Query 014301
Match_columns 427
No_of_seqs 466 out of 1263
Neff 10.9
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 09:07:20 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/014301.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/014301hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 4.9E-41 1.7E-45 319.8 22.2 379 6-401 32-435 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.2E-39 7.4E-44 307.3 26.2 371 6-392 30-425 (438)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 6E-38 2.1E-42 291.2 6.0 353 6-384 4-361 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 2.4E-35 8.1E-40 283.7 21.6 387 4-401 15-473 (491)
5 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.3E-34 7.8E-39 276.9 18.5 381 10-400 20-463 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 1.3E-33 4.4E-38 265.5 14.2 378 2-398 7-398 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 8.2E-30 2.8E-34 247.1 20.4 360 3-374 13-466 (524)
8 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 2.4E-14 8.2E-19 137.2 10.9 174 219-399 13-196 (491)
9 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 3.2E-14 1.1E-18 134.7 11.1 172 5-185 255-434 (451)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 9.4E-14 3.2E-18 130.9 12.3 167 224-398 31-228 (438)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 5.2E-13 1.8E-17 129.0 12.0 173 219-398 12-197 (524)
12 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.4 6E-13 2.1E-17 122.8 10.4 163 224-394 5-169 (375)
13 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 5.7E-13 1.9E-17 124.8 9.7 142 36-186 258-401 (417)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 9.2E-11 3.1E-15 112.2 15.5 168 19-189 294-467 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 41.6 3.2 0.00011 19.5 -0.8 13 57-69 3-15 (26)
16 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 27.2 2.6E+02 0.0089 26.0 8.9 54 118-180 20-75 (501)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=4.9e-41 Score=319.82 Aligned_cols=379 Identities=17% Similarity=0.172 Sum_probs=305.8
Q ss_pred HHHHHHHHhHhhhccccchhhhhhhhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhccccccccccCCchHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 014301 6 LAWLSLFSCFFSTFSIPPLIPIIRHDLNLTDTDVGTAGMASFLGSIFSRLAMGPVCDLLGPRVASATLSLITAPIVLSAS 85 (427)
Q Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 85 (427)
..++..+...++.....+.+|.+.+++ .|+.+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++.+.++.+++.++++
T Consensus 32 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 110 (451)
T 1pw4_A 32 GIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMG 110 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344556666677778899999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred c----hhhHHHHHHHHHHHhhccccc-cchHHHHHcccCccccccchhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCcc
Q 014301 86 L----VSSPQSFILVRFLVGFCLANF-VANQFWMSSMFSGCVVGLANGVSAGWANMGAGVSQLLMPLIFTAITSLNVGTH 160 (427)
Q Consensus 86 ~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~-~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~l~~~~~~~~ 160 (427)
+ ++|++.++++|+++|++.+.. ++..+++.|++|+++|++++++.+...++|..+++.+++.+.+ .
T Consensus 111 ~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~---------~ 181 (451)
T 1pw4_A 111 FVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMA---------W 181 (451)
T ss_dssp HCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHH---------H
T ss_pred hhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------H
Confidence 9 999999999999999999977 8889999999999999999999999999999888887776554 5
Q ss_pred cc-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCCCCCCccccccc--c--------hhhhhhhhHHH-HHhhhcCchHHHHHHHH
Q 014301 161 TA-WRLAFIVPSTFQALTAIMVLIYGQDLPSGNYKEFKKT--K--------TESREEKFVHV-LFNGLKNYRGWILGLTY 228 (427)
Q Consensus 161 ~~-wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~--------~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~ 228 (427)
.+ ||+.|++.+++.++..++.++..+|.|++.+.+.+++ + +++++.+.++. .++.+|+|.++...+..
T Consensus 182 ~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 261 (451)
T 1pw4_A 182 FNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIAN 261 (451)
T ss_dssp TCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHH
T ss_pred hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHH
Confidence 67 9999999998888777666665555444321111100 0 00000111222 46788999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhhcchhhhccCCcHHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhhhh--ccccccchhHHHHHHHHHHHH-HH
Q 014301 229 GFCFGVELTTDNIIAQYFYDRFGVNLQVAGTIAASFGMANLFSRPMGGVISDRM--GRRFGIRGRLWGLWAVQTAAG-LL 305 (427)
Q Consensus 229 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~ 305 (427)
++..........+.|.|+++.+|.++.+.+...+...++.+++.++.+++.||+ ++|+ ....+..+.. +.
T Consensus 262 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~ 334 (451)
T 1pw4_A 262 VFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRG-------ATGVFFMTLVTIA 334 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHH-------HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCch-------hHHHHHHHHHHHH
Confidence 888888899999999999998899999999999999999999999999999999 8775 3333333333 44
Q ss_pred HHHHhhc--cchHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccc-cCcCcceeeeehhcchhhh-hhHHHHHHH-hhcccccchh
Q 014301 306 CVLLGRV--NSLWGSVLVMCVFSVFVQAAGGLTFGVVPF-VSKRSLGVISGMTGSGGTV-GAVVTQMLL-FSGSKFSKQT 380 (427)
Q Consensus 306 ~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~ 380 (427)
+..+... .+.+...+..++.|++.+...+....+..+ .|+++||+++|+.+...++ |..++|.+. ...+..++..
T Consensus 335 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~ 414 (451)
T 1pw4_A 335 TIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDG 414 (451)
T ss_dssp HHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHH
T ss_pred HHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHH
Confidence 4444443 356667777778888888888877777775 5778899999999999999 999999998 6777778999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc
Q 014301 381 SISVMGLMMIVCTLPVSLIYF 401 (427)
Q Consensus 381 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 401 (427)
.+...+++.+++.+......+
T Consensus 415 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 435 (451)
T 1pw4_A 415 GFMVMIGGSILAVILLIVVMI 435 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 998888888877776665543
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.2e-39 Score=307.29 Aligned_cols=371 Identities=13% Similarity=0.111 Sum_probs=290.7
Q ss_pred HHHHHHHHhHhhhccccchhhhhhhhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhccccccccccCCchHHHHHHHHHHHHHHHH-
Q 014301 6 LAWLSLFSCFFSTFSIPPLIPIIRHDLNLTDTDVGTAGMASFLGSIFSRLAMGPVCDLLGPRVASATLSLITAPIVLSA- 84 (427)
Q Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~- 84 (427)
..++..+...++....++..|.+.+++|.|+.+.|++.+.+.+++.+++++.|+++||+|||++++.+.++.+++.+++
T Consensus 30 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 109 (438)
T 3o7q_A 30 LLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFW 109 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3445566666667788999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred --hchhhHHHHHHHHHHHhhccccc-cchHHHHHcccCccccccchhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHH-HHHhh------
Q 014301 85 --SLVSSPQSFILVRFLVGFCLANF-VANQFWMSSMFSGCVVGLANGVSAGWANMGAGVSQLLMPLIF-TAITS------ 154 (427)
Q Consensus 85 --~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~-~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~-~~l~~------ 154 (427)
++++|++.++++|++.|++.+.. +...+++.|++|+++|++++++.+...++|..+++.+++.+. ....+
T Consensus 110 ~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 189 (438)
T 3o7q_A 110 PAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVL 189 (438)
T ss_dssp HHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHH
T ss_pred hccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccccc
Confidence 88999999999999999999987 888999999999999999999999999999988888777665 21000
Q ss_pred ----------ccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCCCCCCcccccccchhhhhhhhHHHHHhhhcCchHHHH
Q 014301 155 ----------LNVGTHTAWRLAFIVPSTFQALTAIMVLIYGQDLPSGNYKEFKKTKTESREEKFVHVLFNGLKNYRGWIL 224 (427)
Q Consensus 155 ----------~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 224 (427)
.+.....+||+.|++.++..++..+..++.++ |++++++.++++ + ++.++.+++.+|+|+++..
T Consensus 190 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--p~~~~~~~~~~~---~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 263 (438)
T 3o7q_A 190 DKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKF--PALQSDNHSDAK---Q-GSFSASLSRLARIRHWRWA 263 (438)
T ss_dssp HHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCCTTTCCCCSS---T-TSHHHHHHHHTTCSHHHHH
T ss_pred ccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC--Cccccccccccc---c-cchhhhHHHHHhChHHHHH
Confidence 00000011999998888777766655444322 222221111111 1 3344566788899999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhcch-hhhccCCcHHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhhhhccccccchhHHHHHHHHHHHH
Q 014301 225 GLTYGFCFGVELTTDNIIAQY-FYDRFGVNLQVAGTIAASFGMANLFSRPMGGVISDRMGRRFGIRGRLWGLWAVQTAAG 303 (427)
Q Consensus 225 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-l~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 303 (427)
.+..++..........+.|.| +++.+|.++.+++...+...++.++++++.+++.||++||+ ....+..+..
T Consensus 264 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~-------~~~~~~~~~~ 336 (438)
T 3o7q_A 264 VLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHK-------VLAAYALIAM 336 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHH-------HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH-------HHHHHHHHHH
Confidence 999888888888999999999 88888999999999999999999999999999999999986 5555556666
Q ss_pred HHHHHHhhccchHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccc-cCcCcceeeeehhcchhhhhhHHHHHHH-hhccccc-chh
Q 014301 304 LLCVLLGRVNSLWGSVLVMCVFSVFVQAAGGLTFGVVPF-VSKRSLGVISGMTGSGGTVGAVVTQMLL-FSGSKFS-KQT 380 (427)
Q Consensus 304 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~-~~~~~~~-~~~ 380 (427)
+.+......++.+. ....++.+++.+...+...++..+ .|++ ++++.++.. .+.+|+.++|.+. ...+..+ ++.
T Consensus 337 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~ 413 (438)
T 3o7q_A 337 ALCLISAFAGGHVG-LIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPT 413 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHCCHHHH-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGG
T ss_pred HHHHHHHHcCCcHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHH
Confidence 66666666655544 344577888888888888888664 4544 888888776 6779999999998 6666666 888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHH
Q 014301 381 SISVMGLMMIVC 392 (427)
Q Consensus 381 ~~~~~~~~~~~~ 392 (427)
.+...+++.++.
T Consensus 414 ~~~~~~~~~~~~ 425 (438)
T 3o7q_A 414 AELIPALCFAVI 425 (438)
T ss_dssp GGHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHH
Confidence 887655544433
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=6e-38 Score=291.22 Aligned_cols=353 Identities=15% Similarity=0.039 Sum_probs=279.2
Q ss_pred HHHHHHHHhHhhhccccchhhhhhhhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhccccccccccCCchHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 014301 6 LAWLSLFSCFFSTFSIPPLIPIIRHDLNLTDTDVGTAGMASFLGSIFSRLAMGPVCDLLGPRVASATLSLITAPIVLSAS 85 (427)
Q Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 85 (427)
..++..++..++.....+..|.+.+++|.|+.+.+++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++..+..+.+++.++.+
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 83 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAV 83 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45667777888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred chhhHHHHHHHHHHHhhccccc-cchHHHHHcccCccccccchhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCcccchh
Q 014301 86 LVSSPQSFILVRFLVGFCLANF-VANQFWMSSMFSGCVVGLANGVSAGWANMGAGVSQLLMPLIFTAITSLNVGTHTAWR 164 (427)
Q Consensus 86 ~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~-~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~wr 164 (427)
+++|++.+++.|++.|++.+.. +...+++.|++|+++|++++++.+...++|..+++.+++.+.+ ..+||
T Consensus 84 ~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~---------~~~~~ 154 (375)
T 2gfp_A 84 TTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDT---------MWNWR 154 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC---------HHHHH
T ss_pred HhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHH---------hccHH
Confidence 9999999999999999999977 8888999999999999999999988888888777666655442 56999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCCCCCCcccccccchhhhhhhhHHHHHhhhcCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcc
Q 014301 165 LAFIVPSTFQALTAIMVLIYGQDLPSGNYKEFKKTKTESREEKFVHVLFNGLKNYRGWILGLTYGFCFGVELTTDNIIAQ 244 (427)
Q Consensus 165 ~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 244 (427)
+.|++.++..++..+..++..||++++++++ + + .++.+++.+|+|+++...+..++..........+.|.
T Consensus 155 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~--~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 224 (375)
T 2gfp_A 155 ACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR---T--R-----LLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGV 224 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC---C--C-----TTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc---c--c-----HHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999988887776653333333322221111 0 0 1112345567788988888888888888899999999
Q ss_pred hhhhccCCcHHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhhhhccccccchhHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhh--ccchHHHHHH
Q 014301 245 YFYDRFGVNLQVAGTIAASFGMANLFSRPMGGVISDRMGRRFGIRGRLWGLWAVQ-TAAGLLCVLLGR--VNSLWGSVLV 321 (427)
Q Consensus 245 ~l~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~ 321 (427)
|+++.+|.++.+.+...+...++.+++.++.+++.||.+++. ...... ............ .++.+...+.
T Consensus 225 ~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 297 (375)
T 2gfp_A 225 LMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM-------WQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVP 297 (375)
T ss_dssp SSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH-------HHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHH
Confidence 999888999999999999999999999999999999988732 111111 111111111111 2355556677
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhhhhhcccccCcCcceeeeehhcchhhhhhHHHHHHH-hhcccccchhHHHH
Q 014301 322 MCVFSVFVQAAGGLTFGVVPFVSKRSLGVISGMTGSGGTVGAVVTQMLL-FSGSKFSKQTSISV 384 (427)
Q Consensus 322 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~ 384 (427)
.++.+++.+...+...++..|..|++||++.|+.+...++|..++|.+. ...+..++...+..
T Consensus 298 ~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~ 361 (375)
T 2gfp_A 298 AALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFPFLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLM 361 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCCcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHH
Confidence 7888899888888888888876448899999999999999999999888 55555566655554
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=2.4e-35 Score=283.72 Aligned_cols=387 Identities=12% Similarity=0.022 Sum_probs=271.9
Q ss_pred hHHHHHHHHHhHhhhccccchh-hhhhhh-----cCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhccccccccc-cCCchHHHHHHHH
Q 014301 4 FHLAWLSLFSCFFSTFSIPPLI-PIIRHD-----LNLTDTDVGTAGMASFLGSIFSRLAMGPVCDL-LGPRVASATLSLI 76 (427)
Q Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~i~~~-----~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr-~Grr~~~~~~~~~ 76 (427)
++..+...+...+..+...+.+ +.+.++ +|.|+.+.+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~ 94 (491)
T 4aps_A 15 LSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVL 94 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHH
Confidence 3344445555555555444444 445555 99999999999999999999999999999999 8999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhchhhHHHHHHHHHHHhhccccc-cchHHHHHcccCccc--cccchhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 014301 77 TAPIVLSASLVSSPQSFILVRFLVGFCLANF-VANQFWMSSMFSGCV--VGLANGVSAGWANMGAGVSQLLMPLIFTAIT 153 (427)
Q Consensus 77 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~-~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~l~ 153 (427)
.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+.. +...++++|++|+++ |+.++++.+...++|..+++.+++.+.+
T Consensus 95 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~--- 171 (491)
T 4aps_A 95 IMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQE--- 171 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---
Confidence 9999999999999999999999999999987 888999999999988 7778888888888888888777776655
Q ss_pred hccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCC-CCCCCcccccccchhhhhhhh------------------------
Q 014301 154 SLNVGTHTAWRLAFIVPSTFQALTAIMVLIYGQD-LPSGNYKEFKKTKTESREEKF------------------------ 208 (427)
Q Consensus 154 ~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------------ 208 (427)
+.+||+.|++.++..++..+..++..++ .+++.+++.++..++++++..
T Consensus 172 ------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 245 (491)
T 4aps_A 172 ------AAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNS 245 (491)
T ss_dssp ------HSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCC
T ss_pred ------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcc
Confidence 6799999999887777666555544332 222111111111111110000
Q ss_pred ------------------------HHH---HHhhhcCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhhhccCCcHHHHHHHH
Q 014301 209 ------------------------VHV---LFNGLKNYRGWILGLTYGFCFGVELTTDNIIAQYFYDRFGVNLQVAGTIA 261 (427)
Q Consensus 209 ------------------------~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~~~~~ 261 (427)
++. .++..+....+...+..............++|.|.++..+.+..+.+...
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 325 (491)
T 4aps_A 246 LPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQ 325 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGT
T ss_pred cccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHh
Confidence 000 01111122244455555566666777778888898887777766677777
Q ss_pred HHHHHhhhcccccchhhhhhhccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc---------cchHHHHHHHHHHHHHhhhh
Q 014301 262 ASFGMANLFSRPMGGVISDRMGRRFGIRGRLWGLWAVQTAAGLLCVLLGRV---------NSLWGSVLVMCVFSVFVQAA 332 (427)
Q Consensus 262 ~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 332 (427)
....+...++..+.+++.||++||+... ...+..+..+..+.+..+... .+.+......++.+++.+..
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~ 403 (491)
T 4aps_A 326 SLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSS--PTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLI 403 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---C--HHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCc--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7888888888999999999999986321 112223333333333333221 25566677778889998888
Q ss_pred hhhhhhcccc-cCcCcceeeeehhcchhhhhhHHHHHHHhhcccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc
Q 014301 333 GGLTFGVVPF-VSKRSLGVISGMTGSGGTVGAVVTQMLLFSGSKFSKQTSISVMGLMMIVCTLPVSLIYF 401 (427)
Q Consensus 333 ~~~~~~~~~~-~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 401 (427)
.+...++..+ .|++.||++.|+.+...++|..++|.+.......++...+...+++.+++.+..+...+
T Consensus 404 ~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 473 (491)
T 4aps_A 404 SPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSK 473 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC--
T ss_pred hHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8888888885 58888999999999999999999999983333346677777777777766666555433
No 5
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2.3e-34 Score=276.85 Aligned_cols=381 Identities=11% Similarity=0.059 Sum_probs=250.3
Q ss_pred HHHHhHhhhccccchhhhhhhhcCC--------CcchhhHHHHHHHHHHHHhhccccccccccCCchHHHHHHHHHHHHH
Q 014301 10 SLFSCFFSTFSIPPLIPIIRHDLNL--------TDTDVGTAGMASFLGSIFSRLAMGPVCDLLGPRVASATLSLITAPIV 81 (427)
Q Consensus 10 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--------s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~ 81 (427)
..++.+++...++..+|.+.++++. ++.+.|++.+.+.+|..++++++|+++||+|||++++++.+++.++.
T Consensus 20 g~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~ 99 (491)
T 4gc0_A 20 GGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISG 99 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3445566777788899999888743 34567899999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHh------------------chhhHHHHHHHHHHHhhccccc-cchHHHHHcccCccccccchhhhhhhhhhhHHHHH
Q 014301 82 LSAS------------------LVSSPQSFILVRFLVGFCLANF-VANQFWMSSMFSGCVVGLANGVSAGWANMGAGVSQ 142 (427)
Q Consensus 82 ~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~-~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~ 142 (427)
++++ +++|+++++++|+++|++.|+. +....+++|+.|+++|++..++.+.....|..+++
T Consensus 100 i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 179 (491)
T 4gc0_A 100 VGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVY 179 (491)
T ss_dssp HHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhh
Confidence 9998 4789999999999999999987 88899999999999999999999888888877766
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCCCCC-----Cccccccc---------c--h-hhhh
Q 014301 143 LLMPLIFTAITSLNVGTHTAWRLAFIVPSTFQALTAIMVLIYGQDLPSG-----NYKEFKKT---------K--T-ESRE 205 (427)
Q Consensus 143 ~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~---------~--~-~~~~ 205 (427)
.++........ ....+..+||+.+.+..+..++..+..++.||. |+. ++++.++. . + .+.+
T Consensus 180 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peS-p~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 257 (491)
T 4gc0_A 180 CVNYFIARSGD-ASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPES-PRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIK 257 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTTSC-TTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCC-HHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hcchhhccccc-cccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCC-hHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHH
Confidence 66554433211 111224578988888887777766655555443 210 10000000 0 0 0000
Q ss_pred hhh---H--HHHHhhhcCchHHHHHHHHHHHHHH-HhhhhhhhcchhhhccCCcHHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhh
Q 014301 206 EKF---V--HVLFNGLKNYRGWILGLTYGFCFGV-ELTTDNIIAQYFYDRFGVNLQVAGTIAASFGMANLFSRPMGGVIS 279 (427)
Q Consensus 206 ~~~---~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~ 279 (427)
+.. + .......+.++.........+.... ......+.+.+ .+..+.+..+........++...++.++.+++.
T Consensus 258 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~ 336 (491)
T 4gc0_A 258 HSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEV-FKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTV 336 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHH-HHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHH-HHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000 0 0011122333333333333222222 23333344444 444578887777777888889999999999999
Q ss_pred hhhccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----hccchHHHHHHHHHHHHHhhhh-hhhhhhccccc-CcCcceeeee
Q 014301 280 DRMGRRFGIRGRLWGLWAVQTAAGLLCVLLG----RVNSLWGSVLVMCVFSVFVQAA-GGLTFGVVPFV-SKRSLGVISG 353 (427)
Q Consensus 280 d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~g 353 (427)
||+|||+ ....+.....+.+..+. ...+.+...+...++..+.+.. .+..+.+.+|+ |++.|+++.|
T Consensus 337 dr~Grr~-------~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g 409 (491)
T 4gc0_A 337 DKFGRKP-------LQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALA 409 (491)
T ss_dssp HHHCSHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHH
T ss_pred HhhcCcc-------hhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHH
Confidence 9999997 33333333333222221 1223333333444444444433 34556777876 7888999999
Q ss_pred hhcchhhhhhHHHHHHH-hhcc------cccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 014301 354 MTGSGGTVGAVVTQMLL-FSGS------KFSKQTSISVMGLMMIVCTLPVSLIY 400 (427)
Q Consensus 354 ~~~~~~~~g~~~~~~~~-~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 400 (427)
+.+..+++++.+++.+. ...+ ..+....+.+.+++.+++.+..++..
T Consensus 410 ~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~ 463 (491)
T 4gc0_A 410 IAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFV 463 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhee
Confidence 99999999999988776 3222 23445567777777777776655444
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=100.00 E-value=1.3e-33 Score=265.51 Aligned_cols=378 Identities=16% Similarity=0.109 Sum_probs=252.4
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHhHhhhccccchhhh-hhhhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhccccccccccCCchHHHHHHHHHHHH
Q 014301 2 RAFHLAWLSLFSCFFSTFSIPPLIPI-IRHDLNLTDTDVGTAGMASFLGSIFSRLAMGPVCDLLGPRVASATLSLITAPI 80 (427)
Q Consensus 2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~ 80 (427)
|+++......+..+.......+.+|. +++++|.|+.+.|++.+.+.+++.++++++|+++||+|||++++.+..+.++.
T Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~ 86 (417)
T 2cfq_A 7 TNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVM 86 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSC
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34455555555666666666677776 55679999999999999999999999999999999999999999988876543
Q ss_pred H---HHHhchhhHH-HHHHHHHHHhhccccc-cchHHHHHcccCc--cccccchhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 014301 81 V---LSASLVSSPQ-SFILVRFLVGFCLANF-VANQFWMSSMFSG--CVVGLANGVSAGWANMGAGVSQLLMPLIFTAIT 153 (427)
Q Consensus 81 ~---~~~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~~~~~~-~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~l~ 153 (427)
. ....+++... .+...+.+.|++.+.. ......+.++.++ ++|+...+......++|..+++.++..+.+
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~--- 163 (417)
T 2cfq_A 87 FAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT--- 163 (417)
T ss_dssp HHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH---
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---
Confidence 2 2223333221 2445667777766643 4444444555443 456777788777778888777777666543
Q ss_pred hccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCCCCCCcccccccchhhhhhhhHHHHHhhhcCchHHHHHHHHHHHHH
Q 014301 154 SLNVGTHTAWRLAFIVPSTFQALTAIMVLIYGQDLPSGNYKEFKKTKTESREEKFVHVLFNGLKNYRGWILGLTYGFCFG 233 (427)
Q Consensus 154 ~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 233 (427)
.+||+.|++.++..++..+..++.+|+++++.+++ ++++++++ +...+..++.+|+|+++...+..+....
T Consensus 164 -------~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 234 (417)
T 2cfq_A 164 -------INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVA-NAVGANHS-AFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSC 234 (417)
T ss_dssp -------HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSS-SSSSSCCC-CCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -------hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccccccc-cccccccc-cccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHH
Confidence 37999998877665444443333443332211111 10000111 1122345677889998877766555555
Q ss_pred HHhhhhhhhcchhhhccCC---cHHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhhhhccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 014301 234 VELTTDNIIAQYFYDRFGV---NLQVAGTIAASFGMANLFSRPMGGVISDRMGRRFGIRGRLWGLWAVQTAAGLLCVLLG 310 (427)
Q Consensus 234 ~~~~~~~~~~~~l~~~~g~---s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (427)
.......++|.|+.+.++. +....+...+...+..+++.++.+++.||++||+ .+..+..+..+......
T Consensus 235 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~-------~l~~~~~~~~~~~~~~~ 307 (417)
T 2cfq_A 235 TYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKN-------ALLLAGTIMSVRIIGSS 307 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5555666788887665542 2445577777778888889999999999999986 44445555555555555
Q ss_pred hccchHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccc-cCcCcceeeeeh-hcchhhhhhHHHHHHH-hhcccccchhHHHHHHH
Q 014301 311 RVNSLWGSVLVMCVFSVFVQAAGGLTFGVVPF-VSKRSLGVISGM-TGSGGTVGAVVTQMLL-FSGSKFSKQTSISVMGL 387 (427)
Q Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~g~~~g~-~~~~~~~g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~ 387 (427)
..++.+...+...+.+++.+...+....+.+| .|++.||++.|. .+....+|+.++|.+. ...+..++...|...++
T Consensus 308 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~ 387 (417)
T 2cfq_A 308 FATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGL 387 (417)
T ss_dssp TCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHH
Confidence 55566655555566666666556666677775 488889999998 4888889999999998 55556678888888887
Q ss_pred HHHHHHHHHHh
Q 014301 388 MMIVCTLPVSL 398 (427)
Q Consensus 388 ~~~~~~~~~~~ 398 (427)
+.+++.+....
T Consensus 388 ~~l~~~~~~~~ 398 (417)
T 2cfq_A 388 VALGFTLISVF 398 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHh
Confidence 77777665443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.97 E-value=8.2e-30 Score=247.09 Aligned_cols=360 Identities=15% Similarity=0.090 Sum_probs=227.2
Q ss_pred hhHHHHHHHHHhHhhhccccchhh-hhhhhcC------CCcchhhHHHHHHHHHHHHhhcccccccccc-CCchHHHHHH
Q 014301 3 AFHLAWLSLFSCFFSTFSIPPLIP-IIRHDLN------LTDTDVGTAGMASFLGSIFSRLAMGPVCDLL-GPRVASATLS 74 (427)
Q Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~i~~~~~------~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~-Grr~~~~~~~ 74 (427)
.++..++..++..+..+...+.+| .+.+++| .|+.+.+++.+.+.++..+++++.|+++||+ |||+++..+.
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~ 92 (524)
T 2xut_A 13 QIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLS 92 (524)
T ss_dssp CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHH
Confidence 344556666666666665555555 4677899 9999999999999999999999999999999 9999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhchh-hHHHHHHHHHHHhhccccc-cchHHHHHcccCccccccchhh---hhhhhhhhHHHHHHHHHHHH
Q 014301 75 LITAPIVLSASLVS-SPQSFILVRFLVGFCLANF-VANQFWMSSMFSGCVVGLANGV---SAGWANMGAGVSQLLMPLIF 149 (427)
Q Consensus 75 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~~~~-~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~ 149 (427)
++.+++.++.++++ +++.+++.|++.|++.+.. +...+++.|++|+++|+++.+. .+...++|..+++.+++.+.
T Consensus 93 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 172 (524)
T 2xut_A 93 LIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLL 172 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999999999999 9999999999999999987 8889999999999999877666 77777777777776666555
Q ss_pred HHHhhccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCCCCCCccccc-ccc---------hh--hhhh-----------
Q 014301 150 TAITSLNVGTHTAWRLAFIVPSTFQALTAIMVLIYGQDLPSGNYKEFK-KTK---------TE--SREE----------- 206 (427)
Q Consensus 150 ~~l~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~---------~~--~~~~----------- 206 (427)
+ ..+||+.|++.++..++..+..++..++.+++++++.+ .+. ++ +.+.
T Consensus 173 ~---------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 243 (524)
T 2xut_A 173 K---------NFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGV 243 (524)
T ss_dssp H---------TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred c---------cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhh
Confidence 4 67999999998887766555544433322111111000 000 00 0000
Q ss_pred --------------------------------hhHHHHH--------hhhcCchHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchh
Q 014301 207 --------------------------------KFVHVLF--------NGLKNYRGWILGLTYGFCFGVELTTDNIIAQYF 246 (427)
Q Consensus 207 --------------------------------~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l 246 (427)
++.+..+ +..+.++.+..................+.+.+.
T Consensus 244 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 323 (524)
T 2xut_A 244 SAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWI 323 (524)
T ss_dssp HHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHH
T ss_pred hhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhH
Confidence 0000000 001112222222211111111111111222222
Q ss_pred hhc--cCCcH-HHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhh----hhhccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-------
Q 014301 247 YDR--FGVNL-QVAGTIAASFGMANLFSRPMGGVIS----DRMGRRFGIRGRLWGLWAVQTAAGLLCVLLGRV------- 312 (427)
Q Consensus 247 ~~~--~g~s~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------- 312 (427)
... .+.+. ...+.......++.+++..+.+++. ||.++|... ...+..+..+..+.+..+...
T Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 400 (524)
T 2xut_A 324 LQANDMVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTA---LRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGG 400 (524)
T ss_dssp HHHHHSCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CC---HHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTT
T ss_pred HhHHhcCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCCh---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC
Confidence 111 12211 1244554545555556666666653 343332211 123334444455544444432
Q ss_pred --cchHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccc-cCcCcceeeeehhcchhhhhhHHHHHHH-hhcc
Q 014301 313 --NSLWGSVLVMCVFSVFVQAAGGLTFGVVPF-VSKRSLGVISGMTGSGGTVGAVVTQMLL-FSGS 374 (427)
Q Consensus 313 --~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~-~~~~ 374 (427)
.+.+...+..++.+++.+...+...++..+ .|++.||+++|+.+...++|+.++|.+. ...+
T Consensus 401 ~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~ 466 (524)
T 2xut_A 401 SALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKS 466 (524)
T ss_dssp CCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred CCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 255566677888899988888888888885 5888999999999999999999999998 4444
No 8
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.53 E-value=2.4e-14 Score=137.21 Aligned_cols=174 Identities=13% Similarity=0.050 Sum_probs=146.7
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhhhc-----cCCcHHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhhh-hccccccchhH
Q 014301 219 YRGWILGLTYGFCFGVELTTDNIIAQYFYDR-----FGVNLQVAGTIAASFGMANLFSRPMGGVISDR-MGRRFGIRGRL 292 (427)
Q Consensus 219 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~-----~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~~~~~~~~~~~ 292 (427)
+.++...+..++....++....+++.|+++. +|.++.+.+++.+...++..++.++.|+++|| +|||+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~------ 86 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARP------ 86 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHH------
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchH------
Confidence 4566677777777778888889999999887 89999999999999999999999999999999 89997
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhccccc-CcCc--ceeeeehhcchhhhhhHHHHHH
Q 014301 293 WGLWAVQTAAGLLCVLLGRVNSLWGSVLVMCVFSVFVQAAGGLTFGVVPFV-SKRS--LGVISGMTGSGGTVGAVVTQML 369 (427)
Q Consensus 293 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~--~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~ 369 (427)
.+..+..+..+........++.+...+..++.|++.+...+...++..|. |+++ |+.+.+..+...++|..++|.+
T Consensus 87 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 165 (491)
T 4aps_A 87 -AVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLI 165 (491)
T ss_dssp -HHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 66677777777777777788888888889999999999999998888864 7777 7778888889999999999999
Q ss_pred H-hhcccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 014301 370 L-FSGSKFSKQTSISVMGLMMIVCTLPVSLI 399 (427)
Q Consensus 370 ~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 399 (427)
. ...+..+|+..|...++..+++.+.....
T Consensus 166 ~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 166 VGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 8 66677889999988877776666655444
No 9
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.52 E-value=3.2e-14 Score=134.71 Aligned_cols=172 Identities=13% Similarity=0.149 Sum_probs=140.2
Q ss_pred HHHHHHHHHhHhhhccccchhhhhhhh-cCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhcccccccccc--CCchHHHHHHHHHH-HH
Q 014301 5 HLAWLSLFSCFFSTFSIPPLIPIIRHD-LNLTDTDVGTAGMASFLGSIFSRLAMGPVCDLL--GPRVASATLSLITA-PI 80 (427)
Q Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~-~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~--Grr~~~~~~~~~~~-~~ 80 (427)
+...+..++............|.+.++ +|.++.+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..+..+.. ++
T Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 334 (451)
T 1pw4_A 255 WYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIA 334 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHH
Confidence 334444455555555566777777666 899999999999999999999999999999999 99999988887766 77
Q ss_pred HHHHhch--hhHHHHHHHHHHHhhccccc-cchHHHHHcccCccccccchhhhhhhhhh-hHHHHHHHHHHHHHHHhhcc
Q 014301 81 VLSASLV--SSPQSFILVRFLVGFCLANF-VANQFWMSSMFSGCVVGLANGVSAGWANM-GAGVSQLLMPLIFTAITSLN 156 (427)
Q Consensus 81 ~~~~~~~--~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~-~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-G~~~g~~~~~~l~~~l~~~~ 156 (427)
.++..+. ++.+.+.+..++.|++.+.. +....++.|.+|+++|+++.++.+...++ |..+++.+.+.+.+
T Consensus 335 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~------ 408 (451)
T 1pw4_A 335 TIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVD------ 408 (451)
T ss_dssp HHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------
T ss_pred HHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------
Confidence 7777766 47888888889999988766 77778889999999999999999998888 88888877776665
Q ss_pred CCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc
Q 014301 157 VGTHTAWRLAFIVPSTFQALTAIMVLIYG 185 (427)
Q Consensus 157 ~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 185 (427)
..+|+..|++.++..++..+..++..
T Consensus 409 ---~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 409 ---FFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp ---SSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 67899999998888887776666554
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.50 E-value=9.4e-14 Score=130.94 Aligned_cols=167 Identities=13% Similarity=0.115 Sum_probs=129.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhhhccCCcHHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhhhhccccccchhHHHHHHHHHHHH
Q 014301 224 LGLTYGFCFGVELTTDNIIAQYFYDRFGVNLQVAGTIAASFGMANLFSRPMGGVISDRMGRRFGIRGRLWGLWAVQTAAG 303 (427)
Q Consensus 224 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 303 (427)
..+..+.............|. +.+++|.++.+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+ .+..+..+..
T Consensus 31 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~-------~l~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 31 LCSLFFLWAVANNLNDILLPQ-FQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKA-------GIITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHH-------HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHH-HHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchH-------HHHHHHHHHH
Confidence 333444444444445555555 55667999999999999999999999999999999999997 5556666666
Q ss_pred HHHHHH---hhccchHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhccccc-CcCcceeeeehhcchhhhhhHHHHHHH-hhc-cccc
Q 014301 304 LLCVLL---GRVNSLWGSVLVMCVFSVFVQAAGGLTFGVVPFV-SKRSLGVISGMTGSGGTVGAVVTQMLL-FSG-SKFS 377 (427)
Q Consensus 304 ~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~-~~~-~~~~ 377 (427)
+..... ...++.+..++..++.|++.+...+...++..|. |+++|+++.++.+....+|..++|.+. ... +..+
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~ 182 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVP 182 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSC
T ss_pred HHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc
Confidence 665555 6778899999999999999999999999988865 888999999999999999999999998 443 4433
Q ss_pred -------------------------chhHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 014301 378 -------------------------KQTSISVMGLMMIVCTLPVSL 398 (427)
Q Consensus 378 -------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 398 (427)
|++.+...++..++..+....
T Consensus 183 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 228 (438)
T 3o7q_A 183 HQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIML 228 (438)
T ss_dssp CCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 777877666665555544433
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.43 E-value=5.2e-13 Score=128.96 Aligned_cols=173 Identities=14% Similarity=0.081 Sum_probs=142.5
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhhhccC------CcHHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhhhh-ccccccchh
Q 014301 219 YRGWILGLTYGFCFGVELTTDNIIAQYFYDRFG------VNLQVAGTIAASFGMANLFSRPMGGVISDRM-GRRFGIRGR 291 (427)
Q Consensus 219 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g------~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-~~~~~~~~~ 291 (427)
|.++...+..++.....+....+++.|+.+++| .++.+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |||+
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~----- 86 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYN----- 86 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHH-----
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH-----
Confidence 566777778888888888888999999988889 9999999999999999999999999999999 9987
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc-chHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccc-cCcCcceeeeeh---hcchhhhhhHHH
Q 014301 292 LWGLWAVQTAAGLLCVLLGRVN-SLWGSVLVMCVFSVFVQAAGGLTFGVVPF-VSKRSLGVISGM---TGSGGTVGAVVT 366 (427)
Q Consensus 292 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~g~~~g~---~~~~~~~g~~~~ 366 (427)
.+..+..+..+........+ +.+..++..++.|++.+...+...++..+ .|+++|+++.+. .+...++|..++
T Consensus 87 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g 164 (524)
T 2xut_A 87 --TILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFA 164 (524)
T ss_dssp --HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 55566666666666666777 88888888899999999999999888885 478888776666 888899999999
Q ss_pred HHHH-hhcccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 014301 367 QMLL-FSGSKFSKQTSISVMGLMMIVCTLPVSL 398 (427)
Q Consensus 367 ~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 398 (427)
|.+. ...+..+|+..|.+.+++.+++.+....
T Consensus 165 ~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 165 SLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9888 6666778999988877776665555443
No 12
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.41 E-value=6e-13 Score=122.76 Aligned_cols=163 Identities=13% Similarity=0.069 Sum_probs=129.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhhhccCCcHHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhhhhccccccchhHHHHHHHHHHHH
Q 014301 224 LGLTYGFCFGVELTTDNIIAQYFYDRFGVNLQVAGTIAASFGMANLFSRPMGGVISDRMGRRFGIRGRLWGLWAVQTAAG 303 (427)
Q Consensus 224 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 303 (427)
+.+..++...........+|.+. +++|.++.+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+ .+..+..+..
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~-------~~~~~~~~~~ 76 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMA-RDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRP-------VILVGMSIFM 76 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCC-------CCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHH-HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCch-------hHHHHHHHHH
Confidence 44444555555556666677655 557999999999999999999999999999999999998 4445555555
Q ss_pred HHHHHHhhccchHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhccccc-CcCcceeeeehhcchhhhhhHHHHHHH-hhcccccchhH
Q 014301 304 LLCVLLGRVNSLWGSVLVMCVFSVFVQAAGGLTFGVVPFV-SKRSLGVISGMTGSGGTVGAVVTQMLL-FSGSKFSKQTS 381 (427)
Q Consensus 304 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~ 381 (427)
+........++.+...+..++.|++.+...+...++..|. |+++|+++++..+....+|..++|.+. ...+..+|+..
T Consensus 77 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~ 156 (375)
T 2gfp_A 77 LATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRAC 156 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHH
Confidence 5556666667888888888999999998889888888865 788999999999999999999999998 66676788888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHH
Q 014301 382 ISVMGLMMIVCTL 394 (427)
Q Consensus 382 ~~~~~~~~~~~~~ 394 (427)
+...++..++..+
T Consensus 157 ~~~~~~~~~~~~~ 169 (375)
T 2gfp_A 157 YLFLLVLCAGVTF 169 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHH
Confidence 8777766655544
No 13
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.40 E-value=5.7e-13 Score=124.79 Aligned_cols=142 Identities=11% Similarity=0.061 Sum_probs=116.7
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHHhhccccccccccCCchHHHHHHHHHHHHHHHHhchhhHHHHHHHHHHHhhccccc-cchHHHH
Q 014301 36 DTDVGTAGMASFLGSIFSRLAMGPVCDLLGPRVASATLSLITAPIVLSASLVSSPQSFILVRFLVGFCLANF-VANQFWM 114 (427)
Q Consensus 36 ~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~-~~~~~~i 114 (427)
..+.++..++..++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.+++.+..++.++.+.+++..++.+++.+.. +....++
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 337 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYI 337 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 456688888888899999999999999999999999999888888888888888888888888888887655 6667888
Q ss_pred HcccCccccccchhh-hhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC
Q 014301 115 SSMFSGCVVGLANGV-SAGWANMGAGVSQLLMPLIFTAITSLNVGTHTAWRLAFIVPSTFQALTAIMVLIYGQ 186 (427)
Q Consensus 115 ~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 186 (427)
.|.+|++.|+++.+. ++....+|..++|.+++.+.+ ..+++..|.+.++..++..+..+...+
T Consensus 338 ~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~---------~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~ 401 (417)
T 2cfq_A 338 TSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE---------SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLS 401 (417)
T ss_dssp HHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH---------HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSC
T ss_pred HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH---------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Confidence 999999999999888 477777888888877776654 568889999888887777666555444
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.25 E-value=9.2e-11 Score=112.18 Aligned_cols=168 Identities=10% Similarity=0.032 Sum_probs=120.2
Q ss_pred ccccchhhhhhhhcCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhccccccccccCCchHHHHHHHHHHHHHHHHhch----hhHHHHH
Q 014301 19 FSIPPLIPIIRHDLNLTDTDVGTAGMASFLGSIFSRLAMGPVCDLLGPRVASATLSLITAPIVLSASLV----SSPQSFI 94 (427)
Q Consensus 19 ~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~l~ 94 (427)
.......|.+.++.+.+..+.........+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+.. .+.+..+
T Consensus 294 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 373 (491)
T 4gc0_A 294 NVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVAL 373 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHH
T ss_pred hHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHH
Confidence 334555677888888888888888888888899999999999999999999999988877777665442 1122222
Q ss_pred HHH--HHHhhccccccchHHHHHcccCccccccchhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCcccchhHHHHHHHH
Q 014301 95 LVR--FLVGFCLANFVANQFWMSSMFSGCVVGLANGVSAGWANMGAGVSQLLMPLIFTAITSLNVGTHTAWRLAFIVPST 172 (427)
Q Consensus 95 ~~r--~l~G~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~ 172 (427)
+.- +..+.+.+..+....+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+.|.+...... ....++...|++.++
T Consensus 374 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~---~~~~~~~~~~~i~~~ 450 (491)
T 4gc0_A 374 LSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWL---VAHFHNGFSYWIYGC 450 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHH---HHHHTTCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HhhhhhhHHHHHHHH
Confidence 222 222333333355667889999999999999999999999998888887766432111 003466778888888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHcCCCC
Q 014301 173 FQALTAIMVLIYGQDLP 189 (427)
Q Consensus 173 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 189 (427)
++++..+..+++.||.+
T Consensus 451 ~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 451 MGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 88888877766654433
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=41.61 E-value=3.2 Score=19.54 Aligned_cols=13 Identities=15% Similarity=0.422 Sum_probs=10.3
Q ss_pred ccccccccCCchH
Q 014301 57 MGPVCDLLGPRVA 69 (427)
Q Consensus 57 ~g~l~dr~Grr~~ 69 (427)
+|.+..++|||.+
T Consensus 3 fgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 3 FGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHTSHHH
T ss_pred HHHHHHHHhHHHH
Confidence 5778889998865
No 16
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=27.19 E-value=2.6e+02 Score=25.96 Aligned_cols=54 Identities=9% Similarity=-0.028 Sum_probs=24.5
Q ss_pred cCcccc-ccchhhhhhhhhhhHHHHHH-HHHHHHHHHhhccCCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014301 118 FSGCVV-GLANGVSAGWANMGAGVSQL-LMPLIFTAITSLNVGTHTAWRLAFIVPSTFQALTAIM 180 (427)
Q Consensus 118 ~~~~~r-~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~-~~~~l~~~l~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~ 180 (427)
.|+++| .....+..........++.. ++..+.. ..+|+..++...+-.++..+.
T Consensus 20 vp~~~R~~~~~~~~~~W~g~~~~i~~~~~Ga~~~~---------GLs~~~a~lai~lG~li~~~~ 75 (501)
T 2jln_A 20 TRYAERSVGPFSLAAIWFAMAIQVAIFIAAGQMTS---------SFQVWQVIVAIAAGCTIAVIL 75 (501)
T ss_dssp CCGGGCCBCHHHHHHHHHHHHCSTHHHHHHHHHTT---------TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhhCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc---------CcCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 455666 44445544444444333333 2222211 246666666555444444333
Done!