Query 013991
Match_columns 432
No_of_seqs 410 out of 1619
Neff 10.7
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 03:30:50 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/013991.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/013991hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 5.8E-35 2E-39 280.6 25.9 353 40-428 27-391 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 6.8E-34 2.3E-38 272.1 31.2 348 38-425 23-388 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 6.6E-32 2.3E-36 262.2 29.4 366 46-427 17-414 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 5.9E-32 2E-36 253.3 16.7 330 44-428 3-335 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 3.3E-29 1.1E-33 243.3 26.0 360 41-428 13-431 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 9.8E-26 3.3E-30 214.0 15.8 341 39-424 5-353 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 1.5E-24 5.2E-29 212.1 17.3 171 42-234 13-196 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 9.8E-15 3.3E-19 139.5 12.6 175 40-236 251-433 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 2E-13 6.8E-18 129.2 12.3 142 84-241 261-405 (417)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 4.7E-13 1.6E-17 127.3 14.8 146 41-195 258-406 (438)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 2.5E-12 8.6E-17 124.3 12.9 146 44-195 286-447 (491)
12 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.4 6.5E-12 2.2E-16 121.3 15.4 183 45-243 281-470 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.0 3E-11 1E-15 112.4 -0.3 146 41-195 199-351 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 98.8 1.5E-08 5.1E-13 98.6 10.8 112 84-195 337-466 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 49.8 6.5 0.00022 18.8 0.9 14 101-114 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 24.9 1.6E+02 0.0056 23.6 6.0 26 87-112 98-123 (198)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=5.8e-35 Score=280.58 Aligned_cols=353 Identities=11% Similarity=0.019 Sum_probs=272.7
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHhhccccchhhhHHHHHHHhcCCccccchhhhhhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhccCChHHHHHHH
Q 013991 40 ITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (432)
Q Consensus 40 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~ 119 (432)
++.+...++..++..+......+.+|.+.+++ .+..+ .|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~ 99 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGD------LGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGL 99 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSC------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHH
Confidence 44566777788888888899999999999999 99999 999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhh----hhhHHHHHHHHHHHhhhccchhhH-HhhhhhhcccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Q 013991 120 ASVVIFNTLFGL----SVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLA 194 (432)
Q Consensus 120 ~~~~~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~~~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 194 (432)
++.+++.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+. .+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+++|.+++++.
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 179 (451)
T 1pw4_A 100 ILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGM 179 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999 999999999999999998887776 999999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred ccCCcCCCccc-ccccccCccchHHHHHHHHHHHH-HHHHHhhcccccCCCCCCCcchhhhHHHhhhhhhhhhhhhccCC
Q 013991 195 QPAEKYPNLFS-SESLFGKFPYFLPCLCISLFAFG-VTIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREA 272 (432)
Q Consensus 195 ~~~~~~~~~~g-w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (432)
+ .+| ||+.| .+.+++.++ .++..+.+||++++.+.+++++....++ ++ .++. ++++...
T Consensus 180 ~-------~~g~w~~~f---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~-~~~~-~~~~~~~ 240 (451)
T 1pw4_A 180 A-------WFNDWHAAL---------YMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYP-DD-YNEK-AEQELTA 240 (451)
T ss_dssp H-------HTCCSTTCT---------HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC----------------CC
T ss_pred H-------HhccHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhccccc-cc-chhh-hhccccc
Confidence 7 455 65554 666655554 3444567788766543221111100000 00 0000 0011111
Q ss_pred C--CccccccchhHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhcCCCcCCCcccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHH
Q 013991 273 T--PKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERI 350 (432)
Q Consensus 273 ~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~ 350 (432)
. ..++.++++.++...+..++..........++|.|+++. +|+++.+.+.+.+..+++.+++. ++.+++.||
T Consensus 241 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~~~ 314 (451)
T 1pw4_A 241 KQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEV-----KHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGT-LLCGWMSDK 314 (451)
T ss_dssp THHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTB-----SCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHH
T ss_pred ccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHH
Confidence 1 146778899999988888888888888889999998875 68999999999999999999998 588999999
Q ss_pred h--ChhHHHHHHHHHHH-HHHHHhhHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHhccccccchhhhhhHHHHH
Q 013991 351 L--GPIMVARIAGVLTI-PLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVVRVLTYTLSCHFWFV 427 (432)
Q Consensus 351 ~--~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~~~~~~~ 427 (432)
+ ++|+.+..+..+.. ++++++.+....+ . ....+...+.+++.....+....+..+..|++.||++.|.++..
T Consensus 315 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~-~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~ 390 (451)
T 1pw4_A 315 VFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGN---P-TVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLF 390 (451)
T ss_dssp TSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTC---H-HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccC---H-HHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHH
Confidence 9 98888877766655 5555544332111 1 22334445556666777788889999999999999999998765
Q ss_pred h
Q 013991 428 K 428 (432)
Q Consensus 428 ~ 428 (432)
.
T Consensus 391 ~ 391 (451)
T 1pw4_A 391 G 391 (451)
T ss_dssp H
T ss_pred H
Confidence 4
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=6.8e-34 Score=272.12 Aligned_cols=348 Identities=14% Similarity=0.106 Sum_probs=266.8
Q ss_pred CCchhHHHHHHHHHHhhccccchhhhHHHHHHHhcCCccccchhhhhhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhccCChHHHHH
Q 013991 38 LPITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIM 117 (432)
Q Consensus 38 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~ 117 (432)
..++.+..+....++.++......+..|.+.+++|.+..+ .|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++++
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~ 96 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQ------AGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIIT 96 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHH------HHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 3445666777788888888889999999999999999999 9999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHH---hhhhhHHHHHHHHHHHhhhccchhhH-HhhhhhhcccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 013991 118 GTASVVIFNTLF---GLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFL 193 (432)
Q Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~~~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 193 (432)
+.++.+++.+++ +++++++.++++|++.|++.+...+. .++++|++|+++|++++++.+.+.++|..++|.+++.+
T Consensus 97 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 176 (438)
T 3o7q_A 97 GLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSL 176 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999 88899999999999999998888775 99999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred c-ccCCcCC----------CcccccccccCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--cccccCCCCCCCcchhhhHHHhhhh
Q 013991 194 A-QPAEKYP----------NLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFW--LPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESA 260 (432)
Q Consensus 194 ~-~~~~~~~----------~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 260 (432)
. +..+... ...+|+... ..+|+.++.+.++..++..+..++ .||++++.++++++.
T Consensus 177 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~---------- 245 (438)
T 3o7q_A 177 ILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSL-VLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAKQG---------- 245 (438)
T ss_dssp HHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSSTT----------
T ss_pred HhcccccccccccccCCcchhhhhhhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccccccc----------
Confidence 8 4110000 000000000 111666666666555544333333 344433221111100
Q ss_pred hhhhhhhhccCCCCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhh-hcCCCcCCCcccccchhhHHHHHHHHHHHHH
Q 013991 261 SAEVKEEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLW-ANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVF 339 (432)
Q Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 339 (432)
+.....++++|+|.++...+..++..........+.|.| .++. +|++..+.+...+...++..++
T Consensus 246 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (438)
T 3o7q_A 246 ---------SFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEI-----PGMTAGFAANYLTGTMVCFFIG 311 (438)
T ss_dssp ---------SHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-----TTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---------chhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc-----CCcchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 011245667889999998888888888888888899998 7765 6899999999999999999998
Q ss_pred HHHhHHHHHHHhChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHhccccccchhh
Q 013991 340 QLSLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVVRVLTYT 419 (432)
Q Consensus 340 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~ 419 (432)
. ++.+++.||+++|+.+..+.++..++++++.+..... ......+.+++.+...|...++..+..|++ +++
T Consensus 312 ~-~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 382 (438)
T 3o7q_A 312 R-FTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAGGHV-------GLIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKY 382 (438)
T ss_dssp H-HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHH-------HHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHH
T ss_pred H-HHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccc
Confidence 8 6899999999999999988888777766655443221 122334556677778889999989999877 777
Q ss_pred hhhHHH
Q 013991 420 LSCHFW 425 (432)
Q Consensus 420 ~~~~~~ 425 (432)
+.+...
T Consensus 383 ~~~~~~ 388 (438)
T 3o7q_A 383 GSSFIV 388 (438)
T ss_dssp HHHHHH
T ss_pred hhhHHH
Confidence 666554
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=6.6e-32 Score=262.21 Aligned_cols=366 Identities=12% Similarity=0.012 Sum_probs=253.7
Q ss_pred HHHHHHHhhccccchhhhHHHHHHHhcCCccc--cchhhhhhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhccCChHHHHHHHHHHH
Q 013991 46 IWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKRE--EDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVV 123 (432)
Q Consensus 46 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~--~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~ 123 (432)
..++.++.+++...++..+|.+.++++.+... ...+...|++.+++.+|..++++++|+++||+|||++++++.+++.
T Consensus 17 a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~ 96 (491)
T 4gc0_A 17 ATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFF 96 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHH
Confidence 34566777888888889999999888654332 1233448899999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHh------------------hhhhHHHHHHHHHHHhhhccchhhH-HhhhhhhcccchhhhhhhhHHHHHHHHHH
Q 013991 124 IFNTLFG------------------LSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLI 184 (432)
Q Consensus 124 ~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~~~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ 184 (432)
++.++++ +++|+++++++|+++|++.|...+. .++++|+.|+++|++..+..+.+..+|..
T Consensus 97 i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~ 176 (491)
T 4gc0_A 97 ISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQL 176 (491)
T ss_dssp HHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhh
Confidence 9999998 4789999999999999998888775 99999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhhcccCCcCCCcccccccccCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccccCCCCCCCcchhhhHH--Hhhhh--
Q 013991 185 IGPALGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYD--ALESA-- 260 (432)
Q Consensus 185 ~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~-- 260 (432)
+++.++..+.. ..++.... .+.|+.++....+..++.++..+++||+|++...+.++++.... +....
T Consensus 177 ~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~ 248 (491)
T 4gc0_A 177 LVYCVNYFIAR-------SGDASWLN-TDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTL 248 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHT-------TSCTTTTT-TTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhcchhhcc-------cccccccc-chhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCch
Confidence 99999888876 33333333 56688888888888777778888999999875544433322211 00000
Q ss_pred -----hhhh-hhhhccCCCCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHh-hhHHHHHHhhhcCCCcCCCcccccchhhHHHHHHH
Q 013991 261 -----SAEV-KEEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHD-MAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITG 333 (432)
Q Consensus 261 -----~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~ 333 (432)
.+.. ...+.++.......++.+..........+..... .....+.+..... .+.+...........+
T Consensus 249 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~ 322 (491)
T 4gc0_A 249 ATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT------LGASTDIALLQTIIVG 322 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH------SSCCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh------cCCCccchhhHHHHHH
Confidence 0000 0011111122223333444433333333332222 2222233333322 3556666666667777
Q ss_pred HHHHHHHHHhHHHHHHHhChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHhcccc
Q 013991 334 FSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVV 413 (432)
Q Consensus 334 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p 413 (432)
+...++. +++.++.||+|||+.+..+.....++++.++......... +..+.........+..+..|..+.+.+|..|
T Consensus 323 ~~~~~~~-~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fP 400 (491)
T 4gc0_A 323 VINLTFT-VLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPG-IVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFP 400 (491)
T ss_dssp HHHHHHH-HHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCH-HHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSC
T ss_pred HHHHHHH-HHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccch-HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCC
Confidence 7777777 5889999999999999988888777776665544333222 2222222333334445556788899999999
Q ss_pred ccchhhhhhHHHHH
Q 013991 414 RVLTYTLSCHFWFV 427 (432)
Q Consensus 414 ~~~~g~~~~~~~~~ 427 (432)
.+.|+++.|+...+
T Consensus 401 t~~R~~~~g~~~~~ 414 (491)
T 4gc0_A 401 NAIRGKALAIAVAA 414 (491)
T ss_dssp TTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999988876554
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.98 E-value=5.9e-32 Score=253.29 Aligned_cols=330 Identities=14% Similarity=0.148 Sum_probs=255.7
Q ss_pred HHHHHHHHHhhccccchhhhHHHHHHHhcCCccccchhhhhhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhccCChHHHHHHHHHHH
Q 013991 44 FSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVV 123 (432)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~ 123 (432)
+.++...++..+......+.+|.+.+++|.++.+ .+++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++.++.++..
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~ 76 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGA------VQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFM 76 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHH------HHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHH
Confidence 4556677788888888999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhhhccchhhH-HhhhhhhcccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCCcCCC
Q 013991 124 IFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAEKYPN 202 (432)
Q Consensus 124 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~~~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~ 202 (432)
++.++++++++++.+++.|++.|++.+...+. .+++.|++|+++|++++++.+...++|..++|.+++++.+
T Consensus 77 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~------- 149 (375)
T 2gfp_A 77 LATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDT------- 149 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC-------
T ss_pred HHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHH-------
Confidence 99999999999999999999999998888776 9999999999999999999999999999999999999987
Q ss_pred cccccccccCccchHHHHHHHHHHHHHHH-HHhhcccccCCCCCCCcchhhhHHHhhhhhhhhhhhhccCCCCccccccc
Q 013991 203 LFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTI-AAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREATPKKSLLKN 281 (432)
Q Consensus 203 ~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (432)
.++|+.++.+.++..++..+ ..+.+||+++++++++ +.....++.+|+
T Consensus 150 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------------~~~~~~~~~~~~ 198 (375)
T 2gfp_A 150 ---------MWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPRT----------------------RLLTSYKTLFGN 198 (375)
T ss_dssp ---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCCC----------------------CTTTCSTHHHHH
T ss_pred ---------hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcccc----------------------cHHHHHHHHhcC
Confidence 44556666766666655444 4456777654432211 122355677888
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhcCCCcCCCcccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhChhHHHHHHH
Q 013991 282 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAG 361 (432)
Q Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 361 (432)
|+++...+..++..........+.|.|.++. +|+++.+.+.+.....++..++. ++.+++.||.+++ ...+.
T Consensus 199 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~l~~r~~~~--~~~~~ 270 (375)
T 2gfp_A 199 SGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAV-----LGLSSMTVSILFILPIPAAFFGA-WFAGRPNKRFSTL--MWQSV 270 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHH-----HHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHH-HHHHTTTTHHHHH--HHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHH--HHHHH
Confidence 9988888888877777777777777776654 68899999999999999988887 5888888887762 22222
Q ss_pred HH-HHHHHHHhhHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHhccccccchhhhhhHHHHHh
Q 013991 362 VL-TIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVVRVLTYTLSCHFWFVK 428 (432)
Q Consensus 362 ~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~~~~~~~~ 428 (432)
.. ...+...+....... .......+...+.+++.+...+....+..|..| ++||++.|......
T Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~ 335 (375)
T 2gfp_A 271 ICCLLAGLLMWIPDWFGV--MNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQ 335 (375)
T ss_dssp HHHHHTSSSSSHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhcc--ccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHH
Confidence 22 222222111111101 111223344455566777778888999999998 78999999887654
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.97 E-value=3.3e-29 Score=243.26 Aligned_cols=360 Identities=13% Similarity=0.121 Sum_probs=239.2
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHhhccccchhhhHH-HHHHH-----hcCCccccchhhhhhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhc-cCChH
Q 013991 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLY-FMIKD-----FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADR-YGRKP 113 (432)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~-----~~~s~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr-~Grr~ 113 (432)
+.++.+....+...+......+.++ ++.++ +|.+..+ .+++.+.+.++..+++++.|+++|| +|||+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~ 86 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRAT------AASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARP 86 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchH
Confidence 4556666666666666666656665 44455 8999999 9999999999999999999999999 89999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhhhccchhhH-Hhhhhhhcccch--hhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013991 114 VIIMGTASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEH--QALGLSTVSTAWGIGLIIGPALG 190 (432)
Q Consensus 114 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~~~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 190 (432)
++.++.++.+++.++++++++++.++++|+++|++.+...+. .++++|++|+++ |+.++++.+.+.++|..++|.++
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 166 (491)
T 4aps_A 87 AVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIV 166 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999999998888776 999999999988 77788889999999999999999
Q ss_pred hhhcccCCcCCCcccccccccCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-cccccCCCCCCCc---chhhhHHHhhh-------
Q 013991 191 GFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFW-LPETLHRHNDDDD---SCDVSYDALES------- 259 (432)
Q Consensus 191 ~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~e~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~------- 259 (432)
+.+.+ ..+|+.++.+.++..++.++...+ .|+..++..++++ +.+...+..+.
T Consensus 167 ~~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~ 230 (491)
T 4aps_A 167 GAAQE----------------AAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAG 230 (491)
T ss_dssp HHHHH----------------HSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHH
T ss_pred HHHHh----------------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99987 344555556666555544433332 2322221111111 11111010000
Q ss_pred -----------hhh--hh-----------------hhhhccCCCCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhhh
Q 013991 260 -----------ASA--EV-----------------KEEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWA 309 (432)
Q Consensus 260 -----------~~~--~~-----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 309 (432)
... +. ....++.........+....+...+...+...........++.|.
T Consensus 231 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (491)
T 4aps_A 231 FIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFA 310 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHH
Confidence 000 00 000000111111111222334444445555555556666777777
Q ss_pred cCCCcCCCcccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhChhHHHH-----HHHHHHHHHHHHhhHHHhhh---hhH
Q 013991 310 NSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVAR-----IAGVLTIPLLTSYPYIAMLS---GFG 381 (432)
Q Consensus 310 ~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~ 381 (432)
.+. .+.+....+.......+...++. ++.+++.||++||+... .+..+..+++.++....... ...
T Consensus 311 ~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 384 (491)
T 4aps_A 311 AER-----VDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYT-PFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKV 384 (491)
T ss_dssp HHS-----CCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred HHH-----hccCccCHHHHhccchHHHHHHH-HHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCc
Confidence 654 45555677777788888888887 57888999999876544 66666666666655443110 001
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHhccccccchhhhhhHHHHHh
Q 013991 382 LAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVVRVLTYTLSCHFWFVK 428 (432)
Q Consensus 382 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~~~~~~~~ 428 (432)
......+..++.+++.+...+..+.+..+..|++.||++.|+++...
T Consensus 385 ~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~ 431 (491)
T 4aps_A 385 SPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSS 431 (491)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11233444555666667777888999999999999999999887654
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.93 E-value=9.8e-26 Score=213.95 Aligned_cols=341 Identities=11% Similarity=0.094 Sum_probs=211.1
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHhhccccchhhhHHHHH-HHhcCCccccchhhhhhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhccCChHHHHH
Q 013991 39 PITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMI-KDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIM 117 (432)
Q Consensus 39 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~ 117 (432)
+.+.++.+....++.........+.+|.+. +++|.+..+ .|++.+.+.++..++++++|+++||+|||+++++
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~ 78 (417)
T 2cfq_A 5 KNTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSD------TGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLW 78 (417)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTT------SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHH
T ss_pred cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 345566666666666666667778888654 568999999 9999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HHHHHHHHH---HHHhhhhhHH-HHHHHHHHHhhhccchhhH-Hhhhhhhccc--chhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 013991 118 GTASVVIFN---TLFGLSVNFW-MAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFRE--EHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALG 190 (432)
Q Consensus 118 ~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~-~l~~~r~~~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 190 (432)
+..+..++. ....+++... .+...+.+.|++.+...+. ...+.++.++ ++|+...+......++|..++|.++
T Consensus 79 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~ 158 (417)
T 2cfq_A 79 IITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIV 158 (417)
T ss_dssp HHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 887765532 2223333221 2345566666655543332 3344444433 4567777788788899999999999
Q ss_pred hhhcccCCcCCCcccccccccCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccccCCCCCCCcchhhhHHHhhhhhhhhhhhhcc
Q 013991 191 GFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGR 270 (432)
Q Consensus 191 ~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 270 (432)
+++.+ .+ |+.++++.++..++.++..+..+|++++..+++++.+. +.++.
T Consensus 159 ~~l~~--------~~---------~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------~~~~~ 208 (417)
T 2cfq_A 159 GIMFT--------IN---------NQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGA-------------NHSAF 208 (417)
T ss_dssp HHHHH--------HC---------SHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSSS-------------CCCCC
T ss_pred HHHHH--------hc---------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCccccccccccccccc-------------ccccc
Confidence 99874 22 44444544444333333334444332211100000000 00000
Q ss_pred CCCCccccccchhHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhcCCCcCCCcccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHH
Q 013991 271 EATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERI 350 (432)
Q Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~ 350 (432)
.....++++|++.++...+..+........+...+|.|+.+... ..+.+....+...+...+..+++. ++.+++.||
T Consensus 209 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~dr 285 (417)
T 2cfq_A 209 SLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFA--TGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIM-FFAPLIINR 285 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSS--SHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--ccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHH
Confidence 11123457788888776655454444444555567777644311 113345566777887777777776 588999999
Q ss_pred hChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHhccccccchhhhhhHH
Q 013991 351 LGPIMVARIAGVLTIPLLTSYPYIAMLSGFGLAFLLNCASVVKNLLSVSIITGLFILQNRAVVRVLTYTLSCHF 424 (432)
Q Consensus 351 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~~~~ 424 (432)
+++|+.+..+..+..+.++.+.+..... .+.+...+.+++.....+....+.+|..|++.||++++..
T Consensus 286 ~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~ 353 (417)
T 2cfq_A 286 IGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSAL------EVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVC 353 (417)
T ss_dssp HCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHH------HHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred hcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHH
Confidence 9999998887777666655544322111 1222333333444445566678999999999999988874
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.92 E-value=1.5e-24 Score=212.14 Aligned_cols=171 Identities=15% Similarity=0.203 Sum_probs=141.6
Q ss_pred hHHHHHHHHHHhhccccchhhhHH-HHHHHhc------CCccccchhhhhhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhcc-CChH
Q 013991 42 ELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLY-FMIKDFQ------IAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRY-GRKP 113 (432)
Q Consensus 42 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~------~s~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~-Grr~ 113 (432)
.++.+.+..++..+......+.++ ++.+++| .+..+ .+++.+++.++..+++++.|+++||+ |||+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~ 86 (524)
T 2xut_A 13 QIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAV------AKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYN 86 (524)
T ss_dssp CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTT------HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH
Confidence 344455566666666666666666 4567789 89998 99999999999999999999999999 9999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhh-hHHHHHHHHHHHhhhccchhhH-Hhhhhhhcccchhhhhhhh---HHHHHHHHHHHHHH
Q 013991 114 VIIMGTASVVIFNTLFGLSV-NFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLST---VSTAWGIGLIIGPA 188 (432)
Q Consensus 114 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~~~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~g~~ 188 (432)
++.++.++.+++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+. .+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|..+||.
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~ 166 (524)
T 2xut_A 87 TILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASL 166 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999998 9999999999999998888776 9999999999999876666 88999999999999
Q ss_pred HHhhhcccCCcCCCcccccccccCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 013991 189 LGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAF 234 (432)
Q Consensus 189 ~~~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 234 (432)
+++.+.+ ..+|+.++.+.++..++..+..+
T Consensus 167 ~~~~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 167 SMPLLLK----------------NFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp TSTHHHH----------------TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhc----------------cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999987 34455555666666555444433
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.58 E-value=9.8e-15 Score=139.54 Aligned_cols=175 Identities=12% Similarity=0.060 Sum_probs=140.5
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHhhccccchhhhHHHHHHH-hcCCccccchhhhhhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhcc--CChHHHH
Q 013991 40 ITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRY--GRKPVII 116 (432)
Q Consensus 40 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~s~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~--Grr~~l~ 116 (432)
.+.++...+..++............|.+.++ +|.+..+ .+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+.
T Consensus 251 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~ 324 (451)
T 1pw4_A 251 NKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDK------SSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATG 324 (451)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHH
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHH
Confidence 3556666666666777667777788877766 8999888 99999999999999999999999999 9999988
Q ss_pred HHHHHHH-HHHHHHhhh--hhHHHHHHHHHHHhhhccchhhH-HhhhhhhcccchhhhhhhhHHHHHHH-HHHHHHHHHh
Q 013991 117 MGTASVV-IFNTLFGLS--VNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGI-GLIIGPALGG 191 (432)
Q Consensus 117 ~~~~~~~-~~~~~~~~~--~~~~~l~~~r~~~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~~~~ 191 (432)
++..+.. ++.++..+. .+.+.+.+..++.|++.+...+. .+++.|.+|+++|++++++.+....+ |..++|.+.+
T Consensus 325 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g 404 (451)
T 1pw4_A 325 VFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVG 404 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8877766 666666665 36777788888889887776665 89999999999999999999999999 9999999999
Q ss_pred hhcccCCcCCCcccccccccCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 013991 192 FLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWL 236 (432)
Q Consensus 192 ~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (432)
.+.+ ..++...+.+.+++.++..+..+.+
T Consensus 405 ~l~~----------------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 405 YTVD----------------FFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHH----------------SSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHH----------------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9998 4445555566666666554444443
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.48 E-value=2e-13 Score=129.17 Aligned_cols=142 Identities=18% Similarity=0.117 Sum_probs=112.3
Q ss_pred hhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhccCChHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhhhccchhhH-Hhhhhhh
Q 013991 84 AGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEI 162 (432)
Q Consensus 84 ~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~~~G~~~g~~~~~-~~~i~~~ 162 (432)
.++..+...++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+. ..+++|.
T Consensus 261 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 340 (417)
T 2cfq_A 261 FGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQ 340 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 677888888888899999999999999999999998888888878877778888887777778775555554 8899999
Q ss_pred cccchhhhhhhh-HHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCCcCCCcccccccccCccchHHHHHHHHHHHHHHHH-Hhhccccc
Q 013991 163 FREEHQALGLST-VSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIA-AFWLPETL 240 (432)
Q Consensus 163 ~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~~ 240 (432)
+|++.|+++.+. ++....+|..++|.++|.+.+ ..++...+.+.++..++..+. .+..||++
T Consensus 341 ~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 341 FEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE----------------SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH----------------HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH----------------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 999999999998 488888999999999999987 344555556666665554444 34455543
Q ss_pred C
Q 013991 241 H 241 (432)
Q Consensus 241 ~ 241 (432)
+
T Consensus 405 ~ 405 (417)
T 2cfq_A 405 P 405 (417)
T ss_dssp T
T ss_pred c
Confidence 3
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.47 E-value=4.7e-13 Score=127.31 Aligned_cols=146 Identities=10% Similarity=0.044 Sum_probs=118.0
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHhhccccchhhhHHHH-HHH-hcCCccccchhhhhhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhccCChHHHHHH
Q 013991 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFM-IKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMG 118 (432)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~~~s~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~ 118 (432)
+.++...+..++............|.+ .++ +|.+..+ .++..+...++..++.++.|+++||+|||+++.++
T Consensus 258 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~ 331 (438)
T 3o7q_A 258 RHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGF------AANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAY 331 (438)
T ss_dssp SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHH
Confidence 445545555555555555666677766 555 5999888 99999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhhhccchhhH-HhhhhhhcccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc
Q 013991 119 TASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQ 195 (432)
Q Consensus 119 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~~~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 195 (432)
.++..++.++..+.++.+.++.. ++.|++.+...+. .++..|.+|++ |+.+.++.. ...+|..++|.+.|.+.+
T Consensus 332 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~ 406 (438)
T 3o7q_A 332 ALIAMALCLISAFAGGHVGLIAL-TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSD 406 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH-HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999998888888877665544 7788887777775 88889999866 888888776 566999999999999998
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.38 E-value=2.5e-12 Score=124.26 Aligned_cols=146 Identities=10% Similarity=-0.008 Sum_probs=111.9
Q ss_pred HHHHHHHHHhhccccchhhhHHHHHHH-hcCCccccchhhhhhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhccCChHHHH-----H
Q 013991 44 FSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVII-----M 117 (432)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~s~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~-----~ 117 (432)
..+++..++...........++.+.++ ++.+..+ .++..+...++..++.++.|++.||+|||+... .
T Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~ 359 (491)
T 4aps_A 286 IPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFP------VSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAV 359 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSC------SGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccC------HHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHH
Confidence 334444444444445555566655544 6666566 888899999999999999999999999987654 6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhh---------hHHHHHHHHHHHhhhccchhhH-HhhhhhhcccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHH
Q 013991 118 GTASVVIFNTLFGLSV---------NFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGP 187 (432)
Q Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~l~~~r~~~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~ 187 (432)
+.++.+++.++..... +.+.+.+.-++.|++.+...+. .+++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|
T Consensus 360 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~ 439 (491)
T 4aps_A 360 GLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNA 439 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7777777766665543 6677778888899988887665 99999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhhhcc
Q 013991 188 ALGGFLAQ 195 (432)
Q Consensus 188 ~~~~~l~~ 195 (432)
.+.+.+.+
T Consensus 440 ~~~~~~~~ 447 (491)
T 4aps_A 440 QLVTLYNA 447 (491)
T ss_dssp HHGGGGGG
T ss_pred HHHHHHhc
Confidence 99988875
No 12
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.37 E-value=6.5e-12 Score=121.32 Aligned_cols=183 Identities=12% Similarity=0.048 Sum_probs=122.5
Q ss_pred HHHHHHHHhhccccchhhhHHHHHHHhcCCccccchhhhhhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhccCChHHHHHHHHHHHH
Q 013991 45 SIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVI 124 (432)
Q Consensus 45 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~ 124 (432)
......+....+...+....+.+.++.+.+... .........+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....+
T Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~ 354 (491)
T 4gc0_A 281 GVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDI------ALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAI 354 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccc------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHH
Confidence 334444444555556666667888888887776 66777778888899999999999999999999999888887
Q ss_pred HHHHHhhhh-----hHHHHHHHH-HHHhhhccchhhHHhhhhhhcccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCC
Q 013991 125 FNTLFGLSV-----NFWMAVLTR-FLLGSLNGLLGPIKAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAE 198 (432)
Q Consensus 125 ~~~~~~~~~-----~~~~l~~~r-~~~G~~~g~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~ 198 (432)
+.+..+... +...+...- +..+.+.+.......+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+.+.+.+..
T Consensus 355 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~- 433 (491)
T 4gc0_A 355 GMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNS- 433 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHH-
T ss_pred HHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-
Confidence 776655431 222222222 2223333333334889999999999999999999999999999988877765410
Q ss_pred cCCCcccccccccCccchHHHHHHHHHHHH-HHHHHhhcccccCCC
Q 013991 199 KYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFG-VTIAAFWLPETLHRH 243 (432)
Q Consensus 199 ~~~~~~gw~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~e~~~~~ 243 (432)
|.. ...++..++++.++++++ .++..+++||++.+.
T Consensus 434 -------~~~--~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~t 470 (491)
T 4gc0_A 434 -------WLV--AHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKT 470 (491)
T ss_dssp -------HHH--HHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCC
T ss_pred -------HHH--hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCC
Confidence 000 012233344555555555 445567899987653
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.01 E-value=3e-11 Score=112.39 Aligned_cols=146 Identities=13% Similarity=0.071 Sum_probs=107.7
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHhhccccchhhhHHHHH-HHhcCCccccchhhhhhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhccCChHHHHHHH
Q 013991 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMI-KDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (432)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~ 119 (432)
+.++...+..++............|.+. +++|.++.+ .+++.+...++..++.++.|++.||+|++. ..+.
T Consensus 199 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~--~~~~ 270 (375)
T 2gfp_A 199 SGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMT------VSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM--WQSV 270 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHH------HHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH--HHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHH
Confidence 3444445555555555555556666554 448888888 999999999999999999999999998832 2333
Q ss_pred HH-HHHHHH--HHhh--hhhHHHHHHHHHHHhhhccchhhH-HhhhhhhcccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 013991 120 AS-VVIFNT--LFGL--SVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFL 193 (432)
Q Consensus 120 ~~-~~~~~~--~~~~--~~~~~~l~~~r~~~G~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 193 (432)
.+ ...+.. .... .++.+.+++..++.|++.+...+. .+++.|..| ++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+
T Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l 349 (375)
T 2gfp_A 271 ICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAML 349 (375)
T ss_dssp HHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 22 222222 2222 246777778888899988777775 899999998 8999999999999999999999999988
Q ss_pred cc
Q 013991 194 AQ 195 (432)
Q Consensus 194 ~~ 195 (432)
.+
T Consensus 350 ~~ 351 (375)
T 2gfp_A 350 PQ 351 (375)
T ss_dssp HH
T ss_pred hc
Confidence 76
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.81 E-value=1.5e-08 Score=98.55 Aligned_cols=112 Identities=13% Similarity=0.025 Sum_probs=88.2
Q ss_pred hhHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhh----hccCC----hHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh---------hhHHHHHHHHHHHh
Q 013991 84 AGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVA----DRYGR----KPVIIMGTASVVIFNTLFGLS---------VNFWMAVLTRFLLG 146 (432)
Q Consensus 84 ~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~----dr~Gr----r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~l~~~r~~~G 146 (432)
.+++.+...++..+..++.+++. ||.|+ ++.+.++.++.+++.++.++. .+.+.+++..++.|
T Consensus 337 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g 416 (524)
T 2xut_A 337 PAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLT 416 (524)
T ss_dssp HHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHH
Confidence 67777777777788888888775 55543 356677778777777776663 36677778888999
Q ss_pred hhccchhhH-HhhhhhhcccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc
Q 013991 147 SLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQ 195 (432)
Q Consensus 147 ~~~g~~~~~-~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 195 (432)
++.+...+. .+++.|..|+++|++++|+.+....+|..+||.+.+.+.+
T Consensus 417 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~ 466 (524)
T 2xut_A 417 FGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKS 466 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 988887775 9999999999999999999999999999999999999886
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=49.80 E-value=6.5 Score=18.76 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.888 Sum_probs=11.2
Q ss_pred hhhhhhhccCChHH
Q 013991 101 FWGLVADRYGRKPV 114 (432)
Q Consensus 101 ~~G~l~dr~Grr~~ 114 (432)
++|.+..++|||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46888899999865
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=24.91 E-value=1.6e+02 Score=23.57 Aligned_cols=26 Identities=8% Similarity=0.181 Sum_probs=20.7
Q ss_pred HHHHHhHHHHHHHHhhhhhhhccCCh
Q 013991 87 VGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRK 112 (432)
Q Consensus 87 ~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr 112 (432)
.+.-|.++..+++.+.|++.||..++
T Consensus 98 PTgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 98 PSGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 34567888889999999999997643
Done!