q_A 385 SFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIFI 427 (438)
T ss_dssp HHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8877 677999999999999999999 88888876666555444
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.2e-34 Score=275.28 Aligned_cols=397 Identities=12% Similarity=0.047 Sum_probs=255.6
Q ss_pred ccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhh
Q 013779 14 WFNLSAVQLGLVVSGSLYGALLGSILVYSIADF-LGRKRELIIAAVLYALGALTTAYAPGLGVLLVGRLLYGLGIGLAMH 92 (436)
Q Consensus 14 ~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr-~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~ 92 (436)
++|.|..+.+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+...+
T Consensus 48 ~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~ 127 (491)
T 4aps_A 48 DLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKP 127 (491)
T ss_dssp SCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 389999999999999999999999999999999 8999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhHhhhcCcccc--hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccccchHHHhhhhHHHHHHHHHHhcC-CCChHHHHH
Q 013779 93 GAPLYIAETCPSQI--RGTLISLKELFIVLGILLGYFVGSFQINAVGGWRYMYGLSAPLALLMGIGMWSL-PPSPRWLLL 169 (436)
Q Consensus 93 ~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~l~~~l~~~l~~~~~~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~es~~~l~~ 169 (436)
...+++.|++|+++ |+.++++.+.+.++|..++|.+++.+.+.. +||+.|++.++..++..+..++. ++..+ .
T Consensus 128 ~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~ 203 (491)
T 4aps_A 128 NVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAA-GYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLD---P 203 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC---S
T ss_pred hHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCccccc---c
Confidence 99999999999988 778889899999999999999999988877 99999999877766655444322 11100 0
Q ss_pred HhhcCcCccchHHHHHHHHHhh----------------hhcCCCCCcchhhhHHHHHHh--h--hhccccccccccchhh
Q 013779 170 RAVQGKGSLQEYKEQAISALGK----------------LRRRPPGDKLSERQIEDTLVS--L--KSSYTDEKSEGSFLEV 229 (436)
Q Consensus 170 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~--~~~~~~~~~~~~~~~~ 229 (436)
+ .++.+.+.+.++.++..+. ..+..+.+ +.......... . ......+++.....+.
T Consensus 204 ~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 279 (491)
T 4aps_A 204 H--YLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLP--AYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEH 279 (491)
T ss_dssp C--CSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTT--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------
T ss_pred c--ccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccc--cchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHH
Confidence 0 0011111112222221111 11111111 11100000000 0 0000000000001111
Q ss_pred ccCCchhHHHHHHHHHHHHHHhChhhHHhchHHHHHhc-CCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCccEee-
Q 013779 230 FQGPNLKAFIIGGGLVLFQQITGQPSVLYYAGPILQSA-GFSAAADATRVSVVIGVFKLVMTWIAVAKVDDLGRRPLLI- 307 (436)
Q Consensus 230 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~- 307 (436)
.+........+...+..... .....+.+.+.++. +.+. ...+.......+..+++.++.+++.||++||+...
T Consensus 280 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~ 354 (491)
T 4aps_A 280 LRVVSYIPLFIAAVLFWAIE----EQGSVVLATFAAERVDSSW-FPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSP 354 (491)
T ss_dssp --CTTHHHHHHHHHHHHHHH----GGGGTHHHHHHHHSCCCSS-SCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----hhccHHHHHHHHHHhccCc-cCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCch
Confidence 11112222232222222222 23455566666663 3332 56677778888888999999999999999998766
Q ss_pred ----hhhHHHHHHHHHHHHHHHHH---cCCchHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhccccCCccccchhhHHHHHHHHHH
Q 013779 308 ----GGVCGIALSLLLLSAYYKIL---GGFPLVAVSALLLYVGCYQISFGPISWLMVSEIFPLRTRGRGISLAVLTNFGS 380 (436)
Q Consensus 308 ----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g 380 (436)
.+..+.+++..++....... .+..........+..+.......+..+.+..|.+|++.|+++.|+.+...++|
T Consensus 355 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g 434 (491)
T 4aps_A 355 TKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVG 434 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 55555555555544322110 11233333333344444444555666789999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhHHHHHHhCcchhHHHHHHHHHHHHhheeEecccCCC
Q 013779 381 NAIVTFAFSPLKELLGAENIFLLFAAIAFLAVLFIVRTVPETKG 424 (436)
Q Consensus 381 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 424 (436)
..++|.+.+.+.+. ++...|...+++.+++.++.+...++.++
T Consensus 435 ~~i~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 477 (491)
T 4aps_A 435 SALNAQLVTLYNAK-SEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQG 477 (491)
T ss_dssp HHHHHHHGGGGGGS-STTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC------
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999998877654 66777887777777776655555554443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=2.4e-36 Score=276.87 Aligned_cols=340 Identities=14% Similarity=0.116 Sum_probs=258.4
Q ss_pred ccccCcccCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhHHHHHHHHHH
Q 013779 3 IAQSPELSGTTWFNLSAVQLGLVVSGSLYGALLGSILVYSIADFLGRKRELIIAAVLYALGALTTAYAPGLGVLLVGRLL 82 (436)
Q Consensus 3 ~~~~p~i~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l 82 (436)
.+.+|.+.++ +|.|+++.+++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++++++++++.+++.|++
T Consensus 20 ~~~~~~~~~~--~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l 97 (375)
T 2gfp_A 20 IPAIADMARD--LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTSSLTVLIAASAM 97 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHTT--SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhHHHHHH--cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHH
Confidence 4667888888 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HhhhhhhhhhhhhhHhhhcCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccccchHHHhhhhHHHHHHHH-HHhcCC
Q 013779 83 YGLGIGLAMHGAPLYIAETCPSQIRGTLISLKELFIVLGILLGYFVGSFQINAVGGWRYMYGLSAPLALLMGI-GMWSLP 161 (436)
Q Consensus 83 ~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~l~~~l~~~l~~~~~~w~~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~ 161 (436)
+|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|..++|.+++++.+.. +||+.|++.++..++..+ ..+.+|
T Consensus 98 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 176 (375)
T 2gfp_A 98 QGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMW-NWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMP 176 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSC
T ss_pred HHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCc
Confidence 999999999999999999999999999999999999999999999999988877 999999998888877665 345677
Q ss_pred CChHHHHHHhhcCcCccchHHHHHHHHHhhhhcCCCCCcchhhhHHHHHHhhhhccccccccccchhhccCCchhHHHHH
Q 013779 162 PSPRWLLLRAVQGKGSLQEYKEQAISALGKLRRRPPGDKLSERQIEDTLVSLKSSYTDEKSEGSFLEVFQGPNLKAFIIG 241 (436)
Q Consensus 162 es~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 241 (436)
|+++. ++++++.+.++++++|+|+++...+.
T Consensus 177 ~~~~~-------------------------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 207 (375)
T 2gfp_A 177 ETRPV-------------------------------------------------DAPRTRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLM 207 (375)
T ss_dssp CCSTT-------------------------------------------------TCCCCCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccCCC-------------------------------------------------CcccccHHHHHHHHhcCcchHHHHHH
Confidence 76531 00011123345677777777766655
Q ss_pred HHHHHHHHHhChhhHHhchHHHHHh-cCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCccEeehhhHH-HHHHHHH
Q 013779 242 GGLVLFQQITGQPSVLYYAGPILQS-AGFSAAADATRVSVVIGVFKLVMTWIAVAKVDDLGRRPLLIGGVCG-IALSLLL 319 (436)
Q Consensus 242 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~ 319 (436)
..+...... ....+.|.++++ .+.+. .+.+.......++.+++.++.+++.||.+++ ...+... ...+...
T Consensus 208 ~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~ 280 (375)
T 2gfp_A 208 LIGGLAGIA----AFEACSGVLMGAVLGLSS-MTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MWQSVICCLLAGLLM 280 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHH----HHHHHCSCSSHHHHHHHH-HHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HHHHHHHHHHTSSSS
T ss_pred HHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHhCCCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 544444333 355566666655 55554 6788888999999999999999999998762 2222222 1222211
Q ss_pred HHHHHHHHcCCchHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhccccCCccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhCcch
Q 013779 320 LSAYYKILGGFPLVAVSALLLYVGCYQISFGPISWLMVSEIFPLRTRGRGISLAVLTNFGSNAIVTFAFSPLKELLGAEN 399 (436)
Q Consensus 320 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 399 (436)
+.... ...++.+.......+.. .......+....+..|..| ++|+++.|+.+...++|..++|.+.+.+.+..++..
T Consensus 281 ~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~l~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~ 357 (375)
T 2gfp_A 281 WIPDW-FGVMNVWTLLVPAALFF-FGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSL 357 (375)
T ss_dssp SHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhh-hccccHHHHHHHHHHHH-HHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccH
Confidence 11111 00112222223333333 3333445566688999988 899999999999999999999999999988877766
Q ss_pred hHHHH
Q 013779 400 IFLLF 404 (436)
Q Consensus 400 ~~~~~ 404 (436)
.+...
T Consensus 358 ~~~~~ 362 (375)
T 2gfp_A 358 GLLMT 362 (375)
T ss_dssp HHHHH
T ss_pred HHHHH
Confidence 66553
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.97 E-value=1.1e-32 Score=255.76 Aligned_cols=368 Identities=14% Similarity=0.088 Sum_probs=236.4
Q ss_pred cccCc-ccCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHH---HHhccchhH-HHHHH
Q 013779 4 AQSPE-LSGTTWFNLSAVQLGLVVSGSLYGALLGSILVYSIADFLGRKRELIIAAVLYALGA---LTTAYAPGL-GVLLV 78 (436)
Q Consensus 4 ~~~p~-i~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~-~~l~~ 78 (436)
+.+|. ++++ +|.|+.+.|++.+.+.++..++++++|+++||+||||++.++..+++++. ....+.+.. ..+..
T Consensus 28 ~~~~~~l~~~--~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 105 (417)
T 2cfq_A 28 PFFPIWLHDI--NHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILV 105 (417)
T ss_dssp TTHHHHHHTT--TCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCH
T ss_pred HHHHHHHHHH--hCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34444 4455 89999999999999999999999999999999999999999888776532 212232222 12345
Q ss_pred HHHHHhhhhhhhhhhhhhHhhhcCcc--cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccccchHHHhhhhHHHHHHHHH
Q 013779 79 GRLLYGLGIGLAMHGAPLYIAETCPS--QIRGTLISLKELFIVLGILLGYFVGSFQINAVGGWRYMYGLSAPLALLMGIG 156 (436)
Q Consensus 79 ~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~l~~~l~~~l~~~~~~w~~~f~~~~~~~~~~~~~ 156 (436)
.+.+.|++.+...+.....+.++.++ ++|+...+......++|..++|.+++++.+. +||+.|++.++..++..+.
T Consensus 106 ~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~~--~~~~~f~~~~~~~~~~~~~ 183 (417)
T 2cfq_A 106 GSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFTI--NNQFVFWLGSGCALILAVL 183 (417)
T ss_dssp HHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHHH--CSHHHHTTTTTTTTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--chhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 66677766666555555555555543 4556677788778899999999999988763 8999999888776655555
Q ss_pred HhcCCCChHHHHHHhhcCcCccchHHHHHHHHHhhhhcCCCCCcchhhhHHHHHHhhhhccccccccccchhhccCCchh
Q 013779 157 MWSLPPSPRWLLLRAVQGKGSLQEYKEQAISALGKLRRRPPGDKLSERQIEDTLVSLKSSYTDEKSEGSFLEVFQGPNLK 236 (436)
Q Consensus 157 ~~~~~es~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (436)
.++.+|+++. +. + .++.+ ++++++....++++++|+++++
T Consensus 184 ~~~~~~~~~~--------~~--~---------------~~~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 223 (417)
T 2cfq_A 184 LFFAKTDAPS--------SA--T---------------VANAV---------------GANHSAFSLKLALELFRQPKLW 223 (417)
T ss_dssp SCSSCCCCSC--------SS--C---------------SSSSS---------------SSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHH
T ss_pred HHHcCccccc--------cc--c---------------ccccc---------------ccccccccHHHHHHHhcCCchh
Confidence 5555543310 00 0 00000 0000011112345677777766
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhChhhHHhchHHHHHhcCCCc---chhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCccEeehhhHHH
Q 013779 237 AFIIGGGLVLFQQITGQPSVLYYAGPILQSAGFSA---AADATRVSVVIGVFKLVMTWIAVAKVDDLGRRPLLIGGVCGI 313 (436)
Q Consensus 237 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~ 313 (436)
...+......... .....+.|.++.+..... ....+.......++.+++.++.+++.||++||+.+..+..+.
T Consensus 224 ~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~ 299 (417)
T 2cfq_A 224 FLSLYVIGVSCTY----DVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIM 299 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHH
Confidence 5544322222221 123334565555432111 134466777777888899999999999999999877666666
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHcCCchHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhccccCCccccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHhhHHHH
Q 013779 314 ALSLLLLSAYYKILGGFPLVAVSALLLYVGCYQISFGPISWLMVSEIFPLRTRGRGISLA-VLTNFGSNAIVTFAFSPLK 392 (436)
Q Consensus 314 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~-~~~~~~g~~~~~~~~~~~~ 392 (436)
++....+.. .++.+..+....+.. .......+..+.+..|.+|++.|+++.++. +..+.+|+.++|.+.|.+.
T Consensus 300 ~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~l~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~ 373 (417)
T 2cfq_A 300 SVRIIGSSF-----ATSALEVVILKTLHM-FEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMY 373 (417)
T ss_dssp HHHHHHHTT-----CCSHHHHHHHTTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHH
T ss_pred HHHHHHHHH-----hccHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHH
Confidence 555443321 122222222222222 222222233457899999999999999984 7788899999999999999
Q ss_pred HHhCcchhHHHHHHHHHHHHhheeEecccCCCC
Q 013779 393 ELLGAENIFLLFAAIAFLAVLFIVRTVPETKGL 425 (436)
Q Consensus 393 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 425 (436)
+..|+...|...+++.+++.++.+...+|+++.
T Consensus 374 ~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 406 (417)
T 2cfq_A 374 ESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGPL 406 (417)
T ss_dssp HHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCTT
T ss_pred HhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCch
Confidence 988888888888888887776655555654443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=7.9e-30 Score=244.17 Aligned_cols=142 Identities=15% Similarity=0.209 Sum_probs=131.4
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccch-hHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhh
Q 013779 17 LSAVQLGLVVSGSLYGALLGSILVYSIADFL-GRKRELIIAAVLYALGALTTAYAP-GLGVLLVGRLLYGLGIGLAMHGA 94 (436)
Q Consensus 17 ~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~-Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~ 94 (436)
.|..+.|++.+.+.++..++.+++|+++||+ |||+++..+.++.+++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+..
T Consensus 51 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~ 130 (524)
T 2xut_A 51 LRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLV 130 (524)
T ss_dssp TTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhH
Confidence 9999999999999999999999999999999 999999999999999999999998 99999999999999999999999
Q ss_pred hhHhhhcCcccchhhHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHhhccccccccchHHHhhhhHHHHHHHHHHhc
Q 013779 95 PLYIAETCPSQIRGTLISL---KELFIVLGILLGYFVGSFQINAVGGWRYMYGLSAPLALLMGIGMWS 159 (436)
Q Consensus 95 ~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~l~~~l~~~l~~~~~~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 159 (436)
.+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|.+++|.+++.+.+.. +||+.|++.+++.++..+..++
T Consensus 131 ~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 131 SSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNF-GAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999876666 99999999999999999988776 9999999988887766555543
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.53 E-value=1.7e-14 Score=135.01 Aligned_cols=180 Identities=16% Similarity=0.050 Sum_probs=133.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhChhhHHhchHHHHHhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCccEeehhhHHHHHHHH
Q 013779 239 IIGGGLVLFQQITGQPSVLYYAGPILQSAGFSAAADATRVSVVIGVFKLVMTWIAVAKVDDLGRRPLLIGGVCGIALSLL 318 (436)
Q Consensus 239 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 318 (436)
.....+..+...........+.|.+.++. .+. .+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.+++.+
T Consensus 30 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~ 107 (451)
T 1pw4_A 30 FLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSR-GDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVML 107 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCS-SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccH-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333344444333344566677777777 665 7899999999999999999999999999999999988888888777
Q ss_pred HHHHHHHHHcCCchHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhccccCCccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhC-c
Q 013779 319 LLSAYYKILGGFPLVAVSALLLYVGCYQISFGPISWLMVSEIFPLRTRGRGISLAVLTNFGSNAIVTFAFSPLKELLG-A 397 (436)
Q Consensus 319 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~g-~ 397 (436)
+....... ..+.+..+.. .+..+.......+...+++.|.+|+++|++++++.+....+|..++|.+.+.+.+..| |
T Consensus 108 ~~~~~~~~-~~~~~~l~~~-~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~w 185 (451)
T 1pw4_A 108 FMGFVPWA-TSSIAVMFVL-LFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFNDW 185 (451)
T ss_dssp HHHHCHHH-HSSSSHHHHH-HHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCCS
T ss_pred HHHhhhhc-cccHHHHHHH-HHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccH
Confidence 76541110 1333333333 3344444444555666899999999999999999999999999999999999999998 9
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHhheeEecccC
Q 013779 398 ENIFLLFAAIAFLAVLFIVRTVPET 422 (436)
Q Consensus 398 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 422 (436)
+..|++.+++.++..++..+..+|+
T Consensus 186 ~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 210 (451)
T 1pw4_A 186 HAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDT 210 (451)
T ss_dssp TTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCC
Confidence 9999998888777666554555543
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.49 E-value=1.3e-13 Score=128.55 Aligned_cols=165 Identities=13% Similarity=0.029 Sum_probs=124.6
Q ss_pred HHHHHhChhhHHhchHHHHHhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCccEeehhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013779 246 LFQQITGQPSVLYYAGPILQSAGFSAAADATRVSVVIGVFKLVMTWIAVAKVDDLGRRPLLIGGVCGIALSLLLLSAYYK 325 (436)
Q Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 325 (436)
.+.............|.+.++.+.+. .+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.+++.++......
T Consensus 35 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~-~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 113 (438)
T 3o7q_A 35 FFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTN-FQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAE 113 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCS-HHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 33333333456667888888888887 88999999999999999999999999999999999998888888777632211
Q ss_pred HHcCCchHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhccccCCccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHH-HHhC--------
Q 013779 326 ILGGFPLVAVSALLLYVGCYQISFGPISWLMVSEIFPLRTRGRGISLAVLTNFGSNAIVTFAFSPLK-ELLG-------- 396 (436)
Q Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~-~~~g-------- 396 (436)
..+...+....+..+.......+...+++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+. +..+
T Consensus 114 ---~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 190 (438)
T 3o7q_A 114 ---IMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLD 190 (438)
T ss_dssp ---TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHH
T ss_pred ---cccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccc
Confidence 2333334444444444444555566799999999999999999999999999999999999988 4444
Q ss_pred -----------------cchhHHHHHHHHHHHHhh
Q 013779 397 -----------------AENIFLLFAAIAFLAVLF 414 (436)
Q Consensus 397 -----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 414 (436)
|++.|++.+++..+..++
T Consensus 191 ~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~ 225 (438)
T 3o7q_A 191 KMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALL 225 (438)
T ss_dssp HSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 677887766665555443
No 10
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.47 E-value=1.3e-13 Score=125.76 Aligned_cols=163 Identities=14% Similarity=0.104 Sum_probs=129.7
Q ss_pred hhHHhchHHHHHhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCccEeehhhHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCchH
Q 013779 254 PSVLYYAGPILQSAGFSAAADATRVSVVIGVFKLVMTWIAVAKVDDLGRRPLLIGGVCGIALSLLLLSAYYKILGGFPLV 333 (436)
Q Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 333 (436)
.......|.+.++.+.+. .+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..++........ +..
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~g~s~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~ 89 (375)
T 2gfp_A 17 TIYIPAIADMARDLNVRE-GAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTS------SLT 89 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTSSSTT-HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH------HHH
T ss_pred HHHhhhhHHHHHHcCCCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhc------cHH
Confidence 345556677788888877 7889999999999999999999999999999999998888888877766431 233
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhcccccccchhccccCCccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhCcchhHHHHHHHHHHHHh
Q 013779 334 AVSALLLYVGCYQISFGPISWLMVSEIFPLRTRGRGISLAVLTNFGSNAIVTFAFSPLKELLGAENIFLLFAAIAFLAVL 413 (436)
Q Consensus 334 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 413 (436)
.+....+..+.......+...+++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.+..||+..+.+.++..++..+
T Consensus 90 ~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 169 (375)
T 2gfp_A 90 VLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTF 169 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333344444444455666789999999999999999999999999999999999999988999999988888877776
Q ss_pred heeEecccCC
Q 013779 414 FIVRTVPETK 423 (436)
Q Consensus 414 ~~~~~~~~~~ 423 (436)
......||++
T Consensus 170 ~~~~~~~~~~ 179 (375)
T 2gfp_A 170 SMARWMPETR 179 (375)
T ss_dssp CCCCSSCCCS
T ss_pred HHHHHCcccC
Confidence 5555666654
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.41 E-value=4.8e-13 Score=126.61 Aligned_cols=155 Identities=16% Similarity=0.094 Sum_probs=118.9
Q ss_pred hHHhchHHHHHh------cCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-cCCccEeehhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013779 255 SVLYYAGPILQS------AGFSAAADATRVSVVIGVFKLVMTWIAVAKVDD-LGRRPLLIGGVCGIALSLLLLSAYYKIL 327 (436)
Q Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 327 (436)
....+.+.++++ .+.+. .+.++..+...++..++.++.|+++|| +|||+.+..+..+..++.++...
T Consensus 31 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----- 104 (491)
T 4aps_A 31 GMRAILLYYMWFLISTGDLHITR-ATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLAL----- 104 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-----
T ss_pred HHHHHHHHHHHhccchhhcCCCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----
Confidence 344555556654 67766 889999999999999999999999999 89999999888888877766553
Q ss_pred cCCchHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhccccCCccc--cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhCcchhHHHHH
Q 013779 328 GGFPLVAVSALLLYVGCYQISFGPISWLMVSEIFPLRT--RGRGISLAVLTNFGSNAIVTFAFSPLKELLGAENIFLLFA 405 (436)
Q Consensus 328 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~ 405 (436)
.++.+. +....+..+.......+...+++.|.+|+++ |+.+.++.+....+|..++|.+.+.+.+..||+..|++.+
T Consensus 105 ~~~~~~-~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~ 183 (491)
T 4aps_A 105 PFGASA-LFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAA 183 (491)
T ss_dssp CCSTTH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred hhhHHH-HHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHH
Confidence 123333 3333334444444455666789999999988 7778888889999999999999999999999999999887
Q ss_pred HHHHHHHhhee
Q 013779 406 AIAFLAVLFIV 416 (436)
Q Consensus 406 ~~~~~~~~~~~ 416 (436)
+..+++.++..
T Consensus 184 ~~~~~~~~~~~ 194 (491)
T 4aps_A 184 IGMFIGLLVYY 194 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH
Confidence 77666655443
No 12
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.39 E-value=1.8e-12 Score=119.89 Aligned_cols=147 Identities=14% Similarity=0.152 Sum_probs=125.4
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhh
Q 013779 17 LSAVQLGLVVSGSLYGALLGSILVYSIADFLGRKRELIIAAVLYALGALTTAYAPGLGVLLVGRLLYGLGIGLAMHGAPL 96 (436)
Q Consensus 17 ~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~ 96 (436)
.+..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+....
T Consensus 256 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 335 (417)
T 2cfq_A 256 QGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFK 335 (417)
T ss_dssp HHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34566788888888999999999999999999999999999888888888888888888888888888887777777888
Q ss_pred HhhhcCcccchhhHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHhhccccccccchHHHhhhhHHHHHHHHHHh-cCCCCh
Q 013779 97 YIAETCPSQIRGTLISL-KELFIVLGILLGYFVGSFQINAVGGWRYMYGLSAPLALLMGIGMW-SLPPSP 164 (436)
Q Consensus 97 ~i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~l~~~l~~~l~~~~~~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~-~~~es~ 164 (436)
++.|.+|++.|+++.++ .+....+|..++|.+++.+.+.. +++..|.+.++++++..+..+ ..||.+
T Consensus 336 ~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 336 YITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESI-GFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHS-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhc-CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 99999999999999998 47888899999999999988876 889999998888877766544 455543
No 13
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.36 E-value=1.2e-11 Score=118.07 Aligned_cols=154 Identities=12% Similarity=0.088 Sum_probs=116.9
Q ss_pred HHhchHHHHH-hcC------CCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-CCccEeehhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013779 256 VLYYAGPILQ-SAG------FSAAADATRVSVVIGVFKLVMTWIAVAKVDDL-GRRPLLIGGVCGIALSLLLLSAYYKIL 327 (436)
Q Consensus 256 ~~~~~~~~~~-~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 327 (436)
...+.+.+++ +.+ .+. .+.++..+...++..++.++.|+++||+ |||+.+..+..+..++.++....
T Consensus 31 ~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---- 105 (524)
T 2xut_A 31 MRNILTPFLMTALLLSIPEELRG-AVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIF---- 105 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTT-TTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccccccccCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----
Confidence 4455666554 456 565 7889999999999999999999999999 99999888887777776665532
Q ss_pred cCCchHHHHHHHHHHHHhhcccccccchhccccCCccccchhhHH---HHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHhCcchhHHHH
Q 013779 328 GGFPLVAVSALLLYVGCYQISFGPISWLMVSEIFPLRTRGRGISL---AVLTNFGSNAIVTFAFSPLKELLGAENIFLLF 404 (436)
Q Consensus 328 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~---~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 404 (436)
..+...+....+..+.......+...+++.|.+|+++|+++.+. .+....+|..++|.+.+.+.+..||+..|.+.
T Consensus 106 -~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~ 184 (524)
T 2xut_A 106 -EHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIP 184 (524)
T ss_dssp -SSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHH
T ss_pred -cccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHH
Confidence 21333333333444444445556667899999999999876666 88889999999999999999989999999888
Q ss_pred HHHHHHHHhhe
Q 013779 405 AAIAFLAVLFI 415 (436)
Q Consensus 405 ~~~~~~~~~~~ 415 (436)
+++.+++.++.
T Consensus 185 ~~~~~~~~~~~ 195 (524)
T 2xut_A 185 GVLMFVATVFF 195 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH
Confidence 87776665543
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.22 E-value=1.1e-10 Score=110.36 Aligned_cols=156 Identities=20% Similarity=0.100 Sum_probs=112.0
Q ss_pred CcccCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccc-----hhHHHHHHHHH
Q 013779 7 PELSGTTWFNLSAVQLGLVVSGSLYGALLGSILVYSIADFLGRKRELIIAAVLYALGALTTAYA-----PGLGVLLVGRL 81 (436)
Q Consensus 7 p~i~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~l~~~r~ 81 (436)
|.+.++ .+.+..+.........+...++.++.+++.||+|||+.++.+....+++.+..+.. ++...+...-+
T Consensus 301 ~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 378 (491)
T 4gc0_A 301 PEVFKT--LGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLF 378 (491)
T ss_dssp HHHHHH--SSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHh--cCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHH
Confidence 344444 56677777777788888999999999999999999999998888887776665432 12222222222
Q ss_pred HHhhhhhhhhhhhhhHhhhcCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccccc-----ccchHHHhhhhHHHHHHHHH
Q 013779 82 LYGLGIGLAMHGAPLYIAETCPSQIRGTLISLKELFIVLGILLGYFVGSFQINAV-----GGWRYMYGLSAPLALLMGIG 156 (436)
Q Consensus 82 l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~l~~~l~~~l~~~~-----~~w~~~f~~~~~~~~~~~~~ 156 (436)
..+.......|....+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+.+.+.+.. .++...|++.++++++..+.
T Consensus 379 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~ 458 (491)
T 4gc0_A 379 YVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALF 458 (491)
T ss_dssp HHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2222223345677889999999999999999999999999999887766654321 14556788888888777654
Q ss_pred H-hcCCCCh
Q 013779 157 M-WSLPPSP 164 (436)
Q Consensus 157 ~-~~~~es~ 164 (436)
. +++||+.
T Consensus 459 ~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 459 MWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HHHHCCCCT
T ss_pred HHheecCCC
Confidence 4 6799984
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=73.48 E-value=2.3 Score=19.62 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.301 Sum_probs=11.5
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhHH
Q 013779 39 LVYSIADFLGRKRE 52 (436)
Q Consensus 39 ~~g~l~dr~Grr~~ 52 (436)
+.|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 36889999999864
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=22.57 E-value=1.8e+02 Score=22.88 Aligned_cols=24 Identities=17% Similarity=0.048 Sum_probs=19.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh
Q 013779 27 SGSLYGALLGSILVYSIADFLGRK 50 (436)
Q Consensus 27 s~~~~~~~i~~~~~g~l~dr~Grr 50 (436)
.-|.+|..++..+.|++.||..++
T Consensus 100 gGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 100 GGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 457788889999999999997654
Done!